JMJD6

JMJD6
Доступные структуры ПДБ Поиск ортологов: PDBe RCSB showСписок идентификационных кодов PDB 3K2O, 3LD8, 3LDB
Идентификаторы
Псевдонимы	JMJD6 , PSR, PTDSR, PTDSR1, аргининдеметилаза и лизингидроксилаза, домен jumonji, содержащий 6, аргининдеметилаза и лизингидроксилаза
Внешние идентификаторы	Опустить : 604914 ; МГИ : 1858910 ; Гомологен : 9046 ; Генные карты : JMJD6 ; OMA : JMJD6 — ортологи
showМестоположение гена ( человек ) Chr. Chromosome 17 (human) Band 17q25.1 Start 76,712,832 bp End 76,726,799 bp
showМестоположение гена ( Мышь ) Chr. Chromosome 11 (mouse) Band 11 E2|11 81.49 cM Start 116,728,258 bp End 116,734,275 bp
show экспрессии РНК Характер Bgee Human Mouse (ortholog) Top expressed in saphenous vein vena cava gastric mucosa muscle layer of sigmoid colon trachea pericardium popliteal artery tibial arteries right auricle anterior pituitary Top expressed in otic vesicle otic placode saccule yolk sac epiblast morula zygote embryo embryo granulocyte More reference expression data BioGPS More reference expression data
showГенная онтология Molecular function iron ion binding protein homodimerization activity dioxygenase activity metal ion binding histone H3-methyl-arginine-2 demethylase activity protein binding histone H3-methyl-arginine-3 demethylase activity single-stranded RNA binding RNA binding identical protein binding oxidoreductase activity peptidyl-lysine 5-dioxygenase activity histone demethylase activity signaling receptor activity transcription coactivator activity demethylase activity oxidative RNA demethylase activity P-TEFb complex binding Cellular component cytosol plasma membrane nucleoplasm nucleolus nucleus ribonucleoprotein complex cytoplasm Biological process recognition of apoptotic cell cell differentiation regulation of transcription, DNA-templated T cell differentiation in thymus kidney development lung development histone H3-R2 demethylation mRNA processing sprouting angiogenesis regulation of mRNA splicing, via spliceosome transcription, DNA-templated histone H4-R3 demethylation multicellular organism development apoptotic cell clearance heart development cell surface receptor signaling pathway blood vessel development retina development in camera-type eye RNA splicing macrophage activation peptidyl-lysine hydroxylation to 5-hydroxy-L-lysine erythrocyte development chromatin organization positive regulation of transcription, DNA-templated protein demethylation oxidative RNA demethylation positive regulation of transcription by RNA polymerase II protein homooligomerization Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи Разновидность Человек Мышь Входить 23210 107817 Вместе ENSG00000070495 ENSMUSG00000056962 ЮниПрот Q6NYC1 Q9ERI5 RefSeq (мРНК) НМ_001081461 НМ_015167 НМ_033398 НМ_001363363 RefSeq (белок) НП_001074930 НП_055982 НП_203971 НП_001350292 Местоположение (UCSC) Чр 17: 76,71 – 76,73 Мб Чр 11: 116,73 – 116,73 Мб в PubMed Поиск
Викиданные
Просмотр/редактирование человека Просмотр/редактирование мыши

Бифункциональная аргининдеметилаза и лизилгидроксилаза JMJD6 представляет собой фермент , который у человека кодируется JMJD6 геном .

Функция

Этот ген кодирует ядерный белок с доменом JmjC . Белки, содержащие домен JmjC, относятся к суперсемейству альфа-кетоглутарат-зависимых гидроксилаз . Предполагается, что они будут функционировать как протеингидроксилазы или гистонов деметилазы . Этот белок был впервые идентифицирован как предполагаемый рецептор фосфатидилсерина, участвующий в фагоцитозе апоптотических клеток . Последующие исследования показали, что белок может перекрестно реагировать с моноклональными антителами, которые распознают рецептор фосфатидилсерина и не участвуют непосредственно в удалении апоптотических клеток. Для этого гена обнаружено множество вариантов транскрипта, кодирующих разные изоформы. На физиологическом уровне JMJD6 играет роль в ангиогенезе, процессе формирования сосудов, тогда как другие роли JMJD6 были вовлечены в патофизиологические процессы, такие как опухолеобразование молочной железы. Здесь повышенный уровень JMJD6 был обнаружен при раке молочной железы, связанном с агрессивностью и метастазированием у мышей.

Дальнейшее чтение

• Бекель Дж.Н., Гуарани В., Коянаги М., Роксе Т., Ленгелинг А., Шермули Р.Т., Геллерт П., Браун Т., Зейхер А., Диммелер С. (февраль 2011 г.). «Белок 6, содержащий домен Jumonji (Jmjd6), необходим для ангиогенного прорастания и регулирует сплайсинг VEGF-рецептора 1» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 108 (8): 3276–81. Бибкод : 2011PNAS..108.3276B . дои : 10.1073/pnas.1008098108 . ПМК   3044381 . ПМИД   21300889 .
• Уэбби С.Дж., Вольф А., Громак Н., Дрегер М., Крамер Х., Кесслер Б., Нильсен М.Л., Шмитц С., Батлер Д.С., Йейтс Дж.Р., Делаханти С.М., Хан П., Ленгелинг А., Манн М., Праудфут Н.Дж., Шофилд С.Дж., Беттгер А. (июль 2009 г.). «Jmjd6 катализирует лизил-гидроксилирование U2AF65, белка, связанного со сплайсингом РНК» (PDF) . Наука . 325 (5936): 90–3. Бибкод : 2009Sci...325...90W . дои : 10.1126/science.1175865 . hdl : 10033/78493 . ПМИД   19574390 . S2CID   38938528 .
• Захарова Л., Дадсетан С., Фомина А.Ф. (октябрь 2009 г.). «Эндогенный генный продукт Jmjd6 экспрессируется на поверхности клеток и регулирует фагоцитоз в незрелых моноцитоподобных активированных клетках THP-1». Журнал клеточной физиологии . 221 (1): 84–91. дои : 10.1002/jcp.21829 . ПМИД   19492415 . S2CID   12228555 .
• Хан П., Бёзе Дж., Эдлер С., Ленгелинг А. (2008). «Геномная структура и экспрессия Jmjd6 и эволюционный анализ в контексте родственных белков, содержащих домен JmjC» . БМК Геномика . 9 : 293. дои : 10.1186/1471-2164-9-293 . ПМЦ   2453528 . ПМИД   18564434 .
• Чанг Б., Чен Ю, Чжао Ю, Бруик Р.К. (октябрь 2007 г.). «JMJD6 представляет собой аргининдеметилазу гистонов». Наука . 318 (5849): 444–7. Бибкод : 2007Sci...318..444C . дои : 10.1126/science.1145801 . ПМИД   17947579 . S2CID   35792729 .
• Клозе Р.Дж., Каллин Э.М., Чжан Ю (сентябрь 2006 г.). «Белки, содержащие домен JmjC, и деметилирование гистонов». Обзоры природы Генетика . 7 (9): 715–27. дои : 10.1038/nrg1945 . ПМИД   16983801 . S2CID   30005607 .
• Уильямсон П., Шлегель Р.А. (2005). «Прятки: тайна личности рецептора фосфатидилсерина» . Журнал биологии . 3 (4): 14. дои : 10.1186/jbiol14 . ПМК   549716 . ПМИД   15453906 .
• Бёзе Дж., Грубер А.Д., Хельминг Л., Шибе С., Вегенер И., Хафнер М., Билс М., Кёнтген Ф., Ленгелинг А. (2005). «Фосфатидилсериновые рецепторы выполняют важные функции во время эмбриогенеза, но не при апоптотическом удалении клеток» . Журнал биологии . 3 (4): 15. дои : 10.1186/jbiol10 . ПМК   549712 . ПМИД   15345036 .
• Нагасе Т., Исикава К., Миядзима Н., Танака А., Котани Х., Номура Н., Охара О (февраль 1998 г.). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неопознанных генов человека. IX. Полные последовательности 100 новых клонов кДНК из мозга, которые могут кодировать большие белки in vitro» . Исследование ДНК . 5 (1): 31–9. дои : 10.1093/dnares/5.1.31 . ПМИД   9628581 .
• Фадок В.А., Брэттон Д.Л., Роуз Д.М., Пирсон А., Иезекевиц Р.А., Хенсон П.М. (май 2000 г.). «Рецептор для фосфатидилсерин-специфического клиренса апоптотических клеток». Природа . 405 (6782): 85–90. Бибкод : 2000Natur.405...85F . дои : 10.1038/35011084 . ПМИД   10811223 . S2CID   205006217 .
• Аджмоне-Кэт М.А., Де Симоне Р., Николини А., Мингетти Л. (январь 2003 г.). «Влияние фосфатидилсерина на митоген-активируемую протеинкиназу р38, белок, связывающий элемент циклического АМФ, и активацию ядерного фактора-каппаВ в покоящихся и активированных клетках микроглии». Журнал нейрохимии . 84 (2): 413–6. дои : 10.1046/j.1471-4159.2003.01562.x . ПМИД   12559004 . S2CID   29957905 .
• Чан А., Сеген Р., Магнус Т., Пападимитриу С., Тойка К.В., Антел Дж.П., Голд Р. (сентябрь 2003 г.). «Фагоцитоз апоптотических воспалительных клеток микроглией и его терапевтическое значение: прекращение аутоиммунного воспаления ЦНС и модуляция бета-интерфероном» . Глия . 43 (3): 231–42. дои : 10.1002/glia.10258 . ПМИД   12898702 . S2CID   9085775 .
• Ван X, Ву Ю.К., Фадок В.А., Ли MC, Гэнгё-Андо К., Ченг Л.К., Ледвич Д., Сюй ПК, Чен Ю.И., Чжоу Б.К., Хенсон П., Митани С., Сюэ Д. (ноябрь 2003 г.). «Поглощение трупа клетки, опосредованное фосфатидилсериновым рецептором C. elegans через CED-5 и CED-12» (PDF) . Наука . 302 (5650): 1563–6. Бибкод : 2003Sci...302.1563W . дои : 10.1126/science.1087641 . PMID   14645848 . S2CID   25672278 .
• Цуй П, Цинь Б, Лю Н, Пан Г, Пей Д (февраль 2004 г.). «Ядерная локализация белка рецептора фосфатидилсерина посредством множественных сигналов ядерной локализации». Экспериментальные исследования клеток . 293 (1): 154–63. дои : 10.1016/j.yexcr.2003.09.023 . ПМИД   14729065 .
• Цао ВМ, Мурао К., Имати Х., Хирамин С., Абэ Х., Ю Х, Добаши Х., Вонг Н.К., Такахара Дж., Исида Т. (апрель 2004 г.). «Рецептор фосфатидилсерина взаимодействует с рецептором липопротеинов высокой плотности при распознавании апоптотических клеток кормящими клетками тимуса» . Журнал молекулярной эндокринологии . 32 (2): 497–505. дои : 10.1677/jme.0.0320497 . ПМИД   15072554 .
• Чикала М., Александрова О., Дэвид К.Н., Прешель М., Стининг Б., Крамер П., Бёттгер А. (июнь 2004 г.). «Фосфатидилсериновый рецептор гидры представляет собой ядерный белок с потенциальной Fe (II)-зависимой оксигеназной активностью» . Клеточная биология BMC . 5:26 . дои : 10.1186/1471-2121-5-26 . ПМК   442123 . ПМИД   15193161 .
• Хун-младший, Лин Г.Х., Линь С.Дж., Ван В.П., Ли Си-Си, Линь Т.Л., Ву Дж.Л. (ноябрь 2004 г.). «Фосфатидилсериновый рецептор необходим для поглощения мертвых апоптотических клеток и для нормального эмбрионального развития у рыбок данио». Разработка . 131 (21): 5417–27. дои : 10.1242/dev.01409 . ПМИД   15469976 . S2CID   11188261 .
• Кенингер Дж., Балаз П., Вагнер М., Ши X, Чима I, Циммерманн А., ди Себастьяно П., Бюхлер М.В., Фрисс Х. (январь 2005 г.). «Фосфатидилсериновые рецепторы при хроническом панкреатите: доказательства независимой роли макрофагов» . Анналы хирургии . 241 (1): 144–51. дои : 10.1097/01.sla.0000149304.89456.5a . ПМЦ   1356857 . ПМИД   15622002 .