КДМ4А

КДМ4А
Доступные структуры
ПДБ	Поиск ортологов: PDBe RCSB
showСписок идентификационных кодов PDB
	2GF7, 2GFA, 2GP3, 2GP5, 2OQ6, 2OQ7, 2OS2, 2OT7, 2OX0, 2P5B, 2PXJ, 2Q8C, 2Q8D, 2Q8E, 2QQR, 2QQS, 2VD7, 2WWJ, 2YBK, 2YBP, 2YBS, 3NJY, 3PDQ, 3RVH, 3U4S, 4AI9, 4BIS, 4GD4, 4URA, 4V2V, 4V2W, 5D6X, 5F5I, 5A7S, 5F2S, 5A7N, 5A7Q, 5A7O, 5F2W, 5D6W, 5F32, 5FPV, 5A7P, 5A7W, 5F3I, 5A80, 5F37, 5F3E, 5F39, 5F3G, 5F3C, 5D6Y, 5FYC, 5FYI, 5FY8, 5FWE, 5ANQ, 5FYH
Идентификаторы
Псевдонимы	KDM4A , JHDM3A, JMJD2, JMJD2A, TDRD14A, лизиндеметилаза 4А
Внешние идентификаторы	Опустить : 609764 ; МГИ : 2446210 ; Гомологен : 27780 ; Генные карты : KDM4A ; ОМА : КДМ4А – ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 1 (human)
End	43,705,518 bp
showМестоположение гена ( Мышь )
Chr.	Chromosome 4 (mouse)
End	118,037,240 bp
show экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	ganglionic eminence; ; ventricular zone; ; right adrenal cortex; ; mucosa of transverse colon; ; rectum; ; left adrenal gland; ; islet of Langerhans; ; stromal cell of endometrium; ; left adrenal cortex; ; smooth muscle tissue;
	Top expressed in
	hand; ; ventricular zone; ; granulocyte; ; molar; ; epithelium of small intestine; ; ganglionic eminence; ; neural layer of retina; ; foot; ; otolith organ; ; utricle;
	More reference expression data
	; ;
	More reference expression data
showГенная онтология
Molecular function	dioxygenase activity; metal ion binding; methylated histone binding; protein binding; histone H3-methyl-lysine-36 demethylase activity; oxidoreductase activity; ubiquitin protein ligase binding; histone H3-methyl-lysine-9 demethylase activity; zinc ion binding; histone demethylase activity; DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific; chromatin binding;
Cellular component	nucleoplasm; fibrillar center; cytosol; nucleus; pericentric heterochromatin; cytoplasm; histone methyltransferase complex;
Biological process	histone demethylation; regulation of transcription, DNA-templated; negative regulation of gene expression; transcription, DNA-templated; viral process; negative regulation of transcription, DNA-templated; negative regulation of autophagy; histone H3-K9 demethylation; histone H3-K36 demethylation; chromatin organization; negative regulation of transcription by RNA polymerase II; positive regulation of gene expression; cardiac muscle hypertrophy in response to stress; response to nutrient levels; positive regulation of neuron differentiation; negative regulation of astrocyte differentiation; negative regulation of cell death; negative regulation of histone H3-K9 trimethylation; chromatin remodeling;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	9682
	230674
	ENSG00000066135
	ENSMUSG00000033326
	О75164
	Q8BW72
	НМ_014663
	НМ_001161823 ; НМ_172382
	НП_055478
	НП_001155295 ; НП_759014
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Лизин-специфическая деметилаза 4А — это фермент , который у человека кодируется KDM4A геном . ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}^{[ 7 ]}

Функция

Этот ген является членом семейства доменов Jumonji 2 (JMJD2) и кодирует белок с доменом JmjN, доменом JmjC, доменом JD2H, двумя доменами TUDOR и двумя цинковыми пальцами типа PHD. Этот ядерный белок принадлежит к суперсемейству альфа-кетоглутарат-зависимых гидроксилаз . Он действует как деметилаза , специфичная для триметилирования , превращая специфические триметилированные остатки гистона H3 лизина 9 и 36 в диметилированную форму, а диметилированные остатки лизина 9 в монометил, а также в качестве репрессора транскрипции. ^{[ 7 ]}

Было обнаружено, что изменения в этом гене связаны с хромосомной нестабильностью, которая приводит к раку. ^{[ 8 ]}

У людей роль Kdm4a как онкогена или гена, связанного с раком, хорошо известна. Он участвует в опухолях предстательной железы, где он сверхэкспрессируется. ^{[ 9 ]} и стимулирует пролиферацию клеток рака толстой кишки, что способствует образованию самой опухоли. ^{[ 10 ]} В клеточных линиях рака легких, где Kdm4a также сверхэкспрессируется, он координирует свои действия с другими онкогенами (например, Ras ) для трансформации нормальных клеток в раковые путем ингибирования путей супрессора опухоли, таких как p53 . ^{[ 11 ]} Подавление Kdm4a в клеточных линиях рака молочной железы снижает пролиферацию раковых клеток за счет остановки клеточного цикла и уменьшает миграцию и инвазию опухоли. ^{[ 12 ]}

На моделях мышей Kdm4a влияет на различные процессы, ведущие к имплантации эмбриона. ^{[ 13 ]} Экспрессия этого гена наблюдается во всех тканях, имеющих решающее значение для женской репродуктивной системы, включая гипоталамус, гипофиз, яичники, яйцеводы и матку, а также в эмбриональном развитии. Нокаут этого гена у самок мышей отрицательно влияет на поддержание среды материнской матки, подходящей для получения и имплантации бластоцисты . Он также мешает раннему эмбриональному развитию детенышей самок мышей до имплантации, что приводит к бесплодию. Хотя механизмы нормальной овуляции и оплодотворения остаются неизменными, бесплодие также может быть частично связано со снижением уровня пролактина , гормона, имеющего решающее значение в процессе беременности. Нокаут Kdm4a не влияет на фертильность или жизнеспособность детенышей мужского пола. ^{[ 13 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000066135 – Ensembl , май 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000033326 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Исикава К., Нагасе Т., Суяма М., Миядзима Н., Танака А., Котани Х., Номура Н., Охара О (июнь 1998 г.). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неопознанных генов человека. X. Полные последовательности 100 новых клонов кДНК из мозга, которые могут кодировать большие белки in vitro» . Исследование ДНК . 5 (3): 169–76. дои : 10.1093/dnares/5.3.169 . ПМИД 9734811 .
^ Като М, Като М (июнь 2004 г.). «Идентификация и характеристика генов семейства JMJD2 in silico». Международный журнал онкологии . 24 (6): 1623–8. дои : 10.3892/ijo.25.3.759 . ПМИД 15138608 .
^ Jump up to: ^а ^б «Ген Энтрез: домен jumonji JMJD2A, содержащий 2A» .
^ Блэк Дж.С., Мэннинг А.Л., Ван Рехем С., Ким Дж., Лэдд Б., Чо Дж., Пинеда СМ, Мерфи Н., Дэниелс Д.Л., Монтанья С., Льюис П.В., Гласс К., Эллис CD, Дайсон Н.Дж., Гетц Дж., Уэтстайн Дж.Р. (2013) ). «Лизиндеметилаза KDM4A индуцирует увеличение сайт-специфических копий и ререпликацию областей, амплифицированных в опухолях» . Клетка . 154 (3): 541–55. дои : 10.1016/j.cell.2013.06.051 . ПМЦ 3832053 . ПМИД 23871696 .
^ Клоос П.А., Кристенсен Дж., Аггер К., Майолика А., Раппсилбер Дж. , Торбен А., Хансен К.Х., Хелин К. (28 мая 2006 г.). «Предполагаемый онкоген GASC1 деметилирует три- и диметилированный лизин 9 на гистоне H3». Природа . 442 (2006): 307–311. Бибкод : 2006Natur.442..307C . дои : 10.1038/nature04837 . ПМИД 16732293 . S2CID 2874903 .
^ Ким Т.Д., Шин С., Берри В.Л., О С., Янкнехт Р. (1 декабря 2011 г.). «Деметилаза JMJD2A регулирует апоптоз и пролиферацию клеток рака толстой кишки». Журнал клеточной биохимии . 113 (4): 1368–1376. дои : 10.1002/jcb.24009 . ПМИД 22134899 . S2CID 25318400 .
^ Маллетт Ф.А., Ричард С. (15 ноября 2012 г.). «JMJD2A способствует клеточной трансформации, блокируя клеточное старение посредством транскрипционной репрессии опухолевого супрессора CHD5» . Отчеты по ячейкам . 2 (5): 1233–1243. дои : 10.1016/j.celrep.2012.09.033 . ПМИД 23168260 .
^ Ли BX, Чжан MC, Луо CL, Ян П, Ли Х, Сюй ХМ, Сюй ХФ, Шэнь ЮВ, Сюэ AM, Чжао ZQ (3 октября 2011 г.). «Эффекты подавления гена JMJD2A, опосредованного РНК-интерференцией, на линию клеток рака молочной железы человека MDA-MB-231 in vitro» . Журнал экспериментальных и клинических исследований рака . 30 (2011): 90. doi : 10.1186/1756-9966-30-90 . ПМК 3215938 . ПМИД 21962223 .
^ Jump up to: ^а ^б Санкар А., Коистра С.М., Гонсалес Х.М., Олссон С., Путанен М., Хелин К. (2017). «Материнская экспрессия деметилазы гистонов Kdm4a имеет решающее значение для предимплантационного развития» . Разработка . 144 (2017): 3264–3277. дои : 10.1242/dev.155473 . ПМИД 28827393 .

Дальнейшее чтение

Бональдо М.Ф., Леннон Дж., Соарес М.Б. (сентябрь 1996 г.). «Нормализация и вычитание: два подхода к открытию генов» . Геномные исследования . 6 (9): 791–806. дои : 10.1101/гр.6.9.791 . ПМИД 8889548 .
Юн Х.Г., Чан Д.В., Рейнольдс А.Б., Цинь Дж., Вонг Дж. (сентябрь 2003 г.). «N-CoR опосредует зависимую от метилирования ДНК репрессию через метил-CpG-связывающий белок Kaiso» . Молекулярная клетка . 12 (3): 723–34. doi : 10.1016/j.molcel.2003.08.008 . ПМИД 14527417 .
Бранденбергер Р., Вэй Х., Чжан С., Лей С., Мураж Дж., Фиск Г.Дж., Ли Ю, Сюй С., Фанг Р., Гуглер К., Рао М.С., Мандалам Р., Лебковски Дж., Стэнтон Л.В. (июнь 2004 г.). «Описание характеристик транскриптома проясняет сигнальные сети, которые контролируют рост и дифференцировку ES-клеток человека». Природная биотехнология . 22 (6): 707–16. дои : 10.1038/nbt971 . ПМИД 15146197 . S2CID 27764390 .
Сузуки Ю, Ямасита Р, Широта М, Сакакибара Ю, Тиба Дж, Мидзусима-Сугано Дж, Накаи К, Сугано С (сентябрь 2004 г.). «Сравнение последовательностей генов человека и мыши обнаруживает гомологичную блочную структуру в областях промотора» . Геномные исследования . 14 (9): 1711–8. дои : 10.1101/гр.2435604 . ПМК 515316 . ПМИД 15342556 .
Грей С.Г., Чёрч А.Х., Лискано Ф., Вильянуэва Р., Камело С., Дзингу Х., Тех Б.Т., Койбучи Н., Чин В.В., Коккотоу Е., Дангонд Ф. (август 2005 г.). «Функциональная характеристика JMJD2A, белка, связывающего деацетилазу гистонов и ретинобластому» . Журнал биологической химии . 280 (31): 28507–18. дои : 10.1074/jbc.M413687200 . ПМИД 15927959 .
Чжан Д., Юн Х.Г., Вонг Дж. (август 2005 г.). «JMJD2A представляет собой новый белок, взаимодействующий с N-CoR, который участвует в репрессии гомолога 2 человеческого фактора транскрипции achaete scute-like (ASCL2/Hash2)» . Молекулярная и клеточная биология . 25 (15): 6404–14. дои : 10.1128/MCB.25.15.6404-6414.2005 . ПМК 1190321 . ПМИД 16024779 .
Тао В.А., Воллшайд Б., О'Брайен Р., Энг Дж.К., Ли XJ, Боденмиллер Б., Уоттс Дж.Д., Худ Л., Эберсолд Р. (август 2005 г.). «Количественный анализ фосфопротеома с использованием химии конъюгации дендримеров и тандемной масс-спектрометрии». Природные методы . 2 (8): 591–8. дои : 10.1038/nmeth776 . ПМИД 16094384 . S2CID 20475874 .
Ким Дж., Дэниел Дж., Эспехо А., Лейк А., Кришна М., Ся Л., Чжан Ю., Бедфорд М.Т. (апрель 2006 г.). «Тюдор, МБТ и хромодомены определяют степень метилирования лизина» . Отчеты ЭМБО . 7 (4): 397–403. дои : 10.1038/sj.embor.7400625 . ПМК 1456902 . ПМИД 16415788 .
Хуан Ю, Фанг Дж, Бедфорд М.Т., Чжан Ю, Сюй Р.М. (май 2006 г.). «Распознавание метилирования лизина-4 гистона H3 двойным тюдоровским доменом JMJD2A». Наука . 312 (5774): 748–51. Бибкод : 2006Sci...312..748H . дои : 10.1126/science.1125162 . ПМИД 16601153 . S2CID 20036710 .
Уэтстин Дж.Р., Ноттке А., Лан Ф., Уарте М., Смоликов С., Чен З., Спунер Э., Ли Э., Чжан Г., Колаяково М., Ши Ю. (май 2006 г.). «Обращение триметилирования лизина гистонов семейством деметилаз гистонов JMJD2» . Клетка . 125 (3): 467–81. дои : 10.1016/j.cell.2006.03.028 . ПМИД 16603238 .
Чен З, Занг Дж, Уэтстин Дж, Хонг Х, Давразу Ф, Кутателадзе Т.Г., Симпсон М, Мао К, Пан Ч., Дай С., Хэгман Дж., Хансен К., Ши Ю, Чжан Г (май 2006 г.). «Структурные данные о деметилировании гистонов членами семейства JMJD2» . Клетка . 125 (4): 691–702. дои : 10.1016/j.cell.2006.04.024 . ПМИД 16677698 .
Клозе Р.Дж., Ямане К., Бэ Й., Чжан Д., Эрджумент-Бромаж Х., Темпст П., Вонг Дж., Чжан Й. (июль 2006 г.). «Репрессор транскрипции JHDM3A деметилирует триметилгистон H3, лизин 9 и лизин 36». Природа . 442 (7100): 312–6. Бибкод : 2006Natur.442..312K . дои : 10.1038/nature04853 . ПМИД 16732292 . S2CID 4399312 .
Шин С., Янкнехт Р. (август 2007 г.). «Активация андрогенного рецептора гистоновыми деметилазами JMJD2A и JMJD2D». Связь с биохимическими и биофизическими исследованиями . 359 (3): 742–6. дои : 10.1016/j.bbrc.2007.05.179 . ПМИД 17555712 .
Чен З, Занг Дж, Капплер Дж, Хун Х, Кроуфорд Ф, Ван Ц, Лан Ф, Цзян С, Уэтстин Дж, Дай С, Хансен К, Ши Ю, Чжан Г (июнь 2007 г.). «Структурная основа распознавания метилированного хвоста гистона JMJD2A» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 104 (26): 10818–23. Бибкод : 2007PNAS..10410818C . дои : 10.1073/pnas.0704525104 . ЧВК 1891149 . ПМИД 17567753 .
Нг СС, Кавана К.Л., Макдонаф М.А., Батлер Д., Пилка Э.С., Лиенард Б.М., Брэй Дж.Э., Савицкий П., Гилеади О., фон Делфт Ф., Роуз Н.Р., Оффер Дж., Шейност Дж.К., Боровски Т., Сандстрем М., Шофилд С.Дж., Опперманн У (июль 2007 г.). «Кристаллические структуры деметилазы гистонов JMJD2A раскрывают основу субстратной специфичности». Природа . 448 (7149): 87–91. Бибкод : 2007Natur.448...87N . дои : 10.1038/nature05971 . ПМИД 17589501 . S2CID 4331492 .
Ли Дж., Томпсон Дж.Р., Ботуян М.В., Мер Дж. (январь 2008 г.). «Различные режимы связывания определяют распознавание метилированных гистонов H3K4 и H4K20 с помощью JMJD2A-tudor» . Структурная и молекулярная биология природы . 15 (1): 109–11. дои : 10.1038/nsmb1326 . ПМК 2211384 . ПМИД 18084306 .

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000066135 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000033326 – Ensembl , май 2017 г.

[3] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid9734811-5] Исикава К., Нагасе Т., Суяма М., Миядзима Н., Танака А., Котани Х., Номура Н., Охара О (июнь 1998 г.). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неопознанных генов человека. X. Полные последовательности 100 новых клонов кДНК из мозга, которые могут кодировать большие белки in vitro» . Исследование ДНК . 5 (3): 169–76. дои : 10.1093/dnares/5.3.169 . ПМИД 9734811 .

[pmid15138608-6] Като М, Като М (июнь 2004 г.). «Идентификация и характеристика генов семейства JMJD2 in silico». Международный журнал онкологии . 24 (6): 1623–8. дои : 10.3892/ijo.25.3.759 . ПМИД 15138608 .

[entrez-7] Jump up to: ^а ^б «Ген Энтрез: домен jumonji JMJD2A, содержащий 2A» .

[8] Блэк Дж.С., Мэннинг А.Л., Ван Рехем С., Ким Дж., Лэдд Б., Чо Дж., Пинеда СМ, Мерфи Н., Дэниелс Д.Л., Монтанья С., Льюис П.В., Гласс К., Эллис CD, Дайсон Н.Дж., Гетц Дж., Уэтстайн Дж.Р. (2013) ). «Лизиндеметилаза KDM4A индуцирует увеличение сайт-специфических копий и ререпликацию областей, амплифицированных в опухолях» . Клетка . 154 (3): 541–55. дои : 10.1016/j.cell.2013.06.051 . ПМЦ 3832053 . ПМИД 23871696 .

[9] Клоос П.А., Кристенсен Дж., Аггер К., Майолика А., Раппсилбер Дж. , Торбен А., Хансен К.Х., Хелин К. (28 мая 2006 г.). «Предполагаемый онкоген GASC1 деметилирует три- и диметилированный лизин 9 на гистоне H3». Природа . 442 (2006): 307–311. Бибкод : 2006Natur.442..307C . дои : 10.1038/nature04837 . ПМИД 16732293 . S2CID 2874903 .

[10] Ким Т.Д., Шин С., Берри В.Л., О С., Янкнехт Р. (1 декабря 2011 г.). «Деметилаза JMJD2A регулирует апоптоз и пролиферацию клеток рака толстой кишки». Журнал клеточной биохимии . 113 (4): 1368–1376. дои : 10.1002/jcb.24009 . ПМИД 22134899 . S2CID 25318400 .

[11] Маллетт Ф.А., Ричард С. (15 ноября 2012 г.). «JMJD2A способствует клеточной трансформации, блокируя клеточное старение посредством транскрипционной репрессии опухолевого супрессора CHD5» . Отчеты по ячейкам . 2 (5): 1233–1243. дои : 10.1016/j.celrep.2012.09.033 . ПМИД 23168260 .

[12] Ли BX, Чжан MC, Луо CL, Ян П, Ли Х, Сюй ХМ, Сюй ХФ, Шэнь ЮВ, Сюэ AM, Чжао ZQ (3 октября 2011 г.). «Эффекты подавления гена JMJD2A, опосредованного РНК-интерференцией, на линию клеток рака молочной железы человека MDA-MB-231 in vitro» . Журнал экспериментальных и клинических исследований рака . 30 (2011): 90. doi : 10.1186/1756-9966-30-90 . ПМК 3215938 . ПМИД 21962223 .

[mice-13] Jump up to: ^а ^б Санкар А., Коистра С.М., Гонсалес Х.М., Олссон С., Путанен М., Хелин К. (2017). «Материнская экспрессия деметилазы гистонов Kdm4a имеет решающее значение для предимплантационного развития» . Разработка . 144 (2017): 3264–3277. дои : 10.1242/dev.155473 . ПМИД 28827393 .

[1]

[2]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

v т и Оксидоредуктазы : диоксигеназы , включая стероидные гидроксилазы ( EC 1.14)
1.14.11: 2-oxoglutarate	Prolyl hydroxylase HIF prolyl-hydroxylase EGLN1 EGLN2 EGLN3 P4HTM Lysyl hydroxylase AlkB ALKBH1 FTO
1.14.13: NADH or NADPH	Flavin-containing monooxygenase FMO1 FMO2 FMO3 FMO4 FMO5 Nitric oxide synthase NOS1 NOS2 NOS3 Cholesterol 7 alpha-hydroxylase Methane monooxygenase 3A4 14α-demethylase 24-hydroxycholesterol 7α-hydroxylase
1.14.14: reduced flavin or flavoprotein	19A1 2D6 2E1
1.14.15: reduced iron–sulfur protein	11B1 11B2 11A1
1.14.16: reduced pteridine (BH4 dependent)	Phenylalanine hydroxylase Tyrosine hydroxylase Tryptophan hydroxylase
1.14.17: reduced ascorbate	Dopamine beta-hydroxylase
1.14.18-19: other	Tyrosinase Stearoyl-CoA desaturase-1
1.14.99 - miscellaneous	Cyclooxygenase Heme oxygenase (HMOX1) Squalene monooxygenase 17A1 21A2 Ecdysone 20-monooxygenase Deoxyhypusine monooxygenase

v т и Ферменты
Activity	Active site Binding site Catalytic triad Oxyanion hole Enzyme promiscuity Diffusion-limited enzyme Cofactor Enzyme catalysis
Regulation	Allosteric regulation Cooperativity Enzyme inhibitor Enzyme activator
Classification	EC number Enzyme superfamily Enzyme family List of enzymes
Kinetics	Enzyme kinetics Eadie–Hofstee diagram Hanes–Woolf plot Lineweaver–Burk plot Michaelis–Menten kinetics
Types	EC1 Oxidoreductases (list) EC2 Transferases (list) EC3 Hydrolases (list) EC4 Lyases (list) EC5 Isomerases (list) EC6 Ligases (list) EC7 Translocases (list)