Тимин-ДНК-гликозилаза

ТДГ
Доступные структуры
ПДБ	Поиск Human UniProt: PDBe RCSB
showСписок идентификационных кодов PDB
	1WYW, 2D07, 2RBA, 3UFJ, 3UO7, 3UOB, 4FNC, 4JGC, 4XEG, 4Z3A, 4Z47, 4Z7B, 4Z7Z, 5CYS
Идентификаторы
Псевдонимы	TDG , hТимин-ДНК-гликозилаза, тимин-ДНК-гликозилаза
Внешние идентификаторы	Опустить : 601423 ; МГИ : 3645587 ; Гомологен : 2415 ; Генные карты : TDG ; ОМА : ТДГ — ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 12 (human)
End	103,988,874 bp
show экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	buccal mucosa cell; ; visceral pleura; ; tibia; ; endothelial cell; ; epithelium of nasopharynx; ; gingival epithelium; ; parietal pleura; ; amniotic fluid; ; germinal epithelium; ; hair follicle;
	n/a
	More reference expression data
	More reference expression data
showГенная онтология
Molecular function	protein homodimerization activity; transcription coregulator activity; damaged DNA binding; protein binding; double-stranded DNA binding; hydrolase activity; protein kinase C binding; transcription factor binding; DNA N-glycosylase activity; mismatched DNA binding; protein domain specific binding; DNA binding; magnesium ion binding; uracil DNA N-glycosylase activity; ATP binding; pyrimidine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity; sodium ion binding; chloride ion binding; SUMO binding; protein self-association; G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase activity;
Cellular component	PML body; plasma membrane; nucleoplasm; nucleus;
Biological process	regulation of transcription, DNA-templated; embryo development; negative regulation of chromatin binding; oxidative DNA demethylation; negative regulation of transcription by RNA polymerase II; negative regulation of protein binding; transcription, DNA-templated; cellular response to DNA damage stimulus; depyrimidination; DNA demethylation; base-excision repair; DNA repair; DNA mismatch repair; regulation of gene expression, epigenetic; base-excision repair, AP site formation; regulation of DNA N-glycosylase activity; chromatin organization; regulation of embryonic development;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	6996
	545124
	ENSG00000139372
	н/д
	Q13569
	н/д
	НМ_001008411 ; НМ_003211 ; НМ_001363612
	XM_006521630
	НП_003202 ; НП_001350541
	н/д
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

G/T-специфическая тимин-ДНК-гликозилаза — это фермент , который у человека кодируется TDG геном . ^{[ 4 ]}^{[ 5 ]}^{[ 6 ]} Некоторые бактериальные белки имеют сильную гомологию последовательностей с этим белком. ^{[ 7 ]}

Функция

Белок, кодируемый этим геном, принадлежит к семейству ДНК-гликозилаз TDG/mug . Тимин-ДНК-гликозилаза (TDG) удаляет тиминовые фрагменты из несоответствий G/T путем гидролиза углерод-азотной связи между сахаро-фосфатным остовом ДНК и неправильно спаренным тимином. При более низкой активности этот фермент также удаляет тимин из неправильных спариваний C/T и T/T. TDG также может удалять урацил и 5-бромурацил из-за неправильного спаривания с гуанином. Мышиные модели с нокаутом TDG не показали увеличения частоты неправильного спаривания, что позволяет предположить, что другие ферменты, такие как функциональный гомолог MBD4, могут обеспечивать функциональную избыточность. Этот ген может иметь псевдоген на плече p хромосомы 12. ^{[ 6 ]}

Кроме того, в 2011 году сообщалось, что тимин-ДНК-гликозилаза человека (hTDG) эффективно удаляет 5-формилцитозин (5fC) и 5-карбоксилцитозин (5caC), ключевые продукты окисления 5-метилцитозина в геномной ДНК. ^{[ 8 ]} Позднее была опубликована кристаллическая структура каталитического домена hTDG в комплексе с дуплексной ДНК, содержащей 5caC, что подтверждает роль TDG в деметилировании 5-метилцитозина млекопитающих. ^{[ 9 ]}

Взаимодействия

Было показано, что тимин-ДНК-гликозилаза взаимодействует с:

Интерактивная карта маршрутов

Нажмите на гены, белки и метаболиты ниже, чтобы перейти к соответствующим статьям. ^{[ § 1 ]}

[[Файл:

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

|alt=Фторурацил (5-ФУ) Редактирование активности ]]

активность Фторурацил (5-ФУ) Редактировать

^ Интерактивную карту маршрутов можно редактировать на WikiPathways: «Фторпиримидинактивность_WP1601» .

См. также

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000139372 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Неддерманн П., Галлинари П., Леттьери Т., Шмид Д., Труонг О., Сюань Дж. Дж., Вибауэр К., Джирични Дж. (август 1996 г.). «Клонирование и экспрессия человеческой тимин-ДНК-гликозилазы, специфичной для несоответствия G/T человека» . J Биол Хим . 271 (22): 12767–74. дои : 10.1074/jbc.271.22.12767 . ПМИД 8662714 .
^ Сард Л., Торниелли С., Галлинари П., Минолетти Ф., Джирични Дж., Леттьери Т., Пьеротти М.А., Соцци Г., Радиче П. (декабрь 1997 г.). «Хромосомная локализация и молекулярный анализ последовательностей, связанных с геном TDG». Геномика . 44 (2): 222–6. дои : 10.1006/geno.1997.4843 . ПМИД 9299239 .
^ Jump up to: ^а ^б «Ген Энтрез: TDG тимин-ДНК-гликозилаза» .
^ Галлинари П., Ирични Дж. (октябрь 1996 г.). «Новый класс урацил-ДНК-гликозилаз, родственный человеческой тимин-ДНК-гликозилазе». Природа . 383 (6602): 735–8. Бибкод : 1996Natur.383..735G . дои : 10.1038/383735a0 . ПМИД 8878487 . S2CID 4235485 .
^ Хэ YF, Ли BZ, Ли Z, Лю П, Ван Y, Тан Q, Дин J, Цзя Y, Чэнь Z, Ли L, Сунь Y, Ли X, Дай Q, Сонг CX, Чжан К, Хэ C, Сюй GL (сентябрь 2011 г.). «Tet-опосредованное образование 5-карбоксилцитозина и его удаление TDG в ДНК млекопитающих» . Наука . 333 (6047): 1303–7. Бибкод : 2011Sci...333.1303H . дои : 10.1126/science.1210944 . ПМЦ 3462231 . ПМИД 21817016 .
^ Чжан Л, Лу Х, Лу Дж, Лян Х, Дай Ц, Сюй ГЛ, Луо С, Цзян Х, Хэ С (февраль 2012 г.). «Тимин ДНК-гликозилаза специфически распознает ДНК, модифицированную 5-карбоксилцитозином» . Химическая биология природы . 8 (4): 328–30. дои : 10.1038/nchembio.914 . ПМК 3307914 . ПМИД 22327402 .
^ Тини М., Бенеке А., Ум С.Дж., Торчиа Дж., Эванс Р.М., Шамбон П. (февраль 2002 г.). «Ассоциация ацетилазы CBP/p300 и тиминовой ДНК-гликозилазы связывает репарацию и транскрипцию ДНК» . Мол. Клетка . 9 (2): 265–77. дои : 10.1016/S1097-2765(02)00453-7 . ПМИД 11864601 .
^ Чен Д., Люси М.Дж., Феникс Ф., Лопес-Гарсия Дж., Харт С.М., Лоссон Р., Булувела Л., Кумбс Р.К., Шамбон П., Шер П., Али С. (октябрь 2003 г.). «Тимин-ДНК-гликозилаза, специфичная для несоответствия T:G, усиливает транскрипцию генов, регулируемых эстрогеном, посредством прямого взаимодействия с рецептором эстрогена альфа» . Ж. Биол. Хим . 278 (40): 38586–92. дои : 10.1074/jbc.M304286200 . ПМИД 12874288 .
^ Такахаши Х., Хатакеяма С., Сайто Х., Накаяма К.И. (февраль 2005 г.). «Нековалентная SUMO-1-связывающая активность тимин-ДНК-гликозилазы (TDG) необходима для ее модификации SUMO-1 и колокализации с белком промиелоцитарного лейкоза» . Ж. Биол. Хим . 280 (7): 5611–21. дои : 10.1074/jbc.M408130200 . ПМИД 15569683 .
^ Jump up to: ^а ^б Харделанд У., Штайнахер Р., Йирични Дж., Шер П. (март 2002 г.). «Модификация тимин-ДНК-гликозилазы человека убиквитиноподобными белками облегчает ферментативный обмен» . ЭМБО Дж . 21 (6): 1456–64. дои : 10.1093/emboj/21.6.1456 . ПМК 125358 . ПМИД 11889051 .
^ Минти А., Дюмон Икс, Кагад М., Капут Д. (ноябрь 2000 г.). «Ковалентная модификация p73альфа с помощью SUMO-1. Двухгибридный скрининг с помощью p73 идентифицирует новые белки, взаимодействующие с SUMO-1, и мотив взаимодействия SUMO-1» . Ж. Биол. Хим . 275 (46): 36316–23. дои : 10.1074/jbc.M004293200 . ПМИД 10961991 .

Дальнейшее чтение

Линдал Т. (1982). «Ферменты репарации ДНК» . Анну. Преподобный Биохим . 51 : 61–87. дои : 10.1146/annurev.bi.51.070182.000425 . ПМИД 6287922 .
Харделанд У., Бентеле М., Леттьери Т. и др. (2001). «Тимин ДНК-гликозилаза». Базовый эксцизионный ремонт . Прогресс в исследованиях нуклеиновых кислот и молекулярной биологии. Том. 68. стр. 235–53. дои : 10.1016/S0079-6603(01)68103-0 . ISBN 978-0-12-540068-8 . ПМИД 11554300 . {{cite book}}: |journal= игнорируется ( помогите )
Шеврей П.М., Натанс Д. (1992). «Клонирование белкового взаимодействия в дрожжах: идентификация белков млекопитающих, которые реагируют с лейциновой застежкой Джуна» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 89 (13): 5789–93. Бибкод : 1992PNAS...89.5789C . дои : 10.1073/pnas.89.13.5789 . ПМК 402103 . ПМИД 1631061 .
Неддерманн П., Ирични Дж. (1994). «Эффективное удаление урацила из ошибочных пар GU с помощью тимин-ДНК-гликозилазы, специфичной для несовпадений, из клеток HeLa» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 91 (5): 1642–6. дои : 10.1073/pnas.91.5.1642 . ПМК 43219 . ПМИД 8127859 .
Неддерманн П., Йирични Дж (1993). «Очистка тимин-ДНК-гликозилазы, специфичной для ошибочного спаривания, из клеток HeLa» . Ж. Биол. Хим . 268 (28): 21218–24. дои : 10.1016/S0021-9258(19)36913-3 . ПМИД 8407958 .
Барретт Т.Э., Савва Р., Панайоту Г. и др. (1998). «Кристаллическая структура ДНК-гликозилазы, специфичной для несоответствия G:T/U: распознавание несоответствия посредством взаимодействий комплементарных цепей» . Клетка . 92 (1): 117–29. дои : 10.1016/S0092-8674(00)80904-6 . ПМИД 9489705 . S2CID 9136303 .
Миссеро С., Пирро М.Т., Симеоне С. и др. (2001). «ДНК-гликозилаза T:G, специфичная для несоответствия тимина, ДНК-гликозилаза подавляет транскрипцию, активируемую фактором транскрипции щитовидной железы-1» . Ж. Биол. Хим . 276 (36): 33569–75. дои : 10.1074/jbc.M104963200 . ПМИД 11438542 .
Тини М., Бенеке А., Ум С.Дж. и др. (2002). «Ассоциация ацетилазы CBP/p300 и тиминовой ДНК-гликозилазы связывает репарацию и транскрипцию ДНК» . Мол. Клетка . 9 (2): 265–77. дои : 10.1016/S1097-2765(02)00453-7 . ПМИД 11864601 .
Харделанд У., Штайнахер Р., Йирични Дж., Шер П. (2002). «Модификация тимин-ДНК-гликозилазы человека убиквитиноподобными белками облегчает ферментативный обмен» . ЭМБО Дж . 21 (6): 1456–64. дои : 10.1093/emboj/21.6.1456 . ПМК 125358 . ПМИД 11889051 .
Штраусберг Р.Л., Фейнгольд Е.А., Граус Л.Х. и др. (2003). «Получение и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 99 (26): 16899–903. Бибкод : 2002PNAS...9916899M . дои : 10.1073/pnas.242603899 . ПМК 139241 . ПМИД 12477932 .
Абу М., Уотерс Т.Р. (2003). «Основная роль тимин-ДНК-гликозилазы человека заключается в удалении тимина, образующегося в результате дезаминирования 5-метилцитозина, а не в удалении этиноцитозина» . Ж. Биол. Хим . 278 (10): 8739–44. дои : 10.1074/jbc.M211084200 . ПМИД 12493755 .
Симидзу Ю., Иваи С., Ханаока Ф., Сугасава К. (2003). «Белок группы C пигментной ксеродерма физически и функционально взаимодействует с тимин-ДНК-гликозилазой» . ЭМБО Дж . 22 (1): 164–73. дои : 10.1093/emboj/cdg016 . ПМК 140069 . ПМИД 12505994 .
Чен Д., Люси М.Дж., Феникс Ф. и др. (2003). «Тимин-ДНК-гликозилаза, специфичная для несоответствия T:G, усиливает транскрипцию генов, регулируемых эстрогеном, посредством прямого взаимодействия с рецептором эстрогена альфа» . Ж. Биол. Хим . 278 (40): 38586–92. дои : 10.1074/jbc.M304286200 . ПМИД 12874288 .
Ленер Б., Семпл Дж.И., Браун С.Е. и др. (2004). «Анализ высокопроизводительной дрожжевой двухгибридной системы и ее использование для прогнозирования функции внутриклеточных белков, кодируемых в области III класса MHC человека». Геномика . 83 (1): 153–67. дои : 10.1016/S0888-7543(03)00235-0 . ПМИД 14667819 .
Бранденбергер Р., Вэй Х., Чжан С. и др. (2005). «Описание характеристик транскриптома проясняет сигнальные сети, которые контролируют рост и дифференцировку ES-клеток человека». Нат. Биотехнология . 22 (6): 707–16. дои : 10.1038/nbt971 . ПМИД 15146197 . S2CID 27764390 .
Кжесняк М., Буткевич Д., Самоедный А. и др. (2005). «Полиморфизмы генов TDG и MGMT - эпидемиологическое и функциональное исследование у больных раком легких из Польши». Энн. Хм. Жене . 68 (Часть 4): 300–12. дои : 10.1046/j.1529-8817.2004.00079.x . ПМИД 15225156 . S2CID 35293833 .
Хэ YF, Ли BZ, Ли Z, Лю П, Ван Y, Тан Q, Дин J, Цзя Y, Чэнь Z, Ли L, Сунь Y, Ли X, Дай Q, Сонг CX, Чжан К, Хэ C, Сюй GL (сентябрь 2011 г.). «Tet-опосредованное образование 5-карбоксилцитозина и его удаление TDG в ДНК млекопитающих» . Наука . 333 (6047): 1303–7. Бибкод : 2011Sci...333.1303H . дои : 10.1126/science.1210944 . ПМЦ 3462231 . ПМИД 21817016 .
Чжан Л, Лу Х, Лу Дж, Лян Х, Дай Ц, Сюй ГЛ, Луо С, Цзян Х, Хэ С (февраль 2012 г.). «Тимин ДНК-гликозилаза специфически распознает ДНК, модифицированную 5-карбоксилцитозином» . Химическая биология природы . 8 (4): 328–30. дои : 10.1038/nchembio.914 . ПМК 3307914 . ПМИД 22327402 .
Сюй Дж., Кортеллино С., Трикарико Р., Чанг В.К., Шер Г., Девараджан К., Слифкер М., Мур Р., Басси М.Р., Каретти Е., Клэппер М., Купер Х., Беллакоса А. (сентябрь 2017 г.). «Тимин ДНК-гликозилаза (TDG) участвует в патогенезе опухолей кишечника со сниженной экспрессией APC» . Онкотаргет . 8 (52): 89988–89997. дои : 10.18632/oncotarget.21219 . ПМЦ 5685726 . ПМИД 29163805 .

[WikiPathways-15] Интерактивную карту маршрутов можно редактировать на WikiPathways: «Фторпиримидинактивность_WP1601» .

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000139372 – Ensembl , май 2017 г.

[2] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[3] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid8662714-4] Неддерманн П., Галлинари П., Леттьери Т., Шмид Д., Труонг О., Сюань Дж. Дж., Вибауэр К., Джирични Дж. (август 1996 г.). «Клонирование и экспрессия человеческой тимин-ДНК-гликозилазы, специфичной для несоответствия G/T человека» . J Биол Хим . 271 (22): 12767–74. дои : 10.1074/jbc.271.22.12767 . ПМИД 8662714 .

[pmid9299239-5] Сард Л., Торниелли С., Галлинари П., Минолетти Ф., Джирични Дж., Леттьери Т., Пьеротти М.А., Соцци Г., Радиче П. (декабрь 1997 г.). «Хромосомная локализация и молекулярный анализ последовательностей, связанных с геном TDG». Геномика . 44 (2): 222–6. дои : 10.1006/geno.1997.4843 . ПМИД 9299239 .

[entrez-6] Jump up to: ^а ^б «Ген Энтрез: TDG тимин-ДНК-гликозилаза» .

[pmid8878487-7] Галлинари П., Ирични Дж. (октябрь 1996 г.). «Новый класс урацил-ДНК-гликозилаз, родственный человеческой тимин-ДНК-гликозилазе». Природа . 383 (6602): 735–8. Бибкод : 1996Natur.383..735G . дои : 10.1038/383735a0 . ПМИД 8878487 . S2CID 4235485 .

[pmid3462231-8] Хэ YF, Ли BZ, Ли Z, Лю П, Ван Y, Тан Q, Дин J, Цзя Y, Чэнь Z, Ли L, Сунь Y, Ли X, Дай Q, Сонг CX, Чжан К, Хэ C, Сюй GL (сентябрь 2011 г.). «Tet-опосредованное образование 5-карбоксилцитозина и его удаление TDG в ДНК млекопитающих» . Наука . 333 (6047): 1303–7. Бибкод : 2011Sci...333.1303H . дои : 10.1126/science.1210944 . ПМЦ 3462231 . ПМИД 21817016 .

[pmid22327402-9] Чжан Л, Лу Х, Лу Дж, Лян Х, Дай Ц, Сюй ГЛ, Луо С, Цзян Х, Хэ С (февраль 2012 г.). «Тимин ДНК-гликозилаза специфически распознает ДНК, модифицированную 5-карбоксилцитозином» . Химическая биология природы . 8 (4): 328–30. дои : 10.1038/nchembio.914 . ПМК 3307914 . ПМИД 22327402 .

[pmid11864601-10] Тини М., Бенеке А., Ум С.Дж., Торчиа Дж., Эванс Р.М., Шамбон П. (февраль 2002 г.). «Ассоциация ацетилазы CBP/p300 и тиминовой ДНК-гликозилазы связывает репарацию и транскрипцию ДНК» . Мол. Клетка . 9 (2): 265–77. дои : 10.1016/S1097-2765(02)00453-7 . ПМИД 11864601 .

[pmid12874288-11] Чен Д., Люси М.Дж., Феникс Ф., Лопес-Гарсия Дж., Харт С.М., Лоссон Р., Булувела Л., Кумбс Р.К., Шамбон П., Шер П., Али С. (октябрь 2003 г.). «Тимин-ДНК-гликозилаза, специфичная для несоответствия T:G, усиливает транскрипцию генов, регулируемых эстрогеном, посредством прямого взаимодействия с рецептором эстрогена альфа» . Ж. Биол. Хим . 278 (40): 38586–92. дои : 10.1074/jbc.M304286200 . ПМИД 12874288 .

[pmid15569683-12] Такахаши Х., Хатакеяма С., Сайто Х., Накаяма К.И. (февраль 2005 г.). «Нековалентная SUMO-1-связывающая активность тимин-ДНК-гликозилазы (TDG) необходима для ее модификации SUMO-1 и колокализации с белком промиелоцитарного лейкоза» . Ж. Биол. Хим . 280 (7): 5611–21. дои : 10.1074/jbc.M408130200 . ПМИД 15569683 .

[pmid11889051-13] Jump up to: ^а ^б Харделанд У., Штайнахер Р., Йирични Дж., Шер П. (март 2002 г.). «Модификация тимин-ДНК-гликозилазы человека убиквитиноподобными белками облегчает ферментативный обмен» . ЭМБО Дж . 21 (6): 1456–64. дои : 10.1093/emboj/21.6.1456 . ПМК 125358 . ПМИД 11889051 .

[pmid10961991-14] Минти А., Дюмон Икс, Кагад М., Капут Д. (ноябрь 2000 г.). «Ковалентная модификация p73альфа с помощью SUMO-1. Двухгибридный скрининг с помощью p73 идентифицирует новые белки, взаимодействующие с SUMO-1, и мотив взаимодействия SUMO-1» . Ж. Биол. Хим . 275 (46): 36316–23. дои : 10.1074/jbc.M004293200 . ПМИД 10961991 .

[1]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ § 1 ]

v т и Ферменты
Активность	Активный сайт Связывающий сайт Каталитическая триада Оксианионная дырка Ферментная распущенность Фермент, ограниченный диффузией Кофактор Ферментативный катализ
Регулирование	Аллостерическая регуляция Кооперативность Ингибитор ферментов Активатор ферментов
Классификация	Номер ЕС Суперсемейство ферментов Семейство ферментов Список ферментов
Кинетика	Кинетика ферментов Диаграмма Иди – Хофсти Заговор Хейнса-Вульфа График Лайнуивера – Берка Кинетика Михаэлиса – Ментен
Типы	EC1 Оксидоредуктазы ( список ) EC2 Трансферазы ( список ) EC3 Гидролазы ( список ) EC4- лиазы ( список ) EC5 Изомеразы ( список ) EC6- лигазы ( список ) EC7 Транслоказы ( список )