КДМ2А

КДМ2А
Доступные структуры
ПДБ	Поиск ортологов: PDBe RCSB
показывать Список идентификационных кодов PDB
	2YU1, 2YU2, 4BBQ
Идентификаторы
Псевдонимы	KDM2A , CXXC8, FBL11, FBL7, FBXL11, JHDM1A, LILINA, лизиндеметилаза 2А
Внешние идентификаторы	Опустить : 605657 ; МГИ : 1354736 ; Гомологен : 56564 ; Генные карты : KDM2A ; ОМА : КДМ2А – ортологи
показывать Местоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 11 (human)
End	67,258,082 bp
показывать Местоположение гена ( Мышь )
Chr.	Chromosome 19 (mouse)
End	4,448,313 bp
показывать экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	amniotic fluid; ; germinal epithelium; ; tibia; ; buccal mucosa cell; ; sural nerve; ; nipple; ; visceral pleura; ; parietal pleura; ; mucosa of paranasal sinus; ; bone marrow cells;
	Top expressed in
	hand; ; genital tubercle; ; tail of embryo; ; aortic valve; ; ascending aorta; ; mesenteric lymph nodes; ; granulocyte; ; neural layer of retina; ; lumbar subsegment of spinal cord; ; ventricular zone;
	More reference expression data
	; ; ; ;
	More reference expression data
показывать Генная онтология
Molecular function	DNA binding; oxidoreductase activity; zinc ion binding; dioxygenase activity; metal ion binding; histone demethylase activity; protein binding; histone H3-methyl-lysine-36 demethylase activity; DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific;
Cellular component	nucleoplasm; nucleus;
Biological process	double-strand break repair via nonhomologous end joining; regulation of transcription, DNA-templated; histone H3-K36 demethylation; transcription, DNA-templated; chromatin organization; regulation of transcription by RNA polymerase II; negative regulation of transcription by competitive promoter binding; circadian regulation of gene expression; regulation of circadian rhythm; rhythmic process;
	Sources:Amigo / QuickGO
скрывать Ортологи
	22992
	225876
	ENSG00000173120
	ENSMUSG00000054611
	Q9Y2K7
	P59997
	НМ_001256405 ; НМ_012308
	НМ_001001984
	НП_001243334 ; НП_036440
	НП_001001984
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Лизин-специфическая деметилаза 2А (KDM2A), также известная как F-box и белок 11 с богатыми лейцином повторами (FBXL11), представляет собой фермент , который у людей кодируется KDM2A геном . ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}^{[ 7 ]} KDM2A является членом суперсемейства альфа-кетоглутарат-зависимых гидроксилаз , которые представляют собой негемовые железосодержащие белки.

Функция

Этот ген кодирует члена семейства белков F-бокса , который характеризуется мотивом, состоящим примерно из 40 аминокислот, F-боксом. Белки F-box составляют одну из четырех субъединиц убиквитинпротеинлигазного комплекса, называемого SCF (SKP1-куллин-F-box), которые функционируют в фосфорилирования зависимом от убиквитинировании . Белки F-box делятся на 3 класса: Fbws, содержащие домены WD-40 , Fbls, содержащие богатые лейцином повторы , и Fbxs, содержащие либо разные модули межбелкового взаимодействия, либо не содержащие распознаваемых мотивов. Белок, кодируемый этим геном, относится к классу Fbls и помимо F-бокса содержит по меньшей мере 6 сильно дегенерированных богатых лейцином повторов. ^{[ 7 ]}

FBXL11/KDM2A представляет собой 36 гистона H3 лизина фермент деметилазу . Ферментативная активность FBXL11/KDM2A основана на консервативном домене JmjC на N-конце белка, который координирует железо и альфа-кетоглутарат , катализируя деметилирование по механизму, основанному на гидроксилировании. ^{[ 8 ]} Недавно было продемонстрировано, что ДНК-связывающий домен ZF-CxxC в FBXL11/KDM2A обладает способностью взаимодействовать с неметилированной ДНК, и этот домен нацеливает FBXL11/KDM2A на островковые области CpG генома, где он специфически удаляет метилирование лизина 36 гистона H3. . ^{[ 9 ]} Этот механизм действует для создания хроматиновой среды на CpG-островках, которая выделяет эти регуляторные элементы и отличает их от нерегуляторных областей в больших сложных геномах млекопитающих. В исследовании гепатоцитов мышей было показано, что этот ген регулирует глюконеогенез в печени. ^{[ 10 ]}

Ссылки

^ Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000173120 – Ensembl , май 2017 г.
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000054611 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Нагасе Т., Исикава К., Суяма М., Кикуно Р., Хиросава М., Миядзима Н., Танака А., Котани Х., Номура Н., Охара О (июль 1999 г.). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неопознанных генов человека. XIII. Полные последовательности 100 новых клонов кДНК головного мозга, которые кодируют крупные белки in vitro» . ДНК Рез . 6 (1): 63–70. дои : 10.1093/dnares/6.1.63 . ПМИД 10231032 .
^ Уинстон Дж. Т., Кепп Д. М., Чжу С., Элледж С. Дж., Харпер Дж. В. (декабрь 1999 г.). «Семейство белков F-бокса млекопитающих» . Курр Биол . 9 (20): 1180–2. Бибкод : 1999CBio....9.1180W . дои : 10.1016/S0960-9822(00)80021-4 . ПМИД 10531037 . S2CID 14341845 .
^ Перейти обратно: ^а ^б «Ген Энтрез: F-бокс FBXL11 и повторяющийся белок 11, богатый лейцином» .
^ Цукада Ю., Фанг Дж., Эрджумент-Бромаж Х., Уоррен М.Э., Борчерс Ч., Темпст П., Чжан Ю. (февраль 2006 г.). «Деметилирование гистонов семейством белков, содержащих домен JmjC». Природа . 439 (7078): 811–6. Бибкод : 2006Natur.439..811T . дои : 10.1038/nature04433 . ПМИД 16362057 . S2CID 4415889 .
^ Блэкледж Н.П., Чжоу Дж.К., Толсторуков М.Ю., Фаркас А.М., Парк П.Дж., Клозе Р.Дж. (апрель 2010 г.). «Островки CpG рекрутируют деметилазу лизина 36 гистона H3» . Молекулярная клетка . 38 (2): 179–90. doi : 10.1016/j.molcel.2010.04.009 . ПМК 3098377 . ПМИД 20417597 .
^ Пан Д., Мао С., Цзоу Т., Яо А.Ю., Купер М.П., Боярчук В., Ван YX (2012). «Гистоновая деметилаза Jhdm1a регулирует глюконеогенез в печени» . ПЛОС Генетика . 8 (6): e1002761. дои : 10.1371/journal.pgen.1002761 . ПМЦ 3375226 . ПМИД 22719268 .

Дальнейшее чтение

Накадзима Д., Оказаки Н., Ямакава Х., Кикуно Р., Охара О., Нагасе Т. (2003). «Создание готовых к экспрессии клонов кДНК для генов KIAA: ручное курирование 330 клонов кДНК KIAA» . ДНК Рез . 9 (3): 99–106. дои : 10.1093/dnares/9.3.99 . ПМИД 12168954 .
Сенчарелли С., Чиаур Д.С., Гуардаваккаро Д., Паркс В., Видал М., Пагано М. (1999). «Идентификация семейства белков F-бокса человека» . Курс. Биол . 9 (20): 1177–9. Бибкод : 1999CBio....9.1177C . дои : 10.1016/S0960-9822(00)80020-2 . ПМИД 10531035 . S2CID 7467493 .
Ильин Г.П., Риалланд М., Голубь С., Гуген-Гийузо С. (2001). «Клонирование кДНК и анализ экспрессии новых членов семейства белков F-box млекопитающих». Геномика . 67 (1): 40–7. дои : 10.1006/geno.2000.6211 . ПМИД 10945468 .
Хаттори А., Окумура К., Нагасе Т., Кикуно Р., Хиросава М., Охара О (2001). «Характеристика длинных клонов кДНК из селезенки взрослого человека» . ДНК Рез . 7 (6): 357–66. дои : 10.1093/dnares/7.6.357 . ПМИД 11214971 .
Ватанабе Н., Араи Х., Нишихара Й., Танигучи М., Ватанабэ Н., Хантер Т., Осада Х. (2004). «Киназы М-фазы индуцируют фосфозависимое убиквитинирование соматического Wee1 с помощью SCFbeta-TrCP» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 101 (13): 4419–24. Бибкод : 2004PNAS..101.4419W . дои : 10.1073/pnas.0307700101 . ПМЦ 384762 . ПМИД 15070733 .
Колланд Ф., Жак Икс, Труплен В., Мужен С., Гроазело С., Гамбургер А., Мейл А., Войчик Дж., Легрен П., Готье Ж.М. (2004). «Функциональное протеомное картирование сигнального пути человека» . Геном Рез . 14 (7): 1324–32. дои : 10.1101/гр.2334104 . ПМК 442148 . ПМИД 15231748 .
Андерсен Дж.С., Лам Ю.В., Люнг А.К., Онг С.Е., Лион К.Э., Ламонд А.И., Манн М. (2005). «Динамика ядрышкового протеома». Природа . 433 (7021): 77–83. Бибкод : 2005Natur.433...77A . дои : 10.1038/nature03207 . ПМИД 15635413 . S2CID 4344740 .
Цукада Ю, Фанг Дж, Эрджумент-Бромаж Х, Уоррен М.Э., Борчерс Ч., Темпст П., Чжан Ю. (2006). «Деметилирование гистонов семейством белков, содержащих домен JmjC». Природа . 439 (7078): 811–6. Бибкод : 2006Natur.439..811T . дои : 10.1038/nature04433 . ПМИД 16362057 . S2CID 4415889 .
Олсен Дж.В., Благоев Б., Гнад Ф., Мачек Б., Кумар С., Мортенсен П., Манн М. (2006). «Глобальная, in vivo и сайт-специфическая динамика фосфорилирования в сигнальных сетях» . Клетка . 127 (3): 635–48. дои : 10.1016/j.cell.2006.09.026 . ПМИД 17081983 . S2CID 7827573 .

Эта статья о гене человека й хромосоме незавершена в 11 - . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[refGRCh38Ensembl-1] Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000173120 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000054611 – Ensembl , май 2017 г.

[3] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid10231032-5] Нагасе Т., Исикава К., Суяма М., Кикуно Р., Хиросава М., Миядзима Н., Танака А., Котани Х., Номура Н., Охара О (июль 1999 г.). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неопознанных генов человека. XIII. Полные последовательности 100 новых клонов кДНК головного мозга, которые кодируют крупные белки in vitro» . ДНК Рез . 6 (1): 63–70. дои : 10.1093/dnares/6.1.63 . ПМИД 10231032 .

[pmid10531037-6] Уинстон Дж. Т., Кепп Д. М., Чжу С., Элледж С. Дж., Харпер Дж. В. (декабрь 1999 г.). «Семейство белков F-бокса млекопитающих» . Курр Биол . 9 (20): 1180–2. Бибкод : 1999CBio....9.1180W . дои : 10.1016/S0960-9822(00)80021-4 . ПМИД 10531037 . S2CID 14341845 .

[entrez-7] Перейти обратно: ^а ^б «Ген Энтрез: F-бокс FBXL11 и повторяющийся белок 11, богатый лейцином» .

[pmid16362057-8] Цукада Ю., Фанг Дж., Эрджумент-Бромаж Х., Уоррен М.Э., Борчерс Ч., Темпст П., Чжан Ю. (февраль 2006 г.). «Деметилирование гистонов семейством белков, содержащих домен JmjC». Природа . 439 (7078): 811–6. Бибкод : 2006Natur.439..811T . дои : 10.1038/nature04433 . ПМИД 16362057 . S2CID 4415889 .

[pmid20417597-9] Блэкледж Н.П., Чжоу Дж.К., Толсторуков М.Ю., Фаркас А.М., Парк П.Дж., Клозе Р.Дж. (апрель 2010 г.). «Островки CpG рекрутируют деметилазу лизина 36 гистона H3» . Молекулярная клетка . 38 (2): 179–90. doi : 10.1016/j.molcel.2010.04.009 . ПМК 3098377 . ПМИД 20417597 .

[doi.10.1371/journal.pgen.1002761-10] Пан Д., Мао С., Цзоу Т., Яо А.Ю., Купер М.П., Боярчук В., Ван YX (2012). «Гистоновая деметилаза Jhdm1a регулирует глюконеогенез в печени» . ПЛОС Генетика . 8 (6): e1002761. дои : 10.1371/journal.pgen.1002761 . ПМЦ 3375226 . ПМИД 22719268 .

[1]

[2]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

v т и Оксидоредуктазы : диоксигеназы , включая стероидные гидроксилазы ( EC 1.14)
1.14.11: 2-oxoglutarate	Prolyl hydroxylase HIF prolyl-hydroxylase EGLN1 EGLN2 EGLN3 P4HTM Lysyl hydroxylase AlkB ALKBH1 FTO
1.14.13: NADH or NADPH	Flavin-containing monooxygenase FMO1 FMO2 FMO3 FMO4 FMO5 Nitric oxide synthase NOS1 NOS2 NOS3 Cholesterol 7 alpha-hydroxylase Methane monooxygenase 3A4 14α-demethylase 24-hydroxycholesterol 7α-hydroxylase
1.14.14: reduced flavin or flavoprotein	19A1 2D6 2E1
1.14.15: reduced iron–sulfur protein	11B1 11B2 11A1
1.14.16: reduced pteridine (BH4 dependent)	Phenylalanine hydroxylase Tyrosine hydroxylase Tryptophan hydroxylase
1.14.17: reduced ascorbate	Dopamine beta-hydroxylase
1.14.18-19: other	Tyrosinase Stearoyl-CoA desaturase-1
1.14.99 - miscellaneous	Cyclooxygenase Heme oxygenase (HMOX1) Squalene monooxygenase 17A1 21A2 Ecdysone 20-monooxygenase Deoxyhypusine monooxygenase

v т и Ферменты
Activity	Active site Binding site Catalytic triad Oxyanion hole Enzyme promiscuity Diffusion-limited enzyme Cofactor Enzyme catalysis
Regulation	Allosteric regulation Cooperativity Enzyme inhibitor Enzyme activator
Classification	EC number Enzyme superfamily Enzyme family List of enzymes
Kinetics	Enzyme kinetics Eadie–Hofstee diagram Hanes–Woolf plot Lineweaver–Burk plot Michaelis–Menten kinetics
Types	EC1 Oxidoreductases (list) EC2 Transferases (list) EC3 Hydrolases (list) EC4 Lyases (list) EC5 Isomerases (list) EC6 Ligases (list) EC7 Translocases (list)