APOBEC3G

APOBEC3G
Доступные структуры
ПДБ	Поиск ортологов: PDBe RCSB
showСписок идентификационных кодов PDB
	2JYW, 2KBO, 2KEM, 3E1U, 3IQS, 3IR2, 3V4J, 3V4K, 4ROV, 4ROW
Идентификаторы
Псевдонимы	APOBEC3G , A3G, ARCD, ARP-9, ARP9, CEM-15, CEM15, MDS019, bK150C2.7, dJ494G10.1, каталитическая субъединица 3G фермента, редактирующего мРНК аполипопротеина B.
Внешние идентификаторы	Опустить : 607113 ; МГИ : 1933111 ; Гомологен : 128348 ; Генные карты : APOBEC3G ; OMA : APOBEC3G — ортологи
showМестоположение гена ( Мышь )
Chr.	Chromosome 15 (mouse)
End	79,800,107 bp
showГенная онтология
Molecular function	protein homodimerization activity; cytidine deaminase activity; protein binding; catalytic activity; hydrolase activity; hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in cyclic amidines; metal ion binding; deoxycytidine deaminase activity; RNA binding; zinc ion binding; dCTP deaminase activity; identical protein binding;
Cellular component	nucleus; apolipoprotein B mRNA editing enzyme complex; cytosol; cytoplasm; P-body; ribonucleoprotein complex;
Biological process	cytidine deamination; negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate; negative regulation of transposition; base conversion or substitution editing; immune system process; DNA cytosine deamination; positive regulation of defense response to virus by host; negative regulation of viral genome replication; negative regulation of viral process; defense response to virus; innate immune response; viral process; cytidine to uridine editing; DNA demethylation;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	60489
	80287
	ENSG00000239713
	ENSMUSG00000009585
	Q9HC16
	Q99J72
	НМ_021822
	НМ_001160415 ; НМ_030255 ; НМ_001347041
	НП_068594 ; НП_001336365 ; НП_001336366 ; НП_001336367
	НП_001153887 ; НП_001333970 ; НП_084531
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

APOBEC3G (фермент редактирования мРНК аполипопротеина B, каталитическая субъединица 3G) представляет собой человеческий фермент , кодируемый APOBEC3G геном , который принадлежит к APOBEC суперсемейству белков . ^{[ 4 ]} Было высказано предположение, что это семейство белков играет важную роль во врожденном противовирусном иммунитете . ^{[ 5 ]} APOBEC3G принадлежит к семейству цитидиндезаминаз, которые катализируют дезаминирование цитидина до уридина в одноцепочечном ДНК-субстрате. ^{[ 4 ]} С-концевой домен A3G обладает каталитической активностью, некоторые ЯМР и кристаллические структуры объясняют субстратную специфичность и каталитическую активность. ^{[ 6 ]}^{[ 7 ]}^{[ 8 ]}^{[ 9 ]}^{[ 10 ]}^{[ 11 ]}^{[ 12 ]}^{[ 13 ]}

APOBEC3G проявляет врожденную антиретровирусную иммунную активность против ретровирусов , особенно ВИЧ , препятствуя правильной репликации. Однако лентивирусы , такие как ВИЧ, выработали белок фактора вирусной инфекционности (Vif), чтобы противодействовать этому эффекту. Vif взаимодействует с APOBEC3G и запускает убиквитинирование и деградацию APOBEC3G по протеасомному пути. ^{[ 14 ]} С другой стороны, пенистые вирусы продуцируют дополнительный белок Bet ( P89873 ), который ухудшает цитоплазматическую растворимость APOBEC3G. ^{[ 15 ]} Два способа ингибирования отличаются друг от друга, но могут заменять друг друга in vivo . ^{[ 16 ]}

Открытие

Впервые он был идентифицирован Джармузом и др. ^{[ 17 ]} как член семейства белков от APOBEC3A до 3G на хромосоме 22 в 2002 году, а позже также как клеточный фактор, способный ограничивать репликацию ВИЧ-1, лишенного вирусного вспомогательного белка Vif . Вскоре было показано, что APOBEC3G принадлежит к семейству белков, сгруппированных вместе благодаря их гомологии с цитидиндезаминазой APOBEC1 .

Структура

APOBEC3G имеет симметричную структуру, в результате чего образуются два гомологичных каталитических домена: N-концевой (CD1) и C-концевой (CD2), каждый из которых содержит Zn. ²⁺
координационный участок. ^{[ 18 ]} Каждый домен также имеет типичный мотив His/Cys-X-Glu-X23–28-Pro-Cys-X2-Cys для цитидиндезаминаз. Однако, в отличие от типичных цитидиндезаминаз, APOBEC3G содержит уникальную альфа-спираль между двумя бета-листами в каталитическом домене, которая может быть сайтом связывания кофактора . ^{[ 19 ]} (рис. 1)

CD2 каталитически активен и жизненно важен для дезаминирования и специфичности мотива. CD1 каталитически неактивен, но очень важен для связывания с ДНК и РНК и является ключом к определению 5'->3' процессивности дезаминирования APOBEC3G. ^{[ 20 ]} CD2 не обладает дезаминазной активностью без присутствия CD1. ^{[ 21 ]}

Нативный APOBEC3G состоит из мономеров , димеров , тримеров , тетрамеров и олигомеров более высокого порядка . Хотя считается, что APOBEC3G функционирует как димер, возможно, что на самом деле он функционирует как смесь мономеров и олигомеров. ^{[ 20 ]}

остаток D128 Аминокислотный , который находится внутри CD1 (рис. 1), по-видимому, особенно важен для взаимодействия APOBEC3G с Vif, поскольку точечная мутация D128K предотвращает Vif-зависимое истощение APOBEC3G. ^{[ 22 ]}^{[ 23 ]} Кроме того, аминокислоты 128–130 на APOBEC3G образуют отрицательно заряженный мотив, который имеет решающее значение для взаимодействия с Vif и образования комплексов APOBEC3G-Vif. Кроме того, остатки 124–127 важны для инкапсидации APOBEC3G в вирионы ВИЧ-1 и, как следствие, антиретровирусной активности. ^{[ 24 ]}

Механизм действия

APOBEC3G широко изучался, и было идентифицировано несколько механизмов, отрицательно влияющих на репликацию ВИЧ-1.

Дезаминирование и гипермутация цитидина

APOBEC3G и другие белки того же семейства способны действовать как индуцируемые активацией (цитидин) деаминазы (AID). APOBEC3G препятствует обратной транскрипции , индуцируя многочисленные от дезоксицитидина к дезоксиуридину мутации в отрицательной цепи ДНК ВИЧ, преимущественно экспрессируемой в виде комплементарной ДНК (кДНК). ^{[ 14 ]} 3'->5'-процессивным образом. ^{[ 25 ]} Поскольку APOBEC3G является частью суперсемейства APOBEC и действует как AID, вполне вероятно, что механизм дезаминирования цитидина, опосредованный APOBEC3G, подобен механизму цитидиндезаминазы E. coli , которая, как известно, в высокой степени гомологична APOBEC1 и AID по нуклеотидная и цинксвязывающая область. Предсказанная реакция дезаминирования обусловлена прямой нуклеофильной атакой на положение 4 цитидинпиримидинового кольца ферментом, координирующим цинк. Вода необходима как источник донора как протонов, так и гидроксильных групп (рис. 2). ^{[ 26 ]} Дезаминирование (и, как следствие, окисление) в положении 4 дает карбонильную группу и приводит к смене цитидина на уридин.

Активность дезаминирования в конечном итоге приводит к гипермутациям G→A в «горячих точках» провирусной ДНК. Такая гипермутация в конечном итоге разрушает кодирующую и репликационную способность вируса, что приводит к появлению многих нежизнеспособных вирионов. ^{[ 14 ]}^{[ 27 ]} APOBEC3G оказывает гораздо более слабое противовирусное действие, когда его активный сайт мутирован до такой степени, что белок больше не может мутировать ретровирусную ДНК. ^{[ 28 ]} Первоначально считалось, что дезаминирование, опосредованное APOBEC3G, также может косвенно приводить к деградации вирусной ДНК за счет систем репарации ДНК, привлеченных к мутировавшим остаткам. ^{[ 29 ]} Однако на это не обращают внимания, поскольку человеческий APOBEC3G снижает уровни вирусной кДНК независимо от ферментов репарации ДНК UNG и SMUG1 . ^{[ 30 ]}

Вмешательство в обратную транскрипцию

APOBEC3G препятствует обратной транскрипции ВИЧ-1 независимо от дезаминирования ДНК. тРНК 3Lys обычно связывается с сайтом связывания праймера ВИЧ-1, инициируя обратную транскрипцию. APOBEC3G может ингибировать праймирование тРНК3Lys, тем самым отрицательно влияя на выработку вирусной оцДНК и инфекционность вируса. ^{[ 29 ]} Предполагается, что на обратную транскрипцию также негативно влияет связывание APOBEC3G с вирусной РНК и вызывающее стерические изменения. ^{[ 18 ]}

Вмешательство в интеграцию вирусной ДНК

APOBEC3G был связан с вмешательством в интеграцию вирусной ДНК в геном хозяина, что зависит от функциональных каталитических доменов и активности деаминазы. Мбиса и др. увидели, что APOBEC3G препятствует процессингу и удалению праймерной тРНК из минус-цепи ДНК, что приводит к аберрантным концам ДНК вируса с длинным концевым повтором (LTR). Эти концы вирусной ДНК являются неэффективными субстратами для интеграции и переноса плюс-цепи ДНК. В результате ингибируется образование провируса ВИЧ-1. ^{[ 25 ]}

Биологическая функция

Инкапсидация ВИЧ

мРНК APOBEC3G экспрессируется в определенных клетках, называемых непермиссивными клетками, в которых ВИЧ-1 не может должным образом инфицировать и реплицироваться в отсутствие Vif. К таким клеткам относятся физиологически значимые первичные CD4 Т-лимфоциты и макрофаги . ^{[ 32 ]} Инкапсидация APOBEC3G в вирионы ВИЧ-1 очень важна для распространения APOBEC3G и проявления антиретровирусной активности. Инкапсидация APOBEC3G может происходить по крайней мере за счет следующих четырех предполагаемых механизмов (рис. 3): 1. Неспецифическая упаковка APOBEC3G 2. Взаимодействие APOBEC3G с РНК хозяина 3. Взаимодействие APOBEC3G с вирусной РНК 4. Взаимодействие APOBEC3G с Gag ВИЧ-1 белки. Только два последних механизма получили широкую поддержку. ^{[ 31 ]}

Количество, которое включается в вирионы, зависит от уровня экспрессии APOBEC3G в клетке, продуцирующей вирион. Сюй и др. провели исследования с клетками PBMC и обнаружили, что в отсутствие Vif 7-4 молекулы APOBEC3G были включены в вирионы и приводили к мощному ингибированию репликации ВИЧ-1. ^{[ 33 ]}

Помимо сдерживания репликации экзогенных ретровирусов, A3G также действует на эндогенные ретровирусы человека , оставляя в них аналогичные признаки гипермутаций. ^{[ 34 ]}^{[ 35 ]}

Актуальность заболевания

APOBEC3G экспрессируется в непермиссивных клетках и является ключевым фактором, ингибирующим репликацию и инфекционность ВИЧ-1. Однако Vif противодействует этому антиретровирусному фактору, позволяя производить жизнеспособные и инфекционные вирионы ВИЧ-1 в присутствии активности APOBEC3G. ^{[ 32 ]}^{[ 36 ]} В частности, Vif предотвращает включение APOBEC3G в вирионы ВИЧ-1 и способствует разрушению фермента способом, независимым от всех других белков ВИЧ-1. ^{[ 37 ]}

Хотя APOBEC3G обычно изучается как жизненно важный белок, обладающий мощным противовирусным действием на ВИЧ-1, недавние исследования выявили потенциал опосредованной APOBEC3G мутации, способствующей распространению ВИЧ-1. Число дезаминирований в предпочтительных регионах варьируется от одного до многих, возможно, в зависимости от времени воздействия APOBEC3G. ^{[ 27 ]} Кроме того, было показано, что существует дозозависимая зависимость между внутриклеточной концентрацией APOBEC3G и степенью вирусной гипермутации. ^{[ 38 ]} некоторые провирусы ВИЧ-1 с мутацией, опосредованной APOBEC3G, процветают, потому что они несут слишком мало мутаций в горячих точках APOBEC3G или потому, что произошла рекомбинация между летально ограниченным APOBEC3G провирусом и жизнеспособным провирусом. Было показано, что ^{[ 39 ]} Такой сублетальный мутагенез способствует большему генетическому разнообразию среди популяции вируса ВИЧ-1, демонстрируя потенциал APOBEC3G для усиления способности ВИЧ-1 адаптироваться и размножаться.

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000009585 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Jump up to: ^а ^б Шихи А.М., Гэддис Н.К., Чой Дж.Д., Малим М.Х. (август 2002 г.). «Выделение человеческого гена, который ингибирует инфекцию ВИЧ-1 и подавляется вирусным белком Vif». Природа . 418 (6898): 646–50. Бибкод : 2002Natur.418..646S . дои : 10.1038/nature00939 . ПМИД 12167863 . S2CID 4403228 .
^ Такаори А. (декабрь 2005 г.). «[Противовирусная защита с помощью белков семейства APOBEC3]» . Уирусу (на японском языке). 55 (2): 267–72. дои : 10.2222/jsv.55.267 . ПМИД 16557012 .
^ Васудеван А.А., Смитс Ш., Хёппнер А., Хойсингер Д., Кениг Б.В., Мунк С. (ноябрь 2013 г.). «Структурные особенности противовирусных ДНК-цитидиндезаминаз» (PDF) . Биологическая химия . 394 (11): 1357–70. дои : 10.1515/hsz-2013-0165 . ПМИД 23787464 . S2CID 4151961 .
^ Чен К.М., Харьес Э., Гросс П.Дж., Фахми А., Лу Й., Шиндо К. и др. (март 2008 г.). «Структура ДНК-дезаминазного домена фактора рестрикции ВИЧ-1 APOBEC3G». Природа . 452 (7183): 116–9. Бибкод : 2008Natur.452..116C . дои : 10.1038/nature06638 . ПМИД 18288108 . S2CID 4345410 .
^ Шандиля С.М., Налам М.Н., Наливайка Е.А., Гросс П.Дж., Валесано Дж.К., Шиндо К. и др. (январь 2010 г.). «Кристаллическая структура каталитического домена APOBEC3G обнаруживает потенциальные интерфейсы олигомеризации» . Структура . 18 (1): 28–38. дои : 10.1016/j.str.2009.10.016 . ПМЦ 2913127 . ПМИД 20152150 .
^ Холден Л.Г., Прохнов С., Чанг Ю.П., Бранштейн Р., Челико Л., Сен У и др. (ноябрь 2008 г.). «Кристаллическая структура антивирусного каталитического домена APOBEC3G и функциональные последствия» . Природа . 456 (7218): 121–4. Бибкод : 2008Natur.456..121H . дои : 10.1038/nature07357 . ПМЦ 2714533 . ПМИД 18849968 .
^ Фурукава А., Нагата Т., Мацугами А., Хабу Ю., Сугияма Р., Хаяши Ф. и др. (февраль 2009 г.). «Структура, взаимодействие и мониторинг ферментативной реакции APOBEC3G дикого типа в реальном времени» . Журнал ЭМБО . 28 (4): 440–51. дои : 10.1038/emboj.2008.290 . ПМК 2646150 . ПМИД 19153609 .
^ Харьес Э., Гросс П.Дж., Чен К.М., Лу Ю., Шиндо К., Новарски Р. и др. (июнь 2009 г.). «Расширенная структура каталитического домена APOBEC3G предполагает уникальную модель голофермента» . Журнал молекулярной биологии . 389 (5): 819–32. дои : 10.1016/j.jmb.2009.04.031 . ПМК 2700007 . ПМИД 19389408 .
^ Ли М., Шандиля С.М., Карпентер М.А., Ратор А., Браун В.Л., Перкинс А.Л. и др. (март 2012 г.). «Первые в своем классе низкомолекулярные ингибиторы одноцепочечной цитозиндезаминазы ДНК APOBEC3G» . АКС Химическая биология . 7 (3): 506–17. дои : 10.1021/cb200440y . ПМК 3306499 . ПМИД 22181350 .
^ Харрис Р.С., Лидамент М.Т. (ноябрь 2004 г.). «Ретровирусное ограничение белками APOBEC». Обзоры природы. Иммунология . 4 (11): 868–77. дои : 10.1038/nri1489 . ПМИД 15516966 . S2CID 10789405 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с Донахью Дж. П., Веттер М. Л., Мухтар Н. А., Д'Акуила RT (июль 2008 г.). «Мотив Vif PPLP ВИЧ-1 необходим для связывания и деградации APOBEC3G человека» . Вирусология . 377 (1): 49–53. дои : 10.1016/j.virol.2008.04.017 . ПМЦ 2474554 . ПМИД 18499212 .
^ Ягува Васудеван А.А., Перкович М., Буллиард Ю., Цихутек К., Троно Д., Хойссингер Д., Мунк К. (август 2013 г.). «Прототип пенистого вируса Bet ухудшает димеризацию и цитозольную растворимость человеческого APOBEC3G» . Журнал вирусологии . 87 (16): 9030–40. дои : 10.1128/JVI.03385-12 . ПМЦ 3754047 . ПМИД 23760237 .
^ Ледесма-Феличиано С., Хаген С., Тройер Р., Чжэн Х., Массельман Е., Славкович Лукич Д. и др. (май 2018 г.). «Замена пенистого вируса кошек на вирус иммунодефицита кошек vif дает репликативный вирус с новым потенциалом кандидата на вакцину» . Ретровирусология . 15 (1): 38. дои : 10.1186/s12977-018-0419-0 . ПМЦ 5956581 . ПМИД 29769087 .
^ Джармуз А., Честер А., Бэйлисс Дж., Гисборн Дж., Данэм И., Скотт Дж., Наваратнам Н. (март 2002 г.). «Специфический для антропоидов локус сиротских ферментов C-U, редактирующих РНК, на хромосоме 22». Геномика . 79 (3): 285–96. дои : 10.1006/geno.2002.6718 . ПМИД 11863358 .
^ Jump up to: ^а ^б Грин В.К., Дебисер З., Икеда Ю., Фрид Э.О., Стивенс Э., Йонемото В. и др. (декабрь 2008 г.). «Новые цели терапии ВИЧ» . Противовирусные исследования . 80 (3): 251–65. doi : 10.1016/j.antiviral.2008.08.003 . ПМИД 18789977 .
^ Хатхофф Х., Малим М.Х. (апрель 2005 г.). «Дезаминирование цитидина и устойчивость к ретровирусной инфекции: к пониманию структуры белков APOBEC» . Вирусология . 334 (2): 147–53. дои : 10.1016/j.virol.2005.01.038 . ПМИД 15780864 .
^ Jump up to: ^а ^б Челико Л., Прохнов С., Эри Д.А., Чен XS, Гудман М.Ф. (май 2010 г.). «Структурная модель механизмов дезаминирования дезоксицитидина фермента инактивации ВИЧ-1 APOBEC3G» . Журнал биологической химии . 285 (21): 16195–205. дои : 10.1074/jbc.M110.107987 . ПМЦ 2871487 . ПМИД 20212048 .
^ Ли Х, Ма Дж, Чжан Ц, Чжоу Дж, Инь Х, Чжай С и др. (июнь 2011 г.). «Функциональный анализ двух доменов цитидиндезаминазы в APOBEC3G» . Вирусология . 414 (2): 130–6. дои : 10.1016/j.virol.2011.03.014 . ПМИД 21489586 .
^ Мариани Р., Чен Д., Шрёфельбауэр Б., Наварро Ф., Кениг Р., Боллман Б. и др. (июль 2003 г.). «Видоспецифическое исключение APOBEC3G из вирионов ВИЧ-1 с помощью Vif» . Клетка . 114 (1): 21–31. дои : 10.1016/S0092-8674(03)00515-4 . ПМИД 12859895 . S2CID 1789911 .
^ Сюй Х, Сваровская Е.С., Барр Р., Чжан Ю, Хан М.А., Штребель К., Патхак В.К. (апрель 2004 г.). «Одна аминокислотная замена в антиретровирусном ферменте человека APOBEC3G обеспечивает устойчивость к истощению фактора инфекционности вириона ВИЧ-1» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 101 (15): 5652–7. Бибкод : 2004PNAS..101.5652X . дои : 10.1073/pnas.0400830101 . ПМЦ 397464 . ПМИД 15054139 .
^ Хатхофф Х., Малим М.Х. (апрель 2007 г.). «Идентификация аминокислотных остатков в APOBEC3G, необходимых для регуляции с помощью Vif вируса иммунодефицита человека типа 1 и инкапсидации вириона» . Журнал вирусологии . 81 (8): 3807–15. дои : 10.1128/JVI.02795-06 . ПМК 1866099 . ПМИД 17267497 .
^ Jump up to: ^а ^б Мбиса Дж.Л., Барр Р., Томас Дж.А., Вандеграаф Н., Дорвейлер И.Дж., Сваровская Е.С. и др. (июль 2007 г.). «КДНК вируса иммунодефицита человека типа 1, продуцируемые в присутствии APOBEC3G, обнаруживают дефекты в переносе и интеграции плюс-цепи ДНК» . Журнал вирусологии . 81 (13): 7099–110. дои : 10.1128/JVI.00272-07 . ЧВК 1933301 . ПМИД 17428871 .
^ Нойбергер М.С., Харрис Р.С., Ди Ноя Дж., Петерсен-Махрт С.К. (июнь 2003 г.). «Иммунитет через дезаминирование ДНК». Тенденции биохимических наук . 28 (6): 305–12. дои : 10.1016/S0968-0004(03)00111-7 . ПМИД 12826402 .
^ Jump up to: ^а ^б Сэдлер Х.А., Стенглейн, доктор медицинских наук, Харрис Р.С., Мански Л.М. (июль 2010 г.). «APOBEC3G способствует вариации ВИЧ-1 посредством сублетального мутагенеза» . Журнал вирусологии . 84 (14): 7396–404. дои : 10.1128/JVI.00056-10 . ПМЦ 2898230 . ПМИД 20463080 .
^ Гойла-Гаур Р., Штребель К. (июнь 2008 г.). «ВИЧ-1 Vif, APOBEC и внутренний иммунитет» . Ретровирусология . 5 (1): 51. дои : 10.1186/1742-4690-5-51 . ПМК 2443170 . ПМИД 18577210 .
^ Jump up to: ^а ^б Го Ф, Цен С, Ню М, Саадатманд Дж, Клейман Л (декабрь 2006 г.). «Ингибирование обратной транскрипции тРНК₃(Lys) с помощью человеческого APOBEC3G во время репликации вируса иммунодефицита человека типа 1» . Журнал вирусологии . 80 (23): 11710–22. дои : 10.1128/JVI.01038-06 . ПМЦ 1642613 . ПМИД 16971427 .
^ Ланглуа М.А., Нойбергер М.С. (май 2008 г.). «Человеческий APOBEC3G может ограничивать ретровирусную инфекцию в клетках птиц и действовать независимо как от UNG, так и от SMUG1» . Журнал вирусологии . 82 (9): 4660–4. дои : 10.1128/JVI.02469-07 . ПМК 2293047 . ПМИД 18272574 .
^ Jump up to: ^а ^б Штребель К., Хан М.А. (июль 2008 г.). «Инкапсидация APOBEC3G в вирионы ВИЧ-1: какая это РНК?» . Ретровирусология . 5 (55): 55. дои : 10.1186/1742-4690-5-55 . ПМК 2491656 . ПМИД 18597677 .
^ Jump up to: ^а ^б Виссинг С., Галлоуэй Н.Л., Грин У.К. (октябрь 2010 г.). «ВИЧ-1 Vif против цитидиндезаминаз APOBEC3: внутриклеточная дуэль между патогеном и факторами рестрикции хозяина» . Молекулярные аспекты медицины . 31 (5): 383–97. дои : 10.1016/j.mam.2010.06.001 . ПМЦ 2967609 . ПМИД 20538015 .
^ Сюй Х, Чертова Э, Чен Дж, Отт Д.Э., Розер Дж.Д., Ху В.С., Патак В.К. (апрель 2007 г.). «Стехиометрия противовирусного белка APOBEC3G в вирионах ВИЧ-1» . Вирусология . 360 (2): 247–56. дои : 10.1016/j.virol.2006.10.036 . ПМИД 17126871 .
^ Армитидж А.Е., Кацуракис А., де Оливейра Т., Уэлч Дж.Дж., Белшоу Р., Бишоп К.Н. и др. (сентябрь 2008 г.). «Консервативные следы APOBEC3G на последовательностях гипермутированного вируса иммунодефицита человека типа 1 и эндогенного ретровируса человека HERV-K (HML2)» . Журнал вирусологии . 82 (17): 8743–61. дои : 10.1128/JVI.00584-08 . ПМК 2519685 . ПМИД 18562517 .
^ Ли Й.Н., Малим М.Х., Бениас П.Д. (сентябрь 2008 г.). «Гипермутация древнего ретровируса человека с помощью APOBEC3G» . Журнал вирусологии . 82 (17): 8762–70. дои : 10.1128/JVI.00751-08 . ПМК 2519637 . ПМИД 18562521 .
^ Гонсалвес Дж., Санта-Марта М. (сентябрь 2004 г.). «ВИЧ-1 Vif и APOBEC3G: несколько путей к одной цели» . Ретровирусология . 1 (28): 28. дои : 10.1186/1742-4690-1-28 . ПМК 521195 . ПМИД 15383144 .
^ Стопак К., де Норонья С., Йонемото В., Грин В.К. (сентябрь 2003 г.). «ВИЧ-1 Vif блокирует противовирусную активность APOBEC3G, нарушая как его трансляцию, так и внутриклеточную стабильность» . Молекулярная клетка . 12 (3): 591–601. дои : 10.1016/S1097-2765(03)00353-8 . ПМИД 14527406 .
^ Пиллаи С.К., Вонг Дж.К., Барбур Дж.Д. (март 2008 г.). «Усиление мутационного давления: всегда ли больше хорошего? (Пример ВИЧ-1 Vif и APOBEC3)» . Ретровирусология . 5 (26): 26. дои : 10.1186/1742-4690-5-26 . ПМК 2323022 . ПМИД 18339206 .
^ Малдер Л.К., Харари А., Саймон В. (апрель 2008 г.). «Дезаминирование цитидина индуцирует лекарственную устойчивость ВИЧ-1» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 105 (14): 5501–6. Бибкод : 2008PNAS..105.5501M . дои : 10.1073/pnas.0710190105 . ПМК 2291111 . ПМИД 18391217 .

Внешние ссылки

человека Местоположение генома APOBEC3G и APOBEC3G страница сведений о гене в браузере генома UCSC .

Дальнейшее чтение

Прохнов С., Бранштейн Р., Кляйн М.Г., Гудман М.Ф., Чен XS (январь 2007 г.). «Кристаллическая структура APOBEC-2 и функциональное значение деаминазы AID». Природа . 445 (7126): 447–51. Бибкод : 2007Natur.445..447P . дои : 10.1038/nature05492 . ПМИД 17187054 . S2CID 4394772 .
Ивабу Ю., Киномото М., Тацуми М., Фудзита Х., Шимура М., Танака Ю. и др. (ноябрь 2010 г.). «Дифференциальная анти-APOBEC3G-активность белков Vif ВИЧ-1, полученных из разных подтипов» . Журнал биологической химии . 285 (46): 35350–8. дои : 10.1074/jbc.M110.173286 . ПМЦ 2975159 . ПМИД 20833716 .

[refGRCm38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000009585 – Ensembl , май 2017 г.

[2] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[3] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid12167863-4] Jump up to: ^а ^б Шихи А.М., Гэддис Н.К., Чой Дж.Д., Малим М.Х. (август 2002 г.). «Выделение человеческого гена, который ингибирует инфекцию ВИЧ-1 и подавляется вирусным белком Vif». Природа . 418 (6898): 646–50. Бибкод : 2002Natur.418..646S . дои : 10.1038/nature00939 . ПМИД 12167863 . S2CID 4403228 .

[pmid16557012-5] Такаори А. (декабрь 2005 г.). «[Противовирусная защита с помощью белков семейства APOBEC3]» . Уирусу (на японском языке). 55 (2): 267–72. дои : 10.2222/jsv.55.267 . ПМИД 16557012 .

[pmid23787464-6] Васудеван А.А., Смитс Ш., Хёппнер А., Хойсингер Д., Кениг Б.В., Мунк С. (ноябрь 2013 г.). «Структурные особенности противовирусных ДНК-цитидиндезаминаз» (PDF) . Биологическая химия . 394 (11): 1357–70. дои : 10.1515/hsz-2013-0165 . ПМИД 23787464 . S2CID 4151961 .

[pmid18288108-7] Чен К.М., Харьес Э., Гросс П.Дж., Фахми А., Лу Й., Шиндо К. и др. (март 2008 г.). «Структура ДНК-дезаминазного домена фактора рестрикции ВИЧ-1 APOBEC3G». Природа . 452 (7183): 116–9. Бибкод : 2008Natur.452..116C . дои : 10.1038/nature06638 . ПМИД 18288108 . S2CID 4345410 .

[pmid20152150-8] Шандиля С.М., Налам М.Н., Наливайка Е.А., Гросс П.Дж., Валесано Дж.К., Шиндо К. и др. (январь 2010 г.). «Кристаллическая структура каталитического домена APOBEC3G обнаруживает потенциальные интерфейсы олигомеризации» . Структура . 18 (1): 28–38. дои : 10.1016/j.str.2009.10.016 . ПМЦ 2913127 . ПМИД 20152150 .

[pmid18849968-9] Холден Л.Г., Прохнов С., Чанг Ю.П., Бранштейн Р., Челико Л., Сен У и др. (ноябрь 2008 г.). «Кристаллическая структура антивирусного каталитического домена APOBEC3G и функциональные последствия» . Природа . 456 (7218): 121–4. Бибкод : 2008Natur.456..121H . дои : 10.1038/nature07357 . ПМЦ 2714533 . ПМИД 18849968 .

[pmid19153609-10] Фурукава А., Нагата Т., Мацугами А., Хабу Ю., Сугияма Р., Хаяши Ф. и др. (февраль 2009 г.). «Структура, взаимодействие и мониторинг ферментативной реакции APOBEC3G дикого типа в реальном времени» . Журнал ЭМБО . 28 (4): 440–51. дои : 10.1038/emboj.2008.290 . ПМК 2646150 . ПМИД 19153609 .

[pmid19389408-11] Харьес Э., Гросс П.Дж., Чен К.М., Лу Ю., Шиндо К., Новарски Р. и др. (июнь 2009 г.). «Расширенная структура каталитического домена APOBEC3G предполагает уникальную модель голофермента» . Журнал молекулярной биологии . 389 (5): 819–32. дои : 10.1016/j.jmb.2009.04.031 . ПМК 2700007 . ПМИД 19389408 .

[pmid22181350-12] Ли М., Шандиля С.М., Карпентер М.А., Ратор А., Браун В.Л., Перкинс А.Л. и др. (март 2012 г.). «Первые в своем классе низкомолекулярные ингибиторы одноцепочечной цитозиндезаминазы ДНК APOBEC3G» . АКС Химическая биология . 7 (3): 506–17. дои : 10.1021/cb200440y . ПМК 3306499 . ПМИД 22181350 .

[Retroviral_restriction_by_APOBEC_pr-13] Харрис Р.С., Лидамент М.Т. (ноябрь 2004 г.). «Ретровирусное ограничение белками APOBEC». Обзоры природы. Иммунология . 4 (11): 868–77. дои : 10.1038/nri1489 . ПМИД 15516966 . S2CID 10789405 .

[pmid18499212-14] Jump up to: ^а ^б ^с Донахью Дж. П., Веттер М. Л., Мухтар Н. А., Д'Акуила RT (июль 2008 г.). «Мотив Vif PPLP ВИЧ-1 необходим для связывания и деградации APOBEC3G человека» . Вирусология . 377 (1): 49–53. дои : 10.1016/j.virol.2008.04.017 . ПМЦ 2474554 . ПМИД 18499212 .

[pmid23760237-15] Ягува Васудеван А.А., Перкович М., Буллиард Ю., Цихутек К., Троно Д., Хойссингер Д., Мунк К. (август 2013 г.). «Прототип пенистого вируса Bet ухудшает димеризацию и цитозольную растворимость человеческого APOBEC3G» . Журнал вирусологии . 87 (16): 9030–40. дои : 10.1128/JVI.03385-12 . ПМЦ 3754047 . ПМИД 23760237 .

[16] Ледесма-Феличиано С., Хаген С., Тройер Р., Чжэн Х., Массельман Е., Славкович Лукич Д. и др. (май 2018 г.). «Замена пенистого вируса кошек на вирус иммунодефицита кошек vif дает репликативный вирус с новым потенциалом кандидата на вакцину» . Ретровирусология . 15 (1): 38. дои : 10.1186/s12977-018-0419-0 . ПМЦ 5956581 . ПМИД 29769087 .

[pmid11863358-17] Джармуз А., Честер А., Бэйлисс Дж., Гисборн Дж., Данэм И., Скотт Дж., Наваратнам Н. (март 2002 г.). «Специфический для антропоидов локус сиротских ферментов C-U, редактирующих РНК, на хромосоме 22». Геномика . 79 (3): 285–96. дои : 10.1006/geno.2002.6718 . ПМИД 11863358 .

[pmid18789977-18] Jump up to: ^а ^б Грин В.К., Дебисер З., Икеда Ю., Фрид Э.О., Стивенс Э., Йонемото В. и др. (декабрь 2008 г.). «Новые цели терапии ВИЧ» . Противовирусные исследования . 80 (3): 251–65. doi : 10.1016/j.antiviral.2008.08.003 . ПМИД 18789977 .

[pmid15780864-19] Хатхофф Х., Малим М.Х. (апрель 2005 г.). «Дезаминирование цитидина и устойчивость к ретровирусной инфекции: к пониманию структуры белков APOBEC» . Вирусология . 334 (2): 147–53. дои : 10.1016/j.virol.2005.01.038 . ПМИД 15780864 .

[pmid20212048-20] Jump up to: ^а ^б Челико Л., Прохнов С., Эри Д.А., Чен XS, Гудман М.Ф. (май 2010 г.). «Структурная модель механизмов дезаминирования дезоксицитидина фермента инактивации ВИЧ-1 APOBEC3G» . Журнал биологической химии . 285 (21): 16195–205. дои : 10.1074/jbc.M110.107987 . ПМЦ 2871487 . ПМИД 20212048 .

[pmid21489586-21] Ли Х, Ма Дж, Чжан Ц, Чжоу Дж, Инь Х, Чжай С и др. (июнь 2011 г.). «Функциональный анализ двух доменов цитидиндезаминазы в APOBEC3G» . Вирусология . 414 (2): 130–6. дои : 10.1016/j.virol.2011.03.014 . ПМИД 21489586 .

[22] Мариани Р., Чен Д., Шрёфельбауэр Б., Наварро Ф., Кениг Р., Боллман Б. и др. (июль 2003 г.). «Видоспецифическое исключение APOBEC3G из вирионов ВИЧ-1 с помощью Vif» . Клетка . 114 (1): 21–31. дои : 10.1016/S0092-8674(03)00515-4 . ПМИД 12859895 . S2CID 1789911 .

[pmid15054139-23] Сюй Х, Сваровская Е.С., Барр Р., Чжан Ю, Хан М.А., Штребель К., Патхак В.К. (апрель 2004 г.). «Одна аминокислотная замена в антиретровирусном ферменте человека APOBEC3G обеспечивает устойчивость к истощению фактора инфекционности вириона ВИЧ-1» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 101 (15): 5652–7. Бибкод : 2004PNAS..101.5652X . дои : 10.1073/pnas.0400830101 . ПМЦ 397464 . ПМИД 15054139 .

[pmid17267497-24] Хатхофф Х., Малим М.Х. (апрель 2007 г.). «Идентификация аминокислотных остатков в APOBEC3G, необходимых для регуляции с помощью Vif вируса иммунодефицита человека типа 1 и инкапсидации вириона» . Журнал вирусологии . 81 (8): 3807–15. дои : 10.1128/JVI.02795-06 . ПМК 1866099 . ПМИД 17267497 .

[pmid17428871-25] Jump up to: ^а ^б Мбиса Дж.Л., Барр Р., Томас Дж.А., Вандеграаф Н., Дорвейлер И.Дж., Сваровская Е.С. и др. (июль 2007 г.). «КДНК вируса иммунодефицита человека типа 1, продуцируемые в присутствии APOBEC3G, обнаруживают дефекты в переносе и интеграции плюс-цепи ДНК» . Журнал вирусологии . 81 (13): 7099–110. дои : 10.1128/JVI.00272-07 . ЧВК 1933301 . ПМИД 17428871 .

[pmid12826402-26] Нойбергер М.С., Харрис Р.С., Ди Ноя Дж., Петерсен-Махрт С.К. (июнь 2003 г.). «Иммунитет через дезаминирование ДНК». Тенденции биохимических наук . 28 (6): 305–12. дои : 10.1016/S0968-0004(03)00111-7 . ПМИД 12826402 .

[pmid20463080-27] Jump up to: ^а ^б Сэдлер Х.А., Стенглейн, доктор медицинских наук, Харрис Р.С., Мански Л.М. (июль 2010 г.). «APOBEC3G способствует вариации ВИЧ-1 посредством сублетального мутагенеза» . Журнал вирусологии . 84 (14): 7396–404. дои : 10.1128/JVI.00056-10 . ПМЦ 2898230 . ПМИД 20463080 .

[pmid18577210-28] Гойла-Гаур Р., Штребель К. (июнь 2008 г.). «ВИЧ-1 Vif, APOBEC и внутренний иммунитет» . Ретровирусология . 5 (1): 51. дои : 10.1186/1742-4690-5-51 . ПМК 2443170 . ПМИД 18577210 .

[pmid16971427-29] Jump up to: ^а ^б Го Ф, Цен С, Ню М, Саадатманд Дж, Клейман Л (декабрь 2006 г.). «Ингибирование обратной транскрипции тРНК₃(Lys) с помощью человеческого APOBEC3G во время репликации вируса иммунодефицита человека типа 1» . Журнал вирусологии . 80 (23): 11710–22. дои : 10.1128/JVI.01038-06 . ПМЦ 1642613 . ПМИД 16971427 .

[pmid18272574-30] Ланглуа М.А., Нойбергер М.С. (май 2008 г.). «Человеческий APOBEC3G может ограничивать ретровирусную инфекцию в клетках птиц и действовать независимо как от UNG, так и от SMUG1» . Журнал вирусологии . 82 (9): 4660–4. дои : 10.1128/JVI.02469-07 . ПМК 2293047 . ПМИД 18272574 .

[pmid18597677-31] Jump up to: ^а ^б Штребель К., Хан М.А. (июль 2008 г.). «Инкапсидация APOBEC3G в вирионы ВИЧ-1: какая это РНК?» . Ретровирусология . 5 (55): 55. дои : 10.1186/1742-4690-5-55 . ПМК 2491656 . ПМИД 18597677 .

[pmid20538015-32] Jump up to: ^а ^б Виссинг С., Галлоуэй Н.Л., Грин У.К. (октябрь 2010 г.). «ВИЧ-1 Vif против цитидиндезаминаз APOBEC3: внутриклеточная дуэль между патогеном и факторами рестрикции хозяина» . Молекулярные аспекты медицины . 31 (5): 383–97. дои : 10.1016/j.mam.2010.06.001 . ПМЦ 2967609 . ПМИД 20538015 .

[pmid17126871-33] Сюй Х, Чертова Э, Чен Дж, Отт Д.Э., Розер Дж.Д., Ху В.С., Патак В.К. (апрель 2007 г.). «Стехиометрия противовирусного белка APOBEC3G в вирионах ВИЧ-1» . Вирусология . 360 (2): 247–56. дои : 10.1016/j.virol.2006.10.036 . ПМИД 17126871 .

[34] Армитидж А.Е., Кацуракис А., де Оливейра Т., Уэлч Дж.Дж., Белшоу Р., Бишоп К.Н. и др. (сентябрь 2008 г.). «Консервативные следы APOBEC3G на последовательностях гипермутированного вируса иммунодефицита человека типа 1 и эндогенного ретровируса человека HERV-K (HML2)» . Журнал вирусологии . 82 (17): 8743–61. дои : 10.1128/JVI.00584-08 . ПМК 2519685 . ПМИД 18562517 .

[35] Ли Й.Н., Малим М.Х., Бениас П.Д. (сентябрь 2008 г.). «Гипермутация древнего ретровируса человека с помощью APOBEC3G» . Журнал вирусологии . 82 (17): 8762–70. дои : 10.1128/JVI.00751-08 . ПМК 2519637 . ПМИД 18562521 .

[pmid15383144-36] Гонсалвес Дж., Санта-Марта М. (сентябрь 2004 г.). «ВИЧ-1 Vif и APOBEC3G: несколько путей к одной цели» . Ретровирусология . 1 (28): 28. дои : 10.1186/1742-4690-1-28 . ПМК 521195 . ПМИД 15383144 .

[pmid14527406-37] Стопак К., де Норонья С., Йонемото В., Грин В.К. (сентябрь 2003 г.). «ВИЧ-1 Vif блокирует противовирусную активность APOBEC3G, нарушая как его трансляцию, так и внутриклеточную стабильность» . Молекулярная клетка . 12 (3): 591–601. дои : 10.1016/S1097-2765(03)00353-8 . ПМИД 14527406 .

[pmid18339206-38] Пиллаи С.К., Вонг Дж.К., Барбур Дж.Д. (март 2008 г.). «Усиление мутационного давления: всегда ли больше хорошего? (Пример ВИЧ-1 Vif и APOBEC3)» . Ретровирусология . 5 (26): 26. дои : 10.1186/1742-4690-5-26 . ПМК 2323022 . ПМИД 18339206 .

[pmid18391217-39] Малдер Л.К., Харари А., Саймон В. (апрель 2008 г.). «Дезаминирование цитидина индуцирует лекарственную устойчивость ВИЧ-1» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 105 (14): 5501–6. Бибкод : 2008PNAS..105.5501M . дои : 10.1073/pnas.0710190105 . ПМК 2291111 . ПМИД 18391217 .

[1]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

[ 19 ]

[ 20 ]

[ 21 ]

[ 22 ]

[ 23 ]

[ 24 ]

[ 25 ]

[ 26 ]

[ 27 ]

[ 28 ]

[ 29 ]

[ 30 ]

[ 31 ]

[ 32 ]

[ 33 ]

[ 34 ]

[ 35 ]

[ 36 ]

[ 37 ]

[ 38 ]

[ 39 ]

v т и Гидролазы : углеродно-азотные непептидные ( EC 3,5)
3.5.1: Linear amides / Amidohydrolases	Asparaginase Glutaminase Urease Biotinidase Aminoacylase ACY1 Aspartoacylase(ACY2) ACY3 Ceramidase Aspartylglucosaminidase Fatty acid amide hydrolase Histone deacetylase Sirtuin
3.5.2: Cyclic amides/ Amidohydrolases	Barbiturase Beta-lactamase Dihydroorotase
3.5.3: Linear amidines/ Ureohydrolases	Arginase Agmatinase Protein-arginine deiminase
3.5.4: Cyclic amidines/ Aminohydrolases	Guanine deaminase Adenosine deaminase AMP deaminase Inosine monophosphate synthase DCMP deaminase GTP cyclohydrolase I Cytidine deaminase AICDA Activation-induced cytidine deaminase
3.5.5: Nitriles/ Aminohydrolases	Nitrilase
3.5.99: Other	Riboflavinase Thiaminase II

v т и Ферменты
Activity	Active site Binding site Catalytic triad Oxyanion hole Enzyme promiscuity Diffusion-limited enzyme Cofactor Enzyme catalysis
Regulation	Allosteric regulation Cooperativity Enzyme inhibitor Enzyme activator
Classification	EC number Enzyme superfamily Enzyme family List of enzymes
Kinetics	Enzyme kinetics Eadie–Hofstee diagram Hanes–Woolf plot Lineweaver–Burk plot Michaelis–Menten kinetics
Types	EC1 Oxidoreductases (list) EC2 Transferases (list) EC3 Hydrolases (list) EC4 Lyases (list) EC5 Isomerases (list) EC6 Ligases (list) EC7 Translocases (list)