Саповирус

Вирус Саппоро
	Трансмиссионная электронная микрофотография вирусов Саппоро
Классификация вирусов
(без рейтинга):	Вирус
Область :	Рибовирия
Королевство:	Орторнавиры
Тип:	Писувирикота
Сорт:	Пизонивирицеты
Заказ:	Пикорнавирусы
Семья:	Калицивириды
Род:	Саповирус
Разновидность:	Вирус Саппоро

Саповирусы — генетически разнообразный род одноцепочечных РНК с положительным смыслом , безоболочечные вирусы семейства Caliciviridae . ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]} Вместе с норовирусом саповирусы являются наиболее распространенной причиной острого гастроэнтерита (обычно называемого «желудочным гриппом», хотя он не связан с гриппом ) у людей и животных. ^{[ 3 ]}^{[ 4 ]} Это монотипический таксон , содержащий только один вид — вирус Саппоро . ^{[ 5 ]}

Естественными хозяевами вируса являются человек и свинья. Вирус передается через оральный/фекальный контакт . Саповирус обычно встречается у детей и младенцев и поэтому часто распространяется в детских садах и детских садах; однако его также обнаруживали в учреждениях длительного ухода. ^{[ 6 ]} Это может быть связано с отсутствием мер личной гигиены и санитарии. Общие симптомы включают диарею и рвоту. ^{[ 7 ]} Саповирус был первоначально обнаружен во время вспышки гастроэнтерита в детском доме в Саппоро , Япония, в 1977 году. ^{[ 8 ]}

Путь передачи и восприимчивость хозяина

Саповирус передается фекально-оральным путем . Зараженные люди выделяют более $10^{9}$ частиц/грамм кала или рвоты. Частицы инфицированного человека остаются жизнеспособными в течение многих лет, а инфекционная доза может составлять всего 10 частиц. Загрязнение рабочих поверхностей, рук и т. д. может стать причиной огромного количества новых инфекций. Заражение может произойти при вдыхании частиц, например, когда частицы попадают в аэрозоль во время рвоты инфицированного человека или при смыве воды в туалете после рвоты инфицированного человека. Другие формы передачи включают чрезмерное обращение с пищевыми продуктами инфицированным человеком (чаще всего это происходит в ресторане), употребление в пищу моллюсков, обитающих в водах, загрязненных инфицированными фекалиями, а также употребление зараженной воды. ^{[ 9 ]}

Симптомы

После инкубационного периода продолжительностью 1–4 дня начинают проявляться признаки заболевания. Симптомы саповируса очень похожи на симптомы норовируса . Наиболее распространенными симптомами являются рвота и диарея. Однако могут возникнуть дополнительные симптомы, включая озноб, тошноту, головную боль, спазмы в животе, миалгию и лихорадку, хотя это происходит очень редко. Хотя симптомы у пациентов часто начинают проявляться после 1–4-дневного инкубационного периода, были случаи, когда у человека симптомы протекали бессимптомно. Хотя у человека не проявляются симптомы, он все же способен распространять вирус общим путем передачи, то есть орально-фекальным путем. ^{[ 3 ]}

Профилактика

Общая санитарная гигиена является важнейшим методом профилактики саповируса. Это можно сделать, тщательно вымыв руки после посещения туалета и перед едой/приготовлением пищи. Дезинфицирующее средство для рук на спиртовой основе неэффективно против саповируса. Загрязненные поверхности следует очистить дезинфицирующими средствами или растворами, содержащими отбеливатель. Другие профилактические меры включают в себя избегание контактов и совместное употребление напитков/еды с инфицированными людьми.

В условиях больницы

Зараженных пациентов следует изолировать, а инфицированных сотрудников отстранить от работы.
Мойщики кастрюль должны быть осведомлены и обучены, чтобы работать с осторожностью.
Если произойдет чрезвычайная вспышка, «возможно, придется закрыть палаты для новых госпитализаций».
«Перемещение персонала из пораженных в непораженные палаты должно быть запрещено — групповые мероприятия прекращены, а посещения детей не поощряются». ^{[ 9 ]}

Уход

Специфических лекарств для людей, инфицированных саповирусом, не существует. Саповирус нельзя лечить антибиотиками, поскольку это не бактериальная инфекция. Лечение включает поддержку симптомов, например, регидратацию человека. ^{[ 9 ]}

Вирусная классификация

Структура и геном

Саповирус представляет собой безоболочечный одноцепочечный РНК-вирус с положительным смыслом размером около 7,7 т.п.н. Вирус имеет поли(А)-хвост на 3'-конце, но не имеет 5'-кепка. Саповирус имеет икосаэдрическую структуру, содержащую 180 субъединиц (Т=3). Диаметр капсида составляет от 27 до 40 нм. ^{[ 10 ]} Как и у других калицивирусов, капсид саповируса имеет на поверхности округлые насечки. Однако морфология поверхности «Звезды Давида» отличает его от других калицивирусов. ^{[ 3 ]}

Геном саповируса организован в две (возможно, три) хорошо известные открытые рамки считывания (ORF). ORF1 кодирует неструктурные белки и VP1, основной капсидный белок. VP1 имеет два стандартных домена: ракушечный (S) и выступающий (P). Функция белка S заключается в «формировании каркаса вокруг нуклеиновой кислоты», тогда как белок P важен для формирования «гомодимера с рецепторами». ^{[ 11 ]} ORF2 кодирует минорные структурные полипротеины VP2. Хотя были предсказаны существование третьей ORF (ORF3), доказательств ее функции нет. ^{[ 3 ]}

Уже проанализирован и идентифицирован как минимум 21 полный геном саповируса, все из которых можно разделить на пять категорий (GI-GV), которые в дальнейшем можно разделить на различные генетические кластеры. Четыре из пяти групп (GI, GII, GIV, GV) могут инфицировать человека, и эти четыре группы соответствуют четырем антигенно различным штаммам саповируса: Саппоро, Хьюстон, Лондон и Стокгольм. ^{[ 9 ]} Хотя существует как минимум 21 генотип этого вируса, в Америке, Азии и Европе продолжают регистрироваться новые. ^{[ 12 ]}

Род	Структура	Симметрия	Капсид	Геномное расположение	Геномная сегментация
Саповирус	икосаэдрический	Т=3	Без конверта	Линейный	Однодольный

Лабораторная диагностика

Методы обнаружения нуклеиновых кислот

ПЦР с обратной транскрипцией ( ОТ-ПЦР ) является наиболее часто используемым инструментом обнаружения саповирусов из-за его широкой реактивности, чувствительности, скорости и специфичности. Из-за разнообразия саповирусов были разработаны сотни праймеров для специфичного воздействия и амплификации РНК-зависимой РНК-полимеразы. Это можно использовать для «частичной характеристики саповируса и исследования сходства обнаруженного саповируса». ^{[ 3 ]}

Обнаружение вирусных частиц

«Саповирусы морфологически отличаются от других возбудителей гастроэнтерита (например, норовируса, ротавируса, астровируса или аденовируса) по типичной морфологии поверхности «Звезды Давида» под электронным микроскопом. Однако это имеет низкую чувствительность по сравнению с методами обнаружения нуклеиновых кислот». ^{[ 3 ]}

Методы обнаружения антигенов

иммуноферментный анализ ( ИФА Для обнаружения саповируса человека в клинических образцах использовался ). Хотя ИФА можно использовать для обнаружения антигенов саповируса человека, он широко не используется. Разнообразие многих штаммов саповируса затрудняет обнаружение широкого спектра антигенов, которые могут присутствовать. Поскольку возможных антигенов очень много, ИФА не так точен и чувствителен, как методы обнаружения нуклеиновых кислот. ^{[ 3 ]}

Цикл репликации

Точный цикл репликации саповируса не определен; однако считается, что он имеет тот же или подобный цикл цитоплазматической репликации, что и другие калицивирусы. Цитоплазматический цикл репликации выглядит следующим образом:

Проникновение в клетку-хозяина достигается путем прикрепления к рецепторам хозяина, что опосредует эндоцитоз вируса в клетку-хозяина.
Снятие оболочки и высвобождение вирусной геномной РНК в цитоплазму.
VPg удаляется из вирусной РНК, которая затем транслируется в процессированный полипротеин ORF1 с образованием белков репликации.
Репликация происходит на вирусных фабриках. Геном дцРНК синтезируется из геномной оцРНК(+).
Геном дцРНК транскрибируется/реплицируется, тем самым обеспечивая вирусные мРНК/новые геномы оцРНК(+).
Субгеномная трансляция РНК приводит к образованию капсидного белка и VP2.
Сборка новых вирусных частиц и их высвобождение путем лизиса клеток». ^{[ 10 ]}

История

С помощью электронной микроскопии саповирус был впервые обнаружен в образцах диарейного стула из Великобритании в 1977 году и вскоре был известен как возбудитель гастроэнтерита. Хотя вирус был впервые обнаружен в Соединенном Королевстве, «прототипный штамм рода Sapovirus произошел из другой вспышки в Саппоро, Япония, в 1982 году». ^{[ 3 ]} Первый полный геном саповируса был интерпретирован из штамма Manchester в Соединенном Королевстве в 1993 году. Раньше саповирусы назывались «саппоро-подобными вирусами»; однако в 2002 году они были изменены на вид вируса Саппоро, род Sapovirus , семейства Caliciviridae . «В настоящее время семейство Caliciviridae состоит из пяти установленных родов: Sapovirus, Norovirus, Lagovirus, Vesivirus и Nebovirus». ^{[ 3 ]}

Вспышки

декабрь 2013 г.

Один положительный результат на саповирусную инфекцию был подтвержден в больнице Гисборн в Новой Зеландии. Еще два случая были выявлены у сотрудников, еще пять пациентов были изолированы. Сотрудники больницы соблюдали меры предосторожности, используя средства индивидуальной защиты при входе в палаты. ^{[ 8 ]}

июнь 2007 г.

У пятидесяти пяти преподавателей колледжа в округе Тайбэй была диагностирована саповирусная инфекция.

Учреждения длительного ухода 2002–2009 гг.

«Используя данные департаментов общественного здравоохранения Орегона и Миннесоты, исследователи исследовали 2161 вспышку гастроэнтерита в период с 2002 по 2009 год. Из них 142 вспышки (7 процентов) оказались отрицательными по норовирусу, а 93 из них были дополнительно проверены на другие желудочно-кишечные вирусы. включая саповирус, астровирус, аденовирус и ротавирус, был выявлен в 21 вспышке (23 процента), причем 66 процентов из них произошли в учреждениях длительного ухода. Почти половина этих случаев произошла только в 2007 году». Исследователи далее объяснили, что, хотя доля саповирусов, встречающихся в учреждениях долговременного ухода, была высокой, это, скорее всего, было результатом предусмотренной законом отчетности о вспышках. ^{[ 6 ]}

Сопутствующие заболевания

Норовирус чаще всего ассоциируется с саповирусом. Геномы норовируса и саповируса очень тесно связаны; различие между ними можно провести только по различиям в их стратегии кодирования и рамках считывания. Норовирусы, наряду с саповирусами, являются наиболее распространенной причиной гастроэнтерита и поэтому проявляют одинаковые симптомы. ^{[ 13 ]}

Астровирус , как и саповирус, вызывает гастроэнтерит у детей и пожилых людей, особенно у людей с ослабленным иммунитетом. В то время как у саповируса есть две ORF, у астровируса их три. Астровирус также имеет 6 рекомбинантных штаммов. Астровирус реплицируется в цитоплазме и легко распространяется в желудочно-кишечном тракте. ^{[ 9 ]}

Ротавирус , как норовирус, астровирус и саповирус, вызывает гастроэнтерит. Ротавирус, однако, гораздо более смертоносен: он является причиной 37% смертей детей от диареи и 215 000 смертей во всем мире. ^{[ 14 ]}

Вирусы животных

Саповирусы были выявлены у летучих мышей , калифорнийских морских львов , собак , свиней и норок . ^{[ 15 ]}^{[ 16 ]}

Ссылки

^ Винье, Дж; Эстес, МК; Стивенс, П; Грин, Кентукки; Катаяма, К; Ноулз, Нью-Джерси; L'Homme, Y; Мартелла, В; Веннема, Х; Уайт, Пенсильвания; Консорциум отчетов ICTV (ноябрь 2019 г.). «Профиль таксономии вируса ICTV: Caliciviridae » . Журнал общей вирусологии . 100 (11): 1469–1470. дои : 10.1099/jgv.0.001332 . ПМК 7011698 . ПМИД 31573467 .
^ «Репортаж ICTV Caliciviridae» .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час ^я Ока, Томоитиро; Ван, Цюхун; Катаяма, Кадзухико; Саиф, Линда Дж. (1 января 2015 г.). «Комплексный обзор саповирусов человека» . Обзоры клинической микробиологии . 28 (1): 32–53. дои : 10.1128/CMR.00011-14 . ISSN 0893-8512 . ПМЦ 4284302 . ПМИД 25567221 .
^ Разизаде, Мохаммад Хосейн; Хатами, Алиреза; Зарей, Мохаммед (8 октября 2021 г.). «Глобальная молекулярная распространенность и распределение генотипов саповируса у детей с желудочно-кишечными осложнениями: систематический обзор и метаанализ». Обзоры по медицинской вирусологии . 32 (3): e2302. дои : 10.1002/rmv.2302 . ПМИД 34626019 . S2CID 238528430 .
^ «Таксономия вирусов: выпуск 2018b» . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) . Март 2019 года . Проверено 1 мая 2019 г.
^ Jump up to: ^а ^б Ли, Лор Э.; Чебелински, Элизабет А.; Фуллер, Кэндис; Кин, Уильям Э.; Смит, Кирк; Винье, Ян; Бессер, Джон М. (2012). «Вспышки саповируса в учреждениях длительного ухода, Орегон и Миннесота, США, 2002–2009 гг.» . Новые инфекционные заболевания . 18 (5): 873–876. дои : 10.3201/eid1805.111843 . ПМК 3358050 . ПМИД 22516204 .
^ «Вирусная страница» . веб-сайт Stanford.edu . Проверено 5 ноября 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^б Харкер-Смит, Марино (2 декабря 2013 г.). «Саповирус - Новая Зеландия: больничная вспышка (GI)» . Гисборн Геральд . Получено 2 ноября 2017 г. - через ProMED-mail .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и Барер, Майк (17 января 2011 г.). «Калицивирусы и астровирусы» . В Гринвуде, Дэвид (ред.). Медицинская микробиология: Руководство по микробным инфекциям: патогенез, иммунитет, лабораторная диагностика и контроль . стр. 579–586. ISBN 978-0702051197 .
^ Jump up to: ^а ^б «Вирусная зона» . ЭксПАСи . Проверено 15 июня 2015 г.
^ Миядзаки, Наоюки; Тейлор, Дэвид В.; Хансман, Грант С.; Мурата, Казуёси (1 марта 2016 г.). «Антигенный и криоэлектронный микроскопический анализ структуры химерного капсида саповируса» . Журнал вирусологии . 90 (5): 2664–2675. дои : 10.1128/JVI.02916-15 . ISSN 0022-538X . ПМЦ 4810723 . ПМИД 26699644 .
^ Цинда, Эммануэль Каннинг; Маласао, Рунгнапа; Фурусэ, Юки; Гилман, Роберт Х.; Лю, Сяофан; Апаза, Соня; Эспетия, Сьюзен; Кама, Виталиано; Оситани, Хитоши (26 октября 2017 г.). «Полное кодирование геномных последовательностей необычных штаммов саповируса GII.8, выявленных в образцах диареи, собранных у перуанских детей» . Объявления о геноме . 5 (43): e01137–17. doi : 10.1128/genomeA.01137-17 . ISSN 2169-8287 . ПМЦ 5658493 . ПМИД 29074655 .
^ Фаркас, Т.; Чжун, ВМ; Цзин, Ю.; Хуанг, ПВ; Эспиноза, СМ; Мартинес, Н.; Морроу, Алабама; Руис-Паласиос, генеральный менеджер; Пикеринг, ЛК (1 июля 2004 г.). «Генетическое разнообразие саповирусов». Архив вирусологии . 149 (7): 1309–1323. дои : 10.1007/s00705-004-0296-9 . ISSN 0304-8608 . ПМИД 15221533 . S2CID 35990669 .
^ Тейт, Жаклин Э.; Бертон, Энтони Х.; Боски-Пинто, Синтия; Парашар, Умеш Д.; Глобальная сеть эпиднадзора за ротавирусом, координируемая Всемирной организацией здравоохранения (1 мая 2016 г.). «Глобальные, региональные и национальные оценки смертности детей от ротавирусной инфекции» . Клинические инфекционные болезни . 62 Приложение 2: S96–S105. дои : 10.1093/cid/civ1013 . ISSN 1537-6591 . ПМИД 27059362 .
^ Мэн XJ (январь 2012 г.). «Новые и вновь возникающие вирусы свиней» . Трансграничные и новые болезни . 59 : 85–102. дои : 10.1111/j.1865-1682.2011.01291.x . ПМИД 22225855 .
^ Це, Х.; Чан, ВМ; Ли, К.С.; Лау, СК; Ву, ПК; Юэнь, Кентукки (2012). «Открытие и геномная характеристика нового саповируса летучих мышей с необычными геномными особенностями и филогенетическим положением» . ПЛОС ОДИН . 7 (4): e34987. дои : 10.1371/journal.pone.0034987 . ПМЦ 3325917 . ПМИД 22514697 .

Внешние ссылки

[1] Винье, Дж; Эстес, МК; Стивенс, П; Грин, Кентукки; Катаяма, К; Ноулз, Нью-Джерси; L'Homme, Y; Мартелла, В; Веннема, Х; Уайт, Пенсильвания; Консорциум отчетов ICTV (ноябрь 2019 г.). «Профиль таксономии вируса ICTV: Caliciviridae » . Журнал общей вирусологии . 100 (11): 1469–1470. дои : 10.1099/jgv.0.001332 . ПМК 7011698 . ПМИД 31573467 .

[ICTV-2] «Репортаж ICTV Caliciviridae» .

[:1-3] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час ^я Ока, Томоитиро; Ван, Цюхун; Катаяма, Кадзухико; Саиф, Линда Дж. (1 января 2015 г.). «Комплексный обзор саповирусов человека» . Обзоры клинической микробиологии . 28 (1): 32–53. дои : 10.1128/CMR.00011-14 . ISSN 0893-8512 . ПМЦ 4284302 . ПМИД 25567221 .

[4] Разизаде, Мохаммад Хосейн; Хатами, Алиреза; Зарей, Мохаммед (8 октября 2021 г.). «Глобальная молекулярная распространенность и распределение генотипов саповируса у детей с желудочно-кишечными осложнениями: систематический обзор и метаанализ». Обзоры по медицинской вирусологии . 32 (3): e2302. дои : 10.1002/rmv.2302 . ПМИД 34626019 . S2CID 238528430 .

[5] «Таксономия вирусов: выпуск 2018b» . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) . Март 2019 года . Проверено 1 мая 2019 г.

[:3-6] Jump up to: ^а ^б Ли, Лор Э.; Чебелински, Элизабет А.; Фуллер, Кэндис; Кин, Уильям Э.; Смит, Кирк; Винье, Ян; Бессер, Джон М. (2012). «Вспышки саповируса в учреждениях длительного ухода, Орегон и Миннесота, США, 2002–2009 гг.» . Новые инфекционные заболевания . 18 (5): 873–876. дои : 10.3201/eid1805.111843 . ПМК 3358050 . ПМИД 22516204 .

[7] «Вирусная страница» . веб-сайт Stanford.edu . Проверено 5 ноября 2017 г.

[:4-8] Jump up to: ^а ^б Харкер-Смит, Марино (2 декабря 2013 г.). «Саповирус - Новая Зеландия: больничная вспышка (GI)» . Гисборн Геральд . Получено 2 ноября 2017 г. - через ProMED-mail .

[:0-9] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и Барер, Майк (17 января 2011 г.). «Калицивирусы и астровирусы» . В Гринвуде, Дэвид (ред.). Медицинская микробиология: Руководство по микробным инфекциям: патогенез, иммунитет, лабораторная диагностика и контроль . стр. 579–586. ISBN 978-0702051197 .

[ViralZone-10] Jump up to: ^а ^б «Вирусная зона» . ЭксПАСи . Проверено 15 июня 2015 г.

[11] Миядзаки, Наоюки; Тейлор, Дэвид В.; Хансман, Грант С.; Мурата, Казуёси (1 марта 2016 г.). «Антигенный и криоэлектронный микроскопический анализ структуры химерного капсида саповируса» . Журнал вирусологии . 90 (5): 2664–2675. дои : 10.1128/JVI.02916-15 . ISSN 0022-538X . ПМЦ 4810723 . ПМИД 26699644 .

[12] Цинда, Эммануэль Каннинг; Маласао, Рунгнапа; Фурусэ, Юки; Гилман, Роберт Х.; Лю, Сяофан; Апаза, Соня; Эспетия, Сьюзен; Кама, Виталиано; Оситани, Хитоши (26 октября 2017 г.). «Полное кодирование геномных последовательностей необычных штаммов саповируса GII.8, выявленных в образцах диареи, собранных у перуанских детей» . Объявления о геноме . 5 (43): e01137–17. doi : 10.1128/genomeA.01137-17 . ISSN 2169-8287 . ПМЦ 5658493 . ПМИД 29074655 .

[13] Фаркас, Т.; Чжун, ВМ; Цзин, Ю.; Хуанг, ПВ; Эспиноза, СМ; Мартинес, Н.; Морроу, Алабама; Руис-Паласиос, генеральный менеджер; Пикеринг, ЛК (1 июля 2004 г.). «Генетическое разнообразие саповирусов». Архив вирусологии . 149 (7): 1309–1323. дои : 10.1007/s00705-004-0296-9 . ISSN 0304-8608 . ПМИД 15221533 . S2CID 35990669 .

[14] Тейт, Жаклин Э.; Бертон, Энтони Х.; Боски-Пинто, Синтия; Парашар, Умеш Д.; Глобальная сеть эпиднадзора за ротавирусом, координируемая Всемирной организацией здравоохранения (1 мая 2016 г.). «Глобальные, региональные и национальные оценки смертности детей от ротавирусной инфекции» . Клинические инфекционные болезни . 62 Приложение 2: S96–S105. дои : 10.1093/cid/civ1013 . ISSN 1537-6591 . ПМИД 27059362 .

[pmid22225855-15] Мэн XJ (январь 2012 г.). «Новые и вновь возникающие вирусы свиней» . Трансграничные и новые болезни . 59 : 85–102. дои : 10.1111/j.1865-1682.2011.01291.x . ПМИД 22225855 .

[Tse2012-16] Це, Х.; Чан, ВМ; Ли, К.С.; Лау, СК; Ву, ПК; Юэнь, Кентукки (2012). «Открытие и геномная характеристика нового саповируса летучих мышей с необычными геномными особенностями и филогенетическим положением» . ПЛОС ОДИН . 7 (4): e34987. дои : 10.1371/journal.pone.0034987 . ПМЦ 3325917 . ПМИД 22514697 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

Идентификаторы таксонов
Саповирус	Викиданные : Q7421020 Викивиды : Саповирус Полицейский : 7CBK Срок действия : 67730 ГБИФ : 10069478 ИРМНГ : 1023814 NCBI : 95341 ВОРМС : 600371
Вирус Саппоро	Викиданные : Q18967541 Викивиды : вирус Саппоро Кол-во : 79KX8 Номер лицензии : 541571 ИРМНГ : 11460742 НКБИ : 95342