✖


Jump to content

Микроспутник

(Перенаправлено из коротких тандемных повторов )
Эта статья о последовательности ДНК. Чтобы узнать о небольших орбитальных космических кораблях, см. Микроспутник (космический полет) .

Микросателлит , — это участок повторяющейся ДНК в котором определенные мотивы ДНК (длиной от одной до шести и более пар оснований ) повторяются, обычно 5–50 раз. [1] [2] организма Микросателлиты встречаются в тысячах мест генома . У них более высокая частота мутаций , чем у других участков ДНК. [3] что приводит к высокому генетическому разнообразию . Микросателлиты часто называют короткими тандемными повторами ( STR ) судебными генетиками и в генетической генеалогии или простыми повторами последовательностей ( SSR ) генетиками растений. [4]

Микросателлиты и их более длинные родственники, минисателлиты , вместе классифицируются как ДНК VNTR (переменное количество тандемных повторов ). Название «сателлитная» ДНК относится к раннему наблюдению, согласно которому центрифугирование геномной ДНК в пробирке отделяет заметный слой объемной ДНК от сопровождающих «сателлитных» слоев повторяющейся ДНК. [5]

Они широко используются для анализа ДНК при диагностике рака , при родства анализе (особенно при установлении отцовства ) и при судебно-медицинской экспертизе. Они также используются в анализе генетического сцепления для обнаружения гена или мутации, ответственных за данный признак или заболевание. Микросателлиты также используются в популяционной генетике для измерения уровня родства между подвидами, группами и особями.

История

[ редактировать ]

Хотя первый микросателлит был охарактеризован в 1984 году в Университете Лестера Уеллером, Джеффрисом и коллегами как полиморфный повтор GGAT в гене миоглобина человека , термин «микросателлит» был введен позже, в 1989 году, Литтом и Люти. [1] Название «сателлитная» ДНК относится к раннему наблюдению, согласно которому центрифугирование геномной ДНК в пробирке отделяет заметный слой объемной ДНК от сопровождающих «сателлитных» слоев повторяющейся ДНК. [5] Растущая доступность амплификации ДНК с помощью ПЦР в начале 1990-х годов вызвала большое количество исследований, использующих амплификацию микросателлитов в качестве генетических маркеров для судебной медицины, проверки отцовства и позиционного клонирования для поиска гена, лежащего в основе признака или заболевания. Выдающиеся ранние применения включают идентификацию с помощью микросателлитного генотипирования скелетных останков восьмилетней британской жертвы убийства ( Hagelberg et al. 1991) и доктора концентрационного лагеря Освенцим Йозефа Менгеле , который бежал в Южную Америку после Второй мировой войны ( Hagelberg et al. 1991). Джеффрис и др. 1992). [1]

Структуры, расположение и функции

[ редактировать ]

Микросателлит представляет собой участок тандемно повторяющихся (т.е. соседних) мотивов ДНК, длина которых варьируется от одного до шести или до десяти нуклеотидов (точное определение и разграничение более длинных минисателлитов варьируется от автора к автору). [1] [6] и обычно повторяются 5–50 раз. Например, последовательность TATATATATA представляет собой динуклеотидный микросателлит, а GTCGTCGTCGTCGTC представляет собой тринуклеотидный микросателлит (где A представляет собой аденин , G- гуанин , C- цитозин и T -тимин ). Повторяющиеся единицы из четырех и пяти нуклеотидов называются тетра- и пентануклеотидными мотивами соответственно. У большинства эукариот есть микросателлиты, за заметным исключением некоторых видов дрожжей. Микросателлиты распределены по всему геному. [7] [1] [8] Например, геном человека содержит 50 000–100 000 динуклеотидных микросателлитов и меньшее количество три-, тетра- и пентануклеотидных микросателлитов. [9] Многие из них расположены в некодирующих частях генома человека и поэтому не производят белки, но они также могут располагаться в регуляторных и кодирующих областях .

Микросателлиты в некодирующих регионах могут не иметь какой-либо конкретной функции и, следовательно, не могут быть выбраны ; это позволяет им беспрепятственно накапливать мутации на протяжении поколений и порождает изменчивость, которую можно использовать для снятия отпечатков пальцев и идентификации ДНК. Другие микросателлиты расположены в регуляторных фланкирующих или интронных областях генов или непосредственно в кодонах генов – микросателлитные мутации в таких случаях могут приводить к фенотипическим изменениям и заболеваниям, особенно к заболеваниям триплетной экспансии, таким как синдром ломкой Х-хромосомы и болезнь Хантингтона . [10]

Теломеры представляют собой линейные последовательности ДНК, которые расположены на самых концах хромосом и защищают целостность геномного материала (вроде как аглет на конце шнурка) во время последовательных раундов деления клеток из-за «проблемы концевой репликации». [6] Было показано, что в лейкоцитах постепенное укорочение теломерной ДНК обратно коррелирует со старением в нескольких типах образцов. [11] Теломеры состоят из повторяющейся ДНК с гексануклеотидным повторяющимся мотивом TTAGGG у позвоночных. [ нужна ссылка ] Таким образом, они классифицируются как миниспутники . Точно так же насекомые имеют более короткие повторяющиеся мотивы в своих теломерах, которые, возможно, можно считать микросателлитами. [ нужна ссылка ]

Механизмы мутации и скорость мутаций

[ редактировать ]
Проскальзывание цепи ДНК во время репликации локуса STR. Коробки символизируют повторяющиеся единицы ДНК. Стрелки указывают направление, в котором новая цепь ДНК (белые прямоугольники) реплицируется из цепи матрицы (черные прямоугольники). Изображены три ситуации во время репликации ДНК. (а) Репликация локуса STR прошла без мутации. (б) Репликация локуса STR привела к увеличению одной единицы благодаря петле в новой цепи; аберрантная петля стабилизируется фланкирующими единицами, комплементарными противоположной цепи. (в) Репликация локуса STR привела к потере одной единицы из-за петли в цепи матрицы. (Форстер и др., 2015 г.)

В отличие от точечных мутаций , которые затрагивают только один нуклеотид, микросателлитные мутации приводят к появлению или утрате целой единицы повтора, а иногда и двух и более повторов одновременно. Таким образом, частота мутаций в микросателлитных локусах будет отличаться от других скоростей мутаций, таких как скорость замены оснований. ожидается, что [12] [13] Скорость мутаций в микросателлитных локусах зависит от последовательности повторяющегося мотива, количества повторяющихся единиц мотива и чистоты канонической повторяющейся последовательности. [14] Были рассмотрены различные механизмы мутации микросателлитных локусов. [14] [15] и их полиморфная природа была оценена количественно. [16] Фактическая причина мутаций в микросателлитах дискутируется.

Одной из предполагаемых причин таких изменений длины является проскальзывание репликации, вызванное несоответствием между цепями ДНК во время репликации во время мейоза . [17] ДНК-полимераза , фермент, ответственный за чтение ДНК во время репликации, может соскользнуть при движении по цепи матрицы и продолжить работу на неправильном нуклеотиде. Проскальзывание ДНК-полимеразы более вероятно при репликации повторяющейся последовательности (например, CGCGCG). Поскольку микросателлиты состоят из таких повторяющихся последовательностей, ДНК-полимераза может чаще совершать ошибки в этих областях последовательности. Несколько исследований обнаружили доказательства того, что проскальзывание является причиной микросателлитных мутаций. [18] [19] Обычно проскальзывание в каждом микроспутнике происходит примерно один раз за 1000 поколений. [20] Таким образом, проскальзывающие изменения в повторяющейся ДНК встречаются на три порядка чаще, чем точечные мутации в других частях генома. [21] В большинстве случаев проскальзывание приводит к изменению только одной повторяющейся единицы, а скорости проскальзывания различаются для разных длин аллелей и размеров повторяющихся единиц. [3] и внутри разных видов. [22] [23] [24] Если между отдельными аллелями существует большая разница в размерах, то может наблюдаться повышенная нестабильность во время рекомбинации при мейозе. [21]

Другой возможной причиной микросателлитных мутаций являются точковые мутации, при которых во время репликации неправильно копируется только один нуклеотид. Исследование, сравнивающее геномы человека и приматов, показало, что большинство изменений количества повторов в коротких микросателлитах происходят из-за точечных мутаций, а не из-за проскальзывания. [25]

Частота микросателлитных мутаций

[ редактировать ]

Прямые оценки частоты микросателлитных мутаций были сделаны у многих организмов, от насекомых до человека. У пустынной саранчи Schistocerca gregaria частота микросателлитных мутаций оценена в 2,1 × 10 −4 на поколение на локус. [26] Частота микросателлитных мутаций в мужских зародышевых линиях человека в пять-шесть раз выше, чем в женских зародышевых линиях, и колеблется от 0 до 7 × 10 −3 на локус на гамету на поколение. [3] У нематоды Pristionchus pacificus предполагаемая частота микросателлитных мутаций колеблется в пределах 8,9 × 10 −5 до 7,5 × 10 −4 на локус на поколение. [27]

Частота микросателлитных мутаций варьируется в зависимости от положения основания относительно микросателлита, типа повтора и идентичности основания. [25] Скорость мутаций возрастает с увеличением количества повторов, достигая максимума примерно от шести до восьми повторов, а затем снова снижается. [25] Повышенная гетерозиготность в популяции также увеличит частоту микросателлитных мутаций. [28] особенно когда существует большая разница в длине между аллелями. Вероятно, это связано с гомологичными хромосомами с плечами разной длины, что приводит к нестабильности во время мейоза. [29]

Биологические эффекты микросателлитных мутаций

[ редактировать ]

Многие микросателлиты расположены в некодирующей ДНК и биологически молчат. Другие расположены в регуляторной или даже кодирующей ДНК – микросателлитные мутации в таких случаях могут привести к фенотипическим изменениям и заболеваниям. По оценкам полногеномного исследования, микросателлитные вариации составляют 10–15% наследственных вариаций экспрессии генов у людей. [30] [16]

Влияние на белки

[ редактировать ]

У млекопитающих 20–40% белков содержат повторяющиеся последовательности аминокислот, кодируемые короткими повторами последовательностей. [31] Большинство повторов коротких последовательностей в участках генома, кодирующих белок, имеют повторяющуюся единицу из трех нуклеотидов, поскольку эта длина не вызывает сдвигов рамки при мутации. [32] Каждая повторяющаяся тринуклеотидная последовательность транскрибируется в повторяющуюся серию той же аминокислоты. У дрожжей наиболее распространенными повторяющимися аминокислотами являются глутамин, глутаминовая кислота, аспарагин, аспарагиновая кислота и серин.

Мутации в этих повторяющихся сегментах могут влиять на физические и химические свойства белков, потенциально вызывая постепенные и предсказуемые изменения в действии белков. [33] Например, изменения длины в тандемно повторяющихся областях гена Runx2 приводят к различиям в длине лица у домашних собак ( Canis Families ), причем существует связь между более длинными последовательностями и более длинными мордами. [34] Эта ассоциация также применима к более широкому кругу видов хищных животных. [35] Изменения длины полиаланиновых трактов в гене HOXA13 связаны с ладонно-ногоно-генитальным синдромом — нарушением развития у людей. [36] Изменения длины других триплетных повторов связаны с более чем 40 неврологическими заболеваниями у человека, в частности с нарушениями тринуклеотидных повторов, такими как синдром ломкой Х-хромосомы и болезнь Хантингтона . [10] Эволюционные изменения, вызванные проскальзыванием репликации, происходят и у более простых организмов. Например, изменения длины микросателлитов часто встречаются в поверхностных мембранных белках дрожжей, что обеспечивает быструю эволюцию свойств клеток. [37] В частности, изменения длины гена FLO1 контролируют уровень адгезии к субстратам. [38] Повторы коротких последовательностей также обеспечивают быстрые эволюционные изменения поверхностных белков патогенных бактерий; это может позволить им идти в ногу с иммунологическими изменениями у своих хозяев. [39] Изменения длины коротких повторов последовательности у гриба ( Neurospora crassa ) контролируют продолжительность его циркадных часовых циклов. [40]

Влияние на регуляцию генов

[ редактировать ]

Изменения длины микросателлитов внутри промоторов и других цис-регуляторных областей могут быстро менять экспрессию генов между поколениями. Геном человека содержит множество (>16 000) повторов коротких последовательностей в регуляторных областях, которые обеспечивают «ручки настройки» экспрессии многих генов. [30] [41]

Изменения длины бактериальных SSR могут влиять на образование фимбрий у Haemophilus influenzae путем изменения расстояния между промоторами. [39] Динуклеотидные микросателлиты связаны с многочисленными вариациями цис-регуляторных контрольных областей в геноме человека. [41] Микросателлиты в контрольных регионах гена рецептора вазопрессина 1а у полевок влияют на их социальное поведение и уровень моногамии. [42]

При саркоме Юинга (тип болезненного рака костей у молодых людей) точечная мутация привела к созданию расширенного микросателлита GGAA, который связывает фактор транскрипции, который, в свою очередь, активирует ген EGR2, вызывающий рак. [43] Кроме того, другие микросателлиты GGAA могут влиять на экспрессию генов, которые способствуют клиническому исходу пациентов с саркомой Юинга. [44]

Эффекты внутри интронов

[ редактировать ]

Микросателлиты внутри интронов также влияют на фенотип способами, которые в настоящее время не изучены. Например, расширение триплета GAA в первом интроне гена X25, по-видимому, нарушает транскрипцию и вызывает атаксию Фридрейха . [45] Тандемные повторы в первом интроне гена аспарагинсинтетазы связаны с острым лимфобластным лейкозом. [46] Полиморфизм повторов в четвертом интроне гена NOS3 связан с гипертонией у тунисской популяции. [47] Уменьшенная длина повторов гена EGFR связана с остеосаркомами. [48]

Известно, что архаичная форма сплайсинга, сохранившаяся у рыбок данио, использует микросателлитные последовательности внутри интронной мРНК для удаления интронов в отсутствие U2AF2 и других механизмов сплайсинга. Предполагается, что эти последовательности образуют высокостабильные конфигурации клеверного листа , которые сближают сайты сплайсинга 3' и 5' интронов, эффективно заменяя сплайсосому . Считается, что этот метод сплайсинга РНК отошел от эволюции человека при формировании четвероногих и представляет собой артефакт мира РНК . [49]

Эффекты внутри транспозонов

[ редактировать ]

Почти 50% человеческого генома содержится в различных типах мобильных элементов (также называемых транспозонами или «прыгающими генами»), и многие из них содержат повторяющуюся ДНК. [50] Вполне вероятно, что повторы коротких последовательностей в этих местах также участвуют в регуляции экспрессии генов. [51]

Приложения

[ редактировать ]

Микросателлиты используются для оценки делеций хромосомной ДНК при диагностике рака. Микросателлиты широко используются для профилирования ДНК , также известного как «генетическая дактилоскопия», следов преступлений (в криминалистике) и тканей (у пациентов, перенесших трансплантацию). Они также широко используются при анализе родства (чаще всего при установлении отцовства). Кроме того, микросателлиты используются для картирования мест в геноме, в частности, при анализе генетического сцепления , чтобы определить местонахождение гена или мутации, ответственных за данный признак или заболевание. В качестве частного случая картирования их можно использовать для изучения генов дупликации или делеции . Исследователи используют микросателлиты в популяционной генетике и в проектах по сохранению видов. Генетики растений предложили использовать микросателлиты для отбора желаемых признаков с помощью маркеров в селекции растений.

Диагностика рака

[ редактировать ]

В опухолевых клетках, контроль репликации которых поврежден, микросателлиты могут приобретаться или теряться с особенно высокой частотой во время каждого раунда митоза . Следовательно, линия опухолевых клеток может иметь генетический отпечаток, отличный от такового в ткани хозяина, и, особенно при колоректальном раке , может проявляться с потерей гетерозиготности . [52] [53] Поэтому микросателлиты, анализируемые в первичной ткани, обычно используются в диагностике рака для оценки прогрессирования опухоли. [54] [55] [56] Исследования широкогеномных ассоциаций (GWAS) использовались для выявления микросателлитных биомаркеров как источника генетической предрасположенности к различным видам рака. [57] [58] [59]

Частичный профиль STR человека, полученный с использованием набора Applied Biosystems Identifiler.

Судебно-медицинская дактилоскопия

[ редактировать ]

Микросателлитный анализ стал популярным в области криминалистики в 1990-х годах. [60] Он используется для генетического снятия отпечатков пальцев людей, где он позволяет провести судебно-медицинскую идентификацию (обычно сопоставляя пятно преступления с жертвой или преступником). Его также используют для наблюдения за пациентами, перенесшими трансплантацию костного мозга . [61]

Все микросателлиты, используемые сегодня для судебно-медицинского анализа, представляют собой тетра- или пента-нуклеотидные повторы, поскольку они дают высокую степень безошибочности данных, будучи при этом достаточно короткими, чтобы выдержать деградацию в неидеальных условиях. Даже более короткие повторяющиеся последовательности будут иметь тенденцию страдать от таких артефактов, как заикание ПЦР и преимущественная амплификация, в то время как более длинные повторяющиеся последовательности будут больше страдать от деградации окружающей среды и будут хуже амплифицироваться с помощью ПЦР . [62] человека Еще одно судебно-медицинское соображение заключается в том, что необходимо уважать медицинскую конфиденциальность , чтобы для судебно-медицинской экспертизы выбирались некодирующие STR, не влияющие на регуляцию генов и обычно не представляющие собой тринуклеотидные STR, которые могут быть вовлечены в заболевания триплетной экспансии, такие как болезнь Хантингтона . Криминалистические профили STR хранятся в банках данных ДНК, таких как Национальная база данных ДНК Великобритании (NDNAD), американская CODIS или австралийская NCIDD.

Анализ родства (установление отцовства)

[ редактировать ]

Аутосомные микросателлиты широко используются для определения профиля ДНК при анализе родства (чаще всего при установлении отцовства). [63] Унаследованные по отцовской линии Y-STR (микросателлиты на Y-хромосоме ) часто используются в генеалогическом тестировании ДНК .

Анализ генетического сцепления

[ редактировать ]

В течение 1990-х годов и в первые несколько лет этого тысячелетия микросателлиты были «рабочей лошадкой» генетических маркеров для полногеномного сканирования, чтобы определить местонахождение любого гена, ответственного за данный фенотип или заболевание, используя наблюдения сегрегации между поколениями выборочной родословной. Хотя рост более высокой пропускной способности и экономически эффективных платформ однонуклеотидного полиморфизма (SNP) привел к эпохе SNP для сканирования генома, микросателлиты остаются высокоинформативными мерами геномной изменчивости для исследований сцепления и ассоциации. Их постоянное преимущество заключается в большем аллельном разнообразии, чем у двуаллельных SNP, таким образом, микросателлиты могут дифференцировать аллели в пределах представляющего интерес блока неравновесия по сцеплению, определяемого SNP. Таким образом, микросателлиты успешно привели к открытию генов диабета 2 типа ( TCF7L2 ) и рака простаты (область 8q21). [6] [64]

Популяционная генетика

[ редактировать ]
Дерево консенсусного объединения соседей из 249 человеческих популяций и шести популяций шимпанзе. Создан на основе 246 микросателлитных маркеров. [65]

Микросателлиты были популяризированы в популяционной генетике в 1990-х годах, потому что, когда ПЦР стала повсеместной в лабораториях, исследователи смогли разработать праймеры и амплифицировать наборы микросателлитов по низкой цене. Их использование широкомасштабно. [66] Микроспутник с нейтральной эволюционной историей делает его применимым для измерения или выявления узких мест . [67] местная адаптация , [68] индекс аллельной фиксации (FST ) , [69] численность населения , [70] и поток генов . [71] Поскольку секвенирование следующего поколения становится более доступным, использование микросателлитов сократилось, однако они остаются важнейшим инструментом в этой области. [72]

Селекция растений

[ редактировать ]

Отбор с помощью маркеров или отбор с помощью маркеров (MAS) — это процесс непрямого отбора, при котором интересующий признак выбирается на основе маркера ( морфологического , биохимического или изменения ДНК / РНК ), связанного с интересующим признаком (например, продуктивностью, устойчивостью к болезням, стрессом). толерантность и качество), а не на саму черту. Было предложено использовать микросателлиты в качестве таких маркеров для помощи в селекции растений. [73]

Анализ

[ редактировать ]
Анализ коротких тандемных повторов (STR) на упрощенной модели с использованием полимеразной цепной реакции (ПЦР). Сначала образец ДНК подвергается ПЦР с праймерами, нацеленными на определенные STR (длина которых различается у разных людей и их аллелей ). Полученные фрагменты разделяют по размеру (например, электрофорезом ). [74]

Повторяющуюся ДНК нелегко проанализировать с помощью методов секвенирования ДНК нового поколения , поскольку некоторые технологии не справляются с гомополимерными участками. Было создано множество программных подходов для анализа или считывания необработанного секвенирования ДНК следующего поколения с целью определения генотипа и вариантов повторяющихся локусов. [75] [76] Микросателлиты можно анализировать и проверять с помощью установленной ПЦР-амплификации и определения размера ампликона, иногда с последующим секвенированием ДНК по Сэнгеру .

В судебной медицине анализ выполняется путем извлечения ядерной ДНК из клеток интересующего образца, а затем амплификации определенных полиморфных областей извлеченной ДНК с помощью полимеразной цепной реакции . После амплификации этих последовательностей их разрешают либо с помощью гель-электрофореза , либо капиллярного электрофореза , что позволит аналитику определить, сколько существует повторов рассматриваемой микросателлитной последовательности. Если ДНК была разделена с помощью гель-электрофореза, ДНК можно визуализировать либо с помощью окрашивания серебром (низкая чувствительность, безопасно, недорого), либо с помощью интеркалирующего красителя, такого как бромид этидия (достаточно чувствителен, умеренный риск для здоровья, недорогой), либо как это делают большинство современных методов. лаборатории судебно-медицинской экспертизы используют флуоресцентные красители (высокочувствительные, безопасные, дорогие). [77] В приборах, предназначенных для разделения микросателлитных фрагментов методом капиллярного электрофореза, также используются флуоресцентные красители. [77] Криминалистические профили хранятся в крупных банках данных. Британская . база данных для идентификации микросателлитных локусов изначально была основана на британской SGM+ системе [78] [79] с использованием 10 локусов и маркера пола . Американцы [80] увеличил это число до 13 локусов. [81] Австралийская база данных называется NCIDD, и с 2013 года она использует 18 основных маркеров для профилирования ДНК. [60]

Усиление

[ редактировать ]

Микросателлиты можно амплифицировать для идентификации с помощью процесса полимеразной цепной реакции (ПЦР) с использованием уникальных последовательностей фланкирующих областей в качестве праймеров . ДНК неоднократно денатурируют при высокой температуре для разделения двойной цепи, затем охлаждают, чтобы обеспечить отжиг праймеров и удлинение нуклеотидных последовательностей через микросателлит. В результате этого процесса образуется достаточно ДНК, чтобы ее можно было увидеть на агарозном или полиакриламидном геле; для амплификации необходимы лишь небольшие количества ДНК, поскольку таким образом термоциклирование приводит к экспоненциальному увеличению реплицируемого сегмента. [82] Благодаря обилию технологий ПЦР праймеры, фланкирующие микросателлитные локусы, просты и быстры в использовании, но разработка правильно функционирующих праймеров часто является утомительным и дорогостоящим процессом.

Ряд образцов ДНК из образцов Littorina plena амплифицировали с помощью полимеразной цепной реакции с праймерами, нацеленными на локус вариабельного повтора простой последовательности (SSR, также известный как микросателлит). Образцы обрабатывали на 5% полиакриламидном геле и визуализировали с помощью окрашивания серебром.

Дизайн микросателлитных праймеров

[ редактировать ]

При поиске микросателлитных маркеров в определенных участках генома, например, внутри определенного интрона , праймеры можно создавать вручную. Это включает в себя поиск микросателлитных повторов в последовательности геномной ДНК, который можно выполнить на глаз или с помощью автоматизированных инструментов, таких как маскировщик повторов . После определения потенциально полезных микросателлитов фланкирующие последовательности можно использовать для разработки олигонуклеотидных праймеров, которые будут амплифицировать специфический микросателлитный повтор в реакции ПЦР.

Случайные микросателлитные праймеры могут быть созданы путем клонирования случайных сегментов ДНК очаговых видов. Эти случайные сегменты вставляются в плазмидный или бактериофаговый вектор , который, в свою очередь, имплантируется в Escherichia coli бактерии . Затем формируют колонии и проверяют их с помощью флуоресцентно меченных олигонуклеотидных последовательностей, которые гибридизуются с микросателлитным повтором, если он присутствует в сегменте ДНК. Если с помощью этой процедуры можно получить положительные клоны, ДНК секвенируют и праймеры для ПЦР выбирают из последовательностей, фланкирующих такие области, для определения конкретного локуса . Этот процесс включает в себя значительные пробы и ошибки со стороны исследователей, поскольку необходимо предсказать последовательности микросателлитных повторов, а случайно выделенные праймеры могут не проявлять значительного полиморфизма. [21] [83] Микросателлитные локусы широко распространены по всему геному и могут быть выделены из полуразрушенной ДНК старых образцов, поскольку все, что необходимо, — это подходящий субстрат для амплификации посредством ПЦР.

Более поздние методы включают использование олигонуклеотидных последовательностей, состоящих из повторов, комплементарных повторам в микросателлите, для «обогащения» извлеченной ДНК ( микросателлитное обогащение ). Олигонуклеотидный зонд гибридизуется с повтором в микросателлите, а затем комплекс зонд/микросателлит извлекается из раствора. Обогащенная ДНК затем клонируется как обычно, но доля успешных результатов теперь будет намного выше, что резко сокращает время, необходимое для разработки областей для использования. Однако вопрос о том, какие датчики использовать, сам по себе может быть методом проб и ошибок. [84]

ИССР-ПЦР

[ редактировать ]

ISSR (от «повтор между простыми последовательностями ») — общий термин для обозначения участка генома между микросателлитными локусами. Последовательности, комплементарные двум соседним микросателлитам, используются в качестве праймеров для ПЦР; переменная область между ними усиливается. Ограниченная продолжительность циклов амплификации во время ПЦР предотвращает чрезмерную репликацию слишком длинных смежных последовательностей ДНК, поэтому результатом будет смесь множества амплифицированных цепей ДНК, которые обычно короткие, но сильно различаются по длине.

Последовательности, амплифицированные с помощью ISSR-ПЦР, можно использовать для снятия отпечатков пальцев ДНК. Поскольку ISSR может быть консервативным или неконсервативным регионом, этот метод полезен не для различения особей, а скорее для филогеографического анализа или, возможно, для определения границ видов ; разнообразие последовательностей ниже, чем в SSR-PCR, но все же выше, чем в реальных последовательностях генов. Кроме того, микросателлитное секвенирование и секвенирование ISSR взаимно помогают, поскольку одно производит праймеры для другого.

Ограничения

[ редактировать ]

Повторяющуюся ДНК нелегко проанализировать методами секвенирования ДНК нового поколения , которые не справляются с гомополимерными участками. [85] Поэтому микросателлиты обычно анализируют с помощью обычной ПЦР-амплификации и определения размера ампликона. Использование ПЦР означает, что анализ длины микросателлитов подвержен ограничениям ПЦР, как и любой другой локус ДНК, амплифицированный ПЦР. Особую озабоченность вызывает появление « нулевых аллелей »:

  • Иногда в выборке людей, например, при проверке отцовства, мутация в ДНК, фланкирующей микросателлит, может препятствовать связыванию праймера ПЦР и образованию ампликона (создавая «нулевой аллель» в гель-анализе), таким образом, только один аллель. амплифицируется (из немутированной сестринской хромосомы), и тогда человек может ошибочно оказаться гомозиготным. Это может вызвать путаницу при рассмотрении дел об отцовстве. Затем может потребоваться амплификация микросателлита с использованием другого набора праймеров. [21] [86] Нулевые аллели возникают, в частности, в результате мутаций в 3'-секции, где начинается расширение.
  • При анализе видов или популяций, например, в природоохранных работах, праймеры ПЦР, которые амплифицируют микросателлиты у одного человека или вида, могут работать и на других видах. Однако риск применения праймеров для ПЦР к разным видам заключается в том, что нулевые аллели становятся вероятными всякий раз, когда расхождение последовательностей слишком велико для связывания праймеров. Тогда искусственно может показаться, что вид имеет уменьшенное разнообразие. На нулевые аллели в этом случае иногда может указывать чрезмерная частота гомозигот, вызывающая отклонения от ожиданий равновесия Харди-Вайнберга.

См. также

[ редактировать ]

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ Перейти обратно: а б с д и Ричард Г.Ф.; Керрест А; Дужон Б (декабрь 2008 г.). «Сравнительная геномика и молекулярная динамика повторов ДНК у эукариот» . Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 72 (4): 686–727. дои : 10.1128/MMBR.00011-08 . ПМЦ   2593564 . ПМИД   19052325 .
  2. ^ Тот Г., Гаспари З., Юрка Дж. (июль 2000 г.). «Микросателлиты в геномах разных эукариот: обзор и анализ» . Геномные исследования . 10 (7): 967–981. дои : 10.1101/гр.10.7.967 . ПМК   310925 . ПМИД   10899146 .
  3. ^ Перейти обратно: а б с Бринкманн Б., Клинчшар М., Нойхубер Ф., Хюне Дж., Рольф Б. (июнь 1998 г.). «Скорость мутаций в микросателлитах человека: влияние структуры и длины тандемного повтора» . Американский журнал генетики человека . 62 (6): 1408–15. дои : 10.1086/301869 . ПМЦ   1377148 . ПМИД   9585597 .
  4. ^ Коротко + Тандем + Повтор Национальной медицинской библиотеки США в медицинских предметных рубриках (MeSH)
  5. ^ Перейти обратно: а б Кит С (декабрь 1961 г.). «Равновесная седиментация в градиентах плотности препаратов ДНК из тканей животных». Журнал молекулярной биологии . 3 (6): 711–6. дои : 10.1016/S0022-2836(61)80075-2 . ПМИД   14456492 .
  6. ^ Перейти обратно: а б с Лу В., Чжан Ю., Лю Д., Сунян З., Ван М. (январь 2013 г.). «Теломеры – структура, функции и регуляция» . Экспериментальные исследования клеток . 319 (2): 133–141. дои : 10.1016/j.yexcr.2012.09.005 . ПМК   4051234 . ПМИД   23006819 .
  7. ^ Кинг Д.Г., Соллер М., Каши Ю. (1997). «Эволюционные ручки настройки». Стараться . 21 (1): 36–40. дои : 10.1016/S0160-9327(97)01005-3 .
  8. ^ Чистяков Д.А., Хеллеманс Б., Волкарт Ф.А. (31 мая 2006 г.). «Микросателлиты и их геномное распределение, эволюция, функции и применение: обзор с особым упором на генетику рыб». Аквакультура . 255 (1–4): 1–29. Бибкод : 2006Aquac.255....1C . doi : 10.1016/j.aquacultural.2005.11.031 .
  9. ^ Тернпенни П., Эллард С. (2005). Элементы медицинской генетики Эмери (12-е изд.). Лондон: Эльзевир. ISBN  9780443100451 .
  10. ^ Перейти обратно: а б Пирсон CE, Никол Эдамура К., Клири Дж.Д. (октябрь 2005 г.). «Повторная нестабильность: механизмы динамических мутаций». Обзоры природы. Генетика . 6 (10): 729–42. дои : 10.1038/nrg1689 . ПМИД   16205713 . S2CID   26672703 .
  11. ^ Голдман Э.А., Эйк Г.Н., Комптон Д., Коваль П., Снодграсс Дж.Дж., Айзенберг Д.Т., Стернер К.Н. (январь 2018 г.). «Оценка минимально инвазивных методов сбора образцов для измерения длины теломер» . Американский журнал биологии человека . 30 (1): e23062. дои : 10.1002/ajhb.23062 . ПМЦ   5785450 . ПМИД   28949426 .
  12. ^ Джеффрис Эй Джей ; Уилсон В.; Тейн С.Л. (1985). «Гипервариабельные« минисателлитные »области в ДНК человека». Природа . 314 (6006): 67–73. Бибкод : 1985Natur.314...67J . дои : 10.1038/314067a0 . ПМИД   3856104 . S2CID   4356170 .
  13. ^ Андреассен Р., Эгеланд Т., Олайсен Б. (август 1996 г.). «На скорость мутаций в гипервариабельном VNTR g3 (D7S22) влияет длина аллели и полиморфизм фланкирующей последовательности ДНК вблизи массива повторов» . Американский журнал генетики человека . 59 (2): 360–367. ЧВК   1914730 . ПМИД   8755922 .
  14. ^ Перейти обратно: а б Уэллс Р.Д. (февраль 1996 г.). «Молекулярные основы генетической нестабильности триплетных повторов» . Журнал биологической химии . 271 (6): 2875–2878. дои : 10.1074/jbc.271.6.2875 . ПМИД   8621672 .
  15. ^ Хэнкок Дж. М., Сантибаньес-Кореф М. Ф. (октябрь 1998 г.). «Болезни экспансии тринуклеотидов в контексте эволюции микро- и мини-сателлитов, Больница Хаммерсмит, 1-3 апреля 1998 г.» . Журнал ЭМБО . 17 (19): 5521–5524. дои : 10.1093/emboj/17.19.5521 . ПМК   1170879 . ПМИД   9755151 .
  16. ^ Перейти обратно: а б Рен Дж.Д., Форгакс Э., Фондон Дж.В., Перцемлидис А., Ченг С.Ю., Галлардо Т. и др. (август 2000 г.). «Повторяющиеся полиморфизмы внутри областей генов: фенотипические и эволюционные последствия» . Американский журнал генетики человека . 67 (2): 345–356. дои : 10.1086/303013 . ПМЦ   1287183 . ПМИД   10889045 .
  17. ^ Таутц Д. (декабрь 1994 г.). «Простые последовательности». Текущее мнение в области генетики и развития . 4 (6): 832–7. дои : 10.1016/0959-437X(94)90067-1 . ПМИД   7888752 .
  18. ^ Клинччар М., Даубер Э.М., Риччи Ю., Серри Н., Иммель У.Д., Кляйбер М., Майр В.Р. (октябрь 2004 г.). «Исследования гаплотипов подтверждают проскальзывание как механизм мутаций зародышевой линии в коротких тандемных повторах». Электрофорез . 25 (20): 3344–8. дои : 10.1002/elps.200406069 . ПМИД   15490457 . S2CID   22298567 .
  19. ^ Форстер П., Хохофф С., Дункельманн Б., Шюренкамп М., Пфайффер Х., Нойхубер Ф., Бринкманн Б. (март 2015 г.). «Повышенная частота мутаций зародышевой линии у отцов-подростков» . Слушания. Биологические науки . 282 (1803): 20142898. doi : 10.1098/rspb.2014.2898 . ПМЦ   4345458 . ПМИД   25694621 .
  20. ^ Вебер Дж.Л., Вонг С. (август 1993 г.). «Мутация коротких тандемных повторов человека» . Молекулярная генетика человека . 2 (8): 1123–8. дои : 10.1093/hmg/2.8.1123 . ПМИД   8401493 .
  21. ^ Перейти обратно: а б с д Ярн П., Лагода П.Дж. (октябрь 1996 г.). «Микросателлиты: от молекул к популяциям и обратно». Тенденции в экологии и эволюции . 11 (10): 424–9. дои : 10.1016/0169-5347(96)10049-5 . ПМИД   21237902 .
  22. ^ Кругляк С., Дарретт Р.Т., Шуг М.Д., Aquadro CF (сентябрь 1998 г.). «Равновесное распределение длины микросателлитных повторов, возникающее в результате баланса между событиями проскальзывания и точковыми мутациями» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 95 (18): 10774–8. Бибкод : 1998PNAS...9510774K . дои : 10.1073/pnas.95.18.10774 . ПМК   27971 . ПМИД   9724780 .
  23. ^ Лэйдлоу Дж., Гельфанд Ю., Нг К.В., Гарнер Х.Р., Ранганатан Р., Бенсон Г., Фондон Дж.В. (1 июля 2007 г.). «Повышенная частота мутаций базального проскальзывания среди Canidae» . Журнал наследственности . 98 (5): 452–460. doi : 10.1093/jhered/esm017 . ПМИД   17437958 .
  24. ^ Лиан Ю., Garner HR (апрель 2005 г.). «Доказательства регуляции альтернативного сплайсинга посредством повторов комплементарных последовательностей ДНК» . Биоинформатика . 21 (8): 1358–1364. doi : 10.1093/биоинформатика/bti180 . ПМИД   15673565 .
  25. ^ Перейти обратно: а б с Амос В. (сентябрь 2010 г.). «Смещения мутаций и вариации скорости мутаций вокруг очень коротких микросателлитов человека, выявленные путем выравнивания геномных последовательностей человека, шимпанзе и орангутанга». Журнал молекулярной эволюции . 71 (3): 192–201. Бибкод : 2010JMolE..71..192A . дои : 10.1007/s00239-010-9377-4 . ПМИД   20700734 . S2CID   1424625 .
  26. ^ Шапюи М.П., ​​Плантамп К., Штрайфф Р., Блонден Л., Пиу К. (декабрь 2015 г.). «Скорость и характер эволюции микросателлитов у Schistocerca gregaria, выведенные на основе прямого наблюдения за мутациями зародышевой линии» . Молекулярная экология . 24 (24): 6107–19. Бибкод : 2015MolEc..24.6107C . дои : 10.1111/mec.13465 . ПМИД   26562076 . S2CID   33307624 .
  27. ^ Мольнар Р.И., Витте Х., Динкелакер И., Виллате Л., Зоммер Р.Дж. (сентябрь 2012 г.). «Схемы тандемных повторов и скорость мутаций в микросателлитах модельного организма нематод Pristionchus pacificus» . Г3 . 2 (9): 1027–34. дои : 10.1534/g3.112.003129 . ПМК   3429916 . ПМИД   22973539 .
  28. ^ Амос В. (январь 2016 г.). «Гетерозиготность увеличивает частоту микросателлитных мутаций» . Письма по биологии . 12 (1): 20150929. doi : 10.1098/rsbl.2015.0929 . ПМЦ   4785931 . ПМИД   26740567 .
  29. ^ Амос В., Сосер С.Дж., Фикс Р.В., Рубинштейн, округ Колумбия (август 1996 г.). «Микросателлиты демонстрируют мутационную предвзятость и нестабильность гетерозигот». Природная генетика . 13 (4): 390–1. дои : 10.1038/ng0896-390 . ПМИД   8696328 . S2CID   6086527 .
  30. ^ Перейти обратно: а б Гимрек М., Виллемс Т., Гильматр А., Зенг Х., Маркус Б., Георгиев С. и др. (январь 2016 г.). «Обильный вклад коротких тандемных повторов в вариации экспрессии генов у людей» . Природная генетика . 48 (1): 22–29. дои : 10.1038/ng.3461 . ПМЦ   4909355 . ПМИД   26642241 .
  31. ^ Маркотт Э.М., Пеллегрини М., Йейтс Т.О., Айзенберг Д. (октябрь 1999 г.). «Перепись белковых повторов». Журнал молекулярной биологии . 293 (1): 151–60. дои : 10.1006/jmbi.1999.3136 . ПМИД   10512723 . S2CID   11102561 .
  32. ^ Сазерленд Г.Р. , Ричардс Р.И. (апрель 1995 г.). «Простые тандемные повторы ДНК и генетические заболевания человека» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 92 (9): 3636–41. Бибкод : 1995PNAS...92.3636S . дои : 10.1073/pnas.92.9.3636 . ПМК   42017 . ПМИД   7731957 .
  33. ^ Хэнкок Дж. М., Саймон М. (январь 2005 г.). «Простые повторы последовательностей в белках и их значение для эволюции сети». Джин . 345 (1): 113–8. дои : 10.1016/j.gene.2004.11.023 . ПМИД   15716087 .
  34. ^ Фондон Дж.В., Гарнер HR (декабрь 2004 г.). «Молекулярные истоки быстрой и непрерывной морфологической эволюции» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 101 (52): 18058–63. Бибкод : 2004PNAS..10118058F . дои : 10.1073/pnas.0408118101 . ПМК   539791 . ПМИД   15596718 .
  35. ^ Сирс К.Э., Госвами А., Флинн Дж.Дж., Нисуандер Л.А. (2007). «Коррелирующая эволюция тандемных повторов Runx2, транскрипционной активности и длины лица у плотоядных». Эволюция и развитие . 9 (6): 555–65. дои : 10.1111/j.1525-142X.2007.00196.x . ПМИД   17976052 . S2CID   26718314 .
  36. ^ Утч Б., Беккер К., Брок Д., Ленце М.Дж., Бидлингмайер Ф., Людвиг М. (май 2002 г.). «Новая стабильная экспансия полиаланина [поли(А)] в гене HOXA13, связанная с синдромом рука-нога-генитальный: правильная функция поли(А)-содержащих транскрипционных факторов зависит от критической длины повтора?». Генетика человека . 110 (5): 488–94. дои : 10.1007/s00439-002-0712-8 . ПМИД   12073020 . S2CID   22181414 .
  37. ^ Боуэн С., Уилс А.Е. (июнь 2006 г.). «Домены, богатые Ser/Thr, связаны с генетическими вариациями и морфогенезом у Saccharomyces cerevisiae» . Дрожжи . 23 (8): 633–40. дои : 10.1002/да.1381 . ПМИД   16823884 . S2CID   25142061 .
  38. ^ Верстрепен К.Дж., Янсен А., Левиттер Ф., Финк Г.Р. (сентябрь 2005 г.). «Внутригенные тандемные повторы порождают функциональную изменчивость» . Природная генетика . 37 (9): 986–90. дои : 10.1038/ng1618 . ПМЦ   1462868 . ПМИД   16086015 .
  39. ^ Перейти обратно: а б Моксон Э.Р., Рейни П.Б., Новак М.А., Ленски Р.Э. (январь 1994 г.). «Адаптивная эволюция сильно мутабельных локусов патогенных бактерий». Современная биология . 4 (1): 24–33. Бибкод : 1994CBio....4...24M . дои : 10.1016/S0960-9822(00)00005-1 . ПМИД   7922307 . S2CID   11203457 .
  40. ^ Майкл Т.П., Парк С., Ким Т.С., Бут Дж., Байер А., Сан К. и др. (август 2007 г.). «Простые повторы последовательности обеспечивают основу для фенотипических изменений циркадных часов Neurospora crassa» . ПЛОС ОДИН . 2 (8): е795. Бибкод : 2007PLoSO...2..795M . дои : 10.1371/journal.pone.0000795 . ЧВК   1949147 . ПМИД   17726525 .
  41. ^ Перейти обратно: а б Рокман М.В., Рэй Г.А. (ноябрь 2002 г.). «Обильное сырье для цис-регуляторной эволюции человека» . Молекулярная биология и эволюция . 19 (11): 1991–2004. doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a004023 . ПМИД   12411608 .
  42. ^ Гамак Э.А., Молодой LJ (июнь 2005 г.). «Микросателлитная нестабильность порождает разнообразие в мозге и социально-поведенческих чертах». Наука . 308 (5728): 1630–4. Бибкод : 2005Sci...308.1630H . дои : 10.1126/science.1111427 . ПМИД   15947188 . S2CID   18899853 .
  43. ^ Грюневальд Т.Г., Бернар В., Джиларди-Хебенстрейт П., Рейнал В., Сурдез Д., Айно М.М. и др. (сентябрь 2015 г.). «Химерный EWSR1-FLI1 регулирует ген EGR2 предрасположенности к саркоме Юинга через микросателлит GGAA» . Природная генетика . 47 (9): 1073–8. дои : 10.1038/ng.3363 . ПМК   4591073 . ПМИД   26214589 .
  44. ^ Муса Дж., Сидре-Аранас Ф., Айно М.М., Орт М.Ф., Нотт М.М., Мирабо О. и др. (сентябрь 2019 г.). «Сотрудничество факторов рака с регуляторными вариантами зародышевой линии формирует клинические результаты» . Природные коммуникации . 10 (1): 4128. Бибкод : 2019NatCo..10.4128M . дои : 10.1038/s41467-019-12071-2 . ПМК   6739408 . ПМИД   31511524 .
  45. ^ Бидичандани С.И., Асидзава Т., Патель П.И. (январь 1998 г.). «Расширение триплетных повторов GAA при атаксии Фридрейха препятствует транскрипции и может быть связано с необычной структурой ДНК» . Американский журнал генетики человека . 62 (1): 111–21. дои : 10.1086/301680 . ПМК   1376805 . ПМИД   9443873 .
  46. ^ Акаги Т., Инь Д., Кавамата Н., Бартрам Ч.Р., Хофманн В.К., Сонг Дж.Х. и др. (июль 2009 г.). «Функциональный анализ нового полиморфизма ДНК тандемной повторяющейся последовательности в гене аспарагинсинтетазы в клетках острого лимфобластного лейкоза» . Исследования лейкемии . 33 (7): 991–6. дои : 10.1016/j.leukres.2008.10.022 . ПМЦ   2731768 . ПМИД   19054556 .
  47. ^ Джемаа Р., Бен Али С., Калель А., Феки М., Эласми М., Тайеб Ш.Х. и др. (июнь 2009 г.). «Связь полиморфизма повторов длиной 27 пар оснований в интроне 4 эндотелиального конститутивного гена синтазы оксида азота с гипертонией в тунисской популяции». Клиническая биохимия . 42 (9): 852–6. doi : 10.1016/j.clinbiochem.2008.12.002 . ПМИД   19111531 .
  48. ^ Керстинг С., Агелопулос К., Шмидт Х., Коршинг Е., Август С., Гошегер Г. и др. (август 2008 г.). «Биологическое значение полиморфной последовательности CA в интроне 1 гена рецептора эпидермального фактора роста (EGFR) при центральных остеосаркомах высокой степени злокачественности» . Гены, хромосомы и рак . 47 (8): 657–64. дои : 10.1002/gcc.20571 . ПМИД   18464244 . S2CID   19472307 .
  49. ^ Лин К.Л., Таггарт А.Дж., Лим К.Х., Сайган К.Дж., Феррарис Л., Кретон Р. и др. (январь 2016 г.). «Структура РНК заменяет необходимость U2AF2 в сплайсинге» . Геномные исследования . 26 (1): 12–23. дои : 10.1101/гр.181008.114 . ПМЦ   4691745 . ПМИД   26566657 .
  50. ^ Шерер С. (2008). Краткий путеводитель по геному человека . Нью-Йорк: Издательство Университета Колд-Спринг-Харбор.
  51. ^ Томилин Н.В. (апрель 2008 г.). «Регуляция экспрессии генов млекопитающих с помощью ретроэлементов и некодирующих тандемных повторов» . Биоэссе . 30 (4): 338–48. doi : 10.1002/bies.20741 . ПМИД   18348251 .
  52. ^ Вистуба II, Беренс С., Вирмани А.К., Меле Г., Милчгруб С., Жирар Л. и др. (апрель 2000 г.). «Аллелотипирование хромосомы 3p с высоким разрешением рака легких человека и предопухолевого / преинвазивного бронхиального эпителия выявляет множественные прерывистые участки потери аллеля 3p и три области частых точек разрыва». Исследования рака . 60 (7): 1949–1960. ПМИД   10766185 .
  53. ^ Форгакс Э., Рен Дж.Д., Камибаяши С., Кондо М., Сюй XL, Марковиц С. и др. (февраль 2001 г.). «Поиск микросателлитных мутаций в кодирующих регионах при раке легких, молочной железы, яичников и колоректальном раке» . Онкоген . 20 (8): 1005–1009. дои : 10.1038/sj.onc.1204211 . ПМИД   11314036 . S2CID   22893621 .
  54. ^ ван Тилборг А.А., Компьер Л.С., Луркин И., Поорт Р., Эль Буаззауи С., ван дер Кеур К. и др. (2012). «Выбор микросателлитных маркеров для диагностики рака мочевого пузыря без необходимости использования соответствующей крови» . ПЛОС ОДИН . 7 (8): е43345. Бибкод : 2012PLoSO...743345V . дои : 10.1371/journal.pone.0043345 . ПМЦ   3425555 . ПМИД   22927958 .
  55. ^ Сидерис М., Папагригориадис С. (май 2014 г.). «Молекулярные биомаркеры и классификационные модели в оценке прогноза колоректального рака». Противораковые исследования . 34 (5): 2061–2068. ПМИД   24778007 .
  56. ^ Боланд Ч.Р., Тибодо С.Н., Гамильтон С.Р., Сидрански Д., Эшлеман Дж.Р., Берт Р.В. и др. (ноябрь 1998 г.). «Семинар Национального института рака по микросателлитной нестабильности для выявления рака и семейной предрасположенности: разработка международных критериев для определения микросателлитной нестабильности при колоректальном раке». Исследования рака . 58 (22): 5248–5257. ПМИД   9823339 .
  57. ^ Риверо-Инохоса С., Кинни Н., Гарнер Х.Р., Руд Б.Р. (январь 2020 г.). «Зародышевые микросателлитные генотипы различают детей с медуллобластомой» . Нейроонкология . 22 (1): 152–162. дои : 10.1093/neuonc/noz179 . ПМК   6954392 . ПМИД   31562520 .
  58. ^ Кинни Н., Варгезе Р.Т., Анандакришнан Р., Гарнер Х.Р. (2017). « ZDHHC3 как маркер риска и смертности от рака молочной железы у афроамериканских женщин» . Раковая информатика . 16 : 1176935117746644. дои : 10.1177/1176935117746644 . ПМК   5734450 . ПМИД   29276372 . S2CID   32129259 .
  59. ^ Велмуруган КР, Варгезе РТ, Фонвиль, Северная Каролина, Гарнер HR (ноябрь 2017 г.). «Высокоглубинное и высокоточное микросателлитное генотипирование позволяет точно классифицировать риск рака легких» . Онкоген . 36 (46): 6383–6390. дои : 10.1038/onc.2017.256 . ПМК   5701090 . ПМИД   28759038 . S2CID   21655592 .
  60. ^ Перейти обратно: а б Кертис С., Херевард Дж. (29 августа 2017 г.). «От места преступления до зала суда: путешествие образца ДНК» . Разговор .
  61. ^ Антин Дж.Х., Чайлдс Р., Филипович А.Х., Гиральт С., Маккиннон С., Спитцер Т., Вайсдорф Д. (2001). «Установление полного и смешанного донорского химеризма после аллогенной лимфогематопоэтической трансплантации: рекомендации семинара на тандемном совещании Международного реестра трансплантации костного мозга и Американского общества трансплантации крови и костного мозга в 2001 году» . Биология трансплантации крови и костного мозга . 7 (9): 473–85. дои : 10.1053/bbmt.2001.v7.pm11669214 . ПМИД   11669214 .
  62. ^ Карраседо А. «Профилирование ДНК» . Архивировано из оригинала 27 сентября 2001 г. Проверено 20 сентября 2010 г.
  63. ^ Ласик А., Бринкманн Б., Сотони П., Фалус А. (2000). «Автоматическое флуоресцентное обнаружение мультиплекса из 10 локусов для тестирования отцовства». Акта Биологика Хунгарика . 51 (1): 99–105. дои : 10.1007/BF03542970 . ПМИД   10866366 . S2CID   28270630 .
  64. ^ Отт Дж., Ван Дж., Лил С.М. (май 2015 г.). «Анализ генетического сцепления в эпоху полногеномного секвенирования» . Обзоры природы. Генетика . 16 (5): 275–284. дои : 10.1038/nrg3908 . ПМК   4440411 . ПМИД   25824869 .
  65. ^ Пембертон Т.Дж., ДеДжорджио М., Розенберг Н.А. (май 2013 г.). «Структура населения в комплексном наборе геномных данных о микросателлитных вариациях человека» . Г3 . 3 (5): 891–907. дои : 10.1534/g3.113.005728 . ПМЦ   3656735 . ПМИД   23550135 .
  66. ^ Манель С., Шварц М.К., Луикарт Г., Таберлет П. (01 апреля 2003 г.). «Ландшафтная генетика: сочетание ландшафтной экологии и популяционной генетики». Тенденции в экологии и эволюции . 18 (4): 189–197. дои : 10.1016/S0169-5347(03)00008-9 . S2CID   2984426 .
  67. ^ Спенсер CC, Нейгел Дж. Э., Леберг П. Л. (октябрь 2000 г.). «Экспериментальная оценка полезности микросателлитной ДНК для обнаружения демографических узких мест». Молекулярная экология . 9 (10): 1517–28. Бибкод : 2000MolEc...9.1517S . дои : 10.1046/j.1365-294x.2000.01031.x . ПМИД   11050547 . S2CID   22244000 .
  68. ^ Нильсен Р. (1 января 2005 г.). «Молекулярные признаки естественного отбора». Ежегодный обзор генетики . 39 (1): 197–218. дои : 10.1146/annurev.genet.39.073003.112420 . ПМИД   16285858 . S2CID   3063754 .
  69. ^ Слаткин М. (январь 1995 г.). «Показатель подразделения популяции на основе частот микросателлитных аллелей» . Генетика . 139 (1): 457–62. дои : 10.1093/генетика/139.1.457 . ПМК   1206343 . ПМИД   7705646 .
  70. ^ Кон М.Х., Йорк Э.К., Камрадт Д.А., Хоут Дж., Соважо Р.М., Уэйн Р.К. (апрель 1999 г.). «Оценка численности населения путем генотипирования фекалий» . Слушания. Биологические науки . 266 (1420): 657–63. дои : 10.1098/rspb.1999.0686 . ПМК   1689828 . ПМИД   10331287 .
  71. ^ Уэйтс Л., Таберлет П., Свенсон Дж. Э., Сандегрен Ф., Франзен Р. (апрель 2000 г.). «Микросателлитный анализ ядерной ДНК генетического разнообразия и потока генов у скандинавского бурого медведя (Ursus arctos)». Молекулярная экология . 9 (4): 421–31. Бибкод : 2000MolEc...9..421W . дои : 10.1046/j.1365-294x.2000.00892.x . ПМИД   10736045 . S2CID   46475635 .
  72. ^ Аллендорф Ф.В., Гогенлоэ П.А., Луикарт Г. (октябрь 2010 г.). «Геномика и будущее консервативной генетики». Обзоры природы. Генетика . 11 (10): 697–709. дои : 10.1038/nrg2844 . ПМИД   20847747 . S2CID   10811958 .
  73. ^ Миа Г., Рафии М.Ю., Исмаил М.Р., Путех А.Б., Рахим Х.А., Ислам К., Латиф М.А. (ноябрь 2013 г.). «Обзор микросателлитных маркеров и их применения в программах селекции риса для повышения устойчивости к взрывной болезни» . Международный журнал молекулярных наук . 14 (11): 22499–528. дои : 10.3390/ijms141122499 . ПМК   3856076 . ПМИД   24240810 .
  74. ^ Изображение Микаэля Хэггстрёма, доктора медицинских наук, с использованием следующего исходного изображения: Рисунок 1 — доступно по лицензии: Creative Commons Attribution 4.0 International» , из следующей статьи:
    Ситник Р., Торрес М.А., Бакал Н.С., Ребелло Пиньо-младший (2006). «Использование ПЦР для молекулярного мониторинга посттрансплантационного химеризма» . Эйнштейн . 4 (2). Сан-Паулу – через ResearchGate.
  75. ^ Халман А; Ошлак А (2020). «Точность инструментов генотипирования коротких тандемных повторов в данных секвенирования всего экзома» . F1000Исследования . 9 : 200. дои : 10.12688/f1000research.22639.1 . ПМЦ   7327730 . PMID   32665844 . S2CID   213733005 .
  76. ^ Раджан-Бабу И.С., Пэн Дж.Дж., Чиу Р., Ли С., Мохаджери А., Долженко Е. и др. (сентябрь 2021 г.). «Поправка к: Полногеномное секвенирование как скрининговый тест первого уровня для выявления коротких тандемных повторов» . Геномная медицина . 13 (1): 151. дои : 10.1186/s13073-021-00961-4 . ПМЦ   8439056 . ПМИД   34517885 . S2CID   256019433 .
  77. ^ Перейти обратно: а б «Технология разрешения аллелей STR» . Проверено 20 сентября 2010 г.
  78. ^ «Национальная база данных ДНК» (PDF) . Архивировано (PDF) из оригинала 13 октября 2010 г. Проверено 20 сентября 2010 г.
  79. ^ «Специальный комитет Палаты лордов по письменным доказательствам по науке и технологиям» . Проверено 20 сентября 2010 г.
  80. ^ «Основные локусы STR CODIS ФБР» . Проверено 20 сентября 2010 г.
  81. ^ Батлер Дж. М. (2005). Судебно-медицинское типирование ДНК: биология, технология и генетика маркеров STR, второе издание . Нью-Йорк: Elsevier Academic Press.
  82. ^ Гриффитс А.Дж., Миллер Дж.Ф., Сузуки Д.Т., Левонтин Р.К., Гелбарт В.М. (1996). Введение в генетический анализ (5-е изд.). Нью-Йорк: WH Freeman.
  83. ^ Квеллер, округ Колумбия, Страссманн Дж. Э., Хьюз С. Р. (август 1993 г.). «Микросателлиты и родство». Тенденции в экологии и эволюции . 8 (8): 285–8. дои : 10.1016/0169-5347(93)90256-О . ПМИД   21236170 .
  84. ^ Каукинен К.Х., Суперно К.Дж. и Миллер К.М. (2004). «Обогащение тетрануклеотидных микросателлитных локусов беспозвоночных». Журнал исследований моллюсков . 23 (2): 621.
  85. ^ Титгат О, Гансеманс Й, Веймер Дж, Руббен К, Дефорс Д, Ван Ньювербург Ф (апрель 2020 г.). «Нанопоровое секвенирование судебно-медицинского мультиплекса STR выявляет локусы, подходящие для профилирования STR с одним участником» . Гены . 11 (4): 381. doi : 10.3390/genes11040381 . ПМЦ   7230633 . ПМИД   32244632 . S2CID   214786277 .
  86. ^ Дакин Э.Э., Avise JC (ноябрь 2004 г.). «Микросателлитные нулевые аллели в анализе происхождения» . Наследственность . 93 (5): 504–9. дои : 10.1038/sj.hdy.6800545 . ПМИД   15292911 .

Дальнейшее чтение

[ редактировать ]
[ редактировать ]
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Microsatellite&oldid=1231505245"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: 7cf680cb9986c37ff3282ad35d6f2039__1719584160
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/7c/39/7cf680cb9986c37ff3282ad35d6f2039.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Microsatellite - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)