Protein-coding gene in the species Homo sapiens
Гистондеацетилаза 3 — это фермент, кодируемый HDAC3 геном как у людей, так и у мышей. [5] [6] [7] [8]
Гистоны — это высокощелочные белки, которые упаковывают и упорядочивают ДНК в структурные единицы, называемые нуклеосомами, которые составляют основной белковый компонент хроматина. Посттрансляционное и ферментативно опосредованное ацетилирование и деацетилирование лизина хвостов гистонов изменяет локальную структуру хроматина, изменяя электростатическое притяжение между отрицательно заряженным остовом ДНК и гистонами. HDAC3 является членом класса I суперсемейства деацетилаз гистонов (включающего четыре класса на основе функции и гомологичности последовательностей ДНК), который рекрутируется в энхансеры для модуляции экспрессии как эпигенома, так и близлежащих генов. HDAC3 обнаруживается исключительно в клеточном ядре , где он является единственной эндогенной деацетилазой гистонов, биохимически очищенной в комплексе ядерно-рецепторный корепрессор, содержащем NCOR и SMRT (NCOR2). Таким образом, HDAC3, в отличие от других HDAC, играет уникальную роль в модуляции транскрипционной активности ядерных рецепторов.
Деацетилазы гистонов могут регулироваться эндогенными факторами, пищевыми компонентами, синтетическими ингибиторами и сигналами бактерий. Исследования на мышах со специфическим делеция HDAC3 в эпителиальных клетках кишечника (IEC) демонстрирует нарушение регуляции экспрессии гена IEC. У этих мышей с делеционными мутациями потеря клеток Панета наблюдалась , нарушение функции IEC и изменения в составе кишечных комменсальных бактерий. Эти негативные эффекты не наблюдались у мышей, свободных от микробов, что указывает на то, что эффекты делеции наблюдаются только при наличии кишечной микробной колонизации. Но негативные эффекты делеции HDAC3 не связаны с наличием измененной микробиоты, поскольку нормальные стерильные мыши, колонизированные измененной микробиотой, не проявляли негативных эффектов, наблюдаемых у делеционных мутантов.
Хотя точный механизм и специфические сигналы неизвестны, ясно, что HDAC3 взаимодействует с производными сигналами комменсальных бактерий кишечной микробиоты . Эти взаимодействия отвечают за калибровку ответов эпителиальных клеток, необходимых для установления нормальных отношений между хозяином и комменсалом, а также для поддержания гомеостаза кишечника . [9] [10] [11] [12]
Было показано, что HDAC3 взаимодействует с:
CBFA2T3 , [13] [14] CCND1 , [15] [16] ГАТА1 , [17] ГАТА2 , [18] GPS2 , [19] ГТФ2И , [20] [21] HDAC4 , [22] [23] [24] [25] HDAC5 , [19] [23] [24] [25] HDAC7A , [22] HDAC9 , [26] [27] МАП3К7ИП2 , [28] МАПК11 , [29] НКОР1 , [19] [22] [24] [30] [31] [32] [33] НЦОР2 , [24] [30] [31] [32] [33] [34] [35] ППАРД , [36] [37] ППАРГ , [36] [38] ПМЛ [39] РБП4 , [40] РЕЛА , [41] Р.П. , [38] [42] РУНХ2 , [43] внедорожник39H1 , [44] TCP1 , [35] ТБЛ1Х , [19] [34] ТР2 , [36] [45] [46] ЮБК , [47] ГГ1 , [48] [49] ЗБТБ33 . [30] ^ Перейти обратно: а б с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000171720 – Ensembl , май 2017 г. ^ Перейти обратно: а б с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000024454 – Ensembl , май 2017 г. ^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США . ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США . ^ Эмилиани С., Фишле В., Ван Линт С., Аль-Абед Ю., Вердин Э. (апрель 1998 г.). «Характеристика человеческого ортолога RPD3, HDAC3» . Proc Natl Acad Sci США . 95 (6): 2795–800. Бибкод : 1998PNAS...95.2795E . дои : 10.1073/pnas.95.6.2795 ЧВК 19648 ПМИД 9501169 . ^ Дангонд Ф., Хафлер Д.А., Тонг Дж.К., Рэндалл Дж., Кодзима Р., Утку Н., Гулланс С.Р. (март 1998 г.). «Дифференциальное демонстрационное клонирование кДНК новой гистондеацетилазы человека (HDAC3) из PHA-активированных иммунных клеток». Биохимия Биофиз Рес Коммьюнити . 242 (3): 648–52. дои : 10.1006/bbrc.1997.8033 . ПМИД 9464271 . ^ Монтгомери, Расти Л.; Поттофф, Мэтью Дж.; Хаберланд, Майкл; Ци, Сяося; Мацузаки, Сатоши; Хамфрис, Кеннет М.; Ричардсон, Джеймс А.; Бассель-Дюби, Ронда; Олсон, Эрик Н. (3 ноября 2008 г.). «Поддержание сердечного энергетического метаболизма с помощью деацетилазы гистонов 3 у мышей» . Журнал клинических исследований . 118 (11): 3588–3597. дои : 10.1172/jci35847 . ISSN 0021-9738 . ПМК 2556240 ПМИД 18830415 . ^ Бхаскара, Шривидья; Чайла, Бренда Дж.; Аманн, Джозеф М.; Натсон, Сара К.; Кортес, Дэвид; Сунь, Цзу-Вэнь; Хиберт, Скотт В. (2008). «Удаление гистонов деацетилазы 3 раскрывает решающую роль в развитии S-фазы и контроле повреждений ДНК» . Молекулярная клетка . 30 (1): 61–72. doi : 10.1016/j.molcel.2008.02.030 . ПМК 2373760 ПМИД 18406327 . ^ Донохо Д. Р., Балтман С. Дж. (2012). «Метаболоэпигенетика: взаимосвязь между энергетическим метаболизмом и эпигенетическим контролем экспрессии генов» . Дж. Селл. Физиол . 227 (9): 3169–77. дои : 10.1002/jcp.24054 . ПМЦ 3338882 ПМИД 22261928 . ^ Хаберланд М., Монтгомери Р.Л., Олсон Э.Н. (2009). «Множество ролей деацетилаз гистонов в развитии и физиологии: значение для болезней и терапии» . Нат. Преподобный Жене . 10 (1): 32–42. дои : 10.1038/nrg2485 . ПМК 3215088 ПМИД 19065135 . ^ Ким Г.В., Гочевски Г., Ву CJ, Ян XJ (2010). «Диетическая, метаболическая и, возможно, экологическая модуляция механизма ацетилирования лизина» . Int J Cell Biol . 2010 : 1–14. дои : 10.1155/2010/632739 ПМЦ 2952894 ПМИД 20976254 . ^ Дэшвуд Р.Х., Хо Э (2007). «Диетические ингибиторы гистондеацетилазы: от клеток к мышам и человеку» . Семин. Рак Биол . 17 (5): 363–9. doi : 10.1016/j.semcancer.2007.04.001 . ПМЦ 2737738 ПМИД 17555985 . ^ Хугевен А.Т., Россетти С., Стоянова В., Шонкерен Дж., Фенароли А., Скьяффонати Л., ван Унен Л., Сакки Н. (сентябрь 2002 г.). «Транскрипционный корепрессор MTG16a содержит новую последовательность ядрышкового нацеливания, нарушенную при t (16; 21)-позитивных миелоидных злокачественных новообразованиях» . Онкоген . 21 (43): 6703–12. дои : 10.1038/sj.onc.1205882 ПМИД 12242670 . ^ Аманн Дж.М., Нип Дж., Стром Д.К., Луттербах Б., Харада Х., Ленни Н., Даунинг Дж.Р., Мейерс С., Хиберт С.В. (октябрь 2001 г.). «ETO, мишень t(8;21) при остром лейкозе, устанавливает четкие контакты с несколькими деацетилазами гистонов и связывает mSin3A через свой домен олигомеризации» . Мол. Клетка. Биол . 21 (19): 6470–83. дои : 10.1128/MCB.21.19.6470-6483.2001 . ПМК 99794 ПМИД 11533236 . ^ Петре-Дравиам С.Э., Уильямс Э.Б., Берд С.Дж., Гладден А., Могадам Х., Меллер Дж., Дил Дж.А., Кнудсен К.Э. (январь 2005 г.). «Центральный домен циклина D1 опосредует корепрессорную активность ядерного рецептора» . Онкоген . 24 (3): 431–44. дои : 10.1038/sj.onc.1208200 ПМИД 15558026 . ^ Линь Х.М., Чжао Л., Ченг С.Ю. (август 2002 г.). «Циклин D1 является лиганд-независимым ко-репрессором рецепторов гормонов щитовидной железы» . Ж. Биол. Хим . 277 (32): 28733–41. дои : 10.1074/jbc.M203380200 ПМИД 12048199 . ^ Ватамото К., Товатари М., Одзава Ю., Мията Ю., Окамото М., Абэ А., Наоэ Т., Сайто Х. (декабрь 2003 г.). «Измененное взаимодействие HDAC5 с GATA-1 во время дифференцировки клеток MEL» . Онкоген . 22 (57): 9176–84. дои : 10.1038/sj.onc.1206902 PMID 14668799 . ^ Одзава Ю, Товатари М, Цузуки С, Хаякава Ф, Маэда Т, Мията Ю, Танимото М, Сайто Х (октябрь 2001 г.). «Гистондеацетилаза 3 связывается с фактором транскрипции GATA-2 и подавляет его» . Кровь . 98 (7): 2116–23. дои : 10.1182/blood.V98.7.2116 ПМИД 11567998 . ^ Перейти обратно: а б с д Чжан Дж., Калкум М., Чайт Б.Т., Редер Р.Г. (март 2002 г.). «Корепрессорный комплекс ядерного рецептора N-CoR-HDAC3 ингибирует путь JNK через интегральную субъединицу GPS2» . Мол. Клетка . 9 (3): 611–23. дои : 10.1016/S1097-2765(02)00468-9 ПМИД 11931768 . ^ Вэнь Ю.Д., Кресс В.Д., Рой А.Л., Сето Э. (январь 2003 г.). «Гистондеацетилаза 3 связывается с многофункциональным фактором транскрипции TFII-I и регулирует его» . Ж. Биол. Хим . 278 (3): 1841–7. дои : 10.1074/jbc.M206528200 ПМИД 12393887 . ^ Тусье-Луна М.И., Баярсайхан Д., Сето Э., Раддл Ф.Х., Рой А.Л. (октябрь 2002 г.). «Физические и функциональные взаимодействия деацетилазы гистонов 3 с белками семейства TFII-I и PIASxbeta» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 99 (20): 12807–12. Бибкод : 2002PNAS...9912807T . дои : 10.1073/pnas.192464499 ПМК 130541 ПМИД 12239342 . ^ Перейти обратно: а б с Фишле В., Декиедт Ф., Филлион М., Хендзель М.Дж., Фельтер В., Вердин Э. (сентябрь 2001 г.). «Активность деацетилазы гистонов HDAC7 человека связана с HDAC3 in vivo» . Ж. Биол. Хим . 276 (38): 35826–35. дои : 10.1074/jbc.M104935200 ПМИД 11466315 . ^ Перейти обратно: а б Грозингер К.М., Хассиг К.А., Шрайбер С.Л. (апрель 1999 г.). «Три белка определяют класс деацетилаз гистонов человека, родственных дрожжевому Hda1p» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 96 (9): 4868–73. Бибкод : 1999PNAS...96.4868G . дои : 10.1073/pnas.96.9.4868 ПМК 21783 ПМИД 10220385 . ^ Перейти обратно: а б с д Фишле В., Декиедт Ф., Хендзель М.Дж., Гюнтер М.Г., Лазар М.А., Фельтер В., Вердин Э. (январь 2002 г.). «Ферментативная активность, связанная с HDAC класса II, зависит от мультибелкового комплекса, содержащего HDAC3 и SMRT/N-CoR». Мол. Клетка . 9 (1): 45–57. дои : 10.1016/S1097-2765(01)00429-4 . hdl : 11858/00-001M-0000-002C-9FF9-9 ПМИД 11804585 . ^ Перейти обратно: а б Грозингер CM, Шрайбер С.Л. (июль 2000 г.). «Регуляция деацетилазы гистонов 4 и 5 и транскрипционной активности посредством 14-3-3-зависимой клеточной локализации» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 97 (14): 7835–40. Бибкод : 2000PNAS...97.7835G . дои : 10.1073/pnas.140199597 ПМК 16631 ПМИД 10869435 . ^ Петри К., Гидес Ф., Хауэлл Л., Хили Л., Ваксман С., Гривз М., Зелент А. (май 2003 г.). «Ген гистондеацетилазы 9 кодирует несколько изоформ белка» . Ж. Биол. Хим . 278 (18): 16059–72. дои : 10.1074/jbc.M212935200 ПМИД 12590135 . ^ Чжоу X, Ричон В.М., Рифкинд Р.А., Маркс П.А. (февраль 2000 г.). «Идентификация репрессора транскрипции, связанного с некаталитическим доменом деацетилаз гистонов 4 и 5» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 97 (3): 1056–61. Бибкод : 2000PNAS...97.1056Z . дои : 10.1073/pnas.97.3.1056 ПМК 15519 ПМИД 10655483 . ^ Пэк С.Х., Оги К.А., Роуз Д.В., Ку Э.Х., Гласс С.К., Розенфельд М.Г. (июль 2002 г.). «Обмен комплексов корепрессора N-CoR и коактиватора Tip60 связывает экспрессию генов с помощью NF-kappaB и белка-предшественника бета-амилоида» . Клетка . 110 (1): 55–67. дои : 10.1016/S0092-8674(02)00809-7 ПМИД 12150997 . S2CID 17679498 . ^ Малькнехт У, Уилл Дж., Варин А., Хельцер Д., Хербейн Г. (сентябрь 2004 г.). «Гистондеацетилаза 3, гистондеацетилаза класса I, подавляет MAPK11-опосредованную активацию активирующего транскрипционного фактора-2 и подавляет экспрессию гена TNF» . Дж. Иммунол . 173 (6): 3979–90. дои : 10.4049/jimmunol.173.6.3979 ПМИД 15356147 . ^ Перейти обратно: а б с Юн Х.Г., Чан Д.В., Рейнольдс А.Б., Цинь Дж., Вонг Дж. (сентябрь 2003 г.). «N-CoR опосредует зависимую от метилирования ДНК репрессию через метил-CpG-связывающий белок Kaiso» . Мол. Клетка . 12 (3): 723–34. doi : 10.1016/j.molcel.2003.08.008 ПМИД 14527417 . ^ Перейти обратно: а б Юн Х.Г., Чан Д.В., Хуан ZQ, Ли Дж., Фонделл Дж.Д., Цинь Дж., Вонг Дж. (март 2003 г.). «Очистка и функциональная характеристика комплекса N-CoR человека: роль HDAC3, TBL1 и TBLR1» . ЭМБО Дж . 22 (6): 1336–46. дои : 10.1093/emboj/cdg120 . ПМК 151047 ПМИД 12628926 . ^ Перейти обратно: а б Ли Дж., Ван Дж., Ван Дж., Наваз З., Лю Дж. М., Цинь Дж., Вонг Дж. (август 2000 г.). «Оба корепрессорных белка SMRT и N-CoR существуют в больших белковых комплексах, содержащих HDAC3» . ЭМБО Дж . 19 (16): 4342–50. дои : 10.1093/emboj/19.16.4342 . ПМК 302030 ПМИД 10944117 . ^ Перейти обратно: а б Андерхилл С., Кутоб М.С., Йи С.П., Торчиа Дж. (декабрь 2000 г.). «Новый корепрессорный комплекс ядерного рецептора, N-CoR, содержит компоненты комплекса SWI/SNF млекопитающих и корепрессора KAP-1» . Ж. Биол. Хим . 275 (51): 40463–70. дои : 10.1074/jbc.M007864200 ПМИД 11013263 . ^ Перейти обратно: а б Гюнтер М.Г., Лейн В.С., Фишле В., Вердин Э., Лазар М.А., Шихаттар Р. (май 2000 г.). «Основной корепрессорный комплекс SMRT, содержащий HDAC3 и TBL1, белок с повторами WD40, связанный с глухотой» . Генс Дев . 14 (9): 1048–57. дои : 10.1101/gad.14.9.1048 . ПМК 316569 ПМИД 10809664 . ^ Перейти обратно: а б Гюнтер М.Г., Ю Дж., Као Г.Д., Йен Т.Дж., Лазар М.А. (декабрь 2002 г.). «Для сборки комплекса репрессии SMRT-гистондеацетилазы 3 требуется кольцевой комплекс TCP-1» . Генс Дев . 16 (24): 3130–5. дои : 10.1101/gad.1037502 . ПМК 187500 ПМИД 12502735 . ^ Перейти обратно: а б с Франко П.Дж., Ли Г., Вэй Л.Н. (август 2003 г.). «Взаимодействие ДНК-связывающих доменов ядерного рецептора цинкового пальца с деацетилазой гистонов». Мол. Клетка. Эндокринол . 206 (1–2): 1–12. дои : 10.1016/S0303-7207(03)00254-5 . ПМИД 12943985 . S2CID 19487189 . ^ Ши Ю, Хон М., Эванс Р.М. (март 2002 г.). «Дельта-рецептор, активирующий пролифератор пероксисомы, интегратор репрессии транскрипции и передачи сигналов ядерных рецепторов» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 99 (5): 2613–8. Бибкод : 2002PNAS...99.2613S . дои : 10.1073/pnas.052707099 ПМЦ 122396 ПМИД 11867749 . ^ Перейти обратно: а б Фаджас Л., Эглер В., Райтер Р., Хансен Дж., Кристиансен К., Дебриль М.Б., Миард С., Ауверкс Дж. (декабрь 2002 г.). «Комплекс ретинобластома-гистондеацетилаза 3 ингибирует PPARgamma и дифференцировку адипоцитов» . Дев. Клетка . 3 (6): 903–10. дои : 10.1016/S1534-5807(02)00360-X ПМИД 12479814 . ^ Ву В.С., Валлиан С., Сето Э., Ян В.М., Эдмондсон Д., Рот С., Чанг К.С. (апрель 2001 г.). «Супрессор роста PML подавляет транскрипцию путем функционального и физического взаимодействия с деацетилазами гистонов» . Мол. Клетка. Биол . 21 (7): 2259–68. дои : 10.1128/MCB.21.7.2259-2268.2001 . ПМК 86860 ПМИД 11259576 . ^ Николя Э., Айт-Си-Али С., Труш Д. (август 2001 г.). «Гистондеацетилаза HDAC3 нацеливает RbAp48 на белок ретинобластомы» . Нуклеиновые кислоты Рез . 29 (15): 3131–6. дои : 10.1093/нар/29.15.3131 . ПМЦ 55834 ПМИД 11470869 . ^ Фишле В., Вердин Э., Грин В.К. (август 2001 г.). «Продолжительность действия ядерного NF-kappaB, регулируемого обратимым ацетилированием». Наука . 293 (5535): 1653–7. Бибкод : 2001Sci...293.1653C . дои : 10.1126/science.1062374 . hdl : 11858/00-001M-0000-002C-9FF1-A ПМИД 11533489 . S2CID 45796404 . ^ Лай А., Ли Дж.М., Ян В.М., ДеКаприо Дж.А., Кэлин В.Г., Сето Э., Брэнтон П.Е. (октябрь 1999 г.). «RBP1 рекрутирует как зависимую, так и независимую от гистондеацетилазы репрессивную активность в белках семейства ретинобластомы» . Мол. Клетка. Биол . 19 (10): 6632–41. дои : 10.1128/mcb.19.10.6632 . ПМЦ 84642 ПМИД 10490602 . ^ Шредер Т.М., Калер Р.А., Ли Х, Вестендорф Дж.Дж. (октябрь 2004 г.). «Гистондеацетилаза 3 взаимодействует с runx2, подавляя промотор остеокальцина и регулируя дифференцировку остеобластов» . Ж. Биол. Хим . 279 (40): 41998–2007. дои : 10.1074/jbc.M403702200 ПМИД 15292260 . ^ Воте О, Николя Э, Вандель Л, Труш Д (январь 2002 г.). «Функциональное и физическое взаимодействие между метилтрансферазой гистонов Suv39H1 и деацетилазами гистонов» . Нуклеиновые кислоты Рез . 30 (2): 475–81. дои : 10.1093/нар/30.2.475 . ПМК 99834 ПМИД 11788710 . ^ Ли Джи, Франко П.Дж., Вэй Л.Н. (октябрь 2003 г.). «Идентификация доменов гистондеацетилазы-3, которые взаимодействуют с сиротским ядерным рецептором TR2». Биохим. Биофиз. Рез. Коммун . 310 (2): 384–90. дои : 10.1016/j.bbrc.2003.08.145 . ПМИД 14521922 . ^ Франко П.Дж., Фаруки М., Сето Э., Вэй Л.Н. (август 2001 г.). «Осиротный ядерный рецептор TR2 напрямую взаимодействует с деацетилазами гистонов как класса I, так и класса II» . Мол. Эндокринол . 15 (8): 1318–28. дои : 10.1210/mend.15.8.0682 ПМИД 11463856 . ^ Тан Ф, Лу Л, Цай Ю, Ван Дж, Се Ю, Ван Л, Гун Ю, Сюй БЭ, Ву Дж, Луо Ю, Цян Б, Юань Дж, Сунь Х, Пэн Х (июль 2008 г.). «Протеомный анализ убиквитинированных белков в клетках печени нормальной линии гепатоцитов Чанг». Протеомика . 8 (14): 2885–96. дои : 10.1002/pmic.200700887 . ПМИД 18655026 . S2CID 25586938 . ^ Ян ВМ, Яо ЮЛ, Сунь Дж.М., Дэви-младший, Сето Э (октябрь 1997 г.). «Выделение и характеристика кДНК, соответствующих дополнительному члену семейства генов деацетилазы гистонов человека» . Ж. Биол. Хим . 272 (44): 28001–7. дои : 10.1074/jbc.272.44.28001 ПМИД 9346952 . ^ Яо Ю.Л., Ян В.М., Сето Э. (сентябрь 2001 г.). «Регуляция фактора транскрипции YY1 путем ацетилирования и деацетилирования» . Мол. Клетка. Биол . 21 (17): 5979–91. дои : 10.1128/MCB.21.17.5979-5991.2001 . ПМК 87316 ПМИД 11486036 . Эта статья включает текст из Национальной медицинской библиотеки США , который находится в свободном доступе .
показывать Активность Регулирование Классификация Кинетика Типы
