Очень короткий патч-ремонт
| Вср | |||
|---|---|---|---|
 Кристаллическая структура эндонуклеазы очень короткой патч-репарации (VSR) в комплексе с дуплексной ДНК | |||
| Идентификаторы | |||
| Символ | Вср | ||
| Пфам | PF03852 | ||
| Пфам Клан | CL0236 | ||
| ИнтерПро | ИПР004603 | ||
| ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ 2 | 1вср / СКОПе / СУПФАМ | ||
| |||
Восстановление очень короткого участка (VSP) — это система восстановления ДНК , которая устраняет несоответствия GT, возникающие в результате дезаминирования метилцитозина 5- в тимин . Эта система существует потому, что гликозилазы , которые обычно нацелены на дезаминированные основания, не могут нацеливаться на тимин (он является одним из четырех обычных оснований в ДНК).
Компонентами системы являются MutS, который связывается с несоответствием GT, эндонуклеаза VSR, разрезающая ДНК, и MutL, которая рекрутирует хеликазу UvrD .
VSR (очень короткие заплатки) Эндонуклеазы встречаются у множества бактерий . Они работают путем разрезания или, скорее, создания надреза в ДНК, если пара оснований мутировала или повреждена.
Функция
[ редактировать ]Мутации в парах оснований ДНК могут быть вредными для организма. В частности, довольно часто возникают мутации С на Т вследствие метилирования цитозина. Следовательно, эндонуклеазы VSR выполняют функцию защиты клетки от повреждений, вызванных мутированной ДНК.
Механизм
[ редактировать ]VSR распознает несовпадающую пару оснований TG , образующуюся после спонтанного метилированных цитозинов расщепления , и создает разрыв на одной цепи путем фосфатного остова дезаминирования на 5'- стороне тимина. [ 1 ] Затем ДНК-полимераза I удаляет Т и некоторые нуклеотиды на 3'-цепи, а затем повторно синтезирует участок. [ 2 ]
C-to-T, перехода Кроме того, несоответствия GT могут привести к мутациям если их не устранить . VSR исправляет несовпадения в пользу G-содержащей цепи. В Escherichia coli эта эндонуклеаза разрывает двухцепочечную ДНК в последовательности CT(AT)GN или NT(AT)GG рядом с остатком тимидина , который не соответствует 2'-дезоксигуанозину. [ 3 ] Разрез зависит от несоответствия и зависит от пряди.
Структура
[ редактировать ]Структура . VSR аналогична основной структуре эндонуклеаз рестрикции, которые имеют трехслойную топологию альфа/бета/альфа [ 4 ]
VSR имеет три ароматических остатка ( Phe67 , Trp68 и Trp86), которые встраиваются в большую бороздку , изгибая ДНК и разделяя две цепи. N -концевой домен стабилизирует взаимодействие белка и расщепляемого продукта, тем самым защищая разрыв от ДНК-лигазы до прибытия ДНК-полимеразы I.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Цутакава С.Э., Джингами Х., Морикава К. (декабрь 1999 г.). «Распознавание несоответствия TG: кристаллическая структура эндонуклеазы восстановления очень коротких участков в комплексе с дуплексом ДНК» . Клетка . 99 (6): 615–23. дои : 10.1016/s0092-8674(00)81550-0 . ПМИД 10612397 . S2CID 17458432 .
- ^ Полосина Ю.Ю., Cupples CG (2009). «Изменения в конформации аминоконцевого домена эндонуклеазы Vsr сопровождают расщепление ДНК». Дж. Биохим . 146 (4): 523–6. дои : 10.1093/jb/mvp095 . ПМИД 19556224 .
- ^ Бхагват А.С., Либ М. (июнь 2002 г.). «Сотрудничество и конкуренция в репарации несоответствий: репарация очень коротких участков и метил-направленная репарация несоответствий в Escherichia coli» . Мол. Микробиол . 44 (6): 1421–8. дои : 10.1046/j.1365-2958.2002.02989.x . ПМИД 12067333 . S2CID 44319240 .
- ^ Бантинг К.А., Роу С.М., Хедли А., Браун Т., Савва Р., Перл Л.Х. (март 2003 г.). «Кристаллическая структура эндонуклеазы репарации ДНК Escherichia coli dcm с очень короткими участками, связанной с участком продукта реакции в суперспирали ДНК» . Нуклеиновые кислоты Рез . 31 (6): 1633–9. дои : 10.1093/нар/gkg273 . ПМЦ 152875 . ПМИД 12626704 .
 | Эта о генетике статья незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее . |