ДДБ1

ДДБ1
Доступные структуры
ПДБ	Поиск ортологов: PDBe RCSB
показывать Список идентификационных кодов PDB
	2B5L, 2B5M, 2B5N, 2HYE, 3E0C, 3EI1, 3EI2, 3EI3, 3EI4, 3I7H, 3I7K, 3I7L, 3I7N, 3I7O, 3I7P, 3I89, 3I8C, 3I8E, 4A08, 4A09, 4A0A, 4A0B, 4A0K, 4A0L, 4A11, 4CI1, 4CI2, 4CI3, 4E54, 4E5Z, 4TZ4, 5FQD, 5HXB
Идентификаторы
Псевдонимы	DDB1 , DDBA, UV-XAP1, XPCE, XPE, XPE-BF, повреждающий ДНК-связывающий белок 1, WHIKERS
Внешние идентификаторы	Опустить : 600045 ; МГИ : 1202384 ; Гомологен : 1448 ; Генные карты : DDB1 ; ОМА : DDB1 — ортологи
показывать Местоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 11 (human)
End	61,342,596 bp
показывать Местоположение гена ( Мышь )
Chr.	Chromosome 19 (mouse)
End	10,607,183 bp
показывать экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	right adrenal gland; ; right adrenal cortex; ; left adrenal gland; ; left adrenal cortex; ; ventricular zone; ; stromal cell of endometrium; ; right testis; ; ganglionic eminence; ; left testis; ; right uterine tube;
	Top expressed in
	Ileal epithelium; ; neural layer of retina; ; spermatocyte; ; choroid plexus of fourth ventricle; ; gastrula; ; ventricular zone; ; epiblast; ; tail of embryo; ; lactiferous gland; ; hand;
	More reference expression data
	n/a
показывать Генная онтология
Molecular function	DNA binding; protein binding; nucleic acid binding; damaged DNA binding; protein-macromolecule adaptor activity; cullin family protein binding; WD40-repeat domain binding; protein-containing complex binding;
Cellular component	cytoplasm; nucleoplasm; Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex; Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex; extracellular exosome; nucleus; extracellular space; Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex; protein-containing complex;
Biological process	regulation of mitotic cell cycle phase transition; nucleotide-excision repair; nucleotide-excision repair, DNA damage recognition; positive regulation by virus of viral protein levels in host cell; histone H2A monoubiquitination; negative regulation of apoptotic process; Wnt signaling pathway; global genome nucleotide-excision repair; biological process involved in interaction with symbiont; positive regulation of viral genome replication; transcription-coupled nucleotide-excision repair; viral process; nucleotide-excision repair, DNA incision; UV-damage excision repair; DNA repair; proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process; nucleotide-excision repair, DNA incision, 3'-to lesion; nucleotide-excision repair, preincision complex stabilization; nucleotide-excision repair, DNA duplex unwinding; nucleotide-excision repair, preincision complex assembly; nucleotide-excision repair, DNA incision, 5'-to lesion; post-translational protein modification; proteasomal protein catabolic process; cellular response to DNA damage stimulus; protein ubiquitination; positive regulation of protein catabolic process; ubiquitin-dependent protein catabolic process; regulation of circadian rhythm; positive regulation of gluconeogenesis; rhythmic process;
	Sources:Amigo / QuickGO
скрывать Ортологи
	1642
	13194
	ENSG00000167986
	ENSMUSG00000024740
	Q16531
	Q3U1J4
	НМ_001923
	НМ_015735
	НП_001914
	НП_056550
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Белок 1, связывающий повреждение ДНК, — это белок , который у человека кодируется DDB1 геном . ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}^{[ 7 ]}

Ген

Положение гена находится на хромосоме 11q12-q13. ^{[ 8 ]}

Белок

Ген DDB1 кодирует большую субъединицу белка, связывающего повреждения ДНК , гетеродимера, состоящего из большой и малой ( DDB2 ) субъединицы. DDB1 содержит 1140 аминокислот общей массой 127 кДа. ^{[ 8 ]}

Функция

Как следует из названия, DDB1 изначально был вовлечен в процесс определенного типа репарации ДНК, известный как эксцизионная репарация нуклеотидов . С тех пор исследователи обнаружили, что DDB1 в первую очередь функционирует как основной компонент CUL4A и CUL4B E3 на основе комплексов убиквитинлигазы . DDB1 служит мостиком или адаптерным белком, который взаимодействует с десятками белков, известных как DDB1 и CUL4-ассоциированные факторы (DCAF). ^{[ 9 ]} убиквитинлигазы Эти DCAF часто являются субстратами и регулируют многочисленные важные процессы в клетке, включая репарацию ДНК (DDB2), репликацию ДНК, ремоделирование хроматина ( Cdt2 ) и многое другое.

Взаимодействия

Было показано, что DDB1 взаимодействует с гомологом белка инициации транскрипции SPT3 . ^{[ 10 ]} ГЦН5Л2 , ^{[ 11 ]} ДДБ2 , ^{[ 12 ]}^{[ 13 ]} КУЛ4А , ^{[ 13 ]} CUL4B ^{[ 13 ]} и P21 . ^{[ 14 ]}

Ссылки

^ Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000167986 – Ensembl , май 2017 г.
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000024740 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Дуалан Р., Броуди Т., Кини С., Николс А.Ф., Адмон А., Линн С. (февраль 1996 г.). «Хромосомная локализация и клонирование кДНК генов (DDB1 и DDB2) субъединиц p127 и p48 человеческого ДНК-связывающего белка, специфичного для повреждения». Геномика . 29 (1): 62–9. дои : 10.1006/geno.1995.1215 . ПМИД 8530102 .
^ Секи Н., Хаяси А., Хаттори А., Кодзума С., Сасаки М., Судзуки Ю., Сугано С., Мурамацу М., Сайто Т. (январь 2000 г.). «Клонирование кДНК, тканевая экспрессия и хромосомное распределение мышиного гена, кодирующего ДНК-связывающий белок массой 127 кДа, поврежденный УФ-излучением, который является дефектным в клетках XPE» . ДНК Рез . 6 (5): 319–22. дои : 10.1093/dnares/6.5.319 . ПМИД 10574459 .
^ «Ген Энтрез: ДНК-связывающий белок 1, специфичный для повреждения DDB1, 127 кДа» .
^ Перейти обратно: ^а ^б Айовин Б., Яннелла М.Л., Бевилаква М.А. (2011). «ДНК-связывающий белок 1, специфичный к повреждению (DDB1): белок с широким спектром функций» . Международный журнал биохимии и клеточной биологии . 43 (12). Эльзевир: 1664–1667. doi : 10.1016/j.biocel.2011.09.001 . ПМИД 21959250 .
^ Ли Дж (2007). «DCAF, недостающее звено убиквитинлигазы CUL4-DDB1» . Молекулярная клетка . 26 (6): 775–780. doi : 10.1016/j.molcel.2007.06.001 . ПМИД 17588513 .
^ Мартинес Э., Палхан В.Б., Тьернберг А., Лимар Э.С., Гампер А.М., Кунду Т.К., Хаит Б.Т., Рёдер Р.Г. (октябрь 2001 г.). «Комплекс STAGA человека представляет собой коактиватор транскрипции, ацетилирующий хроматин, который взаимодействует с факторами сплайсинга пре-мРНК и факторами, связывающими повреждение ДНК, in vivo» . Мол. Клетка. Биол . 21 (20): 6782–95. дои : 10.1128/MCB.21.20.6782-6795.2001 . ПМК 99856 . ПМИД 11564863 .
^ Хуан Дж, Чен Дж (июль 2008 г.). «VprBP нацеливает Мерлина на лигазный комплекс E3 Roc1-Cul4A-DDB1 для деградации». Онкоген . 27 (29): 4056–64. дои : 10.1038/onc.2008.44 . ПМИД 18332868 . S2CID 23628888 .
^ Бергаметти Ф, Ситтерлин Д, Транси С (июль 2002 г.). «Обмен белка Х вируса гепатита В регулируется поврежденным ДНК-связывающим комплексом» . Дж. Вирол . 76 (13): 6495–501. doi : 10.1128/JVI.76.13.6495-6501.2002 . ПМК 136256 . ПМИД 12050362 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с Герреро-Санторо Дж., Капетанаки М.Г., Се С.Л., Горбачинский И., Левин А.С., Рапич-Отрин В. (июль 2008 г.). «ДНК-связывающая протеинлигаза на основе куллина 4B, поврежденная УФ-излучением, связывается с поврежденным УФ-излучением хроматином и убиквитинирует гистон H2A» . Рак Рез . 68 (13): 5014–22. дои : 10.1158/0008-5472.CAN-07-6162 . ПМИД 18593899 .
^ Аббас Т., Сивапрасад У., Тераи К., Ловер В., Пэган М., Дутта А. (сентябрь 2008 г.). «PCNA-зависимая регуляция убиквитилирования и деградации p21 через комплекс убиквитинлигазы CRL4Cdt2» . Джинс Дев 22 (18): 2496–506. дои : 10.1101/gad.1676108 . ПМК 2546691 . ПМИД 18794347 .

Дальнейшее чтение

Чу Г, Чанг Э (1988). «В клетках пигментной ксеродерма группы E отсутствует ядерный фактор, который связывается с поврежденной ДНК». Наука . 242 (4878): 564–7. Бибкод : 1988Sci...242..564C . дои : 10.1126/science.3175673 . ПМИД 3175673 .
Ли Т.Х., Элледж С.Дж., Бутел Дж.С. (1995). «Белок Х вируса гепатита В взаимодействует с вероятным белком репарации клеточной ДНК» . Дж. Вирол . 69 (2): 1107–14. doi : 10.1128/JVI.69.2.1107-1114.1995 . ЧВК 188683 . ПМИД 7815490 .
Кини С., Экер А.П., Броди Т. и др. (1994). «Коррекция дефекта репарации ДНК при пигментной ксеродерме группы E путем инъекции белка, связывающего повреждение ДНК» (PDF) . Учеб. Натл. акад. наук. США . 91 (9): 4053–6. Бибкод : 1994PNAS...91.4053K . дои : 10.1073/pnas.91.9.4053 . ПМК 43721 . ПМИД 8171034 .
Кини С., Чанг Г.Дж., Линн С. (1993). «Характеристика белка, связывающего повреждение ДНК человека, причастного к пигментной ксеродерма E». Ж. Биол. Хим . 268 (28): 21293–300. дои : 10.1016/S0021-9258(19)36923-6 . ПМИД 8407967 .
Хван Б.Дж., Ляо Дж.К., Чу Дж. (1996). «Выделение кДНК, кодирующей поврежденный УФ-излучением фактор связывания ДНК, дефектный в клетках E-клетки пигментной ксеродермы». Мутат. Рез . 362 (1): 105–17. дои : 10.1016/0921-8777(95)00040-2 . ПМИД 8538642 .
Николс А.Ф., Онг П., Линн С. (1996). «Мутации, специфичные для пигментной ксеродерма группы E Ddb-фенотипа» . Ж. Биол. Хим . 271 (40): 24317–20. дои : 10.1074/jbc.271.40.24317 . ПМИД 8798680 .
Лю В., Николс А.Ф., Грэм Дж.А. и др. (2000). «Ядерный транспорт человеческого белка DDB, индуцированный ультрафиолетовым светом» . Ж. Биол. Хим . 275 (28): 21429–34. дои : 10.1074/jbc.M000961200 . ПМИД 10777491 .
Мартинес Э., Палхан В.Б., Тьернберг А. и др. (2001). «Комплекс STAGA человека представляет собой коактиватор транскрипции, ацетилирующий хроматин, который взаимодействует с факторами сплайсинга пре-мРНК и факторами, связывающими повреждение ДНК, in vivo» . Мол. Клетка. Биол . 21 (20): 6782–95. дои : 10.1128/MCB.21.20.6782-6795.2001 . ПМК 99856 . ПМИД 11564863 .
Чен X, Чжан Ю, Дуглас Л, Чжоу П (2002). «ДНК-связывающие белки, поврежденные УФ-излучением, являются мишенями убиквитинирования и деградации, опосредованного CUL-4A» . Ж. Биол. Хим . 276 (51): 48175–82. дои : 10.1074/jbc.M106808200 . ПМИД 11673459 .
Рапич-Отрин В., Маклениган, член парламента, Биси, округ Колумбия, и др. (2002). «Последовательное связывание фактора связывания повреждения ДНК УФ-излучением и деградация субъединицы p48 как ранние события после УФ-облучения» . Нуклеиновые кислоты Рез . 30 (11): 2588–98. дои : 10.1093/нар/30.11.2588 . ПМК 117178 . ПМИД 12034848 .
Бергаметти Ф, Ситтерлин Д, Транси С (2002). «Обмен белка Х вируса гепатита В регулируется поврежденным ДНК-связывающим комплексом» . Дж. Вирол . 76 (13): 6495–501. doi : 10.1128/JVI.76.13.6495-6501.2002 . ПМК 136256 . ПМИД 12050362 .
Бонтрон С., Лин-Марк Н., Струбин М. (2002). «Белок X вируса гепатита B, связанный с UV-DDB1, вызывает гибель клеток в ядре и функционально противодействует UV-DDB2» . Ж. Биол. Хим . 277 (41): 38847–54. дои : 10.1074/jbc.M205722200 . ПМИД 12151405 .
Андреева Дж., Пул Э., Янг Д.Ф. и др. (2002). «Субъединица p127 (DDB1) белка, связывающего восстановление повреждения ДНК УФ-излучением, необходима для целенаправленной деградации STAT1 белком V парамиксовирусного вируса обезьян 5» . Дж. Вирол . 76 (22): 11379–86. doi : 10.1128/JVI.76.22.11379-11386.2002 . ПМК 136798 . ПМИД 12388698 .
Штраусберг Р.Л., Фейнгольд Е.А., Граус Л.Х. и др. (2003). «Получение и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 99 (26): 16899–903. Бибкод : 2002PNAS...9916899M . дои : 10.1073/pnas.242603899 . ПМК 139241 . ПМИД 12477932 .
Гройсман Р., Полановска Дж., Кураока И. и др. (2003). «Активность убиквитинлигазы в комплексах DDB2 и CSA по-разному регулируется сигналосомой COP9 в ответ на повреждение ДНК» . Клетка . 113 (3): 357–67. дои : 10.1016/S0092-8674(03)00316-7 . ПМИД 12732143 . S2CID 11639677 .
Леупин О., Бонтрон С., Струбин М. (2003). «Белок X вируса гепатита B и белок V вируса обезьян 5 проявляют сходные свойства связывания UV-DDB1, обеспечивая различную активность» . Дж. Вирол . 77 (11): 6274–83. doi : 10.1128/JVI.77.11.6274-6283.2003 . ПМК 154990 . ПМИД 12743284 .
Вертц И.Е., О'Рурк К.М., Чжан З. и др. (2004). «Человеческий деэтиолированный-1 регулирует c-Jun путем сборки убиквитинлигазы CUL4A» (PDF) . Наука . 303 (5662): 1371–4. Бибкод : 2004Sci...303.1371W . дои : 10.1126/science.1093549 . ПМИД 14739464 . S2CID 40501515 .
Баумистер Т., Баух А., Раффнер Х. и др. (2004). «Физическая и функциональная карта пути передачи сигнала TNF-альфа / NF-каппа B человека». Нат. Клеточная Биол . 6 (2): 97–105. дои : 10.1038/ncb1086 . ПМИД 14743216 . S2CID 11683986 .

[refGRCh38Ensembl-1] Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000167986 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000024740 – Ensembl , май 2017 г.

[3] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid8530102-5] Дуалан Р., Броуди Т., Кини С., Николс А.Ф., Адмон А., Линн С. (февраль 1996 г.). «Хромосомная локализация и клонирование кДНК генов (DDB1 и DDB2) субъединиц p127 и p48 человеческого ДНК-связывающего белка, специфичного для повреждения». Геномика . 29 (1): 62–9. дои : 10.1006/geno.1995.1215 . ПМИД 8530102 .

[pmid10574459-6] Секи Н., Хаяси А., Хаттори А., Кодзума С., Сасаки М., Судзуки Ю., Сугано С., Мурамацу М., Сайто Т. (январь 2000 г.). «Клонирование кДНК, тканевая экспрессия и хромосомное распределение мышиного гена, кодирующего ДНК-связывающий белок массой 127 кДа, поврежденный УФ-излучением, который является дефектным в клетках XPE» . ДНК Рез . 6 (5): 319–22. дои : 10.1093/dnares/6.5.319 . ПМИД 10574459 .

[entrez-7] «Ген Энтрез: ДНК-связывающий белок 1, специфичный для повреждения DDB1, 127 кДа» .

[Iovine2011-8] Перейти обратно: ^а ^б Айовин Б., Яннелла М.Л., Бевилаква М.А. (2011). «ДНК-связывающий белок 1, специфичный к повреждению (DDB1): белок с широким спектром функций» . Международный журнал биохимии и клеточной биологии . 43 (12). Эльзевир: 1664–1667. doi : 10.1016/j.biocel.2011.09.001 . ПМИД 21959250 .

[DCAF-9] Ли Дж (2007). «DCAF, недостающее звено убиквитинлигазы CUL4-DDB1» . Молекулярная клетка . 26 (6): 775–780. doi : 10.1016/j.molcel.2007.06.001 . ПМИД 17588513 .

[pmid11564863-10] Мартинес Э., Палхан В.Б., Тьернберг А., Лимар Э.С., Гампер А.М., Кунду Т.К., Хаит Б.Т., Рёдер Р.Г. (октябрь 2001 г.). «Комплекс STAGA человека представляет собой коактиватор транскрипции, ацетилирующий хроматин, который взаимодействует с факторами сплайсинга пре-мРНК и факторами, связывающими повреждение ДНК, in vivo» . Мол. Клетка. Биол . 21 (20): 6782–95. дои : 10.1128/MCB.21.20.6782-6795.2001 . ПМК 99856 . ПМИД 11564863 .

[pmid18332868-11] Хуан Дж, Чен Дж (июль 2008 г.). «VprBP нацеливает Мерлина на лигазный комплекс E3 Roc1-Cul4A-DDB1 для деградации». Онкоген . 27 (29): 4056–64. дои : 10.1038/onc.2008.44 . ПМИД 18332868 . S2CID 23628888 .

[pmid12050362-12] Бергаметти Ф, Ситтерлин Д, Транси С (июль 2002 г.). «Обмен белка Х вируса гепатита В регулируется поврежденным ДНК-связывающим комплексом» . Дж. Вирол . 76 (13): 6495–501. doi : 10.1128/JVI.76.13.6495-6501.2002 . ПМК 136256 . ПМИД 12050362 .

[pmid18593899-13] Перейти обратно: ^а ^б ^с Герреро-Санторо Дж., Капетанаки М.Г., Се С.Л., Горбачинский И., Левин А.С., Рапич-Отрин В. (июль 2008 г.). «ДНК-связывающая протеинлигаза на основе куллина 4B, поврежденная УФ-излучением, связывается с поврежденным УФ-излучением хроматином и убиквитинирует гистон H2A» . Рак Рез . 68 (13): 5014–22. дои : 10.1158/0008-5472.CAN-07-6162 . ПМИД 18593899 .

[pmid18794347-14] Аббас Т., Сивапрасад У., Тераи К., Ловер В., Пэган М., Дутта А. (сентябрь 2008 г.). «PCNA-зависимая регуляция убиквитилирования и деградации p21 через комплекс убиквитинлигазы CRL4Cdt2» . Джинс Дев 22 (18): 2496–506. дои : 10.1101/gad.1676108 . ПМК 2546691 . ПМИД 18794347 .

[1]

[2]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

v т и восстановление ДНК
Excision repair	Base excision repair/AP site DNA glycosylase Uracil-DNA glycosylase Poly ADP ribose polymerase Nucleotide excision repair/ERCC XPA XPB XPC XPD/ERCC2 XPE/DDB1 XPF/DDB1 XPG/ERCC5 ERCC1 RPA RAD23A RAD23B Excinuclease DNA mismatch repair MLH1 MSH2
Homologous recombination	RecA RecBCD RecF pathway RecQ helicase RAD51 Sgs1 Slx4 LexA
Other pathways	Transcription-coupled repair ERCC6 ERCC8 Homology directed repair Non-homologous end joining Ku Microhomology-mediated end joining Postreplication repair Photolyase CRY1 CRY2
Regulation	SOS box SOS response
Other/ungrouped	Ogt PcrA Proliferating Cell Nuclear Antigen 8-Oxoguanine Adaptive response Meiotic recombination checkpoint DNA helicase: BLM WRN FANC proteins: core protein complex FANCA FANCB FANCC FANCE FANCF FANCG FANCL FANCM FANCD1 FANCD2 FANCI FANCJ FANCN
Category