Богатый лейцином повтор
 Пример богатого лейцином повторяющегося белка, ингибитора рибонуклеазы свиньи. | |||
| Идентификаторы | |||
|---|---|---|---|
| Символ | ЛРР_1 | ||
| Пфам | PF00560 | ||
| Пфам Клан | CL0022 | ||
| ЭКОД | 207.1.1 | ||
| ИнтерПро | ИПР001611 | ||
| ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ 2 | 2мл / ч / SCOPe / СУПФАМ | ||
| Мембраном | 605 | ||
| |||
| Вариант повтора с высоким содержанием лейцина | |||
|---|---|---|---|
 вариант повтора, богатый лейцином, с новым структурным мотивом повторяющегося белка | |||
| Идентификаторы | |||
| Символ | LRV | ||
| Пфам | PF01816 | ||
| Пфам Клан | CL0020 | ||
| ИнтерПро | ИПР004830 | ||
| ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ 2 | 1лрв / ОБЛАСТЬ / СУПФАМ | ||
| Мембраном | 737 | ||
| |||
| LRR соседний | |||
|---|---|---|---|
 интерналин h: кристаллическая структура слитых n-концевых доменов. | |||
| Идентификаторы | |||
| Символ | LRR_adjacent | ||
| Пфам | PF08191 | ||
| ИнтерПро | ИПР012569 | ||
| Мембраном | 341 | ||
| |||
| Богатый лейцином повторяющийся N-концевой домен | |||
|---|---|---|---|
 димерный декорин, экстрагированный из бычьих тканей, кристаллическая форма 2 | |||
| Идентификаторы | |||
| Символ | ЛРРНТ | ||
| Пфам | PF01462 | ||
| ИнтерПро | IPR000372 | ||
| УМНЫЙ | ЛРРНТ | ||
| ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ 2 | 1м10 / ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ / СУПФАМ | ||
| Мембраном | 127 | ||
| |||
| Богатый лейцином повторяющийся N-концевой домен | |||
|---|---|---|---|
 кристаллическая структура pgip ( белка, ингибирующего полигалактуроназу ), богатого лейцином повторяющегося белка, участвующего в защите растений | |||
| Идентификаторы | |||
| Символ | ЛРРНТ_2 | ||
| Пфам | PF08263 | ||
| ИнтерПро | ИПР013210 | ||
| УМНЫЙ | ЛРРНТ | ||
| ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ 2 | 1м10 / ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ / СУПФАМ | ||
| |||
| Богатый лейцином повторяющийся С-концевой домен | |||
|---|---|---|---|
 третий домен lrr щели дрозофилы | |||
| Идентификаторы | |||
| Символ | ЛРРКТ | ||
| Пфам | PF01463 | ||
| ИнтерПро | IPR000483 | ||
| УМНЫЙ | ЛРРКТ | ||
| ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ 2 | 1м10 / ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ / СУПФАМ | ||
| |||
| Кластеры белка LRV FeS4 | |||
|---|---|---|---|
вариант повтора, богатый лейцином, с новым структурным мотивом повторяющегося белка | |||
| Идентификаторы | |||
| Символ | LRV_FeS | ||
| Пфам | PF05484 | ||
| Пфам Клан | CL0020 | ||
| ИнтерПро | ИПР008665 | ||
| ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ 2 | 1лрв / ОБЛАСТЬ / СУПФАМ | ||
| |||
( Богатый лейцином повтор LRR ) представляет собой белка структурный мотив , который образует α/β подковообразную складку . [ 1 ] [ 2 ] Он состоит из повторяющихся участков из 20–30 аминокислот , которые необычайно богаты гидрофобной аминокислотой лейцином . Эти тандемные повторы обычно складываются вместе, образуя соленоидный белковый домен , называемый доменом повторов, богатых лейцином . Обычно каждая повторяющаяся единица имеет структуру бета-цепь - поворот - альфа-спираль , а собранный домен , состоящий из множества таких повторов, имеет подковообразную форму с внутренним параллельным бета-листом и внешним массивом спиралей. Одна сторона бета-листа и одна сторона спирали подвергаются воздействию растворителя и, следовательно, в них преобладают гидрофильные остатки. белка Область между спиралями и листами представляет собой гидрофобное ядро и плотно стерически упакована остатками лейцина.
Богатые лейцином повторы часто участвуют в формировании белок-белковых взаимодействий . [ 3 ] [ 4 ]
Примеры
[ редактировать ]Богатые лейцином повторяющиеся мотивы были идентифицированы в большом количестве функционально неродственных белков. [ 5 ] Наиболее известным примером является ингибитор рибонуклеазы , но другие белки, такие как тропомиозина регулятор тропомодулин и толл-подобный рецептор , также разделяют этот мотив. Фактически, toll-подобный рецептор обладает 10 последовательными мотивами LRR, которые служат для связывания молекулярных структур, связанных с патогенами и опасностями.
Хотя канонический белок LRR содержит примерно одну спираль на каждую бета-цепь, варианты, образующие складки бета-альфа-суперспирали, иногда имеют длинные петли, а не спирали, соединяющие последовательные бета-цепи.
Один вариантный домен повторов, богатых лейцином (LRV), имеет новый повторяющийся структурный мотив, состоящий из чередующихся альфа- и 310 - спиралей, расположенных в правосторонней суперспирали, при отсутствии бета-листов, присутствующих в других повторах, богатых лейцином. [ 6 ]
Связанные домены
[ редактировать ]Богатые лейцином повторы часто фланкированы N-концевыми и C-концевыми цистеином , богатыми доменами , но не всегда, как в случае с C5orf36.
Они также встречаются совместно с доменами, соседними с LRR. Это небольшие , состоящие из бета-цепей домены , структурно описанные для белка интерналина (InlA) и родственных белков InlB, InlE, InlH из патогенной бактерии Listeria monocytogenes . Их функция, по-видимому, в основном структурная: они слиты с С-концом богатых лейцином повторов, значительно стабилизируя LRR и образуя общую жесткую структуру с LRR. Сами они не участвуют в белок-белковых взаимодействиях , но помогают представить для этой цели соседний LRR-домен. Эти домены принадлежат к семейству Ig-подобных доменов, поскольку они состоят из двух сэндвич- бета-листов , которые следуют классической связности Ig-доменов. Однако бета-цепи в одном из листов намного меньше, чем в большинстве стандартных Ig-подобных доменов, что делает его своего рода исключением. [ 7 ] [ 8 ] [ 9 ]
Кластер железа и серы обнаруживается на N-конце некоторых белков, содержащих богатый лейцином повторный домен (LRV). Эти белки имеют двухдоменную структуру, состоящую из небольшого N-концевого домена, содержащего кластер из четырех остатков цистеина, в котором находится кластер 4Fe: 4S , и более крупного C-концевого домена, содержащего повторы LRV. [ 6 ] Биохимические исследования показали, что кластер 4Fe:4S чувствителен к кислороду , но, по-видимому, не обладает обратимой окислительно-восстановительной активностью.
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Кобе Б., Дайзенхофер Дж (октябрь 1994 г.). «Богатый лейцином повтор: универсальный связующий мотив». Тенденции биохимии. Наука . 19 (10): 415–21. дои : 10.1016/0968-0004(94)90090-6 . ПМИД 7817399 .
- ^ Энхбаяр П., Камия М., Осаки М., Мацумото Т., Мацусима Н. (февраль 2004 г.). «Структурные принципы белков с богатыми лейцином повторами (LRR)». Белки . 54 (3): 394–403. дои : 10.1002/прот.10605 . ПМИД 14747988 . S2CID 19951452 .
- ^ Кобе Б., Каява А.В. (декабрь 2001 г.). «Богатый лейцином повтор как мотив узнавания белка». Курс. Мнение. Структура. Биол . 11 (6): 725–32. дои : 10.1016/S0959-440X(01)00266-4 . ПМИД 11751054 .
- ^ Гей Нью-Джерси, Пакман Л.С., Уэлдон М.А., Барна Дж.К. (октябрь 1991 г.). «Богатый лейцином повторяющийся пептид, полученный из рецептора Toll дрозофилы, образует удлиненные нити со структурой бета-листа» . ФЭБС Летт . 291 (1): 87–91. дои : 10.1016/0014-5793(91)81110-T . ПМИД 1657640 . S2CID 84294221 .
- ^ Ротберг Дж. М., Джейкобс Дж. Р., Гудман К. С., Артаванис-Цаконас С. (декабрь 1990 г.). «щель: внеклеточный белок, необходимый для развития путей средней глии и комиссуральных аксонов, содержит как домены EGF, так и LRR» . Генс Дев . 4 (12А): 2169–87. дои : 10.1101/gad.4.12a.2169 . ПМИД 2176636 .
- ^ Jump up to: а б Питерс Дж.В., Стоуэлл М.Х., Рис, округ Колумбия (декабрь 1996 г.). «Богатый лейцином повторный вариант с новым структурным мотивом повторяющегося белка». Нат. Структура. Биол . 3 (12): 991–4. дои : 10.1038/nsb1296-991 . ПМИД 8946850 . S2CID 36535731 .
- ^ Шуберт В.Д., Гобель Г., Дипхольц М., Дарджи А., Клоер Д., Хайн Т., Чакраборти Т., Веланд Дж., Доманн Э., Хайнц Д.В. (сентябрь 2001 г.). «Интерналины человеческого патогена Listeria monocytogenes объединяют три отдельные складки в непрерывный домен интерналина». Дж. Мол. Биол . 312 (4): 783–94. дои : 10.1006/jmbi.2001.4989 . ПМИД 11575932 .
- ^ Шуберт В.Д., Урбанке С., Зим Т., Бейер В., Махнер М.П., Доманн Э., Веланд Дж., Чакраборти Т., Хайнц Д.В. (декабрь 2002 г.). «Структура интерналина, основного белка инвазии Listeria monocytogenes, в комплексе с его человеческим рецептором E-кадгерином» . Клетка . 111 (6): 825–36. дои : 10.1016/S0092-8674(02)01136-4 . ПМИД 12526809 . S2CID 17232767 .
- ^ Фрайберг А., Махнер М.П., Пфайль В., Шуберт В.Д., Хайнц Д.В., Секлер Р. (март 2004 г.). «Складывание и стабильность богатого лейцином повторяющегося домена интерналина B из Listeri monocytogenes». Дж. Мол. Биол . 337 (2): 453–61. дои : 10.1016/j.jmb.2004.01.044 . ПМИД 15003459 .
Дальнейшее чтение
[ редактировать ]- Туз, Джон; Бренден, Карл-Ивар (1999). Введение в структуру белка (2-е изд.). Нью-Йорк: Издательство Garland Publishing. ISBN 0-8153-2305-0 .
- Вэй Т., Гонг Дж., Джамицки Ф., Хекл В.М., Старк Р.В., Россле СК (ноябрь 2008 г.). «LRRML: конформационная база данных и XML-описание богатых лейцином повторов (LRR)» . Структура БМК. Биол . 8 (1): 47. дои : 10.1186/1472-6807-8-47 . ПМК 2645405 . ПМИД 18986514 .