Идеовирус
Идеовирус | |
---|---|
Классификация вирусов | |
(без рейтинга): | Вирус |
Область : | Рибовирия |
Королевство: | Орторнавиры |
Тип: | Китриновирикота |
Сорт: | Алсувирицетес |
Заказ: | Мартелливиралес |
Семья: | Майовирусиды |
Род: | Идеовирус |
Идеовирус — это род оцРНК-вирусов с положительным смыслом , который содержит два вида: вирус кустистой карликовости малины (RBDV) и идеовирус бирючины . [ 1 ] [ 2 ] RBDV имеет две зависящие от хозяина клады : одна для малины ; другой для виноградной лозы . [ 3 ] Инфекции представляют собой значительное бремя для сельского хозяйства, приводящее к снижению урожайности и качества сельскохозяйственных культур. [ 4 ] RBDV имеет синергическую связь с вирусом крапчатости листьев малины , при этом совместная инфекция значительно увеличивает концентрацию вирионов в инфицированных растениях. [ 5 ] Вирус передается через опыление пыльцевыми зернами, инфицированными RBDV, которые сначала заражают рыльце пестика, а затем вызывают системную инфекцию. [ 6 ]
Вирусология
[ редактировать ]RBDV не покрыт изометрической белковой оболочкой диаметром около 33 нанометров. [ 7 ] Внутри белковой оболочки находится вирусный геном, который состоит из двух частей и содержит цепи РНК , называемые РНК-1 и РНК-2. РНК-1 имеет 5449 нуклеотидов длину и содержит одну открытую рамку считывания (ORF), которая кодирует комбинированный белок, имеющий домены метилтрансферазы , геликазы и РНК-зависимой РНК-полимеразы . [ 1 ] [ 8 ] [ 9 ] РНК-2 имеет длину 2231 нуклеотид и содержит две ORF: одну на 5'-конце, а другую на 3'-конце. [ 9 ] [ 10 ] Первая ORF кодирует белок перемещения от клетки к клетке, а вторая ORF экспрессируется как субгеномная цепь РНК . [ 7 ] [ 10 ] Эта цепь, РНК-3, имеет длину 946 нуклеотидов и кодирует белок оболочки. [ 11 ] Было показано, что инфекция не возникает, если РНК-3 либо отсутствует, либо достаточно повреждена. [ 7 ]
Род | Структура | Симметрия | Капсид | Геномное расположение | Геномная сегментация |
---|---|---|---|---|---|
Идеовирус | Икосаэдрический, Изометрический | Без конверта | Линейный | двусторонний |
Жизненный цикл
[ редактировать ]Репликация вируса цитоплазматическая. Вход в клетку-хозяина достигается путем проникновения в клетку-хозяина. Репликация соответствует модели репликации вируса с положительной многоцепочечной РНК. Транскрипция вируса с положительной цепью РНК - это метод транскрипции. Вирус покидает клетку-хозяина путем перемещения вируса по канальцам. Растения служат естественным хозяином. Пути передачи связаны с пыльцой. [ 12 ]
Род | Сведения о хосте | Тканевой тропизм | Детали входа | Подробности выпуска | Сайт репликации | Монтажный участок | Передача инфекции |
---|---|---|---|---|---|---|---|
Идеовирус | Растения | Никто | Цитоплазма | Цитоплазма | Связанный с пыльцой |
Диагностика
[ редактировать ]одностадийная полимеразная цепная реакция с обратной транскрипцией . Для обнаружения RBDV была разработана [ 5 ] [ 13 ] Вирусы обогащаются антителами в микролунках ПЦР с последующим лизисом вирусных частиц, затем обратной транскрипцией вирусной РНК. [ 13 ] Включив в весь процесс обратную транскриптазу и ДНК-полимеразу , процедуру можно провести в один этап. [ 13 ] Эти тесты достаточно чувствительны, чтобы идентифицировать конкретный штамм вируса. [ 5 ]
Уход
[ редактировать ]RBDV можно уничтожить на зараженных растениях с помощью процедуры, при которой сначала применяют термотерапию , а затем криотерапию к зараженным побегам . [ 14 ] [ 15 ] Применение тепла к зараженным растениям приводит к увеличению вакуолей в инфицированных клетках, которые позже погибают во время криотерапии. [ 15 ] Добавление Fe- этилендиаминтетрауксусной кислоты или Fe-этилендиаминди(о)гидроксифенилуксусной кислоты после криотерапии стимулирует отрастание и предотвращает хлороза в побегах растений. развитие [ 14 ] Используя этот метод, около 80% побегов выдерживают первоначальную тепловую терапию, а 33% выдерживают криотерапию и успешно отрастают. [ 14 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б Зиглер, А; Нацуаки, Т; Мэйо, Массачусетс; Джолли, Калифорния; Мурант, А.Ф. (1992). «Нуклеотидная последовательность РНК-1 вируса кустистой карликовости малины» . Журнал общей вирусологии . 73 (12): 3213–8. дои : 10.1099/0022-1317-73-12-3213 . ПМИД 1469359 .
- ^ «Таксономия вирусов: выпуск 2020 г.» . Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) . Проверено 5 июля 2021 г.
- ^ Валасевич Н; Кухарчик, Н; Кварнхеден, А (2011). «Молекулярная характеристика изолятов вируса кустистой карликовости малины из Швеции и Беларуси». Архив вирусологии . 156 (3): 369–74. дои : 10.1007/s00705-010-0912-9 . ПМИД 21253783 . S2CID 43135450 .
- ^ Маловицкий, С.М.; Мартин, Р; Цянь, MC (2008). «Сравнение сахара, кислот и летучих веществ в трансгенной малине, устойчивой к вирусу кустистой карликовой малины, и дикой малине 'кроткий' (rubus idaeus L.)». Журнал сельскохозяйственной и пищевой химии . 56 (15): 6648–55. дои : 10.1021/jf800253e . ПМИД 18598047 .
- ^ Jump up to: а б с Кито-Авила, DF; Мартин, Р.Р. (2012). «ОТ-ПЦР в реальном времени для обнаружения вируса кустистой карликовости малины, вируса крапчатости листьев малины и характеристики синергического взаимодействия при смешанных инфекциях». Журнал вирусологических методов . 179 (1): 38–44. дои : 10.1016/j.jviromet.2011.09.016 . ПМИД 21968094 .
- ^ Исогай, М; Ёсида, Т; Накановатари, К; Ёсикава, Н. (2014). «Проникновение пыльцевых трубок с накопленным вирусом кустистой карликовости малины в рыльца способствует первичному заражению материнской ткани и горизонтальной передаче» . Вирусология . 452–453: 247–53. дои : 10.1016/j.virol.2014.02.001 . ПМИД 24606702 .
- ^ Jump up to: а б с Макфарлейн, ЮАР; МакГэвин, WJ (2009). «Активация генома белком оболочки вируса кустистой карликовости малины» . Журнал общей вирусологии . 90 (Часть 3): 747–53. дои : 10.1099/vir.0.007195-0 . ПМИД 19218221 .
- ^ Зиглер, А; Мэйо, Массачусетс; Мурант, А.Ф. (1993). «Предлагаемая классификация идеовируса кустистой карликовости малины с двусторонним геномом и вирусами с трехчастным геномом семейства Bromoviridae» . Архив вирусологии . 131 (3–4): 483–8. дои : 10.1007/bf01378649 . ПМИД 8347087 . S2CID 31922799 .
- ^ Jump up to: а б Кито-Авила, DF; Ибарра, Массачусетс; Альварес, Р; Перальта, Эль; Мартин, Р.Р. (2014). «Изолят вируса кустистой карликовости малины из эквадорского Rubus glaucus содержит дополнительную РНК, которая представляет собой перегруппировку РНК-2». Архив вирусологии . 159 (9): 2519–21. дои : 10.1007/s00705-014-2069-4 . ПМИД 24719196 . S2CID 18080015 .
- ^ Jump up to: а б Нацуаки, Т; Мэйо, Массачусетс; Джолли, Калифорния; Мурант, А.Ф. (1991). «Нуклеотидная последовательность РНК-2 вируса кустистой карликовости малины: бицистронный компонент двудольного генома» . Журнал общей вирусологии . 72 (9): 2183–9. дои : 10.1099/0022-1317-72-9-2183 . ПМИД 1895055 .
- ^ Мэйо, Массачусетс; Джолли, Калифорния; Мюрант, А.Ф.; Рашке, Дж. Х. (1991). «Нуклеотидная последовательность РНК-3 вируса кустистой карликовости малины» . Журнал общей вирусологии . 72 (2): 469–72. дои : 10.1099/0022-1317-72-2-469 . ПМИД 1993886 .
- ^ «Вирусная зона» . ЭксПАСи . Проверено 15 июня 2015 г.
- ^ Jump up to: а б с Кокко, HI; Кивинева, М; Каренлампи, Т.О. (1996). «Одноэтапная ОТ-ПЦР с иммунозахватом в обнаружении вируса кустистой карликовости малины» . БиоТехники . 20 (5): 842–6. дои : 10.2144/96205st03 . ПМИД 8723929 .
- ^ Jump up to: а б с Ван, Кью; Валконен, JP (2009). «Улучшенное восстановление обработанных криотерапией кончиков побегов после термотерапии выращенных in vitro побегов малины (Rubus idaeus L.)». Крио письма . 30 (3): 170–82. ПМИД 19750241 .
- ^ Jump up to: а б Ван, Кью; Куэльяр, В.Дж.; Раямяки, МЛ; Хирата, Ю; Валконен, JP (2008). «Комбинированная термотерапия и криотерапия для эффективного уничтожения вируса: взаимосвязь распределения вируса, субклеточные изменения, выживаемость клеток и деградация вирусной РНК в кончиках побегов» . Молекулярная патология растений . 9 (2): 237–50. дои : 10.1111/j.1364-3703.2007.00456.x . ПМК 6640318 . ПМИД 18705855 .