Фитаноил-КоА-диоксигеназа
| фитаноил-КоА-диоксигеназа | |||
|---|---|---|---|
 Строение PAHX человека ( PDB : 2A1X ). Кофактор Fe (II) ( показаны показан в виде оранжевой сферы, координированной двумя остатками гистидина и одним остатком аспартата зеленым цветом), а также косубстратом 2-оксоглутарата (показан желтым цветом). [ 1 ] | |||
| Идентификаторы | |||
| Номер ЕС. | 1.14.11.18 | ||
| Номер CAS. | 185402-46-4 | ||
| Базы данных | |||
| ИнтЭнк | вид IntEnz | ||
| БРЕНДА | БРЕНДА запись | ||
| Экспаси | Просмотр NiceZyme | ||
| КЕГГ | КЕГГ запись | ||
| МетаЦик | метаболический путь | ||
| ПРЯМОЙ | профиль | ||
| PDB Структуры | RCSB PDB PDBe PDBsum | ||
| Генная онтология | АмиГО / QuickGO | ||
| |||
| фитаноил-КоА-2-гидроксилаза | |||
|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||
| Символ | ФИЗ | ||
| Альт. символы | PAHX | ||
| ген NCBI | 5264 | ||
| HGNC | 8940 | ||
| МОЙ БОГ | 602026 | ||
| RefSeq | НМ_001037537 | ||
| ЮниПрот | О14832 | ||
| Другие данные | |||
| Локус | Хр. 10 п15.3-10п12.2 | ||
| |||
В энзимологии фитаноил -КоА-диоксигеназа ( КФ 1.14.11.18 ) — фермент химическую , катализирующий реакцию .
- фитаноил-КоА + 2-оксоглутарат + О 2 2-гидроксифитаноил-КоА + сукцинат + CO 2
Тремя субстратами этого фермента являются фитаноил-КоА , 2-оксоглутарат (2OG) и O 2 , тогда как тремя его продуктами являются 2-гидроксифитаноил-КоА , сукцинат и CO 2 .
Этот фермент принадлежит к семейству железо(II)-зависимых оксигеназ , которые обычно включают один атом дикислорода в субстрат и один атом в сукцинаткарбоксилатную группу. Механизм сложен, но считается, что он включает упорядоченное связывание 2-оксоглутарата с железо(II) -содержащим ферментом с последующим субстратом. Связывание субстрата вызывает вытеснение молекулы воды из кофактора железа(II), оставляя вакантное координационное положение, с которым связывается дикислород. Происходит перегруппировка с образованием высокоэнергетической формы железа и кислорода (которая обычно считается формой железа (IV) = O), которая осуществляет фактическую реакцию окисления. [ 2 ] [ 3 ]
Номенклатура
[ редактировать ]Систематическое название этого класса ферментов — фитаноил-КоА, 2-оксоглутарат:кислородоредуктаза (2-гидроксилирующая) . Эти ферменты также называются фитаноил-КоА-гидроксилазами и фитаноил-КоА-альфа-гидроксилазами . [ 4 ]
Примеры
[ редактировать ]У человека фитаноил-КоА-гидроксилаза кодируется геном ( также известным как PAHX ) PHYH и необходима для альфа-окисления с разветвленной цепью жирных кислот (например, фитановой кислоты ) в пероксисомах . Дефицит PHYH приводит к накоплению больших запасов фитановой кислоты в тканях и является основной причиной болезни Рефсума . [ 5 ]
Родственные ферменты
[ редактировать ]Железо(II) и 2OG-зависимые оксигеназы распространены у микроорганизмов , растений и животных; По прогнозам, геном человека будет содержать около 80 примеров, а модельное растение Arabidopsis thaliana, вероятно, содержит больше. [ 2 ] У растений и микроорганизмов это семейство ферментов связано с большим разнообразием окислительных реакций. [ 6 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Макдонаф М.А., Кавана К.Л., Батлер Д., Сирлс Т., Опперманн Ю., Шофилд С.Дж. (декабрь 2005 г.). «Структура человеческой фитаноил-КоА-2-гидроксилазы определяет молекулярные механизмы болезни Рефсума» . Журнал биологической химии . 280 (49): 41101–10. дои : 10.1074/jbc.M507528200 . ПМИД 16186124 .
- ^ Jump up to: а б Хаузингер Р.П. (2015). «ГЛАВА 1. Биохимическое разнообразие 2-оксоглутарат-зависимых оксигеназ». 2-оксоглутарат-зависимые оксигеназы . Металлобиология. стр. 1–58. дои : 10.1039/9781782621959-00001 . ISBN 978-1-84973-950-4 . S2CID 85596364 .
- ^ Мартинес С., Хаузингер Р.П. (август 2015 г.). «Каталитические механизмы Fe (II)- и 2-оксоглутарат-зависимых оксигеназ» . Журнал биологической химии . 290 (34): 20702–11. дои : 10.1074/jbc.R115.648691 . ПМЦ 4543632 . ПМИД 26152721 .
- ^ «PHYH фитаноил-КоА-2-гидроксилаза [Homo sapiens (человек)]» . Национальный центр биотехнологической информации .
- ^ Михалик С.Дж., Моррелл Дж.К., Ким Д., Сакстедер К.А., Уоткинс П.А., Гулд С.Дж. (октябрь 1997 г.). «Идентификация PAHX, гена болезни Рефсума». Природная генетика . 17 (2): 185–9. дои : 10.1038/ng1097-185 . ПМИД 9326939 . S2CID 39214017 .
- ^ Макдонаф М.А., Лоэнарц С., Чоудхури Р., Клифтон И.Дж., Шофилд С.Дж. (декабрь 2010 г.). «Структурные исследования 2-оксоглутарат-зависимых оксигеназ человека». Современное мнение в области структурной биологии . 20 (6): 659–72. дои : 10.1016/j.sbi.2010.08.006 . ПМИД 20888218 .
Дальнейшее чтение
[ редактировать ]- Янсен Г.А., Михалик С.Дж., Уоткинс П.А., Якобс С., Мозер Х.В., Вандерс Р.Дж. (март 1998 г.). «Характеристика фитаноил-коэнзима А-гидроксилазы в печени человека и измерение активности у пациентов с пероксисомальными расстройствами» . Клиника Химика Акта; Международный журнал клинической химии . 271 (2): 203–11. дои : 10.1016/S0009-8981(97)00259-3 . ПМИД 9565335 .
- Янсен Г.А., Михалик С.Дж., Уоткинс П.А., Мозер Х.В., Якобс С., Денис С., Вандерс Р.Дж. (декабрь 1996 г.). «Фитаноил-КоА-гидроксилаза присутствует в печени человека, расположена в пероксисомах и отсутствует при синдроме Зеллвегера: прямое, недвусмысленное доказательство нового, пересмотренного пути альфа-окисления фитановой кислоты у людей» . Связь с биохимическими и биофизическими исследованиями . 229 (1): 205–10. дои : 10.1006/bbrc.1996.1781 . ПМИД 8954107 .
- Янсен Г.А., Офман Р., Фердинандусс С., Ийлст Л., Мьюйсерс А.О., Скьельдал О.Г., Стокке О., Якобс С., Бесли Г.Т., Рэйт Дж.Е., Вандерс Р.Дж. (октябрь 1997 г.). «Болезнь Рефсума вызвана мутациями в гене фитаноил-КоА-гидроксилазы». Природная генетика . 17 (2): 190–3. дои : 10.1038/ng1097-190 . ПМИД 9326940 . S2CID 5856245 .
- Михалик С.Дж., Рейнвилл А.М., Уоткинс П.А. (сентябрь 1995 г.). «Альфа-окисление фитановой кислоты в пероксисомах печени крыс. Производство альфа-гидроксифитаноил-КоА и формиата усиливается кофакторами диоксигеназы» . Европейский журнал биохимии . 232 (2): 545–51. дои : 10.1111/j.1432-1033.1995.545zz.x . ПМИД 7556205 .
