АТФ-фосфорибозилтрансфераза
| АТФ-фосфорибозилтрансфераза | |||
|---|---|---|---|
 Гексамер АТФ-фосфорибозилтрансферазы, Campylobacter jejuni | |||
| Идентификаторы | |||
| Номер ЕС. | 2.4.2.17 | ||
| Номер CAS. | 9031-46-3 | ||
| Базы данных | |||
| ИнтЭнк | вид IntEnz | ||
| БРЕНДА | БРЕНДА запись | ||
| Экспаси | Просмотр NiceZyme | ||
| КЕГГ | КЕГГ запись | ||
| МетаЦик | метаболический путь | ||
| ПРЯМОЙ | профиль | ||
| PDB Структуры | RCSB PDB PDBe PDBsum | ||
| Генная онтология | АмиГО / QuickGO | ||
| |||
| АТФ-фосфорибозилтрансфераза | |||
|---|---|---|---|
 структура атп-фосфорибозилтрансферазы e.coli | |||
| Идентификаторы | |||
| Символ | HisG | ||
| Пфам | PF01634 | ||
| Пфам Клан | CL0177 | ||
| ИнтерПро | ИПР013820 | ||
| PROSITE | PDOC01020 | ||
| ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ 2 | 1нх8 / СКОПе / СУПФАМ | ||
| |||
| HisG, С-концевой домен | |||
|---|---|---|---|
 атп-фосфорибозилтрансфераза (атп-пратаза) микобактерии туберкулеза в комплексе с амп и гистидином | |||
| Идентификаторы | |||
| Символ | HisG_C | ||
| Пфам | PF08029 | ||
| Пфам Клан | CL0089 | ||
| ИнтерПро | ИПР013115 | ||
| |||
В энзимологии АТФ -фосфорибозилтрансфераза ( КФ 2.4.2.17 ) — фермент химическую , катализирующий реакцию .
- 1-(5-фосфо-D-рибозил)-АТФ + дифосфат АТФ + 5-фосфо-альфа-D-рибозо-1-дифосфат
Таким образом, двумя субстратами этого фермента являются 1-(5-фосфо-D-рибозил)-АТФ и дифосфат , тогда как двумя его продуктами являются АТФ и 5-фосфо-альфа-D-рибозо-1-дифосфат .
Этот фермент принадлежит к семейству гликозилтрансфераз , а именно пентозилтрансфераз. Систематическое название этого класса ферментов — 1-(5-фосфо-D-рибозил)-АТФ:дифосфатфосфо-альфа-D-рибозилтрансфераза . Другие широко используемые названия включают фосфорибозил-АТФ-пирофосфорилазу , аденозинтрифосфат-фосфорибозилтрансферазу , фосфорибозиладенозинтрифосфат:пирофосфат , фосфорибозилтрансферазу , фосфорибозил-АТФ-синтетазу , фосфорибозил-АТФ:пирофосфат-фосфорибозилтрансферазу , фосфорибозил-АТФ:пирофосфат-фосфорибозилфосфотрансферазу , фосфорибозиладенозинтрифосфатпирофосфорилаза и фосфорибозиладенозинтрифосфатсинтетаза .
Этот фермент первый этап биосинтеза гистидина , у бактерий . грибов и растений катализирует Он является членом более крупного фосфорибозилтрансфераз суперсемейства ферментов , которые катализируют конденсацию 5-фосфо-альфа-D-рибозо-1-дифосфата с азотистыми основаниями в присутствии двухвалентных металлов ионов . [ 1 ]
Биосинтез гистидина является энергетически затратным процессом, и активность АТФ-фосфорибозилтрансферазы подлежит контролю на нескольких уровнях. Регуляция транскрипции основана в первую очередь на условиях питания и определяет количество фермента, присутствующего в клетке, тогда как ингибирование по принципу обратной связи быстро модулирует активность в ответ на клеточные условия. Показано, что фермент ингибируется 1-(5-фосфо-D-рибозил) -АТФ , гистидином, ppGpp (сигналом, связанным с неблагоприятными условиями окружающей среды), а также АДФ и АМФ (которые отражают общий энергетический статус клетки). . Поскольку этот путь биосинтеза гистидина присутствует только у прокариот , растений и грибов, этот фермент является многообещающей мишенью для разработки новых противомикробных соединений и гербицидов .
АТФ-фосфорибозилтрансфераза встречается в двух различных формах: длинная форма, содержащая два каталитических домена и С-концевой регуляторный домен, и короткая форма, в которой регуляторный домен отсутствует. Длинная форма каталитически компетентна, но в организмах с короткой формой гистидил-тРНК-синтетазы необходим паралог для активности фермента , HisZ . [ 2 ]
структуры и ферментов длинной формы Escherichia coli Mycobacterium Tuberculosis . Определены [ 3 ] [ 4 ] Взаимное превращение между различными формами в значительной степени обратимо и зависит от связывания природных субстратов и ингибиторов фермента. Два каталитических домена связаны двухцепочечным бета-листом и вместе образуют « складку периплазматического связывающего белка». В щели между этими доменами находится активный сайт . С-концевой домен не участвует непосредственно в катализе, но, по-видимому, участвует в образовании гексамеров, индуцируемом связыванием ингибиторов, таких как гистидин, с ферментом, регулируя таким образом активность.
Структурные исследования
[ редактировать ]По состоянию на конец 2007 года 10 структур для этого класса ферментов было решено PDB с кодами доступа 1H3D , 1NH7 , 1NH8 , 1O63 , 1O64 , 1Q1K , 1USY , 1VE4 , 1Z7M и 1Z7N .
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Синха С.К., Смит Дж.Л. (декабрь 2001 г.). «Семейство белков PRT». Курс. Мнение. Структура. Биол . 11 (6): 733–9. дои : 10.1016/S0959-440X(01)00274-3 . ПМИД 11751055 .
- ^ Сисслер М., Делорм С., Бонд Дж., Эрлих С.Д., Рено П., Франклин С. (август 1999 г.). «Паралог аминоацил-тРНК-синтетазы, играющий каталитическую роль в биосинтезе гистидина» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 96 (16): 8985–90. Бибкод : 1999PNAS...96.8985S . дои : 10.1073/pnas.96.16.8985 . ЧВК 17719 . ПМИД 10430882 .
- ^ Локамп Б., Макдермотт Дж., Кэмпбелл С.А., Коггинс-младший, Лэпторн А.Дж. (февраль 2004 г.). «Структура АТФ-фосфорибозилтрансферазы Escherichia coli: идентификация сайтов связывания субстрата и способа ингибирования АМФ». Дж. Мол. Биол . 336 (1): 131–44. дои : 10.1016/j.jmb.2003.12.020 . ПМИД 14741209 .
- ^ Чо Ю, Шарма В, Саккеттини Дж. К. (март 2003 г.). «Кристаллическая структура АТФ-фосфорибозилтрансферазы микобактерии туберкулеза» . Ж. Биол. Хим . 278 (10): 8333–9. дои : 10.1074/jbc.M212124200 . ПМИД 12511575 .
Дальнейшее чтение
[ редактировать ]- ЭЙМС Б.Н., МАРТИН Р.Г., ГАРРИ Б.Дж. (1961). «Первый этап биосинтеза гистидина» . Ж. Биол. Хим . 236 (7): 2019–26. дои : 10.1016/S0021-9258(18)64123-7 . ПМИД 13682989 .
- Мартин Р.Г. (1963). «Фосфоролиз нуклеозидов костным мозгом кролика: природа ингибирования по обратной связи гистидином» . Ж. Биол. Хим . 238 : 257–268. дои : 10.1016/S0021-9258(19)83989-3 .
- Фолл М.Дж., Аппелла Э., Мартин Р.Г. (1967). «Исследование очистки и состава фосфорибозиладенозинтрифосфата:пирофосфатфосфорибозилтрансферазы, первого фермента биосинтеза гистидина» . Ж. Биол. Хим . 242 (8): 1760–7. дои : 10.1016/S0021-9258(18)96066-7 . ПМИД 5337591 .
