Тет-метилцитозиндиоксигеназа 1
| ТЕТ1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | TET1 , CXXC6, LCX, bA119F7.1, MLL-TET1-MLL, Tet метилцитозиндиоксигеназа 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | Опустить : 607790 ; МГИ : 1098693 ; Гомологен : 12735 ; Генные карты : ТЕТ1 ; ОМА : ТЕТ1 — ортологи | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Викиданные | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Тэн-элевен транслокационная метилцитозиндиоксигеназа 1 ( ТЕТ1 ) — член семейства ферментов ТЕТ , у человека кодируется геном ТЕТ1. Его функция, регуляция и пути использования остаются предметом текущих исследований, хотя, по-видимому, он участвует в деметилировании ДНК и, следовательно, в регуляции генов . [5] [6]
Открытие
[ редактировать ]TET1 был впервые обнаружен у 61-летнего пациента с редкой вариацией острого миелолейкоза (ОМЛ) t(10;11)(q22;q23) в виде белка, связывающего цинковые пальцы (в частности, в домене CXXC), который сливается с к гену MLL. [7] Другое исследование подтвердило, что этот белок был транслокационным партнером MLL у 8-летнего пациента с ОМЛ t(10;11)(q22;q23) и назвало белок Ten-Eleven Translocation 1. [8]
Функция
[ редактировать ]TET1 катализирует превращение модифицированного ДНК основания 5-метилцитозина (5-mC) в 5-гидроксиметилцитозин (5-hmC). [9]
TET1 производит 5-hmC путем окисления 5-mC зависимым от железа и альфа-кетоглутарата способом. [10] Превращение 5-mC в 5-hmC было предложено в качестве начальной стадии активного деметилирования ДНК у млекопитающих. [10] Кроме того, понижение уровня TET1 приводит к снижению уровней 5-формилцитозина (5-fC) и 5-карбоксилцитозина (5-caC) как в культурах клеток, так и на мышах. [10]
Сайт с основанием 5-hmC уже обладает повышенной транскрипционной активностью, состоянием, называемым «функциональным деметилированием». Это состояние часто встречается в постмитотических нейронах . [11]
TET1 может играть роль в угасании памяти . TET1 У мышей с нокаутом наблюдаются заметные нарушения угашения памяти, несмотря на сохранение нормального приобретения памяти. [12]
Приложения
[ редактировать ]TET1, по-видимому, облегчает ядерное перепрограммирование соматических клеток в iPS-клетки . [13] [14]
Фермент также используется в рамках бисульфитного секвенирования с помощью TET (TAB-seq) для количественной оценки уровней гидроксиметилирования в геноме и для различия 5-гидроксиметилцитозина (5hmc) от 5-метилцитозина (5mc) с разрешением в одно основание. Этот метод был разработан Чуан Хэ и устраняет неспособность традиционного бисульфитного секвенирования распознать два модифицированных основания. В этом методе ТЕТ1 отвечает за окисление 5mc, что позволяет считать его тимином после обработки бисульфитом. Это не относится к 5hmc, поскольку он глюкозилируется на начальном этапе, ингибируя его окисление с помощью TET1.
Клиническое значение
[ редактировать ]У пациентов с шизофренией или биполярным расстройством наблюдаются повышенные уровни мРНК TET1 и экспрессии белка в нижней теменной доле , что указывает на то, что эти заболевания могут быть вызваны ошибками в регуляции экспрессии генов. [15]
Опухоли толстой кишки, молочной железы, простаты и печени значительно снижают уровни ТЕТ1 по сравнению со здоровыми клетками толстой кишки, а нормальные эпителиальные клетки толстой кишки со сниженными уровнями ТЕТ1 имеют более высокие уровни пролиферации. [16] [17] [18] [19] Кроме того, повышение уровня экспрессии TET1 в клетках рака толстой кишки снижало пролиферацию клеток как в клеточных культурах, так и на мышах за счет деметилирования промоторов сигнального пути WNT . [17]
Клеточные линии рака молочной железы с подавленной экспрессией TET1 имеют повышенную скорость инвазии, а рак молочной железы, который распространяется на лимфатические узлы, характеризуется более низкими уровнями TET1. [20] Уровни TET1 можно использовать для обнаружения метастазов рака молочной железы. [20] Ингибитор гистондеацетилазы трихостатин А повышал уровень ТЕТ1 в тканях рака молочной железы, но был менее эффективным супрессором опухоли у пациентов с низкой экспрессией ТЕТ1. [21] Пациенты с раком молочной железы с высоким уровнем ТЕТ1 имели значительно более высокие шансы на выживание, чем пациенты с низким уровнем ТЕТ1. [19]
Деградация TET1 в клетках рака легких EMT, вызванных гипоксией, привела к снижению частоты метастазирования и количества клеток. [22] Здоровые клетки, переходящие в раковые, имеют пониженный уровень TET1, но снижение экспрессии TET1 не приводит к злокачественным новообразованиям . [23] Раковые клетки, использующие путь KRAS, имели пониженный инвазивный потенциал после повторного введения TET1, а снижение уровня KRAS увеличивало уровни TET1. [24]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000138336 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ Jump up to: а б с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000047146 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ «Ген Энтрез: Тет-метилцитозиндиоксигеназа 1» . Проверено 26 июля 2012 г.
- ^ Коултер Дж.Б., О'Дрисколл К.М., Бресслер Дж.П. (октябрь 2013 г.). «Гидрохинон увеличивает образование 5-гидроксиметилцитозина посредством транслокации десять-одиннадцать 1 (TET1) 5-метилцитозиндиоксигеназы» . Журнал биологической химии . 288 (40): 28792–28800. дои : 10.1074/jbc.M113.491365 . ПМЦ 3789975 . ПМИД 23940045 .
- ^ Оно Р., Таки Т., Такетани Т., Таниваки М., Кобаяши Х., Хаяши Ю. (июль 2002 г.). «LCX, ассоциированный с лейкемией белок с доменом CXXC, слит с MLL при остром миелоидном лейкозе с трехлинейной дисплазией, имеющей t(10;11)(q22;q23)». Исследования рака . 62 (14): 4075–4080. ПМИД 12124344 .
- ^ Лорсбах Р.Б., Мур Дж., Мэтью С., Раймонди С.К., Мукатира С.Т., Даунинг Дж.Р. (март 2003 г.). «TET1, член нового семейства белков, слит с MLL при остром миелоидном лейкозе, содержащим t(10;11)(q22;q23)». Лейкемия . 17 (3): 637–641. дои : 10.1038/sj.leu.2402834 . ПМИД 12646957 . S2CID 1202064 .
- ^ Тахилиани М., Ко К.П., Шен Ю., Пастор В.А., Бандуквала Х., Брудно Ю. и др. (май 2009 г.). «Превращение 5-метилцитозина в 5-гидроксиметилцитозин в ДНК млекопитающих партнером MLL TET1» . Наука . 324 (5929): 930–935. Бибкод : 2009Sci...324..930T . дои : 10.1126/science.1170116 . ПМК 2715015 . ПМИД 19372391 .
- ^ Jump up to: а б с Ито С., Шен Л., Дай К., Ву С.К., Коллинз Л.Б., Свенберг Дж.А. и др. (сентябрь 2011 г.). «Тет-белки могут превращать 5-метилцитозин в 5-формилцитозин и 5-карбоксилцитозин» . Наука . 333 (6047): 1300–1303. Бибкод : 2011Sci...333.1300I . дои : 10.1126/science.1210597 . ПМЦ 3495246 . ПМИД 21778364 .
- ^ Меллен М., Аята П., Хайнц Н. (сентябрь 2017 г.). «Накопление 5-гидроксиметилцитозина в постмитотических нейронах приводит к функциональному деметилированию экспрессируемых генов» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 114 (37): Е7812–Е7821. Бибкод : 2017PNAS..114E7812M . дои : 10.1073/pnas.1708044114 . ПМК 5604027 . ПМИД 28847947 .
- ^ Руденко А., Давлати М.М., Со Дж., Ченг А.В., Мэн Дж., Ле Т. и др. (сентябрь 2013 г.). «Tet1 имеет решающее значение для экспрессии генов, регулируемой активностью нейронов, и угасания памяти» . Нейрон . 79 (6): 1109–1122. дои : 10.1016/j.neuron.2013.08.003 . ПМЦ 4543319 . ПМИД 24050401 .
- ^ Пера МФ (декабрь 2013 г.). «Эпигенетика, витаминные добавки и клеточное перепрограммирование». Природная генетика . 45 (12): 1412–1413. дои : 10.1038/ng.2834 . ПМИД 24270443 . S2CID 11597504 .
- ^ Чэнь Дж, Гао Ю, Хуан Х, Сюй К, Чэнь Х, Цзян Ю и др. (март 2015 г.). «Комбинация Tet1 с Oct4 генерирует высококачественные индуцированные мышами плюрипотентные стволовые клетки» . Стволовые клетки . 33 (3): 686–698. дои : 10.1002/stem.1879 . ПМИД 25331067 . S2CID 42714024 .
- ^ Донг Э., Гэвин Д.П., Чен Ю., Дэвис Дж. (сентябрь 2012 г.). «Повышение уровня TET1 и снижение уровня APOBEC3A и APOBEC3C в теменной коре психотических пациентов» . Трансляционная психиатрия . 2 (9): е159. дои : 10.1038/tp.2012.86 . ПМК 3565208 . ПМИД 22948384 .
- ^ Ян Х., Лю Юй, Бай Ф, Чжан Цзюй, Ма Ш., Лю Дж. и др. (январь 2013 г.). «Развитие опухоли связано со снижением экспрессии гена ТЕТ и гидроксилированием 5-метилцитозина» . Онкоген . 32 (5): 663–669. дои : 10.1038/onc.2012.67 . ПМЦ 3897214 . ПМИД 22391558 .
- ^ Jump up to: а б Нери Ф., Деттори Д., Инкарнато Д., Крепелова А., Рапелли С., Мальдотти М. и др. (август 2015 г.). «TET1 является супрессором опухоли, который подавляет рост рака толстой кишки путем дерепрессии ингибиторов пути WNT» . Онкоген . 34 (32): 4168–4176. дои : 10.1038/onc.2014.356 . HDL : 2318/150019 . ПМИД 25362856 . S2CID 22017396 .
- ^ Лю С, Лю Л, Чен X, Шен Дж, Шань Дж, Сюй Ю и др. (9 мая 2013 г.). «Снижение уровня 5-гидроксиметилцитозина связано с прогрессированием гепатоцеллюлярной карциномы за счет подавления TET1» . ПЛОС ОДИН . 8 (5): е62828. Бибкод : 2013PLoSO...862828L . дои : 10.1371/journal.pone.0062828 . ПМК 3650038 . ПМИД 23671639 .
- ^ Jump up to: а б Сюй Ч., Пэн К.Л., Кан М.Л., Чен Ю.Р., Ян Ю.К., Цай Ч. и др. (сентябрь 2012 г.). «ТЕТ1 подавляет инвазию рака путем активации тканевых ингибиторов металлопротеиназ» . Отчеты по ячейкам . 2 (3): 568–579. дои : 10.1016/j.celrep.2012.08.030 . ПМИД 22999938 .
- ^ Jump up to: а б Санг Ю, Ченг С, Тан XF, Чжан МФ, Lv XB (01 января 2015 г.). «Гиперметилирование промотора TET1 является новым диагностическим маркером метастазов рака молочной железы» . Азиатско-Тихоокеанский журнал профилактики рака . 16 (3): 1197–1200. дои : 10.7314/apjcp.2015.16.3.1197 . ПМИД 25735355 .
- ^ Лу Х.Г., Чжан В., Ян Л., Цинь Р.Ю., Ян Ю.П., Ян З.Дж. и др. (ноябрь 2014 г.). «TET1 частично опосредует подавление инвазии рака молочной железы, вызванное ингибитором HDAC» . Отчеты о молекулярной медицине . 10 (5): 2595–2600. дои : 10.3892/ммр.2014.2517 . ПМИД 25175940 .
- ^ Цай Ю.П., Чен Х.Ф., Чен С.Ю., Ченг В.К., Ван Х.В., Шен З.Дж. и др. (декабрь 2014 г.). «TET1 регулирует эпителиально-мезенхимальный переход, вызванный гипоксией, действуя как коактиватор» . Геномная биология . 15 (12): 513. дои : 10.1186/s13059-014-0513-0 . ПМК 4253621 . ПМИД 25517638 .
- ^ Кудо Ю., Татейши К., Ямамото К., Ямамото С., Асаока Ю., Иджичи Х. и др. (апрель 2012 г.). «Потеря 5-гидроксиметилцитозина сопровождается злокачественной трансформацией клеток» . Раковая наука . 103 (4): 670–676. дои : 10.1111/j.1349-7006.2012.02213.x . ПМЦ 7659252 . ПМИД 22320381 . S2CID 5823834 .
- ^ Ву Б.К., Бреннер С. (декабрь 2014 г.). «Подавление TET1-зависимого деметилирования ДНК необходимо для трансформации, опосредованной KRAS» . Отчеты по ячейкам . 9 (5): 1827–1840. дои : 10.1016/j.celrep.2014.10.063 . ПМК 4268240 . ПМИД 25466250 .
Дальнейшее чтение
[ редактировать ]- Абдель-Вахаб О., Маллалли А., Хедват С., Гарсия-Манеро Г., Патель Дж., Уодли М. и др. (июль 2009 г.). «Генетическая характеристика изменений TET1, TET2 и TET3 при миелоидных злокачественных новообразованиях» . Кровь . 114 (1): 144–147. дои : 10.1182/кровь-2009-03-210039 . ПМК 2710942 . ПМИД 19420352 .
- Лорсбах Р.Б., Мур Дж., Мэтью С., Раймонди С.К., Мукатира С.Т., Даунинг Дж.Р. (март 2003 г.). «TET1, член нового семейства белков, слит с MLL при остром миелоидном лейкозе, содержащим t(10;11)(q22;q23)». Лейкемия . 17 (3): 637–641. дои : 10.1038/sj.leu.2402834 . ПМИД 12646957 . S2CID 1202064 .
- Морган А.Р., Гамильтон Г., Турик Д., Джеху Л., Гарольд Д., Абрахам Р. и др. (сентябрь 2008 г.). «Анализ ассоциации 528 внутригенных SNP в области хромосомы 10, связанных с болезнью Альцгеймера с поздним началом». Американский журнал медицинской генетики. Часть B. Нейропсихиатрическая генетика . 147Б (6): 727–731. дои : 10.1002/ajmg.b.30670 . ПМИД 18163421 . S2CID 13916214 .
- Оно Р., Таки Т., Такетани Т., Таниваки М., Кобаяши Х., Хаяши Ю. (июль 2002 г.). «LCX, ассоциированный с лейкемией белок с доменом CXXC, слит с MLL при остром миелоидном лейкозе с трехлинейной дисплазией, имеющей t(10;11)(q22;q23)». Исследования рака . 62 (14): 4075–4080. ПМИД 12124344 .
- Сюй В., Ян Х., Лю Ю., Ян Ю., Ван П., Ким Ш. и др. (январь 2011 г.). «Онкометаболит 2-гидроксиглутарат является конкурентным ингибитором α-кетоглутарат-зависимых диоксигеназ» . Раковая клетка . 19 (1): 17–30. дои : 10.1016/j.ccr.2010.12.014 . ПМЦ 3229304 . ПМИД 21251613 .
- Го Цзюй, Су Ю, Чжун С, Мин ГЛ, Сун Х (апрель 2011 г.). «Гидроксилирование 5-метилцитозина с помощью TET1 способствует активному деметилированию ДНК во взрослом мозге» . Клетка . 145 (3): 423–434. дои : 10.1016/j.cell.2011.03.022 . ПМК 3088758 . ПМИД 21496894 .
- Фрауер С., Роттах А., Мейлингер Д., Бультман С., Феллингер К., Хасенёдер С. и др. (февраль 2011 г.). «Различные свойства связывания и функции доменов цинковых пальцев CXXC в Dnmt1 и Tet1» . ПЛОС ОДИН . 6 (2): e16627. Бибкод : 2011PLoSO...616627F . дои : 10.1371/journal.pone.0016627 . ПМК 3032784 . ПМИД 21311766 .
- Лангемейер С.М., Асланян М.Г., Янсен Дж.Х. (декабрь 2009 г.). «Белки ТЕТ в злокачественном кроветворении». Клеточный цикл . 8 (24): 4044–4048. дои : 10.4161/cc.8.24.10239 . ПМИД 19923888 . S2CID 27430810 .
- Мор Ф., Дёнер К., Буске С., Рават В.П. (март 2011 г.). «Гены TET: новые игроки в деметилировании ДНК и важные факторы, определяющие стволовость» . Экспериментальная гематология . 39 (3): 272–281. дои : 10.1016/j.exphem.2010.12.004 . ПМИД 21168469 .
