PubMed Central
Продюсер | Национальная библиотека медицины США (Соединенные Штаты) |
---|---|
История | 2000 - ПРЕДВАРИТЕЛЬНЫЙ |
Доступ | |
Расходы | Бесплатно |
Покрытие | |
Дисциплины | Лекарство |
Запись глубины | Индекс, абстрактный и полный текст |
Покрытие формата | Журнальные статьи |
Количество записей | 9,700,000 ![]() |
Ссылки | |
Веб -сайт | www |
Список заголовков (ы) | www |
PubMed Central ( PMC )-это бесплатный цифровой репозиторий , который архивирует открытый доступ к полнотекстовым научным статьям, которые были опубликованы в журналах биомедицинских и жизненных наук . Как одна из основных исследовательских баз данных, разработанных Национальным центром биотехнологической информации (NCBI), PubMed Central - это больше, чем хранилище документа. Материалы в PMC индексируются и отформатированы для улучшенных метаданных , медицинской онтологии и уникальных идентификаторов, которые обогащают структурированные данные XML для каждой статьи. [ 1 ] Контент в PMC может быть связан с другими базами данных NCBI и доступен через системы поиска и поиска Entrez , еще больше улучшая способность общественности обнаруживать, читать и опираться на его биомедицинские знания. [ 2 ]
PubMed Central отличается от PubMed . [ 3 ] PubMed Central - это бесплатный цифровой архив полных статей, доступный для всех из любого места через веб -браузер (с различными положениями для повторного использования). И наоборот, хотя PubMed-это доступная база данных биомедицинских цитат и рефератов, полнотекстовая статья находится в другом месте (в печати или в Интернете, бесплатно или за подписчиком Paywall ).
По состоянию на декабрь 2018 года [update], архив PMC содержал более 5,2 миллиона статей, [ 4 ] Взносы, поступающие от издателей или авторов, ведущих свои рукописи в хранилище в соответствии с политикой общественного доступа NIH . Ранее данные показывают, что с января 2013 года по январь 2014 года в течение 12-месячного периода депозиты превысили 103 000 документов. [ 5 ] PMC идентифицирует около 4000 журналов, которые участвуют в некоторых возможностях, чтобы внести свой опубликованный контент в репозиторий PMC. [ 6 ] Некоторые издатели откладывают выпуск своих статей на PubMed Central на определенное время после публикации, называемое «периодом эмбарго», в диапазоне от нескольких месяцев до нескольких лет в зависимости от журнала. (Эмбарго от шести до двенадцати месяцев являются наиболее распространенными.) PubMed Central является ключевым примером «систематического внешнего распределения третьей стороной», [ 7 ] что до сих пор запрещено соглашениями участников многих издателей.
История
[ редактировать ]PubMed Central началась как электронная биом , первоначально предложенная в мае 1999 года тогдашним директором Гарольдом Вармусом . [ 8 ] Идея пришла к нему «внезапно» в декабре 1998 года, вдохновленная ранним использованием Arxiv для препринтов после презентации Пэта Брауна из Стэнфорда и Дэвида Липмана , директора NCBI : [ 9 ] [ 10 ]
Но мои взгляды резко расширились однажды утром в декабре 1998 года, когда я встретил Пэт Браун для кофе, в кафе, которое раньше было знаменитой пекарней Тассаджара, на углу Коула и Парнаса, во время посещения Сан -Франциско. [...] За несколько недель до нашего кофе Пэт узнал о методах, используемых физиком Полом Гинспаргом и его коллегами в Лос -Аламосе, чтобы позволить физикам и математикам делиться своей работой друг с другом через Интернет. Они публиковали «препринты» (статьи, которые еще не представлены или приняты для публикации) на общедоступном веб -сайте (называемый Lanx или Arxiv), чтобы кто -либо для чтения и критики. [...] Чем больше я думал об этом, тем больше я был убежден, что радикальная реструктуризация методов публикации, передачи, хранения и использования биомедицинских исследований может быть возможной и полезной. В духе энтузиазма и политической невиновности я написал длительный манифест, предлагая создание онлайн-системы, поддерживаемой NIH, называемой электронным биом.
Цель электронного биома состояла в том, чтобы обеспечить свободный доступ ко всем биомедицинским исследованиям. Документы, представленные в электронном биоме, могут занять один из двух маршрутов: либо немедленно опубликовано в качестве предварительного или традиционного процесса рассмотрения . Процесс рецензирования состоял в том, чтобы напоминать современные журналы наложения , а внешняя редакционная доска сохраняла контроль над процессом просмотра, курирования и перечисления документов, которые в противном случае были бы свободно доступны на центральном электронном сервере. Varmus намеревался реализовать новые возможности, представленные путем передачи научных результатов в цифровом виде, представляя непрерывный разговор о опубликованной работе, документах с версией и обогащенными «слоистыми» форматами, позволяющими для множества уровней детализации. [ 8 ]
Предложение о создании центрального индекса биомедицинских исследований было радикальным отходом от преобладающих издательских норм. Перед Интернетом индексы публикации работали в основном похожими на ISBNS : выделенные регистрационными агентствами вторичным издателям. Идея о том, что любой может владеть собственным адресным пространством через доменное имя и создать свою собственную систему индексации, была совершенно новой идеей. [ 11 ] [ 12 ] Основные коммерческие издатели начали экспериментировать с системой индексации для научных работ, разделенных среди издателей еще в 1993 году, и были подстегнуты к действию после предложения электронного биом. На Springer ежегодной конференции Frankfurt в октябре 1999 года несколько издателей во главе с -Verlag достигли консенсуса конференц-зала, чтобы запустить свой прототип конкурентов: [ 13 ]
На заседании совета директоров Ассоциации STM, состоявшемся днем понедельника, 11 октября, до открытия ярмарки в среду, дискуссия, посвященная развивающейся инициативе национальной медицины США (NLM), под названием E-биом (более позднее PubMed Central), которая была Предлагается Гарольдом Вармусом из Национальных институтов здравоохранения весной 1999 года. Varmus представлял цифровой архив журналов, доступный бесплатный и с дополнительной стоимостью ссылки. «Наш консенсус заключался в том, что издатели должны быть теми, кто связывает», - сказал Боб Кэмпбелл, который возглавлял встречу. «Поскольку мы были« выше потока », так сказать, мы должны быть в состоянии связать наши статьи перед NLM как часть процесса их производства. Стефан фон Хольцбринк затем установил мяч, предлагая связать публикации Nature Publications С кем -то еще.
Небольшая группа, возглавляемая Арноудом де Кемпом из Springer-Verlag, встретилась в соседней комнате сразу после заседания совета директоров, чтобы составить объявление, которое было распространено всем участникам ежегодного собрания STM на следующий день и опубликовано в публикации членства в STM. [...] Потенциальная выгода от услуги, которая станет CrossRef, была сразу очевидна. Такие организации, как AIP и IOP (Институт физики), начали связываться с публикациями друг друга, и невозможность воспроизведения таких одноразовых договоренностей по всей отрасли была очевидна. Как сказал Тим Ингольдсби, «все эти соглашения о связывании собирались убить нас».
Под давлением энергичного лоббирования со стороны коммерческих издателей и научных обществ, которые опасались за потерянную прибыль, [ 14 ] Чиновники NIH объявили о пересмотренном центральном предложении PubMed в августе 1999 года. [ 9 ] PMC получит представления от издателей, а не от авторов, как в электронном биоме. с точностью Публикациям было разрешено, что платные платы до одного года. PMC разрешит только рецензируемую работу-без предварительных листов. [ 15 ] Вскоре после этого под руководящая система, под руководящая издательство, стала CrossRef и более крупной системой DOI . Вармус, Браун и другие, включая Майкла Эйзена, продолжали основать публичную библиотеку науки ( PLOS ) в 2001 году, пришли к выводу, что «если мы действительно хотим изменить публикацию научных исследований, мы должны сделать это самим». [ 16 ]
Принятие
[ редактировать ]Запущен в феврале 2000 года, репозиторий быстро вырос, поскольку политика NIH Public Access предназначена для того, чтобы сделать все исследования, финансируемые Национальными институтами здравоохранения (NIH), свободно доступным для всех, и, кроме того, многие издатели работают совместно с NIH предоставить бесплатный доступ к их работам. [ Цитация необходима ] В конце 2007 года был подписан Закон о консолидированных ассигнованиях 2008 года (HR 2764) и включал в себя положение, требующее, чтобы NIH изменил ее политику и требует включения в PubMed Central Electronic Electronic Electronic их рецензируемых исследований и результатов NIH, финансируемых NIH исследовать. Эти статьи должны быть включены в течение 12 месяцев с момента публикации. Это первый случай, когда правительство США требует агентства для предоставления открытого доступа к исследованиям и является эволюцией из политики 2005 года, в которой NIH попросил исследователей добровольно добавить свои исследования в PubMed Central. [ 17 ]
Великобритания PubMed Central System, UK PubMed Central (UKPMC) , была разработана Wellcome Trust и Британской библиотекой в рамках девяти напряженной группы британских исследовательских спонсоров. Эта система стала жить в январе 2007 года. 1 ноября 2012 года она стала Europe PubMed Central . Канадский член Центральной международной сети PubMed, PubMed Central Canada , был запущен в октябре 2009 года.
Национальная библиотека медицины "NLM Journal Publishing Tag Set" Journal Arcal Language Floys доступен. [ 18 ] Ассоциация изученных и профессиональных издателей общества комментирует, что «это, вероятно, станет стандартом для подготовки научного контента как для книг, так и для журналов». [ 19 ] Связанный DTD доступен для книг. [ 20 ] Библиотека Конгресса и Британская библиотека объявили поддержку NLM DTD. [ 21 ] Это также было популярно среди журнальных поставщиков услуг. [ 22 ]
С выпуском планов общественного доступа для многих агентств, за пределами NIH, PMC находится в процессе становления хранилищем для более широкого разнообразия статей. [ 23 ] Это включает в себя содержание НАСА, с интерфейсом, фирменным как «PubSpace». [ 24 ] [ 25 ]
Технология
[ редактировать ]Статьи отправляются в PubMed Central издателями в XML или SGML , используя различные статьи DTD . Старшие и более крупные издатели могут иметь свои собственные собственные DTD, но многие издатели используют NLM Journal Publishing DTD (см. Выше).
Полученные статьи преобразуются через XSLT в очень похожий NLM Archiving и Interchange DTD. Этот процесс может выявить ошибки, которые сообщаются обратно в издатель для коррекции. Графика также преобразуется в стандартные форматы и размеры. Оригинальные и преобразованные формы архивированы. Конвертированная форма перемещается в реляционную базу данных, а также связанные файлы для графики, мультимедиа или других связанных данных. Многие издатели также предоставляют PDF своих статей, и они предоставляются без изменений. [ 26 ]
Библиографические цитаты анализируются и автоматически связаны с соответствующими тезисами в PubMed, статьях в PubMed Central и ресурсах на веб -сайтах издателей. Ссылки PubMed также приводят к PubMed Central. Неразрешенные ссылки, такие как журналы или конкретные статьи, еще не доступные в одном из этих источников, отслеживаются в базе данных и автоматически поставляются «вживую», когда ресурсы становятся доступными.
Внутренняя система индексации обеспечивает возможность поиска и осведомлена о биологической и медицинской терминологии , такой как общие и проприетарные названия лекарств , а также альтернативные названия для организмов, болезней и анатомических частей.
Когда пользователь обращается к выпуску журнала, содержимое автоматически генерируется путем извлечения всех статей, писем, редакционных статей и т. Д. Для этого выпуска. Когда достигнут фактический элемент, такой как статья, PubMed Central преобразует разметку NLM в HTML для доставки и предоставляет ссылки на связанные объекты данных. Это возможно, потому что разнообразие входящих данных впервые было преобразовано в стандартные DTD и графические форматы.
В отдельном потоке отправки авторы, финансируемые NIH, могут оставлять статьи в PubMed Central, используя представление рукописи NIH (NIHMS). Таким образом, представленные статьи обычно проходят через xml разметку, чтобы быть преобразованными в NLM DTD.
Прием
[ редактировать ]Реакции на PubMed Central среди научного издательского сообщества, диапазон между настоящим энтузиазмом со стороны некоторых, [ 27 ] осторожно заботиться со стороны других. [ 28 ]
В то время как PMC является желанным партнером, который открывает издатели, чтобы издателями доступа в его способность увеличивать открытие и распространение биомедицинских знаний, эта же истина заставляет других беспокоиться о том, что трафик отвлекается от опубликованной версии записи , экономических последствий меньшего количества читателей, а также как влияние на поддержание сообщества ученых в научных обществах. [ 29 ] [ 30 ] Анализ 2013 года показал убедительные доказательства того, что общественные хранилища опубликованных статей были ответственны за «увлечение значительным числом читателей от веб -сайтов журнала» и что «эффект PMC растет со временем». [ 30 ]
Библиотеки, университеты, сторонники открытого доступа, группы защиты здоровья потребителей и организации по защите прав пациентов аплодировали PubMed Central и надеются увидеть аналогичные хранилища общественного доступа, разработанные другими федеральными финансирующими агентствами, чтобы свободно делиться любыми исследовательскими публикациями, которые были результатом поддержки налогоплательщиков Полем [ 31 ]
Исследование Antelman of Publishing Open Access показало, что в философии, политологии, электротехнике и электронных инженерии и математике документы с открытым доступом оказали большее влияние на исследования. [ 32 ] Рандомизированное исследование обнаружило увеличение загрузки контента открытого доступа, без преимущества цитирования по сравнению с доступом к подписке через год после публикации. [ 33 ]
Работа по политике NIH и репозиторий с открытым доступом вдохновила президентскую директиву 2013 года , которая также вызвала действия и в других федеральных агентствах.
В марте 2020 года PubMed Central ускорила свои процедуры депозита для полного текста публикаций на коронавирусе . NLM сделал это по запросу от Управления по политике науки и техники Белого дома и международным ученым по улучшению доступа для ученых, поставщиков медицинских услуг, инноваторов по счетам данных , исследователям здравоохранения ИИ и широкой общественности. [ 34 ]
PMCID
[ редактировать ]PMCID (PubMed Central Identifier ), также известный как эталонный номер PMC, является библиографическим идентификатором для базы данных PubMed Central Open Access, так же, как PMID является библиографическим идентификатором для базы данных PubMed . Однако два идентификатора отличаются. Он состоит из «PMC», за которой следует ряд чисел. Формат: [ 35 ]
- PMCID: PMC1852221
Авторы, подающие заявку на премию NIH, должны включать PMCID в их заявке.
Смотрите также
[ редактировать ]- Европа PubMed Central
- Джаты (технология)
- Medline , международная литературная база данных о науках о жизни и биомедицинской информации
- PMID (идентификатор PubMed)
- PubMed Central Canada
- RedAlyc (аналогичный проект, ориентированный на Латинскую Америку)
- Scielo (аналогичная служба)
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Бек Дж. (2010). «Отчет из области: PubMed Central, xml Archive of Life Sciences Journal статьи». Материалы Международного симпозиума по XML на долгосрочной перспективе: проблемы в долгосрочном сохранении XML . Тол. 6. doi : 10.4242/balisagevol6.beck01 . ISBN 978-1-935958-02-4 .
- ^ Малони С, Секейра Е., Келли С., Оррис Р., Бек Дж (5 декабря 2013 г.). PubMed Central . Национальный центр информации о биотехнологии (США). Архивировано из оригинала 28 июля 2020 года . Получено 8 сентября 2017 года .
- ^ "Medline, PubMed и PMC (PubMed Central): Чем они отличаются?" Полем www.nlm.nih.gov . 9 сентября 2019 года. Архивировано с оригинала 1 ноября 2020 года . Получено 29 января 2020 года .
- ^ «Открытость по умолчанию», внутри высшего ED , 16 января 2017 года.
- ^ «Статистика NIHMS» . Система подчинения рукописи NIH . Архивировано с оригинала 10 февраля 2014 года . Получено 7 февраля 2014 года .
- ^ "Дом - PMC" . NCBI . Архивировано из оригинала 13 августа 2011 года . Получено 8 сентября 2017 года .
- ^ Ouerfelli N. «Права авторов: о чем все это» (PDF) . Researchgate . Архивировано (PDF) из оригинала 19 января 2019 года . Получено 17 января 2019 года .
- ^ Подпрыгнуть до: а беременный Varmus, Гарольд (19 апреля 1999 г.). «Электронная биом: предложение о электронных публикациях в биомедицинских науках (проект и добавление)» . NIH PREPRINT . 04 (99). 101584926x356. Архивировано (PDF) из оригинала 30 января 2024 года . Получено 19 октября 2023 года .
- ^ Подпрыгнуть до: а беременный Клинг, Роб; Spector, Lisa B.; Фортуна, Джоанна (2004). «Настоящие ставки виртуальных публикаций: трансформация электронного биом в PubMed Central» . Журнал Американского общества для информационной науки и техники . 5 (2): 127–148. doi : 10.1002/asi.10352 . Архивировано из оригинала 20 октября 2023 года . Получено 20 октября 2023 года .
- ^ Varmus, Harold (2009). Искусство и политика науки . Нью -Йорк: WW Norton & Company. С. 255–256. ISBN 978-0-393-06128-4 Полем Архивировано из оригинала 8 декабря 2022 года . Получено 20 октября 2023 года .
- ^ Сондерс, Джонни (1 сентября 2022 г.). «Децентрализованная инфраструктура для (нейро) науки». п. 26. Arxiv : 2209.07493 [ CS.GL ].
- ^ «Цель семантической сети-выразить реальную жизнь. Многие вещи в реальной жизни, реальные вопросы, с которыми мы столкнем Язык выражения, так что все запросы заканчиваются в конечном счете. Конкретные вычислительные свойства. Свойства в информационной системе. Гипертекст не обладал ни одного из этих обнадеживающих свойств. Люди боялись заблудиться в этом. Вы можете навсегда перейти ссылки. Оказывается, это верно, конечно, есть проблема, с которой вы можете навсегда запрашивать ссылки в Интернете. " Бернерс-Ли, Тим. «Что может представлять семантическая сеть» . Проблемы веб -дизайна . Архивировано из оригинала 19 октября 2023 года . Получено 20 октября 2023 года .
- ^ Crossref (2009). Формирование CrossRef: короткая история (PDF) . Crossref. п. 8. Архивированный (PDF) из оригинала 30 октября 2023 года . Получено 20 октября 2023 года .
- ^ Публичная библиотека науки. «Публичная библиотека науки пост» . Гарольд Вармус Бумаги . NIH, Национальная библиотека медицины. Архивировано из оригинала 30 октября 2023 года . Получено 20 октября 2023 года .
- ^ Куц, Майер. «Восстание ученых против научных издательских практик: Varmus, Vitek и Venting» . Искатель . Архивировано из оригинала 30 июля 2020 года . Получено 20 октября 2020 года .
- ^ Эшбернер, Майкл; Браун, Патрик О.; Эйзен, Майкл; Киршнер, Марк; Хосла, Чайтан; Nusse, Roel; Робертс, Ричард Дж.; Скотт, Мэтью; Вармус, Гарольд; Волд, Барбара. «Письмо из публичной библиотеки науки [подписавшим открытое письмо PLO]» . Гарольд Вармус - Профили в науке . NIH, Национальная библиотека медицины. Архивировано из оригинала 30 октября 2023 года . Получено 20 октября 2023 года .
- ^ «Общественный доступ к исследованиям NIH сделал закон» . Научный кодекс . 2007. Архивировано из оригинала 4 марта 2016 года . Получено 6 ноября 2013 года .
- ^ "Journal Publishing Tag Set" . Национальный центр информации о биотехнологии. Архивировано из оригинала 16 октября 2020 года . Получено 6 ноября 2013 года .
- ^ Французский D (4 августа 2006 г.). «Обновление технологии ALPSP: стандартный формат документа XML: случай для принятия NLM DTD» . Alpsp. Архивировано из оригинала 26 октября 2020 года . Получено 6 ноября 2013 года .
- ^ "Набор тегов книги NCBI" . dtd.nlm.nih.gov . Архивировано из оригинала 16 октября 2020 года . Получено 27 сентября 2006 г.
- ^ «Новости из Библиотеки Конгресса» . Библиотека Конгресса . 19 апреля 2006 г. Архивировано с оригинала 17 апреля 2016 года . Получено 6 ноября 2013 года .
- ^ "Inera Inc. - NLM DTD Resources" . 19 февраля 2013 года. Архивировано из оригинала 19 февраля 2013 года.
- ^ «Планы общественного доступа федеральных агентств США» . Cendi.gov . Архивировано из оригинала 18 октября 2020 года . Получено 19 августа 2016 года .
- ^ Ково (22 июля 2016 г.). «Общественный доступ к результатам исследований, финансируемых НАСА» . НАСА.ГОВ . Архивировано из оригинала 19 августа 2016 года.
- ^ «НАСА в PMC» . preview.ncbi.nlm.nih.gov . Архивировано из оригинала 27 июля 2020 года . Получено 19 августа 2016 года .
- ^ "Журнал Архивирование и обмена теги" . dtd.nlm.nih.gov . Архивировано из оригинала 17 апреля 2003 года . Получено 17 октября 2023 года .
- ^ «PLOS аплодирует Конгрессу за действия по открытому доступу» . Архивировано из оригинала 7 мая 2016 года . Получено 7 февраля 2014 года .
- ^ «ACS представление в Управление по научной и технической политике запрос на информацию о общественном доступе к рецензируемым научным публикациям, полученным в результате исследований, финансируемых из федерального уровня» (PDF) . Управление науки и техники . Архивировано (PDF) из оригинала 13 февраля 2017 года . Получено 7 февраля 2014 года - через национальный архив .
- ^ Дэвис премьер -министр (октябрь 2012 г.). «Влияние общественного депозита научных статей на читательскую аудиторию». Физиолог . 55 (5): 161, 163–5. PMID 23155924 .
- ^ Подпрыгнуть до: а беременный Дэвис премьер -министр (июль 2013 г.). «Общественная доступность биомедицинских статей из PubMed Central снижает чтения журнала-ретроспективный когортный анализ» . FASEB Journal . 27 (7): 2536–41. doi : 10.1096/fj.13-229922 . PMC 3688741 . PMID 23554455 .
- ^ «Autism Speaks объявляет о новой политике, чтобы дать семьям легкий, бесплатный доступ к выводам исследований ключей - пресс -релиз - Autism говорит» . www.autismspeaks.org . 25 июля 2012 года. Архивировано с оригинала 12 июня 2018 года . Получено 7 февраля 2014 года .
- ^ Антелман, Кристин (2004). «Оказали ли статьи с открытым доступом большее влияние на исследования?» Полем Колледж и исследовательские библиотеки . 65 (5): 372–382. doi : 10.5860/crl.65.5.372 . , суммировано Stemper J, Williams K (2006). «Научное общение: превращение кризиса в возможность» . Колледж и исследовательские библиотеки новости . 67 (11): 692–696. doi : 10.5860/crln.67.11.7720 .
- ^ Davis PM, Lewenstein BV, Simon DH, Booth JG, Connolly MJ (июль 2008 г.). «Open Access Publishing, загрузки статьи и цитаты: рандомизированное контролируемое исследование» . BMJ . 337 : A568. doi : 10.1136/bmj.a568 . PMC 2492576 . PMID 18669565 .
- ^ «Национальная библиотека медицины расширяет доступ к литературе по коронавирусу через PubMed Central» . Национальные институты здравоохранения (NIH) . 25 марта 2020 года. Архивировано с оригинала 21 декабря 2020 года . Получено 31 марта 2020 года .
Чтобы поддержать эту инициативу, NLM адаптирует свои стандартные процедуры для депонирования статей в PMC, чтобы обеспечить большую гибкость, которая обеспечит легко доступное исследование коронавируса.
- ^ «Включите PMCID в цитаты | publicaccess.nih.gov» . publicaccess.nih.gov . Архивировано из оригинала 29 декабря 2020 года . Получено 1 июля 2017 года .
Внешние ссылки
[ редактировать ]