Интерферон Лямбда 3

ИФНЛ3
Доступные структуры
ПДБ	Поиск ортологов: PDBe RCSB
showСписок идентификационных кодов PDB
	3HHC
Идентификаторы
Псевдонимы	IFNL3 , IL-28B, IL28B, IL28C, интерлейкин 28B, интерферон, лямбда 3, интерферон лямбда 3, IFN-лямбда-3, IFN-лямбда-4, IL-28C
Внешние идентификаторы	Опустить : 607402 ; МГИ : 2450574 ; Гомологен : 77540 ; Генные карты : IFNL3 ; ОМА : IFNL3 — ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 19 (human)
End	39,245,250 bp
showМестоположение гена ( Мышь )
Chr.	Chromosome 7 (mouse)
End	28,223,747 bp
show экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	testicle; ; gonad; ; superior frontal gyrus; ; prefrontal cortex; ; blood; ; skin of abdomen; ; placenta; ; temporal lobe; ; amygdala; ; urinary bladder;
	Top expressed in
	thymus; ; spleen;
	More reference expression data
	n/a
showГенная онтология
Molecular function	cytokine activity; signaling receptor binding;
Cellular component	intracellular anatomical structure; extracellular space; extracellular region;
Biological process	receptor signaling pathway via JAK-STAT; negative regulation of viral genome replication; positive regulation of immune response; innate immune response; defense response to virus; regulation of T cell activation; regulation of signaling receptor activity; cytokine-mediated signaling pathway;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	282617
	338374
	ENSG00000197110
	ENSMUSG00000060747
	Q8IZI9
	Q8CGK6
	НМ_172139 ; НМ_001346937
	НМ_177396
	НП_001333866 ; НП_742151
	НП_796370
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Интерферон лямбда 3 (символ гена: IFNL3) кодирует белок IFNL3. IFNL3 ранее назывался IL28B , но Комитет по номенклатуре генов Организации генома человека в 2013 году переименовал этот ген, одновременно присвоив имя недавно открытому IFNL4 гену . ^{[ 5 ]} Вместе с IFNL1 (ранее IL29 ) и IFNL2 (ранее IL28A ) эти гены расположены в кластере в хромосомной области 19q13. IFNL3 имеет ~96% аминокислотной идентичности с IFNL2, ~80% идентичности с IFNL1 и ~30% идентичности с IFNL4.

Гены интерферона лямбда кодируют цитокины, классифицируемые как интерфероны типа III , которые отдаленно связаны с интерферонами типа I и семейством IL-10 . Интерфероны типа III индуцируются вирусной инфекцией и взаимодействуют с гетеродимерным рецептором цитокинов класса II, который состоит из рецептора интерлейкина 10, бета (IL10RB) и рецептора интерферона лямбда 1 (IFNLR1), передавая сигнал через противовирусный путь JAK-STAT. [предоставлено RefSeq , июль 2008 г.].

Гепатит С

В 2009 году (т.е. до открытия IFNL4 ) результаты полногеномных ассоциативных исследований (GWAS) показали, что однонуклеотидные полиморфизмы (SNP), расположенные рядом с IFNL3 (rs12979860, rs8099917 и другие), были тесно связаны с реакцией на пегилированный интерферон-α. и лечение рибавирином хронического гепатита С, ^{[ 6 ]}^{[ 7 ]}^{[ 8 ]}^{[ 9 ]} а также спонтанное излечение от инфекции гепатита С (ВГС). ^{[ 10 ]}^{[ 11 ]}^{[ 12 ]}^{[ 13 ]} Ген, известный тогда как IL28B (теперь IFNL3), был ближайшим известным геном в то время, поэтому эти генетические варианты были названы « вариантами IL28B ». Предполагалось, что наблюдаемые ассоциации отражают различия в структуре или регуляции этого гена. Однако открытие IFNL4 показало, что SNP rs12979860 расположен внутри интрона 1 IFNL4 , тогда как rs8099917 находится в межгенной области , но ближе всего к IFNL4. ^{[ 5 ]} SNP rs12979860 и rs8099917 находятся в сильном неравновесии по сцеплению с вариантом IFNL4 ( IFNL4 -ΔG/TT; rs368234815), который контролирует образование белка IFNL4. ^{[ 5 ]} IFNL4- ΔG/TT, по-видимому, представляет собой функциональный полиморфизм, который объясняет GWAS-ассоциацию близлежащих SNP с клиренсом HCV, а IFNL4- ΔG/TT имеет более сильную статистическую связь с клиренсом HCV, чем rs12979860, особенно в популяциях африканского происхождения. в которых неравновесие по сцеплению между этими вариантами слабее, чем в других популяциях. ^{[ 5 ]}^{[ 14 ]}

Одним из возможных функциональных вариантов IFNL3 является SNP rs4803217, который находится в 3'-нетранслируемой регуляторной области . Замена гуанина на предковый тимин в этом сайте увеличивает IFNL3 за счет уменьшения деградации мРНК и связывания микроРНК, индуцированного вирусом гепатита С. экспрессию мРНК ^{[ 15 ]} и изменяет структуру РНК. ^{[ 16 ]}^{[ 11 ]} Между rs4803217 и вариантом IFNL4- ΔG/TT существует высокий уровень неравновесия по сцеплению. ^{[ 5 ]} Было показано, что rs4803217 связан с клиренсом ВГС, ^{[ 16 ]} однако эта ассоциация, по-видимому, обусловлена неравновесием по сцеплению с IFNL4 -ΔG/TT, а не прямым функциональным эффектом самого SNP rs4803217.

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000197110 – Ensembl , май 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000060747 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и Прокунина-Олссон Л., Мачмор Б., Тан В., Пфайффер Р.М., Парк Х., Дикеншитс Х. и др. (февраль 2013 г.). «Вариант выше IFNL3 (IL28B), создающий новый ген интерферона IFNL4, связан с нарушением клиренса вируса гепатита С» . Природная генетика . 45 (2): 164–71. дои : 10.1038/ng.2521 . ПМЦ 3793390 . ПМИД 23291588 .
^ Ге Д., Фелли Дж., Томпсон А.Дж., Саймон Дж.С., Шианна К.В., Урбан Т.Дж. и др. (сентябрь 2009 г.). «Генетическая вариация IL28B предсказывает клиренс вируса, вызванный лечением гепатита С». Природа . 461 (7262): 399–401. Бибкод : 2009Natur.461..399G . дои : 10.1038/nature08309 . ПМИД 19684573 . S2CID 1707096 .
^ Суппия В., Молдован М., Аленстил Г., Берг Т., Велтман М., Абате М.Л. и др. (октябрь 2009 г.). «IL28B связан с ответом на терапию интерфероном-альфа и рибавирином при хроническом гепатите С». Природная генетика . 41 (10): 1100–4. дои : 10.1038/ng.447 . ПМИД 19749758 . S2CID 21619093 .
^ Танака Ю., Нисида Н., Сугияма М., Куросаки М., Мацуура К., Сакамото Н. и др. (октябрь 2009 г.). «Общегеномная ассоциация IL28B с ответом на терапию пегилированным интерфероном-альфа и рибавирином при хроническом гепатите С». Природная генетика . 41 (10): 1105–9. дои : 10.1038/ng.449 . ПМИД 19749757 . S2CID 20399078 .
^ Мьюир А.Дж., Гонг Л., Джонсон С.Г., Ли М.Т., Уильямс М.С., Кляйн Т.Е. и др. (февраль 2014 г.). «Руководство Консорциума по внедрению клинической фармакогенетики (CPIC) для генотипа IFNL3 (IL28B) и схем на основе ПЭГ-интерферона-α» . Клиническая фармакология и терапия . 95 (2): 141–6. дои : 10.1038/clpt.2013.203 . ПМЦ 3904555 . ПМИД 24096968 .
^ Томас Д.Л., Тио К.Л., Мартин М.П., Ци Ю, Ге Д., О'Хуигин С. и др. (2009). «Генетическая вариация IL28B и спонтанное клиренс вируса гепатита С» . Природа . 461 (7265): 798–801. Бибкод : 2009Natur.461..798T . дои : 10.1038/nature08463 . ПМК 3172006 . ПМИД 19759533 .
^ Jump up to: ^а ^б Салум ГМ, Давуд РМ, Абд Эль-Мегид М, Ибрагим Н.Е., Абдель Азиз А.О., Эль Авади М.К. (сентябрь 2020 г.). «Корреляция между генетическими вариантами IL28B/TLR4 и развитием ГЦК с лечением ПППД или без него у пациентов с хроническим гепатитом С» . Гены и болезни . 7 (3): 392–400. дои : 10.1016/j.gendis.2019.05.004 . ПМЦ 7452484 . ПМИД 32884993 .
^ Томас Д.Л., Тио К.Л., Мартин М.П., Ци Ю, Ге Д., О'Хуигин С. и др. (октябрь 2009 г.). «Генетическая вариация IL28B и спонтанное клиренс вируса гепатита С» . Природа . 461 (7265): 798–801. Бибкод : 2009Natur.461..798T . дои : 10.1038/nature08463 . ПМК 3172006 . ПМИД 19759533 .
^ Раух А., Куталик З., Дескомб П., Кай Т., Ди Юлио Дж., Мюллер Т. и др. (апрель 2010 г.). «Генетическая вариация IL28B связана с хроническим гепатитом С и неудачей лечения: полногеномное исследование ассоциации». Гастроэнтерология . 138 (4): 1338–45, 1345.e1–7. дои : 10.1053/j.gastro.2009.12.056 . ПМИД 20060832 . S2CID 25546833 .
^ Лу Ю.Ф., Гольдштейн Д.Б., Урбан Т.Дж., Брэдрик С.С. (февраль 2015 г.). «Интерферон-λ4 представляет собой клеточно-автономный интерферон III типа, связанный с бременем вируса гепатита С до начала лечения» . Вирусология . 476 : 334–340. дои : 10.1016/j.virol.2014.12.020 . ПМЦ 4494652 . ПМИД 25577150 .
^ МакФарланд А.П., Хорнер С.М., Джаррет А., Джослин Р.К., Биндевальд Э., Шапиро Б.А. и др. (январь 2014 г.). «Благоприятный генотип IFNL3 избегает распада мРНК, опосредованного элементами, богатыми AU, и микроРНК, индуцированными вирусом гепатита С» . Природная иммунология . 15 (1): 72–9. дои : 10.1038/ni.2758 . ПМЦ 4183367 . ПМИД 24241692 .
^ Jump up to: ^а ^б Лу Ю.Ф., Могер Д.М., Гольдштейн Д.Б., Урбан Т.Дж., Уикс К.М., Брэдрик С.С. (ноябрь 2015 г.). «Структура мРНК IFNL3 ремоделируется за счет функционального некодирующего полиморфизма, связанного с клиренсом вируса гепатита С» . Научные отчеты . 5 : 16037. Бибкод : 2015NatSR...516037L . дои : 10.1038/srep16037 . ПМК 4631997 . ПМИД 26531896 .

Дальнейшее чтение

Шеппард П., Киндсфогель В., Сюй В., Хендерсон К., Шлутсмейер С., Уитмор Т.Э. и др. (январь 2003 г.). «IL-28, IL-29 и их цитокиновый рецептор II класса IL-28R». Природная иммунология . 4 (1): 63–8. дои : 10.1038/ni873 . ПМИД 12469119 . S2CID 35764259 .
Котенко С.В., Галлахер Г., Баурин В.В., Льюис-Антес А., Шен М., Шах Н.К. и др. (январь 2003 г.). «ИФН-лямбды опосредуют противовирусную защиту через отдельный рецепторный комплекс цитокинов класса II». Природная иммунология . 4 (1): 69–77. дои : 10.1038/ni875 . ПМИД 12483210 . S2CID 2734534 .
Ли М, Хэ С (апрель 2006 г.). «Очистка и характеристика рекомбинантного человеческого интерлейкина-29, экспрессируемого в Escherichia coli». Журнал биотехнологии . 122 (3): 334–40. doi : 10.1016/j.jbiotec.2005.11.019 . ПМИД 16413080 .
Меннечет Ф.Дж., Узе Дж. (июнь 2006 г.). «Дендритные клетки, обработанные интерфероном-лямбда, специфически индуцируют пролиферацию Т-клеток-супрессоров, экспрессирующих FOXP3» . Кровь . 107 (11): 4417–23. дои : 10.1182/кровь-2005-10-4129 . PMID 16478884 .
Ли MC, Ван HY, Ван HY, Ли Т, Хэ Ш (апрель 2006 г.). «Опосредованная липосомами экспрессия IL-28 и IL-29 в клетках A549 и противовирусное действие IL-28 и IL-29 на клетки WISH» . Акта Фармакологика Синика . 27 (4): 453–9. дои : 10.1111/j.1745-7254.2006.00292.x . ПМИД 16539846 .
Ласфар А., Льюис-Антес А., Смирнов С.В., Ананта С., Абушахба В., Тиан Б. и др. (апрель 2006 г.). «Характеристика мышиной системы IFN-лиганд-лиганд-рецептор: IFN-лямбда проявляют противоопухолевую активность против меланомы B16» . Исследования рака . 66 (8): 4468–77. дои : 10.1158/0008-5472.CAN-05-3653 . ПМИД 16618774 .
Деллгрен С., Гад Х.Х., Хэмминг О.Дж., Мельхьорсен Дж., Хартманн Р. (март 2009 г.). «Человеческий интерферон-лямбда-3 является мощным членом семейства интерферонов III типа» . Гены и иммунитет . 10 (2): 125–31. дои : 10.1038/gen.2008.87 . ПМИД 18987645 .
Ли М, Лю X, Чжоу Ю, Су СБ (июль 2009 г.). «Интерферон-лямбда: модуляторы антивирусного, противоопухолевого и иммунного ответа» . Журнал биологии лейкоцитов . 86 (1): 23–32. дои : 10.1189/jlb.1208761 . ПМИД 19304895 . S2CID 37741272 .
Гад Х.Х., Деллгрен С., Хэмминг О.Дж., Вендс С., Палудан С.Р., Хартманн Р. (июль 2009 г.). «Интерферон-лямбда функционально является интерфероном, но структурно связан с семейством интерлейкина-10» . Журнал биологической химии . 284 (31): 20869–75. дои : 10.1074/jbc.M109.002923 . ПМЦ 2742852 . ПМИД 19457860 .
Ге Д., Фелли Дж., Томпсон А.Дж., Саймон Дж.С., Шианна К.В., Урбан Т.Дж. и др. (сентябрь 2009 г.). «Генетическая вариация IL28B предсказывает клиренс вируса, вызванный лечением гепатита С». Природа . 461 (7262): 399–401. Бибкод : 2009Natur.461..399G . дои : 10.1038/nature08309 . ПМИД 19684573 . S2CID 1707096 .

Эта статья о гене на й хромосоме человека незавершена 19 - . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000197110 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000060747 – Ensembl , май 2017 г.

[3] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[Prokunina-Olsson_2013-5] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и Прокунина-Олссон Л., Мачмор Б., Тан В., Пфайффер Р.М., Парк Х., Дикеншитс Х. и др. (февраль 2013 г.). «Вариант выше IFNL3 (IL28B), создающий новый ген интерферона IFNL4, связан с нарушением клиренса вируса гепатита С» . Природная генетика . 45 (2): 164–71. дои : 10.1038/ng.2521 . ПМЦ 3793390 . ПМИД 23291588 .

[6] Ге Д., Фелли Дж., Томпсон А.Дж., Саймон Дж.С., Шианна К.В., Урбан Т.Дж. и др. (сентябрь 2009 г.). «Генетическая вариация IL28B предсказывает клиренс вируса, вызванный лечением гепатита С». Природа . 461 (7262): 399–401. Бибкод : 2009Natur.461..399G . дои : 10.1038/nature08309 . ПМИД 19684573 . S2CID 1707096 .

[7] Суппия В., Молдован М., Аленстил Г., Берг Т., Велтман М., Абате М.Л. и др. (октябрь 2009 г.). «IL28B связан с ответом на терапию интерфероном-альфа и рибавирином при хроническом гепатите С». Природная генетика . 41 (10): 1100–4. дои : 10.1038/ng.447 . ПМИД 19749758 . S2CID 21619093 .

[8] Танака Ю., Нисида Н., Сугияма М., Куросаки М., Мацуура К., Сакамото Н. и др. (октябрь 2009 г.). «Общегеномная ассоциация IL28B с ответом на терапию пегилированным интерфероном-альфа и рибавирином при хроническом гепатите С». Природная генетика . 41 (10): 1105–9. дои : 10.1038/ng.449 . ПМИД 19749757 . S2CID 20399078 .

[9] Мьюир А.Дж., Гонг Л., Джонсон С.Г., Ли М.Т., Уильямс М.С., Кляйн Т.Е. и др. (февраль 2014 г.). «Руководство Консорциума по внедрению клинической фармакогенетики (CPIC) для генотипа IFNL3 (IL28B) и схем на основе ПЭГ-интерферона-α» . Клиническая фармакология и терапия . 95 (2): 141–6. дои : 10.1038/clpt.2013.203 . ПМЦ 3904555 . ПМИД 24096968 .

[10] Томас Д.Л., Тио К.Л., Мартин М.П., Ци Ю, Ге Д., О'Хуигин С. и др. (2009). «Генетическая вариация IL28B и спонтанное клиренс вируса гепатита С» . Природа . 461 (7265): 798–801. Бибкод : 2009Natur.461..798T . дои : 10.1038/nature08463 . ПМК 3172006 . ПМИД 19759533 .

[Salum_2020-11] Jump up to: ^а ^б Салум ГМ, Давуд РМ, Абд Эль-Мегид М, Ибрагим Н.Е., Абдель Азиз А.О., Эль Авади М.К. (сентябрь 2020 г.). «Корреляция между генетическими вариантами IL28B/TLR4 и развитием ГЦК с лечением ПППД или без него у пациентов с хроническим гепатитом С» . Гены и болезни . 7 (3): 392–400. дои : 10.1016/j.gendis.2019.05.004 . ПМЦ 7452484 . ПМИД 32884993 .

[12] Томас Д.Л., Тио К.Л., Мартин М.П., Ци Ю, Ге Д., О'Хуигин С. и др. (октябрь 2009 г.). «Генетическая вариация IL28B и спонтанное клиренс вируса гепатита С» . Природа . 461 (7265): 798–801. Бибкод : 2009Natur.461..798T . дои : 10.1038/nature08463 . ПМК 3172006 . ПМИД 19759533 .

[13] Раух А., Куталик З., Дескомб П., Кай Т., Ди Юлио Дж., Мюллер Т. и др. (апрель 2010 г.). «Генетическая вариация IL28B связана с хроническим гепатитом С и неудачей лечения: полногеномное исследование ассоциации». Гастроэнтерология . 138 (4): 1338–45, 1345.e1–7. дои : 10.1053/j.gastro.2009.12.056 . ПМИД 20060832 . S2CID 25546833 .

[14] Лу Ю.Ф., Гольдштейн Д.Б., Урбан Т.Дж., Брэдрик С.С. (февраль 2015 г.). «Интерферон-λ4 представляет собой клеточно-автономный интерферон III типа, связанный с бременем вируса гепатита С до начала лечения» . Вирусология . 476 : 334–340. дои : 10.1016/j.virol.2014.12.020 . ПМЦ 4494652 . ПМИД 25577150 .

[15] МакФарланд А.П., Хорнер С.М., Джаррет А., Джослин Р.К., Биндевальд Э., Шапиро Б.А. и др. (январь 2014 г.). «Благоприятный генотип IFNL3 избегает распада мРНК, опосредованного элементами, богатыми AU, и микроРНК, индуцированными вирусом гепатита С» . Природная иммунология . 15 (1): 72–9. дои : 10.1038/ni.2758 . ПМЦ 4183367 . ПМИД 24241692 .

[Lu_2015-16] Jump up to: ^а ^б Лу Ю.Ф., Могер Д.М., Гольдштейн Д.Б., Урбан Т.Дж., Уикс К.М., Брэдрик С.С. (ноябрь 2015 г.). «Структура мРНК IFNL3 ремоделируется за счет функционального некодирующего полиморфизма, связанного с клиренсом вируса гепатита С» . Научные отчеты . 5 : 16037. Бибкод : 2015NatSR...516037L . дои : 10.1038/srep16037 . ПМК 4631997 . ПМИД 26531896 .

[1]

[2]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]