Ромбовидная протеаза

показывать Доступные белковые структуры:
Pfam	structures / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	structure summary

Ромбовидный
Ромбовидный
	Escherichia coli Ромбоидная протеаза GlpG в комплексе с ингибитором бета-лактамов (желтый), связанным с каталитическим остатком серина . Из PDB : 3ZMH .
Идентификаторы
Символ	Ромбовидный
Пфам	PF01694
Пфам Клан	CL0207
ИнтерПро	ИПР002610
МЕРОПС	С54
ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ 2	144092 / SCOPe / СУПФАМ
Суперсемейство OPM	165
белок OPM	2ic8
Pfam
показывать Доступные белковые структуры:
Pfam	structures / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	structure summary

Ромбовидные протеазы представляют собой семейство ферментов , существующих почти у всех видов. Это протеазы : они разрезают полипептидную цепь других белков. Это протеолитическое расщепление необратимо в клетках и является важным типом клеточной регуляции. Хотя протеазы являются одним из самых ранних и наиболее изученных классов ферментов, ромбоиды принадлежат к гораздо более недавно открытому типу: внутримембранным протеазам . Уникальность внутримембранных протеаз заключается в том, что их активные центры скрыты в липидном бислое клеточных мембран и они расщепляют другие трансмембранные белки внутри своих трансмембранных доменов . ^{[ 2 ]} Около 30% всех белков имеют трансмембранные домены, и их регулируемый процессинг часто имеет серьезные биологические последствия. Соответственно, ромбовидные мышцы регулируют многие важные клеточные процессы и могут быть вовлечены в широкий спектр заболеваний человека.

Внутримембранные протеазы

Ромбоиды представляют собой внутримембранные сериновые протеазы . ^{[ 3 ]}^{[ 4 ]}^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}^{: Абстрактный} Другими типами внутримембранных протеаз являются аспартил- и металлопротеазы соответственно. Пресенилины рецептор и семейство сигнальных пептидаз- подобных пептидаз, которые представляют собой внутримембранные аспартилпротеазы, расщепляют субстраты, которые включают Notch и белок-предшественник амилоида , который участвует в болезни Альцгеймера . Семейство протеаз сайта-2 , которые представляют собой внутримембранные металлопротеазы, регулируют, среди прочего, биосинтез холестерина и реакции на стресс у бактерий . Различные семейства внутримембранных протеаз эволюционно и механистически не связаны между собой, но существуют четкие общие функциональные особенности, которые их связывают. Ромбоиды, пожалуй, наиболее охарактеризованный класс.

История

Ромбоиды были впервые названы в честь мутации плодовой мухи Drosophila , обнаруженной в ходе знаменитого генетического скрининга, который привел к Нобелевской премии Кристиан Нюсляйн-Фольхард и Эрика Вишауса . ^{[ 7 ]} В ходе этого скрининга они обнаружили ряд мутантов со схожими фенотипами: «заостренными» эмбриональными скелетами головы. ^{[ 6 ]}^: 192 Каждому из них они дали заостренное имя — одно было ромбовидным. Сначала это заметили, потому что мутация нарушила развитие, ^{[ 8 ]}^: 237 генетический анализ позже доказал, что эта группа генов была членами сигнального пути рецептора эпидермального фактора роста (EGF) , ^{[ 9 ]}^{[ 10 ]}^{[ 6 ]}^: 192^{[ 8 ]}^{: аннотация, 239} и этот ромбовидный отросток был необходим для генерации сигнала, который активирует рецептор EGF. ^{[ 11 ]}^{[ 12 ]}^{[ 6 ]}^: 192 Чтобы разгадать молекулярную функцию ромбовидной кости, потребовалось немного больше времени, но сочетание генетики и молекулярных методов привело к открытию, что дрозофила ромбовидная ^{[ 6 ]}^{: 192, рис. 1} и другие члены семейства были первыми известными внутримембранными сериновыми протеазами. ^{[ 3 ]}

Функция

Ромбоиды были впервые обнаружены как протеазы, которые регулируют передачу сигналов рецептора EGF у дрозофилы . Высвобождая внеклеточный домен фактора роста Spitz из его трансмембранного предшественника, ромбовидная мышца запускает передачу сигналов. ^{[ 3 ]} С тех пор было предложено множество других важных биологических функций. ^{[ 6 ]}^: 196^{[ 13 ]}

Позже было показано, что Rhomboid-1 дрозофилы регулирует сон посредством новой функции уже открытого механизма. ^{[ 6 ]}^: 201–2
Хотя это и менее четко установлено, чем у дрозофилы , есть некоторые доказательства того, что ромбовидные кости могут участвовать в передаче сигналов факторов роста у млекопитающих, включая человека. ^{[ 14 ]}^{[ 8 ]}^{: 240, Ромбовидные протеазы млекопитающих.} Они также участвуют в передаче сигналов эфрина . ^{[ 15 ]} расщепление антикоагулянтного белка тромбомодулина ^{[ 16 ]} и заживление ран . ^{[ 17 ]}
У всех эукариот есть митохондриальный ромб. Было показано, что у дрожжей это контролирует функцию и морфологию митохондрий, регулируя слияние мембран посредством расщепления динамин -подобной ГТФазы, называемой Mgm1p, ортолога человеческого OPA1 . ^{[ 18 ]}^{[ 19 ]} У дрозофилы митохондриальный ромбовидный (Ромбоид-7) ^{[ 8 ]}^{: 240–1, Митохондриальные ромбоиды.} также регулирует слияние митохондриальных мембран. ^{[ 20 ]} Drosophila Opa1 и Rhomboid-7, по-видимому, имеют те же взаимоотношения, что и у дрожжей. ^{[ 6 ]}^: 201 У млекопитающих функция митохондрий также нарушена у мутантов PARL , митохондриального ромбоида, но диапазон функций более сложен. PARL регулирует ремоделирование митохондриальных крист . ^{[ 21 ]} участвует в гибели клеток ^{[ 21 ]} и обмен веществ , ^{[ 22 ]} и появляется все больше доказательств важной роли в болезни Паркинсона ; ^{[ 23 ]}^{[ 24 ]}^{[ 25 ]}
Ромбовидные кости апикомплексных паразитов (включая Plasmodium , возбудитель малярии , и токсоплазму ) используются для перемещения между прикреплением к клетке-мишени и проникновением в нее. ^{[ 26 ]}^{: 582, Рисунок 1} и самая микронема ^{[ 27 ]}^: 519-продуцируемые адгезины высвобождаются из микронемы ромбовидными мышцами. ^{[ 26 ]}^: 581^{[ 28 ]}^{[ 29 ]}^{[ 30 ]}^{[ 31 ]}^{[ 32 ]}^{[ 33 ]} Ромбоиды также участвуют в патогенности других паразитов. ^{[ 34 ]} В частности, у токсоплазмы некоторые серпины ингибируют ромбоиды. ^{[ 27 ]}^: 519
Ромбоид у грамотрицательных бактерий Providencia stuartii необходим для функционирования механизма транслокации белка-близнеца аргинина (ТАТ). ^{[ 35 ]}
Ромбоиды контролируют передачу сигналов рецептора EGF у Caenorhabditis elegans , как и у Drosophila . ^{[ 6 ]}^: 201

Структура

Ромбоиды были первыми внутримембранными протеазами, для которых была решена кристаллическая структура с высоким разрешением . ^{[ 36 ]}^{[ 37 ]}^{[ 38 ]}^{[ 39 ]}^{[ 40 ]} Эти структуры подтвердили предсказания о том, что ромбоиды имеют ядро из шести трансмембранных доменов и что каталитический сайт зависит от каталитической диады серина и гистидина. Структуры также объяснили, как протеолитическая реакция, для которой необходимы молекулы воды, может происходить в гидрофобной среде липидного бислоя: одна из центральных загадок внутримембранных протеаз. ^{[ 41 ]} Активный центр ромбовидной протеазы находится в гидрофильном углублении, в принципе доступном для воды из основного раствора. ^{[ 36 ]}^{[ 37 ]}^{[ 38 ]}^{[ 39 ]}^{[ 40 ]} Однако было высказано предположение, что может существовать вспомогательный механизм, облегчающий доступ молекул воды к каталитической диаде в нижней части активного центра для обеспечения каталитической эффективности. ^{[ 42 ]}

Активный центр ромбовидной протеазы защищен латерально от липидного бислоя шестью составляющими его трансмембранными спиралями, что позволяет предположить, что доступ субстрата к ромбовидному активному сайту регулируется. Одной из областей неопределенности является путь доступа к субстрату . Первоначально предлагалось вводить субстраты между трансмембранными сегментами (ТМС) 1 и 3. ^{[ 36 ]}^{[ 39 ]} но имеющиеся данные убедительно подтверждают наличие альтернативной точки доступа между TMS 2 и 5. ^{[ 37 ]}^{[ 38 ]}^{[ 40 ]}^{[ 43 ]}^{[ 44 ]} Это мнение также подтверждается тем фактом, что мутации в TMS 5 оказывают лишь незначительное влияние на термодинамическую стабильность ромбоида, в отличие от других участков молекулы. ^{[ 45 ]} Совсем недавно была создана первая сокристаллическая структура внутримембранной протеазы. ^{[ 46 ]} - Escherichia coli . Версия ромбовидной протеазы GlpG, принадлежащая ^{[ 8 ]}^: 239 – и пептид, полученный из субстрата, связанный в активном центре ^{[ 46 ]} подтверждает и расширяет эту модель доступа к субстрату и дает представление о механизме действия других белков ромбовидного суперсемейства. ^{[ нужна ссылка ]} GlpG E. coli необычен своей низкой аффинностью связывания фермента/субстрата . ^{[ 8 ]}^: 239 Однако детали того, как субстрат ТМС может быть распознан ромбовидным отростком, все еще неясны. Некоторые авторы предполагают, что доступ к субстрату включает в себя большое латеральное смещение TMS 5, чтобы открыть сердцевину ромбовидной кости. ^{[ 37 ]}^{[ 43 ]} Другие отчеты вместо этого предполагают, что большое латеральное перемещение TMS 5 не требуется. ^{[ 47 ]} и предположили, что поверхность TMS 2 и 5 скорее служит «внутримембранным экзозитом», опосредующим узнавание субстрата TMS. ^{[ 46 ]}^{[ 48 ]} Ромбовидный ортолог у D. suzukii — Dsuz\DS10_00004507. ^{[ 49 ]}

Ферментативная специфичность

Ромбоиды не расщепляют все трансмембранные домены. Фактически они высокоспецифичны и имеют ограниченное количество субстратов. Большинство известных на сегодняшний день природных ромбовидных субстратов представляют собой белки с одним трансмембранным доменом типа 1, аминоконцы которых находятся в люминальном/внеклеточном компартменте. Однако недавние исследования показали, что мембранный белок типа 2 (т.е. с противоположной топологией: аминоконец цитоплазматический), ^{[ 50 ]} или даже многопроходные мембранные белки могут действовать как ромбовидные субстраты. ^{[ 51 ]} Специфичность ромбовидных мышц лежит в основе их способности контролировать функции в широком диапазоне биологических процессов и, в свою очередь, понимание того, что превращает конкретный трансмембранный домен в ромбовидный субстрат, может пролить свет на функцию ромбовидных мышц в различных контекстах.

Первоначальная работа показала, что ромбоиды распознают нестабильность трансмембранной альфа-спирали в месте расщепления как основную детерминанту субстрата. ^{[ 52 ]} Совсем недавно было обнаружено, что ромбовидные субстраты определяются двумя разделяемыми элементами: трансмембранным доменом и мотивом первичной последовательности, находящимся в нем или непосредственно прилегающим к нему. ^{[ 48 ]} Этот мотив узнавания определяет, где расщепляется субстрат, что может происходить либо внутри, либо сразу за пределами трансмембранного домена, в околомембранной области. ^{[ 48 ]} В первом случае для эффективного расщепления также необходимы остатки, дестабилизирующие спираль, расположенные ниже по ходу субстрата ТМС. ^{[ 48 ]} Детальный анализ кинетики ферментов фактически показал, что взаимодействия мотива узнавания с ромбовидным активным центром определяют k _cat расщепления субстрата. ^{[ 53 ]} Принципы распознавания субстрата TMS ромбовидными мышцами остаются плохо изученными, но многочисленные данные указывают на то, что ромбовидные кости (и, возможно, также другие внутримембранные протеазы ) каким-то образом распознают структурную гибкость или динамику трансмембранного домена своих субстратов. ^{[ 42 ]}^{[ 54 ]} Полное понимание задействованных биофизических и структурных принципов потребует структурной характеристики комплекса ромбовидной кости с полным трансмембранным субстратом. ^{[ 55 ]} В качестве первого шага на пути к этой цели недавняя сокристаллическая структура фермента в комплексе с пептидом, полученным из субстрата, содержащим ингибитор на основе механизма, объясняет наблюдаемые предпочтения последовательностей мотивов узнавания в ромбовидных субстратах структурно и обеспечивает значительный прогресс в современной науке. понимание ромбовидной специфичности и механизма белков ромбовидного семейства. ^{[ 46 ]}

У некоторых грамотрицательных бактерий, включая Shewanella и Vibrio , обнаружено до тринадцати белков с GlyGly-CTERM, С-концевым гомологичным доменом, состоящим из богатого глицином мотива, высокогидрофобной трансмембранной спирали и кластера основных остатков. Этот домен, по-видимому, представляет собой последовательность узнавания ромбосортазы, ветви семейства ромбовидных протеаз, ограниченной только теми бактериями, у которых есть домен GlyGly-CTERM. ^{[ 56 ]}

Медицинское значение

Уже известно, что разнообразие биологических функций, зависящих от ромбовидных мышц, отражено в доказательствах того, что ромбовидные мышцы играют роль в различных заболеваниях, включая рак , ^{[ нужна ссылка ]} паразитарная инфекция, ^{[ 13 ]} и диабет . ^{[ нужна ссылка ]} Однако важно отметить, что еще не установлено ни одного случая, когда точное медицинское значение было бы полностью подтверждено. ^{[ 6 ]}

О препаратах, модулирующих активность ромбовидной мышцы, пока не сообщалось, хотя недавнее исследование выявило низкомолекулярные ингибиторы, основанные на механизме действия, которые могут стать основой для будущей разработки лекарств. ^{[ 57 ]}

Семейство ромбовидных

Ромбовидные протеазы, по-видимому, консервативны у всех эукариот и подавляющего большинства прокариот . Биоинформатический анализ показывает, что у некоторых членов семейства ромбовидных отсутствуют аминокислотные остатки, необходимые для протеолиза, а это означает, что они не могут расщеплять субстраты. Эти «псевдопротеазы» включают подсемейство, получившее название iRhoms. ^{[ 58 ]} (также известный как RHBDF1 и RHBDF2 ). iRhoms может способствовать ER-ассоциированной деградации (ERAD) лигандов рецепторов EGF у дрозофилы , обеспечивая тем самым механизм регуляции активности рецепторов EGF в головном мозге. ^{[ 59 ]} Это означает, что фундаментальный механизм контроля качества клеток используется многоклеточными организмами для регулирования передачи сигналов между клетками. У мышей iRhoms являются ключевыми шаперонами, необходимыми для экспорта ER ADAM17 /TACE и его созревания. Таким образом, iRhoms необходимы для передачи сигналов рецепторам TNF-альфа и EGF , что делает их очень привлекательными с медицинской точки зрения. ^{[ 59 ]}^{[ 60 ]}^{[ 61 ]}^{[ 62 ]}^{[ 63 ]}

Филогенетический анализ показывает, что ромбоиды на самом деле являются членами более крупного ромбовидного суперсемейства или клана, который включает белки дерлин , также участвующие в ERAD. ^{[ 64 ]}

Кинетопластиды имеют необычно небольшой набор ромбовидных семейств : у Trypanosoma brucei XP 001561764 и XP 001561544 , а также у T. cruzi XP 805971 , XP 802860 и XP 821055 . ^{[ 65 ]}

Различные белки семейства ромбовидных жизненно важны для Toxoplasma gondii вирулентности и подвижности , включая TgMIC2 , TgMIC6 , различные AMA1, варианты включая TgAMA1 , TgROM1 , TgROM4 и TgROM5 . ^{[ 66 ]}

Митохондрии трипаносом имеют TimRhom I и TimRhom II (два члена ромбовидного семейства с деактивированной протеолитической функцией) в своих транслоказах препоследовательности . Трудность в обнаружении большего сходства с эукариотическими или бактериальными родственниками может означать, что они произошли как часть исходного митохондриального предшественника. ^{[ 67 ]} Родственниками ромбовидной формы могут быть мембранные транспортные белки в системах ERAD и SELMA . ^{[ 67 ]}^: 105

iRhoms

iRhoms представляют собой ромбовидные белки, но не являются протеазами. Как и ромбовидные кости, они были впервые обнаружены у дрозофил . Однако, в отличие от ромбоидов, iRhoms ингибируют передачу сигналов EGFr. Мыши, нокаутные по iRhom2, имеют серьезные нарушения иммунитета. ^{[ 8 ]}^{: 243, iРомс}

Ссылки

^ Виноткумар К.Р., Пьеррат О.А., Лардж Дж.М., Фриман М. (июнь 2013 г.). «Структура ромбовидной протеазы в комплексе с ингибиторами β-лактамов определяет полость S2'» . Структура . 21 (6): 1051–8. дои : 10.1016/j.str.2013.03.013 . ПМЦ 3690538 . ПМИД 23665170 .
^ Браун М.С., Йе Дж., Роусон Р.Б., Гольдштейн Дж.Л. (февраль 2000 г.). «Регулируемый внутримембранный протеолиз: механизм контроля, сохраняющийся от бактерий до человека» . Клетка . 100 (4): 391–8. дои : 10.1016/S0092-8674(00)80675-3 . ПМИД 10693756 . S2CID 12194770 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с Урбан С., Ли-младший, Фриман М. (октябрь 2001 г.). «Дрозофила ромбовидная-1 определяет семейство предполагаемых внутримембранных сериновых протеаз» . Клетка . 107 (2): 173–82. дои : 10.1016/s0092-8674(01)00525-6 . ПМИД 11672525 . S2CID 9026083 .
^ Лемберг М.К., Менендес Дж., Мисик А., Гарсия М., Кот К.М., Фриман М. (февраль 2005 г.). «Механизм внутримембранного протеолиза, исследованный с помощью очищенных ромбовидных протеаз» . Журнал ЭМБО . 24 (3): 464–72. дои : 10.1038/sj.emboj.7600537 . ПМЦ 548647 . ПМИД 15616571 .
^ Урбан С., Вулф М.С. (февраль 2005 г.). «Восстановление внутримембранного протеолиза in vitro показывает, что чистого ромбоида достаточно для катализа и специфичности» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 102 (6): 1883–8. Бибкод : 2005ПНАС..102.1883У . дои : 10.1073/pnas.0408306102 . ПМК 548546 . ПМИД 15684070 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час ^я ^дж Фриман М. (2008). «Ромбовидные протеазы и их биологические функции». Ежегодный обзор генетики . 42 : 191–210. дои : 10.1146/annurev.genet.42.110807.091628 . ПМИД 18605900 .
^ Юргенс Г., Вишаус Э., Нюссляйн-Фольхард С., Клудинг Х. (сентябрь 1984 г.). «Мутации, влияющие на рисунок личиночной кутикулы Drosophila melanogaster: II. Зиготические локусы на третьей хромосоме». Архив биологии развития Вильгельма Ру . 193 (5): 283–295. дои : 10.1007/BF00848157 . ПМИД 28305338 . S2CID 26608498 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г Фриман М (2014). «Ромбовидное суперсемейство: молекулярные механизмы и биологическая роль» . Ежегодный обзор клеточной биологии и биологии развития . 30 : 235–54. doi : 10.1146/annurev-cellbio-100913-012944 . ПМИД 25062361 . S2CID 31705365 .
^ Стертевант М.А., Роарк М., Бир Э. (июнь 1993 г.). «Ромбовидный ген дрозофилы опосредует локализованное образование жилок крыльев и генетически взаимодействует с компонентами сигнального пути EGF-R» . Гены и развитие . 7 (6): 961–73. дои : 10.1101/gad.7.6.961 . ПМИД 8504935 .
^ Фриман М. (октябрь 1994 г.). «Ген шпица необходим для определения фоторецепторов в глазу дрозофилы, где он взаимодействует с рецептором EGF». Механизмы развития . 48 (1): 25–33. дои : 10.1016/0925-4773(94)90003-5 . ПМИД 7833286 . S2CID 40396109 .
^ Вассерман Дж. Д., Урбан С., Фриман М. (июль 2000 г.). «Семейство ромбоподобных генов: ромбовидный-1 и рогоидный/ромбоидный-3 дрозофилы взаимодействуют, чтобы активировать передачу сигналов рецептора ЭФР» . Гены и развитие . 14 (13): 1651–63. дои : 10.1101/gad.14.13.1651 . ПМК 316740 . ПМИД 10887159 .
^ Банг А.Г., Кинтнер С. (январь 2000 г.). «Ромбовидная форма и звезда облегчают презентацию и обработку гомолога TGF-альфа шпица дрозофилы» . Гены и развитие . 14 (2): 177–86. дои : 10.1101/gad.14.2.177 . ПМК 316351 . ПМИД 10652272 .
^ Jump up to: ^а ^б Урбан С (июнь 2009 г.). «Делаем разрез: центральная роль внутримембранного протеолиза у патогенных микроорганизмов» . Обзоры природы. Микробиология . 7 (6): 411–23. дои : 10.1038/nrmicro2130 . ПМК 2818034 . ПМИД 19421188 .
^ Адрайн С., Срисовский К., Зеттл М., Ху Л., Лемберг М.К., Фриман М. (май 2011 г.). «Активация рецептора EGF млекопитающих ромбовидной протеазой RHBDL2» . Отчеты ЭМБО . 12 (5): 421–7. дои : 10.1038/embor.2011.50 . ПМК 3090019 . ПМИД 21494248 .
^ Паскаль Дж.К., Браун К.Д. (апрель 2004 г.). «Внутримембранное расщепление эфрина B3 протеазой ромбовидного семейства человека, RHBDL2». Связь с биохимическими и биофизическими исследованиями . 317 (1): 244–52. дои : 10.1016/j.bbrc.2004.03.039 . ПМИД 15047175 .
^ Лохи О., Урбан С., Фриман М. (февраль 2004 г.). «Различные механизмы распознавания субстратов ромбовидных мышц; тромбомодулин расщепляется ромбовидными мышцами млекопитающих» . Современная биология . 14 (3): 236–41. дои : 10.1016/j.cub.2004.01.025 . ПМИД 14761657 . S2CID 17760607 .
^ Ченг Т.Л., Ву Ю.Т., Линь Х.И., Сюй Ф.К., Лю С.К., Чанг Б.И. и др. (декабрь 2011 г.). «Функции протеазы ромбовидного семейства RHBDL2 и тромбомодулина в заживлении ран» . Журнал исследовательской дерматологии . 131 (12): 2486–94. дои : 10.1038/jid.2011.230 . ПМИД 21833011 .
^ Херлан М., Фогель Ф., Борнховд К., Нойперт В., Райхерт А.С. (июль 2003 г.). «Процессинг Mgm1 протеазой ромбовидного типа Pcp1 необходим для поддержания морфологии митохондрий и митохондриальной ДНК» . Журнал биологической химии . 278 (30): 27781–8. дои : 10.1074/jbc.m211311200 . ПМИД 12707284 .
^ МакКиббан Г.А., Саурья С., Фриман М. (май 2003 г.). «Ремоделирование митохондриальной мембраны, регулируемое консервативной ромбовидной протеазой» . Природа . 423 (6939): 537–41. Бибкод : 2003Natur.423..537M . дои : 10.1038/nature01633 . ПМИД 12774122 . S2CID 4398146 .
^ МакКиббан Г.А., Ли-младший, Чжэн Л., Юсола М., Фриман М. (май 2006 г.). «Нормальная динамика митохондрий требует ромбоида-7 и влияет на продолжительность жизни дрозофилы и функцию нейронов» . Современная биология . 16 (10): 982–9. дои : 10.1016/j.cub.2006.03.062 . ПМИД 16713954 . S2CID 18751418 .
^ Jump up to: ^а ^б Циполат С., Рудка Т., Хартманн Д., Коста В., Сернелс Л., Краессертс К. и др. (июль 2006 г.). «Митохондриальный ромбовидный PARL регулирует высвобождение цитохрома с во время апоптоза посредством OPA1-зависимого ремоделирования крист» . Клетка . 126 (1): 163–75. дои : 10.1016/j.cell.2006.06.021 . ПМИД 16839884 . S2CID 6396519 .
^ Чивитарезе А.Е., Маклин П.С., Карлинг С., Керр-Бейлс Л., Макмиллан Р.П., Пирс А. и др. (май 2010 г.). «Регуляция окислительной способности скелетных мышц и передачи сигналов инсулина с помощью митохондриальной ромбоидной протеазы PARL» . Клеточный метаболизм . 11 (5): 412–26. дои : 10.1016/j.cmet.2010.04.004 . ПМЦ 3835349 . ПМИД 20444421 .
^ Уитворт А.Дж., Ли-младший, Хо В.М., Флик Р., Чоудхури Р., МакКиббан Г.А. (2008). «Ромбоид-7 и HtrA2/Omi действуют по общему пути с факторами болезни Паркинсона Pink1 и Parkin» . Модели и механизмы заболеваний . 1 (2–3): 168–74, обсуждение 173. doi : 10.1242/dmm.000109 . ПМК 2562193 . ПМИД 19048081 .
^ Деас Э., План-Фавро Х., Ганди С., Десмонд Х., Кьер С., Ло Ш. и др. (март 2011 г.). «Расщепление PINK1 в положении A103 митохондриальной протеазой PARL» . Молекулярная генетика человека . 20 (5): 867–79. дои : 10.1093/hmg/ddq526 . ПМК 3033179 . ПМИД 21138942 .
^ Мейснер С., Лоренц Х., Вайхофен А., Селькое Д.Д., Лемберг М.К. (июнь 2011 г.). «Митохондриальная внутримембранная протеаза PARL расщепляет человеческий Pink1, чтобы регулировать трафик Pink1» . Журнал нейрохимии . 117 (5): 856–67. дои : 10.1111/j.1471-4159.2011.07253.x . ПМИД 21426348 .
^ Jump up to: ^а ^б Бисио Х., Солдати-Фавр Д. (сентябрь 2019 г.). «Сигнальные каскады, управляющие входом и выходом из клеток-хозяев Toxoplasma gondii » . Ежегодный обзор микробиологии . 73 (1). Годовые обзоры : 579–599. doi : 10.1146/annurev-micro-020518-120235 . ПМИД 31500539 . S2CID 202405949 .
^ Jump up to: ^а ^б МакКерроу Дж. Х., Кэффри С., Келли Б., Локи П., Саджид М. (2006). «Протеазы при паразитарных заболеваниях». Ежегодный обзор патологии . 1 (1). Годовые обзоры : 497–536. doi : 10.1146/annurev.pathol.1.110304.100151 . ПМИД 18039124 .
^ Урбан С., Фриман М. (июнь 2003 г.). «Субстратная специфичность ромбовидных внутримембранных протеаз регулируется остатками, разрывающими спираль, в трансмембранном домене субстрата» . Молекулярная клетка . 11 (6): 1425–34. дои : 10.1016/s1097-2765(03)00181-3 . ПМИД 12820957 .
^ Бейкер Р.П., Видетилака Р., Урбан С. (октябрь 2006 г.). «Две ромбовидные протеазы Plasmodium преимущественно расщепляют различные адгезины, участвующие во всех инвазивных стадиях малярии» . ПЛОС Патогены . 2 (10): е113. дои : 10.1371/journal.ppat.0020113 . ПМК 1599764 . ПМИД 17040128 .
^ О'Доннелл Р.А., Хакетт Ф., Хауэлл С.А., Трик М., Страк Н., Крнайски З. и др. (сентябрь 2006 г.). «Внутримембранный протеолиз опосредует отщепление ключевого адгезина во время инвазии эритроцитов малярийным паразитом» . Журнал клеточной биологии . 174 (7): 1023–33. дои : 10.1083/jcb.200604136 . ПМК 2064393 . ПМИД 17000879 .
^ Сантос Дж. М., Фергюсон Д. Д., Блэкман М. Дж., Солдати-Фавр Д. (январь 2011 г.). «Внутримембранное расщепление AMA1 заставляет токсоплазму переключаться с инвазивного на репликативный режим» . Наука . 331 (6016): 473–7. Бибкод : 2011Sci...331..473S . дои : 10.1126/science.1199284 . ПМИД 21205639 . S2CID 26806264 .
^ Шринивасан П., Коппенс И., Джейкобс-Лорена М. (январь 2009 г.). «Особая роль ромбовидного плазмодия 1 в развитии паразитов и патогенезе малярии» . ПЛОС Патогены . 5 (1): e1000262. дои : 10.1371/journal.ppat.1000262 . ПМК 2607553 . ПМИД 19148267 .
^ Лин Дж.В., Мейрелеш П., Пруденсио М., Энгельманн С., Анноура Т., Саджид М. и др. (апрель 2013 г.). «Анализ потери функции определяет жизненно важные и избыточные функции семейства ромбовидных протеаз Plasmodium» . Молекулярная микробиология . 88 (2): 318–38. дои : 10.1111/mmi.12187 . ПМИД 23490234 .
^ Бакст Л.А., Бейкер Р.П., Сингх У., Урбан С. (июнь 2008 г.). «Ромбовидная протеаза Entamoeba histolytica с атипичной специфичностью расщепляет поверхностный лектин, участвующий в фагоцитозе и уклонении от иммунитета» . Гены и развитие . 22 (12): 1636–46. дои : 10.1101/gad.1667708 . ПМК 2428061 . ПМИД 18559479 .
^ Стивенсон Л.Г., Срисовский К., Клеммер К.М., Бхатт С., Фриман М., Разер П.Н. (январь 2007 г.). «Ромбоидная протеаза AarA опосредует чувство кворума у Providencia stuartii путем активации TatA транслоказы-твинаргинина» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 104 (3): 1003–8. Бибкод : 2007PNAS..104.1003S . дои : 10.1073/pnas.0608140104 . ПМЦ 1783354 . ПМИД 17215357 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с Ван Ю, Чжан Ю, Ха Ю (ноябрь 2006 г.). «Кристаллическая структура внутримембранной протеазы ромбовидного семейства». Природа . 444 (7116): 179–80. Бибкод : 2006Natur.444..179W . дои : 10.1038/nature05255 . ПМИД 17051161 . S2CID 4350345 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д Ву З, Ян Н., Фэн Л., Оберштейн А., Ян Х., Бейкер Р.П. и др. (декабрь 2006 г.). «Структурный анализ внутримембранной протеазы ромбовидного семейства выявляет механизм пропускания субстрата». Структурная и молекулярная биология природы . 13 (12): 1084–91. дои : 10.1038/nsmb1179 . ПМИД 17099694 . S2CID 8308111 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с Бен-Шем А., Фасс Д., Биби Э. (январь 2007 г.). «Структурные основы внутримембранного протеолиза ромбовидными сериновыми протеазами» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 104 (2): 462–6. Бибкод : 2007PNAS..104..462B . дои : 10.1073/pnas.0609773104 . ПМК 1766407 . ПМИД 17190827 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с Лемье М.Ю., Фишер С.Дж., Черный М.М., Бейтман К.С., Джеймс М.Н. (январь 2007 г.). «Кристаллическая структура ромбовидной пептидазы Haemophilus influenzae дает представление о внутримембранном протеолизе» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 104 (3): 750–4. Бибкод : 2007PNAS..104..750L . дои : 10.1073/pnas.0609981104 . ПМЦ 1783385 . ПМИД 17210913 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с Виноткумар КР (март 2011 г.). «Строение ромбовидной протеазы в липидном окружении» . Журнал молекулярной биологии . 407 (2): 232–47. дои : 10.1016/j.jmb.2011.01.029 . ПМЦ 3093617 . ПМИД 21256137 .
^ Лемберг М.К., Фриман М. (декабрь 2007 г.). «Разрезание белков внутри липидных бислоев: ромбовидная структура и механизм» . Молекулярная клетка . 28 (6): 930–40. doi : 10.1016/j.molcel.2007.12.003 . ПМИД 18158892 .
^ Jump up to: ^а ^б Мойн С.М., Урбан С. (ноябрь 2012 г.). «Погружение в мембрану позволяет ромбовидным протеазам достигать специфичности путем считывания динамики трансмембранных сегментов» . электронная жизнь . 1 : e00173. doi : 10.7554/eLife.00173 . ПМК 3494066 . ПМИД 23150798 .
^ Jump up to: ^а ^б Бейкер Р.П., Янг К., Фэн Л., Ши Ю, Урбан С. (май 2007 г.). «Ферментативный анализ ромбовидной внутримембранной протеазы предполагает, что трансмембранная спираль 5 выступает в качестве латеральных ворот субстрата» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 104 (20): 8257–62. дои : 10.1073/pnas.0700814104 . ЧВК 1895938 . ПМИД 17463085 .
^ Ван Ю, Маэгава С, Акияма Ю, Ха Ю (декабрь 2007 г.). «Роль петли L1 в механизме действия ромбовидной внутримембранной протеазы GlpG» . Журнал молекулярной биологии . 374 (4): 1104–13. дои : 10.1016/j.jmb.2007.10.014 . ПМК 2128867 . ПМИД 17976648 .
^ Бейкер Р.П., Урбан С. (сентябрь 2012 г.). «Архитектурные и термодинамические принципы, лежащие в основе функции внутримембранной протеазы» . Химическая биология природы . 8 (9): 759–68. дои : 10.1038/nchembio.1021 . ПМК 4028635 . ПМИД 22797666 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д Золл С., Станчев С., Беган Дж., Скерле Дж., Лепшик М., Пеклиновска Л., Майер П., Срисовский К. (октябрь 2014 г.). «Связывание с субстратом и специфичность ромбовидной внутримембранной протеазы, выявляемая структурами комплекса субстрат-пептид» . Журнал ЭМБО . 33 (20): 2408–21. дои : 10.15252/embj.201489367 . ПМЦ 4253528 . ПМИД 25216680 .
^ Сюэ Ю, Ха Ю (июнь 2013 г.). «Большое латеральное перемещение трансмембранной спирали S5 не требуется для доступа субстрата к активному центру ромбовидной внутримембранной протеазы» . Журнал биологической химии . 288 (23): 16645–54. дои : 10.1074/jbc.M112.438127 . ПМЦ 3675599 . ПМИД 23609444 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д Срисовский К., Шарп Х.Дж., Фриман М. (декабрь 2009 г.). «Последовательность-специфичный внутримембранный протеолиз: идентификация мотива узнавания в ромбовидных субстратах» . Молекулярная клетка . 36 (6): 1048–59. doi : 10.1016/j.molcel.2009.11.006 . ПМК 2941825 . ПМИД 20064469 .
^ «Отчет о генах FlyBase: Dmel\rho» . ФлайБейс . 13 апреля 2021 г. Проверено 8 июня 2021 г. Ларкин А., Мэриголд С.Дж., Антонаццо Дж., Аттрилл Х., Дос Сантос Дж., Гарапати П.В. и др. (январь 2021 г.). «FlyBase: обновления базы знаний Drosophila melanogaster » Исследования нуклеиновых кислот . 49 (Д1):D899–D907. дои : 10.1093/nar/gkaa1026 . ПМЦ 7779046 . ПМИД 33219682 .
^ Цруя Р., Войталла А., Кармон С., Йогев С., Райх А., Биби Е. и др. (март 2007 г.). «Ромбовидная мышца расщепляет Звезду, чтобы регулировать уровень секретируемого шпица» . Журнал ЭМБО . 26 (5): 1211–20. дои : 10.1038/sj.emboj.7601581 . ПМК 1817629 . ПМИД 17304216 .
^ Флейг Л., Бергболд Н., Сахасрабуде П., Гейгер Б., Калтак Л., Лемберг М.К. (август 2012 г.). «Убиквитин-зависимая внутримембранная ромбовидная протеаза способствует ERAD мембранных белков» . Молекулярная клетка . 47 (4): 558–69. doi : 10.1016/j.molcel.2012.06.008 . ПМИД 22795130 .
^ Акияма Ю., Маэгава С. (май 2007 г.). «Особенности последовательности субстратов, необходимых для расщепления GlpG, ромбовидной протеазой Escherichia coli». Молекулярная микробиология . 64 (4): 1028–37. дои : 10.1111/j.1365-2958.2007.05715.x . ПМИД 17501925 . S2CID 33930463 .
^ Дики С.В., Бейкер Р.П., Чо С., Урбан С. (декабрь 2013 г.). «Протеолиз внутри мембраны — это реакция с регулируемой скоростью, не обусловленная сродством к субстрату» . Клетка . 155 (6): 1270–81. дои : 10.1016/j.cell.2013.10.053 . ПМЦ 3917317 . ПМИД 24315097 .
^ Лангош Д., Шарнагль К., Штайнер Х., Лемберг М.К. (июнь 2015 г.). «Понимание внутримембранного протеолиза: от динамики белков к кинетике реакции». Тенденции биохимических наук . 40 (6): 318–27. дои : 10.1016/j.tibs.2015.04.001 . ПМИД 25941170 .
^ Срисовский К. (апрель 2013 г.). «Структурные и механистические принципы внутримембранного протеолиза - уроки ромбовидных мышц». Журнал ФЭБС . 280 (7): 1579–603. дои : 10.1111/февраль 12199 . ПМИД 23432912 . S2CID 6316872 .
^ Хафт Д.Х., Варгезе Н. (2011). «GlyGly-CTERM и ромбосортаза: сигнал обработки C-концевого белка в паре «многие к одному» с внутримембранной сериновой протеазой ромбовидного семейства» . ПЛОС ОДИН . 6 (12): e28886. Бибкод : 2011PLoSO...628886H . дои : 10.1371/journal.pone.0028886 . ПМЦ 3237569 . ПМИД 22194940 .
^ Пьерра О.А., Срисовский К., Христова Ю., Лардж Дж., Анселл К., Булок Н., Смильянич Э., Фриман М. (апрель 2011 г.). «Моноциклические β-лактамы являются селективными ингибиторами ромбовидных внутримембранных протеаз по механизму действия» . АКС Химическая биология . 6 (4): 325–35. дои : 10.1021/cb100314y . ПМК 3077804 . ПМИД 21175222 .
^ Лемберг М.К., Фриман М. (ноябрь 2007 г.). «Функциональные и эволюционные последствия расширенного геномного анализа ромбовидных внутримембранных протеаз» . Геномные исследования . 17 (11): 1634–46. дои : 10.1101/гр.6425307 . ПМК 2045146 . ПМИД 17938163 .
^ Jump up to: ^а ^б Зеттл М., Адрайн С., Срисовский К., Ластун В., Фриман М. (апрель 2011 г.). «Псевдопротеазы ромбовидного семейства используют механизм контроля качества ER для регулирования межклеточной передачи сигналов» . Клетка . 145 (1): 79–91. дои : 10.1016/j.cell.2011.02.047 . ПМК 3149277 . ПМИД 21439629 .
^ Адрайн С., Зеттл М., Христова Ю., Тейлор Н., Фриман М. (январь 2012 г.). «Передача сигналов фактора некроза опухоли требует, чтобы iRhom2 способствовал транспортировке и активации TACE» . Наука . 335 (6065): 225–8. Бибкод : 2012Sci...335..225A . дои : 10.1126/science.1214400 . ПМЦ 3272371 . ПМИД 22246777 .
^ Макилвейн Д.Р., Ланг П.А., Марецки Т., Хамада К., Охиши К., Мани С.К. и др. (январь 2012 г.). «Регуляция iRhom2 ТАСЕ контролирует TNF-опосредованную защиту от листерий и реакцию на ЛПС» . Наука . 335 (6065): 229–32. Бибкод : 2012Sci...335..229M . дои : 10.1126/science.1214448 . ПМК 4250273 . ПМИД 22246778 .
^ Христова Ю., Адрен С., Бэмбро П., Ибрагим А., Фриман М. (октябрь 2013 г.). «iRhoms млекопитающих выполняют различные физиологические функции, включая важную роль в регуляции TACE» . Отчеты ЭМБО . 14 (10): 884–90. дои : 10.1038/embor.2013.128 . ПМК 3807218 . ПМИД 23969955 .
^ Ли X, Марецки Т., Вескамп Г., Монетт С., Цин Х, Иссури П.Д. и др. (май 2015 г.). «iRhoms 1 и 2 являются важными вышестоящими регуляторами ADAM17-зависимой передачи сигналов EGFR» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 112 (19): 6080–5. Бибкод : 2015PNAS..112.6080L . дои : 10.1073/pnas.1505649112 . ПМЦ 4434755 . ПМИД 25918388 .
^ «Клан: Ромбовидные (CL0207)» . Пфам .
^ М. Сантос Дж., Грейндордж А., Солдати-Фавр Д. (2012). «Новый взгляд на ромбовидные протеазы паразитов» . Молекулярная и биохимическая паразитология . 182 (1–2). Эльзевир : 27–36. дои : 10.1016/j.molbiopara.2011.11.010 . ПМИД 22173057 .
^ Догга СК, Солдати-Фавр Д (декабрь 2016 г.). «Биология ромбовидных протеаз при инфекционных заболеваниях». Семинары по клеточной биологии и биологии развития . 60 . Эльзевир : 38–45. дои : 10.1016/j.semcdb.2016.08.020 . ПМИД 27567708 . S2CID 34820332 . п. 41: 2.3.1
^ Jump up to: ^а ^б Харсман А., Шнайдер А. (февраль 2017 г.). «Импорт митохондриального белка в трипаносомы: ждите неожиданностей» . Трафик . 18 (2). Уайли-Блэквелл : 96–109. дои : 10.1111/tra.12463 . ПМИД 27976830 . S2CID 206334512 . ^: 103

Дальнейшее чтение

Внешние ссылки

«Сводка по семейству S54 (семейство Ромбовидные)» . МЕРОПС .
«ЕС 3.4.21.105» . Экспаси . SIB Швейцарский институт биоинформатики.

[Vinothkumar_2013-1] Виноткумар К.Р., Пьеррат О.А., Лардж Дж.М., Фриман М. (июнь 2013 г.). «Структура ромбовидной протеазы в комплексе с ингибиторами β-лактамов определяет полость S2'» . Структура . 21 (6): 1051–8. дои : 10.1016/j.str.2013.03.013 . ПМЦ 3690538 . ПМИД 23665170 .

[2] Браун М.С., Йе Дж., Роусон Р.Б., Гольдштейн Дж.Л. (февраль 2000 г.). «Регулируемый внутримембранный протеолиз: механизм контроля, сохраняющийся от бактерий до человека» . Клетка . 100 (4): 391–8. дои : 10.1016/S0092-8674(00)80675-3 . ПМИД 10693756 . S2CID 12194770 .

[Urban_2001-3] Jump up to: ^а ^б ^с Урбан С., Ли-младший, Фриман М. (октябрь 2001 г.). «Дрозофила ромбовидная-1 определяет семейство предполагаемых внутримембранных сериновых протеаз» . Клетка . 107 (2): 173–82. дои : 10.1016/s0092-8674(01)00525-6 . ПМИД 11672525 . S2CID 9026083 .

[4] Лемберг М.К., Менендес Дж., Мисик А., Гарсия М., Кот К.М., Фриман М. (февраль 2005 г.). «Механизм внутримембранного протеолиза, исследованный с помощью очищенных ромбовидных протеаз» . Журнал ЭМБО . 24 (3): 464–72. дои : 10.1038/sj.emboj.7600537 . ПМЦ 548647 . ПМИД 15616571 .

[5] Урбан С., Вулф М.С. (февраль 2005 г.). «Восстановление внутримембранного протеолиза in vitro показывает, что чистого ромбоида достаточно для катализа и специфичности» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 102 (6): 1883–8. Бибкод : 2005ПНАС..102.1883У . дои : 10.1073/pnas.0408306102 . ПМК 548546 . ПМИД 15684070 .

[Freeman_2008-6] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час ^я ^дж Фриман М. (2008). «Ромбовидные протеазы и их биологические функции». Ежегодный обзор генетики . 42 : 191–210. дои : 10.1146/annurev.genet.42.110807.091628 . ПМИД 18605900 .

[Jürgens_1984-7] Юргенс Г., Вишаус Э., Нюссляйн-Фольхард С., Клудинг Х. (сентябрь 1984 г.). «Мутации, влияющие на рисунок личиночной кутикулы Drosophila melanogaster: II. Зиготические локусы на третьей хромосоме». Архив биологии развития Вильгельма Ру . 193 (5): 283–295. дои : 10.1007/BF00848157 . ПМИД 28305338 . S2CID 26608498 .

[Freeman_2014-8] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г Фриман М (2014). «Ромбовидное суперсемейство: молекулярные механизмы и биологическая роль» . Ежегодный обзор клеточной биологии и биологии развития . 30 : 235–54. doi : 10.1146/annurev-cellbio-100913-012944 . ПМИД 25062361 . S2CID 31705365 .

[Sturtevant_1993-9] Стертевант М.А., Роарк М., Бир Э. (июнь 1993 г.). «Ромбовидный ген дрозофилы опосредует локализованное образование жилок крыльев и генетически взаимодействует с компонентами сигнального пути EGF-R» . Гены и развитие . 7 (6): 961–73. дои : 10.1101/gad.7.6.961 . ПМИД 8504935 .

[10] Фриман М. (октябрь 1994 г.). «Ген шпица необходим для определения фоторецепторов в глазу дрозофилы, где он взаимодействует с рецептором EGF». Механизмы развития . 48 (1): 25–33. дои : 10.1016/0925-4773(94)90003-5 . ПМИД 7833286 . S2CID 40396109 .

[11] Вассерман Дж. Д., Урбан С., Фриман М. (июль 2000 г.). «Семейство ромбоподобных генов: ромбовидный-1 и рогоидный/ромбоидный-3 дрозофилы взаимодействуют, чтобы активировать передачу сигналов рецептора ЭФР» . Гены и развитие . 14 (13): 1651–63. дои : 10.1101/gad.14.13.1651 . ПМК 316740 . ПМИД 10887159 .

[12] Банг А.Г., Кинтнер С. (январь 2000 г.). «Ромбовидная форма и звезда облегчают презентацию и обработку гомолога TGF-альфа шпица дрозофилы» . Гены и развитие . 14 (2): 177–86. дои : 10.1101/gad.14.2.177 . ПМК 316351 . ПМИД 10652272 .

[Urban_2009-13] Jump up to: ^а ^б Урбан С (июнь 2009 г.). «Делаем разрез: центральная роль внутримембранного протеолиза у патогенных микроорганизмов» . Обзоры природы. Микробиология . 7 (6): 411–23. дои : 10.1038/nrmicro2130 . ПМК 2818034 . ПМИД 19421188 .

[14] Адрайн С., Срисовский К., Зеттл М., Ху Л., Лемберг М.К., Фриман М. (май 2011 г.). «Активация рецептора EGF млекопитающих ромбовидной протеазой RHBDL2» . Отчеты ЭМБО . 12 (5): 421–7. дои : 10.1038/embor.2011.50 . ПМК 3090019 . ПМИД 21494248 .

[15] Паскаль Дж.К., Браун К.Д. (апрель 2004 г.). «Внутримембранное расщепление эфрина B3 протеазой ромбовидного семейства человека, RHBDL2». Связь с биохимическими и биофизическими исследованиями . 317 (1): 244–52. дои : 10.1016/j.bbrc.2004.03.039 . ПМИД 15047175 .

[Lohi_2004-16] Лохи О., Урбан С., Фриман М. (февраль 2004 г.). «Различные механизмы распознавания субстратов ромбовидных мышц; тромбомодулин расщепляется ромбовидными мышцами млекопитающих» . Современная биология . 14 (3): 236–41. дои : 10.1016/j.cub.2004.01.025 . ПМИД 14761657 . S2CID 17760607 .

[17] Ченг Т.Л., Ву Ю.Т., Линь Х.И., Сюй Ф.К., Лю С.К., Чанг Б.И. и др. (декабрь 2011 г.). «Функции протеазы ромбовидного семейства RHBDL2 и тромбомодулина в заживлении ран» . Журнал исследовательской дерматологии . 131 (12): 2486–94. дои : 10.1038/jid.2011.230 . ПМИД 21833011 .

[18] Херлан М., Фогель Ф., Борнховд К., Нойперт В., Райхерт А.С. (июль 2003 г.). «Процессинг Mgm1 протеазой ромбовидного типа Pcp1 необходим для поддержания морфологии митохондрий и митохондриальной ДНК» . Журнал биологической химии . 278 (30): 27781–8. дои : 10.1074/jbc.m211311200 . ПМИД 12707284 .

[19] МакКиббан Г.А., Саурья С., Фриман М. (май 2003 г.). «Ремоделирование митохондриальной мембраны, регулируемое консервативной ромбовидной протеазой» . Природа . 423 (6939): 537–41. Бибкод : 2003Natur.423..537M . дои : 10.1038/nature01633 . ПМИД 12774122 . S2CID 4398146 .

[McQuibban_2006-20] МакКиббан Г.А., Ли-младший, Чжэн Л., Юсола М., Фриман М. (май 2006 г.). «Нормальная динамика митохондрий требует ромбоида-7 и влияет на продолжительность жизни дрозофилы и функцию нейронов» . Современная биология . 16 (10): 982–9. дои : 10.1016/j.cub.2006.03.062 . ПМИД 16713954 . S2CID 18751418 .

[Cipolat_2006-21] Jump up to: ^а ^б Циполат С., Рудка Т., Хартманн Д., Коста В., Сернелс Л., Краессертс К. и др. (июль 2006 г.). «Митохондриальный ромбовидный PARL регулирует высвобождение цитохрома с во время апоптоза посредством OPA1-зависимого ремоделирования крист» . Клетка . 126 (1): 163–75. дои : 10.1016/j.cell.2006.06.021 . ПМИД 16839884 . S2CID 6396519 .

[22] Чивитарезе А.Е., Маклин П.С., Карлинг С., Керр-Бейлс Л., Макмиллан Р.П., Пирс А. и др. (май 2010 г.). «Регуляция окислительной способности скелетных мышц и передачи сигналов инсулина с помощью митохондриальной ромбоидной протеазы PARL» . Клеточный метаболизм . 11 (5): 412–26. дои : 10.1016/j.cmet.2010.04.004 . ПМЦ 3835349 . ПМИД 20444421 .

[23] Уитворт А.Дж., Ли-младший, Хо В.М., Флик Р., Чоудхури Р., МакКиббан Г.А. (2008). «Ромбоид-7 и HtrA2/Omi действуют по общему пути с факторами болезни Паркинсона Pink1 и Parkin» . Модели и механизмы заболеваний . 1 (2–3): 168–74, обсуждение 173. doi : 10.1242/dmm.000109 . ПМК 2562193 . ПМИД 19048081 .

[Deas_2011-24] Деас Э., План-Фавро Х., Ганди С., Десмонд Х., Кьер С., Ло Ш. и др. (март 2011 г.). «Расщепление PINK1 в положении A103 митохондриальной протеазой PARL» . Молекулярная генетика человека . 20 (5): 867–79. дои : 10.1093/hmg/ddq526 . ПМК 3033179 . ПМИД 21138942 .

[25] Мейснер С., Лоренц Х., Вайхофен А., Селькое Д.Д., Лемберг М.К. (июнь 2011 г.). «Митохондриальная внутримембранная протеаза PARL расщепляет человеческий Pink1, чтобы регулировать трафик Pink1» . Журнал нейрохимии . 117 (5): 856–67. дои : 10.1111/j.1471-4159.2011.07253.x . ПМИД 21426348 .

[Bisio_2019-26] Jump up to: ^а ^б Бисио Х., Солдати-Фавр Д. (сентябрь 2019 г.). «Сигнальные каскады, управляющие входом и выходом из клеток-хозяев Toxoplasma gondii » . Ежегодный обзор микробиологии . 73 (1). Годовые обзоры : 579–599. doi : 10.1146/annurev-micro-020518-120235 . ПМИД 31500539 . S2CID 202405949 .

[McKerrow_2006-27] Jump up to: ^а ^б МакКерроу Дж. Х., Кэффри С., Келли Б., Локи П., Саджид М. (2006). «Протеазы при паразитарных заболеваниях». Ежегодный обзор патологии . 1 (1). Годовые обзоры : 497–536. doi : 10.1146/annurev.pathol.1.110304.100151 . ПМИД 18039124 .

[Urban_2003-28] Урбан С., Фриман М. (июнь 2003 г.). «Субстратная специфичность ромбовидных внутримембранных протеаз регулируется остатками, разрывающими спираль, в трансмембранном домене субстрата» . Молекулярная клетка . 11 (6): 1425–34. дои : 10.1016/s1097-2765(03)00181-3 . ПМИД 12820957 .

[29] Бейкер Р.П., Видетилака Р., Урбан С. (октябрь 2006 г.). «Две ромбовидные протеазы Plasmodium преимущественно расщепляют различные адгезины, участвующие во всех инвазивных стадиях малярии» . ПЛОС Патогены . 2 (10): е113. дои : 10.1371/journal.ppat.0020113 . ПМК 1599764 . ПМИД 17040128 .

[30] О'Доннелл Р.А., Хакетт Ф., Хауэлл С.А., Трик М., Страк Н., Крнайски З. и др. (сентябрь 2006 г.). «Внутримембранный протеолиз опосредует отщепление ключевого адгезина во время инвазии эритроцитов малярийным паразитом» . Журнал клеточной биологии . 174 (7): 1023–33. дои : 10.1083/jcb.200604136 . ПМК 2064393 . ПМИД 17000879 .

[31] Сантос Дж. М., Фергюсон Д. Д., Блэкман М. Дж., Солдати-Фавр Д. (январь 2011 г.). «Внутримембранное расщепление AMA1 заставляет токсоплазму переключаться с инвазивного на репликативный режим» . Наука . 331 (6016): 473–7. Бибкод : 2011Sci...331..473S . дои : 10.1126/science.1199284 . ПМИД 21205639 . S2CID 26806264 .

[32] Шринивасан П., Коппенс И., Джейкобс-Лорена М. (январь 2009 г.). «Особая роль ромбовидного плазмодия 1 в развитии паразитов и патогенезе малярии» . ПЛОС Патогены . 5 (1): e1000262. дои : 10.1371/journal.ppat.1000262 . ПМК 2607553 . ПМИД 19148267 .

[33] Лин Дж.В., Мейрелеш П., Пруденсио М., Энгельманн С., Анноура Т., Саджид М. и др. (апрель 2013 г.). «Анализ потери функции определяет жизненно важные и избыточные функции семейства ромбовидных протеаз Plasmodium» . Молекулярная микробиология . 88 (2): 318–38. дои : 10.1111/mmi.12187 . ПМИД 23490234 .

[34] Бакст Л.А., Бейкер Р.П., Сингх У., Урбан С. (июнь 2008 г.). «Ромбовидная протеаза Entamoeba histolytica с атипичной специфичностью расщепляет поверхностный лектин, участвующий в фагоцитозе и уклонении от иммунитета» . Гены и развитие . 22 (12): 1636–46. дои : 10.1101/gad.1667708 . ПМК 2428061 . ПМИД 18559479 .

[35] Стивенсон Л.Г., Срисовский К., Клеммер К.М., Бхатт С., Фриман М., Разер П.Н. (январь 2007 г.). «Ромбоидная протеаза AarA опосредует чувство кворума у Providencia stuartii путем активации TatA транслоказы-твинаргинина» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 104 (3): 1003–8. Бибкод : 2007PNAS..104.1003S . дои : 10.1073/pnas.0608140104 . ПМЦ 1783354 . ПМИД 17215357 .

[Wang_2006-36] Jump up to: ^а ^б ^с Ван Ю, Чжан Ю, Ха Ю (ноябрь 2006 г.). «Кристаллическая структура внутримембранной протеазы ромбовидного семейства». Природа . 444 (7116): 179–80. Бибкод : 2006Natur.444..179W . дои : 10.1038/nature05255 . ПМИД 17051161 . S2CID 4350345 .

[Wu_2006-37] Jump up to: ^а ^б ^с ^д Ву З, Ян Н., Фэн Л., Оберштейн А., Ян Х., Бейкер Р.П. и др. (декабрь 2006 г.). «Структурный анализ внутримембранной протеазы ромбовидного семейства выявляет механизм пропускания субстрата». Структурная и молекулярная биология природы . 13 (12): 1084–91. дои : 10.1038/nsmb1179 . ПМИД 17099694 . S2CID 8308111 .

[Ben-Shem_2007-38] Jump up to: ^а ^б ^с Бен-Шем А., Фасс Д., Биби Э. (январь 2007 г.). «Структурные основы внутримембранного протеолиза ромбовидными сериновыми протеазами» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 104 (2): 462–6. Бибкод : 2007PNAS..104..462B . дои : 10.1073/pnas.0609773104 . ПМК 1766407 . ПМИД 17190827 .

[Lemieux_2007-39] Jump up to: ^а ^б ^с Лемье М.Ю., Фишер С.Дж., Черный М.М., Бейтман К.С., Джеймс М.Н. (январь 2007 г.). «Кристаллическая структура ромбовидной пептидазы Haemophilus influenzae дает представление о внутримембранном протеолизе» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 104 (3): 750–4. Бибкод : 2007PNAS..104..750L . дои : 10.1073/pnas.0609981104 . ПМЦ 1783385 . ПМИД 17210913 .

[Vinothkumar_2011-40] Jump up to: ^а ^б ^с Виноткумар КР (март 2011 г.). «Строение ромбовидной протеазы в липидном окружении» . Журнал молекулярной биологии . 407 (2): 232–47. дои : 10.1016/j.jmb.2011.01.029 . ПМЦ 3093617 . ПМИД 21256137 .

[41] Лемберг М.К., Фриман М. (декабрь 2007 г.). «Разрезание белков внутри липидных бислоев: ромбовидная структура и механизм» . Молекулярная клетка . 28 (6): 930–40. doi : 10.1016/j.molcel.2007.12.003 . ПМИД 18158892 .

[Moin_2012-42] Jump up to: ^а ^б Мойн С.М., Урбан С. (ноябрь 2012 г.). «Погружение в мембрану позволяет ромбовидным протеазам достигать специфичности путем считывания динамики трансмембранных сегментов» . электронная жизнь . 1 : e00173. doi : 10.7554/eLife.00173 . ПМК 3494066 . ПМИД 23150798 .

[Baker_2007-43] Jump up to: ^а ^б Бейкер Р.П., Янг К., Фэн Л., Ши Ю, Урбан С. (май 2007 г.). «Ферментативный анализ ромбовидной внутримембранной протеазы предполагает, что трансмембранная спираль 5 выступает в качестве латеральных ворот субстрата» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 104 (20): 8257–62. дои : 10.1073/pnas.0700814104 . ЧВК 1895938 . ПМИД 17463085 .

[44] Ван Ю, Маэгава С, Акияма Ю, Ха Ю (декабрь 2007 г.). «Роль петли L1 в механизме действия ромбовидной внутримембранной протеазы GlpG» . Журнал молекулярной биологии . 374 (4): 1104–13. дои : 10.1016/j.jmb.2007.10.014 . ПМК 2128867 . ПМИД 17976648 .

[45] Бейкер Р.П., Урбан С. (сентябрь 2012 г.). «Архитектурные и термодинамические принципы, лежащие в основе функции внутримембранной протеазы» . Химическая биология природы . 8 (9): 759–68. дои : 10.1038/nchembio.1021 . ПМК 4028635 . ПМИД 22797666 .

[Zoll_2014-46] Jump up to: ^а ^б ^с ^д Золл С., Станчев С., Беган Дж., Скерле Дж., Лепшик М., Пеклиновска Л., Майер П., Срисовский К. (октябрь 2014 г.). «Связывание с субстратом и специфичность ромбовидной внутримембранной протеазы, выявляемая структурами комплекса субстрат-пептид» . Журнал ЭМБО . 33 (20): 2408–21. дои : 10.15252/embj.201489367 . ПМЦ 4253528 . ПМИД 25216680 .

[47] Сюэ Ю, Ха Ю (июнь 2013 г.). «Большое латеральное перемещение трансмембранной спирали S5 не требуется для доступа субстрата к активному центру ромбовидной внутримембранной протеазы» . Журнал биологической химии . 288 (23): 16645–54. дои : 10.1074/jbc.M112.438127 . ПМЦ 3675599 . ПМИД 23609444 .

[Strisovsky_2009-48] Jump up to: ^а ^б ^с ^д Срисовский К., Шарп Х.Дж., Фриман М. (декабрь 2009 г.). «Последовательность-специфичный внутримембранный протеолиз: идентификация мотива узнавания в ромбовидных субстратах» . Молекулярная клетка . 36 (6): 1048–59. doi : 10.1016/j.molcel.2009.11.006 . ПМК 2941825 . ПМИД 20064469 .

[FlyBase-rhomboid-suzukii-49] «Отчет о генах FlyBase: Dmel\rho» . ФлайБейс . 13 апреля 2021 г. Проверено 8 июня 2021 г. Ларкин А., Мэриголд С.Дж., Антонаццо Дж., Аттрилл Х., Дос Сантос Дж., Гарапати П.В. и др. (январь 2021 г.). «FlyBase: обновления базы знаний Drosophila melanogaster » Исследования нуклеиновых кислот . 49 (Д1):D899–D907. дои : 10.1093/nar/gkaa1026 . ПМЦ 7779046 . ПМИД 33219682 .

[Tsruya_2007-50] Цруя Р., Войталла А., Кармон С., Йогев С., Райх А., Биби Е. и др. (март 2007 г.). «Ромбовидная мышца расщепляет Звезду, чтобы регулировать уровень секретируемого шпица» . Журнал ЭМБО . 26 (5): 1211–20. дои : 10.1038/sj.emboj.7601581 . ПМК 1817629 . ПМИД 17304216 .

[51] Флейг Л., Бергболд Н., Сахасрабуде П., Гейгер Б., Калтак Л., Лемберг М.К. (август 2012 г.). «Убиквитин-зависимая внутримембранная ромбовидная протеаза способствует ERAD мембранных белков» . Молекулярная клетка . 47 (4): 558–69. doi : 10.1016/j.molcel.2012.06.008 . ПМИД 22795130 .

[pmid17501925-52] Акияма Ю., Маэгава С. (май 2007 г.). «Особенности последовательности субстратов, необходимых для расщепления GlpG, ромбовидной протеазой Escherichia coli». Молекулярная микробиология . 64 (4): 1028–37. дои : 10.1111/j.1365-2958.2007.05715.x . ПМИД 17501925 . S2CID 33930463 .

[53] Дики С.В., Бейкер Р.П., Чо С., Урбан С. (декабрь 2013 г.). «Протеолиз внутри мембраны — это реакция с регулируемой скоростью, не обусловленная сродством к субстрату» . Клетка . 155 (6): 1270–81. дои : 10.1016/j.cell.2013.10.053 . ПМЦ 3917317 . ПМИД 24315097 .

[pmid25941170-54] Лангош Д., Шарнагль К., Штайнер Х., Лемберг М.К. (июнь 2015 г.). «Понимание внутримембранного протеолиза: от динамики белков к кинетике реакции». Тенденции биохимических наук . 40 (6): 318–27. дои : 10.1016/j.tibs.2015.04.001 . ПМИД 25941170 .

[pmid23432912-55] Срисовский К. (апрель 2013 г.). «Структурные и механистические принципы внутримембранного протеолиза - уроки ромбовидных мышц». Журнал ФЭБС . 280 (7): 1579–603. дои : 10.1111/февраль 12199 . ПМИД 23432912 . S2CID 6316872 .

[56] Хафт Д.Х., Варгезе Н. (2011). «GlyGly-CTERM и ромбосортаза: сигнал обработки C-концевого белка в паре «многие к одному» с внутримембранной сериновой протеазой ромбовидного семейства» . ПЛОС ОДИН . 6 (12): e28886. Бибкод : 2011PLoSO...628886H . дои : 10.1371/journal.pone.0028886 . ПМЦ 3237569 . ПМИД 22194940 .

[Pierrat_2011-57] Пьерра О.А., Срисовский К., Христова Ю., Лардж Дж., Анселл К., Булок Н., Смильянич Э., Фриман М. (апрель 2011 г.). «Моноциклические β-лактамы являются селективными ингибиторами ромбовидных внутримембранных протеаз по механизму действия» . АКС Химическая биология . 6 (4): 325–35. дои : 10.1021/cb100314y . ПМК 3077804 . ПМИД 21175222 .

[Lemberg_2007-58] Лемберг М.К., Фриман М. (ноябрь 2007 г.). «Функциональные и эволюционные последствия расширенного геномного анализа ромбовидных внутримембранных протеаз» . Геномные исследования . 17 (11): 1634–46. дои : 10.1101/гр.6425307 . ПМК 2045146 . ПМИД 17938163 .

[Zettl_2011-59] Jump up to: ^а ^б Зеттл М., Адрайн С., Срисовский К., Ластун В., Фриман М. (апрель 2011 г.). «Псевдопротеазы ромбовидного семейства используют механизм контроля качества ER для регулирования межклеточной передачи сигналов» . Клетка . 145 (1): 79–91. дои : 10.1016/j.cell.2011.02.047 . ПМК 3149277 . ПМИД 21439629 .

[60] Адрайн С., Зеттл М., Христова Ю., Тейлор Н., Фриман М. (январь 2012 г.). «Передача сигналов фактора некроза опухоли требует, чтобы iRhom2 способствовал транспортировке и активации TACE» . Наука . 335 (6065): 225–8. Бибкод : 2012Sci...335..225A . дои : 10.1126/science.1214400 . ПМЦ 3272371 . ПМИД 22246777 .

[61] Макилвейн Д.Р., Ланг П.А., Марецки Т., Хамада К., Охиши К., Мани С.К. и др. (январь 2012 г.). «Регуляция iRhom2 ТАСЕ контролирует TNF-опосредованную защиту от листерий и реакцию на ЛПС» . Наука . 335 (6065): 229–32. Бибкод : 2012Sci...335..229M . дои : 10.1126/science.1214448 . ПМК 4250273 . ПМИД 22246778 .

[Christova_2013-62] Христова Ю., Адрен С., Бэмбро П., Ибрагим А., Фриман М. (октябрь 2013 г.). «iRhoms млекопитающих выполняют различные физиологические функции, включая важную роль в регуляции TACE» . Отчеты ЭМБО . 14 (10): 884–90. дои : 10.1038/embor.2013.128 . ПМК 3807218 . ПМИД 23969955 .

[63] Ли X, Марецки Т., Вескамп Г., Монетт С., Цин Х, Иссури П.Д. и др. (май 2015 г.). «iRhoms 1 и 2 являются важными вышестоящими регуляторами ADAM17-зависимой передачи сигналов EGFR» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 112 (19): 6080–5. Бибкод : 2015PNAS..112.6080L . дои : 10.1073/pnas.1505649112 . ПМЦ 4434755 . ПМИД 25918388 .

[64] «Клан: Ромбовидные (CL0207)» . Пфам .

[Santos-et-al-2012-65] М. Сантос Дж., Грейндордж А., Солдати-Фавр Д. (2012). «Новый взгляд на ромбовидные протеазы паразитов» . Молекулярная и биохимическая паразитология . 182 (1–2). Эльзевир : 27–36. дои : 10.1016/j.molbiopara.2011.11.010 . ПМИД 22173057 .

[Dogga-Soldati-Favre-2016-66] Догга СК, Солдати-Фавр Д (декабрь 2016 г.). «Биология ромбовидных протеаз при инфекционных заболеваниях». Семинары по клеточной биологии и биологии развития . 60 . Эльзевир : 38–45. дои : 10.1016/j.semcdb.2016.08.020 . ПМИД 27567708 . S2CID 34820332 . п. 41: 2.3.1

[Harsman_2017-67] Jump up to: ^а ^б Харсман А., Шнайдер А. (февраль 2017 г.). «Импорт митохондриального белка в трипаносомы: ждите неожиданностей» . Трафик . 18 (2). Уайли-Блэквелл : 96–109. дои : 10.1111/tra.12463 . ПМИД 27976830 . S2CID 206334512 . ^: 103

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

[ 19 ]

[ 20 ]

[ 21 ]

[ 22 ]

[ 23 ]

[ 24 ]

[ 25 ]

[ 26 ]

[ 27 ]

[ 28 ]

[ 29 ]

[ 30 ]

[ 31 ]

[ 32 ]

[ 33 ]

[ 34 ]

[ 35 ]

[ 36 ]

[ 37 ]

[ 38 ]

[ 39 ]

[ 40 ]

[ 41 ]

[ 42 ]

[ 43 ]

[ 44 ]

[ 45 ]

[ 46 ]

[ 47 ]

[ 48 ]

[ 49 ]

[ 50 ]

[ 51 ]

[ 52 ]

[ 53 ]

[ 54 ]

[ 55 ]

[ 56 ]

[ 57 ]

[ 58 ]

[ 59 ]

[ 60 ]

[ 61 ]

[ 62 ]

[ 63 ]

[ 64 ]

[ 65 ]

[ 66 ]

[ 67 ]

v т и Эндопептидазы : сериновые протеазы/сериновые эндопептидазы ( EC 3.4.21 ).
Digestive enzymes	Enteropeptidase Trypsin Chymotrypsin Elastase Neutrophil Pancreatic
Coagulation	factors: Thrombin Factor VIIa Factor IXa Factor Xa Factor XIa Factor XIIa Kallikrein PSA KLK1 KLK2 KLK3 KLK4 KLK5 KLK6 KLK7 KLK8 KLK9 KLK10 KLK11 KLK12 KLK13 KLK14 KLK15 fibrinolysis: Plasmin Plasminogen activator Tissue plasminogen activator Urinary plasminogen activator
Complement system	Factor B Factor D Factor I MASP MASP1 MASP2 C3-convertase
Other immune system	Chymase Granzyme Tryptase Proteinase 3/Myeloblastin
Venombin	Ancrod Batroxobin
Other	Acrosin Prolyl endopeptidase Pronase Proprotein convertases 1 2 Prostasin Reelin Subtilisin/Furin/S1P4 Sedolisin/TPP1 Streptokinase Cathepsin A G

v т и Ферменты
Activity	Active site Binding site Catalytic triad Oxyanion hole Enzyme promiscuity Diffusion-limited enzyme Cofactor Enzyme catalysis
Regulation	Allosteric regulation Cooperativity Enzyme inhibitor Enzyme activator
Classification	EC number Enzyme superfamily Enzyme family List of enzymes
Kinetics	Enzyme kinetics Eadie–Hofstee diagram Hanes–Woolf plot Lineweaver–Burk plot Michaelis–Menten kinetics
Types	EC1 Oxidoreductases (list) EC2 Transferases (list) EC3 Hydrolases (list) EC4 Lyases (list) EC5 Isomerases (list) EC6 Ligases (list) EC7 Translocases (list)