Семейство предшественников микроРНК mir-129

Семейство предшественников микроРНК mir-129
Семейство предшественников микроРНК mir-129
	Предсказанная вторичная структура и сохранение последовательности мир-129
Идентификаторы
Символ	мир-129
Рфам	RF00486
miRBase	MI0000252
семейство miRBase	МИПФ0000073
Другие данные
РНК Тип	Гены ; микроРНК
Домен(ы)	Эукариоты
ИДТИ	ПОЙДИТЕ: 0035195 ПОЙДИТЕ: 0035068
ТАК	ТАК: 0001244
PDB Структуры	ПДБе

Предшественник микроРНК miR-129 представляет собой небольшую некодирующую молекулу РНК, которая регулирует экспрессию генов . Эта микроРНК была впервые экспериментально охарактеризована на мышах. ^{[ 1 ]} гомологи с тех пор были обнаружены у нескольких других видов, таких как человек, ^{[ 2 ]} крысы ^{[ 3 ]} и рыбка данио . ^{[ 4 ]} Зрелая последовательность вырезается ферментом Dicer из 5'-плеча шпильки . Это было разъяснено Calin et al. что миР-129-1 расположена в хрупком участке генома человека рядом со специфическим участком FRA7H в хромосоме 7q32, который обычно удаляется при многих видах рака. миР-129-2 расположена в 11p11.2. ^{[ 5 ]}

Шаблоны выражений

миР-129, по-видимому, имеет тканеспецифичный паттерн экспрессии, локализованный в головном мозге нормальных людей. Первоначально это открытие было выявлено в результате экспериментов с микрочипами на тканях мышей (а точнее, на мозжечке). ^{[ 1 ]} что впоследствии было подтверждено профилированием экспрессии в тканях человека. Однако было обнаружено, что экспрессия в нормальной ткани головного мозга относительно низкая, и разные методологии экспериментов по профилированию дали разные результаты. Эти различия и низкий уровень обнаружения можно объяснить размером и сложностью человеческого мозга, а также тем фактом, что отдельные области мозга не тестировались индивидуально. ^{[ 6 ]}

Мишени миР-129

CDK6

Как и в случае со многими другими микроРНК, профиль экспрессии миР-129 меняется с началом рака. Во многих различных линиях опухолевых клеток, таких как рак желудка , медуллобластома и рак эндометрия , андеокарцинома легких и колоректальная карцинома, наблюдаются более низкие уровни миР-129, что указывает на то, что она может играть роль в подавлении роста клеток. Имеются данные, позволяющие предположить, что миР-129 напрямую нацелена на Cdk6 , циклинзависимую киназу 6 – регулятор клеточной пролиферации. Это связано с эффектом снижения регуляции миР-129 в раковых клетках, что приводит к их пролиферации. И наоборот, при избыточной экспрессии миР-129 пролиферация опухолевых клеток эндометрия значительно снижается за счет подавления регуляции Cdk6. ^{[ 7 ]}

SOX4

SOX4 , ген HMG box 4, связанный с SRY, — онкоген, регуляция которого, как известно, нарушается при ряде видов рака, является еще одной мишенью миР-129, в которой аберрантная регуляция миР-129 способствует пролиферации линий раковых клеток. SOX4 участвует в опосредовании транскрипционного ответа на передачу сигналов Wnt. При раке эндометрия и раке желудка установлена четкая связь между эпигенетической репрессией или потерей миР-129 и сверхэкспрессией SOX4. В экспериментах, где уровни миР-129 возвращались к норме в раковых клетках, экспрессия SOX4 снижалась. Кроме того, было высказано предположение, что гиперметилирование промотора миР-129-2 является основным фактором повышенной экспрессии SOX4 при некоторых типах рака. ^{[ 8 ]}^{[ 9 ]}

ГАЛНТ1

GALNT1 , N-ацетилгалактозаминилтрансфераза 1, участвующая в передаче сигналов TGF-β, является еще одной мишенью миР-129, которая была идентифицирована с помощью анализа люциферазы. Было замечено, что когда раковые клетки подвергались трансфекции предшественником миР-129, уровень GALNT1 впоследствии подавлялся за счет прямого нацеливания миР-129. Целевое наблюдение SOX4 также было подтверждено в этом исследовании. Эти результаты коррелируют с представлением о том, что высокие уровни миР-129 и низкие уровни SOX4 и GALNT1 коррелируют с прогрессированием раковых клеток. ^{[ 10 ]}

БТР и Раб11

Аденоматозный полипоз coli (APC), ген-супрессор опухоли, контролируемый передачей сигналов Wnt и участвующий в пролиферации, и Rab11 также были идентифицированы как мишени миР-129 в эксперименте RT-PCR профилей экспрессии плоскоклеточного рака пищевода человека (ESCC). . Это исследование показывает, что избыточная экспрессия миР-129 может играть роль в развитии ESCC. Это может быть связано с возможным подавлением путей передачи сигнала через APC и Rab11. ^{[ 11 ]}

EIF2C3 и CAMTA1

миР-129 также может играть роль в развитии гемопоэтических стволовых клеток. Было показано, что миР-129 может участвовать в сети развития стволовых клеток с EIF2C3 (эукариотический фактор инициации трансляции 2C, 3) и CAMTA1 (кальмодулин-связывающий активатор транскрипции 1) с индукцией клеточной дифференцировки. Предполагается, что миР-129 может влиять на дифференцировку и регуляцию клеточного цикла. ^{[ 12 ]} путем ингибирования трансляции CAMTA1. ^{[ 13 ]}

Клиническая значимость миР-129

Биомаркеры для диагностики

МикроРНК дали исследователям рака новую перспективу для понимания рака и борьбы с ним. Это связано с тем, что они производятся тканеспецифичным образом и их ролью во многих аспектах клеточных процессов, таких как пролиферация и апоптоз. Огромный объем экспериментальных данных позволил распознать определенные сигнатуры и профили микроРНК и, таким образом, использовать их в качестве потенциальных биомаркеров при диагностике рака, прогнозировании терапии и прогнозе.

миР-129 была идентифицирована как потенциальный кандидат для разработки в качестве диагностического биомаркера. Это связано с его неотъемлемой ролью, которую он играет в пролиферации клеток, и его многочисленными узнаваемыми, статистически значимыми и независимыми взаимодействиями с его мишенями, как наблюдалось по профилям экспрессии в исследовании, проведенном Ogawa et al. . ^{[ 11 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б Лагос-Кинтана, М; Раухут Р; Ялчин А; Мейер Дж; Лендекель В; Тушл Т (2002). «Идентификация тканеспецифичных микроРНК у мышей». Курр Биол . 12 (9): 735–739. дои : 10.1016/S0960-9822(02)00809-6 . hdl : 11858/00-001M-0000-0010-94EF-7 . ПМИД 12007417 . S2CID 7901788 .
^ Лагос-Кинтана М, Раухут Р, Мейер Дж, Боркхардт А, Тушл Т (2003). «Новые микроРНК мыши и человека» . РНК . 9 (2): 175–9. дои : 10.1261/rna.2146903 . ПМК 1370382 . ПМИД 12554859 .
^ Хэ Х, Чжан Ц, Лю Ю, Пан Х (2007). «Клонирование и идентификация новых микроРНК из гиппокампа крысы» . Acta Biochim Biophys Sin (Шанхай) . 39 (9): 708–14. дои : 10.1111/j.1745-7270.2007.00324.x . ПМИД 17805466 .
^ Чен П.Ю., Маннинга Х., Сланчев К., Чиен М., Руссо Дж.Дж., Джу Дж. и др. (2005). «Профили микроРНК развития рыбок данио, определенные путем клонирования малой РНК» . Генс Дев . 19 (11): 1288–93. дои : 10.1101/gad.1310605 . ПМЦ 1142552 . ПМИД 15937218 .
^ Калин Г.А., Севиньяни С., Думитру С.Д., Хислоп Т., Ноч Э., Йендамури С. и др. (2004). «Гены микроРНК человека часто располагаются в хрупких участках и участках генома, вовлеченных в развитие рака» . Proc Natl Acad Sci США . 101 (9): 2999–3004. Бибкод : 2004PNAS..101.2999C . дои : 10.1073/pnas.0307323101 . ПМЦ 365734 . ПМИД 14973191 .
^ Барад О., Мейри Э., Авниел А., Ааронов Р., Барзилай А., Бентвич И. и др. (2004). «Экспрессия микроРНК, обнаруженная с помощью олигонуклеотидных микрочипов: создание системы и профилирование экспрессии в тканях человека» . Геном Рез . 14 (12): 2486–94. дои : 10.1101/гр.2845604 . ПМК 534673 . ПМИД 15574827 .
^ Ву Дж, Цянь Дж, Ли С, Квок Л, Ченг Ф, Лю П и др. (2010). «МиР-129 регулирует пролиферацию клеток путем снижения экспрессии Cdk6» . Клеточный цикл . 9 (9): 1809–18. дои : 10.4161/cc.9.9.11535 . ПМИД 20404570 .
^ Шен Р., Пан С., Ци С., Линь Х., Ченг С. (2010). «Эпигенетическая репрессия микроРНК-129-2 приводит к сверхэкспрессии SOX4 при раке желудка». Биохимия Биофиз Рес Коммьюнити . 394 (4): 1047–52. дои : 10.1016/j.bbrc.2010.03.121 . ПМИД 20331975 .
^ Хуан Ю.В., Лю Дж.К., Детерадж Д.Э., Луо Дж., Матч Д.Г., Гудфеллоу П.Дж. и др. (2009). «Эпигенетическая репрессия микроРНК-129-2 приводит к сверхэкспрессии онкогена SOX4 при раке эндометрия» . Рак Рез . 69 (23): 9038–46. дои : 10.1158/0008-5472.CAN-09-1499 . ПМК 2789184 . ПМИД 19887623 .
^ Дирскьот Л., Остенфельд М.С., Брамсен Дж.Б., Силахтароглу А.Н., Лами П., Раманатан Р. и др. (2009). «Геномное профилирование микроРНК при раке мочевого пузыря: миР-129 связана с плохим исходом и способствует гибели клеток in vitro» . Рак Рез . 69 (11): 4851–60. дои : 10.1158/0008-5472.CAN-08-4043 . ПМИД 19487295 .
^ Jump up to: ^а ^б Огава Р., Исигуро Х., Кувабара И., Кимура М., Мицуи А., Катада Т. и др. (2009). «Профиль экспрессии микроРНК при плоскоклеточном раке пищевода человека с использованием RT-PCR». Мед Мол Морфол . 42 (2): 102–9. дои : 10.1007/s00795-009-0443-1 . ПМИД 19536617 . S2CID 7362568 .
^ Накатани К., Нисиока Дж., Итакура Т., Наканиси Ю., Хориноути Дж., Абэ Ю. и др. (2004). «Зависимая от клеточного цикла регуляция транскрипции кальмодулинсвязывающего активатора транскрипции 1 в клетках нейробластомы». Инт Джей Онкол . 24 (6): 1407–12. doi : 10.3892/ijo.24.6.1407 (неактивен 31 января 2024 г.). ПМИД 15138581 . {{cite journal}}: CS1 maint: DOI неактивен по состоянию на январь 2024 г. ( ссылка )
^ Ляо Р., Сунь Дж., Чжан Л., Лу Г., Чен М., Чжоу Д. и др. (2008). «МикроРНК играют роль в развитии гемопоэтических стволовых клеток человека». J Cell Biochem . 104 (3): 805–17. дои : 10.1002/jcb.21668 . ПМИД 18189265 . S2CID 23455398 .

Дальнейшее чтение

Лагос-Кинтана, М; Раухут Р; Мейер Дж; Боркхардт А; Тущль Т (2003). «Новые микроРНК мыши и человека» . РНК . 9 (2): 175–179. дои : 10.1261/rna.2146903 . ПМК 1370382 . ПМИД 12554859 .
Ву Дж, Цянь Дж, Ли С и др. (май 2010 г.). «МиР-129 регулирует пролиферацию клеток путем снижения экспрессии Cdk6» . Клеточный цикл . 9 (9): 1809–18. дои : 10.4161/cc.9.9.11535 . ПМИД 20404570 .
Дирскьот Л., Остенфельд М.С., Брамсен Дж.Б. и др. (июнь 2009 г.). «Геномное профилирование микроРНК при раке мочевого пузыря: миР-129 связана с плохим исходом и способствует гибели клеток in vitro» . Рак Рез . 69 (11): 4851–60. дои : 10.1158/0008-5472.CAN-08-4043 . ПМИД 19487295 .
Шен Р., Пан С., Ци С., Линь Х., Ченг С. (апрель 2010 г.). «Эпигенетическая репрессия микроРНК-129-2 приводит к сверхэкспрессии SOX4 при раке желудка». Биохим. Биофиз. Рез. Коммун . 394 (4): 1047–52. дои : 10.1016/j.bbrc.2010.03.121 . ПМИД 20331975 .
Хуан Ю.В., Лю Дж.К., Deatherage DE и др. (декабрь 2009 г.). «Эпигенетическая репрессия микроРНК-129-2 приводит к сверхэкспрессии онкогена SOX4 при раке эндометрия» . Рак Рез . 69 (23): 9038–46. дои : 10.1158/0008-5472.CAN-09-1499 . ПМК 2789184 . ПМИД 19887623 .
Гриффитс-Джонс С., Грокок Р.Дж., ван Донген С., Бейтман А., Энрайт А.Дж. (2006). «miRBase: последовательности микроРНК, мишени и номенклатура генов» . Нуклеиновые кислоты Рез . 34 (Проблема с базой данных): D140–4. дои : 10.1093/нар/gkj112 . ПМЦ 1347474 . ПМИД 16381832 .
Лим Л.П., Гласнер М.Э., Йекта С., Бердж CB, Бартель Д.П. (2003). «Гены микроРНК позвоночных». Наука . 299 (5612): 1540. doi : 10.1126/science.1080372 . ПМИД 12624257 . S2CID 37750545 .

Внешние ссылки

[first-1] Jump up to: ^а ^б Лагос-Кинтана, М; Раухут Р; Ялчин А; Мейер Дж; Лендекель В; Тушл Т (2002). «Идентификация тканеспецифичных микроРНК у мышей». Курр Биол . 12 (9): 735–739. дои : 10.1016/S0960-9822(02)00809-6 . hdl : 11858/00-001M-0000-0010-94EF-7 . ПМИД 12007417 . S2CID 7901788 .

[pmid12554859-2] Лагос-Кинтана М, Раухут Р, Мейер Дж, Боркхардт А, Тушл Т (2003). «Новые микроРНК мыши и человека» . РНК . 9 (2): 175–9. дои : 10.1261/rna.2146903 . ПМК 1370382 . ПМИД 12554859 .

[pmid17805466-3] Хэ Х, Чжан Ц, Лю Ю, Пан Х (2007). «Клонирование и идентификация новых микроРНК из гиппокампа крысы» . Acta Biochim Biophys Sin (Шанхай) . 39 (9): 708–14. дои : 10.1111/j.1745-7270.2007.00324.x . ПМИД 17805466 .

[pmid15937218-4] Чен П.Ю., Маннинга Х., Сланчев К., Чиен М., Руссо Дж.Дж., Джу Дж. и др. (2005). «Профили микроРНК развития рыбок данио, определенные путем клонирования малой РНК» . Генс Дев . 19 (11): 1288–93. дои : 10.1101/gad.1310605 . ПМЦ 1142552 . ПМИД 15937218 .

[pmid14973191-5] Калин Г.А., Севиньяни С., Думитру С.Д., Хислоп Т., Ноч Э., Йендамури С. и др. (2004). «Гены микроРНК человека часто располагаются в хрупких участках и участках генома, вовлеченных в развитие рака» . Proc Natl Acad Sci США . 101 (9): 2999–3004. Бибкод : 2004PNAS..101.2999C . дои : 10.1073/pnas.0307323101 . ПМЦ 365734 . ПМИД 14973191 .

[pmid15574827-6] Барад О., Мейри Э., Авниел А., Ааронов Р., Барзилай А., Бентвич И. и др. (2004). «Экспрессия микроРНК, обнаруженная с помощью олигонуклеотидных микрочипов: создание системы и профилирование экспрессии в тканях человека» . Геном Рез . 14 (12): 2486–94. дои : 10.1101/гр.2845604 . ПМК 534673 . ПМИД 15574827 .

[pmid20404570-7] Ву Дж, Цянь Дж, Ли С, Квок Л, Ченг Ф, Лю П и др. (2010). «МиР-129 регулирует пролиферацию клеток путем снижения экспрессии Cdk6» . Клеточный цикл . 9 (9): 1809–18. дои : 10.4161/cc.9.9.11535 . ПМИД 20404570 .

[pmid20331975-8] Шен Р., Пан С., Ци С., Линь Х., Ченг С. (2010). «Эпигенетическая репрессия микроРНК-129-2 приводит к сверхэкспрессии SOX4 при раке желудка». Биохимия Биофиз Рес Коммьюнити . 394 (4): 1047–52. дои : 10.1016/j.bbrc.2010.03.121 . ПМИД 20331975 .

[pmid19887623-9] Хуан Ю.В., Лю Дж.К., Детерадж Д.Э., Луо Дж., Матч Д.Г., Гудфеллоу П.Дж. и др. (2009). «Эпигенетическая репрессия микроРНК-129-2 приводит к сверхэкспрессии онкогена SOX4 при раке эндометрия» . Рак Рез . 69 (23): 9038–46. дои : 10.1158/0008-5472.CAN-09-1499 . ПМК 2789184 . ПМИД 19887623 .

[pmid19487295-10] Дирскьот Л., Остенфельд М.С., Брамсен Дж.Б., Силахтароглу А.Н., Лами П., Раманатан Р. и др. (2009). «Геномное профилирование микроРНК при раке мочевого пузыря: миР-129 связана с плохим исходом и способствует гибели клеток in vitro» . Рак Рез . 69 (11): 4851–60. дои : 10.1158/0008-5472.CAN-08-4043 . ПМИД 19487295 .

[pmid19536617-11] Jump up to: ^а ^б Огава Р., Исигуро Х., Кувабара И., Кимура М., Мицуи А., Катада Т. и др. (2009). «Профиль экспрессии микроРНК при плоскоклеточном раке пищевода человека с использованием RT-PCR». Мед Мол Морфол . 42 (2): 102–9. дои : 10.1007/s00795-009-0443-1 . ПМИД 19536617 . S2CID 7362568 .

[pmid15138581-12] Накатани К., Нисиока Дж., Итакура Т., Наканиси Ю., Хориноути Дж., Абэ Ю. и др. (2004). «Зависимая от клеточного цикла регуляция транскрипции кальмодулинсвязывающего активатора транскрипции 1 в клетках нейробластомы». Инт Джей Онкол . 24 (6): 1407–12. doi : 10.3892/ijo.24.6.1407 (неактивен 31 января 2024 г.). ПМИД 15138581 . {{cite journal}}: CS1 maint: DOI неактивен по состоянию на январь 2024 г. ( ссылка )

[pmid18189265-13] Ляо Р., Сунь Дж., Чжан Л., Лу Г., Чен М., Чжоу Д. и др. (2008). «МикроРНК играют роль в развитии гемопоэтических стволовых клеток человека». J Cell Biochem . 104 (3): 805–17. дои : 10.1002/jcb.21668 . ПМИД 18189265 . S2CID 23455398 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

v т и микроРНК Семейства предшественников
1-100	1 2 3 5 6 7 8/141/200 9/79 10 11 14 15 16 17 19 21 22 23 24 25 26 28 29 30 31 32 33 34 42 46/47/281 48 52 58 61 62 67 71 84 92 96
101-200	101 103/107 122 124 126 127 129 130 132 133 134 135 137 138 141 143 144 145 146 148/152 150 153 154 155 156 160 166 172 181 184 185 186 187 188 190 191 192/215 193 194 196 198 199 200
201-300	202 203 203а 205 208 210 212 214 216 218 219 221 223 224 241 275 277 278 279 281 282 296 299
301-400	301 305 322 326 330 331 337 338 339 340 344 345 346 350 351 361 363 365 367 370 374 383 384 390 394 395 396 397 398 399
401-500	403 408 423 425 430 431 432 433 434 444 448 449 451 452 454 455 474 484 488 489 491 492 497 498 500
501-600	503 504 505 506 529 535 541 542 544 548 549 550 552 558 562 569 572 575 580 584 589 590 592 598
601+	601 605 612 615 612 612 624 625 632 633 636 638 650 652 657 661 663 671 672 675 708 711 720 744 764 765 767 786 802 824 828 854 872 873 874 885 938 939 3180
Другой	БАРТ1 БАРТ2 БХРФ1-1 БХРФ1-2 БХРФ1-3 Лет-7 Лин-4 Лсы-6