предшественник микроРНК mir-29
| предшественник микроРНК mir-29 | |
|---|---|
 Предсказанная вторичная структура и сохранение последовательности мир-29 | |
| Идентификаторы | |
| Символ | мир-29 |
| Рфам | RF00074 |
| miRBase | MI0000087 |
| семейство miRBase | МИПФ0000009 |
| Другие данные | |
| РНК Тип | Гены ; микроРНК |
| Домен(ы) | Эукариоты |
| ИДТИ | ПОЙДИТЕ: 0035195 ПОЙДИТЕ: 0035068 |
| ТАК | ТАК: 0001244 |
| PDB Структуры | ПДБе |
Предшественник микроРНК миР -29 , или пре-миРНК, представляет собой небольшую молекулу РНК в форме петли или шпильки . Каждое плечо шпильки может быть преобразовано в одного члена близкородственного семейства коротких некодирующих РНК , которые участвуют в регуляции экспрессии генов . [ 1 ] Процессированные или «зрелые» продукты молекулы-предшественника известны как микроРНК (миРНК), и они были предсказаны или подтверждены у широкого круга видов ( см. «MIPF0000009» в miRBase: база данных микроРНК ).
обработка микроРНК
[ редактировать ]МикроРНК животных сначала транскрибируются как первичная молекула микроРНК. Эта «при-миРНК» может содержать одну или несколько шпилек-предшественников, которые освобождаются от при-миРНК с помощью ядерного фермента Дроша . Шпилька-предшественник, состоящая примерно из 70 нуклеотидов, экспортируется из ядра и впоследствии обрабатывается ферментом Dicer с образованием зрелой микроРНК длиной в среднем 22 нуклеотида. Любое плечо предшественника может давать зрелую РНК, хотя либо 3'-(3p), либо 5'-(5p) плечо преимущественно процессируется и загружается в РНК-индуцированный комплекс молчания в большинстве случаев (RISC). Что касается предшественника миР-29, 3'-плечо РНК-предшественника дает преобладающий продукт (миР-29 или миР-29-3p), хотя 5'-плечо (миР-29* или миР-29-5p) также было подтверждено экспериментально.
Семейство МиР-29
[ редактировать ]Геномы многих млекопитающих кодируют четыре близкородственных предшественника миР-29, которые транскрибируются в двух транскрипционных единицах. Например, человеческие miR-29a и miR-29b-1 процессируются из интрона длинного некодирующего транскрипта (LOC646329) хромосомы 7. miR-29b-2 (идентична по последовательности miR-29b-1) и miR -29c котранскрибируются с хромосомы 1. Три основные зрелые микроРНК, процессированные из этих предшественников, известны как hsa-miR-29a, hsa-miR-29b и hsa-miR-29c.
Анализ выживаемости по трем независимым наборам данных показывает, что hsa-miR-29c связан с выживаемостью при раке молочной железы. [ 2 ]
Мишени миР-29
[ редактировать ]Считается, что зрелые продукты выполняют регуляторную роль путем частичного комплементарного связывания с элементами распознавания микроРНК (MRE) в 3'-нетранслируемой области (3'-UTR) целевых транскриптов. Экспериментальные данные свидетельствуют о том, что предполагаемые мишени продуктов зрелой миР-29 включают следующее:
- Белок дифференцировки клеток миелолейкоза (MCL1), [ 3 ] антиапоптотический член семейства Bcl-2 . белков
- TCL1A (Т - клеточный лейкоз/лимфома 1) Онкоген , [ 4 ] Было обнаружено, что он нарушается при многих Т-клеточных лейкозах , а также при нарушенной регуляции злокачественных новообразований В-клеток.
- ДНК-метилтрансферазы DNMT3A и DNMT3B , активность которых часто повышается при раке легких . [ 5 ]
- Гомолог белка 36 цинковых пальцев (ZFP36), [ 6 ] также известный как тристетрапролин (ТТР), ген противовоспалительного и противоракового действия. [ 7 ]
- Фактор 4, связанный с рецептором фактора некроза опухоли (TRAF4), был идентифицирован как мишень миР-29 в В-клетках и как регулятор передачи сигналов CD40.
Недавно в попытке идентифицировать мишени на глобальном уровне с использованием количественной протеомики - SILAC подхода VDAC1 и VDAC2 были идентифицированы как мишени миР-29a в клетках HEK293T . [ 8 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Амброс V (декабрь 2001 г.). «микроРНК: крошечные регуляторы с огромным потенциалом» . Клетка . 107 (7): 823–6. дои : 10.1016/S0092-8674(01)00616-X . ПМИД 11779458 .
- ^ Ланчки, Андраш; Надь, Адам; Боттаи, Джулия; Мункачи, Дьёндьи; Сабо, Андраш; Сантарпия, Либеро; Дьерфи, Балаж (01 декабря 2016 г.). «miRpower: веб-инструмент для проверки микроРНК, связанных с выживанием, с использованием данных об экспрессии 2178 пациентов с раком молочной железы». Исследование и лечение рака молочной железы . 160 (3): 439–446. дои : 10.1007/s10549-016-4013-7 . ISSN 1573-7217 . ПМИД 27744485 . S2CID 11165696 .
- ^ Мотт Дж.Л., Кобаяши С., Бронк С.Ф., Горс Г.Дж. (сентябрь 2007 г.). «Мир-29 регулирует экспрессию белка Mcl-1 и апоптоз» . Онкоген . 26 (42): 6133–40. дои : 10.1038/sj.onc.1210436 . ПМЦ 2432524 . ПМИД 17404574 .
- ^ Пекарский Ю., Сантанам У., Чиммино А., Паламарчук А., Ефанов А., Максимов В., Волиния С., Алдер Х., Лю К.Г., Рассенти Л., Калин Г.А., Хаган Дж.П., Киппс Т., Кроче СМ (декабрь 2006 г.). «Экспрессия Tcl1 при хроническом лимфоцитарном лейкозе регулируется миР-29 и миР-181» (PDF) . Исследования рака . 66 (24): 11590–3. дои : 10.1158/0008-5472.CAN-06-3613 . ПМИД 17178851 .
- ^ Фаббри М, Гарсон Р, Чиммино А, Лю З, Занеси Н, Каллегари Е, Лю С, Алдер Х, Костинян С, Фернандес-Саймеринг С, Волиния С, Гулер Дж, Моррисон С.Д., Чан К.К., Маркуччи Г., Калин Г.А., Хюбнер К., Кроче CM (октябрь 2007 г.). «Семейство микроРНК-29 устраняет аберрантное метилирование при раке легких, воздействуя на ДНК-метилтрансферазы 3A и 3B» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 104 (40): 15805–10. дои : 10.1073/pnas.0707628104 . ПМК 2000384 . ПМИД 17890317 .
- ^ Гебешубер К.А., Затлукал К., Мартинес Дж. (апрель 2009 г.). «миР-29а подавляет тристетрапролин, который является регулятором полярности эпителия и метастазирования» . Отчеты ЭМБО . 10 (4): 400–5. дои : 10.1038/embor.2009.9 . ПМЦ 2672883 . ПМИД 19247375 .
- ^ Сандуха С., Бланко ФФ, Диксон Д.А. (2011). «Роль белков TTP и BRF в регулируемом распаде мРНК» . Междисциплинарные обзоры Wiley: РНК . 2 (1): 42–57. дои : 10.1002/wrna.28 . ПМК 3030256 . ПМИД 21278925 .
- ^ Баргадже Р., Гупта С., Саркешик А., Парк Р., Сюй Т., Саркар М., Халимани М., Рой СС, Йейтс Дж., Пиллаи Б. (2012). «Идентификация новых мишеней для миР-29а с использованием протеомики миРНК» . ПЛОС ОДИН . 7 (8): е43243. дои : 10.1371/journal.pone.0043243 . ПМЦ 3428309 . ПМИД 22952654 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]