предшественник микроРНК мир-2
| предшественник микроРНК мир-2 | |
|---|---|
 Предсказанная вторичная структура и сохранение последовательности мир-2 | |
| Идентификаторы | |
| Символ | я-2 |
| Рфам | RF00047 |
| miRBase | MI0000117 |
| семейство miRBase | МИПФ0000049 |
| Другие данные | |
| РНК Тип | Гены ; микроРНК |
| Домен(ы) | Эукариоты |
| ИДТИ | ПОЙДИТЕ: 0035195 ПОЙДИТЕ: 0035068 |
| ТАК | ТАК: 0001244 |
| PDB Структуры | ПДБе |
Семейство микроРНК mir-2 включает гены микроРНК mir-2 и mir-13 ( MIPF0000049 ). Мир-2 широко распространен у беспозвоночных и представляет собой крупнейшее семейство микроРНК у модельного вида Drosophila melanogaster . МикроРНК этого семейства производятся из 3'-плеча шпильки-предшественника. [ 1 ] Лиман и др. показали, что семейство miR-2 регулирует выживаемость клеток путем репрессии трансляции проапоптотических факторов. [ 2 ] На основе вычислительного прогнозирования целей была предложена роль в развитии и обслуживании нейронов. [ 1 ]
Распространение видов
[ редактировать ]Семейство мир-2 специфично для протостомов . [ 1 ] имеется 8 локусов У Drosophila melanogaster , связанных с mir-2 : mir-2a-1 , mir -2a-2 , mir-2b-1 , mir-2b-2 , mir-2c , mir-13a , mir-13b-1. и мир-13б-2 . [ 3 ] Геномы большинства других насекомых содержат пять локусов mir-2. [ 4 ] хотя численность других беспозвоночных варьируется. [ 1 ] Подсемейство Мир-13 возникло из последовательностей Мир-2 до облучения насекомых. [ 1 ]
Хотя mir-11 и mir-6 имеют последовательности, аналогичные микроРНК mir-2, они не связаны эволюционно. [ 1 ] и поэтому их не следует рассматривать как принадлежащие к одному и тому же семейству микроРНК.
Последовательности предшественников шпилек Mir-2 высококонсервативны, особенно в их 3'-плече, в котором первые 10 нуклеотидов идентичны всем членам семейства. Функциональные микроРНК mir-2 происходят из 3'-плеча предшественников, и большинство из них имеют одну и ту же точку процессинга Drosha . [ 1 ] [ 3 ] [ 5 ] Это означает, что последовательность семян практически одинакова во всех этих продуктах. [ 6 ] следовательно, они должны быть нацелены на одни и те же транскрипты.
МикроРНК Мир-2 у большинства насекомых организованы в большой кластер. Этот кластер обычно состоит из 5 членов семейства mir-2 плюс mir-71, эволюционно неродственной микроРНК. [ 1 ] [ 4 ] Количество последовательностей mir-2 различается среди линий беспозвоночных, хотя они остаются плотно сгруппированными в геноме. Заметное исключение наблюдалось у Drosophila melanogaster , у которой семейство mir-2 организовано в два кластера и два одиночных локуса. [ 3 ] Кроме того, микроРНК mir-7 была потеряна в линии Drosophila . [ 4 ]
Происхождение и эволюция
[ редактировать ]Семейство mir-2 возникло раньше последнего общего предка протостомов и с тех пор было связано с mir-71. [ 1 ] Эволюция мир-2 характеризуется последовательными расширениями за счет событий дупликации . Поскольку большинство паралогичных микроРНК сохраняют свою функцию, было высказано предположение, что в эволюции mir-2 доминирует динамика рождения и смерти, управляемая случайным дрейфом . [ 1 ]
Одна микроРНК mir-2 у дрозофилы , dme-miR-2a-2 [1] , представляет собой сдвиг на два нуклеотида относительно канонических продуктов других предшественников mir-2. [ 5 ] Это, вероятно, повлияет на функцию этой конкретной микроРНК. Этот функциональный сдвиг связан с изменением геномного распределения последовательностей mir-2 у дрозофилы . Функциональная диверсификация микроРНК может потребовать разрыва геномной связи между паралогами, вероятно, чтобы избежать совместной регуляции множества продуктов с помощью одних и тех же регуляторных последовательностей . [ 1 ]
У человеческого паразита Schistosoma mansoni весь кластер mir-71/mir-2 дублирован, и одна из копий находится в половой хромосоме . [ 7 ]
Мишени Мир-2/Мир-13
[ редактировать ]МикроРНК Mir-2 у дрозофилы специфически нацелены на три проапоптотических гена: rpr , grim и skl . [ 2 ] Репрессия rpr и grim с помощью Hox-гена ABD-B предотвращает апоптоз нервных клеток. [ 8 ] С другой стороны, компьютерное предсказание мишеней микроРНК показывает, что mir-2 может нацеливаться на нервные гены как у Drosophila , так и у Caenorhabditis elegans . [ 1 ] Все это предполагает консервативную роль mir-2 в развитии и поддержании нейронов. [ 1 ] Однако для подтверждения этой связи необходимы дальнейшие эксперименты.
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с д и ж г час я дж к л м Марко А., Хукс К., Гриффитс-Джонс С. (март 2012 г.). «Эволюция и функция расширенного семейства микроРНК миР-2» . Биология РНК . 9 (3): 242–8. дои : 10.4161/rna.19160 . ПМЦ 3384581 . ПМИД 22336713 .
- ^ Jump up to: а б Лиман Д., Чен П.Ю., Фак Дж., Ялчин А., Пирс М., Уннерстолл Ю., Маркс Д.С., Сандер С., Тушл Т., Галл Ю. (июль 2005 г.). «Антисмысловое истощение раскрывает важные и специфические функции микроРНК в развитии дрозофилы». Клетка . 121 (7): 1097–108. дои : 10.1016/j.cell.2005.04.016 . hdl : 11858/00-001M-0000-0012-EB54-F . ПМИД 15989958 . S2CID 2463749 .
- ^ Jump up to: а б с Руби Дж.Г., Старк А., Джонстон В.К., Келлис М., Бартель Д.П., Лай Э.К. (декабрь 2007 г.). «Эволюция, биогенез, экспрессия и целевые прогнозы существенно расширенного набора микроРНК дрозофилы» . Геномные исследования . 17 (12): 1850–64. дои : 10.1101/гр.6597907 . ПМК 2099593 . ПМИД 17989254 .
- ^ Jump up to: а б с Марко А., Хуэй Дж. Х., Роншауген М., Гриффитс-Джонс С. (2010). «Функциональные сдвиги в эволюции микроРНК насекомых» . Геномная биология и эволюция . 2 : 686–96. дои : 10.1093/gbe/evq053 . ПМЦ 2956262 . ПМИД 20817720 .
- ^ Jump up to: а б Ван X, Лю XS (2011). «Систематическое курирование аннотации miRBase с использованием интегрированных данных высокопроизводительного секвенирования малых РНК для C. elegans и Drosophila» . Границы генетики . 2 : 25. дои : 10.3389/fgene.2011.00025 . ПМЦ 3268580 . ПМИД 22303321 .
- ^ Бартель Д.П. (январь 2009 г.). «МикроРНК: целевое распознавание и регуляторные функции» . Клетка . 136 (2): 215–33. дои : 10.1016/j.cell.2009.01.002 . ПМЦ 3794896 . ПМИД 19167326 .
- ^ де Соуза Гомес М., Муньяппа М.К., Карвальо С.Г., Герра-Са Р., Спиллейн К. (август 2011 г.). «Полногеномная идентификация новых микроРНК и их генов-мишеней у паразита человека Schistosoma mansoni» . Геномика . 98 (2): 96–111. дои : 10.1016/j.ygeno.2011.05.007 . ПМИД 21640815 .
- ^ Мигель-Алиага I, Тор С (декабрь 2004 г.). «Сегмент-специфическое предотвращение апоптоза пионерских нейронов за счет клеточно-автономной постмитотической активности гена Hox». Разработка . 131 (24): 6093–105. дои : 10.1242/dev.01521 . ПМИД 15537690 .