Эукариотическая большая рибосомальная субъединица (60 -е годы)
Рибосомные частицы обозначаются в соответствии с их коэффициентами седиментации в единицах Сведберга . Субъединица 60 -х годов представляет собой большую субъединицу эукариотических рибосом 80 -х годов , причем другим основным компонентом является эукариотическая маленькая рибосомальная субъединица (40 -е годы) . Он структурно и функционально связан с субъединицей 50 -х годов годов прокариотических рибосомов 70 -х . [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] [ 6 ] Тем не менее, субъединица 60 -х годов намного больше, чем субъединица прокариотических 50 -х годов, и содержит много дополнительных сегментов белка, а также сегменты расширения рибосомальной РНК .
Общая структура
[ редактировать ]Характерные особенности большой субъединицы, показанной ниже в «Вид короны», включают в себя центральное выступление (CP) и два стебля, которые названы в соответствии с их компонентами бактериального белка (L1 Слева слева, как видно из раздела субъединицы и L7/L12 справа). Существует три сайта связывания для тРНК , A-сайт, P-сайт и E-сайт ( см. В статье о трансляции белка подробности ). Ядро субъединицы 60 -х годов образуется рибосомальной РНК 28S (сокращенно 28S рРНК), которая гомологична прокариотической рРНК , которая также способствует активному сайту ( пептидилтрансфераза , PTC) рибосомы. [ 2 ] [ 4 ] Ядро рРНК украшено десятками белков. На рисунке «кристаллическая структура рибосомальной субъединицы эукариотической 60S из T. thermophila » рибосомальное ядро РНК представлено в виде серой трубки, а сегменты расширения показаны красным. Белки, которые имеют гомологи у эукариот, археи и бактерий, показаны в виде синих лент. Белки, разделяемые только между эукариотами и археей, показаны в виде оранжевых лент, а белки, специфичные для эукариот, показаны в виде красных лент.
-
Субъединица 60S , просмотренная со стороны интерфейса субъединицы, идентификаторы PDB 4A17, 4A19
-
Субъединица 60S , просмотренная с воздействия на растворитель, идентификаторы PDB 4A17, 4A19
Рибосомные белки 60S
[ редактировать ]В таблице «Рибосомные белки 60 -х годов» показаны отдельные белковые складки субъединиц 60 -х годов, окрашенных в сохранение, как указано выше. Экспрессии эукариота, начиная от нескольких остатков или петлей до очень длинных альфа-спиралей и дополнительных доменов, выделены красным. [ 2 ]
Исторически, различные номенклатуры использовались для рибосомных белков. Например, белки были пронумерованы в соответствии с их миграционными свойствами в экспериментах с гель -электрофорезом . Следовательно, различные названия могут относиться к гомологичным белкам из разных организмов, в то время как идентичные имена не обязательно обозначают гомологичные белки. Таблица «Рибосомальные белки 60-х годов» пересекает упоминания человеческих рибосомных белков с дрожжами, бактериальными и архиальными гомологами. [ 7 ] Дополнительную информацию можно найти в базе данных генов рибосомного белка (RPG) . [ 7 ]
Структура (эукариотическая) [ 8 ] | H. Sapiens [ 7 ] [ 9 ] | Универсальное имя [ 10 ] | Аминокислоты [ 11 ] | Сохранение [ 12 ] | S. cerevisiae [ 13 ] | Бактериальный гомолог ( E. coli ) | Архаальный гомолог |
---|---|---|---|---|---|---|---|
![]() |
RPLP0 | Ультрафиолетовый | 318 | Eab | П. | L10 | L10 |
![]() |
Rpl3 | Уль3 | 404 | Eab | L3 | L3 | L3 |
![]() |
Rpl4 | Ультрагистрация | 428 | Eab | L4 | L4 | L4 |
![]() |
Rpl5 | UL18 | 298 | Eab | L5 | L18 | L18p |
![]() |
Rpl6 | el6 | 289 | И | 16 -й | n/a | n/a |
![]() |
Rpl7 | ультрагрированный | 254 | Eab | 19 -й | L30 | L30 |
![]() |
Rpl7a | el8 | 267 | Из | 18 | n/a | L7ae |
![]() |
Rpl8 | уль2 | 258 | Eab | L2 | L2 | L2 |
![]() |
Rpl9 | Уль6 | 193 | Eab | L9 | 16 -й | 16 -й |
![]() |
RPL10 | UL16 | 215 | Eab | L10 | L16 | L10E |
![]() |
Rpl11 | UL5 | Eab | L11 | L5 | L5 | |
![]() |
RPL13 | EL13 | Из | L13 | n/a | L13E | |
![]() |
RPL13A | UL13 | 204 | Eab | L16 | L13 | L13 |
![]() |
RPL14 | EL14 | 221 | Из | L14 | n/a | L14A |
![]() |
RPL15 | EL15 | 205 | Из | L15 | n/a | L15E |
![]() |
RPL17 | UL22 | 185 | Eab | L17 | L22 | L22 |
![]() |
RPL18 | EL18 | 189 | Из | L18 | n/a | L18E |
![]() |
RPL18A | EL20 | 177 | Из | L20 | n/a | LX |
![]() |
RPL19 | EL19 | 197 | Из | L19 | n/a | L19 |
![]() |
RPL21 | EL21 | 161 | Из | L21 | n/a | L21E |
![]() |
RPL22 , RPL22L1 | EL22 | 129 | И | L22 | n/a | n/a |
![]() |
RPL23 | UL14 | 141 | Eab | L23 | L14 | L14p |
![]() |
RPL23A | UL23 | 157 | Eab | L25 | L23 | L23 |
![]() |
RPL24 | EL24 | 158 | Из | L24 | n/a | L24E |
![]() |
RPL26 | UL24 | 146 | Eab | L26 | L24 | L24 |
![]() |
RPL27 | EL27 | 137 | И | L27 | n/a | n/a |
![]() |
Rpl27a | UL15 | 149 | Eab | L28 | L15 | L15 |
![]() |
RPL28 | EL28 | И | n/a [ 2 ] [ 3 ] [ 14 ] | n/a | n/a | |
![]() |
RPL29 | EL29 | И | L29 | n/a | n/a | |
![]() |
RPL30 | Эль | 116 | Из | L30 | n/a | L30E |
![]() |
RPL31 | EL31 | 126 | Из | L31 | n/a | L31E |
![]() |
RPL32 | EL32 | 136 | Из | L32 | n/a | L32E |
![]() |
RPL34 | EL34 | 118 | Из | L3 | n/a | L33E |
![]() |
RPL35 | UL29 | 124 | Eab | L35 | L29 | L29 |
![]() |
Rpl35a | EL33 | Из | L33 | n/a | L35ae | |
![]() |
RPL36 | EL36 | 106 | И | L36 | n/a | n/a |
![]() |
Rpl36a | EL42 | 107 | Из | L42 | n/a | L44E |
![]() |
RPL37 | EL37 | 98 | Из | L37 | n/a | L37E |
![]() |
Rpl37a | EL43 | Из | L43 | n/a | L37ae | |
![]() |
RPL38 | EL38 | Из | L38 | n/a | L38E | |
![]() |
RPL39 | EL39 | 52 | Из | L39 | n/a | L37ae |
![]() |
RPL40 | EL40 | 129 | Из | L40 | n/a | L40E |
Смотрите также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ 60S+Рибосома+субъединицы в Национальной библиотеке Медицинской библиотеки Медицинской библиотеки (сетка)
- ^ Jump up to: а беременный в дюймовый Klinge, S; Voigts-Hoffmann, F; Лейбундгут, м; Arpagaus, S; Бан, N (2011). «Кристаллическая структура рибосомной субъединицы эукариотической 60S в комплексе с фактором инициации 6». Наука . 334 (6058): 941–948. Bibcode : 2011sci ... 334..941K . doi : 10.1126/science.1211204 . PMID 22052974 . S2CID 206536444 .
- ^ Jump up to: а беременный Бен-Шем, а; Гарро; de Loubresse, n; Мельников, S; Дженнер, L; Юсупова, G; Юсупов, М (декабрь 2011 г.). «Структура эукариотической рибосомы при разрешении 3,0 Å» . Наука . 334 (6062): 1524–1529. Bibcode : 2011sci ... 334.1524b . doi : 10.1126/science.1212642 . PMID 22096102 . S2CID 9099683 .
- ^ Jump up to: а беременный Запрет, n; Nissen, P; Хансен, J; Мур, PB; Steitz, TA (август 2000). «Полная атомная структура большой рибосомальной субъединицы при 2,4 в разрешении». Наука . 289 (5481): 905–920. Bibcode : 2000sci ... 289..905b . doi : 10.1126/science.289.5481.905 . PMID 10937989 .
- ^ Кейт, JH; Юсупов, мм; Юсупова, Гз; Earnest, Tn; Ноллер, HF (сентябрь 1999). «Рентгеновские кристаллические структуры 70-х годов функциональных комплексов». Наука . 285 (5436): 2095–2104. doi : 10.1126/science.285.5436.2095 . PMID 10497122 .
- ^ Юсупов, мм; Юсупова, Гз; Baucom, A; Либерман, K; Earnest, Tn; Кейт, JH; Ноллер, HF (май 2001 г.). «Кристаллическая структура рибосомы при 5,5 разрешении» . Наука . 292 (5518): 883–896. Bibcode : 2001sci ... 292..883y . doi : 10.1126/science.1060089 . PMID 11283358 . S2CID 39505192 .
- ^ Jump up to: а беременный в Накао, а; Йошихама, м; Kenmochi, N (2004). «RPG: база данных гена рибосомного белка» . Нуклеиновые кислоты Res . 32 (90001): D168–70. doi : 10.1093/nar/gkh004 . PMC 308739 . PMID 14681386 .
- ^ Структура T. Термофила, белки из структур большой субъединицы PDBS 417, 4A19
- ^ Номенклатура в соответствии с базой данных генов рибосомного белка, применима к H. sapiens и T. thermophila
- ^ Бан, Ненад; Бекманн, Роланд; Кейт, Джейми HD; Динман, Джонатан Д; Дракон, Франсуа; Эллис, Стивен Р; LaFontaine, Denis LJ; Линдаль, Лассе; Лилджас, Андерс; Липтон, Джеффри М; McAlear, Michael A; Мур, Петр Б; Ноллер, Гарри Ф; Ортега, Хоакин; Пансе, Викрам Говинд; Рамакришнан, V; Спан, Кристиан Мт; Штейц, Томас А; Чорзевский, Марек; Tollervey, Дэвид; Уоррен, Алан Дж; Уильямсон, Джеймс Р; Уилсон, Даниэль; Йонат, Ада; Юсупов, Марат (2014). «Новая система для названия рибосомных белков» . Современное мнение в структурной биологии . 24 Elsevier BV: 165–169. doi : 10.1016/j.sbi.2014.01.002 . ISSN 0959-440x . PMC 4358319 . PMID 24524803 .
- ^ Йошихама, Маки; Уэхи, дорогой; Выше, Шуичи; Муж, Кросс (2002). Секвенирование . Исследование генома . 12 (3): 379–3 doi : 10.1101/g . PMC 155282 . PMID 11875025 .
- ^ Eab означает консервативные у эукариот, археи и бактерии, EA означает консервативный у эукариот и археи, а E означает эукариоте-специфический белок
- ^ Традиционно рибосомные белки были названы в соответствии с их кажущейся молекулярной массой в гелевом электрофорезе, что приводит к различным именам для гомологичных белков из разных организмов. RPG предлагает унифицированную номенклатуру для генов рибосомных белков на основе гомологии.
- ^ Rpl28 не имеет обнаруживаемого гомолога в дрожжах