Список модельных организмов
Это список модельных организмов, используемых в научных исследованиях.
Вирусы
[ редактировать ]Фаги (инфицирующие прокариоты):
- Вирус эшерихии Лямбда (Фаг лямбда)
- Phi X 174 , первый геном когда-либо секвенированный ДНК (круглый, длина 5386 пар оснований ), вскоре после генома РНК бактериофага MS2 (в 1976 году).
- Фаг Т4
Вирусы животных:
- СВ40
- Альфагерпесвирус человека ( вирус простого герпеса)
Вирусы растений:
Прокариоты
[ редактировать ]
Бактерии:
- Escherichia coli (E. coli), распространенная грамотрицательная кишечная бактерия, широко используемая в молекулярной генетике . Основной лабораторный штамм - «К-12».
- Bacillus subtilis , эндоспоры бактерия, образующая грамположительная . Основной лабораторный штамм – «168».
- Caulobacter crescentus , бактерия, которая делится на две отдельные клетки, используемая для изучения клеточной дифференцировки .
- Микоплазма гениталиум — минимальный организм.
- Aliivibrio fischeri , чувство кворума , биолюминесценция и животно-бактериальный симбиоз с гавайским кальмаром-бобтейлом .
- Bacteroides thetaiotaomicron , человека, разлагающий полисахариды представитель микробиоты кишечника , используемый для изучения функциональных аспектов микробиоты кишечника. [ 1 ]
- Synechocystis (в частности, PCC 6803 ), фотосинтезирующая цианобактерия, широко используемая в исследованиях фотосинтеза .
- Pseudomonas fluorescens , почвенная бактерия, которая легко размножается в различных штаммах в лаборатории.
- Azotobacter vinelandii , облигатный аэроб- диазотроф, используемый в исследованиях фиксации азота .
- Streptomyces coelicolor — почвенная нитчатая бактерия, используемая для производства многих клинически полезных антибиотиков . [ 2 ] [ 3 ]
Архея:
- Methanococcus и Methanosarcina , модельные метаногены , представляющие два метаболических типа гидрогенотрофизма и метилотрофизма. Метаногенез остается ключевой областью метаболических исследований. [ 4 ]
- Halobacterium salinarum и Haloferax volcanii , модель Haloarchaea . Первый имеет репутацию в области изучения репарации ДНК. Последний больше подходит для более традиционной генетики из-за более короткого времени генерации и более стабильного генома. Этот орден известен легкостью обновления генетических инструментов, а также устойчивостью к культурному загрязнению. [ 4 ]
- Thermococcus kodakarensis , Pyrococcus abyssi и Pyrococcus Furiosus являются моделями Thermococcales . Этот отряд известен своими уникальными метаболическими путями. [ 4 ]
- три представителя Sulfolobus : S. solfataricus PBL2025, S. Islandicus E322S и S. acidocaldarius являются В настоящее время моделями Sulfolobales . Белки этих термофильных бактерий легко кристаллизуются, что упрощает структурную работу. [ 4 ]
Эукариоты
[ редактировать ]Протисты
[ редактировать ]- Stentor coeruleus , используемый в молекулярной биологии (его геном секвенирован), [ 5 ] и изучается как модель регенерации одиночных клеток.
- Dictyostelium discoideum , используемый в молекулярной биологии и генетике (его геном секвенирован), изучается как пример клеточной коммуникации , дифференцировки и запрограммированной гибели клеток .
- Tetrahymena thermophila — свободноживущие пресноводные инфузорные простейшие .
- Naegleria gruberi , пресноводная непатогенная амебофлагеллята, иногда используемая в экспериментах по биологии эукариотических клеток.
- Emiliania huxleyi , одноклеточная морская кокколитофорная водоросль, широко изучаемая как модельный вид фитопланктона .
- Thalassiosira pseudonana , одноклеточная морская диатомовая водоросль, широко изучавшаяся как модель морской диатомовой водоросли с момента публикации ее генома в 2004 году.
Грибы
[ редактировать ]- Ashbya gossypii , возбудитель хлопчатника, объект генетических исследований (полярность, клеточный цикл).
- Aspergillus nidulans — плесени . объект генетических исследований
- Coprinus cinereus , гриб (генетические исследования развития грибов, генетические исследования мейоза ). [ 6 ]
- Cryptococcus neoformans — условно-патогенный микроорганизм человека.
- Neurospora crassa , апельсинового хлеба плесень (генетические исследования мейоза , регуляции обмена веществ и циркадного ритма ). [ 7 ]
- Pichia Pastoris (Komagataella phaffii), широко используется в биохимических исследованиях и промышленности в качестве системы экспрессии для производства белка, а также в генетических исследованиях.
- Rhizophagus нерегулярный , используемый для изучения арбускулярного микоризного симбиоза . [ 8 ] [ 9 ]
- Saccharomyces cerevisiae (пекарские дрожжи или почкующиеся дрожжи), используемые в пивоварении и выпечке.
- Коммуна Schizophyllum , модель грибообразования . [ 10 ]
- Schizosaccharomyces pombe , делящиеся дрожжи (клеточный цикл, полярность клеток, РНКи, структура и функция центромеры, транскрипция).
- Ustilago maydis , диморфные дрожжи и фитопатоген кукурузы (диморфизм, фитопатоген, транскрипция).
Растения
[ редактировать ]Сосудистые растения
[ редактировать ]
- Arabidopsis thaliana , на данный момент самое популярное модельное растение. Это травянистое двудольное растение семейства Brassicaceae, тесно связанное с горчичным растением . Его небольшой рост и короткое время генерации облегчают быстрые генетические исследования. [ 11 ] и было картировано множество фенотипических и биохимических мутантов. [ 11 ] Арабидопсис был первым растением, геном которого секвенировали . [ 11 ] Последовательность его генома, а также широкий спектр информации об арабидопсисе хранятся в базе данных TAIR . [ 11 ]
( Физиология растений , Биология развития , Молекулярная генетика , Популяционная генетика , Цитология , Молекулярная биология ) - Род Boechera сочетает в себе некоторые экспериментальные возможности и генетические инструменты, разработанные для его близкого родственника Arabidopsis, с практически ненарушенной естественной историей, что делает его многообещающей модельной системой для исследований на стыке генетики, геномики, экологии и эволюции. Род включает виды с редким признаком апомиксиса на диплоидном уровне. [ 12 ]
( Эволюционная экология , Популяционная генетика , Молекулярная экология , Эволюционная биология , Экологическая генетика ) - Selaginella moellendorffii , остаток древней линии сосудистых растений, который является ключом к пониманию эволюции наземных растений. Он имеет небольшой размер генома (~ 110 МБ), и его последовательность была опубликована Объединенным институтом генома в начале 2008 года ( Эволюционная биология , Молекулярная биология ).
- Brachypodium distachyon , новая экспериментальная модель травы, обладающая множеством свойств, которые делают ее превосходной моделью для злаков умеренного пояса. ( Агрономия , Молекулярная биология , Генетика )
- Setaria viridis , новая модельная трава для фотосинтеза C4 и родственные биоэнергетические травы. [ 13 ] [ 14 ]
- Lotus japonicus , модель бобовых, используемая для изучения симбиоза, ответственного за фиксацию азота . ( Агрономия , Молекулярная биология )
- Lemna gibba , быстрорастущее водное однодольное растение , одно из самых мелких цветковых растений. Анализы роста ряски используются для оценки токсичности химических веществ для растений в экотоксикологии . Поскольку его можно выращивать в чистой культуре , микробное воздействие можно исключить. Ряска используется в качестве рекомбинантной системы экспрессии для экономичного производства сложных биофармацевтических препаратов . Он также используется в образовании для демонстрации кривых роста населения .
- Zea mays L. (Кукуруза/кукуруза), зерно злаков. Это диплоидное однодольное растение с 10 крупными парами хромосом, легко изучаемое под микроскопом. Его генетические особенности, включая множество известных и картированных фенотипических мутантов и большое количество потомков от одного скрещивания (обычно 100–200), способствовали открытию транспозонов («прыгающих генов»). Многие маркеры ДНК были картированы, а геном секвенирован. ( Генетика , Молекулярная биология , Агрономия )
- Medicago truncatula , модель бобовых, близкородственная люцерне обыкновенной . Его довольно небольшой геном в настоящее время секвенируется. Его используют для изучения симбиоза, ответственного за фиксацию азота. ( Агрономия , Молекулярная биология )
- Mimulus Guttatus — модельный организм, используемый в исследованиях эволюционных и функциональных геномов. Род Mimulus включает c. Насчитывает 120 видов и относится к семейству Phrymaceae . несколько генетических ресурсов Для изучения этого рода было создано , некоторые из которых находятся в свободном доступе ( http://www.mimulusevolution.org ).
- Nicotiana benthamiana , модельный организм для изучения патогенов растений. [ 15 ]
- Nicotiana tabacum сорт. BY-2 (клетки табака BY-2) , суспензионных линия клеток табака ( Nicotiana tabacum ), полезная для исследований общей физиологии растений на клеточном уровне. Геном этого конкретного сорта не будет секвенирован в ближайшем будущем, но секвенирование его дикого вида Nicotiana tabacum в настоящее время продолжается. ( Цитология , Физиология растений , Биотехнология )
- Oryza sativa (рис) используется в качестве модели биологии злаков. У него один из самых маленьких геномов среди всех видов злаков, и секвенирование его генома завершено. [ 16 ] ( Агрономия , Молекулярная биология )
- Populus — род , используемый в качестве модели в лесной генетике и исследованиях древесных растений. Он имеет небольшой размер генома, очень быстро растет и легко трансформируется. Последовательность генома тополя черного ( Populus trichocarpa ) общедоступна. [ 17 ]
Другие архепластиды
[ редактировать ]- Chlamydomonas Reinhardtii , одноклеточная зеленая водоросль, используемая для изучения фотосинтеза , жгутиков и подвижности , регуляции обмена веществ , межклеточного распознавания и адгезии , реакции на недостаток питательных веществ и многих других тем. Генетика Chlamydomonas reinhardtii хорошо изучена, имеется множество известных и картированных мутантов и экспрессированных меток последовательностей, а также существуют передовые методы генетической трансформации и отбора генов. [ 18 ] О секвенировании генома Chlamydomonas Reinhardtii сообщалось в октябре 2007 года. [ 19 ] хламидомонады , существует центр генетического фонда В Университете Дьюка и международная группа по исследованию хламидомонады регулярно встречается для обсуждения результатов исследований. Хламидомонаду легко выращивать на недорогой питательной среде .
- Physcomitrella patens , мох , все чаще используется для исследований развития и молекулярной эволюции растений. [ 20 ] На данный момент это единственное бессосудистое растение (и, следовательно, единственное « примитивное » растение), геном которого полностью секвенирован. [ 20 ] Более того, в настоящее время это единственное наземное растение с эффективным нацеливанием на гены , позволяющим нокаутировать гены . [ 21 ] Полученные в результате нокаутирующие мхи хранятся и распространяются Международным центром запасов мха . ( Физиология растений , Эволюционная биология , Молекулярная генетика , Молекулярная биология )
- Marchantia polymorpha , печеночник , который также становится моделью биологии и развития растений.
Животные
[ редактировать ]Беспозвоночные
[ редактировать ]
- Amphimedon Queenslandica , демогубка из типа Porifera, используемая в качестве модели для эволюционной биологии развития и сравнительной геномики. [ 22 ]
- Arbacia punctulata , пурпурно-иглый морской еж , классический объект эмбриологических исследований.
- Аплизия , морской слизень, чья реакция на выброс чернил служит моделью в нейробиологии , а конусы роста служат моделью цитоскелетных перестроек.
- Branchiostoma floridae , вид, широко известный как амфиоксус или ланцетник из подтипа Cephalochordata типа Chordata, используемый в качестве модели для понимания эволюции нехордовых вторичноротых, беспозвоночных хордовых и позвоночных животных. [ 23 ]
- Caenorhabditis elegans , нематода , обычно называемая C. elegans. [ 24 ] - отличная модель для понимания генетического контроля развития и физиологии. C.elegans имеет фиксированное количество 1031 клеток. C. elegans был первым многоклеточным организмом, геном которого был полностью секвенирован.
- Callosobruchus maculatus , жук-брухид, используемый для изучения полового отбора и сексуальных конфликтов.
- Chorthippus Parallus (луговой кузнечик), используемый для изучения полового отбора и сексуальных конфликтов.
- Ciona интестиналис , морская асцидия
- Виды дафний. , мелкие планктонные ракообразные , высокочувствительные к загрязнению, используемые для оценки экологической токсичности химических веществ на водных беспозвоночных. [ 25 ]
- Coelopidae , водорослевые мухи, используемые для изучения полового отбора и сексуальных конфликтов.
- Diopsidae , стебелькоглазые мухи, используемые для изучения полового отбора и сексуальных конфликтов.
- Дрозофила , обычно вид Drosophila melanogaster — разновидность плодовой мушки , известная как объект генетических экспериментов Томаса Ханта Моргана и других. Легко выращивается в лаборатории, быстрое поколение, легко индуцируемые мутации, множество наблюдаемых мутаций. В последнее время дрозофилу стали использовать в нейрофармакологических исследованиях. [ 26 ] ( Молекулярная генетика , Популяционная генетика , Биология развития ) .
- Сколопы Euprymna (гавайский бобтейл-кальмар), модель аниматобактериального симбиоза , биолюминесцентные вибрионы.
- Galleria mellonella (большая восковая моль), личинки которой являются отличным модельным организмом для испытаний токсикологии и патогенности in vivo, заменяя в таких экспериментах использование мелких млекопитающих.
- Gryllus bimaculatus (полевой сверчок), используемый для изучения полового отбора и сексуальных конфликтов.
- Гидра , книдарий, является модельным организмом для понимания процессов регенерации и морфогенеза , а также эволюции двустороннего строения тела. [ 27 ]
- Loligo pealei , кальмар, является объектом изучения функции нервов из-за его гигантского аксона (диаметром около 1 мм, что примерно в тысячу раз больше, чем у типичных аксонов млекопитающих).
- Lymnaea stagnalis (большая прудовиковая улитка), широко используемый модельный моллюск для изучения биоминерализации, нейробиологии, экотоксикологии, полового отбора и асимметрии тела. [ 28 ]
- Macrostomum lignano — свободноживущий морской плоский червь, модельный организм для изучения стволовых клеток, регенерации, старения, функций генов и эволюции пола. Легко выращивается в лаборатории, короткое время генерации, неопределенный рост, сложное поведение. [ 29 ]
- Manduca sexta ( табачный роговой червь ), крупные гусеницы, являются отличным модельным организмом для изучения иммунитета in vivo и визуализации , заменяя мышей и крыс в таких экспериментах. [ 30 ] [ 31 ] [ 32 ]
- Mnemiopsis leidyi из типа Ctenophora (гребневик), используемый в качестве модели для эволюционной биологии развития и сравнительной геномики. [ 33 ] [ 34 ]
- Nematostella vectensis , актиния из типа Cnidaria, используемая в качестве модели для эволюционной биологии развития и сравнительной геномики. [ 35 ] [ 36 ]
- Ойкоплевра двудомная , [ 37 ] аппендикулярный ) , свободноплавающий оболочник (или урохордовый
- Ormia ochracea , тахинидная муха, используемая для изучения локализации звука. [ 38 ]
- Oscarella carmela , губка гомосклероморфная (тип Porifera ), используемая в качестве модели в эволюционной биологии развития. [ 39 ]
- Parhyale hawaiensis — ракообразное-амфипод, используемое в исследованиях эволюционного развития ( эво-дево ) с обширным набором инструментов для генетических манипуляций.
- Platynereis dumerilii — морской многощетинковый кольчатый червь, который эволюционировал очень медленно и поэтому сохранил многие наследственные черты. [ 40 ]
- Виды Podisma в Альпах используются для изучения полового отбора и сексуальных конфликтов.
- Pristionchus pacificus , круглый червь, используемый в эволюционной биологии развития в сравнительном анализе с C. elegans.
- Scaptomyza flava , травоядная минирующая муха, гнездящаяся у дрозофилы , и близкая родственница D. melanogaster . [ 41 ]
- Scathophaga stercoraria (желтая навозная муха), используемая для изучения полового отбора и сексуальных конфликтов.
- Schmidtea mediterranea (пресноводная планария), модель регенерации и развития таких тканей, как мозг и зародышевая линия.
- Стоматогастральный ганглий , различные виды членистоногих и модель генерации двигательных паттернов, наблюдаемая во всех повторяющихся движениях.
- Strongylocentrotus purpuratus (фиолетовый морской еж ), широко используемый в биологии развития.
- Symsagittifera roscoffensis , плоский червь , объект изучения развития двустороннего плана тела.
- Tribolium castaneum (мучный жук), маленький и простой в содержании чернотелок, используемый особенно в по поведенческой экологии. экспериментах
- Trichoplax adhaerens , простое свободноживущее животное из типа Placozoa, используемое в качестве модели в эволюционной биологии развития и сравнительной геномике. [ 42 ]
- Tubifex Tubefex , — олигохета используемая для оценки экологической токсичности химических веществ для водных и наземных червей. [ 43 ]
Позвоночные животные
[ редактировать ]
- Canis lupus familiris (Собака), важная модель дыхания и сердечно-сосудистой системы, также способствовала открытию классической обусловленности .
- Дикая кошка (Cat), используемая в нейрофизиологических исследованиях.
- Mustela Furo (Хорек), используемый в качестве модельного организма для изучения инфекции вируса гриппа А.
- Ambystoma mexicanum (Axolotl), используемая для изучения процессов регенерации и развития.
- Bombina Bombina и Bombina variegata , используемые для изучения полового отбора и сексуальных конфликтов.
- Anolis carolinensis (Carolina anole), используемый для изучения геномики рептилий.
- Gallus Gallus Domesticus (Курица), используется для исследований развития, поскольку является амниотой и отлично подходит для микроманипуляций (например, трансплантации тканей) и сверхэкспрессии генных продуктов.
- Sigmodon hispidus (Хлопковая крыса), ранее использовавшаяся в исследованиях полиомиелита.
- Mesocricetus auratus (золотой хомяк), впервые использованный для изучения кала-азара ( лейшманиоза ).
- Cavia porcellus (морская свинка), использовавшаяся Робертом Кохом и другими ранними бактериологами в качестве хозяина для бактериальных инфекций, отсюда и синоним «лабораторного животного», хотя сегодня он используется реже.
- Myotis lucifugus (Маленькая коричневая летучая мышь), использовавшаяся для доказательства существования эхолокации у летучих мышей в 1930-х годах, а также использовавшаяся в экспериментах по прогнозированию поведения летучих мышей, поскольку это надежный вид, имеющий типичные черты видов летучих мышей умеренного климата.
- Oryzias latipes (Медака, или японская рисовая рыба), важная модель в биологии развития, имеет то преимущество, что она намного выносливее, чем традиционные рыбки данио.
- Mus musculus (Мышь), классическая модель позвоночного. Существует множество инбредных линий, а также линии, отобранные по определенным признакам, часто представляющим этологический или медицинский интерес, например, размер тела, ожирение, мускулистость, произвольное при езде на колесе . поведение [ 44 ] ( Количественная генетика , Молекулярная эволюция , Геномика )
- Heterocephalus glaber (голый землекоп), изученный на предмет их характерной нечувствительности к боли, терморегуляции, устойчивости к раку, эусоциальности и долголетия.
- Nothobranchius Furzeri изучаются из-за их чрезвычайно короткой продолжительности жизни в исследованиях старения, болезней и эволюции.
- Astyanax mexicanus ( мексиканская тетра или слепая пещерная рыба ), изученная на предмет их быстрой конвергентной эволюции множества признаков в различных популяциях, включая трогломорфизм , циркадные ритмы и сон.
- Columba livia Domestica (Голубь), тщательно изучается в области когнитивных наук и интеллекта животных.
- Poecilia reticulata (гуппи), используемая для изучения полового отбора и сексуальных конфликтов.
- Rattus norvegicus (Крыса), особенно полезная в качестве токсикологической модели; также особенно полезен в качестве неврологической модели и источника первичных клеточных культур из-за большего размера органов и суборганеллярных структур по сравнению с мышью. ( Молекулярная эволюция , Геномика )
- Macaca mulatta (макака-резус или макака-резус), используемая для исследований инфекционных заболеваний и когнитивных функций .
- Petromyzon marinus (Морская минога), исследование спинного мозга
- Takifugu Rubripes (Takifugu, рыба-фугу ) имеет небольшой геном с небольшим количеством мусорной ДНК .
- Gasterosteus aculeatus (трехиглая колюшка), рыба, используемая для изучения этологии и поведенческой экологии.
- Xenopus тропический и Xenopus laevis (африканская шпорцевая лягушка), яйца и эмбрионы этих лягушек используются в биологии развития, клеточной биологии, токсикологии и нейробиологии. [ 45 ] [ 46 ]
- Taeniopygia guttata (зебровый зяблик), используемый при изучении певческой системы и певчих птиц немлекопитающих изучении слуховых систем .
- Danio rerio (рыба данио), пресноводная рыба с прозрачным телом на раннем этапе развития, что обеспечивает уникальный визуальный доступ к внутренней анатомии животного. Рыбки данио используются для изучения развития, токсикологии и токсикопатологии. [ 47 ] специфическая функция гена и роль сигнальных путей.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Дэниел Райан; Лаура Дженничес; Сара Райхардт; Ларс Барквист; Александр Вестерманн (16 июля 2020 г.). «Карта транскриптома высокого разрешения идентифицирует регуляцию метаболизма с помощью малых РНК у кишечного микроба Bacteroides thetaiotaomicron» . Природные коммуникации . 11 (1): 3557. Бибкод : 2020NatCo..11.3557R . дои : 10.1038/s41467-020-17348-5 . ПМЦ 7366714 . ПМИД 32678091 .
- ^ «Стрептомицеты целиколор» . Центр Джона Иннеса. Архивировано из оригинала 11 октября 2018 года . Проверено 13 апреля 2018 г.
- ^ Чжоу, Чжан; Ли, Ци; Тудык, Джули; Ли, Юн-Цюань; Ван, Юфэн (4–6 декабря 2011 г.). Регуляторные сети, связанные с сигма-фактором ECF, у Streptomyces colicolor A3(2) . Международный семинар IEEE 2011 г. по обработке геномных сигналов и статистике. Сан-Антонио , Техас, США: IEEE .
- ^ Jump up to: а б с д Ли, Джон А.; Альберс, Соня-Верена ; Атоми, Харуюки; Аллерс, Торстен (июль 2011 г.). «Модельные организмы для генетики в области архей: метаногены, галофилы, термококки и сульфобалы» . Обзоры микробиологии FEMS . 35 (4): 577–608. дои : 10.1111/j.1574-6976.2011.00265.x . ПМИД 21265868 .
- ^ Слабодник, Марк М.; Руби, Дж. Грэм; Рейфф, Сара Б.; Сварт, Стивен С.; Госай, Сагер; Прабакаран, Судхакаран; Витковска, Ева; Ларю, Грэм Э.; Фишер, Сьюзен; Фриман, Роберт М.; Гунавардена, Джереми; Это, Уильям; Стовер, Наоми А.; Грегори, Брайан Д.; Новацкий, Мариуш; Дериси, Джозеф; Рой, Скотт В.; Маршалл, Уоллес Ф.; Суд, Пранидхи (2017). «Макроядерный геном Stentor Coeruleus обнаруживает крошечные интроны в гигантской клетке» . Текущая биология 27 (4): 569–575. Бибкод : 2017CBio...27..569S . дои : 10.1016/j.cub.2016.12.057 . ПМЦ 5659724 . ПМИД 28190732 .
- ^ Кюс У (июнь 2000 г.). «История жизни и процессы развития базидиомицета Coprinus cinereus» . Микробиол. Мол. Биол. Откр. 64 (2): 316–53. дои : 10.1128/MMBR.64.2.316-353.2000 . ПМК 98996 . ПМИД 10839819 .
- ^ Дэвис, Роуленд Х. (2000). Нейроспора: вклад модельного организма . Оксфорд [Оксфордшир]: Издательство Оксфордского университета. ISBN 978-0-19-512236-7 .
- ^ Корнелл, Кальвин; Коккорис, Василис; Турку, Бьянка; Деттман, Джереми; Стефани, Франк; Корради, Николя (январь 2022 г.). «Арбускулярный микоризный гриб Rhizophagus ignores гармонизирует ядерную динамику в присутствии различных абиотических факторов». Грибковая генетика и биология . 158 : 103639. doi : 10.1016/j.fgb.2021.103639 . ПМИД 34800644 . S2CID 244421564 .
- ^ «Домой — Rhizophagus нерегулярный DAOM 181602 v1.0» . mycocosm.jgi.doe.gov . Проверено 25 мая 2023 г.
- ^ Ом, Р.; Де Йонг, Дж.; Лугонес, Л.; Аэртс, А.; Коте, Э.; Стаич, Дж.; Де Врис, Р.; Рекорд, Э.; Левассер, А.; Бейкер, SE; Варфоломей, К.А.; Коутиньо, премьер-министр; Эрдманн, С.; Фаулер, Ти Джей; Гатман, AC; Ломбард, В.; Генриссат, Б.; Кнабе, Н.; Кюс, У.; Лилли, WW; Линдквист, Э.; Лукас, С.; Магнусон, Дж. К.; Перья, ФО; Раудаскоски, М.; Саламов А.; Шмутц, Дж.; Шварце, F.W.M.R.; Ванкуйк, Пенсильвания; Хортон, Дж. С. (2010). «Последовательность генома модельного гриба Schizophyllum commune» . Природная биотехнология . 28 (9): 957–963. дои : 10.1038/nbt.1643 . ПМИД 20622885 .
- ^ Jump up to: а б с д Об арабидопсисе на странице информационного ресурса арабидопсиса ( TAIR )
- ^ Рашворт, К; и др. (2011). « Бехера , модельная система экологической геномики» . Молекулярная экология . 20 (23): 4843–57. дои : 10.1111/j.1365-294X.2011.05340.x . ПМЦ 3222738 . ПМИД 22059452 .
- ^ Брутнелл, Т; и др. (2010). «Setaria viridis: модель фотосинтеза C4» . Растительная клетка . 22 (8): 2537–44. дои : 10.1105/tpc.110.075309 . ПМК 2947182 . ПМИД 20693355 .
- ^ Цзян, Хуэй; Барбье, Хьюз; Брутнелл, Томас (2013). «Методы выполнения скрещиваний Setaria viridis , новой модельной системы трав» . Журнал визуализированных экспериментов (80): 50527. doi : 10.3791/50527 . ISSN 1940-087X . ПМЦ 3938206 . ПМИД 24121645 .
- ^ Гудин, Майкл; Дэвид Зейтлин; Раяпати Найду; Стивен Ломмел (август 2008 г.). «Nicotiana benthamiana: ее история и будущее как модель взаимодействия растений и патогенов» . Молекулярные растительно-микробные взаимодействия . 21 (8): 1015–1026. дои : 10.1094/MPMI-21-8-1015 . ПМИД 18616398 .
- ^ Чжоу, С.; Бехнер, MC; Плейс, М.; Чурас, КП; Пейп, Л.; Леонг, ЮАР; Руннхейм, Р.; Форрест, Дания; Гольдштейн, С.; Ливны, М.; Шварц, округ Колумбия (2007). «Подтверждение последовательности генома риса методом оптического картирования» . БМК Геномика . 8 : 278. дои : 10.1186/1471-2164-8-278 . ПМК 2048515 . ПМИД 17697381 .
- ^ « Populus trichocarpa (Тополь западный)» . Фитозом . Проверено 22 июля 2013 г.
- ^ «Ресурсы Chlamydomonas Reinhardtii в Объединенном институте генома» . Архивировано из оригинала 23 июля 2008 года . Проверено 1 февраля 2015 г.
- ↑ Секвенирование генома хламидомонады опубликовано в журнале Science, 12 октября 2007 г.
- ^ Jump up to: а б Ренсинг С.А., Ланг Д., Циммер А.Д. и др. (январь 2008 г.). «Геном Physcomitrella раскрывает эволюционное понимание завоевания суши растениями» . Наука . 319 (5859): 64–9. Бибкод : 2008Sci...319...64R . дои : 10.1126/science.1150646 . hdl : 11858/00-001M-0000-0012-3787-A . ПМИД 18079367 . S2CID 11115152 .
- ^ Рески, Ральф (1998). «Физкомитрелла и арабидопсис: Давид и Голиаф обратной генетики». Тенденции в науке о растениях . 3 (6): 209–210. дои : 10.1016/S1360-1385(98)01257-6 .
- ^ Шривастава, М.; Симаков О.; Чепмен, Дж.; Фэйи, Б.; Готье, МЭА; Митрос, Т.; Ричардс, Г.С.; Конако, К.; Дакр, М.; Хеллстен, Ю.; Ларру, К.; Патнэм, Нью-Хэмпшир; Станке, М.; Адамска, М.; Дарлинг, А.; Дегнан, С.М.; Окли, TH; Плачецкий, округ Колумбия; Чжай, Ю.; Адамски, М.; Кальчино, А.; Камминс, Сан-Франциско; Гудштейн, DM; Харрис, К.; Джексон, диджей; Лейс, СП ; Шу, С.; Вудкрофт, Би Джей; Верворт, М.; Косик, КС (2010). « Геном Amphimedon Queenslandica и эволюция сложности животных» . Природа . 466 (7307): 720–726. Бибкод : 2010Natur.466..720S . дои : 10.1038/nature09201 . ПМК 3130542 . ПМИД 20686567 .
- ^ Голландия, LZ ; Альбалат, Р.; Азуми, К.; Бенито-Гутьеррес, Э.; Блоу, MJ; Броннер-Фрейзер, М.; Брюне, Ф.; Баттс, Т.; Кандиани, С.; Дишоу, Эл Джей; Ферье, DEK; Гарсиа-Фернандес, Дж.; Гибсон-Браун, Джей Джей; Гисси, К.; Годзик, А.; Халльбёк, Ф.; Хиросе, Д.; Хосомичи, К.; Икута, Т.; Иноко, Х.; Касахара, М.; Касамацу, Дж.; Кавасима, Т.; Кимура, А.; Кобаяши, М.; Козьмик З.; Кубовава, К.; Лаудет, В.; Литтман, Г.В.; Макхарди, AC (2008). «Геном амфиоксуса проливает свет на происхождение позвоночных и биологию головохордовых» . Геномные исследования . 18 (7): 11.00–11.11. дои : 10.1101/гр.073676.107 . ПМЦ 2493399 . ПМИД 18562680 .
- ^ Риддл, Дональд Л. (1997). К. Элеганс II . Плейнвью, Нью-Йорк: Лабораторное издательство Колд-Спринг-Харбор. ISBN 978-0-87969-532-3 .
- ^ Мюллер Х.Г. (1982). «Чувствительность Daphnia magna straus к восьми химиотерапевтическим агентам и двум красителям». Бык. Окружающая среда. Контам. Токсикол . 28 (1): 1–2. дои : 10.1007/BF01608403 . ПМИД 7066538 . S2CID 38046915 .
- ^ Манев Х, Димитриевич Н, Дзитоева С (2003). «Методы: плодовые мухи как модели нейрофармакологических исследований». Тренды Фармакол. Наука . 24 (1): 41–3. дои : 10.1016/S0165-6147(02)00004-4 . ПМИД 12498730 .
- ^ Чепмен, Дж. А.; Киркнесс, Э.Ф.; Симаков О.; Хэмпсон, ЮВ; Митрос, Т.; Вайнмайер, Т.; Раттей, Т.; Баласубраманян, П.Г.; Борман, Дж.; Бусам, Д.; Дисбеннетт, К.; Пфанкох, К.; Сумин, Н.; Саттон, Дж.Г.; Вишванатан, LD; Валенц, Б.; Гудштейн, Д.М.; Хеллстен, Ю.; Кавасима, Т.; Прочник, С.Е.; Патнэм, Нью-Хэмпшир; Шу, С.; Блумберг, Б.; Дана, CE; Ну и дела, Л.; Киблер, Д.Ф.; Закон, Л.; Линдгенс, Д.; Мартинес, DE; и др. (2010). «Динамический геном гидры» . Природы . 464 (7288): 592–596. Бибкод : 2010Natur.464..592C . дои : 10.1038/nature08830 . ПМЦ 4479502 . ПМИД 20228792 .
- ^ Фодор, Стивен; Хусейн, Ахмед А.А.; Бенджамин, Пол Р.; Коэн, Йорис М; Пиргер, Жолт (16 июня 2020 г.). Кинг, Стюарт РФ; Роджерс, Питер; Ирисарри, Икер; Воронежская Елена Е; Кутельлек, Мари-Агнес (ред.). «Безграничный потенциал большой прудовиковой улитки Lymnaea stagnalis» . электронная жизнь 9 : е56962. дои : 10.7554/eLife.56962 . ISSN 2050-084X . ПМЦ 7297532 . ПМИД 32539932 .
- ^ Ладурнер, П; Шерер, Л; Салвенмозер, В; Ригер, Р. (2005). «Новый модельный организм среди низших Bilateria и использование цифровой микроскопии в таксономии мейобентосных Platyhelminthes: Macrostomum lignano , n.sp.(Rhabditophora, Macrostomorpha)» . Журнал зоологической систематики и эволюционных исследований . 43 (2): 114–126. дои : 10.1111/j.1439-0469.2005.00299.x . Архивировано из оригинала 5 января 2013 года.
- ^ Кошкина, Ольга; Райнбергер, Тимо; Флоке, Вера; Виндфельдер, Антон; Бувен, Паскаль; Хамельманн, Наоми М.; Паулюсс, Жос М.Дж.; Гойжевский, Юбер; Флёгель, Ульрих; Вурм, Фредерик Р. (19 июля 2023 г.). «Биоразлагаемые мицеллы полифосфоэфира действуют как безфоновые агенты для магнитно-резонансной томографии 31P, так и как наноносители лекарственных средств» . Природные коммуникации . 14 (1): 4351. doi : 10.1038/s41467-023-40089-0 . ISSN 2041-1723 . ПМЦ 10356825 . ПМИД 37468502 .
- ^ Виндфельдер, Антон Г.; Мюллер, Франк Х.Х.; Макларни, Бенедикт; Хентшель, Майкл; Берингер, Анна Кристина; фон Бредов, Кристоф-Рюдигер; Лейнбергер, Флориан Х.; Кампшульте, Мариан; Майер, Лоренц; фон Бредов, Иветт М.; Флаке, Вера; Мерцендорфер, Ганс; Кромбах, Габриэле А.; Вильчинскас, Андреас; Гримм, Ян (24 ноября 2022 г.). «Высокопроизводительный скрининг гусениц как платформа для изучения взаимодействия хозяина и микроба и кишечного иммунитета» . Природные коммуникации . 13 (1): 7216. doi : 10.1038/s41467-022-34865-7 . ISSN 2041-1723 . ПМК 9700799 . ПМИД 36433960 .
- ^ Виндфельдер, Антон Г.; Стейнбарт, Джессика; Флёгель, Ульрих; Шерберих, Ян; Кампшульте, Мариан; Кромбах, Габриэле А.; Вильчинскас, Андреас (июнь 2023 г.). «Количественный микротомографический атлас кишечника модельного насекомого чешуекрылых Manduca sexta» . iScience . 26 (6): 106801. doi : 10.1016/j.isci.2023.106801 . ISSN 2589-0042 . ПМЦ 10291339 . ПМИД 37378344 .
- ^ Панг, К.; Мартиндейл, MQ (2008). «Гребневики» . Современная биология . 18 (24): Р1119–Р1120. дои : 10.1016/j.cub.2008.10.004 . ПМИД 19108762 .
- ^ Райан, Дж. Ф.; Панг, К.; Программа сравнительного секвенирования; Малликин, Дж. К.; Мартиндейл, MQ; Баксеванис, А.Д.; Программа сравнительного секвенирования NISC (2010 г.). «Гомеодоменный состав гребневика Mnemiopsis leidyi предполагает, что Ctenophora и Porifera разошлись до ParaHoxozoa» . ЭвоДево . 1 (1): 9. дои : 10.1186/2041-9139-1-9 . ПМК 2959044 . ПМИД 20920347 .
- ^ Дарлинг, Дж.А.; Райтцель, Арканзас; Бертон, премьер-министр; Мацца, Мэн; Райан, Дж. Ф.; Салливан, Джей Си; Финнерти, младший (2005). «Восходящая стерлядь: звёздочка актиния Nematostella vectensis» Биоэссе 27 (2): 211–221. doi : 10.1002/bies.20181 . ПМИД 15666346 .
- ^ Патнэм, Нью-Хэмпшир; Шривастава, М.; Хеллстен, Ю.; Диркс, Б.; Чепмен, Дж.; Саламов А.; Терри, А.; Шапиро, Х.; Линдквист, Э.; Капитонов В.В.; Юрка, Дж.; Генихович Г.; Григорьев, ИВ; Лукас, С.М.; Стил, RE; Финнерти-младший; Технау, У.; Мартиндейл, MQ; Рохсар, Д.С. (2007). «Геном актиний раскрывает репертуар генов и геномную организацию предков эуметазоа» . Наука . 317 (5834): 86–94. Бибкод : 2007Sci...317...86P . дои : 10.1126/science.1139158 . ПМИД 17615350 . S2CID 9868191 .
- ^ Центр Appendularia в Международном центре морской молекулярной биологии Sars
- ^ Кейд, В. (26 декабря 1975 г.). «Акустически ориентирующие паразитоиды: фонотаксис от полета к песне сверчка». Наука . 190 (4221): 1312–1313. Бибкод : 1975Sci...190.1312C . дои : 10.1126/science.190.4221.1312 . ISSN 0036-8075 . S2CID 85233362 .
- ^ Ван, X.; Лавров, Д.В. (2006). «Митохондриальный геном гомосклероморфа Oscarella carmela (Porifera, Demospongiae) обнаруживает неожиданную сложность общего предка губок и других животных» . Молекулярная биология и эволюция . 24 (2): 363–373. дои : 10.1093/molbev/msl167 . ПМИД 17090697 .
- ^ Тессмар-Райбл, К.; Арендт, Д. (2003). «Новые системы: между позвоночными и членистоногими, Lophotrochozoa». Текущее мнение в области генетики и развития . 13 (4): 331–340. дои : 10.1016/s0959-437x(03)00086-8 . ПМИД 12888005 .
- ^ Уайтмен, Ной К.; Гроен, Саймон К.; Чеваско, Даниэла; Медведь, Эшли; Беквит, Нур; Грегори, Т. Райан; Дену, Карин; Маммарелла, Николь; Осубель, Фредерик М.; Пирс, Наоми Э. (13 ноября 2010 г.). «Изучение взаимодействия растений и травоядных с листоверткой Drosophila Arabidopsis» . Молекулярная экология . 20 (5): 995–1014. дои : 10.1111/j.1365-294x.2010.04901.x . ПМК 3062943 . ПМИД 21073583 .
- ^ Шривастава, М.; Бегович, Э.; Чепмен, Дж.; Патнэм, Нью-Хэмпшир; Хеллстен, Ю.; Кавасима, Т.; Куо, А.; Митрос, Т.; Саламов А.; Карпентер, ML; Синьорович, А.Ю.; Морено, Массачусетс; Камм, К.; Гримвуд, Дж.; Шмутц, Дж.; Шапиро, Х.; Григорьев, ИВ; Басс, ЛВ; Шируотер, Б.; Деллапорта, СЛ; Рохсар, Д.С. (2008). «Геном трихоплакса и природа плакозойных» (PDF) . Природа . 454 (7207): 955–960. Бибкод : 2008Natur.454..955S . дои : 10.1038/nature07191 . ПМИД 18719581 .
- ^ Рейнольдсон Т.Б., Томпсон С.П., Бэмси Дж.Л. (1991). «Биологический анализ осадка с использованием тубифицидного олигохетного червя Tubifex Tubefex». Окружающая среда. Токсикол. Хим . 10 (8): 1061–72. дои : 10.1002/etc.5620100811 .
- ^ Колб, Э.М.; Резенде, Эль; Холнесс, Л.; Радтке, А.; Ли, СК; Обенаус, А.; Гарланд-младший, Т. (2013). «Мыши, выведенные для произвольного бега по колесу, имеют более крупный средний мозг: подтверждение мозаичной модели эволюции мозга» . Журнал экспериментальной биологии . 216 (3): 515–523. дои : 10.1242/jeb.076000 . ПМИД 23325861 .
- ^ Уоллингфорд, Дж.; Лю, К.; Чжэн, Ю. (2010). «Ксеноп» . Современная биология . 20 (6): R263–4. дои : 10.1016/j.cub.2010.01.012 . ПМИД 20334828 .
- ^ Харланд, РМ; Грейнджер, РМ (2011). «Исследования Xenopus: метаморфизованные генетикой и геномикой» . Тенденции в генетике . 27 (12): 507–15. дои : 10.1016/j.tig.2011.08.003 . ПМК 3601910 . ПМИД 21963197 .
- ^ Шпицберген Дж. М., Кент М. Л. (2003). «Современное состояние модели рыбки данио для исследований в области токсикологии и токсикологической патологии - преимущества и текущие ограничения» . Токсикол Патол . 31 (Приложение): 62–87. дои : 10.1080/01926230390174959 . ЧВК 1909756 . ПМИД 12597434 .