Коллаген, тип XIII, альфа 1

COL13A1
Идентификаторы
Псевдонимы	COL13A1 , COLXIIIA1, CMS19, коллаген типа XIII альфа 1, цепь коллагена типа XIII альфа 1
Внешние идентификаторы	Опустить : 120350 ; МГИ : 1277201 ; Гомологен : 22421 ; Генные карты : COL13A1 ; OMA : COL13A1 — ортологи
showМестоположение гена ( человек ) Chr. Chromosome 10 (human) Band 10q22.1 Start 69,801,880 bp End 69,964,275 bp
showМестоположение гена ( Мышь ) Chr. Chromosome 10 (mouse) Band 10 32.29 cM|10 B4 Start 61,674,015 bp End 61,814,887 bp
show экспрессии РНК Характер Bgee Human Mouse (ortholog) Top expressed in cerebellar hemisphere right hemisphere of cerebellum periodontal fiber tibia corpus epididymis ascending aorta cerebellar vermis tail of epididymis popliteal artery tibial arteries Top expressed in Meckel's cartilage left lung lobe body of femur mandibular molars calvaria fossa right lung right lung lobe Gonadal ridge efferent ductule More reference expression data BioGPS More reference expression data
showГенная онтология Molecular function heparin binding protein binding extracellular matrix structural constituent extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength Cellular component integral component of membrane extracellular region plasma membrane collagen endoplasmic reticulum lumen membrane cell-cell junction collagen type XIII trimer synapse postsynaptic membrane cell junction extracellular space extracellular matrix collagen-containing extracellular matrix Biological process collagen catabolic process multicellular organism development cell differentiation cell-matrix adhesion extracellular matrix organization endochondral ossification cell adhesion ossification morphogenesis of a branching structure cell-cell adhesion Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи Разновидность Человек Мышь Входить 1305 12817 Вместе ENSG00000197467 ENSMUSG00000058806 ЮниПрот Q5TAT6 Q9R1N9 RefSeq (мРНК) showНМ_001130103 НМ_005203 НМ_080798 НМ_080799 НМ_080800 NM_080801 NM_080802 NM_080803 NM_080804 NM_080805 NM_080806 NM_080807 NM_080808 NM_080809 NM_080810 NM_080811 NM_080812 NM_080813 NM_080814 NM_080815 NM_001320951 NM_001368882 NM_001368883 NM_001368884 NM_001368885 NM_001368886 NM_001368895 NM_001368896 NM_001368897 NM_001368898 НМ_007731 НМ_001304757 RefSeq (белок) showНП_001123575 НП_001307880 НП_542988 НП_542990 НП_542991 NP_542992 NP_542995 NP_001355811 NP_001355812 NP_001355813 NP_001355814 NP_001355815 NP_001355824 NP_001355825 NP_001355826 NP_001355827 НП_001291686 НП_031757 Местоположение (UCSC) Чр 10: 69,8 – 69,96 Мб Чр 10: 61,67 – 61,81 Мб в PubMed Поиск
Викиданные
Просмотр/редактирование человека Просмотр/редактирование мыши

Цепь коллагена альфа-1(XIII) представляет собой белок , который у человека кодируется COL13A1 геном .

Этот ген кодирует альфа-цепь одного из нефибриллярных коллагенов. Функция этого генного продукта неизвестна, однако он обнаружен на низких уровнях во всех клетках, продуцирующих соединительную ткань, поэтому он может выполнять общую функцию в соединительных тканях. В отличие от большинства коллагенов, секретируемых во внеклеточный матрикс, коллаген XIII содержит трансмембранный домен, а белок локализован на плазматической мембране. Транскрипты этого гена подвергаются сложному и обширному сплайсингу с участием как минимум восьми экзонов. Как и другие коллагены, коллаген XIII представляет собой тример; неизвестно, состоит ли этот тример из одного или более чем одного изомера альфа-цепи. ряд альтернативно сплайсированных Описан вариантов транскриптов, но полноразмерная природа некоторых из них не определена. Коллаген XIII принадлежит к трансмембранному подсемейству коллагенов, подобно коллагену XVII , XXIII и XXV .

Дальнейшее чтение

• Ювонен М., Пихлажаниеми Т. (1992). «Охарактеризация спектра альтернативного сплайсинга транскриптов коллагена альфа 1 (XIII) в клетках HT-1080 и ткани свода черепа привела к идентификации двух ранее неидентифицированных последовательностей альтернативного сплайсинга, одного ранее неидентифицированного экзона и девяти новых вариантов мРНК» . Ж. Биол. Хим . 267 (34): 24693–9. дои : 10.1016/S0021-9258(18)35820-4 . ПМИД   1447209 .
• Ювонен М., Сандберг М., Пихлажаниеми Т. (1992). «Закономерности экспрессии шести альтернативно сплайсированных экзонов, влияющих на структуры доменов COL1 и NC2 цепи коллагена альфа 1(XIII) в тканях и клеточных линиях человека» . Ж. Биол. Хим . 267 (34): 24700–7. дои : 10.1016/S0021-9258(18)35821-6 . ПМИД   1447210 .
• Пихлажаниеми Т., Тамминен М. (1990). «Цепь альфа-1 коллагена типа XIII состоит из трех коллагеновых и четырех неколлагеновых доменов, а ее первичный транскрипт подвергается сложному альтернативному сплайсингу» . Ж. Биол. Хим . 265 (28): 16922–8. дои : 10.1016/S0021-9258(17)44849-6 . ПМИД   1698771 .
• Тикка Л., Эломаа О., Пихлажаниеми Т., Трюггвасон К. (1991). «Ген коллагена альфа-1 (XIII) человека. Множественные формы транскриптов гена генерируются посредством сложного альтернативного сплайсинга нескольких коротких экзонов» . Ж. Биол. Хим . 266 (26): 17713–9. дои : 10.1016/S0021-9258(19)47430-9 . ПМИД   1894651 .
• Тикка Л., Пихлажаниеми Т., Хентту П. и др. (1988). «Структура гена альфа-1-цепи короткоцепочечного коллагена человека (тип XIII) с альтернативно сплайсированными транскриптами и кодоном терминации трансляции на 5'-конце последнего экзона» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 85 (20): 7491–5. Бибкод : 1988PNAS...85.7491T . дои : 10.1073/pnas.85.20.7491 . ПМЦ   282217 . ПМИД   2459707 .
• Показывает ТБ, Тикку Л., Байерса М.Г. и др. (1989). «Присвоение гена цепи человеческого коллагена альфа 1 (XIII) (COL13A1) участку q22 хромосомы 10». Геномика . 5 (1): 128–33. дои : 10.1016/0888-7543(89)90096-7 . ПМИД   2767682 .
• Пихлажаниеми Т., Мюллиля Р., Сейер Дж. и др. (1987). «Частичная характеристика низкомолекулярного человеческого коллагена, подвергающегося альтернативному сплайсингу» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 84 (4): 940–4. Бибкод : 1987PNAS...84..940P . дои : 10.1073/pnas.84.4.940 . ПМК   304335 . ПМИД   3547403 .
• Ювонен М., Пихлажаниеми Т., Аутио-Хармайнен Х. (1994). «Расположение и альтернативный сплайсинг РНК коллагена XIII типа в ранней плаценте человека». Лаб. Инвестируйте . 69 (5): 541–51. ПМИД   8246446 .
• Хэгг П., Рен М., Хухтала П. и др. (1998). «Коллаген типа XIII идентифицирован как белок плазматической мембраны» . Ж. Биол. Хим . 273 (25): 15590–7. дои : 10.1074/jbc.273.25.15590 . ПМИД   9624150 .
• Квист А.П., Латванлехто А., Сунд М. и др. (1999). «Полная экзон-интронная организация и хромосомное расположение гена мышиного коллагена XIII типа (col13a1) и сравнение с его человеческим гомологом». Матрица Биол . 18 (3): 261–74. дои : 10.1016/S0945-053X(99)00018-9 . ПМИД   10429945 .
• Нюквист П., Ту Х., Иваска Дж. и др. (2000). «Четкое распознавание подтипов коллагена интегринами альфа (1) бета (1) и альфа (2) бета (1). Альфа (1) бета (1) опосредует адгезию клеток к коллагену типа XIII» . Ж. Биол. Химия 275 (11): 8255–61. дои : 10.1074/jbc.275.11.8255 . ПМИД   10713152 .
• Сандберг-Лалл М., Хэгг П.О., Вальстрем И., Пихлажаниеми Т. (2000). «Коллаген типа XIII широко экспрессируется в глазах взрослого и развивающегося человека и особенно выражен в цилиарной мышце, зрительном нерве и нервной сетчатке». Эксп. Глазное разрешение . 70 (4): 401–10. дои : 10.1006/exer.1998.0826 . ПМИД   10865988 .
• Ту Х., Сасаки Т., Снеллман А. и др. (2002). «Эктодомен коллагена типа XIII представляет собой стержень длиной 150 нм и способен связываться с фибронектином, нидогеном-2, перлеканом и гепарином» . Ж. Биол. Хим . 277 (25): 23092–9. дои : 10.1074/jbc.M107583200 . ПМИД   11956183 .
• Латванлехто А, Снеллман А, Ту Х, Пихлажаниеми Т (2003). «Коллаген типа XIII и некоторые другие трансмембранные коллагены содержат два отдельных спирально-спиральных мотива, которые могут функционировать как независимые домены олигомеризации» . Ж. Биол. Хим . 278 (39): 37590–9. дои : 10.1074/jbc.M305974200 . ПМИД   12832406 .