Наука в открытой тетради
Наука с открытыми блокнотами — это практика размещения всей первичной записи исследовательского проекта в публичном доступе в Интернете по мере ее записи. Это предполагает размещение личного или лабораторного блокнота исследователя в Интернете вместе со всеми необработанными и обработанными данными, а также любыми связанными с ними материалами по мере их создания. Этот подход можно охарактеризовать лозунгом «никакой инсайдерской информации». Это логический крайний вариант прозрачных подходов к исследованиям, который явно включает в себя предоставление доступа к неудачным, менее значимым и неопубликованным экспериментам; так называемые «темные данные». [1] Практика открытых тетрадей, хотя и не является нормой в академическом сообществе, в последнее время привлекла значительное внимание в исследованиях. [2] [3] и вообще [1] [4] СМИ как часть общей тенденции к более открытым подходам в исследовательской практике и издательской деятельности. Таким образом, науку об открытых блокнотах можно охарактеризовать как часть более широкого движения за открытую науку , которое включает пропаганду и принятие публикаций в открытом доступе , открытых данных , краудсорсинга данных и гражданской науки . Частично это вдохновлено успехом программного обеспечения с открытым исходным кодом. [5] и опирается на многие его идеи.
История
[ редактировать ]Термин «наука с открытой тетрадью». [6] Впервые был использован в 2006 году в блоге Жан-Клода Брэдли доцента химии в Университете Дрекселя , в то время . Брэдли описал науку с открытой тетрадью следующим образом: [7]
... есть URL-адрес лабораторного блокнота, который находится в свободном доступе и индексируется в обычных поисковых системах. Он не обязательно должен выглядеть как бумажный блокнот, но важно, чтобы вся информация, доступная исследователям для формулирования выводов, была в равной степени доступна остальному миру.
— Жан-Клод Брэдли
Практикующие
[ редактировать ]Активный
[ редактировать ]Экспериментальный (в алфавитном порядке по фамилии)
[ редактировать ]- Алед Эдвардс и его коллеги, Университет Торонто. [8]
- Рэйчел Хардинг, [9] [10] постдокторант Консорциума структурной геномики Университета Торонто (SGC) .
- блог на http://labscribbles.com/
- Твиттер @labscribbles
- Зенодо https://zenodo.org/search?f=author&p=Rachel%20Harding&ln=en
«Команда ученых-новаторов из SGC теперь делится своими лабораторными записями в Интернете» . [11] [12] [13]
- Николас Дж. ЛаСорт, [14] Постдокторант FDA в области беспроводного сосуществования.
- Тамара Майури [15]
- блог на https://raytruantlab.wordpress.com/
- Твиттер @tam_maiuri
- Зенодо https://zenodo.org/search?page=1&size=20&q=mauri
- Питер Мюррей-Раст , [16] Кембридж, Великобритания.
- Энтони Сальваньо, [17] Доктор философии, директор по образованию #SciFund Challenge.
- Мэтью Х. Тодд, Малярия с открытым исходным кодом, [18] [19] [20] Университетский колледж Лондона (Todd Group).
- Научный вызов «Открытая тетрадь» [21]
- Инициатива цифровых ботанических садов (DBGI), доступная по адресу http://www.dbgi.org/dendron-dbgi/.
Теоретический
[ редактировать ]- Тобиас Дж. Осборн [22]
- Карл Беттигер, Теория и компьютерное моделирование в экологии и эволюции. [23] [24]
- Дрор Бар-Натан [25]
- Андрес Г. Саравиа, [26] к.ф.-м.н. студентка Синвестав-Мериды .
- Дэниел Химмельштейн, возглавлявший Project Rephetio — исследование по перепрофилированию лекарств , в котором использовались GitHub и Thinklab для научных исследований и совместной работы в режиме открытого блокнота в режиме реального времени. [27]
В архиве (в алфавитном порядке по фамилии)
[ редактировать ]- Бригитта Блэк [28] ), кандидат физико-математических наук. студент лаборатории Коха в Университете Нью-Мексико.
- Жан-Клод Брэдли [29]
- Иеремия Фейт [30]
- Надежда Фернандес-Оропеза, [31] Биомедицинская инженерия, доктор философии. студент лаборатории Коха в Университете Нью-Мексико.
- Майк Лоуренс
- Линь Ле, [32] бакалавр физики и выпускник лаборатории Коха в Университете Нью-Мексико.
- Энди Мэлони, [33] постдокторант-исследователь в лаборатории Смита Техасского университета. доктор философии в лаборатории Коха Университета Нью-Мексико (2011 г.) [34] [35]
- Кэмерон Нейлон [36]
- Алехандро Тамайо [37]
- Происхождение и эволюция гриппа [38]
Периодический (образовательный)
[ редактировать ]- Младшая физическая лаборатория (307L) Университета Нью-Мексико [39]
Частично открытые/псевдооткрытые блокноты
[ редактировать ]Это инициативы, более открытые, чем традиционные лабораторные тетради, но в них отсутствует ключевой компонент для полной открытой науки. Обычно доступ к записной книжке предоставляется лишь частично или предоставляется со значительной задержкой. [40]
- Научная сеть открытых ноутбуков [41] — это сеть блогов WordPress, предназначенная для создания и поддержки индивидуальных/лабораторных записных книжек. По состоянию на январь 2018 года в этой группе насчитывается 126 активных участников. [42]
- Протоколпедия позволяет обмениваться и хранить лабораторные протоколы.
- Sci-Mate позволяет пользователям определять права доступа, но может использоваться как инструмент открытого блокнота.
- Винод Скариа [43]
- OpenWetWare (вмещает множество лабораторий и позволяет выборочно обмениваться информацией, относящейся к каждой исследовательской группе)
- Калеб Морс [44]
- Гас Розания [45]
- Энтони Гарретт Лиси [46]
- Рози Редфилд, [47] микробиолог из Университета Британской Колумбии; все результаты обсуждаются, но сырая экспериментальная тетрадь не выставляется.
- Мартин Джонсон, [48] морской химик из Университета Восточной Англии . [49]
- Грег Лэнг, [50] постдокторант в лаборатории Дэвида Ботштейна в Принстонском университете. [51] - распространяется примерно еженедельно
Преимущества
[ редактировать ]В общедоступной лабораторной тетради удобно приводить точные примеры экспериментов, использованных в качестве аргументов в статьях. об оптимизации реакции Уги Например, в статье [52] [53] Для характеристики используются три разные партии продукта, и каждый спектр относится к конкретному эксперименту, в котором использовалась каждая партия: EXP099, [54] EXP203 [55] и EXP206. [56] Эта работа была впоследствии опубликована в журнале Visualized Experiments . [57] демонстрация того, что целостность происхождения данных может быть сохранена от лабораторной тетради до окончательной публикации в рецензируемом журнале.
Без дополнительных оговорок Open Notebook Science подразумевает, что отчеты об исследованиях публикуются на постоянной основе без необоснованных задержек или фильтров. Это позволяет другим понять, как именно происходят исследования в конкретной области или конкретной исследовательской группе. Такая информация может быть полезна для сотрудников, потенциальных студентов или будущих работодателей. Предоставление доступа к избранным страницам блокнота или введение периода эмбарго не соответствовало бы значению термина «Открытый» в этом контексте. Если не будет сообщено об исправлениях ошибок, неудачных экспериментах и неоднозначных результатах, внешний наблюдатель не сможет точно понять, как ведется наука. Такие термины, как псевдо [58] или Частичный [40] использовались в качестве определителей для обмена информацией из лабораторных журналов выборочно или со значительной задержкой.
Недостатки
[ редактировать ]Аргументы против внедрения науки с открытыми тетрадями делятся в основном на три категории, которые имеют различное значение в разных областях науки. Основная проблема, выражаемая, в частности, учеными-биологами и медиками, заключается в « краже данных » или «перехвате». Хотя степень, в которой исследовательские группы крадут или адаптируют результаты других, остается предметом споров, безусловно, страх не опубликовать результаты первыми определяет поведение многих людей, особенно в некоторых областях. Это связано с тем, что в этих областях основное внимание уделяется опубликованной рецензируемой статье как основному показателю карьерного успеха.
Второй аргумент, выдвигаемый против науки с открытыми блокнотами, заключается в том, что она представляет собой предварительную публикацию, что делает невозможным патентование и затрудняет публикацию результатов в традиционной рецензируемой литературе. Что касается патентов, публикация в Интернете явно классифицируется как раскрытие . Таким образом, хотя могут быть споры о ценности патентов и подходах, позволяющих обойти эту проблему, ясно, что наука с открытыми блокнотами не подходит для исследований, для которых патентная защита является ожидаемым и желаемым результатом. Что касается публикаций в рецензируемой литературе, ситуация менее однозначна. Большинство издателей научных журналов принимают материалы, ранее представленные на конференции или в виде препринта. Те издатели, которые принимают материалы, которые ранее были опубликованы в этих формах, обычно неофициально указали, что публикация данных в Интернете, включая научные блокноты, попадает в эту категорию. Проекты открытых блокнотов были успешно опубликованы в высоких импакт-фактора рецензируемые журналы [59] [60] но это не тестировалось с широким кругом издателей. Следует ожидать, что те издатели, которые явно исключают эти формы предварительной публикации, не будут принимать материалы, ранее раскрытые в открытом блокноте.
Третий аргумент, выдвигаемый против науки с открытыми блокнотами, заключается в том, что она подрывает независимость конкурирующих исследований и, следовательно, может привести к отсутствию важной независимой проверки результатов. Это не то же самое, что сбор данных, а гораздо более тонкая возможность позволить данным, которые развиваются одновременно, влиять друг на друга. В традиционной науке крупные экспериментальные коллаборации часто устанавливают правила брандмауэра, предотвращающие общение между членами конкурирующих коллабораций, чтобы предотвратить не только утечку данных, но и повлиять на методологию анализа данных.
Последний аргумент относится к проблеме «потока данных». Если текущий объем рецензируемой литературы слишком велик для того, чтобы с ним мог справиться один человек, то как можно ожидать, что кто-то справится с огромным количеством нерецензируемого материала, который потенциально может быть доступен, особенно когда некоторые, возможно, большинство , будет низкого качества? Связанный с этим аргумент заключается в том, что «мой блокнот слишком специфичен», чтобы он мог представлять интерес для кого-либо еще. Вопрос о том, как найти высококачественный и актуальный материал, является смежным вопросом. Проблема курирования и проверки данных и методологического качества является серьезной проблемой, которая, возможно, имеет значение за пределами науки с открытыми блокнотами, но здесь представляет собой особую проблему.
Финансирование и спонсорство
[ редактировать ]Научный конкурс «Открытая тетрадь» , [61] в настоящее время направлен на составление отчетов об измерениях растворимости в неводных растворителях, получил спонсорскую поддержку от Submeta , [62] Природа [63] и Сигма-Олдрич . [64] Первой из десяти победительниц конкурса за декабрь 2008 года стала Дженни Хейл. [65]
Логотипы
[ редактировать ]На блокнотах можно использовать логотипы для обозначения условий обмена. Полностью открытые записные книжки помечаются как «весь контент» и «немедленный» доступ. Частично открытые блокноты могут быть помечены как «выбранное содержимое» и/или «отложенное». [66]
См. также
[ редактировать ]- Открытый доступ (публикация)
- Открытые данные
- Открытое исследование
- Открыть контент
- Открытая наука
- Открытый исходный код
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Перейти обратно: а б Освобождение темных данных неудачных научных экспериментов , Гетц, Т., журнал Wired, 25 сентября 2007 г.
- ^ Сандерсон, К; Нейлон, К. (сентябрь 2008 г.). «Данные на дисплее». Природа . 455 (7211): 273. дои : 10.1038/455273a . ПМИД 18800097 .
- ^ Сингх, С. (апрель 2008 г.). «Данные на дисплее» . Клетка . 133 (2): 201–3. дои : 10.1016/j.cell.2008.04.003 . ПМИД 18423188 .
- ^ Уильямс, А. (2008). «Интернет-инструменты для общения и сотрудничества в области химии». Открытие наркотиков сегодня . 13 (11–12): 502–506. дои : 10.1016/j.drudis.2008.03.015 . ПМИД 18549976 .
- ^ «Новости химии и техники – на службе химии, медико-биологических наук и лабораторных исследований» .
- ^ Брэдли, Джей Си (2007). «Наука в открытом блокноте с использованием блогов и вики» . Предшественники природы . дои : 10.1038/npre.2007.39.1 .
- ^ Брэдли, Жан-Клод (26 сентября 2006 г.). «Открытая тетрадь науки» . Электронное обучение Drexel CoAS .
- ^ «Открытая наука: исследователи Университета Торонто опубликуют лабораторные заметки в режиме реального времени» . Новости Университета Торонто . Проверено 21 января 2018 г.
- ^ «Исследователь — открытая книга: первый, кто делится лабораторными заметками в режиме реального времени» . 26 февраля 2016 года. Архивировано из оригинала 6 марта 2016 года . Проверено 6 марта 2016 г.
- ^ Резник, Брайан (3 марта 2016 г.). «Наука слишком скрытна и медленна. Поэтому этот исследователь ведет блог о своей работе» . Vox.com . Архивировано из оригинала 4 марта 2016 года . Проверено 6 марта 2016 г.
- ^ «Экстремальная открытая наука в SGC. Команда ученых-новаторов из SGC теперь делится своими лабораторными записными книжками в Интернете» . opennotebook.thesgc.org . Проверено 26 января 2018 г.
- ^ Канал SGC (24 января 2018 г.), Интернет-трансляция: Блокноты Open Lab: экстремальная инициатива открытой науки, 19 января 2018 г. , получено 26 января 2018 г.
- ^ «О программе – Экстремальная открытая наука в SGC» . opennotebook.thesgc.org . Проверено 26 января 2018 г.
- ^ «Открытый научный блокнот Николаса Дж. ЛаСорта» .
- ^ «Тамара Майури» . fhs.mcmaster.ca . Проверено 22 января 2018 г.
- ^ ContentMine (03.11.2015), Лекция 2014 г.: «Наука в открытом блокноте», Питер Мюррей-Раст , получено 21 января 2018 г.
- ^ «Исследование IheartAnthony» .
- ^ «Малярия с открытым исходным кодом» . Архивировано из оригинала 13 марта 2016 года . Проверено 7 мая 2016 г.
- ^ «Наш эксперимент — малярия с открытым исходным кодом» . Архивировано из оригинала 14 марта 2016 года . Проверено 7 мая 2016 г.
- ^ Тодд, Мэтью (7 мая 2016 г.). «Открытый исходный код снимает секретность в исследованиях лекарств» . Научное шоу (интервью). Беседовала Элис Уильямсон. Австралийская радиовещательная корпорация . Архивировано из оригинала 7 мая 2016 года.
- ^ «ONSchallenge — список экспериментов» .
- ^ «Исследовательские заметки Тобиаса Дж. Осборна» .
- ^ Карл Боттигер. «Лабораторные тетради» .
- ^ «Введение в блокнот» .
- ^ «Дрор Бар-Натан: Академическое Омут памяти» .
- ^ «Исследовательская машина — Андрес» .
- ^ Химмельштейн, Дэниел; Лизи, Энтони; Ханханян, Пуя; Брюггеман, Лео; Чен, Сабрина; Хэдли, Декстер; Хесслер, Крисси; Баранзини, Серджио; Грин, Ари (2015). «Rephetio: повторное использование наркотиков в хетнете [проект]» . Мысльлаб . дои : 10.15363/thinklab.4 .
- ^ «Пользователь: Бригитта Д. Блэк/Блокнот/Блокнот Бриджит» .
- ^ «UsefulChem – Все реакции» .
- ^ блокнот, архивировано 15 апреля 2008 г.
- ^ «Пользователь: Надиезда Фернандес-Оропеза/Блокнот/Блокнот» .
- ^ «Пользователь: Линь Н Ле/Ноутбук» .
- ^ «Энди Мэлони» .
- ^ «Пользователь: Энди Мэлони/Блокнот/Лабораторная тетрадь Энди Мэлони/Оглавление/Оглавление» .
- ^ «Пользователь: Энди Мэлони/Предисловие к диссертации» .
- ^ блокнот
- ^ Fruit Computer Laboratory Блокнот , блог
- ^ «Молекулярная эволюция, филогенетика и эпидемиология» .
- ^ «Физика307Л» .
- ^ Перейти обратно: а б Брэдли, Жан-Клод Комментарий о науке о псевдооткрытой тетради? от Квантового Понтифика, 27 июня 2008 г.
- ^ «Научная сеть открытых ноутбуков» .
- ^ «Члены» . Открытая научная сеть ноутбуков . 18 июля 2014 г. Проверено 26 января 2018 г.
- ^ «ноутбук, требуется вход в систему» . Архивировано из оригинала 1 ноября 2008 г. Проверено 25 апреля 2020 г.
- ^ «Пользователь: Cmorse/Notebook/MediaWiki для открытой науки» .
- ^ блокнот
- ^ "Деференциальная геометрия -" .
- ^ «RRResearch» .
- ^ блокнот)
- ^ «Выборочный контент, немедленный обмен» . Архивировано из оригинала 28 мая 2012 г. Проверено 26 февраля 2009 г.
- ^ «Веб-сайт лаборатории Ланг» .
- ^ «Все содержимое, отложенный обмен» . Архивировано из оригинала 28 мая 2012 г. Проверено 26 февраля 2009 г.
- ^ Брэдли, Жан-Клод; Мирза, Халид; Оуэнс, Кевин; Осборн, Том и Уильямс, Энтони (август 2008 г.). «Оптимизация реакции Уги с использованием параллельного синтеза и автоматизированной обработки жидкостей» . Предшественники природы . дои : 10.1038/npre.2008.2237.1 . hdl : 10101/npre.2008.2237.1 .
- ^ "Полезная химия - paper03" .
- ^ «Полезная Химия - EXP099» .
- ^ «ЮсфулХим – EXP203» .
- ^ «ЮсфулХим – EXP206» .
- ^ Брэдли, Жан-Клод; Мирза, Халид; Оуэнс, Кевин; Осборн, Том и Уильямс, Энтони (ноябрь 2008 г.). «Оптимизация реакции Уги с использованием параллельного синтеза и автоматизированной обработки жидкостей» . Журнал визуализированных экспериментов (21): 942. doi : 10.3791/942 . ПМЦ 2762777 . ПМИД 19066532 .
- ^ Бэкон, Дэвид Псевдо-открытая тетрадь Наука? от Квантового Понтифика, 26 июня 2008 г.
- ^ Вулфле, Майкл; Зеерден, Жан-Поль; Метатель, Джесси; Пауэр, Кес; Оллиаро, Пьеро; Тодд, Мэтью Х. (19 сентября 2011 г.). Гири, Тимоти Г. (ред.). «Разрешение Празиквантела» . PLOS Забытые тропические болезни . 5 (9): е1260. дои : 10.1371/journal.pntd.0001260 . ПМЦ 3176743 . ПМИД 21949890 .
- ^ Вулфле, Майкл; Оллиаро, Пьеро; Тодд, Мэтью Х. (22 сентября 2011 г.). «Открытая наука – это ускоритель исследований» . Природная химия . 3 (10): 745–748. Бибкод : 2011НатЧ...3..745Вт . дои : 10.1038/nchem.1149 . ПМИД 21941234 .
- ^ Открытая научная записная книжка
- ^ «Полезная химия» .
- ^ «Полезная химия» .
- ^ «Полезная химия» .
- ^ «Полезная химия» .
- ^ Страница научных заявлений Open Notebook