✖


Jump to content

Британский консорциум по геномике COVID-19

Геномика COVID-19, Великобритания
Учредил апрель 2020 г.
Фокус COVID-19 Геномное секвенирование
Ключевые люди Шэрон Пикок
Бюджет 32,2 миллиона фунтов стерлингов [1]
Расположение
Великобритания

Консорциум Covid-19 Genomics UK (COG-UK) — это группа академических учреждений и агентств общественного здравоохранения в Соединенном Королевстве, созданная в апреле 2020 года. [1] [2] [3] собирать, секвенировать и анализировать геномы SARS-CoV-2 в масштабе в рамках реагирования на пандемию COVID-19 .

Геномные данные, полученные COG-UK, были объединены с эпидемиологическими данными и записями о состоянии здоровья пациентов для мониторинга завоза в Великобританию, передачи среди населения и вспышек SARS-CoV-2; оценить изменения в трансмиссивности и вирулентности; и оценить влияние лечения и нефармацевтических вмешательств. Члены COG-UK также провели исследование, в ходе которого были объединены данные о геноме человека и состоянии здоровья, чтобы понять биологию SARS-CoV-2 и его влияние на инфицированных. [4]

В ноябре 2020 года консорциум выявил альфа-вариант SARS-CoV-2 (в то время называвшийся «Вариантом беспокойства 202012/01»), который стал предметом последующих расследований агентств общественного здравоохранения Великобритании, координируемых Министерством общественного здравоохранения Англии и при поддержке COG-UK. [5] [6]

В период с апреля по сентябрь 2021 года секвенирование SARS-CoV-2 стало национальной службой общественного здравоохранения. [7] после чего COG-UK сосредоточилась на связывании данных, исследованиях и международном обучении. [8]

Консорциум официально закрылся в конце марта 2023 года. [9]

Финансирование

COG-UK получила поддержку в размере 20 миллионов фунтов стерлингов от Министерства здравоохранения и социальной защиты , исследований и инноваций Великобритании (UKRI) и Института Wellcome Sanger . [1]

В ноябре 2020 года консорциум получил еще 12,2 миллиона фунтов стерлингов из Фонда инноваций в области тестирования Министерства здравоохранения и социальной защиты для расширения возможностей секвенирования генома, необходимых для удовлетворения растущего числа случаев COVID-19 в Великобритании в зимний период 2020-2021 годов. [10]

Совместно с Wellcome Connecting Science (WCS) компания COG-UK также получила грант от Министерства иностранных дел, по делам Содружества и развития / Wellcome по обеспечению готовности к эпидемиям в размере почти 1 миллиона фунтов стерлингов на разработку COG-Train , программы обучения для поддержки глобальной науки и общественного здравоохранения. сообщество в секвенировании генома SARS-CoV-2. [11]

Структура [ править ]

В консорциум вошли четыре агентства общественного здравоохранения Великобритании, Институт Wellcome Sanger , шестнадцать академических партнеров и организации Национальной службы здравоохранения. Он принял модель Hub and Spoke с централизованным административным центром ( Кембриджский университет ), национальным центром секвенирования ( Институт Сэнгера ), а также возможностями секвенирования и анализа, регионально распределенными между всеми партнерами. [12]

Образцы от пациентов с COVID-19 были собраны лабораториями Национальной службы здравоохранения, лабораториями общественного здравоохранения и национальными центрами тестирования на коронавирус и отправлены в партнерские центры для секвенирования. Секвенирование вирусного генома было проведено четырьмя агентствами общественного здравоохранения Великобритании, Институтом Уэлкома Сэнгера , Институтом Квадрам и пятнадцатью университетами, включая Королевский университет Белфаста , Университет Бирмингема , Кардиффский университет , Кембриджский университет , Эдинбургский университет , Университет Эксетера , Университета Глазго , Ливерпульского университета , Нортумбрийского университета , Ноттингемского университета , Оксфордского университета, Портсмутского , университета , Университетского колледжа Лондона и Имперского колледжа Лондона Университета Шеффилда . [13]

Быстрый запуск и доставка данных секвенирования генома SARS-CoV-2 стали возможными благодаря использованию уже существующей инфраструктуры и опыта партнеров и членов COG-UK. Например, COG-UK опиралась на облачную инфраструктуру микробной биоинформатики (CLIMB) , [14] который был запущен в 2014 году при поддержке Совета медицинских исследований . CLIMB — это открытая облачная вычислительная инфраструктура для разработки и обмена наборами данных, а также биоинформатическим программным обеспечением, инструментами и методами для интерпретации «больших данных». [15] CLIMB — это партнерство между университетами Бата, Бирмингема, Кардиффа, Лестера, Суонси и Уорика, Лондонской школой гигиены и тропической медицины и Институтом Квадрам. [16]

Данные генома каждого секвенированного положительного образца были связаны с человеком, предоставившим образец, с использованием анонимного кода. Они были загружены в CLIMB-COVID, где геномы можно было охарактеризовать, что включало отнесение каждого генома к линии и обнаружение мутаций. Агентства общественного здравоохранения затем смогли получить доступ к этой информации и связать ее с подробной информацией об общественном здравоохранении. [17]

Ключевые люди [ править ]

Исполнительным директором и председателем консорциума стала Шэрон Пикок , профессор и микробиолог Кембриджского университета . [18] [19]

Более 600 членов консорциума внесли свой вклад в работу COG-UK в период с апреля 2020 года по конец марта 2023 года [1] , причем ключевые роли выполняли исследователи из всех партнеров консорциума [2] , а также команда менеджеров, базирующаяся в Университете Кембридж [3] .

Влияние [ править ]

COG-UK стала пионером в раннем и крупномасштабном скоординированном национальном секвенировании вирусных геномов SARS-CoV-2, а также в открытом и быстром обмене геномными данными.

К декабрю 2020 года COG-UK секвенировал геномы более 150 000 образцов вируса SARS-CoV-2 и загрузил их в GISAID , что составляет около 5% всех случаев заболевания COVID-19 в Великобритании. Примерно 60% из них были секвенированы в Wellcome Sanger Institute . К декабрю 2021 года в Великобритании секвенировали более 1,8 миллиона геномов SARS-CoV-2.

Выводы, полученные в результате анализа этих геномных данных, оказали ряд последствий во время реагирования на пандемию COVID-19: [20]

  1. Обеспечение возможности выявления и мониторинга «Вариантов, вызывающих обеспокоенность» и «Вариантов, находящихся на стадии расследования», для информирования о действиях общественного здравоохранения и политических решениях. [19]
  2. Отслеживание появления и распространения COVID-19 для информирования пограничного контроля, борьбы со вспышками и политики общественного здравоохранения. [21]
  3. Содействие ключевым исследованиям COVID-19 в Великобритании:
    • Исследование COG-UK HOCI (больничные инфекции COVID-19) [22] [23] [24]
    • Исследование Управления национальной статистики (ONS) по инфекции COVID-19 (СНГ) [25] [26]
    • Исследование «Оценка передачи вируса в сообществе в режиме реального времени» (REACT) [27] [28]
    • Исследование Вивальди [29] [30]
    • Оксфордское испытание вакцины [31]
    • Испытание вакцины Новавакс [32]
  4. Дальнейшее понимание биологии и эволюции вируса SARS-CoV-2 для определения методов лечения, разработки вакцин и диагностики. [33]
  5. Усиление реагирования на пандемию за счет быстрого выпуска данных о геноме и разработки эффективных и экономичных протоколов секвенирования и инструментов анализа общедоступных данных с открытым доступом. [34]

К сентябрю 2021 года COG-UK сосредоточилась на трех стратегических областях: [8]

  1. Повышение ценности данных о последовательностях вирусного генома за счет более обширной связи данных, включая данные о геноме человека и наборы клинических данных.
  2. Продвижение исследований по передаче SARS-CoV-2, вариантам, методам и инструментам анализа.
  3. Координация глобальной программы обучения геномике SARS-CoV-2 (COG-Train).

Связь и анализ данных

Связывая и анализируя различные типы данных, можно провести более глубокие исследования и получить новое понимание различий в передаче вариантов SARS-CoV-2 и заболеваний, которые они вызывают.

COG-UK сотрудничала с партнерами через Альянс исследований данных здравоохранения Великобритании и Платформу анализа данных о вспышках (ODAP), чтобы связать данные вирусного генома с другими сложными наборами данных. [35] [36]

Благодаря этому сотрудничеству данные секвенирования SARS-CoV-2 были связаны с рядом различных наборов данных, включая:

  • Секвенирование хозяина ( исследовательские когорты GenOMICC и Великобритании)
  • Клиническая тяжесть (ISARIC 4C , ICNARC CMP )
  • Результаты госпитализации ( PHOSP-COVID )
  • Данные о госпитализации в отделения неотложной помощи (Англия и Уэльс)
  • Данные о вакцинации
  • Инфекционный контроль в больницах (данные HOCI)

Все такие связанные данные надежно хранятся с контролируемым доступом через утвержденные каналы для обеспечения конфиденциальности пациентов и обеспечения надлежащего использования и указания авторства. [37]

Исследовать

COG-UK предоставила членам консорциума стартовое финансирование для реализации исследовательских проектов, которые позволят получить новые идеи, имеющие отношение к пандемии COVID-19, и для подготовки к будущим пандемиям. [38]

Эти проекты были сосредоточены на:

  1. Мониторинг и понимание появления вариантов SARS-CoV-2, которые могут более легко передаваться и/или обходить иммунитет.
  2. Интеграция данных о геноме патогена с данными диагностики и быстрого генотипирования для повышения готовности к пандемии.
  3. Разработка онлайн-ресурсов для улучшения доступа к процессам контроля качества данных о геноме SARS-CoV-2.
  4. Улучшение связи и интеграции геномных данных с различными типами эпидемиологических и клинических метаданных.
  5. Разработка метагеномных технологий для наблюдения за известными и неизвестными патогенами, потенциально способными повлиять на здоровье человека.

COG-UK также предоставила начальное финансирование членам консорциума для поддержки молодых ученых, активизирующих исследовательские проекты, отложенные из-за времени, потраченного на борьбу с пандемией. [39]

Обучение

Совместно с Wellcome Connecting Science COG-UK создала бесплатную международную онлайн-программу обучения использованию геномики для исследования SARS-CoV-2 и других инфекционных заболеваний.

известная как COG-Train Программа, , стремилась «содействовать расширению глобального потенциала секвенирования и анализа генома, уменьшить неравенство в секвенировании и усилить надзор за патогенами». Его учебные курсы были созданы благодаря партнерству с международными исследователями, экспертами в области общественного здравоохранения и сетями эпиднадзора.

Результаты COG-Train включали серию массовых онлайн-курсов с открытым доступом по всем аспектам секвенирования SARS-CoV-2, а также недельные интенсивные виртуальные учебные курсы, короткие экспертные семинары и параллельные распределенные классы. [40]

При финансовой поддержке Wellcome Trust и Министерства иностранных дел, по делам Содружества и развития компания COG-Train провела бесплатное онлайн-обучение для тысяч учащихся в более чем 100 странах мира. Трехнедельный курс « Сила геномики в понимании пандемии COVID-19 » по-прежнему доступен на платформе FutureLearn .

протоколов Разработка и инструментов

Протоколы и инструменты, разработанные членами консорциума COG-UK, использовались во всем мире в течение первых трех лет пандемии COVID-19 и продолжают приносить пользу сегодня. К ним относятся:

  • Протоколы секвенирования, разработанные сетью ARTIC. [41] [42]
  • Номенклатура линий SARS-CoV-2, разработанная сетью PANGO. [43]
  • Биоинформационные инструменты, разработанные участниками cov-lineages.org, включая Pangolin, [43] [44] Скорпион, Циветта, Хорек, ГРИНЧ [45] и Лама. [46]  
  • COG Обозреватель мутаций. [47]  
  • CoV-КЛЕЙ. [48]

К декабрю 2020 года количество последовательностей, загруженных в GISAID COG-UK , составляло чуть менее 5% всех случаев заболевания COVID-19 в Великобритании по сравнению с 3,2% в США и 60% в Австралии . [19] Примерно 60% из них были секвенированы в Институте Wellcome Sanger. [18] Сообщалось, что консорциум COG-UK понял «генетическую историю более чем 150 000 образцов вируса SARS-CoV-2». [49]

По данным сайта COG-UK, к декабрю 2021 года в Великобритании секвенировали более 1,8 миллиона геномов SARS-CoV-2. [50]

События

Семинары и выставки

COG-UK провела серию мероприятий, чтобы поделиться достижениями и открытиями, полученными в результате работы членов консорциума, а также предоставить площадки для дискуссий. В их число входили семинары и научные выставки, [51] [52] где члены консорциума поделились своим анализом и идеями друг с другом и общественностью.

В октябре 2021 года на мероприятии COG-UK Together члены консорциума присоединились к смешанному онлайн- и очному мероприятию, чтобы поделиться своим опытом за первые 18 месяцев пандемии. [53]

Женщины в COG

Члены консорциума также организовали и провели серию интервью «Женщины в COG», в которых были представлены жизнь и работа вдохновляющих женщин (и мужчин-сторонников/союзников) из сети COG-UK и за пределами консорциума. В число опрошенных вошли:

  • доктор Шарлотта Саммерс [54]

Эта серия также была преобразована в книгу под названием « Снимки женщин в COG: научное совершенство во время пандемии COVID-19 ».

Наследие

Публикации

Члены COG-UK выпустили более 100 публикаций , используя данные, анализ и инструменты, разработанные в период с апреля 2020 года по март 2023 года. [67]

Оценка Rand Europe

Независимая оценка, проведенная Rand Europe, показала, что COG-UK внесла «разнообразный вклад в понимание и реагирование на пандемию COVID-19», а также «значительный и ценный вклад в геномику общественного здравоохранения Великобритании». [68]

В отчете определены ключевые достижения COG-UK:

  1. Содействие распространению научных знаний о SARS-CoV-2 и совершенствованию методологий секвенирования и анализа генома.
  2. Информирование о ключевых политических решениях и решениях в области общественного здравоохранения, принятых в ответ на пандемию COVID-19 в Великобритании.
  3. Информирование об усилиях по инновациям в области медицины, включая оценку эффективности вакцин против вариантов SARS-CoV-2 и их чувствительности к терапевтическим препаратам.
  4. Влияние на то, как лица, принимающие решения, ценят геномику патогенов при построении эффективных систем общественного здравоохранения.
  5. Укрепление потенциала геномики патогенов в Великобритании и способности реагировать на будущие угрозы инфекционных заболеваний.
  6. Оказал влияние на международные инициативы по секвенированию SARS-CoV-2.

История COG-UK

История консорциума отражена на выставке « Cracking Covid: История COG-UK », курируемой историком медицины доктором Ларой Маркс, которая документирует работу и достижения COG-UK на основе интервью с более чем восемьюдесятью членами консорциума. . Доступ к выставке бесплатный через платформу «Что такое биотехнология». [69]

Избранные публикации [ править ]

Ссылки [ править ]

  1. ^ Jump up to: Перейти обратно: а б с «Великобритания создает альянс по секвенированию всего генома для составления карты распространения коронавируса» . Консорциум COG-UK . 23 марта 2020 г. Архивировано из оригинала 25 сентября 2020 г. . Проверено 23 декабря 2020 г.
  2. ^ Пикок, Шэрон (17 декабря 2020 г.). «Краткая история Консорциума по геномике COVID-19 Великобритании (COG-UK)» . Консорциум COG-UK . Архивировано из оригинала 17 декабря 2020 года . Проверено 19 января 2021 г.
  3. ^ Галлахер, Джеймс (23 марта 2020 г.). «Коронавирус будут отслеживать по его генетическому коду» . www.bbc.co.uk. ​Проверено 27 января 2021 г. Проект, получивший название «Консорциум по геномике Covid-19 Великобритании», представляет собой сотрудничество между Национальной службой здравоохранения, агентствами общественного здравоохранения и университетами Института Wellcome Sanger. Министр бизнеса Алок Шарма заявил: «Этот новый консорциум объединит самых ярких и лучших ученых Великобритании, чтобы лучше понять эту пандемию, бороться с этой болезнью и, в конечном итоге, спасти жизни».
  4. ^ «Веб-архив правительства Великобритании» . webarchive.nationalarchives.gov.uk . Проверено 23 января 2024 г.
  5. ^ Декабрь 2020 г., COG-UK 14 (14 декабря 2020 г.). «Обновленная информация о новом варианте SARS-CoV-2 и о том, как COG-UK отслеживает возникающие мутации - Консорциум COG-UK» . www.cogconsortium.uk . Проверено 19 января 2021 г. {{cite web}}: CS1 maint: числовые имена: список авторов ( ссылка )
  6. ^ Уайз, Жаки (16 декабря 2020 г.). «Covid-19: В Великобритании выявлен новый вариант коронавируса» . БМЖ . 371 : м4857. дои : 10.1136/bmj.m4857 . ISSN   1756-1833 . ПМИД   33328153 .
  7. ^ «Как секвенирование SARS-CoV-2 становится национальной службой» . Консорциум COG-UK . 23 июля 2021 года. Архивировано из оригинала 25 июля 2021 года.
  8. ^ Jump up to: Перейти обратно: а б «Что дальше для COG-UK?» . 20 апреля 2021 года. Архивировано из оригинала 20 апреля 2021 года.
  9. ^ «Веб-архив правительства Великобритании» . webarchive.nationalarchives.gov.uk . Проверено 23 января 2024 г.
  10. ^ Ноябрь 2020 г., COG-UK 16 (16 ноября 2020 г.). «Увеличение финансирования на 12,2 миллиона фунтов стерлингов для геномного наблюдения за SARS-CoV-2 в режиме реального времени — Консорциум COG-UK» . www.cogconsortium.uk . Проверено 19 января 2021 г. {{cite web}}: CS1 maint: числовые имена: список авторов ( ссылка )
  11. ^ «COG-UK и Wellcome Connecting Science получают финансирование от Wellcome и Министерства иностранных дел, по делам Содружества и развития на глобальную программу обучения по геномике SARS-CoV-2» . Добро пожаловать на курсы и конференции по связям с наукой . Проверено 23 января 2024 г.
  12. ^ «Консорциум геномики Великобритании (COG-UK) по геномике COVID-19» . www.sanger.ac.uk . Проверено 23 января 2024 г.
  13. ^ «Консорциум Партнеры» . Консорциум COG-UK . Проверено 22 декабря 2020 г.
  14. ^ «Как Британский консорциум по геномике Covid-19 секвенировал Sars-Cov-2 | Computer Weekly» . ComputerWeekly.com . Проверено 23 января 2024 г.
  15. ^ Коннор, Томас Р.; Ломан, Николас Дж.; Томпсон, Саймон; Смит, Энди; Саутгейт, Джоэл; Поплавский, Радослав; Булл, Мэтью Дж.; Ричардсон, Эмили; Исмаил, Мэтью; Томпсон, Саймон Элвуд-; Кухня, Кристина; Гость, Мартин; Бакке, Мариус; Шеппард, Сэмюэл К.; Паллен, Марк Дж. (20 сентября 2016 г.). «CLIMB (Облачная инфраструктура для микробной биоинформатики): онлайн-ресурс для сообщества медицинской микробиологии» . Микробная геномика . 2 (9): e000086. дои : 10.1099/mgen.0.000086 . ISSN   2057-5858 . ПМЦ   5537631 . ПМИД   28785418 .
  16. ^ «CLIMB | Облачная инфраструктура для микробной биоинформатики» . Проверено 23 января 2024 г.
  17. ^ Николлс, Сэмюэл М.; Поплавский, Радослав; Булл, Мэтью Дж.; Андервуд, Энтони; Чепмен, Майкл; Абу-Дахаб, Халил; Тейлор, Бен; Колкухун, Рэйчел М.; Роу, Уилл П.М.; Джексон, Бен; Хилл, Верити; О'Тул, Айн; Рей, Сара; Саутгейт, Джоэл; Амато, Роберто (декабрь 2021 г.). «CLIMB-COVID: непрерывная интеграция, поддерживающая децентрализованное секвенирование для геномного надзора за SARS-CoV-2» . Геномная биология . 22 (1): 196. дои : 10.1186/s13059-021-02395-y . ISSN   1474-760X . ПМК   8247108 . ПМИД   34210356 .
  18. ^ Jump up to: Перейти обратно: а б «Как Британия провела столько секвенирования генома коронавируса» . www.economist.com . 16 января 2021 г. Проверено 28 февраля 2021 г.
  19. ^ Jump up to: Перейти обратно: а б с Сираноски, Дэвид (15 января 2021 г.). «Тревожные варианты COVID демонстрируют жизненно важную роль геномного надзора» . Природа . 589 (7842): 337–338. Бибкод : 2021Natur.589..337C . дои : 10.1038/d41586-021-00065-4 . ПМИД   33452508 . S2CID   231621736 .
  20. ^ Ло, Стефани В.; Ямрози, Дорота (20 июля 2020 г.). «Геномика и эпидемиологический надзор» . Обзоры природы Микробиология . 18 (9): 478. дои : 10.1038/s41579-020-0421-0 . ISSN   1740-1534 . ПМЦ   7371787 . ПМИД   32690878 .
  21. ^ Дэвис, Николас Г.; Эбботт, Сэм; Барнард, Розанна С.; Джарвис, Кристофер И.; Кучарски, Адам Дж.; Мандей, Джеймс Д.; Пирсон, Карл AB; Рассел, Тимоти В.; Талли, Дэмиен С.; Уошберн, Алекс Д.; Венселерс, Том (9 апреля 2021 г.). «Оценочная трансмиссивность и влияние SARS-CoV-2 линии B.1.1.7 в Англии» . Наука . 372 (6538): eabg3055. дои : 10.1126/science.abg3055 . ISSN   0036-8075 . ПМЦ   8128288 . ПМИД   33658326 .
  22. ^ Стерруп, Оливер; Блэкстоун, Джеймс; Мапп, Фиона; МакНил, Элисон; Панка, Моника; Холмс, Элисон; Мачин, Николас; Шин, Джи Йен; Махунгу, Табита; Саид, Кордо; Салуджа, Транприт; Таха, Юсри; Махида, Никундж; Папа, Кэсси; Чавла, Ану (13 сентября 2022 г.). «Эффективность быстрого секвенирования генома SARS-CoV-2 в поддержке инфекционного контроля при внутрибольничной инфекции COVID-19: многоцентровое проспективное исследование» . электронная жизнь . 11 . doi : 10.7554/eLife.78427 . ISSN   2050-084X . ПМЦ   9596156 . ПМИД   36098502 .
  23. ^ Колтон, Х.; Паркер, доктор медицины; Стерруп, О.; Блэкстоун, Дж.; Свободный, М.; МакКлюр, CP; Рой, С.; Уильямс, К.; Маклеод, Дж.; Смит, Д.; Таха, Ю.; Чжан, П.; Сюй, С.Н.; Келе, Б.; Харрис, К. (январь 2023 г.). «Факторы, влияющие на время выполнения секвенирования SARS-CoV-2 для принятия решений по профилактике и контролю инфекции в стационаре: анализ данных исследования COG-UK HOCI» . Журнал госпитальной инфекции . 131 : 34–42. дои : 10.1016/j.jhin.2022.09.022 . ПМК   9550290 . ПМИД   36228768 .
  24. ^ Панча, М.; Блэкстоун, Дж.; Стерруп, О.; Кутино-Могель, М.-Т.; Томсон, Э.; Питерс, К.; Снелл, Л.Б.; Неббия, Г.; Холмс, А.; Чавла, А.; Мачин, Н.; Таха, Ю.; Махунгу, Т.; Салуджа, Т.; де Сильва, Техас (сентябрь 2023 г.). «Оценка финансовых последствий интеграции секвенирования генома SARS-CoV-2 для профилактики инфекций и контроля внутрибольничной передачи инфекции в больницах» . Журнал госпитальной инфекции . 139 : 23–32. дои : 10.1016/j.jhin.2023.06.005 . ПМЦ   10257337 . ПМИД   37308063 .
  25. ^ «Обследование инфекции COVID-19» . Архивировано из оригинала 1 марта 2021 года.
  26. ^ Литгоу, Катрина А.; Голубчик, Таня; Холл, Мэтью; Хаус, Томас; Кауанци, Роберто; Макинтайр-Кокетт, Джордж; Фрайер, Хелен; Томсон, Лаура; Нуртай, Анель; Гафани, Махан; Бак, Дэвид; Грин, Энджи; Требес, Эми; Пьяцца, Паоло; Лони, Лорн Дж. (25 октября 2023 г.). «Замена и эволюция родословной, отраженная в трехлетнем исследовании инфекции, вызванного коронавирусом (COVID-19) в Соединенном Королевстве» . Труды Королевского общества B: Биологические науки . 290 (2009). дои : 10.1098/rspb.2023.1284 . ISSN   0962-8452 . ПМЦ   10581763 . ПМИД   37848057 .
  27. ^ «Исследование оценки передачи вируса в сообществе в режиме реального времени (РЕАКТ)» . Архивировано из оригинала 6 июля 2020 года.
  28. ^ Илс, Оливер; Ха, Дэвид; Ван, Хаовэй; Атчисон, Кристина; Эшби, Дебора; Кук, Грэм С.; Барклай, Венди; Уорд, Хелен; Дарзи, Ара; Доннелли, Кристл А.; Шадо-Хьям, Марк; Эллиотт, Пол; Райли, Стивен (25 мая 2023 г.). Душофф, Джонатан (ред.). «Динамика госпитализаций с инфекцией SARS-CoV-2 и коэффициентов смертности от инфекции за 23 месяца в Англии» . ПЛОС Биология . 21 (5): e3002118. дои : 10.1371/journal.pbio.3002118 . ISSN   1545-7885 . ПМЦ   10212114 . ПМИД   37228015 .
  29. ^ «Исследование Вивальди: результаты» . Архивировано из оригинала 28 мая 2021 года.
  30. ^ ЛЧ (29 июля 2020 г.). «ВИВАЛЬДИ» . UCL Институт медицинской информатики . Проверено 23 января 2024 г.
  31. ^ Эмари, Кэтрин Р.В.; Голубчик, Таня; Алей, Парвиндер К.; Ариани, Кристина В.; Ангус, Брайан; Биби, Сагида; Блейн, Бет; Бонсолл, Дэвид; Чиккони, Паола; Чарльтон, Сью; Клаттербак, Элизабет А. (10 апреля 2021 г.). «Эффективность вакцины ChAdOx1 nCoV-19 (AZD1222) против вызывающего беспокойство варианта SARS-CoV-2 202012/01 (B.1.1.7): исследовательский анализ рандомизированного контролируемого исследования» . Ланцет . 397 (10282): 1351–1362. дои : 10.1016/S0140-6736(21)00628-0 . ISSN   0140-6736 . ПМК   8009612 . ПМИД   33798499 .
  32. ^ «PREVENT-19: клинические испытания кандидатной вакцины против COVID-19» . Архивировано из оригинала 28 декабря 2020 года.
  33. ^ Бошье, Флоренсия, Австралия; Панг, Хуанита; Пеннер, Джастин; Паркер, Мэтью; Олдерс, Неле; Бэмфорд, Аласдер; Гранжан, Луи; Грюневальд, Стефани; Хэтчер, Джеймс; С уважением, Тимоти; Далтон, Кэролайн (2022). «Эволюция вирусных вариантов у педиатрических пациентов, получавших и не получавших лечение ремдесивиром» . Журнал медицинской вирусологии . 94 (1): 161–172. дои : 10.1002/jmv.27285 . ISSN   1096-9071 . ПМЦ   8426849 . ПМИД   34415583 .
  34. ^ Николлс, Сэмюэл М.; Поплавский, Радослав; Булл, Мэтью Дж.; Андервуд, Энтони; Чепмен, Майкл; Абу-Дахаб, Халил; Тейлор, Бен; Колкухун, Рэйчел М.; Роу, Уилл П.М.; Джексон, Бен; Хилл, Верити (1 июля 2021 г.). «CLIMB-COVID: непрерывная интеграция, поддерживающая децентрализованное секвенирование для геномного надзора за SARS-CoV-2» . Геномная биология . 22 (1): 196. дои : 10.1186/s13059-021-02395-y . ISSN   1474-760X . ПМК   8247108 . ПМИД   34210356 .
  35. ^ «Почему COG-UK присоединяется к Альянсу исследований данных здравоохранения Великобритании» . HDR Великобритания . Проверено 23 января 2024 г.
  36. ^ «Платформа анализа данных о вспышках» . ODAP — Платформа анализа данных о вспышках заболеваний . Проверено 23 января 2024 г.
  37. ^ «Веб-архив правительства Великобритании» . webarchive.nationalarchives.gov.uk . Проверено 23 января 2024 г.
  38. ^ «Что такое биотехнология • Науки, места и люди, создавшие биотехнологию» . WhatisBiotechnology.org . Проверено 23 января 2024 г.
  39. ^ «Веб-архив правительства Великобритании» . webarchive.nationalarchives.gov.uk . Проверено 23 января 2024 г.
  40. ^ «Веб-архив правительства Великобритании» . webarchive.nationalarchives.gov.uk . Проверено 23 января 2024 г.
  41. ^ Квик, Джош (22 января 2020 г.). «Протокол секвенирования nCoV-2019» . {{cite journal}}: Для цитирования журнала требуется |journal= ( помощь )
  42. ^ Тайсон, Джон Р.; Джеймс, Филипп; Стоддарт, Дэвид; Спаркс, Натали; Викенхаген, Артур; Холл, Грант; Чхве, Джи Хён; Лапуант, Хоуп; Камелян, Кимия (4 сентября 2020 г.). Усовершенствования метода мультиплексной ПЦР ARTIC для секвенирования генома SARS-CoV-2 с использованием нанопор (Отчет). Геномика. дои : 10.1101/2020.09.04.283077 . ПМК   7480024 . ПМИД   32908977 .
  43. ^ Jump up to: Перейти обратно: а б О'Тул, Айн; Шер, Эмили; Андервуд, Энтони; Джексон, Бен; Хилл, Верити; МакКроун, Джон Т; Колкухун, Рэйчел; Руис, Крис; Абу-Дахаб, Халил; Тейлор, Бен; Йейтс, Корин; дю Плесси, Луи; Мэлони, Дэниел; Медд, Натан; Эттвуд, Стивен В. (16 декабря 2021 г.). «Определение эпидемиологических линий при возникающей пандемии с использованием инструмента панголина» . Эволюция вирусов . 7 (2): veab064. дои : 10.1093/ve/veab064 . ISSN   2057-1577 . ПМЦ   8344591 . ПМИД   34527285 .
  44. ^ «Отчет консорциума COVID-19 Genomics UK (COG-UK) № 10 — 11 августа 2020 г. (см. раздел «Краткое описание основных инструментов и конвейеров, разработанных COG-UK»)» (PDF) . www.cogconsortium.uk . 11 августа 2020 г. Проверено 23 января 2021 г.
  45. ^ О'Тул, Айн; Хилл, Верити; Пайбус, Оливер Г.; Уоттс, Александр; Богоч, Исаак И.; Хан, Кямран; Мессина, Джейн П.; Консорциум Covid-19 Genomics UK (COG-UK); Сеть геномного надзора в Южной Африке (NGS-SA); Геномная сеть CADDE Бразилии и Великобритании; Тегалли, Хурия; Лесселлс, Ричард Р.; Джандхари, Дженнифер; Пиллэй, Сурешни; Тумеди, Кефенце Арнольд (17 сентября 2021 г.). «Отслеживание международного распространения SARS-CoV-2 линий B.1.1.7 и B.1.351/501Y-V2 с помощью Гринча» . Добро пожаловать, Открытое исследование . 6 : 121. doi : 10.12688/wellcomeopenres.16661.2 . ISSN   2398-502X . ПМЦ   8176267 . ПМИД   34095513 . {{cite journal}}: CS1 maint: числовые имена: список авторов ( ссылка )
  46. ^ «Cov-Lineages» . cov-lineages.org . Проверено 23 января 2024 г.
  47. ^ «COG-UK/Исследователь мутаций» . sars2.cvr.gla.ac.uk . Проверено 23 января 2024 г.
  48. ^ «CoV-GLUE: мутации SARS-CoV-2» . cov-glue.cvr.gla.ac.uk . Проверено 23 января 2024 г.
  49. ^ Шраер, Рэйчел (22 декабря 2020 г.). «Covid: новый вариант обнаружен «благодаря упорной работе британских ученых» » . www.bbc.co.uk. ​Проверено 23 января 2021 г.
  50. ^ «Консорциум по геномике COVID-19» . 31 декабря 2021 года. Архивировано из оригинала 28 апреля 2020 года.
  51. ^ Выставочное мероприятие COG-UK, декабрь 2020 г. , получено 23 января 2024 г.
  52. ^ COG-UK Science Showcase, март 2021 г. , получено 23 января 2024 г.
  53. ^ «COG-UK Together — YouTube» . www.youtube.com . Проверено 23 января 2024 г.
  54. ^ Первое мероприятие COG-UK «Женщины в COG» с участием доктора Шарлотты Саммерс , получено 23 января 2024 г.
  55. ^ Мероприятие COG-UK «Женщины в COG» с профессором Джуди Брейер из UCL , получено 23 января 2024 г.
  56. ^ Мероприятие COG-UK «Женщины в COG» с Анжелой Дуглас, MBE , получено 23 января 2024 г.
  57. ^ Мероприятие COG-UK «Женщины в COG» с доктором Магдаленой Скиппер, главным редактором журнала Nature , получено 23 января 2024 г.
  58. ^ Мероприятие COG-UK «Женщины в COG» с участием доктора Джун Рейн, генерального директора MHRA , получено 23 января 2024 г.
  59. ^ Мероприятие COG-UK «Женщины в COG», где сэр Джереми Фаррар беседует с профессором Шэрон Пикок , получено 23 января 2024 г.
  60. ^ Мероприятие COG-UK «Женщины в COG» с участием доктора Марии Ван Керхове из Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ) , получено 23 января 2024 г.
  61. ^ Мероприятие COG-UK «Женщины в COG» с Колби Бенари, генеральным директором In2Science , получено 23 января 2024 г.
  62. ^ Мероприятие COG-UK «Женщины в COG» с участием доктора Сеньюти Саха, директора Фонда исследований детского здоровья , получено 23 января 2024 г.
  63. ^ Мероприятие COG-UK «Женщины в COG» с Эммой Томсон, OBE, профессором инфекционных заболеваний в MRC , получено 23 января 2024 г.
  64. ^ Мероприятие COG-UK «Женщины в COG» с участием дамы Кейт Бингхэм, бывшего председателя Британской целевой группы по вакцинам , получено 23 января 2024 г.
  65. ^ Мероприятие COG-UK «Женщины в COG» с профессором Марианой Виегас, координатором проекта PAIS , получено 23 января 2024 г.
  66. ^ Мероприятие COG-UK «Женщины в COG» с участием доктора Сэма Баррелла, заместителя генерального директора Института Фрэнсиса Крика. , получено 23 января 2024 г.
  67. ^ «Консорциум COVID-19 Genomics UK (COG-UK) [корпоративный автор] — Результаты поиска — PubMed» . ПабМед . Проверено 23 января 2024 г.
  68. ^ Марьянович, Соня; Романелли, Роберт Дж.; Али, Джемма-Клэр; Лич, Брэнди; Бонсу, Маргарета; Родригес-Ринкон, Даниэла; Линг, Том (31 августа 2022 г.). «Консорциум COVID-19 Genomics UK (COG-UK): Итоговый отчет » Ежеквартальный журнал Rand Health . 9 (4): 24. ISSN   2162-8254 . ПМК   9519096 . ПМИД   36238008 .
  69. ^ «Что такое биотехнология • Науки, места и люди, создавшие биотехнологию» . WhatisBiotechnology.org . Проверено 23 января 2024 г.

Внешние ссылки [ править ]

Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=COVID-19_Genomics_UK_Consortium&oldid=1199842975"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: 65ad0c60211c2b35860d477c69766053__1706400960
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/65/53/65ad0c60211c2b35860d477c69766053.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
COVID-19 Genomics UK Consortium - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)