Коллаген VI типа, альфа 3

COL6A3
Доступные структуры
ПДБ	Поиск Human UniProt: PDBe RCSB
showСписок идентификационных кодов PDB
	1KNT, 1KTH, 1KUN, 2KNT
Идентификаторы
Псевдонимы	COL6A3 , DYT27, BTHLM1, UCMD1, коллаген типа VI альфа 3, цепь коллагена типа VI альфа 3
Внешние идентификаторы	Опустить : 120250 ; МГИ : 88461 ; Гомологен : 37917 ; Генные карты : COL6A3 ; OMA : COL6A3 — ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 2 (human)
End	237,414,328 bp
showМестоположение гена ( Мышь )
Chr.	Chromosome 1 (mouse)
End	90,843,971 bp
show экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	stromal cell of endometrium; ; visceral pleura; ; periodontal fiber; ; skin of hip; ; synovial membrane; ; decidua; ; synovial joint; ; parietal pleura; ; saphenous vein; ; pericardium;
	Top expressed in
	belly cord; ; dermis; ; efferent ductule; ; calvaria; ; cervix; ; body of femur; ; left lung lobe; ; human fetus; ; vas deferens; ; epithelium of lens;
	More reference expression data
	More reference expression data
showГенная онтология
Molecular function	peptidase inhibitor activity; serine-type endopeptidase inhibitor activity; extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength;
Cellular component	extracellular matrix; extracellular vesicle; collagen type VI trimer; sarcolemma; collagen; endoplasmic reticulum lumen; extracellular exosome; extracellular space; extracellular region; collagen-containing extracellular matrix;
Biological process	collagen catabolic process; muscle organ development; negative regulation of peptidase activity; cell adhesion; extracellular matrix organization; negative regulation of endopeptidase activity; growth plate cartilage chondrocyte morphogenesis;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	1293
	12835
	ENSG00000163359
	ENSMUSG00000048126
	P12111
	н/д
	НМ_004369 ; НМ_057164 ; НМ_057165 ; НМ_057166 ; НМ_057167
	НМ_001243008 ; НМ_001243009 ; НМ_009935
	НП_004360 ; НП_476505 ; НП_476506 ; НП_476507 ; НП_476508
	н/д
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Цепь коллагена альфа-3(VI) представляет собой белок , который у человека кодируется COL6A3 геном . ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}^{[ 7 ]} Этот белок представляет собой альфа-цепь коллагена типа VI, которая способствует образованию микрофибрилл. ^{[ 8 ]} Как часть коллагена типа VI, этот белок участвует в миопатии Бетлема, врожденной мышечной дистрофии Ульриха (UCMD) и других заболеваниях, связанных с мышечной и соединительной тканью. ^{[ 7 ]}^{[ 9 ]}^{[ 10 ]}

Структура

Этот ген кодирует альфа-3-цепь, одну из трех альфа-цепей коллагена типа VI, коллагеновых нитей в виде бусинок, обнаруженных в большинстве соединительных тканей. Цепь альфа-3 коллагена типа VI намного больше, чем цепи альфа-1 и альфа-2. Эта разница в размерах во многом обусловлена увеличением количества субдоменов, подобных доменам типа А фактора фон Виллебранда, обнаруженным в аминоконцевом глобулярном домене всех альфа-цепей. Помимо полноразмерного транскрипта, были идентифицированы четыре варианта транскрипта, которые кодируют белки с N-концевыми глобулярными доменами разных размеров. ^{[ 7 ]}

Функция

Было показано, что цепь альфа-3 типа VI связывает белки внеклеточного матрикса, и это взаимодействие объясняет важность этого коллагена в организации компонентов матрикса. ^{[ 7 ]} Образование микрофибрилл было связано с взаимодействиями между ее N-концевым субдоменом N5 и ее C-концевым доменом C5 в соседних мономерах коллагена типа VI. ^{[ 8 ]}

Клиническое значение

Мутации в генах коллагена типа VI связаны с миопатией Бетлема и врожденной мышечной дистрофией Ульриха (UCMD). ^{[ 7 ]}^{[ 9 ]} Как правило, пациенты как с миопатией Бетлема, так и с аутосомно-рецессивным ЯКМД являются гетерозиготными по мутациям в трех альфа-цепях коллагена VI типа, но симптомы проявляются только у первых. Из трех альфа-цепей мутации COL6A3 вызывают только 18% случаев миопатии Бетлема и ЯЦМД. ^{[ 9 ]} Исследование мутаций UCMD, проведенное Zhang et al., обнаружило только одну непатогенную мутацию в COL6A3. ^{[ 10 ]} Тем не менее, нокдаун мутантного COL6A3 в клетках фибробластов пациентов с использованием siRNA успешно улучшил клеточное отложение коллагена типа VI при аутосомно-доминантном ЯКМД и может стать многообещающим методом лечения этого заболевания. ^{[ 9 ]} Хотя высокие уровни экспрессии COL6A3 коррелируют с ожирением и диабетом у мышей, у людей эта связь не наблюдалась. ^{[ 11 ]} Другие нарушения, затрагивающие мышцы и соединительную ткань, включают слабость, слабость суставов и контрактуры, а также аномалии кожи. ^{[ 9 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000163359 – Ensembl , май 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000048126 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Занусси С., Долиана Р., Сегат Д., Бональдо П., Коломбатти А. (ноябрь 1992 г.). «Ген коллагена VI типа человека. мРНК и белковые варианты альфа-3-цепи, генерируемые путем альтернативного сплайсинга дополнительного 5-концевого экзона» . Журнал биологической химии . 267 (33): 24082–9. дои : 10.1016/S0021-9258(18)35949-0 . ПМИД 1339440 .
^ Демир Э., Сабателли П., Алламанд В., Феррейро А., Могадасзаде Б., Макрелуф М., Топалоглу Х., Эшенн Б., Мерлини Л., Гишени П. (июнь 2002 г.). «Мутации в COL6A3 вызывают тяжелые и легкие фенотипы врожденной мышечной дистрофии Ульриха» . Американский журнал генетики человека . 70 (6): 1446–58. дои : 10.1086/340608 . ПМК 419991 . ПМИД 11992252 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и «Ген Энтреза: коллаген COL6A3, тип VI, альфа 3» .
^ Jump up to: ^а ^б Ламанде С.Р., Мергелин М., Адамс Н.Е., Селан С., Аллен Дж.М. (июнь 2006 г.). «Домен C5 цепи альфа3(VI) коллагена VI имеет решающее значение для формирования внеклеточных микрофибрилл и присутствует во внеклеточном матриксе культивируемых клеток» . Журнал биологической химии . 281 (24): 16607–14. дои : 10.1074/jbc.M510192200 . ПМИД 16613849 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и Бушби К.М., Коллинз Дж., Хикс Д. (2014). «Коллагеновые миопатии VI типа». Прогресс в области наследственных заболеваний мягкой соединительной ткани . Достижения экспериментальной медицины и биологии. Том. 802. стр. 185–99. дои : 10.1007/978-94-007-7893-1_12 . ISBN 978-94-007-7892-4 . ПМИД 24443028 .
^ Jump up to: ^а ^б Чжан Ю.З., Чжао Д.Х., Ян Х.П., Лю А.Дж., Чанг XZ, Хонг DJ, Боннеманн С., Юань Ю, Ву XR, Сюн Х. (май 2014 г.). «Новые мутации коллагена VI, выявленные у китайских пациентов с врожденной мышечной дистрофией Ульриха». Всемирный журнал педиатрии . 10 (2): 126–32. дои : 10.1007/s12519-014-0481-1 . ПМИД 24801232 . S2CID 38175712 .
^ Маккаллох Л.Дж., Роулинг Т.Дж., Сьёхольм К., Франк Н., Данкель С.Н., Прайс Э.Дж., Найт Б., Ливерседж Н.Х., Меллгрен Г., Нистром Ф., Карлссон Л.М., Кос К. (январь 2015 г.). «COL6A3 регулируется лептином в жировой ткани человека и снижается при ожирении» . Эндокринология . 156 (1): 134–46. дои : 10.1210/en.2014-1042 . hdl : 10871/26502 . ПМИД 25337653 .

Дальнейшее чтение

Лампе А.К., Бушби К.М. (сентябрь 2005 г.). «Мышечные расстройства, связанные с коллагеном VI» . Журнал медицинской генетики . 42 (9): 673–85. дои : 10.1136/jmg.2002.002311 . ПМЦ 1736127 . ПМИД 16141002 .
Чу М.Л., Чжан Р.З., Пан Т.К., Стоукс Д., Конвей Д., Куо Х.Дж., Гланвилл Р., Майер У., Манн К., Дойцманн Р. (февраль 1990 г.). «Мозаичная структура глобулярных доменов в альфа-3-цепи коллагена VI типа человека: сходство с фактором фон Виллебранда, фибронектином, актином, белками слюны и ингибиторами протеазы апротининового типа» . Журнал ЭМБО . 9 (2): 385–93. дои : 10.1002/j.1460-2075.1990.tb08122.x . ПМК 551678 . ПМИД 1689238 .
Чу М.Л., Конвей Д., Пан Т.С., Болдуин С., Манн К., Дойцманн Р., Тимпл Р. (декабрь 1988 г.). «Аминокислотная последовательность трехспирального домена человеческого коллагена типа VI» . Журнал биологической химии . 263 (35): 18601–6. дои : 10.1016/S0021-9258(18)37327-7 . ПМИД 3198591 .
Вейл Д., Маттей М.Г., Пассаж Е., Н'Гуен В.К., Прибула-Конвей Д., Манн К., Дойцманн Р., Тимпл Р., Чу М.Л. (март 1988 г.). «Клонирование и хромосомная локализация генов человека, кодирующих три цепи коллагена VI типа» . Американский журнал генетики человека . 42 (3): 435–45. ПМК 1715162 . ПМИД 3348212 .
Чу М.Л., Манн К., Дойцманн Р., Прибула-Конвей Д., Сюй-Чен CC, Бернард М.П., Тимпл Р. (октябрь 1987 г.). «Характеристика трех составляющих цепей коллагена типа VI с помощью пептидных последовательностей и клонов кДНК». Европейский журнал биохимии . 168 (2): 309–17. дои : 10.1111/j.1432-1033.1987.tb13422.x . ПМИД 3665927 .
Арну Б., Мериго К., Салуджян П., Норрис Ф., Норрис К., Бьёрн С., Олсен О., Петерсен Л., Дюкруа А. (март 1995 г.). «Структура 1,6 А домена Кунитца из альфа-3-цепи человеческого коллагена VI типа». Журнал молекулярной биологии . 246 (5): 609–17. дои : 10.1016/S0022-2836(05)80110-X . ПМИД 7533217 .
Пфафф М., Омейли М., Спекс У., Нолле Дж., Зервес Х.Г., Тимпл Р. (май 1993 г.). «Зависимость адгезии клеток к нативной и развернутой тройной спирали коллагена типа VI от интегрина и Arg-Gly-Asp». Экспериментальные исследования клеток . 206 (1): 167–76. дои : 10.1006/excr.1993.1134 . ПМИД 8387021 .
Йобсис Г.Дж., Кейзерс Х., Врейлинг Дж.П., де Виссер М., Шпеер М.К., Вольтерман Р.А., Баас Ф., Болхейс П.А. (сентябрь 1996 г.). «Мутации коллагена типа VI при миопатии Бетлема, аутосомно-доминантной миопатии с контрактурами». Природная генетика . 14 (1): 113–5. дои : 10.1038/ng0996-113 . ПМИД 8782832 . S2CID 26173341 .
Цвекстеттер М., Чиш М., Майер У., Чу М.Л., Зинт В., Тимпл Р., Холак Т.А. (февраль 1996 г.). «Структура и множественные конформации домена кунитцевого типа из цепи альфа3 (VI) коллагена VI типа человека в растворе» . Структура 4 (2): 195–209. дои : 10.1016/S0969-2126(96) 00022-6 hdl : 11858/00-001M-0000-002B-A339-E . ПМИД 8805527 .
Мьинт Э., Браун DJ, Любимов А.В., Чьяу М., Кенни MC (сентябрь 1996 г.). «Расщепление альфа-3-цепи коллагена VI типа роговицы человека матриксной металлопротеиназой-2». Роговица . 15 (5): 490–6. дои : 10.1097/00003226-199609000-00009 . ПМИД 8862926 .
Соренсен, доктор медицинских наук, Бьорн С., Норрис К., Олсен О, Петерсен Л., Джеймс Т.Л., Лед Джей-Джей (август 1997 г.). «Структура раствора и динамика основной цепи C-концевого домена Кунитца коллагена VI типа альфа3 человека». Биохимия . 36 (34): 10439–50. дои : 10.1021/bi9705570 . ПМИД 9265624 .
Ламанде С.Р., Сигалас Э., Пан Т.К., Чу М.Л., Дзиадек М., Тимпл Р., Бейтман Дж.Ф. (март 1998 г.). «Роль цепи альфа3(VI) в сборке коллагена VI. Экспрессия цепи альфа3(VI) без N-концевых модулей N10-N7 восстанавливает сборку, секрецию и отложение матрикса коллагена VI в клетке с дефицитом альфа3(VI)». линия" . Журнал биологической химии . 273 (13): 7423–30. дои : 10.1074/jbc.273.13.7423 . ПМИД 9516440 .
Клевер С.Е., Кроб С.Л., Колкер С.Дж., Киттен Г.Т. (март 1998 г.). «Экспрессия коллагена типа VI в развивающемся сердце мыши». Динамика развития . 211 (3): 248–55. doi : 10.1002/(SICI)1097-0177(199803)211:3<248::AID-AJA6>3.0.CO;2-H . ПМИД 9520112 . S2CID 13299579 .
Пан Т.К., Чжан Р.З., Перикак-Вэнс М.А., Тандан Р., Фрайс Т., Стажич Дж.М., Вайлс К., Вэнс Дж.М., Чу М.Л., Спир М.К. (май 1998 г.). «Миссенс-мутация в домене фактора фон Виллебранда типа А гена коллагена альфа 3 (VI) (COL6A3) в семье с миопатией Бетлема» . Молекулярная генетика человека . 7 (5): 807–12. дои : 10.1093/hmg/7.5.807 . ПМИД 9536084 .
Айгнер Т., Хамбах Л., Сёдер С., Шлётцер-Шрехардт У., Пёшль Э. (январь 2002 г.). «Домен C5 Col6A3 отщепляется от фибрилл Col6 сразу после секреции». Связь с биохимическими и биофизическими исследованиями . 290 (2): 743–8. дои : 10.1006/bbrc.2001.6227 . ПМИД 11785962 .
Меркури Э., Юва И., Браун С.К., Брокингтон М., Кинали М., Юнгблут Х., Фенг Л., Сьюри К.А., Мунтони Ф. (май 2002 г.). «Вовлечение коллагена VI в синдром Ульриха: клиническое, генетическое и иммуногистохимическое исследование». Неврология . 58 (9): 1354–9. дои : 10.1212/wnl.58.9.1354 . ПМИД 12011280 . S2CID 36063361 .
Арну Б., Дюкре А., Пранге Т. (июль 2002 г.). «Анизотропное поведение С-концевого домена Кунитца цепи альфа3 человеческого коллагена типа VI при атомном разрешении (0,9 А)». Acta Crystallographica Раздел D. 58 (Часть 7): 1252–4. дои : 10.1107/S0907444902007333 . ПМИД 12077460 .

Внешние ссылки

Запись GeneReviews/NCBI/NIH/UW об обзоре врожденной мышечной дистрофии

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000163359 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000048126 – Ensembl , май 2017 г.

[3] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid1339440-5] Занусси С., Долиана Р., Сегат Д., Бональдо П., Коломбатти А. (ноябрь 1992 г.). «Ген коллагена VI типа человека. мРНК и белковые варианты альфа-3-цепи, генерируемые путем альтернативного сплайсинга дополнительного 5-концевого экзона» . Журнал биологической химии . 267 (33): 24082–9. дои : 10.1016/S0021-9258(18)35949-0 . ПМИД 1339440 .

[pmid11992252-6] Демир Э., Сабателли П., Алламанд В., Феррейро А., Могадасзаде Б., Макрелуф М., Топалоглу Х., Эшенн Б., Мерлини Л., Гишени П. (июнь 2002 г.). «Мутации в COL6A3 вызывают тяжелые и легкие фенотипы врожденной мышечной дистрофии Ульриха» . Американский журнал генетики человека . 70 (6): 1446–58. дои : 10.1086/340608 . ПМК 419991 . ПМИД 11992252 .

[entrez-7] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и «Ген Энтреза: коллаген COL6A3, тип VI, альфа 3» .

[pmid16613849-8] Jump up to: ^а ^б Ламанде С.Р., Мергелин М., Адамс Н.Е., Селан С., Аллен Дж.М. (июнь 2006 г.). «Домен C5 цепи альфа3(VI) коллагена VI имеет решающее значение для формирования внеклеточных микрофибрилл и присутствует во внеклеточном матриксе культивируемых клеток» . Журнал биологической химии . 281 (24): 16607–14. дои : 10.1074/jbc.M510192200 . ПМИД 16613849 .

[pmid24443028-9] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и Бушби К.М., Коллинз Дж., Хикс Д. (2014). «Коллагеновые миопатии VI типа». Прогресс в области наследственных заболеваний мягкой соединительной ткани . Достижения экспериментальной медицины и биологии. Том. 802. стр. 185–99. дои : 10.1007/978-94-007-7893-1_12 . ISBN 978-94-007-7892-4 . ПМИД 24443028 .

[pmid24801232-10] Jump up to: ^а ^б Чжан Ю.З., Чжао Д.Х., Ян Х.П., Лю А.Дж., Чанг XZ, Хонг DJ, Боннеманн С., Юань Ю, Ву XR, Сюн Х. (май 2014 г.). «Новые мутации коллагена VI, выявленные у китайских пациентов с врожденной мышечной дистрофией Ульриха». Всемирный журнал педиатрии . 10 (2): 126–32. дои : 10.1007/s12519-014-0481-1 . ПМИД 24801232 . S2CID 38175712 .

[11] Маккаллох Л.Дж., Роулинг Т.Дж., Сьёхольм К., Франк Н., Данкель С.Н., Прайс Э.Дж., Найт Б., Ливерседж Н.Х., Меллгрен Г., Нистром Ф., Карлссон Л.М., Кос К. (январь 2015 г.). «COL6A3 регулируется лептином в жировой ткани человека и снижается при ожирении» . Эндокринология . 156 (1): 134–46. дои : 10.1210/en.2014-1042 . hdl : 10871/26502 . ПМИД 25337653 .

[1]

[2]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]