Британский консорциум по геномике COVID-19

Геномика COVID-19, Великобритания
Учредил	апрель 2020 г.
Фокус	COVID-19 Геномное секвенирование
Ключевые люди	Шэрон Пикок
Бюджет	32,2 миллиона фунтов стерлингов
Расположение	Великобритания

Консорциум Covid-19 Genomics UK (COG-UK) — это группа академических учреждений и агентств общественного здравоохранения в Соединенном Королевстве, созданная в апреле 2020 года. ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]}^{[ 3 ]} собирать, секвенировать и анализировать геномы SARS-CoV-2 в масштабе в рамках реагирования на пандемию COVID-19 .

Геномные данные, полученные COG-UK, были интегрированы с эпидемиологическими данными и записями о состоянии здоровья пациентов для мониторинга завоза в Великобританию, передачи среди населения и вспышек SARS-CoV-2; оценить изменения в трансмиссивности и вирулентности; и оценить влияние лечения и нефармацевтических вмешательств. Члены COG-UK также провели исследование, в ходе которого были объединены данные о геномике человека и здоровье, чтобы понять биологию SARS-CoV-2 и его влияние на инфицированных. ^{[ 4 ]}

В ноябре 2020 года консорциум выявил альфа-вариант SARS-CoV-2 (в то время известный как вариант 202012/01), который стал предметом последующих расследований агентств общественного здравоохранения Великобритании, координируемых Министерством общественного здравоохранения Англии и при поддержке COG-UK. ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}

В период с апреля по сентябрь 2021 года секвенирование SARS-CoV-2 стало национальной службой общественного здравоохранения. ^{[ 7 ]} после чего COG-UK сосредоточилась на связывании данных, исследованиях и международном обучении. ^{[ 8 ]}

Консорциум официально закрылся в конце марта 2023 года. ^{[ 4 ]}

Финансирование

COG-UK получила поддержку в размере 20 миллионов фунтов стерлингов от Министерства здравоохранения и социальной защиты , исследований и инноваций Великобритании (UKRI) и Института Wellcome Sanger . ^{[ 1 ]}

В ноябре 2020 года консорциум получил еще 12,2 миллиона фунтов стерлингов из Фонда инноваций в области тестирования Министерства здравоохранения и социальной защиты для расширения возможностей секвенирования генома, необходимых для удовлетворения растущего числа случаев COVID-19 в Великобритании в зимний период 2020–2021 годов. ^{[ 9 ]}

Совместно с Wellcome Connecting Science компания COG-UK также получила грант Министерства иностранных дел, по делам Содружества и развития / Wellcome по обеспечению готовности к эпидемии коронавируса в размере почти 1 миллиона фунтов стерлингов на разработку COG-Train, ^{[ 10 ]} программа обучения для поддержки мирового научного сообщества и сообщества общественного здравоохранения в секвенировании генома SARS-CoV-2. ^{[ 11 ]}

Структура

В консорциум вошли четыре агентства общественного здравоохранения Великобритании, Институт Wellcome Sanger , шестнадцать академических партнеров и организации Национальной службы здравоохранения. Он принял модель Hub and Spoke с централизованным административным центром ( Кембриджский университет ), национальным центром секвенирования ( Институт Сэнгера ), а также возможностями секвенирования и анализа, распределенными на региональном уровне между всеми партнерами. ^{[ 12 ]}

Быстрый запуск и доставка данных секвенирования генома SARS-CoV-2 стали возможными благодаря использованию уже существующей инфраструктуры и опыта партнеров и членов COG-UK. Например, COG-UK полагалась на облачную инфраструктуру микробной биоинформатики (CLIMB), ^{[ 14 ]} который был запущен в 2014 году при поддержке Совета медицинских исследований . CLIMB — это открытая облачная вычислительная инфраструктура для разработки и обмена наборами данных, а также биоинформатическим программным обеспечением, инструментами и методами для интерпретации «больших данных». ^{[ 15 ]} CLIMB — это партнерство между университетами Бата, Бирмингема, Кардиффа, Лестера, Суонси и Уорика, Лондонской школой гигиены и тропической медицины и Институтом Квадрам. ^{[ 16 ]}

Данные генома каждого секвенированного положительного образца были связаны с человеком, предоставившим образец, с использованием анонимного кода. Они были загружены в CLIMB-COVID, где геномы можно было охарактеризовать, что включало отнесение каждого генома к линии и обнаружение мутаций. Агентства общественного здравоохранения затем смогли получить доступ к этой информации и связать ее с подробной информацией об общественном здравоохранении. ^{[ 17 ]}

Ключевые люди

Исполнительным директором и председателем консорциума стала Шэрон Пикок , профессор и микробиолог Кембриджского университета . ^{[ 18 ]}^{[ 19 ]}

Более 600 членов консорциума внесли свой вклад в работу COG-UK с апреля 2020 года по конец марта 2023 года. ^{[ 20 ]} ключевые роли выполняют исследователи из всех партнеров консорциума, ^{[ 21 ]} и команда менеджеров из Кембриджского университета. ^{[ 22 ]}

Влияние

COG-UK стала пионером в раннем и крупномасштабном скоординированном национальном секвенировании вирусных геномов SARS-CoV-2, а также в открытом и быстром обмене геномными данными.

К декабрю 2020 года COG-UK секвенировал геномы более 150 000 образцов вируса SARS-CoV-2 и загрузил их в GISAID , что составляет около 5% всех случаев заболевания COVID-19 в Великобритании. Примерно 60% из них были секвенированы в Wellcome Sanger Institute . К декабрю 2021 года в Великобритании секвенировали более 1,8 миллиона геномов SARS-CoV-2.

Выводы, полученные в результате анализа этих геномных данных, оказали ряд последствий во время реагирования на пандемию COVID-19: ^{[ 23 ]}

Обеспечение возможности выявления и мониторинга «вариантов, вызывающих обеспокоенность» и «вариантов, находящихся на стадии расследования», для информирования о действиях общественного здравоохранения и политических решениях. ^{[ 19 ]}
Отслеживание появления и распространения COVID-19 для информирования пограничного контроля, борьбы со вспышками и политики общественного здравоохранения. ^{[ 24 ]}
Содействие ключевым исследованиям COVID-19 в Великобритании:
- Исследование COG-UK HOCI (больничные инфекции COVID-19) ^{[ 25 ]}^{[ 26 ]}^{[ 27 ]}
- Исследование Управления национальной статистики (ONS) по инфекции COVID-19 (СНГ) ^{[ 28 ]}^{[ 29 ]}
- Исследование «Оценка передачи вируса в сообществе в режиме реального времени» (REACT) ^{[ 30 ]}^{[ 31 ]}
- Исследование Вивальди ^{[ 32 ]}^{[ 33 ]}
- Оксфордское испытание вакцины ^{[ 34 ]}
- Испытание вакцины Новавакс ^{[ 35 ]}
Расширение понимания биологии и эволюции вируса SARS-CoV-2 для определения методов лечения, разработки вакцин и диагностики. ^{[ 36 ]}
Усиление реагирования на пандемию за счет быстрого выпуска данных о геноме и разработки эффективных и экономичных протоколов секвенирования и инструментов анализа общедоступных данных с открытым доступом. ^{[ 17 ]}

К сентябрю 2021 года COG-UK сосредоточилась на трех стратегических областях: ^{[ 8 ]}

Повышение ценности данных о последовательностях вирусного генома за счет более обширной связи данных, включая данные о геноме человека и наборы клинических данных.
Продвижение исследований по передаче SARS-CoV-2, вариантам, методам и инструментам анализа.
Координация глобальной программы обучения геномике SARS-CoV-2 (COG-Train).

Связь и анализ данных

Связывая и анализируя различные типы данных, можно провести более глубокие исследования и получить новое понимание различий в передаче вариантов SARS-CoV-2 и заболеваний, которые они вызывают.

COG-UK сотрудничала с партнерами через Альянс исследований данных здравоохранения Великобритании и Платформу анализа данных о вспышках (ODAP), чтобы связать данные вирусного генома с другими сложными наборами данных. ^{[ 37 ]}^{[ 38 ]}

Благодаря этому сотрудничеству данные секвенирования SARS-CoV-2 были связаны с рядом различных наборов данных, включая:

Секвенирование хозяина (исследовательские когорты GenOMICC и Великобритании)
Клиническая тяжесть (ISARIC 4C, ICNARC CMP)
Исходы госпитализации (PHOSP-COVID)
Данные о госпитализации в отделения неотложной помощи (Англия и Уэльс)
Данные о вакцинации
Инфекционный контроль в больницах (данные HOCI)

Все такие связанные данные надежно хранятся с контролируемым доступом через утвержденные каналы для обеспечения конфиденциальности пациентов и обеспечения надлежащего использования и указания авторства. ^{[ 39 ]}

Исследовать

COG-UK предоставила членам консорциума стартовое финансирование для реализации исследовательских проектов, которые позволят получить новые идеи, имеющие отношение к пандемии COVID-19, и для подготовки к будущим пандемиям. ^{[ 40 ]}

Эти проекты были сосредоточены на:

Мониторинг и понимание появления вариантов SARS-CoV-2, которые могут более легко передаваться и/или обходить иммунитет.
Интеграция данных о геноме патогена с данными диагностики и быстрого генотипирования для повышения готовности к пандемии.
Разработка онлайн-ресурсов для улучшения доступа к процессам контроля качества данных о геноме SARS-CoV-2.
Улучшение связи и интеграции геномных данных с различными типами эпидемиологических и клинических метаданных.
Разработка метагеномных технологий для наблюдения за известными и неизвестными патогенами, потенциально способными повлиять на здоровье человека.

COG-UK также предоставила начальное финансирование членам консорциума для поддержки молодых ученых, активизирующих исследовательские проекты, отложенные из-за времени, потраченного на борьбу с пандемией. ^{[ 4 ]}

Обучение

Совместно с Wellcome Connecting Science COG-UK создала бесплатную международную онлайн-программу обучения использованию геномики для исследования SARS-CoV-2 и других инфекционных заболеваний. Программа, известная как COG-Train, стремилась «содействовать расширению глобального потенциала секвенирования и анализа генома, уменьшить неравенство в секвенировании и усилить надзор за патогенами». Его учебные курсы были созданы благодаря партнерству с международными исследователями, экспертами в области общественного здравоохранения и сетями эпиднадзора. Результаты COG-Train включали серию массовых онлайн-курсов с открытым доступом по всем аспектам секвенирования SARS-CoV-2, а также недельные интенсивные виртуальные учебные курсы, короткие экспертные семинары и параллельные распределенные классы. ^{[ 41 ]}

При финансовой поддержке Wellcome Trust и Министерства иностранных дел, по делам Содружества и развития компания COG-Train провела бесплатное онлайн-обучение для тысяч учащихся в более чем 100 странах мира. Трехнедельный курс «Сила геномики в понимании пандемии COVID-19» по-прежнему доступен на платформе FutureLearn. ^{[ 42 ]} Этот и все другие учебные ресурсы COG-UK были сохранены в репозитории GitHub и остаются легко и открыто доступными в долгосрочной перспективе.

COG-Train был отмечен на Кембриджской независимой премии в области науки и технологий 2024 года, получив высокую оценку в категории награды «Технологии во благо». ^{[ 43 ]}

Разработка протоколов и инструментов

Протоколы и инструменты, разработанные членами консорциума COG-UK, использовались во всем мире в течение первых трех лет пандемии COVID-19 и продолжают приносить пользу сегодня. К ним относятся:

Протоколы секвенирования, разработанные сетью ARTIC. ^{[ 44 ]}^{[ 45 ]}
Номенклатура линий SARS-CoV-2, разработанная сетью PANGO. ^{[ 46 ]}
Биоинформационные инструменты, разработанные участниками cov-lineages.org, включая Pangolin, ^{[ 46 ]}^{[ 47 ]} Скорпион, Циветта, Хорек, ГРИНЧ ^{[ 48 ]} и Лама. ^{[ 49 ]}
COG Обозреватель мутаций. ^{[ 50 ]}
CoV-КЛЕЙ. ^{[ 51 ]}

К декабрю 2020 года количество последовательностей, загруженных в GISAID COG-UK , составляло чуть менее 5% всех случаев COVID-19 в Великобритании по сравнению с 3,2% в США и 60% в Австралии . ^{[ 19 ]} Примерно 60% из них были секвенированы в Институте Wellcome Sanger. ^{[ 18 ]} Сообщалось, что консорциум COG-UK понял «генетическую историю более чем 150 000 образцов вируса SARS-CoV-2». ^{[ 52 ]}

По данным сайта COG-UK, к декабрю 2021 года в Великобритании секвенировали более 1,8 миллиона геномов SARS-CoV-2. ^{[ 53 ]}

События

Семинары и выставки

COG-UK провела серию мероприятий, чтобы поделиться достижениями и открытиями, полученными в результате работы членов консорциума, а также предоставить площадки для дискуссий. В их число входили семинары и научные выставки, ^{[ 54 ]}^{[ 55 ]} где члены консорциума поделились своим анализом и идеями друг с другом и общественностью.

В октябре 2021 года на мероприятии COG-UK Together члены консорциума присоединились к смешанному онлайн- и очному мероприятию, чтобы поделиться своим опытом за первые 18 месяцев пандемии. ^{[ 56 ]}

Женщины в COG

Члены консорциума также организовали и провели серию интервью «Женщины в COG», в которых были представлены жизнь и работа вдохновляющих женщин (и мужчин-сторонников/союзников) из сети COG-UK и за пределами консорциума. В число опрошенных вошли:

доктор Шарлотта Саммерс ^{[ 57 ]}

Профессор Джуди Брюэр ^{[ 58 ]}
Анджела Дуглас MBE ^{[ 59 ]}
Доктор Магдалена Шкипер ^{[ 60 ]}
доктор Джун Рейн ^{[ 61 ]}
сэр Джереми Фаррар ^{[ 62 ]}
Д-р Мария Ван Керхове ^{[ 63 ]}
Колби Бенари ^{[ 64 ]}
Доктор Сеньюти Саха ^{[ 65 ]}
Профессор Эмма Томсон, ОБЕ ^{[ 66 ]}
Дама Кейт Бингэм ^{[ 67 ]}
Профессор Мариана Вьегас ^{[ 68 ]}
доктор Сэм Баррелл ^{[ 69 ]}

Эта серия также была преобразована в книгу под названием «Снимки женщин в COG: научное совершенство во время пандемии COVID-19». ^{[ 70 ]}

Наследие

Публикации

Члены COG-UK выпустили более 100 публикаций. ^{[ 71 ]} с использованием данных, анализа и инструментов, разработанных в период с апреля 2020 года по март 2023 года. ^{[ 72 ]}

Оценка Rand Europe

Независимая оценка, проведенная Rand Europe, показала, что COG-UK внесла «разнообразный вклад в понимание и реагирование на пандемию COVID-19», а также «значительный и ценный вклад в геномику общественного здравоохранения Великобритании». ^{[ 73 ]}

В отчете определены ключевые достижения COG-UK:

Помощь в расширении научных знаний о SARS-CoV-2 и совершенствовании методологий секвенирования и анализа генома.
Информирование о ключевых политических решениях и решениях в области общественного здравоохранения, принятых в ответ на пандемию COVID-19 в Великобритании.
Информирование об усилиях по инновациям в области медицины, включая оценку эффективности вакцин против вариантов SARS-CoV-2 и их чувствительности к терапевтическим препаратам.
Влияние на то, как лица, принимающие решения, ценят геномику патогенов при построении эффективных систем общественного здравоохранения.
Укрепление потенциала геномики патогенов в Великобритании и способности реагировать на будущие угрозы инфекционных заболеваний.
Оказал влияние на международные инициативы по секвенированию SARS-CoV-2.

История COG-UK

История консорциума отражена на выставке «Cracking Covid: История COG-UK», курируемой историком медицины Ларой Маркс, которая документирует работу и достижения COG-UK на основе интервью с более чем восемьюдесятью членами консорциума. ^{[ 74 ]} Доступ к выставке бесплатный через платформу «Что такое биотехнология».

Избранные публикации

Ло, Стефани В.; Ямрози, Дорота (20 июля 2020 г.). «Геномика и эпидемиологический надзор» . Обзоры природы. Микробиология : 1. doi : 10.1038/s41579-020-0421-0 . ISSN 1740-1526 . ПМЦ 7371787 . ПМИД 32690878 .
Мередит, Люк В.; Гамильтон, Уильям Л.; Уорн, Бен; Хоулдкрофт, Шарлотта Дж.; Хосмилло, Майра; Джахун, Амину С.; Карран, Мартин Д.; Пармар, Сурендра; Коллер, Лаура Г.; Кэдди, Сара Л.; Хохар, Фахад А. (1 ноября 2020 г.). «Быстрое внедрение секвенирования SARS-CoV-2 для расследования случаев заражения COVID-19, связанного со здравоохранением: проспективное геномное исследование» . Ланцет инфекционных заболеваний . 20 (11): 1263–1271. дои : 10.1016/S1473-3099(20)30562-4 . ISSN 1473-3099 . ПМИД 32679081 .
да Силва Филипе, Ана; Шепард, Джеймс Г.; Уильямс, Томас; Хьюз, Джозеф; Арандей-Кортес, Элиуй; Асамафан, Патави; Ашраф, Ширин; Балькасар, Карлос; Брункер, Кирстин; Кэмпбелл, Аласдер; Кармайкл, Стивен (январь 2021 г.). «Геномная эпидемиология выявила многочисленные заносы SARS-CoV-2 из материковой Европы в Шотландию» . Природная микробиология. 6 (1): 112–122. дои: 10.1038/s41564-020-00838-z . ISSN 2058-5276 .
Эмари, Кэтрин Р.В.; Голубчик, Таня; Алей, Парвиндер К.; Ариани, Кристина В.; Ангус, Брайан; Биби, Сагида; Блейн, Бет; Бонсолл, Дэвид; Чиккони, Паола; Чарльтон, Сью; Клаттербак, Элизабет А. (10 апреля 2021 г.). «Эффективность вакцины ChAdOx1 nCoV-19 (AZD1222) против вызывающего беспокойство варианта SARS-CoV-2 202012/01 (B.1.1.7): исследовательский анализ рандомизированного контролируемого исследования». Ланцет . 397 (10282): 1351–1362. дои : 10.1016/S0140-6736(21)00628-0. ISSN 0140-6736. PMC 8009612. PMID 33798499.
Николлс, Сэмюэл М.; Поплавский, Радослав; Булл, Мэтью Дж.; Андервуд, Энтони; Чепмен, Майкл; Абу-Дахаб, Халил; Тейлор, Бен; Колкухун, Рэйчел М.; Роу, Уилл П.М.; Джексон, Бен; Хилл, Верити (1 июля 2021 г.). «CLIMB-COVID: непрерывная интеграция, поддерживающая децентрализованное секвенирование для геномного надзора за SARS-CoV-2». Геномная биология . 22 (1): 196. doi :10.1186/s13059-021-02395-y. ISSN 1474-760X. ПМЦ 8247108. ПМИД 34210356.
Ферингер, Харальд С.; Сандерсон, Тео; Синнотт, Мэтью; Де Майо, Никола; Нгуен, Туи; Козел, Ричард; Слабый, Фрэнк; Харрисон, Ян; Хеллевелл, Джоэл; Ариани, Кристина В.; Гонсалвес, Соня (декабрь 2021 г.). «Геномная реконструкция эпидемии SARS-CoV-2 в Англии». Природа . 600 (7889): 506–511. дои : 10.1038/s41586-021-04069-y. ISSN 1476-4687. ПМЦ 8674138. ПМИД 34649268.

Ссылки

^ Перейти обратно: ^а ^б ^с «Великобритания создает альянс по секвенированию всего генома для составления карты распространения коронавируса» . Консорциум COG-UK . 23 марта 2020 г. Архивировано из оригинала 25 сентября 2020 г. . Проверено 23 декабря 2020 г.
^ Пикок, Шэрон (17 декабря 2020 г.). «Краткая история Консорциума по геномике COVID-19 Великобритании (COG-UK)» . Консорциум COG-UK . Архивировано из оригинала 17 декабря 2020 года . Проверено 19 января 2021 г.
^ Галлахер, Джеймс (23 марта 2020 г.). «Коронавирус будут отслеживать по его генетическому коду» . www.bbc.co.uk. Проверено 27 января 2021 г. Проект, получивший название «Консорциум по геномике Covid-19 Великобритании», представляет собой сотрудничество между Национальной службой здравоохранения, агентствами общественного здравоохранения и университетами Института Wellcome Sanger. Министр бизнеса Алок Шарма заявил: «Этот новый консорциум объединит самых ярких и лучших ученых Великобритании, чтобы лучше понять эту пандемию, бороться с этой болезнью и, в конечном итоге, спасти жизни».
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с «Веб-архив правительства Великобритании» . webarchive.nationalarchives.gov.uk . Проверено 23 января 2024 г.
^ Декабрь 2020 г., COG-UK 14 (14 декабря 2020 г.). «Обновленная информация о новом варианте SARS-CoV-2 и о том, как COG-UK отслеживает возникающие мутации - Консорциум COG-UK» . www.cogconsortium.uk . Проверено 19 января 2021 г. {{cite web}}: CS1 maint: числовые имена: список авторов ( ссылка )
^ Уайз, Жаки (16 декабря 2020 г.). «Covid-19: В Великобритании выявлен новый вариант коронавируса» . БМЖ . 371 : м4857. дои : 10.1136/bmj.m4857 . ISSN 1756-1833 . ПМИД 33328153 .
^ «Как секвенирование SARS-CoV-2 становится национальной службой» . Консорциум COG-UK . 23 июля 2021 года. Архивировано из оригинала 25 июля 2021 года.
^ Перейти обратно: ^а ^б «Что дальше для COG-UK?» . 20 апреля 2021 г. Архивировано из оригинала 20 апреля 2021 г.
^ Ноябрь 2020 г., COG-UK 16 (16 ноября 2020 г.). «Увеличение финансирования на 12,2 миллиона фунтов стерлингов для геномного наблюдения за SARS-CoV-2 в реальном времени — Консорциум COG-UK» . www.cogconsortium.uk . Проверено 19 января 2021 г. {{cite web}}: CS1 maint: числовые имена: список авторов ( ссылка )
^ «Программа COG-Train» . Добро пожаловать на курсы и конференции по связям с наукой . Проверено 9 июля 2024 г.
^ «COG-UK и Wellcome Connecting Science получают финансирование от Wellcome и Министерства иностранных дел, по делам Содружества и развития на глобальную программу обучения по геномике SARS-CoV-2» . Добро пожаловать на курсы и конференции по связям с наукой . Проверено 23 января 2024 г.
^ «Консорциум геномики Великобритании (COG-UK) по геномике COVID-19» . www.sanger.ac.uk . Проверено 23 января 2024 г.
^ «Консорциум Партнеры» . Консорциум COG-UK . Проверено 22 декабря 2020 г.
^ «Как Британский консорциум по геномике Covid-19 секвенировал Sars-Cov-2 | Computer Weekly» . ComputerWeekly.com . Проверено 23 января 2024 г.
^ Коннор, Томас Р.; Ломан, Николас Дж.; Томпсон, Саймон; Смит, Энди; Саутгейт, Джоэл; Поплавский, Радослав; Булл, Мэтью Дж.; Ричардсон, Эмили; Исмаил, Мэтью; Томпсон, Саймон Элвуд-; Кухня, Кристина; Гость, Мартин; Бакке, Мариус; Шеппард, Сэмюэл К.; Паллен, Марк Дж. (20 сентября 2016 г.). «CLIMB (Облачная инфраструктура для микробной биоинформатики): онлайн-ресурс для сообщества медицинской микробиологии» . Микробная геномика . 2 (9): e000086. дои : 10.1099/mgen.0.000086 . ISSN 2057-5858 . ПМЦ 5537631 . ПМИД 28785418 .
^ «CLIMB | Облачная инфраструктура для микробной биоинформатики» . Проверено 23 января 2024 г.
^ Перейти обратно: ^а ^б Николлс, Сэмюэл М.; Поплавский, Радослав; Булл, Мэтью Дж.; Андервуд, Энтони; Чепмен, Майкл; Абу-Дахаб, Халил; Тейлор, Бен; Колкухун, Рэйчел М.; Роу, Уилл П.М.; Джексон, Бен; Хилл, Верити; О'Тул, Айн; Рей, Сара; Саутгейт, Джоэл; Амато, Роберто (декабрь 2021 г.). «CLIMB-COVID: непрерывная интеграция, поддерживающая децентрализованное секвенирование для геномного надзора за SARS-CoV-2» . Геномная биология . 22 (1): 196. дои : 10.1186/s13059-021-02395-y . ISSN 1474-760X . ПМК 8247108 . ПМИД 34210356 .
^ Перейти обратно: ^а ^б «Как Британия провела столько секвенирования генома коронавируса» . www.economist.com . 16 января 2021 г. Проверено 28 февраля 2021 г.
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с Сираноски, Дэвид (15 января 2021 г.). «Тревожные варианты COVID демонстрируют жизненно важную роль геномного надзора» . Природа . 589 (7842): 337–338. Бибкод : 2021Natur.589..337C . дои : 10.1038/d41586-021-00065-4 . ПМИД 33452508 . S2CID 231621736 .
^ Пикок, Шэрон (21 марта 2023 г.). «Последний полет COG-UK» . GOV.UK. COG-Великобритания. Архивировано из оригинала 22 мая 2023 года - в Национальном архиве.
^ «Ключевые участники» . GOV.UK. COG-Великобритания. Архивировано из оригинала 7 мая 2023 года в Национальном архиве.
^ «Управляющая команда» . GOV.UK. COG-Великобритания. Архивировано из оригинала 7 мая 2023 года в Национальном архиве.
^ Ло, Стефани В.; Ямрози, Дорота (20 июля 2020 г.). «Геномика и эпидемиологический надзор» . Обзоры природы Микробиология . 18 (9): 478. дои : 10.1038/s41579-020-0421-0 . ISSN 1740-1534 . ПМЦ 7371787 . ПМИД 32690878 .
^ Дэвис, Николас Г.; Эбботт, Сэм; Барнард, Розанна С.; Джарвис, Кристофер И.; Кучарски, Адам Дж.; Мандей, Джеймс Д.; Пирсон, Карл AB; Рассел, Тимоти В.; Талли, Дэмиен С.; Уошберн, Алекс Д.; Венселерс, Том (9 апреля 2021 г.). «Оценочная трансмиссивность и влияние SARS-CoV-2 линии B.1.1.7 в Англии» . Наука . 372 (6538): eabg3055. дои : 10.1126/science.abg3055 . ISSN 0036-8075 . ПМЦ 8128288 . ПМИД 33658326 .
^ Стерруп, Оливер; Блэкстоун, Джеймс; Мапп, Фиона; МакНил, Элисон; Панка, Моника; Холмс, Элисон; Мачин, Николас; Шин, Джи Йен; Махунгу, Табита; Саид, Кордо; Салуджа, Транприт; Таха, Юсри; Махида, Никундж; Папа, Кэсси; Чавла, Ану (13 сентября 2022 г.). «Эффективность быстрого секвенирования генома SARS-CoV-2 в поддержке инфекционного контроля при внутрибольничной инфекции COVID-19: многоцентровое проспективное исследование» . электронная жизнь . 11 . doi : 10.7554/eLife.78427 . ISSN 2050-084X . ПМЦ 9596156 . ПМИД 36098502 .
^ Колтон, Х.; Паркер, доктор медицины; Стерруп, О.; Блэкстоун, Дж.; Свободный, М.; МакКлюр, CP; Рой, С.; Уильямс, К.; Маклеод, Дж.; Смит, Д.; Таха, Ю.; Чжан, П.; Сюй, С.Н.; Келе, Б.; Харрис, К. (январь 2023 г.). «Факторы, влияющие на время выполнения секвенирования SARS-CoV-2 для принятия решений по профилактике и контролю инфекции в стационаре: анализ данных исследования COG-UK HOCI» . Журнал госпитальной инфекции . 131 : 34–42. дои : 10.1016/j.jhin.2022.09.022 . ПМЦ 9550290 . ПМИД 36228768 .
^ Панча, М.; Блэкстоун, Дж.; Стерруп, О.; Кутино-Могель, М.-Т.; Томсон, Э.; Питерс, К.; Снелл, Л.Б.; Неббия, Г.; Холмс, А.; Чавла, А.; Мачин, Н.; Таха, Ю.; Махунгу, Т.; Салуджа, Т.; де Сильва, Техас (сентябрь 2023 г.). «Оценка финансовых последствий интеграции секвенирования генома SARS-CoV-2 для профилактики инфекций и контроля внутрибольничной передачи инфекции в больницах» . Журнал госпитальной инфекции . 139 : 23–32. дои : 10.1016/j.jhin.2023.06.005 . ПМЦ 10257337 . ПМИД 37308063 .
^ «Обследование инфекции COVID-19» . Архивировано из оригинала 1 марта 2021 года.
^ Литгоу, Катрина А.; Голубчик, Таня; Холл, Мэтью; Хаус, Томас; Кауанци, Роберто; Макинтайр-Кокетт, Джордж; Фрайер, Хелен; Томсон, Лаура; Нуртай, Анель; Гафани, Махан; Бак, Дэвид; Грин, Энджи; Требес, Эми; Пьяцца, Паоло; Лони, Лорн Дж. (25 октября 2023 г.). «Замена и эволюция родословной, отраженная в трехлетнем исследовании инфекции, вызванного коронавирусом (COVID-19) в Соединенном Королевстве» . Труды Королевского общества B: Биологические науки . 290 (2009). дои : 10.1098/rspb.2023.1284 . ISSN 0962-8452 . ПМЦ 10581763 . ПМИД 37848057 .
^ «Исследование оценки передачи вируса в сообществе в режиме реального времени (РЕАКТ)» . Архивировано из оригинала 6 июля 2020 года.
^ Илс, Оливер; Ха, Дэвид; Ван, Хаовэй; Атчисон, Кристина; Эшби, Дебора; Кук, Грэм С.; Барклай, Венди; Уорд, Хелен; Дарзи, Ара; Доннелли, Кристл А.; Шадо-Хьям, Марк; Эллиотт, Пол; Райли, Стивен (25 мая 2023 г.). Душофф, Джонатан (ред.). «Динамика госпитализаций с инфекцией SARS-CoV-2 и коэффициентов смертности от инфекции за 23 месяца в Англии» . ПЛОС Биология . 21 (5): e3002118. дои : 10.1371/journal.pbio.3002118 . ISSN 1545-7885 . ПМЦ 10212114 . ПМИД 37228015 .
^ «Исследование Вивальди: результаты» . Архивировано из оригинала 28 мая 2021 года.
^ ЛЧ (29 июля 2020 г.). «ВИВАЛЬДИ» . UCL Институт медицинской информатики . Проверено 23 января 2024 г.
^ Эмари, Кэтрин Р.В.; Голубчик, Таня; Алей, Парвиндер К.; Ариани, Кристина В.; Ангус, Брайан; Биби, Сагида; Блейн, Бет; Бонсолл, Дэвид; Чиккони, Паола; Чарльтон, Сью; Клаттербак, Элизабет А. (10 апреля 2021 г.). «Эффективность вакцины ChAdOx1 nCoV-19 (AZD1222) против вызывающего беспокойство варианта SARS-CoV-2 202012/01 (B.1.1.7): исследовательский анализ рандомизированного контролируемого исследования» . Ланцет . 397 (10282): 1351–1362. дои : 10.1016/S0140-6736(21)00628-0 . ISSN 0140-6736 . ПМК 8009612 . ПМИД 33798499 .
^ «PREVENT-19: клинические испытания кандидатной вакцины против COVID-19» . Архивировано из оригинала 28 декабря 2020 года.
^ Бошье, Флоренсия, Австралия; Панг, Хуанита; Пеннер, Джастин; Паркер, Мэтью; Олдерс, Неле; Бэмфорд, Аласдер; Гранжан, Луи; Грюневальд, Стефани; Хэтчер, Джеймс; С уважением, Тимоти; Далтон, Кэролайн (2022). «Эволюция вирусных вариантов у педиатрических пациентов, получавших и не получавших лечение ремдесивиром» . Журнал медицинской вирусологии . 94 (1): 161–172. дои : 10.1002/jmv.27285 . ISSN 1096-9071 . ПМЦ 8426849 . ПМИД 34415583 .
^ «Почему COG-UK присоединяется к Альянсу исследований данных здравоохранения Великобритании» . HDR Великобритания . Проверено 23 января 2024 г.
^ «Платформа анализа данных о вспышках» . ODAP — Платформа анализа данных о вспышках заболеваний . Проверено 23 января 2024 г.
^ «Веб-архив правительства Великобритании» . webarchive.nationalarchives.gov.uk . Проверено 23 января 2024 г.
^ «Что такое биотехнология • Науки, места и люди, создавшие биотехнологию» . WhatisBiotechnology.org . Проверено 23 января 2024 г.
^ «Веб-архив правительства Великобритании» . webarchive.nationalarchives.gov.uk . Проверено 23 января 2024 г.
^ «Геномика и COVID-19 – онлайн-курс» . БудущееУзнайте . Проверено 9 июля 2024 г.
^ «Объявлены победители Кембриджской независимой премии в области науки и технологий 2024 года» . Кембриджский независимый . 16 мая 2024 г. Проверено 9 июля 2024 г.
^ Квик, Джош (22 января 2020 г.). «Протокол секвенирования nCoV-2019» . {{cite journal}}: Для цитирования журнала требуется |journal= ( помощь )
^ Тайсон, Джон Р.; Джеймс, Филипп; Стоддарт, Дэвид; Спаркс, Натали; Викенхаген, Артур; Холл, Грант; Чхве, Джи Хён; Лапуант, Хоуп; Камелян, Кимия (4 сентября 2020 г.). Усовершенствования метода мультиплексной ПЦР ARTIC для секвенирования генома SARS-CoV-2 с использованием нанопор (Отчет). Геномика. дои : 10.1101/2020.09.04.283077 . ПМК 7480024 . ПМИД 32908977 .
^ Перейти обратно: ^а ^б О'Тул, Айн; Шер, Эмили; Андервуд, Энтони; Джексон, Бен; Хилл, Верити; МакКроун, Джон Т; Колкухун, Рэйчел; Руис, Крис; Абу-Дахаб, Халил; Тейлор, Бен; Йейтс, Корин; дю Плесси, Луи; Мэлони, Дэниел; Медд, Натан; Эттвуд, Стивен В. (16 декабря 2021 г.). «Определение эпидемиологических линий при возникающей пандемии с использованием инструмента панголина» . Эволюция вирусов . 7 (2): veab064. дои : 10.1093/ve/veab064 . ISSN 2057-1577 . ПМЦ 8344591 . ПМИД 34527285 .
^ «Отчет консорциума COVID-19 Genomics UK (COG-UK) № 10 — 11 августа 2020 г. (см. раздел «Краткое описание основных инструментов и конвейеров, разработанных COG-UK»)» (PDF) . www.cogconsortium.uk . 11 августа 2020 г. Проверено 23 января 2021 г.
^ О'Тул, Айн; Хилл, Верити; Пайбус, Оливер Г.; Уоттс, Александр; Богоч, Исаак И.; Хан, Кямран; Мессина, Джейн П.; Консорциум COVID-19 Genomics UK (COG-UK); Сеть геномного надзора в Южной Африке (NGS-SA); Геномная сеть CADDE Бразилии и Великобритании; Тегалли, Хурия; Лесселлс, Ричард Р.; Джандхари, Дженнифер; Пиллэй, Сурешни; Тумеди, Кефенце Арнольд (17 сентября 2021 г.). «Отслеживание международного распространения SARS-CoV-2 линий B.1.1.7 и B.1.351/501Y-V2 с помощью Гринча» . Добро пожаловать, Открытое исследование . 6 : 121. doi : 10.12688/wellcomeopenres.16661.2 . ISSN 2398-502X . ПМЦ 8176267 . ПМИД 34095513 . {{cite journal}}: CS1 maint: числовые имена: список авторов ( ссылка )
^ «Cov-Lineages» . cov-lineages.org . Проверено 23 января 2024 г.
^ «COG-UK/Исследователь мутаций» . sars2.cvr.gla.ac.uk . Проверено 23 января 2024 г.
^ «CoV-GLUE: мутации SARS-CoV-2» . cov-glue.cvr.gla.ac.uk . Проверено 23 января 2024 г.
^ Шраер, Рэйчел (22 декабря 2020 г.). «Covid: новый вариант обнаружен «благодаря упорной работе британских ученых» » . www.bbc.co.uk. Проверено 23 января 2021 г.
^ «Консорциум по геномике COVID-19» . 31 декабря 2021 года. Архивировано из оригинала 28 апреля 2020 года.
^ Выставочное мероприятие COG-UK, декабрь 2020 г. , получено 23 января 2024 г.
^ COG-UK Science Showcase, март 2021 г. , получено 23 января 2024 г.
^ «COG-UK Together — YouTube» . www.youtube.com . Проверено 23 января 2024 г.
^ Первое мероприятие COG-UK «Женщины в COG» с участием доктора Шарлотты Саммерс , получено 23 января 2024 г.
^ Мероприятие COG-UK «Женщины в COG» с профессором Джуди Брейер из UCL , получено 23 января 2024 г.
^ Мероприятие COG-UK «Женщины в COG» с Анжелой Дуглас, MBE , получено 23 января 2024 г.
^ Мероприятие COG-UK «Женщины в COG» с доктором Магдаленой Скиппер, главным редактором журнала Nature , получено 23 января 2024 г.
^ Мероприятие COG-UK «Женщины в COG» с участием доктора Джун Рейн, генерального директора MHRA , получено 23 января 2024 г.
^ Мероприятие COG-UK «Женщины в COG», где сэр Джереми Фаррар беседует с профессором Шэрон Пикок , получено 23 января 2024 г.
^ Мероприятие COG-UK «Женщины в COG» с участием доктора Марии Ван Керхове из Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ) , получено 23 января 2024 г.
^ Мероприятие COG-UK «Женщины в COG» с Колби Бенари, генеральным директором In2Science , получено 23 января 2024 г.
^ Мероприятие COG-UK «Женщины в COG» с участием доктора Сеньюти Саха, директора Фонда исследований детского здоровья , получено 23 января 2024 г.
^ Мероприятие COG-UK «Женщины в COG» с Эммой Томсон, OBE, профессором инфекционных заболеваний в MRC , получено 23 января 2024 г.
^ Мероприятие COG-UK «Женщины в COG» с участием дамы Кейт Бингхэм, бывшего председателя Британской целевой группы по вакцинам , получено 23 января 2024 г.
^ Мероприятие COG-UK «Женщины в COG» с профессором Марианой Виегас, координатором проекта PAIS , получено 23 января 2024 г.
^ Мероприятие COG-UK «Женщины в COG» с участием доктора Сэма Баррелла, заместителя генерального директора Института Фрэнсиса Крика. , получено 23 января 2024 г.
^ Снимки женщин в COG: научное превосходство во время пандемии COVID-19 . 13 января 2023 г. – через Fliphtml5.com.
^ «Публикации COG-UK» . GOV.UK. 31 марта 2023 г. Архивировано из оригинала 7 мая 2023 г. - через Национальный архив.
^ «Консорциум COVID-19 Genomics UK (COG-UK) [корпоративный автор] — Результаты поиска — PubMed» . ПабМед . Проверено 23 января 2024 г.
^ Марьянович, Соня; Романелли, Роберт Дж.; Али, Джемма-Клэр; Лич, Брэнди; Бонсу, Маргарета; Родригес-Ринкон, Даниэла; Линг, Том (31 августа 2022 г.). «Консорциум COVID-19 Genomics UK (COG-UK): Итоговый отчет» . Ежеквартальный журнал Rand Health . 9 (4): 24. ISSN 2162-8254 . ПМК 9519096 . ПМИД 36238008 .
^ Маркс, Лара (апрель 2023 г.). «Взлом Covid: история COG-UK» . Что такое биотехнология . Проверено 9 июля 2024 г.

Внешние ссылки

Официальный сайт

[COG_1-1] Перейти обратно: ^а ^б ^с «Великобритания создает альянс по секвенированию всего генома для составления карты распространения коронавируса» . Консорциум COG-UK . 23 марта 2020 г. Архивировано из оригинала 25 сентября 2020 г. . Проверено 23 декабря 2020 г.

[2] Пикок, Шэрон (17 декабря 2020 г.). «Краткая история Консорциума по геномике COVID-19 Великобритании (COG-UK)» . Консорциум COG-UK . Архивировано из оригинала 17 декабря 2020 года . Проверено 19 января 2021 г.

[3] Галлахер, Джеймс (23 марта 2020 г.). «Коронавирус будут отслеживать по его генетическому коду» . www.bbc.co.uk. Проверено 27 января 2021 г. Проект, получивший название «Консорциум по геномике Covid-19 Великобритании», представляет собой сотрудничество между Национальной службой здравоохранения, агентствами общественного здравоохранения и университетами Института Wellcome Sanger. Министр бизнеса Алок Шарма заявил: «Этот новый консорциум объединит самых ярких и лучших ученых Великобритании, чтобы лучше понять эту пандемию, бороться с этой болезнью и, в конечном итоге, спасти жизни».

[x4-4] Перейти обратно: ^а ^б ^с «Веб-архив правительства Великобритании» . webarchive.nationalarchives.gov.uk . Проверено 23 января 2024 г.

[5] Декабрь 2020 г., COG-UK 14 (14 декабря 2020 г.). «Обновленная информация о новом варианте SARS-CoV-2 и о том, как COG-UK отслеживает возникающие мутации - Консорциум COG-UK» . www.cogconsortium.uk . Проверено 19 января 2021 г. {{cite web}}: CS1 maint: числовые имена: список авторов ( ссылка )

[jacqui-wise-6] Уайз, Жаки (16 декабря 2020 г.). «Covid-19: В Великобритании выявлен новый вариант коронавируса» . БМЖ . 371 : м4857. дои : 10.1136/bmj.m4857 . ISSN 1756-1833 . ПМИД 33328153 .

[7] «Как секвенирование SARS-CoV-2 становится национальной службой» . Консорциум COG-UK . 23 июля 2021 года. Архивировано из оригинала 25 июля 2021 года.

[:1-8] Перейти обратно: ^а ^б «Что дальше для COG-UK?» . 20 апреля 2021 г. Архивировано из оригинала 20 апреля 2021 г.

[9] Ноябрь 2020 г., COG-UK 16 (16 ноября 2020 г.). «Увеличение финансирования на 12,2 миллиона фунтов стерлингов для геномного наблюдения за SARS-CoV-2 в реальном времени — Консорциум COG-UK» . www.cogconsortium.uk . Проверено 19 января 2021 г. {{cite web}}: CS1 maint: числовые имена: список авторов ( ссылка )

[10] «Программа COG-Train» . Добро пожаловать на курсы и конференции по связям с наукой . Проверено 9 июля 2024 г.

[11] «COG-UK и Wellcome Connecting Science получают финансирование от Wellcome и Министерства иностранных дел, по делам Содружества и развития на глобальную программу обучения по геномике SARS-CoV-2» . Добро пожаловать на курсы и конференции по связям с наукой . Проверено 23 января 2024 г.

[12] «Консорциум геномики Великобритании (COG-UK) по геномике COVID-19» . www.sanger.ac.uk . Проверено 23 января 2024 г.

[:0-13] «Консорциум Партнеры» . Консорциум COG-UK . Проверено 22 декабря 2020 г.

[14] «Как Британский консорциум по геномике Covid-19 секвенировал Sars-Cov-2 | Computer Weekly» . ComputerWeekly.com . Проверено 23 января 2024 г.

[15] Коннор, Томас Р.; Ломан, Николас Дж.; Томпсон, Саймон; Смит, Энди; Саутгейт, Джоэл; Поплавский, Радослав; Булл, Мэтью Дж.; Ричардсон, Эмили; Исмаил, Мэтью; Томпсон, Саймон Элвуд-; Кухня, Кристина; Гость, Мартин; Бакке, Мариус; Шеппард, Сэмюэл К.; Паллен, Марк Дж. (20 сентября 2016 г.). «CLIMB (Облачная инфраструктура для микробной биоинформатики): онлайн-ресурс для сообщества медицинской микробиологии» . Микробная геномика . 2 (9): e000086. дои : 10.1099/mgen.0.000086 . ISSN 2057-5858 . ПМЦ 5537631 . ПМИД 28785418 .

[16] «CLIMB | Облачная инфраструктура для микробной биоинформатики» . Проверено 23 января 2024 г.

[x18-17] Перейти обратно: ^а ^б Николлс, Сэмюэл М.; Поплавский, Радослав; Булл, Мэтью Дж.; Андервуд, Энтони; Чепмен, Майкл; Абу-Дахаб, Халил; Тейлор, Бен; Колкухун, Рэйчел М.; Роу, Уилл П.М.; Джексон, Бен; Хилл, Верити; О'Тул, Айн; Рей, Сара; Саутгейт, Джоэл; Амато, Роберто (декабрь 2021 г.). «CLIMB-COVID: непрерывная интеграция, поддерживающая децентрализованное секвенирование для геномного надзора за SARS-CoV-2» . Геномная биология . 22 (1): 196. дои : 10.1186/s13059-021-02395-y . ISSN 1474-760X . ПМК 8247108 . ПМИД 34210356 .

[economist-18] Перейти обратно: ^а ^б «Как Британия провела столько секвенирования генома коронавируса» . www.economist.com . 16 января 2021 г. Проверено 28 февраля 2021 г.

[:2-19] Перейти обратно: ^а ^б ^с Сираноски, Дэвид (15 января 2021 г.). «Тревожные варианты COVID демонстрируют жизненно важную роль геномного надзора» . Природа . 589 (7842): 337–338. Бибкод : 2021Natur.589..337C . дои : 10.1038/d41586-021-00065-4 . ПМИД 33452508 . S2CID 231621736 .

[20] Пикок, Шэрон (21 марта 2023 г.). «Последний полет COG-UK» . GOV.UK. COG-Великобритания. Архивировано из оригинала 22 мая 2023 года - в Национальном архиве.

[21] «Ключевые участники» . GOV.UK. COG-Великобритания. Архивировано из оригинала 7 мая 2023 года в Национальном архиве.

[22] «Управляющая команда» . GOV.UK. COG-Великобритания. Архивировано из оригинала 7 мая 2023 года в Национальном архиве.

[23] Ло, Стефани В.; Ямрози, Дорота (20 июля 2020 г.). «Геномика и эпидемиологический надзор» . Обзоры природы Микробиология . 18 (9): 478. дои : 10.1038/s41579-020-0421-0 . ISSN 1740-1534 . ПМЦ 7371787 . ПМИД 32690878 .

[24] Дэвис, Николас Г.; Эбботт, Сэм; Барнард, Розанна С.; Джарвис, Кристофер И.; Кучарски, Адам Дж.; Мандей, Джеймс Д.; Пирсон, Карл AB; Рассел, Тимоти В.; Талли, Дэмиен С.; Уошберн, Алекс Д.; Венселерс, Том (9 апреля 2021 г.). «Оценочная трансмиссивность и влияние SARS-CoV-2 линии B.1.1.7 в Англии» . Наука . 372 (6538): eabg3055. дои : 10.1126/science.abg3055 . ISSN 0036-8075 . ПМЦ 8128288 . ПМИД 33658326 .

[25] Стерруп, Оливер; Блэкстоун, Джеймс; Мапп, Фиона; МакНил, Элисон; Панка, Моника; Холмс, Элисон; Мачин, Николас; Шин, Джи Йен; Махунгу, Табита; Саид, Кордо; Салуджа, Транприт; Таха, Юсри; Махида, Никундж; Папа, Кэсси; Чавла, Ану (13 сентября 2022 г.). «Эффективность быстрого секвенирования генома SARS-CoV-2 в поддержке инфекционного контроля при внутрибольничной инфекции COVID-19: многоцентровое проспективное исследование» . электронная жизнь . 11 . doi : 10.7554/eLife.78427 . ISSN 2050-084X . ПМЦ 9596156 . ПМИД 36098502 .

[26] Колтон, Х.; Паркер, доктор медицины; Стерруп, О.; Блэкстоун, Дж.; Свободный, М.; МакКлюр, CP; Рой, С.; Уильямс, К.; Маклеод, Дж.; Смит, Д.; Таха, Ю.; Чжан, П.; Сюй, С.Н.; Келе, Б.; Харрис, К. (январь 2023 г.). «Факторы, влияющие на время выполнения секвенирования SARS-CoV-2 для принятия решений по профилактике и контролю инфекции в стационаре: анализ данных исследования COG-UK HOCI» . Журнал госпитальной инфекции . 131 : 34–42. дои : 10.1016/j.jhin.2022.09.022 . ПМЦ 9550290 . ПМИД 36228768 .

[27] Панча, М.; Блэкстоун, Дж.; Стерруп, О.; Кутино-Могель, М.-Т.; Томсон, Э.; Питерс, К.; Снелл, Л.Б.; Неббия, Г.; Холмс, А.; Чавла, А.; Мачин, Н.; Таха, Ю.; Махунгу, Т.; Салуджа, Т.; де Сильва, Техас (сентябрь 2023 г.). «Оценка финансовых последствий интеграции секвенирования генома SARS-CoV-2 для профилактики инфекций и контроля внутрибольничной передачи инфекции в больницах» . Журнал госпитальной инфекции . 139 : 23–32. дои : 10.1016/j.jhin.2023.06.005 . ПМЦ 10257337 . ПМИД 37308063 .

[28] «Обследование инфекции COVID-19» . Архивировано из оригинала 1 марта 2021 года.

[29] Литгоу, Катрина А.; Голубчик, Таня; Холл, Мэтью; Хаус, Томас; Кауанци, Роберто; Макинтайр-Кокетт, Джордж; Фрайер, Хелен; Томсон, Лаура; Нуртай, Анель; Гафани, Махан; Бак, Дэвид; Грин, Энджи; Требес, Эми; Пьяцца, Паоло; Лони, Лорн Дж. (25 октября 2023 г.). «Замена и эволюция родословной, отраженная в трехлетнем исследовании инфекции, вызванного коронавирусом (COVID-19) в Соединенном Королевстве» . Труды Королевского общества B: Биологические науки . 290 (2009). дои : 10.1098/rspb.2023.1284 . ISSN 0962-8452 . ПМЦ 10581763 . ПМИД 37848057 .

[30] «Исследование оценки передачи вируса в сообществе в режиме реального времени (РЕАКТ)» . Архивировано из оригинала 6 июля 2020 года.

[31] Илс, Оливер; Ха, Дэвид; Ван, Хаовэй; Атчисон, Кристина; Эшби, Дебора; Кук, Грэм С.; Барклай, Венди; Уорд, Хелен; Дарзи, Ара; Доннелли, Кристл А.; Шадо-Хьям, Марк; Эллиотт, Пол; Райли, Стивен (25 мая 2023 г.). Душофф, Джонатан (ред.). «Динамика госпитализаций с инфекцией SARS-CoV-2 и коэффициентов смертности от инфекции за 23 месяца в Англии» . ПЛОС Биология . 21 (5): e3002118. дои : 10.1371/journal.pbio.3002118 . ISSN 1545-7885 . ПМЦ 10212114 . ПМИД 37228015 .

[32] «Исследование Вивальди: результаты» . Архивировано из оригинала 28 мая 2021 года.

[33] ЛЧ (29 июля 2020 г.). «ВИВАЛЬДИ» . UCL Институт медицинской информатики . Проверено 23 января 2024 г.

[34] Эмари, Кэтрин Р.В.; Голубчик, Таня; Алей, Парвиндер К.; Ариани, Кристина В.; Ангус, Брайан; Биби, Сагида; Блейн, Бет; Бонсолл, Дэвид; Чиккони, Паола; Чарльтон, Сью; Клаттербак, Элизабет А. (10 апреля 2021 г.). «Эффективность вакцины ChAdOx1 nCoV-19 (AZD1222) против вызывающего беспокойство варианта SARS-CoV-2 202012/01 (B.1.1.7): исследовательский анализ рандомизированного контролируемого исследования» . Ланцет . 397 (10282): 1351–1362. дои : 10.1016/S0140-6736(21)00628-0 . ISSN 0140-6736 . ПМК 8009612 . ПМИД 33798499 .

[35] «PREVENT-19: клинические испытания кандидатной вакцины против COVID-19» . Архивировано из оригинала 28 декабря 2020 года.

[36] Бошье, Флоренсия, Австралия; Панг, Хуанита; Пеннер, Джастин; Паркер, Мэтью; Олдерс, Неле; Бэмфорд, Аласдер; Гранжан, Луи; Грюневальд, Стефани; Хэтчер, Джеймс; С уважением, Тимоти; Далтон, Кэролайн (2022). «Эволюция вирусных вариантов у педиатрических пациентов, получавших и не получавших лечение ремдесивиром» . Журнал медицинской вирусологии . 94 (1): 161–172. дои : 10.1002/jmv.27285 . ISSN 1096-9071 . ПМЦ 8426849 . ПМИД 34415583 .

[37] «Почему COG-UK присоединяется к Альянсу исследований данных здравоохранения Великобритании» . HDR Великобритания . Проверено 23 января 2024 г.

[38] «Платформа анализа данных о вспышках» . ODAP — Платформа анализа данных о вспышках заболеваний . Проверено 23 января 2024 г.

[39] «Веб-архив правительства Великобритании» . webarchive.nationalarchives.gov.uk . Проверено 23 января 2024 г.

[40] «Что такое биотехнология • Науки, места и люди, создавшие биотехнологию» . WhatisBiotechnology.org . Проверено 23 января 2024 г.

[41] «Веб-архив правительства Великобритании» . webarchive.nationalarchives.gov.uk . Проверено 23 января 2024 г.

[42] «Геномика и COVID-19 – онлайн-курс» . БудущееУзнайте . Проверено 9 июля 2024 г.

[43] «Объявлены победители Кембриджской независимой премии в области науки и технологий 2024 года» . Кембриджский независимый . 16 мая 2024 г. Проверено 9 июля 2024 г.

[44] Квик, Джош (22 января 2020 г.). «Протокол секвенирования nCoV-2019» . {{cite journal}}: Для цитирования журнала требуется |journal= ( помощь )

[45] Тайсон, Джон Р.; Джеймс, Филипп; Стоддарт, Дэвид; Спаркс, Натали; Викенхаген, Артур; Холл, Грант; Чхве, Джи Хён; Лапуант, Хоуп; Камелян, Кимия (4 сентября 2020 г.). Усовершенствования метода мультиплексной ПЦР ARTIC для секвенирования генома SARS-CoV-2 с использованием нанопор (Отчет). Геномика. дои : 10.1101/2020.09.04.283077 . ПМК 7480024 . ПМИД 32908977 .

[:3-46] Перейти обратно: ^а ^б О'Тул, Айн; Шер, Эмили; Андервуд, Энтони; Джексон, Бен; Хилл, Верити; МакКроун, Джон Т; Колкухун, Рэйчел; Руис, Крис; Абу-Дахаб, Халил; Тейлор, Бен; Йейтс, Корин; дю Плесси, Луи; Мэлони, Дэниел; Медд, Натан; Эттвуд, Стивен В. (16 декабря 2021 г.). «Определение эпидемиологических линий при возникающей пандемии с использованием инструмента панголина» . Эволюция вирусов . 7 (2): veab064. дои : 10.1093/ve/veab064 . ISSN 2057-1577 . ПМЦ 8344591 . ПМИД 34527285 .

[47] «Отчет консорциума COVID-19 Genomics UK (COG-UK) № 10 — 11 августа 2020 г. (см. раздел «Краткое описание основных инструментов и конвейеров, разработанных COG-UK»)» (PDF) . www.cogconsortium.uk . 11 августа 2020 г. Проверено 23 января 2021 г.

[48] О'Тул, Айн; Хилл, Верити; Пайбус, Оливер Г.; Уоттс, Александр; Богоч, Исаак И.; Хан, Кямран; Мессина, Джейн П.; Консорциум COVID-19 Genomics UK (COG-UK); Сеть геномного надзора в Южной Африке (NGS-SA); Геномная сеть CADDE Бразилии и Великобритании; Тегалли, Хурия; Лесселлс, Ричард Р.; Джандхари, Дженнифер; Пиллэй, Сурешни; Тумеди, Кефенце Арнольд (17 сентября 2021 г.). «Отслеживание международного распространения SARS-CoV-2 линий B.1.1.7 и B.1.351/501Y-V2 с помощью Гринча» . Добро пожаловать, Открытое исследование . 6 : 121. doi : 10.12688/wellcomeopenres.16661.2 . ISSN 2398-502X . ПМЦ 8176267 . ПМИД 34095513 . {{cite journal}}: CS1 maint: числовые имена: список авторов ( ссылка )

[49] «Cov-Lineages» . cov-lineages.org . Проверено 23 января 2024 г.

[50] «COG-UK/Исследователь мутаций» . sars2.cvr.gla.ac.uk . Проверено 23 января 2024 г.

[51] «CoV-GLUE: мутации SARS-CoV-2» . cov-glue.cvr.gla.ac.uk . Проверено 23 января 2024 г.

[52] Шраер, Рэйчел (22 декабря 2020 г.). «Covid: новый вариант обнаружен «благодаря упорной работе британских ученых» » . www.bbc.co.uk. Проверено 23 января 2021 г.

[53] «Консорциум по геномике COVID-19» . 31 декабря 2021 года. Архивировано из оригинала 28 апреля 2020 года.

[54] Выставочное мероприятие COG-UK, декабрь 2020 г. , получено 23 января 2024 г.

[55] COG-UK Science Showcase, март 2021 г. , получено 23 января 2024 г.

[56] «COG-UK Together — YouTube» . www.youtube.com . Проверено 23 января 2024 г.

[57] Первое мероприятие COG-UK «Женщины в COG» с участием доктора Шарлотты Саммерс , получено 23 января 2024 г.

[58] Мероприятие COG-UK «Женщины в COG» с профессором Джуди Брейер из UCL , получено 23 января 2024 г.

[59] Мероприятие COG-UK «Женщины в COG» с Анжелой Дуглас, MBE , получено 23 января 2024 г.

[60] Мероприятие COG-UK «Женщины в COG» с доктором Магдаленой Скиппер, главным редактором журнала Nature , получено 23 января 2024 г.

[61] Мероприятие COG-UK «Женщины в COG» с участием доктора Джун Рейн, генерального директора MHRA , получено 23 января 2024 г.

[62] Мероприятие COG-UK «Женщины в COG», где сэр Джереми Фаррар беседует с профессором Шэрон Пикок , получено 23 января 2024 г.

[63] Мероприятие COG-UK «Женщины в COG» с участием доктора Марии Ван Керхове из Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ) , получено 23 января 2024 г.

[64] Мероприятие COG-UK «Женщины в COG» с Колби Бенари, генеральным директором In2Science , получено 23 января 2024 г.

[65] Мероприятие COG-UK «Женщины в COG» с участием доктора Сеньюти Саха, директора Фонда исследований детского здоровья , получено 23 января 2024 г.

[66] Мероприятие COG-UK «Женщины в COG» с Эммой Томсон, OBE, профессором инфекционных заболеваний в MRC , получено 23 января 2024 г.

[67] Мероприятие COG-UK «Женщины в COG» с участием дамы Кейт Бингхэм, бывшего председателя Британской целевой группы по вакцинам , получено 23 января 2024 г.

[68] Мероприятие COG-UK «Женщины в COG» с профессором Марианой Виегас, координатором проекта PAIS , получено 23 января 2024 г.

[69] Мероприятие COG-UK «Женщины в COG» с участием доктора Сэма Баррелла, заместителя генерального директора Института Фрэнсиса Крика. , получено 23 января 2024 г.

[70] Снимки женщин в COG: научное превосходство во время пандемии COVID-19 . 13 января 2023 г. – через Fliphtml5.com.

[71] «Публикации COG-UK» . GOV.UK. 31 марта 2023 г. Архивировано из оригинала 7 мая 2023 г. - через Национальный архив.

[72] «Консорциум COVID-19 Genomics UK (COG-UK) [корпоративный автор] — Результаты поиска — PubMed» . ПабМед . Проверено 23 января 2024 г.

[73] Марьянович, Соня; Романелли, Роберт Дж.; Али, Джемма-Клэр; Лич, Брэнди; Бонсу, Маргарета; Родригес-Ринкон, Даниэла; Линг, Том (31 августа 2022 г.). «Консорциум COVID-19 Genomics UK (COG-UK): Итоговый отчет» . Ежеквартальный журнал Rand Health . 9 (4): 24. ISSN 2162-8254 . ПМК 9519096 . ПМИД 36238008 .

[74] Маркс, Лара (апрель 2023 г.). «Взлом Covid: история COG-UK» . Что такое биотехнология . Проверено 9 июля 2024 г.

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

[ 19 ]

[ 20 ]

[ 21 ]

[ 22 ]

[ 23 ]

[ 24 ]

[ 25 ]

[ 26 ]

[ 27 ]

[ 28 ]

[ 29 ]

[ 30 ]

[ 31 ]

[ 32 ]

[ 33 ]

[ 34 ]

[ 35 ]

[ 36 ]

[ 37 ]

[ 38 ]

[ 39 ]

[ 40 ]

[ 41 ]

[ 42 ]

[ 43 ]

[ 44 ]

[ 45 ]

[ 46 ]

[ 47 ]

[ 48 ]

[ 49 ]

[ 50 ]

[ 51 ]

[ 52 ]

[ 53 ]

[ 54 ]

[ 55 ]

[ 56 ]

[ 57 ]

[ 58 ]

[ 59 ]

[ 60 ]

[ 61 ]

[ 62 ]

[ 63 ]

[ 64 ]

[ 65 ]

[ 66 ]

[ 67 ]

[ 68 ]

[ 69 ]

[ 70 ]

[ 71 ]

[ 72 ]

[ 73 ]

[ 74 ]