Транскриптомные технологии

Технологии транскриптомики организма — это методы, используемые для изучения транскриптома , суммы всех его транскриптов РНК . Информационное содержание организма записано в ДНК его генома и выражается посредством транскрипции . Здесь мРНК служит временной промежуточной молекулой в информационной сети, тогда как некодирующие РНК выполняют дополнительные разнообразные функции. Транскриптом фиксирует моментальный снимок общего количества транскриптов, присутствующих в клетке . Технологии транскриптомики дают широкое представление о том, какие клеточные процессы активны, а какие находятся в состоянии покоя. Основная задача молекулярной биологии — понять, как один геном дает начало множеству клеток. Другой вопрос – как регулируется экспрессия генов.

Первые попытки изучить целые транскриптомы начались в начале 1990-х годов. Последующие технологические достижения, начиная с конца 1990-х годов, неоднократно трансформировали эту область и сделали транскриптомику широко распространенной дисциплиной в биологических науках. В этой области существуют два ключевых современных метода: микрочипы , которые количественно определяют набор заранее определенных последовательностей, и RNA-Seq , который использует высокопроизводительное секвенирование для записи всех транскриптов. По мере совершенствования технологии объем данных, получаемых в результате каждого эксперимента с транскриптомом, увеличивался. В результате методы анализа данных постоянно адаптируются для более точного и эффективного анализа все больших объемов данных. Базы данных транскриптомов становятся все больше и полезнее, поскольку исследователи продолжают собирать и распространять транскриптомы. Было бы практически невозможно интерпретировать информацию, содержащуюся в транскриптоме, без знания предыдущих экспериментов.

организма Измерение экспрессии генов в разных тканях или условиях или в разное время дает информацию о том, как регулируются гены , и раскрывает детали биологии организма. Его также можно использовать для определения функций ранее неаннотированных генов. Транскриптомный анализ позволил изучить, как меняется экспрессия генов у разных организмов, и сыграл важную роль в понимании болезней человека . Полный анализ экспрессии генов позволяет обнаружить широкие скоординированные тенденции, которые невозможно выявить с помощью более целенаправленных анализов .

История

Транскриптомика характеризовалась разработкой новых методов, которые каждые десять лет переосмысливали возможности и делали предыдущие технологии устаревшими. Первая попытка захвата частичного транскриптома человека была опубликована в 1991 году и сообщила о 609 последовательностях мРНК из человеческого мозга . ^{[ 2 ]} В 2008 году были опубликованы два транскриптома человека, состоящие из миллионов последовательностей, полученных из транскриптов, охватывающих 16 000 генов. ^{[ 3 ]}^{[ 4 ]} а к 2015 году были опубликованы транскриптомы сотен людей. ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]} транскриптомы различных болезненных состояний, тканей или даже отдельных клеток . В настоящее время регулярно генерируются ^{[ 6 ]}^{[ 7 ]}^{[ 8 ]} Этот взрыв в транскриптомике был вызван быстрым развитием новых технологий с повышенной чувствительностью и экономичностью. ^{[ 9 ]}^{[ 10 ]}^{[ 11 ]}^{[ 12 ]}

До транскриптомики

Исследования отдельных транскриптов проводились за несколько десятилетий до того, как стали доступны какие-либо подходы к транскриптомике. Библиотеки транскриптов мРНК шелкопряда комплементарную были собраны и преобразованы в ДНК (кДНК) для хранения с использованием обратной транскриптазы в конце 1970-х годов. ^{[ 13 ]} В 1980-х годах низкопроизводительное секвенирование с использованием метода Сэнгера использовалось для секвенирования случайных транскриптов с получением меток экспрессируемых последовательностей (EST). ^{[ 2 ]}^{[ 14 ]}^{[ 15 ]}^{[ 16 ]} Метод секвенирования по Сэнгеру преобладал до появления высокопроизводительных методов, таких как секвенирование путем синтеза (Solexa/Illumina). EST приобрели известность в 1990-е годы как эффективный метод определения генного состава организма без секвенирования всего генома . ^{[ 16 ]} Количества отдельных транскриптов были количественно определены с использованием нозерн-блоттинга , нейлоновых мембранных матриц и более поздних методов количественной ПЦР с обратной транскриптазой (RT-qPCR). ^{[ 17 ]}^{[ 18 ]} но эти методы трудоемки и позволяют охватить лишь крошечный участок транскриптома. ^{[ 12 ]} Следовательно, способ экспрессии и регуляции транскриптома в целом оставался неизвестным до тех пор, пока не были разработаны методы с более высокой пропускной способностью.

Ранние попытки

Слово «транскриптом» впервые было использовано в 1990-х годах. ^{[ 19 ]}^{[ 20 ]} В 1995 году был разработан один из первых транскриптомных методов, основанных на секвенировании, - последовательный анализ экспрессии генов (SAGE), который основан на секвенировании по Сэнгеру объединенных случайных фрагментов транскрипта. ^{[ 21 ]} Транскрипты оценивали количественно путем сопоставления фрагментов с известными генами. Также кратко использовался вариант SAGE с использованием методов высокопроизводительного секвенирования, называемый цифровым анализом экспрессии генов. ^{[ 9 ]}^{[ 22 ]} Однако эти методы были в значительной степени вытеснены высокопроизводительным секвенированием целых транскриптов, которое давало дополнительную информацию о структуре транскриптов, например о вариантах сплайсинга . ^{[ 9 ]}

Развитие современных методик

**Сравнение современных методов** ^{[ 23 ]}^{[ 24 ]}^{[ 10 ]}
	РНК-Seq	Микрочип
Пропускная способность	От 1 дня до 1 недели на эксперимент ^{[ 10 ]}	1–2 дня на эксперимент ^{[ 10 ]}
Введите количество РНК	Низкий ~ 1 от общей РНК ^{[ 25 ]}	Высокий ~ 1 мкг мРНК ^{[ 26 ]}
Интенсивность труда	Высокий (подготовка проб и анализ данных) ^{[ 10 ]}^{[ 23 ]}	Низкий ^{[ 10 ]}^{[ 23 ]}
Предварительные знания	Не требуется, хотя может быть полезна эталонная последовательность генома/транскриптома. ^{[ 23 ]}	необходим эталонный геном/транскриптом. Для разработки зондов ^{[ 23 ]}
количественного определения Точность	~90% (ограничено охватом последовательности) ^{[ 27 ]}	>90% (ограничено точностью обнаружения флуоресценции) ^{[ 27 ]}
Разрешение последовательности	RNA-Seq может обнаруживать SNP и варианты сплайсинга (ограничено точностью секвенирования ~ 99%). ^{[ 27 ]}	Специализированные массивы могут обнаруживать варианты сплайсинга мРНК (ограничены конструкцией зонда и перекрестной гибридизацией). ^{[ 27 ]}
Чувствительность	1 транскрипт на миллион (приблизительно, ограничено охватом последовательности) ^{[ 27 ]}	1 транскрипт на тысячу (приблизительно, ограничено обнаружением флуоресценции) ^{[ 27 ]}
Динамический диапазон	100 000:1 (ограничено охватом последовательности) ^{[ 28 ]}	1000:1 (ограничено насыщением флуоресценции) ^{[ 28 ]}
Техническая воспроизводимость	>99% ^{[ 29 ]}^{[ 30 ]}	>99% ^{[ 31 ]}^{[ 32 ]}

Доминирующие современные методы — микрочипы и секвенирование РНК — были разработаны в середине 1990-х и 2000-х годов. ^{[ 9 ]}^{[ 33 ]} Микрочипы, которые измеряют содержание определенного набора транскриптов посредством их гибридизации с массивом комплементарных зондов, были впервые опубликованы в 1995 году. ^{[ 34 ]}^{[ 35 ]} Технология микрочипов позволила анализировать тысячи транскриптов одновременно и при значительно сниженных затратах на ген и экономии труда. ^{[ 36 ]} И массивы пятнистых олигонуклеотидов , и массивы высокой плотности Affymetrix были методом выбора для транскрипционного профилирования до конца 2000-х годов. ^{[ 12 ]}^{[ 33 ]} За этот период был создан ряд микрочипов, охватывающих известные гены модельных или экономически важных организмов. Достижения в разработке и производстве массивов улучшили специфичность зондов и позволили тестировать больше генов на одном массиве. Достижения в области обнаружения флуоресценции повысили чувствительность и точность измерения транскриптов с низким содержанием. ^{[ 35 ]}^{[ 37 ]}

RNA-Seq осуществляется путем обратной транскрипции РНК in vitro и секвенирования полученных кДНК . ^{[ 10 ]} Обилие транскриптов определяется по количеству отсчетов каждого транскрипта. Таким образом, на этот метод сильно повлияло развитие технологий высокопроизводительного секвенирования . ^{[ 9 ]}^{[ 11 ]} Массивно-параллельное сигнатурное секвенирование (MPSS) было ранним примером, основанным на создании последовательностей длиной 16–20 п.н. посредством сложной серии гибридизаций . ^{[ 38 ]}^{[ примечание 1 ]} и был использован в 2004 году для проверки экспрессии десяти тысяч генов Arabidopsis thaliana . ^{[ 39 ]} Самая ранняя работа по секвенированию РНК была опубликована в 2006 году, в ней было секвенировано сто тысяч транскриптов с использованием технологии 454 . ^{[ 40 ]} Этого покрытия было достаточно для количественной оценки относительного количества транскриптов. Популярность RNA-Seq начала расти после 2008 года, когда новые технологии Solexa/Illumina позволили записать один миллиард последовательностей транскриптов. ^{[ 4 ]}^{[ 10 ]}^{[ 41 ]}^{[ 42 ]} Этот выход теперь позволяет количественно оценивать и сравнивать транскриптомы человека. ^{[ 43 ]}

Сбор данных

Получение данных о транскриптах РНК может быть достигнуто с помощью одного из двух основных принципов: секвенирования отдельных транскриптов ( EST или RNA-Seq) или гибридизации транскриптов с упорядоченным массивом нуклеотидных зондов (микрочипов). ^{[ 23 ]}

Выделение РНК

Все транскриптомные методы требуют, чтобы РНК сначала была выделена из экспериментального организма, прежде чем можно будет записать транскрипты. Хотя биологические системы невероятно разнообразны, методы экстракции РНК во многом схожи и включают механическое разрушение клеток или тканей, разрушение РНКазы солями хаотропными , ^{[ 44 ]} разрушение макромолекул и нуклеотидных комплексов, отделение РНК от нежелательных биомолекул, включая ДНК, и концентрирование РНК посредством осаждения из раствора или элюирования из твердой матрицы . ^{[ 44 ]}^{[ 45 ]} Изолированную РНК можно дополнительно обработать ДНКазой для расщепления любых следов ДНК. ^{[ 46 ]} Необходимо обогатить информационную РНК, поскольку общие экстракты РНК обычно на 98% состоят из рибосомальной РНК . ^{[ 47 ]} Обогащение транскриптов можно осуществлять методами поли-А -аффинности или путем истощения рибосомальной РНК с использованием специфичных для последовательности зондов. ^{[ 48 ]} Деградированная РНК может повлиять на последующие результаты; например, обогащение мРНК из деградированных образцов приведет к истощению 5'-концов мРНК и неравномерному сигналу по длине транскрипта. Типичным является мгновенное замораживание ткани перед выделением РНК, и после завершения выделения необходимо позаботиться о том, чтобы уменьшить воздействие ферментов РНКазы. ^{[ 45 ]}

Теги выраженной последовательности

Метка экспрессируемой последовательности (EST) представляет собой короткую нуклеотидную последовательность, полученную из одного транскрипта РНК. РНК сначала копируется как комплементарная ДНК (кДНК) с помощью фермента обратной транскриптазы, прежде чем секвенировать полученную кДНК. ^{[ 16 ]} Поскольку ЭСТ можно собирать без предварительного знания организма, из которого они получены, их можно изготавливать из смесей организмов или образцов окружающей среды. ^{[ 49 ]}^{[ 16 ]} Хотя сейчас используются методы с более высокой пропускной способностью, библиотеки EST обычно предоставляют информацию о последовательностях для ранних проектов микрочипов; например, микроматрица ячменя была разработана на основе 350 000 ранее секвенированных EST. ^{[ 50 ]}

Серийный и кэп-анализ экспрессии генов (SAGE/CAGE)

Серийный анализ экспрессии генов (SAGE) представлял собой развитие методологии EST, направленное на увеличение производительности генерируемых меток и возможность количественного определения количества транскриптов. ^{[ 21 ]} кДНК генерируется из РНК , но затем расщепляется на «меточные» фрагменты длиной 11 пар оснований с помощью ферментов рестрикции , которые разрезают ДНК по определенной последовательности и 11 парам оснований от этой последовательности. Эти метки кДНК затем соединяются голова к хвосту в длинные цепи (>500 пар оснований) и секвенируются с использованием методов с низкой пропускной способностью, но с большой длиной считывания, таких как секвенирование по Сэнгеру . Затем последовательности снова делятся на исходные теги длиной 11 пар оснований с помощью компьютерного программного обеспечения в процессе, называемом деконволюцией . ^{[ 21 ]} высококачественный эталонный геном Если доступен , эти теги можно сопоставить с соответствующим геном в геноме. Если эталонный геном недоступен, метки можно напрямую использовать в качестве диагностических маркеров, если обнаружено, что они дифференциально экспрессируются в болезненном состоянии. ^{[ 21 ]}

Метод экспрессии гена кэп-анализа (CAGE) представляет собой вариант SAGE, который секвенирует метки только с 5'-конца транскрипта мРНК. ^{[ 52 ]} Следовательно, сайт начала транскрипции генов можно идентифицировать, когда метки выровнены с эталонным геномом. Идентификация стартовых сайтов генов полезна для анализа промоторов и клонирования полноразмерных кДНК.

Методы SAGE и CAGE дают информацию о большем количестве генов, чем это было возможно при секвенировании отдельных EST, но подготовка образцов и анализ данных обычно более трудоемки. ^{[ 52 ]}

Микрочипы

Принципы и достижения

Микрочипы обычно состоят из сетки коротких нуклеотидных олигомеров , известных как « зонды », обычно расположенных на предметном стекле. ^{[ 53 ]} Численность транскриптов определяется путем гибридизации флуоресцентно меченных транскриптов с этими зондами. ^{[ 54 ]} Интенсивность флуоресценции в каждом месте расположения зонда на матрице указывает на содержание транскриптов для этой последовательности зонда. ^{[ 54 ]} Группы зондов, предназначенные для измерения одного и того же транскрипта (т.е. гибридизации конкретного транскрипта в разных положениях), обычно называются «наборами зондов».

Микрочипы требуют некоторых геномных знаний об интересующем организме, например, в форме аннотированной последовательности генома или библиотеки EST, которые можно использовать для создания зондов для массива. ^{[ 36 ]}

Методы

Микрочипы для транскриптомики обычно попадают в одну из двух широких категорий: пятнистые матрицы низкой плотности или матрицы коротких зондов высокой плотности. Об изобилии транскриптов судят по интенсивности флуоресценции транскриптов, меченных флуорофором, которые связываются с массивом. ^{[ 36 ]}

Пятнистые массивы с низкой плотностью обычно содержат пиколитры. ^{[ примечание 2 ]} капли ряда очищенных кДНК, расположенных на поверхности предметного стекла. ^{[ 55 ]} Эти зонды длиннее, чем у массивов высокой плотности, и не могут идентифицировать альтернативные события сплайсинга. В точечных матрицах используются два разных флуорофора для маркировки тестовых и контрольных образцов, а соотношение флуоресценции используется для расчета относительной меры численности. ^{[ 56 ]} В массивах высокой плотности используется одна флуоресцентная метка, каждый образец гибридизуется и детектируется индивидуально. ^{[ 57 ]} Массивы высокой плотности были популяризированы массивом Affymetrix GeneChip , где каждый транскрипт количественно оценивается с помощью нескольких коротких 25- мерных зондов, которые вместе анализируют один ген. ^{[ 58 ]}

Массивы NimbleGen представляли собой массивы высокой плотности, изготовленные методом безмасочной фотохимии , что позволяло гибко производить массивы в малых или больших количествах. Эти массивы содержали 100 000 зондов длиной от 45 до 85 мер и были гибридизированы с одноцветно-меченным образцом для анализа экспрессии. ^{[ 59 ]} Некоторые конструкции включали до 12 независимых матриц на слайд.

РНК-Seq

Принципы и достижения

RNA-Seq представляет собой сочетание методологии высокопроизводительного секвенирования с вычислительными методами захвата и количественного определения транскриптов, присутствующих в экстракте РНК. ^{[ 10 ]} Генерируемые нуклеотидные последовательности обычно имеют длину около 100 п.н., но могут варьироваться от 30 п.о. до более 10 000 п.о. в зависимости от используемого метода секвенирования. RNA-Seq использует глубокую выборку транскриптома с множеством коротких фрагментов транскриптома, чтобы обеспечить вычислительную реконструкцию исходного транскрипта РНК путем выравнивания прочтений с эталонным геномом или друг с другом ( сборка de novo ). ^{[ 9 ]} РНК как с низким, так и с высоким содержанием можно определить количественно в эксперименте RNA-Seq ( динамический диапазон 5 порядков ) — ключевое преимущество перед транскриптомами микрочипов. Кроме того, количество входной РНК намного ниже для RNA-Seq (количество нанограммов) по сравнению с микрочипами (количество микрограммов), что позволяет исследовать транскриптом даже с разрешением одной клетки в сочетании с амплификацией кДНК. ^{[ 25 ]}^{[ 60 ]} Теоретически не существует верхнего предела количественного определения в RNA-Seq, а фоновый шум очень низок для считываний размером 100 п.н. в неповторяющихся областях. ^{[ 10 ]}

RNA-Seq можно использовать для идентификации генов в геноме или определения того, какие гены активны в определенный момент времени, а подсчет считываний можно использовать для точного моделирования относительного уровня экспрессии генов. Методология RNA-Seq постоянно совершенствуется, в первую очередь за счет развития технологий секвенирования ДНК для увеличения пропускной способности, точности и длины считывания. ^{[ 61 ]} С момента первых описаний в 2006 и 2008 гг. ^{[ 40 ]}^{[ 62 ]} RNA-Seq был быстро принят и в 2015 году обогнал микрочипы в качестве доминирующего метода транскриптомики. ^{[ 63 ]}

Поиск данных транскриптома на уровне отдельных клеток привел к прогрессу в методах подготовки библиотек РНК-Seq, что привело к значительному повышению чувствительности. Транскриптомы отдельных клеток теперь хорошо описаны и даже были распространены на секвенирование РНК in situ , при котором транскриптомы отдельных клеток исследуются непосредственно в фиксированных тканях. ^{[ 64 ]}

Методы

RNA-Seq была создана в связи с быстрым развитием ряда технологий высокопроизводительного секвенирования ДНК. ^{[ 65 ]} Однако перед секвенированием извлеченных транскриптов РНК выполняется несколько ключевых этапов обработки. Методы различаются использованием обогащения транскриптов, фрагментации, амплификации, одноконцевого или парного секвенирования, а также сохранением информации о цепи. ^{[ 65 ]}

Чувствительность эксперимента RNA-Seq можно повысить за счет обогащения классов РНК, представляющих интерес, и истощения известных распространенных РНК. Молекулы мРНК можно разделить с помощью олигонуклеотидных зондов, которые связывают их поли-А-хвосты . Альтернативно, рибоистощение может быть использовано для специфического удаления обильных, но неинформативных рибосомальных РНК (рРНК) путем гибридизации с зондами, адаптированными к специфическим последовательностям рРНК таксона (например, рРНК млекопитающих, рРНК растений). Однако рибоистощение может также вносить некоторую предвзятость за счет неспецифического истощения нецелевых транскриптов. ^{[ 66 ]} Малые РНК, такие как микроРНК , можно очистить в зависимости от их размера с помощью гель-электрофореза и экстракции.

Поскольку мРНК длиннее, чем длина чтения типичных методов высокопроизводительного секвенирования, транскрипты обычно фрагментируются перед секвенированием. ^{[ 67 ]} Метод фрагментации является ключевым аспектом создания библиотеки секвенирования. Фрагментация может быть достигнута путем химического гидролиза , распыления , обработки ультразвуком или обратной транскрипции с концевыми нуклеотидами . ^{[ 67 ]} Альтернативно, фрагментацию и мечение кДНК можно осуществлять одновременно с использованием ферментов транспозаз . ^{[ 68 ]}

Во время подготовки к секвенированию копии транскриптов кДНК могут быть амплифицированы с помощью ПЦР для обогащения фрагментами, которые содержат ожидаемые 5'- и 3'-адаптерные последовательности. ^{[ 69 ]} Амплификация также используется для секвенирования очень малых количеств РНК, вплоть до 50 пг в экстремальных приложениях. ^{[ 70 ]} Контрольные образцы известных РНК можно использовать для оценки контроля качества для проверки подготовки библиотеки и секвенирования с точки зрения содержания GC , длины фрагмента, а также систематической ошибки из-за положения фрагмента внутри транскрипта. ^{[ 71 ]} Уникальные молекулярные идентификаторы (UMI) представляют собой короткие случайные последовательности, которые используются для индивидуальной маркировки фрагментов последовательности во время подготовки библиотеки, чтобы каждый помеченный фрагмент был уникальным. ^{[ 72 ]} UMI обеспечивают абсолютную шкалу для количественной оценки, возможность исправить последующую погрешность амплификации, возникшую во время создания библиотеки, и точно оценить первоначальный размер выборки. UMI особенно хорошо подходят для транскриптомики одноклеточных RNA-Seq, где количество входной РНК ограничено и требуется расширенная амплификация образца. ^{[ 73 ]}^{[ 74 ]}^{[ 75 ]}

После того, как молекулы транскрипта подготовлены, их можно секвенировать только в одном направлении (один конец) или в обоих направлениях (парный конец). Одноконцевую последовательность обычно изготавливают быстрее, дешевле, чем секвенирование с парными концами, и ее достаточно для количественной оценки уровней экспрессии генов. Секвенирование парных концов дает более надежные выравнивания/сборки, что полезно для аннотации генов и открытия изоформ транскриптов . ^{[ 10 ]} Методы секвенирования РНК, специфичные для цепей, сохраняют информацию о цепях секвенированного транскрипта. ^{[ 76 ]} Без информации о цепи прочтения могут быть выровнены по локусу гена, но не сообщают, в каком направлении ген транскрибируется. Streded-RNA-Seq полезен для расшифровки транскрипции генов, которые перекрываются в разных направлениях, и для более надежного прогнозирования генов в немодельных организмах. ^{[ 76 ]}

**Технологические платформы секвенирования, обычно используемые для RNA-Seq** ^{[ 77 ]}^{[ 78 ]}
Платформа	Коммерческий релиз	Типичная длина чтения	Максимальная пропускная способность за один проход	Точность однократного чтения	Серии RNA-Seq депонированы в NCBI SRA (октябрь 2016 г.) ^{[ 79 ]}
454 Науки о жизни	2005	700 б.п.	0,7 Гбит/с	99.9%	3548
Иллюмина	2006	50–300 п.н.	900 Гбит/с	99.9%	362903
Твердый	2008	50 б.п.	320 Гбит/с	99.9%	7032
Ион Торрент	2010	400 б.п.	30 Гбит/с	98%	1953
ПакБио	2011	10 000 б.п.	2 Гбит/с	87%	160

Легенда: NCBI SRA – Национальный центр биотехнологической информации, архив чтения последовательностей.

В настоящее время RNA-Seq основан на копировании молекул РНК в молекулы кДНК перед секвенированием; следовательно, последующие платформы одинаковы для транскриптомных и геномных данных. Следовательно, развитие технологий секвенирования ДНК стало определяющей особенностью RNA-Seq. ^{[ 78 ]}^{[ 80 ]}^{[ 81 ]} Прямое секвенирование РНК с использованием секвенирования нанопор представляет собой современный современный метод RNA-Seq. ^{[ 82 ]}^{[ 83 ]} Секвенирование РНК нанопорами позволяет обнаружить модифицированные основания , которые в противном случае были бы замаскированы при секвенировании кДНК, а также исключает этапы амплификации , которые в противном случае могут привести к систематической ошибке. ^{[ 11 ]}^{[ 84 ]}

Чувствительность и точность эксперимента RNA-Seq зависят от количества считываний, полученных из каждого образца. ^{[ 85 ]}^{[ 86 ]} Для обеспечения достаточного покрытия транскриптома необходимо большое количество чтений, что позволяет обнаруживать транскрипты с низким содержанием. Дизайн эксперимента еще больше усложняется технологиями секвенирования с ограниченным диапазоном выходных данных, переменной эффективностью создания последовательностей и переменным качеством последовательности. К этим соображениям следует добавить, что каждый вид имеет разное количество генов и, следовательно, требует индивидуального выхода последовательности для эффективного транскриптома. Ранние исследования определили подходящие пороговые значения эмпирически, но по мере развития технологии подходящее покрытие прогнозировалось вычислительно по насыщению транскриптома. Как ни странно, наиболее эффективный способ улучшить обнаружение дифференциальной экспрессии в генах с низкой экспрессией — это добавить больше биологических повторов , а не добавлять больше чтений. ^{[ 87 ]} Текущие критерии, рекомендованные проектом Энциклопедии элементов ДНК (ENCODE), предусматривают 70-кратное покрытие экзома для стандартного RNA-Seq и до 500-кратного покрытия экзома для обнаружения редких транскриптов и изоформ. ^{[ 88 ]}^{[ 89 ]}^{[ 90 ]}

Анализ данных

Методы транскриптомики в высокой степени параллельны и требуют значительных вычислений для получения значимых данных как для экспериментов на микрочипах, так и для экспериментов по секвенированию РНК. ^{[ 91 ]}^{[ 92 ]}^{[ 93 ]}^{[ 94 ]}^{[ 95 ]} Данные микрочипа записываются в виде изображений с высоким разрешением , требующих обнаружения особенностей и спектрального анализа. ^{[ 96 ]} Размер каждого файла необработанного изображения микрочипа составляет около 750 МБ, а размер обработанной интенсивности составляет около 60 МБ. Множественные короткие зонды, соответствующие одному транскрипту, могут раскрыть детали структуры интрон - экзон , что требует статистических моделей для определения подлинности результирующего сигнала. Исследования RNA-Seq производят миллиарды коротких последовательностей ДНК, которые необходимо сопоставить с эталонными геномами, состоящими из миллионов и миллиардов пар оснований. de novo Сборка чтений в наборе данных требует построения очень сложных графов последовательностей . ^{[ 97 ]} Операции RNA-Seq очень повторяются и выигрывают от распараллеленных вычислений , но современные алгоритмы означают, что потребительского вычислительного оборудования достаточно для простых экспериментов по транскриптомике, которые не требуют de novo . сборки считываний ^{[ 98 ]} Человеческий транскриптом можно точно зафиксировать с помощью RNA-Seq с 30 миллионами последовательностей по 100 пар оснований на образец. ^{[ 85 ]}^{[ 86 ]} В этом примере потребуется примерно 1,8 гигабайт дискового пространства на каждый образец при сохранении в сжатом формате fastq . Обработанные данные подсчета для каждого гена будут намного меньше, что эквивалентно интенсивностям обработанных микрочипов. Данные о последовательностях могут храниться в общедоступных репозиториях, таких как Sequence Read Archive (SRA). ^{[ 99 ]} Наборы данных RNA-Seq можно загрузить через Gene Expression Omnibus. ^{[ 100 ]}

Обработка изображений

с помощью микроматрицы Обработка изображений должна правильно идентифицировать регулярную сетку признаков на изображении и независимо количественно определять интенсивность флуоресценции для каждого признака. Артефакты изображения необходимо дополнительно идентифицировать и исключить из общего анализа. Интенсивность флуоресценции прямо указывает на распространенность каждой последовательности, поскольку последовательность каждого зонда на массиве уже известна. ^{[ 102 ]}

Первые этапы секвенирования РНК также включают аналогичную обработку изображений; однако преобразование изображений в данные последовательности обычно выполняется автоматически программным обеспечением прибора. Метод секвенирования-синтеза компании Illumina позволяет получить массив кластеров, распределенных по поверхности проточной кюветы. ^{[ 103 ]} Проточная ячейка визуализируется до четырех раз в течение каждого цикла секвенирования, всего от десятков до сотен циклов. Кластеры проточных ячеек аналогичны пятнам микрочипов и должны быть правильно идентифицированы на ранних стадиях процесса секвенирования. В компании «Рош » методе пиросеквенирования интенсивность излучаемого света определяет количество последовательных нуклеотидов в гомополимерном повторе. Существует множество вариантов этих методов, каждый из которых имеет свой профиль ошибок для результирующих данных. ^{[ 104 ]}

Анализ данных RNA-Seq

Эксперименты RNA-Seq генерируют большой объем считываний необработанных последовательностей, которые необходимо обработать для получения полезной информации. Для анализа данных обычно требуется комбинация программных инструментов биоинформатики (см. Также Список инструментов биоинформатики RNA-Seq ), которые различаются в зависимости от плана эксперимента и целей. Этот процесс можно разбить на четыре этапа: контроль качества, выравнивание, количественный анализ и дифференциальное выражение. ^{[ 105 ]} Большинство популярных программ RNA-Seq запускаются из интерфейса командной строки либо в среде Unix , либо в статистической среде R / Bioconductor . ^{[ 94 ]}

Контроль качества

Считывание последовательности не является идеальным, поэтому для последующего анализа необходимо оценить точность каждого основания в последовательности. Необработанные данные проверяются, чтобы убедиться: показатели качества для вызовов оснований высоки, содержание GC соответствует ожидаемому распределению, мотивы коротких последовательностей ( k-меры ) не перепредставлены, а уровень дублирования чтения приемлемо низкий. ^{[ 86 ]} Для анализа качества последовательностей существует несколько вариантов программного обеспечения, включая FastQC и FaQC. ^{[ 106 ]}^{[ 107 ]} Аномалии можно удалить (обрезать) или пометить для специальной обработки во время последующих процессов.

Выравнивание

Чтобы связать количество считываемых последовательностей с экспрессией определенного гена, последовательности транскриптов выравниваются с эталонным геномом или de novo выравниваются друг с другом, если ссылка недоступна. ^{[ 108 ]}^{[ 109 ]}^{[ 110 ]} Ключевые проблемы программного обеспечения для выравнивания включают достаточную скорость, позволяющую выравнивать миллиарды коротких последовательностей в разумные сроки, гибкость в распознавании и обработке интронного сплайсинга эукариотической мРНК, а также правильное назначение считываний, которые отображаются в нескольких местах. Развитие программного обеспечения в значительной степени решило эти проблемы, а увеличение длины чтения секвенирования снижает вероятность неоднозначного выравнивания чтения. Список доступных в настоящее время высокопроизводительных выравнивателей последовательностей поддерживается EBI . ^{[ 111 ]}^{[ 112 ]}

Выравнивание последовательностей мРНК первичного транскрипта, полученных от эукариот , с эталонным геномом требует специальной обработки последовательностей интронов , которые отсутствуют в зрелой мРНК. ^{[ 113 ]} Выравниватели с коротким считыванием выполняют дополнительный раунд выравнивания, специально предназначенный для идентификации соединений сплайсинга , основываясь на канонических последовательностях сайтов сплайсинга и известной информации о сайтах сплайсинга интронов. Идентификация соединений сплайсинга интронов предотвращает смещение или ошибочное отбрасывание считываний по сплайсинговым соединениям, позволяя сопоставить больше чтений с эталонным геномом и повышая точность оценок экспрессии генов. Поскольку регуляция генов может происходить на уровне изоформ мРНК , выравнивания с учетом сплайсинга также позволяют обнаруживать изменения численности изоформ, которые в противном случае были бы потеряны при групповом анализе. ^{[ 114 ]}

Сборку de novo можно использовать для выравнивания чтений друг с другом для создания полноразмерных последовательностей транскриптов без использования эталонного генома. ^{[ 115 ]} Проблемы, характерные для сборки de novo, включают более высокие вычислительные требования по сравнению с эталонным транскриптомом, дополнительную проверку вариантов или фрагментов гена и дополнительную аннотацию собранных транскриптов. первые метрики, использованные для описания сборок транскриптома, такие как N50 , вводят в заблуждение. Было показано, что ^{[ 116 ]} и теперь доступны улучшенные методы оценки. ^{[ 117 ]}^{[ 118 ]} Метрики на основе аннотаций лучше оценивают полноту сборки, например, взаимное количество лучших попаданий в контиг . После сборки de novo сборку можно использовать в качестве эталона для последующих методов выравнивания последовательностей и количественного анализа экспрессии генов.

**RNA-Seq *de novo* Программное обеспечение для сборки**
Программное обеспечение	Выпущенный	Последнее обновление	Вычислительная эффективность	Сильные и слабые стороны
Бархатные Оазисы ^{[ 119 ]}^{[ 120 ]}	2008	2011	Низкие, однопоточные, высокие требования к оперативной памяти	Оригинальный ассемблер короткого чтения. Сейчас он в значительной степени заменен.
SOAPденово-транс ^{[ 109 ]}	2011	2014	Умеренные, многопоточные, средние требования к оперативной памяти	Ранний пример ассемблера короткого чтения. Он был обновлен для сборки транскриптома.
Транс-АБыСС ^{[ 121 ]}	2010	2016	Умеренные, многопоточные, средние требования к оперативной памяти	Подходит для коротких чтений, может обрабатывать сложные транскриптомы, а параллельная MPI- для вычислительных кластеров доступна версия.
Троица ^{[ 122 ]}^{[ 97 ]}	2011	2017	Умеренные, многопоточные, средние требования к оперативной памяти	Подходит для короткого чтения. Он может обрабатывать сложные транскриптомы, но требует большого объема памяти.
мираEST ^{[ 123 ]}	1999	2016	Умеренные, многопоточные, средние требования к оперативной памяти	Может обрабатывать повторяющиеся последовательности, комбинировать различные форматы секвенирования, принимается широкий спектр платформ секвенирования.
Ньюблер ^{[ 124 ]}	2004	2012	Низкие, однопоточные, высокие требования к оперативной памяти	Специально разработан для устранения ошибок секвенирования гомополимеров, типичных для секвенаторов Roche 454.
Инструментарий геномики CLC ^{[ 125 ]}	2008	2014	Высокие, многопоточные и низкие требования к оперативной памяти	Имеет графический интерфейс пользователя, может комбинировать различные технологии секвенирования, не имеет функций, специфичных для транскриптома, и перед использованием необходимо приобрести лицензию.
ЛОПАТЫ ^{[ 126 ]}	2012	2017	Высокие, многопоточные и низкие требования к оперативной памяти	Используется для транскриптомных экспериментов на отдельных клетках.
РСЭМ ^{[ 127 ]}	2011	2017	Высокие, многопоточные и низкие требования к оперативной памяти	Может оценить частоту альтернативно сплайсированных транскриптов. Удобный.
СтрокаГалстук ^{[ 98 ]}^{[ 128 ]}	2015	2019	Высокие, многопоточные и низкие требования к оперативной памяти	Может использовать комбинацию методов сборки по ссылкам и сборки de novo для идентификации транскриптов.

Условные обозначения: RAM – оперативное запоминающее устройство; MPI – интерфейс передачи сообщений; EST – метка выраженной последовательности.

Количественная оценка

Количественная оценка выравнивания последовательностей может быть выполнена на уровне гена, экзона или транскрипта. ^{[ 91 ]}^{[ 87 ]} Типичные результаты включают таблицу количества чтений для каждой функции, предоставляемой программному обеспечению; например, для генов в файле общего формата признаков . Число считываний генов и экзонов можно довольно легко рассчитать, например, с помощью HTSeq. ^{[ 130 ]} Количественная оценка на уровне транскрипта более сложна и требует вероятностных методов для оценки численности изоформ транскрипта на основе короткой информации чтения; например, с помощью программного обеспечения для запонок. ^{[ 114 ]} Считывания, которые одинаково хорошо совпадают с несколькими местоположениями, должны быть идентифицированы и либо удалены, либо выровнены по одному из возможных мест, либо выровнены по наиболее вероятному местоположению.

Некоторые методы количественного определения могут вообще обойти необходимость точного сопоставления считывания с эталонной последовательностью. Программный метод kallisto объединяет псевдовыравнивание и количественный анализ в один этап, который выполняется на 2 порядка быстрее, чем современные методы, такие как те, которые используются программным обеспечением для шляп/запонок, с меньшей вычислительной нагрузкой. ^{[ 131 ]}

Дифференциальное выражение

Как только становятся доступны количественные подсчеты каждого транскрипта, дифференциальную экспрессию генов измеряют путем нормализации, моделирования и статистического анализа данных. ^{[ 108 ]} Большинство инструментов считывают таблицу генов и считывают счетчики в качестве входных данных, но некоторые программы, такие как Cuffdiff, принимают двоичной карты выравнивания в качестве входных данных выравнивания чтения в формате . Конечными результатами этого анализа являются списки генов с соответствующими парными тестами на дифференциальную экспрессию между методами лечения и оценками вероятности этих различий. ^{[ 132 ]}

**Программное обеспечение для дифференциальной экспрессии генов RNA-Seq**
Программное обеспечение	Среда	Специализация
Манжета2 ^{[ 108 ]}	на базе Unix	Анализ транскрипта, отслеживающий альтернативный сплайсинг мРНК
EdgeR ^{[ 93 ]}	Р/Биопроводник	Любые геномные данные на основе подсчета
DEseq2 ^{[ 133 ]}	Р/Биопроводник	Гибкие типы данных, низкий уровень репликации
Клей/Воом ^{[ 92 ]}	Р/Биопроводник	Данные микрочипов или секвенирования РНК, гибкий дизайн эксперимента
бальное платье ^{[ 134 ]}	Р/Биопроводник	Эффективное и чувствительное обнаружение транскриптов, гибкость.

Легенда: мРНК – информационная РНК.

Валидация

Транскриптомный анализ может быть подтвержден с использованием независимого метода, например, количественной ПЦР (кПЦР), который легко распознается и поддается статистической оценке. ^{[ 135 ]} Экспрессию генов измеряют по определенным стандартам как для интересующего гена, так и для контрольных генов. Измерение с помощью qPCR аналогично измерению, полученному с помощью RNA-Seq, где значение можно рассчитать для концентрации целевой области в данном образце. Однако кПЦР ограничивается ампликонами размером менее 300 п.н., обычно ближе к 3'-концу кодирующей области, избегая 3'UTR . ^{[ 136 ]} Если требуется проверка изоформ транскриптов, проверка выравнивания чтения РНК-Seq должна указать, где праймеры можно разместить для qPCR для максимальной дискриминации. Измерение нескольких контрольных генов вместе с интересующими генами дает стабильный эталон в биологическом контексте. ^{[ 137 ]} Проверка данных RNA-Seq с помощью qPCR в целом показала, что различные методы RNA-Seq сильно коррелируют. ^{[ 62 ]}^{[ 138 ]}^{[ 139 ]}

Функциональная проверка ключевых генов является важным фактором при посттранскриптомном планировании. Наблюдаемые закономерности экспрессии генов могут быть функционально связаны с фенотипом посредством независимого исследования нокдауна / спасения в интересующем организме. ^{[ 140 ]}

Приложения

Диагностика и профилирование заболеваний

Транскриптомные стратегии нашли широкое применение в различных областях биомедицинских исследований, включая диагностику заболеваний и составление профилей . ^{[ 10 ]}^{[ 141 ]} Подходы RNA-Seq позволили крупномасштабно идентифицировать сайты начала транскрипции , раскрыть использование альтернативных промоторов и новые изменения сплайсинга . Эти регуляторные элементы важны при заболеваниях человека, и, следовательно, определение таких вариантов имеет решающее значение для интерпретации исследований, связанных с заболеванием . ^{[ 142 ]} RNA-Seq может также идентифицировать связанные с заболеванием однонуклеотидные полиморфизмы (SNP), аллель-специфическую экспрессию и слияния генов , что способствует пониманию причинных вариантов заболеваний. ^{[ 143 ]}

Ретротранспозоны — это мобильные элементы , которые размножаются в геномах эукариот посредством процесса, включающего обратную транскрипцию . RNA-Seq может предоставить информацию о транскрипции эндогенных ретротранспозонов, которые могут влиять на транскрипцию соседних генов с помощью различных эпигенетических механизмов , приводящих к заболеванию. ^{[ 144 ]} Аналогичным образом, потенциал использования RNA-Seq для понимания заболеваний, связанных с иммунной системой, быстро расширяется благодаря способности анализировать популяции иммунных клеток и секвенировать Т-клеток и репертуары рецепторов В-клеток у пациентов. ^{[ 145 ]}^{[ 146 ]}

Транскриптомы человека и патогенов

РНК-Seq человеческих патогенов стал признанным методом количественной оценки изменений экспрессии генов, выявления новых факторов вирулентности , прогнозирования устойчивости к антибиотикам и выявления иммунных взаимодействий хозяин-патоген . ^{[ 147 ]}^{[ 148 ]} Основной целью этой технологии является разработка оптимизированных мер инфекционного контроля и целенаправленного индивидуального лечения . ^{[ 146 ]}

Транскриптомный анализ преимущественно сосредоточен либо на хозяине, либо на патогене. Dual RNA-Seq применялся для одновременного профиля экспрессии РНК как в патогене, так и в хозяине на протяжении всего процесса инфекции. Этот метод позволяет изучать динамический ответ и межвидовые генные регуляторные сети у обоих партнеров по взаимодействию от первоначального контакта до инвазии и окончательного сохранения патогена или выведения его иммунной системой хозяина. ^{[ 149 ]}^{[ 150 ]}

Реакция на окружающую среду

Транскриптомика позволяет идентифицировать гены и пути , которые реагируют на биотические и абиотические стрессы окружающей среды и противодействуют им. ^{[ 151 ]}^{[ 140 ]} Нецелевой характер транскриптомики позволяет идентифицировать новые транскрипционные сети в сложных системах. Например, сравнительный анализ ряда линий нута на разных стадиях развития выявил различные профили транскрипции, связанные со стрессами засухи и засоления , включая определение роли изоформ транскрипта AP2 - EREBP . ^{[ 151 ]} Исследование экспрессии генов во время биопленок формирования грибковым патогеном Candida albicans выявило совместно регулируемый набор генов, критически важных для создания и поддержания биопленки. ^{[ 152 ]}

Транскриптомное профилирование также предоставляет важную информацию о механизмах лекарственной устойчивости . Анализ более 1000 изолятов Plasmodium falciparum , вирулентного паразита, вызывающего малярию у людей. ^{[ 153 ]} выявили, что усиление реакции развернутого белка и более медленное прогрессирование на ранних стадиях бесполого внутриэритроцитарного цикла развития были связаны с устойчивостью к артемизинину у изолятов из Юго-Восточной Азии . ^{[ 154 ]}

Использование транскриптомики также важно для изучения реакций в морской среде. ^{[ 155 ]} В морской экологии « стресс » и « адаптация » были одними из наиболее распространенных тем исследований, особенно связанных с антропогенным стрессом, таким как глобальные изменения и загрязнение . ^{[ 155 ]} Большинство исследований в этой области было проведено на животных , хотя беспозвоночные были недостаточно представлены. ^{[ 155 ]} Одной из проблем по-прежнему остается недостаток функциональных генетических исследований, которые затрудняют аннотацию генов , особенно для немодельных видов, и могут привести к расплывчатым выводам о влиянии изученных реакций. ^{[ 155 ]}

Аннотация функции гена

Все транскриптомные методы оказались особенно полезны для определения функций генов и определения тех, кто отвечает за определенные фенотипы. Транскриптомика Arabidopsis экотипов , которые гипераккумулируют металлы , коррелирует гены, участвующие в поглощении металлов , толерантности и гомеостазе , с фенотипом. ^{[ 156 ]} Интеграция наборов данных RNA-Seq в различных тканях использовалась для улучшения аннотации функций генов в коммерчески важных организмах (например, огурце ). ^{[ 157 ]} или виды, находящиеся под угрозой исчезновения (например, коала ). ^{[ 158 ]}

Сборка считываний RNA-Seq не зависит от эталонного генома. ^{[ 122 ]} и поэтому идеально подходит для изучения экспрессии генов немодельных организмов с несуществующими или плохо развитыми геномными ресурсами. Например, база данных SNP, используемых в программах селекции пихты Дугласа , была создана путем анализа транскриптома de novo в отсутствие секвенированного генома . ^{[ 159 ]} Аналогичным образом, гены, которые участвуют в развитии сердечной, мышечной и нервной тканей у омаров, были идентифицированы путем сравнения транскриптомов различных типов тканей без использования последовательности генома. ^{[ 160 ]} RNA-Seq также можно использовать для идентификации ранее неизвестных областей кодирования белков в существующих секвенированных геномах.

Некодирующая РНК

Транскриптомика чаще всего применяется к содержимому мРНК в клетке. Однако те же методы в равной степени применимы и к некодирующим РНК (нкРНК), которые не транслируются в белок, но вместо этого имеют прямые функции (например, роль в трансляции белка , репликации ДНК , сплайсинге РНК и регуляции транскрипции ). ^{[ 161 ]}^{[ 162 ]}^{[ 163 ]}^{[ 164 ]} Многие из этих нкРНК влияют на болезненные состояния, включая рак, сердечно-сосудистые и неврологические заболевания. ^{[ 165 ]}

Базы данных транскриптомов

Исследования транскриптомики генерируют большие объемы данных, потенциальные применения которых выходят далеко за рамки первоначальных целей эксперимента. Таким образом, необработанные или обработанные данные могут быть помещены в общедоступные базы данных , чтобы обеспечить их полезность для более широкого научного сообщества. Например, по состоянию на 2018 год «Омнибус экспрессии генов» содержал миллионы экспериментов. ^{[ 166 ]}

Транскриптомные базы данных
Имя	Хозяин	Данные	Описание
Экспрессия генов для всех ^{[ 100 ]}	NCBI	Микрочип RNA-Seq	Первая база данных транскриптомики, принимающая данные из любого источника. Введены стандарты сообщества MIAME и MINSEQE , определяющие необходимые метаданные эксперимента для обеспечения эффективной интерпретации и повторяемости . ^{[ 167 ]}^{[ 168 ]}
МассивЭкспресс ^{[ 169 ]}	Вот этот	Микрочип	Импортирует наборы данных из Gene Expression Omnibus и принимает прямые представления. Обработанные данные и метаданные эксперимента хранятся в ArrayExpress, а считанные необработанные последовательности хранятся в ENA. Соответствует стандартам MIAME и MINSEQE. ^{[ 167 ]}^{[ 168 ]}
Атлас выражений ^{[ 170 ]}	СЕМЬЯ	Микрочип RNA-Seq	База данных экспрессии тканеспецифичных генов животных и растений. Отображает вторичный анализ и визуализацию, например функциональное обогащение терминов онтологии генов , доменов InterPro или путей. Ссылки на данные о содержании белка, если таковые имеются.
Генный исследователь ^{[ 171 ]}	Частное курирование	Микрочип RNA-Seq	Содержит ручное управление общедоступными наборами данных транскриптома с упором на медицинские данные и данные биологии растений. Отдельные эксперименты нормализуются по всей базе данных, чтобы можно было сравнивать экспрессию генов в различных экспериментах. Полная функциональность требует приобретения лицензии, с бесплатным доступом к ограниченной функциональности.
Ссылка Ex ^{[ 172 ]}	ДБЖ	Все	Транскриптомы человека, мыши и крысы из 40 различных органов. Экспрессия генов визуализируется в виде тепловых карт , проецируемых на трехмерные представления анатомических структур.
НЕКОДОВЫЙ ^{[ 173 ]}	noncode.org	РНК-Seq	Некодирующие РНК (нкРНК), за исключением тРНК и рРНК.

Легенда: NCBI – Национальный центр биотехнологической информации; EBI – Европейский институт биоинформатики; DDBJ – Банк данных ДНК Японии; ENA – Европейский архив нуклеотидов; MIAME – Минимальная информация об эксперименте с микрочипами; MINSEQE – Минимальная информация о высокопроизводительном эксперименте по секвенированию нуклеотидов.

См. также

омикс

Ссылки

Эта статья была адаптирована из следующего источника под лицензией CC BY 4.0 ( 2017 г. ) ( отчеты рецензента ): Рохан Лоу; Нил Ширли; Марк Бликли; Стивен Долан; Томас Шафи (18 мая 2017 г.). «Технологии транскриптомики» . PLOS Вычислительная биология . 13 (5): e1005457. doi : 10.1371/JOURNAL.PCBI.1005457 . ISSN 1553-734X . ПМЦ 5436640 . ПМИД 28545146 . S2CID 3714586 . Викиданные Q33703532 .

^ «Тенденция Medline: автоматизированная ежегодная статистика результатов PubMed по любому запросу» . dan.corlan.net . Проверено 5 октября 2016 г.
^ Jump up to: ^а ^б Адамс М.Д., Келли Дж.М., Гокейн Дж.Д., Дубник М., Полимеропулос М.Х., Сяо Х. и др. (июнь 1991 г.). «Комплементарное секвенирование ДНК: метки экспрессируемых последовательностей и проект генома человека». Наука . 252 (5013): 1651–6. Бибкод : 1991Sci...252.1651A . дои : 10.1126/science.2047873 . ПМИД 2047873 . S2CID 13436211 .
^ Пан Кью, Шай О, Ли Л.Дж., Фрей Б.Дж., Бленкоу Б.Дж. (декабрь 2008 г.). «Глубокое исследование сложности альтернативного сплайсинга транскриптома человека с помощью высокопроизводительного секвенирования». Природная генетика . 40 (12): 1413–5. дои : 10.1038/ng.259 . ПМИД 18978789 . S2CID 9228930 .
^ Jump up to: ^а ^б Султан М., Шульц М.Х., Ричард Х., Маген А., Клингенхофф А., Шерф М. и др. (август 2008 г.). «Глобальный взгляд на активность генов и альтернативный сплайсинг путем глубокого секвенирования транскриптома человека». Наука . 321 (5891): 956–60. Бибкод : 2008Sci...321..956S . дои : 10.1126/science.1160342 . ПМИД 18599741 . S2CID 10013179 .
^ Лаппалайнен Т., Саммет М., Фридлендер М.Р., 'т Хоен П.А., Монлонг Дж., Ривас М.А. и др. (сентябрь 2013 г.). «Секвенирование транскриптома и генома выявляет функциональные различия у людей» . Природа . 501 (7468): 506–11. Бибкод : 2013Natur.501..506L . дои : 10.1038/nature12531 . ПМЦ 3918453 . ПМИД 24037378 .
^ Jump up to: ^а ^б Меле М., Феррейра П.Г., Ревертер Ф., ДеЛука Д.С., Монлонг Дж., Саммет М. и др. (май 2015 г.). «Геномика человека. Транскриптом человека в тканях и индивидуумах» . Наука . 348 (6235): 660–5. Бибкод : 2015Sci...348..660M . дои : 10.1126/science.aaa0355 . ПМЦ 4547472 . ПМИД 25954002 .
^ Сандберг Р. (январь 2014 г.). «Вход в эпоху одноклеточной транскриптомики в биологии и медицине» . Природные методы . 11 (1): 22–4. дои : 10.1038/nmeth.2764 . ПМИД 24524133 . S2CID 27632439 .
^ Колодзейчик А.А., Ким Дж.К., Свенссон В., Мариони Дж.К., Тейхманн С.А. (май 2015 г.). «Технология и биология секвенирования одноклеточных РНК» . Молекулярная клетка . 58 (4): 610–20. doi : 10.1016/j.molcel.2015.04.005 . ПМИД 26000846 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж МакГеттиган, Пенсильвания (февраль 2013 г.). «Транскриптомика в эпоху секвенирования РНК». Современное мнение в области химической биологии . 17 (1): 4–11. дои : 10.1016/j.cbpa.2012.12.008 . ПМИД 23290152 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час ^я ^дж ^к ^л Ван З., Герштейн М., Снайдер М. (январь 2009 г.). «RNA-Seq: революционный инструмент для транскриптомики» . Обзоры природы Генетика . 10 (1): 57–63. дои : 10.1038/nrg2484 . ПМЦ 2949280 . ПМИД 19015660 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с Озсолак Ф., Милош П.М. (февраль 2011 г.). «Секвенирование РНК: достижения, проблемы и возможности» . Обзоры природы Генетика . 12 (2): 87–98. дои : 10.1038/nrg2934 . ПМК 3031867 . ПМИД 21191423 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с Морозова О., Херст М., Марра М.А. (2009). «Применение новых технологий секвенирования для анализа транскриптома». Ежегодный обзор геномики и генетики человека . 10 : 135–51. doi : 10.1146/annurev-genom-082908-145957 . ПМИД 19715439 .
^ Сим Г.К., Кафатос ФК, Джонс К.В., Келер М.Д., Эфстратиадис А., Маниатис Т. (декабрь 1979 г.). «Использование библиотеки кДНК для исследований эволюции и экспрессии в развитии мультигенных семейств хориона» . Клетка . 18 (4): 1303–16. дои : 10.1016/0092-8674(79)90241-1 . ПМИД 519770 .
^ Сатклифф Дж.Г., Милнер Р.Дж., Блум Ф.Е., Лернер Р.А. (август 1982 г.). «Общая последовательность из 82 нуклеотидов, уникальная для РНК мозга» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 79 (16): 4942–6. Бибкод : 1982PNAS...79.4942S . дои : 10.1073/pnas.79.16.4942 . ПМК 346801 . ПМИД 6956902 .
^ Путни С.Д., Херлихи В.К., Шиммель П. (апрель 1983 г.). «Новый тропонин Т и клоны кДНК 13 различных мышечных белков, обнаруженные с помощью дробовика». Природа . 302 (5910): 718–21. Бибкод : 1983Natur.302..718P . дои : 10.1038/302718a0 . ПМИД 6687628 . S2CID 4364361 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д Марра М.А., Хиллер Л., Уотерстон Р.Х. (январь 1998 г.). «Теги выраженной последовательности — создание мостов между геномами». Тенденции в генетике . 14 (1): 4–7. дои : 10.1016/S0168-9525(97)01355-3 . ПМИД 9448457 .
^ Алвин Дж.С., Кемп DJ, Старк Г.Р. (декабрь 1977 г.). «Метод обнаружения специфических РНК в агарозных гелях путем переноса на диазобензилоксиметил-бумагу и гибридизации с ДНК-зондами» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 74 (12): 5350–4. Бибкод : 1977PNAS...74.5350A . дои : 10.1073/pnas.74.12.5350 . ПМК 431715 . ПМИД 414220 .
^ Беккер-Андре М., Халброк К. (ноябрь 1989 г.). «Количественное определение абсолютной мРНК с использованием полимеразной цепной реакции (ПЦР). Новый подход с помощью анализа титрования транскрипта с помощью ПЦР (PATTY)» . Исследования нуклеиновых кислот . 17 (22): 9437–46. дои : 10.1093/нар/17.22.9437 . ПМК 335144 . ПМИД 2479917 .
^ Пьету Г, Мариаж-Самсон Р, Файен Н.А., Матингу С, Эвено Е, Улгатт Р, Декреен С, Ванденбрук Ю, Тахи Ф, Девинь МД, Виркнер Ю, Ансорж В, Кокс Д, Нагасе Т, Номура Н, Оффрэ С ( февраль 1999 г.). «База знаний Genexpress IMAGE о транскриптоме человеческого мозга: прототип интегрированного ресурса для функциональной и вычислительной геномики» . Геномные исследования . 9 (2): 195–209. дои : 10.1101/гр.9.2.195 . ПМК 310711 . ПМИД 10022985 .
^ Велкулеску В.Е., Чжан Л., Чжоу В., Фогельштейн Дж., Басрай М.А., Бассетт Д.Е., Хитер П., Фогельштейн Б., Кинцлер К.В. (январь 1997 г.). «Характеристика транскриптома дрожжей» . Ячейка 88 (2): 243–51. дои : 10.1016/S0092-8674(00) 81845-0 ПМИД 9008165 . S2CID 11430660 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д Велкулеску В.Е., Чжан Л., Фогельштейн Б., Кинцлер К.В. (октябрь 1995 г.). «Серийный анализ экспрессии генов». Наука . 270 (5235): 484–7. Бибкод : 1995Sci...270..484В . дои : 10.1126/science.270.5235.484 . ПМИД 7570003 . S2CID 16281846 .
^ Audic S, Claverie JM (октябрь 1997 г.). «Значение цифровых профилей экспрессии генов» . Геномные исследования . 7 (10): 986–95. дои : 10.1101/гр.7.10.986 . ПМИД 9331369 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж Мантионе К.Дж., Крим Р.М., Кузелова Х., Птачек Р., Рабох Дж., Сэмюэл Дж.М., Стефано ГБ (август 2014 г.). «Сравнение методов биоинформационного профилирования экспрессии генов: микрочипов и RNA-Seq» . Медицинская наука Монитор фундаментальных исследований . 20 : 138–42. дои : 10.12659/MSMBR.892101 . ПМК 4152252 . ПМИД 25149683 .
^ Чжао С., Фунг-Леунг В.П., Биттнер А., Нго К., Лю Х (2014). «Сравнение RNA-Seq и микроматрицы в профилировании транскриптома активированных Т-клеток» . ПЛОС ОДИН . 9 (1): e78644. Бибкод : 2014PLoSO...978644Z . дои : 10.1371/journal.pone.0078644 . ПМЦ 3894192 . ПМИД 24454679 .
^ Jump up to: ^а ^б Хашимшони Т., Вагнер Ф., Шер Н., Янаи И. (сентябрь 2012 г.). «CEL-Seq: Seq одноклеточной РНК путем мультиплексной линейной амплификации» . Отчеты по ячейкам . 2 (3): 666–73. дои : 10.1016/j.celrep.2012.08.003 . ПМИД 22939981 .
^ Стирс Р.Л., Геттс Р.К., Галланс С.Р. (август 2000 г.). «Новая чувствительная система обнаружения для микрочипов высокой плотности с использованием дендримерной технологии». Физиологическая геномика . 3 (2): 93–9. doi : 10.1152/физиологгеномика.2000.3.2.93 . ПМИД 11015604 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж Иллюмина (11 июля 2011 г.). «Сравнение данных RNA-Seq с микрочипами экспрессии генов» (PDF) . Европейский фармацевтический обзор.
^ Jump up to: ^а ^б Блэк МБ, Паркс ББ, Плута Л, Чу ТМ, Аллен БК, Вулфингер РД, Томас Р.С. (февраль 2014 г.). «Сравнение микрочипов и секвенирования РНК для анализа экспрессии генов в экспериментах по зависимости реакции от дозы». Токсикологические науки . 137 (2): 385–403. дои : 10.1093/toxsci/kft249 . ПМИД 24194394 .
^ Мариони Дж.К., Мейсон С.Э., Мане С.М., Стивенс М., Гилад Ю. (сентябрь 2008 г.). «РНК-секвенирование: оценка технической воспроизводимости и сравнение с массивами экспрессии генов» . Геномные исследования . 18 (9): 1509–17. дои : 10.1101/гр.079558.108 . ПМЦ 2527709 . ПМИД 18550803 .
^ Консорциум SEQC/MAQC-III (сентябрь 2014 г.). «Комплексная оценка точности, воспроизводимости и информативности секвенирования РНК, проведенная Консорциумом контроля качества секвенирования» . Природная биотехнология . 32 (9): 903–14. дои : 10.1038/nbt.2957 . ПМЦ 4321899 . ПМИД 25150838 .
^ Чен Дж. Дж., Сюэ Х. М., Делонгшан Р. Р., Линь С. Дж., Цай К. А. (октябрь 2007 г.). «Воспроизводимость данных микрочипов: дальнейший анализ данных контроля качества микрочипов (MAQC)» . БМК Биоинформатика . 8 : 412. дои : 10.1186/1471-2105-8-412 . ПМК 2204045 . ПМИД 17961233 .
^ Ларкин Дж.Э., Фрэнк Б.К., Гаврас Х., Султана Р., Квакенбуш Дж. (май 2005 г.). «Независимость и воспроизводимость на платформах микрочипов». Природные методы . 2 (5): 337–44. дои : 10.1038/nmeth757 . ПМИД 15846360 . S2CID 16088782 .
^ Jump up to: ^а ^б Нельсон, штат Нью-Джерси (апрель 2001 г.). «Микрочипы прибыли: инструмент экспрессии генов созревает». Журнал Национального института рака . 93 (7): 492–4. дои : 10.1093/jnci/93.7.492 . ПМИД 11287436 .
^ Шена М., Шалон Д., Дэвис Р.В., Браун П.О. (октябрь 1995 г.). «Количественный мониторинг закономерностей экспрессии генов с помощью комплементарного микрочипа ДНК». Наука . 270 (5235): 467–70. Бибкод : 1995Sci...270..467S . дои : 10.1126/science.270.5235.467 . ПМИД 7569999 . S2CID 6720459 .
^ Jump up to: ^а ^б Пожитков А.Е., Тауц Д., Нобл П.А. (июнь 2007 г.). «Олигонуклеотидные микрочипы: широко применяются, но плохо изучены» . Брифинги по функциональной геномике и протеомике . 6 (2): 141–8. дои : 10.1093/bfgp/elm014 . hdl : 11858/00-001M-0000-000F-D7B3-3 . ПМИД 17644526 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с Хеллер М.Дж. (2002). «Технология ДНК-микрочипов: устройства, системы и приложения». Ежегодный обзор биомедицинской инженерии . 4 : 129–53. doi : 10.1146/annurev.bioeng.4.020702.153438 . ПМИД 12117754 .
^ Маклахлан Дж.Дж., До К.А. , Амбруаз С. (2005). Анализ данных об экспрессии генов на микрочипах . Хобокен: Джон Уайли и сыновья. ISBN 978-0-471-72612-8 . ^{[ нужна страница ]}
^ Бреннер С., Джонсон М., Бриджем Дж., Голда Дж., Ллойд Д.Х., Джонсон Д., Луо С., МакКарди С., Фой М., Юэн М., Рот Р., Джордж Д., Элетр С., Альбрехт Дж., Вермаас Е., Уильямс С.Р., Мун К. , Берчем Т., Паллас М., ДюБридж Р.Б., Киршнер Дж., Фирон К., Мао Дж., Коркоран К. (июнь 2000). «Анализ экспрессии генов с помощью массово-параллельного сигнатурного секвенирования (MPSS) на массивах микрогранул». Природная биотехнология . 18 (6): 630–4. дои : 10.1038/76469 . ПМИД 10835600 . S2CID 13884154 .
^ Мейерс BC, Ву Т.Х., Тедж СС, Газаль Х., Матвиенко М., Агравал В., Нин Дж., Хауденшильд CD (август 2004 г.). «Анализ сложности транскрипции Arabidopsis thaliana путем массового параллельного секвенирования сигнатур». Природная биотехнология . 22 (8): 1006–11. дои : 10.1038/nbt992 . ПМИД 15247925 . S2CID 15336496 .
^ Jump up to: ^а ^б Бейнбридж М.Н., Уоррен Р.Л., Херст М., Романуик Т., Зенг Т., Го А, Делани А., Гриффит М., Хикенботэм М., Магрини В., Мардис Э.Р., Садар М.Д., Сиддики А.С., Марра М.А., Джонс С.Дж. (сентябрь 2006 г.). «Анализ транскриптома линии клеток рака простаты LNCaP с использованием подхода секвенирования путем синтеза» . БМК Геномика . 7 : 246. дои : 10.1186/1471-2164-7-246 . ПМЦ 1592491 . ПМИД 17010196 .
^ Мортазави А., Уильямс Б.А., МакКью К., Шеффер Л., Уолд Б. (июль 2008 г.). «Картирование и количественная оценка транскриптомов млекопитающих с помощью RNA-Seq». Природные методы . 5 (7): 621–8. дои : 10.1038/nmeth.1226 . ПМИД 18516045 . S2CID 205418589 .
^ Вильгельм Б.Т., Маргерат С., Ватт С., Шуберт Ф., Вуд В., Гудхед И., Пенкетт С.Дж., Роджерс Дж., Бэлер Дж. (июнь 2008 г.). «Динамический репертуар эукариотического транскриптома, исследованный с разрешением в один нуклеотид». Природа . 453 (7199): 1239–43. Бибкод : 2008Natur.453.1239W . дои : 10.1038/nature07002 . ПМИД 18488015 . S2CID 205213499 .
^ Султан М, Шульц МХ, Ричард Х, Маген А, Клингенхофф А, Шерф М, Зайферт М, Бородина Т, Солдатов А, Пархомчук Д, Шмидт Д, О'Киф С, Хаас С, Вингрон М, Лерах Х, Яспо МЛ ( август 2008 г.). «Глобальный взгляд на активность генов и альтернативный сплайсинг путем глубокого секвенирования транскриптома человека». Наука . 321 (5891): 956–60. Бибкод : 2008Sci...321..956S . дои : 10.1126/science.1160342 . ПМИД 18599741 . S2CID 10013179 .
^ Jump up to: ^а ^б Хомчинский П., Сакки Н. (апрель 1987 г.). «Одностадийный метод выделения РНК путем кислой экстракции тиоцианатом гуанидиния, фенола и хлороформа». Аналитическая биохимия . 162 (1): 156–9. дои : 10.1016/0003-2697(87)90021-2 . ПМИД 2440339 .
^ Jump up to: ^а ^б Хомчинский П., Сакки Н. (2006). «Одностадийный метод выделения РНК путем кислой экстракции тиоцианатом гуанидиния, фенола и хлороформа: двадцать с чем-то лет спустя». Протоколы природы . 1 (2): 581–5. дои : 10.1038/нпрот.2006.83 . ПМИД 17406285 . S2CID 28653075 .
^ Грилло М., Марголис, Флорида (сентябрь 1990 г.). «Использование полимеразной цепной реакции обратной транскриптазы для мониторинга экспрессии безинтронных генов». БиоТехники . 9 (3): 262, 264, 266–8. ПМИД 1699561 .
^ Брайант С., Мэннинг Д.Л. (1998). «Выделение информационной РНК». Протоколы выделения и характеристики РНК . Методы молекулярной биологии. Том. 86. стр. 61–4. дои : 10.1385/0-89603-494-1:61 . ISBN 978-0-89603-494-5 . ПМИД 9664454 .
^ Чжао В., Хе Х, Ходли К.А., Паркер Дж.С., Хейс Д.Н., Перу К.М. (июнь 2014 г.). «Сравнение RNA-Seq с помощью захвата поли (А), истощения рибосомальной РНК и микроматрицы ДНК для определения профиля экспрессии» . БМК Геномика . 15 (1): 419. дои : 10.1186/1471-2164-15-419 . ПМК 4070569 . ПМИД 24888378 .
^ Некоторые примеры проб окружающей среды: морская вода, почва или воздух.
^ Закрыть Т.Дж., Ванамакер С.И., Калдо Р.А., Тернер С.М., Эшлок Д.А., Дикерсон Дж.А., Винг Р.А., Мюльбауэр Г.Дж., Кляйнхофс А., Уайз Р.П. (март 2004 г.). «Новый ресурс для геномики зерновых: 22-тысячный GeneChip ячменя достиг совершеннолетия» . Физиология растений . 134 (3): 960–8. дои : 10.1104/стр.103.034462 . ПМЦ 389919 . ПМИД 15020760 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и Лоу Р., Ширли Н., Бликли М., Долан С., Шафи Т. (май 2017 г.). «Технологии транскриптомики» . PLOS Вычислительная биология . 13 (5): e1005457. Бибкод : 2017PLSCB..13E5457L . дои : 10.1371/journal.pcbi.1005457 . ПМЦ 5436640 . ПМИД 28545146 .
^ Jump up to: ^а ^б Шираки Т, Кондо С, Катаяма С, Ваки К, Касукава Т, Каваджи Х, Кодзиус Р, Ватахики А, Накамура М, Аракава Т, Фукуда С, Сасаки Д, Подхайска А, Харберс М, Каваи Дж, Карнинчи П, Хаяшизаки Ю (декабрь 2003 г.). «Экспрессия генов Cap-анализа для высокопроизводительного анализа начальной точки транскрипции и идентификации использования промотора» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 100 (26): 15776–81. Бибкод : 2003PNAS..10015776S . дои : 10.1073/pnas.2136655100 . ПМК 307644 . ПМИД 14663149 .
^ Романов В., Давидофф С.Н., Майлз А.Р., Грейнджер Д.В., Гейл Б.К., Брукс Б.Д. (март 2014 г.). «Критическое сравнение технологий изготовления белковых микрочипов». Аналитик . 139 (6): 1303–26. Бибкод : 2014Ана...139.1303R . дои : 10.1039/c3an01577g . ПМИД 24479125 .
^ Jump up to: ^а ^б Барбулович-Над И, Лусенте М, Сунь Ю, Чжан М, Уилер А.Р., Буссманн М (01 октября 2006 г.). «Методы изготовления биомикрочипов — обзор». Критические обзоры по биотехнологии . 26 (4): 237–59. CiteSeerX 10.1.1.661.6833 . дои : 10.1080/07388550600978358 . ПМИД 17095434 . S2CID 13712888 .
^ Оберн Р.П., Крейл Д.П., Медоуз Л.А., Фишер Б., Матилла С.С., Рассел С. (июль 2005 г.). «Роботизированное определение кДНК и олигонуклеотидных микрочипов». Тенденции в биотехнологии . 23 (7): 374–9. дои : 10.1016/j.tibtech.2005.04.002 . ПМИД 15978318 .
^ Шалон Д., Смит С.Дж., Браун П.О. (июль 1996 г.). «Система микрочипов ДНК для анализа сложных образцов ДНК с использованием гибридизации двухцветных флуоресцентных зондов» . Геномные исследования . 6 (7): 639–45. дои : 10.1101/гр.6.7.639 . ПМИД 8796352 .
^ Локхарт DJ, Донг Х., Бирн MC, Фоллетти М.Т., Галло М.В., Чи М.С., Миттманн М., Ван С., Кобаяши М., Хортон Х., Браун Э.Л. (декабрь 1996 г.). «Мониторинг экспрессии путем гибридизации с массивами олигонуклеотидов высокой плотности». Природная биотехнология . 14 (13): 1675–80. дои : 10.1038/nbt1296-1675 . ПМИД 9634850 . S2CID 35232673 .
^ Иризарри Р.А., Болстад Б.М., Коллин Ф., Коуп Л.М., Хоббс Б., Спид Т.П. (февраль 2003 г.). «Сводка данных уровня зонда Affymetrix GeneChip» . Исследования нуклеиновых кислот . 31 (4): 15д–15. дои : 10.1093/нар/gng015 . ПМЦ 150247 . ПМИД 12582260 .
^ Зельцер Р.Р., Ричмонд Т.А., Пофаль, Нью-Джерси, Грин Р.Д., Эйс П.С., Наир П., Бротман А.Р., Столлингс Р.Л. (ноябрь 2005 г.). «Анализ точек разрыва хромосом в нейробластоме с субкилобазным разрешением с использованием мелкоячеистого массива олигонуклеотидов CGH». Гены, хромосомы и рак . 44 (3): 305–19. дои : 10.1002/gcc.20243 . ПМИД 16075461 . S2CID 39437458 .
^ Свенссон В., Венто-Тормо Р., Тейхманн С.А. (апрель 2018 г.). «Экспоненциальное масштабирование секвенирования одноклеточной РНК за последнее десятилетие». Протоколы природы . 13 (4): 599–604. дои : 10.1038/nprot.2017.149 . ПМИД 29494575 . S2CID 3560001 .
^ Тачибана С (18 августа 2015 г.). «Транскриптомика сегодня: микрочипы, секвенирование РНК и многое другое» . Наука . 349 (6247): 544. Бибкод : 2015Sci...349..544T . дои : 10.1126/science.opms.p1500095 .
^ Jump up to: ^а ^б Нагалакшми У, Ван З, Ваерн К, Шу С, Раха Д, Герштейн М, Снайдер М (июнь 2008 г.). «Транскрипционный ландшафт генома дрожжей, определенный с помощью секвенирования РНК» . Наука . 320 (5881): 1344–9. Бибкод : 2008Sci...320.1344N . дои : 10.1126/science.1158441 . ПМЦ 2951732 . ПМИД 18451266 .
^ Су З, Фанг Х, Хун Х, Ши Л, Чжан В, Чжан В, Чжан Й, Донг З, Ланкашир Л.Дж., Бессарабова М, Ян Х, Нин Б, Гонг Б, Михан Дж, Сюй Дж, Ге В, Перкинс Р. , Фишер М., Тонг В. (декабрь 2014 г.). «Исследование биомаркеров, полученных на основе устаревших данных микрочипов, на предмет их полезности в эпоху секвенирования РНК» . Геномная биология . 15 (12): 523. doi : 10.1186/s13059-014-0523-y . ПМК 4290828 . ПМИД 25633159 .
^ Ли Дж.Х., Догарти Э.Р., Шейман Дж., Калхор Р., Ян Дж.Л., Ферранте Т.С., Терри Р., Жанти СС, Ли С., Амамото Р., Петерс Д.Т., Турчик Б.М., Марблстоун А.Х., Инверсо С.А., Бернард А., Мали П., Риос Х. , Аах Дж., Генеральный директор Черча (март 2014 г.). «Высокомультиплексное секвенирование субклеточной РНК in situ» . Наука . 343 (6177): 1360–3. Бибкод : 2014Sci...343.1360L . дои : 10.1126/science.1250212 . ПМК 4140943 . ПМИД 24578530 .
^ Jump up to: ^а ^б Шендуре Дж., Джи Х (октябрь 2008 г.). «Секвенирование ДНК нового поколения». Природная биотехнология . 26 (10): 1135–45. дои : 10.1038/nbt1486 . ПМИД 18846087 . S2CID 6384349 .
^ Лаэнс Н.Ф., Кавакли И.Х., Чжан Р., Хайер К., Блэк М.Б., Дуек Х., Писарро А., Ким Дж., Иризарри Р., Томас Р.С., Грант Г.Р., Хогенеш Дж.Б. (июнь 2014 г.). «IVT-seq обнаруживает крайнюю неточность в секвенировании РНК» . Геномная биология . 15 (6): Р86. дои : 10.1186/gb-2014-15-6-r86 . ПМК 4197826 . ПМИД 24981968 .
^ Jump up to: ^а ^б Книерим Э., Лаке Б., Шварц Дж.М., Шуэльке М., Зеелов Д. (2011). «Систематическое сравнение трех методов фрагментации продуктов ПЦР дальнего действия для секвенирования следующего поколения» . ПЛОС ОДИН . 6 (11): е28240. Бибкод : 2011PLoSO...628240K . дои : 10.1371/journal.pone.0028240 . ПМК 3227650 . ПМИД 22140562 .
^ Рут А., главный старший научный сотрудник, Ордуханян П., Джонсон Дж.Е. (август 2015 г.). «ClickSeq: секвенирование нового поколения без фрагментации посредством клик-лигирования адаптеров со стохастически терминированными 3'-азидо-кДНК» . Журнал молекулярной биологии . 427 (16): 2610–6. дои : 10.1016/j.jmb.2015.06.011 . ПМЦ 4523409 . ПМИД 26116762 .
^ Парех С., Цигенхайн С., Вит Б., Энард В., Хеллманн И. (май 2016 г.). «Влияние амплификации на дифференциальный анализ экспрессии с помощью RNA-seq» . Научные отчеты . 6 : 25533. Бибкод : 2016NatSR...625533P . дои : 10.1038/srep25533 . ПМЦ 4860583 . ПМИД 27156886 .
^ Шанкер С., Полсон А., Эденберг Х.Дж., Пик А., Перера А., Алексеев Ю.О., Беклофф Н., Бивенс Н.Дж., Доннелли Р., Гилласпи А.Ф., Гроув Д., Гу В., Джафари Н., Керли-Гамильтон Дж.С., Лайонс Р.Х., Теппер С., Николет CM (апрель 2015 г.). «Оценка коммерчески доступных наборов для амплификации РНК для секвенирования РНК с использованием очень малых вводимых количеств общей РНК» . Журнал биомолекулярных методов . 26 (1): 4–18. дои : 10.7171/jbt.15-2601-001 . ПМК 4310221 . ПМИД 25649271 .
^ Цзян Л., Шлезингер Ф., Дэвис К.А., Чжан Ю., Ли Р., Салит М., Гингерас Т.Р., Оливер Б. (сентябрь 2011 г.). «Синтетические стандарты для экспериментов по секвенированию РНК» . Геномные исследования . 21 (9): 1543–51. дои : 10.1101/гр.121095.111 . ПМК 3166838 . ПМИД 21816910 .
^ Кивиоя Т., Вяхараутио А., Карлссон К., Бонке М., Энге М., Линнарссон С., Тайпале Дж. (ноябрь 2011 г.). «Подсчет абсолютного числа молекул с использованием уникальных молекулярных идентификаторов». Природные методы . 9 (1): 72–4. дои : 10.1038/nmeth.1778 . ПМИД 22101854 . S2CID 39225091 .
^ Тан Ф, Барбачору С, Ван Й, Нордман Э, Ли С, Сюй Н, Ван Х, Бодо Дж, Туч ББ, Сиддики А, Лао К, Сурани М.А. (май 2009 г.). «Анализ всего транскриптома мРНК-Seq одной клетки». Природные методы . 6 (5): 377–82. дои : 10.1038/nmeth.1315 . ПМИД 19349980 . S2CID 16570747 .
^ Ислам С., Зейзель А., Йост С., Ла Манно Г., Заяк П., Каспер М., Леннерберг П., Линнарссон С. (февраль 2014 г.). «Количественный секвенирование одноклеточной РНК с уникальными молекулярными идентификаторами». Природные методы . 11 (2): 163–6. дои : 10.1038/nmeth.2772 . ПМИД 24363023 . S2CID 6765530 .
^ Джайтин Д.А., Кенигсберг Э., Керен-Шауль Х., Элефант Н., Пол Ф., Зарецкий И., Милднер А., Коэн Н., Юнг С., Танай А., Амит И. (февраль 2014 г.). «Массовое параллельное секвенирование одноклеточной РНК для безмаркерного разложения тканей на типы клеток» . Наука . 343 (6172): 776–9. Бибкод : 2014Sci...343..776J . дои : 10.1126/science.1247651 . ПМЦ 4412462 . ПМИД 24531970 .
^ Jump up to: ^а ^б Левин Дж. З., Яссур М., Адиконис Х, Нусбаум С., Томпсон Д.А., Фридман Н., Гнирке А., Регев А. (сентябрь 2010 г.). «Комплексный сравнительный анализ методов секвенирования специфичных цепей РНК» . Природные методы . 7 (9): 709–15. дои : 10.1038/nmeth.1491 . ПМК 3005310 . ПМИД 20711195 .
^ Куэйл М.А., Смит М., Коупленд П., Отто Т.Д., Харрис С.Р., Коннор Т.Р., Бертони А., Свердлов Х.П., Га Ю (июль 2012 г.). «Рассказ о трех платформах секвенирования следующего поколения: сравнение секвенаторов Ion Torrent, Pacific Biosciences и Illumina MiSeq» . БМК Геномика . 13 :341. дои : 10.1186/1471-2164-13-341 . ПМЦ 3431227 . ПМИД 22827831 .
^ Jump up to: ^а ^б Лю Л, Ли Й, Ли С, Ху Н, Хэ Й, Понг Р, Лин Д, Лу Л, Лоу М (2012). «Сравнение систем секвенирования нового поколения» . Журнал биомедицины и биотехнологии . 2012 : 251364. дои : 10.1155/2012/251364 . ПМЦ 3398667 . ПМИД 22829749 .
^ «СРА» . Проверено 6 октября 2016 г. Поиск в архиве чтения последовательностей NCBI (SRA) осуществлялся с использованием «RNA-Seq[Strategy]» и одного из «LS454[Platform]», «Illumina[platform]», «ABI Solid[Platform]», «Ion Torrent[Platform]». », «PacBio SMRT»[Платформа]», чтобы сообщить о количестве серий RNA-Seq, депонированных для каждой платформы.
^ Ломан, Нью-Джерси, Мисра Р.В., Даллман Т.Дж., Константиниду С., Гарбия С.Е., Уэйн Дж., Паллен М.Дж. (май 2012 г.). «Сравнение производительности настольных платформ высокопроизводительного секвенирования». Природная биотехнология . 30 (5): 434–9. дои : 10.1038/nbt.2198 . ПМИД 22522955 . S2CID 5300923 .
^ Гудвин С., Макферсон Джей.Д., МакКомби В.Р. (май 2016 г.). «Взросление: десять лет технологий секвенирования нового поколения» . Обзоры природы Генетика . 17 (6): 333–51. дои : 10.1038/nrg.2016.49 . ПМЦ 10373632 . ПМИД 27184599 . S2CID 8295541 .
^ Гаральде Д.Р., Снелл Э.А., Яхимович Д., Сипос Б., Ллойд Дж.Х., Брюс М., Пантич Н., Адмассу Т., Джеймс П., Варланд А., Джордан М., Чикконе Дж., Серра С., Кинан Дж., Мартин С., Макнил Л., Уоллес Э.Дж. , Джаясингхе Л , Райт С , Бласко Дж , Янг С , Броклебанк Д , Жюль С , Кларк Дж , Херон Эй Джей , Тернер DJ (март 2018 г.). «Высокопараллельное прямое секвенирование РНК на массиве нанопор». Природные методы 15 (3): 201–206. дои : 10.1038/nmeth.4577 . ПМИД 29334379 . S2CID 3589823 .
^ Ломан, Нью-Джерси, Квик Дж., Симпсон Дж.Т. (август 2015 г.). «Полный бактериальный геном, собранный de novo с использованием только данных секвенирования нанопор». Природные методы . 12 (8): 733–5. дои : 10.1038/nmeth.3444 . ПМИД 26076426 . S2CID 15053702 .
^ Озсолак Ф., Платт А.Р., Джонс Д.Р., Райфенбергер Дж.Г., Сасс Л.Е., МакИнерни П., Томпсон Дж.Ф., Бауэрс Дж., Ярош М., Милош П.М. (октябрь 2009 г.). «Прямое секвенирование РНК». Природа . 461 (7265): 814–8. Бибкод : 2009Natur.461..814O . дои : 10.1038/nature08390 . ПМИД 19776739 . S2CID 4426760 .
^ Jump up to: ^а ^б Харт С.Н., Терно Т.М., Чжан Й., Польша Г.А., Кохер Дж.П. (декабрь 2013 г.). «Расчет оценки размера выборки для данных секвенирования РНК» . Журнал вычислительной биологии . 20 (12): 970–8. дои : 10.1089/cmb.2012.0283 . ПМЦ 3842884 . ПМИД 23961961 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с Конеса А, Мадригал П, Таразона С, Гомес-Кабреро Д, Сервера А, Макферсон А, Щесняк М.В., Гаффни DJ, Эло Л.Л., Чжан Х, Мортазави А (январь 2016 г.). «Обзор лучших практик анализа данных секвенирования РНК» . Геномная биология . 17:13 . дои : 10.1186/s13059-016-0881-8 . ПМЦ 4728800 . ПМИД 26813401 .
^ Jump up to: ^а ^б Рапапорт Ф., Ханин Р., Лян Й., Пирун М., Крек А., Зумбо П., Мейсон К.Э., Соччи Н.Д., Бетель Д. (2013). «Комплексная оценка методов анализа дифференциальной экспрессии генов для данных секвенирования РНК» . Геномная биология . 14 (9): 95 рандов. дои : 10.1186/gb-2013-14-9-r95 . ПМЦ 4054597 . ПМИД 24020486 .
^ Консорциум проекта ENCODE; Олдред, Шелли Ф.; Коллинз, Патрик Дж.; Дэвис, Кэрри А.; Дойл, Фрэнсис; Эпштейн, Чарльз Б.; Фритце, Сет; Харроу, Дженнифер; Каул, Раджиндер; Хатун, Джайнаб; Ладжуа, Брайан Р.; Ландт, Стивен Г.; Ли, Бум-Кю; Паули, Флоренция; Розенблум, Кейт Р.; Сабо, Питер; Сафи, Алексиас; Саньял, Амартья; Шореш, Ноам; Саймон, Джереми М.; Сун, Линюнь; Альтшулер, Роберт С.; Бирни, Юэн; Браун, Джеймс Б.; Ченг, Чао; Джебали, Сара; Донг, Сяньцзюнь; Данэм, Ян; Эрнст, Джейсон; и др. (сентябрь 2012 г.). «Комплексная энциклопедия элементов ДНК в геноме человека» . Природа . 489 (7414): 57–74. Бибкод : 2012Natur.489...57T . дои : 10.1038/nature11247 . ПМЦ 3439153 . ПМИД 22955616 .
^ Слоан К.А., Чан Э.Т., Дэвидсон Дж.М., Маллади В.С., Страттан Дж.С., Хитц BC и др. (январь 2016 г.). «Данные ENCODE на портале ENCODE» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (Д1): Д726–32. дои : 10.1093/nar/gkv1160 . ПМК 4702836 . ПМИД 26527727 .
^ «КОДИРОВАТЬ: Энциклопедия элементов ДНК» . encodeproject.org .
^ Jump up to: ^а ^б Тинд А.С., Монга И., Тхакур П.К., Кумари П., Диндория К., Крзак М., Рэнсон М., Эшфорд Б. (ноябрь 2021 г.). «Демистификация новых приложений массового секвенирования РНК: применение и полезность биоинформатической методологии». Брифинги по биоинформатике . 22 (6). дои : 10.1093/нагрудник/bbab259 . ПМИД 34329375 .
^ Jump up to: ^а ^б Ричи М.Э., Фипсон Б., Ву Д., Ху Ю., Лоу К.В., Ши В., Смит Г.К. (апрель 2015 г.). «Лимма обеспечивает анализ дифференциальной экспрессии для секвенирования РНК и исследований на микрочипах» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (7): е47. дои : 10.1093/нар/gkv007 . ПМК 4402510 . ПМИД 25605792 .
^ Jump up to: ^а ^б Робинсон, доктор медицинских наук, Маккарти диджей, Смит Г.К. (январь 2010 г.). «edgeR: пакет Bioconductor для дифференциального анализа экспрессии цифровых данных об экспрессии генов» . Биоинформатика . 26 (1): 139–40. doi : 10.1093/биоинформатика/btp616 . ПМК 2796818 . ПМИД 19910308 .
^ Jump up to: ^а ^б Хубер В., Кэри В.Дж., Джентльмен Р., Андерс С., Карлсон М., Карвалью Б.С. и др. (февраль 2015 г.). «Организация высокопроизводительного геномного анализа с помощью Bioconductor» . Природные методы . 12 (2): 115–21. дои : 10.1038/nmeth.3252 . ПМЦ 4509590 . ПМИД 25633503 .
^ Смит, ГК (2005). «Лимма: линейные модели для данных микрочипов». Решения в области биоинформатики и вычислительной биологии с использованием R и биопроводника . Статистика по биологии и здоровью. Спрингер, Нью-Йорк, штат Нью-Йорк. стр. 397–420. CiteSeerX 10.1.1.361.8519 . дои : 10.1007/0-387-29362-0_23 . ISBN 9780387251462 .
^ Стив., Рассел (2008). Технология микрочипов на практике . Медоуз, Лиза А. Берлингтон: Elsevier. ISBN 9780080919768 . OCLC 437246554 .
^ Jump up to: ^а ^б Хаас Б.Дж., Папаниколау А., Яссур М., Грабхерр М., Блад ПД, Боуден Дж., Кугер М.Б., Экклс Д., Ли Б., Либер М., МакМанес М.Д., Отт М., Орвис Дж., Почет Н., Строцци Ф., Уикс Н., Вестерман Р. , Уильям Т., Дьюи К.Н., Хеншель Р., Ледюк Р.Д., Фридман Н., Регев А. (август 2013). «Реконструкция последовательности транскрипта de novo из RNA-seq с использованием платформы Trinity для генерации эталонов и анализа» . Протоколы природы . 8 (8): 1494–512. дои : 10.1038/nprot.2013.084 . ПМЦ 3875132 . ПМИД 23845962 .
^ Jump up to: ^а ^б Пертеа М., Пертеа ГМ, Антонеску С.М., Чанг Т.К., Менделл Дж.Т., Зальцберг С.Л. (март 2015 г.). «StringTie позволяет улучшить реконструкцию транскриптома на основе считываний RNA-seq» . Природная биотехнология . 33 (3): 290–5. дои : 10.1038/nbt.3122 . ПМЦ 4643835 . ПМИД 25690850 .
^ Кодама Ю., Шамуэй М., Лейнонен Р. (январь 2012 г.). «Архив чтения последовательностей: взрывной рост данных секвенирования» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (Проблема с базой данных): D54–6. дои : 10.1093/nar/gkr854 . ПМК 3245110 . ПМИД 22009675 .
^ Jump up to: ^а ^б Эдгар Р., Домрачев М., Лэш А.Е. (январь 2002 г.). «Омнибус экспрессии генов: хранилище данных массива экспрессии генов NCBI и гибридизации» . Исследования нуклеиновых кислот . 30 (1): 207–10. дои : 10.1093/нар/30.1.207 . ПМК 99122 . ПМИД 11752295 .
^ Петров А, Шамс С (1 ноября 2004 г.). «Обработка микрочиповых изображений и контроль качества». Журнал систем обработки сигналов СБИС для технологий сигналов, изображений и видео . 38 (3): 211–226. doi : 10.1023/B:VLSI.0000042488.08307.ad . S2CID 31598448 .
^ Петров А, Шамс С (2004). «Обработка микрочиповых изображений и контроль качества». Журнал систем обработки сигналов СБИС для технологий сигналов, изображений и видео . 38 (3): 211–226. doi : 10.1023/B:VLSI.0000042488.08307.ad . S2CID 31598448 .
^ Квон Ю.М., Рике С. (2011). Высокопроизводительное секвенирование нового поколения . Методы молекулярной биологии. Том. 733. СпрингерЛинк. дои : 10.1007/978-1-61779-089-8 . ISBN 978-1-61779-088-1 . S2CID 3684245 .
^ Накамура К., Осима Т., Моримото Т., Икеда С., Ёсикава Х., Шива Ю., Исикава С., Линак М.К., Хираи А., Такахаши Х., Альтаф-Уль-Амин М., Огасавара Н., Канайя С. (июль 2011 г.). «Профиль ошибок секвенаторов Illumina, специфичный для последовательности» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (13): е90. дои : 10.1093/nar/gkr344 . ПМК 3141275 . ПМИД 21576222 .
^ Ван Верк MC, Хикман Р., Питерс CM, Ван Вис SC (апрель 2013 г.). «RNA-Seq: откровение посланников». Тенденции в науке о растениях . 18 (4): 175–9. doi : 10.1016/j.tplants.2013.02.001 . hdl : 1874/309456 . ПМИД 23481128 . S2CID 205453732 .
^ Эндрюс С. (2010). «FastQC: инструмент контроля качества для данных последовательностей с высокой пропускной способностью» . Бабрахам Биоинформатика . Проверено 23 мая 2017 г.
^ Ло СС, Сеть ПС (ноябрь 2014 г.). «Быстрая оценка и контроль качества данных секвенирования нового поколения с помощью FaQC» . БМК Биоинформатика . 15 (1): 366. дои : 10.1186/s12859-014-0366-2 . ПМК 4246454 . ПМИД 25408143 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с Трапнелл С., Хендриксон Д.Г., Соважо М., Гофф Л., Ринн Дж.Л., Пахтер Л. (январь 2013 г.). «Дифференциальный анализ регуляции генов при разрешении транскриптов с помощью RNA-seq» . Природная биотехнология . 31 (1): 46–53. дои : 10.1038/nbt.2450 . ПМЦ 3869392 . ПМИД 23222703 .
^ Jump up to: ^а ^б Се Ю, Ву Дж, Тан Дж, Луо Р, Паттерсон Дж, Лю С, Хуан В, Хэ Г, Гу С, Ли С, Чжоу X, Лам Т.В., Ли Ю, Сюй X, Вонг ГК, Ван Дж (июнь 2014 г.) ). «SOAPdenovo-Trans: сборка транскриптома de novo с короткими чтениями RNA-Seq». Биоинформатика . 30 (12): 1660–6. arXiv : 1305.6760 . doi : 10.1093/биоинформатика/btu077 . ПМИД 24532719 . S2CID 5152689 .
^ Сиаджеу, Кристиан; Мэйланд-Квеллхорст, Эйке; Панде, Шрути; Лаубингер, Саша; Альбах, Дирк К. (2021). «Последовательность транскриптома выявляет гены-кандидаты, участвующие в закалке трехлистного ямса Dioscorea dumetorum после сбора урожая» . Растения . 10 (4): 787. doi : 10.3390/plants10040787 . ПМК 8074181 . ПМИД 33923758 .
^ Картографы HTS. http://www.ebi.ac.uk/~nf/hts_mappers/
^ Фонсека Н.А., Рунг Дж., Бразма А., Мариони Х.К. (декабрь 2012 г.). «Инструменты для картирования данных высокопроизводительного секвенирования» . Биоинформатика . 28 (24): 3169–77. doi : 10.1093/биоинформатика/bts605 . ПМИД 23060614 .
^ Трапнелл С., Пахтер Л., Зальцберг С.Л. (май 2009 г.). «TopHat: обнаружение соединений сплайсинга с помощью RNA-Seq» . Биоинформатика . 25 (9): 1105–11. doi : 10.1093/биоинформатика/btp120 . ПМЦ 2672628 . ПМИД 19289445 .
^ Jump up to: ^а ^б Трапнелл С., Уильямс Б.А., Пертеа Г., Мортазави А., Кван Г., ван Барен М.Дж., Зальцберг С.Л., Уолд Б.Дж., Пахтер Л. (май 2010 г.). «Сборка транскриптов и количественная оценка с помощью RNA-Seq выявляют неаннотированные транскрипты и переключение изоформ во время дифференцировки клеток» . Природная биотехнология . 28 (5): 511–5. дои : 10.1038/nbt.1621 . ПМК 3146043 . ПМИД 20436464 .
^ Миллер-младший, Корен С., Саттон Дж. (июнь 2010 г.). «Алгоритмы сборки данных секвенирования нового поколения» . Геномика . 95 (6): 315–27. дои : 10.1016/j.ygeno.2010.03.001 . ПМЦ 2874646 . ПМИД 20211242 .
^ О'Нил С.Т., Эмрих С.Дж. (июль 2013 г.). «Оценка показателей сборки транскриптома De Novo на предмет согласованности и полезности» . БМК Геномика . 14 : 465. дои : 10.1186/1471-2164-14-465 . ПМЦ 3733778 . ПМИД 23837739 .
^ Смит-Унна Р., Бурснелл С., Патро Р., Хибберд Дж. М., Келли С. (август 2016 г.). «TransRate: безреферентная оценка качества сборок транскриптома de novo» . Геномные исследования . 26 (8): 1134–44. дои : 10.1101/гр.196469.115 . ПМЦ 4971766 . ПМИД 27252236 .
^ Ли Б., Филлмор Н., Бай Ю., Коллинз М., Томсон Дж.А., Стюарт Р., Дьюи К.Н. (декабрь 2014 г.). «Оценка сборок транскриптома de novo на основе данных RNA-Seq» . Геномная биология . 15 (12): 553. дои : 10.1186/s13059-014-0553-5 . ПМК 4298084 . ПМИД 25608678 .
^ Зербино Д.Р., Бирни Э. (май 2008 г.). «Бархат: алгоритмы сборки короткого чтения de novo с использованием графов де Брёйна» . Геномные исследования . 18 (5): 821–9. дои : 10.1101/гр.074492.107 . ПМК 2336801 . ПМИД 18349386 .
^ Шульц М.Х., Зербино Д.Р., Вингрон М., Бирни Э. (апрель 2012 г.). «Оазы: надежная сборка РНК-seq de novo в динамическом диапазоне уровней экспрессии» . Биоинформатика . 28 (8): 1086–92. doi : 10.1093/биоинформатика/bts094 . ПМЦ 3324515 . ПМИД 22368243 .
^ Робертсон Дж., Шейн Дж., Чиу Р., Корбетт Р., Филд М., Джекман С.Д. и др. (ноябрь 2010 г.). «Сборка de novo и анализ данных РНК-секвенирования». Природные методы . 7 (11): 909–12. дои : 10.1038/nmeth.1517 . hdl : 1885/51040 . ПМИД 20935650 . S2CID 1034682 .
^ Jump up to: ^а ^б Грабхерр М.Г., Хаас Б.Дж., Яссур М., Левин Дж.З., Томпсон Д.А., Амит И, Адиконис Х, Фан Л., Райчоудхури Р., Зенг К., Чен З., Маусели Е., Хакоэн Н., Гнирке А., Ринд Н., ди Пальма Ф., Биррен BW, Нусбаум К., Линдблад-То К., Фридман Н., Регев А. (май 2011). «Сборка полноразмерного транскриптома на основе данных RNA-Seq без эталонного генома» . Природная биотехнология . 29 (7): 644–52. дои : 10.1038/nbt.1883 . ПМЦ 3571712 . ПМИД 21572440 .
^ Шеврё Б., Пфистерер Т., Дрешер Б., Дрисель А.Дж., Мюллер В.Е., Веттер Т., Сухай С. (июнь 2004 г.). «Использование ассемблера miraEST для надежной и автоматизированной сборки транскриптов мРНК и обнаружения SNP в секвенированных EST» . Геномные исследования . 14 (6): 1147–59. дои : 10.1101/гр.1917404 . ПМК 419793 . ПМИД 15140833 .
^ Маргулис М., Эгхольм М., Альтман В.Е., Аттия С., Бадер Дж.С., Бембен Л.А. и др. (сентябрь 2005 г.). «Секвенирование генома в микропроизводных пиколитровых реакторах высокой плотности» . Природа . 437 (7057): 376–80. Бибкод : 2005Natur.437..376M . дои : 10.1038/nature03959 . ПМЦ 1464427 . ПМИД 16056220 .
^ Кумар С., Блакстер М.Л. (октябрь 2010 г.). «Сравнение ассемблеров de novo для 454 данных транскриптома» . БМК Геномика . 11 : 571. дои : 10.1186/1471-2164-11-571 . ПМК 3091720 . ПМИД 20950480 .
^ Банкевич А, Нурк С, Антипов Д, Гуревич АА, Дворкин М, Куликов А.С., Лесин В.М., Николенко С.И., Фам С, Пржибельский А.Д., Пышкин А.В., Сироткин А.В., Вяххи Н, Теслер Г., Алексеев М.А., Певзнер П.А. (май 2012 г.) ). «SPAdes: новый алгоритм сборки генома и его применение к секвенированию одиночных клеток» . Журнал вычислительной биологии . 19 (5): 455–77. дои : 10.1089/cmb.2012.0021 . ПМЦ 3342519 . ПМИД 22506599 .
^ Ли Б, Дьюи CN (август 2011 г.). «RSEM: точная количественная оценка транскриптов на основе данных RNA-Seq с эталонным геномом или без него» . БМК Биоинформатика . 12 :323. дои : 10.1186/1471-2105-12-323 . ПМК 3163565 . ПМИД 21816040 .
^ Ковака, Сэм; Зимин, Алексей В.; Пертеа, Гео М.; Разаги, Рохам; Зальцберг, Стивен Л.; Пертеа, Михаэла (08 июля 2019 г.). «Сборка транскриптома на основе выравниваний длинных считываемых последовательностей РНК с помощью StringTie2» . bioRxiv : 694554. doi : 10.1101/694554 . Проверено 27 августа 2019 г.
^ Геленборг Н., О'Донохью С.И., Балига Н.С., Гёсманн А., Хиббс М.А., Китано Х., Кольбахер О., Нойвегер Х., Шнайдер Р., Тененбаум Д., Гэвин А.С. (март 2010 г.). «Визуализация данных омики для системной биологии». Природные методы . 7 (3 Приложения): S56–68. дои : 10.1038/nmeth.1436 . ПМИД 20195258 . S2CID 205419270 .
^ Андерс С., Пил П.Т., Хубер В. (январь 2015 г.). «HTSeq — платформа Python для работы с данными высокопроизводительного секвенирования» . Биоинформатика . 31 (2): 166–9. doi : 10.1093/биоинформатика/btu638 . ПМК 4287950 . ПМИД 25260700 .
^ Брэй Н.Л., Пиментел Х., Мелстед П., Пахтер Л. (май 2016 г.). «Почти оптимальная вероятностная количественная оценка секвенирования РНК» . Природная биотехнология . 34 (5): 525–7. дои : 10.1038/nbt.3519 . ПМИД 27043002 . S2CID 205282743 .
^ Ли Х, Рукосакер Б., Высокер А., Феннелл Т., Руан Дж., Гомер Н., Март Г., Абекасис Г., Дурбин Р. (август 2009 г.). «Формат Sequence Alignment/Map и SAMtools» . Биоинформатика . 25 (16): 2078–9. doi : 10.1093/биоинформатика/btp352 . ПМК 2723002 . ПМИД 19505943 .
^ Лав М.И., Хубер В., Андерс С. (2014). «Умеренная оценка кратности изменения и дисперсии данных секвенирования РНК с помощью DESeq2» . Геномная биология . 15 (12): 550. дои : 10.1186/s13059-014-0550-8 . ПМК 4302049 . ПМИД 25516281 .
^ Фрейзи А.С., Пертеа Дж., Джаффе А.Е., Лэнгмид Б., Зальцберг С.Л., Лик Дж.Т. (март 2015 г.). «Ballgown устраняет разрыв между сборкой транскриптома и анализом экспрессии» . Природная биотехнология . 33 (3): 243–6. дои : 10.1038/nbt.3172 . ПМЦ 4792117 . ПМИД 25748911 .
^ Фанг Z, Цуй X (май 2011 г.). «Проблемы проектирования и проверки в экспериментах по секвенированию РНК» . Брифинги по биоинформатике . 12 (3): 280–7. дои : 10.1093/нагрудник/bbr004 . ПМИД 21498551 .
^ Рамшельд Д., Ван Э.Т., Бердж С.Б., Сандберг Р. (декабрь 2009 г.). «Обилие повсеместно экспрессируемых генов, выявленное с помощью данных последовательности тканевого транскриптома» . PLOS Вычислительная биология . 5 (12): e1000598. Бибкод : 2009PLSCB...5E0598R . дои : 10.1371/journal.pcbi.1000598 . ПМЦ 2781110 . ПМИД 20011106 .
^ Вандесомпель Дж., Де Претер К., Паттин Ф., Поппе Б., Ван Рой Н., Де Паепе А., Спелеман Ф. (июнь 2002 г.). «Точная нормализация количественных данных RT-PCR в реальном времени путем геометрического усреднения нескольких генов внутреннего контроля» . Геномная биология . 3 (7): ИССЛЕДОВАНИЕ0034. doi : 10.1186/gb-2002-3-7-research0034 . ПМЦ 126239 . ПМИД 12184808 .
^ Core LJ, Waterfall JJ, Lis JT (декабрь 2008 г.). «Секвенирование зарождающейся РНК выявляет широко распространенные паузы и дивергентную инициацию на человеческих промоторах» . Наука . 322 (5909): 1845–8. Бибкод : 2008Sci...322.1845C . дои : 10.1126/science.1162228 . ПМЦ 2833333 . ПМИД 19056941 .
^ Камарена Л., Бруно В., Ойскирхен Г., Поджо С., Снайдер М. (апрель 2010 г.). «Молекулярные механизмы этанол-индуцированного патогенеза, выявленные с помощью секвенирования РНК» . ПЛОС Патогены . 6 (4): e1000834. doi : 10.1371/journal.ppat.1000834 . ПМЦ 2848557 . ПМИД 20368969 .
^ Jump up to: ^а ^б Говинд Г., Харшавардхан В.Т., ТаммеГовда Х.В., Патрисия Дж.К., Калайараси П.Дж., Дханалакшми Р., Айер Д.Р., Сентил Кумар М., Мутаппа С.К., Сринивасулу Н., Несе С., Удаякумар М., Макарла Великобритания (июнь 2009 г.). «Идентификация и функциональная проверка уникального набора генов, вызванных засухой, преимущественно экспрессируемых в ответ на постепенный водный стресс у арахиса» . Молекулярная генетика и геномика . 281 (6): 591–605. дои : 10.1007/s00438-009-0432-z . ПМЦ 2757612 . ПМИД 19224247 .
^ Тавассоли, Иман; Гольдфарб, Джозеф; Айенгар, Рави (04 октября 2018 г.). «Букварь по системной биологии: основные методы и подходы». Очерки по биохимии . 62 (4): 487–500. дои : 10.1042/EBC20180003 . ISSN 0071-1365 . ПМИД 30287586 . S2CID 52922135 .
^ Коста В., Априле М., Эспозито Р., Чиккодикола А. (февраль 2013 г.). «RNA-Seq и сложные заболевания человека: последние достижения и перспективы на будущее» . Европейский журнал генетики человека . 21 (2): 134–42. дои : 10.1038/ejhg.2012.129 . ПМЦ 3548270 . ПМИД 22739340 .
^ Хурана Э., Фу Ю., Чакраварти Д., Демихелис Ф., Рубин М.А., Герштейн М. (февраль 2016 г.). «Роль вариантов некодирующей последовательности при раке». Обзоры природы Генетика . 17 (2): 93–108. дои : 10.1038/nrg.2015.17 . ПМИД 26781813 . S2CID 14433306 .
^ Слоткин Р.К., Мартиенссен Р. (апрель 2007 г.). «Мобильные элементы и эпигенетическая регуляция генома». Обзоры природы Генетика . 8 (4): 272–85. дои : 10.1038/nrg2072 . ПМИД 17363976 . S2CID 9719784 .
^ Прозерпио V, Махата Б (февраль 2016 г.). «Одноклеточные технологии для изучения иммунной системы» . Иммунология . 147 (2): 133–40. дои : 10.1111/imm.12553 . ПМЦ 4717243 . ПМИД 26551575 .
^ Jump up to: ^а ^б Байрон С.А., Ван Керен-Йенсен К.Р., Энгельталер Д.М., Карптен Дж.Д., Крейг Д.В. (май 2016 г.). «Перевод секвенирования РНК в клиническую диагностику: возможности и проблемы» . Обзоры природы Генетика . 17 (5): 257–71. дои : 10.1038/nrg.2016.10 . ПМК 7097555 . ПМИД 26996076 .
^ Ву Х.Дж., Ван А.Х., член парламента Дженнингса (февраль 2008 г.). «Открытие факторов вирулентности патогенных бактерий» (PDF) . Современное мнение в области химической биологии . 12 (1): 93–101. дои : 10.1016/j.cbpa.2008.01.023 . ПМИД 18284925 .
^ Сузуки С., Хориноути Т., Фурусава С. (декабрь 2014 г.). «Прогнозирование устойчивости к антибиотикам по профилям экспрессии генов» . Природные коммуникации . 5 : 5792. Бибкод : 2014NatCo...5.5792S . дои : 10.1038/ncomms6792 . ПМЦ 4351646 . ПМИД 25517437 .
^ Вестерманн А.Дж., Горски С.А., Фогель Дж. (сентябрь 2012 г.). «Двойная РНК-секвенирование патогена и хозяина» (PDF) . Обзоры природы. Микробиология . 10 (9): 618–30. дои : 10.1038/nrmicro2852 . ПМИД 22890146 . S2CID 205498287 .
^ Дурмуш С., Чакир Т., Озгюр А., Гутке Р. (2015). «Обзор вычислительной системной биологии взаимодействий патоген-хозяин» . Границы микробиологии . 6 : 235. дои : 10.3389/fmicb.2015.00235 . ПМК 4391036 . ПМИД 25914674 .
^ Jump up to: ^а ^б Гарг Р., Шанкар Р., Таккар Б., Кудапа Х., Кришнамурти Л., Мантри Н., Варшни Р.К., Бхатия С., Джайн М. (январь 2016 г.). «Анализ транскриптома выявляет молекулярные реакции, специфичные для генотипа и стадии развития, на стрессы, вызванные засухой и засолением, у нута» . Научные отчеты . 6 : 19228. Бибкод : 2016NatSR...619228G . дои : 10.1038/srep19228 . ПМЦ 4725360 . ПМИД 26759178 .
^ Гарсиа-Санчес С., Обер С., Иракуи И., Джанбон Дж., Гиго Х. М., д'Энфер К. (апрель 2004 г.). «Биопленки Candida albicans: состояние развития, связанное со специфическими и стабильными паттернами экспрессии генов» . Эукариотическая клетка . 3 (2): 536–45. doi : 10.1128/EC.3.2.536-545.2004 . ПМЦ 387656 . ПМИД 15075282 .
^ Рич С.М., Леендерц Ф.Х., Сюй Дж., ЛеБретон М., Джоко С.Ф., Аминаке М.Н., Таканг Э.Э., Диффо Дж.Л., Пайк Б.Л., Розенталь Б.М., Форменти П., Боеш С., Айала Ф.Дж., Вульф Н.Д. (сентябрь 2009 г.). «Происхождение злокачественной малярии» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 106 (35): 14902–7. Бибкод : 2009PNAS..10614902R . дои : 10.1073/pnas.0907740106 . ПМК 2720412 . ПМИД 19666593 .
^ Мок С., Эшли Э.А., Феррейра П.Е., Чжу Л., Лин З., Йео Т. и др. (январь 2015 г.). «Лекарственная устойчивость. Популяционная транскриптомика малярийных паразитов человека раскрывает механизм устойчивости к артемизинину» . Наука . 347 (6220): 431–5. Бибкод : 2015Sci...347..431M . дои : 10.1126/science.1260403 . ПМЦ 5642863 . ПМИД 25502316 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д Пейдж, Тесса М.; Лоули, Джонатан В. (2022). «Следующее поколение уже здесь: обзор транскриптомных подходов в морской экологии» . Границы морской науки . 9 . дои : 10.3389/fmars.2022.757921 . hdl : 10072/428702 . ISSN 2296-7745 .
^ Вербрюгген Н., Херманс С., Шат Х. (март 2009 г.). «Молекулярные механизмы гипераккумуляции металлов в растениях» (PDF) . Новый фитолог . 181 (4): 759–76. дои : 10.1111/j.1469-8137.2008.02748.x . ПМИД 19192189 .
^ Ли З, Чжан З, Ян П, Хуан С, Фей З, Линь К (ноябрь 2011 г.). «RNA-Seq улучшает аннотацию генов, кодирующих белки, в геноме огурца» . БМК Геномика . 12 :540. дои : 10.1186/1471-2164-12-540 . ПМК 3219749 . ПМИД 22047402 .
^ Хоббс М., Павасович А., Кинг А.Г., Прентис П.Дж., Элдридж М.Д., Чен З., Колган Д.Д., Полкингхорн А., Уилкинс М.Р., Фланаган С., Джиллетт А., Хангер Дж., Джонсон Р.Н., Тиммс П. (сентябрь 2014 г.). «Ресурс транскриптома коалы (Phascolarctos cinereus): понимание транскрипции ретровируса коалы и разнообразия последовательностей» . БМК Геномика . 15 (1): 786. дои : 10.1186/1471-2164-15-786 . ПМК 4247155 . ПМИД 25214207 .
^ Хоу Г.Т., Ю Дж., Кнаус Б., Кронн Р., Колпак С., Долан П., Лоренц В.В., Дин Дж.Ф. (февраль 2013 г.). «Ресурс SNP для пихты Дугласа: сборка транскриптома de novo, обнаружение и проверка SNP» . БМК Геномика . 14 :137. дои : 10.1186/1471-2164-14-137 . ПМЦ 3673906 . ПМИД 23445355 .
^ МакГрат Л.Л., Фоллмер С.В., Калузяк С.Т., Айерс Дж. (январь 2016 г.). «Сборка транскриптома de novo лобстера Homarus americanus и характеристика дифференциальной экспрессии генов в тканях нервной системы» . БМК Геномика . 17:63 . дои : 10.1186/s12864-016-2373-3 . ПМЦ 4715275 . ПМИД 26772543 .
^ Ноллер Х.Ф. (1991). «Рибосомальная РНК и трансляция». Ежегодный обзор биохимии . 60 : 191–227. дои : 10.1146/annurev.bi.60.070191.001203 . ПМИД 1883196 .
^ Христов К.П., Гардинер Т.Дж., Шютс Д., Круде Т. (сентябрь 2006 г.). «Функциональные требования некодирующих Y-РНК для репликации хромосомной ДНК человека» . Молекулярная и клеточная биология . 26 (18): 6993–7004. дои : 10.1128/MCB.01060-06 . ПМК 1592862 . ПМИД 16943439 .
^ Кишор С., Стамм С. (январь 2006 г.). «МякоРНК HBII-52 регулирует альтернативный сплайсинг рецептора серотонина 2C» . Наука . 311 (5758): 230–2. Бибкод : 2006Sci...311..230K . дои : 10.1126/science.1118265 . ПМИД 16357227 . S2CID 44527461 .
^ Хюттенхофер А., Шаттнер П., Полачек Н. (май 2005 г.). «Некодирующие РНК: надежда или обман?». Тенденции в генетике . 21 (5): 289–97. дои : 10.1016/j.tig.2005.03.007 . ПМИД 15851066 .
^ Эстеллер М. (ноябрь 2011 г.). «Некодирующие РНК при заболеваниях человека». Обзоры природы Генетика . 12 (12): 861–74. дои : 10.1038/nrg3074 . ПМИД 22094949 . S2CID 13036469 .
^ «Омнибус экспрессии генов» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 26 марта 2018 г.
^ Jump up to: ^а ^б Бразма А, Хингамп П, Квакенбуш Дж, Шерлок Дж, Спеллман П, Стокерт С, Аах Дж, Ансорж В, Болл К.А., Костон ХК, Гаастерланд Т, Глениссон П, Хольстедж ФК, Ким И.Ф., Марковиц В., Матезе Дж.К., Паркинсон Х. , Робинсон А., Сарканс Ю., Шульце-Кремер С., Стюарт Дж., Тейлор Р., Вило Дж., Вингрон М. (декабрь 2001 г.). «Минимум информации об эксперименте с микрочипами (MIAME) - к стандартам данных о микрочипах» . Природная генетика . 29 (4): 365–71. дои : 10.1038/ng1201-365 . ПМИД 11726920 . S2CID 6994467 .
^ Jump up to: ^а ^б Бразма А (май 2009 г.). «Минимум информации об эксперименте с микрочипами (MIAME) — успехи, неудачи, проблемы» . Научный мировой журнал . 9 : 420–3. дои : 10.1100/tsw.2009.57 . ПМЦ 5823224 . ПМИД 19484163 .
^ Колесников Н , Гастингс Э , Кейс М , Мельничук О , Тан Я.А , Уильямс Э , Дилаг М , Курбатова Н , Брандизи М , Бердетт Т , Меги К , Пиличева Е , Рустичи Г , Тихонов А , Паркинсон Х , Петришак Р , Сарканс У , Бразма А (январь 2015 г.). «Обновление ArrayExpress — упрощение отправки данных» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (Проблема с базой данных): D1113–6. дои : 10.1093/nar/gku1057 . ПМЦ 4383899 . ПМИД 25361974 .
^ Петришак Р., Кейс М., Тан Ю.А., Фонсека Н.А., Баррера Э., Бурдетт Т., Фюллграбе А., Фуэнтес А.М., Юпп С., Коскинен С., Маннион О., Уэрта Л., Меги К., Сноу К., Уильямс Е., Барзин М., Гастингс Е. , Вайссер Х., Райт Дж., Джайсвал П., Хубер В., Чоудхари Дж., Паркинсон Х.Э., Бразма А (январь 2016 г.). «Обновление Атласа экспрессии — интегрированная база данных экспрессии генов и белков у людей, животных и растений» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (Д1): Д746–52. дои : 10.1093/нар/gkv1045 . ПМК 4702781 . ПМИД 26481351 .
^ Хруз Т., Лауле О., Сабо Г., Вессендорп Ф., Блейлер С., Эртле Л., Видмайер П., Груиссем В., Циммерманн П. (2008). «Genevestigator v3: база данных эталонных выражений для метаанализа транскриптомов» . Достижения биоинформатики . 2008 : 420747. doi : 10.1155/2008/420747 . ПМК 2777001 . ПМИД 19956698 .
^ Мицухаси Н., Фудзиеда К., Тамура Т., Кавамото С., Такаги Т., Окубо К. (январь 2009 г.). «BodyParts3D: база данных трехмерных структур анатомических концепций» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (Проблема с базой данных): D782–5. дои : 10.1093/нар/gkn613 . ПМЦ 2686534 . ПМИД 18835852 .
^ Чжао Ю, Ли Х, Фанг С, Кан Ю, Ву В, Хао Ю, Ли З, Бу Д, Сунь Н, Чжан MQ, Чен Р (январь 2016 г.). «NONCODE 2016: информативный и ценный источник данных о длинных некодирующих РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (Д1): Д203–8. дои : 10.1093/nar/gkv1252 . ПМК 4702886 . ПМИД 26586799 .

Примечания

^ В молекулярной биологии гибридизация — это явление, при котором одноцепочечные дезоксирибонуклеиновой кислоты ( ДНК ) или рибонуклеиновой кислоты ( РНК молекулы ) отжигаются с комплементарной ДНК или РНК .
^ Один пиколитр примерно в 30 миллионов раз меньше капли воды.

Дальнейшее чтение

Лоу Р., Ширли Н., Бликли М., Долан С., Шафи Т. (май 2017 г.). «Технологии транскриптомики» . PLOS Вычислительная биология . 13 (5): e1005457. Бибкод : 2017PLSCB..13E5457L . дои : 10.1371/journal.pcbi.1005457 . ПМЦ 5436640 . ПМИД 28545146 .
Сравнительный транскриптомный анализ в справочном модуле по наукам о жизни
Программное обеспечение, используемое в транскриптомике:

[1] «Тенденция Medline: автоматизированная ежегодная статистика результатов PubMed по любому запросу» . dan.corlan.net . Проверено 5 октября 2016 г.

[ref2047873-2] Jump up to: ^а ^б Адамс М.Д., Келли Дж.М., Гокейн Дж.Д., Дубник М., Полимеропулос М.Х., Сяо Х. и др. (июнь 1991 г.). «Комплементарное секвенирование ДНК: метки экспрессируемых последовательностей и проект генома человека». Наука . 252 (5013): 1651–6. Бибкод : 1991Sci...252.1651A . дои : 10.1126/science.2047873 . ПМИД 2047873 . S2CID 13436211 .

[#18978789-3] Пан Кью, Шай О, Ли Л.Дж., Фрей Б.Дж., Бленкоу Б.Дж. (декабрь 2008 г.). «Глубокое исследование сложности альтернативного сплайсинга транскриптома человека с помощью высокопроизводительного секвенирования». Природная генетика . 40 (12): 1413–5. дои : 10.1038/ng.259 . ПМИД 18978789 . S2CID 9228930 .

[#18599741-4] Jump up to: ^а ^б Султан М., Шульц М.Х., Ричард Х., Маген А., Клингенхофф А., Шерф М. и др. (август 2008 г.). «Глобальный взгляд на активность генов и альтернативный сплайсинг путем глубокого секвенирования транскриптома человека». Наука . 321 (5891): 956–60. Бибкод : 2008Sci...321..956S . дои : 10.1126/science.1160342 . ПМИД 18599741 . S2CID 10013179 .

[#24037378-5] Лаппалайнен Т., Саммет М., Фридлендер М.Р., 'т Хоен П.А., Монлонг Дж., Ривас М.А. и др. (сентябрь 2013 г.). «Секвенирование транскриптома и генома выявляет функциональные различия у людей» . Природа . 501 (7468): 506–11. Бибкод : 2013Natur.501..506L . дои : 10.1038/nature12531 . ПМЦ 3918453 . ПМИД 24037378 .

[#25954002-6] Jump up to: ^а ^б Меле М., Феррейра П.Г., Ревертер Ф., ДеЛука Д.С., Монлонг Дж., Саммет М. и др. (май 2015 г.). «Геномика человека. Транскриптом человека в тканях и индивидуумах» . Наука . 348 (6235): 660–5. Бибкод : 2015Sci...348..660M . дои : 10.1126/science.aaa0355 . ПМЦ 4547472 . ПМИД 25954002 .

[#24524133-7] Сандберг Р. (январь 2014 г.). «Вход в эпоху одноклеточной транскриптомики в биологии и медицине» . Природные методы . 11 (1): 22–4. дои : 10.1038/nmeth.2764 . ПМИД 24524133 . S2CID 27632439 .

[#26000846-8] Колодзейчик А.А., Ким Дж.К., Свенссон В., Мариони Дж.К., Тейхманн С.А. (май 2015 г.). «Технология и биология секвенирования одноклеточных РНК» . Молекулярная клетка . 58 (4): 610–20. doi : 10.1016/j.molcel.2015.04.005 . ПМИД 26000846 .

[#23290152-9] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж МакГеттиган, Пенсильвания (февраль 2013 г.). «Транскриптомика в эпоху секвенирования РНК». Современное мнение в области химической биологии . 17 (1): 4–11. дои : 10.1016/j.cbpa.2012.12.008 . ПМИД 23290152 .

[#19015660-10] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час ^я ^дж ^к ^л Ван З., Герштейн М., Снайдер М. (январь 2009 г.). «RNA-Seq: революционный инструмент для транскриптомики» . Обзоры природы Генетика . 10 (1): 57–63. дои : 10.1038/nrg2484 . ПМЦ 2949280 . ПМИД 19015660 .

[#21191423-11] Jump up to: ^а ^б ^с Озсолак Ф., Милош П.М. (февраль 2011 г.). «Секвенирование РНК: достижения, проблемы и возможности» . Обзоры природы Генетика . 12 (2): 87–98. дои : 10.1038/nrg2934 . ПМК 3031867 . ПМИД 21191423 .

[#19715439-12] Jump up to: ^а ^б ^с Морозова О., Херст М., Марра М.А. (2009). «Применение новых технологий секвенирования для анализа транскриптома». Ежегодный обзор геномики и генетики человека . 10 : 135–51. doi : 10.1146/annurev-genom-082908-145957 . ПМИД 19715439 .

[#519770-13] Сим Г.К., Кафатос ФК, Джонс К.В., Келер М.Д., Эфстратиадис А., Маниатис Т. (декабрь 1979 г.). «Использование библиотеки кДНК для исследований эволюции и экспрессии в развитии мультигенных семейств хориона» . Клетка . 18 (4): 1303–16. дои : 10.1016/0092-8674(79)90241-1 . ПМИД 519770 .

[#6956902-14] Сатклифф Дж.Г., Милнер Р.Дж., Блум Ф.Е., Лернер Р.А. (август 1982 г.). «Общая последовательность из 82 нуклеотидов, уникальная для РНК мозга» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 79 (16): 4942–6. Бибкод : 1982PNAS...79.4942S . дои : 10.1073/pnas.79.16.4942 . ПМК 346801 . ПМИД 6956902 .

[#6687628-15] Путни С.Д., Херлихи В.К., Шиммель П. (апрель 1983 г.). «Новый тропонин Т и клоны кДНК 13 различных мышечных белков, обнаруженные с помощью дробовика». Природа . 302 (5910): 718–21. Бибкод : 1983Natur.302..718P . дои : 10.1038/302718a0 . ПМИД 6687628 . S2CID 4364361 .

[#9448457-16] Jump up to: ^а ^б ^с ^д Марра М.А., Хиллер Л., Уотерстон Р.Х. (январь 1998 г.). «Теги выраженной последовательности — создание мостов между геномами». Тенденции в генетике . 14 (1): 4–7. дои : 10.1016/S0168-9525(97)01355-3 . ПМИД 9448457 .

[#414220-17] Алвин Дж.С., Кемп DJ, Старк Г.Р. (декабрь 1977 г.). «Метод обнаружения специфических РНК в агарозных гелях путем переноса на диазобензилоксиметил-бумагу и гибридизации с ДНК-зондами» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 74 (12): 5350–4. Бибкод : 1977PNAS...74.5350A . дои : 10.1073/pnas.74.12.5350 . ПМК 431715 . ПМИД 414220 .

[#2479917-18] Беккер-Андре М., Халброк К. (ноябрь 1989 г.). «Количественное определение абсолютной мРНК с использованием полимеразной цепной реакции (ПЦР). Новый подход с помощью анализа титрования транскрипта с помощью ПЦР (PATTY)» . Исследования нуклеиновых кислот . 17 (22): 9437–46. дои : 10.1093/нар/17.22.9437 . ПМК 335144 . ПМИД 2479917 .

[#10022985-19] Пьету Г, Мариаж-Самсон Р, Файен Н.А., Матингу С, Эвено Е, Улгатт Р, Декреен С, Ванденбрук Ю, Тахи Ф, Девинь МД, Виркнер Ю, Ансорж В, Кокс Д, Нагасе Т, Номура Н, Оффрэ С ( февраль 1999 г.). «База знаний Genexpress IMAGE о транскриптоме человеческого мозга: прототип интегрированного ресурса для функциональной и вычислительной геномики» . Геномные исследования . 9 (2): 195–209. дои : 10.1101/гр.9.2.195 . ПМК 310711 . ПМИД 10022985 .

[#9008165-20] Велкулеску В.Е., Чжан Л., Чжоу В., Фогельштейн Дж., Басрай М.А., Бассетт Д.Е., Хитер П., Фогельштейн Б., Кинцлер К.В. (январь 1997 г.). «Характеристика транскриптома дрожжей» . Ячейка 88 (2): 243–51. дои : 10.1016/S0092-8674(00) 81845-0 ПМИД 9008165 . S2CID 11430660 .

[#7570003-21] Jump up to: ^а ^б ^с ^д Велкулеску В.Е., Чжан Л., Фогельштейн Б., Кинцлер К.В. (октябрь 1995 г.). «Серийный анализ экспрессии генов». Наука . 270 (5235): 484–7. Бибкод : 1995Sci...270..484В . дои : 10.1126/science.270.5235.484 . ПМИД 7570003 . S2CID 16281846 .

[#9331369-22] Audic S, Claverie JM (октябрь 1997 г.). «Значение цифровых профилей экспрессии генов» . Геномные исследования . 7 (10): 986–95. дои : 10.1101/гр.7.10.986 . ПМИД 9331369 .

[#25149683-23] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж Мантионе К.Дж., Крим Р.М., Кузелова Х., Птачек Р., Рабох Дж., Сэмюэл Дж.М., Стефано ГБ (август 2014 г.). «Сравнение методов биоинформационного профилирования экспрессии генов: микрочипов и RNA-Seq» . Медицинская наука Монитор фундаментальных исследований . 20 : 138–42. дои : 10.12659/MSMBR.892101 . ПМК 4152252 . ПМИД 25149683 .

[#24454679-24] Чжао С., Фунг-Леунг В.П., Биттнер А., Нго К., Лю Х (2014). «Сравнение RNA-Seq и микроматрицы в профилировании транскриптома активированных Т-клеток» . ПЛОС ОДИН . 9 (1): e78644. Бибкод : 2014PLoSO...978644Z . дои : 10.1371/journal.pone.0078644 . ПМЦ 3894192 . ПМИД 24454679 .

[#22939981-25] Jump up to: ^а ^б Хашимшони Т., Вагнер Ф., Шер Н., Янаи И. (сентябрь 2012 г.). «CEL-Seq: Seq одноклеточной РНК путем мультиплексной линейной амплификации» . Отчеты по ячейкам . 2 (3): 666–73. дои : 10.1016/j.celrep.2012.08.003 . ПМИД 22939981 .

[#11015604-26] Стирс Р.Л., Геттс Р.К., Галланс С.Р. (август 2000 г.). «Новая чувствительная система обнаружения для микрочипов высокой плотности с использованием дендримерной технологии». Физиологическая геномика . 3 (2): 93–9. doi : 10.1152/физиологгеномика.2000.3.2.93 . ПМИД 11015604 .

[EPR-27] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж Иллюмина (11 июля 2011 г.). «Сравнение данных RNA-Seq с микрочипами экспрессии генов» (PDF) . Европейский фармацевтический обзор.

[#24194394-28] Jump up to: ^а ^б Блэк МБ, Паркс ББ, Плута Л, Чу ТМ, Аллен БК, Вулфингер РД, Томас Р.С. (февраль 2014 г.). «Сравнение микрочипов и секвенирования РНК для анализа экспрессии генов в экспериментах по зависимости реакции от дозы». Токсикологические науки . 137 (2): 385–403. дои : 10.1093/toxsci/kft249 . ПМИД 24194394 .

[#18550803-29] Мариони Дж.К., Мейсон С.Э., Мане С.М., Стивенс М., Гилад Ю. (сентябрь 2008 г.). «РНК-секвенирование: оценка технической воспроизводимости и сравнение с массивами экспрессии генов» . Геномные исследования . 18 (9): 1509–17. дои : 10.1101/гр.079558.108 . ПМЦ 2527709 . ПМИД 18550803 .

[#25150838-30] Консорциум SEQC/MAQC-III (сентябрь 2014 г.). «Комплексная оценка точности, воспроизводимости и информативности секвенирования РНК, проведенная Консорциумом контроля качества секвенирования» . Природная биотехнология . 32 (9): 903–14. дои : 10.1038/nbt.2957 . ПМЦ 4321899 . ПМИД 25150838 .

[#17961233-31] Чен Дж. Дж., Сюэ Х. М., Делонгшан Р. Р., Линь С. Дж., Цай К. А. (октябрь 2007 г.). «Воспроизводимость данных микрочипов: дальнейший анализ данных контроля качества микрочипов (MAQC)» . БМК Биоинформатика . 8 : 412. дои : 10.1186/1471-2105-8-412 . ПМК 2204045 . ПМИД 17961233 .

[#15846360-32] Ларкин Дж.Э., Фрэнк Б.К., Гаврас Х., Султана Р., Квакенбуш Дж. (май 2005 г.). «Независимость и воспроизводимость на платформах микрочипов». Природные методы . 2 (5): 337–44. дои : 10.1038/nmeth757 . ПМИД 15846360 . S2CID 16088782 .

[#11287436-33] Jump up to: ^а ^б Нельсон, штат Нью-Джерси (апрель 2001 г.). «Микрочипы прибыли: инструмент экспрессии генов созревает». Журнал Национального института рака . 93 (7): 492–4. дои : 10.1093/jnci/93.7.492 . ПМИД 11287436 .

[#7569999-34] Шена М., Шалон Д., Дэвис Р.В., Браун П.О. (октябрь 1995 г.). «Количественный мониторинг закономерностей экспрессии генов с помощью комплементарного микрочипа ДНК». Наука . 270 (5235): 467–70. Бибкод : 1995Sci...270..467S . дои : 10.1126/science.270.5235.467 . ПМИД 7569999 . S2CID 6720459 .

[#17644526-35] Jump up to: ^а ^б Пожитков А.Е., Тауц Д., Нобл П.А. (июнь 2007 г.). «Олигонуклеотидные микрочипы: широко применяются, но плохо изучены» . Брифинги по функциональной геномике и протеомике . 6 (2): 141–8. дои : 10.1093/bfgp/elm014 . hdl : 11858/00-001M-0000-000F-D7B3-3 . ПМИД 17644526 .

[pmid12117754-36] Jump up to: ^а ^б ^с Хеллер М.Дж. (2002). «Технология ДНК-микрочипов: устройства, системы и приложения». Ежегодный обзор биомедицинской инженерии . 4 : 129–53. doi : 10.1146/annurev.bioeng.4.020702.153438 . ПМИД 12117754 .

[37] Маклахлан Дж.Дж., До К.А. , Амбруаз С. (2005). Анализ данных об экспрессии генов на микрочипах . Хобокен: Джон Уайли и сыновья. ISBN 978-0-471-72612-8 . ^{[ нужна страница ]}

[#10835600-38] Бреннер С., Джонсон М., Бриджем Дж., Голда Дж., Ллойд Д.Х., Джонсон Д., Луо С., МакКарди С., Фой М., Юэн М., Рот Р., Джордж Д., Элетр С., Альбрехт Дж., Вермаас Е., Уильямс С.Р., Мун К. , Берчем Т., Паллас М., ДюБридж Р.Б., Киршнер Дж., Фирон К., Мао Дж., Коркоран К. (июнь 2000). «Анализ экспрессии генов с помощью массово-параллельного сигнатурного секвенирования (MPSS) на массивах микрогранул». Природная биотехнология . 18 (6): 630–4. дои : 10.1038/76469 . ПМИД 10835600 . S2CID 13884154 .

[#15247925-40] Мейерс BC, Ву Т.Х., Тедж СС, Газаль Х., Матвиенко М., Агравал В., Нин Дж., Хауденшильд CD (август 2004 г.). «Анализ сложности транскрипции Arabidopsis thaliana путем массового параллельного секвенирования сигнатур». Природная биотехнология . 22 (8): 1006–11. дои : 10.1038/nbt992 . ПМИД 15247925 . S2CID 15336496 .

[#17010196-41] Jump up to: ^а ^б Бейнбридж М.Н., Уоррен Р.Л., Херст М., Романуик Т., Зенг Т., Го А, Делани А., Гриффит М., Хикенботэм М., Магрини В., Мардис Э.Р., Садар М.Д., Сиддики А.С., Марра М.А., Джонс С.Дж. (сентябрь 2006 г.). «Анализ транскриптома линии клеток рака простаты LNCaP с использованием подхода секвенирования путем синтеза» . БМК Геномика . 7 : 246. дои : 10.1186/1471-2164-7-246 . ПМЦ 1592491 . ПМИД 17010196 .

[#18516045-42] Мортазави А., Уильямс Б.А., МакКью К., Шеффер Л., Уолд Б. (июль 2008 г.). «Картирование и количественная оценка транскриптомов млекопитающих с помощью RNA-Seq». Природные методы . 5 (7): 621–8. дои : 10.1038/nmeth.1226 . ПМИД 18516045 . S2CID 205418589 .

[#18488015-43] Вильгельм Б.Т., Маргерат С., Ватт С., Шуберт Ф., Вуд В., Гудхед И., Пенкетт С.Дж., Роджерс Дж., Бэлер Дж. (июнь 2008 г.). «Динамический репертуар эукариотического транскриптома, исследованный с разрешением в один нуклеотид». Природа . 453 (7199): 1239–43. Бибкод : 2008Natur.453.1239W . дои : 10.1038/nature07002 . ПМИД 18488015 . S2CID 205213499 .

[44] Султан М, Шульц МХ, Ричард Х, Маген А, Клингенхофф А, Шерф М, Зайферт М, Бородина Т, Солдатов А, Пархомчук Д, Шмидт Д, О'Киф С, Хаас С, Вингрон М, Лерах Х, Яспо МЛ ( август 2008 г.). «Глобальный взгляд на активность генов и альтернативный сплайсинг путем глубокого секвенирования транскриптома человека». Наука . 321 (5891): 956–60. Бибкод : 2008Sci...321..956S . дои : 10.1126/science.1160342 . ПМИД 18599741 . S2CID 10013179 .

[#2440339-45] Jump up to: ^а ^б Хомчинский П., Сакки Н. (апрель 1987 г.). «Одностадийный метод выделения РНК путем кислой экстракции тиоцианатом гуанидиния, фенола и хлороформа». Аналитическая биохимия . 162 (1): 156–9. дои : 10.1016/0003-2697(87)90021-2 . ПМИД 2440339 .

[#17406285-46] Jump up to: ^а ^б Хомчинский П., Сакки Н. (2006). «Одностадийный метод выделения РНК путем кислой экстракции тиоцианатом гуанидиния, фенола и хлороформа: двадцать с чем-то лет спустя». Протоколы природы . 1 (2): 581–5. дои : 10.1038/нпрот.2006.83 . ПМИД 17406285 . S2CID 28653075 .

[#1699561-47] Грилло М., Марголис, Флорида (сентябрь 1990 г.). «Использование полимеразной цепной реакции обратной транскриптазы для мониторинга экспрессии безинтронных генов». БиоТехники . 9 (3): 262, 264, 266–8. ПМИД 1699561 .

[#9664454-48] Брайант С., Мэннинг Д.Л. (1998). «Выделение информационной РНК». Протоколы выделения и характеристики РНК . Методы молекулярной биологии. Том. 86. стр. 61–4. дои : 10.1385/0-89603-494-1:61 . ISBN 978-0-89603-494-5 . ПМИД 9664454 .

[#24888378-49] Чжао В., Хе Х, Ходли К.А., Паркер Дж.С., Хейс Д.Н., Перу К.М. (июнь 2014 г.). «Сравнение RNA-Seq с помощью захвата поли (А), истощения рибосомальной РНК и микроматрицы ДНК для определения профиля экспрессии» . БМК Геномика . 15 (1): 419. дои : 10.1186/1471-2164-15-419 . ПМК 4070569 . ПМИД 24888378 .

[50] Некоторые примеры проб окружающей среды: морская вода, почва или воздух.

[#15020760-51] Закрыть Т.Дж., Ванамакер С.И., Калдо Р.А., Тернер С.М., Эшлок Д.А., Дикерсон Дж.А., Винг Р.А., Мюльбауэр Г.Дж., Кляйнхофс А., Уайз Р.П. (март 2004 г.). «Новый ресурс для геномики зерновых: 22-тысячный GeneChip ячменя достиг совершеннолетия» . Физиология растений . 134 (3): 960–8. дои : 10.1104/стр.103.034462 . ПМЦ 389919 . ПМИД 15020760 .

[Lowe_2017-52] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и Лоу Р., Ширли Н., Бликли М., Долан С., Шафи Т. (май 2017 г.). «Технологии транскриптомики» . PLOS Вычислительная биология . 13 (5): e1005457. Бибкод : 2017PLSCB..13E5457L . дои : 10.1371/journal.pcbi.1005457 . ПМЦ 5436640 . ПМИД 28545146 .

[#14663149-53] Jump up to: ^а ^б Шираки Т, Кондо С, Катаяма С, Ваки К, Касукава Т, Каваджи Х, Кодзиус Р, Ватахики А, Накамура М, Аракава Т, Фукуда С, Сасаки Д, Подхайска А, Харберс М, Каваи Дж, Карнинчи П, Хаяшизаки Ю (декабрь 2003 г.). «Экспрессия генов Cap-анализа для высокопроизводительного анализа начальной точки транскрипции и идентификации использования промотора» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 100 (26): 15776–81. Бибкод : 2003PNAS..10015776S . дои : 10.1073/pnas.2136655100 . ПМК 307644 . ПМИД 14663149 .

[pmid24479125-54] Романов В., Давидофф С.Н., Майлз А.Р., Грейнджер Д.В., Гейл Б.К., Брукс Б.Д. (март 2014 г.). «Критическое сравнение технологий изготовления белковых микрочипов». Аналитик . 139 (6): 1303–26. Бибкод : 2014Ана...139.1303R . дои : 10.1039/c3an01577g . ПМИД 24479125 .

[#17095434-55] Jump up to: ^а ^б Барбулович-Над И, Лусенте М, Сунь Ю, Чжан М, Уилер А.Р., Буссманн М (01 октября 2006 г.). «Методы изготовления биомикрочипов — обзор». Критические обзоры по биотехнологии . 26 (4): 237–59. CiteSeerX 10.1.1.661.6833 . дои : 10.1080/07388550600978358 . ПМИД 17095434 . S2CID 13712888 .

[#15978318-57] Оберн Р.П., Крейл Д.П., Медоуз Л.А., Фишер Б., Матилла С.С., Рассел С. (июль 2005 г.). «Роботизированное определение кДНК и олигонуклеотидных микрочипов». Тенденции в биотехнологии . 23 (7): 374–9. дои : 10.1016/j.tibtech.2005.04.002 . ПМИД 15978318 .

[#8796352-58] Шалон Д., Смит С.Дж., Браун П.О. (июль 1996 г.). «Система микрочипов ДНК для анализа сложных образцов ДНК с использованием гибридизации двухцветных флуоресцентных зондов» . Геномные исследования . 6 (7): 639–45. дои : 10.1101/гр.6.7.639 . ПМИД 8796352 .

[#9634850-59] Локхарт DJ, Донг Х., Бирн MC, Фоллетти М.Т., Галло М.В., Чи М.С., Миттманн М., Ван С., Кобаяши М., Хортон Х., Браун Э.Л. (декабрь 1996 г.). «Мониторинг экспрессии путем гибридизации с массивами олигонуклеотидов высокой плотности». Природная биотехнология . 14 (13): 1675–80. дои : 10.1038/nbt1296-1675 . ПМИД 9634850 . S2CID 35232673 .

[#12582260-60] Иризарри Р.А., Болстад Б.М., Коллин Ф., Коуп Л.М., Хоббс Б., Спид Т.П. (февраль 2003 г.). «Сводка данных уровня зонда Affymetrix GeneChip» . Исследования нуклеиновых кислот . 31 (4): 15д–15. дои : 10.1093/нар/gng015 . ПМЦ 150247 . ПМИД 12582260 .

[#16075461-61] Зельцер Р.Р., Ричмонд Т.А., Пофаль, Нью-Джерси, Грин Р.Д., Эйс П.С., Наир П., Бротман А.Р., Столлингс Р.Л. (ноябрь 2005 г.). «Анализ точек разрыва хромосом в нейробластоме с субкилобазным разрешением с использованием мелкоячеистого массива олигонуклеотидов CGH». Гены, хромосомы и рак . 44 (3): 305–19. дои : 10.1002/gcc.20243 . ПМИД 16075461 . S2CID 39437458 .

[62] Свенссон В., Венто-Тормо Р., Тейхманн С.А. (апрель 2018 г.). «Экспоненциальное масштабирование секвенирования одноклеточной РНК за последнее десятилетие». Протоколы природы . 13 (4): 599–604. дои : 10.1038/nprot.2017.149 . ПМИД 29494575 . S2CID 3560001 .

[63] Тачибана С (18 августа 2015 г.). «Транскриптомика сегодня: микрочипы, секвенирование РНК и многое другое» . Наука . 349 (6247): 544. Бибкод : 2015Sci...349..544T . дои : 10.1126/science.opms.p1500095 .

[#18451266-64] Jump up to: ^а ^б Нагалакшми У, Ван З, Ваерн К, Шу С, Раха Д, Герштейн М, Снайдер М (июнь 2008 г.). «Транскрипционный ландшафт генома дрожжей, определенный с помощью секвенирования РНК» . Наука . 320 (5881): 1344–9. Бибкод : 2008Sci...320.1344N . дои : 10.1126/science.1158441 . ПМЦ 2951732 . ПМИД 18451266 .

[#25633159-65] Су З, Фанг Х, Хун Х, Ши Л, Чжан В, Чжан В, Чжан Й, Донг З, Ланкашир Л.Дж., Бессарабова М, Ян Х, Нин Б, Гонг Б, Михан Дж, Сюй Дж, Ге В, Перкинс Р. , Фишер М., Тонг В. (декабрь 2014 г.). «Исследование биомаркеров, полученных на основе устаревших данных микрочипов, на предмет их полезности в эпоху секвенирования РНК» . Геномная биология . 15 (12): 523. doi : 10.1186/s13059-014-0523-y . ПМК 4290828 . ПМИД 25633159 .

[#24578530-66] Ли Дж.Х., Догарти Э.Р., Шейман Дж., Калхор Р., Ян Дж.Л., Ферранте Т.С., Терри Р., Жанти СС, Ли С., Амамото Р., Петерс Д.Т., Турчик Б.М., Марблстоун А.Х., Инверсо С.А., Бернард А., Мали П., Риос Х. , Аах Дж., Генеральный директор Черча (март 2014 г.). «Высокомультиплексное секвенирование субклеточной РНК in situ» . Наука . 343 (6177): 1360–3. Бибкод : 2014Sci...343.1360L . дои : 10.1126/science.1250212 . ПМК 4140943 . ПМИД 24578530 .

[#18846087-67] Jump up to: ^а ^б Шендуре Дж., Джи Х (октябрь 2008 г.). «Секвенирование ДНК нового поколения». Природная биотехнология . 26 (10): 1135–45. дои : 10.1038/nbt1486 . ПМИД 18846087 . S2CID 6384349 .

[#24981968-68] Лаэнс Н.Ф., Кавакли И.Х., Чжан Р., Хайер К., Блэк М.Б., Дуек Х., Писарро А., Ким Дж., Иризарри Р., Томас Р.С., Грант Г.Р., Хогенеш Дж.Б. (июнь 2014 г.). «IVT-seq обнаруживает крайнюю неточность в секвенировании РНК» . Геномная биология . 15 (6): Р86. дои : 10.1186/gb-2014-15-6-r86 . ПМК 4197826 . ПМИД 24981968 .

[#22140562-69] Jump up to: ^а ^б Книерим Э., Лаке Б., Шварц Дж.М., Шуэльке М., Зеелов Д. (2011). «Систематическое сравнение трех методов фрагментации продуктов ПЦР дальнего действия для секвенирования следующего поколения» . ПЛОС ОДИН . 6 (11): е28240. Бибкод : 2011PLoSO...628240K . дои : 10.1371/journal.pone.0028240 . ПМК 3227650 . ПМИД 22140562 .

[70] Рут А., главный старший научный сотрудник, Ордуханян П., Джонсон Дж.Е. (август 2015 г.). «ClickSeq: секвенирование нового поколения без фрагментации посредством клик-лигирования адаптеров со стохастически терминированными 3'-азидо-кДНК» . Журнал молекулярной биологии . 427 (16): 2610–6. дои : 10.1016/j.jmb.2015.06.011 . ПМЦ 4523409 . ПМИД 26116762 .

[#27156886-71] Парех С., Цигенхайн С., Вит Б., Энард В., Хеллманн И. (май 2016 г.). «Влияние амплификации на дифференциальный анализ экспрессии с помощью RNA-seq» . Научные отчеты . 6 : 25533. Бибкод : 2016NatSR...625533P . дои : 10.1038/srep25533 . ПМЦ 4860583 . ПМИД 27156886 .

[#25649271-72] Шанкер С., Полсон А., Эденберг Х.Дж., Пик А., Перера А., Алексеев Ю.О., Беклофф Н., Бивенс Н.Дж., Доннелли Р., Гилласпи А.Ф., Гроув Д., Гу В., Джафари Н., Керли-Гамильтон Дж.С., Лайонс Р.Х., Теппер С., Николет CM (апрель 2015 г.). «Оценка коммерчески доступных наборов для амплификации РНК для секвенирования РНК с использованием очень малых вводимых количеств общей РНК» . Журнал биомолекулярных методов . 26 (1): 4–18. дои : 10.7171/jbt.15-2601-001 . ПМК 4310221 . ПМИД 25649271 .

[#21816910-73] Цзян Л., Шлезингер Ф., Дэвис К.А., Чжан Ю., Ли Р., Салит М., Гингерас Т.Р., Оливер Б. (сентябрь 2011 г.). «Синтетические стандарты для экспериментов по секвенированию РНК» . Геномные исследования . 21 (9): 1543–51. дои : 10.1101/гр.121095.111 . ПМК 3166838 . ПМИД 21816910 .

[#22101854-74] Кивиоя Т., Вяхараутио А., Карлссон К., Бонке М., Энге М., Линнарссон С., Тайпале Дж. (ноябрь 2011 г.). «Подсчет абсолютного числа молекул с использованием уникальных молекулярных идентификаторов». Природные методы . 9 (1): 72–4. дои : 10.1038/nmeth.1778 . ПМИД 22101854 . S2CID 39225091 .

[#19349980-75] Тан Ф, Барбачору С, Ван Й, Нордман Э, Ли С, Сюй Н, Ван Х, Бодо Дж, Туч ББ, Сиддики А, Лао К, Сурани М.А. (май 2009 г.). «Анализ всего транскриптома мРНК-Seq одной клетки». Природные методы . 6 (5): 377–82. дои : 10.1038/nmeth.1315 . ПМИД 19349980 . S2CID 16570747 .

[#24363023-76] Ислам С., Зейзель А., Йост С., Ла Манно Г., Заяк П., Каспер М., Леннерберг П., Линнарссон С. (февраль 2014 г.). «Количественный секвенирование одноклеточной РНК с уникальными молекулярными идентификаторами». Природные методы . 11 (2): 163–6. дои : 10.1038/nmeth.2772 . ПМИД 24363023 . S2CID 6765530 .

[#24531970-77] Джайтин Д.А., Кенигсберг Э., Керен-Шауль Х., Элефант Н., Пол Ф., Зарецкий И., Милднер А., Коэн Н., Юнг С., Танай А., Амит И. (февраль 2014 г.). «Массовое параллельное секвенирование одноклеточной РНК для безмаркерного разложения тканей на типы клеток» . Наука . 343 (6172): 776–9. Бибкод : 2014Sci...343..776J . дои : 10.1126/science.1247651 . ПМЦ 4412462 . ПМИД 24531970 .

[#20711195-78] Jump up to: ^а ^б Левин Дж. З., Яссур М., Адиконис Х, Нусбаум С., Томпсон Д.А., Фридман Н., Гнирке А., Регев А. (сентябрь 2010 г.). «Комплексный сравнительный анализ методов секвенирования специфичных цепей РНК» . Природные методы . 7 (9): 709–15. дои : 10.1038/nmeth.1491 . ПМК 3005310 . ПМИД 20711195 .

[#22827831-79] Куэйл М.А., Смит М., Коупленд П., Отто Т.Д., Харрис С.Р., Коннор Т.Р., Бертони А., Свердлов Х.П., Га Ю (июль 2012 г.). «Рассказ о трех платформах секвенирования следующего поколения: сравнение секвенаторов Ion Torrent, Pacific Biosciences и Illumina MiSeq» . БМК Геномика . 13 :341. дои : 10.1186/1471-2164-13-341 . ПМЦ 3431227 . ПМИД 22827831 .

[#22829749-80] Jump up to: ^а ^б Лю Л, Ли Й, Ли С, Ху Н, Хэ Й, Понг Р, Лин Д, Лу Л, Лоу М (2012). «Сравнение систем секвенирования нового поколения» . Журнал биомедицины и биотехнологии . 2012 : 251364. дои : 10.1155/2012/251364 . ПМЦ 3398667 . ПМИД 22829749 .

[81] «СРА» . Проверено 6 октября 2016 г. Поиск в архиве чтения последовательностей NCBI (SRA) осуществлялся с использованием «RNA-Seq[Strategy]» и одного из «LS454[Platform]», «Illumina[platform]», «ABI Solid[Platform]», «Ion Torrent[Platform]». », «PacBio SMRT»[Платформа]», чтобы сообщить о количестве серий RNA-Seq, депонированных для каждой платформы.

[#22522955-82] Ломан, Нью-Джерси, Мисра Р.В., Даллман Т.Дж., Константиниду С., Гарбия С.Е., Уэйн Дж., Паллен М.Дж. (май 2012 г.). «Сравнение производительности настольных платформ высокопроизводительного секвенирования». Природная биотехнология . 30 (5): 434–9. дои : 10.1038/nbt.2198 . ПМИД 22522955 . S2CID 5300923 .

[#27184599-83] Гудвин С., Макферсон Джей.Д., МакКомби В.Р. (май 2016 г.). «Взросление: десять лет технологий секвенирования нового поколения» . Обзоры природы Генетика . 17 (6): 333–51. дои : 10.1038/nrg.2016.49 . ПМЦ 10373632 . ПМИД 27184599 . S2CID 8295541 .

[84] Гаральде Д.Р., Снелл Э.А., Яхимович Д., Сипос Б., Ллойд Дж.Х., Брюс М., Пантич Н., Адмассу Т., Джеймс П., Варланд А., Джордан М., Чикконе Дж., Серра С., Кинан Дж., Мартин С., Макнил Л., Уоллес Э.Дж. , Джаясингхе Л , Райт С , Бласко Дж , Янг С , Броклебанк Д , Жюль С , Кларк Дж , Херон Эй Джей , Тернер DJ (март 2018 г.). «Высокопараллельное прямое секвенирование РНК на массиве нанопор». Природные методы 15 (3): 201–206. дои : 10.1038/nmeth.4577 . ПМИД 29334379 . S2CID 3589823 .

[#26076426-85] Ломан, Нью-Джерси, Квик Дж., Симпсон Дж.Т. (август 2015 г.). «Полный бактериальный геном, собранный de novo с использованием только данных секвенирования нанопор». Природные методы . 12 (8): 733–5. дои : 10.1038/nmeth.3444 . ПМИД 26076426 . S2CID 15053702 .

[#19776739-86] Озсолак Ф., Платт А.Р., Джонс Д.Р., Райфенбергер Дж.Г., Сасс Л.Е., МакИнерни П., Томпсон Дж.Ф., Бауэрс Дж., Ярош М., Милош П.М. (октябрь 2009 г.). «Прямое секвенирование РНК». Природа . 461 (7265): 814–8. Бибкод : 2009Natur.461..814O . дои : 10.1038/nature08390 . ПМИД 19776739 . S2CID 4426760 .

[#23961961-87] Jump up to: ^а ^б Харт С.Н., Терно Т.М., Чжан Й., Польша Г.А., Кохер Дж.П. (декабрь 2013 г.). «Расчет оценки размера выборки для данных секвенирования РНК» . Журнал вычислительной биологии . 20 (12): 970–8. дои : 10.1089/cmb.2012.0283 . ПМЦ 3842884 . ПМИД 23961961 .

[#26813401-88] Jump up to: ^а ^б ^с Конеса А, Мадригал П, Таразона С, Гомес-Кабреро Д, Сервера А, Макферсон А, Щесняк М.В., Гаффни DJ, Эло Л.Л., Чжан Х, Мортазави А (январь 2016 г.). «Обзор лучших практик анализа данных секвенирования РНК» . Геномная биология . 17:13 . дои : 10.1186/s13059-016-0881-8 . ПМЦ 4728800 . ПМИД 26813401 .

[#24020486-89] Jump up to: ^а ^б Рапапорт Ф., Ханин Р., Лян Й., Пирун М., Крек А., Зумбо П., Мейсон К.Э., Соччи Н.Д., Бетель Д. (2013). «Комплексная оценка методов анализа дифференциальной экспрессии генов для данных секвенирования РНК» . Геномная биология . 14 (9): 95 рандов. дои : 10.1186/gb-2013-14-9-r95 . ПМЦ 4054597 . ПМИД 24020486 .

[pmid22955616-90] Консорциум проекта ENCODE; Олдред, Шелли Ф.; Коллинз, Патрик Дж.; Дэвис, Кэрри А.; Дойл, Фрэнсис; Эпштейн, Чарльз Б.; Фритце, Сет; Харроу, Дженнифер; Каул, Раджиндер; Хатун, Джайнаб; Ладжуа, Брайан Р.; Ландт, Стивен Г.; Ли, Бум-Кю; Паули, Флоренция; Розенблум, Кейт Р.; Сабо, Питер; Сафи, Алексиас; Саньял, Амартья; Шореш, Ноам; Саймон, Джереми М.; Сун, Линюнь; Альтшулер, Роберт С.; Бирни, Юэн; Браун, Джеймс Б.; Ченг, Чао; Джебали, Сара; Донг, Сяньцзюнь; Данэм, Ян; Эрнст, Джейсон; и др. (сентябрь 2012 г.). «Комплексная энциклопедия элементов ДНК в геноме человека» . Природа . 489 (7414): 57–74. Бибкод : 2012Natur.489...57T . дои : 10.1038/nature11247 . ПМЦ 3439153 . ПМИД 22955616 .

[#26527727-91] Слоан К.А., Чан Э.Т., Дэвидсон Дж.М., Маллади В.С., Страттан Дж.С., Хитц BC и др. (январь 2016 г.). «Данные ENCODE на портале ENCODE» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (Д1): Д726–32. дои : 10.1093/nar/gkv1160 . ПМК 4702836 . ПМИД 26527727 .

[92] «КОДИРОВАТЬ: Энциклопедия элементов ДНК» . encodeproject.org .

[Thind-93] Jump up to: ^а ^б Тинд А.С., Монга И., Тхакур П.К., Кумари П., Диндория К., Крзак М., Рэнсон М., Эшфорд Б. (ноябрь 2021 г.). «Демистификация новых приложений массового секвенирования РНК: применение и полезность биоинформатической методологии». Брифинги по биоинформатике . 22 (6). дои : 10.1093/нагрудник/bbab259 . ПМИД 34329375 .

[#25605792-94] Jump up to: ^а ^б Ричи М.Э., Фипсон Б., Ву Д., Ху Ю., Лоу К.В., Ши В., Смит Г.К. (апрель 2015 г.). «Лимма обеспечивает анализ дифференциальной экспрессии для секвенирования РНК и исследований на микрочипах» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (7): е47. дои : 10.1093/нар/gkv007 . ПМК 4402510 . ПМИД 25605792 .

[#19910308-95] Jump up to: ^а ^б Робинсон, доктор медицинских наук, Маккарти диджей, Смит Г.К. (январь 2010 г.). «edgeR: пакет Bioconductor для дифференциального анализа экспрессии цифровых данных об экспрессии генов» . Биоинформатика . 26 (1): 139–40. doi : 10.1093/биоинформатика/btp616 . ПМК 2796818 . ПМИД 19910308 .

[#25633503-96] Jump up to: ^а ^б Хубер В., Кэри В.Дж., Джентльмен Р., Андерс С., Карлсон М., Карвалью Б.С. и др. (февраль 2015 г.). «Организация высокопроизводительного геномного анализа с помощью Bioconductor» . Природные методы . 12 (2): 115–21. дои : 10.1038/nmeth.3252 . ПМЦ 4509590 . ПМИД 25633503 .

[97] Смит, ГК (2005). «Лимма: линейные модели для данных микрочипов». Решения в области биоинформатики и вычислительной биологии с использованием R и биопроводника . Статистика по биологии и здоровью. Спрингер, Нью-Йорк, штат Нью-Йорк. стр. 397–420. CiteSeerX 10.1.1.361.8519 . дои : 10.1007/0-387-29362-0_23 . ISBN 9780387251462 .

[98] Стив., Рассел (2008). Технология микрочипов на практике . Медоуз, Лиза А. Берлингтон: Elsevier. ISBN 9780080919768 . OCLC 437246554 .

[#23845962-99] Jump up to: ^а ^б Хаас Б.Дж., Папаниколау А., Яссур М., Грабхерр М., Блад ПД, Боуден Дж., Кугер М.Б., Экклс Д., Ли Б., Либер М., МакМанес М.Д., Отт М., Орвис Дж., Почет Н., Строцци Ф., Уикс Н., Вестерман Р. , Уильям Т., Дьюи К.Н., Хеншель Р., Ледюк Р.Д., Фридман Н., Регев А. (август 2013). «Реконструкция последовательности транскрипта de novo из RNA-seq с использованием платформы Trinity для генерации эталонов и анализа» . Протоколы природы . 8 (8): 1494–512. дои : 10.1038/nprot.2013.084 . ПМЦ 3875132 . ПМИД 23845962 .

[Pertea_2015-100] Jump up to: ^а ^б Пертеа М., Пертеа ГМ, Антонеску С.М., Чанг Т.К., Менделл Дж.Т., Зальцберг С.Л. (март 2015 г.). «StringTie позволяет улучшить реконструкцию транскриптома на основе считываний RNA-seq» . Природная биотехнология . 33 (3): 290–5. дои : 10.1038/nbt.3122 . ПМЦ 4643835 . ПМИД 25690850 .

[#22009675-101] Кодама Ю., Шамуэй М., Лейнонен Р. (январь 2012 г.). «Архив чтения последовательностей: взрывной рост данных секвенирования» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (Проблема с базой данных): D54–6. дои : 10.1093/nar/gkr854 . ПМК 3245110 . ПМИД 22009675 .

[#11752295-102] Jump up to: ^а ^б Эдгар Р., Домрачев М., Лэш А.Е. (январь 2002 г.). «Омнибус экспрессии генов: хранилище данных массива экспрессии генов NCBI и гибридизации» . Исследования нуклеиновых кислот . 30 (1): 207–10. дои : 10.1093/нар/30.1.207 . ПМК 99122 . ПМИД 11752295 .

[103] Петров А, Шамс С (1 ноября 2004 г.). «Обработка микрочиповых изображений и контроль качества». Журнал систем обработки сигналов СБИС для технологий сигналов, изображений и видео . 38 (3): 211–226. doi : 10.1023/B:VLSI.0000042488.08307.ad . S2CID 31598448 .

[PetrovShams2004-104] Петров А, Шамс С (2004). «Обработка микрочиповых изображений и контроль качества». Журнал систем обработки сигналов СБИС для технологий сигналов, изображений и видео . 38 (3): 211–226. doi : 10.1023/B:VLSI.0000042488.08307.ad . S2CID 31598448 .

[105] Квон Ю.М., Рике С. (2011). Высокопроизводительное секвенирование нового поколения . Методы молекулярной биологии. Том. 733. СпрингерЛинк. дои : 10.1007/978-1-61779-089-8 . ISBN 978-1-61779-088-1 . S2CID 3684245 .

[#21576222-106] Накамура К., Осима Т., Моримото Т., Икеда С., Ёсикава Х., Шива Ю., Исикава С., Линак М.К., Хираи А., Такахаши Х., Альтаф-Уль-Амин М., Огасавара Н., Канайя С. (июль 2011 г.). «Профиль ошибок секвенаторов Illumina, специфичный для последовательности» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (13): е90. дои : 10.1093/nar/gkr344 . ПМК 3141275 . ПМИД 21576222 .

[#23481128-107] Ван Верк MC, Хикман Р., Питерс CM, Ван Вис SC (апрель 2013 г.). «RNA-Seq: откровение посланников». Тенденции в науке о растениях . 18 (4): 175–9. doi : 10.1016/j.tplants.2013.02.001 . hdl : 1874/309456 . ПМИД 23481128 . S2CID 205453732 .

[108] Эндрюс С. (2010). «FastQC: инструмент контроля качества для данных последовательностей с высокой пропускной способностью» . Бабрахам Биоинформатика . Проверено 23 мая 2017 г.

[#25408143-109] Ло СС, Сеть ПС (ноябрь 2014 г.). «Быстрая оценка и контроль качества данных секвенирования нового поколения с помощью FaQC» . БМК Биоинформатика . 15 (1): 366. дои : 10.1186/s12859-014-0366-2 . ПМК 4246454 . ПМИД 25408143 .

[#23222703-110] Jump up to: ^а ^б ^с Трапнелл С., Хендриксон Д.Г., Соважо М., Гофф Л., Ринн Дж.Л., Пахтер Л. (январь 2013 г.). «Дифференциальный анализ регуляции генов при разрешении транскриптов с помощью RNA-seq» . Природная биотехнология . 31 (1): 46–53. дои : 10.1038/nbt.2450 . ПМЦ 3869392 . ПМИД 23222703 .

[#24532719-111] Jump up to: ^а ^б Се Ю, Ву Дж, Тан Дж, Луо Р, Паттерсон Дж, Лю С, Хуан В, Хэ Г, Гу С, Ли С, Чжоу X, Лам Т.В., Ли Ю, Сюй X, Вонг ГК, Ван Дж (июнь 2014 г.) ). «SOAPdenovo-Trans: сборка транскриптома de novo с короткими чтениями RNA-Seq». Биоинформатика . 30 (12): 1660–6. arXiv : 1305.6760 . doi : 10.1093/биоинформатика/btu077 . ПМИД 24532719 . S2CID 5152689 .

[112] Сиаджеу, Кристиан; Мэйланд-Квеллхорст, Эйке; Панде, Шрути; Лаубингер, Саша; Альбах, Дирк К. (2021). «Последовательность транскриптома выявляет гены-кандидаты, участвующие в закалке трехлистного ямса Dioscorea dumetorum после сбора урожая» . Растения . 10 (4): 787. doi : 10.3390/plants10040787 . ПМК 8074181 . ПМИД 33923758 .

[113] Картографы HTS. http://www.ebi.ac.uk/~nf/hts_mappers/

[#23060614-114] Фонсека Н.А., Рунг Дж., Бразма А., Мариони Х.К. (декабрь 2012 г.). «Инструменты для картирования данных высокопроизводительного секвенирования» . Биоинформатика . 28 (24): 3169–77. doi : 10.1093/биоинформатика/bts605 . ПМИД 23060614 .

[115] Трапнелл С., Пахтер Л., Зальцберг С.Л. (май 2009 г.). «TopHat: обнаружение соединений сплайсинга с помощью RNA-Seq» . Биоинформатика . 25 (9): 1105–11. doi : 10.1093/биоинформатика/btp120 . ПМЦ 2672628 . ПМИД 19289445 .

[#20436464-116] Jump up to: ^а ^б Трапнелл С., Уильямс Б.А., Пертеа Г., Мортазави А., Кван Г., ван Барен М.Дж., Зальцберг С.Л., Уолд Б.Дж., Пахтер Л. (май 2010 г.). «Сборка транскриптов и количественная оценка с помощью RNA-Seq выявляют неаннотированные транскрипты и переключение изоформ во время дифференцировки клеток» . Природная биотехнология . 28 (5): 511–5. дои : 10.1038/nbt.1621 . ПМК 3146043 . ПМИД 20436464 .

[#20211242-117] Миллер-младший, Корен С., Саттон Дж. (июнь 2010 г.). «Алгоритмы сборки данных секвенирования нового поколения» . Геномика . 95 (6): 315–27. дои : 10.1016/j.ygeno.2010.03.001 . ПМЦ 2874646 . ПМИД 20211242 .

[#23837739-118] О'Нил С.Т., Эмрих С.Дж. (июль 2013 г.). «Оценка показателей сборки транскриптома De Novo на предмет согласованности и полезности» . БМК Геномика . 14 : 465. дои : 10.1186/1471-2164-14-465 . ПМЦ 3733778 . ПМИД 23837739 .

[#27252236-119] Смит-Унна Р., Бурснелл С., Патро Р., Хибберд Дж. М., Келли С. (август 2016 г.). «TransRate: безреферентная оценка качества сборок транскриптома de novo» . Геномные исследования . 26 (8): 1134–44. дои : 10.1101/гр.196469.115 . ПМЦ 4971766 . ПМИД 27252236 .

[#25608678-120] Ли Б., Филлмор Н., Бай Ю., Коллинз М., Томсон Дж.А., Стюарт Р., Дьюи К.Н. (декабрь 2014 г.). «Оценка сборок транскриптома de novo на основе данных RNA-Seq» . Геномная биология . 15 (12): 553. дои : 10.1186/s13059-014-0553-5 . ПМК 4298084 . ПМИД 25608678 .

[#18349386-121] Зербино Д.Р., Бирни Э. (май 2008 г.). «Бархат: алгоритмы сборки короткого чтения de novo с использованием графов де Брёйна» . Геномные исследования . 18 (5): 821–9. дои : 10.1101/гр.074492.107 . ПМК 2336801 . ПМИД 18349386 .

[#22368243-122] Шульц М.Х., Зербино Д.Р., Вингрон М., Бирни Э. (апрель 2012 г.). «Оазы: надежная сборка РНК-seq de novo в динамическом диапазоне уровней экспрессии» . Биоинформатика . 28 (8): 1086–92. doi : 10.1093/биоинформатика/bts094 . ПМЦ 3324515 . ПМИД 22368243 .

[#20935650-123] Робертсон Дж., Шейн Дж., Чиу Р., Корбетт Р., Филд М., Джекман С.Д. и др. (ноябрь 2010 г.). «Сборка de novo и анализ данных РНК-секвенирования». Природные методы . 7 (11): 909–12. дои : 10.1038/nmeth.1517 . hdl : 1885/51040 . ПМИД 20935650 . S2CID 1034682 .

[#21572440-124] Jump up to: ^а ^б Грабхерр М.Г., Хаас Б.Дж., Яссур М., Левин Дж.З., Томпсон Д.А., Амит И, Адиконис Х, Фан Л., Райчоудхури Р., Зенг К., Чен З., Маусели Е., Хакоэн Н., Гнирке А., Ринд Н., ди Пальма Ф., Биррен BW, Нусбаум К., Линдблад-То К., Фридман Н., Регев А. (май 2011). «Сборка полноразмерного транскриптома на основе данных RNA-Seq без эталонного генома» . Природная биотехнология . 29 (7): 644–52. дои : 10.1038/nbt.1883 . ПМЦ 3571712 . ПМИД 21572440 .

[#15140833-125] Шеврё Б., Пфистерер Т., Дрешер Б., Дрисель А.Дж., Мюллер В.Е., Веттер Т., Сухай С. (июнь 2004 г.). «Использование ассемблера miraEST для надежной и автоматизированной сборки транскриптов мРНК и обнаружения SNP в секвенированных EST» . Геномные исследования . 14 (6): 1147–59. дои : 10.1101/гр.1917404 . ПМК 419793 . ПМИД 15140833 .

[#16056220-126] Маргулис М., Эгхольм М., Альтман В.Е., Аттия С., Бадер Дж.С., Бембен Л.А. и др. (сентябрь 2005 г.). «Секвенирование генома в микропроизводных пиколитровых реакторах высокой плотности» . Природа . 437 (7057): 376–80. Бибкод : 2005Natur.437..376M . дои : 10.1038/nature03959 . ПМЦ 1464427 . ПМИД 16056220 .

[#20950480-127] Кумар С., Блакстер М.Л. (октябрь 2010 г.). «Сравнение ассемблеров de novo для 454 данных транскриптома» . БМК Геномика . 11 : 571. дои : 10.1186/1471-2164-11-571 . ПМК 3091720 . ПМИД 20950480 .

[128] Банкевич А, Нурк С, Антипов Д, Гуревич АА, Дворкин М, Куликов А.С., Лесин В.М., Николенко С.И., Фам С, Пржибельский А.Д., Пышкин А.В., Сироткин А.В., Вяххи Н, Теслер Г., Алексеев М.А., Певзнер П.А. (май 2012 г.) ). «SPAdes: новый алгоритм сборки генома и его применение к секвенированию одиночных клеток» . Журнал вычислительной биологии . 19 (5): 455–77. дои : 10.1089/cmb.2012.0021 . ПМЦ 3342519 . ПМИД 22506599 .

[129] Ли Б, Дьюи CN (август 2011 г.). «RSEM: точная количественная оценка транскриптов на основе данных RNA-Seq с эталонным геномом или без него» . БМК Биоинформатика . 12 :323. дои : 10.1186/1471-2105-12-323 . ПМК 3163565 . ПМИД 21816040 .

[130] Ковака, Сэм; Зимин, Алексей В.; Пертеа, Гео М.; Разаги, Рохам; Зальцберг, Стивен Л.; Пертеа, Михаэла (08 июля 2019 г.). «Сборка транскриптома на основе выравниваний длинных считываемых последовательностей РНК с помощью StringTie2» . bioRxiv : 694554. doi : 10.1101/694554 . Проверено 27 августа 2019 г.

[131] Геленборг Н., О'Донохью С.И., Балига Н.С., Гёсманн А., Хиббс М.А., Китано Х., Кольбахер О., Нойвегер Х., Шнайдер Р., Тененбаум Д., Гэвин А.С. (март 2010 г.). «Визуализация данных омики для системной биологии». Природные методы . 7 (3 Приложения): S56–68. дои : 10.1038/nmeth.1436 . ПМИД 20195258 . S2CID 205419270 .

[#25260700-132] Андерс С., Пил П.Т., Хубер В. (январь 2015 г.). «HTSeq — платформа Python для работы с данными высокопроизводительного секвенирования» . Биоинформатика . 31 (2): 166–9. doi : 10.1093/биоинформатика/btu638 . ПМК 4287950 . ПМИД 25260700 .

[#27043002-133] Брэй Н.Л., Пиментел Х., Мелстед П., Пахтер Л. (май 2016 г.). «Почти оптимальная вероятностная количественная оценка секвенирования РНК» . Природная биотехнология . 34 (5): 525–7. дои : 10.1038/nbt.3519 . ПМИД 27043002 . S2CID 205282743 .

[134] Ли Х, Рукосакер Б., Высокер А., Феннелл Т., Руан Дж., Гомер Н., Март Г., Абекасис Г., Дурбин Р. (август 2009 г.). «Формат Sequence Alignment/Map и SAMtools» . Биоинформатика . 25 (16): 2078–9. doi : 10.1093/биоинформатика/btp352 . ПМК 2723002 . ПМИД 19505943 .

[#25516281-135] Лав М.И., Хубер В., Андерс С. (2014). «Умеренная оценка кратности изменения и дисперсии данных секвенирования РНК с помощью DESeq2» . Геномная биология . 15 (12): 550. дои : 10.1186/s13059-014-0550-8 . ПМК 4302049 . ПМИД 25516281 .

[136] Фрейзи А.С., Пертеа Дж., Джаффе А.Е., Лэнгмид Б., Зальцберг С.Л., Лик Дж.Т. (март 2015 г.). «Ballgown устраняет разрыв между сборкой транскриптома и анализом экспрессии» . Природная биотехнология . 33 (3): 243–6. дои : 10.1038/nbt.3172 . ПМЦ 4792117 . ПМИД 25748911 .

[#21498551-137] Фанг Z, Цуй X (май 2011 г.). «Проблемы проектирования и проверки в экспериментах по секвенированию РНК» . Брифинги по биоинформатике . 12 (3): 280–7. дои : 10.1093/нагрудник/bbr004 . ПМИД 21498551 .

[#20011106-138] Рамшельд Д., Ван Э.Т., Бердж С.Б., Сандберг Р. (декабрь 2009 г.). «Обилие повсеместно экспрессируемых генов, выявленное с помощью данных последовательности тканевого транскриптома» . PLOS Вычислительная биология . 5 (12): e1000598. Бибкод : 2009PLSCB...5E0598R . дои : 10.1371/journal.pcbi.1000598 . ПМЦ 2781110 . ПМИД 20011106 .

[#12184808-139] Вандесомпель Дж., Де Претер К., Паттин Ф., Поппе Б., Ван Рой Н., Де Паепе А., Спелеман Ф. (июнь 2002 г.). «Точная нормализация количественных данных RT-PCR в реальном времени путем геометрического усреднения нескольких генов внутреннего контроля» . Геномная биология . 3 (7): ИССЛЕДОВАНИЕ0034. doi : 10.1186/gb-2002-3-7-research0034 . ПМЦ 126239 . ПМИД 12184808 .

[#19056941-140] Core LJ, Waterfall JJ, Lis JT (декабрь 2008 г.). «Секвенирование зарождающейся РНК выявляет широко распространенные паузы и дивергентную инициацию на человеческих промоторах» . Наука . 322 (5909): 1845–8. Бибкод : 2008Sci...322.1845C . дои : 10.1126/science.1162228 . ПМЦ 2833333 . ПМИД 19056941 .

[#20368969-141] Камарена Л., Бруно В., Ойскирхен Г., Поджо С., Снайдер М. (апрель 2010 г.). «Молекулярные механизмы этанол-индуцированного патогенеза, выявленные с помощью секвенирования РНК» . ПЛОС Патогены . 6 (4): e1000834. doi : 10.1371/journal.ppat.1000834 . ПМЦ 2848557 . ПМИД 20368969 .

[Govind_2009-142] Jump up to: ^а ^б Говинд Г., Харшавардхан В.Т., ТаммеГовда Х.В., Патрисия Дж.К., Калайараси П.Дж., Дханалакшми Р., Айер Д.Р., Сентил Кумар М., Мутаппа С.К., Сринивасулу Н., Несе С., Удаякумар М., Макарла Великобритания (июнь 2009 г.). «Идентификация и функциональная проверка уникального набора генов, вызванных засухой, преимущественно экспрессируемых в ответ на постепенный водный стресс у арахиса» . Молекулярная генетика и геномика . 281 (6): 591–605. дои : 10.1007/s00438-009-0432-z . ПМЦ 2757612 . ПМИД 19224247 .

[143] Тавассоли, Иман; Гольдфарб, Джозеф; Айенгар, Рави (04 октября 2018 г.). «Букварь по системной биологии: основные методы и подходы». Очерки по биохимии . 62 (4): 487–500. дои : 10.1042/EBC20180003 . ISSN 0071-1365 . ПМИД 30287586 . S2CID 52922135 .

[#22739340-144] Коста В., Априле М., Эспозито Р., Чиккодикола А. (февраль 2013 г.). «RNA-Seq и сложные заболевания человека: последние достижения и перспективы на будущее» . Европейский журнал генетики человека . 21 (2): 134–42. дои : 10.1038/ejhg.2012.129 . ПМЦ 3548270 . ПМИД 22739340 .

[#26781813-145] Хурана Э., Фу Ю., Чакраварти Д., Демихелис Ф., Рубин М.А., Герштейн М. (февраль 2016 г.). «Роль вариантов некодирующей последовательности при раке». Обзоры природы Генетика . 17 (2): 93–108. дои : 10.1038/nrg.2015.17 . ПМИД 26781813 . S2CID 14433306 .

[#17363976-146] Слоткин Р.К., Мартиенссен Р. (апрель 2007 г.). «Мобильные элементы и эпигенетическая регуляция генома». Обзоры природы Генетика . 8 (4): 272–85. дои : 10.1038/nrg2072 . ПМИД 17363976 . S2CID 9719784 .

[#26551575-147] Прозерпио V, Махата Б (февраль 2016 г.). «Одноклеточные технологии для изучения иммунной системы» . Иммунология . 147 (2): 133–40. дои : 10.1111/imm.12553 . ПМЦ 4717243 . ПМИД 26551575 .

[#26996076-148] Jump up to: ^а ^б Байрон С.А., Ван Керен-Йенсен К.Р., Энгельталер Д.М., Карптен Дж.Д., Крейг Д.В. (май 2016 г.). «Перевод секвенирования РНК в клиническую диагностику: возможности и проблемы» . Обзоры природы Генетика . 17 (5): 257–71. дои : 10.1038/nrg.2016.10 . ПМК 7097555 . ПМИД 26996076 .

[#18284925-149] Ву Х.Дж., Ван А.Х., член парламента Дженнингса (февраль 2008 г.). «Открытие факторов вирулентности патогенных бактерий» (PDF) . Современное мнение в области химической биологии . 12 (1): 93–101. дои : 10.1016/j.cbpa.2008.01.023 . ПМИД 18284925 .

[#25517437-150] Сузуки С., Хориноути Т., Фурусава С. (декабрь 2014 г.). «Прогнозирование устойчивости к антибиотикам по профилям экспрессии генов» . Природные коммуникации . 5 : 5792. Бибкод : 2014NatCo...5.5792S . дои : 10.1038/ncomms6792 . ПМЦ 4351646 . ПМИД 25517437 .

[#22890146-151] Вестерманн А.Дж., Горски С.А., Фогель Дж. (сентябрь 2012 г.). «Двойная РНК-секвенирование патогена и хозяина» (PDF) . Обзоры природы. Микробиология . 10 (9): 618–30. дои : 10.1038/nrmicro2852 . ПМИД 22890146 . S2CID 205498287 .

[#25914674-152] Дурмуш С., Чакир Т., Озгюр А., Гутке Р. (2015). «Обзор вычислительной системной биологии взаимодействий патоген-хозяин» . Границы микробиологии . 6 : 235. дои : 10.3389/fmicb.2015.00235 . ПМК 4391036 . ПМИД 25914674 .

[#26759178-153] Jump up to: ^а ^б Гарг Р., Шанкар Р., Таккар Б., Кудапа Х., Кришнамурти Л., Мантри Н., Варшни Р.К., Бхатия С., Джайн М. (январь 2016 г.). «Анализ транскриптома выявляет молекулярные реакции, специфичные для генотипа и стадии развития, на стрессы, вызванные засухой и засолением, у нута» . Научные отчеты . 6 : 19228. Бибкод : 2016NatSR...619228G . дои : 10.1038/srep19228 . ПМЦ 4725360 . ПМИД 26759178 .

[#15075282-154] Гарсиа-Санчес С., Обер С., Иракуи И., Джанбон Дж., Гиго Х. М., д'Энфер К. (апрель 2004 г.). «Биопленки Candida albicans: состояние развития, связанное со специфическими и стабильными паттернами экспрессии генов» . Эукариотическая клетка . 3 (2): 536–45. doi : 10.1128/EC.3.2.536-545.2004 . ПМЦ 387656 . ПМИД 15075282 .

[Rich_et_al-155] Рич С.М., Леендерц Ф.Х., Сюй Дж., ЛеБретон М., Джоко С.Ф., Аминаке М.Н., Таканг Э.Э., Диффо Дж.Л., Пайк Б.Л., Розенталь Б.М., Форменти П., Боеш С., Айала Ф.Дж., Вульф Н.Д. (сентябрь 2009 г.). «Происхождение злокачественной малярии» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 106 (35): 14902–7. Бибкод : 2009PNAS..10614902R . дои : 10.1073/pnas.0907740106 . ПМК 2720412 . ПМИД 19666593 .

[#25502316-156] Мок С., Эшли Э.А., Феррейра П.Е., Чжу Л., Лин З., Йео Т. и др. (январь 2015 г.). «Лекарственная устойчивость. Популяционная транскриптомика малярийных паразитов человека раскрывает механизм устойчивости к артемизинину» . Наука . 347 (6220): 431–5. Бибкод : 2015Sci...347..431M . дои : 10.1126/science.1260403 . ПМЦ 5642863 . ПМИД 25502316 .

[:0-157] Jump up to: ^а ^б ^с ^д Пейдж, Тесса М.; Лоули, Джонатан В. (2022). «Следующее поколение уже здесь: обзор транскриптомных подходов в морской экологии» . Границы морской науки . 9 . дои : 10.3389/fmars.2022.757921 . hdl : 10072/428702 . ISSN 2296-7745 .

[#19192189-158] Вербрюгген Н., Херманс С., Шат Х. (март 2009 г.). «Молекулярные механизмы гипераккумуляции металлов в растениях» (PDF) . Новый фитолог . 181 (4): 759–76. дои : 10.1111/j.1469-8137.2008.02748.x . ПМИД 19192189 .

[#22047402-159] Ли З, Чжан З, Ян П, Хуан С, Фей З, Линь К (ноябрь 2011 г.). «RNA-Seq улучшает аннотацию генов, кодирующих белки, в геноме огурца» . БМК Геномика . 12 :540. дои : 10.1186/1471-2164-12-540 . ПМК 3219749 . ПМИД 22047402 .

[#25214207-160] Хоббс М., Павасович А., Кинг А.Г., Прентис П.Дж., Элдридж М.Д., Чен З., Колган Д.Д., Полкингхорн А., Уилкинс М.Р., Фланаган С., Джиллетт А., Хангер Дж., Джонсон Р.Н., Тиммс П. (сентябрь 2014 г.). «Ресурс транскриптома коалы (Phascolarctos cinereus): понимание транскрипции ретровируса коалы и разнообразия последовательностей» . БМК Геномика . 15 (1): 786. дои : 10.1186/1471-2164-15-786 . ПМК 4247155 . ПМИД 25214207 .

[#23445355-161] Хоу Г.Т., Ю Дж., Кнаус Б., Кронн Р., Колпак С., Долан П., Лоренц В.В., Дин Дж.Ф. (февраль 2013 г.). «Ресурс SNP для пихты Дугласа: сборка транскриптома de novo, обнаружение и проверка SNP» . БМК Геномика . 14 :137. дои : 10.1186/1471-2164-14-137 . ПМЦ 3673906 . ПМИД 23445355 .

[#26772543-162] МакГрат Л.Л., Фоллмер С.В., Калузяк С.Т., Айерс Дж. (январь 2016 г.). «Сборка транскриптома de novo лобстера Homarus americanus и характеристика дифференциальной экспрессии генов в тканях нервной системы» . БМК Геномика . 17:63 . дои : 10.1186/s12864-016-2373-3 . ПМЦ 4715275 . ПМИД 26772543 .

[#1883196-163] Ноллер Х.Ф. (1991). «Рибосомальная РНК и трансляция». Ежегодный обзор биохимии . 60 : 191–227. дои : 10.1146/annurev.bi.60.070191.001203 . ПМИД 1883196 .

[#16943439-164] Христов К.П., Гардинер Т.Дж., Шютс Д., Круде Т. (сентябрь 2006 г.). «Функциональные требования некодирующих Y-РНК для репликации хромосомной ДНК человека» . Молекулярная и клеточная биология . 26 (18): 6993–7004. дои : 10.1128/MCB.01060-06 . ПМК 1592862 . ПМИД 16943439 .

[#16357227-165] Кишор С., Стамм С. (январь 2006 г.). «МякоРНК HBII-52 регулирует альтернативный сплайсинг рецептора серотонина 2C» . Наука . 311 (5758): 230–2. Бибкод : 2006Sci...311..230K . дои : 10.1126/science.1118265 . ПМИД 16357227 . S2CID 44527461 .

[#15851066-166] Хюттенхофер А., Шаттнер П., Полачек Н. (май 2005 г.). «Некодирующие РНК: надежда или обман?». Тенденции в генетике . 21 (5): 289–97. дои : 10.1016/j.tig.2005.03.007 . ПМИД 15851066 .

[#22094949-167] Эстеллер М. (ноябрь 2011 г.). «Некодирующие РНК при заболеваниях человека». Обзоры природы Генетика . 12 (12): 861–74. дои : 10.1038/nrg3074 . ПМИД 22094949 . S2CID 13036469 .

[168] «Омнибус экспрессии генов» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 26 марта 2018 г.

[#11726920-169] Jump up to: ^а ^б Бразма А, Хингамп П, Квакенбуш Дж, Шерлок Дж, Спеллман П, Стокерт С, Аах Дж, Ансорж В, Болл К.А., Костон ХК, Гаастерланд Т, Глениссон П, Хольстедж ФК, Ким И.Ф., Марковиц В., Матезе Дж.К., Паркинсон Х. , Робинсон А., Сарканс Ю., Шульце-Кремер С., Стюарт Дж., Тейлор Р., Вило Дж., Вингрон М. (декабрь 2001 г.). «Минимум информации об эксперименте с микрочипами (MIAME) - к стандартам данных о микрочипах» . Природная генетика . 29 (4): 365–71. дои : 10.1038/ng1201-365 . ПМИД 11726920 . S2CID 6994467 .

[#19484163-170] Jump up to: ^а ^б Бразма А (май 2009 г.). «Минимум информации об эксперименте с микрочипами (MIAME) — успехи, неудачи, проблемы» . Научный мировой журнал . 9 : 420–3. дои : 10.1100/tsw.2009.57 . ПМЦ 5823224 . ПМИД 19484163 .

[#25361974-171] Колесников Н , Гастингс Э , Кейс М , Мельничук О , Тан Я.А , Уильямс Э , Дилаг М , Курбатова Н , Брандизи М , Бердетт Т , Меги К , Пиличева Е , Рустичи Г , Тихонов А , Паркинсон Х , Петришак Р , Сарканс У , Бразма А (январь 2015 г.). «Обновление ArrayExpress — упрощение отправки данных» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (Проблема с базой данных): D1113–6. дои : 10.1093/nar/gku1057 . ПМЦ 4383899 . ПМИД 25361974 .

[#26481351-172] Петришак Р., Кейс М., Тан Ю.А., Фонсека Н.А., Баррера Э., Бурдетт Т., Фюллграбе А., Фуэнтес А.М., Юпп С., Коскинен С., Маннион О., Уэрта Л., Меги К., Сноу К., Уильямс Е., Барзин М., Гастингс Е. , Вайссер Х., Райт Дж., Джайсвал П., Хубер В., Чоудхари Дж., Паркинсон Х.Э., Бразма А (январь 2016 г.). «Обновление Атласа экспрессии — интегрированная база данных экспрессии генов и белков у людей, животных и растений» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (Д1): Д746–52. дои : 10.1093/нар/gkv1045 . ПМК 4702781 . ПМИД 26481351 .

[#19956698-173] Хруз Т., Лауле О., Сабо Г., Вессендорп Ф., Блейлер С., Эртле Л., Видмайер П., Груиссем В., Циммерманн П. (2008). «Genevestigator v3: база данных эталонных выражений для метаанализа транскриптомов» . Достижения биоинформатики . 2008 : 420747. doi : 10.1155/2008/420747 . ПМК 2777001 . ПМИД 19956698 .

[#18835852-174] Мицухаси Н., Фудзиеда К., Тамура Т., Кавамото С., Такаги Т., Окубо К. (январь 2009 г.). «BodyParts3D: база данных трехмерных структур анатомических концепций» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (Проблема с базой данных): D782–5. дои : 10.1093/нар/gkn613 . ПМЦ 2686534 . ПМИД 18835852 .

[#26586799-175] Чжао Ю, Ли Х, Фанг С, Кан Ю, Ву В, Хао Ю, Ли З, Бу Д, Сунь Н, Чжан MQ, Чен Р (январь 2016 г.). «NONCODE 2016: информативный и ценный источник данных о длинных некодирующих РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (Д1): Д203–8. дои : 10.1093/nar/gkv1252 . ПМК 4702886 . ПМИД 26586799 .

[39] В молекулярной биологии гибридизация — это явление, при котором одноцепочечные дезоксирибонуклеиновой кислоты ( ДНК ) или рибонуклеиновой кислоты ( РНК молекулы ) отжигаются с комплементарной ДНК или РНК .

[56] Один пиколитр примерно в 30 миллионов раз меньше капли воды.

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

[ 19 ]

[ 20 ]

[ 21 ]

[ 22 ]

[ 23 ]

[ 24 ]

[ 25 ]

[ 26 ]

[ 27 ]

[ 28 ]

[ 29 ]

[ 30 ]

[ 31 ]

[ 32 ]

[ 33 ]

[ 34 ]

[ 35 ]

[ 36 ]

[ 37 ]

[ 38 ]

[ примечание 1 ]

[ 39 ]

[ 40 ]

[ 41 ]

[ 42 ]

[ 43 ]

[ 44 ]

[ 45 ]

[ 46 ]

[ 47 ]

[ 48 ]

[ 49 ]

[ 50 ]

[ 51 ]

[ 52 ]

[ 53 ]

[ 54 ]

[ примечание 2 ]

[ 55 ]

[ 56 ]

[ 57 ]

[ 58 ]

[ 59 ]

[ 60 ]

[ 61 ]

[ 62 ]

[ 63 ]

[ 64 ]

[ 65 ]

[ 66 ]

[ 67 ]

[ 68 ]

[ 69 ]

[ 70 ]

[ 71 ]

[ 72 ]

[ 73 ]

[ 74 ]

[ 75 ]

[ 76 ]

[ 77 ]

[ 78 ]

[ 79 ]

[ 80 ]

[ 81 ]

[ 82 ]

[ 83 ]

[ 84 ]

[ 85 ]

[ 86 ]

[ 87 ]

[ 88 ]

[ 89 ]

[ 90 ]

[ 91 ]

[ 92 ]

[ 93 ]

[ 94 ]

[ 95 ]

[ 96 ]

[ 97 ]

[ 98 ]