Межвидовая передача
![]() | Начальный раздел этой статьи может быть слишком техническим для понимания большинства читателей . ( Август 2022 г. ) |
Межвидовая передача ( CST ), также называемая межвидовой передачей , переходом от хозяина или распространением , представляет собой передачу инфекционного патогена , такого как вирус , между хозяевами , принадлежащими к разным видам . Будучи введенным в организм человека нового вида-хозяина, патоген может вызвать заболевание у нового хозяина и/или приобрести способность заражать других особей того же вида, что позволяет ему распространяться среди новой популяции хозяина. [1] Это явление чаще всего изучается в вирусологии , но межвидовая передача может также происходить с бактериальными патогенами или другими типами микроорганизмов. [2]
Шаги, связанные с передачей патогенов новым хозяевам, включают контакт между патогеном и хозяином; успешное заражение первоначального отдельного хозяина, что может привести к амплификации и вспышке заболевания ; и адаптация патогена внутри исходного или нового хозяина, которая может сделать его способным эффективно распространяться между особями в популяциях нового хозяина. [3] Эта концепция важна для понимания и борьбы с возникающими инфекционными заболеваниями у людей, особенно вызванными вирусами. Большинство вирусных заболеваний человека имеют зоонозное происхождение и исторически передавались человеческим популяциям от различных видов животных; примеры включают атипичную пневмонию , Эболу , свиной грипп , бешенство и птичий грипп . [4]
Точные механизмы, способствующие межвидовой передаче, различаются в зависимости от патогена, и даже в случае распространенных заболеваний часто плохо изучены. Считается, что вирусы с высокой частотой мутаций способны быстро адаптироваться к новым хозяевам и тем самым преодолевать специфическую иммунологическую защиту хозяина , обеспечивая их дальнейшую передачу. Событие смены хозяина происходит, когда штамм, который ранее был зоонозным, начинает циркулировать исключительно среди новых видов-хозяев. [5]
Перенос патогена чаще всего происходит между видами, которые часто находятся в тесном контакте друг с другом. Это также может происходить косвенно между видами с менее частыми контактами, если этому способствуют промежуточные виды; например, вид- резервуар может передать вирус виду - переносчику , который, в свою очередь, передает вирус человеку. [6] [7] Степень филогенетического родства между видами хозяев также влияет на вероятность передачи патогена между ними, вероятно, из-за сходства иммунологической защиты хозяев; например, большая часть зоонозных инфекций человека происходит от других видов млекопитающих. С другой стороны, патогены более отдаленных видов, такие как вирусы растений , могут вообще не быть способны заразить человека. Другие факторы, влияющие на скорость передачи, включают географическую близость и внутривидовое поведение. [3] Из-за изменения климата и утраты среды обитания из-за расширения землепользования, [8] Прогнозируется, что риск распространения вируса значительно увеличится. [9]
Распространенность и контроль
[ редактировать ]Межвидовая передача является наиболее значимой причиной возникновения заболеваний у людей и других биологических видов. [ нужна ссылка ] болезни диких животных Зоонозные микробного происхождения также являются наиболее распространенной группой новых заболеваний человека, а ДКП между дикими животными и домашним скотом оказывает заметное экономическое воздействие на сельское хозяйство, снижая продуктивность животноводства и вводя экспортные ограничения. [2] Это делает CST серьезной проблемой для общественного здравоохранения , сельского хозяйства и управления дикой природой . [ нужна ссылка ]
Авторы исследования бубонной чумы в Оране подчеркивают, что эта болезнь "представляет собой в первую очередь бактериальный зооноз, поражающий грызунов . Она вызывается Yersinia pestis и передается от животного к животному блохами . Человек обычно заражается через укус инфицированного человека". грызунная блоха ». Мероприятие санитарного контроля, установленное органом здравоохранения, носило химический характер: « внутри- и околодомовое опрыскивание перметрином Проведено . Дельтаметрин рассыпался на дорожках и вокруг нор грызунов, расположенных в радиусе 10 км вокруг жилища грызуна». Бесконтрольное убийство крыс было запрещено». [10]
Считается, что значительная часть вирусных патогенов, появившихся в последнее время у человека, произошла от различных видов животных. Об этом свидетельствуют несколько недавних эпидемий, таких как птичий грипп , Эбола , обезьянья оспа и вирусы Ханта . [11] Имеются данные, позволяющие предположить, что некоторые болезни потенциально могут быть повторно занесены в популяцию людей через животных-хозяев после того, как они были искоренены у людей. [12] Существует риск того, что это явление произойдет с морбилливирусами , поскольку они могут легко преодолевать видовые барьеры. [12] ДКП также может оказать существенное влияние на производственные отрасли. Генотип VI. Птичий парамиксовирус серотипа 1 (GVI-PMV1) представляет собой вирус, который возник в результате межвидовой передачи от курообразных (т.е. кур ) к кишечнообразным и стал преобладать в птицеводстве . [13]
КСТ вариантов вируса бешенства между популяциями различных видов является серьезной проблемой управления дикой природой . Введение этих вариантов животным, не являющимся резервуаром, увеличивает риск заражения людей и ставит под угрозу текущие достижения в борьбе с бешенством. [14]
Считается, что многие патогены имеют специализацию на хозяине, что объясняет сохранение различных штаммов у видов-хозяев. [5] Патогенам придется преодолеть специфичность своего хозяина, чтобы перейти к новому виду хозяина. Некоторые исследования утверждают, что специализация хозяина может быть преувеличена, а патогены с большей вероятностью проявляют CST, чем считалось ранее. [5] Первоначальные хозяева обычно имеют низкий уровень смертности при заражении патогеном, при этом уровень смертности, как правило, намного выше у новых хозяев. [15]
Между нечеловекообразными приматами и человеком
[ редактировать ]Из-за тесного родства нечеловекообразных приматов (NHP) и человека передача заболеваний между NHP и людьми является относительно распространенным явлением и может стать серьезной проблемой общественного здравоохранения. Такие заболевания, как ВИЧ и аденовирусы человека , связаны с взаимодействием NHP. [16] [17]
В местах, где часты контакты между людьми и НЧП, часто принимаются меры предосторожности для предотвращения передачи заболеваний. Обезьяний пенистый вирус (SFV) представляет собой энзоотический ретровирус , который имеет высокие показатели межвидовой передачи и, как известно, поражает людей, укушенных инфицированными NHP. [18] Это вызвало проблемы со здоровьем в таких местах, как Индонезия, где посетители обезьяньих храмов могут заразиться SFV от храмовых макак ( Macaca fascularis ). [19] TMAdV ( аденовирус обезьян тити ) представляет собой сильно дивергентный вирус, имеющий <57% парной идентичности нуклеотидов с другими аденовирусами, вирус NHP, который имеет высокий уровень смертности (83%) у обезьян и способен распространяться через человека-хозяина. [15]
Прогнозирование и предотвращение передачи инфекции между видами
[ редактировать ]Прогнозирование и мониторинг важны для изучения CST и их последствий. Однако факторы, определяющие происхождение и судьбу случаев межвидовой передачи, остаются неясными для большинства патогенов человека. [4] Это привело к использованию различных статистических моделей для анализа CST. Некоторые из них включают модели анализа рисков, [20] модели с датированными советами по одной ставке (SRDT), [17] и филогенетические диффузионные модели. [4] Изучение геномов патогенов , участвующих в событиях CST, очень полезно для определения их происхождения и судьбы. [4] патогена Это связано с тем, что генетическое разнообразие и частота мутаций являются ключевыми факторами, определяющими, может ли он передаваться от нескольких хозяев. Поэтому важно, чтобы геномы видов-переносчиков были частично или полностью секвенированы. [15] Изменение геномной структуры может привести к тому, что патоген, имеющий узкий круг хозяев, сможет использовать более широкий круг хозяев. [5] Генетическая дистанция между различными видами, географический ареал и другие барьеры взаимодействия также будут влиять на межвидовую передачу. [4]
Один из подходов к анализу оценки риска CST заключается в разработке моделей анализа риска, которые разбивают «процесс» передачи заболевания на части. Процессы и взаимодействия, которые могут привести к межвидовой передаче заболеваний, четко описываются как гипотетическая инфекционная цепочка. Данные лабораторных и полевых экспериментов используются для оценки вероятности каждого компонента, ожидаемых естественных отклонений и пределов погрешности. [19]
Различные типы исследований CST потребуют разных путей анализа для удовлетворения своих потребностей. В исследовании по выявлению вирусов у летучих мышей, которые могут распространяться на других млекопитающих, использовался рабочий процесс: секвенирование образцов генома → «очистка» необработанных ридов → устранение ридов-хозяев и эукариотических примесей → сборка de novo оставшихся ридов → аннотация вирусных контигов. → молекулярное обнаружение специфических вирусов → филогенетический анализ → интерпретация данных. [21]
Обнаружение CST и оценка его частоты на основе данных о распространенности является сложной задачей. [2] Из-за этих трудностей вычислительные для анализа событий CST и связанных с ними патогенов используются методы. Бурное развитие молекулярных методов открыло новые возможности использования филогенетического анализа генетики патогенов для определения эпидемиологических параметров. [2] Это дает некоторое представление о происхождении этих событий и о том, как с ними можно справиться. В настоящее время методы профилактики CST используют как биологические, так и вычислительные данные. Примером этого является использование как клеточных анализов , так и филогенетических сравнений для подтверждения роли TRIM5α, продукта гена TRIM5, в подавлении межвидовой передачи и появлении ретровирусов в природе. [22]
Анализ
[ редактировать ]Филогения
[ редактировать ]Сравнение геномных данных очень важно для изучения межвидовой передачи. Филогенетический анализ используется для сравнения генетических вариаций как патогенов, связанных с CST, так и видов-хозяев, которых они заражают. В совокупности можно сделать вывод, что позволило патогену перейти к новому хозяину (т. е. мутация патогена, изменение восприимчивости хозяина) и как это можно предотвратить в будущем. Если механизмы, которые патогены используют для первоначального проникновения в новый вид, хорошо охарактеризованы и понятны, можно достичь определенного уровня контроля и предотвращения рисков. При контакте плохое понимание патогенов и связанных с ними заболеваний затрудняет принятие профилактических мер. [20]
Альтернативные хозяева также потенциально могут играть решающую роль в эволюции и распространении патогена. [23] Когда патоген пересекает вид, он часто приобретает новые характеристики, которые позволяют ему преодолевать барьеры хозяина. [20] Различные варианты патогена могут оказывать совершенно разное воздействие на виды-хозяева. [23] Таким образом, анализ CST может быть полезен для сравнения одних и тех же патогенов, встречающихся у разных видов хозяев. Филогенетический анализ можно использовать для отслеживания истории патогенов в популяциях разных видов. Даже если патоген новый и сильно расходится, филогенетическое сравнение может быть очень полезным. [15] Полезная стратегия изучения истории эпидемий, вызванных передачей патогена, сочетает в себе анализ молекулярных часов для оценки временных рамок эпидемии и теорию объединения для вывода демографической истории патогена. [17] При построении филогений часто используются компьютерные базы данных и инструменты. Такие программы, как BLAST , используются для аннотирования последовательностей патогенов, а такие базы данных, как GenBank, предоставляют информацию о функциях, основанных на геномной структуре патогенов. Деревья строятся с использованием вычислительных методов, таких как MPR или байесовский вывод, а модели создаются в зависимости от потребностей исследования. [24] Например, модели с датировкой по одной частоте (SRDT) позволяют оценить временные рамки филогенетического дерева. [17] Модели прогнозирования CST будут различаться в зависимости от того, какие параметры необходимо учитывать при построении модели. [ нужна ссылка ]
Самая экономная реконструкция (MPR)
[ редактировать ]Экономия — это принцип, согласно которому человек выбирает самое простое научное объяснение, соответствующее фактам. С точки зрения построения филогенетических деревьев лучшей гипотезой является та, которая требует наименьшего количества эволюционных изменений. Использование экономии для реконструкции состояний наследственных признаков на филогенетическом дереве - это метод проверки экологических и эволюционных гипотез. [25] Этот метод можно использовать в исследованиях CST для оценки количества изменений характера, существующих между патогенами по отношению к их хозяину. [2] Это делает MPR полезным для отслеживания происхождения возбудителя CST. MPR также можно использовать для сравнения характеристик популяций видов-хозяев. Черты и поведение внутри популяции могут сделать их более восприимчивыми к CST. Например, виды, которые мигрируют регионально, важны для распространения вирусов через популяционные сети. [26]
Несмотря на успех экономных реконструкций, исследования показывают, что они часто чувствительны и иногда могут быть склонны к предвзятости в сложных моделях. [25] Это может вызвать проблемы для моделей CST, которые должны учитывать множество переменных. Альтернативные методы, такие как метод максимального правдоподобия, были разработаны в качестве альтернативы экономичной реконструкции. [25]
Использование генетических маркеров
[ редактировать ]Два метода измерения генетических вариаций: тандемные повторы с переменным числом (VNTR) и однонуклеотидные полиморфизмы (SNP) оказались очень полезными для изучения бактериальной передачи. [2] VNTR из-за низкой стоимости и высокой частоты мутаций делают их особенно полезными для выявления генетических различий во время недавних вспышек , и хотя SNP имеют более низкую частоту мутаций на локус, чем VNTR, они обеспечивают более стабильные и надежные генетические связи между изолятами. Оба метода используются для построения филогений для генетического анализа, однако SNP больше подходят для исследований сокращения филогений. [2] Однако с помощью этих методов может быть сложно точно смоделировать изменения CST. Оценки CST, основанные на филогенезе, сделанные с использованием маркера VNTR, могут быть смещены в сторону обнаружения событий CST по широкому диапазону параметров. SNP, как правило, менее предвзяты и изменчивы в оценках CST, когда оценки частоты CST низкие и используется небольшое количество SNP. В целом, оценки частоты CST с использованием этих методов наиболее надежны в системах с большим количеством мутаций, большим количеством маркеров и высокими генетическими различиями между интродуцированными штаммами. [2] CST очень сложна, и для точного представления явлений модели должны учитывать множество параметров. Модели, которые чрезмерно упрощают реальность, могут привести к искажению данных. Множественные параметры, такие как количество мутаций, накопленных с момента интродукции, стохастичность , генетические различия введенных штаммов и усилия по выборке, могут затруднить объективную оценку CST даже при использовании полногеномных последовательностей, особенно если выборка ограничена, частота мутаций низкая или если возбудители были занесены недавно. [2]
Процесс использования генетических маркеров для оценки частоты КСТ должен учитывать несколько важных факторов, чтобы уменьшить систематическую ошибку. Во-первых, филогенетическое дерево, построенное в ходе анализа, должно отражать основной эпидемиологический процесс, порождающий это дерево. [2] Модели должны учитывать, как генетическая изменчивость патогена влияет на заболевание у вида, а не только общие различия в геномной структуре. Во-вторых, достоверность анализа будет зависеть от количества мутаций, накопленных с момента внедрения возбудителя в систему. [2] Это связано с тем, что многие модели используют количество мутаций в качестве показателя частоты CST. Поэтому усилия сосредоточены на оценке либо времени с момента введения, либо скорости замены маркера (на основе лабораторных экспериментов или сравнительного геномного анализа). Это важно не только при использовании метода MPR, но и для подходов правдоподобия , которые требуют оценки частоты мутаций. [2] В-третьих, CST также повлияет на распространенность заболевания у потенциального хозяина, поэтому объединение данных эпидемиологических временных рядов с генетическими данными может быть отличным подходом к исследованию CST. [2]
Байесовский анализ
[ редактировать ]Байесовские модели представляют собой форму анализа, основанного на максимальном правдоподобии, и могут быть очень эффективными в исследованиях межвидовой передачи инфекции. Байесовский вывод методов эволюции характера может объяснить неопределенность филогенетического дерева и более сложные сценарии с помощью таких моделей, как модель диффузии символов, которая в настоящее время разрабатывается для изучения CST в РНК-вирусах . [2] Байесовский статистический подход имеет преимущества перед другими методами анализа для отслеживания происхождения CST. Вычислительные методы позволяют интегрировать неизвестную филогению, которую невозможно наблюдать напрямую, и неизвестный процесс миграции, который обычно плохо изучен. [27]
Байесовские модели также хорошо подходят для объединения различных видов информации. Программное обеспечение BEAST, которое уделяет особое внимание калиброванным филогениям и генеалогиям, иллюстрирует это, предлагая большое количество дополнительных эволюционных моделей, включая модели замещения, демографические модели и модели расслабленных часов, которые можно объединить в полную вероятностную модель. Добавляя пространственную реконструкцию, эти модели создают вероятность реконструкции биогеографической истории на основе генетических данных. [27] Это может быть полезно для определения происхождения межвидовой передачи.Высокая эффективность байесовских статистических методов сделала их полезными в эволюционных исследованиях. [28] Байесовская реконструкция предкового хозяина в рамках дискретных диффузионных моделей может использоваться для вывода о происхождении и влиянии патогенов, связанных с CST. Одно исследование аденовирусов человека с использованием байесовского метода подтвердило горилл и шимпанзе , что способствовало усилиям по профилактике. происхождение этих вирусных видов от [16] Несмотря на предположительно редкий прямой контакт между симпатрическими популяциями двух видов, между ними могут происходить события CST. Исследование также установило, что произошли два независимых события передачи HAdV-B людям и что HAdV-B, циркулирующие в организме человека, имеют зоонозное происхождение и, вероятно, влияли на глобальное здоровье на протяжении большей части жизни нашего вида. [16]
Модели филогенетической диффузии часто используются для филогеографического анализа, при этом вывод о прыжках с хозяевами становится все более интересным. [4] Подход байесовского вывода позволяет усреднять модель по нескольким потенциальным предикторам диффузии и оценивать поддержку и вклад каждого предиктора, при этом маргинализируя филогенетическую историю. [4] Для изучения вирусного CST гибкость байесовской статистической структуры позволяет реконструировать передачу вируса между различными видами хозяев, одновременно проверяя и количественно оценивая вклад многочисленных экологических и эволюционных влияний как распространения CST, так и смены хозяина. [4] Одно исследование бешенства у летучих мышей показало, что перекрытие географических ареалов является умеренным предиктором CST, но не смены хозяев. [4] Это показывает, как байесовские выводы в моделях могут использоваться для анализа CST. [ нужна ссылка ]
См. также
[ редактировать ]- Математическое моделирование инфекционных заболеваний
- Обратный зооноз
- Распространенная инфекция
- Вектор
- Зооноз
- Кошачий зооноз
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Чайлдс Дж., Маккензи Дж., Рихт Дж. Э. (2007), Дикая природа и новые зоонозные заболевания: биология, обстоятельства и последствия межвидовой передачи , Актуальные темы микробиологии и иммунологии, том. 315, Springer-Verlag Berlin Heidelberg: Springer Science+Business Media, стр. 129–134, doi : 10.1007/978-3-540-70962-6 , ISBN 978-3-540-70961-9
- ^ Перейти обратно: а б Пэрриш CR, Холмс EC, Моренс DM, Парк EC и др. (2008), «Межвидовая передача вируса и возникновение новых эпидемических заболеваний», Microbiol. Мол. Биол. Ред. , 72 (3): 457–470, номер документа : 10.1128/MMBR.00004-08 , PMC 2546865 , PMID 18772285.
- ^ Перейти обратно: а б с д и ж г час я Фариа Н.Р., Сушард М.А., Рамбо А., Штрайкер Д.Г. и др. (2013), «Одновременная реконструкция истории межвидовой передачи вируса и выявление основных ограничений», Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci , 368 (1614): 20120196, doi : 10.1098/rstb.2012.0196 , PMC 3678322 , PMID 23382420
- ^ Перейти обратно: а б с д Хейвен Дж., Парк А.В. (2013), «Суперинфекция совмещает ассоциацию хозяина и паразита и межвидовую передачу», Theoretical Population Biology , 90 : 129–134, doi : 10.1016/j.tpb.2013.09.015 , PMC 7126234 , PMID 24161558
- ^ Ван Л.Ф., Андерсон Д.Э. (2019). «Вирусы у летучих мышей и потенциальное распространение на животных и людей» . Современное мнение в вирусологии . 34 : 79–89. дои : 10.1016/j.coviro.2018.12.007 . ПМК 7102861 . ПМИД 30665189 .
- ^ Фагре AC, Кадинг RC (2019). «Могут ли летучие мыши служить резервуаром для арбовирусов?» . Вирусы . 11 (3): 215. дои : 10.3390/v11030215 . ПМК 6466281 . ПМИД 30832426 .
- ^ фон Чефалвай С. (2023), «Хост-вектор и многохостовые системы» , Вычислительное моделирование инфекционных заболеваний , Elsevier, стр. 121–149, doi : 10.1016/b978-0-32-395389-4.00013-x , ISBN 978-0-323-95389-4 , получено 2 марта 2023 г.
- ^ Карлсон С.Дж., Олбери Г.Ф., Мероу С., Трисос CH, Зипфель С.М., Эскью Э.А., Оливал К.Дж., Росс Н., Бансал С. (28 апреля 2022 г.). «Изменение климата увеличивает риск межвидовой передачи вируса» . Природа . 607 (7919): 555–562. Бибкод : 2022Natur.607..555C . дои : 10.1038/s41586-022-04788-w . ISSN 1476-4687 . ПМИД 35483403 . S2CID 248430532 .
- ^ Бертера Э, Бекхуча С, Чуграни С, Разик Ф, Дюшемен ЖБ, Хути Л, Дехариб Л, Файоль С, Макреруграсс Б, Дали-Яхия Р, Беллал Р, Белхабри Л, Чайеб А, Тихомиров Э, Карниэль Э (2007). «Возрождение чумы в Алжире через 50 лет, 2003 г.» . Новые инфекционные заболевания . 13 (10): 1459–1462. дои : 10.3201/eid1310.070284 . ПМЦ 2851531 . ПМИД 18257987 .
- ^ Гессейн А., Руа Р., Бетсем Э., Терпин Дж. (2013), «HTLV-3/4 и пенистые ретровирусы обезьян у людей: открытие, эпидемиология, межвидовая передача и молекулярная вирусология», Virology , 435 (1): 187– 199, номер документа : 10.1016/j.virol.2012.09.035 , PMC 7111966 , PMID 23217627
- ^ Перейти обратно: а б Кросби Л. (2013), «Межвидовая инфекция морбилливирусов: существует ли риск для человека?», Future Virology , 7 (1): 1103–1113, doi : 10.2217/fvl.12.103 , ПроКвест 1179633590
- ^ Чонг Ю.Л., Лам Т.Т., Ким О., Лу Х. и др. (2013), «Успешное создание и глобальное распространение серотипа 1 птичьего парамиксовируса генотипа VI после межвидовой передачи», Infection, Genetics and Evolution , 17 : 260–268, doi : 10.1016/j.meegid.2013.04.025 , PMC 7106292 , ПМИД 23628639
- ^ Уоллес Р.М., Гилберт А., Слейт Д., Чипман Р. (2014), «Правильное место, неправильный вид: 20-летний обзор межвидовой передачи вируса бешенства среди наземных млекопитающих в Соединенных Штатах», PLOS ONE , 9 (10): e107539, Bibcode : 2014PLoSO...9j7539W , doi : 10.1371/journal.pone.0107539 , PMC 4189788 , PMID 25295750
- ^ Перейти обратно: а б с д Чен Э.С., Яги С., Келли К.Р., Мендоса С.П. и др. (2011), «Межвидовая передача нового аденовируса, связанного со вспышкой фульминантной пневмонии в колонии обезьян Нового Света», PLOS Pathogens , 7 (7): e1002155, doi : 10.1371/journal.ppat.1002155 , PMC 3136464 , ПМИД 21779173
- ^ Перейти обратно: а б с Хоппе Э., Поли М., Гиллеспи Т.Р., Акуа-Коффи С. и др. (2015), «Случаи множественной межвидовой передачи аденовирусов человека (HAdV) во время эволюции человека», Molecular Biology and Evolution , 32 (8): 2072–2084, doi : 10.1093/molbev/msv090 , PMC 4833075 , PMID 25862141
- ^ Перейти обратно: а б с д Леми П., Пибус О.Г., Ван Б., Саксена Н.К. и др. (2003), «Отслеживание происхождения и истории эпидемии ВИЧ-2», Proceedings of the National Academy of Sciences , 100 (11): 6588–6592, Бибкод : 2003PNAS..100.6588L , doi : 10.1073/pnas. 0936469100 , ПМК 164491 , ПМИД 12743376
- ^ Муинга-Ондеме А., Карон М., Нкоге Д., Телфер Л. П. и др. (2012), «Межвидовая передача обезьяньего пенистого вируса людям в сельских районах Габона, Центральная Африка», Journal of Virology , 86 (2): 1255–1260, doi : 10.1128/jvi.06016-11 , PMC 3255803 , PMID 22072747
- ^ Перейти обратно: а б Энгель Г., Хангерфорд Л.Л., Джонс-Энгель Л., Трэвис Д. и др. (2006), «Оценка риска: модель для прогнозирования межвидовой передачи обезьяньего пенистого вируса от макак ( M. fascicleis ) людям в храме обезьян на Бали, Индонезия», American Journal of Primatology , 68 (9): 934 –948, doi : 10.1002/ajp.20299 , PMID 16900504 , S2CID 11821014
- ^ Перейти обратно: а б с Пэрриш Ч.Р., Холмс Э.К., Моренс Д.М., Парк Э.К. и др. (2008), «Межвидовая передача вируса и возникновение новых эпидемических заболеваний», Обзоры микробиологии и молекулярной биологии , 72 (3): 457–470, doi : 10.1128/MMBR.00004-08 , PMC 2546865 , PMID 18772285
- ^ Даше Л., Сервантес-Гонсалес М., Гигон Г., Тиберг Ж.М. и др. (2014), «Предварительное исследование вирусной метагеномики французских видов летучих мышей, контактирующих с людьми: идентификация новых вирусов млекопитающих», PLOS ONE , 9 (1): 845–53, Bibcode : 2014PLoSO...987194D , doi : 10.1371 /journal.pone.0087194 , PMC 3906132 , PMID 24489870
- ^ Кирмайер А., Ву Ф., Ньюман Р.М., Холл Л.Р. и др. (2013), «TRIM5 подавляет межвидовую передачу вируса иммунодефицита приматов и отбирает появление устойчивых вариантов у новых видов», PLOS Biology , 8 (8): e1000462, doi : 10.1371/journal.pbio.1000462 , PMC 2927514 , ПМИД 20808775
- ^ Перейти обратно: а б Эллисон А.Б., Харбисон С.Э., Пэган И., Стакер К.М. и др. (2012), «Роль нескольких хозяев в межвидовой передаче и возникновении пандемического парвовируса», Journal of Virology , 86 (2): 865–872, doi : 10.1128/jvi.06187-11 , PMC 3255849 , PMID 22072763
- ^ Эллисон А.Б., Колер Д.Д., Фокс К.А., Браун Дж.Д. (2015), «Сетевой анализ сообществ вирусов-хозяев у летучих мышей и грызунов выявляет детерминанты межвидовой передачи», Ecology Letters , 18 (11): 1153–1162, Bibcode : 2015EcolL..18.1153L , doi : 10.1111/ele.12491 , PMC 5014217 , PMID 26299267
- ^ Перейти обратно: а б с Каннингем К.В., Омланд К.Э., Окли Т.Х. (1998), «Реконструкция состояний характера предков: критическая переоценка», Trends in Ecology & Evolution , 13 (9): 361–366, doi : 10.1016/s0169-5347(98)01382- 2 , ПМИД 21238344 , С2КИД 6779286
- ^ Луис А.Д., О'Ши Т.Дж., Хейман Д., Вуд Дж. (2015), «Сетевой анализ сообществ вирусов-хозяев у летучих мышей и грызунов выявляет детерминанты межвидовой передачи» (PDF) , Ecology Letters , 18 (11): 1153 –1162, Bibcode : 2015EcolL..18.1153L , doi : 10.1111/ele.12491 , PMC 5014217 , PMID 26299267
- ^ Перейти обратно: а б Леми П., Рамбо А., Драммунд А.Дж., Сушард М.А. и др. (2009), «Байесовская филогеография находит свои корни», PLOS Comput Biol , 5 (9): e1000520, Bibcode : 2009PLSCB...5E0520L , doi : 10.1371/journal.pcbi.1000520 , PMC 2740835 , PMID 19779555
- ^ Ронквист Ф. (2004), «Байесовский вывод об эволюции характера» (PDF) , Trends in Ecology & Evolution , 19 (9): 475–481, doi : 10.1016/j.tree.2004.07.002 , PMID 16701310
Внешние ссылки
[ редактировать ]- Тео Кипрайос. «Нежное руководство по байесовской статистике» (PDF) . Проверено 10 июля 2020 г.
- Книга и примеры байесовского моделирования доступны для скачивания.
- Байесовская статистика в Викиверситете
- Смит ТК (27 апреля 2022 г.). «Что происходит, когда мы заражаем животных своими болезнями?» . Журнал Кванта .