Тирозинаминотрансфераза

ТАТ
Доступные структуры
ПДБ	Поиск ортологов: PDBe RCSB
showСписок идентификационных кодов PDB
	3DYD
Идентификаторы
Псевдонимы	ТАТ , Тат, тирозинаминотрансфераза
Внешние идентификаторы	Опустить : 613018 ; МГИ : 98487 ; Гомологен : 37293 ; Генные карты : ТАТ ; ОМА : ТАТ – ортологи
Номер ЕС	2.6.1.5
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 16 (human)
End	71,577,092 bp
showМестоположение гена ( Мышь )
Chr.	Chromosome 8 (mouse)
End	110,726,435 bp
show экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	right lobe of liver; ; buccal mucosa cell; ; testicle; ; tendon of biceps brachii; ; lactiferous duct; ; secondary oocyte; ; mucosa of transverse colon; ; pancreatic ductal cell; ; islet of Langerhans; ; skin of thigh;
	Top expressed in
	left lobe of liver; ; gallbladder; ; blastocyst; ; morula; ; embryo; ; islet of Langerhans; ; left colon; ; sexually immature organism; ; thoracic diaphragm; ; ileum;
	More reference expression data
	n/a
showГенная онтология
Molecular function	transferase activity; amino acid binding; transaminase activity; catalytic activity; L-tyrosine:2-oxoglutarate aminotransferase activity; pyridoxal phosphate binding; protein binding;
Cellular component	cytosol; mitochondrion; cellular component;
Biological process	response to organic cyclic compound; cellular amino acid metabolic process; response to glucocorticoid; L-phenylalanine catabolic process; biosynthesis; 2-oxoglutarate metabolic process; response to oxidative stress; aromatic amino acid family metabolic process; tyrosine catabolic process; glutamate metabolic process; response to mercury ion; aromatic amino acid family catabolic process;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	6898
	234724
	ENSG00000198650
	ENSMUSG00000001670
	P17735
	Q8QZR1
	НМ_000353
	НМ_146214
	НП_000344
	НП_666326
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

показывать Поиск
PMC	articles
PubMed	articles
NCBI	proteins

Тирозинтрансаминаза
Тирозинтрансаминаза
	Тирозинаминотрансфераза человека (радужного цвета, N-конец = синий, С-конец = красный) в комплексе с пиридоксальфосфатом ( модель заполнения пространства ).
Идентификаторы
Номер ЕС.	2.6.1.5
Номер CAS.	9014-55-5
Базы данных
ИнтЭнк	вид IntEnz
БРЕНДА	БРЕНДА запись
Экспаси	Просмотр NiceZyme
КЕГГ	КЕГГ запись
МетаЦик	метаболический путь
ПРЯМОЙ	профиль
PDB Структуры	RCSB PDB PDBe PDBsum
Генная онтология	АмиГО / QuickGO
PMC
показывать Поиск
PMC	articles
PubMed	articles
NCBI	proteins

Тирозинаминотрансфераза (или тирозинтрансаминаза ) представляет собой фермент, присутствующий в печени и катализирующий превращение тирозина в 4-гидроксифенилпируват . ^[6]

L-тирозин + 2-оксоглутарат

\rightleftharpoons

4-гидроксифенилпируват + L-глутамат

У человека белок тирозинаминотрансфераза кодируется ТАТ геном . ^[7] Дефицит фермента у людей может привести к так называемой тирозинемии типа II , при которой тирозин присутствует в избытке в результате того, что тирозин не подвергается реакции аминотрансферазы с образованием 4-гидроксифенилпирувата. ^[8]

Механизм

Ниже показаны структуры трех основных молекул, участвующих в химической реакции, катализируемой ферментом тирозинаминотрансферазой: аминокислота тирозин (слева), простетическая группа пиридоксальфосфат (справа) и образующийся продукт 4-гидроксифенилпируват (в центре).

тирозинаминотрансферазы Ленточная диаграмма димера . Простетическая группа PLP видна в обоих мономерах . ^[9]

Каждая сторона димерного белка включает пиридоксальфосфат (PLP), связанный с остатком Lys280 молекулы тирозинаминотрансферазы. Аминная группа тирозина атакует альфа-углерод имина, связанного с Lys280, образуя тетраэдрический комплекс и затем запуская LYS-ENZ. Этот процесс известен как трансиминация, поскольку происходит выключение иминной группы, связанной с PLP. Вновь образованная молекула PLP-TYR затем подвергается атаке основания.

Шариковая диаграмма ТАТ-аминокислоты Lys280, связанной с PLP. ^[1]

Возможным кандидатом на роль основания в этом механизме может быть Lys280, который только что отодвинулся от PLP, который изолирует вновь образованную аминогруппу молекулы PLP-TYR. В аналогичном механизме аспартаттрансаминазы лизин, который образует первоначальный имин для PLP, позже действует как основание, атакующее тирозин при трансиминации. Электроны, оставшиеся после потери протона, движутся вниз, образуя новую двойную связь с имином, который, в свою очередь, выталкивает уже связанные с двойной связью электроны через PLP и в конечном итоге оказывается неподеленной парой на положительно заряженном азоте в шестичленном соединении. кольцо молекулы. Вода атакует альфа-углерод имина PLP-TYR и посредством ацильного замещения отщепляет азот PLP и образует фосфат пиридоксамина (PMP) и 4-гидроксифенилпируват.

Затем PMP регенерируется в PLP путем переноса его аминной группы на альфа-кетоглутарат, преобразуя его альдегидную функциональную группу. За этим следует еще одна реакция замещения с остатком Lys280 для восстановления его иминной связи с ферментом, образуя ENZ-PLP.

Активный сайт

Модель заполнения пространства, изображающая боковые цепи неполярных аминокислот Phe169 и Ile249. Обратите внимание на сэндвич-эффект двух групп, удерживающий PLP в правильной ориентации.

Тирозинаминотрансфераза в виде димера имеет два одинаковых активных центра. Lys280 присоединен к PLP, который удерживается на месте посредством двух неполярных боковых цепей аминокислот; фенилаланин и изолейцин (см. миниатюру справа). PLP также удерживается за счет водородных связей с окружающими молекулами, главным образом, за счет фосфатной группы.

Ниже показан один активный сайт при трех разных увеличениях:

Патология

Тирозинемия — наиболее распространенное метаболическое заболевание, связанное с тирозинаминотрансферазой. Заболевание возникает в результате дефицита печеночной тирозинаминотрансферазы. ^[10] Тирозинемия II типа (синдром Рихнера-Ханхарта, RHS) — заболевание аутосомно-рецессивного наследования, характеризующееся кератитом, ладонно-подошвенным гиперкератозом, умственной отсталостью и повышенным уровнем тирозина в крови. ^[10] Кератит у пациентов с тирозинемией II типа вызван отложением кристаллов тирозина в роговице и приводит к воспалению роговицы. ^[11] Ген ТАТ расположен на хромосоме человека 16q22-24 и имеет длину более 10,9 тыс. оснований (т.п.н.) и содержит 12 экзонов, а его мРНК размером 3,0 т.п.н. кодирует белок из 454 аминокислот массой 50,4 кДа. ^[12] Сообщалось о двенадцати различных мутациях гена ТАТ. ^[12]

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б PDB : 3DYD ; Карлберг Т., Моче М., Андерссон Дж. и др. (2008). «Человеческая тирозинаминотрансфераза». Банк данных по белкам . дои : 10.2210/pdb3dyd/pdb .
^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000198650 – Ensembl , май 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000001670 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Дитрих Дж. Б. (апрель 1992 г.). «Тирозинаминотрансфераза: трансаминаза среди других?». Клеточная и молекулярная биология . 38 (2): 95–114. ПМИД 1349265 .
^ Зеа-Рей А.В., Крус-Камино Х., Васкес-Канту Д.Л., Гутьеррес-Гарсия В.М., Сантос-Гусман Х., Канту-Рейна К. (27 ноября 2017 г.). «Заболеваемость транзиторной неонатальной тирозинемией среди населения Мексики» . Журнал врожденных ошибок метаболизма и скрининга . 5 : 232640981774423. doi : 10.1177/2326409817744230 .
^ Реттенмайер Р., Натт Э., Зентграф Х., Шерер Г. (июль 1990 г.). «Выделение и характеристика гена тирозинаминотрансферазы человека» . Нуклеиновые кислоты Рез . 18 (13): 3853–61. дои : 10.1093/нар/18.13.3853 . ПМК 331086 . ПМИД 1973834 .
^ Петтерсен, Э.Ф., Годдард, Т.Д., Хуанг, К.С., Коуч, Г.С., Гринблатт, Д.М., Мэн, Э.К., Феррин, Т.Э. (2004). «UCSF Chimera - система визуализации для поисковых исследований и анализа». Журнал вычислительной химии . 25 (13): 1605–1612. CiteSeerX 10.1.1.456.9442 . дои : 10.1002/jcc.20084 . ПМИД 15264254 . S2CID 8747218 .
^ Jump up to: ^а ^б Натт Э., Кида К., Одиевр М., Ди Рокко М., Шерер Г. (октябрь 1992 г.). «Точечные мутации в гене тирозинаминотрансферазы при тирозинемии II типа» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 89 (19): 9297–301. Бибкод : 1992PNAS...89.9297N . дои : 10.1073/pnas.89.19.9297 . ПМК 50113 . ПМИД 1357662 .
^ аль-Хемидан А.И., аль-Хаззаа С.А. (март 1995 г.). «Синдром Рихнера-Ханхарта (тирозинемия II типа). Отчет о случае и обзор литературы». Офтальмологический Генет . 16 (1): 21–6. дои : 10.3109/13816819509057850 . ПМИД 7648039 .
^ Jump up to: ^а ^б Минами-Хори М., Исида-Ямамото А., Като Н., Такахаси Х., Иидзука Х. (январь 2006 г.). «Синдром Рихнера-Ханхарта: сообщение о случае новой мутации тирозинаминотрансферазы». Дж. Дерматол. Наука . 41 (1): 82–4. дои : 10.1016/j.jdermsci.2005.10.007 . ПМИД 16318910 .

Изображения молекулярной графики были созданы с использованием пакета UCSF Chimera из Ресурса биокомпьютеров, визуализации и информатики Калифорнийского университета в Сан-Франциско (при поддержке NIH P41 RR-01081).

Внешние ссылки

Тирозин + аминотрансфераза Национальной медицинской библиотеки США по медицинским предметным рубрикам (MeSH)
PDBe-KB предоставляет обзор всей информации о структуре, доступной в PDB для тирозинаминотрансферазы человека.

[Karlberg-1] Jump up to: ^а ^б PDB : 3DYD ; Карлберг Т., Моче М., Андерссон Дж. и др. (2008). «Человеческая тирозинаминотрансфераза». Банк данных по белкам . дои : 10.2210/pdb3dyd/pdb .

[refGRCh38Ensembl-2] Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000198650 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-3] Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000001670 – Ensembl , май 2017 г.

[4] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[5] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid1349265-6] Дитрих Дж. Б. (апрель 1992 г.). «Тирозинаминотрансфераза: трансаминаза среди других?». Клеточная и молекулярная биология . 38 (2): 95–114. ПМИД 1349265 .

[7] Зеа-Рей А.В., Крус-Камино Х., Васкес-Канту Д.Л., Гутьеррес-Гарсия В.М., Сантос-Гусман Х., Канту-Рейна К. (27 ноября 2017 г.). «Заболеваемость транзиторной неонатальной тирозинемией среди населения Мексики» . Журнал врожденных ошибок метаболизма и скрининга . 5 : 232640981774423. doi : 10.1177/2326409817744230 .

[pmid1973834-8] Реттенмайер Р., Натт Э., Зентграф Х., Шерер Г. (июль 1990 г.). «Выделение и характеристика гена тирозинаминотрансферазы человека» . Нуклеиновые кислоты Рез . 18 (13): 3853–61. дои : 10.1093/нар/18.13.3853 . ПМК 331086 . ПМИД 1973834 .

[Peterson-9] Петтерсен, Э.Ф., Годдард, Т.Д., Хуанг, К.С., Коуч, Г.С., Гринблатт, Д.М., Мэн, Э.К., Феррин, Т.Э. (2004). «UCSF Chimera - система визуализации для поисковых исследований и анализа». Журнал вычислительной химии . 25 (13): 1605–1612. CiteSeerX 10.1.1.456.9442 . дои : 10.1002/jcc.20084 . ПМИД 15264254 . S2CID 8747218 .

[pmid1357662-10] Jump up to: ^а ^б Натт Э., Кида К., Одиевр М., Ди Рокко М., Шерер Г. (октябрь 1992 г.). «Точечные мутации в гене тирозинаминотрансферазы при тирозинемии II типа» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 89 (19): 9297–301. Бибкод : 1992PNAS...89.9297N . дои : 10.1073/pnas.89.19.9297 . ПМК 50113 . ПМИД 1357662 .

[pmid7648039-11] аль-Хемидан А.И., аль-Хаззаа С.А. (март 1995 г.). «Синдром Рихнера-Ханхарта (тирозинемия II типа). Отчет о случае и обзор литературы». Офтальмологический Генет . 16 (1): 21–6. дои : 10.3109/13816819509057850 . ПМИД 7648039 .

[pmid16318910-12] Jump up to: ^а ^б Минами-Хори М., Исида-Ямамото А., Като Н., Такахаси Х., Иидзука Х. (январь 2006 г.). «Синдром Рихнера-Ханхарта: сообщение о случае новой мутации тирозинаминотрансферазы». Дж. Дерматол. Наука . 41 (1): 82–4. дои : 10.1016/j.jdermsci.2005.10.007 . ПМИД 16318910 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

v т и Трансфераза : азотистые группы ( EC 2.6)
2.6.1 : Трансаминазы	Аспартаттрансаминаза ПОЛУЧИЛ1 GOT2 Аланиновая трансаминаза ГАМК-трансаминаза Тирозинаминотрансфераза Кинуренин-оксоглутараттрансаминаза Орнитинаминотрансфераза Аминотрансфераза аминокислот с разветвленной цепью Аланин-глиоксилаттрансаминаза АГСТ
2.6.3 : Оксиминотрансферазы	Оксиминотрансфераза
2.6.99 : Другое	Пиридоксин-5'-фосфатсинтаза

v т и Ферменты
Активность	Активный сайт Связывающий сайт Каталитическая триада Оксианионная дырка Ферментная распущенность Фермент, ограниченный диффузией Кофактор Ферментативный катализ
Регулирование	Аллостерическая регуляция Кооперативность Ингибитор ферментов Активатор ферментов
Классификация	Номер ЕС Суперсемейство ферментов Семейство ферментов Список ферментов
Кинетика	Кинетика ферментов Диаграмма Иди – Хофсти Заговор Хейнса – Вульфа График Лайнуивера – Берка Кинетика Михаэлиса – Ментен
Типы	EC1 Оксидоредуктазы ( список ) EC2 Трансферазы ( список ) EC3 Гидролазы ( список ) EC4- лиазы ( список ) EC5 Изомеразы ( список ) EC6- лигазы ( список ) EC7 Транслоказы ( список )