Тирозин -аминотрансфераза

Давать
Доступные структуры
PDB	Поиск ортолога: PDBE RCSB
showСписок кодов идентификаторов PDB
	3DYD
Идентификаторы
Псевдонимы	Тат , тат, тирозин -аминотрансфераза
Внешние идентификаторы	Омим : 613018 ; MGI : 98487 ; Гомологен : 37293 ; Genecards : Tat ; OMA : TAT - ортологи
ЕС номер	2.6.1.5
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 16 (human)
End	71,577,092 bp
showМестоположение гена ( мышь )
Chr.	Chromosome 8 (mouse)
End	110,726,435 bp
showРНК -паттерн экспрессии
	Top expressed in
	right lobe of liver; ; buccal mucosa cell; ; testicle; ; tendon of biceps brachii; ; lactiferous duct; ; secondary oocyte; ; mucosa of transverse colon; ; pancreatic ductal cell; ; islet of Langerhans; ; skin of thigh;
	Top expressed in
	left lobe of liver; ; gallbladder; ; blastocyst; ; morula; ; embryo; ; islet of Langerhans; ; left colon; ; sexually immature organism; ; thoracic diaphragm; ; ileum;
	More reference expression data
	n/a
showДжин Онтология
Molecular function	transferase activity; amino acid binding; transaminase activity; catalytic activity; L-tyrosine:2-oxoglutarate aminotransferase activity; pyridoxal phosphate binding; protein binding;
Cellular component	cytosol; mitochondrion; cellular component;
Biological process	response to organic cyclic compound; cellular amino acid metabolic process; response to glucocorticoid; L-phenylalanine catabolic process; biosynthesis; 2-oxoglutarate metabolic process; response to oxidative stress; aromatic amino acid family metabolic process; tyrosine catabolic process; glutamate metabolic process; response to mercury ion; aromatic amino acid family catabolic process;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	6898
	234724
	ENSG00000198650
	Ensmusg00000001670
	P17735
	Q8QZR1
	NM_000353
	NM_146214
	NP_000344
	NP_666326
	Викидид
Посмотреть/редактировать человека	Посмотреть/редактировать мышь

показывать Поиск
PMC	articles
PubMed	articles
NCBI	proteins

Тирозин -трансаминаза
Тирозин -трансаминаза
	Тирозин-аминотрансфераза человека (радужная цветная, N-конце = синий, C-конце = красный), в комплекте с помощью пиридоксального фосфата ( модель космического заполнения ).
Идентификаторы
ЕС №.	2.6.1.5
CAS №.	9014-55-5
Базы данных
Intenz	Intenz View
Бренда	Бренда вход
Расширение	Вид Nicezyme
Кегг	Кегг вход
Метатический	Метаболический путь
Напрямую	профиль
PDB Структуры	RCSB PDB PDBE PDBSUM
Джин Онтология	Друг / Quickgo
PMC
показывать Поиск
PMC	articles
PubMed	articles
NCBI	proteins

Тирозин-аминотрансфераза (или тирозин-трансаминаза ) представляет собой фермент, присутствующий в печени, и катализирует превращение тирозина в 4-гидроксифенилпируват . ^{[ 6 ]}

L-тирозин + 2-оксоглутарат

\rightleftharpoons

4-гидроксифенилпируват + L-глутамат

У людей белок тирозин -аминотрансферазы кодируется TAT геном . ^{[ 7 ]} Дефицит фермента у людей может привести к тому, что так называется тирозинемия типа II , в которой существует изобилие тирозина в результате того, что тирозин не подвергается реакции аминотрансферазы для образования 4-гидроксифенилпирувата. ^{[ 8 ]}

Механизм

Структуры трех основных молекул, участвующих в химической реакции, катализируемых ферментом тирозин-аминотрансферазы, приведены ниже: аминокислотный тирозин (слева), протезная группа пиридоксаль фосфат (справа) и полученный продукт 4-гидроксифенилпируват (центр).

тирозин -аминотрансферазы Ленточная диаграмма димера . Протезная группа PLP видна в обоих мономерах . ^{[ 9 ]}

Каждая сторона димерного белка включает пиридоксаль фосфат (PLP), связанный с остатками Lys280 молекулы тирозин -аминотрансферазы. Аминская группа тирозина атакует альфа-углерод имина, связанного с Lys280, образуя тетраэдрический комплекс, а затем начинает Lys-enz. Этот процесс известен как транзиминация в результате переключения группы имин, связанной с PLP. Недавно сформированная молекула PLP-Tyr затем атакована базой.

Диаграмма Ball & Stick аминокислотной Lys280, связанная с PLP. ^{[ 1 ]}

Возможным кандидатом на основание в механизме может быть Lys280, который был только что оттолкнут от PLP, который секвестирует недавно образованную аминогруппу молекулы PLP-типа. В аналогичном механизме аспартат -трансаминазы лизин, который образует начальный имин для PLP, впоследствии действует как основание, которое атакует тирозин при транмитировании. Электроны, оставленные позади потери протона движения вниз, чтобы сформировать новую двойную связь с имином, что, в свою очередь, проталкивает и без того двойные связи через PLP и в конечном итоге в качестве одинокой пары на положительно заряженном азоте в шести членах. Кольцо молекулы. Вода атакует альфа-углерод имина PLP-тира и посредством замены ацила начинается с азота PLP и образуя пиридоксамин фосфат (PMP) и 4-гидроксифенилпируват.

Затем PMP восстанавливается в PLP путем передачи своей группы амина в альфа-кетоглутарат, реформируя свою функциональную группу альдегида. За этим следует еще одна реакция замещения с остатком Lys280, чтобы реформировать его иминскую связь с ферментом, образуя Enz-PLP.

Активный сайт

Модель космического заполнения, изображающая неполяриные аминокислотные боковые цепи PHE169 и ILE249. Обратите внимание на сэндвич -эффект двух групп для удержания PLP в правильной ориентации

Тирозин -аминотрансфераза в качестве димера имеет два идентичных активных сайтов. Lys280 прикреплен к PLP, который удерживается на месте с помощью двух неполярных аминокислотных боковых цепей; Фенилаланин и изолейцин (см. Миниатюру справа). PLP также удерживается на месте водородными связями с окружающими молекулами в основном ее фосфатной группой.

Ниже показан один активный сайт при трех разных увеличениях:

Патология

Тирозинемия является наиболее распространенным метаболическим заболеванием, связанным с тирозин -аминотрансферазой. Заболевание является результатом дефицита печеночной тирозин -аминотрансферазы. ^{[ 10 ]} Тирозинемия типа II (синдром Ричнер-Ханхарт, RHS) представляет собой болезнь аутосомно-рецессивного наследования, характеризующегося кератитом, гиперкератозом пальмопланта, умственной отсталости и повышенных уровней тирозина в крови. ^{[ 10 ]} Кератит у пациентов с тирозинемией типа II вызвано осаждением кристаллов тирозина в роговице и приводит к воспалению роговицы. ^{[ 11 ]} Ген TAT расположен на человеческой хромосоме 16Q22-24 и простирается более 10,9 килобаз (KB), содержащих 12 экзонов, и его мРНК 3,0 КБ коды для белка 454-аминокислот 50,4 кДа. ^{[ 12 ]} Сообщалось о двенадцати разных мутациях гена TAT. ^{[ 12 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^{беременный} ВВП : 3Dyd ; Karlberg T, Moche M, Andersson J, et al. (2008). «Человеческий тирозин аминотрансфераза». Банк белка . doi : 10.2210/pdb3dyd/pdb .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCH38: Ensembl Release 89: ENSG00000198650 - Ensembl , май 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCM38: Ensembl Release 89: Ensmusg00000001670 - Ensembl , май 2017 г.
^ «Человеческая PubMed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
^ «Мышь Pubmed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
^ Дитрих Дж.Б. (апрель 1992). «Тирозин -аминотрансфераза: трансаминаза среди других?». Клеточная и молекулярная биология . 38 (2): 95–114. PMID 1349265 .
^ 2017 (27 ноября) Частота " Скрининг 5 : DOI : 2364098174423. 5
^ Rettenmeier R, Natt E, Zentgraf H, Scherer G (июль 1990 г.). «Выделение и характеристика гена тирозин -аминотрансферазы человека» . Нуклеиновые кислоты Res . 18 (13): 3853–61. doi : 10.1093/nar/18.13.3853 . PMC 331086 . PMID 1973834 .
^ Pettersen, EF, Goddard, TD, Huang, CC, Couch, GS, Greenblatt, DM, Meng, EC, Ferrin, TE (2004). «UCSF Химера - система визуализации для исследовательских исследований и анализа». Журнал вычислительной химии . 25 (13): 1605–1612. Citeseerx 10.1.1.456.9442 . doi : 10.1002/jcc.20084 . PMID 15264254 . S2CID 8747218 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} Natt E, Kida K, Odievre M, Di Rocco M, Scherer G (октябрь 1992). «Точечные мутации в гене тирозин -аминотрансферазы при тирозинемии типа II» . Прокурор Нат. Академический Наука США . 89 (19): 9297–301. Bibcode : 1992pnas ... 89.9297n . doi : 10.1073/pnas.89.19.9297 . PMC 50113 . PMID 1357662 .
^ Al-Hemidan AI, Al-Hazzaa SA (март 1995 г.). «Синдром Ричнер-Ханхарта (тирозинемия типа II). Отчет о случаях и обзор литературы». Офтальмологический Genet . 16 (1): 21–6. doi : 10.3109/13816819509057850 . PMID 7648039 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} Минами-Хори М., Ишида-Ямамото А., Като Н., Такахаши Х., Ийзука Х (январь 2006 г.). «Синдром Ричнера-Ханхарта: доклад о случае с новой мутацией тирозин-аминотрансферазы». J. Dermatol. Наука 41 (1): 82–4. doi : 10.1016/j.jdermsci.2005.10.007 . PMID 16318910 .

Молекулярные графические изображения были получены с использованием пакета химеры UCSF из ресурса для биокомпьютирования, визуализации и информатики в Калифорнийском университете, Сан-Франциско (поддерживается NIH P41 RR-01081).

Внешние ссылки

Тирозин+аминотрансфераза библиотеки США в Национальной библиотеке Медицинской (Mesh)
PDBE-KB предоставляет обзор всей информации о структуре, доступной в PDB для человеческого тирозин-аминотрансферазы

[Karlberg-1] Jump up to: ^а ^{беременный} ВВП : 3Dyd ; Karlberg T, Moche M, Andersson J, et al. (2008). «Человеческий тирозин аминотрансфераза». Банк белка . doi : 10.2210/pdb3dyd/pdb .

[refGRCh38Ensembl-2] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCH38: Ensembl Release 89: ENSG00000198650 - Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-3] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCM38: Ensembl Release 89: Ensmusg00000001670 - Ensembl , май 2017 г.

[4] «Человеческая PubMed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .

[5] «Мышь Pubmed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .

[pmid1349265-6] Дитрих Дж.Б. (апрель 1992). «Тирозин -аминотрансфераза: трансаминаза среди других?». Клеточная и молекулярная биология . 38 (2): 95–114. PMID 1349265 .

[7] 2017 (27 ноября) Частота " Скрининг 5 : DOI : 2364098174423. 5

[pmid1973834-8] Rettenmeier R, Natt E, Zentgraf H, Scherer G (июль 1990 г.). «Выделение и характеристика гена тирозин -аминотрансферазы человека» . Нуклеиновые кислоты Res . 18 (13): 3853–61. doi : 10.1093/nar/18.13.3853 . PMC 331086 . PMID 1973834 .

[Peterson-9] Pettersen, EF, Goddard, TD, Huang, CC, Couch, GS, Greenblatt, DM, Meng, EC, Ferrin, TE (2004). «UCSF Химера - система визуализации для исследовательских исследований и анализа». Журнал вычислительной химии . 25 (13): 1605–1612. Citeseerx 10.1.1.456.9442 . doi : 10.1002/jcc.20084 . PMID 15264254 . S2CID 8747218 .

[pmid1357662-10] Jump up to: ^а ^{беременный} Natt E, Kida K, Odievre M, Di Rocco M, Scherer G (октябрь 1992). «Точечные мутации в гене тирозин -аминотрансферазы при тирозинемии типа II» . Прокурор Нат. Академический Наука США . 89 (19): 9297–301. Bibcode : 1992pnas ... 89.9297n . doi : 10.1073/pnas.89.19.9297 . PMC 50113 . PMID 1357662 .

[pmid7648039-11] Al-Hemidan AI, Al-Hazzaa SA (март 1995 г.). «Синдром Ричнер-Ханхарта (тирозинемия типа II). Отчет о случаях и обзор литературы». Офтальмологический Genet . 16 (1): 21–6. doi : 10.3109/13816819509057850 . PMID 7648039 .

[pmid16318910-12] Jump up to: ^а ^{беременный} Минами-Хори М., Ишида-Ямамото А., Като Н., Такахаши Х., Ийзука Х (январь 2006 г.). «Синдром Ричнера-Ханхарта: доклад о случае с новой мутацией тирозин-аминотрансферазы». J. Dermatol. Наука 41 (1): 82–4. doi : 10.1016/j.jdermsci.2005.10.007 . PMID 16318910 .

[ 1 ]

[2]

[3]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

v Т и Трансфераза : азотистые группы ( EC 2.6)
2.6.1: Transaminases	Aspartate transaminase GOT1 GOT2 Alanine transaminase GABA transaminase Tyrosine aminotransferase Kynurenine—oxoglutarate transaminase Ornithine aminotransferase Branched-chain amino acid aminotransferase Alanine—glyoxylate transaminase AGXT
2.6.3: Oximinotransferases	Oximinotransferase
2.6.99: Other	Pyridoxine 5'-phosphate synthase

v Т и Ферменты
Activity	Active site Binding site Catalytic triad Oxyanion hole Enzyme promiscuity Diffusion-limited enzyme Cofactor Enzyme catalysis
Regulation	Allosteric regulation Cooperativity Enzyme inhibitor Enzyme activator
Classification	EC number Enzyme superfamily Enzyme family List of enzymes
Kinetics	Enzyme kinetics Eadie–Hofstee diagram Hanes–Woolf plot Lineweaver–Burk plot Michaelis–Menten kinetics
Types	EC1 Oxidoreductases (list) EC2 Transferases (list) EC3 Hydrolases (list) EC4 Lyases (list) EC5 Isomerases (list) EC6 Ligases (list) EC7 Translocases (list)