Длина нуклеосомного повтора

( Длина повтора нуклеосомы NRL ) представляет собой среднее расстояние между центрами соседних нуклеосом . НРЛ — важное физическое свойство хроматина , определяющее его биологическую функцию. NRL может определяться по всему геному для хроматина в данном типе и состоянии клеток или локально для достаточно большой области генома, содержащей несколько нуклеосом . ^{[ 1 ]}

В хроматине соседние нуклеосомы разделены линкерной ДНК , а во многих случаях также линкерным гистоном H1. ^{[ 2 ]} а также негистоновые белки. Поскольку размер нуклеосомы обычно фиксирован (146–147 пар оснований), NRL в основном определяется размером линкерной области между нуклеосомами. Альтернативно, частичное разворачивание ДНК из октамера гистонов или частичная разборка октамера гистонов может уменьшить эффективный размер нуклеосомы и, таким образом, повлиять на NRL.

Предыдущие исследования, начиная с 1970-х годов, показали, что в целом НРЛ различна для разных видов и даже для разных типов клеток одного и того же организма. Кроме того, в недавних публикациях сообщалось о вариациях NRL для разных областей генома одного и того же типа клеток. ^{[ 3 ]} ^{[ 4 ]} В недавних работах сравнивались NRL вокруг сайтов начала транскрипции дрожжей (TSS) in vivo и для восстановленного хроматина на тех же последовательностях ДНК in vitro. Показано, что упорядоченное позиционирование нуклеосом возникает только при наличии АТФ -зависимой ремоделирования хроматина . ^{[ 5 ]} Кроме того, сообщалось, что NRL, определенный вокруг TSS дрожжей, является инвариантной величиной, универсальной для данного штамма дрожжей дикого типа, хотя он может меняться при одного из ремоделеров хроматина . отсутствии ^{[ 6 ]} В целом НРЛ зависит от последовательности ДНК, концентрации гистонов и негистоновых белков , а также от дальнодействующих взаимодействий между нуклеосомами. ^{[ 1 ]} NRL определяет геометрические свойства массива нуклеосом и, следовательно, упаковку ДНК более высокого порядка в волокне хроматина . ^{[ 7 ]} которые могут повлиять на экспрессию генов .

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б Бешнова Д.А., Черствий А.Г., Вайнштейн Ю., Тейф В.Б. (июль 2014 г.). «Регуляция длины повтора нуклеосомы in vivo с помощью последовательности ДНК, концентрации белка и дальнодействующих взаимодействий» . ПЛОС Компьютер. Биол . 10 (2): e1003698. Бибкод : 2014PLSCB..10E3698B . дои : 10.1371/journal.pcbi.1003698 . ПМК 4081033 . ПМИД 24992723 .
^ Тома Ф., Коллер Т., Клуг А. (ноябрь 1979 г.). «Участие гистона H1 в организации нуклеосомы и солевых суперструктур хроматина» . Дж. Клеточная Биол . 83 (2 Части 1): 403–27. дои : 10.1083/jcb.83.2.403 . ПМК 2111545 . ПМИД 387806 .
^ Валуев А., Джонсон С.М., Бойд С.Д., Смит К.Л., Файр А., Сидоу А. (2011). «Детерминанты нуклеосомной организации в первичных клетках человека» . Природа . 474 (7352): 516–520. дои : 10.1038/nature10002 . ПМК 3212987 . ПМИД 21602827 .
^ Тейф В.Б.; Вайнштейн Ю.; Кодрон-Хергер М; Мальм Дж. П.; Март С; Хефер Т; Риппе К. (21 октября 2012 г.). «Полногеномное расположение нуклеосом во время развития эмбриональных стволовых клеток». Nat Struct Мол Биол . 19 (11): 1185–92. дои : 10.1038/nsmb.2419 . ПМИД 23085715 . S2CID 34509771 .
^ Чжан З., Виппо С.Дж., Уол М., Уорд Э., Корбер П., Пью Б.Ф. (2011). «Механизм упаковки нуклеосомной организации, воссозданный в геноме эукариот» . Наука . 332 (6032): 977–80. Бибкод : 2011Sci...332..977Z . дои : 10.1126/science.1200508 . ПМЦ 4852979 . ПМИД 21596991 .
^ Хенниг Б.П., Бендрин К., Чжоу Ю., Фишер Т. (2012). «Ремоделеры хроматина Chd1 поддерживают организацию нуклеосом и подавляют скрытую транскрипцию» . Представитель ЭМБО . 13 (11): 997–1003. дои : 10.1038/embor.2012.146 . ПМЦ 3492713 . ПМИД 23032292 .
^ Рут А., Сандин С., Роудс Д. (2008). «Длина нуклеосомного повтора и стехиометрия линкерных гистонов определяют структуру волокон хроматина» . Proc Natl Acad Sci США . 105 (26): 8872–7. Бибкод : 2008PNAS..105.8872R . дои : 10.1073/pnas.0802336105 . ПМЦ 2440727 . ПМИД 18583476 .

[Beshnova-1] Jump up to: ^а ^б Бешнова Д.А., Черствий А.Г., Вайнштейн Ю., Тейф В.Б. (июль 2014 г.). «Регуляция длины повтора нуклеосомы in vivo с помощью последовательности ДНК, концентрации белка и дальнодействующих взаимодействий» . ПЛОС Компьютер. Биол . 10 (2): e1003698. Бибкод : 2014PLSCB..10E3698B . дои : 10.1371/journal.pcbi.1003698 . ПМК 4081033 . ПМИД 24992723 .

[Koller_and_Klug-2] Тома Ф., Коллер Т., Клуг А. (ноябрь 1979 г.). «Участие гистона H1 в организации нуклеосомы и солевых суперструктур хроматина» . Дж. Клеточная Биол . 83 (2 Части 1): 403–27. дои : 10.1083/jcb.83.2.403 . ПМК 2111545 . ПМИД 387806 .

[Valouev-3] Валуев А., Джонсон С.М., Бойд С.Д., Смит К.Л., Файр А., Сидоу А. (2011). «Детерминанты нуклеосомной организации в первичных клетках человека» . Природа . 474 (7352): 516–520. дои : 10.1038/nature10002 . ПМК 3212987 . ПМИД 21602827 .

[Teif-4] Тейф В.Б.; Вайнштейн Ю.; Кодрон-Хергер М; Мальм Дж. П.; Март С; Хефер Т; Риппе К. (21 октября 2012 г.). «Полногеномное расположение нуклеосом во время развития эмбриональных стволовых клеток». Nat Struct Мол Биол . 19 (11): 1185–92. дои : 10.1038/nsmb.2419 . ПМИД 23085715 . S2CID 34509771 .

[Zhang-5] Чжан З., Виппо С.Дж., Уол М., Уорд Э., Корбер П., Пью Б.Ф. (2011). «Механизм упаковки нуклеосомной организации, воссозданный в геноме эукариот» . Наука . 332 (6032): 977–80. Бибкод : 2011Sci...332..977Z . дои : 10.1126/science.1200508 . ПМЦ 4852979 . ПМИД 21596991 .

[Hennig-6] Хенниг Б.П., Бендрин К., Чжоу Ю., Фишер Т. (2012). «Ремоделеры хроматина Chd1 поддерживают организацию нуклеосом и подавляют скрытую транскрипцию» . Представитель ЭМБО . 13 (11): 997–1003. дои : 10.1038/embor.2012.146 . ПМЦ 3492713 . ПМИД 23032292 .

[Ruth-7] Рут А., Сандин С., Роудс Д. (2008). «Длина нуклеосомного повтора и стехиометрия линкерных гистонов определяют структуру волокон хроматина» . Proc Natl Acad Sci США . 105 (26): 8872–7. Бибкод : 2008PNAS..105.8872R . дои : 10.1073/pnas.0802336105 . ПМЦ 2440727 . ПМИД 18583476 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]