✖


Jump to content

Складной@дома

Послушайте эту статью
(Перенаправлено с Folding@Home )

Складной@дома
Оригинальный автор(ы) Виджай Панде
Разработчик(и) Лаборатория Панде, Sony , Nvidia , ATI Technologies , Джозеф Коффленд, Cauldron Development [1]
Первоначальный выпуск 1 октября 2000 г .; 23 года назад ( 01.10.2000 )
Стабильная версия
7.6.21 / 23 октября 2020 г .; 3 года назад ( 23.10.2020 ) [2]
Предварительный выпуск
8.1.18 / 18 апреля 2023 г .; 15 месяцев назад ( 18 апреля 2023 ) [2]
Операционная система Microsoft Windows , macOS , Linux , PlayStation 3 (снято с версии прошивки 4.30)
Платформа ИА-32 , x86-64 , ARM64 , CUDA [3]
Доступно в английский, французский, испанский, шведский
Тип Распределенные вычисления
Лицензия Собственное программное обеспечение [4]
Веб-сайт складнойдомашний .org

Folding@home ( FAH или F@h ) — это проект распределенных вычислений, призванный помочь ученым разработать новые методы лечения различных заболеваний посредством моделирования динамики белков . Это включает в себя процесс сворачивания и движения белков и основано на моделировании, выполняемом на персональных компьютерах добровольцев . [5] Folding@home в настоящее время базируется в Пенсильванском университете и возглавляется Грегом Боумэном , бывшим студентом Виджая Панде . [6]

В проекте используются графические процессоры (GPU), центральные процессоры (CPU) и процессоры ARM , подобные процессорам Raspberry Pi, для распределенных вычислений и научных исследований. В проекте используется статистического моделирования методология , которая представляет собой сдвиг парадигмы традиционных методов вычислений. [7] В рамках клиент-серверной модели сетевой архитектуры каждая из добровольно предоставленных машин получает части моделирования (рабочие единицы), завершает их и возвращает на серверы базы данных проекта , где эти единицы компилируются в общую симуляцию. Добровольцы могут отслеживать свой вклад на веб-сайте Folding@home, что делает участие волонтеров конкурентоспособным и поощряет долгосрочное участие.

Folding@home — одна из самых быстрых вычислительных систем в мире. В связи с повышенным интересом к проекту в результате пандемии COVID-19 , [8] к концу марта 2020 года система достигла скорости примерно 1,22 эксафлопс , а к 12 апреля 2020 года — 2,43 эксафлопс. [9] что делает его первой в мире эксафлопной вычислительной системой . Такой уровень производительности крупномасштабной вычислительной сети позволил исследователям проводить дорогостоящее моделирование сворачивания белка на атомном уровне в тысячи раз дольше, чем достигалось раньше. С момента своего запуска 1 октября 2000 года Folding@home участвовал в написании 226 научно-исследовательских работ . [10] Результаты моделирования проекта хорошо согласуются с экспериментами. [11] [12] [13]

Фон

[ редактировать ]
Дополнительная информация: Сворачивание белка.
Белок до и после сворачивания. Он начинается в нестабильном состоянии случайной катушки и заканчивается в конформации исходного состояния.

Белки являются важным компонентом многих биологических функций и участвуют практически во всех процессах внутри биологических клеток . Они часто действуют как ферменты , выполняя биохимические реакции, включая передачу сигналов клетками , молекулярный транспорт и клеточную регуляцию . В качестве структурных элементов некоторые белки действуют как своего рода скелет клеток и как антитела , тогда как другие белки участвуют в работе иммунной системы . Прежде чем белок сможет взять на себя эту роль, он должен свернуться в функциональную трехмерную структуру — процесс, который часто происходит спонтанно и зависит от взаимодействий внутри его аминокислотной последовательности и взаимодействия аминокислот с их окружением. Сворачивание белка обусловлено поиском наиболее энергетически выгодной конформации белка, т. е. его нативного состояния . Таким образом, понимание сворачивания белка имеет решающее значение для понимания того, что делает белок и как он работает, и считается Святым Граалем вычислительной биологии . [14] [15] Несмотря на то, что сворачивание происходит в густонаселенной клеточной среде , оно обычно протекает гладко. Однако из-за химических свойств белка или других факторов белки могут неправильно сворачиваться , то есть складываться не по тому пути и в конечном итоге деформироваться. Если клеточные механизмы не смогут разрушить или повторно свернуть неправильно свернутые белки, они могут впоследствии агрегироваться и вызывать различные изнурительные заболевания. [16] Лабораторные эксперименты по изучению этих процессов могут быть ограничены по объему и атомарным деталям, что побуждает ученых использовать основанные на физике вычислительные модели, которые, дополняя эксперименты, стремятся предоставить более полную картину сворачивания, неправильного сворачивания и агрегации белков. [17] [18]

Из-за сложности конформации или конфигурационного пространства белков (набора возможных форм, которые может принимать белок), а также ограничений вычислительных мощностей, полноатомное молекулярно-динамическое моделирование было сильно ограничено во временных масштабах, которые они могут изучать. Хотя большинство белков обычно сворачиваются за миллисекунды, [17] [19] до 2010 года моделирование могло достигать временных масштабов от наносекунд до микросекунд. [11] общего назначения Суперкомпьютеры использовались для моделирования сворачивания белков, но такие системы по своей сути дорогостоящие и обычно используются многими исследовательскими группами. Кроме того, поскольку вычисления в кинетических моделях происходят последовательно, масштабирование традиционного молекулярного моделирования для этих архитектур исключительно затруднено. [20] [21] Более того, поскольку сворачивание белка является стохастическим процессом (то есть случайным) и может статистически меняться с течением времени, с вычислительной точки зрения сложно использовать длительное моделирование для полного представления процесса сворачивания. [22] [23]

Folding@home использует модели состояний Маркова , подобные показанной здесь, для моделирования возможных форм и путей сворачивания белка, когда он конденсируется из своего первоначального случайно свернутого состояния (слева) в свою нативную трехмерную структуру (справа).

Сворачивание белка не происходит в один этап. [16] Вместо этого белки проводят большую часть времени сворачивания, в некоторых случаях почти 96%, [24] ожидание в различных промежуточных конформационных состояниях, каждое из которых представляет собой локальный термодинамический минимум свободной энергии белка в энергетическом ландшафте . С помощью процесса, известного как адаптивная выборка , эти конформации используются Folding@home в качестве отправных точек для набора траекторий моделирования. По мере того, как моделирование обнаруживает больше конформаций, траектории возобновляются с них, и модель состояния Маркова на основе этого циклического процесса постепенно создается (MSM). MSM — это дискретного времени модели основных уравнений , которые описывают конформационный и энергетический ландшафт биомолекулы как набор отдельных структур и коротких переходов между ними. Метод модели состояния Маркова с адаптивной выборкой значительно повышает эффективность моделирования, поскольку он позволяет избежать вычислений внутри самого локального минимума энергии и пригоден для распределенных вычислений (в том числе на GPUGRID ), поскольку позволяет статистически агрегировать короткие, независимые траектории моделирования. [25] Количество времени, необходимое для построения модели состояния Маркова, обратно пропорционально количеству запущенных параллельных симуляций, т. е. количеству доступных процессоров. Другими словами, достигается линейное распараллеливание , что приводит к примерно на четыре порядка сокращению общего времени последовательных вычислений белка . Завершенный MSM может содержать десятки тысяч образцов состояний из фазового пространства (все конформации, которые может принять белок) и переходы между ними. Модель иллюстрирует события и пути складывания (т. е. маршруты), и исследователи могут позже использовать кинетическую кластеризацию для просмотра грубого представления очень подробной модели. Они могут использовать эти MSM, чтобы выявить, как белки неправильно сворачиваются, и количественно сравнить моделирование с экспериментами. [7] [22] [26]

В период с 2000 по 2010 год длина белков, которые изучала Folding@home, увеличилась в четыре раза, а временные рамки моделирования сворачивания белков увеличились на шесть порядков. [27] В 2002 году Folding@home использовала модели состояний Маркова для выполнения примерно миллиона процессорных дней моделирования в течение нескольких месяцев. [13] а в 2011 году МСМ распараллелили еще одно моделирование, для которого потребовалось в общей сложности 10 миллионов процессорных часов вычислений. [28] В январе 2010 года компания Folding@home использовала МСМ для моделирования динамики медленно сворачивающегося белка NTL9 из 32 остатков с точностью до 1,52 миллисекунды, что соответствует экспериментальным предсказаниям скорости сворачивания, но в тысячу раз дольше, чем достигалось ранее. Модель состояла из множества отдельных траекторий, каждая на два порядка короче, и обеспечивала беспрецедентный уровень детализации энергетического ландшафта белка. [7] [11] [29] В 2010 году исследователь Folding@home Грегори Боуман был награжден премией Томаса Куна за сдвиг парадигмы от Американского химического общества за разработку программного обеспечения MSMBuilder с открытым исходным кодом и за достижение количественного согласия между теорией и экспериментом. [30] [31] За свою работу Панде был награжден Премией Майкла и Кейт Барани для молодых исследователей 2012 года за «разработку определяющих и изменяющих поля вычислительных методов для создания ведущих теоретических моделей сворачивания белков и РНК ». [32] и премия Ирвинга Сигала молодому исследователю 2006 года за результаты моделирования, которые «стимулировали переосмысление значения как ансамблевых, так и одиночных измерений, что сделало усилия Панде новаторским вкладом в методологию моделирования». [33]

Примеры применения в биомедицинских исследованиях

[ редактировать ]

Неправильное сворачивание белка может привести к различным заболеваниям, включая болезнь Альцгеймера, рак , болезнь Крейцфельдта-Якоба , муковисцидоз , болезнь Хантингтона, серповидноклеточную анемию и диабет II типа . [16] [34] [35] Клеточная инфекция вирусами, такими как ВИЧ и грипп, также включает процессы сворачивания клеточных мембран . [36] Как только будет лучше изучено неправильное сворачивание белков, можно будет разработать методы лечения, которые улучшат естественную способность клеток регулировать сворачивание белков. Такие методы лечения включают использование сконструированных молекул для изменения производства данного белка, помощи в разрушении неправильно свернутого белка или помощи в процессе сворачивания. [37] Сочетание компьютерного молекулярного моделирования и экспериментального анализа может фундаментально сформировать будущее молекулярной медицины и рациональный дизайн терапии . [18] такие как ускорение и снижение затрат на разработку лекарств . [38] Целью первых пяти лет работы Folding@home было добиться прогресса в понимании складывания, а нынешняя цель — понять неправильное сворачивание и связанные с ним заболевания, особенно болезнь Альцгеймера. [39]

Моделирование, проводимое в Folding@home, используется в сочетании с лабораторными экспериментами. [22] но исследователи могут использовать их, чтобы изучить, чем сворачивание in vitro отличается от сворачивания в нативной клеточной среде. Это полезно при изучении аспектов сворачивания, неправильного сворачивания и их связи с болезнями, которые трудно наблюдать экспериментально. Например, в 2011 году Folding@home смоделировала сворачивание белка внутри выходного туннеля рибосом , чтобы помочь ученым лучше понять, как естественное ограничение и скученность могут повлиять на процесс сворачивания. [40] [41] Кроме того, ученые обычно используют химические денатуранты , чтобы вывести белки из их стабильного нативного состояния. В целом не известно, как денатурант влияет на рефолдинг белка, и трудно экспериментально определить, содержат ли эти денатурированные состояния остаточные структуры, которые могут влиять на поведение сворачивания. В 2010 году компания Folding@home использовала графические процессоры для моделирования развернутого состояния белка L и предсказала скорость его коллапса, что полностью согласуется с экспериментальными результатами. [42]

Большие наборы данных проекта бесплатно доступны для использования другими исследователями по запросу, а к некоторым можно получить доступ на веб-сайте Folding@home. [43] [44] Лаборатория Панде сотрудничает с другими системами молекулярной динамики, такими как суперкомпьютер Blue Gene , [45] и они делятся ключевым программным обеспечением Folding@home с другими исследователями, так что алгоритмы, которые принесли пользу Folding@home, могут помочь другим научным областям. [43] В 2011 году они выпустили программное обеспечение Copernicus с открытым исходным кодом, которое основано на MSM Folding@home и других методах распараллеливания и направлено на повышение эффективности и масштабируемости молекулярного моделирования на больших компьютерных кластерах или суперкомпьютерах . [46] [47] Краткое изложение всех научных результатов Folding@home публикуется на веб-сайте Folding@home после публикации. [48]

болезнь Альцгеймера

[ редактировать ]
Болезнь Альцгеймера связана с агрегацией фрагментов бета-амилоидного белка в мозге (справа). Исследователи использовали Folding@home для моделирования этого процесса агрегации, чтобы лучше понять причину заболевания.

Болезнь Альцгеймера — неизлечимое нейродегенеративное заболевание, которое чаще всего поражает пожилых людей и составляет более половины всех случаев деменции . Его точная причина остается неизвестной, но болезнь идентифицирована как болезнь неправильного сворачивания белка . Болезнь Альцгеймера связана с токсическими агрегациями пептида амилоида (Aβ) бета - , вызванными неправильным сворачиванием Aβ и слипанием его с другими пептидами Aβ. Эти агрегаты Aβ затем превращаются в значительно более крупные сенильные бляшки , патологический маркер болезни Альцгеймера. [49] [50] [51] Из-за гетерогенной природы этих агрегатов экспериментальные методы, такие как рентгеновская кристаллография и ядерный магнитный резонанс (ЯМР), не смогли охарактеризовать их структуру. Более того, атомное моделирование агрегации Aβ требует больших вычислительных затрат из-за их размера и сложности. [52] [53]

, предотвращение агрегации Aβ является многообещающим методом разработки терапевтических препаратов для лечения болезни Альцгеймера. литературы По мнению Наима и Фазили в обзорной статье [54] В 2008 году Folding@home смоделировала динамику агрегации Aβ с точностью до атомов в течение времени порядка десятков секунд. Предыдущие исследования смогли смоделировать только около 10 микросекунд. Folding@home смог имитировать сворачивание Aβ на шесть порядков дольше, чем это было возможно раньше. Исследователи использовали результаты этого исследования, чтобы идентифицировать бета-шпильку , которая была основным источником молекулярных взаимодействий внутри структуры. [55] Исследование помогло подготовить лабораторию Панде к будущим исследованиям агрегации, а также к дальнейшим исследованиям по поиску небольшого пептида, который может стабилизировать процесс агрегации. [52]

В декабре 2008 года компания Folding@home обнаружила несколько небольших потенциальных лекарств, которые, по-видимому, ингибируют токсичность агрегатов Aβ. [56] В 2010 году в тесном сотрудничестве с Центром машин для складывания белков эти препараты начали тестировать на биологических тканях . [35] В 2011 году компания Folding@home завершила моделирование нескольких мутаций Aβ, которые, по-видимому, стабилизируют образование агрегатов, что может помочь в разработке терапевтических лекарственных средств для лечения этого заболевания и значительно помочь в экспериментальных помощью спектроскопии ядерного магнитного резонанса Aβ с исследованиях олигомеров . [53] [57] Позже в том же году Folding@home начала моделирование различных фрагментов Aβ, чтобы определить, как различные природные ферменты влияют на структуру и сворачивание Aβ. [58] [59]

болезнь Хантингтона

[ редактировать ]

Болезнь Хантингтона — нейродегенеративное генетическое заболевание , связанное с неправильным сворачиванием и агрегацией белков. Избыточные повторы аминокислоты глютамина на N-конце вызывают белка хантингтина агрегацию, и хотя поведение повторов до конца не изучено, оно действительно приводит к снижению когнитивных функций, связанному с заболеванием. [60] Как и в случае с другими агрегатами, экспериментально определить его структуру сложно. [61] Ученые используют Folding@home для изучения структуры агрегата белка хантингтина и прогнозирования того, как он формируется, помогая разрабатывать рациональные методы разработки лекарств , останавливающих образование агрегатов. [35] Фрагмент N17 белка хантингтина ускоряет эту агрегацию, и хотя было предложено несколько механизмов, его точная роль в этом процессе остается в значительной степени неизвестной. [62] Компания Folding@home смоделировала этот и другие фрагменты, чтобы выяснить их роль в заболевании. [63] С 2008 года методы разработки лекарств от болезни Альцгеймера были применены к болезни Хантингтона. [35]

Рак

[ редактировать ]

Более половины всех известных видов рака связаны с мутациями р53 гибели , белка- супрессора опухолей, присутствующего в каждой клетке, который регулирует клеточный цикл и сигнализирует о клеток в случае повреждения ДНК . Специфические мутации в р53 могут нарушить эти функции, позволяя аномальной клетке продолжать беспрепятственный рост, что приводит к развитию опухолей . Анализ этих мутаций помогает объяснить коренные причины рака, связанного с р53. [64] В 2004 году Folding@home была использована для проведения первого молекулярно-динамического исследования рефолдинга димера белка p53 при полноатомном моделировании воды . Результаты моделирования согласовались с экспериментальными наблюдениями и дали представление о рефолдинге димера, которое раньше было невозможно получить. [65] Это была первая рецензируемая публикация о раке в рамках проекта распределенных вычислений. [66] В следующем году Folding@home разработал новый метод определения аминокислот, имеющих решающее значение для стабильности данного белка, который затем был использован для изучения мутаций р53. Этот метод оказался достаточно успешным в выявлении мутаций, способствующих раку, и в определении эффектов конкретных мутаций, которые иначе невозможно было бы измерить экспериментально. [67]

Folding@home также используется для изучения белков-шаперонов , [35] белки теплового шока , которые играют важную роль в выживании клеток, помогая сворачивать другие белки в переполненной и химически стрессовой среде внутри клетки. Быстрорастущие раковые клетки полагаются на специфические шапероны, а некоторые шапероны играют ключевую роль в устойчивости к химиотерапии . Ингибирование этих специфических шаперонов рассматривается как потенциальный способ действия эффективных химиотерапевтических препаратов или снижения распространения рака. [68] Используя Folding@home и тесно сотрудничая с Центром машин для складывания белков, лаборатория Панде надеется найти препарат, который ингибирует шапероны, участвующие в раковых клетках. [69] Исследователи также используют Folding@home для изучения других молекул, связанных с раком, таких как фермент Src-киназа и некоторые формы закрепившегося гомеодомена : большого белка, который может быть вовлечен во многие заболевания, включая рак. [70] [71] В 2011 году компания Folding@home начала моделирование динамики белка EETI , который может идентифицировать карциномы при сканировании изображений путем связывания с поверхностными рецепторами раковых клеток. [72] [73]

Интерлейкин 2 (IL-2) — это белок, который помогает Т-клеткам иммунной системы атаковать патогены и опухоли. Однако его использование для лечения рака ограничено из-за серьезных побочных эффектов, таких как отек легких . IL-2 связывается с этими легочными клетками иначе, чем с Т-клетками, поэтому исследования IL-2 включают понимание различий между этими механизмами связывания. В 2012 году Folding@home помогла открыть мутантную форму IL-2, которая в триста раз более эффективна в своей роли в иммунной системе, но имеет меньше побочных эффектов. В экспериментах эта измененная форма значительно превзошла природный IL-2 в замедлении роста опухоли. Фармацевтические компании проявили интерес к мутантной молекуле, а Национальные институты здравоохранения тестируют ее на большом количестве моделей опухолей, чтобы попытаться ускорить ее разработку в качестве терапевтического средства. [74] [75]

Несовершенный остеогенез

[ редактировать ]

Несовершенный остеогенез , известный как болезнь хрупких костей, представляет собой неизлечимое генетическое заболевание костей, которое может привести к летальному исходу. Больные не способны создавать функциональную соединительную костную ткань. Чаще всего это происходит из-за мутации коллагена I типа . [76] который выполняет множество структурных ролей и является наиболее распространенным белком у млекопитающих . [77] Мутация вызывает деформацию тройной спирали коллагена , которая, если не разрушается естественным путем, приводит к аномальной и ослабленной костной ткани. [78] В 2005 году компания Folding@home протестировала новый квантово-механический метод, который усовершенствовал предыдущие методы моделирования и может быть полезен для будущих компьютерных исследований коллагена. [79] Хотя исследователи использовали Folding@home для изучения сворачивания и неправильного сворачивания коллагена, этот интерес представляет собой пилотный проект по сравнению с исследованиями болезни Альцгеймера и Хантингтона. [35]

Вирусы

[ редактировать ]

Folding@home помогает в исследованиях, направленных на предотвращение некоторых вирусов , таких как грипп и ВИЧ распознавания и проникновения , в биологические клетки . [35] В 2011 году компания Folding@home начала моделирование динамики фермента РНКазы H , ключевого компонента ВИЧ, чтобы попытаться разработать лекарства для его дезактивации. [80] Folding@home также использовался для изучения слияния мембран , важного события для вирусной инфекции и широкого спектра биологических функций. Это слияние включает конформационные изменения слитых вирусных белков и стыковку белков . [36] но точные молекулярные механизмы слияния остаются в значительной степени неизвестными. [81] События термоядерного синтеза могут состоять из более чем полумиллиона атомов, взаимодействующих в течение сотен микросекунд. Эта сложность ограничивает типичное компьютерное моделирование примерно десятью тысячами атомов за десятки наносекунд: разница в несколько порядков. [55] Разработка моделей для прогнозирования механизмов слияния мембран поможет научному пониманию того, как воздействовать на этот процесс противовирусными препаратами. [82] В 2006 году ученые применили модели состояний Маркова и сеть Folding@home, чтобы обнаружить два пути слияния и получить другие механистические идеи. [55]

После детального моделирования малых клеток, известных как везикулы , в 2007 году лаборатория Панде представила новый вычислительный метод для измерения топологии их структурных изменений во время слияния. [83] В 2009 году исследователи использовали Folding@home для изучения мутаций гемагглютинина гриппа — белка, который прикрепляет вирус к клетке- хозяину и способствует проникновению вируса. Мутации гемагглютинина влияют на то, насколько хорошо белок связывается хозяина с молекулами рецепторов клеточной поверхности , что определяет, насколько заразен штамм вируса для организма хозяина. Знание последствий мутаций гемагглютинина помогает в разработке противовирусных препаратов . [84] [85] По состоянию на 2012 год Folding@home продолжает моделировать сворачивание и взаимодействие гемагглютинина, дополняя экспериментальные исследования в Университете Вирджинии . [35] [86]

В марте 2020 года Folding@home запустила программу помощи исследователям по всему миру, которые работают над поиском лекарства и узнают больше о пандемии коронавируса . Первоначальная волна проектов потенциально моделирует белковые мишени, содержащие лекарственные препараты, из вируса SARS-CoV-2 и родственного вируса SARS-CoV, о котором имеется значительно больше данных. [87] [88] [89]

Дизайн лекарств

[ редактировать ]

Лекарства действуют, связываясь с определенными участками молекул-мишеней и вызывая некоторые желаемые изменения, такие как отключение мишени или вызывание конформационных изменений . В идеале лекарство должно действовать очень специфично и связываться только с мишенью, не мешая другим биологическим функциям. Однако трудно точно определить, где и насколько прочно свяжутся две молекулы. Из-за ограничений вычислительной мощности современные методы in silico обычно должны жертвовать скоростью ради точности ; например, используйте методы быстрой стыковки белков вместо дорогостоящих вычислений свободной энергии . Вычислительная производительность Folding@home позволяет исследователям использовать оба метода и оценить их эффективность и надежность. [39] [90] [91] Компьютерный дизайн лекарств может ускорить и снизить затраты на разработку лекарств. [38] В 2010 году компания Folding@home использовала MSM и расчеты свободной энергии, чтобы предсказать нативное состояние белка виллина с точностью до 1,8 ангстрем (Å) среднеквадратического отклонения (RMSD) от кристаллической структуры, экспериментально определенной с помощью рентгеновской кристаллографии . Эта точность имеет значение для будущих методов прогнозирования структуры белков , в том числе для внутренне неструктурированных белков . [55] Ученые использовали Folding@home для исследования устойчивости к лекарствам , изучая ванкомицин , антибиотик последней инстанции , и бета-лактамазу , белок, который может расщеплять антибиотики, такие как пенициллин . [92] [93]

белка Химическая активность происходит вдоль активного центра . Традиционные методы создания лекарств предполагают прочное связывание с этим сайтом и блокирование его активности в предположении, что целевой белок существует в одной жесткой структуре. Однако этот подход работает примерно только для 15% всех белков. Белки содержат аллостерические сайты , которые при связывании с небольшими молекулами могут изменять конформацию белка и в конечном итоге влиять на его активность. Эти сайты являются привлекательными целями для наркотиков, но их обнаружение требует очень больших вычислительных затрат . В 2012 году Folding@home и MSM были использованы для идентификации аллостерических сайтов в трех важных с медицинской точки зрения белках: бета-лактамазе, интерлейкине-2 и РНКазе H. [93] [94]

Примерно половина всех известных антибиотиков вмешиваются в работу бактериальной рибосомы — большой и сложной биохимической машины, которая осуществляет биосинтез белка путем перевода информационной РНК в белки. Макролидные антибиотики закупоривают выходной туннель рибосомы, препятствуя синтезу необходимых бактериальных белков. В 2007 году лаборатория Панде получила грант на исследование и разработку новых антибиотиков. [35] В 2008 году они использовали Folding@home, чтобы изучить внутреннюю часть этого туннеля и то, как на него могут влиять определенные молекулы. [95] Полная структура рибосомы была определена только по состоянию на 2011 год, и Folding@home также смоделировала рибосомальные белки , поскольку многие из их функций остаются в значительной степени неизвестными. [96]

Модели участия

[ редактировать ]

Как и другие проекты распределенных вычислений , Folding@home — это гражданский онлайн- проект. В этих проектах неспециалисты вносят свой вклад в вычислительную мощность компьютеров или помогают анализировать данные, полученные профессиональными учеными. Участники получают мало или вообще не получают очевидного вознаграждения.

Были проведены исследования мотивации гражданских ученых, и большинство этих исследований показали, что участники мотивированы к участию по альтруистическим причинам; то есть они хотят помочь ученым и внести вклад в развитие их исследований. [97] [98] [99] [100] Многие участники гражданской науки имеют глубинный интерес к теме исследования и тяготеют к проектам, которые относятся к интересующим их дисциплинам. Folding@home в этом отношении ничем не отличается. [101] Исследование, проведенное недавно среди более чем 400 активных участников, показало, что они хотели внести свой вклад в исследования и что у многих из них есть друзья или родственники, страдающие болезнями, которые исследуют ученые Folding@home.

Folding@home привлекает участников-энтузиастов компьютерного оборудования. Эти группы привносят в проект значительный опыт и способны создавать компьютеры с повышенной вычислительной мощностью. [102] [ нужна цитата для проверки ] Другие проекты распределенных вычислений привлекают участников такого типа, и проекты часто используются для оценки производительности модифицированных компьютеров, и этот аспект хобби учитывается за счет конкурентного характера проекта. Отдельные люди и команды могут соревноваться в том, кто сможет обработать больше всего компьютерных процессоров (ЦП).

Это последнее исследование Folding@home, включающее интервью и этнографическое наблюдение за онлайн-группами, показало, что команды энтузиастов аппаратного обеспечения иногда могут работать вместе, обмениваясь передовым опытом в отношении максимизации производительности обработки. Такие команды могут стать сообществами практиков с общим языком и онлайн-культурой. Подобная модель участия наблюдалась и в других проектах распределенных вычислений. [103] [104]

Еще одно ключевое наблюдение участников Folding@home заключается в том, что многие из них — мужчины. [101] Это также наблюдалось и в других распределенных проектах. Кроме того, многие участники работают и работают в сфере компьютеров и технологий. [101] [105] [106]

Не все участники Folding@home являются энтузиастами аппаратного обеспечения. Многие участники запускают программное обеспечение проекта на немодифицированных машинах и принимают участие в соревнованиях. К январю 2020 года количество пользователей сократилось до 30 000. [107] Однако трудно определить, какая часть участников является энтузиастами аппаратного обеспечения. Хотя, по мнению руководителей проекта, вклад сообщества энтузиастов существенно больше с точки зрения вычислительной мощности. [108]

Производительность

[ редактировать ]
Вычислительная мощность Folding@home и самого быстрого суперкомпьютера с апреля 2004 г. по октябрь 2012 г. В период с июня 2007 г. по июнь 2011 г. Folding@home (красный) превысил производительность самого быстрого суперкомпьютера Top500 (черный). Однако его затмили компьютер K в ноябре 2011 года и Blue Gene/Q в июне 2012 года.

Производительность суперкомпьютера в FLOPS оценивается с помощью устаревшего теста LINPACK . Это краткосрочное тестирование затрудняет точное отражение устойчивой производительности при решении реальных задач, поскольку LINPACK более эффективно сопоставляется с аппаратным обеспечением суперкомпьютера. Вычислительные системы различаются по архитектуре и дизайну, поэтому прямое сравнение затруднено. Несмотря на это, FLOPS остаются основным показателем скорости, используемым в суперкомпьютерах. [109] [ нужна цитата для проверки ] Напротив, Folding@home определяет свои FLOPS, используя время настенных часов , измеряя, сколько времени требуется для выполнения его рабочих единиц. [110]

16 сентября 2007 года, во многом благодаря участию консолей PlayStation 3, проект Folding@home официально достиг устойчивого уровня производительности, превышающего один собственный петафлопс , став первой вычислительной системой любого типа, добившейся этого. [111] [112] Самым быстрым суперкомпьютером Top500 на тот момент был BlueGene/L с производительностью 0,280 петафлопс. [113] В следующем году, 7 мая 2008 года, проект достиг устойчивого уровня производительности, превышающего два собственных петафлопс. [114] за которыми последовали три и четыре вехи в собственных петафлопсах в августе 2008 г. [115] [116] и 28 сентября 2008 г. соответственно. [117] 18 февраля 2009 г. Folding@home достигла пяти собственных петафлопс. [118] [119] и был первым компьютерным проектом, отвечающим этим пяти уровням. [120] [121] Для сравнения, самым быстрым суперкомпьютером в ноябре 2008 года был IBM Roadrunner с производительностью 1,105 петафлопс. [122] 10 ноября 2011 г. производительность Folding@home превысила шесть собственных петафлопс, что эквивалентно почти восьми петафлопс x86. [112] [123] В середине мая 2013 года производительность Folding@home превысила семь петафлопс, что эквивалентно 14,87 x86 петафлопс. Затем 21 июня он достиг восьми собственных петафлопс, а 9 сентября того же года - девяти с 17,9 x86 петафлопс. [124] 11 мая 2016 года компания Folding@home объявила, что приближается к отметке в 100 x86 петафлопс. [125]

Дальнейшее использование выросло благодаря повышению осведомленности и участию в проекте из-за пандемии коронавируса в 2020 году. 20 марта 2020 года Folding@home объявил через Twitter, что его собственная производительность составляет более 470 петафлопс. [126] эквивалент 958 x86 петафлопс. [127] К 25 марта она достигла 768 петафлопс, или 1,5 x86 эксафлопс, что сделало ее первой эксафлопсовой вычислительной системой . [128]

По состоянию на 20 июля 2024 г. , вычислительная мощность Folding@home составляет 13,8 петафлопс, или 26,9 x86 петафлопс. [129]

Очки

[ редактировать ]

Как и в других проектах распределенных вычислений, Folding@home количественно оценивает вклад пользователей в проект с помощью кредитной системы. [130] Все единицы данного белкового проекта имеют единую базовую оценку, которая определяется путем сравнительного анализа одной или нескольких рабочих единиц этого проекта на официальной эталонной машине перед выпуском проекта. [130] Каждый пользователь получает эти базовые баллы за выполнение каждого задания, хотя с помощью ключа доступа он может получить дополнительные бонусные баллы за надежное и быстрое выполнение заданий, которые требуют более высоких вычислительных затрат или имеют больший научный приоритет. [131] [132] Пользователи также могут получать признание за свою работу от клиентов на нескольких машинах. [133] Эта система баллов пытается согласовать присуждаемые баллы с ценностью научных результатов. [130]

Пользователи могут регистрировать свой вклад в составе команды, которая объединяет баллы всех своих участников. Пользователь может создать свою собственную команду или присоединиться к существующей команде. В некоторых случаях команда может иметь собственные источники помощи или набора персонала, управляемые сообществом, например Интернет-форум . [134] Очки могут способствовать дружескому соревнованию между отдельными людьми и командами, чтобы получить максимальную отдачу от проекта, что может принести пользу складному сообществу и ускорить научные исследования. [130] [135] [136] Индивидуальная и командная статистика публикуется на сайте Folding@home. [130]

Если пользователь не формирует новую команду или не присоединяется к существующей команде, этот пользователь автоматически становится частью команды «по умолчанию». Эта команда «по умолчанию» имеет номер команды «0». Статистика накапливается как для этой «стандартной» команды, так и для специально названных команд.

Программное обеспечение

[ редактировать ]

Программное обеспечение Folding@home на стороне пользователя включает в себя три основных компонента: рабочие блоки, ядра и клиент.

Рабочие единицы

[ редактировать ]

Рабочая единица — это белковые данные, которые клиенту предлагается обработать. Рабочие единицы — это часть симуляции между состояниями в марковской модели . После того как рабочий блок загружен и полностью обработан на компьютере волонтера, он возвращается на серверы Folding@home, которые затем начисляют волонтеру кредитные баллы. Этот цикл повторяется автоматически. [135] Все рабочие блоки имеют связанные сроки, и если этот срок превышен, пользователь может не получить кредит, и модуль будет автоматически перевыдан другому участнику. Поскольку сворачивание белков происходит последовательно, и многие рабочие единицы генерируются из своих предшественников, это позволяет общему процессу моделирования продолжаться нормально, если рабочая единица не возвращается по истечении разумного периода времени. В связи с этими сроками минимальным системным требованием для Folding@home является процессор Pentium 3 450 МГц с потоковыми расширениями SIMD (SSE). [133] Однако рабочие единицы для высокопроизводительных клиентов имеют гораздо более короткие сроки, чем для однопроцессорных клиентов, поскольку большая часть научной выгоды зависит от быстрого завершения моделирования. [137]

Перед публичным выпуском рабочие подразделения проходят несколько этапов обеспечения качества , чтобы проблемные из них не стали полностью доступными. Эти этапы тестирования включают внутреннее, бета-тестирование и расширенное тестирование перед окончательным полным выпуском для Folding@home. [138] Рабочие единицы Folding@home обычно обрабатываются только один раз, за ​​исключением редких случаев, когда во время обработки возникают ошибки. Если это происходит с тремя разными пользователями, устройство автоматически снимается с распространения. [139] [140] Форум поддержки Folding@home можно использовать для различения проблем, возникающих из-за проблемного оборудования и неисправных рабочих устройств. [141]

Ядра

[ редактировать ]
Основная статья: Список ядер Folding@home

Специализированные программы молекулярной динамики, называемые «FahCores» и часто сокращенно «ядра», выполняют вычисления на рабочей единице в качестве фонового процесса . Подавляющее большинство ядер Folding@home основано на GROMACS . [135] один из самых быстрых и популярных пакетов программного обеспечения для молекулярной динамики, который в основном состоит из оптимизированного вручную кода ассемблера и аппаратных оптимизаций. [142] [143] Хотя GROMACS является программным обеспечением с открытым исходным кодом и существует совместная работа лаборатории Pande и разработчиков GROMACS, Folding@home использует лицензию с закрытым исходным кодом , чтобы обеспечить достоверность данных. [144] К менее активным ядрам относятся ProtoMol и SHARPEN. Folding@home использовала AMBER , CPMD , Desmond и TINKER , но с тех пор они выведены из эксплуатации и больше не находятся в активной эксплуатации. [4] [145] [146] Некоторые из этих ядер выполняют явные расчеты сольватации, в которых окружающий растворитель (обычно вода) моделируется атом за атомом; в то время как другие используют неявные методы сольватации , где растворитель рассматривается как математический континуум. [147] [148] Ядро отделено от клиента, что позволяет автоматически обновлять научные методы без необходимости обновления клиента. Ядра периодически создают контрольные точки вычислений , чтобы в случае их прерывания они могли возобновить работу с этой точки при запуске. [135]

Клиент

[ редактировать ]
Folding@home работает на Fedora 25

Участник Folding@home устанавливает клиентскую программу на свой персональный компьютер . Пользователь взаимодействует с клиентом, который в фоновом режиме управляет другими программными компонентами. Через клиент пользователь может приостановить процесс складывания, открыть журнал событий, проверить ход работы или просмотреть личную статистику. [149] Компьютерные клиенты постоянно работают в фоновом режиме с очень низким приоритетом, используя простаивающие вычислительные мощности, поэтому на обычное использование компьютера это не влияет. [133] Максимальное использование ЦП можно отрегулировать в настройках клиента. [149] [150] Клиент подключается к серверу Folding@home и получает рабочую единицу, а также может загрузить соответствующее ядро ​​для настроек клиента, операционной системы и базовой аппаратной архитектуры. После обработки рабочая единица возвращается на серверы Folding@home. Компьютерные клиенты адаптированы для однопроцессорных и многоядерных процессорных систем, а также графических процессоров . Разнообразие и мощность каждой аппаратной архитектуры обеспечивают Folding@home возможность эффективно и своевременно выполнять многие типы моделирования (в течение нескольких недель или месяцев, а не лет), что имеет значительную научную ценность. Вместе эти клиенты позволяют исследователям изучать биомедицинские вопросы, которые раньше считались непрактичными для решения с помощью вычислений. [39] [135] [137]

Профессиональные разработчики программного обеспечения несут ответственность за большую часть кода Folding@home, как на стороне клиента, так и на стороне сервера. В команду разработчиков входят программисты из Nvidia , ATI , Sony и Cauldron Development. [151] Клиенты можно загрузить только с официального веб-сайта Folding@home или его коммерческих партнеров, и они будут взаимодействовать только с компьютерными файлами Folding@home. Они будут загружать и скачивать данные с серверов данных Folding@home (через порт 8080, с альтернативным портом 80), а связь проверяется с помощью 2048-битных цифровых подписей . [133] [152] (GUI) клиента Хотя графический интерфейс пользователя имеет открытый исходный код, [153] клиент является проприетарным программным обеспечением, в качестве причины которого указаны безопасность и научная честность. [154] [155] [156]

Однако такое обоснование использования проприетарного программного обеспечения оспаривается, поскольку, хотя лицензия может быть принудительно применена в юридической сфере ретроспективно, она практически не предотвращает модификацию (также известную как исправление ) исполняемых двоичных файлов . Аналогично, распространение только двоичного кода не предотвращает вредоносную модификацию исполняемого двоичного кода ни посредством атаки «человек посередине» во время загрузки через Интернет, ни [157] или путем перераспределения сторонних файлов двоичных файлов, которые были ранее изменены либо в их двоичном состоянии (т. е. исправлены ), [158] или путем декомпиляции [159] и перекомпилировать их после модификации. [160] [161] Эти модификации возможны, если только двоичные файлы и транспортный канал не подписаны , а лицо/система-получатель не может проверить цифровую подпись, и в этом случае негарантированные модификации должны быть обнаружены, но не всегда. [162] В любом случае, поскольку в случае Folding@home и входные данные, и выходные результаты, обрабатываемые клиентским программным обеспечением, имеют цифровую подпись, [133] [152] целостность работы можно проверить независимо от целостности самого клиентского ПО.

Folding@home использует библиотеки программного обеспечения Cosm для работы в сети. [135] [151] Folding@home был запущен 1 октября 2000 года и стал первым проектом распределенных вычислений, ориентированным на биомолекулярные системы. [163] Его первым клиентом была заставка , которая запускалась, пока компьютер не использовался. [164] [165] В 2004 году лаборатория Pande в сотрудничестве с Дэвидом П. Андерсоном протестировала дополнительный клиент на платформе BOINC с открытым исходным кодом . Закрытая бета-версия этого клиента была выпущена в апреле 2005 года; [166] однако метод стал неработоспособным и был отложен в июне 2006 года. [167]

Графические процессоры

[ редактировать ]

Специализированное аппаратное обеспечение графических процессоров (GPU) предназначено для ускорения рендеринга трехмерных графических приложений, таких как видеоигры, и может значительно превосходить процессоры в некоторых типах вычислений. Графические процессоры являются одной из самых мощных и быстрорастущих вычислительных платформ, и многие ученые и исследователи занимаются вычислениями общего назначения на графических процессорах (GPGPU). Однако аппаратное обеспечение графического процессора сложно использовать для задач, не связанных с графикой, и обычно оно требует значительной реструктуризации алгоритма и глубокого понимания базовой архитектуры. [168] Такая настройка является сложной задачей, особенно для исследователей с ограниченными ресурсами для разработки программного обеспечения. Folding@home использует с открытым исходным кодом OpenMM библиотеку , которая использует шаблон проектирования моста с двумя уровнями интерфейса прикладного программирования (API) для сопряжения программного обеспечения молекулярного моделирования с базовой аппаратной архитектурой. Благодаря добавлению аппаратной оптимизации моделирование графического процессора на основе OpenMM не требует значительных модификаций, но обеспечивает производительность, почти равную настраиваемому вручную коду графического процессора, и значительно превосходит по производительности реализации процессора. [147] [169]

До 2010 года вычислительная надежность оборудования потребительского уровня с GPGPU была практически неизвестна, а косвенные доказательства, связанные с отсутствием встроенной системы обнаружения и исправления ошибок в памяти графического процессора, вызывали опасения по поводу надежности. В ходе первого крупномасштабного теста научной точности графических процессоров исследование, проведенное в 2010 году на более чем 20 000 хостах сети Folding@home, выявило программные ошибки в подсистемах памяти двух третей протестированных графических процессоров. Эти ошибки тесно связаны с архитектурой платы, хотя исследование пришло к выводу, что надежные вычисления на графическом процессоре вполне возможны, если уделять внимание особенностям оборудования, таким как обнаружение ошибок на стороне программного обеспечения. [170]

Первое поколение клиента GPU Folding@home (GPU1) было выпущено для публики 2 октября 2006 года. [167] на базе ЦП обеспечивая ускорение некоторых вычислений в 20–30 раз по сравнению с аналогами GROMACS . [171] Это был первый случай, когда графические процессоры использовались как для распределенных вычислений, так и для крупных расчетов молекулярной динамики. [172] [173] GPU1 дал исследователям значительные знания и опыт разработки программного обеспечения GPGPU , но в ответ на научные неточности с DirectX 10 апреля 2008 года на смену ему пришел GPU2, второе поколение клиента. [171] [174] После появления GPU2 6 июня поддержка GPU1 была официально прекращена. [171] По сравнению с GPU1, GPU2 был более надежным и производительным с научной точки зрения, работал на ATI и CUDA с поддержкой графических процессорах Nvidia и поддерживал более совершенные алгоритмы, более крупные белки и визуализацию моделирования белков в реальном времени. [175] [176] Вслед за этим 25 мая 2010 года было выпущено третье поколение клиента GPU Folding@home (GPU3). Несмотря на обратную совместимость с GPU2, GPU3 был более стабильным, эффективным и гибким в своих научных возможностях. [177] и использовал OpenMM поверх структуры OpenCL . [177] [178] Хотя эти клиенты GPU3 изначально не поддерживали операционные системы Linux и macOS , пользователи Linux с видеокартами Nvidia могли запускать их через программное приложение Wine . [179] [180] Графические процессоры остаются самой мощной платформой Folding@home по количеству FLOPS . По состоянию на ноябрь 2012 года на клиенты графических процессоров приходится 87% пропускной способности x86 FLOPS всего проекта. [181]

Встроенная поддержка видеокарт Nvidia и AMD под Linux была представлена ​​в FahCore 17, который использует OpenCL, а не CUDA. [182]

PlayStation 3

[ редактировать ]
Дополнительная информация: Жизнь с PlayStation.
PlayStation 3 Клиент Life With PlayStation для отображал трехмерную анимацию сворачивания белка.

С марта 2007 года по ноябрь 2012 года Folding@home использовала вычислительные мощности PlayStation 3 . На момент своего создания основной потоковый процессор Cell обеспечивал увеличение скорости некоторых вычислений в 20 раз по сравнению с ПК, вычислительная мощность которого не могла быть найдена в других системах, таких как Xbox 360 . [39] [183] Высокая скорость и эффективность PS3 открыли новые возможности для полезной оптимизации в соответствии с законом Амдала и значительно изменили соотношение между эффективностью вычислений и общей точностью, позволив использовать более сложные молекулярные модели с небольшими дополнительными вычислительными затратами. [184] Это позволило Folding@home выполнять биомедицинские расчеты, которые в противном случае были бы невозможны с вычислительной точки зрения. [185]

Клиент PS3 был разработан совместно Sony и лабораторией Pande и впервые выпущен как отдельный клиент 23 марта 2007 года. [39] [186] Его выпуск сделал Folding@home первым проектом распределенных вычислений, использующим PS3. [187] 18 сентября следующего года клиентом PS3 стал канал Life с PlayStation при его запуске. [188] [189] По типам вычислений, которые он мог выполнять, на момент своего появления клиент находился между гибкостью ЦП и скоростью ГП. [135] Однако, в отличие от клиентов, работающих на персональных компьютерах , пользователи не могли выполнять другие действия на своей PS3 во время работы Folding@home. [185] Единая среда консоли PS3 упростила техническую поддержку и сделала Folding@home более удобным для пользователя . [39] PS3 также имела возможность быстрой потоковой передачи данных на свой графический процессор, который использовался для визуализации текущей динамики белка на атомном уровне в реальном времени. [184]

6 ноября 2012 г. Sony прекратила поддержку клиента Folding@home для PS3 и других услуг, доступных в рамках Life with PlayStation. За пять лет и семь месяцев более 15 миллионов пользователей потратили более 100 миллионов часов на компьютеры Folding@home, что значительно помогло проекту в исследовании заболеваний. После обсуждений с лабораторией Pande Sony решила прекратить действие приложения. Панде считал клиент PlayStation 3 «изменителем правил игры» для проекта. [190] [191] [192]

Клиент многоядерной обработки

[ редактировать ]

Folding@home может использовать возможности параллельных вычислений современных многоядерных процессоров. Возможность одновременного использования нескольких ядер ЦП позволяет выполнить полное моделирование намного быстрее. Работая вместе, эти ядра ЦП выполняют отдельные рабочие задачи пропорционально быстрее, чем стандартный однопроцессорный клиент. Этот метод имеет научную ценность, поскольку он позволяет выполнять гораздо более длинные траектории моделирования за тот же промежуток времени и уменьшает традиционные трудности масштабирования большого моделирования на множество отдельных процессоров. [193] Публикация 2007 года в Журнале молекулярной биологии опиралась на многоядерную обработку для моделирования сворачивания части белка виллина примерно в 10 раз дольше, чем это было возможно с однопроцессорным клиентом, что согласуется с экспериментальными скоростями сворачивания. [194]

(SMP) первого поколения В ноябре 2006 года клиенты симметричной многопроцессорной обработки были публично выпущены для открытого бета-тестирования, получившие название SMP1. [167] Эти клиенты использовали протоколы связи интерфейса передачи сообщений (MPI) для параллельной обработки, поскольку в то время ядра GROMACS не были предназначены для использования с несколькими потоками. [137] Это был первый раз, когда проект распределенных вычислений использовал MPI. [195] Хотя клиенты хорошо работали в операционных системах на базе Unix они создавали проблемы , таких как Linux и macOS, в Windows . [193] [195] 24 января 2010 г. SMP2, второе поколение клиентов SMP и преемник SMP1, был выпущен в виде открытой бета-версии и заменил сложный MPI более надежной реализацией на основе потоков . [132] [151]

SMP2 поддерживает испытание особой категории рабочих модулей bigadv , предназначенных для моделирования белков, которые являются необычно большими и требуют больших вычислительных ресурсов и имеют большой научный приоритет. Первоначально для этих устройств требовалось минимум восемь ядер ЦП. [196] которое было увеличено до шестнадцати позже, 7 февраля 2012 года. [197] Наряду с этими дополнительными требованиями к оборудованию по сравнению со стандартными рабочими единицами SMP2, они требуют больше системных ресурсов, таких как оперативная память (ОЗУ) и пропускная способность Интернета . Взамен пользователи, которые их запускают, получают на 20% больше бонусов по сравнению с системой бонусных баллов SMP2. [198] Категория bigadv позволяет Folding@home в течение длительного времени запускать особенно требовательные симуляции, которые раньше требовали использования суперкомпьютерных кластеров и не могли быть выполнены где-либо еще на Folding@home. [196] Многие пользователи, аппаратное обеспечение которых способно запускать блоки bigadv, позже считали, что их аппаратная установка не подходит для рабочих блоков bigadv, когда минимум ядер ЦП был увеличен, в результате чего они могли запускать только обычные рабочие блоки SMP. Это расстроило многих пользователей, которые вложили значительные суммы денег в программу, но вскоре после этого их оборудование устарело для целей bigadv. В результате в январе 2014 года Панде объявил, что программа bigadv завершится 31 января 2015 года. [199]

V7

[ редактировать ]
Пример образа клиента V7 в режиме «Новичок», работающего под Windows 7 . Помимо различных элементов управления и сведений о пользователе, V7 предоставляет информацию о рабочем блоке, такую ​​как его состояние, ход вычислений, расчетное время прибытия, кредитные баллы, идентификационные номера и описание.

Клиент V7 представляет собой седьмое и последнее поколение клиентского программного обеспечения Folding@home и представляет собой полную переработку и унификацию предыдущих клиентов для операционных систем Windows , macOS и Linux . [200] [201] Он был выпущен 22 марта 2012 года. [202] Как и его предшественники, V7 может запускать Folding@home в фоновом режиме с очень низким приоритетом , позволяя другим приложениям использовать ресурсы ЦП по мере необходимости. Он разработан, чтобы сделать установку, запуск и эксплуатацию более удобными для новичков и предложить исследователям большую научную гибкость, чем предыдущим клиентам. [203] V7 использует Trac для управления заявками об ошибках , чтобы пользователи могли видеть процесс разработки и оставлять отзывы. [201]

V7 состоит из четырех интегрированных элементов. Пользователь обычно взаимодействует с графическим интерфейсом V7 с открытым исходным кодом под названием FAHControl. [153] [204] Он имеет режимы пользовательского интерфейса «Новичок», «Продвинутый» и «Эксперт», а также позволяет отслеживать, настраивать и контролировать множество удаленных клиентов складывания с одного компьютера. FAHControl управляет FAHClient, серверным приложением, которое, в свою очередь, управляет каждым слотом FAHSlot (или слотом ). Каждый слот служит заменой ранее отдельных однопроцессорных, SMP или графических компьютерных клиентов Folding@home v6, поскольку он может независимо загружать, обрабатывать и выгружать рабочие единицы. Функция FAHViewer, созданная по образцу программы просмотра PS3, отображает в реальном времени трехмерную визуализацию, если она доступна, белка, обрабатываемого в данный момент. [200] [201]

Гугл Хром

[ редактировать ]

В 2014 году был выпущен клиент для веб-браузеров Google Chrome и Chromium , позволяющий пользователям запускать Folding@home в своем веб-браузере. Клиент использовал Google функцию Native Client (NaCl) в веб-браузерах на базе Chromium для запуска кода Folding@home со скоростью, близкой к исходной, в песочнице на компьютере пользователя. [205] В связи с прекращением использования NaCL и изменениями в Folding@home веб-клиент был окончательно закрыт в июне 2019 года. [206]

Андроид

[ редактировать ]

был выпущен клиент для Android мобильных телефонов В июле 2015 года в Google Play для устройств под управлением Android 4.4 KitKat или новее. [207] [208]

16 февраля 2018 года из Google Play был удален клиент Android, который предлагался совместно с Sony . Было объявлено о планах предложить альтернативу с открытым исходным кодом в будущем. [209]

Сравнение с другими молекулярными симуляторами

[ редактировать ]

Rosetta@home — это проект распределенных вычислений, направленный на предсказание структуры белков и являющийся одним из наиболее точных предсказателей третичной структуры . [210] [211] Конформационные состояния из программного обеспечения Rosetta можно использовать для инициализации модели состояний Маркова в качестве отправной точки для моделирования Folding@home. [25] И наоборот, алгоритмы прогнозирования структуры могут быть улучшены с помощью термодинамических и кинетических моделей, а также аспектов выборки при моделировании сворачивания белков. [212] Поскольку Rosetta пытается предсказать только окончательное сложенное состояние, а не то, как происходит сворачивание, Rosetta@home и Folding@home дополняют друг друга и решают очень разные молекулярные вопросы. [25] [213]

Антон — специальный суперкомпьютер, созданный для моделирования молекулярной динамики. В октябре 2011 года Anton и Folding@home были двумя самыми мощными системами молекулярной динамики. [214] Антон уникален своей способностью создавать отдельные сверхдлинные молекулярные траектории, требующие больших вычислительных затрат. [215] например, в 2010 году, который достиг миллисекундного диапазона. [216] [217] Эти длинные траектории могут быть особенно полезны для решения некоторых типов биохимических проблем. [218] [219] Однако Антон не использует для анализа модели марковского состояния (MSM). В 2011 году лаборатория Панде построила MSM на основе двух моделей Антона с длительностью 100 мкс и обнаружила альтернативные пути сворачивания, которые не были видны с помощью традиционного анализа Антона. Они пришли к выводу, что существует небольшая разница между МСМ, построенными из ограниченного числа длинных траекторий, и МСМ, собранными из множества более коротких траекторий. [215] В июне 2011 года Folding@home добавил образец моделирования Антона, чтобы лучше определить, насколько его методы сравниваются с методами Антона. [220] [221] белка Однако, в отличие от более коротких траекторий Folding@home, которые более поддаются распределенным вычислениям и другим методам распараллеливания, более длинные траектории не требуют адаптивной выборки для достаточной выборки фазового пространства . В связи с этим возможно, что сочетание методов моделирования Антона и Folding@home обеспечит более тщательную выборку этого пространства. [215]

См. также

[ редактировать ]

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ foldingathome.org (27 сентября 2016 г.). «О партнерах Folding@home» . Архивировано из оригинала 23 апреля 2020 года . Проверено 2 сентября 2019 г.
  2. ^ Перейти обратно: а б «Выпуски Folding@home 7.6 для Windows» . Проверено 11 мая 2020 г.
  3. ^ «Альтернативные загрузки» .
  4. ^ Перейти обратно: а б Лаборатория Панде (2 августа 2012 г.). «Часто задаваемые вопросы по открытому исходному коду Folding@home» . Складной@дома . складной дом.org. Архивировано из оригинала (FAQ) 3 марта 2020 года . Проверено 8 июля 2013 г.
  5. ^ Folding@home nde : «Folding@home (FAH или F@h) — это проект распределенных вычислений для моделирования динамики белков, включая процесс сворачивания белков и движения белков, участвующих в различных заболеваниях. Он объединяет ученых-граждан. которые добровольно запускают моделирование динамики белков на своих персональных компьютерах. Результаты этих данных помогают ученым лучше понимать биологию и предоставляют новые возможности для разработки методов лечения».
  6. ^ Пролив Джулии Евангелу (26 февраля 2019 г.). «Проект вычислительной биологии направлен на лучшее понимание сворачивания белков» . Проверено 8 марта 2020 г.
  7. ^ Перейти обратно: а б с В. С. Панде; К. Бошан; Г. Р. Боуман (2010). «Все, что вы хотели знать о марковских государственных моделях, но боялись спросить» . Методы . 52 (1): 99–105. дои : 10.1016/j.ymeth.2010.06.002 . ПМЦ   2933958 . ПМИД   20570730 .
  8. ↑ Новости 12, Лонг-Айленд 2020 : «С начала пандемии COVID-19 количество загрузок Folding@home значительно возросло, что является явным признаком того, что люди во всем мире обеспокоены тем, чтобы внести свой вклад, чтобы помочь исследователям найти средство от этот вирус», — сказала доктор Сина Раббани, декан школы ДеМаттис.
  9. ^ Лаборатория Панде. «Статистика клиентов по ОС» . Архив.is. Архивировано из оригинала 12 апреля 2020 года . Проверено 12 апреля 2020 г.
  10. ^ «Документы и результаты» . [электронная почта защищена] . Проверено 9 декабря 2021 г.
  11. ^ Перейти обратно: а б с Винсент А. Вельц; Грегори Р. Боуман; Кайл Бошан; Виджай С. Панде (2010). «Молекулярное моделирование сворачивания белка ab initio для миллисекундной папки NTL9 (1–39)» . Журнал Американского химического общества . 132 (5): 1526–1528. дои : 10.1021/ja9090353 . ПМЦ   2835335 . ПМИД   20070076 .
  12. ^ Грегори Р. Боуман; Виджай С. Панде (2010). «Свернутые состояния белков являются кинетическими центрами» . Труды Национальной академии наук . 107 (24): 10890–5. Бибкод : 2010PNAS..10710890B . дои : 10.1073/pnas.1003962107 . ПМК   2890711 . ПМИД   20534497 .
  13. ^ Перейти обратно: а б Кристофер Д. Сноу; Хуби Нгуен; Виджай С. Панде; Мартин Грубеле (2002). «Абсолютное сравнение смоделированной и экспериментальной динамики сворачивания белков» (PDF) . Природа . 420 (6911): 102–106. Бибкод : 2002Natur.420..102S . дои : 10.1038/nature01160 . ПМИД   12422224 . S2CID   1061159 . Архивировано из оригинала (PDF) 24 марта 2012 г.
  14. ^ Фабрицио Маринелли, Фабио Пьетруччи, Алессандро Лайо, Стефано Пиана (2009). Панде, Виджай С. (ред.). «Кинетическая модель складывания Trp-клетки на основе множественного смещенного моделирования молекулярной динамики» . PLOS Вычислительная биология . 5 (8): e1000452. Бибкод : 2009PLSCB...5E0452M . дои : 10.1371/journal.pcbi.1000452 . ПМЦ   2711228 . ПМИД   19662155 . {{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
  15. ^ «Так много еще нужно знать». Наука . 309 (5731): 78–102. 2005. doi : 10.1126/science.309.5731.78b . ПМИД   15994524 . S2CID   33234834 .
  16. ^ Перейти обратно: а б с Хит Экройд; Джон А. Карвер (2008). «Разгадка тайн сворачивания и неправильного сворачивания белков» . Жизнь ИУБМБ (обзор). 60 (12): 769–774. дои : 10.1002/iub.117 . ПМИД   18767168 . S2CID   10115925 .
  17. ^ Перейти обратно: а б Ивэнь Чен; Фэн Дин; Хуэйфэнь Не; Адриан В. Серохийос; Шантану Шарма; Кайл С. Уилкокс; Шуанъе Инь; Николай Владимирович Дохолян (2008). «Сворачивание белка: тогда и сейчас» . Архив биохимии и биофизики . 469 (1): 4–19. дои : 10.1016/j.abb.2007.05.014 . ПМК   2173875 . ПМИД   17585870 .
  18. ^ Перейти обратно: а б Лейла М. Лухеши; Дэмиан Кроутер; Кристофер Добсон (2008). «Неправильное сворачивание белка и болезни: от пробирки к организму». Современное мнение в области химической биологии . 12 (1): 25–31. дои : 10.1016/j.cbpa.2008.02.011 . ПМИД   18295611 .
  19. ^ компакт-диск Снег; Э. Дж. Сорин; Ю. М. Ри; против Панде. (2005). «Насколько хорошо моделирование может предсказать кинетику и термодинамику сворачивания белка?». Ежегодный обзор биофизики (обзор). 34 : 43–69. doi : 10.1146/annurev.biophys.34.040204.144447 . ПМИД   15869383 .
  20. ^ А. Верма; С.М. Гопал; А. Щуг; Дж.С. Ох; К. В. Кленин; К. Х. Ли; В. Венцель (2008). «Массовое параллельное складывание всех атомов белка за один день». В К. Бишофе; М. Брюкнер; П. Гиббон; Г. Р. Жубер; Т. Липперт; Б. Мор; Ф. Питерс (ред.). Параллельные вычисления: алгоритмы архитектуры и приложения . Достижения в области параллельных вычислений. Том. 15. ИОС Пресс. стр. 527–534. ISBN  978-1-58603-796-3 . ISSN   0927-5452 .
  21. ^ Виджай С. Панде; Ян Бейкер; Джаррод Чепмен; Сидни П. Элмер; Сирадж Халик; Стефан М. Ларсон; Ён Мин Ри; Майкл Р. Рубашки; Кристофер Д. Сноу; Эрик Дж. Сорин; Боян Загрович (2002). «Моделирование сворачивания атомистического белка в субмиллисекундном масштабе с использованием распределенных вычислений по всему миру». Биополимеры . 68 (1): 91–109. дои : 10.1002/бип.10219 . ПМИД   12579582 .
  22. ^ Перейти обратно: а б с Г. Боуман; В. Волез; В.С. Панде (2011). «Укрощение сложности сворачивания белка» . Современное мнение в области структурной биологии . 21 (1): 4–11. дои : 10.1016/j.sbi.2010.10.006 . ПМК   3042729 . ПМИД   21081274 .
  23. ^ Чодара, Джон Д.; Своп, Уильям К.; Питера, Джед В.; Дилл, Кен А. (1 января 2006 г.). «Динамика долговременного сворачивания белка на основе кратковременного моделирования молекулярной динамики» . Многомасштабное моделирование . 5 (4): 1214–1226. дои : 10.1137/06065146X . S2CID   17825277 .
  24. ^ Роберт Б. Бест (2012). «Атомистическое молекулярное моделирование сворачивания белка». Современное мнение в структурной биологии (обзор). 22 (1): 52–61. дои : 10.1016/j.sbi.2011.12.001 . ПМИД   22257762 .
  25. ^ Перейти обратно: а б с Ти Джей Лейн; Грегори Боуман; Роберт МакГиббон; Кристиан Швантес; Виджай Панде; Брюс Борден (10 сентября 2012 г.). «Часто задаваемые вопросы по моделированию Folding@home» . Складной@дома . складной дом.org. Архивировано из оригинала 13 сентября 2012 года . Проверено 8 июля 2013 г.
  26. ^ Грегори Р. Боуман; Дэниел Л. Прапорщик; Виджай С. Панде (2010). «Расширенное моделирование с помощью теории сетей: адаптивная выборка моделей марковского состояния» . Журнал химической теории и вычислений . 6 (3): 787–794. дои : 10.1021/ct900620b . ПМЦ   3637129 . ПМИД   23626502 .
  27. ^ Виджай Панде (8 июня 2012 г.). «FAHcon 2012: Думая о том, как далеко продвинулась FAH» . Складной@дома . typepad.com . Архивировано из оригинала 3 октября 2012 года . Проверено 12 июня 2012 г.
  28. ^ Кайл А. Бошан; Дэниел Л. Прапорщик; Риджу Дас; Виджай С. Панде (2011). «Количественное сравнение моделирования подобластей головного убора злодея и экспериментов по триплет-тройной передаче энергии» . Труды Национальной академии наук . 108 (31): 12734–9. Бибкод : 2011PNAS..10812734B . дои : 10.1073/pnas.1010880108 . ПМК   3150881 . ПМИД   21768345 .
  29. ^ Тимоти Х. Клик; Дебабани Гангули; Цзяньхан Чен (2010). «Внутренне неупорядоченные белки в мире, основанном на физике» . Международный журнал молекулярных наук . 11 (12): 919–27. дои : 10.3390/ijms11125292 . ПМК   3100817 . ПМИД   21614208 .
  30. ^ «Грег Боуман награжден премией Куна за смену парадигмы 2010 года» . simtk.org . СимТК: MSMBuilder. 29 марта 2010 года. Архивировано из оригинала 7 апреля 2012 года . Проверено 20 сентября 2012 г.
  31. ^ «Репозиторий исходного кода MSMBuilder» . МСМБилдер . simtk.org. 2012. Архивировано из оригинала 28 декабря 2012 года . Проверено 12 октября 2012 г.
  32. ^ «Биофизическое общество назвало имена пяти лауреатов премии 2012 года» . Биофизика.org . Биофизическое общество. 17 августа 2011. Архивировано из оригинала 27 марта 2012 года . Проверено 20 сентября 2012 г.
  33. ^ «Folding@home – Награды» . Складной@дома . складной дом.org. Август 2011. Архивировано из оригинала (FAQ) 12 июля 2012 года . Проверено 8 июля 2013 г.
  34. ^ Витторио Беллотти; Моника Стоппини (2009). «Болезни неправильного сворачивания белков» (PDF) . Открытый биологический журнал . 2 (2): 228–234. doi : 10.2174/1874196700902020228 (неактивен 22 июня 2024 г.). Архивировано из оригинала 22 февраля 2014 года. {{cite journal}}: CS1 maint: DOI неактивен по состоянию на июнь 2024 г. ( ссылка ) CS1 maint: бот: исходный статус URL неизвестен ( ссылка )
  35. ^ Перейти обратно: а б с д и ж г час я Лаборатория Панде (30 мая 2012 г.). «Часто задаваемые вопросы по изучению болезней Folding@home» . Складной@дома . складной дом.org. Архивировано из оригинала (FAQ) 25 августа 2012 года . Проверено 8 июля 2013 г.
  36. ^ Перейти обратно: а б Кольер, Лесли; Балоуз, Альберт; Сассман, Макс (1998). Мэхи, Брайан; Кольер, Лесли (ред.). Микробиология и микробные инфекции Топли и Уилсона . Том. 1, Вирусология (девятое изд.). Лондон: Арнольд. стр. 75–91. ISBN  978-0-340-66316-5 .
  37. ^ Фред Э. Коэн; Джеффри В. Келли (2003). «Терапевтические подходы к заболеваниям, связанным с неправильным сворачиванием белков». Природа (обзор). 426 (6968): 905–9. Бибкод : 2003Natur.426..905C . дои : 10.1038/nature02265 . ПМИД   14685252 . S2CID   4421600 .
  38. ^ Перейти обратно: а б Чун Сон; Шен Лим; Джу Тонг (2009). «Последние достижения в области компьютерного дизайна лекарств» . Брифинги по биоинформатике (обзор). 10 (5): 579–91. дои : 10.1093/bib/bbp023 . ПМИД   19433475 .
  39. ^ Перейти обратно: а б с д и ж Лаборатория Панде (2012). «Часто задаваемые вопросы о прессе Folding@Home» . Складной@дома . складной дом.org. Архивировано из оригинала (FAQ) 25 августа 2012 года . Проверено 8 июля 2013 г.
  40. ^ Кристиан «schwancr» Швантес (сотрудник лаборатории Панде) (15 августа 2011 г.). "Проекты 7808 и 7809 на полный фах" . Складной@дома . Группа phpBB . Архивировано из оригинала 31 января 2013 года . Проверено 16 октября 2011 г.
  41. ^ Дель Люсент; В. Вишал; Виджай С. Панде (2007). «Сворачивание белка в условиях изоляции: роль растворителя» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 104 (25): 10430–10434. Бибкод : 2007PNAS..10410430L . дои : 10.1073/pnas.0608256104 . ЧВК   1965530 . ПМИД   17563390 .
  42. ^ Винсент А. Вельц; Виджай Р. Сингх; Уильям Дж. Ведемейер; Лиза Дж. Лапидус; Виджай С. Панде (2010). «Динамика развернутого состояния и структура белка L, характеризуемая моделированием и экспериментом» . Журнал Американского химического общества . 132 (13): 4702–4709. дои : 10.1021/ja908369h . ПМЦ   2853762 . ПМИД   20218718 .
  43. ^ Перейти обратно: а б Виджай Панде (23 апреля 2008 г.). «Складной@дом и Симбиос» . Складной@дома . typepad.com . Архивировано из оригинала 18 октября 2012 года . Проверено 9 ноября 2011 г.
  44. ^ Виджай Панде (25 октября 2011 г.). «Re: Предлагаемые изменения на веб-сайте F@h» . Складной@дома . Группа phpBB . Архивировано из оригинала 31 марта 2012 года . Проверено 25 октября 2011 г.
  45. ^ Кэролайн Хэдли (2004). «Биологи думают масштабнее» . Отчеты ЭМБО . 5 (3): 236–238. дои : 10.1038/sj.embor.7400108 . ПМК   1299019 . ПМИД   14993921 .
  46. ^ С. Пронк; П. Ларссон; И. Пуя; Г. Р. Боуман; И.С. Хак; К. Бошан; Б. Гесс; В.С. Панде; П.М. Кассон; Э. Линдал (2011). «Коперник: новая парадигма параллельной адаптивной молекулярной динамики». Международная конференция по высокопроизводительным вычислениям, сетям, хранению и анализу 2011 г .: 1–10, 12–18.
  47. ^ Сандер Пронк; Иман Пуя; Пер Ларссон; Питер Кассон; Эрик Линдал (17 ноября 2011 г.). «Коперник Скачать» . http://copernicus-computing.org . Коперник. Архивировано из оригинала 7 октября 2012 года . Проверено 2 октября 2012 г.
  48. ^ Лаборатория Панде (27 июля 2012 г.). «Документы и результаты Folding@home» . Складной@дома . складной дом.org. Архивировано из оригинала 17 июля 2012 года . Проверено 1 февраля 2019 г.
  49. ^ Дж. Брент Ирвин; Омар М Эль-Агнаф; Ганеш М Шанкар; Доминик М. Уолш (2008). «Агрегация белков в мозге: молекулярная основа болезней Альцгеймера и Паркинсона» . Молекулярная медицина (обзор). 14 (7–8): 451–464. doi : 10.2119/2007-00100.Ирвин . ПМК   2274891 . ПМИД   18368143 .
  50. ^ Клаудио Сото; Лисбелл Д. Эстрада (2008). «Неправильное сворачивание белка и нейродегенерация». Архив неврологии (обзор). 65 (2): 184–189. дои : 10.1001/archneurol.2007.56 . ПМИД   18268186 .
  51. ^ Робин Ройчаудхури; Минфэн Ян; Минако М. Хоши; Дэвид Б. Теплоу (2008). «Сборка β-амилоида и болезнь Альцгеймера» . Журнал биологической химии . 284 (8): 4749–53. дои : 10.1074/jbc.R800036200 . ПМЦ   3837440 . ПМИД   18845536 .
  52. ^ Перейти обратно: а б Николас В. Келли; В. Вишал; Грант А. Крафт; Виджай С. Панде. (2008). «Моделирование олигомеризации при экспериментальных концентрациях и в длительных временных масштабах: подход модели состояния Маркова» . Журнал химической физики . 129 (21): 214707. Бибкод : 2008JChPh.129u4707K . дои : 10.1063/1.3010881 . ПМЦ   2674793 . ПМИД   19063575 .
  53. ^ Перейти обратно: а б П. Новик, Дж. Раджадас, К.В. Лю, Н.В. Келли, М. Инаятулла и В.С. Панде (2011). Бюлер, Маркус Дж. (ред.). «Рационально разработанный поворот, способствующий мутации в последовательности пептида амилоида-β, стабилизирует олигомеры в растворе» . ПЛОС ОДИН . 6 (7): e21776. Бибкод : 2011PLoSO...621776R . дои : 10.1371/journal.pone.0021776 . ПМК   3142112 . ПМИД   21799748 . {{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
  54. ^ Аабгина Наим; Навид Ахмад Фазили (2011). «Дефектное сворачивание и агрегация белков как основа нейродегенеративных заболеваний: более темный аспект белков». Клеточная биохимия и биофизика (обзор). 61 (2): 237–50. дои : 10.1007/s12013-011-9200-x . ПМИД   21573992 . S2CID   22622999 .
  55. ^ Перейти обратно: а б с д Грегори Р. Боуман; Сюхуэй Хуан; Виджей С. Панде (2010). «Сетевые модели молекулярной кинетики и их первоначальное применение к здоровью человека» . Клеточные исследования (обзор). 20 (6): 622–630. дои : 10.1038/cr.2010.57 . ПМЦ   4441225 . ПМИД   20421891 .
  56. ^ Виджай Панде (18 декабря 2008 г.). «Представлены новые результаты FAH по возможному новому лекарству от болезни Альцгеймера» . Складной@дома . typepad.com . Архивировано из оригинала 8 сентября 2012 года . Проверено 23 сентября 2011 г.
  57. ^ Пол А. Новик; Дахабада Х. Лопес; Ким М. Брэнсон; Александра Эстерас-Чопо; Изабелла А. Греф; Гал Битан; Виджай С. Панде (2012). «Дизайн ингибиторов агрегации β-амилоида на основе предсказанного структурного мотива» . Журнал медицинской химии . 55 (7): 3002–10. дои : 10.1021/jm201332p . ПМЦ   3766731 . ПМИД   22420626 .
  58. ^ Ислин (сотрудник лаборатории Pande) (22 июля 2011 г.). «Новый проект p6871 [Классический]» . Складной@дома . Группа phpBB . Архивировано из оригинала 30 октября 2013 года . Проверено 17 марта 2012 г. ( требуется регистрация )
  59. ^ Лаборатория Панде. «Описание проекта 6871» . Складной@дома . складной дом.org. Архивировано из оригинала 6 января 2016 года . Проверено 27 сентября 2011 г.
  60. ^ Уокер Ф.О. (2007). «Болезнь Хантингтона». Ланцет . 369 (9557): 218–28 [220]. дои : 10.1016/S0140-6736(07)60111-1 . ПМИД   17240289 . S2CID   46151626 .
  61. ^ Николас В. Келли; Сюхуэй Хуан; Стивен Тэм; Кристоф Шписс; Джудит Фридман; Виджай С. Панде (2009). «Предсказанная структура головной части белка хантингтина и ее влияние на агрегацию хантингтина» . Журнал молекулярной биологии . 388 (5): 919–27. дои : 10.1016/j.jmb.2009.01.032 . ПМК   2677131 . ПМИД   19361448 .
  62. ^ Сьюзан В. Либман; Стивен С. Мередит (2010). «Складывание белка: липкий N17 ускоряет накопление охотничьего олова». Химическая биология природы . 6 (1): 7–8. дои : 10.1038/nchembio.279 . ПМИД   20016493 .
  63. ^ Дивакар Шукла (сотрудник лаборатории Панде) (10 февраля 2012 г.). «Проект 8021 выпущен в бета-версию» . Складной@дома . Группа phpBB . Архивировано из оригинала 9 августа 2014 года . Проверено 17 марта 2012 г. ( требуется регистрация )
  64. ^ М. Хольштейн; Д Сидранский; Б. Фогельштейн; СиСи Харрис (1991). «Мутации р53 при раке человека» . Наука . 253 (5015): 49–53. Бибкод : 1991Sci...253...49H . дои : 10.1126/science.1905840 . ПМИД   1905840 . S2CID   38527914 .
  65. ^ LT Чонг; компакт-диск Снег; Ю. М. Ри; против Панде. (2004). «Димеризация домена олигомеризации p53: идентификация складчатого ядра с помощью молекулярно-динамического моделирования». Журнал молекулярной биологии . 345 (4): 869–878. CiteSeerX   10.1.1.132.1174 . дои : 10.1016/j.jmb.2004.10.083 . ПМИД   15588832 .
  66. ^ mah3, Виджай Панде (24 сентября 2004 г.). «Проект F@H публикует результаты исследований, связанных с раком» . МаксимумПК .com . Future US, Inc. Архивировано из оригинала 29 октября 2013 года . Проверено 20 сентября 2012 г. {{cite news}}: CS1 maint: числовые имена: список авторов ( ссылка ) Насколько нам известно, это первые рецензируемые результаты проекта распределенных вычислений, связанного с раком.
  67. ^ Лилиан Т. Чонг; Уильям С. Своп; Джед В. Питера; Виджай С. Панде (2005). «Кинетическое вычислительное сканирование аланина: применение к олигомеризации p53». Журнал молекулярной биологии . 357 (3): 1039–1049. дои : 10.1016/j.jmb.2005.12.083 . ПМИД   16457841 . S2CID   16156007 .
  68. ^ Алмейда М.Б., Насименту Х.Л., Эркулано А.М., Креспо-Лопес М.Э. (2011). «Молекулярные шапероны: к новым терапевтическим инструментам». Журнал молекулярной биологии (обзор). 65 (4): 239–43. дои : 10.1016/j.biopha.2011.04.025 . ПМИД   21737228 .
  69. ^ Виджай Панде (28 сентября 2007 г.). «Центр наномедицины» . Складной@дома . typepad.com . Архивировано из оригинала 18 октября 2012 года . Проверено 23 сентября 2011 г.
  70. ^ Виджай Панде (22 декабря 2009 г.). «Выпуск новых УУ Протомол (Core B4)» . Складной@дома . typepad.com . Архивировано из оригинала 3 октября 2012 года . Проверено 23 сентября 2011 г.
  71. ^ Лаборатория Панде. «Описание проекта 180» . Складной@дома . складной дом.org. Архивировано из оригинала 6 января 2016 года . Проверено 27 сентября 2011 г.
  72. ^ Ти Джей Лейн (сотрудник лаборатории Pande) (8 июня 2011 г.). «Проект 7600 в бета-версии» . Складной@дома . Группа phpBB . Архивировано из оригинала 10 августа 2014 года . Проверено 27 сентября 2011 г. ( требуется регистрация )
  73. ^ Ти Джей Лейн (сотрудник лаборатории Pande) (8 июня 2011 г.). «Описание проекта 7600» . Складной@дома . складной дом.org. Архивировано из оригинала 6 января 2016 года . Проверено 31 марта 2012 г.
  74. ^ «Ученые повышают потенцию и уменьшают побочные эффекты белка IL-2, используемого для лечения рака» . MedicalXpress.com . Медицинский Экспресс. 18 марта 2012. Архивировано из оригинала 3 октября 2012 года . Проверено 20 сентября 2012 г.
  75. ^ Арон М. Левин; Даррен Л. Бейтс; Аарон М. Ринг; Карстен Криг; Джек Т. Лин; Леон Су; Игнасио Морага; Миро Э. Ребер; Грегори Р. Боуман; Пол Новик; Виджай С. Панде; К. Гаррисон Фатман; Онур Бойман; К. Кристофер Гарсия (2012). «Использование естественного конформационного переключения для создания «суперкина» интерлейкина-2 » . Природа . 484 (7395): 529–33. Бибкод : 2012Natur.484..529L . дои : 10.1038/nature10975 . ПМЦ   3338870 . ПМИД   22446627 .
  76. ^ Раух Ф., Глориё Ф.Х. (2004). «Несовершенный остеогенез». Ланцет . 363 (9418): 1377–85. дои : 10.1016/S0140-6736(04)16051-0 . ПМИД   15110498 . S2CID   24081895 .
  77. ^ Фратцль, Питер (2008). Коллаген: строение и механика . Спрингер. ISBN  978-0-387-73905-2 . Проверено 17 марта 2012 г.
  78. ^ Готьери А., Узель С., Весентини С., Редаелли А., Бюлер М.Дж. (2009). «Молекулярные и мезомасштабные механизмы несовершенного остеогенеза» . Биофизический журнал . 97 (3): 857–865. Бибкод : 2009BpJ....97..857G . дои : 10.1016/j.bpj.2009.04.059 . ПМК   2718154 . ПМИД   19651044 .
  79. ^ Санхён Парк; Рэндалл Дж. Радмер; Тери Э. Кляйн; Виджай С. Панде (2005). «Новый набор параметров молекулярной механики гидроксипролина и его использование в молекулярно-динамическом моделировании коллагеноподобных пептидов». Журнал вычислительной химии . 26 (15): 1612–1616. CiteSeerX   10.1.1.142.6781 . дои : 10.1002/jcc.20301 . ПМИД   16170799 . S2CID   13051327 .
  80. ^ Грегори Боуман (член лаборатории Pande). «Проект 10125» . Складной@дома . phpBB Группа . Проверено 2 декабря 2011 г. ( требуется регистрация )
  81. ^ Хана Робсон Марсден; Ицуро Томацу; Александр Крос (2011). «Модельные системы для слияния мембран». Обзоры химического общества (обзор). 40 (3): 1572–1585. дои : 10.1039/c0cs00115e . ПМИД   21152599 .
  82. ^ Питер Кассон (2012). «Питер М. Кассон» . Кассонская лаборатория . Университет Вирджинии . Архивировано из оригинала 3 сентября 2012 года . Проверено 20 сентября 2012 г.
  83. ^ Питер М. Кассон; Афра Зомородян; Санхён Парк; Нина Сингхал; Леонидас Дж. Гибас; Виджай С. Панде (2007). «Постоянные пустоты: новый структурный показатель слияния мембран» . Биоинформатика . 23 (14): 1753–1759. doi : 10.1093/биоинформатика/btm250 . ПМИД   17488753 .
  84. ^ Питер М. Кассон; Дэниел Л. Прапорщик; Виджай С. Панде (2009). «Сочетание молекулярной динамики с байесовским анализом для прогнозирования и оценки лиганд-связывающих мутаций в гемагглютинине гриппа» . Журнал Американского химического общества . 131 (32): 11338–11340. дои : 10.1021/ja904557w . ПМК   2737089 . ПМИД   19637916 .
  85. ^ Питер М. Кассон; Виджай С. Панде (2009). «Объединение взаимной информации со структурным анализом для выявления функционально важных остатков гемагглютинина гриппа» . Тихоокеанский симпозиум по биокомпьютингу : 492–503. дои : 10.1142/9789812836939_0047 . ISBN  978-981-283-692-2 . ПМЦ   2811693 . ПМИД   19209725 .
  86. ^ Виджай Панде (24 февраля 2012 г.). «Сворачивание белка и вирусная инфекция» . Складной@дома . typepad.com . Архивировано из оригинала 3 октября 2012 года . Проверено 4 марта 2012 г.
  87. ^ Броехейсен, Нильс (3 марта 2020 г.). «Помогите вылечить коронавирус, используя оставшуюся вычислительную мощность вашего компьютера» . Аппаратное обеспечение Тома . Проверено 12 марта 2020 г.
  88. ^ Боуман, Грег (27 февраля 2020 г.). «Folding@home начинает борьбу с COVID-19/2019-nCoV» . Складной@дома . Проверено 12 марта 2020 г.
  89. ^ «Folding@home превращает свою огромную краудсорсинговую компьютерную сеть в борьбу с COVID-19» . 16 марта 2020 г.
  90. ^ Виджай Панде (27 февраля 2012 г.). «Новые методы компьютерного дизайна лекарств» . Складной@дома . typepad.com . Архивировано из оригинала 23 сентября 2012 года . Проверено 1 апреля 2012 г.
  91. ^ Гуха Джаячандран; MR Рубашки; Искра; В.С. Панде (2006). «Распараллеленное по частям вычисление абсолютной свободной энергии связи с стыковкой и молекулярной динамикой». Журнал химической физики . 125 (8): 084901. Бибкод : 2006JChPh.125h4901J . дои : 10.1063/1.2221680 . ПМИД   16965051 .
  92. ^ Лаборатория Панде. «Описание проекта 10721» . Складной@дома . складной дом.org. Архивировано из оригинала 6 января 2016 года . Проверено 27 сентября 2011 г.
  93. ^ Перейти обратно: а б Грегори Боуман (23 июля 2012 г.). «В поисках новых мишеней для наркотиков» . Складной@дома . typepad.com . Архивировано из оригинала 21 сентября 2012 года . Проверено 27 сентября 2011 г.
  94. ^ Грегори Р. Боуман; Филип Л. Гейсслер (июль 2012 г.). «Равновесные колебания одного свернутого белка выявляют множество потенциальных загадочных аллостерических сайтов» . ПНАС . 109 (29): 11681–6. Бибкод : 2012PNAS..10911681B . дои : 10.1073/pnas.1209309109 . ПМК   3406870 . ПМИД   22753506 .
  95. ^ Паула М. Петроне; Кристофер Д. Сноу; Дель Люсент; Виджай С. Панде (2008). «Распознавание боковой цепи и вход в выходной туннель рибосомы» . Труды Национальной академии наук . 105 (43): 16549–54. Бибкод : 2008PNAS..10516549P . дои : 10.1073/pnas.0801795105 . ПМЦ   2575457 . ПМИД   18946046 .
  96. ^ Лаборатория Панде. «Описание проекта 5765» . Складной@дома . складной дом.org. Архивировано из оригинала 6 января 2016 года . Проверено 2 декабря 2011 г.
  97. ^ Рэддик, М. Джордан; Брейси, Джорджия; Гей, Памела Л.; Линтотт, Крис Дж.; Мюррей, Фил; Шавински, Кевин; Салай, Александр С.; Ванденберг, Ян (декабрь 2010 г.). «Зоопарк Галактики: изучение мотивации добровольцев гражданской науки» . Обзор астрономического образования . 9 (1): 010103. arXiv : 0909.2925 . Бибкод : 2010AEdRv...9a0103R . дои : 10.3847/AER2009036 . S2CID   118372704 .
  98. ^ Вики, Кертис (20 апреля 2018 г.). Гражданская онлайновая наука и расширение академических кругов: распределенное участие в исследованиях и производстве знаний . Чам, Швейцария. ISBN  9783319776644 . OCLC   1034547418 . {{cite book}}: CS1 maint: отсутствует местоположение издателя ( ссылка )
  99. ^ Ноябрь, Одед; Аразы, Офер; Андерсон, Дэвид (2011). «Пыль для науки» . Материалы iConference 2011 . Конференция '11. Сиэтл, Вашингтон: ACM Press. стр. 68–74. дои : 10.1145/1940761.1940771 . ISBN  9781450301213 . S2CID   12219985 .
  100. ^ Кертис, Вики (декабрь 2015 г.). «Мотивация к участию в гражданской научной онлайн-игре: исследование Foldit» (PDF) . Научная коммуникация . 37 (6): 723–746. дои : 10.1177/1075547015609322 . ISSN   1075-5470 . S2CID   1345402 .
  101. ^ Перейти обратно: а б с Кертис, Вики (27 апреля 2018 г.). «Способы участия и мотивации в Folding@home: вклад энтузиастов аппаратного обеспечения и оверклокеров» . Гражданская наука: теория и практика . 3 (1): 5. дои : 10.5334/cstp.109 . ISSN   2057-4991 .
  102. ^ Колвелл, Б. (март 2004 г.). «Дзен разгона». Компьютер . 37 (3): 9–12. дои : 10.1109/MC.2004.1273994 . ISSN   0018-9162 . S2CID   21582410 .
  103. ^ Клетцер, Лора; Да Коста, Жюльен; Шнайдер, Дэниел К. (31 декабря 2016 г.). «Не так пассивно: участие и обучение в волонтерских компьютерных проектах» . Человеческий расчет . 3 (1): 25–68. дои : 10.15346/hc.v3i1.4 . ISSN   2330-8001 .
  104. ^ Дарч Питер; Карузи Аннамария (13 сентября 2010 г.). «Удержание волонтеров в волонтерских компьютерных проектах». Философские труды Королевского общества A: Математические, физические и технические науки . 368 (1926): 4177–4192. Бибкод : 2010RSPTA.368.4177D . дои : 10.1098/rsta.2010.0163 . ПМИД   20679130 . S2CID   1675353 .
  105. ^ «Исследование участников 2013 г.: выводы и дальнейшие шаги» . Сетка мирового сообщества.
  106. ^ Кребс, Виола (31 января 2010 г.). «Мотивация киберволонтеров в прикладной распределенной вычислительной среде: на примере MalariaControl.net» . Первый понедельник . 15 (2). дои : 10.5210/fm.v15i2.2783 .
  107. ^ «Пандемия коронавируса превратила Folding@Home в суперкомпьютер exaFLOP» . 14 апреля 2020 г.
  108. ^ Кертис, Вики (2015). Гражданские онлайн-проекты: исследование мотивации, вклада и участия, докторская диссертация (PDF) . Великобритания: Открытый университет.
  109. ^ Мимс 2010
  110. ^ Панде 2008 : «В конце концов, время на настенных часах - единственное, что имеет значение, и именно поэтому мы сравниваем настенные часы (и почему в наших статьях мы делаем упор на настенные часы)».
  111. ^ Виджай Панде (16 сентября 2007 г.). «Преодоление петафлопсового барьера» . Складной@дома . typepad.com . Архивировано из оригинала 3 апреля 2012 года . Проверено 28 августа 2011 г.
  112. ^ Перейти обратно: а б Майкл Гросс (2012). «Складные исследования привлекают нетрадиционную помощь» . Современная биология . 22 (2): С35–С38. Бибкод : 2012CBio...22..R35G . дои : 10.1016/j.cub.2012.01.008 . ПМИД   22389910 .
  113. ^ «Список ТОП500 — июнь 2007» . top500.org . Топ500 . Июнь 2007. Архивировано из оригинала 30 сентября 2007 года . Проверено 20 сентября 2012 г.
  114. ^ «Folding@Home достигает 2 петафлопс» . n4g.com . ХАВАмедиа. 8 мая 2008 года. Архивировано из оригинала 10 июня 2012 года . Проверено 20 сентября 2012 г.
  115. ^ «NVIDIA достигла грандиозного достижения в области Folding@Home с помощью Cuda» . nvidia.com . Корпорация NVIDIA . 26 августа 2008 года . Проверено 20 сентября 2012 г.
  116. ^ «Барьер 3 ПетаФлоп» . Longecity.org . Долговечность. 19 августа 2008 года. Архивировано из оригинала 30 августа 2012 года . Проверено 20 сентября 2012 г.
  117. ^ «Увеличение числа «активных» папок PS3 увеличивает производительность Folding@home более чем на 4 петафлопс!» . team52735.blogspot.com . Блогспот . 29 сентября 2008 года. Архивировано из оригинала 22 декабря 2013 года . Проверено 20 сентября 2012 г.
  118. ^ Виджай Панде (18 февраля 2009 г.). «Folding@home преодолел отметку в 5 петафлопс» . Складной@дома . typepad.com . Архивировано из оригинала 8 сентября 2012 года . Проверено 31 августа 2011 г.
  119. ^ «Преодоление барьера в 5 петафлопс» . Longecity.org . Долговечность. 18 февраля 2009 года. Архивировано из оригинала 30 августа 2012 года . Проверено 20 сентября 2012 г.
  120. ^ Драган Закич (май 2009 г.). «Community Grid Computing — исследования параллельных и распределенных систем» (PDF) . Научный колледж Университета Мэсси . Университет Мэсси . Архивировано из оригинала (PDF) 23 марта 2012 года . Проверено 20 сентября 2012 г.
  121. ^ Уильям Ито. «Обзор последних достижений в области сворачивания белков ab initio в рамках проекта Folding@home» (PDF) . складной дом.org. Архивировано из оригинала (PDF) 31 марта 2011 года . Проверено 22 сентября 2012 г.
  122. ^ «Список ТОП500 — ноябрь 2008» . top500.org . Топ500 . Ноябрь 2008. Архивировано из оригинала 9 декабря 2008 года . Проверено 20 сентября 2012 г.
  123. ^ Джесси Викторс (10 ноября 2011 г.). «Шесть родных петафлопс» . Складной@дома . Группа phpBB . Архивировано из оригинала 31 июля 2013 года . Проверено 11 ноября 2011 г.
  124. ^ Ристо Кантонен (23 сентября 2013 г.). «Статистика Folding@home – Документы Google» . Складной@дома . Проверено 23 сентября 2013 г.
  125. ^ «Почти достигнута 100 петафлопс» . складной дом.org. 11 мая 2016 года . Проверено 9 августа 2016 г.
  126. ^ Боуман, Грег (20 марта 2020 г.). «Потрясающе! @foldingathome теперь имеет более 470 петафлопс вычислительной мощности. Для сравнения: это более чем в два раза превышает пиковую производительность суперкомпьютера Summit!» . @drGregBowman . Проверено 20 марта 2020 г.
  127. ^ «Отчет по статистике Folding@home» . 20 марта 2020 г. Архивировано из оригинала 20 марта 2020 г. . Проверено 20 марта 2020 г.
  128. ^ Шилов Антон (25 марта 2020 г.). «Folding@Home достигает эксамасштабного уровня: 1 500 000 000 000 000 000 операций в секунду для COVID-19» . Анандтех . Проверено 26 марта 2020 г.
  129. ^ «Отчет по статистике Folding@home» . Проверено 20 июля 2024 г.
  130. ^ Перейти обратно: а б с д и Лаборатория Панде (20 августа 2012 г.). «Часто задаваемые вопросы по баллам Folding@home» . Складной@дома . складной дом.org. Архивировано из оригинала (FAQ) 17 июля 2012 года . Проверено 8 июля 2013 г.
  131. ^ Лаборатория Панде (23 июля 2012 г.). «Часто задаваемые вопросы о ключах Folding@home» . Складной@дома . складной дом.org. Архивировано из оригинала (FAQ) 22 сентября 2012 года . Проверено 8 июля 2013 г.
  132. ^ Перейти обратно: а б Питер Кассон (сотрудник лаборатории Pande) (24 января 2010 г.). «предстоящий выпуск ядер SMP2» . Складной@дома . Группа phpBB . Архивировано из оригинала 30 ноября 2012 года . Проверено 30 сентября 2011 г.
  133. ^ Перейти обратно: а б с д и Лаборатория Панде (18 августа 2011 г.). «Основные часто задаваемые вопросы Folding@home» (FAQ) . Складной@дома . складной дом.org. Архивировано из оригинала 20 ноября 2012 года . Проверено 8 июля 2013 г.
  134. ^ «Официальный форум команды Folding@home по экстремальному разгону» . forums.extremeoverclocking.com . Экстремальный разгон. Архивировано из оригинала 21 сентября 2012 года . Проверено 20 сентября 2012 г.
  135. ^ Перейти обратно: а б с д и ж г Адам Беберг; Дэниел Энсайн; Гуха Джаячандран; Сирадж Халик; Виджай Панде (2009). «Folding@home: уроки восьми лет волонтерской работы с распределенными вычислениями» (PDF) . 2009 Международный симпозиум IEEE по параллельной и распределенной обработке . стр. 1–8. дои : 10.1109/IPDPS.2009.5160922 . ISBN  978-1-4244-3751-1 . ISSN   1530-2075 . S2CID   15677970 .
  136. ^ Норман Чан (6 апреля 2009 г.). «Помогите складной команде Maximum PC выиграть следующее соревнование с шимпанзе!» . Maximumpc.com . Future US, Inc. Архивировано из оригинала 7 июля 2012 года . Проверено 20 сентября 2012 г.
  137. ^ Перейти обратно: а б с Лаборатория Панде (11 июня 2012 г.). «Часто задаваемые вопросы о Folding@home SMP» . Складной@дома . складной дом.org. Архивировано из оригинала (FAQ) 22 сентября 2012 года . Проверено 8 июля 2013 г.
  138. ^ Виджай Панде (5 апреля 2011 г.). «Больше прозрачности в тестировании» . Складной@дома . typepad.com . Архивировано из оригинала 18 октября 2012 года . Проверено 14 октября 2011 г.
  139. ^ Брюс Борден (7 августа 2011 г.). «Re: Gromacs не может продолжать дальше» . Складной@дома . Группа phpBB . Архивировано из оригинала 31 марта 2012 года . Проверено 7 августа 2011 г.
  140. ^ PantherX (1 октября 2011 г.). «Re: Проект 6803: (Запуск 4, Клон 66, Ген 255)» . Складной@дома . Группа phpBB . Архивировано из оригинала 31 марта 2012 года . Проверено 9 октября 2011 г.
  141. ^ PantherX (31 октября 2010 г.). «Устранение неполадок с плохими WU» . Складной@дома . Группа phpBB . Архивировано из оригинала 7 октября 2012 года . Проверено 7 августа 2011 г.
  142. ^ Карстен Катцнер; Дэвид Ван Дер Спул; Мартин Фехнер; Эрик Линдал; Удо В. Шмитт; Берт Л. Де Гроот; Хельмут Грубмюллер (2007). «Ускорение параллельного GROMACS в сетях с высокой задержкой». Журнал вычислительной химии . 28 (12): 2075–2084. дои : 10.1002/jcc.20703 . hdl : 11858/00-001M-0000-0012-E29A-0 . ПМИД   17405124 . S2CID   519769 .
  143. ^ Берк Хесс; Карстен Катцнер; Дэвид ван дер Спул; Эрик Линдал (2008). «GROMACS 4: Алгоритмы для высокоэффективного, сбалансированного по нагрузке и масштабируемого молекулярного моделирования». Журнал химической теории и вычислений . 4 (3): 435–447. дои : 10.1021/ct700301q . hdl : 11858/00-001M-0000-0012-DDBF-0 . ПМИД   26620784 . S2CID   1142192 .
  144. ^ Лаборатория Панде (19 августа 2012 г.). «Часто задаваемые вопросы о Folding@home Gromacs» . Складной@дома . складной дом.org. Архивировано из оригинала (FAQ) 17 июля 2012 года . Проверено 8 июля 2013 г.
  145. ^ Лаборатория Панде (7 августа 2012 г.). «Указатель часто задаваемых вопросов (FAQ) Folding@home» . Складной@дома . складной дом.org. Архивировано из оригинала 25 октября 2012 года . Проверено 8 июля 2013 г.
  146. ^ Виджай Панде (25 сентября 2009 г.). «Обновление новых ядер и клиентов FAH» . Складной@дома . typepad.com . Архивировано из оригинала 3 октября 2012 года . Проверено 24 февраля 2012 г.
  147. ^ Перейти обратно: а б М. С. Фридрихс; П. Истман; В. Вайдьянатан; М. Хьюстон; С. ЛеГранд; А.Л. Беберг; ДЛ Прапорщик; К. М. Брунс; В.С. Панде (2009). «Ускорение молекулярно-динамического моделирования на графических процессорах» . Журнал вычислительной химии . 30 (6): 864–72. дои : 10.1002/jcc.21209 . ПМЦ   2724265 . ПМИД   19191337 .
  148. ^ Лаборатория Панде (19 августа 2012 г.). «Инициатива Folding@home Petaflop» . Складной@дома . складной дом.org. Архивировано из оригинала (FAQ) 13 июля 2012 года . Проверено 8 июля 2013 г.
  149. ^ Перейти обратно: а б Лаборатория Панде (10 февраля 2011 г.). «Руководство по установке однопроцессорного клиента Windows» . Складной@дома . складной дом.org. Архивировано из оригинала (Руководство) 20 ноября 2012 года . Проверено 8 июля 2013 г.
  150. ^ PantherX (2 сентября 2010 г.). «Re: Может ли Folding@home повредить какую-либо часть моего компьютера?» . Складной@дома . Группа phpBB . Архивировано из оригинала 30 ноября 2012 года . Проверено 25 февраля 2012 г.
  151. ^ Перейти обратно: а б с Виджай Панде (17 июня 2009 г.). «Как осуществляется разработка кода FAH и системное администрирование?» . Складной@дома . typepad.com . Архивировано из оригинала 3 октября 2012 года . Проверено 14 октября 2011 г.
  152. ^ Перейти обратно: а б Лаборатория Панде (30 мая 2012 г.). «Руководство по удалению Folding@home» . Складной@дома . складной дом.org. Архивировано из оригинала (Руководство) 17 июля 2012 года . Проверено 8 июля 2013 г.
  153. ^ Перейти обратно: а б Разработчики Folding@home. «Репозиторий исходного кода FAHControl» . складной дом.org. Архивировано из оригинала 12 декабря 2012 года . Проверено 15 октября 2012 г.
  154. ^ Лаборатория Панде. «Клиент распределенных вычислений Folding@home» . Складной@дома . складной дом.org. Архивировано из оригинала 26 июня 2012 года . Проверено 8 июля 2013 г.
  155. ^ Виджай Панде (28 июня 2008 г.). «Лицензионное соглашение с конечным пользователем Folding@home (EULA)» . Складной@дома . Архивировано из оригинала 9 октября 2012 года . Проверено 15 мая 2012 г.
  156. ^ unikuser (7 августа 2011 г.). «СкладываниеДома» . Документация Убунту . help.ubuntu.com. Архивировано из оригинала 22 апреля 2012 года . Проверено 22 сентября 2012 г.
  157. ^ «Дело модифицированных двоичных файлов» . Левиафан Безопасность .
  158. ^ «Исправление/создание дыр в двоичных файлах/программах ELF — Black Hat» .
  159. ^ вероятно, с использованием таких инструментов, как ERESI. Архивировано 7 июля 2018 г. на Wayback Machine.
  160. ^ «x86 — Как разобрать, изменить и затем заново собрать исполняемый файл Linux?» . Переполнение стека .
  161. ^ «Linux – Как мне добавить функциональность к существующему двоичному исполняемому файлу?» . Обмен стеками реверс-инжиниринга .
  162. ^ «Обход сертификата: сокрытие и запуск вредоносного ПО из исполняемого файла с цифровой подписью» (PDF) . BlackHat.com . Глубокий инстинкт . Август 2016.
  163. ^ Финеус Р.Л. Марквик; Дж. Эндрю Маккаммон (2011). «Изучение функциональной динамики биомолекул методами ускоренной молекулярной динамики». Физическая химия Химическая физика . 13 (45): 20053–65. Бибкод : 2011PCCP...1320053M . дои : 10.1039/C1CP22100K . ПМИД   22015376 .
  164. ^ MR Рубашки; против Панде. (2000). «Хранители экрана всего мира, объединяйтесь!». Наука . 290 (5498): 1903–1904. дои : 10.1126/science.290.5498.1903 . ПМИД   17742054 . S2CID   2854586 .
  165. ^ Лаборатория Панде. «Резюме Folding@Home» (PDF) . Складной@дома . складной дом.org. Архивировано (PDF) из оригинала 7 октября 2012 г. Проверено 4 октября 2011 г.
  166. ^ Rattledagger, Виджай Панде (1 апреля 2005 г.). «Скоро выйдет бета-версия клиента Folding@home для BOINC » . Boarddigger.com . Anandtech.com. Архивировано из оригинала 17 сентября 2012 года . Проверено 20 сентября 2012 г.
  167. ^ Перейти обратно: а б с Лаборатория Панде (30 мая 2012 г.). «Часто задаваемые вопросы о высокой производительности» . Складной@дома . складной дом.org. Архивировано из оригинала (FAQ) 19 августа 2012 года . Проверено 8 июля 2013 г.
  168. ^ Джон Д. Оуэнс; Дэвид Любке; Нага Говиндараджу; Марк Харрис; Йенс Крюгер; Аарон Лефон; Тимоти Дж. Перселл (2007). «Обзор универсальных вычислений на графическом оборудовании». Форум компьютерной графики . 26 (1): 80–113. CiteSeerX   10.1.1.215.426 . дои : 10.1111/j.1467-8659.2007.01012.x . S2CID   62756490 .
  169. ^ П. Истман; В.С. Панде (2010). «OpenMM: аппаратно-независимая платформа для молекулярного моделирования» . Вычисления в науке и технике . 12 (4): 34–39. Бибкод : 2010CSE....12d..34E . дои : 10.1109/MCSE.2010.27 . ISSN   1521-9615 . ПМЦ   4486654 . ПМИД   26146490 .
  170. ^ И. Хак; В.С. Панде (2010). «Твердые данные о мягких ошибках: крупномасштабная оценка реальной частоты ошибок в GPGPU». 2010 г. 10-я Международная конференция IEEE/ACM по кластерным, облачным и грид-вычислениям . стр. 691–696. arXiv : 0910.0505 . дои : 10.1109/CCGRID.2010.84 . ISBN  978-1-4244-6987-1 . S2CID   10723933 .
  171. ^ Перейти обратно: а б с Лаборатория Панде (18 марта 2011 г.). «Часто задаваемые вопросы по АТИ» . Складной@дома . складной дом.org. Архивировано из оригинала (FAQ) 28 октября 2012 года . Проверено 8 июля 2013 г.
  172. ^ Виджай Панде (23 мая 2008 г.). «Новости графических процессоров (о поддержке GPU1, GPU2 и NVIDIA)» . Складной@дома . typepad.com . Архивировано из оригинала 18 октября 2012 года . Проверено 8 сентября 2011 г.
  173. ^ Трэвис Деселл; Энтони Уотерс; Малик Магдон-Исмаил; Болеслав К. Шиманский; Карлос А. Варела; Мэтью Ньюби; Хайди Ньюберг; Андреас Пржиставик; Дэвид Андерсон (2009). «Ускорение волонтерского вычислительного проекта MilkyWay@Home с помощью графических процессоров». 8-я Международная конференция по параллельной обработке и прикладной математике (PPAM 2009) . Часть I. Спрингер. стр. 276–288. CiteSeerX   10.1.1.158.7614 . ISBN  978-3-642-14389-2 .
  174. ^ Виджай Панде (10 апреля 2008 г.). «Открытая бета-версия GPU2» . Складной@дома . typepad.com . Архивировано из оригинала 9 июля 2012 года . Проверено 7 сентября 2011 г.
  175. ^ Виджей Панде (15 апреля 2008 г.). «Обновления на странице загрузки/GPU2 выходят в свет» . Складной@дома . typepad.com . Архивировано из оригинала 18 октября 2012 года . Проверено 7 сентября 2011 г.
  176. ^ Виджай Панде (11 апреля 2008 г.). «Открытое бета-тестирование GPU2 проходит хорошо» . Складной@дома . typepad.com . Архивировано из оригинала 22 сентября 2012 года . Проверено 7 сентября 2011 г.
  177. ^ Перейти обратно: а б Виджай Панде (24 апреля 2010 г.). «Подготовка к выпуску GPU3: новому клиенту и клиентам NVIDIA FAH GPU (в будущем) потребуется CUDA 2.2 или новее» . Складной@дома . typepad.com . Архивировано из оригинала 18 октября 2012 года . Проверено 8 сентября 2011 г.
  178. ^ Виджай Панде (25 мая 2010 г.). «Folding@home: Открытая бета-версия клиента/ядра GPU3» . Складной@дома . typepad.com . Архивировано из оригинала 3 октября 2012 года . Проверено 7 сентября 2011 г.
  179. ^ Джозеф Коффленд (генеральный директор Cauldron Development LLC и ведущий разработчик Folding@home) (13 октября 2011 г.). «Re: Выпущен FAHClient V7.1.38 (4-я открытая бета-версия)» . Складной@дома . Группа phpBB . Архивировано из оригинала 31 марта 2012 года . Проверено 15 октября 2011 г.
  180. ^ «Руководство по безголовой установке NVIDIA GPU3 Linux/Wine» . Складной@дома . Группа phpBB . 8 ноября 2008 года. Архивировано из оригинала 9 октября 2012 года . Проверено 5 сентября 2011 г.
  181. ^ Лаборатория Панде. «Статистика клиентов по ОС» . Складной@дома . складной дом.org. Архивировано из оригинала 3 сентября 2015 года . Проверено 8 июля 2013 г.
  182. ^ Брюс Борден (25 июня 2013 г.). «Графический процессор FahCore_17 теперь доступен в Windows и Linux» . Складной@дома . phpBB Группа . Проверено 30 сентября 2014 г.
  183. ^ «Будущее в биотехнологиях 27: складной дом при 1,3 петафлопс» . Castroller.com . КастРоллер. 28 декабря 2007. Архивировано из оригинала (интервью, веб-трансляция) 29 ноября 2011 года . Проверено 20 сентября 2012 г.
  184. ^ Перейти обратно: а б Эдгар Люттманн; Дэниел Л. Прапорщик; Вишал Вайдьянатан; Майк Хьюстон; Ноам Римон; Йеппе Оланд; Гуха Джаячандран; Марк Фридрихс; Виджай С. Панде (2008). «Ускорение молекулярно-динамического моделирования на клеточном процессоре и PlayStation 3» . Журнал вычислительной химии . 30 (2): 268–274. дои : 10.1002/jcc.21054 . ПМИД   18615421 . S2CID   33047431 .
  185. ^ Перейти обратно: а б Дэвид Э. Уильямс (20 октября 2006 г.). «Серьезная сторона PlayStation: борьба с болезнями» . Си-Эн-Эн. Архивировано из оригинала 22 июня 2012 года . Проверено 20 сентября 2012 г.
  186. ^ Джерри Ляо (23 марта 2007 г.). «Домашнее лечение: PlayStation 3 поможет изучить причины рака» . мб.ком . Издательская корпорация Манильского бюллетеня. Архивировано из оригинала 1 июля 2012 года . Проверено 20 сентября 2012 г.
  187. ^ Лу Кестен, Associated Press (26 марта 2007 г.). «Неделя новостей о видеоиграх: «God of War II» штурмует PS2; исследовательский проект для PS3» . Post-Gazette.com . Питтсбург Пост-Газетт . Архивировано из оригинала 20 июня 2012 года . Проверено 20 сентября 2012 г.
  188. ^ Элейн Чоу (18 сентября 2008 г.). «Служба новостей PS3, жизнь с PlayStation, теперь доступна для скачивания» . Gizmodo.com . Гизмодо . Архивировано из оригинала 20 июня 2012 года . Проверено 20 сентября 2012 г.
  189. ^ Виджай Панде (18 сентября 2008 г.). «Жизнь с Playstation — новое обновление клиента FAH/PS3» . Складной@дома . typepad.com . Архивировано из оригинала 18 октября 2012 года . Проверено 24 февраля 2012 г.
  190. ^ Лаборатория Панде (30 мая 2012 г.). «Часто задаваемые вопросы по PS3» . Складной@дома . складной дом.org. Архивировано из оригинала (FAQ) 13 мая 2013 года . Проверено 8 июля 2013 г.
  191. ^ Эрик Лемпель (21 октября 2012 г.). «Обновление системного программного обеспечения PS3 (v4.30)» . Блог PlayStation . Сони . Архивировано из оригинала 24 октября 2012 года . Проверено 21 октября 2012 г.
  192. ^ «Прекращение жизни с PlayStation» . Жизнь с PlayStation . Сони . 6 ноября 2012 года. Архивировано из оригинала 13 ноября 2012 года . Проверено 8 ноября 2012 г.
  193. ^ Перейти обратно: а б Виджай Панде (15 июня 2008 г.). «Что делает ядро ​​SMP?» . Складной@дома . typepad.com . Архивировано из оригинала 3 октября 2012 года . Проверено 7 сентября 2011 г.
  194. ^ Дэниел Л. Прапорщик; Питер М. Кассон; Виджай С. Панде (2007). «Неоднородность даже на пределе скорости складывания: крупномасштабное молекулярно-динамическое исследование быстро складывающегося варианта головного убора злодея» . Журнал молекулярной биологии . 374 (3): 806–816. дои : 10.1016/j.jmb.2007.09.069 . ПМЦ   3689540 . ПМИД   17950314 .
  195. ^ Перейти обратно: а б Виджай Панде (8 марта 2008 г.). «Разработка нового клиента/ядра Windows (SMP и классические клиенты)» . Складной@дома . typepad.com . Архивировано из оригинала 15 октября 2012 года . Проверено 30 сентября 2011 г.
  196. ^ Перейти обратно: а б Питер Кассон (сотрудник лаборатории Pande) (15 июля 2009 г.). «новая версия: сверхбольшие рабочие единицы» . Складной@дома . Группа phpBB . Архивировано из оригинала 11 ноября 2012 года . Проверено 9 октября 2011 г.
  197. ^ Виджай Панде (7 февраля 2012 г.). «Обновление «bigadv-16», новой версии bigadv» . Складной@дома . typepad.com . Архивировано из оригинала 3 октября 2012 года . Проверено 9 февраля 2012 г.
  198. ^ Виджай Панде (2 июля 2011 г.). «Изменение в системе начисления баллов за работы подразделений bigadv» . Складной@дома . typepad.com . Архивировано из оригинала 18 октября 2012 года . Проверено 24 февраля 2012 г.
  199. ^ Виджай Панде (15 января 2014 г.). «Пересмотренные планы эксперимента BigAdv (BA)» . Проверено 6 октября 2014 г.
  200. ^ Перейти обратно: а б Лаборатория Панде (23 марта 2012 г.). «Руководство по установке Windows (FAH V7)» . Складной@дома . складной дом.org. Архивировано из оригинала (Руководство) 28 октября 2012 года . Проверено 8 июля 2013 г.
  201. ^ Перейти обратно: а б с Виджай Панде (29 марта 2011 г.). «Клиент версии 7 сейчас находится в открытой бета-версии» . Складной@дома . typepad.com . Архивировано из оригинала 3 октября 2012 года . Проверено 14 августа 2011 г.
  202. ^ Виджай Панде (22 марта 2012 г.). «Обновление веб-страницы и внедрение версии 7» . Складной@дома . typepad.com . Архивировано из оригинала 3 октября 2012 года . Проверено 22 марта 2012 г.
  203. ^ Виджай Панде (31 марта 2011 г.). «Выпущена версия Core 16 для ATI; также обратите внимание на поддержку графических процессоров NVIDIA для старых плат» . Складной@дома . typepad.com . Архивировано из оригинала 3 октября 2012 года . Проверено 7 сентября 2011 г.
  204. ^ Ашофилд и Джейкоффленд (3 октября 2011 г.). «Билет №736 (ссылка на GPL в FAHControl)» . Складной@дома . Трек . Архивировано из оригинала 28 мая 2012 года . Проверено 12 октября 2012 г.
  205. ^ Панде, Виджай (24 февраля 2014 г.). «Добавление совершенно нового способа сворачивания прямо в браузере» . Foldingathome.org . Лаборатория Панде, Стэнфордский университет . Проверено 13 февраля 2015 г.
  206. ^ «Уведомление об отключении веб-клиента NaCL» . Складной@Дом . Архивировано из оригинала 12 апреля 2019 года . Проверено 29 августа 2019 г.
  207. ^ Панде, Виджай (7 июля 2015 г.). «Первая полная версия нашего клиента Folding@Home для мобильных телефонов Android» . Складной@Дом . Foldingathome.org . Проверено 31 мая 2016 г.
  208. ^ «Складывание@Дом» . Гугл Плей . 2016 . Проверено 31 мая 2016 г.
  209. ^ «Капитальный ремонт Android-клиента» . Складной@дома . 2 февраля 2018 года . Проверено 22 июля 2019 г.
  210. ^ Ленсинк М.Ф., Мендес Р., Водак С.Дж. (декабрь 2007 г.). «Стыковка и оценка белковых комплексов: CAPRI, 3-е издание». Белки . 69 (4): 704–18. дои : 10.1002/прот.21804 . ПМИД   17918726 . S2CID   25383642 .
  211. ^ Грегори Р. Боуман; Виджай С. Панде (2009). «Имитация отпуска дает представление о функции оценки Rosetta с низким разрешением». Белки: структура, функции и биоинформатика . 74 (3): 777–88. дои : 10.1002/прот.22210 . ПМИД   18767152 . S2CID   29895006 .
  212. ^ Г. Р. Боуман и В. С. Панде (2009). Хофманн, Андреас (ред.). «Роль энтропии и кинетики в предсказании структуры» . ПЛОС ОДИН . 4 (6): е5840. Бибкод : 2009PLoSO...4.5840B . дои : 10.1371/journal.pone.0005840 . ПМЦ   2688754 . ПМИД   19513117 .
  213. ^ Gen_X_Accord, Виджай Панде (11 июня 2006 г.). «Folding@home против Rosetta@home» . Rosetta@home Форумы . Университет Вашингтона . Архивировано из оригинала 8 августа 2014 года . Проверено 20 сентября 2012 г.
  214. ^ Виджай Панде (13 октября 2011 г.). «Сравнение подходов FAH и Антона» . Складной@дома . typepad.com . Архивировано из оригинала 5 октября 2012 года . Проверено 25 февраля 2012 г.
  215. ^ Перейти обратно: а б с Томас Дж. Лейн; Грегори Р. Боуман; Кайл А. Бошан; Винсент Элвин Вельц; Виджай С. Панде (2011). «Модель состояния Маркова демонстрирует складывающуюся и функциональную динамику на сверхдлинных траекториях МД» . Журнал Американского химического общества . 133 (45): 18413–9. дои : 10.1021/ja207470h . ПМК   3227799 . ПМИД   21988563 .
  216. ^ Дэвид Э. Шоу; и др. (2009). «Моделирование молекулярной динамики в миллисекундном масштабе на Антоне». Материалы конференции по высокопроизводительным вычислительным сетям, хранению данных и анализу - SC '09 . стр. 1–11. дои : 10.1145/1654059.1654099 . ISBN  978-1-60558-744-8 . S2CID   53234452 .
  217. ^ Дэвид Э. Шоу; и др. (2010). «Характеристика структурной динамики белков на атомном уровне». Наука . 330 (6002): 341–346. Бибкод : 2010Sci...330..341S . дои : 10.1126/science.1187409 . ПМИД   20947758 . S2CID   3495023 .
  218. ^ Дэвид Э. Шоу; Мартин М. Денерофф; Рон О. Дрор; Джеффри С. Каскин; Ричард Х. Ларсон; Джон К. Салмон; Клифф Янг; Брэннон Бэтсон; Кевин Дж. Бауэрс; Джек С. Чао; Майкл П. Иствуд; Джозеф Гальярдо; Дж. П. Гроссман; К. Ричард Хо; Дуглас Дж. Иерарди; и др. (2008). «Антон. Специализированная машина для моделирования молекулярной динамики» . Коммуникации АКМ . 51 (7): 91–97. дои : 10.1145/1364782.1364802 .
  219. ^ Рон О. Дрор; Роберт М. Диркс; Дж. П. Гроссман; Хуафэн Сюй; Дэвид Э. Шоу (2012). «Биомолекулярное моделирование: вычислительный микроскоп для молекулярной биологии». Ежегодный обзор биофизики . 41 : 429–52. doi : 10.1146/annurev-biophys-042910-155245 . ПМИД   22577825 .
  220. ^ Ти Джей Лейн (сотрудник лаборатории Pande) (6 июня 2011 г.). «Проекты 7610 и 7611 в бета-версии» . Складной@дома . Группа phpBB . Архивировано из оригинала 9 августа 2014 года . Проверено 25 февраля 2012 г. ( требуется регистрация )
  221. ^ Лаборатория Панде. «Описание проекта 7610» . Складной@дома . Архивировано из оригинала 6 января 2016 года . Проверено 26 февраля 2012 г.

Источники

[ редактировать ]
[ редактировать ]
Викискладе есть медиафайлы по теме Folding@home .
Послушайте эту статью ( 1 час 13 минут )
Продолжительность: 1 час 13 минут 24 секунды.
Разговорная иконка Википедии
Этот аудиофайл был создан на основе редакции этой статьи от 7 октября 2014 г. ( 07.10.2014 ) и не отражает последующие изменения.
( Аудио помощь · Больше устных статей )

Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Folding@home&oldid=1236918314"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: abbb82ce7d965b4e2ef4a0fcff1d8bdd__1722051660
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/ab/dd/abbb82ce7d965b4e2ef4a0fcff1d8bdd.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Folding@home - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)