WD40 повтор
(Перенаправлено из повторов WD )
| Домен WD, G-бета-повтор | |||
|---|---|---|---|
 Ленточная диаграмма С-концевого домена WD40 Tup1 ( корепрессора транскрипции у дрожжей), который имеет 7-лопастную складку бета-пропеллера . Лента окрашена в цвет от синего ( N-конец ) до красного ( С-конец ). [ 1 ] | |||
| Идентификаторы | |||
| Символ | ВД40 | ||
| Пфам | PF00400 | ||
| Пфам Клан | CL0186 | ||
| ИнтерПро | ИПР001680 | ||
| PROSITE | PDOC00574 | ||
| ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ 2 | 1гп2 / СКОПе / СУПФАМ | ||
| CDD | cd00200 | ||
| |||
Повтор WD40 (также известный как повтор WD или повтор бета-трансдуцина ) представляет собой короткий структурный мотив , состоящий примерно из 40 аминокислот , часто оканчивающийся дипептидом триптофан - аспарагиновой кислоты (WD). [ 2 ] Тандемные копии этих повторов обычно складываются вместе, образуя тип кольцевого соленоидного белкового домена, называемый доменом WD40 .
Структура
[ редактировать ]Белки, содержащие домен WD40, имеют от 4 до 16 повторяющихся единиц, каждая из которых, как полагают, образует кольцевую структуру бета-пропеллера (см. рисунок справа). [ 3 ] [ 4 ] Домен WD40 состоит из нескольких повторов: вариабельной области, состоящей примерно из 20 остатков в начале, за которой следует более распространенный повторяющийся набор остатков. Эти повторы обычно образуют четырехцепочечный антипараллельный бета-лист или лезвие. Эти лопасти собираются вместе, образуя пропеллер, наиболее распространенным из которых является бета-пропеллер с 7 лопастями. Лезвия сцепляются так, что последняя бета-цепь одного повтора образует первые три следующего повтора, образуя трехмерную структуру лезвия.
Функция
[ редактировать ]Белки с повторами WD40 представляют собой большое семейство, обнаруженное у всех эукариот , и участвуют в различных функциях, начиная от передачи сигнала и регуляции транскрипции до контроля клеточного цикла , аутофагии и апоптоза . [ 5 ] Основная общая функция всех белков с повторами WD40 — это координация мультибелковых комплексов, где повторяющиеся единицы служат жестким каркасом для белковых взаимодействий. Специфичность белков определяется последовательностями вне самих повторов. Примерами таких комплексов являются G-белки (бета-субъединица — бета-пропеллер), транскрипционный фактор TAFII и убиквитинлигаза Е3 . [ 3 ] [ 4 ]
Примеры
[ редактировать ]Согласно первоначальному анализу генома человека, повторы WD40 являются восьмым по величине семейством белков. Всего было идентифицировано 277 белков, содержащих их. [ 6 ] Гены человека, кодирующие белки, содержащие этот домен, включают:
- AAAS , AAMP , AHI1 , AMBRA1 , APAF1 , ARPC1A , ARPC1B , ATG16L1 ,
- БОП1 , БРВД1 , БРВД3 , БТРК , БУБ3 ,
- C6orf11 , CDC20 , CDC40 , CDRT1 , CHAF1B , CIAO1 , CIRH1A , COPA , COPB2 , CORO1A , CORO1B , CORO1C , CORO2A , CORO2B , CORO6 , CORO7 , CSTF1 ,
- DDB2 , DENND3 , DMWD , DMXL1 , DMXL2 , DNAI1 , DNAI2 , DNCI1 , DTL , DYNC1I1 , DYNC1I2 , EDC4 ,
- EED , EIF3S2 , ELP2 , EML1 , EML2 , EML3 , EML4 , EML4-ALK , EML5 , ERCC8 ,
- FBXW10 , FBXW11 , FBXW2 , FBXW4 , FBXW5 , FBXW7 , FBXW8 , FBXW9 , FZR1 ,
- GBL, GEMIN5 , GNB1 , GNB1L , GNB2 , GNB2L1 , GNB3 , GNB4 , GNB5 , GRWD1 , GTF3C2 ,
- ГЕРЦ1 , ХИРА , ХЗГДЖ ,
- ИФТ121 , ИФТ122 , ИФТ140 , ИФТ172 , ИФТ80 , ИКВД1 ,
- КАТНБ1 , КИАА1336 , КИФ21А , КИФ21Б , КМ-ПА-2 ,
- КЕАП1 ,
- LLGL1 , LLGL2 , LRBA , LRRK1 , LRRK2 , LRWD1 , LYST ,
- МАПКБП1 , МЕД16 , МОРГ1 ,
- NBEA , NBEAL1 , NEDD1 , NLE1 , NSMAF , NUP37 , NUP43 , NWD1 ,
- PAAF1 , PAFAH1B1 , PAK1IP1 , PEX7 , PHIP , PIK3R4 , PLAA , PLRG1 , PPP2R2A , PPP2R2B , PPP2R2D , PPP2R2C , PPWD1 , PREB , PRPF19 , PRPF4 , PWP1 , PWP2 ,
- RAE1 , RPTOR , RBBP4 , RBBP5 , RBBP7 , RFWD2 , RFWD3 , RRP9 ,
- SCAP , SEC13 , SEC31A , SEC31B , SEH1L , SHKBP1 , SMU1 , SPAG16 , SPG, STRAP , STRN , STRN3 , STRN4 , STXBP5 , STXBP5L ,
- TAF5 , TAF5L , TBL1X , TBL1XR1 , TBL1Y , TBL2 , TBL3 , TEP1 , THOC3 , THOC6 , TLE1 , TLE2 , TLE3 , TLE4 , TLE6 , TRAF7 , TSSC1 , TULP4 , TUWD12 ,
- УТП15 , УТП18 ,
- WAIT1 , WDF3 , WDFY1 , WDFY2 , WDFY3 , WDFY4 , WDHD1 , WDR1 , WDR10 , WDR11 , WDR12 , WDR13 , WDR16 , WDR18 , WDR19 , WDR20 , WDR21A , WDR21C , WDR17 , WDR22 , WDR23 , WDR24 , WDR25 , WDR26 , WDR27 , WDR3 , WDR31 , WDR32 , WDR33 , WDR34 , WDR35 , WDR36 , WDR37 , WDR38 , WDR4 , WDR40A , WDR40B , WDR40C , WDR41 , WDR42A , WDR42B , WDR43 , WDR44 , WDR46 , WDR47 , WDR48 , WDR49 , WDR5 , WDR51A , WDR51B , WDR52 , WDR53 , WDR54 , WDR55 , WDR57 , WDR59 , WDR5B , WDR6 , WDR60 , WDR61 , WDR62 , WDR63 , WDR64 , WDR65 , WDR66 , WDR67 , WDR68 , WDR69 , WDR7 , WDR70 , WDR72 , WDR73 , WDR74 , WDR75 , WDR76 , WDR77 , WDR78 , WDR79 , WDR8 , WDR81 , WDR82 , WDR85 , WDR86 , WDR88 , WDR89 , WDR90 , WDR91 , WDR92 , WDSOF1 , WDSUB1 , WDTC1 , WSB1 , WSB2 ,
- ZFP106
| ген WDR | другие названия генов | NCBI Введите Идентификатор гена |
Заболевания человека, связанные с мутациями |
|---|---|---|---|
| WDR1 | АИП1; НОРИ-1; ХЭЛ-С-52 | 9948 | |
| WDR2 | КОРО2А ; ИР10; КЛИПИНБ | 7464 | |
| WDR3 | ДИП2; УТП12 | 10885 | |
| WDR4 | ТРМ82; ТРМТ82 | 10785 | |
| WDR5 | SWD3; БИГ-3; CFAP89 | 11091 | |
| WDR6 | 11180 | ||
| WDR7 | СЛЕД; КИАА0541; Рабконнектин 3 бета | 23335 | |
| WDR8 | WRAP73 | 49856 | |
| ДДР9 | БРВД1 ; Н143; C21orf107 | 54014 | |
| ДДР10 | ИФТ122 ; ЦЭД; САУ; ЦЭД1; WDR10p; WDR140 | 55764 | синдром Сенсенбреннера |
| ДДР11 | ДР11; ХН14; БРВД2; WDR15 | 55717 | синдром Каллмана |
| WDR12 | YTM1 | 55759 | |
| WDR13 | МГ21 | 64743 | |
| WDR14 | ГНБ1Л ; ГГ2; ФКСГ1; ВДВКФ; ДГКРК3 | 54584 | |
| WDR15 | ДДР11 | ||
| WDR16 | CFAP52 ; WDRPUH | 146845 | |
| ДДР17 | 116966 | ||
| WDR18 | Ипи3 | 57418 | |
| ДДР19 | АТД5; КЭД4; ДЮФ-2; ОРС26; Осег6; ПРУДМП; ССРД5; ИФТ144; НПХП13 | 57728 | Синдром Сенсенбреннера , синдром Янга |
| ДДР20 | ДМР | 91833 | |
| WDR21 | ДКАФ4 ; WDR21A | 26094 | |
| WDR22 | ДКАФ5 ; БЦРГ2; BCRP2 | 8816 | |
| WDR23 | ДКВА11 ; ГЛ014; ПРО2389 | 80344 | |
| WDR24 | JFP7; C16orf21 | 84219 | |
| WDR25 | C14orf67 | 79446 | |
| WDR26 | CDW2; ГИД7; МИП2 | 80232 | |
| WDR27 | 253769 | ||
| WDR28 | ЗЕМЛЯ1; CDW4; КРУГЛЫЙ; RRB1 | 83743 | |
| WDR29 | СПАГ16 ; ПФ20 | 79582 | |
| WDR30 | АТГ16Л1 ; ВЗК10; АПГ16Л; АТГ16А; АТГ16Л | 55054 | болезнь Крона |
| WDR31 | 114987 | ||
| WDR32 | ДКВА10 | 79269 | |
| WDR33 | NET14; ВДК146 | 55339 | |
| WDR34 | ДИК5; ФАП133; ССРД11 | 89891 | Синдром Янга |
| WDR35 | КЭД2; ИФТА1; ССРД7; IFT121 | 57539 | синдром Сенсенбреннера |
| WDR36 | GLC1G; УТП21; ТАВДРП; ТА-WDRP | 134430 | Первичная открытоугольная глаукома |
| WDR37 | 22884 | ||
| WDR38 | 401551 | ||
| WDR39 | ПРИВЕТ1 ; ЦРУ1 | 9391 | |
| WDR40A | ДКАФ12 ; СТ102; ТСС52; КИАА1892 | 25853 | |
| WDR41 | MSTP048 | 55255 | |
| WDR43 | УТП5; NET12 | 23160 | |
| WDR44 | РПХ11; РАБ11БП | 54521 | |
| WDR45 | ДМ5; НБИА4; НБИА5; ВДРХ1; ВИПИ4; ВИПИ-4 | 11152 | Нейродегенерация, связанная с бета-пропеллерным белком (BPAN) |
| WDR46 | УТП7; БИНГ4; ФП221; C6orf11 | 9277 | |
| WDR47 | НЕМИТИН; КИАА0893 | 22911 | |
| WDR48 | Р80; УАФ1; СПГ60 | 57599 | |
| WDR49 | 151790 | ||
| WDR50 | УТП18 ; CGI-48 | 51096 | |
| WDR52 | CFAP44 | 55779 | |
| WDR53 | 348793 | ||
| WDR54 | 84058 | ||
| WDR55 | 54853 | ||
| WDR56 | ИФТ80 ; АТД2; ССРД2 | 57560 | Синдром Янга |
| WDR57 | СНРНП40 ; СПФ38; ПРП8ВР; HPRP8BP; PRPF8BP | 9410 | |
| WDR58 | ТОС6 ; ББИС; fSAP35 | 79228 | |
| WDR59 | ФП977 | 79726 | |
| WDR60 | СРПС6; ССРД8; ФАП163 | 55112 | Синдром Янга |
| WDR61 | ЛЫЖИ8; РЕК14 | 80349 | |
| WDR62 | MCPH2; C19orf14 | 284403 | микроцефалия |
| WDR63 | ДИК3; Нью-Йорк-SP29 | 126820 | |
| WDR64 | 128025 | ||
| WDR65 | CFAP57 ; ВВС2 | 149465 | Синдром Ван дер Вуда |
| WDR66 | КаМ-IP4 | 144406 | |
| WDR67 | ТБС1D31 ; Gm85 | 93594 | |
| WDR68 | ДКАФ7 ; АН11; ХАН11; ЛЕБЕДЬ-1 | 10238 | |
| WDR69 | DAW1 ; ОПР16 | 164781 | |
| WDR70 | 55100 | ||
| WDR71 | ПААФ1 ; ПААФ; 14 рупий | 80227 | |
| WDR72 | АИ2А3 | 256764 | Несовершенный амелогенез |
| WDR73 | ХСПЦ264 | 84942 | |
| WDR74 | 54663 | ||
| WDR75 | NET16; УТП17 | 84128 | |
| WDR76 | CDW14 | 79968 | |
| WDR77 | р44; МЕР50; МВП-50; НКМТ1069; Нбла10071; p44/Mep50 | 79084 | |
| WDR78 | ДИК4 | 79819 | |
| WDR79 | WRAP53 ; ДКСБ3; TCAB1 | 55135 | |
| WDR80 | АТГ16Л ; АТГ16Б | 89849 | |
| WDR81 | CAMRQ2; ППП1Р166 | 124997 | мозжечковая атаксия, умственная отсталость и синдром нарушения равновесия-2 |
| WDR82 | СВД2; МСТ107; ВДР82А; MSTP107; ПРО2730; ТМЕМ113; PRO34047 | 80335 | |
| WDR83 | МОРГ1 | 84292 | |
| WDR84 | ПАК1ИП1 ; ПИП1; МАК11 | 55003 | |
| WDR85 | ДПХ7 ; РРТ2; C9orf112 | 92715 | |
| WDR86 | 349136 | ||
| WDR87 | Нью-Йорк-SP11 | 83889 | |
| WDR88 | PQWD | 126248 | |
| WDR89 | MSTP050; C14orf150 | 112840 | |
| WDR90 | С16орф15; С16орф16; С16орф17; С16орф18; C16orf19 | 197335 | |
| WDR91 | HSPC049 | 29062 | |
| WDR92 | МОНАД | 116143 | |
| WDR93 | 56964 | ||
| WDR94 | АМБРА1 ; DCAF3 | 55626 | |
| WDR96 | CFAP43 ; C10orf79 | 80217 |
См. также
[ редактировать ]- Бета-пропеллер
- Томосин , белок с двумя доменами WD40.
- Белковые тандемные повторы
Ссылки
[ редактировать ]- ^ ВВП : 1erj ; Спрэг Э.Р., Редд М.Дж., Джонсон А.Д., Вольбергер С. (июнь 2000 г.). «Структура С-концевого домена Tup1, корепрессора транскрипции у дрожжей» . ЭМБО Дж . 19 (12): 3016–27. дои : 10.1093/emboj/19.12.3016 . ПМК 203344 . ПМИД 10856245 .
- ^ Нир Э.Дж., Шмидт С.Дж., Намбудрипад Р., Смит Т.Ф. (сентябрь 1994 г.). «Древнее семейство регуляторных белков белков WD-повторения». Природа . 371 (6495): 297–300. Бибкод : 1994Natur.371..297N . дои : 10.1038/371297a0 . ПМИД 8090199 . S2CID 600856 .
- ^ Jump up to: а б Смит Т.Ф., Гаитацес К., Саксена К., Нир Э.Дж. (май 1999 г.). «Повтор WD40: общая архитектура для разнообразных функций» . Тенденции биохимии. Наука . 24 (5): 181–5. дои : 10.1016/S0968-0004(99)01384-5 . ПМИД 10322433 .
- ^ Jump up to: а б Ли Д., Робертс Р. (декабрь 2001 г.). «Белки с WD-повторами: характеристики структуры, биологическая функция и их участие в заболеваниях человека» . Клетка. Мол. Наука о жизни . 58 (14): 2085–97. дои : 10.1007/PL00000838 . ПМЦ 11337334 . ПМИД 11814058 . S2CID 20646422 .
- ^ Стирниманн CU, Петсалаки Э, Рассел РБ, Мюллер CW (май 2010 г.). «Белки WD40 способствуют развитию сотовых сетей». Тенденции биохимии. Наука . 35 (10): 565–74. дои : 10.1016/j.tibs.2010.04.003 . ПМИД 20451393 .
- ^ Ландер Э.С., Линтон Л.М., Биррен Б. и др. (февраль 2001 г.). «Первичное секвенирование и анализ генома человека» (PDF) . Природа . 409 (6822): 860–921. дои : 10.1038/35057062 . ПМИД 11237011 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]- ресурса Eukaryotic Linear Motif Класс мотива LIG_APCC_Dbox_1
- ресурса Eukaryotic Linear Motif Класс мотива LIG_APCC_KENbox_2
- ресурса Eukaryotic Linear Motif Класс мотива LIG_COP1
- ресурса Eukaryotic Linear Motif Класс мотива LIG_CRL4_Cdt2_1
- ресурса Eukaryotic Linear Motif Класс мотива LIG_CRL4_Cdt2_2
- ресурсов Eukaryotic Linear Motif Класс мотивов LIG_EH1_1
- ресурса Eukaryotic Linear Motif Класс мотива LIG_GLEBS_BUB3_1
- ресурса Eukaryotic Linear Motif Класс мотива LIG_RAPTOR_TOS_1
- ресурсов Eukaryotic Linear Motif Класс мотивов LIG_SCF_FBW7_1
- ресурса Eukaryotic Linear Motif Класс мотива LIG_SCF_FBW7_2
- Eukaryotic Linear Motif Класс мотивов LIG_SCF-TrCP1_1
- ресурса Eukaryotic Linear Motif Класс мотива LIG_WRPW_1
- ресурса Eukaryotic Linear Motif Класс мотива LIG_WRPW_2
- ресурса Eukaryotic Linear Motif Класс мотива TRG_ER_diArg_1
- ресурса Eukaryotic Linear Motif Класс мотива TRG_ER_diLys_1
- ресурса Eukaryotic Linear Motif Класс мотива TRG_Golgi_diPhe_1
- ресурсов Eukaryotic Linear Motif Класс мотивов TRG_PTS2