WD40 повторение
(Перенаправлено из WD-повторения )
| WD Domain, G-бета-повтор | |||
|---|---|---|---|
 Диаграмма ленты C-концевого домена WD40 TUP1 (транскрипционный корепрессор у дрожжей), который принимает 7-летнюю бета-пропеллер . Лента окрашена от синего ( n-конец ) до красного ( C-конце ). [ 1 ] | |||
| Идентификаторы | |||
| Символ | WD40 | ||
| Pfam | PF00400 | ||
| PFAM клан | CL0186 | ||
| InterPro | IPR001680 | ||
| PROSITE | PDOC00574 | ||
| Краткое содержание | 1gp2 / scope / supfam | ||
| CDD | CD00200 | ||
| |||
Повторение WD40 (также известное как повтор WD или бета -трансдуцин ) представляет собой короткий структурный мотив из приблизительно 40 аминокислот , часто заканчивая в дипептиде триптофан -аспартациновой кислоты (WD). [ 2 ] Тандемные копии этих повторений обычно складываются вместе, образуя тип круглого домена соленоидного белка, называемый доменом WD40 .
Структура
[ редактировать ]Доменные белки WD40 имеют от 4 до 16 повторяющихся единиц, которые, как считается, образуют круговую структуру бета-пропеллера (см. Рисунок справа). [ 3 ] [ 4 ] Домен WD40 состоит из нескольких повторов, переменной области из около 20 остатков в начале, за которым следует более распространенный набор остатков. Эти повторения обычно образуют четырехлистный антипараллельный бета-лист или лезвие. Эти лезвия объединяются, чтобы сформировать винт с наиболее распространенным - 7 -летний бета -пропеллер. Клеки связываются так, чтобы последняя бета -нить одного повторения образуется с первыми тремя следующими повторением, чтобы сформировать структуру 3D лезвия.
Функция
[ редактировать ]Белки WD40-повторения являются большим семейством, обнаруженными во всех эукариотах и участвуют в различных функциях, начиная от трансдукции сигнала и регуляции транскрипции до контроля клеточного цикла , аутофагии и апоптоза . [ 5 ] Основной общей функцией всех белков WD40-повторного оборота является координация многопротеиновых комплексных сборок, где повторяющиеся единицы служат жестким каркасом для белковых взаимодействий. Специфичность белков определяется последовательностями вне повторений. Примерами таких комплексов являются G-белки (бета-субъединица является бета-пропеллером), транскрипционный фактор TAFII и убиквитин-лигаза E3 . [ 3 ] [ 4 ]
Примеры
[ редактировать ]Согласно первоначальному анализу человеческого генома WD40, повторения являются восьмым по величине семейством белков. В всех 277 белках были идентифицированы, чтобы они содержали их. [ 6 ] Человеческие гены, кодирующие белки, содержащие этот домен, включают:
- AAAS , AAMP , AHI1 , AMBRA1 , APAF1 , ARPC1A , ARPC1B , ATG16L1 ,
- BOP1 , BRWD1 , BRWD3 , BTRC , BUB3 ,
- C6ORF11 , CDC20 , CDC40 , CDRT1 , Chaf1b , CIAO1 , CIRH1A , CUP , COPB2 корректирующих корректирование , Коррецилизация , CORO2A, CORO2B, CORO6, CORO7, CSTF1Coro1c
- DDB2 , Dennd3 , DMWD , DMXL1 , DMXL2 , DNAI1 , DNAI2 , DNCI1 , DTL , DYNC1I1 , DYNC1I2 , EDC4 ,
- EED , EIF3S2 , ELP2 , EML1 , EML2 , EML3 , EML4 , EML4-ALK , EML5 , ERCC8 ,
- FBXW10 , FBXW11 , FBXW2 , FBXW4 , FBXW5 , FBXW7 , FBXW8 , FBXW9 , FZR1 ,
- GBL, GEMIN5 , GNB1 , GNB1L , GNB2 , GNB2L1 , GNB3 , GNB4 , GNB5 , GRWD1 , GTF3C2 ,
- Herc1 , Hira , Hzgj ,
- Ift121 , ift122 , ift140 , ift172 , ift80 , iqwd1 ,
- Katnb1 , KIAA1336 , KIF21A , KIF21B , KM-PA-2 ,
- Keap1 ,
- LLGL1 , LLGL2 , LRBA , LRRK1 , LRRK2 , LWD1 , Light ,
- MAPKBP1 , MED16 , MORG1 ,
- NBEA , NBEAL1 , NEDD1 , NLE1 , NSMAF , NUP37 , NUP43 , NWD1 ,
- PAAF1 , PAAH1B1 , PAK1B1 , PAK1IP1, PEX7 , PHIP , PIK3R4 , PLAA , PLRG1 , PPP2R2A , PPP2R2B , PPP2R2C , PPP2R2D , PPWD1 , PROB , PRPF19 , PRPF4 , PWP1 , PWP2 ,
- RAE1 , RPTOR , RBBP4 , RBBP5 , RBBP7 , RFWD2 , RFWD3 , RRP9 ,
- Scap , Sec13 , Sec31a , Sec31b , SEH1L , SHKBP1 , SRA1 , SPAG16 , SPG, Strap , STRN , Strn3 , Strn4 , STXBP5 , STXBP5L ,
- TAF5 , TAF5L , TBL1X , TBL1XR1 , TBL1Y , TBL2 , TBL3 , TEP1 , THOC3 , THOC6 , TLE1 , TLE2 , TLE3 , TLE4 , TLE6 , TRAF7 , TSSC1 , TULP4 , TUWD12 ,
- UTP15 , UTP18 ,
- WAIT1 , WDF3 , WDFY1 , WDFY2 , WDFY3 , WDFY4 , WDHD1 , WDR1 , WDR10 , WDR11 , WDR12 , WDR13 , WDR16 , WDR17 , WDR18 , WDR19 , WDR20 , WDR21A , WDR21C , WDR22 , WDR23 , WDR24 , WDR25 , WDR26 , WDR27 , WDR3 , WDR31 , WDR32 , WDR33 , WDR34 , WDR35 , WDR36 , WDR37 , WDR38 , WDR4 , WDR40A , WDR40B , WDR40C , WDR41, WDR47A , , WDR43 , WDR44, WDR46, WDR48, WDR48, WDR48, WDR47, WDR47, WDR47, WDR43 , WDR42B WDR43 , WDR43 , WDR43 , WDR43 , WDR47 , WDR43, WDR43 , WDR47 WDR43, WDR47, WDR47, WDR43, WDR43 , , WDR47 , WDR47 , WDR49 , WDR47 , WDR49 Dr51b , WDR52 , WDR53 , WDR54 , WDR55 , WDR57 , WDR59 , WDR5B , WDR6 , WDR60 , WDR61 , WDR62 , WDR63 , WDR64 , WDR65 , WDR66 , WDR67 , WDR68 , WDR69 , WDR7 , WDR70 , WDR72 , WDR73 , WDR74 , WDR75 , WDR76 , WDR77 , WDR78 , WDR79 , WDR8 , WDR81 , WDR82 , WDR85 , WDR86 , WDR88 , WDR89 , WDR90 , WDR91 , WDR92 , WDSOF1 , WDSUB1 , WDTC1 , WSB1 , WSB2 ,
- ZFP106
| Ген WDR | Другие названия генов | NCBI Enter Ген идентификатор |
Болезнь человека, связанные с мутациями |
|---|---|---|---|
| WDR1 | AIP1; Nore-1; HEL-S-52 | 9948 | |
| WDR2 | Coro2a ; IR10; Clipinb | 7464 | |
| WDR3 | DIP2; UTP12 | 10885 | |
| WDR4 | TRM82; TRMT82 | 10785 | |
| WDR5 | SWD3; Big-3; CFAP89 | 11091 | |
| WDR6 | 11180 | ||
| WDR7 | СЛЕД; KIAA0541; Rabconnectin 3 бета | 23335 | |
| WDR8 | Wrap73 | 49856 | |
| WDR9 | BRWD1 ; N143; C21ORF107 | 54014 | |
| WDR10 | IFT122 ; Кед; SPG; CED1; WDR10p; WDR140 | 55764 | Сенсенбреннер Синдром |
| WDR11 | DR11; HH14; BRWD2; WDR15 | 55717 | Синдром Каллмана |
| WDR12 | Ytm1 | 55759 | |
| WDR13 | MG21 | 64743 | |
| WDR14 | GNB1L ; GY2; FKSG1; WDVCF; DGCRK3 | 54584 | |
| WDR15 | WDR11 | ||
| WDR16 | CFAP52 ; Wdrpuh | 146845 | |
| WDR17 | 116966 | ||
| WDR18 | IPI3 | 57418 | |
| WDR19 | ATD5; CED4; DYF-2; ORF26; OSEG6; PUDDP; SRTD5; Ift144; NPHP13 | 57728 | Сенсенбреннер , синдром молодого |
| WDR20 | DMR | 91833 | |
| WDR21 | DCAF4 ; WDR21A | 26094 | |
| WDR22 | DCAF5 ; BCRG2; BCRP2 | 8816 | |
| WDR23 | DCAF11 ; GL014; Pro2389 | 80344 | |
| WDR24 | JFP7; C16ORF21 | 84219 | |
| WDR25 | C14orf67 | 79446 | |
| WDR26 | CDW2; GID7; MIP2 | 80232 | |
| WDR27 | 253769 | ||
| WDR28 | GRWD1; CDW4; Серый; RRB1 | 83743 | |
| WDR29 | SPAG16 ; PF20 | 79582 | |
| WDR30 | ATG16L1 ; IBD10; APG16L; ATG16A; ATG16L | 55054 | Болезнь Крона |
| WDR31 | 114987 | ||
| WDR32 | DCAF10 | 79269 | |
| WDR33 | Net14; WDC146 | 55339 | |
| WDR34 | DIC5; FAP133; SRTD11 | 89891 | Молодой синдром |
| WDR35 | CED2; Ifta1; SRTD7; IFT121 | 57539 | Сенсенбреннер Синдром |
| WDR36 | GLC1G; UTP21; Tawdrp; TA-WDRP | 134430 | Первичная глаукома с открытым углом |
| WDR37 | 22884 | ||
| WDR38 | 401551 | ||
| WDR39 | Привет 1 ; CIA1 | 9391 | |
| WDR40A | DCAF12 ; CT102; TCC52; KIAA1892 | 25853 | |
| WDR41 | MSTP048 | 55255 | |
| WDR43 | UTP5; Net12 | 23160 | |
| WDR44 | RPH11; Rab11bp | 54521 | |
| WDR45 | JM5; NBIA4; NBIA5; WDRX1; Wipi4; Wipi-4 | 11152 | Бета-пропеллер-ассоциированная нейродегенерация (BPAN) |
| WDR46 | UTP7; Bing4; FP221; C6ORF11 | 9277 | |
| WDR47 | В пределах мин; KIA0893 | 22911 | |
| WDR4 | P80; UAF1; SPG60 | 57599 | |
| WDR49 | 151790 | ||
| WDR50 | UTP18 ; CGI-48 | 51096 | |
| WDR52 | CFAP44 | 55779 | |
| WDR53 | 348793 | ||
| WDR54 | 84058 | ||
| WDR55 | 54853 | ||
| WDR56 | Ift80 ; ATD2; SRTD2 | 57560 | Молодой синдром |
| WDR57 | SNRNP40 ; SPF38; PRP8BP; HPRP8BP; PRPF8BP | 9410 | |
| WDR58 | Thoc6 ; BBI; FSAP35 | 79228 | |
| WDR59 | FP977 | 79726 | |
| WDR60 | SRPS6; SRTD8; FAP163 | 55112 | Молодой синдром |
| WDR61 | Ski8; Rec14 | 80349 | |
| WDR62 | MCP22; C19ORF14 | 284403 | микроцефалия |
| WDR63 | DIC3; Наслаждается SP29 | 126820 | |
| WDR64 | 128025 | ||
| WDR65 | CFAP57 ; VWS2 | 149465 | Синдром Ван дер Вуде |
| WDR66 | CAM-IP4 | 144406 | |
| WDR67 | TBC1D31 ; GM85 | 93594 | |
| WDR68 | DCAF7 ; An11; Han11; Swan-1 | 10238 | |
| WDR69 | DAW1 ; OD16 | 164781 | |
| WDR70 | 55100 | ||
| WDR71 | Paaf1 ; Пааф; RPN14 | 80227 | |
| WDR72 | AI2A3 | 256764 | Несовершенный амелогенез |
| WDR73 | HSPC264 | 84942 | |
| WDR74 | 54663 | ||
| WDR75 | Net16; UTP17 | 84128 | |
| WDR76 | CDW14 | 79968 | |
| WDR77 | P44; MEP50; MEP-50; HKMT1069; NBLA10071; P44/MEP50 | 79084 | |
| WDR78 | DIC4 | 79819 | |
| WDR79 | RAW53 ; DKCB3; TCAB1 | 55135 | |
| WDR80 | ATG16L ; ATG16B | 89849 | |
| WDR81 | Camrq2; PPP1R166 | 124997 | атаксия мозжечка, умственная отсталость и синдром-дискалирийство-2 |
| WDR82 | SWD2; MST107; WDR82A; MSTP107; Pro2730; TMEM113; Pro34047 | 80335 | |
| WDR83 | MORG1 | 84292 | |
| WDR84 | Pak1ip1 ; PIP1; Mak11 | 55003 | |
| WDR85 | DPH7 ; RRT2; C9ORF112 | 92715 | |
| WDR86 | 349136 | ||
| WDR87 | Наслаждается-sp11 | 83889 | |
| WDR88 | PQWD | 126248 | |
| WDR89 | MSTP050; C14orf150 | 112840 | |
| WDR90 | C16ORF15; C16orf16; C16orf17; C16orf18; C16orf19 | 197335 | |
| WDR91 | HSPC049 | 29062 | |
| WDR92 | Монад | 116143 | |
| WDR93 | 56964 | ||
| WDR94 | Ambra1 ; DCAF3 | 55626 | |
| WDR96 | CFAP43 ; Q10ORF79 | 80217 |
Смотрите также
[ редактировать ]- Бета-пропеллер
- Томосин , белок два домена WD40
- Белковое тандемное повторение
Ссылки
[ редактировать ]- ^ ВВП : 1erj ; Sprague ER, Redd MJ, Johnson AD, Wolberger C (июнь 2000 г.). «Структура С-концевого домена TUP1, корепрессора транскрипции у дрожжей» . Embo j . 19 (12): 3016–27. doi : 10.1093/emboj/19.12.3016 . PMC 203344 . PMID 10856245 .
- ^ Neer EJ, Schmidt CJ, Nambudripad R, Smith TF (сентябрь 1994 г.). «Древнее семейство регуляторных белков WD-повторных белков». Природа . 371 (6495): 297–300. Bibcode : 1994natur.371..297n . doi : 10.1038/371297A0 . PMID 8090199 . S2CID 600856 .
- ^ Jump up to: а беременный Смит Т.Ф., Гайцц С., Саксена К., Ниер Э.Дж. (май 1999). «Повторение WD40: общая архитектура для разнообразных функций» . Тенденции Biochem. Наука 24 (5): 181–5. doi : 10.1016/s0968-0004 (99) 01384-5 . PMID 10322433 .
- ^ Jump up to: а беременный Li D, Roberts R (декабрь 2001 г.). «Белки WD-повторения: характеристики структуры, биологическая функция и их участие в заболеваниях человека» . Клетка. Мол Life Sci . 58 (14): 2085–97. doi : 10.1007/pl00000838 . PMC 11337334 . PMID 11814058 . S2CID 20646422 .
- ^ Стирниман Cu, Petsalaki E, Russell RB, Müller CW (май 2010). «Белки WD40 продвигают клеточные сети». Тенденции Biochem. Наука 35 (10): 565–74. doi : 10.1016/j.tibs.2010.04.003 . PMID 20451393 .
- ^ Lander ES, Linton LM, Birren B, et al. (Февраль 2001 г.). «Начальное секвенирование и анализ генома человека» (PDF) . Природа . 409 (6822): 860–921. doi : 10.1038/35057062 . PMID 11237011 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]- Eukaryotic Linear Motif Resource Motif Class LIG_APCC_DBOX_1
- Эукариотический линейный мотив мотивы Class LIG_APCC_KENBOX_2
- Eukaryotic Linear Motif Resource Motif Class LIG_COP1
- Эукариотический линейный мотив мотивы класс LIG_CRL4_CDT2_1
- Eukaryotic Linear Motif Resource Motif Class LIG_CRL4_CDT2_2
- Эукариотический линейный мотив мотивы класс LIG_EH1_1
- Эукариотический линейный мотив мотивы Class LIG_GLEBS_BUB3_1
- Eukaryotic Linear Motif Resource Motif Class LIG_RAPTOR_TOS_1
- Eukaryotic Linear Motif Resource Motif Class LIG_SCF_FBW7_1
- Eukaryotic Linear Motif Resource Motif Class LIG_SCF_FBW7_2
- Eukaryotic Linear Motif Resource Motif Class LIG_SCF-TRCP1_1
- Eukaryotic Linear Motif Resource Motif Class LIG_WRPW_1
- Eukaryotic Linear Motif Resource Motif Class LIG_WRPW_2
- Eukaryotic Linear Motif Resource Class Class TRG_ER_DIARG_1
- Eukaryotic Linear Motif Resource Class Class TRG_ER_DILYS_1
- Eukaryotic Linear Motif Resource Motif Class TRG_GOLGI_DIPHE_1
- Эукариотический линейный мотив мотив класс TRG_PTS2