✖


Jump to content

ДНК-вирус

ортопоксвируса Частицы

ДНК -вирус — это вирус которого , геном состоит из дезоксирибонуклеиновой кислоты (ДНК), которая реплицируется ДНК-полимеразой . Их можно разделить на вирусы с двумя цепочками ДНК в геноме, называемые вирусами с двухцепочечной ДНК (дцДНК), и вирусы с одной нитью ДНК в геноме, называемые вирусами с одноцепочечной ДНК (оцДНК). Вирусы с дцДНК в основном принадлежат к двум царствам : Duplodnaviria и Varidnaviria , а вирусы с оцДНК почти исключительно относятся к царству Monodnaviria , которое также включает некоторые вирусы с дцДНК. Кроме того, многие ДНК-вирусы не отнесены к высшим таксонам. Вирусы с обратной транскрипцией, геном которых реплицируется через промежуточную РНК с помощью обратной транскриптазы , классифицируются в царство Paraarnavirae в сфере Riboviria .

ДНК-вирусы широко распространены во всем мире, особенно в морской среде, где они составляют важную часть морских экосистем и заражают как прокариотов , так и эукариотов . Похоже, что они имеют множественное происхождение, поскольку вирусы Monodnaviria, возникали из архейных и бактериальных плазмид по-видимому, неоднократно , хотя происхождение Duplodnaviria и Varidnaviria менее ясно.

К числу известных ДНК-вирусов, вызывающих заболевания, относятся герпесвирусы , папилломавирусы и поксвирусы .

Балтиморская классификация

[ редактировать ]

Система классификации Балтимора используется для группировки вирусов на основе способа синтеза информационной РНК (мРНК) и часто используется наряду со стандартной таксономией вирусов, основанной на истории эволюции. ДНК-вирусы составляют две балтиморские группы: группа I: двухцепочечные ДНК-вирусы и группа II: одноцепочечные ДНК-вирусы. Хотя классификация Балтимора в основном основана на транскрипции мРНК, вирусы в каждой группе Балтимора также обычно имеют один и тот же способ репликации. Вирусы балтиморской группы не обязательно имеют общее генетическое родство или морфологию. [1]

Вирусы с двухцепочечной ДНК

[ редактировать ]

Первая балтиморская группа ДНК-вирусов — это те, которые имеют геном двухцепочечной ДНК. МРНК всех дцДНК-вирусов синтезируется в трехэтапный процесс. Во-первых, комплекс преинициации транскрипции связывается с ДНК выше сайта, где начинается транскрипция, позволяя рекрутировать РНК-полимеразу хозяина . Во-вторых, как только РНК-полимераза задействована, она использует отрицательную цепь в качестве матрицы для синтеза цепей мРНК. В-третьих, РНК-полимераза завершает транскрипцию при достижении специфического сигнала, например сайта полиаденилирования . [2] [3] [4]

Вирусы дцДНК используют несколько механизмов для репликации своего генома. Широко используется двунаправленная репликация, при которой две репликационные вилки устанавливаются в месте начала репликации и движутся в противоположных направлениях друг от друга. [5] Также распространен механизм катящегося круга, который производит линейные нити, продвигаясь по петле вокруг кольцевого генома. [6] [7] Некоторые вирусы дцДНК используют метод замещения цепи, при котором одна цепь синтезируется из матричной цепи, а затем синтезируется комплементарная цепь из ранее синтезированной цепи, образуя геном дцДНК. [8] Наконец, некоторые вирусы с дцДНК реплицируются в рамках процесса, называемого репликативной транспозицией , при котором вирусный геном в ДНК клетки-хозяина реплицируется в другую часть генома хозяина. [9]

Вирусы дцДНК можно разделить на те, которые реплицируются в ядре клетки и, как таковые, относительно зависят от механизма транскрипции и репликации клетки-хозяина, и те, которые реплицируются в цитоплазме , и в этом случае они развились или приобрели свои собственные средства выполнения. транскрипция и репликация. [10] Вирусы дцДНК также обычно делятся на вирусы с дцДНК с хвостатым типом, относящиеся к представителям области Duplodnaviria , обычно хвостатые бактериофаги отряда Caudovirales , и бесхвостые или бесхвостые вирусы дцДНК из области Varidnaviria . [11] [12]

Одноцепочечные ДНК-вирусы

[ редактировать ]
Собачий парвовирус представляет собой вирус оцДНК.

Вторая балтиморская группа ДНК-вирусов — это те, которые имеют одноцепочечный ДНК-геном. Вирусы оцДНК имеют тот же способ транскрипции, что и вирусы дцДНК. он сначала преобразуется в двухцепочечную форму с помощью ДНК-полимеразы Однако, поскольку геном является одноцепочечным, при попадании в клетку-хозяина . Затем мРНК синтезируется из двухцепочечной формы. Двухцепочечная форма вирусов оцДНК может образовываться либо непосредственно после проникновения в клетку, либо в результате репликации вирусного генома. [13] [14] Эукариотические вирусы с оцДНК реплицируются в ядре. [10] [15]

Большинство вирусов оцДНК содержат кольцевые геномы, которые реплицируются посредством репликации по катящемуся кругу (RCR). RCR оцДНК инициируется эндонуклеазой , которая связывается с положительной цепью и расщепляет ее, позволяя ДНК-полимеразе использовать отрицательную цепь в качестве матрицы для репликации. Репликация происходит по петле вокруг генома посредством удлинения 3'-конца положительной цепи, вытеснения предыдущей положительной цепи, а эндонуклеаза снова расщепляет положительную цепь, создавая отдельный геном, который лигируется в кольцевую петлю. Новая оцДНК может быть упакована в вирионы или реплицирована с помощью ДНК-полимеразы с образованием двухцепочечной формы для транскрипции или продолжения цикла репликации. [13] [16]

Парвовирусы содержат линейные геномы оцДНК, которые реплицируются посредством вращающейся шпильки (RHR), что аналогично RCR. Геномы парвовирусов имеют шпильки на каждом конце генома, которые многократно разворачиваются и разворачиваются во время репликации, изменяя направление синтеза ДНК для перемещения вперед и назад по геному, создавая многочисленные копии генома в непрерывном процессе. Затем из этой молекулы с помощью вирусной эндонуклеазы вырезаются отдельные геномы. У парвовирусов как положительная, так и отрицательная смысловая цепь может быть упакована в капсиды, что варьируется от вируса к вирусу. [16] [17]

Почти все оцДНК-вирусы имеют позитивные смысловые геномы, но существует несколько исключений и особенностей. Семейство Anelloviridae — единственное семейство оцДНК, члены которого имеют кольцевые геномы с отрицательным смыслом. [15] Как упоминалось ранее, парвовирусы могут упаковывать как положительную, так и отрицательную смысловую цепь в вирионы. [14] Наконец, биднавирусы упаковывают как положительные, так и отрицательные линейные цепи. [15] [18]

Классификация ICTV

[ редактировать ]

Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV) курирует таксономию вирусов и систематизирует вирусы на базальном уровне в ранге области. Вирусные области соответствуют рангу домена, используемого для клеточной жизни, но отличаются тем, что вирусы внутри области не обязательно имеют общее происхождение , а сферы не имеют общего происхождения друг с другом. Таким образом, каждое вирусное царство представляет собой по крайней мере один случай появления вирусов. Внутри каждой области вирусы группируются на основе общих характеристик, которые хорошо сохраняются с течением времени. [19] Выделяют три области ДНК-вирусов: дуплоднавирия , моноднавирия и вариднавирия .

Дуплоднавирус

[ редактировать ]
Иллюстрированный образец дуплоднавирии вирионов

Дуплоднавирия содержит вирусы дцДНК, которые кодируют основной капсидный белок (MCP), имеющий складку HK97. Вирусы в этой области также имеют ряд других общих характеристик, включающих капсид и сборку капсида, включая икосаэдрическую форму капсида и фермент терминазу, который упаковывает вирусную ДНК в капсид во время сборки. В сферу включены две группы вирусов: хвостатые бактериофаги, поражающие прокариотов и отнесенные к порядку Caudovirales , и герпесвирусы, поражающие животных и отнесенные к порядку Herpesvirales . [11]

Дуплоднавирия — очень древняя сфера, возможно, предшествовавшая последнему универсальному общему предку (LUCA) клеточной жизни. Его происхождение неизвестно, а также является ли он монофилетическим или полифилетическим. Характерной особенностью является HK97-фолд, обнаруженный в MCP всех членов, который обнаруживается за пределами этой области только в инкапсулинах , типе нанокомпартмента, обнаруженного у бактерий: эта связь не до конца понятна. [11] [20] [21]

Связь между каудовирусами и герпесвирусами также неясна: они могут иметь общего предка или герпесвирусы могут быть отделившейся кладой из области Caudovirales . Общей чертой дуплоднавирусов является то, что они вызывают латентные инфекции без репликации, но при этом способны реплицироваться в будущем. [22] [23] Хвостатые бактериофаги распространены повсеместно. [24] важное значение в морской экологии, [25] и предмет многих исследований. [26] Известно, что вирусы герпеса вызывают различные эпителиальные заболевания, включая простой герпес , ветряную оспу и опоясывающий лишай , а также саркому Капоши . [27] [28] [29]

Моноднавирия

[ редактировать ]

Моноднавирия содержит вирусы оцДНК, кодирующие эндонуклеазу суперсемейства HUH, которая инициирует репликацию по катящемуся кругу , а также все другие вирусы, произошедшие от таких вирусов. Прототипические представители этого мира называются вирусами CRESS-ДНК и имеют кольцевые геномы оцДНК. От них произошли вирусы оцДНК с линейными геномами, а некоторые вирусы дцДНК с кольцевыми геномами, в свою очередь, произошли от вирусов с линейной оцДНК. [30]

Вирусы моноднавирии , по-видимому, неоднократно возникали из архейных и бактериальных плазмид — типа внехромосомной молекулы ДНК, которая самореплицируется внутри своего хозяина. Царство Shotokuvirae в этом царстве, вероятно, возникло в результате событий рекомбинации, которые объединили ДНК этих плазмид и комплементарную ДНК, кодирующую капсидные белки РНК-вирусов. [30] [31]

Вирусы CRESS-ДНК включают три царства, поражающие прокариоты: Loebvirae , Sangervirae и Trapavirae . Царство Shotokuvirae содержит эукариотические CRESS-ДНК-вирусы и атипичных представителей Monodnaviria . [30] Эукариотические моноднавирусы связаны со многими заболеваниями, включая папилломавирусы и полиомавирусы , которые вызывают многие виды рака. [32] [33] и геминивирусы , поражающие многие экономически важные культуры. [34]

Вариднавирия

[ редактировать ]
Ленточная диаграмма MCP вируса Pseudoalteromonas PM2 с двумя складками желейного рулета, окрашенными в красный и синий цвета.

Вариднавирия содержит ДНК-вирусы, которые кодируют MCP, имеющие складчатую структуру желейного рулона (JR) , в которой складка желейного рулона (JR) перпендикулярна поверхности вирусного капсида. Многие члены также имеют ряд других общих характеристик, включая минорный капсидный белок, имеющий одну складку JR, АТФазу, которая упаковывает геном во время сборки капсида, и общую ДНК-полимеразу . Признаны два царства: Helvetiavirae , представители которого имеют MCP с одной вертикальной складкой JR, и Bamfordvirae , члены которого имеют MCP с двумя вертикальными складками JR. [12]

Вариднавирия бывает монофилетической или полифилетической и может предшествовать LUCA. Королевство Bamfordvirae, вероятно, произошло от другого царства Helvetiavirae путем слияния двух MCP, в результате чего MCP получился с двумя складками желеобразных рулетов вместо одной. MCP с одинарным желеобразным рулоном (SJR) Helvetiavirae демонстрируют связь с группой белков, которые содержат складки SJR, включая суперсемейство Cupin и нуклеоплазмины . [12] [20] [21]

Морские вирусы вариднавирии распространены повсеместно во всем мире и, как и хвостатые бактериофаги, играют важную роль в морской экологии. [35] Большинство идентифицированных эукариотических ДНК-вирусов относятся к этому семейству. [36] Известные вирусы, вызывающие заболевания вариднавирии, включают аденовирусы , поксвирусы и вирус африканской чумы свиней . [37] Поксвирусы сыграли важную роль в истории современной медицины, особенно вирус натуральной оспы , вызвавший оспу . [38] Многие вариднавирусы могут эндогенизироваться в геноме хозяина; своеобразным примером являются вирофаги , которые после заражения хозяина могут защитить хозяина от гигантских вирусов . [36]

Балтиморская классификация

[ редактировать ]

Вирусы дцДНК подразделяются на три области и включают множество таксонов, не отнесенных к какой-либо области:

Вирусы оцДНК отнесены к одной области и включают несколько семейств, не отнесенных к какой-либо области:

  • В Monodnaviria все представители, за исключением вирусов Papovaviricetes, являются вирусами оцДНК. [30]
  • Неназначенные семейства Anelloviridae и Spiraviridae представляют собой семейства вирусов оцДНК. [30]
  • Вирусы семейства Finnlakeviridae содержат геномы оцДНК. Finnlakeviridae не отнесен к какой-либо области, но является предлагаемым членом Varidnaviria . [12]

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ Лострог 2019 , стр. 11–13.
  2. ^ «Транскрипция по шаблону дцДНК» . ВиралЗона . Швейцарский институт биоинформатики . Проверено 24 сентября 2020 г.
  3. ^ Рамперсад 2018 , стр. 66.
  4. ^ Фермин 2018 , стр. 36–40.
  5. ^ «Двунаправленная репликация дцДНК» . ВиралЗона . Швейцарский институт биоинформатики . Проверено 24 сентября 2020 г.
  6. ^ «Репликация катящегося круга дцДНК» . ВиралЗона . Швейцарский институт биоинформатики . Проверено 24 сентября 2020 г.
  7. ^ Бернштейн Х., Бернштейн С. (5 июля 1973 г.). «Кольцевые и разветвленные кольцевые соединения как возможные промежуточные соединения в репликации ДНК бактериофага Т4». Дж Мол Биол . 77 (3): 355–361. дои : 10.1016/0022-2836(73)90443-9 . ПМИД   4580243 .
  8. ^ «Репликация смещения цепи ДНК» . ВиралЗона . Швейцарский институт биоинформатики . Проверено 24 сентября 2020 г.
  9. ^ «Репликативная транспозиция» . ВиралЗона . Швейцарский институт биоинформатики . Проверено 24 сентября 2020 г.
  10. ^ Jump up to: а б Канн, 2015 , стр. 122–127.
  11. ^ Jump up to: а б с д Кунин Е.В., Доля В.В., Крупович М., Варсани А., Вольф Ю.И., Ютин Н., Зербини М., Кун Дж.Х. (18 октября 2019 г.). «Создать мегатаксономическую структуру, заполнив все основные/первичные таксономические ранги, для вирусов дцДНК, кодирующих основные капсидные белки типа HK97» (docx) . Международный комитет по таксономии вирусов . Проверено 24 сентября 2020 г.
  12. ^ Jump up to: а б с д и ж Кунин Е.В., Доля В.В., Крупович М., Варсани А., Вольф Ю.И., Ютин Н., Зербини М., Кун Дж.Х. (18 октября 2019 г.). «Создать мегатаксономическую структуру, заполнив все основные таксономические ранги, для ДНК-вирусов, кодирующих основные капсидные белки типа вертикального желеобразного рулона» (docx) . Международный комитет по таксономии вирусов . Проверено 24 сентября 2020 г.
  13. ^ Jump up to: а б «Вращающийся круг оцДНК» . ВиралЗона . Швейцарский институт биоинформатики . Проверено 24 сентября 2020 г.
  14. ^ Jump up to: а б «Вращающаяся репликация шпильки» . ВиралЗона . Швейцарский институт биоинформатики . Проверено 24 сентября 2020 г.
  15. ^ Jump up to: а б с Фермин 2018 , стр. 40–41.
  16. ^ Jump up to: а б Рамперсад 2018 , стр. 61–62.
  17. ^ Керр Дж., Котмор С., Блум М.Э. (25 ноября 2005 г.). Парвовирусы . ЦРК Пресс. стр. 171–185. ISBN  9781444114782 .
  18. ^ «Биднавирусиды» . ВиралЗона . Швейцарский институт биоинформатики . Проверено 24 сентября 2020 г.
  19. ^ Исполнительный комитет Международного комитета по таксономии вирусов (май 2020 г.). «Новая сфера таксономии вирусов: разделение виросферы на 15 иерархических рангов» . Нат Микробиол . 5 (5): 668–674. дои : 10.1038/s41564-020-0709-x . ПМК   7186216 . ПМИД   32341570 .
  20. ^ Jump up to: а б Крупович М., Кунин Е.В. (21 марта 2017 г.). «Множественное происхождение белков вирусного капсида от клеточных предков» . Proc Natl Acad Sci США . 114 (12): Е2401–Е2410. Бибкод : 2017PNAS..114E2401K . дои : 10.1073/pnas.1621061114 . ПМЦ   5373398 . ПМИД   28265094 .
  21. ^ Jump up to: а б Крупович, М; Доля, В.В.; Кунин Е.В. (14 июля 2020). «LUCA и его комплекс виром» (PDF) . Nat Rev Микробиол . 18 (11): 661–670. дои : 10.1038/s41579-020-0408-x . PMID   32665595 . S2CID   220516514 . Архивировано (PDF) из оригинала 27 октября 2020 г. Проверено 24 сентября 2020 г.
  22. ^ Вайднер-Гланде М., Круминис-Кашкиль Э., Саванагудар М. (февраль 2020 г.). «Латентность герпесвирусной инфекции – общие темы» . Патогены . 9 (2): 125. doi : 10.3390/pathogens9020125 . ПМК   7167855 . ПМИД   32075270 .
  23. ^ «Латентность вируса» . ВиралЗона . Швейцарский институт биоинформатики . Проверено 24 сентября 2020 г.
  24. ^ Андраде-Мартинес Х.С., Морено-Гальего Х.Л., Рейес А. (август 2019 г.). «Определение основного генома герпесвирусов и изучение их эволюционных отношений с каудовиралами» . Научный представитель . 9 (1): 11342. Бибкод : 2019НатСР...911342А . дои : 10.1038/s41598-019-47742-z . ПМК   6683198 . ПМИД   31383901 .
  25. ^ Вильгельм С.В., Саттл, Калифорния (октябрь 1999 г.). «Вирусы и циклы питательных веществ в море: вирусы играют решающую роль в структуре и функциях водных пищевых сетей» . Бионаука . 49 (10): 781–788. дои : 10.2307/1313569 . JSTOR   1313569 .
  26. ^ Кин EC (январь 2015 г.). «Век исследований фагов: бактериофаги и формирование современной биологии» . Биоэссе . 37 (1): 6–9. doi : 10.1002/bies.201400152 . ПМЦ   4418462 . ПМИД   25521633 .
  27. ^ Куханова М.К., Коровина А.Н., Кочетков С.Н. (декабрь 2014 г.). «Вирус простого герпеса человека: жизненный цикл и разработка ингибиторов». Биохимия (Москва) . 79 (13): 1635–1652. дои : 10.1134/S0006297914130124 . ПМИД   25749169 . S2CID   7414402 .
  28. ^ Гершон А.А., Брейер Дж., Коэн Дж.И., Корс Р.Дж., Гершон М.Д., Гилден Д., Гроуз С., Хэмблтон С., Кеннеди П.Г., Оксман М.Н., Сьюард Дж.Ф., Яманиши К. (2 июля 2015 г.). «Вирусная инфекция ветряной оспы» . Праймеры Nat Rev Dis . 1 : 15016. дои : 10.1038/nrdp.2015.16 . ПМК   5381807 . ПМИД   27188665 .
  29. ^ О'Лири Дж.Дж., Кеннеди М.М., МакГи Дж.О. (февраль 1997 г.). «Вирус герпеса, ассоциированный с саркомой Капоши (KSHV/HHV 8): эпидемиология, молекулярная биология и распределение в тканях» . Мол Патол . 50 (1): 4–8. дои : 10.1136/mp.50.1.4 . ПМЦ   379571 . ПМИД   9208806 .
  30. ^ Jump up to: а б с д и ж Кунин Е.В., Доля В.В., Крупович М., Варсани А., Вольф Ю.И., Ютин Н., Зербини М., Кун Дж.Х. (18 октября 2019 г.). «Создать мегатаксономическую структуру, заполнив все основные таксономические ранги для вирусов с оцДНК» (docx) . Международный комитет по таксономии вирусов . Проверено 24 сентября 2020 г.
  31. ^ Казлаускас Д., Варшани А., Кунин Е.В., Крупович М. (31 июля 2019 г.). «Множественное происхождение прокариотических и эукариотических одноцепочечных ДНК-вирусов из бактериальных и архейных плазмид» . Нат Коммун . 10 (1): 3425. Бибкод : 2019NatCo..10.3425K . дои : 10.1038/s41467-019-11433-0 . ПМК   6668415 . PMID   31366885 .
  32. ^ «Папилломавирусы» . ВиралЗона . Швейцарский институт биоинформатики . Проверено 24 сентября 2020 г.
  33. ^ «Полиомавирусы» . ВиралЗона . Швейцарский институт биоинформатики . Проверено 24 сентября 2020 г.
  34. ^ Малати В.Г., Ренука Деви П. (март 2019 г.). «Вирусы оцДНК: ключевые игроки в глобальном вироме» . Вирусная болезнь . 30 (1): 3–12. дои : 10.1007/s13337-019-00519-4 . ПМК   6517461 . ПМИД   31143827 .
  35. ^ Кауфман К.М., Хусейн Ф.А., Ян Дж., Аревало П., Браун Дж.М., Чанг В.К., ВанИнсберге Д., Эльшербини Дж., Шарма Р.С., Катлер М.Б., Келли Л., Польц М.Ф. (1 февраля 2018 г.). «Основная линия бесхвостых вирусов дцДНК как непризнанных убийц морских бактерий». Природа . 554 (7690): 118–122. Бибкод : 2018Natur.554..118K . дои : 10.1038/nature25474 . ПМИД   29364876 . S2CID   4462007 .
  36. ^ Jump up to: а б Крупович М., Кунин Е.В. (февраль 2015 г.). «Полинтоны: рассадник эукариотического вируса, транспозонов и эволюции плазмид» . Nat Rev Микробиол . 13 (2): 105–115. дои : 10.1038/nrmicro3389 . ПМК   5898198 . ПМИД   25534808 .
  37. ^ «Таксономия вирусов: выпуск 2019 г.» . Международный комитет по таксономии вирусов . Проверено 24 сентября 2020 г.
  38. ^ Мейер Х., Эманн Р., Смит Г.Л. (февраль 2020 г.). «Оспа в эпоху после ликвидации» . Вирусы . 12 (2): 138. дои : 10.3390/v12020138 . ПМК   7077202 . ПМИД   31991671 .

Библиография

[ редактировать ]
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=DNA_virus&oldid=1163310521#Single-stranded_DNA_viruses"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: abf08e2c09fcf6b124d0206f171aa4a2__1688433720
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/ab/a2/abf08e2c09fcf6b124d0206f171aa4a2.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
DNA virus - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)