Филогенетические сравнительные методы

Филогенетические сравнительные методы ( ПКМ ) используют информацию об исторических взаимоотношениях линий ( филогений ) для проверки эволюционных гипотез. Сравнительный метод имеет долгую историю в эволюционной биологии; действительно, Чарльз Дарвин использовал различия и сходства между видами в качестве основного источника доказательств в «Происхождении видов» . Однако тот факт, что близкородственные линии имеют много общих черт и комбинаций признаков в результате процесса происхождения с модификациями, означает, что линии не являются независимыми. Это осознание вдохновило на разработку явно филогенетических сравнительных методов. ^{[ 1 ]} Первоначально эти методы были разработаны в первую очередь для контроля филогенетического анамнеза при тестировании на адаптацию ; ^{[ 2 ]} однако в последние годы использование этого термина расширилось и теперь включает любое использование филогений в статистических тестах. ^{[ 3 ]} Хотя большинство исследований, в которых используются PCM, сосредоточены на современных организмах, многие методы также могут быть применены к вымершим таксонам и могут включать информацию из летописи окаменелостей . ^{[ 4 ]}

PCM обычно можно разделить на два типа подходов: те, которые делают вывод об эволюционной истории какого-либо признака ( фенотипического или генетического ) в рамках филогенеза, и те, которые делают вывод о самом процессе эволюционного ветвления ( скорости диверсификации ), хотя есть некоторые подходы, которые это делают. оба одновременно. ^{[ 5 ]} Обычно дерево, которое используется вместе с PCM, оценивается независимо (см. Вычислительная филогенетика ), так что предполагается, что известны как отношения между линиями, так и длина разделяющих их ветвей.

Приложения

Филогенетические сравнительные подходы могут дополнять другие способы изучения адаптации, такие как изучение природных популяций, экспериментальные исследования и математические модели. ^{[ 6 ]} Межвидовые сравнения позволяют исследователям оценить общность эволюционных явлений, рассматривая независимые эволюционные события. Такой подход особенно полезен, когда вариации внутри вида незначительны или вообще отсутствуют. А поскольку их можно использовать для явного моделирования эволюционных процессов, происходящих в течение очень длительных периодов времени, они могут дать представление о макроэволюционных вопросах, которые когда-то были исключительной областью палеонтологии . ^{[ 4 ]}

Филогенетические сравнительные методы обычно применяются для решения таких вопросов, как:

Каков наклон отношения аллометрического масштабирования?

→ Пример: как зависит масса мозга от массы тела ?

Различаются ли разные клады организмов по какому-либо фенотипическому признаку?

→ Пример: у псовых сердце больше, чем у кошачьих ?

Различаются ли группы видов, которые имеют общие поведенческие или экологические особенности (например, социальную систему , диету ) по среднему фенотипу?

→ Пример: имеют ли хищники большие ареалы обитания, чем травоядные?

было предковое состояние признака Каково ?

→ Пример: где развилась эндотермия в линии, которая привела к млекопитающим?

→ Пример: где, когда и почему возникли плацента и живорождение ?

Обладает ли признак значимым филогенетическим сигналом в определенной группе организмов? Имеют ли определенные типы признаков тенденцию «следовать филогении» больше, чем другие?

→ Пример: являются ли поведенческие черты более лабильными в ходе эволюции?

ли видовые различия в особенностях жизненного цикла , как в так называемом континууме «быстро-медленно»? Нарушаются

→ Пример: почему виды с мелким телом имеют более короткую продолжительность жизни, чем их более крупные родственники?

Филогенетически независимые контрасты

Фельзенштейн ^{[ 1 ]} в 1985 г. предложил первый общий статистический метод для включения филогенетической информации, т. е. первый, который мог использовать любую произвольную топологию (порядок ветвления) и заданный набор длин ветвей. В настоящее время этот метод признан алгоритмом , реализующим частный случай так называемых филогенетических обобщенных моделей наименьших квадратов . ^{[ 8 ]} Логика , метода заключается в использовании филогенетической информации (и предполагаемого броуновского движения подобного модели эволюции признаков) для преобразования исходных исходных данных (средних значений для набора видов) в значения, которые статистически независимы и одинаково распределены .

Алгоритм включает в себя вычисление значений во внутренних узлах в качестве промежуточного шага, но они обычно не используются для выводов сами по себе . Исключение составляет базальный (корневой) узел, который можно интерпретировать как оценку предковой ценности для всего дерева (при условии, что не произошло никаких направленных эволюционных тенденций [например, правило Коупа ]) или как филогенетически взвешенную оценку среднее значение для всего набора верхушечных видов (терминальных таксонов). Значение в корне эквивалентно значению, полученному с помощью алгоритма «экономности квадратичного изменения», а также является оценкой максимального правдоподобия при броуновском движении. Алгебра независимых контрастов также может использоваться для вычисления стандартной ошибки или доверительного интервала .

Филогенетический обобщенный метод наименьших квадратов (PGLS)

Вероятно, наиболее часто используемым методом PCM является филогенетический обобщенный метод наименьших квадратов (PGLS). ^{[ 8 ]}^{[ 9 ]} Этот подход используется для проверки наличия связи между двумя (или более) переменными с учетом того факта, что происхождение не является независимым. Этот метод является частным случаем обобщенного метода наименьших квадратов (GLS), и поэтому оценщик PGLS также является несмещенным , непротиворечивым , эффективным и асимптотически нормальным . ^{[ 10 ]} GLS (или обычный метод наименьших квадратов Во многих статистических ситуациях, когда используется [OLS]), остаточные ошибки ε считаются независимыми и одинаково распределенными случайными величинами, которые считаются нормальными.

\varepsilon \mid X\sim {\mathcal {N}}(0,\sigma ^{2}I_{n}).

тогда как в PGLS предполагается, что ошибки распределяются как

\varepsilon \mid X\sim {\mathcal {N}}(0,\mathbf {V} ).

где V — матрица ожидаемой дисперсии и ковариации остатков с учетом эволюционной модели и филогенетического дерева. Следовательно, именно структура остатков, а не сами переменные, несут филогенетический сигнал . Это уже давно является источником путаницы в научной литературе. ^{[ 11 ]} был предложен ряд моделей, Для структуры V таких как броуновское движение. ^{[ 8 ]} Орнштейн-Уленбек , ^{[ 12 ]} и λ-модель Пагеля. ^{[ 13 ]} (Когда используется модель броуновского движения, PGLS идентичен независимому средству оценки контрастов. ^{[ 14 ]}). В PGLS параметры эволюционной модели обычно оцениваются совместно с параметрами регрессии.

PGLS можно применять только к вопросам, в которых зависимая переменная постоянно распределяется; однако филогенетическое дерево также может быть включено в остаточное распределение обобщенных линейных моделей , что позволяет обобщить подход на более широкий набор распределений ответа. ^{[ 15 ]}^{[ 16 ]}^{[ 17 ]}

Филогенетически обоснованное компьютерное моделирование Монте-Карло

Мартинс и Гарланд ^{[ 18 ]} в 1991 году предположил, что одним из способов учета филогенетических отношений при проведении статистического анализа является использование компьютерного моделирования для создания множества наборов данных, которые согласуются с проверяемой нулевой гипотезой (например, отсутствие корреляции между двумя признаками, отсутствие различий между двумя экологически определенными группами). видов), но имитируют эволюцию вдоль соответствующего филогенетического дерева. Если такие наборы данных (обычно 1000 или более) анализируются с помощью той же статистической процедуры, которая используется для анализа реального набора данных, то результаты смоделированных наборов данных могут быть использованы для создания филогенетически правильных (или «ПК») ^{[ 7 ]}) нулевые распределения тестовой статистики (например, коэффициента корреляции, t, F). Подобные подходы моделирования также можно сочетать с такими методами, как филогенетически независимые контрасты или PGLS (см. выше).

См. также

Ссылки

^ Перейти обратно: ^а ^б Фельзенштейн, Джозеф (январь 1985 г.). «Филогения и сравнительный метод». Американский натуралист . 125 (1): 1–15. дои : 10.1086/284325 . S2CID 9731499 .
^ Харви, Пол Х.; Пейджел, Марк Д. (1991). Сравнительный метод в эволюционной биологии . Оксфорд: Издательство Оксфордского университета. п. 248. ИСБН 9780198546405 .
^ О'Мира, Брайан С. (декабрь 2012 г.). «Эволюционные выводы из филогении: обзор методов». Ежегодный обзор экологии, эволюции и систематики . 43 (1): 267–285. doi : 10.1146/annurev-ecolsys-110411-160331 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Пеннелл, Мэтью В.; Хармон, Люк Дж. (июнь 2013 г.). «Интегративный взгляд на филогенетические сравнительные методы: связь с популяционной генетикой, экологией сообществ и палеобиологией». Анналы Нью-Йоркской академии наук . 1289 (1): 90–105. Бибкод : 2013NYASA1289...90P . дои : 10.1111/nyas.12157 . ПМИД 23773094 . S2CID 8384900 .
^ Мэддисон, Уэйн; Мидфорд, Питер; Отто, Сара (октябрь 2007 г.). «Оценка влияния двоичного признака на видообразование и вымирание» . Систематическая биология . 56 (5): 701–710. дои : 10.1080/10635150701607033 . ПМИД 17849325 .
^ Вебер, Марджори Г.; Агравал, Анураг А. (июль 2012 г.). «Филогения, экология и сочетание сравнительных и экспериментальных подходов». Тенденции в экологии и эволюции . 27 (7): 394–403. дои : 10.1016/j.tree.2012.04.010 . ПМИД 22658878 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Гарланд, Т.; Дикерман, AW; Янис, СМ; Джонс, Дж. А. (1 сентября 1993 г.). «Филогенетический анализ ковариации с помощью компьютерного моделирования». Систематическая биология . 42 (3): 265–292. дои : 10.1093/sysbio/42.3.265 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с Графен, А. (21 декабря 1989 г.). «Филогенетическая регрессия» . Философские труды Королевского общества B: Биологические науки . 326 (1233): 119–157. Бибкод : 1989РСТБ.326..119Г . дои : 10.1098/rstb.1989.0106 . ПМИД 2575770 .
^ Мартинс, Эмилия П.; Хансен, Томас Ф. (апрель 1997 г.). «Филогения и сравнительный метод: общий подход к включению филогенетической информации в анализ межвидовых данных». Американский натуралист . 149 (4): 646–667. дои : 10.1086/286013 . S2CID 29362369 .
^ Рольф, Ф. Джеймс (ноябрь 2001 г.). «Сравнительные методы анализа непрерывных переменных: геометрические интерпретации» . Эволюция . 55 (11): 2143–2160. дои : 10.1111/j.0014-3820.2001.tb00731.x . ПМИД 11794776 . S2CID 23200090 .
^ Ревелл, Лиам Дж. (декабрь 2010 г.). «Филогенетический сигнал и линейная регрессия данных о видах» . Методы экологии и эволюции . 1 (4): 319–329. дои : 10.1111/j.2041-210x.2010.00044.x .
^ Батлер, Маргарита А.; Шонер, Томас В.; Лосос, Джонатан Б. (февраль 2000 г.). «Взаимосвязь между половым диморфизмом размеров и использованием среды обитания у ящериц Больших Антильских островов» . Эволюция . 54 (1): 259–272. дои : 10.1111/j.0014-3820.2000.tb00026.x . ПМИД 10937202 . S2CID 7887284 .
^ Фреклтон, РП; Харви, PH; Пейгель, М. (декабрь 2002 г.). «Филогенетический анализ и сравнительные данные: проверка и обзор доказательств». Американский натуралист . 160 (6): 712–726. дои : 10.1086/343873 . ПМИД 18707460 . S2CID 19796539 .
^ Бломберг, СП; Лефевр, Дж.Г.; Уэллс, Дж.А.; Уотерхаус, М. (3 января 2012 г.). «Независимые контрасты и средства оценки регрессии PGLS эквивалентны» . Систематическая биология . 61 (3): 382–391. дои : 10.1093/sysbio/syr118 . ПМИД 22215720 .
^ Линч, Майкл (август 1991 г.). «Методы анализа сравнительных данных в эволюционной биологии». Эволюция . 45 (5): 1065–1080. дои : 10.2307/2409716 . JSTOR 2409716 . ПМИД 28564168 .
^ Хаусворт, Элизабет А.; Мартинс, Эмилия П.; Линч, Майкл (январь 2004 г.). «Филогенетическая смешанная модель». Американский натуралист . 163 (1): 84–96. дои : 10.1086/380570 . ПМИД 14767838 . S2CID 10568814 .
^ Хэдфилд, доктор медицинских наук; Накагава, С. (март 2010 г.). «Общие количественные генетические методы для сравнительной биологии: филогении, таксономии и модели с несколькими признаками для непрерывных и категориальных признаков» . Журнал эволюционной биологии . 23 (3): 494–508. дои : 10.1111/j.1420-9101.2009.01915.x . ПМИД 20070460 . S2CID 27706318 .
^ Мартинс, Эмилия П.; Гарланд, Теодор (май 1991 г.). «Филогенетический анализ коррелированной эволюции непрерывных признаков: моделирование». Эволюция . 45 (3): 534–557. дои : 10.2307/2409910 . JSTOR 2409910 . ПМИД 28568838 .

Дальнейшее чтение

Акерли, Д.Д. 1999. Сравнительная экология растений и роль филогенетической информации. Страницы 391–413 в MC Press, JD Scholes и MG Braker, ред. Физиологическая экология растений. 39-й симпозиум Британского экологического общества, проходивший в Йоркском университете 7–9 сентября 1998 г. Blackwell Science, Оксфорд, Великобритания.
Беренбринк, М.; Колдкьяр, П.; Кепп, О.; Коссинс, Арканзас (2005). «Эволюция секреции кислорода у рыб и возникновение сложной физиологической системы». Наука . 307 (5716): 1752–1757. Бибкод : 2005Sci...307.1752B . дои : 10.1126/science.1107793 . ПМИД 15774753 . S2CID 36391252 .
Бломберг, СП; Гарланд, Т. младший ; Айвз, Арканзас (2003). «Тестирование филогенетического сигнала в сравнительных данных: поведенческие черты более лабильны» (PDF) . Эволюция . 57 (4): 717–745. doi : 10.1554/0014-3820(2003)057[0717:tfpsic]2.0.co;2 . ПМИД 12778543 .
Брукс, Д.Р. и Д.А. МакЛеннан. 1991. Филогения, экология и поведение: программа исследований в области сравнительной биологии. унив. Чикаго Пресс, Чикаго. 434 стр.
Чеверуд, Дж. М.; Доу, ММ; Лейтенеггер, В. (1985). «Количественная оценка филогенетических ограничений в сравнительном анализе: половой диморфизм массы тела среди приматов». Эволюция . 39 (6): 1335–1351. дои : 10.2307/2408790 . JSTOR 2408790 . ПМИД 28564267 .
Эгглтон П. и Р.И. Вейн-Райт, ред. 1994. Филогенетика и экология. Серия симпозиумов Линнеевского общества, номер 17. Academic Press, Лондон.
Фельзенштейн, Дж. 2004. Выводы о филогениях. Sinauer Associates, Сандерленд, Массачусетс. хх + 664 стр.
Фреклтон, РП; Харви, PH; Пейгель, М. (2002). «Филогенетический анализ и сравнительные данные: проверка и обзор доказательств». Американский натуралист . 160 (6): 712–726. дои : 10.1086/343873 . ПМИД 18707460 . S2CID 19796539 .
Гарланд, Т. младший ; Айвз, Арканзас (2000). «Использование прошлого для предсказания настоящего: доверительные интервалы для уравнений регрессии в сравнительных филогенетических методах» (PDF) . Американский натуралист . 155 (3): 346–364. дои : 10.1086/303327 . ПМИД 10718731 . S2CID 4384701 .
Гарланд, Т. младший; Беннетт, А.Ф.; Резенде, Э.Л. (2005). «Филогенетические подходы в сравнительной физиологии» (PDF) . Журнал экспериментальной биологии . 208 (16): 3015–3035. дои : 10.1242/jeb.01745 . ПМИД 16081601 . S2CID 14871059 .
Гарланд, Т. младший; Харви, PH; Айвс, Арканзас (1992). «Процедуры анализа сравнительных данных с использованием филогенетически независимых контрастов» (PDF) . Систематическая биология . 41 (1): 18–32. дои : 10.2307/2992503 . JSTOR 2992503 .
Гиттлман, Дж.Л.; Кот, М. (1990). «Адаптация: статистика и нулевая модель для оценки филогенетических эффектов». Систематическая зоология . 39 (3): 227–241. дои : 10.2307/2992183 . JSTOR 2992183 .
Хэдфилд, Джей Ди; Накагава, С. (2010). «Общие количественные генетические методы для сравнительной биологии: филогении, таксономии и модели с несколькими признаками для непрерывных и категориальных признаков» . Журнал эволюционной биологии . 23 (3): 494–508. дои : 10.1111/j.1420-9101.2009.01915.x . ПМИД 20070460 . S2CID 27706318 .
Эррада, Э.А.; Тессоне, CJ; Клемм, К.; Эгилуз, В.М.; Эрнандес-Гарсия, Э.; Дуарте, CM (2008). «Универсальное масштабирование в разветвлении Древа Жизни» . ПЛОС ОДИН . 3 (7): е2757. arXiv : 0807.4042 . Бибкод : 2008PLoSO...3.2757H . дои : 10.1371/journal.pone.0002757 . ПМК 2447175 . ПМИД 18648500 .
Хаусворт, США; Мартинс, Е.П.; Линч, М. (2004). «Филогенетическая смешанная модель» (PDF) . Американский натуралист . 163 (1): 84–96. дои : 10.1086/380570 . ПМИД 14767838 . S2CID 10568814 .
Айвз, А.Р. 2018. Смешанные и филогенетические модели: концептуальное введение в коррелированные данные. Leanpub.com, 125 стр., https://leanpub.com/correlateddata.
Айвс, Арканзас; Мидфорд, Пенсильвания; Гарланд, Т. младший (2007). «Внутривидовая изменчивость и ошибка измерения в филогенетических сравнительных методах» . Систематическая биология . 56 (2): 252–270. дои : 10.1080/10635150701313830 . ПМИД 17464881 .
Мэддисон, ДР (1994). «Филогенетические методы определения эволюционной истории и процесса изменения дискретно оцененных признаков». Ежегодный обзор энтомологии . 39 : 267–292. дои : 10.1146/annurev.ento.39.1.267 .
Мэддисон, WP (1990). «Метод проверки коррелированной эволюции двух бинарных признаков: сосредоточены ли выигрыши или потери на определенных ветвях филогенетического дерева?». Эволюция . 44 (3): 539–557. дои : 10.2307/2409434 . JSTOR 2409434 . ПМИД 28567979 .
Мэддисон, WP и DR Мэддисон. 1992. МакКлейд. Анализ филогении и эволюции признаков. Версия 3. Sinauer Associates, Сандерленд, Массачусетс, 398 стр.
Мартинс, Е.П., изд. 1996. Филогения и сравнительный метод поведения животных. Издательство Оксфордского университета, Оксфорд. 415 стр.
Мартинс, Е.П.; Хансен, ТФ (1997). «Филогения и сравнительный метод: общий подход к включению филогенетической информации в анализ межвидовых данных». Американский натуралист . 149 (4): 646–667. дои : 10.1086/286013 . S2CID 29362369 . Ошибка Ам. Нат. 153:448.
Нанн, CL; Бартон, РА (2001). «Сравнительные методы изучения адаптации и аллометрии приматов» . Эволюционная антропология . 10 (3): 81–98. дои : 10.1002/evan.1019 . S2CID 16959643 .
Окли, TH; Гу, З.; Абухейф, Э.; Патель, Нью-Хэмпшир; Ли, В.-Х. (2005). «Сравнительные методы анализа эволюции экспрессии генов: пример использования данных функциональной геномики дрожжей» (PDF) . Молекулярная биология и эволюция . 22 : 40–50. дои : 10.1093/molbev/msh257 . ПМИД 15356281 .
О'Мира, Британская Колумбия; Ане, К. ; Сандерсон, MJ; Уэйнрайт, ПК (2006). «Тестирование различной скорости непрерывного развития признаков в разных группах с использованием вероятности» (PDF) . Эволюция . 60 : 922–933. дои : 10.1554/05-130.1 . S2CID 13796463 .
Орган, CL; Шедлок, AM; Мид, А.; Пейджел, М.; Эдвардс, С.В. (2007). «Происхождение размера и структуры птичьего генома у нептичьих динозавров». Природа . 446 (7132): 180–184. Бибкод : 2007Natur.446..180O . дои : 10.1038/nature05621 . ПМИД 17344851 . S2CID 3031794 .
Пейдж, РДМ , изд. 2003. Запутанные деревья: филогения, совместное видообразование и коэволюция. Издательство Чикагского университета, Чикаго.
Пейджел, доктор медицины (1993). «В поисках коэффициента эволюционной регрессии: анализ того, что измеряют сравнительные методы». Журнал теоретической биологии . 164 (2): 191–205. дои : 10.1006/jtbi.1993.1148 . ПМИД 8246516 .
Пейгель, М. (1999). «Вывод об исторических закономерностях биологической эволюции». Природа . 401 (6756): 877–884. Бибкод : 1999Natur.401..877P . дои : 10.1038/44766 . hdl : 2027.42/148253 . ПМИД 10553904 . S2CID 205034365 .
Паради, Э. (2005). «Статистический анализ разнообразия с учетом видовых признаков» (PDF) . Эволюция . 59 (1): 1–12. дои : 10.1554/04-231 . ПМИД 15792222 . S2CID 196612333 .
Рай.; Клод, Дж. (2002). «Анализ сравнительных данных с использованием обобщенных уравнений оценки» (PDF) . Журнал теоретической биологии . 218 (2): 175–185. дои : 10.1006/jtbi.2002.3066 . ПМИД 12381290 .
Первис, А.; Гарланд, Т. младший (1993). «Политомии в сравнительном анализе непрерывных символов» (PDF) . Систематическая биология . 42 (4): 569–575. дои : 10.2307/2992489 . JSTOR 2992489 .
Резенде, Э.Л., и Гарланд, Т.младший, 2003. Межвидовые сравнения и филогенетические статистические методы. Страницы 79–98 в книге Ф. Бозиновича, изд. Экологическая и эволюционная физиология. Теория и практические примеры на животных. Издания Universidad Católica de Чили, Сантьяго. PDF
Резенде, Эль; Диниз-Фильо, JAF (2012). «Филогенетический анализ: сравнение видов для определения адаптаций и физиологических механизмов» (PDF) . Комплексная физиология . 2 (1): 639–674. дои : 10.1002/cphy.c100079 . ПМИД 23728983 . ^{[ постоянная мертвая ссылка ]}
Ридли, М. 1983. Объяснение органического разнообразия: сравнительный метод и приспособления для спаривания. Кларендон, Оксфорд, Великобритания
Рольф, Ф.Дж. (2001). «Сравнительные методы анализа непрерывных переменных: геометрические интерпретации» . Эволюция . 55 (11): 2143–2160. дои : 10.1111/j.0014-3820.2001.tb00731.x . ПМИД 11794776 . S2CID 23200090 .
Рольф, Ф.Дж. (2006). «Комментарий к филогенетической коррекции». Эволюция . 60 (7): 1509–1515. дои : 10.1554/05-550.1 . ПМИД 16929667 . S2CID 198156300 .
Сэнфорд, генеральный менеджер; Луттершмидт, Висконсин; Хатчисон, В.Х. (2002). «Возврат к сравнительному методу» . Бионаука . 52 (9): 830–836. doi : 10.1641/0006-3568(2002)052[0830:tcmr]2.0.co;2 .
Шлютер, Д.; Прайс, Т.; Моерс, АО; Людвиг, Д. (1997). «Вероятность предков в адаптивном излучении». Эволюция . 51 (6): 1699–1711. дои : 10.2307/2410994 . JSTOR 2410994 . ПМИД 28565128 .
Смит, Р.Дж.; Чеверуд, Дж. М. (2002). «Масштабирование полового диморфизма размеров по массе тела: филогенетический анализ правила Ренша у приматов». Международный журнал приматологии . 23 (5): 1095–1135. дои : 10.1023/А:1019654100876 . S2CID 42439809 .
Степпан, С.Дж.; Филлипс, ПК; Хоул, Д. (2002). «Сравнительная количественная генетика: эволюция матрицы G» (PDF) . Тенденции экологии и эволюции . 17 (7): 320–327. дои : 10.1016/s0169-5347(02)02505-3 .
Ванхойдонк, Б.; Ван Дамм, Р. (1999). «Эволюционные взаимосвязи между формой тела и использованием среды обитания у ящериц-лацертид». Исследования в области эволюционной экологии . 1 : 785–805.

Внешние ссылки

Журналы

Пакеты программного обеспечения (неполный список)

Лаборатории

[f85-1] Перейти обратно: ^а ^б Фельзенштейн, Джозеф (январь 1985 г.). «Филогения и сравнительный метод». Американский натуралист . 125 (1): 1–15. дои : 10.1086/284325 . S2CID 9731499 .

[harvey1991-2] Харви, Пол Х.; Пейджел, Марк Д. (1991). Сравнительный метод в эволюционной биологии . Оксфорд: Издательство Оксфордского университета. п. 248. ИСБН 9780198546405 .

[omeara2012-3] О'Мира, Брайан С. (декабрь 2012 г.). «Эволюционные выводы из филогении: обзор методов». Ежегодный обзор экологии, эволюции и систематики . 43 (1): 267–285. doi : 10.1146/annurev-ecolsys-110411-160331 .

[pennell2012-4] Перейти обратно: ^а ^б Пеннелл, Мэтью В.; Хармон, Люк Дж. (июнь 2013 г.). «Интегративный взгляд на филогенетические сравнительные методы: связь с популяционной генетикой, экологией сообществ и палеобиологией». Анналы Нью-Йоркской академии наук . 1289 (1): 90–105. Бибкод : 2013NYASA1289...90P . дои : 10.1111/nyas.12157 . ПМИД 23773094 . S2CID 8384900 .

[maddison2007-5] Мэддисон, Уэйн; Мидфорд, Питер; Отто, Сара (октябрь 2007 г.). «Оценка влияния двоичного признака на видообразование и вымирание» . Систематическая биология . 56 (5): 701–710. дои : 10.1080/10635150701607033 . ПМИД 17849325 .

[weber2012-6] Вебер, Марджори Г.; Агравал, Анураг А. (июль 2012 г.). «Филогения, экология и сочетание сравнительных и экспериментальных подходов». Тенденции в экологии и эволюции . 27 (7): 394–403. дои : 10.1016/j.tree.2012.04.010 . ПМИД 22658878 .

[garland1993-7] Перейти обратно: ^а ^б Гарланд, Т.; Дикерман, AW; Янис, СМ; Джонс, Дж. А. (1 сентября 1993 г.). «Филогенетический анализ ковариации с помощью компьютерного моделирования». Систематическая биология . 42 (3): 265–292. дои : 10.1093/sysbio/42.3.265 .

[grafen1989-8] Перейти обратно: ^а ^б ^с Графен, А. (21 декабря 1989 г.). «Филогенетическая регрессия» . Философские труды Королевского общества B: Биологические науки . 326 (1233): 119–157. Бибкод : 1989РСТБ.326..119Г . дои : 10.1098/rstb.1989.0106 . ПМИД 2575770 .

[martins1997-9] Мартинс, Эмилия П.; Хансен, Томас Ф. (апрель 1997 г.). «Филогения и сравнительный метод: общий подход к включению филогенетической информации в анализ межвидовых данных». Американский натуралист . 149 (4): 646–667. дои : 10.1086/286013 . S2CID 29362369 .

[rohlf2001-10] Рольф, Ф. Джеймс (ноябрь 2001 г.). «Сравнительные методы анализа непрерывных переменных: геометрические интерпретации» . Эволюция . 55 (11): 2143–2160. дои : 10.1111/j.0014-3820.2001.tb00731.x . ПМИД 11794776 . S2CID 23200090 .

[revell2010-11] Ревелл, Лиам Дж. (декабрь 2010 г.). «Филогенетический сигнал и линейная регрессия данных о видах» . Методы экологии и эволюции . 1 (4): 319–329. дои : 10.1111/j.2041-210x.2010.00044.x .

[butler2000-12] Батлер, Маргарита А.; Шонер, Томас В.; Лосос, Джонатан Б. (февраль 2000 г.). «Взаимосвязь между половым диморфизмом размеров и использованием среды обитания у ящериц Больших Антильских островов» . Эволюция . 54 (1): 259–272. дои : 10.1111/j.0014-3820.2000.tb00026.x . ПМИД 10937202 . S2CID 7887284 .

[freckleton2002-13] Фреклтон, РП; Харви, PH; Пейгель, М. (декабрь 2002 г.). «Филогенетический анализ и сравнительные данные: проверка и обзор доказательств». Американский натуралист . 160 (6): 712–726. дои : 10.1086/343873 . ПМИД 18707460 . S2CID 19796539 .

[blomberg2012-14] Бломберг, СП; Лефевр, Дж.Г.; Уэллс, Дж.А.; Уотерхаус, М. (3 января 2012 г.). «Независимые контрасты и средства оценки регрессии PGLS эквивалентны» . Систематическая биология . 61 (3): 382–391. дои : 10.1093/sysbio/syr118 . ПМИД 22215720 .

[15] Линч, Майкл (август 1991 г.). «Методы анализа сравнительных данных в эволюционной биологии». Эволюция . 45 (5): 1065–1080. дои : 10.2307/2409716 . JSTOR 2409716 . ПМИД 28564168 .

[16] Хаусворт, Элизабет А.; Мартинс, Эмилия П.; Линч, Майкл (январь 2004 г.). «Филогенетическая смешанная модель». Американский натуралист . 163 (1): 84–96. дои : 10.1086/380570 . ПМИД 14767838 . S2CID 10568814 .

[17] Хэдфилд, доктор медицинских наук; Накагава, С. (март 2010 г.). «Общие количественные генетические методы для сравнительной биологии: филогении, таксономии и модели с несколькими признаками для непрерывных и категориальных признаков» . Журнал эволюционной биологии . 23 (3): 494–508. дои : 10.1111/j.1420-9101.2009.01915.x . ПМИД 20070460 . S2CID 27706318 .

[martins1991-18] Мартинс, Эмилия П.; Гарланд, Теодор (май 1991 г.). «Филогенетический анализ коррелированной эволюции непрерывных признаков: моделирование». Эволюция . 45 (3): 534–557. дои : 10.2307/2409910 . JSTOR 2409910 . ПМИД 28568838 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

v т и Филогенетика
Relevant fields	Computational phylogenetics Molecular phylogenetics Cladistics Taxonomy Evolutionary taxonomy Systematics	Evolutionary biology portal
Basic concepts	Phylogenesis Cladogenesis Phylogenetic tree Cladogram Phylogenetic network Long branch attraction Clade vs Grade Lineage Ghost lineage Ghost population
Inference methods	Maximum parsimony Phylogenetic reconciliation Probabilistic methods Maximum likelihood Bayesian inference Distance-matrix methods Neighbor-joining UPGMA Least squares Three-taxon analysis
Current topics	PhyloCode DNA barcoding Molecular phylogenetics Phylogenetic comparative methods Phylogenetic niche conservatism Phylogenetic signal Phylogenetics software Phylogenomics Phylogeography
Group traits	Primitive Plesiomorphy Symplesiomorphy Derived Apomorphy Synapomorphy Autapomorphy
Group types	Monophyly Paraphyly Polyphyly
Nomenclature	Phylogenetic nomenclature Crown group Sister group Basal Supertree
Category Commons

v т и Эволюционная биология
Introduction Outline Timeline of evolution History of life Index
Evolution	Abiogenesis Adaptation Adaptive radiation Altruism Cheating Reciprocal Baldwin effect Cladistics Coevolution Mutualism Common descent Convergence Divergence Earliest known life forms Evidence of evolution Evolutionary arms race Evolutionary pressure Exaptation Extinction Event Homology Last universal common ancestor Macroevolution Microevolution Mismatch Non-adaptive radiation Origin of life Panspermia Parallel evolution Signalling theory Handicap principle Speciation Species Species complex Taxonomy Unit of selection Gene-centered view of evolution
Population genetics	Artificial selection Biodiversity Evolutionarily stable strategy Fisher's principle Fitness Inclusive Gene flow Genetic drift Kin selection Parental investment Parent–offspring conflict Mutation Population Natural selection Sexual dimorphism Sexual selection Flowering plants Fungi Mate choice Social selection Trivers–Willard hypothesis Variation
Development	Canalisation Evolutionary developmental biology Genetic assimilation Inversion Modularity Phenotypic plasticity
Of taxa	Bacteria Birds origin Brachiopods Molluscs Cephalopods Dinosaurs Fish Fungi Insects butterflies Life Mammals cats canids wolves dogs hyenas dolphins and whales horses Kangaroos primates humans lemurs sea cows Plants pollinator-mediated Reptiles Spiders Tetrapods Viruses
Of organs	Cell DNA Flagella Eukaryotes symbiogenesis chromosome endomembrane system mitochondria nucleus plastids In animals eye hair auditory ossicle nervous system brain
Of processes	Aging Death Programmed cell death Avian flight Biological complexity Cooperation Color vision in primates Emotion Empathy Ethics Eusociality Immune system Metabolism Monogamy Morality Mosaic evolution Multicellularity Sexual reproduction Gamete differentiation/sexes Life cycles/nuclear phases Mating types Meiosis Sex-determination Snake venom
Tempo and modes	Gradualism/Punctuated equilibrium/Saltationism Micromutation/Macromutation Uniformitarianism/Catastrophism
Speciation	Allopatric Anagenesis Catagenesis Cladogenesis Cospeciation Ecological Hybrid Non-ecological Parapatric Peripatric Reinforcement Sympatric
History	Renaissance and Enlightenment Transmutation of species David Hume Dialogues Concerning Natural Religion Charles Darwin On the Origin of Species History of paleontology Transitional fossil Blending inheritance Mendelian inheritance The eclipse of Darwinism Neo-Darwinism Modern synthesis History of molecular evolution Extended evolutionary synthesis
Philosophy	Darwinism Alternatives Catastrophism Lamarckism Orthogenesis Mutationism Saltationism Structuralism Spandrel Theistic Vitalism Teleology in biology
Related	Biogeography Ecological genetics Evolutionary medicine Group selection Cultural evolution Cultural group selection Dual inheritance theory Hologenome theory of evolution Missing heritability problem Molecular evolution Astrobiology Phylogenetics Tree Polymorphism Protocell Systematics Transgenerational epigenetic inheritance
Category Portal