Jump to content

Железный белок

(Перенаправлено из железного сульфура )

Железо-сальфурские белки представляют собой белки, характеризующиеся присутствием кластеров железа и сулфур, содержащих сульфид -связанные ди-, три- и тетраронные центры в различных состояниях окисления . Кластеры железа и сульфы обнаружены в различных металлопротеинах , таких как ферредоксины , а также дегидрогеназа NADH , гидрогеназы , коэнзимент Q - цитохром C -редуктаза , сукцинат - коэнзимент Q -редуктаза и нитрогеназа . [ 1 ] Кластеры железа и сульфы наиболее известны своей ролью в реакциях понижения окисления электронного транспорта в митохондриях и хлоропластах . Как комплекс I, так и комплекс II окислительного фосфорилирования имеют несколько кластеров Fe -S. У них есть много других функций, включая катализ, как показано на аконитазе , генерации радикалов, как показано SAM -зависимыми ферментами, и в качестве доноров серы в биосинтезе липоевой кислоты и биотина . Кроме того, некоторые белки Fe -S регулируют экспрессию генов. Белки Fe -S уязвимы для атаки с помощью биогенного оксида азота , образуя комплексы динитрозилового железа . В большинстве белков Fe -S терминальные лиганды на Fe являются тиолатными , но существуют исключения. [ 2 ]

Распространенность этих белков по метаболическим путям большинства организмов приводит к теориям, которые соединения железа и сульфы играют значительную роль в происхождении жизни в мировой теории железа .

В некоторых случаях кластеры Fe-S являются окислительно-восстановительными, но предлагается иметь структурные роли. Примеры включают эндонуклеазу III и Мути. [ 3 ] [ 4 ]

Структурные мотивы

[ редактировать ]

Почти во всех белках Fe -S центры FE являются тетраэдрическими, а терминальные лиганды - это центры серы тиолото из остатков цистеинил. Сульфидные группы либо двух, или трех координированных. Три различных вида кластеров Fe -S с этими функциями являются наиболее распространенными.

Структурные принципы

[ редактировать ]

Белки железа-сульфура участвуют в различных процессах биологического транспорта электронов, таких как фотосинтез и клеточное дыхание, которые требуют быстрого переноса электронов для удовлетворения энергии или биохимических потребностей организма. Чтобы служить их различным биологическим ролям, белки железа и белки влияют на быстрый перевод электронов и охватывают весь диапазон физиологических окислительно -восстановительных потенциалов от -600 мВ до +460 мВ.

Фей 3+ -SR -связи имеют необычайно высокую ковалентность, которая ожидается. [ Согласно кому? ] При сравнении коваленты Fe 3+ с ковалентностью Fe 2+ , Fe 3+ имеет почти вдвое больше ковалента Fe 2+ (От 20% до 38,4%). [ 5 ] Фей 3+ также гораздо более стабилизирован, чем Fe 2+ Полем Жесткие ионы, такие как Fe 3+ металла Обычно имеют низкую ковалентность из -за несоответствия энергии самой низкой незанятой молекулярной орбитальной орбиты лиганда с наиболее высокой занятой молекулярной орбиталью .

Внешние молекулы воды, расположенные вблизи активного участка железа-сальфура, снижают ковалентность; Это может быть показано с помощью экспериментов по лиофилизации , где вода удаляется из белка. Это восстановление связано с тем, что внешние водородные связи с цистеином S, уменьшая одинокое донорство электронов последнего в Fe. 3+/2+ Вытаскивая S Electrons. [ 5 ] Поскольку ковалентная стабилизирует Fe 3+ Больше, чем Fe 2+ , Fe 3+ более дестабилизируется водородным связью HOH.

Fe 3+ 3D -орбитальные энергии следуют «перевернутой» схеме связывания, которая случайно имеет FE 3+ D-Орбитали, тесно сопоставленные по энергии с орбиталями серы 3P, обеспечивая высокую коваленту в результирующей молекулярной орбитали. [ 3 ] Эта высокая ковалентность понижает энергию реорганизации внутренней сферы [ 3 ] и в конечном итоге способствует быстрому переносу электрона.

2FE - 2S кластеры

[ редактировать ]
2FE - 2S кластеры

Самая простая полиметаллическая система, кластер [Fe 2 S 2 ], составлена ​​двумя ионами железа, соединенными двумя сульфидными ионами и координируемыми четырьмя цистеинил -лигандами (в Fe 2 S 2 ферредоксинах ) или двумя цистеинами и двумя гистидинами белках Rieske ) Окисленные белки содержат два Fe 3+ ионы, тогда как пониженные белки содержат один Fe 3+ и один Fe 2+ ион Эти виды существуют в двух состояниях окисления (Fe Iii ) 2 и Fe Iii Фей II Полем Домен серы CDGSH железа также связан с кластерами 2FE-2S.

Rieske 2FE-2S Cluster Ocidation Coments of Fe 3+ и fe 2+

Белки Rieske содержат кластеры Fe -S, которые координируют как структуру 2FE - 2S и могут быть обнаружены в комплексе цитохрома BC1, связанной с мембраной в митохондриях эукариот и бактерий. Они также являются частью белков хлоропласта, таких как комплекс цитохрома B 6 F в фотосинтетических организмах. Эти фотосинтетические организмы включают растения, зеленые водоросли и цианобактерии , бактериальный предшественник хлоропластов. Оба являются частью электронной транспортной цепи их соответствующих организмов, которая является важным шагом в сборе энергии для многих организмов. [ 6 ]

4FE - 4S кластеры

[ редактировать ]

Общий мотив включает в себя четыре ионы железа и четыре сульфидных иона, расположенные на вершине кластера кубинского типа . Центры FE, как правило, дополнительно координируются цистеинил -лигандами. Белки [Fe 4 S 4 ] Electron-перенос ([Fe 4 S 4 ] ферредоксины ) могут быть дополнительно подразделены на низкоптенальные (бактериальный тип) и высокопотенциальные (Hipip) ферредоксины . Ферредоксины с низким и высоким потенциалом связаны с помощью следующей окислительно-восстановительной схемы:

4FE-4S кластеры служат электронными перерывами в белках.

В хипипке кластерные шаттлы между [2Fe 3+ , 2fe 2+ ] (Fe 4 S 4 2+ ) и [3fe 3+ , Fe 2+ ] (Fe 4 S 4 3+ ) Потенциалы для этой окислительно -восстановительной пары варьируются от 0,4 до 0,1 В. В бактериальных ферредоксинах пара состояний окисления [Fe - 3+ , 3fe 2+ ] (Fe 4 S 4 + ) и [2fe 3+ , 2fe 2+ ] (Fe 4 S 4 2+ ) Потенциалы для этой окислительно -восстановительной пары варьируются от -0,3 до -0,7 В. Две семейства кластеров 4FE 4F -4 разделяют FE 4 S 4 2+ Состояние окисления. Разница в окислительно -восстановительных парах объясняется степенью водородной связи, которая сильно модифицирует основность цистеинилтиолатных лигандов. [ Цитация необходима ] Еще одна окислительно -восстановительная пара, которая все еще более восстанавливает, чем бактериальные ферредоксины, участвует в нитрогеназе .

Некоторые кластеры 4FE - 4S связывают субстраты и, таким образом, классифицируются как кофакторы фермента. В аконитазе кластер Fe -S связывает аконитирование в центре One Fe, в котором отсутствует тиолатный лиганд. Кластер не подвергается окислительному окислению, но служит кислотным катализатором Льюиса для преобразования цитрата в изоцитрат . В радикальных ферментах SAM кластер связывает и уменьшает S-аденозилметионин для генерации радикала, который участвует во многих биосинтезах. [ 7 ]

4FE-4S Окислительные состояния Fe 3+ , Fe 2.5+ и Fe 2+ .

Второй кубин, показанный здесь со смешанными парами валентных парами (2 Fe3+ и 2 Fe2+), имеет большую стабильность от ковалентной связи и сильной ковалентной делокализации «дополнительного» электрона из уменьшенного Fe2+, что приводит к полной ферромагнитной связи.

3FE - 4S кластеры

[ редактировать ]

Также известно, что белки содержат [Fe 3 S 4 ] центры, в которых одно железо меньше, чем более распространенные ядра [Fe 4 S 4 ]. Три сульфид -иона соединяют по два иона железа каждый, в то время как четвертый сульфид соединяет три иона железа. Их формальные состояния окисления могут варьироваться от [Fe 3 S 4 ] + (All-Fe 3+ форма) до [Fe 3 S 4 ] 2− (All-Fe 2+ форма). В ряде белков железа -мульчарного сустава кластер [Fe 4 S 4 ] может быть обратимо преобразован путем окисления и потери одного иона железа в кластер [Fe 3 S 4 ]. Например, неактивная форма аконитазы обладает [Fe 3 S 4 ] и активируется добавлением Fe 2+ и редактор.

Другие кластеры Fe - S.

[ редактировать ]

Примеры включают в себя активные сайты ряда ферментов:

Диапазоны потенциалов снижения, e а (MV), охватываемые различными классами белков железа-сальфура, гем-белков и медных белков. (Hipip = высокие потенциальные белки железа-сальфура, rdx = rubredoxins, fdx = ферредоксины, cyt = cytochromes.)

Биосинтез

[ редактировать ]

Биосинтез кластеров Fe -S был хорошо изучен. [ 15 ] [ 16 ] [ 17 ] Биогенез кластеров серы железа был широко изучен в бактериях E. coli и A. vinelandii и дрожжах S. cerevisiae . По меньшей мере три различных биосинтетических систем были идентифицированы до сих пор, а именно системы NIF, SUF и ISC, которые были впервые идентифицированы в бактериях. Система NIF отвечает за кластеры в ферментной нитрогеназе. Системы SUF и ISC более общие.

Система дрожжей ISC является наилучшей описанной. Несколько белков составляют биосинтетический механизм через путь ISC. Процесс происходит в двух основных шагах: (1) Кластер Fe/S собирается на каркасном белке с последующим (2) переносом предварительно сформированного кластера в белки реципиента. Первый этап этого процесса происходит в цитоплазме прокариотических . организмов или в митохондриях эукариотических организмов Поэтому в более высоких организмах кластеры транспортируются из митохондриона, которые должны быть включены в внеамтохондриальные ферменты. Эти организмы также обладают набором белков, участвующих в процессах транспорта и включения кластеров Fe/S, которые не являются гомологичными белкам, обнаруженным в прокариотических системах.

Синтетические аналоги

[ редактировать ]

Синтетические аналоги природных кластеров Fe -S были впервые сообщены Holm и коллегами. [ 18 ] Обработка солей железа смесью тиолатов и сульфида дает производные, такие как ( ET 4 N ) 2 Fe 4 S 4 (Sch 2 PH) 4 ]. [ 19 ] [ 20 ]

Смотрите также

[ редактировать ]
  1. ^ SJ Lippard, JM Berg «Принципы бионорганической химии» Университетские книги Университета: Милл -Вэлли, Калифорния; 1994. ISBN   0-935702-73-3 .
  2. ^ Бак, DW; Elliott, SJ (2014). «Альтернативные лиганды FES Cluster: настройка окислительно -восстановительных потенциалов и химии». Карт Мнение Химический Биол . 19 : 50–58. doi : 10.1016/j.cbpa.2013.12.015 . PMID   24463764 .
  3. ^ Jump up to: а беременный в Kennepohl, Pierre; Соломон, Эдвард И. (2003-01-16). «Вклад электронной структуры в реакционную способность электронного переноса в активных участках железа ильфур: 3. Кинетика переноса электрона» . Неорганическая химия . 42 (3): 696–708. doi : 10.1021/ic0203320 . ISSN   0020-1669 . PMID   12562183 .
  4. ^ Guan, Y.; Мануэль, RC; Арвай, как; Parikh, SS; Мол, CD; Миллер, JH; Lloyd, S.; Тайнер, JA (декабрь 1998 г.). «Каталитическое ядро ​​мута, мутантные и связанные адениновые структуры определяют специфичность для суперсемейства ферментов ДНК». Природа структурная биология . 5 (12): 1058–1064. doi : 10.1038/4168 . ISSN   1072-8368 . PMID   9846876 . S2CID   22085836 .
  5. ^ Jump up to: а беременный Солнце, Нин; Дей, Абхишек; Сяо, Чжигуан; Ведд, Энтони Г.; Ходжсон, Кит О.; Хедман, Бритт; Соломон, Эдвард И. (2010-08-20). «Влияние сольватации на S K-Edge Sectra белков Fe-S: нормальное и обратное влияние на WT и мутантный рубредоксин» . Журнал Американского химического общества . 132 (36): 12639–12647. doi : 10.1021/ja102807x . ISSN   0002-7863 . PMC   2946794 . PMID   20726554 .
  6. ^ Биологическая неорганическая химия: структура и реакционная способность . [SL]: Университетские научные книги. 2018. ISBN  978-1-938787-96-6 Полем OCLC   1048090793 .
  7. ^ Сьюзен С. Ван; Перри А. Фрей (2007). «S-аденозилметионин как окислитель: радикальное суперсемейство SAM». Тенденции в биохимических науках . 32 (3): 101–10. doi : 10.1016/j.tibs.2007.01.002 . PMID   17291766 .
  8. ^ Эйнсл, Оливер; Рис, Дуглас С. (2020). «Структурная ферменты ферментов нитрогеназы» . Химические обзоры . 120 (12): 4969–5004. doi : 10.1021/acs.chemrev.0c00067 . PMC   8606229 . PMID   32538623 .
  9. ^ Может, Мехмет; Армстронг, Фрейзер А.; Ragsdale, Stephen W. (2014). «Структура, функция и механизм никелевых металлоферментов, Co-дегидрогеназы и ацетил-КоА-синтазы» . Химические обзоры . 114 (8): 4149–4174. doi : 10.1021/cr400461p . PMC   4002135 . PMID   24521136 .
  10. ^ Стрипп, Свен Т.; Даффус, Бенджамин Р.; Фурмонд, Винсент; Легер, Кристоф; Леймкюлер, Силке; Хирота, Шун; Ху, Йилин; Джасневски, Эндрю; Ogata, Hideaki; Риббе, Маркус В. (2022). «Вторая и внешняя координационная сфера эффектов в нитрогеназе, гидрогеназе, формиатадегидрогеназе и Co -дегидрогеназе» . Химические обзоры . 122 (14): 11900–11973. doi : 10.1021/acs.chemrev.1c00914 . PMC   9549741 . PMID   35849738 .
  11. ^ Рао, Годонг; Паттенуд, Скотт А.; Алван, Кэтрин; Блэкберн, Ниниан Дж.; Бритт Р. Дэвид; Раухфусс, Томас Б. (15 октября 2019 г.). «Бинуклеарный кластер [Fefe] гидрогеназы образуется с серной, пожертвованной цистеином [Fe (Cys) (Co) 2 (CN)] органометаллического предшественника» . Труды Национальной академии наук . 116 (42): 20850–20855. Bibcode : 2019pnas..11620850R . doi : 10.1073/pnas.1913324116 . PMC   6800375 . PMID   31570604 .
  12. ^ Fritch, J; Scheerer, P; Frielingsdorf, S; Kroschinsky, S; Фридрих, б; Ленц, о; Spahn, CMT (2011-10-16). «Кристаллическая структура кислородной гидрогеназы раскрывает новый центр железа-сульфура». Природа . 479 (7372): 249–252. Bibcode : 2011natur.479..249f . doi : 10.1038/nature10505 . PMID   22002606 . S2CID   4411671 .
  13. ^ Shomura, y; Юн, KS; Нишихара, ч; Higuchi, Y (2011-10-16). «Структурная основа для кластера [4FE-3S] в мембране кислородной мембраны [nife] -гидрогеназа». Природа . 479 (7372): 253–256. Bibcode : 2011natur.479..253s . doi : 10.1038/nature10504 . PMID   22002607 . S2CID   4313414 .
  14. ^ Jeoung, JH; Мартинс, Б.М.; Доббек, ч (15 июня 2020 года). «Двойные кубинские [8fee] кластеры: новый связанный с нитрогеназой кофактор в биологии» . Химбиохим . 21 (12): 1710–1716. doi : 10.1002/cbic.202000016 . PMC   7317905 . PMID   32187824 .
  15. ^ Джонсон Д., Дин Д.Р., Смит А.Д., Джонсон М.К. (2005). «Структура, функция и формирование биологических кластеров железа и мульти». Ежегодный обзор биохимии . 74 (1): 247–281. doi : 10.1146/annurev.biochem.74.082803.133518 . PMID   15952888 .
  16. ^ Johnson, MK and Smith, AD (2005).
  17. ^ Лилл Р., Мюленхофф У (2005). «Биогенез железа-сальфур-белок у эукариот» . Тенденции в биохимических науках . 30 (3): 133–141. doi : 10.1016/j.tibs.2005.01.006 . PMID   15752985 .
  18. ^ Т. Херсковиц; Ба Аверилл; RH Holm; Ja Ibers; WD Phillips; JF Weiher (1972). «Структура и свойства синтетического аналога бактериальных белков железа-сальфур» . Труды Национальной академии наук . 69 (9): 2437–2441. Bibcode : 1972pnas ... 69.2437H . doi : 10.1073/pnas.69.9.2437 . PMC   426959 . PMID   4506765 .
  19. ^ Холм, RH; LO, W. (2016). «Структурные преобразования синтетических и белковых кластеров железной и сульфы». Химический Преподобный 116 (22): 13685–13713. doi : 10.1021/acs.chemrev.6b00276 . PMID   27933770 .
  20. ^ Ли, SC; Низкий.; Холм, RH (2014). «Развития в биомиметической химии кластеров кубинского типа и более высокого ядерного железа и сульфур» . Химические обзоры . 114 (7): 3579–3600. doi : 10.1021/cr4004067 . PMC   3982595 . PMID   24410527 .

Дальнейшее чтение

[ редактировать ]
[ редактировать ]
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: 3bb7735306af7b91a42079d5f180f555__1706419860
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/3b/55/3bb7735306af7b91a42079d5f180f555.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Iron-sulfur protein - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)