Jump to content

Шиповый белок коронавируса

(Перенаправлено с шипового белка SARS-CoV-2 )

Спайковый гликопротеин коронавируса
Иллюстрация вириона SARS-CoV-2
Модель внешнего строения вириона SARS-CoV-2. [ 1 ]
Синий: конверт.
Бирюзовый: спайковый гликопротеин (S).
Красный: белки оболочки (E).
Зеленый: мембранные белки (М).
Оранжевый: гликан.
Идентификаторы
Символ КоВ_S1
Пфам ПФ01600
ИнтерПро ИПР002551
Доступные белковые структуры:
Pfam  structures / ECOD  
PDBRCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsumstructure summary

Спайковый (S) гликопротеин (иногда его еще называют спайковым белком) . [ 2 ] ранее известный как E2 [ 3 ] ) — самый крупный из четырех основных структурных белков, обнаруженных в коронавирусах . [ 4 ] Белок-шип собирается в тримеры , которые образуют большие структуры, называемые шипами или пепломерами . [ 3 ] этот проект с поверхности вириона . [ 4 ] [ 5 ] Характерный внешний вид этих шипов при визуализации с помощью с отрицательными пятнами просвечивающей электронной микроскопии , «напоминающий солнечную корону », [ 6 ] дает семейству вирусов его основное название. [ 2 ]

Функция шипового гликопротеина заключается в обеспечении проникновения вируса в клетку-хозяина путем сначала взаимодействия с молекулами на внешней поверхности клетки, а затем слияния вирусной и клеточной мембран . Спайковый гликопротеин представляет собой слитый белок класса I , который содержит две области, известные как S1 и S2, отвечающие за эти две функции. Область S1 содержит рецепторсвязывающий домен , который связывается с рецепторами на поверхности клетки. Коронавирусы используют очень разнообразный набор рецепторов; SARS-CoV (вызывающий атипичную пневмонию ) и SARS-CoV-2 (вызывающий COVID-19 ) взаимодействуют с ангиотензинпревращающим ферментом 2 (АПФ2). Область S2 содержит слитый пептид и другую инфраструктуру слияния, необходимую для слияния мембраны с клеткой-хозяином, что является необходимым этапом для заражения и репликации вируса . вируса Спайковый гликопротеин определяет круг хозяев (какие организмы он может заразить) и клеточный тропизм (какие клетки или ткани внутри организма он может инфицировать). [ 4 ] [ 5 ] [ 7 ] [ 8 ]

Спайковый гликопротеин обладает высокой иммуногенностью . Антитела против спайкового гликопротеина обнаруживаются у пациентов, перенесших SARS и COVID-19. Нейтрализующие антитела нацелены на эпитопы в рецепторсвязывающем домене. [ 9 ] Большинство усилий по разработке вакцины против COVID-19 в ответ на пандемию COVID-19 направлены на активацию иммунной системы против белка-шипа. [ 10 ] [ 11 ] [ 12 ]

Структура

[ редактировать ]
Криоэлектронная микроскопия: структура тримера шиповидного белка SARS-CoV-2 в конформации перед слиянием, с выделенным единственным мономером. NTD S1 показан синим цветом, а CTD S1 (который служит доменом, связывающим рецептор) — розовым. Спирали показаны оранжевым и голубым цветом и образуют части S2, которые претерпят конформационные изменения во время слияния. Черная полоса внизу указывает положение вирусной мембраны. Из PDB : 6VSB . [ 13 ]

Белок-шип очень большой, часто имеет длину от 1200 до 1400 аминокислотных остатков; [ 8 ] это 1273 остатка у SARS-CoV-2 . [ 5 ] Это однопроходной трансмембранный белок с коротким С-концевым хвостом внутри вируса, трансмембранной спиралью и большим N-концевым эктодоменом, открытым снаружи вируса. [ 5 ] [ 7 ]

Спайковый гликопротеин образует гомотримеры , в которых три копии белка взаимодействуют через свои эктодомены. [ 5 ] [ 7 ] Структуры тримеров были описаны как булаво-грушевидные или лепесткообразные. [ 3 ] Каждый белок-шип содержит две области, известные как S1 и S2, и в собранном тримере области S1 на N-конце образуют часть белка, наиболее удаленную от поверхности вируса, в то время как области S2 образуют гибкий «стебель», содержащий большую часть белка. белок -белковые взаимодействия , которые удерживают тример на месте. [ 7 ]

Спайковый гликопротеин S1 бетакоронавируса, связывание с рецептором
Идентификаторы
Символ bCoV_S1_RBD
Пфам PF09408
ИнтерПро ИПР018548
Доступные белковые структуры:
Pfam  structures / ECOD  
PDBRCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsumstructure summary
Бетакоронавирусоподобный спайковый гликопротеин S1, N-концевой
Идентификаторы
Символ bCoV_S1_N
Пфам PF16451
ИнтерПро ИПР032500
Доступные белковые структуры:
Pfam  structures / ECOD  
PDBRCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsumstructure summary

Область S1 спайкового гликопротеина отвечает за взаимодействие с рецепторными молекулами на поверхности клетки-хозяина на первом этапе проникновения вируса . [ 4 ] [ 7 ] S1 содержит два домена , называемые N-концевым доменом (NTD) и C-концевым доменом (CTD). [ 2 ] [ 7 ] иногда также известные как домены A и B. [ 14 ] В зависимости от коронавируса один или оба домена могут использоваться в качестве рецептор-связывающих доменов (RBD). Целевые рецепторы могут быть очень разнообразными, включая белки рецепторов клеточной поверхности и сахара, такие как сиаловые кислоты, в качестве рецепторов или корецепторов. [ 2 ] [ 7 ] В целом, NTD связывает молекулы сахара, тогда как CTD связывает белки, за исключением вируса гепатита мыши , который использует свой NTD для взаимодействия с белковым рецептором, называемым CEACAM1 . [ 7 ] NTD имеет галектиноподобную . белковую складку , но связывает молекулы сахара несколько иначе, чем галектины [ 7 ] Наблюдаемое связывание N-ацетилнейраминовой кислоты с помощью NTD. [ 15 ] и потеря этого связывания в результате мутации соответствующего кармана связывания сахара в возникающих вызывающих беспокойство вариантах предполагает потенциальную роль временного связывания сахара в зоонозе SARS-CoV-2, что согласуется с предыдущими эволюционными предположениями. [ 16 ]

CTD отвечает за взаимодействие MERS-CoV с его рецептором дипептидилпептидазой-4 . [ 7 ] и SARS-CoV [ 7 ] и SARS-CoV-2 [ 5 ] с их рецептором ангиотензинпревращающего фермента 2 (ACE2). CTD этих вирусов можно дополнительно разделить на два субдомена, известные как ядро ​​и расширенная петля или мотив связывания рецептора (RBM), где расположено большинство остатков, которые непосредственно контактируют с целевым рецептором. [ 5 ] [ 7 ] Существуют тонкие различия, в основном в RBM, между взаимодействием шиповых белков SARS-CoV и SARS-CoV-2 с ACE2. [ 5 ] Сравнение шиповых белков нескольких коронавирусов позволяет предположить, что расхождение в области RBM может объяснять различия в целевых рецепторах, даже если ядро ​​S1 CTD структурно очень похоже. [ 7 ]

В линиях коронавирусов, а также в четырех основных подгруппах коронавирусов, область S1 менее консервативна , чем S2, что соответствует ее роли во взаимодействии с вирус-специфичными рецепторами клеток-хозяев. [ 4 ] [ 5 ] [ 7 ] В регионе S1 NTD более консервативен, чем CTD. [ 7 ]

Спайковый гликопротеин S2 коронавируса
Идентификаторы
Символ КоВ_S2
Пфам PF01601
ИнтерПро ИПР002552
Доступные белковые структуры:
Pfam  structures / ECOD  
PDBRCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsumstructure summary

Область S2 спайкового гликопротеина отвечает за слияние мембран между оболочкой вируса и клеткой-хозяином вируса , обеспечивая проникновение генома в клетку. [ 5 ] [ 7 ] [ 8 ] Область S2 содержит слитый пептид , участок в основном гидрофобных аминокислот, функция которого заключается в проникновении и дестабилизации мембраны клетки-хозяина. [ 5 ] [ 8 ] S2 также содержит два субдомена гептадных повторов, известные как HR1 и HR2, иногда называемые областью «слитого ядра». [ 5 ] Эти субдомены претерпевают драматические конформационные изменения в процессе слияния с образованием пучка из шести спиралей , что является характерной особенностью слитых белков класса I. [ 5 ] [ 8 ] Считается также, что область S2 включает трансмембранную спираль и С-концевой хвост, расположенный внутри вириона. [ 5 ]

По сравнению с S1, регион S2 очень хорошо консервативен среди коронавирусов. [ 5 ] [ 7 ]

Посттрансляционные модификации

[ редактировать ]
и без него Спайковый белок проиллюстрирован с гликозилированием . [ 17 ] [ 18 ]

Спайковый гликопротеин сильно гликозилируется посредством N-связанного гликозилирования . [ 4 ] Исследования шиповидного белка SARS-CoV-2 также показали О-связанное гликозилирование в области S1. [ 19 ] С-концевой хвост, расположенный внутри вириона, обогащен остатками цистеина и пальмитоилирован . [ 5 ] [ 20 ]

Спайковые белки активируются посредством протеолитического расщепления . Они расщепляются протеазами клетки-хозяина на границе S1-S2, а затем в так называемом сайте S2' на N-конце слитого пептида. [ 4 ] [ 5 ] [ 7 ] [ 8 ]

Конформационное изменение

[ редактировать ]

Как и другие слитые белки класса I , белок-шип претерпевает очень большие конформационные изменения в процессе слияния. [ 4 ] [ 5 ] [ 7 ] [ 8 ] Как до, так и после слияния некоторых коронавирусов, особенно SARS-CoV-2 , были изучены с помощью криоэлектронной микроскопии . [ 5 ] [ 21 ] [ 22 ] [ 23 ] Функционально важная динамика белков также наблюдалась в состоянии до слияния, в котором относительная ориентация некоторых областей S1 относительно S2 в тримере может варьироваться. В закрытом состоянии все три области S1 упакованы плотно, и область, которая контактирует с рецепторами клетки-хозяина, стерически недоступна, тогда как в открытых состояниях есть один или два RBD S1, более доступные для связывания рецептора, в открытой или «верхней» конформации. . [ 5 ]

Просвечивающая электронная микрофотография вириона SARS-CoV-2 , показывающая характерный вид «короны» с шиповчатыми белками (зелеными), образующими заметные выступы на поверхности вириона (желтые).

Выражение и локализация

[ редактировать ]
Геномная информация
Геномная организация изолята Wuhan-Hu-1, самого раннего секвенированного образца SARS-CoV-2, с указанием местоположения гена S.
NCBI Идентификатор генома 86693
Размер генома 29 903 базы
Год завершения 2020
Геномный браузер ( UCSC )

Ген , кодирующий белок-шип, расположен на 3'-конце вируса положительной смысловой РНК генома , наряду с генами трех других структурных белков и различных специфичных для вируса вспомогательных белков . [ 4 ] [ 5 ] Перемещение белков шипованных белков, по-видимому, зависит от подгруппы коронавируса: при экспрессии в изоляции без других вирусных белков шиповые белки бета-коронавирусов способны достигать поверхности клетки , тогда как белки альфа-коронавирусов и гамма-коронавирусов сохраняются внутриклеточно. В присутствии белка М транспортировка шиповидного белка изменяется и вместо этого сохраняется в ERGIC , месте, в котором происходит сборка вируса. [ 20 ] В SARS-CoV-2 и белок M, и белок E модулируют транспортировку шиповых белков посредством различных механизмов. [ 24 ]

Иллюстрация вириона коронавируса в слизистой оболочке дыхательных путей , показывающая положения четырех структурных белков и компонентов внеклеточной среды. [ 25 ]

Белок-шип не требуется для сборки вируса или образования вирусоподобных частиц ; [ 20 ] однако наличие шипа может повлиять на размер конверта. [ 26 ] Включение белка-шипа в вирионы во время сборки и почкования зависит от белок-белковых взаимодействий с белком М через С-концевой хвост. [ 20 ] [ 24 ] Исследование вирионов с помощью криоэлектронной микроскопии позволяет предположить, что существует около 25 [ 27 ] до 100 тримеров шипов на вирион. [ 22 ] [ 26 ]

Белок-шип отвечает за проникновение вируса в клетку-хозяина , что является необходимым ранним этапом репликации вируса . Это необходимо для репликации. [ 2 ] Он выполняет эту функцию в два этапа: сначала связывается с рецептором на поверхности клетки-хозяина посредством взаимодействия с областью S1, а затем соединяет вирусную и клеточную мембраны посредством действия области S2. [ 7 ] [ 8 ] [ 9 ] Место слияния варьируется в зависимости от конкретного коронавируса: некоторые из них могут проникать через плазматическую мембрану , а другие - из эндосом после эндоцитоза . [ 8 ]

Вложение

[ редактировать ]

Взаимодействие рецептор-связывающего домена в области S1 с его рецептором-мишенью на поверхности клетки инициирует процесс проникновения вируса. Различные коронавирусы нацелены на разные рецепторы клеточной поверхности, иногда используя молекулы сахара, такие как сиаловые кислоты , или образуя белок-белковые взаимодействия с белками, экспонированными на поверхности клетки. [ 7 ] [ 9 ] Различные коронавирусы сильно различаются по своим целевым рецепторам. Наличие рецептора-мишени, с которым может связываться S1, является определяющим фактором диапазона хозяев и тропизма клеток . [ 7 ] [ 9 ] [ 28 ] Человеческий сывороточный альбумин связывается с областью S1, конкурируя с ACE2 и, следовательно, ограничивая проникновение вируса в клетки. [ 29 ]

Коронавирусы человека и их рецепторы на клеточной поверхности
Разновидность Род Рецептор Ссылка
Человеческий коронавирус 229E Альфакоронавирус Аминопептидаза N [ 4 ] [ 30 ]
Человеческий коронавирус NL63 Альфакоронавирус Ангиотензинпревращающий фермент 2 [ 4 ] [ 31 ]
Человеческий коронавирус HKU1 Бетакоронавирус N-ацетил-9-О-ацетилнейраминовая кислота [ 28 ] [ 32 ]
Человеческий коронавирус OC43 Бетакоронавирус N-ацетил-9-О-ацетилнейраминовая кислота [ 4 ] [ 33 ]
Коронавирус, связанный с ближневосточным респираторным синдромом Бетакоронавирус Дипептидилпептидаза-4 [ 4 ] [ 34 ]
Тяжелый острый респираторный синдром, коронавирус Бетакоронавирус Ангиотензинпревращающий фермент 2 [ 4 ] [ 35 ]
Тяжелый острый респираторный синдром коронавирус 2 Бетакоронавирус Ангиотензинпревращающий фермент 2 и N-ацетилнейраминовая кислота [ 5 ] [ 9 ] [ 15 ]

Протеолитическое расщепление

[ редактировать ]

Для слияния мембран требуется протеолитическое расщепление белка-шипа, иногда называемое «праймингом». По сравнению с другими слитыми белками класса I этот процесс является сложным и требует двух расщеплений в разных сайтах: одного на границе S1/S2 и одного в S2'-сайте для высвобождения слитого пептида . [ 5 ] [ 7 ] [ 9 ] У коронавирусов различается, в какой части жизненного цикла вируса происходит это расщепление, особенно расщепление S1/S2. Многие коронавирусы расщепляются по S1/S2 перед выходом вируса из клетки, продуцирующей вирус, с помощью фурина и других пропротеинконвертаз ; [ 7 ] у SARS-CoV-2 в этом положении присутствует сайт расщепления многоосновного фурина. [ 5 ] [ 9 ] Другие могут расщепляться внеклеточными протеазами, такими как эластаза , протеазами, расположенными на поверхности клетки после связывания с рецептором, или протеазами, обнаруживаемыми в лизосомах после эндоцитоза . [ 7 ] Конкретные протеазы, ответственные за это расщепление, зависят от вируса, типа клеток и местной среды. [ 8 ] При SARS-CoV цистеиновых протеаз катепсина в этом процессе важна сериновая протеаза TMPRSS2 с дополнительным вкладом B и катепсина L в эндосомах. [ 8 ] [ 9 ] [ 36 ] Сообщалось также, что трипсин и трипсиноподобные протеазы вносят свой вклад. [ 8 ] В SARS-CoV-2 TMPRSS2 является основной протеазой расщепления S2', и, как сообщается, ее присутствие имеет важное значение для вирусной инфекции. [ 5 ] [ 9 ] при этом протеаза катепсина L является функциональной, но не обязательной. [ 36 ]

Слияние мембран

[ редактировать ]
Сравнение конформаций тримера шипового белка SARS-CoV до слияния (оранжевый, голубой) и после слияния (красный, темно-синий). В конформации перед слиянием центральная спираль (оранжевая) и гептадный повтор 1 (HR1, голубой) свернуты друг на друга в антипараллельной ориентации. В конформации после слияния центральная спираль (красная) и последовательность HR1 (темно-синяя) реорганизуются, образуя расширенную тримерную спиральную спираль. Вирусная мембрана находится внизу, а мембрана клетки-хозяина — вверху. Показаны только ключевые части субъединицы S2. Из PDB : 6NB6 (до слияния) [ 37 ] и PDB : 6M3W (после слияния). [ 38 ]

Как и другие слитые белки класса I , белок-шип в своей конформации до слияния находится в метастабильном состоянии. [ 7 ] Происходит резкое конформационное изменение , заставляющее гептадные повторы в области S2 сворачиваться в расширенный пучок из шести спиралей , заставляя слитый пептид взаимодействовать с клеточной мембраной и сближать вирусную и клеточную мембраны в непосредственной близости. [ 5 ] [ 7 ] Требуются связывание с рецептором и протеолитическое расщепление (иногда называемое «праймингом»), но дополнительные триггеры для этого конформационного изменения варьируются в зависимости от коронавируса и местной среды. [ 39 ] in vitro Исследования SARS-CoV предполагают зависимость от концентрации кальция . [ 8 ] В отличие от коронавирусов, вирус инфекционного бронхита , поражающий птиц, может быть вызван низким уровнем pH только ; для других коронавирусов низкий pH сам по себе не является триггером, но может быть необходим для активности протеаз, которые, в свою очередь, необходимы для слияния. [ 8 ] [ 39 ] Местоположение слияния мембран — на плазматической мембране или в эндосомах — может варьироваться в зависимости от наличия этих триггеров конформационных изменений. [ 39 ] Слияние вирусной и клеточной мембран позволяет проникнуть положительной смысловой РНК геному вируса в цитозоль клетки-хозяина , после чего начинается экспрессия вирусных белков. [ 2 ] [ 4 ] [ 9 ]

Помимо слияния мембран вируса и клетки-хозяина, некоторые спайковые белки коронавируса могут инициировать слияние мембран между инфицированными клетками и соседними клетками, образуя синцитии . [ 40 ] Такое поведение можно наблюдать в инфицированных клетках в клеточной культуре . [ 41 ] Синцитии наблюдались в образцах тканей пациентов, зараженных SARS-CoV , MERS-CoV и SARS-CoV-2 . [ 41 ] хотя в некоторых отчетах подчеркивается разница в образовании синцитий между шипами SARS-CoV и SARS-CoV-2, объясняемая различиями в последовательностях вблизи сайта расщепления S1/S2. [ 42 ] [ 43 ] [ 44 ]

Иммуногенность

[ редактировать ]

Поскольку белок-шип находится на поверхности вируса, он является основным антигеном, к которому нейтрализующие антитела . вырабатываются [ 2 ] [ 9 ] [ 45 ] [ 46 ] Его обширное гликозилирование может служить гликановым щитом, который скрывает эпитопы от иммунной системы . [ 9 ] [ 18 ] В связи со вспышкой атипичной пневмонии и пандемией COVID-19 антитела к шиповым белкам SARS-CoV и SARS-CoV-2 были тщательно изучены. [ 45 ] Были идентифицированы антитела к белкам-шипам SARS-CoV и SARS-CoV-2, которые нацелены на эпитопы в рецептор-связывающем домене. [ 9 ] [ 45 ] [ 47 ] или вмешиваться в процесс конформационных изменений. [ 9 ] Большинство антител инфицированных людей нацелены на рецептор-связывающий домен. [ 45 ] [ 48 ] [ 49 ] Совсем недавно сообщалось, что антитела, нацеленные на субъединицу S2 белка-шипа, обладают широкой нейтрализующей активностью против вариантов. [ 50 ]

Ответ на COVID-19

[ редактировать ]

В ответ на пандемию COVID-19 был разработан ряд вакцин против COVID-19 с использованием различных технологий, включая мРНК-вакцины и вирусные векторные вакцины . Большинство разработок вакцин нацелено на белок-шип. [ 10 ] [ 11 ] [ 12 ] Основываясь на методах, ранее использовавшихся в исследованиях вакцин, направленных на респираторно-синцитиальный вирус и SARS-CoV , во многих усилиях по разработке вакцин против SARS-CoV-2 использовались конструкции, которые включают мутации для стабилизации конформации белка-шипа перед слиянием, что способствует выработке антител против эпитопов. подвергшихся воздействию в этой конформации. [ 51 ] [ 52 ]

Согласно исследованию, опубликованному в январе 2023 года, у людей, у которых развился поствакцинальный миокардит, были обнаружены заметно повышенные уровни полноразмерного белка-шипа, не связанного антителами (по сравнению с контрольной группой, которая осталась здоровой). Однако эти результаты не меняют соотношение риска и пользы в пользу вакцинации против COVID-19 для предотвращения тяжелых клинических исходов. [ 53 ] [ нужен неосновной источник ]

Моноклональные антитела

[ редактировать ]
Казиривимаб (синий) и имдевимаб (оранжевый) взаимодействуют с рецептор-связывающим доменом белка-шипа (розовый). [ 13 ] [ 54 ]

Моноклональные антитела , нацеленные на рецептор-связывающий домен белка-шипа, были разработаны в качестве лечения COVID-19 . По состоянию на 8 июля 2021 г. три продукта моноклональных антител получили разрешение на экстренное использование в США: [ 55 ] бамланивимаб/этезевимаб , [ 56 ] [ 57 ] казиривимаб/имдевимаб , [ 58 ] и сотровимаб . [ 59 ] Бамланивимаб/этезевимаб не рекомендовался в США из-за увеличения числа вариантов SARS-CoV-2, которые менее чувствительны к этим антителам. [ 55 ]

Варианты SARS-CoV-2

[ редактировать ]

На протяжении всей пандемии COVID-19 геном секвенировали вирусов SARS-CoV-2 много раз, в результате чего были идентифицированы тысячи различных вариантов . [ 60 ] Многие из них обладают мутациями , которые изменяют аминокислотную последовательность белка-шипа. По данным анализа Всемирной организации здравоохранения, проведенного в июле 2020 года, ген spike ( S ) был вторым по частоте мутаций в геноме после ORF1ab вируса (который кодирует большинство неструктурных белков ). [ 60 ] Скорость эволюции гена спайка выше, чем скорость эволюции всего генома. [ 61 ] Анализ геномов SARS-CoV-2 позволяет предположить, что некоторые участки в последовательности белка-шипа, особенно в рецептор-связывающем домене, имеют эволюционное значение. [ 62 ] и проходят положительный отбор . [ 48 ] [ 63 ]

Мутации шиповидных белков вызывают беспокойство, поскольку они могут влиять на инфекционность или заразность , а также способствовать ускользанию от иммунитета . [ 48 ] Мутация D 614 G возникла независимо во многих вирусных линиях и стала доминантной среди секвенированных геномов; [ 64 ] [ 65 ] он может иметь преимущества в заразности и заразности [ 48 ] возможно, из-за увеличения плотности шипов на поверхности вируса, [ 66 ] увеличение доли связывающих компетентных конформаций или улучшение стабильности, [ 67 ] но это не влияет на вакцины. [ 68 ] Мутация N501Y является общей для вариантов альфа, бета, гамма и омикрон SARS-CoV-2 и способствует усилению заражения и передачи вируса. [ 69 ] снижение эффективности вакцины, [ 70 ] и способность SARS-CoV-2 заражать новые виды грызунов. [ 71 ] N501Y увеличивает сродство Spike к ACE2 человека примерно в 10 раз. [ 72 ] что может лежать в основе некоторых преимуществ приспособленности, обеспечиваемых этой мутацией, хотя взаимосвязь между аффинностью и инфекционностью сложна. [ 73 ] Мутация P681R изменяет сайт расщепления фурином и отвечает за повышенную инфекционность, передачу и глобальное воздействие дельта- варианта SARS-CoV-2 . [ 74 ] [ 75 ] Мутации в положении Е 484, особенно Е 484 К , связаны с ускользанием от иммунного ответа и снижением связывания антител . [ 48 ] [ 61 ]

Вариант SARS-CoV-2 Omicron отличается необычно большим количеством мутаций в белке-шипе. [ 76 ] Мутация 69–70del (Δ69-70) гена шипа SARS CoV-2 (ген S, S-ген) приводит к тому, что тестовый зонд TaqPath PCR не связывается с мишенью гена S, что приводит к сбою мишени гена S (SGTF) при SARS. Положительные образцы CoV-2. Этот эффект использовался в качестве маркера для мониторинга распространения варианта Альфа. [ 77 ] [ 78 ] и вариант Омикрона . [ 79 ]

Дополнительная ключевая роль в болезни

[ редактировать ]

В 2021 году компании Circulation Research и Salk провели новое исследование, которое доказывает, что COVID-19 может быть также сосудистым заболеванием, а не только респираторным заболеванием. Ученые создали «псевдовирус», окруженный белками-шипами SARS-CoV-2, но без какого-либо настоящего вируса. А псевдовирус привел к повреждению легких и артерий животных моделей. Оно показывает, что спайковый белок SARS-CoV-2 сам по себе может вызывать сосудистые заболевания и может объяснить некоторых пациентов с Covid-19, перенесших инсульты или другие сосудистые проблемы в других частях человеческого тела одновременно. Команда воспроизвела этот процесс, устранив способность вируса к репликации, и снова продемонстрировала такое же повреждающее воздействие на сосудистые клетки. [ 80 ] [ 81 ]

Дезинформация

[ редактировать ]

Во время пандемии COVID-19 на платформах социальных сетей распространялась дезинформация против вакцинации о COVID-19, связанная с ролью белка-шипа в вакцинах против COVID-19 . Утверждалось, что спайковые белки являются опасными « цитотоксичными », и мРНК-вакцины, содержащие их, поэтому опасны сами по себе. Спайковые белки не являются цитотоксичными или опасными. [ 82 ] [ 83 ] Несмотря на то, что исследования показали, что спайковые белки вызывают амилоидные заболевания, связанные с свертыванием крови и фибринолитическими нарушениями, а также неврологические и сердечные проблемы. [ требуется редактирование копии ] [ 84 ] Утверждалось также, что спайковые белки «выделяются» вакцинированными людьми, что является ошибочным намеком на явление вызванного вакцинацией выделения вируса , которое является редким эффектом вакцин с живым вирусом в отличие от тех, которые используются для COVID-19. «Отпадение» белков-шипов невозможно. [ 85 ] [ 86 ]

Эволюция, сохранение и рекомбинация

[ редактировать ]

, слитые белки класса I группа, хорошо охарактеризованные примеры которой включают в себя шиповый белок коронавируса, вируса гриппа гемагглютинин и ВИЧ , эволюционно родственны. Gp41 Считается, что [ 7 ] [ 87 ] Область S2 белка-шипа, ответственная за слияние мембран, более консервативна , чем область S1, ответственная за взаимодействия с рецепторами. [ 4 ] [ 5 ] [ 7 ] Регион S1, судя по всему, подвергся значительному диверсифицирующему отбору . [ 88 ]

В регионе S1 N-концевой домен (NTD) более консервативен, чем C-концевой домен (CTD). [ 7 ] белка NTD галектин -подобного Складка предполагает связь со структурно сходными клеточными белками, из которых он мог возникнуть в результате захвата гена хозяина. [ 7 ] Было высказано предположение, что ЗСТ мог возникнуть из ДНТ в результате дупликации генов . [ 7 ] Положение CTD на поверхности, уязвимое для иммунной системы хозяина , может поставить эту область под высокое селективное давление . [ 7 ] Сравнение структур различных CTD, вызванных коронавирусом, позволяет предположить, что они, возможно, находятся в стадии диверсификации отбора. [ 89 ] а в некоторых случаях отдаленно родственные коронавирусы, которые используют один и тот же рецептор на клеточной поверхности, могут делать это в результате конвергентной эволюции . [ 14 ]

  1. ^ Solodovnikov, Alexey; Arkhipova, Valeria (29 July 2021). "Достоверно красиво: как мы сделали 3D-модель SARS-CoV-2" [Truly beautiful: how we made the SARS-CoV-2 3D model] (in Russian). N+1 . Archived from the original on 30 July 2021 . Retrieved 30 July 2021 .
  2. ^ Jump up to: а б с д и ж г Дэн, X.; Бейкер, Южная Каролина (2021). «Коронавирусы: молекулярная биология (Coronaviridae)» . Энциклопедия вирусологии : 198–207. дои : 10.1016/B978-0-12-814515-9.02550-9 . ISBN  978-0-12-814516-6 .
  3. ^ Jump up to: а б с Мастерс, Пол С. (2006). «Молекулярная биология коронавирусов» . Достижения в области исследования вирусов . 66 : 193–292. дои : 10.1016/S0065-3527(06)66005-3 . ISBN  978-0-12-039869-0 . ПМК   7112330 . ПМИД   16877062 .
  4. ^ Jump up to: а б с д и ж г час я дж к л м н тот п Ван, Юхан; Грюневальд, Мэтью; Перлман, Стэнли (2020). «Коронавирусы: обновленный обзор их репликации и патогенеза». Коронавирусы . Методы молекулярной биологии. Том. 2203. стр. 1–29. дои : 10.1007/978-1-0716-0900-2_1 . ISBN  978-1-07-160899-9 . ПМЦ   7682345 . ПМИД   32833200 .
  5. ^ Jump up to: а б с д и ж г час я дж к л м н тот п д р с т в v В х и С аа Чжу, Чаоген; Инь, Циньцинь; Цзэн, Линь; Ши, Юнчжун; Вэй (14 июня 2021 г.) . Знания» . Журнал медицинской вирусологии . 93 (10): 5729–5741. : 10.1002 /jmv.27132 . PMC   8427004. PMID doi   34125455 .
  6. ^ «Вирусология: Коронавирусы» . Природа . 220 (5168): 650. Ноябрь 1968 г. Бибкод : 1968Natur.220..650. . дои : 10.1038/220650b0 . ПМК   7086490 .
  7. ^ Jump up to: а б с д и ж г час я дж к л м н тот п д р с т в v В х и С аа аб и объявление но из в Ли, Фанг (29 сентября 2016 г.). «Структура, функции и эволюция белков-шипов коронавируса» . Ежегодный обзор вирусологии . 3 (1): 237–261. doi : 10.1146/annurev-virology-110615-042301 . ПМЦ   5457962 . ПМИД   27578435 .
  8. ^ Jump up to: а б с д и ж г час я дж к л м н Милле, Жан Каору; Уиттакер, Гэри Р. (апрель 2018 г.). «Физиологические и молекулярные триггеры слияния мембран SARS-CoV и проникновения в клетки-хозяева» . Вирусология . 517 : 3–8. дои : 10.1016/j.virol.2017.12.015 . ПМК   7112017 . ПМИД   29275820 .
  9. ^ Jump up to: а б с д и ж г час я дж к л м н Вьковский, Филипп; Кратцель, Анника; Штайнер, Сильвио; Сталдер, Ханспетер; Тиль, Волкер (март 2021 г.). «Биология и репликация коронавируса: последствия для SARS-CoV-2» . Обзоры природы Микробиология . 19 (3): 155–170. дои : 10.1038/s41579-020-00468-6 . ПМЦ   7592455 . ПМИД   33116300 .
  10. ^ Jump up to: а б Фланаган, Кэти Л.; С уважением, Эмма; Кроуфорд, Найджел В.; Джайлз, Мишель; Койрала, Арчана; Макартни, Кристина; Рассел, Фиона; Тех, Бенджамин В.; Вэнь, Софи Ч. (2 октября 2020 г.). «Прогресс и подводные камни в поисках эффективных вакцин против SARS-CoV-2 (COVID-19)» . Границы в иммунологии . 11 : 579250. дои : 10.3389/fimmu.2020.579250 . hdl : 11343/251733 . ПМК   7566192 . ПМИД   33123165 .
  11. ^ Jump up to: а б Ле, Тунг Тхань; Крамер, Якоб П.; Чен, Роберт; Мэйхью, Стивен (октябрь 2020 г.). «Эволюция ландшафта разработки вакцин против COVID-19» . Nature Reviews Открытие лекарств . 19 (10): 667–668. дои : 10.1038/d41573-020-00151-8 . ПМИД   32887942 . S2CID   221503034 .
  12. ^ Jump up to: а б Кириакидис, Николаос К.; Лопес-Кортес, Андрес; Гонсалес, Эдуардо Васконес; Гримальдос, Алехандра Баррето; Прадо, Эстебан Ортис (декабрь 2021 г.). «Стратегии вакцинации против SARS-CoV-2: всесторонний обзор кандидатов фазы 3» . НПЖ Вакцины . 6 (1): 28. дои : 10.1038/s41541-021-00292-w . ПМК   7900244 . ПМИД   33619260 .
  13. ^ Jump up to: а б Рапп, Дэниел; Ван, Няньшуан; Корбетт, Кизмекия С.; Голдсмит, Джори А.; Се, Чинг-Лин; Абиона, Олубукола; Грэм, Барни С.; Маклеллан, Джейсон С. (13 марта 2020 г.). «Крио-ЭМ структура пика 2019-nCoV в префузионной конформации» . Наука . 367 (6483): 1260–1263. Бибкод : 2020Sci...367.1260W . дои : 10.1126/science.abb2507 . ПМЦ   7164637 . ПМИД   32075877 .
  14. ^ Jump up to: а б Халсвит, RJG; де Хаан, CAM; Бош, Б.-Ж. (2016). «Коронавирусный пик белка и изменения тропизма» . Достижения в области исследования вирусов . 96 : 29–57. дои : 10.1016/bs.aivir.2016.08.004 . ISBN  978-0-12-804736-1 . ПМЦ   7112277 . ПМИД   27712627 .
  15. ^ Jump up to: а б Бьюкенен, Чарльз Дж.; Гонт, Бен; Харрисон, Питер Дж.; Ян, Юн; Лю, Дживэй; Хан, Азиз; Гилтрап, Эндрю М.; Ле Бас, Одри; Уорд, Филип Н.; Гупта, Капил; Дюму, Мод; Тан, Тионг Кит; Шимаски, Лиза; Дага, Серджио; Пиккьотти, Никола (2022). «Взаимодействие патоген-сахар, выявленное с помощью анализа переноса универсального насыщения» . Наука . 377 (6604): eabm3125. дои : 10.1126/science.abm3125 . hdl : 1983/355cbd8f-c424-4cc0-adb2-881c04ab3bf0 . ISSN   0036-8075 . ПМИД   35737812 .
  16. ^ Россманн, МГ (1989). «Гипотеза каньона» . Журнал биологической химии . 264 (25): 14587–14590. дои : 10.1016/s0021-9258(18)63732-9 . ISSN   0021-9258 .
  17. ^ Циммер, Карл (9 октября 2020 г.). «Коронавирус раскрыт» . Нью-Йорк Таймс . Проверено 12 августа 2021 г.
  18. ^ Jump up to: а б Казалино, Лоренцо; Гайеб, Зид; Голдсмит, Джори А.; Хьёрт, Кристи К.; Доммер, Эбигейл К.; Харбисон, Аойф М.; Фогарти, Карл А.; Баррос, Эмилия П.; Тейлор, Брин С.; Маклеллан, Джейсон С.; Фадда, Элиза; Амаро, Ромми Э. (28 октября 2020 г.). «Помимо защиты: роль гликанов в белке шипов SARS-CoV-2» . Центральная научная служба ACS . 6 (10): 1722–1734. дои : 10.1021/accentsci.0c01056 . ПМЦ   7523240 . ПМИД   33140034 .
  19. ^ Шаджахан, Асиф; Супекар, Нитин Т; Глейнич, Энн С; Азади, Парастоо (9 декабря 2020 г.). «Определение профиля N- и O-гликозилирования шиповидного белка нового коронавируса SARS-CoV-2» . Гликобиология . 30 (12): 981–988. дои : 10.1093/гликоб/cwaa042 . ПМК   7239183 . ПМИД   32363391 .
  20. ^ Jump up to: а б с д Удзике, Макото; Тагучи, Фумихиро (3 апреля 2015 г.). «Включение шиповых и мембранных гликопротеинов в вирионы коронавируса» . Вирусы . 7 (4): 1700–1725. дои : 10.3390/v7041700 . ПМЦ   4411675 . ПМИД   25855243 .
  21. ^ Уоллс, Александра К.; Пак Ён-Джун; Торторичи, М. Алехандра; Уолл, Эбигейл; Макгуайр, Эндрю Т.; Вислер, Дэвид (апрель 2020 г.). «Структура, функция и антигенность спайкового гликопротеина SARS-CoV-2» . Клетка . 181 (2): 281–292.e6. doi : 10.1016/j.cell.2020.02.058 . ПМЦ   7102599 . ПМИД   32155444 .
  22. ^ Jump up to: а б Кляйн, Штеффен; Кортезе, Мирко; Зима, Софи Л.; Ваксмут-Мельм, Мориц; Нойфельдт, Кристофер Дж.; Серикан, Берати; Станифер, Меган Л.; Булан, Стив; Бартеншлагер, Ральф; Хланда, Петр (декабрь 2020 г.). «Структура и репликация SARS-CoV-2, охарактеризованная с помощью криоэлектронной томографии in situ» . Природные коммуникации . 11 (1): 5885. Бибкод : 2020NatCo..11.5885K . дои : 10.1038/s41467-020-19619-7 . ПМЦ   7676268 . ПМИД   33208793 .
  23. ^ Цай, Юнфэй; Чжан, Цзюнь; Сяо, Тяньшу; Пэн, Ханцинь; Стерлинг, Сара М.; Уолш, Ричард М.; Роусон, Шон; Риц-Воллох, София; Чен, Бин (25 сентября 2020 г.). «Различные конформационные состояния шиповидного белка SARS-CoV-2» . Наука . 369 (6511): 1586–1592. Бибкод : 2020Sci...369.1586C . дои : 10.1126/science.abd4251 . ПМЦ   7464562 . ПМИД   32694201 .
  24. ^ Jump up to: а б Бозон, Бертран; Легрос, Винсент; Чжоу, Бинцзе; Сирет, Эглантин; Матье, Сирил; Коссе, Франсуа-Лоик; Лавиллетт, Дмитрий; Денолли, Солен (январь 2021 г.). «Белки оболочки и мембраны SARS-CoV-2 модулируют созревание и удержание белка-шипа, обеспечивая сборку вирусоподобных частиц» . Журнал биологической химии . 296 : 100111. doi : 10.1074/jbc.RA120.016175 . ПМЦ   7833635 . ПМИД   33229438 .
  25. ^ Гудселл, Дэвид С.; Фойгт, Мария; Зардецки, Кристина; Берли, Стивен К. (6 августа 2020 г.). «Интегративная иллюстрация работы с коронавирусом» . ПЛОС Биология . 18 (8): e3000815. дои : 10.1371/journal.pbio.3000815 . ПМЦ   7433897 . ПМИД   32760062 .
  26. ^ Jump up to: а б Нойман, Бенджамин В.; Поцелуй, Габриэлла; Кундинг, Андреас Х.; Бхелла, Дэвид; Бакш, М. Фазиль; Коннелли, Стивен; Дроз, Бен; Клаус, Джозеф П.; Макино, Синдзи; Савицкий, Стэнли Г.; Сидделл, Стюарт Г.; Стаму, Димитриос Г.; Уилсон, Ян А.; Кун, Питер; Бухмайер, Майкл Дж. (апрель 2011 г.). «Структурный анализ белка М в сборке и морфологии коронавируса» . Журнал структурной биологии . 174 (1): 11–22. дои : 10.1016/j.jsb.2010.11.021 . ПМК   4486061 . ПМИД   21130884 .
  27. ^ Фут, Цзуньлун; Осень, Хоакин; Цюй, Кун; Кортезе, Мирко; Зила, Войтех; Маккин, Лесли; Накане, Таканори; Живанов, Ясенко; Нойфельдт, Кристофер Дж.; Джерикан, Берати; Лу, Джон М.; Пеукес, Джулия; Сюн, Сяоли; Краусслих, Ханс-Георг; Шерес, Сьорс Х.В.; Бартеншлагер, Ральф; Бриггс, Джон А.Г. (17 декабря 2020 г.). «Структура и распределение шиповых белков SARS-CoV-2 на интактных вирионах» . Природа . 588 (7838): 498–502. Бибкод : 2020Природа.588..498К . дои : 10.1038/s41586-020-2665-2 . ПМК   7116492 . ПМИД   32805734 .
  28. ^ Jump up to: а б Лим, Ивонн; Нг, Ян; Тэм, Джеймс; Лю, Дин (25 июля 2016 г.). «Коронавирусы человека: обзор взаимодействия вируса и хозяина» . Болезни . 4 (3): 26. doi : 10.3390/diseases4030026 . ПМЦ   5456285 . ПМИД   28933406 .
  29. ^ Варриккьо, Ромуальдо; Де Симона, Джованна; Жизнь, Джан Марко; Ночера Кариола, Уолтер; Вискарди, Маурицио; Брэнди, Серджио; Пикацио, Херардо; Зербато, Верена; Конкан, Рафаэлла; Сегат, Людовика; Ди Белла, Стефано; Фуско, Джованна; Асенци, Паоло; Маси, Алессандра (2024). «Человеческий сывороточный альбумин связывает спайковый белок и защищает клетки от инфекции SARS-CoV-2, модулируя путь RAS» . Аспекты молекулярной медицины . 3 : 100033. doi : 10.1016/j.amolm.2023.100033 .
  30. ^ Йегер, Кертис Л.; Ашмун, Ричард А.; Уильямс, Ричард К.; Карделличио, Кристина Б.; Шапиро, Линда Х.; Смотри, А. Томас; Холмс, Кэтрин В. (июнь 1992 г.). «Человеческая аминопептидаза N является рецептором человеческого коронавируса 229E» . Природа . 357 (6377): 420–422. Бибкод : 1992Natur.357..420Y . дои : 10.1038/357420a0 . ПМК   7095410 . ПМИД   1350662 .
  31. ^ Хофманн, Х.; Пирк, К.; ван дер Хук, Л.; Гейер, М.; Берхаут, Б.; Полманн, С. (31 мая 2005 г.). «Человеческий коронавирус NL63 использует рецептор коронавируса тяжелого острого респираторного синдрома для проникновения в клетку» . Труды Национальной академии наук . 102 (22): 7988–7993. Бибкод : 2005PNAS..102.7988H . дои : 10.1073/pnas.0409465102 . ПМЦ   1142358 . ПМИД   15897467 .
  32. ^ Хуан, Синчуань; Донг, Вэньцзюань; Милевская, Александра; Голда, Анна; Ци, Юнхэ; Чжу, Цюань К.; Мараско, Уэйн А.; Барик, Ральф С.; Симс, Эми К.; Пирц, Кшиштоф; Ли, Вэньхуэй; Суй, Цзяньхуа (15 июля 2015 г.). «Протеин-шип HKU1 человеческого коронавируса использует O-ацетилированную сиаловую кислоту в качестве детерминанты рецептора прикрепления и использует белок гемагглютинин-эстеразы в качестве фермента, разрушающего рецептор» . Журнал вирусологии . 89 (14): 7202–7213. дои : 10.1128/JVI.00854-15 . ПМЦ   4473545 . ПМИД   25926653 .
  33. ^ Кюнкель, Франк; Херрлер, Георг (июль 1993 г.). «Структурный и функциональный анализ поверхностного белка коронавируса человека OC43» . Вирусология . 195 (1): 195–202. дои : 10.1006/виро.1993.1360 . ПМК   7130786 . ПМИД   8317096 .
  34. ^ Радж, В. Сталин; Моу, Хуэйхуэй; Смитс, Саския Л.; Деккерс, Дик Х.В.; Мюллер, Марсель А.; Дейкман, Рональд; Мут, Дорин; Деммерс, Йерун А.А.; Джеймс, Али; Фушье, Рон AM; Тиль, Волкер; Дростен, Кристиан; Ротье, Питер Дж. М.; Остерхаус, Альберт ДМЕ; Босх, Беренд Ян; Хаагманс, Барт Л. (март 2013 г.). «Дипептидилпептидаза 4 является функциональным рецептором нового человеческого коронавируса-EMC» . Природа . 495 (7440): 251–254. Бибкод : 2013Natur.495..251R . дои : 10.1038/nature12005 . ПМК   7095326 . ПМИД   23486063 .
  35. ^ Ли, Вэньхуэй; Мур, Майкл Дж.; Васильева, Наталья; Суй, Цзяньхуа; Вонг, Суи Ки; Берн, Майкл А.; Сомасундаран, Мохан; Салливан, Джон Л.; Лузуриага, Кэтрин; Гриноф, Томас К.; Чхве, Хёрён; Фарзан, Майкл (ноябрь 2003 г.). «Ангиотензинпревращающий фермент 2 является функциональным рецептором коронавируса SARS» . Природа . 426 (6965): 450–454. Бибкод : 2003Natur.426..450L . дои : 10.1038/nature02145 . ПМК   7095016 . ПМИД   14647384 .
  36. ^ Jump up to: а б Джексон CB, Фарзан М, Чен Б, Чой Х (2022). «Механизмы проникновения SARS-CoV-2 в клетки» . Nature Reviews Молекулярно-клеточная биология . 23 (1): 3–20. дои : 10.1038/s41580-021-00418-x . ПМЦ   8491763 . ПМИД   34611326 .
  37. ^ Уоллс, Александра К.; Сюн, Сяоли; Пак Ён-Джун; Торторичи, М. Алехандра; Снейдер, Йост; Киспе, Джоэл; Камерони, Элизабетта; Гопал, Робин; Давай, Миан; Ланзавеккья, Антонио; Замбон, Мария; Рей, Феликс А.; Корти, Давиде; Вислер, Дэвид (февраль 2019 г.). «Неожиданная функциональная мимикрия рецептора объясняет активацию слияния коронавируса» . Клетка . 176 (5):1026–1039.e15. дои : 10.1016/j.cell.2018.12.028 . ПМК   6751136 . ПМИД   30712865 .
  38. ^ Фань, Сяои; Цао, Дуаньфан; Конг, Линфэй; Чжан, Синьчжэн (декабрь 2020 г.). «Крио-ЭМ анализ постслитой структуры гликопротеина шипа SARS-CoV» . Природные коммуникации . 11 (1): 3618. Бибкод : 2020NatCo..11.3618F . дои : 10.1038/s41467-020-17371-6 . ПМЦ   7367865 . ПМИД   32681106 .
  39. ^ Jump up to: а б с Уайт, Джудит М.; Уиттакер, Гэри Р. (июнь 2016 г.). «Слияние вирусов с оболочкой в ​​эндосомах» . Трафик . 17 (6): 593–614. дои : 10.1111/tra.12389 . ПМЦ   4866878 . ПМИД   26935856 .
  40. ^ Белузард, Сандрин; Милле, Жан К.; Лицитра, Бет Н.; Уиттакер, Гэри Р. (20 июня 2012 г.). «Механизмы проникновения в клетку коронавируса, опосредованные белком вирусного шипа» . Вирусы . 4 (6): 1011–1033. дои : 10.3390/v4061011 . ПМЦ   3397359 . ПМИД   22816037 .
  41. ^ Jump up to: а б Бухризер, Джулиан; Дюфло, Джереми; Юбер, Матье; Монель, Бландин; Планас, Дельфина; Раджа, Мааран Майкл; Планше, Сирил; Порро, Франсуаза; Гивель-Бенассин, Флоренция; Ван дер Верф, Сильви; Казартелли, Николетта; Муке, Гюго; Брюэль, Тимоти; Шварц, Оливье (декабрь 2020 г.). «Образование синцитиев клетками, инфицированными SARS-CoV-2» . Журнал ЭМБО . 39 (23): e106267. дои : 10.15252/embj.2020106267 . ПМК   7646020 . ПМИД   33051876 .
  42. ^ Чжан, Чжэн, Цзюбяо; Ван, Чэньси; Пэн, Хаоран, Дель Нонно; Чжу, Ичао; , Сяои, Хе; Ван, Юйци; Чжао, Ши, Ханьпин; Хуан, Хуньян, Цян (20 апреля 2021 г.) Пьячентини , Мауро ; Бянь, Мелино, Джерри ; . 28 (9): 2765–2777 . 10.1038 s41418-021-00782-3 ПМЦ   8056997 / ПМИД   33879858 .
  43. ^ Брага, Лука; Али, Хашим; Секко, Илария; Кьяваччи, Елена; Невес, Гильерме; Голдхилл, Дэниел; Пенн, Ребекка; Хименес-Гуарденьо, Хосе М.; Ортега-Прието, Ана М.; Буссани, Россана; Канната, Антонио; Риццари, Джорджия; Коллези, Кьяра; Шнайдер, Эдвард; Арозио, Даниэле; Шах, Аджай М.; Барклай, Венди С.; Малим, Майкл Х.; Равин, Хуан; Джакка, Мауро (3 июня 2021 г.). «Препараты, которые ингибируют белки TMEM16, блокируют синцитии, индуцированные спайками SARS-CoV-2» . Природы . 594 (7861): 88–93. Бибкод : 2021Natur.594...88B . дои : 10.1038/s41586-021-03491-6 . ПМК   7611055 . ПМИД   33827113 .
  44. ^ Линь, Лянъюй; Ли, Цин; Ван, Ин; Ши, Юфан (июнь 2021 г.). «Образование синцитий при легочной инфекции SARS-CoV-2: катастрофическое единство для уничтожения лимфоцитов» . Смерть клеток и дифференциация . 28 (6): 2019–2021. дои : 10.1038/s41418-021-00795-y . ПМЦ   8114657 . ПМИД   33981020 .
  45. ^ Jump up to: а б с д Хо, Митчелл (апрель 2020 г.). «Перспективы разработки нейтрализующих антител против SARS-CoV-2» . Терапия антителами . 3 (2): 109–114. дои : 10.1093/abt/tbaa009 . ISSN   2516-4236 . ПМК   7291920 . ПМИД   32566896 .
  46. ^ Ян, Лайфэй; Лю, Вэйхан; Ю, Синь; Ву, Мэн; Райхерт, Дженис М.; Хо, Митчелл (июль 2020 г.). «Отслеживание терапевтических антител к COVID-19: глобальная онлайн-база данных о терапевтических препаратах на основе антител для профилактики и лечения COVID-19» . Терапия антителами . 3 (3): 205–212. дои : 10.1093/abt/tbaa020 . ISSN   2516-4236 . ПМЦ   7454247 . ПМИД   33215063 .
  47. ^ Премкумар, Лакшманане; Сеговия-Чумбез, Бруно; Джади, Рамеш; Мартинес, Дэвид Р.; Раут, Раджендра; Маркманн, Алена; Корнаби, Калеб; Бартельт, Лютер; Вайс, Сьюзен; Парк, Яра; Эдвардс, Кейтлин Э.; Веймер, Эрик; Шерер, Эрин М.; Руфаэль, Надин; Эдупуганти, Шрилатха; Вайскопф, Даниэла; Цзе, Лунпин В.; Хоу, Исюань Дж.; Марголис, Дэвид; Сетте, Алессандро; Коллинз, Мэтью Х.; Шмитц, Джон; Барик, Ральф С.; де Сильва, Аравинда М. (11 июня 2020 г.). «Рецептор-связывающий домен вирусного шиповидного белка является иммунодоминантной и высокоспецифичной мишенью антител у пациентов с SARS-CoV-2» . Наука Иммунология . 5 (48): eabc8413. doi : 10.1126/sciimmunol.abc8413 . ПМЦ   7292505 . ПМИД   32527802 .
  48. ^ Jump up to: а б с д и Харви, Уильям Т.; Карабелли, Алессандро М.; Джексон, Бен; Гупта, Равиндра К.; Томсон, Эмма С.; Харрисон, Юэн М.; Ладден, Кэтрин; Рив, Ричард; Рамбо, Эндрю; Пикок, Шэрон Дж.; Робертсон, Дэвид Л. (июль 2021 г.). «Варианты SARS-CoV-2, спайковые мутации и ускользание от иммунитета» . Обзоры природы Микробиология . 19 (7): 409–424. дои : 10.1038/s41579-021-00573-0 . ПМЦ   8167834 . ПМИД   34075212 .
  49. ^ Хонг, Джессика; Квон, Хён Джун; Качау, Рауль; Чен, Кэтрин З.; Бутай, Кевин Джон; Дуань, Чжицзянь; Ли, Дэн; Рен, Хуа; Лян, Тяньючжоу; Чжу, Цзянхай; Дэнди, Венката П.; Мартин, Негин П.; Эспозито, Доминик; Ортега-Родригес, Уриэль; Сюй, Мяо (3 мая 2022 г.). «Нанотела одногорбого верблюда в целом нейтрализуют варианты SARS-CoV-2» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 119 (18): e2201433119. Бибкод : 2022PNAS..11901433H . дои : 10.1073/pnas.2201433119 . ISSN   1091-6490 . ПМК   9170159 . ПМИД   35476528 .
  50. ^ Баффингтон, Джесси; Дуань, Чжицзянь; Квон, Хён Джун; Хонг, Джессика; Ли, Дэн; Фэн, Минцянь; Се, Ханг; Хо, Митчелл (июнь 2023 г.). «Идентификация однодоменных антител VNAR акулы-няньки, нацеленных на субъединицу шипа S2 SARS-CoV-2» . Журнал ФАСЭБ . 37 (6): e22973. дои : 10.1096/fj.202202099RR . ISSN   1530-6860 . ПМЦ   10715488 . ПМИД   37191949 . S2CID   258717083 .
  51. ^ Фаучи, Энтони С. (9 апреля 2021 г.). «История создания вакцин против COVID-19». Наука . 372 (6538): 109. Бибкод : 2021Sci...372..109F . дои : 10.1126/science.abi8397 . ПМИД   33833099 . S2CID   233186026 .
  52. ^ Кениг, Поль-Альбер; Шмидт, Флориан И. (17 июня 2021 г.). «Spike D614G — кандидатный вакцинный антиген против Covid-19» . Медицинский журнал Новой Англии . 384 (24): 2349–2351. дои : 10.1056/NEJMcibr2106054 . ПМИД   34133867 .
  53. ^ Йонкер, Лаэль М.; Суонк, Зоя; Барч, Янник К.; Бернс, Мадлен Д.; Кейн, Эбигейл; Борибонг, Бриттани П.; Дэвис, Джеймсон П.; Луазель, Мэгги; Новак, Таня; Сенусси, Ясмин; Ченг, Чи-Ань; Берджесс, Элеонора; Эдлоу, Андреа Г.; Чоу, Джанет; Дионн, Одри; Балагуру, Дурайсами; Лахуд-Раме, Мануэлла; Ардити, Моше; Юлг, Борис; Рэндольф, Адриенн Г.; Альтер, Галит ; Фазано, Алессио; Уолт, Дэвид Р. (4 января 2023 г.). «Циркулирующий спайковый белок, обнаруженный при миокардите мРНК вакцины после COVID-19» . Тираж . 147 (11): 867–876. doi : 10.1161/CIRCULATIONAHA.122.061025 . ПМЦ   10010667 . ПМИД   36597886 . S2CID   255475007 . Обширный профиль антител и ответы Т-клеток у людей, у которых развился поствакцинальный миокардит, по существу не отличались от таковых у вакцинированных контрольных субъектов, [...] Примечательным открытием было то, что заметно повышены уровни полноразмерного белка-шипа (33,9 ± 22,4 пг / мл), несвязанные антителами, были обнаружены в плазме лиц с поствакцинальным миокардитом, [...] (непарный t-критерий; P<0,0001).
  54. ^ Хансен, Джоанна; Баум, Алина; Паскаль, Кристен Э.; Руссо, Винченцо; Джордано, Стефани; Влога, Элизабет; Фултон, Бенджамин О.; Ян, Ин; Кун, Катрина; Патель, Крунал; Чунг, Кён Мин; Германн, Айнур; Ульман, Эрика; Круз, Джонатан; Рафик, Ашике; Хуанг, Тэмми; Фэрхерст, Жанетт; Либертини, Кристен; Мальбек, морской пехотинец; Ли, Вэнь-и; Валлийский, Ричард; Фарр, Глен; Пеннингтон, Сет; Дешпанде, Дипали; Ченг, Джемми; Уотти, Анке; Буффар, Паскаль; Бэбб, Роберт; Левенкова, Наташа; Чен, Кэлвин; Чжан, Боцзе; Розмари Эрнандес, Аннабель; Саотоме, Кей; Чжоу, И; Франклин, Мэтью; Шивапаласингам, Сумати; Лай, Дэвид Чиен; Уэстон, Стюарт; Лог, Джеймс; Хаупт, Роберт; Фриман, Мэтью; Чен, Банда; Олсон, Уильям; Мерфи, Эндрю Дж.; Шталь, Нил; Янкопулос, Джордж Д.; Кирацус, Христос А. (21 августа 2020 г.). «Исследования на гуманизированных мышах и выздоравливающих людях позволили получить коктейль антител к SARS-CoV-2» . Наука 369 (6506): 1010–1014. Бибкод : 2020Наука... 369.1010H дои : 10.1126/science.abd0827 . ПМЦ   7299284 . ПМИД   32540901 .
  55. ^ Jump up to: а б «Терапевтическое ведение негоспитализированных взрослых с COVID-19» . Рекомендации по лечению Covid-19 . Национальные институты здравоохранения. Архивировано из оригинала 4 декабря 2021 года . Проверено 11 августа 2021 г.
  56. ^ «этезевимаб» . Руководство IUPHAR/BPS по фармакологии . Проверено 10 февраля 2021 г.
  57. ^ «Компания Lilly объявляет о соглашении с правительством США на поставку 300 000 флаконов исследовательского нейтрализующего антитела бамланивимаба (LY-CoV555) в целях борьбы с COVID-19» . Эли Лилли и компания (пресс-релиз). 28 октября 2020 г.
  58. ^ «Касиривимаб для инъекций, раствор, концентрат. Имдевимаб для инъекций, раствор, концентрат REGEN-COV- казиривимаб и набор имдевимаба» . ДейлиМед . Проверено 18 марта 2021 г.
  59. ^ «Сотровимаб для инъекций, раствор, концентрат» . ДейлиМед . Проверено 15 июня 2021 г.
  60. ^ Jump up to: а б Кояма, Такахико; Платт, Дэниел; Парида, Лакшми (1 июля 2020 г.). «Вариантный анализ геномов SARS-CoV-2» . Бюллетень Всемирной организации здравоохранения . 98 (7): 495–504. дои : 10.2471/BLT.20.253591 . ПМЦ   7375210 . ПМИД   32742035 .
  61. ^ Jump up to: а б Вингер, Анна; Каспари, Томас (27 мая 2021 г.). «Всплеск беспокойства — новые варианты SARS-CoV-2» . Вирусы . 13 (6): 1002. дои : 10.3390/v13061002 . ПМК   8229995 . ПМИД   34071984 .
  62. ^ Сапутри, Дианита С.; Ли, Сунлин; ван Эрден, Флорис Дж.; Розевицкий, Джон; Сюй, Цзычан; Исманто, Хендра С.; Давила, Ана; Терагути, Сюнсукэ; Като, Казутака; Стэндли, Дарон М. (17 сентября 2020 г.). «Гибкий, функциональный и знакомый: характеристики эволюции шиповидного белка SARS-CoV-2» . Границы микробиологии . 11 : 2112. дои : 10.3389/fmicb.2020.02112 . ПМК   7527407 . ПМИД   33042039 .
  63. ^ Кальяни, Рашель; Форни, Диего; Клеричи, Марио; Сирони, Мануэла (июнь 2020 г.). «Вычислительный вывод отбора, лежащего в основе эволюции нового коронавируса, коронавируса 2 тяжелого острого респираторного синдрома» . Журнал вирусологии . 94 (12): e00411-20. дои : 10.1128/JVI.00411-20 . ПМК   7307108 . ПМИД   32238584 .
  64. ^ Изабель, Сандра; Гранья-Миралья, Люсия; Гутьеррес, Джахир М.; Бундалович-Торма, Чедолюб; Гроувс, Хелен Э.; Изабель, Марк Р.; Эшаги, АлиРеза; Патель, Самир Н.; Губбай, Джонатан Б.; Путанен, Томи; Гуттман, Дэвид С.; Путанен, Сьюзен М. (декабрь 2020 г.). «Эволюционный и структурный анализ мутации шиповидного белка SARS-CoV-2 D614G теперь документирован во всем мире» . Научные отчеты . 10 (1): 14031. Бибкод : 2020НатСР..1014031И . дои : 10.1038/s41598-020-70827-z . ПМЦ   7441380 . ПМИД   32820179 .
  65. ^ Корбер, Бетт; Фишер, Уилл М.; Гнанакаран, Сандрасегарам; Юн, Хеджин; Тайлер, Джеймс; Абфальтерер, Вернер; Хенгартнер, Ник; Георгий, Елена Евгеньевна; Бхаттачарья, Танмой; Фоли, Брайан; Хасти, Кэтрин М.; Паркер, Мэтью Д.; Партридж, Дэвид Г.; Эванс, Кариад М.; Фриман, Тимоти М.; де Сильва, Тушан И.; МакДэнал, Шарлин; Перес, Лаутаро Г.; Тан, Хайли; Лунный Уокер, Алекс; Уилан, Шон П.; ЛаБранш, Селия К.; Сапфир, Эрика О.; Монтефиори, Дэвид К.; Ангьял, Адриенн; Браун, Ребекка Л.; Каррилеро, Лаура; Грин, Люк Р.; Гроувс, Даниэль С.; Джонсон, Кэти Дж.; Кили, Александр Дж.; Линдси, Бенджамин Б.; Парсонс, Пол Дж.; Раза, Мохаммед; Роуленд-Джонс, Сара; Смит, Никки; Такер, Рэйчел М.; Ван, Деннис; Уайлс, Мэтью Д. (август 2020 г.). «Отслеживание изменений в пике SARS-CoV-2: доказательства того, что D614G увеличивает инфекционность вируса COVID-19» . Клетка . 182 (4): 812–827.e19. doi : 10.1016/j.cell.2020.06.043 . ПМЦ   7332439 . ПМИД   32697968 .
  66. ^ Чжан, Личжоу; Джексон, Коди Б.; Моу, Хуэйхуэй; Оджа, Амрита; Пэн, Хайюн; Куинлан, Брайан Д.; Рангараджан, Эрумби С.; Пан, Энди; Вандерхайден, Эбигейл; Сутар, Мехул С.; Ли, Вэньхуэй; Изард, Тина; Рейдер, Кристоф; Фарзан, Майкл; Чхве, Хёрён (декабрь 2020 г.). «Мутация белка-шипа D614G SARS-CoV-2 увеличивает плотность и инфекционность вириона» . Природные коммуникации . 11 (1): 6013. Бибкод : 2020NatCo..11.6013Z . дои : 10.1038/s41467-020-19808-4 . ПМЦ   7693302 . ПМИД   33243994 .
  67. ^ Джексон, Коди Б.; Чжан, Личжоу; Фарзан, Майкл; Чхве, Херён (январь 2021 г.). «Функциональная значимость мутации D614G в белке-шипе SARS-CoV-2» . Связь с биохимическими и биофизическими исследованиями . 538 : 108–115. дои : 10.1016/j.bbrc.2020.11.026 . ПМЦ   7664360 . ПМИД   33220921 .
  68. ^ Маколи, Александр Дж. (октябрь 2020 г.). «Экспериментальные данные и данные in silico показывают, что на вакцины вряд ли повлияет мутация D614G в белке-шипе SARS-CoV-2» . НПЖ Вакцины . 5 : 96. дои : 10.1038/s41541-020-00246-8 . ПМК   7546614 . ПМИД   33083031 .
  69. ^ Лю, Ян (ноябрь 2021 г.). «Замена N501Y Spike усиливает заражение и передачу SARS-CoV-2» . Природа . 602 (7896): 294–299. дои : 10.1038/s41586-021-04245-0 . ПМК   8900207 . ПМИД   34818667 . S2CID   244647259 .
  70. ^ Абдул Карим, СС (2021 г.). «Новые варианты SARS-CoV-2 — последствия для клинического применения, общественного здравоохранения и вакцинации» . Медицинский журнал Новой Англии . 384 (19): 1866–1868. дои : 10.1056/NEJMc2100362 . ПМЦ   8008749 . ПМИД   33761203 .
  71. ^ Койпер, Майкл (2021). «Но Маус, ты не одинок: о каком-то тяжелом остром респираторном синдроме коронавирус 2 варианта заражает мышей» . Журнал ИЛАР . 62 (1–2): 48–59. дои : 10.1093/ilar/ilab031 . ПМЦ   9236659 . ПМИД   35022734 .
  72. ^ Бартон, Майкл I; Макгоуэн, Стюарт А; Кутузов Михаил А; Душек, Омер; Бартон, Джеффри Джон; ван дер Мерве, П. Антон (26 августа 2021 г.). Фушье, Рон AM; Ван дер Меер, Йос В.; Фушье, Рон А.М. (ред.). «Влияние общих мутаций в SARS-CoV-2 Spike RBD и его лиганде, рецепторе ACE2 человека, на аффинность связывания и кинетику» . электронная жизнь . 10 : е70658. дои : 10.7554/eLife.70658 . ISSN   2050-084X . ПМЦ   8480977 . ПМИД   34435953 .
  73. ^ Макгоуэн, Стюарт А.; Бартон, Майкл И.; Кутузов Михаил; Душек, Омер; Мерве, П. Антон ван дер; Бартон, Джеффри Дж. (2 марта 2022 г.). «Миссенс-варианты человеческого ACE2 сильно влияют на связывание со спайком SARS-CoV-2, обеспечивая механизм опосредованного ACE2 генетического риска при Covid-19: тематическое исследование по прогнозированию аффинности вариантов интерфейса» . PLOS Вычислительная биология . 18 (3): e1009922. Бибкод : 2022PLSCB..18E9922M . дои : 10.1371/journal.pcbi.1009922 . ISSN   1553-7358 . ПМЦ   8920257 . ПМИД   35235558 .
  74. ^ Каллауэй, Юэн (2021). «Мутация, которая помогает Дельте распространяться со скоростью лесного пожара». Природа . 596 (7873): 472–473. Бибкод : 2021Natur.596..472C . дои : 10.1038/d41586-021-02275-2 . ПМИД   34417582 . S2CID   237254466 .
  75. ^ Павлин, ТП (2021). «Варианты SARS-CoV-2, связанные с инфекциями в Индии, B.1.617, демонстрируют усиленное расщепление Спайка фурином» (PDF) . биоRxiv . дои : 10.1101/2021.05.28.446163 . S2CID   235249387 .
  76. ^ «Классификация Омикрона (B.1.1.529): вызывающий беспокойство вариант SARS-CoV-2» . Всемирная организация здравоохранения . 26 ноября 2021 года. Архивировано из оригинала 26 ноября 2021 года . Проверено 26 ноября 2021 г.
  77. ^ Браун К.А., Габбей Дж., Хопкинс Дж., Патель С., Бьюкен С.А., Дейнман Н., Гоно Л.В. (25 мая 2021 г.). «Нарушение цели S-гена как маркер варианта B.1.1.7 среди изолятов SARS-CoV-2 в районе Большого Торонто, с декабря 2020 г. по март 2021 г.» . ДЖАМА . 325 (20): 2115–2116. дои : 10.1001/jama.2021.5607 . ISSN   0098-7484 . ПМК   8033504 . ПМИД   33830171 .
  78. ^ Методы обнаружения и идентификации вариантов SARS-CoV-2 (Технический отчет). Стокгольм и Копенгаген: Европейский центр профилактики и контроля заболеваний/Европейское региональное бюро Всемирной организации здравоохранения. 3 марта 2021 г. Диагностический скрининг известных ЛОС.
  79. ^ Варианты SARS-CoV-2, вызывающие беспокойство, и варианты, находящиеся на стадии расследования в Англии. Вариант, вызывающий беспокойство: Omicron, VOC21NOV-01 (B.1.1.529), технический брифинг 30 (PDF) (Брифинг). Общественное здравоохранение Англии. 3 декабря 2021 г. GOV-10547. Архивировано (PDF) из оригинала 11 декабря 2021 года . Проверено 15 декабря 2021 г.
  80. ^ «Белок-шип нового коронавируса играет дополнительную ключевую роль в заболевании» . Исследователи Солка. 30 апреля 2021 года. Архивировано из оригинала 1 декабря 2022 года.
  81. ^ Лей, Юян; Чжан, Цзяо; Скьявон, Кара Р.; Он, Мин; Чен, Лили; Шен, Хуэй; Чжан, Ичи; Инь, Цянь; Чо, Ёситаке; Андраде, Леонардо; Шадель, Джеральд С.; Хепокоски, Марк; Лей, Тинг; Ван, Хунлян; Чжан, Цзинь; Юань, Джейсон X.-J.; Малхотра, Атул; Поместье, Ури; Ван, Шэнпэн; Юань, Цзу-И; Шай, Джон YJ. (31 марта 2021 г.). «Белок-шип SARS-CoV-2 нарушает эндотелиальную функцию за счет снижения регуляции АПФ 2» . Исследование кровообращения . 128 (9). Журналы AHA: 1323–1326. дои : 10.1161/CIRCRESAHA.121.318902 . ПМК   8091897 . ПМИД   33784827 . S2CID   232430540 .
  82. ^ «Вакцины против COVID-19 не являются цитотоксичными » (проверка фактов). Рейтер. 18 июня 2021 г.
  83. ^ Горский Д.Х. (24 мая 2021 г.). «Смертельный» белок-шип коронавируса (по мнению антивакцинаторов)» . Научная медицина .
  84. ^ Нистрем, Софи; Хаммарстрем, Пер (2022). «Амилоидогенез шиповидного белка SARS-CoV-2» . Журнал Американского химического общества . 144 (20): 8945–8950. дои : 10.1021/jacs.2c03925 . ПМЦ   9136918 . ПМИД   35579205 .
  85. ^ Маккарти Б. (5 мая 2021 г.). «Разоблачение антипрививочного обмана о «выделении вакцины» » . ПолитиФакт . Проверено 11 мая 2021 г.
  86. ^ Фиоре К. (29 апреля 2021 г.). «Последний миф против вакцинации: «выделение вакцины» » . МедПейдж сегодня . Проверено 11 мая 2021 г.
  87. ^ Вэнс, Тайлер Д.Р.; Ли, Джеффри Э. (июль 2020 г.). «Суперсемейства фузогенов вирусов и эукариот» . Современная биология . 30 (13): 750–754 рэндов. Бибкод : 2020CBio...30.R750V . дои : 10.1016/j.cub.2020.05.029 . ПМЦ   7336913 . ПМИД   32634411 .
  88. ^ Ли, Ф. (1 марта 2012 г.). «Доказательства общего эволюционного происхождения субъединиц, связывающих рецепторы шиповидного белка коронавируса» . Журнал вирусологии . 86 (5): 2856–2858. дои : 10.1128/jvi.06882-11 . ПМЦ   3302248 . ПМИД   22205743 .
  89. ^ Шан, Цзянь; Чжэн, Юань; Ян, Ян; Лю, Чанг; Гэн, Цибинь; Ло, Чумин; Чжан, Вэй; Ли, Фанг (23 апреля 2018 г.). «Крио-ЭМ структура шиповидного белка коронавируса инфекционного бронхита раскрывает структурную и функциональную эволюцию шиповидных белков коронавируса» . ПЛОС Патогены . 14 (4): e1007009. дои : 10.1371/journal.ppat.1007009 . ПМЦ   5933801 . ПМИД   29684066 .
[ редактировать ]
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: 28e47c92066b1f394d12b579cd2440f3__1718585040
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/28/f3/28e47c92066b1f394d12b579cd2440f3.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Coronavirus spike protein - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)