Шиповый белок коронавируса
Спайковый гликопротеин коронавируса | |||
---|---|---|---|
Идентификаторы | |||
Символ | КоВ_S1 | ||
Пфам | ПФ01600 | ||
ИнтерПро | ИПР002551 | ||
|
Спайковый (S) гликопротеин (иногда его еще называют спайковым белком) . [ 2 ] ранее известный как E2 [ 3 ] ) — самый крупный из четырех основных структурных белков, обнаруженных в коронавирусах . [ 4 ] Белок-шип собирается в тримеры , которые образуют большие структуры, называемые шипами или пепломерами . [ 3 ] этот проект с поверхности вириона . [ 4 ] [ 5 ] Характерный внешний вид этих шипов при визуализации с помощью с отрицательными пятнами просвечивающей электронной микроскопии , «напоминающий солнечную корону », [ 6 ] дает семейству вирусов его основное название. [ 2 ]
Функция шипового гликопротеина заключается в обеспечении проникновения вируса в клетку-хозяина путем сначала взаимодействия с молекулами на внешней поверхности клетки, а затем слияния вирусной и клеточной мембран . Спайковый гликопротеин представляет собой слитый белок класса I , который содержит две области, известные как S1 и S2, отвечающие за эти две функции. Область S1 содержит рецепторсвязывающий домен , который связывается с рецепторами на поверхности клетки. Коронавирусы используют очень разнообразный набор рецепторов; SARS-CoV (вызывающий атипичную пневмонию ) и SARS-CoV-2 (вызывающий COVID-19 ) взаимодействуют с ангиотензинпревращающим ферментом 2 (АПФ2). Область S2 содержит слитый пептид и другую инфраструктуру слияния, необходимую для слияния мембраны с клеткой-хозяином, что является необходимым этапом для заражения и репликации вируса . вируса Спайковый гликопротеин определяет круг хозяев (какие организмы он может заразить) и клеточный тропизм (какие клетки или ткани внутри организма он может инфицировать). [ 4 ] [ 5 ] [ 7 ] [ 8 ]
Спайковый гликопротеин обладает высокой иммуногенностью . Антитела против спайкового гликопротеина обнаруживаются у пациентов, перенесших SARS и COVID-19. Нейтрализующие антитела нацелены на эпитопы в рецепторсвязывающем домене. [ 9 ] Большинство усилий по разработке вакцины против COVID-19 в ответ на пандемию COVID-19 направлены на активацию иммунной системы против белка-шипа. [ 10 ] [ 11 ] [ 12 ]
Структура
[ редактировать ]Белок-шип очень большой, часто имеет длину от 1200 до 1400 аминокислотных остатков; [ 8 ] это 1273 остатка у SARS-CoV-2 . [ 5 ] Это однопроходной трансмембранный белок с коротким С-концевым хвостом внутри вируса, трансмембранной спиралью и большим N-концевым эктодоменом, открытым снаружи вируса. [ 5 ] [ 7 ]
Спайковый гликопротеин образует гомотримеры , в которых три копии белка взаимодействуют через свои эктодомены. [ 5 ] [ 7 ] Структуры тримеров были описаны как булаво-грушевидные или лепесткообразные. [ 3 ] Каждый белок-шип содержит две области, известные как S1 и S2, и в собранном тримере области S1 на N-конце образуют часть белка, наиболее удаленную от поверхности вируса, в то время как области S2 образуют гибкий «стебель», содержащий большую часть белка. белок -белковые взаимодействия , которые удерживают тример на месте. [ 7 ]
С1
[ редактировать ]Спайковый гликопротеин S1 бетакоронавируса, связывание с рецептором | |||
---|---|---|---|
Идентификаторы | |||
Символ | bCoV_S1_RBD | ||
Пфам | PF09408 | ||
ИнтерПро | ИПР018548 | ||
|
Бетакоронавирусоподобный спайковый гликопротеин S1, N-концевой | |||
---|---|---|---|
Идентификаторы | |||
Символ | bCoV_S1_N | ||
Пфам | PF16451 | ||
ИнтерПро | ИПР032500 | ||
|
Область S1 спайкового гликопротеина отвечает за взаимодействие с рецепторными молекулами на поверхности клетки-хозяина на первом этапе проникновения вируса . [ 4 ] [ 7 ] S1 содержит два домена , называемые N-концевым доменом (NTD) и C-концевым доменом (CTD). [ 2 ] [ 7 ] иногда также известные как домены A и B. [ 14 ] В зависимости от коронавируса один или оба домена могут использоваться в качестве рецептор-связывающих доменов (RBD). Целевые рецепторы могут быть очень разнообразными, включая белки рецепторов клеточной поверхности и сахара, такие как сиаловые кислоты, в качестве рецепторов или корецепторов. [ 2 ] [ 7 ] В целом, NTD связывает молекулы сахара, тогда как CTD связывает белки, за исключением вируса гепатита мыши , который использует свой NTD для взаимодействия с белковым рецептором, называемым CEACAM1 . [ 7 ] NTD имеет галектиноподобную . белковую складку , но связывает молекулы сахара несколько иначе, чем галектины [ 7 ] Наблюдаемое связывание N-ацетилнейраминовой кислоты с помощью NTD. [ 15 ] и потеря этого связывания в результате мутации соответствующего кармана связывания сахара в возникающих вызывающих беспокойство вариантах предполагает потенциальную роль временного связывания сахара в зоонозе SARS-CoV-2, что согласуется с предыдущими эволюционными предположениями. [ 16 ]
CTD отвечает за взаимодействие MERS-CoV с его рецептором дипептидилпептидазой-4 . [ 7 ] и SARS-CoV [ 7 ] и SARS-CoV-2 [ 5 ] с их рецептором ангиотензинпревращающего фермента 2 (ACE2). CTD этих вирусов можно дополнительно разделить на два субдомена, известные как ядро и расширенная петля или мотив связывания рецептора (RBM), где расположено большинство остатков, которые непосредственно контактируют с целевым рецептором. [ 5 ] [ 7 ] Существуют тонкие различия, в основном в RBM, между взаимодействием шиповых белков SARS-CoV и SARS-CoV-2 с ACE2. [ 5 ] Сравнение шиповых белков нескольких коронавирусов позволяет предположить, что расхождение в области RBM может объяснять различия в целевых рецепторах, даже если ядро S1 CTD структурно очень похоже. [ 7 ]
В линиях коронавирусов, а также в четырех основных подгруппах коронавирусов, область S1 менее консервативна , чем S2, что соответствует ее роли во взаимодействии с вирус-специфичными рецепторами клеток-хозяев. [ 4 ] [ 5 ] [ 7 ] В регионе S1 NTD более консервативен, чем CTD. [ 7 ]
С2
[ редактировать ]Спайковый гликопротеин S2 коронавируса | |||
---|---|---|---|
Идентификаторы | |||
Символ | КоВ_S2 | ||
Пфам | PF01601 | ||
ИнтерПро | ИПР002552 | ||
|
Область S2 спайкового гликопротеина отвечает за слияние мембран между оболочкой вируса и клеткой-хозяином вируса , обеспечивая проникновение генома в клетку. [ 5 ] [ 7 ] [ 8 ] Область S2 содержит слитый пептид , участок в основном гидрофобных аминокислот, функция которого заключается в проникновении и дестабилизации мембраны клетки-хозяина. [ 5 ] [ 8 ] S2 также содержит два субдомена гептадных повторов, известные как HR1 и HR2, иногда называемые областью «слитого ядра». [ 5 ] Эти субдомены претерпевают драматические конформационные изменения в процессе слияния с образованием пучка из шести спиралей , что является характерной особенностью слитых белков класса I. [ 5 ] [ 8 ] Считается также, что область S2 включает трансмембранную спираль и С-концевой хвост, расположенный внутри вириона. [ 5 ]
По сравнению с S1, регион S2 очень хорошо консервативен среди коронавирусов. [ 5 ] [ 7 ]
Посттрансляционные модификации
[ редактировать ]Спайковый гликопротеин сильно гликозилируется посредством N-связанного гликозилирования . [ 4 ] Исследования шиповидного белка SARS-CoV-2 также показали О-связанное гликозилирование в области S1. [ 19 ] С-концевой хвост, расположенный внутри вириона, обогащен остатками цистеина и пальмитоилирован . [ 5 ] [ 20 ]
Спайковые белки активируются посредством протеолитического расщепления . Они расщепляются протеазами клетки-хозяина на границе S1-S2, а затем в так называемом сайте S2' на N-конце слитого пептида. [ 4 ] [ 5 ] [ 7 ] [ 8 ]
Конформационное изменение
[ редактировать ]Как и другие слитые белки класса I , белок-шип претерпевает очень большие конформационные изменения в процессе слияния. [ 4 ] [ 5 ] [ 7 ] [ 8 ] Как до, так и после слияния некоторых коронавирусов, особенно SARS-CoV-2 , были изучены с помощью криоэлектронной микроскопии . [ 5 ] [ 21 ] [ 22 ] [ 23 ] Функционально важная динамика белков также наблюдалась в состоянии до слияния, в котором относительная ориентация некоторых областей S1 относительно S2 в тримере может варьироваться. В закрытом состоянии все три области S1 упакованы плотно, и область, которая контактирует с рецепторами клетки-хозяина, стерически недоступна, тогда как в открытых состояниях есть один или два RBD S1, более доступные для связывания рецептора, в открытой или «верхней» конформации. . [ 5 ]
Выражение и локализация
[ редактировать ]NCBI Идентификатор генома | 86693 |
---|---|
Размер генома | 29 903 базы |
Год завершения | 2020 |
Геномный браузер ( UCSC ) |
Ген , кодирующий белок-шип, расположен на 3'-конце вируса положительной смысловой РНК генома , наряду с генами трех других структурных белков и различных специфичных для вируса вспомогательных белков . [ 4 ] [ 5 ] Перемещение белков шипованных белков, по-видимому, зависит от подгруппы коронавируса: при экспрессии в изоляции без других вирусных белков шиповые белки бета-коронавирусов способны достигать поверхности клетки , тогда как белки альфа-коронавирусов и гамма-коронавирусов сохраняются внутриклеточно. В присутствии белка М транспортировка шиповидного белка изменяется и вместо этого сохраняется в ERGIC , месте, в котором происходит сборка вируса. [ 20 ] В SARS-CoV-2 и белок M, и белок E модулируют транспортировку шиповых белков посредством различных механизмов. [ 24 ]
Белок-шип не требуется для сборки вируса или образования вирусоподобных частиц ; [ 20 ] однако наличие шипа может повлиять на размер конверта. [ 26 ] Включение белка-шипа в вирионы во время сборки и почкования зависит от белок-белковых взаимодействий с белком М через С-концевой хвост. [ 20 ] [ 24 ] Исследование вирионов с помощью криоэлектронной микроскопии позволяет предположить, что существует около 25 [ 27 ] до 100 тримеров шипов на вирион. [ 22 ] [ 26 ]
Функция
[ редактировать ]Белок-шип отвечает за проникновение вируса в клетку-хозяина , что является необходимым ранним этапом репликации вируса . Это необходимо для репликации. [ 2 ] Он выполняет эту функцию в два этапа: сначала связывается с рецептором на поверхности клетки-хозяина посредством взаимодействия с областью S1, а затем соединяет вирусную и клеточную мембраны посредством действия области S2. [ 7 ] [ 8 ] [ 9 ] Место слияния варьируется в зависимости от конкретного коронавируса: некоторые из них могут проникать через плазматическую мембрану , а другие - из эндосом после эндоцитоза . [ 8 ]
Вложение
[ редактировать ]Взаимодействие рецептор-связывающего домена в области S1 с его рецептором-мишенью на поверхности клетки инициирует процесс проникновения вируса. Различные коронавирусы нацелены на разные рецепторы клеточной поверхности, иногда используя молекулы сахара, такие как сиаловые кислоты , или образуя белок-белковые взаимодействия с белками, экспонированными на поверхности клетки. [ 7 ] [ 9 ] Различные коронавирусы сильно различаются по своим целевым рецепторам. Наличие рецептора-мишени, с которым может связываться S1, является определяющим фактором диапазона хозяев и тропизма клеток . [ 7 ] [ 9 ] [ 28 ] Человеческий сывороточный альбумин связывается с областью S1, конкурируя с ACE2 и, следовательно, ограничивая проникновение вируса в клетки. [ 29 ]
Протеолитическое расщепление
[ редактировать ]Для слияния мембран требуется протеолитическое расщепление белка-шипа, иногда называемое «праймингом». По сравнению с другими слитыми белками класса I этот процесс является сложным и требует двух расщеплений в разных сайтах: одного на границе S1/S2 и одного в S2'-сайте для высвобождения слитого пептида . [ 5 ] [ 7 ] [ 9 ] У коронавирусов различается, в какой части жизненного цикла вируса происходит это расщепление, особенно расщепление S1/S2. Многие коронавирусы расщепляются по S1/S2 перед выходом вируса из клетки, продуцирующей вирус, с помощью фурина и других пропротеинконвертаз ; [ 7 ] у SARS-CoV-2 в этом положении присутствует сайт расщепления многоосновного фурина. [ 5 ] [ 9 ] Другие могут расщепляться внеклеточными протеазами, такими как эластаза , протеазами, расположенными на поверхности клетки после связывания с рецептором, или протеазами, обнаруживаемыми в лизосомах после эндоцитоза . [ 7 ] Конкретные протеазы, ответственные за это расщепление, зависят от вируса, типа клеток и местной среды. [ 8 ] При SARS-CoV цистеиновых протеаз катепсина в этом процессе важна сериновая протеаза TMPRSS2 с дополнительным вкладом B и катепсина L в эндосомах. [ 8 ] [ 9 ] [ 36 ] Сообщалось также, что трипсин и трипсиноподобные протеазы вносят свой вклад. [ 8 ] В SARS-CoV-2 TMPRSS2 является основной протеазой расщепления S2', и, как сообщается, ее присутствие имеет важное значение для вирусной инфекции. [ 5 ] [ 9 ] при этом протеаза катепсина L является функциональной, но не обязательной. [ 36 ]
Слияние мембран
[ редактировать ]Как и другие слитые белки класса I , белок-шип в своей конформации до слияния находится в метастабильном состоянии. [ 7 ] Происходит резкое конформационное изменение , заставляющее гептадные повторы в области S2 сворачиваться в расширенный пучок из шести спиралей , заставляя слитый пептид взаимодействовать с клеточной мембраной и сближать вирусную и клеточную мембраны в непосредственной близости. [ 5 ] [ 7 ] Требуются связывание с рецептором и протеолитическое расщепление (иногда называемое «праймингом»), но дополнительные триггеры для этого конформационного изменения варьируются в зависимости от коронавируса и местной среды. [ 39 ] in vitro Исследования SARS-CoV предполагают зависимость от концентрации кальция . [ 8 ] В отличие от коронавирусов, вирус инфекционного бронхита , поражающий птиц, может быть вызван низким уровнем pH только ; для других коронавирусов низкий pH сам по себе не является триггером, но может быть необходим для активности протеаз, которые, в свою очередь, необходимы для слияния. [ 8 ] [ 39 ] Местоположение слияния мембран — на плазматической мембране или в эндосомах — может варьироваться в зависимости от наличия этих триггеров конформационных изменений. [ 39 ] Слияние вирусной и клеточной мембран позволяет проникнуть положительной смысловой РНК геному вируса в цитозоль клетки-хозяина , после чего начинается экспрессия вирусных белков. [ 2 ] [ 4 ] [ 9 ]
Помимо слияния мембран вируса и клетки-хозяина, некоторые спайковые белки коронавируса могут инициировать слияние мембран между инфицированными клетками и соседними клетками, образуя синцитии . [ 40 ] Такое поведение можно наблюдать в инфицированных клетках в клеточной культуре . [ 41 ] Синцитии наблюдались в образцах тканей пациентов, зараженных SARS-CoV , MERS-CoV и SARS-CoV-2 . [ 41 ] хотя в некоторых отчетах подчеркивается разница в образовании синцитий между шипами SARS-CoV и SARS-CoV-2, объясняемая различиями в последовательностях вблизи сайта расщепления S1/S2. [ 42 ] [ 43 ] [ 44 ]
Иммуногенность
[ редактировать ]Поскольку белок-шип находится на поверхности вируса, он является основным антигеном, к которому нейтрализующие антитела . вырабатываются [ 2 ] [ 9 ] [ 45 ] [ 46 ] Его обширное гликозилирование может служить гликановым щитом, который скрывает эпитопы от иммунной системы . [ 9 ] [ 18 ] В связи со вспышкой атипичной пневмонии и пандемией COVID-19 антитела к шиповым белкам SARS-CoV и SARS-CoV-2 были тщательно изучены. [ 45 ] Были идентифицированы антитела к белкам-шипам SARS-CoV и SARS-CoV-2, которые нацелены на эпитопы в рецептор-связывающем домене. [ 9 ] [ 45 ] [ 47 ] или вмешиваться в процесс конформационных изменений. [ 9 ] Большинство антител инфицированных людей нацелены на рецептор-связывающий домен. [ 45 ] [ 48 ] [ 49 ] Совсем недавно сообщалось, что антитела, нацеленные на субъединицу S2 белка-шипа, обладают широкой нейтрализующей активностью против вариантов. [ 50 ]
Ответ на COVID-19
[ редактировать ]Вакцина
[ редактировать ]В ответ на пандемию COVID-19 был разработан ряд вакцин против COVID-19 с использованием различных технологий, включая мРНК-вакцины и вирусные векторные вакцины . Большинство разработок вакцин нацелено на белок-шип. [ 10 ] [ 11 ] [ 12 ] Основываясь на методах, ранее использовавшихся в исследованиях вакцин, направленных на респираторно-синцитиальный вирус и SARS-CoV , во многих усилиях по разработке вакцин против SARS-CoV-2 использовались конструкции, которые включают мутации для стабилизации конформации белка-шипа перед слиянием, что способствует выработке антител против эпитопов. подвергшихся воздействию в этой конформации. [ 51 ] [ 52 ]
Согласно исследованию, опубликованному в январе 2023 года, у людей, у которых развился поствакцинальный миокардит, были обнаружены заметно повышенные уровни полноразмерного белка-шипа, не связанного антителами (по сравнению с контрольной группой, которая осталась здоровой). Однако эти результаты не меняют соотношение риска и пользы в пользу вакцинации против COVID-19 для предотвращения тяжелых клинических исходов. [ 53 ] [ нужен неосновной источник ]
Моноклональные антитела
[ редактировать ]Моноклональные антитела , нацеленные на рецептор-связывающий домен белка-шипа, были разработаны в качестве лечения COVID-19 . По состоянию на 8 июля 2021 г. три продукта моноклональных антител получили разрешение на экстренное использование в США: [ 55 ] бамланивимаб/этезевимаб , [ 56 ] [ 57 ] казиривимаб/имдевимаб , [ 58 ] и сотровимаб . [ 59 ] Бамланивимаб/этезевимаб не рекомендовался в США из-за увеличения числа вариантов SARS-CoV-2, которые менее чувствительны к этим антителам. [ 55 ]
Варианты SARS-CoV-2
[ редактировать ]На протяжении всей пандемии COVID-19 геном секвенировали вирусов SARS-CoV-2 много раз, в результате чего были идентифицированы тысячи различных вариантов . [ 60 ] Многие из них обладают мутациями , которые изменяют аминокислотную последовательность белка-шипа. По данным анализа Всемирной организации здравоохранения, проведенного в июле 2020 года, ген spike ( S ) был вторым по частоте мутаций в геноме после ORF1ab вируса (который кодирует большинство неструктурных белков ). [ 60 ] Скорость эволюции гена спайка выше, чем скорость эволюции всего генома. [ 61 ] Анализ геномов SARS-CoV-2 позволяет предположить, что некоторые участки в последовательности белка-шипа, особенно в рецептор-связывающем домене, имеют эволюционное значение. [ 62 ] и проходят положительный отбор . [ 48 ] [ 63 ]
Мутации шиповидных белков вызывают беспокойство, поскольку они могут влиять на инфекционность или заразность , а также способствовать ускользанию от иммунитета . [ 48 ] Мутация D 614 G возникла независимо во многих вирусных линиях и стала доминантной среди секвенированных геномов; [ 64 ] [ 65 ] он может иметь преимущества в заразности и заразности [ 48 ] возможно, из-за увеличения плотности шипов на поверхности вируса, [ 66 ] увеличение доли связывающих компетентных конформаций или улучшение стабильности, [ 67 ] но это не влияет на вакцины. [ 68 ] Мутация N501Y является общей для вариантов альфа, бета, гамма и омикрон SARS-CoV-2 и способствует усилению заражения и передачи вируса. [ 69 ] снижение эффективности вакцины, [ 70 ] и способность SARS-CoV-2 заражать новые виды грызунов. [ 71 ] N501Y увеличивает сродство Spike к ACE2 человека примерно в 10 раз. [ 72 ] что может лежать в основе некоторых преимуществ приспособленности, обеспечиваемых этой мутацией, хотя взаимосвязь между аффинностью и инфекционностью сложна. [ 73 ] Мутация P681R изменяет сайт расщепления фурином и отвечает за повышенную инфекционность, передачу и глобальное воздействие дельта- варианта SARS-CoV-2 . [ 74 ] [ 75 ] Мутации в положении Е 484, особенно Е 484 К , связаны с ускользанием от иммунного ответа и снижением связывания антител . [ 48 ] [ 61 ]
Вариант SARS-CoV-2 Omicron отличается необычно большим количеством мутаций в белке-шипе. [ 76 ] Мутация 69–70del (Δ69-70) гена шипа SARS CoV-2 (ген S, S-ген) приводит к тому, что тестовый зонд TaqPath PCR не связывается с мишенью гена S, что приводит к сбою мишени гена S (SGTF) при SARS. Положительные образцы CoV-2. Этот эффект использовался в качестве маркера для мониторинга распространения варианта Альфа. [ 77 ] [ 78 ] и вариант Омикрона . [ 79 ]
Дополнительная ключевая роль в болезни
[ редактировать ]В 2021 году компании Circulation Research и Salk провели новое исследование, которое доказывает, что COVID-19 может быть также сосудистым заболеванием, а не только респираторным заболеванием. Ученые создали «псевдовирус», окруженный белками-шипами SARS-CoV-2, но без какого-либо настоящего вируса. А псевдовирус привел к повреждению легких и артерий животных моделей. Оно показывает, что спайковый белок SARS-CoV-2 сам по себе может вызывать сосудистые заболевания и может объяснить некоторых пациентов с Covid-19, перенесших инсульты или другие сосудистые проблемы в других частях человеческого тела одновременно. Команда воспроизвела этот процесс, устранив способность вируса к репликации, и снова продемонстрировала такое же повреждающее воздействие на сосудистые клетки. [ 80 ] [ 81 ]
Дезинформация
[ редактировать ]Во время пандемии COVID-19 на платформах социальных сетей распространялась дезинформация против вакцинации о COVID-19, связанная с ролью белка-шипа в вакцинах против COVID-19 . Утверждалось, что спайковые белки являются опасными « цитотоксичными », и мРНК-вакцины, содержащие их, поэтому опасны сами по себе. Спайковые белки не являются цитотоксичными или опасными. [ 82 ] [ 83 ] Несмотря на то, что исследования показали, что спайковые белки вызывают амилоидные заболевания, связанные с свертыванием крови и фибринолитическими нарушениями, а также неврологические и сердечные проблемы. [ требуется редактирование копии ] [ 84 ] Утверждалось также, что спайковые белки «выделяются» вакцинированными людьми, что является ошибочным намеком на явление вызванного вакцинацией выделения вируса , которое является редким эффектом вакцин с живым вирусом в отличие от тех, которые используются для COVID-19. «Отпадение» белков-шипов невозможно. [ 85 ] [ 86 ]
Эволюция, сохранение и рекомбинация
[ редактировать ], слитые белки класса I группа, хорошо охарактеризованные примеры которой включают в себя шиповый белок коронавируса, вируса гриппа гемагглютинин и ВИЧ , эволюционно родственны. Gp41 Считается, что [ 7 ] [ 87 ] Область S2 белка-шипа, ответственная за слияние мембран, более консервативна , чем область S1, ответственная за взаимодействия с рецепторами. [ 4 ] [ 5 ] [ 7 ] Регион S1, судя по всему, подвергся значительному диверсифицирующему отбору . [ 88 ]
В регионе S1 N-концевой домен (NTD) более консервативен, чем C-концевой домен (CTD). [ 7 ] белка NTD галектин -подобного Складка предполагает связь со структурно сходными клеточными белками, из которых он мог возникнуть в результате захвата гена хозяина. [ 7 ] Было высказано предположение, что ЗСТ мог возникнуть из ДНТ в результате дупликации генов . [ 7 ] Положение CTD на поверхности, уязвимое для иммунной системы хозяина , может поставить эту область под высокое селективное давление . [ 7 ] Сравнение структур различных CTD, вызванных коронавирусом, позволяет предположить, что они, возможно, находятся в стадии диверсификации отбора. [ 89 ] а в некоторых случаях отдаленно родственные коронавирусы, которые используют один и тот же рецептор на клеточной поверхности, могут делать это в результате конвергентной эволюции . [ 14 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Solodovnikov, Alexey; Arkhipova, Valeria (29 July 2021). "Достоверно красиво: как мы сделали 3D-модель SARS-CoV-2" [Truly beautiful: how we made the SARS-CoV-2 3D model] (in Russian). N+1 . Archived from the original on 30 July 2021 . Retrieved 30 July 2021 .
- ^ Jump up to: а б с д и ж г Дэн, X.; Бейкер, Южная Каролина (2021). «Коронавирусы: молекулярная биология (Coronaviridae)» . Энциклопедия вирусологии : 198–207. дои : 10.1016/B978-0-12-814515-9.02550-9 . ISBN 978-0-12-814516-6 .
- ^ Jump up to: а б с Мастерс, Пол С. (2006). «Молекулярная биология коронавирусов» . Достижения в области исследования вирусов . 66 : 193–292. дои : 10.1016/S0065-3527(06)66005-3 . ISBN 978-0-12-039869-0 . ПМК 7112330 . ПМИД 16877062 .
- ^ Jump up to: а б с д и ж г час я дж к л м н тот п Ван, Юхан; Грюневальд, Мэтью; Перлман, Стэнли (2020). «Коронавирусы: обновленный обзор их репликации и патогенеза». Коронавирусы . Методы молекулярной биологии. Том. 2203. стр. 1–29. дои : 10.1007/978-1-0716-0900-2_1 . ISBN 978-1-07-160899-9 . ПМЦ 7682345 . ПМИД 32833200 .
- ^ Jump up to: а б с д и ж г час я дж к л м н тот п д р с т в v В х и С аа Чжу, Чаоген; Инь, Циньцинь; Цзэн, Линь; Ши, Юнчжун; Вэй (14 июня 2021 г.) . Знания» . Журнал медицинской вирусологии . 93 (10): 5729–5741. : 10.1002 /jmv.27132 . PMC 8427004. PMID doi 34125455 .
- ^ «Вирусология: Коронавирусы» . Природа . 220 (5168): 650. Ноябрь 1968 г. Бибкод : 1968Natur.220..650. . дои : 10.1038/220650b0 . ПМК 7086490 .
- ^ Jump up to: а б с д и ж г час я дж к л м н тот п д р с т в v В х и С аа аб и объявление но из в Ли, Фанг (29 сентября 2016 г.). «Структура, функции и эволюция белков-шипов коронавируса» . Ежегодный обзор вирусологии . 3 (1): 237–261. doi : 10.1146/annurev-virology-110615-042301 . ПМЦ 5457962 . ПМИД 27578435 .
- ^ Jump up to: а б с д и ж г час я дж к л м н Милле, Жан Каору; Уиттакер, Гэри Р. (апрель 2018 г.). «Физиологические и молекулярные триггеры слияния мембран SARS-CoV и проникновения в клетки-хозяева» . Вирусология . 517 : 3–8. дои : 10.1016/j.virol.2017.12.015 . ПМК 7112017 . ПМИД 29275820 .
- ^ Jump up to: а б с д и ж г час я дж к л м н Вьковский, Филипп; Кратцель, Анника; Штайнер, Сильвио; Сталдер, Ханспетер; Тиль, Волкер (март 2021 г.). «Биология и репликация коронавируса: последствия для SARS-CoV-2» . Обзоры природы Микробиология . 19 (3): 155–170. дои : 10.1038/s41579-020-00468-6 . ПМЦ 7592455 . ПМИД 33116300 .
- ^ Jump up to: а б Фланаган, Кэти Л.; С уважением, Эмма; Кроуфорд, Найджел В.; Джайлз, Мишель; Койрала, Арчана; Макартни, Кристина; Рассел, Фиона; Тех, Бенджамин В.; Вэнь, Софи Ч. (2 октября 2020 г.). «Прогресс и подводные камни в поисках эффективных вакцин против SARS-CoV-2 (COVID-19)» . Границы в иммунологии . 11 : 579250. дои : 10.3389/fimmu.2020.579250 . hdl : 11343/251733 . ПМК 7566192 . ПМИД 33123165 .
- ^ Jump up to: а б Ле, Тунг Тхань; Крамер, Якоб П.; Чен, Роберт; Мэйхью, Стивен (октябрь 2020 г.). «Эволюция ландшафта разработки вакцин против COVID-19» . Nature Reviews Открытие лекарств . 19 (10): 667–668. дои : 10.1038/d41573-020-00151-8 . ПМИД 32887942 . S2CID 221503034 .
- ^ Jump up to: а б Кириакидис, Николаос К.; Лопес-Кортес, Андрес; Гонсалес, Эдуардо Васконес; Гримальдос, Алехандра Баррето; Прадо, Эстебан Ортис (декабрь 2021 г.). «Стратегии вакцинации против SARS-CoV-2: всесторонний обзор кандидатов фазы 3» . НПЖ Вакцины . 6 (1): 28. дои : 10.1038/s41541-021-00292-w . ПМК 7900244 . ПМИД 33619260 .
- ^ Jump up to: а б Рапп, Дэниел; Ван, Няньшуан; Корбетт, Кизмекия С.; Голдсмит, Джори А.; Се, Чинг-Лин; Абиона, Олубукола; Грэм, Барни С.; Маклеллан, Джейсон С. (13 марта 2020 г.). «Крио-ЭМ структура пика 2019-nCoV в префузионной конформации» . Наука . 367 (6483): 1260–1263. Бибкод : 2020Sci...367.1260W . дои : 10.1126/science.abb2507 . ПМЦ 7164637 . ПМИД 32075877 .
- ^ Jump up to: а б Халсвит, RJG; де Хаан, CAM; Бош, Б.-Ж. (2016). «Коронавирусный пик белка и изменения тропизма» . Достижения в области исследования вирусов . 96 : 29–57. дои : 10.1016/bs.aivir.2016.08.004 . ISBN 978-0-12-804736-1 . ПМЦ 7112277 . ПМИД 27712627 .
- ^ Jump up to: а б Бьюкенен, Чарльз Дж.; Гонт, Бен; Харрисон, Питер Дж.; Ян, Юн; Лю, Дживэй; Хан, Азиз; Гилтрап, Эндрю М.; Ле Бас, Одри; Уорд, Филип Н.; Гупта, Капил; Дюму, Мод; Тан, Тионг Кит; Шимаски, Лиза; Дага, Серджио; Пиккьотти, Никола (2022). «Взаимодействие патоген-сахар, выявленное с помощью анализа переноса универсального насыщения» . Наука . 377 (6604): eabm3125. дои : 10.1126/science.abm3125 . hdl : 1983/355cbd8f-c424-4cc0-adb2-881c04ab3bf0 . ISSN 0036-8075 . ПМИД 35737812 .
- ^ Россманн, МГ (1989). «Гипотеза каньона» . Журнал биологической химии . 264 (25): 14587–14590. дои : 10.1016/s0021-9258(18)63732-9 . ISSN 0021-9258 .
- ^ Циммер, Карл (9 октября 2020 г.). «Коронавирус раскрыт» . Нью-Йорк Таймс . Проверено 12 августа 2021 г.
- ^ Jump up to: а б Казалино, Лоренцо; Гайеб, Зид; Голдсмит, Джори А.; Хьёрт, Кристи К.; Доммер, Эбигейл К.; Харбисон, Аойф М.; Фогарти, Карл А.; Баррос, Эмилия П.; Тейлор, Брин С.; Маклеллан, Джейсон С.; Фадда, Элиза; Амаро, Ромми Э. (28 октября 2020 г.). «Помимо защиты: роль гликанов в белке шипов SARS-CoV-2» . Центральная научная служба ACS . 6 (10): 1722–1734. дои : 10.1021/accentsci.0c01056 . ПМЦ 7523240 . ПМИД 33140034 .
- ^ Шаджахан, Асиф; Супекар, Нитин Т; Глейнич, Энн С; Азади, Парастоо (9 декабря 2020 г.). «Определение профиля N- и O-гликозилирования шиповидного белка нового коронавируса SARS-CoV-2» . Гликобиология . 30 (12): 981–988. дои : 10.1093/гликоб/cwaa042 . ПМК 7239183 . ПМИД 32363391 .
- ^ Jump up to: а б с д Удзике, Макото; Тагучи, Фумихиро (3 апреля 2015 г.). «Включение шиповых и мембранных гликопротеинов в вирионы коронавируса» . Вирусы . 7 (4): 1700–1725. дои : 10.3390/v7041700 . ПМЦ 4411675 . ПМИД 25855243 .
- ^ Уоллс, Александра К.; Пак Ён-Джун; Торторичи, М. Алехандра; Уолл, Эбигейл; Макгуайр, Эндрю Т.; Вислер, Дэвид (апрель 2020 г.). «Структура, функция и антигенность спайкового гликопротеина SARS-CoV-2» . Клетка . 181 (2): 281–292.e6. doi : 10.1016/j.cell.2020.02.058 . ПМЦ 7102599 . ПМИД 32155444 .
- ^ Jump up to: а б Кляйн, Штеффен; Кортезе, Мирко; Зима, Софи Л.; Ваксмут-Мельм, Мориц; Нойфельдт, Кристофер Дж.; Серикан, Берати; Станифер, Меган Л.; Булан, Стив; Бартеншлагер, Ральф; Хланда, Петр (декабрь 2020 г.). «Структура и репликация SARS-CoV-2, охарактеризованная с помощью криоэлектронной томографии in situ» . Природные коммуникации . 11 (1): 5885. Бибкод : 2020NatCo..11.5885K . дои : 10.1038/s41467-020-19619-7 . ПМЦ 7676268 . ПМИД 33208793 .
- ^ Цай, Юнфэй; Чжан, Цзюнь; Сяо, Тяньшу; Пэн, Ханцинь; Стерлинг, Сара М.; Уолш, Ричард М.; Роусон, Шон; Риц-Воллох, София; Чен, Бин (25 сентября 2020 г.). «Различные конформационные состояния шиповидного белка SARS-CoV-2» . Наука . 369 (6511): 1586–1592. Бибкод : 2020Sci...369.1586C . дои : 10.1126/science.abd4251 . ПМЦ 7464562 . ПМИД 32694201 .
- ^ Jump up to: а б Бозон, Бертран; Легрос, Винсент; Чжоу, Бинцзе; Сирет, Эглантин; Матье, Сирил; Коссе, Франсуа-Лоик; Лавиллетт, Дмитрий; Денолли, Солен (январь 2021 г.). «Белки оболочки и мембраны SARS-CoV-2 модулируют созревание и удержание белка-шипа, обеспечивая сборку вирусоподобных частиц» . Журнал биологической химии . 296 : 100111. doi : 10.1074/jbc.RA120.016175 . ПМЦ 7833635 . ПМИД 33229438 .
- ^ Гудселл, Дэвид С.; Фойгт, Мария; Зардецки, Кристина; Берли, Стивен К. (6 августа 2020 г.). «Интегративная иллюстрация работы с коронавирусом» . ПЛОС Биология . 18 (8): e3000815. дои : 10.1371/journal.pbio.3000815 . ПМЦ 7433897 . ПМИД 32760062 .
- ^ Jump up to: а б Нойман, Бенджамин В.; Поцелуй, Габриэлла; Кундинг, Андреас Х.; Бхелла, Дэвид; Бакш, М. Фазиль; Коннелли, Стивен; Дроз, Бен; Клаус, Джозеф П.; Макино, Синдзи; Савицкий, Стэнли Г.; Сидделл, Стюарт Г.; Стаму, Димитриос Г.; Уилсон, Ян А.; Кун, Питер; Бухмайер, Майкл Дж. (апрель 2011 г.). «Структурный анализ белка М в сборке и морфологии коронавируса» . Журнал структурной биологии . 174 (1): 11–22. дои : 10.1016/j.jsb.2010.11.021 . ПМК 4486061 . ПМИД 21130884 .
- ^ Фут, Цзуньлун; Осень, Хоакин; Цюй, Кун; Кортезе, Мирко; Зила, Войтех; Маккин, Лесли; Накане, Таканори; Живанов, Ясенко; Нойфельдт, Кристофер Дж.; Джерикан, Берати; Лу, Джон М.; Пеукес, Джулия; Сюн, Сяоли; Краусслих, Ханс-Георг; Шерес, Сьорс Х.В.; Бартеншлагер, Ральф; Бриггс, Джон А.Г. (17 декабря 2020 г.). «Структура и распределение шиповых белков SARS-CoV-2 на интактных вирионах» . Природа . 588 (7838): 498–502. Бибкод : 2020Природа.588..498К . дои : 10.1038/s41586-020-2665-2 . ПМК 7116492 . ПМИД 32805734 .
- ^ Jump up to: а б Лим, Ивонн; Нг, Ян; Тэм, Джеймс; Лю, Дин (25 июля 2016 г.). «Коронавирусы человека: обзор взаимодействия вируса и хозяина» . Болезни . 4 (3): 26. doi : 10.3390/diseases4030026 . ПМЦ 5456285 . ПМИД 28933406 .
- ^ Варриккьо, Ромуальдо; Де Симона, Джованна; Жизнь, Джан Марко; Ночера Кариола, Уолтер; Вискарди, Маурицио; Брэнди, Серджио; Пикацио, Херардо; Зербато, Верена; Конкан, Рафаэлла; Сегат, Людовика; Ди Белла, Стефано; Фуско, Джованна; Асенци, Паоло; Маси, Алессандра (2024). «Человеческий сывороточный альбумин связывает спайковый белок и защищает клетки от инфекции SARS-CoV-2, модулируя путь RAS» . Аспекты молекулярной медицины . 3 : 100033. doi : 10.1016/j.amolm.2023.100033 .
- ^ Йегер, Кертис Л.; Ашмун, Ричард А.; Уильямс, Ричард К.; Карделличио, Кристина Б.; Шапиро, Линда Х.; Смотри, А. Томас; Холмс, Кэтрин В. (июнь 1992 г.). «Человеческая аминопептидаза N является рецептором человеческого коронавируса 229E» . Природа . 357 (6377): 420–422. Бибкод : 1992Natur.357..420Y . дои : 10.1038/357420a0 . ПМК 7095410 . ПМИД 1350662 .
- ^ Хофманн, Х.; Пирк, К.; ван дер Хук, Л.; Гейер, М.; Берхаут, Б.; Полманн, С. (31 мая 2005 г.). «Человеческий коронавирус NL63 использует рецептор коронавируса тяжелого острого респираторного синдрома для проникновения в клетку» . Труды Национальной академии наук . 102 (22): 7988–7993. Бибкод : 2005PNAS..102.7988H . дои : 10.1073/pnas.0409465102 . ПМЦ 1142358 . ПМИД 15897467 .
- ^ Хуан, Синчуань; Донг, Вэньцзюань; Милевская, Александра; Голда, Анна; Ци, Юнхэ; Чжу, Цюань К.; Мараско, Уэйн А.; Барик, Ральф С.; Симс, Эми К.; Пирц, Кшиштоф; Ли, Вэньхуэй; Суй, Цзяньхуа (15 июля 2015 г.). «Протеин-шип HKU1 человеческого коронавируса использует O-ацетилированную сиаловую кислоту в качестве детерминанты рецептора прикрепления и использует белок гемагглютинин-эстеразы в качестве фермента, разрушающего рецептор» . Журнал вирусологии . 89 (14): 7202–7213. дои : 10.1128/JVI.00854-15 . ПМЦ 4473545 . ПМИД 25926653 .
- ^ Кюнкель, Франк; Херрлер, Георг (июль 1993 г.). «Структурный и функциональный анализ поверхностного белка коронавируса человека OC43» . Вирусология . 195 (1): 195–202. дои : 10.1006/виро.1993.1360 . ПМК 7130786 . ПМИД 8317096 .
- ^ Радж, В. Сталин; Моу, Хуэйхуэй; Смитс, Саския Л.; Деккерс, Дик Х.В.; Мюллер, Марсель А.; Дейкман, Рональд; Мут, Дорин; Деммерс, Йерун А.А.; Джеймс, Али; Фушье, Рон AM; Тиль, Волкер; Дростен, Кристиан; Ротье, Питер Дж. М.; Остерхаус, Альберт ДМЕ; Босх, Беренд Ян; Хаагманс, Барт Л. (март 2013 г.). «Дипептидилпептидаза 4 является функциональным рецептором нового человеческого коронавируса-EMC» . Природа . 495 (7440): 251–254. Бибкод : 2013Natur.495..251R . дои : 10.1038/nature12005 . ПМК 7095326 . ПМИД 23486063 .
- ^ Ли, Вэньхуэй; Мур, Майкл Дж.; Васильева, Наталья; Суй, Цзяньхуа; Вонг, Суи Ки; Берн, Майкл А.; Сомасундаран, Мохан; Салливан, Джон Л.; Лузуриага, Кэтрин; Гриноф, Томас К.; Чхве, Хёрён; Фарзан, Майкл (ноябрь 2003 г.). «Ангиотензинпревращающий фермент 2 является функциональным рецептором коронавируса SARS» . Природа . 426 (6965): 450–454. Бибкод : 2003Natur.426..450L . дои : 10.1038/nature02145 . ПМК 7095016 . ПМИД 14647384 .
- ^ Jump up to: а б Джексон CB, Фарзан М, Чен Б, Чой Х (2022). «Механизмы проникновения SARS-CoV-2 в клетки» . Nature Reviews Молекулярно-клеточная биология . 23 (1): 3–20. дои : 10.1038/s41580-021-00418-x . ПМЦ 8491763 . ПМИД 34611326 .
- ^ Уоллс, Александра К.; Сюн, Сяоли; Пак Ён-Джун; Торторичи, М. Алехандра; Снейдер, Йост; Киспе, Джоэл; Камерони, Элизабетта; Гопал, Робин; Давай, Миан; Ланзавеккья, Антонио; Замбон, Мария; Рей, Феликс А.; Корти, Давиде; Вислер, Дэвид (февраль 2019 г.). «Неожиданная функциональная мимикрия рецептора объясняет активацию слияния коронавируса» . Клетка . 176 (5):1026–1039.e15. дои : 10.1016/j.cell.2018.12.028 . ПМК 6751136 . ПМИД 30712865 .
- ^ Фань, Сяои; Цао, Дуаньфан; Конг, Линфэй; Чжан, Синьчжэн (декабрь 2020 г.). «Крио-ЭМ анализ постслитой структуры гликопротеина шипа SARS-CoV» . Природные коммуникации . 11 (1): 3618. Бибкод : 2020NatCo..11.3618F . дои : 10.1038/s41467-020-17371-6 . ПМЦ 7367865 . ПМИД 32681106 .
- ^ Jump up to: а б с Уайт, Джудит М.; Уиттакер, Гэри Р. (июнь 2016 г.). «Слияние вирусов с оболочкой в эндосомах» . Трафик . 17 (6): 593–614. дои : 10.1111/tra.12389 . ПМЦ 4866878 . ПМИД 26935856 .
- ^ Белузард, Сандрин; Милле, Жан К.; Лицитра, Бет Н.; Уиттакер, Гэри Р. (20 июня 2012 г.). «Механизмы проникновения в клетку коронавируса, опосредованные белком вирусного шипа» . Вирусы . 4 (6): 1011–1033. дои : 10.3390/v4061011 . ПМЦ 3397359 . ПМИД 22816037 .
- ^ Jump up to: а б Бухризер, Джулиан; Дюфло, Джереми; Юбер, Матье; Монель, Бландин; Планас, Дельфина; Раджа, Мааран Майкл; Планше, Сирил; Порро, Франсуаза; Гивель-Бенассин, Флоренция; Ван дер Верф, Сильви; Казартелли, Николетта; Муке, Гюго; Брюэль, Тимоти; Шварц, Оливье (декабрь 2020 г.). «Образование синцитиев клетками, инфицированными SARS-CoV-2» . Журнал ЭМБО . 39 (23): e106267. дои : 10.15252/embj.2020106267 . ПМК 7646020 . ПМИД 33051876 .
- ^ Чжан, Чжэн, Цзюбяо; Ван, Чэньси; Пэн, Хаоран, Дель Нонно; Чжу, Ичао; , Сяои, Хе; Ван, Юйци; Чжао, Ши, Ханьпин; Хуан, Хуньян, Цян (20 апреля 2021 г.) Пьячентини , Мауро ; Бянь, Мелино, Джерри ; . 28 (9): 2765–2777 . 10.1038 s41418-021-00782-3 ПМЦ 8056997 / ПМИД 33879858 .
- ^ Брага, Лука; Али, Хашим; Секко, Илария; Кьяваччи, Елена; Невес, Гильерме; Голдхилл, Дэниел; Пенн, Ребекка; Хименес-Гуарденьо, Хосе М.; Ортега-Прието, Ана М.; Буссани, Россана; Канната, Антонио; Риццари, Джорджия; Коллези, Кьяра; Шнайдер, Эдвард; Арозио, Даниэле; Шах, Аджай М.; Барклай, Венди С.; Малим, Майкл Х.; Равин, Хуан; Джакка, Мауро (3 июня 2021 г.). «Препараты, которые ингибируют белки TMEM16, блокируют синцитии, индуцированные спайками SARS-CoV-2» . Природы . 594 (7861): 88–93. Бибкод : 2021Natur.594...88B . дои : 10.1038/s41586-021-03491-6 . ПМК 7611055 . ПМИД 33827113 .
- ^ Линь, Лянъюй; Ли, Цин; Ван, Ин; Ши, Юфан (июнь 2021 г.). «Образование синцитий при легочной инфекции SARS-CoV-2: катастрофическое единство для уничтожения лимфоцитов» . Смерть клеток и дифференциация . 28 (6): 2019–2021. дои : 10.1038/s41418-021-00795-y . ПМЦ 8114657 . ПМИД 33981020 .
- ^ Jump up to: а б с д Хо, Митчелл (апрель 2020 г.). «Перспективы разработки нейтрализующих антител против SARS-CoV-2» . Терапия антителами . 3 (2): 109–114. дои : 10.1093/abt/tbaa009 . ISSN 2516-4236 . ПМК 7291920 . ПМИД 32566896 .
- ^ Ян, Лайфэй; Лю, Вэйхан; Ю, Синь; Ву, Мэн; Райхерт, Дженис М.; Хо, Митчелл (июль 2020 г.). «Отслеживание терапевтических антител к COVID-19: глобальная онлайн-база данных о терапевтических препаратах на основе антител для профилактики и лечения COVID-19» . Терапия антителами . 3 (3): 205–212. дои : 10.1093/abt/tbaa020 . ISSN 2516-4236 . ПМЦ 7454247 . ПМИД 33215063 .
- ^ Премкумар, Лакшманане; Сеговия-Чумбез, Бруно; Джади, Рамеш; Мартинес, Дэвид Р.; Раут, Раджендра; Маркманн, Алена; Корнаби, Калеб; Бартельт, Лютер; Вайс, Сьюзен; Парк, Яра; Эдвардс, Кейтлин Э.; Веймер, Эрик; Шерер, Эрин М.; Руфаэль, Надин; Эдупуганти, Шрилатха; Вайскопф, Даниэла; Цзе, Лунпин В.; Хоу, Исюань Дж.; Марголис, Дэвид; Сетте, Алессандро; Коллинз, Мэтью Х.; Шмитц, Джон; Барик, Ральф С.; де Сильва, Аравинда М. (11 июня 2020 г.). «Рецептор-связывающий домен вирусного шиповидного белка является иммунодоминантной и высокоспецифичной мишенью антител у пациентов с SARS-CoV-2» . Наука Иммунология . 5 (48): eabc8413. doi : 10.1126/sciimmunol.abc8413 . ПМЦ 7292505 . ПМИД 32527802 .
- ^ Jump up to: а б с д и Харви, Уильям Т.; Карабелли, Алессандро М.; Джексон, Бен; Гупта, Равиндра К.; Томсон, Эмма С.; Харрисон, Юэн М.; Ладден, Кэтрин; Рив, Ричард; Рамбо, Эндрю; Пикок, Шэрон Дж.; Робертсон, Дэвид Л. (июль 2021 г.). «Варианты SARS-CoV-2, спайковые мутации и ускользание от иммунитета» . Обзоры природы Микробиология . 19 (7): 409–424. дои : 10.1038/s41579-021-00573-0 . ПМЦ 8167834 . ПМИД 34075212 .
- ^ Хонг, Джессика; Квон, Хён Джун; Качау, Рауль; Чен, Кэтрин З.; Бутай, Кевин Джон; Дуань, Чжицзянь; Ли, Дэн; Рен, Хуа; Лян, Тяньючжоу; Чжу, Цзянхай; Дэнди, Венката П.; Мартин, Негин П.; Эспозито, Доминик; Ортега-Родригес, Уриэль; Сюй, Мяо (3 мая 2022 г.). «Нанотела одногорбого верблюда в целом нейтрализуют варианты SARS-CoV-2» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 119 (18): e2201433119. Бибкод : 2022PNAS..11901433H . дои : 10.1073/pnas.2201433119 . ISSN 1091-6490 . ПМК 9170159 . ПМИД 35476528 .
- ^ Баффингтон, Джесси; Дуань, Чжицзянь; Квон, Хён Джун; Хонг, Джессика; Ли, Дэн; Фэн, Минцянь; Се, Ханг; Хо, Митчелл (июнь 2023 г.). «Идентификация однодоменных антител VNAR акулы-няньки, нацеленных на субъединицу шипа S2 SARS-CoV-2» . Журнал ФАСЭБ . 37 (6): e22973. дои : 10.1096/fj.202202099RR . ISSN 1530-6860 . ПМЦ 10715488 . ПМИД 37191949 . S2CID 258717083 .
- ^ Фаучи, Энтони С. (9 апреля 2021 г.). «История создания вакцин против COVID-19». Наука . 372 (6538): 109. Бибкод : 2021Sci...372..109F . дои : 10.1126/science.abi8397 . ПМИД 33833099 . S2CID 233186026 .
- ^ Кениг, Поль-Альбер; Шмидт, Флориан И. (17 июня 2021 г.). «Spike D614G — кандидатный вакцинный антиген против Covid-19» . Медицинский журнал Новой Англии . 384 (24): 2349–2351. дои : 10.1056/NEJMcibr2106054 . ПМИД 34133867 .
- ^ Йонкер, Лаэль М.; Суонк, Зоя; Барч, Янник К.; Бернс, Мадлен Д.; Кейн, Эбигейл; Борибонг, Бриттани П.; Дэвис, Джеймсон П.; Луазель, Мэгги; Новак, Таня; Сенусси, Ясмин; Ченг, Чи-Ань; Берджесс, Элеонора; Эдлоу, Андреа Г.; Чоу, Джанет; Дионн, Одри; Балагуру, Дурайсами; Лахуд-Раме, Мануэлла; Ардити, Моше; Юлг, Борис; Рэндольф, Адриенн Г.; Альтер, Галит ; Фазано, Алессио; Уолт, Дэвид Р. (4 января 2023 г.). «Циркулирующий спайковый белок, обнаруженный при миокардите мРНК вакцины после COVID-19» . Тираж . 147 (11): 867–876. doi : 10.1161/CIRCULATIONAHA.122.061025 . ПМЦ 10010667 . ПМИД 36597886 . S2CID 255475007 .
Обширный профиль антител и ответы Т-клеток у людей, у которых развился поствакцинальный миокардит, по существу не отличались от таковых у вакцинированных контрольных субъектов, [...] Примечательным открытием было то, что заметно повышены уровни полноразмерного белка-шипа (33,9 ± 22,4 пг / мл), несвязанные антителами, были обнаружены в плазме лиц с поствакцинальным миокардитом, [...] (непарный t-критерий; P<0,0001).
- ^ Хансен, Джоанна; Баум, Алина; Паскаль, Кристен Э.; Руссо, Винченцо; Джордано, Стефани; Влога, Элизабет; Фултон, Бенджамин О.; Ян, Ин; Кун, Катрина; Патель, Крунал; Чунг, Кён Мин; Германн, Айнур; Ульман, Эрика; Круз, Джонатан; Рафик, Ашике; Хуанг, Тэмми; Фэрхерст, Жанетт; Либертини, Кристен; Мальбек, морской пехотинец; Ли, Вэнь-и; Валлийский, Ричард; Фарр, Глен; Пеннингтон, Сет; Дешпанде, Дипали; Ченг, Джемми; Уотти, Анке; Буффар, Паскаль; Бэбб, Роберт; Левенкова, Наташа; Чен, Кэлвин; Чжан, Боцзе; Розмари Эрнандес, Аннабель; Саотоме, Кей; Чжоу, И; Франклин, Мэтью; Шивапаласингам, Сумати; Лай, Дэвид Чиен; Уэстон, Стюарт; Лог, Джеймс; Хаупт, Роберт; Фриман, Мэтью; Чен, Банда; Олсон, Уильям; Мерфи, Эндрю Дж.; Шталь, Нил; Янкопулос, Джордж Д.; Кирацус, Христос А. (21 августа 2020 г.). «Исследования на гуманизированных мышах и выздоравливающих людях позволили получить коктейль антител к SARS-CoV-2» . Наука 369 (6506): 1010–1014. Бибкод : 2020Наука... 369.1010H дои : 10.1126/science.abd0827 . ПМЦ 7299284 . ПМИД 32540901 .
- ^ Jump up to: а б «Терапевтическое ведение негоспитализированных взрослых с COVID-19» . Рекомендации по лечению Covid-19 . Национальные институты здравоохранения. Архивировано из оригинала 4 декабря 2021 года . Проверено 11 августа 2021 г.
- ^ «этезевимаб» . Руководство IUPHAR/BPS по фармакологии . Проверено 10 февраля 2021 г.
- ^ «Компания Lilly объявляет о соглашении с правительством США на поставку 300 000 флаконов исследовательского нейтрализующего антитела бамланивимаба (LY-CoV555) в целях борьбы с COVID-19» . Эли Лилли и компания (пресс-релиз). 28 октября 2020 г.
- ^ «Касиривимаб для инъекций, раствор, концентрат. Имдевимаб для инъекций, раствор, концентрат REGEN-COV- казиривимаб и набор имдевимаба» . ДейлиМед . Проверено 18 марта 2021 г.
- ^ «Сотровимаб для инъекций, раствор, концентрат» . ДейлиМед . Проверено 15 июня 2021 г.
- ^ Jump up to: а б Кояма, Такахико; Платт, Дэниел; Парида, Лакшми (1 июля 2020 г.). «Вариантный анализ геномов SARS-CoV-2» . Бюллетень Всемирной организации здравоохранения . 98 (7): 495–504. дои : 10.2471/BLT.20.253591 . ПМЦ 7375210 . ПМИД 32742035 .
- ^ Jump up to: а б Вингер, Анна; Каспари, Томас (27 мая 2021 г.). «Всплеск беспокойства — новые варианты SARS-CoV-2» . Вирусы . 13 (6): 1002. дои : 10.3390/v13061002 . ПМК 8229995 . ПМИД 34071984 .
- ^ Сапутри, Дианита С.; Ли, Сунлин; ван Эрден, Флорис Дж.; Розевицкий, Джон; Сюй, Цзычан; Исманто, Хендра С.; Давила, Ана; Терагути, Сюнсукэ; Като, Казутака; Стэндли, Дарон М. (17 сентября 2020 г.). «Гибкий, функциональный и знакомый: характеристики эволюции шиповидного белка SARS-CoV-2» . Границы микробиологии . 11 : 2112. дои : 10.3389/fmicb.2020.02112 . ПМК 7527407 . ПМИД 33042039 .
- ^ Кальяни, Рашель; Форни, Диего; Клеричи, Марио; Сирони, Мануэла (июнь 2020 г.). «Вычислительный вывод отбора, лежащего в основе эволюции нового коронавируса, коронавируса 2 тяжелого острого респираторного синдрома» . Журнал вирусологии . 94 (12): e00411-20. дои : 10.1128/JVI.00411-20 . ПМК 7307108 . ПМИД 32238584 .
- ^ Изабель, Сандра; Гранья-Миралья, Люсия; Гутьеррес, Джахир М.; Бундалович-Торма, Чедолюб; Гроувс, Хелен Э.; Изабель, Марк Р.; Эшаги, АлиРеза; Патель, Самир Н.; Губбай, Джонатан Б.; Путанен, Томи; Гуттман, Дэвид С.; Путанен, Сьюзен М. (декабрь 2020 г.). «Эволюционный и структурный анализ мутации шиповидного белка SARS-CoV-2 D614G теперь документирован во всем мире» . Научные отчеты . 10 (1): 14031. Бибкод : 2020НатСР..1014031И . дои : 10.1038/s41598-020-70827-z . ПМЦ 7441380 . ПМИД 32820179 .
- ^ Корбер, Бетт; Фишер, Уилл М.; Гнанакаран, Сандрасегарам; Юн, Хеджин; Тайлер, Джеймс; Абфальтерер, Вернер; Хенгартнер, Ник; Георгий, Елена Евгеньевна; Бхаттачарья, Танмой; Фоли, Брайан; Хасти, Кэтрин М.; Паркер, Мэтью Д.; Партридж, Дэвид Г.; Эванс, Кариад М.; Фриман, Тимоти М.; де Сильва, Тушан И.; МакДэнал, Шарлин; Перес, Лаутаро Г.; Тан, Хайли; Лунный Уокер, Алекс; Уилан, Шон П.; ЛаБранш, Селия К.; Сапфир, Эрика О.; Монтефиори, Дэвид К.; Ангьял, Адриенн; Браун, Ребекка Л.; Каррилеро, Лаура; Грин, Люк Р.; Гроувс, Даниэль С.; Джонсон, Кэти Дж.; Кили, Александр Дж.; Линдси, Бенджамин Б.; Парсонс, Пол Дж.; Раза, Мохаммед; Роуленд-Джонс, Сара; Смит, Никки; Такер, Рэйчел М.; Ван, Деннис; Уайлс, Мэтью Д. (август 2020 г.). «Отслеживание изменений в пике SARS-CoV-2: доказательства того, что D614G увеличивает инфекционность вируса COVID-19» . Клетка . 182 (4): 812–827.e19. doi : 10.1016/j.cell.2020.06.043 . ПМЦ 7332439 . ПМИД 32697968 .
- ^ Чжан, Личжоу; Джексон, Коди Б.; Моу, Хуэйхуэй; Оджа, Амрита; Пэн, Хайюн; Куинлан, Брайан Д.; Рангараджан, Эрумби С.; Пан, Энди; Вандерхайден, Эбигейл; Сутар, Мехул С.; Ли, Вэньхуэй; Изард, Тина; Рейдер, Кристоф; Фарзан, Майкл; Чхве, Хёрён (декабрь 2020 г.). «Мутация белка-шипа D614G SARS-CoV-2 увеличивает плотность и инфекционность вириона» . Природные коммуникации . 11 (1): 6013. Бибкод : 2020NatCo..11.6013Z . дои : 10.1038/s41467-020-19808-4 . ПМЦ 7693302 . ПМИД 33243994 .
- ^ Джексон, Коди Б.; Чжан, Личжоу; Фарзан, Майкл; Чхве, Херён (январь 2021 г.). «Функциональная значимость мутации D614G в белке-шипе SARS-CoV-2» . Связь с биохимическими и биофизическими исследованиями . 538 : 108–115. дои : 10.1016/j.bbrc.2020.11.026 . ПМЦ 7664360 . ПМИД 33220921 .
- ^ Маколи, Александр Дж. (октябрь 2020 г.). «Экспериментальные данные и данные in silico показывают, что на вакцины вряд ли повлияет мутация D614G в белке-шипе SARS-CoV-2» . НПЖ Вакцины . 5 : 96. дои : 10.1038/s41541-020-00246-8 . ПМК 7546614 . ПМИД 33083031 .
- ^ Лю, Ян (ноябрь 2021 г.). «Замена N501Y Spike усиливает заражение и передачу SARS-CoV-2» . Природа . 602 (7896): 294–299. дои : 10.1038/s41586-021-04245-0 . ПМК 8900207 . ПМИД 34818667 . S2CID 244647259 .
- ^ Абдул Карим, СС (2021 г.). «Новые варианты SARS-CoV-2 — последствия для клинического применения, общественного здравоохранения и вакцинации» . Медицинский журнал Новой Англии . 384 (19): 1866–1868. дои : 10.1056/NEJMc2100362 . ПМЦ 8008749 . ПМИД 33761203 .
- ^ Койпер, Майкл (2021). «Но Маус, ты не одинок: о каком-то тяжелом остром респираторном синдроме коронавирус 2 варианта заражает мышей» . Журнал ИЛАР . 62 (1–2): 48–59. дои : 10.1093/ilar/ilab031 . ПМЦ 9236659 . ПМИД 35022734 .
- ^ Бартон, Майкл I; Макгоуэн, Стюарт А; Кутузов Михаил А; Душек, Омер; Бартон, Джеффри Джон; ван дер Мерве, П. Антон (26 августа 2021 г.). Фушье, Рон AM; Ван дер Меер, Йос В.; Фушье, Рон А.М. (ред.). «Влияние общих мутаций в SARS-CoV-2 Spike RBD и его лиганде, рецепторе ACE2 человека, на аффинность связывания и кинетику» . электронная жизнь . 10 : е70658. дои : 10.7554/eLife.70658 . ISSN 2050-084X . ПМЦ 8480977 . ПМИД 34435953 .
- ^ Макгоуэн, Стюарт А.; Бартон, Майкл И.; Кутузов Михаил; Душек, Омер; Мерве, П. Антон ван дер; Бартон, Джеффри Дж. (2 марта 2022 г.). «Миссенс-варианты человеческого ACE2 сильно влияют на связывание со спайком SARS-CoV-2, обеспечивая механизм опосредованного ACE2 генетического риска при Covid-19: тематическое исследование по прогнозированию аффинности вариантов интерфейса» . PLOS Вычислительная биология . 18 (3): e1009922. Бибкод : 2022PLSCB..18E9922M . дои : 10.1371/journal.pcbi.1009922 . ISSN 1553-7358 . ПМЦ 8920257 . ПМИД 35235558 .
- ^ Каллауэй, Юэн (2021). «Мутация, которая помогает Дельте распространяться со скоростью лесного пожара». Природа . 596 (7873): 472–473. Бибкод : 2021Natur.596..472C . дои : 10.1038/d41586-021-02275-2 . ПМИД 34417582 . S2CID 237254466 .
- ^ Павлин, ТП (2021). «Варианты SARS-CoV-2, связанные с инфекциями в Индии, B.1.617, демонстрируют усиленное расщепление Спайка фурином» (PDF) . биоRxiv . дои : 10.1101/2021.05.28.446163 . S2CID 235249387 .
- ^ «Классификация Омикрона (B.1.1.529): вызывающий беспокойство вариант SARS-CoV-2» . Всемирная организация здравоохранения . 26 ноября 2021 года. Архивировано из оригинала 26 ноября 2021 года . Проверено 26 ноября 2021 г.
- ^ Браун К.А., Габбей Дж., Хопкинс Дж., Патель С., Бьюкен С.А., Дейнман Н., Гоно Л.В. (25 мая 2021 г.). «Нарушение цели S-гена как маркер варианта B.1.1.7 среди изолятов SARS-CoV-2 в районе Большого Торонто, с декабря 2020 г. по март 2021 г.» . ДЖАМА . 325 (20): 2115–2116. дои : 10.1001/jama.2021.5607 . ISSN 0098-7484 . ПМК 8033504 . ПМИД 33830171 .
- ^ Методы обнаружения и идентификации вариантов SARS-CoV-2 (Технический отчет). Стокгольм и Копенгаген: Европейский центр профилактики и контроля заболеваний/Европейское региональное бюро Всемирной организации здравоохранения. 3 марта 2021 г. Диагностический скрининг известных ЛОС.
- ^ Варианты SARS-CoV-2, вызывающие беспокойство, и варианты, находящиеся на стадии расследования в Англии. Вариант, вызывающий беспокойство: Omicron, VOC21NOV-01 (B.1.1.529), технический брифинг 30 (PDF) (Брифинг). Общественное здравоохранение Англии. 3 декабря 2021 г. GOV-10547. Архивировано (PDF) из оригинала 11 декабря 2021 года . Проверено 15 декабря 2021 г.
- ^ «Белок-шип нового коронавируса играет дополнительную ключевую роль в заболевании» . Исследователи Солка. 30 апреля 2021 года. Архивировано из оригинала 1 декабря 2022 года.
- ^ Лей, Юян; Чжан, Цзяо; Скьявон, Кара Р.; Он, Мин; Чен, Лили; Шен, Хуэй; Чжан, Ичи; Инь, Цянь; Чо, Ёситаке; Андраде, Леонардо; Шадель, Джеральд С.; Хепокоски, Марк; Лей, Тинг; Ван, Хунлян; Чжан, Цзинь; Юань, Джейсон X.-J.; Малхотра, Атул; Поместье, Ури; Ван, Шэнпэн; Юань, Цзу-И; Шай, Джон YJ. (31 марта 2021 г.). «Белок-шип SARS-CoV-2 нарушает эндотелиальную функцию за счет снижения регуляции АПФ 2» . Исследование кровообращения . 128 (9). Журналы AHA: 1323–1326. дои : 10.1161/CIRCRESAHA.121.318902 . ПМК 8091897 . ПМИД 33784827 . S2CID 232430540 .
- ^ «Вакцины против COVID-19 не являются цитотоксичными » (проверка фактов). Рейтер. 18 июня 2021 г.
- ^ Горский Д.Х. (24 мая 2021 г.). «Смертельный» белок-шип коронавируса (по мнению антивакцинаторов)» . Научная медицина .
- ^ Нистрем, Софи; Хаммарстрем, Пер (2022). «Амилоидогенез шиповидного белка SARS-CoV-2» . Журнал Американского химического общества . 144 (20): 8945–8950. дои : 10.1021/jacs.2c03925 . ПМЦ 9136918 . ПМИД 35579205 .
- ^ Маккарти Б. (5 мая 2021 г.). «Разоблачение антипрививочного обмана о «выделении вакцины» » . ПолитиФакт . Проверено 11 мая 2021 г.
- ^ Фиоре К. (29 апреля 2021 г.). «Последний миф против вакцинации: «выделение вакцины» » . МедПейдж сегодня . Проверено 11 мая 2021 г.
- ^ Вэнс, Тайлер Д.Р.; Ли, Джеффри Э. (июль 2020 г.). «Суперсемейства фузогенов вирусов и эукариот» . Современная биология . 30 (13): 750–754 рэндов. Бибкод : 2020CBio...30.R750V . дои : 10.1016/j.cub.2020.05.029 . ПМЦ 7336913 . ПМИД 32634411 .
- ^ Ли, Ф. (1 марта 2012 г.). «Доказательства общего эволюционного происхождения субъединиц, связывающих рецепторы шиповидного белка коронавируса» . Журнал вирусологии . 86 (5): 2856–2858. дои : 10.1128/jvi.06882-11 . ПМЦ 3302248 . ПМИД 22205743 .
- ^ Шан, Цзянь; Чжэн, Юань; Ян, Ян; Лю, Чанг; Гэн, Цибинь; Ло, Чумин; Чжан, Вэй; Ли, Фанг (23 апреля 2018 г.). «Крио-ЭМ структура шиповидного белка коронавируса инфекционного бронхита раскрывает структурную и функциональную эволюцию шиповидных белков коронавируса» . ПЛОС Патогены . 14 (4): e1007009. дои : 10.1371/journal.ppat.1007009 . ПМЦ 5933801 . ПМИД 29684066 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]- Скуделлари, Меган (28 июля 2021 г.). «Как коронавирус заражает клетки — и почему Дельта так опасна» . Природа . Проверено 15 августа 2021 г.
- Иваса, Джанет; Мейер, Мирия; Лекс, Александр; Роджерс, Джен; Лю, Энн (Хуэй); Ригги, Марго. «Построение визуальной консенсусной модели жизненного цикла SARS-CoV-2» . Лаборатория анимации . Университет Юты . Проверено 15 августа 2021 г.