ПиМОЛ

ПиМОЛ
	Экземпляр PyMOL с видимым средством просмотра и графическим интерфейсом.
Оригинальный автор(ы)	Уоррен Лайфорд ДеЛано
Разработчик(и)	Шредингер, Инк.
Первоначальный выпуск	2000 ; 24 года назад
Стабильная версия	2.5.5 / 17 апреля 2023 г .; 15 месяцев назад
Репозиторий	github .с / Шрёдингер /pymol-с открытым исходным кодом ;
Написано в	С , С++ , Питон
Операционная система	Кроссплатформенность : macOS , Unix , Linux , Windows.
Платформа	ИА-32 , x86-64
Доступно в	Английский
Тип	Молекулярное моделирование
Лицензия	Первоначально лицензия Python , теперь собственность
Веб-сайт	пимол .org /2 /

PyMOL — это доступный исходный код. ^[3] система молекулярной визуализации, созданная Уорреном Лайфордом ДеЛано . Первоначально он был коммерциализирован DeLano Scientific LLC, частной компанией-разработчиком программного обеспечения, занимающейся созданием полезных инструментов, которые становятся общедоступными для научных и образовательных сообществ. В настоящее время его коммерциализирует компания Schrödinger, Inc. Поскольку исходная лицензия на программное обеспечение была разрешительной лицензией , они смогли ее удалить; новые версии больше не выпускаются под лицензией Python , а под специальной лицензией (предоставляющей права на широкое использование, распространение и модификацию, но с передачей авторских прав на любую версию компании Schrödinger, LLC.), ^[3] и часть исходного кода больше не публикуется. ^[4] PyMOL может создавать высококачественные 3D-изображения малых молекул и биологических макромолекул , таких как белки . По словам оригинального автора, к 2009 году почти четверть всех опубликованных изображений 3D-структур белков в научной литературе были сделаны с использованием PyMOL. ^{[ нужна ссылка ]}

PyMOL — один из немногих инструментов визуализации моделей с открытым исходным кодом, доступных для использования в структурной биологии . Часть Py в названии программного обеспечения относится к программе, написанной на языке программирования Python .

PyMOL использует библиотеку OpenGL Extension Wrangler (GLEW) и FreeGLUT и может решать уравнения Пуассона – Больцмана с помощью адаптивного решателя Пуассона-Больцмана. ^[5] PyMOL использовал Tk для виджетов графического пользовательского интерфейса и имел собственные двоичные файлы Aqua для macOS через Schrödinger , которые были заменены пользовательским интерфейсом PyQt на всех платформах с выпуском версии 2.0. ^[6]

История и коммерциализация

Ранние версии PyMol выпускались под лицензией Python . 1 августа 2006 года DeLano Scientific внедрила систему загрузки с контролируемым доступом для предварительно скомпилированных сборок PyMOL (включая бета-версии), распространяемых компанией. Доступ к этим исполняемым файлам теперь доступен только зарегистрированным пользователям, платящим клиентам; образовательные сборки доступны бесплатно студентам и преподавателям. Однако большая часть текущего исходного кода по-прежнему доступна бесплатно, как и старые предварительно скомпилированные сборки. Хотя системы сборки для других платформ открыты, система сборки Windows API (WinAPI, Win32) — нет, хотя неофициальные двоичные файлы Windows доступны в Интернете. ^[7] Любой может либо скомпилировать исполняемый файл из исходного кода, лицензированного Python, либо оплатить подписку на услуги поддержки, чтобы получить доступ к предварительно скомпилированным исполняемым файлам.

8 января 2010 года компания Schrödinger, Inc. достигла соглашения о приобретении PyMOL. Фирма взяла на себя разработку, обслуживание, поддержку и продажу PyMOL, включая все действовавшие на тот момент подписки. Они также продолжают активно поддерживать сообщество открытого исходного кода PyMOL. В 2017 году Шредингер обновил систему распространения, чтобы унифицировать пользовательский интерфейс под Qt и управление пакетами под Anaconda , и выпустил ее как PyMol v2. ^[6] Эта версия ограничивает некоторые новые функции и добавляет водяной знак к визуализации, если она используется без лицензии после 30-дневного пробного периода; общая политика лицензирования аналогична системе DeLano. Исходный код остается в основном доступным, на этот раз под лицензией типа BSD. ^[8] Как и в предыдущем дистрибутиве, неофициальные бинарные файлы Windows в формате колеса , доступны ^[7] и действительно, дистрибутивы Linux продолжают предоставлять свои собственные сборки с открытым исходным кодом.

Цвета элементов

PyMOL применяет раскраску шариков по элементам.

Периодическая таблица с использованием цветов элементов PyMOL в качестве фона ^[9]
①	Hydrogen H #e5e5e5																	Helium He #d8ffff
②	Lithium Li #cc7fff	Beryllium Be #c2ff00											Бор Б #ffb5b5	Углерод С #33ff33	Nitrogen N #3333ff	Oxygen O #ff4c4c	Fluorine F #b2ffff	Неон Не #b2e2f5
③	Sodium Na #aa5cf2	Magnesium Mg #8aff00											Aluminium Al #bfa5a5	Silicon Si #f0c79f	Phosphorus P #ff7f00	Сера С #e5c53f	Chlorine Cl #1ef01e	Аргон Ар #7fd0e2
④	Potassium K #8f3fd3	Calcium Ca #3cff00	Scandium Sc #e5e5e5	Titanium Ti #bfc2c7	Vanadium V #а5а5аа	Chromium Cr #8a99c7	Manganese Mn #9c7ac7	Железная вера #e06633	Кобальт Ко #f08f9f	Никель Ни #4fd04f	Медь Медь #c77f33	Цинк Цинк #7c7faf	Галлий Ga #c28f8f	Germanium Ge #668f8f	Мышьяк как #bd7fe2	Selenium Se #ffa000	Бром Бр #a52929	Krypton Kr #5cb7d0
⑤	Rubidium Rb #6f2eaf	Strontium Sr #00ff00	Иттрий Y #94ffff	Zirconium Zr #94e0e0	Niobium Nb #72c2c8	Molybdenum Mo #54b5b5	Technetium Tc #3a9d9d	Ruthenium Ru #248f8f	Rhodium Rh #097c8c	Palladium Pd #006984	Серебряный Ag #бфбфбф	Cadmium Cd #ffd88f	Индий В #a57472	Олово Сн #667f7f	Antimony Sb #9d62b5	Tellurium Te #d37a00	Йод I #940094	Ксенон Хе #419даф
⑥	Caesium Cs #57168f	Barium Ba #00c800	Lutetium Lu #00аа24	Hafnium Hf #4cc2ff	Tantalum Ta #4ca5ff	Tungsten W #2194d5	Rhenium Re #267каа	Osmium Os #266695	Иридий ИК #165487	Platinum Pt #d0d0e0	Золото Au #ffd023	Mercury Hg #b7b7d0	Таллий Тл #a5544c	Свинец Pb #575961	Bismuth Bi #9d4fb5	Polonium Po #aa5c00	Astatine At #744f44	Радон Рн #418295
⑦	Francium Fr #410066	Radium Ra #007c00	Lawrencium Lr #c70066	Rutherfordium Rf #cc0059	Dubnium Db #d0004f	Seaborgium Sg #d80044	Bohrium Bh #e00037	Hassium Hs #e5002e	Meitnerium Mt #ea0026	Darmstadtium Ds –	Roentgenium Rg –	Copernicium Cn –	Nihonium Nh –	Flerovium Fl –	Moscovium Mc –	Livermorium Lv –	Tennessine Ts –	Oganesson Og –

			Lanthanum La #6fd3ff	Церий Ce #ffffc7	Praseodymium Pr #d8ffc7	Neodymium Nd #c7ffc7	Promethium Pm #a2ffc7	Samarium Sm #8fffc7	Europium Eu #61ffc7	Gadolinium Gd #44ffc7	Terbium Tb #2fffc7	Dysprosium Dy #1effc7	Holmium Ho #00ff9c	Эрбий Эр #00e574	Тулий Тм #00d351	Ytterbium Yb #00bf37

			Actinium Ac Распространение №6	Thorium Th #00бафф	Protactinium Pa #00a0ff	Uranium U #008fff	Neptunium Np #007fff	Plutonium Pu #006aff	Americium Am #545cf2	Кюрий см #775ce2	Berkelium Bk #8a4fe2	Californium Cf #a036d3	Einsteinium Es #b21ed3	Fermium Fm #b21eba	Mendelevium Md #b20ca5	Nobelium No #bd0c87

Галерея

Продолжительность: 1 минута 30 секунд.
Пример некоторых функций редактирования молекул PyMOL, вращения двугранных связей и интерактивной молекулярной релаксации в режиме скульптуры . Это полезные функции для подготовки входной геометрии для программного обеспечения квантовой химии.
Одна и та же структура белка ( протеаза TEV — PDB : 1LVB ), визуализированная в разных режимах. Стандартный мульт, поверхность, прорезь поверхности, подсвеченные бочки, типа QuteMol , типа Goodsell , глянцевая поверхность и b-фактора . шпаклевка

См. также

Ссылки

^ «Загрузить PyMol» . ПиМол . Проверено 12 января 2023 г.
^ «Система молекулярной графики PyMOL» . СоурсФордж .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с «PyMOL с открытым исходным кодом» . Schrodinger, Inc., 5 ноября 2021 г. Проверено 7 ноября 2021 г.
^ «ПиМОЛ | pymol.org» . pymol.org . Проверено 7 ноября 2021 г. Философия открытого исходного кода
PyMOL — коммерческий продукт, но мы предоставляем большую часть его исходного кода в свободный доступ по разрешительной лицензии. Проект с открытым исходным кодом поддерживается Шредингером и в конечном итоге финансируется всеми, кто покупает лицензию PyMOL.
Открытый исходный код обеспечивает открытую науку.
Это было видение оригинального автора PyMOL Уоррена Л. ДеЛано.
^ «АПБС» . poissonboltzmann.org . Архивировано из оригинала 24 февраля 2020 года . Проверено 7 октября 2020 г.
^ Перейти обратно: ^а ^б «Примечания к выпуску PyMOL v2.0» .
^ Перейти обратно: ^а ^б «Пакеты расширений Python для Windows — Кристоф Гольке» . lfd.uci.edu . Проверено 26 октября 2019 г.
^ «Шрёдингер/pymol-с открытым исходным кодом» . Гитхаб . Проверено 24 июня 2019 г.
^ «Цветовые значения» . пимолвики. 2010 . Проверено 4 сентября 2021 г.

Внешние ссылки

[1] «Загрузить PyMol» . ПиМол . Проверено 12 января 2023 г.

[2] «Система молекулярной графики PyMOL» . СоурсФордж .

[proprietary-3] Перейти обратно: ^а ^б ^с «PyMOL с открытым исходным кодом» . Schrodinger, Inc., 5 ноября 2021 г. Проверено 7 ноября 2021 г.

[4] «ПиМОЛ | pymol.org» . pymol.org . Проверено 7 ноября 2021 г. Философия открытого исходного кода
PyMOL — коммерческий продукт, но мы предоставляем большую часть его исходного кода в свободный доступ по разрешительной лицензии. Проект с открытым исходным кодом поддерживается Шредингером и в конечном итоге финансируется всеми, кто покупает лицензию PyMOL.
Открытый исходный код обеспечивает открытую науку.
Это было видение оригинального автора PyMOL Уоррена Л. ДеЛано.

[5] «АПБС» . poissonboltzmann.org . Архивировано из оригинала 24 февраля 2020 года . Проверено 7 октября 2020 г.

[Pymol2-6] Перейти обратно: ^а ^б «Примечания к выпуску PyMOL v2.0» .

[builds-7] Перейти обратно: ^а ^б «Пакеты расширений Python для Windows — Кристоф Гольке» . lfd.uci.edu . Проверено 26 октября 2019 г.

[8] «Шрёдингер/pymol-с открытым исходным кодом» . Гитхаб . Проверено 24 июня 2019 г.

[9] «Цветовые значения» . пимолвики. 2010 . Проверено 4 сентября 2021 г.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]