✖


Jump to content

Микробиом человека

(Перенаправлено с Микробиома человека )
Не следует путать с микробиомом .

человека Графика, изображающая микробиоту кожи с относительной распространенностью различных классов бактерий.

Микробиом человека представляет собой совокупность всей микробиоты , которая находится на или внутри тканей и биожидкостей человека, а также соответствующих анатомических участков , в которых они находятся. [1] включая желудочно-кишечный тракт , кожу , молочные железы , семенную жидкость , матку , фолликулы яичников , легкие , слюну , слизистую оболочку полости рта , конъюнктиву и желчные пути . Типы микробиоты человека включают бактерии , археи , грибы , протисты и вирусы . Хотя микроживотные также могут жить на теле человека, они обычно исключаются из этого определения. В контексте геномики термин «микробиом человека» иногда используется для обозначения коллективных геномов резидентных микроорганизмов; [2] однако термин «метагеном человека» имеет то же значение. [1]

примерно того же порядка, что и человеческие клетки. В организме человека обитает множество микроорганизмов, число нечеловеческих клеток [3] Некоторые микроорганизмы, которые переносят люди, являются комменсалами , то есть сосуществуют, не причиняя вреда человеку; у других есть мутуалистические отношения со своими человеческими хозяевами. [2] : 700  [4] И наоборот, некоторые непатогенные микроорганизмы могут нанести вред человеку через метаболиты , которые они производят, например, триметиламин , который организм человека преобразует в N-оксид триметиламина посредством окисления, опосредованного FMO3 . [5] [6] Определенные микроорганизмы выполняют задачи, которые, как известно, полезны для человека-хозяина, но роль большинства из них недостаточно изучена. Те, которые, как ожидается, присутствуют и которые при нормальных обстоятельствах не вызывают заболевания, иногда считаются нормальной флорой или нормальной микробиотой . [2]

В раннем возрасте формирование разнообразной и сбалансированной микробиоты человека играет решающую роль в формировании долгосрочного здоровья человека. [7] Исследования показали, что на состав микробиоты кишечника в младенчестве влияют различные факторы, включая способ родоразрешения, грудное вскармливание и воздействие факторов окружающей среды. [8] присутствует несколько полезных видов бактерий и потенциальных пробиотиков В грудном молоке . [9] Исследования подчеркнули благотворное влияние здоровой микробиоты в раннем возрасте, такое как содействие развитию иммунной системы, регуляция обмена веществ и защита от патогенных микроорганизмов. [10] Понимание сложного взаимодействия между микробиотой человека и здоровьем в раннем возрасте имеет решающее значение для разработки мер и стратегий, направленных на поддержку оптимального развития микробиоты и улучшение общих показателей здоровья людей. [11]

Проект «Микробиом человека» (HMP) взялся за проект секвенирования генома микробиоты человека, уделяя особое внимание микробиоте, которая обычно населяет кожу, рот, нос, пищеварительный тракт и влагалище. [2] Важным событием стало 2012 год, когда были опубликованы первые результаты. [12]

Терминология

[ редактировать ]

широко известно Хотя слово «флора» или «микрофлора» , с технической точки зрения это неправильное название , поскольку слово «корневая флора» относится к растениям, а «биота» относится к общей совокупности организмов в конкретной экосистеме. более подходящий термин «микробиота» В последнее время применяется , хотя его использование не затмило укоренившееся использование и признание флоры в отношении бактерий и других микроорганизмов. Оба термина используются в различной литературе. [4]

Относительные цифры

[ редактировать ]

Число бактериальных клеток в организме человека оценивается примерно в 38 триллионов, а количество клеток человека — около 30 триллионов. [13] [14] [15] [16] Число бактериальных генов оценивается в 2 миллиона, что в 100 раз превышает количество примерно 20 000 генов человека . [17] [18] [19]

Изучать

[ редактировать ]
Основная статья: Проект микробиома человека
Блок-схема, показывающая, как изучается микробиом человека на уровне ДНК.

Проблема выяснения микробиома человека заключается, по сути, в идентификации членов микробного сообщества, в которое входят бактерии, эукариоты и вирусы. [20] Это делается в первую очередь с использованием исследований на основе дезоксирибонуклеиновой кислоты (ДНК), хотя рибонуклеиновой кислоты (РНК), белков и метаболитов. также проводятся исследования на основе [20] [21] Исследования микробиома на основе ДНК обычно можно отнести либо к целевым исследованиям ампликонов , либо, в последнее время, исследованиям с применением дробовика к метагеномным . Первый фокусируется на конкретных известных генах-маркерах и в первую очередь информативен с таксономической точки зрения, а второй представляет собой целостный метагеномный подход, который также может быть использован для изучения функционального потенциала сообщества. [20] Одна из проблем, которая присутствует в исследованиях микробиома человека, но не в других метагеномных исследованиях, заключается в том, чтобы избежать включения ДНК хозяина в исследование. [22]

Помимо простого выяснения состава микробиома человека, один из основных вопросов, касающихся микробиома человека, заключается в том, существует ли «ядро», то есть существует ли подмножество сообщества, которое является общим для большинства людей. [23] [24] Если есть ядро, то можно было бы связать определенные составы сообщества с болезненными состояниями, что является одной из целей HMP. Известно, что микробиом человека (например, микробиота кишечника) сильно варьирует как у одного человека, так и у разных людей, и это явление также наблюдается у мышей. [4]

объявил о важной вехе HMP 13 июня 2012 года директор Национального института здравоохранения (NIH) Фрэнсис Коллинз . [12] Заявление сопровождалось серией согласованных статей, опубликованных в журнале Nature. [25] [26] и несколько журналов в Публичной научной библиотеке (PLoS) в тот же день. Сопоставляя нормальный микробный состав здоровых людей с помощью методов секвенирования генома, исследователи HMP создали справочную базу данных и границы нормальных микробных вариаций у людей. У 242 здоровых добровольцев из США было собрано более 5000 образцов тканей от 15 (мужчины) до 18 (женщины) участков тела, таких как рот, нос, кожа, нижний отдел кишечника (кал) и влагалище. Вся ДНК, человеческая и микробная, была проанализирована с помощью секвенаторов ДНК. Данные микробного генома были извлечены путем идентификации бактериальной специфичной рибосомальной РНК, 16S рРНК . Исследователи подсчитали, что экосистему человека населяют более 10 000 видов микробов, и они определили 81–99% родов . [27]

Анализ после обработки

[ редактировать ]

Статистический анализ необходим для проверки полученных результатов ( дисперсионный анализ можно использовать для определения размеров различий между группами); если он сочетается с графическими инструментами, результат легко визуализируется и понятен. [28]

Как только метагеном собран, можно сделать вывод о функциональном потенциале микробиома. Вычислительные проблемы для этого типа анализа больше, чем для отдельных геномов, потому что обычно сборщики метагеномов имеют более низкое качество, а многие восстановленные гены являются неполными или фрагментированными. После этапа идентификации гена данные можно использовать для проведения функциональной аннотации посредством множественного выравнивания целевых генов по базам данных ортологов . [29]

Маркерный генный анализ

[ редактировать ]

Это метод, который использует праймеры для нацеливания на конкретную генетическую область и позволяет определить микробную филогению . Генетическая область характеризуется высокой изменчивостью, что позволяет обеспечить детальную идентификацию; он ограничен консервативными областями, которые функционируют как сайты связывания для праймеров, используемых в ПЦР . Основным геном, используемым для характеристики бактерий и архей , является ген 16S рРНК , а идентификация грибов основана на внутреннем транскрибируемом спейсере (ITS). Этот метод является быстрым и не таким дорогим и позволяет получить классификацию микробного образца с низким разрешением; он оптимален для образцов, которые могут быть загрязнены ДНК хозяина. Сродство праймеров варьируется среди всех последовательностей ДНК, что может привести к систематическим ошибкам во время реакции амплификации; действительно, образцы с низкой численностью подвержены ошибкам чрезмерной амплификации, поскольку в случае увеличения количества циклов ПЦР другие загрязняющие микроорганизмы оказываются чрезмерно представленными. Таким образом, оптимизация выбора праймеров может помочь уменьшить такие ошибки, хотя для этого требуется полное знание микроорганизмов, присутствующих в образце, и их относительной численности. [30]

На анализ маркерного гена может влиять выбор праймера; в этом виде анализа желательно использовать хорошо проверенный протокол (например, тот, который используется в проекте «Микробиом Земли »). Первое, что нужно сделать при анализе ампликона маркерного гена, — это удалить ошибки секвенирования; Многие платформы секвенирования очень надежны, но большая часть кажущегося разнообразия последовательностей по-прежнему обусловлена ​​ошибками в процессе секвенирования. Чтобы уменьшить это явление, первый подход заключается в кластеризации последовательностей в оперативную таксономическую единицу (OTU): этот процесс объединяет сходные последовательности (обычно принимается порог сходства 97%) в единый признак, который можно использовать на дальнейших этапах анализа; однако этот метод отбрасывает SNP , поскольку они группируются в один OTU. Другим подходом является олиготипирование , которое включает информацию о положении, полученную в результате секвенирования 16s рРНК для обнаружения небольших вариаций нуклеотидов и распознавания близкородственных отдельных таксонов. Эти методы дают на выходе таблицу последовательностей ДНК и количество различных последовательностей на образец, а не OTU. [30]

Еще одним важным шагом в анализе является присвоение таксономического названия микробным последовательностям в данных. Это можно сделать с помощью подходов машинного обучения , которые могут достичь точности на уровне рода около 80%. Другие популярные пакеты анализа обеспечивают поддержку таксономической классификации с использованием точных совпадений со справочными базами данных и должны обеспечивать большую специфичность, но низкую чувствительность. Неклассифицированные микроорганизмы следует дополнительно проверить на наличие последовательностей органелл. [30]

Филогенетический анализ

[ редактировать ]

Многие методы, использующие филогенетический вывод, используют ген 16SRNA для архей и бактерий и ген 18SRNA для эукариот. Филогенетические сравнительные методы (PCS) основаны на сравнении множества признаков микроорганизмов; принцип таков: чем тесно они связаны, тем больше у них общих черт. Обычно PCS сочетается с филогенетическим обобщенным методом наименьших квадратов (PGLS) или другим статистическим анализом для получения более значимых результатов. Реконструкция предкового состояния используется в исследованиях микробиома для определения значений признаков для таксонов, признаки которых неизвестны. Обычно это выполняется с помощью PICRSt , который опирается на доступные базы данных. Филогенетические переменные выбираются исследователями в соответствии с типом исследования: за счет выбора некоторых переменных, несущих значительную биологическую информацию, можно уменьшить размерность данных для анализа. [31]

Филогенетическое расстояние обычно определяется с помощью UniFrac или аналогичных инструментов, таких как индекс Соресена или D Рао, для количественной оценки различий между различными сообществами. На все эти методы негативно влияет горизонтальная передача генов (HGT), поскольку она может генерировать ошибки и приводить к корреляции отдаленных видов. Существуют разные способы уменьшить негативное влияние ГПГ: использование нескольких генов или вычислительных инструментов для оценки вероятности предполагаемых событий ГПГ. [31]

Анализ экологической сети

[ редактировать ]

Микробные сообщества развиваются в очень сложной динамике, которую можно рассматривать и анализировать как экосистему. Экологические взаимодействия между микробами определяют его изменение, равновесие и стабильность и могут быть представлены динамической моделью популяции. [32] Продолжающееся изучение экологических особенностей микробиома быстро растет и позволяет понять фундаментальные свойства микробиома. Понимание основных правил микробного сообщества может помочь в лечении заболеваний, связанных с нестабильными микробными сообществами.Очень простой вопрос заключается в том, имеют ли разные люди, имеющие разные микробные сообщества, одинаковую основную микробную динамику. [33] Все больше фактов и указаний показывают, что эта динамика действительно универсальна. [34] Этот вопрос является основным шагом, который позволит ученым разработать стратегии лечения, основанные на сложной динамике микробных сообществ человека.Есть более важные свойства, которые следует учитывать при разработке стратегий вмешательства для контроля динамики микробов человека. [35] Контроль над микробными сообществами может привести к решению очень тяжелых и вредных заболеваний.

Типы

[ редактировать ]

Бактерии

[ редактировать ]
Механизм комменсалов и патогенов. Механизмы, лежащие в основе воспаления при ХОБЛ. Эпителий дыхательных путей имеет сложное строение: состоит как минимум из семи различных типов клеток, взаимодействующих друг с другом посредством плотных контактов. Более того, эпителиальные сигналы могут доставлять сигналы в подлежащие ткани, принимая участие в механизмах врожденной и адаптивной иммунной защиты. Ключевыми передатчиками сигналов являются дендритные клетки. Как только патогенная бактерия (например, S. pneumoniae, P. aeruginosa) активирует определенные рецепторы распознавания образов на/в эпителиальных клетках, активируются провоспалительные сигнальные пути. Это приводит главным образом к продукции IL-1, IL-6 и IL-8. Эти цитокины индуцируют хемотаксис к месту инфекции в клетках-мишенях (например, нейтрофилах, дендритных клетках и макрофагах). С другой стороны, представители стандартной микробиоты вызывают лишь слабую сигнализацию, предотвращающую воспаление. Механизм различия между безвредными и вредными бактериями как на молекулярном, так и на физиологическом уровнях до конца не изучен.

Популяции микробов (таких как бактерии и дрожжи ) населяют кожу и слизистые оболочки в различных частях тела. Их роль является частью нормальной, здоровой физиологии человека, однако, если количество микробов выходит за пределы их типичных диапазонов (часто из-за ослабления иммунной системы) или если микробы заселяют (например, из-за плохой гигиены или травмы), участки тела, которые обычно не колонизированы или стерильны (например, кровь, нижние дыхательные пути или брюшная полость), что может привести к заболеванию (вызывающему соответственно бактериемию/сепсис, пневмонию и перитонит). [36]

Проект «Микробиом человека» обнаружил, что люди являются носителями тысяч типов бактерий, причем в разных участках тела есть свои собственные отличительные сообщества. На участках кожи и влагалища было меньше разнообразия, чем во рту и кишечнике, причем они демонстрировали наибольшее богатство. Бактериальный состав определенного участка тела варьируется от человека к человеку не только по типу, но и по численности. Бактерии одного и того же вида, обнаруженные во рту, имеют несколько подтипов, предпочитая обитать в совершенно разных местах во рту. Даже энтеротипы кишечника человека, которые ранее считались хорошо изученными, происходят из широкого спектра сообществ с размытыми таксонными границами. [37] [38]

По оценкам, в кишечнике человека обитает от 500 до 1000 видов бактерий, но они принадлежат лишь к нескольким типам: преобладают Bacillota и Bacteroidota , но есть также Pseudomonadota , Verrucomicrobiota , Actinobacteriota , Fusobacteriota и « Cyanobacteria ». [39]

Ряд типов бактерий, таких как Actinomyces viscosus и A. naeslundii , живут во рту, где они являются частью липкого вещества, называемого зубным налетом . Если его не удалить щеткой, он затвердеет и превратится в камень (также называемый зубным камнем). Те же самые бактерии выделяют кислоты, которые растворяют зубную эмаль , вызывая кариес . [ нужна ссылка ]

Микрофлора влагалища состоит преимущественно из различных видов лактобактерий . Долгое время считалось, что наиболее распространенным из этих видов был Lactobacillus acidophilus , но позже было показано, что на самом деле наиболее распространенным является L. iners , за которым следует L. Crispatus . Другими лактобактериями, обнаруженными во влагалище, являются L. jensenii , L. delbruekii и L. gasseri . Нарушение вагинальной флоры может привести к таким инфекциям, как бактериальный вагиноз и кандидоз . [40]

Архея

[ редактировать ]

Археи присутствуют в кишечнике человека, но, в отличие от огромного разнообразия бактерий в этом органе, численность видов архей гораздо более ограничена. [41] Доминирующей группой являются метаногены , в частности Methanobrevibacter smithii и Methanosphaera stadtmanae . [42] Однако колонизация метаногенами варьируется, и только около 50% людей имеют легко обнаруживаемые популяции этих организмов. [43]

По состоянию на 2007 год не было известно никаких явных примеров архейных патогенов . [44] [45] хотя была предложена связь между присутствием некоторых метаногенов и заболеваниями пародонта у человека . [46] Метан-доминантный бактериальный рост в тонком кишечнике (SIBO) также преимущественно вызывается метаногенами, Methanobrevibacter smithii . в частности [47]

Грибы

[ редактировать ]
Смотрите также: Микобиота (человека)

Грибки, в частности дрожжи , присутствуют в кишечнике человека. [48] [49] [50] [51] Наиболее изученными из них являются виды Candida из-за их способности становиться патогенными у людей с ослабленным иммунитетом и даже у здоровых хозяев. [49] [50] [51] Дрожжи также присутствуют на коже, [48] такие как виды Malassezia , где они потребляют масла, выделяемые сальными железами . [52] [53]

Вирусы

[ редактировать ]
Смотрите также: Человеческий виром

Вирусы, особенно бактериальные вирусы ( бактериофаги ), колонизируют различные участки тела. Эти колонизированные участки включают кожу, [54] кишка, [55] легкие, [56] и ротовой полости. [57] Вирусные сообщества связаны с некоторыми заболеваниями и не просто отражают бактериальные сообщества. [58] [59] [60]

В январе 2024 года биологи сообщили об открытии « обелисков », нового класса виродоподобных элементов , и «облинов», родственной им группы белков. в микробиоме человека [61] [62]

Анатомические области

[ редактировать ]
Основная статья: Список микробиоты человека

Кожа

[ редактировать ]
Основная статья: Флора кожи

Исследование 20 участков кожи каждого из десяти здоровых людей выявило 205 идентифицированных родов в 19 типах бактерий, причем большинство последовательностей были отнесены к четырем типам: Actinomycetota (51,8%), Bacillota (24,4%), Pseudomonadota (16,5%) и Bacteroidota . 6,3%). [63] На коже здорового человека присутствует большое количество родов грибов, с некоторой изменчивостью в зависимости от участка тела; однако при патологических состояниях в пораженном регионе имеют тенденцию доминировать определенные роды. [48] Например, Malassezia доминирует при атопическом дерматите , а Acremonium доминирует на коже головы, пораженной перхотью. [48]

Кожа действует как барьер, препятствующий проникновению болезнетворных микробов. Кожа человека содержит микробы, которые обитают либо внутри кожи, либо на ней и могут быть резидентными или временными. Типы резидентных микроорганизмов различаются в зависимости от типа кожи на теле человека. Большинство микробов обитают на поверхностных клетках кожи или предпочитают ассоциироваться с железами. Эти железы, такие как сальные или потовые железы, снабжают микробов водой, аминокислотами и жирными кислотами. Кроме того, резидентные бактерии, ассоциированные с сальными железами, часто являются грамположительными и могут быть патогенными. [2]

Конъюнктива

[ редактировать ]

обычно присутствует небольшое количество бактерий и грибков В конъюнктиве . [48] [64] Классы бактерий включают грамположительные кокки (например, стафилококки и стрептококки ) и грамотрицательные палочки и кокки (например, Haemophilus и Neisseria ). [64] Роды грибов включают Candida , Aspergillus и Penicillium . [48] Слезные железы постоянно выделяют секрет, поддерживая влажность конъюнктивы, а периодическое моргание смазывает конъюнктиву и смывает инородный материал. Слезы содержат бактерициды, такие как лизоцим , поэтому микроорганизмам трудно выжить в условиях лизоцима и оседать на эпителиальных поверхностях.

Желудочно-кишечный тракт

[ редактировать ]
Схема метаболизма триптофана
Триптофаназа -
выражение
бактерии
Гомеостаз слизистой оболочки:
↓ ФНО-α
↑ Соединительный белок-
кодирующие мРНК
Поддерживает реактивность слизистой оболочки:
↑ Ил-22 Производство
Изображение выше содержит кликабельные ссылки.
На этой диаграмме показан биосинтез биологически активных соединений ( индола и некоторых других производных) из триптофана бактериями в кишечнике. [65] Индол вырабатывается из триптофана бактериями, экспрессирующими триптофаназу . [65] Clostridium sporogenes метаболизирует триптофан в индол, а затем в 3-индолпропионовую кислоту (IPA). [66] высокоэффективный нейропротекторный антиоксидант , который удаляет гидроксильные радикалы . [65] [67] [68] IPA связывается с рецептором прегнана X (PXR) в клетках кишечника, тем самым способствуя гомеостазу слизистой оболочки и барьерной функции . [65] После абсорбции из кишечника и распределения в головном мозге IPA оказывает нейропротекторное действие против церебральной ишемии и болезни Альцгеймера . [65] Виды Lactobacillaceae ( Lactobacillus s.l. ) метаболизируют триптофан в индол-3-альдегид (I3A), который действует на арилуглеводородный рецептор (AhR) в иммунных клетках кишечника, в свою очередь увеличивая интерлейкина-22 (IL-22). выработку [65] Индол сам по себе запускает секрецию глюкагоноподобного пептида-1 (GLP-1) в L-клетках кишечника и действует как лиганд для AhR. [65] Индол также может метаболизироваться в печени в индоксилсульфат , соединение, которое токсично в высоких концентрациях и связано с сосудистыми заболеваниями и почечной дисфункцией . [65] АСТ-120 ( активированный уголь ) — кишечный сорбент , принимаемый внутрь , адсорбирует индол, в свою очередь снижая концентрацию индоксилсульфата в плазме крови. [65]
Основная статья: Микробиота кишечника
См. Также: Ось кишечник-мозг.

У человека состав желудочно-кишечного микробиома формируется во время рождения. [69] Рождение путем кесарева сечения или вагинальных родов также влияет на микробный состав кишечника. Дети, рожденные через вагинальный канал, имеют непатогенную полезную микробиоту кишечника, аналогичную той, которая обнаружена у матери. [70] Однако микробиота кишечника детей, рожденных с помощью кесарева сечения, содержит больше патогенных бактерий, таких как Escherichia coli и стафилококк , и для развития непатогенной полезной микробиоты кишечника требуется больше времени. [71]

Отношения между некоторой кишечной микробиотой и людьми являются не просто комменсальными (безвредное сосуществование), а, скорее, мутуалистическими отношениями. [2] Некоторые микроорганизмы кишечника человека приносят пользу хозяину, ферментируя пищевые волокна в короткоцепочечные жирные кислоты (КЦЖК), такие как уксусная кислота и масляная кислота , которые затем поглощаются хозяином. [4] [72] Кишечные бактерии также играют роль в синтезе витамина В и витамина К, а также в метаболизме желчных кислот , стеринов и ксенобиотиков . [2] [72] Системное значение SCFAs и других соединений, которые они производят, аналогично гормонам , а сама кишечная флора, по-видимому, функционирует как эндокринный орган . [72] а нарушение регуляции кишечной флоры коррелирует с множеством воспалительных и аутоиммунных состояний. [4] [73]

Состав микробиоты кишечника человека меняется со временем, когда меняется диета и общее состояние здоровья. [4] [73] Систематический обзор 15 рандомизированных контролируемых исследований на людях , проведенных в июле 2016 года, показал, что некоторые коммерчески доступные штаммы пробиотических бактерий из Bifidobacterium и Lactobacillus родов ( B. longum , B. breve , B. infantis , L. helveticus , L. rhamnosus , L. plantarum и L.casei ), при приеме внутрь в суточной дозе 10 9 –10 10  колониеобразующие единицы (КОЕ) в течение 1–2 месяцев, обладают эффективностью лечения (т. е. улучшают поведенческие результаты) при некоторых расстройствах центральной нервной системы , включая тревогу , депрессию , расстройства аутистического спектра и обсессивно-компульсивное расстройство , а также улучшают определенные аспекты памяти . . [74]

Уретра и мочевой пузырь

[ редактировать ]

В мочеполовой системе имеется микробиота, [75] [76] что является неожиданным открытием в свете длительного использования стандартных клинических микробиологических методов культивирования для обнаружения бактерий в моче , когда у людей проявляются признаки инфекции мочевыводящих путей ; Эти тесты обычно не показывают присутствия бактерий. [77] Похоже, что обычные методы культивирования не обнаруживают многие виды бактерий и других микроорганизмов , которые обычно присутствуют. [77] По состоянию на 2017 год секвенирования , чтобы определить, существуют ли различия в микробиоте между людьми с проблемами мочевыводящих путей и здоровыми людьми. для идентификации этих микроорганизмов использовались методы [75] [76] [78] Чтобы правильно оценить микробиом мочевого пузыря, а не мочеполовой системы, образец мочи следует собирать непосредственно из мочевого пузыря, что часто делается с помощью катетера . [79]

Вагина

[ редактировать ]
Основная статья: Вагинальная флора
См. также: Список видов микробиоты нижних репродуктивных путей женщин , Список микробиоты бактериального вагиноза и Вагинальная микробиота при беременности.

Вагинальная микробиота относится к тем видам и родам, которые колонизируют влагалище. Эти организмы играют важную роль в защите от инфекций и поддержании здоровья влагалища. [80] Наиболее распространенные вагинальные микроорганизмы, обнаруженные у женщин в пременопаузе, относятся к роду Lactobacillus , которые подавляют патогены, производя перекись водорода и молочную кислоту. [50] [80] [81] и соотношение бактерий Видовой состав варьируют в зависимости от стадии менструального цикла . [82] [83] [ нужно обновить ] Этническая принадлежность также влияет на флору влагалища. Встречаемость лактобактерий, продуцирующих перекись водорода, ниже у афроамериканских женщин, а рН влагалища выше. [84] Другие влиятельные факторы, такие как половой акт и прием антибиотиков, связаны с потерей лактобактерий. [81] Более того, исследования показали, что половой акт с презервативом действительно изменяет уровень лактобактерий и увеличивает уровень Escherichia coli во влагалищной флоре. [81] Изменения нормальной, здоровой вагинальной микробиоты являются признаком инфекций. [85] например, кандидоз или бактериальный вагиноз . [81] Candida albicans подавляет рост видов Lactobacillus , в то время как виды Lactobacillus , которые производят перекись водорода, подавляют рост и вирулентность Candida albicans как во влагалище, так и в кишечнике. [48] [50] [51]

Роды грибов, обнаруженные во влагалище, включают Candida , Pichia , Eurotium , Alternaria , Rhodotorula и Cladosporium , среди других. [48]

Плацента

[ редактировать ]
Основная статья: Плацентарный микробиом

До недавнего времени плаценту считали стерильным органом, однако были идентифицированы комменсальные непатогенные виды и роды бактерий, обитающие в плацентарной ткани. [86] [87] [88] Однако существование микробиома в плаценте является спорным и подвергается критике в нескольких исследованиях. Так называемый «плацентарный микробиом», вероятно, возник в результате загрязнения регентов, поскольку образцы с низкой биомассой легко контаминируются. [89] [90] [91]

матка

[ редактировать ]
Основная статья: Микробиом матки

До недавнего времени верхние репродуктивные пути женщины считались стерильной средой. В матке здоровых бессимптомных женщин репродуктивного возраста обитают разнообразные микроорганизмы. Микробиом матки существенно отличается от микробиома влагалища и желудочно-кишечного тракта. [92]

Полость рта

[ редактировать ]
Основная статья: Оральная микробиология

Среда, присутствующая во рту человека, способствует росту обнаруженных там характерных микроорганизмов. Он обеспечивает источник воды и питательных веществ, а также умеренную температуру. [2] Резидентные микробы полости рта прикрепляются к зубам и деснам, чтобы противостоять механическому промыванию изо рта в желудок, где чувствительные к кислоте микробы уничтожаются соляной кислотой . [2] [50]

К анаэробным бактериям полости рта относятся: Actinomyces , Arachnia , Bacteroides , Bifidobacterium , Eubacterium , Fusobacterium , Lactobacillus , Leptotrichia , Peptococcus , Peptostreptococcus , Propionibacterium , Selenomonas , Treponema и Veillonella . [93] [ нужно обновить ] Роды грибов, которые часто встречаются во рту, включают Candida , Cladosporium , Aspergillus , Fusarium , Glomus , Alternaria , Penicillium и Cryptococcus и другие. [48]

Бактерии накапливаются как на твердых, так и на мягких тканях полости рта в виде биопленки, что позволяет им прикрепляться и проникать в среду полости рта, защищая их от факторов окружающей среды и противомикробных агентов. [94] Слюна играет ключевую гомеостатическую роль биопленки, позволяя бактериям реколонизироваться для формирования и контролировать рост путем отделения накопления биопленки. [95] Он также обеспечивает средства питательных веществ и регулирования температуры. Расположение биопленки определяет тип питательных веществ, которые она получает. [96]

Бактерии полости рта развили механизмы, позволяющие чувствовать окружающую среду и уклоняться от хозяина или изменять его. Однако высокоэффективная врожденная защитная система хозяина постоянно контролирует бактериальную колонизацию и предотвращает бактериальную инвазию в местные ткани. существует динамическое равновесие . Между бактериями зубного налета и врожденной защитной системой хозяина [97]

Эта динамика между полостью рта хозяина и микробами полости рта играет ключевую роль в здоровье и заболевании, поскольку обеспечивает проникновение в организм. [98] Здоровое равновесие представляет собой симбиотические отношения, при которых микробы полости рта ограничивают рост и прикрепление патогенов, в то время как хозяин обеспечивает им среду для процветания. [98] [94] Экологические изменения, такие как изменение иммунного статуса, смена резидентных микробов и доступности питательных веществ, смещают взаимные отношения к паразитическим, что приводит к тому, что хозяин становится склонным к оральным и системным заболеваниям. [94] Системные заболевания, такие как диабет и сердечно-сосудистые заболевания, коррелируют с плохим здоровьем полости рта. [98] Особый интерес представляет роль микроорганизмов полости рта в двух основных стоматологических заболеваниях: кариесе зубов и заболеваниях пародонта . [97] Колонизация патогенов в пародонте вызывает чрезмерный иммунный ответ, приводящий к образованию пародонтального кармана – углубленного пространства между зубом и десной. [94] Это действует как защищенный богатый кровью резервуар с питательными веществами для анаэробных патогенов. [94] Системное заболевание в различных частях тела может возникнуть в результате попадания микробов полости рта в кровь, минуя пародонтальные карманы и мембраны полости рта. [98]

Постоянная правильная гигиена полости рта является основным методом предотвращения заболеваний полости рта и системных заболеваний. [98] Он снижает плотность биопленки и чрезмерный рост потенциальных патогенных бактерий, приводящих к заболеванию. [96] Однако надлежащей гигиены полости рта может быть недостаточно, поскольку микробиом полости рта, генетика и изменения иммунного ответа играют роль в развитии хронических инфекций. [96] Использование антибиотиков может лечить уже распространяющуюся инфекцию, но неэффективно против бактерий внутри биопленок. [96]

Носовая полость

[ редактировать ]

В здоровом микробиоме носа преобладают коринебактерии и стафилококки. Микробиом слизистой оболочки играет решающую роль в модуляции вирусной инфекции. [99]

Легкое

[ редактировать ]
Основная статья: Микробиота легких

Как и полость рта, верхние и нижние дыхательные системы обладают механическими сдерживающими факторами для удаления микробов. Бокаловидные клетки производят слизь, которая улавливает микробы и выводит их из дыхательной системы посредством постоянно движущихся клеток мерцательного эпителия. [2] Кроме того, бактерицидное действие оказывает носовая слизь, содержащая фермент лизоцим. [2] Верхние и нижние дыхательные пути, по-видимому, имеют свой собственный набор микробиоты. [100] Легочная бактериальная микробиота принадлежит к 9 основным бактериальным родам: Prevotella , Sphingomonas , Pseudomonas , Acinetobacter , Fusobacterium , Megasphaera , Veillonella , Staphylococcus и Streptococcus . Некоторые из бактерий, считающихся «нормальной биотой» дыхательных путей, могут вызывать серьезные заболевания, особенно у людей с ослабленным иммунитетом; к ним относятся Streptococcus pyogenes , Haemophilus influenzae , Streptococcus pneumoniae , Neisseria meningitidis и Staphylococcus aureus . [ нужна ссылка ] Роды грибов, составляющие легочный микобиом, включают Candida , Malassezia , Neosartorya , Saccharomyces и Aspergillus , среди других. [48]

Необычное распространение родов бактерий и грибов в дыхательных путях наблюдается у людей, больных муковисцидозом . [48] [101] Их бактериальная флора часто содержит устойчивые к антибиотикам и медленно растущие бактерии, а частота встречаемости этих патогенов меняется в зависимости от возраста. [101]

Желчевыводящие пути

[ редактировать ]

Традиционно желчные пути считались в норме стерильными, а наличие микроорганизмов в желчи является маркером патологического процесса. Это предположение было подтверждено неудачей в выделении бактериальных штаммов из нормального желчного протока. В 2013 году начали появляться статьи, показывающие, что нормальная микробиота желчных путей представляет собой отдельный функциональный слой, защищающий желчные пути от колонизации экзогенными микроорганизмами. [102]

Болезнь и смерть

[ редактировать ]

Человеческие тела полагаются на бесчисленные бактериальные гены как на источник необходимых питательных веществ. [103] Как метагеномные, так и эпидемиологические исследования указывают на жизненно важную роль микробиома человека в предотвращении широкого спектра заболеваний, от диабета 2 типа и ожирения до воспалительных заболеваний кишечника, болезни Паркинсона и даже состояний психического здоровья, таких как депрессия. [104] Симбиотические отношения между микробиотой кишечника и различными бактериями могут влиять на иммунный ответ человека. [105] Метаболиты, вырабатываемые кишечными микробами, по-видимому, являются причинными факторами диабета 2 типа. [106] Несмотря на то, что лечение на основе микробиома находится в зачаточном состоянии, оно также демонстрирует многообещающие результаты, особенно для лечения лекарственно-устойчивого C. difficile. [ мертвая ссылка ] инфекция [107] и при лечении диабета. [108]

Clostridioides difficile Инфекция

[ редактировать ]

Подавляющее присутствие бактерий C. difficile приводит к инфекции желудочно-кишечного тракта, обычно связанной с дисбактериозом микробиоты, который, как полагают, вызван приемом антибиотиков. Использование антибиотиков уничтожает полезную кишечную флору в желудочно-кишечном тракте, которая обычно предотвращает доминирование патогенных бактерий. [109] Традиционное лечение инфекций, вызванных C. difficile , включает дополнительный режим приема антибиотиков, однако эффективность составляет в среднем от 20 до 30%. [110] Признавая важность здоровых кишечных бактерий, исследователи обратились к процедуре, известной как трансплантация фекальной микробиоты (FMT), при которой пациенты, страдающие желудочно-кишечными заболеваниями, такими как инфекция C. difficile (CDI), получают фекалии от здорового человека в надежде восстановить нормальное функционирование кишечной микробиоты. [111] Трансплантация фекальной микробиоты эффективна примерно на 85–90% у людей с ИКД, у которых антибиотики не помогли или у которых заболевание рецидивирует после приема антибиотиков. [112] [113] Большинство людей с ИКД выздоравливают после одного курса лечения ТФМ. [114] [109] [115]

Рак

[ редактировать ]

Хотя рак, как правило, является заболеванием, обусловленным генетикой хозяина и факторами окружающей среды, около 20% случаев рака у человека связаны с микроорганизмами. [116] В частности, что касается потенциальных факторов рака толстой кишки , плотность бактерий в один миллион раз выше, чем в тонкой кишке толстой и прямой кишки , и примерно в 12 раз больше случаев рака в толстой кишке по сравнению с тонкой кишкой, что, возможно, устанавливает патогенную роль микробиоты при раке . . [117] Плотность микроорганизмов может использоваться в качестве прогностического инструмента при оценке колоректального рака. [117]

Микробиота может влиять на канцерогенез тремя основными способами: (i) изменять баланс пролиферации и гибели опухолевых клеток, (ii) регулировать функцию иммунной системы и (iii) влиять на метаболизм факторов, продуктов питания и фармацевтических препаратов, продуцируемых хозяином. [116] Опухоли, возникающие на пограничных поверхностях, таких как кожа, ротоглотка , дыхательные, пищеварительные и мочеполовые тракты, содержат микробиоту. Значительное присутствие микробов в месте опухоли не позволяет установить ассоциацию или причинно-следственную связь. Вместо этого микробы могут найти благоприятное напряжение кислорода в опухоли или профиль питательных веществ. Снижение популяции определенных микробов или индуцированный окислительный стресс также могут увеличить риски. [116] [117] Из примерно 10 30 микробов на Земле, десять из них определены Международным агентством по исследованию рака как канцерогены для человека. [116] Микробы могут секретировать белки или другие факторы, непосредственно стимулирующие пролиферацию клеток в организме хозяина, или могут повышать или подавлять иммунную систему хозяина, включая стимулирование острого или хронического воспаления, способствующего канцерогенезу. [116]

Что касается взаимосвязи иммунной функции и развития воспаления, поверхностные барьеры слизистой оболочки подвержены рискам окружающей среды и должны быстро восстанавливаться для поддержания гомеостаза . Нарушение устойчивости хозяина или микробиоты также снижает устойчивость к злокачественным новообразованиям, что может вызвать воспаление и рак. Как только барьеры преодолеваются, микробы могут вызывать провоспалительные или иммуносупрессивные программы различными путями. [116] Например, ассоциированные с раком микробы, по-видимому, активируют передачу сигналов NF-κB в микроокружении опухоли. Другие рецепторы распознавания образов, такие как члены семейства нуклеотид-связывающих доменоподобных рецепторов олигомеризации (NLR) NOD-2 , NLRP3 , NLRP6 и NLRP12 , могут играть роль в опосредовании колоректального рака. [116] Аналогичным образом, Helicobacter pylori, по-видимому, увеличивает риск рака желудка из-за того, что он вызывает хроническую воспалительную реакцию в желудке. [116] [117]

Воспалительное заболевание кишечника

[ редактировать ]

Воспалительное заболевание кишечника состоит из двух разных заболеваний: язвенного колита и болезни Крона, и оба этих заболевания сопровождаются нарушениями микробиоты кишечника (также известными как дисбиоз ). Этот дисбактериоз проявляется в виде снижения микробного разнообразия в кишечнике. [118] [119] и коррелирует с дефектами в генах хозяина, которые изменяют врожденный иммунный ответ у людей. [118]

Вирус иммунодефицита человека

[ редактировать ]

Прогрессирование ВИЧ - инфекции влияет на состав и функцию кишечной микробиоты, при этом наблюдаются заметные различия между ВИЧ-отрицательными, ВИЧ-положительными и ВИЧ-положительными популяциями после АРТ . [ нужна ссылка ] ВИЧ снижает целостность барьерной функции эпителия кишечника, воздействуя на плотные соединения . Этот распад позволяет осуществлять транслокацию через эпителий кишечника, что, как полагают, способствует усилению воспаления, наблюдаемого у людей с ВИЧ. [120]

Вагинальная микробиота играет роль в заразности ВИЧ, при этом риск заражения и передачи ВИЧ повышается, когда у женщины бактериальный вагиноз — состояние, характеризующееся аномальным балансом вагинальных бактерий. [121] Повышенная инфекционность наблюдается по увеличению количества провоспалительных цитокинов и клеток CCR5 + CD4 + во влагалище. Однако снижение инфекционности наблюдается при повышении уровня вагинальных лактобактерий, что способствует противовоспалительному состоянию. [120]

Микробиом кишечника долгожителей

[ редактировать ]

Люди в возрасте 100 лет и старше, называемые долгожителями , имеют отчетливый кишечный микробиом. Этот микробиом обычно обогащен микроорганизмами , которые способны синтезировать новые вторичные желчные кислоты . [122] Эти вторичные желчные кислоты включают различные изоформы литохолевой кислоты , которые могут способствовать здоровому старению. [122]

Смерть

[ редактировать ]
Основная статья: Некробиом

Со смертью микробиом живого организма разрушается, и другой состав микроорганизмов, называемый некробиомом, становится важной активной составляющей сложного процесса физического разложения. Считается, что его предсказуемые изменения с течением времени полезны для определения времени смерти. [123] [124]

Здоровье окружающей среды

[ редактировать ]

Исследования 2009 года поставили под сомнение, может ли сокращение биоты (включая микрофауну ) в результате вмешательства человека препятствовать здоровью человека, процедурам безопасности больниц, дизайну пищевых продуктов и лечению заболеваний. [125]

Изменения, модуляция и передача

[ редактировать ]
Вмешательства на основе микробиома для модуляции экологии кишечника и иммунной системы [126]

Гигиена , [127] пробиотики , [126] пребиотики , [128] синбиотики , [129] трансплантация микробиоты ( фекальная [130] или кожа [131] ), антибиотики , [132] упражнение , [133] [134] диета , [135] грудное вскармливание , [136] старение [137] могут изменить микробиом человека в различных анатомических системах или регионах, таких как кожа и кишечник.

Передача от человека к человеку

[ редактировать ]

Микробиом человека передается между матерью и ее детьми , а также между людьми, живущими в одном доме . [138] [139]

Исследовать

[ редактировать ]

Миграция

[ редактировать ]

Первичные исследования показывают, что немедленные изменения в микробиоте могут произойти, когда человек мигрирует из одной страны в другую, например, когда тайские иммигранты поселились в Соединенных Штатах. [140] или когда латиноамериканцы иммигрировали в Соединенные Штаты. [141] Потери разнообразия микробиоты были выше у людей, страдающих ожирением , и у детей иммигрантов . [140] [141]

Переваривание целлюлозы

[ редактировать ]

Исследование 2024 года предполагает, что кишечная микробиота, способная переваривать целлюлозу, может быть обнаружена в микробиоме человека, и она менее распространена у людей, живущих в промышленно развитых обществах . [142] [143]

См. также

[ редактировать ]

Библиография

[ редактировать ]
  • Эд Йонг. Я содержу множество: микробы внутри нас и более грандиозный взгляд на жизнь. 368 страниц, опубликовано 9 августа 2016 г. издательством Ecco, ISBN   0062368591 .

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ Перейти обратно: а б Маркези-младший, Равель Дж (2015). «Словарь исследования микробиома: предложение» . Микробиом . 3:31 . дои : 10.1186/s40168-015-0094-5 . ПМК   4520061 . ПМИД   26229597 .
    Микробиом
    Этот термин относится ко всей среде обитания, включая микроорганизмы (бактерии, археи, низшие и высшие эукариоты и вирусы), их геномы (т. е. гены) и условия окружающей среды. Это определение основано на определении «биома», биотических и абиотических факторов данной среды. Другие специалисты в этой области ограничивают определение микробиома совокупностью генов и геномов членов микробиоты. Утверждается, что это определение метагенома , который в сочетании с окружающей средой образует микробиом.
  2. ^ Перейти обратно: а б с д и ж г час я дж к Шервуд Л., Уилли Дж., Вулвертон С. (2013). Микробиология Прескотта (9-е изд.). Нью-Йорк: МакГроу Хилл. стр. 713–721. ISBN  9780073402406 . ОСЛК   886600661 .
  3. ^ Отправитель Р., Фукс С., Майло Р. (январь 2016 г.). «Действительно ли нас значительно превосходят численностью? Пересмотр соотношения бактерий и клеток-хозяев у людей» . Клетка . 164 (3): 337–40. дои : 10.1016/j.cell.2016.01.013 . ПМИД   26824647 .
  4. ^ Перейти обратно: а б с д и ж Куигли Э.М. (сентябрь 2013 г.). «Кишечные бактерии в здоровье и болезни» . Гастроэнтерология и гепатология . 9 (9): 560–9. ПМЦ   3983973 . ПМИД   24729765 .
  5. ^ Фалони Г., Виейра-Сильва С., Раес Дж. (2015). «Микробиология и большие данные: случай триметиламина, полученного из микробиоты кишечника» . Ежегодный обзор микробиологии . 69 : 305–21. doi : 10.1146/annurev-micro-091014-104422 . ПМИД   26274026 . мы рассматриваем литературу о триметиламине (ТМА), метаболите, вырабатываемом микробиотой, связанном с развитием атеросклероза.
  6. ^ Гаси Н., Боррель Дж., Тотти В., О'Тул П.В., Брюжер Дж.Ф. (ноябрь 2014 г.). «Архея и кишечник человека: новое начало старой истории» . Всемирный журнал гастроэнтерологии . 20 (43): 16062–78. дои : 10.3748/wjg.v20.i43.16062 . ПМЦ   4239492 . ПМИД   25473158 . Триметиламин представляет собой продукт исключительно микробиотного происхождения питательных веществ (лецитин, холин, ТМАО, L-карнитин) из обычного рациона питания, от которого, по-видимому, происходят два заболевания: триметиламинурия (или синдром рыбного запаха) и сердечно-сосудистые заболевания из-за проатерогенных свойств его окисленных печеночная форма.
  7. ^ Смит А. и др. (2019). «Роль микробиоты в развитии аллергии и астмы». Текущие отчеты об аллергии и астме, 19 (8), 38.
  8. ^ Джексон К.Д. и др. (2016). «Связь кишечной микробиоты с распространенными заболеваниями и рецептурными лекарствами в популяционной когорте». Природные Коммуникации, 7, 11622.
  9. ^ Йи ДЯ, Ким СЮ (сентябрь 2021 г.). «Состав и функция грудного молока человека в здоровье человека: от пищевых компонентов до микробиома и микроРНК» . Питательные вещества . 13 (9): 3094. дои : 10.3390/nu13093094 . ПМЦ   8471419 . ПМИД   34578971 .
  10. ^ Яцуненко Т. и др. (2012). «Микробиом кишечника человека в зависимости от возраста и географического положения». Природа, 486(7402), 222-227.
  11. ^ Сьёгрен Ю.М. и др. (2009). «Влияние ранней кишечной микробиоты на созревание слизистой оболочки у детей и системные иммунные реакции». Клиническая и экспериментальная аллергия, 39 (12), 1842–1851.
  12. ^ Перейти обратно: а б «Проект NIH Human Microbiome Project определяет нормальный бактериальный состав организма» . Новости НИЗ. 13 июня 2012 г.
  13. ^ Отправитель, Рон; Фукс, Шай; Майло, Рон (19 августа 2016 г.). «Пересмотренные оценки количества клеток человека и бактерий в организме» . ПЛОС Биология . 14 (8): e1002533. дои : 10.1371/journal.pbio.1002533 . ISSN   1545-7885 . ПМЦ   4991899 . ПМИД   27541692 .
  14. ^ Лейси, Брайан Э.; Шпигель, Бреннан (июль 2019 г.). «Введение в специальный выпуск о кишечном микробиоме» . Американский журнал гастроэнтерологии . 114 (7): 1013. doi : 10.14309/ajg.0000000000000303 . ISSN   0002-9270 . ПМИД   31205134 .
  15. ^ Сон, Джэюн; Раджендрапрасад, Сану С.; Филбрик, Кемюэль Л.; Бауэр, Брент А.; Гаич, Огнен; Шах, Адитья; Лаудански, Кшиштоф; Баккен, Йохан С.; Скальски, Джозеф; Карнатовская Людмила В. (февраль 2024 г.). «Микробиом кишечника человека при критических заболеваниях: нарушения, последствия и терапевтические границы» . Журнал критической помощи . 79 : 154436. doi : 10.1016/j.jcrc.2023.154436 . ISSN   1557-8615 . ПМЦ   11034825 . ПМИД   37769422 .
  16. ^ Эбботт, Элисон (8 января 2016 г.). «Ученые развенчивают миф о том, что в нашем организме больше бактерий, чем человеческих клеток» . Природа . дои : 10.1038/nature.2016.19136 . ISSN   1476-4687 . S2CID   190879263 .
  17. ^ Гилберт, Джек А.; Блазер, Мартин Дж.; Капорасо, Дж. Грегори; Янссон, Джанет К.; Линч, Сьюзен В.; Найт, Роб (10 апреля 2018 г.). «Современное понимание микробиома человека» . Природная медицина . 24 (4): 392–400. дои : 10.1038/нм.4517 . ISSN   1546-170Х . ПМК   7043356 . ПМИД   29634682 .
  18. ^ Вишмайер, Пол Э.; Макдональд, Дэниел; Найт, Роб (август 2016 г.). «Роль микробиома, пробиотиков и «терапии дисбактериоза» при критических заболеваниях» . Текущее мнение в области интенсивной терапии . 22 (4): 347–353. дои : 10.1097/MCC.0000000000000321 . ISSN   1531-7072 . ПМК   5065053 . ПМИД   27327243 .
  19. ^ Цинь, Цзюньцзе; Ли, Жуйцян; Раес, Йерун; Арумугам, Маниможиян; Бургдорф, Кристоффер Солвстен; Маничан, Чайсаван; Нильсен, Трина; Понс, Николас; Левенес, Флоренция; Ямада, Такудзи; Менде, Дэниел Р.; Ли, Цзюньхуа; Сюй, Цзюньмин; Ли, Шаочуань; Ли, Дунфан (4 марта 2010 г.). «Каталог генов микробов кишечника человека, созданный с помощью метагеномного секвенирования» . Природа . 464 (7285): 59–65. Бибкод : 2010Natur.464...59. . дои : 10.1038/nature08821 . ISSN   1476-4687 . ПМЦ   3779803 . ПМИД   20203603 .
  20. ^ Перейти обратно: а б с Петерсон Дж., Гарджес С., Джованни М., Макиннес П., Ван Л., Шлосс Дж.А. и др. (декабрь 2009 г.). «Проект NIH по микробиому человека» . Геномные исследования . 19 (12): 2317–23. дои : 10.1101/гр.096651.109 . ПМЦ   2792171 . ПМИД   19819907 .
  21. ^ Кучински Дж., Лаубер К.Л., Уолтерс В.А., Парфри Л.В., Клементе Дж.К., Геверс Д., Найт Р. (декабрь 2011 г.). «Экспериментально-аналитический инструментарий для изучения микробиома человека» . Обзоры природы. Генетика . 13 (1): 47–58. дои : 10.1038/nrg3129 . ПМК   5119550 . ПМИД   22179717 .
  22. ^ Вестхайм Х., Джарман С.Н. (июль 2008 г.). «Блокирующие праймеры для усиления ПЦР-амплификации редких последовательностей в смешанных образцах — тематическое исследование ДНК добычи в желудках антарктического криля» . Границы в зоологии . 5:12 . дои : 10.1186/1742-9994-5-12 . ПМЦ   2517594 . ПМИД   18638418 .
  23. ^ Тэп Дж., Мондо С., Левенес Ф., Пеллетье Э., Карон С., Фюре Дж.П. и др. (октябрь 2009 г.). «К филогенетическому ядру кишечной микробиоты человека» . Экологическая микробиология . 11 (10): 2574–84. Бибкод : 2009EnvMi..11.2574T . дои : 10.1111/j.1462-2920.2009.01982.x . ПМИД   19601958 .
  24. ^ Хамади М., Найт Р. (июль 2009 г.). «Профилирование микробного сообщества для проектов микробиома человека: инструменты, методы и проблемы» . Геномные исследования . 19 (7): 1141–52. дои : 10.1101/гр.085464.108 . ПМЦ   3776646 . ПМИД   19383763 .
  25. ^ Мете Б.А., Нельсон К.Э., Поп М., Кризи Х.Х., Джильо М.Г., Хаттенхауэр С. и др. (Консорциум проекта «Микробиом человека») (июнь 2012 г.). «Основы исследования микробиома человека» . Природа . 486 (7402): 215–21. Бибкод : 2012Natur.486..215T . дои : 10.1038/nature11209 . ПМЦ   3377744 . ПМИД   22699610 .
  26. ^ Консорциум проекта «Микробиом человека» (июнь 2012 г.). «Структура, функции и разнообразие микробиома здорового человека» . Природа . 486 (7402): 207–14. Бибкод : 2012Natur.486..207T . дои : 10.1038/nature11234 . ПМК   3564958 . ПМИД   22699609 .
  27. ^ «Проект NIH Human Microbiome Project определяет нормальный бактериальный состав организма» . Национальные институты здравоохранения (NIH) . 31 августа 2015 года . Проверено 7 июля 2023 г.
  28. ^ Айва С., Уокер А.В., Симпсон Дж.Т., Ломан Н.Дж., Сегата Н. (сентябрь 2017 г.). «Метагеномика дробовика: от отбора проб до анализа» (PDF) . Природная биотехнология . 35 (9): 833–844. дои : 10.1038/nbt.3935 . hdl : 2164/10167 . ПМИД   28898207 . S2CID   19041044 .
  29. ^ Классон М.Дж., Клуни А.Г., О'Тул П.В. (октябрь 2017 г.). «Руководство для врача по анализу микробиома». Обзоры природы. Гастроэнтерология и гепатология . 14 (10): 585–595. дои : 10.1038/nrgastro.2017.97 . ПМИД   28790452 . S2CID   24644894 .
  30. ^ Перейти обратно: а б с Найт Р., Врбанац А., Тейлор BC, Аксенов А., Каллеварт С., Дебелиус Дж. и др. (июль 2018 г.). «Лучшие практики анализа микробиомов» . Обзоры природы. Микробиология . 16 (7): 410–422. дои : 10.1038/s41579-018-0029-9 . ПМИД   29795328 . S2CID   43936002 .
  31. ^ Перейти обратно: а б Уошберн А.Д., Мортон Дж.Т., Сандерс Дж., Макдональд Д., Чжу К., Оливерио А.М., Найт Р. (июнь 2018 г.). «Методы филогенетического анализа данных микробиома». Природная микробиология . 3 (6): 652–661. дои : 10.1038/s41564-018-0156-0 . ПМИД   29795540 . S2CID   43962376 .
  32. ^ Берг, Габриэле; и др. (2020). «Повторное рассмотрение определения микробиома: старые концепции и новые проблемы» . Микробиом . 8 (1): 103. дои : 10.1186/s40168-020-00875-0 . ПМЦ   7329523 . ПМИД   32605663 .
  33. ^ Фауст, Каролина; Раес, Йерун (2016). «Правила игры для микробиоты» . Природа . 534 (7606): 182–183. дои : 10.1038/534182а . ПМИД   27279206 . S2CID   205089271 .
  34. ^ Башан, Амир; Гибсон, Трэвис Э.; Фридман, Джонатан; Кэри, Винсент Дж.; Вайс, Скотт Т.; Хоманн, Элизабет Л.; Лю, Ян-Ю (2016). «Универсальность микробной динамики человека» . Природа . 534 (7606): 259–262. Бибкод : 2016Natur.534..259B . дои : 10.1038/nature18301 . ПМЦ   4902290 . ПМИД   27279224 .
  35. ^ Лю, Ян-Ю (15 февраля 2023 г.). «Контроль микробиома человека» (PDF) . Клеточные системы . 14 (2): 135–159. дои : 10.1016/j.cels.2022.12.010 . ПМЦ   9942095 . ПМИД   36796332 .
  36. ^ Кеннеди, Кэтрин М.; де Гоффо, Маркус К.; Перес-Муньос, Мария Элиза; Аррьета, Мари-Клер; Бэкхед, Фредрик; Борк, Пер; Браун, Торстен; Бушман, Фредерик Д.; Доре, Джоэл; де Вос, Виллем М.; Эрл, Эшли М.; Эйзен, Джонатан А.; Еловиц, Михал А.; Ганал-Вонарбург, Стефани К.; Генцле, Майкл Г. (январь 2023 г.). «Опрос о микробиоме плода иллюстрирует ловушки микробных исследований с низкой биомассой» . Природа . 613 (7945): 639–649. Бибкод : 2023Natur.613..639K . дои : 10.1038/s41586-022-05546-8 . hdl : 2164/21298 . ISSN   1476-4687 . ПМИД   36697862 . S2CID   256268291 .
  37. ^ Краткое изложение рукописей проекта коллекции микробиома человека PLoS. Архивировано 4 марта 2014 г. в Wayback Machine, 13 июня 2012 г.
  38. ^ «Консорциум ученых составляет карту бактериальной экосистемы человеческого тела» . ucsf.edu . 13 июня 2012 г.
  39. ^ Соммер Ф., Бэкхед Ф. (апрель 2013 г.). «Микробиота кишечника — мастера развития и физиологии хозяина». Обзоры природы. Микробиология . 11 (4): 227–38. дои : 10.1038/nrmicro2974 . ПМИД   23435359 . S2CID   22798964 .
  40. ^ Гайер, Павел; Бротман, Ребекка М.; Бай, Гоюнь; Сакамото, Джойс; Шютте, Урсель МЭ; Чжун, Сюэ; Кениг, Сара СК; Фу, Ли; Ма, Жаншань (Сэм); Чжоу, Ся; Абдо, Заид; Форни, Ларри Дж.; Равель, Жак (2 мая 2012 г.). «Временная динамика вагинальной микробиоты человека» . Наука трансляционной медицины . 4 (132): 132ра52. doi : 10.1126/scitranslmed.3003605 . ISSN   1946-6234 . ПМЦ   3722878 . ПМИД   22553250 .
  41. ^ Экбург П.Б., Бик Э.М., Бернштейн К.Н., Пердом Э., Детлефсен Л., Сарджент М. и др. (июнь 2005 г.). «Разнообразие микробной флоры кишечника человека» . Наука . 308 (5728): 1635–8. Бибкод : 2005Sci...308.1635E . дои : 10.1126/science.1110591 . ПМЦ   1395357 . ПМИД   15831718 .
  42. ^ Дункан С.Х., Луи П., Флинт Х.Дж. (апрель 2007 г.). «Культивируемое бактериальное разнообразие толстой кишки человека». Письма по прикладной микробиологии . 44 (4): 343–50. дои : 10.1111/j.1472-765X.2007.02129.x . ПМИД   17397470 . S2CID   43706882 .
  43. ^ Флорин Т.Х., Чжу Г., Кирк К.М., Мартин Н.Г. (октябрь 2000 г.). «Общие и уникальные факторы окружающей среды определяют экологию метаногенов у людей и крыс». Американский журнал гастроэнтерологии . 95 (10): 2872–9. CiteSeerX   10.1.1.606.4187 . дои : 10.1111/j.1572-0241.2000.02319.x . ПМИД   11051362 . S2CID   1087298 .
  44. ^ Экбург П.Б., Лепп П.В., Рельман Д.А. (февраль 2003 г.). «Археи и их потенциальная роль в заболеваниях человека» . Инфекция и иммунитет . 71 (2): 591–6. doi : 10.1128/IAI.71.2.591-596.2003 . ПМК   145348 . ПМИД   12540534 .
  45. ^ Кавиччиоли Р., Курми П.М., Сондерс Н., Томас Т. (ноябрь 2003 г.). «Патогенные археи: существуют ли они?» . Биоэссе . 25 (11): 1119–28. дои : 10.1002/bies.10354 . ПМИД   14579252 .
  46. ^ Лепп П.В., Бриниг М.М., Оуверни CC, Палм К., Армитидж Г.К., Релман Д.А. (апрель 2004 г.). «Метаногенные археи и заболевания пародонта человека» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 101 (16): 6176–81. Бибкод : 2004PNAS..101.6176L . дои : 10.1073/pnas.0308766101 . ПМЦ   395942 . ПМИД   15067114 .
  47. ^ Такакура, Уилл; Пиментел, Марк (10 июля 2020 г.). «Избыточный бактериальный рост в тонком кишечнике и синдром раздраженного кишечника – обновленная информация» . Границы в психиатрии . 11 : 664. doi : 10.3389/fpsyt.2020.00664 . ISSN   1664-0640 . ПМЦ   7366247 . ПМИД   32754068 .
  48. ^ Перейти обратно: а б с д и ж г час я дж к Куи Л., Моррис А., Гедин Э. (июль 2013 г.). «Микобиом человека в здоровье и болезни» . Геномная медицина . 5 (7): 63. дои : 10,1186/gm467 . ПМЦ   3978422 . ПМИД   23899327 . Рисунок 2: Распределение родов грибов на разных участках тела.
  49. ^ Перейти обратно: а б Мартинс Н., Феррейра И.С., Баррос Л., Силва С., Энрикес М. (июнь 2014 г.). «Кандидоз: предрасполагающие факторы, профилактика, диагностика и альтернативное лечение» (PDF) . Микопатология . 177 (5–6): 223–40. дои : 10.1007/s11046-014-9749-1 . hdl : 10198/10147 . ПМИД   24789109 . S2CID   795450 . Candida В этой сложной грибковой инфекции участвуют виды и другие микроорганизмы, но Candida albicans по-прежнему остается наиболее распространенной. В последние два десятилетия наблюдаются аномальные разрастания в желудочно-кишечном, мочевыделительном и дыхательном путях не только у пациентов с ослабленным иммунитетом, но также связанные с нозокомиальными инфекциями и даже у здоровых лиц. Существует множество причинных факторов, которые способствуют дрожжевой инфекции, а это означает, что кандидоз является хорошим примером многофакторного синдрома.
  50. ^ Перейти обратно: а б с д и Ван З.К., Ян Ю.С., Стефка А.Т., Сунь Г., Пэн Л.Х. (апрель 2014 г.). «Обзорная статья: грибковая микробиота и заболевания органов пищеварения» . Алиментарная фармакология и терапия . 39 (8): 751–66. дои : 10.1111/кв.12665 . ПМИД   24612332 . S2CID   22101484 . Кроме того, грибковая инфекция ЖКТ встречается даже у пациентов с нормальным иммунным статусом. Грибковые инфекции, связанные с пищеварительной системой, могут быть индуцированы как комменсальными условно-патогенными грибами, так и экзогенными патогенными грибами. ... Кандида зр. также является наиболее часто выявляемым видом среди пациентов с ИФИ желудка. ... Когда-то считалось, что желудочная кислота может убивать микробы, попадающие в желудок, и что уникальная экологическая среда желудка не подходит для микробной колонизации или инфекции. Однако несколько исследований с использованием культурально-независимых методов подтвердили, что в желудке существует большое количество кислотоустойчивых бактерий, принадлежащих к восьми типам и до 120 видам, таким как Streptococcus sp., Neisseria sp. и Lactobacillus sp. и т. д. 26, 27 Кроме того, Candida albicans может хорошо расти в очень кислой среде. 28 а некоторые генотипы могут увеличивать тяжесть поражений слизистой оболочки желудка. 29
  51. ^ Перейти обратно: а б с Эрдоган А., Рао СС (апрель 2015 г.). «Разрастание грибков в тонком кишечнике». Текущие отчеты гастроэнтерологии . 17 (4): 16. дои : 10.1007/s11894-015-0436-2 . ПМИД   25786900 . S2CID   3098136 . Чрезмерный рост грибков в тонком кишечнике (SIFO) характеризуется наличием чрезмерного количества грибковых организмов в тонком кишечнике, что связано с желудочно-кишечными (ЖКТ) симптомами. Известно, что кандидоз вызывает симптомы со стороны желудочно-кишечного тракта, особенно у пациентов с ослабленным иммунитетом или у тех, кто принимает стероиды или антибиотики. Однако лишь недавно появилась литература о том, что чрезмерный рост грибков в тонкой кишке у лиц без иммунодефицита может вызывать необъяснимые симптомы со стороны желудочно-кишечного тракта. Два недавних исследования показали, что 26% (24/94) и 25,3% (38/150) пациентов с необъяснимыми желудочно-кишечными симптомами имели SIFO. Наиболее распространенными симптомами, наблюдавшимися у этих пациентов, были отрыжка, вздутие живота, расстройство желудка, тошнота, диарея и газы. ... Грибково-бактериальное взаимодействие может действовать по-разному и быть синергическим, антагонистическим или симбиотическим [29]. Некоторые бактерии, такие как Виды Lactobacillus могут взаимодействовать и ингибировать как вирулентность, так и рост видов Candida в кишечнике, производя перекись водорода [30]. Любое повреждение слизистого барьера или нарушение микробиоты желудочно-кишечного тракта при химиотерапии или применении антибиотиков, воспалительные процессы, активация иммунных молекул и нарушение восстановления эпителия — все это может вызвать чрезмерный рост грибков [27].
  52. ^ Маркон М.Дж., Пауэлл Д.А. (апрель 1992 г.). «Инфекции человека, вызванные Malassezia spp» . Обзоры клинической микробиологии . 5 (2): 101–19. дои : 10.1128/CMR.5.2.101 . ПМК   358230 . ПМИД   1576583 .
  53. ^ Рот Р.Р., Джеймс В.Д. (1988). «Микробная экология кожи». Ежегодный обзор микробиологии . 42 (1): 441–64. дои : 10.1146/annurev.mi.42.100188.002301 . ПМИД   3144238 .
  54. ^ Ханниган Г.Д., Мейзель Дж.С., Тилдсли А.С., Чжэн К., Ходкинсон Б.П., СанМигель А.Дж. и др. (октябрь 2015 г.). «Двухцепочечная ДНК-виром кожи человека: топографическое и временное разнообразие, генетическое обогащение и динамические связи с микробиомом хозяина» . мБио . 6 (5): e01578-15. дои : 10.1128/mBio.01578-15 . ПМЦ   4620475 . ПМИД   26489866 .
  55. ^ Минот С., Синха Р., Чен Дж., Ли Х., Кейлбо С.А., Ву Г.Д. и др. (октябрь 2011 г.). «Виром кишечника человека: индивидуальные вариации и динамическая реакция на диету» . Геномные исследования . 21 (10): 1616–25. дои : 10.1101/гр.122705.111 . ПМК   3202279 . ПМИД   21880779 .
  56. ^ Янг Дж.С., Чехуд С., Биттингер К., Бейли А., Даймонд Дж.М., Канту Е. и др. (январь 2015 г.). «Вирусная метагеномика выявляет цветение анелловирусов в дыхательных путях реципиентов легких» . Американский журнал трансплантологии . 15 (1): 200–9. дои : 10.1111/ajt.13031 . ПМЦ   4276431 . ПМИД   25403800 .
  57. ^ Абелес С.Р., Роблес-Сикисака Р., Ли М., Лум А.Г., Зальцман Дж., Бём Т.К., Прайд Д.Т. (сентябрь 2014 г.). «Человеческие оральные вирусы индивидуальны, устойчивы и гендерно-согласованы» . Журнал ISME . 8 (9): 1753–67. Бибкод : 2014ISMEJ...8.1753A . дои : 10.1038/ismej.2014.31 . ПМЦ   4139723 . ПМИД   24646696 .
  58. ^ Ли М., Абелес С.Р., Бём Т.К., Роблес-Сикисака Р., Найду М., Сантьяго-Родригес Т., Прайд Д.Т. (май 2014 г.). «Измененная вирусная экология полости рта в связи с заболеваниями пародонта» . мБио . 5 (3): e01133-14. дои : 10.1128/mBio.01133-14 . ПМК   4030452 . ПМИД   24846382 .
  59. ^ Монако CL, Гутенберг Д.Б., Чжао Г., Хэндли С.А., Гебремайкл М.С., Лим Э.С. и др. (март 2016 г.). «Измененный виром и бактериальный микробиом при синдроме приобретенного иммунодефицита, связанном с вирусом иммунодефицита человека» . Клетка-хозяин и микроб . 19 (3): 311–22. дои : 10.1016/j.chom.2016.02.011 . ПМЦ   4821831 . ПМИД   26962942 .
  60. ^ Норман Дж.М., Хэндли С.А., Болдридж М.Т., Дройт Л., Лю С.И., Келлер BC и др. (январь 2015 г.). «Специфические для заболевания изменения кишечного вирома при воспалительных заболеваниях кишечника» . Клетка . 160 (3): 447–60. дои : 10.1016/j.cell.2015.01.002 . ПМК   4312520 . ПМИД   25619688 .
  61. ^ Кумундурос, Тесса (29 января 2024 г.). « Обелиски»: в пищеварительной системе человека обнаружен совершенно новый класс жизни . НаукаАлерт . Архивировано из оригинала 29 января 2024 года . Проверено 29 января 2024 г.
  62. ^ Желудев Иван Н.; и др. (21 января 2024 г.). «Вироидоподобные колонисты микробиомов человека» . bioRxiv : 2024.01.20.576352. дои : 10.1101/2024.01.20.576352 . ПМЦ   10827157 . ПМИД   38293115 . Архивировано из оригинала 29 января 2024 года . Проверено 29 января 2024 г.
  63. ^ Грайс Э.А., Конг Х.Х., Конлан С., Деминг С.Б., Дэвис Дж., Янг А.С. и др. (Программа сравнительного секвенирования NISC) (май 2009 г.). «Топографическое и временное разнообразие микробиома кожи человека» . Наука . 324 (5931): 1190–2. Бибкод : 2009Sci...324.1190G . дои : 10.1126/science.1171700 . ПМК   2805064 . ПМИД   19478181 .
  64. ^ Перейти обратно: а б «Нормальная бактериальная флора человека» . textbookofbacteriology.net .
  65. ^ Перейти обратно: а б с д и ж г час я Чжан Л.С., Дэвис СС (апрель 2016 г.). «Микробный метаболизм пищевых компонентов в биоактивные метаболиты: возможности для новых терапевтических вмешательств» . Геном Мед . 8 (1): 46. дои : 10.1186/s13073-016-0296-x . ПМЦ   4840492 . ПМИД   27102537 . Лактобактерии виды. превращают триптофан в индол-3-альдегид (I3A) с помощью неидентифицированных ферментов [125]. Clostridium sporogenes превращают триптофан в IPA [6], вероятно, с помощью триптофандезаминазы. ... IPA также эффективно удаляет гидроксильные радикалы.
    Таблица 2. Микробные метаболиты: их синтез, механизмы действия и влияние на здоровье и болезни.
    Рисунок 1: Молекулярные механизмы действия индола и его метаболитов на физиологию и заболевание хозяина.
  66. ^ Викофф В.Р., Анфора А.Т., Лю Дж., Шульц П.Г., Лесли С.А., Петерс Э.К., Сюздак Г. (март 2009 г.). «Метаболомический анализ показывает значительное влияние микрофлоры кишечника на метаболиты крови млекопитающих» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 106 (10): 3698–3703. Бибкод : 2009PNAS..106.3698W . дои : 10.1073/pnas.0812874106 . ПМЦ   2656143 . ПМИД   19234110 . Было показано, что продукция IPA полностью зависит от присутствия микрофлоры кишечника и может быть установлена ​​путем колонизации бактерией Clostridium sporogenes .
    Диаграмма метаболизма ИПА
  67. ^ «3-Индолпропионовая кислота» . База данных метаболомов человека . Университет Альберты . Проверено 12 июня 2018 г.
  68. ^ Чаан Ю.Дж., Поггелер Б., Омар Р.А., Чейн Д.Г., Франджионе Б., Гисо Дж., Папполла М.А. (июль 1999 г.). «Мощные нейропротекторные свойства против бета-амилоида болезни Альцгеймера за счет эндогенной индольной структуры, связанной с мелатонином, индол-3-пропионовой кислоты» . Ж. Биол. Хим . 274 (31): 21937–21942. дои : 10.1074/jbc.274.31.21937 . ПМИД   10419516 . S2CID   6630247 . [Индол-3-пропионовая кислота (IPA)] ранее была идентифицирована в плазме и спинномозговой жидкости человека, но ее функции неизвестны. ... В экспериментах по кинетической конкуренции с использованием агентов, улавливающих свободные радикалы, способность IPA удалять гидроксильные радикалы превышала способность мелатонина, индоламина, который считается самым мощным природным поглотителем свободных радикалов. В отличие от других антиоксидантов, IPA не превращался в реакционноспособные интермедиаты с прооксидантной активностью.
  69. ^ Ян И, Корвин Э.Дж., Бреннан П.А., Джордан С., Мерфи-младший, Данлоп А. (2016). «Младенческий микробиом: значение для здоровья младенцев и нейрокогнитивного развития» . Сестринские исследования . 65 (1): 76–88. дои : 10.1097/NNR.0000000000000133 . ПМЦ   4681407 . ПМИД   26657483 .
  70. ^ Мюллер Н.Т., Бакач Э., Комбеллик Дж., Григорян З., Домингес-Белло М.Г. (февраль 2015 г.). «Развитие микробиома младенца: мама имеет значение» . Тенденции молекулярной медицины . 21 (2): 109–17. doi : 10.1016/j.molmed.2014.12.002 . ПМЦ   4464665 . ПМИД   25578246 .
  71. ^ Уолл Р., Росс Р.П., Райан К.А., Хасси С., Мерфи Б., Фицджеральд Г.Ф., Стэнтон С. (4 марта 2009 г.). «Роль кишечной микробиоты в раннем развитии ребенка» . Клиническая медицина. Педиатрия . 3 : 45–54. дои : 10.4137/cmped.s2008 . ПМК   3676293 . ПМИД   23818794 .
  72. ^ Перейти обратно: а б с Кларк Дж., Стиллинг Р.М., Кеннеди П.Дж., Стэнтон С., Крайан Дж.Ф., Динан Т.Г. (август 2014 г.). «Мини-обзор: Микробиота кишечника: забытый эндокринный орган» . Молекулярная эндокринология . 28 (8): 1221–38. дои : 10.1210/me.2014-1108 . ПМЦ   5414803 . ПМИД   24892638 .
  73. ^ Перейти обратно: а б Шен С., Вонг CH (апрель 2016 г.). «Пробующее воспаление: роль микробиоты кишечника» . Клиническая и трансляционная иммунология . 5 (4): е72. дои : 10.1038/cti.2016.12 . ПМЦ   4855262 . ПМИД   27195115 .
  74. ^ Ван Х., Ли И.С., Браун С., Энк П. (октябрь 2016 г.). «Влияние пробиотиков на функции центральной нервной системы у животных и человека: систематический обзор» . Журнал нейрогастроэнтерологии и моторики . 22 (4): 589–605. дои : 10.5056/jnm16018 . ПМК   5056568 . ПМИД   27413138 . Эти пробиотики показали эффективность в улучшении поведения, связанного с психическими расстройствами, включая тревогу, депрессию, расстройство аутистического спектра (РАС), обсессивно-компульсивное расстройство и способности памяти, включая пространственную и непространственную память. Поскольку многие фундаментальные научные исследования показали некоторую эффективность пробиотиков в отношении функции центральной нервной системы, эти данные могут служить ориентиром и способствовать дальнейшим доклиническим и клиническим исследованиям. ...По качественному анализу текущих исследований можно сделать предварительный вывод, что наиболее эффективными оказались B. longum, B. breve, B. infantis, L. helveticus, L. rhamnosus, L. plantarum и L. casei. в улучшении функции ЦНС, включая функции, связанные с психическими заболеваниями (тревога, депрессия, настроение, реакция на стресс) и способности памяти
  75. ^ Перейти обратно: а б Дрейк М.Дж., Моррис Н., Апостолидис А., Рахнамаи М.С., Маркези Дж.Р. (апрель 2017 г.). «Микробиом мочи и его вклад в симптомы нижних мочевыводящих путей; ICI-RS 2015» . Нейроурология и уродинамика . 36 (4): 850–853. дои : 10.1002/nau.23006 . hdl : 1983/3b024f95-9f86-406a-9be3-ce35984b8de1 . ПМИД   28444712 ​​. S2CID   27636043 .
  76. ^ Перейти обратно: а б Арагон И.М., Эррера-Имброда Б., Кейпо-Ортуньо М.И., Кастильо Э., Дель Мораль Х.С., Гомес-Миллан Дж. и др. (январь 2018 г.). «Микробиом мочевых путей в здоровье и болезнях». Европейский фокус урологии . 4 (1): 128–138. дои : 10.1016/j.euf.2016.11.001 . ПМИД   28753805 .
  77. ^ Перейти обратно: а б Шмиманн Г., Книль Э., Гебхардт К., Матейчик М.М., Хаммерс-Прадиер Э. (май 2010 г.). «Диагноз инфекции мочевыводящих путей: систематический обзор» . Немецкий международный медицинский журнал . 107 (21): 361–7. дои : 10.3238/arztebl.2010.0361 . ПМЦ   2883276 . ПМИД   20539810 .
  78. ^ Эл, Кейт Ф.; Денстедт, Джон Д.; Дэйсли, Брендан А.; Бьязевич, Дженнифер; Велк, Блейн К.; Поллер, Стивен Э.; Глор, Грегори Б.; Рид, Грегор; Разви, Хасан; Бертон, Джереми П. (сентябрь 2020 г.). «Микробиота мочеточникового стента связана с сопутствующими заболеваниями пациента, но не с воздействием антибиотиков» . Сотовые отчеты Медицина . 1 (6): 100094. doi : 10.1016/j.xcrm.2020.100094 . ПМЦ   7659606 . ПМИД   33205072 .
  79. ^ Вулф А.Дж., Брубейкер Л. (февраль 2019 г.). «Обновления уробиома: достижения в исследованиях микробиома мочи» . Обзоры природы. Урология . 16 (2): 73–74. дои : 10.1038/s41585-018-0127-5 . ПМЦ   6628711 . ПМИД   30510275 .
  80. ^ Перейти обратно: а б Петрова М.И., Ливенс Э., Малик С., Имхольц Н., Лебир С. (2015). «Виды лактобактерий как биомаркеры и агенты, которые могут способствовать различным аспектам здоровья влагалища» . Границы в физиологии . 6 : 81. дои : 10.3389/fphys.2015.00081 . ПМЦ   4373506 . ПМИД   25859220 .
  81. ^ Перейти обратно: а б с д Виткин С.С., Линьярес И.М., Хиральдо П. (июнь 2007 г.). «Бактериальная флора женских половых путей: функции и иммунная регуляция». Лучшие практики и исследования. Клиническая акушерство и гинекология . 21 (3): 347–54. дои : 10.1016/j.bpobgyn.2006.12.004 . ПМИД   17215167 .
  82. ^ Тодар К. (2012). «Нормальная бактериальная флора человека» . Интернет-учебник по бактериологии Тодара . Мэдисон, Висконсин: Кеннет Тодар . Проверено 6 апреля 2012 г.
  83. ^ Ондердонк А.Б., Замарчи Г.Р., Уолш Дж.А., Меллор Р.Д., Муньос А., Касс Э.Х. (февраль 1986 г.). «Методы количественной и качественной оценки микрофлоры влагалища во время менструации» . Прикладная и экологическая микробиология . 51 (2): 333–9. Бибкод : 1986ApEnM..51..333O . дои : 10.1128/АЕМ.51.2.333-339.1986 . ПМК   238869 . ПМИД   3954346 .
  84. ^ Антонио М.А., Хоуз С.Э., Хиллиер С.Л. (декабрь 1999 г.). «Идентификация вагинальных видов Lactobacillus, а также демографические и микробиологические характеристики женщин, колонизированных этими видами» . Журнал инфекционных болезней . 180 (6): 1950–6. дои : 10.1086/315109 . ПМИД   10558952 .
  85. ^ Усик М., Зольник С.П., Касл П.Е., Поррас С., Эрреро Р., Градиссимо А. и др. (март 2020 г.). «Шейно-вагинальный микробиом и естественное течение ВПЧ в продольном исследовании» . ПЛОС Патогены . 16 (3): e1008376. дои : 10.1371/journal.ppat.1008376 . ПМК   7098574 . ПМИД   32214382 .
  86. ^ Фокс С., Эйхельбергер К. (декабрь 2015 г.). «Материнский микробиом и исходы беременности» . Фертильность и бесплодие . 104 (6): 1358–63. doi : 10.1016/j.fertnstert.2015.09.037 . ПМИД   26493119 .
  87. ^ Вассенаар ТМ, Паниграхи П (декабрь 2014 г.). «Развивается ли плод в стерильной среде?». Письма по прикладной микробиологии . 59 (6): 572–9. дои : 10.1111/lam.12334 . ПМИД   25273890 . S2CID   206169539 .
  88. ^ Швирц А (2016). Микробиота человеческого организма: значение для здоровья и болезней . Швейцария: Шпрингер. п. 1. ISBN  978-3-319-31248-4 .
  89. ^ Тамбурини С., Шен Н., Ву ХК, Клементе Дж.К. (июль 2016 г.). «Микробиом в раннем возрасте: последствия для здоровья» . Природная медицина . 22 (7): 713–22. дои : 10.1038/нм.4142 . ПМИД   27387886 . S2CID   2462790 .
  90. ^ де Гоффау М.К., Лагер С., Совио У., Гаччоли Ф., Кук Э., Пикок С.Дж. и др. (август 2019 г.). «Плацента человека не имеет микробиома, но может содержать потенциальные патогены» . Природа . 572 (7769): 329–334. Бибкод : 2019Natur.572..329D . дои : 10.1038/s41586-019-1451-5 . ПМК   6697540 . ПМИД   31367035 .
  91. ^ Эйзенхофер Р., Миних Дж.Дж., Мароц С., Купер А., Найт Р., Вейрих Л.С. (февраль 2019 г.). «Загрязнение в исследованиях микробиома с низкой микробной биомассой: проблемы и рекомендации». Тенденции в микробиологии . 27 (2): 105–117. дои : 10.1016/j.tim.2018.11.003 . hdl : 2440/122027 . ПМИД   30497919 . S2CID   54166123 .
  92. ^ Франасиак Дж. М., Скотт RT (декабрь 2015 г.). «Микробиом репродуктивного тракта в вспомогательных репродуктивных технологиях» . Фертильность и бесплодие . 104 (6): 1364–71. doi : 10.1016/j.fertnstert.2015.10.012 . ПМИД   26597628 .
  93. ^ Саттер В.Л. (1984). «Анаэробы как нормальная флора полости рта». Обзоры инфекционных болезней . 6 (Приложение 1): S62-566. doi : 10.1093/clinids/6.Supplement_1.S62 . ПМИД   6372039 .
  94. ^ Перейти обратно: а б с д и Кумар П.С. (декабрь 2013 г.). «Микробиота полости рта и системные заболевания». Анаэроб . 24 : 90–3. дои : 10.1016/j.anaerobe.2013.09.010 . ПМИД   24128801 . S2CID   40735283 .
  95. ^ Арвейлер Н.Б., Нетушил Л. (май 2016 г.). «Микробиота полости рта». В Швирце А. (ред.). Микробиота человеческого организма . Достижения экспериментальной медицины и биологии. Том. 902. Спрингер, Чам. стр. 45–60. дои : 10.1007/978-3-319-31248-4_4 . ISBN  978-3-319-31248-4 . ПМИД   27161350 .
  96. ^ Перейти обратно: а б с д Авила М., Ойчус Д.М., Йылмаз О. (август 2009 г.). «Микробиота полости рта: жизнь с постоянным гостем» . ДНК и клеточная биология . 28 (8): 405–11. дои : 10.1089/dna.2009.0874 . ПМЦ   2768665 . ПМИД   19485767 .
  97. ^ Перейти обратно: а б Роджерс А.Х., изд. (2008). Молекулярная оральная микробиология . Кайстер Академик Пресс. ISBN  978-1-904455-24-0 .
  98. ^ Перейти обратно: а б с д и Зарко М.Ф., Весс Т.Дж., Гинзбург Г.С. (март 2012 г.). «Микробиом полости рта в здоровье и заболевании и потенциальное влияние на персонализированную стоматологическую медицину» . Заболевания полости рта . 18 (2): 109–20. дои : 10.1111/j.1601-0825.2011.01851.x . ПМИД   21902769 . S2CID   24411104 .
  99. ^ Роудс Н.С., Пински А.Н., Монсибайс А.Н., Джанкил А., Доратт Б.М., Синко И.Р. и др. (август 2021 г.). «Острая инфекция SARS-CoV-2 связана с увеличением количества бактериальных патогенов, включая Pseudomonas aeruginosa, в носу» . Отчеты по ячейкам . 36 (9): 109637. doi : 10.1016/j.celrep.2021.109637 . ISSN   2211-1247 . ПМЦ   8361213 . ПМИД   34433082 .
  100. ^ Винг Хо Ман; Воутер А.А. де Стенхейсен Питерс; Дебби Богерт (2017). «Микробиота дыхательных путей: страж здоровья органов дыхания» . Обзоры природы Микробиология . 15 (5) (опубликовано 20 марта 2017 г.): 259–270. дои : 10.1038/NRMICRO.2017.14 . hdl : 20.500.11820/f1137874-9c51-401b-bca4-e2a5da3e219b . ISSN   1740-1534 . ПМЦ   7097736 . ПМИД   28316330 . Викиданные : Q34553608
  101. ^ Перейти обратно: а б Берингер, премьер-министр, Эпплман, доктор медицинских наук (ноябрь 2000 г.). «Необычная респираторная бактериальная флора при муковисцидозе: микробиологические и клинические особенности» (PDF) . Современное мнение в области легочной медицины . 6 (6): 545–50. дои : 10.1097/00063198-200011000-00015 . ПМИД   11100967 . S2CID   845977 . Архивировано из оригинала (PDF) 16 октября 2013 года.
  102. ^ Вердье Дж., Луедде Т., Селлге Дж. (июнь 2015 г.). «Билиарный барьер слизистой оболочки и микробиом» . Висзералмедизин . 31 (3): 156–61. doi : 10.1159/000431071 (неактивен 25 июня 2024 г.). ПМК   4569210 . ПМИД   26468308 . {{cite journal}}: CS1 maint: DOI неактивен по состоянию на июнь 2024 г. ( ссылка )
  103. ^ Ю Б, Ю Б, Ю Л (июнь 2020 г.). «Комментарий: сочетание гигиены и чистоты: новый взгляд на микробиом человека» . Индийский журнал микробиологии . 60 (2): 259–261. дои : 10.1007/s12088-020-00863-w . ПМК   7105528 . ПМИД   32255860 .
  104. ^ Коупленд CS. Мир внутри нас: здоровье и микробиом человека. Журнал здравоохранения Нового Орлеана, сентябрь-октябрь 2017 г.
  105. ^ Хонда К, Литтман Д.Р. (июль 2016 г.). «Микробиота в адаптивном иммунном гомеостазе и заболеваниях». Природа . 535 (7610): 75–84. Бибкод : 2016Natur.535...75H . дои : 10.1038/nature18848 . ПМИД   27383982 . S2CID   4461492 .
  106. ^ «Метаболиты сыворотки, отражающие альфа-разнообразие микробиома кишечника, предсказывают диабет 2 типа» . Метаболон . Проверено 3 ноября 2022 г.
  107. ^ Любакка А., Вон Б.П. (июль 2016 г.). «Инфекция Clostridium difficile и трансплантация фекальной микробиоты» . Расширенная интенсивная терапия AACN . 27 (3): 324–337. дои : 10.4037/aacnacc2016703 . ПМЦ   5666691 . ПМИД   27959316 .
  108. ^ Бертон Дж. Х., Джонсон М., Джонсон Дж., Ся Д.С., Гринуэй Флорида, Хейман М.Л. (июль 2015 г.). «Добавление модулятора желудочно-кишечного микробиома к метформину улучшает толерантность к метформину и уровень глюкозы натощак» . Журнал науки и технологий о диабете . 9 (4): 808–14. дои : 10.1177/1932296815577425 . ПМЦ   4525649 . ПМИД   25802471 .
  109. ^ Перейти обратно: а б Баккен Дж.С., Бороди Т., Брандт Л.Дж., Брилл Дж.В., Демарко Д.С., Францос М.А. и др. (декабрь 2011 г.). «Лечение инфекции Clostridium difficile трансплантацией фекальной микробиоты» . Клиническая гастроэнтерология и гепатология . 9 (12): 1044–9. дои : 10.1016/j.cgh.2011.08.014 . ПМЦ   3223289 . ПМИД   21871249 .
  110. ^ Гоф Э., Шейх Х., Мангес А.Р. (ноябрь 2011 г.). «Систематический обзор трансплантации кишечной микробиоты (фекальной бактериотерапии) при рецидивирующей инфекции Clostridium difficile» . Клинические инфекционные болезни . 53 (10): 994–1002. дои : 10.1093/cid/cir632 . ПМИД   22002980 .
  111. ^ Браун WR (август 2014 г.). «Трансплантация фекальной микробиоты при лечении инфекции Clostridium difficile». Журнал пищеварительных заболеваний . 15 (8): 405–8. дои : 10.1111/1751-2980.12160 . ПМИД   24825534 . S2CID   44651256 .
  112. ^ Берк К.Е., Ламонт Дж.Т. (август 2013 г.). «Трансплантация кала при рецидивирующей инфекции Clostridium difficile у пожилых людей: обзор» . Журнал Американского гериатрического общества . 61 (8): 1394–8. дои : 10.1111/jgs.12378 . ПМИД   23869970 . S2CID   34998497 .
  113. ^ Дреконья Д., Райх Дж., Гезахегн С., Грир Н., Шаукат А., Макдональд Р. и др. (май 2015 г.). «Трансплантация фекальной микробиоты при инфекции Clostridium difficile: систематический обзор». Анналы внутренней медицины . 162 (9): 630–8. дои : 10,7326/м14-2693 . ПМИД   25938992 . S2CID   1307726 .
  114. ^ Брандт Л.Дж., Бороди Т.Дж., Кэмпбелл Дж. (сентябрь 2011 г.). «Эндоскопическая трансплантация фекальной микробиоты: лечение «первой линии» при тяжелой инфекции Clostridium difficile?» . Журнал клинической гастроэнтерологии . 45 (8): 655–7. дои : 10.1097/MCG.0b013e3182257d4f . ПМИД   21716124 . S2CID   2508836 .
  115. ^ Келли Ч.Р., де Леон Л., Ясуткар Н. (февраль 2012 г.). «Трансплантация фекальной микробиоты при рецидиве инфекции Clostridium difficile у 26 пациентов: методология и результаты». Журнал клинической гастроэнтерологии . 46 (2): 145–9. дои : 10.1097/MCG.0b013e318234570b . ПМИД   22157239 . S2CID   30849491 .
  116. ^ Перейти обратно: а б с д и ж г час Гарретт WS (апрель 2015 г.). «Рак и микробиота» . Наука . 348 (6230): 80–6. Бибкод : 2015Sci...348...80G . дои : 10.1126/science.aaa4972 . ПМЦ   5535753 . ПМИД   25838377 .
  117. ^ Перейти обратно: а б с д Ганьер Дж., Райш Дж., Везиант Дж., Барнич Н., Бонне Р., Бук Е. и др. (январь 2016 г.). «Дисбаланс кишечной микробиоты и колоректальный рак» . Всемирный журнал гастроэнтерологии . 22 (2): 501–18. дои : 10.3748/wjg.v22.i2.501 . ПМК   4716055 . ПМИД   26811603 .
  118. ^ Перейти обратно: а б Сартор Р.Б., Мазманян С.К. (июль 2012 г.). «Кишечные микробы при воспалительных заболеваниях кишечника». Американский журнал гастроэнтерологических добавок . 1 (1): 15–21. дои : 10.1038/ajgsup.2012.4 .
  119. ^ Держите Г.Л., Смит М., Грейндж С., Ватт Э.Р., Эль-Омар Э.М., Мухопадья I (февраль 2014 г.). «Роль кишечной микробиоты в патогенезе воспалительных заболеваний кишечника: что мы узнали за последние 10 лет?» . Всемирный журнал гастроэнтерологии . 20 (5): 1192–210. дои : 10.3748/wjg.v20.i5.1192 . ПМК   3921503 . ПМИД   24574795 .
  120. ^ Перейти обратно: а б Зильберман-Шапира Г., Змора Н., Итав С., Башиард С., Элинав Х., Элинав Е. (июнь 2016 г.). «Микробиом кишечника при инфекции вируса иммунодефицита человека» . БМК Медицина . 14 (1): 83. дои : 10.1186/s12916-016-0625-3 . ПМЦ   4891875 . ПМИД   27256449 .
  121. ^ Петрова М.И., ван ден Брук М., Бальзарини Дж., Вандерлейден Дж., Лебир С. (сентябрь 2013 г.). «Вагинальная микробиота и ее роль в передаче и инфекции ВИЧ». Обзоры микробиологии FEMS . 37 (5): 762–92. дои : 10.1111/1574-6976.12029 . ПМИД   23789590 . S2CID   32045698 .
  122. ^ Перейти обратно: а б Сато Ю, Атараши К, Плихта Д.Р., Араи Ю, Сасаджима С., Кирни С.М., Суда В., Такешита К., Сасаки Т., Окамото С., Скелли А.Н., Окамура Ю., Вламакис Х., Ли Ю., Таноуэ Т., Такей Х., Ниттоно Х. , Нарушима С, Ири Дж, Ито Х, Мория К, Сугиура Ю, Суэмацу М, Моритоки Н, Шибата С, Литтман Д.Р., Фишбах М.А., Увамино Ю, Иноуэ Т, Хонда А, Хаттори М, Мурай Т, Ксавьер Р.Дж., Хиросе Н., Хонда К. Новые пути биосинтеза желчных кислот обогащены микробиомом долгожителей. Природа. Ноябрь 2021 г.;599(7885):458-464. doi: 10.1038/s41586-021-03832-5. Epub, 29 июля 2021 г. PMID 34325466.
  123. ^ Интальята C (22 декабря 2016 г.). « Некробиом» показывает время смерти трупа . Научный американец . Проверено 26 марта 2018 г.
  124. ^ Янг Э (10 декабря 2015 г.). «Знакомьтесь с некробиомом: волны микробов, которые съедят ваш труп» . Атлантика . Проверено 26 марта 2018 г.
  125. ^ Хармон К. (16 декабря 2009 г.). «Ошибки внутри: что происходит, когда микробы, которые поддерживают наше здоровье, исчезают?» . Научный американец . Проверено 27 декабря 2008 г.
  126. ^ Перейти обратно: а б Хитч, Томас, Калифорния; Холл, Линдси Дж.; Уолш, Сара Кейт; Левенталь, Габриэль Э.; Слэк, Эмма; де Воутерс, Томас; Уолтер, Йенс; Клавель, Томас (июнь 2022 г.). «Вмешательства на основе микробиома для модуляции экологии кишечника и иммунной системы» . Иммунология слизистой оболочки . 15 (6): 1095–1113. дои : 10.1038/s41385-022-00564-1 . ISSN   1935-3456 . ПМК   9705255 . ПМИД   36180583 .
  127. ^ Ю, Босуан; Ю, Боуэй; Ю, Лиген (июнь 2020 г.). «Комментарий: сочетание гигиены и чистоты: новый взгляд на микробиом человека» . Индийский журнал микробиологии . 60 (2): 259–261. дои : 10.1007/s12088-020-00863-w . ISSN   0046-8991 . ПМК   7105528 . ПМИД   32255860 .
  128. ^ Роберфруа, Марсель; Гибсон, Гленн Р.; Хойлс, Лесли; Маккартни, Энн Л.; Расталл, Роберт; Роуленд, Ян; Вулверс, Даниэль; Ватцль, Бернхард; Шаевска, Ханя; Шталь, Бернд; Гуарнер, Франциско; Респондек, Фредерик; Уилан, Кевин; Коксам, Вероника; Давикко, Мари-Жанна (август 2010 г.). «Пребиотические эффекты: польза для обмена веществ и здоровья» . Британский журнал питания . 104 (Приложение 2): С1–63. дои : 10.1017/S0007114510003363 . ISSN   1475-2662 . ПМИД   20920376 .
  129. ^ Алли, Саулиха Р.; Горбовская, Илона; Лю, Джонатан CW; Колла, Натан Дж.; Браун, Лиза; Мюллер, Дэниел Дж. (19 апреля 2022 г.). «Микробиом кишечника при депрессии и потенциальная польза пребиотиков, пробиотиков и синбиотиков: систематический обзор клинических испытаний и наблюдательных исследований» . Международный журнал молекулярных наук . 23 (9): 4494. doi : 10.3390/ijms23094494 . ISSN   1422-0067 . ПМК   9101152 . ПМИД   35562885 .
  130. ^ Чжоу, Сию; Цуй, Ин; Чжан, Юн; Чжао, Тяньюй; Конг, Цзин (8 марта 2023 г.). «Трансплантация фекальной микробиоты для индукции ремиссии болезни Крона: систематический обзор и метаанализ» . Международный журнал колоректальных заболеваний . 38 (1): 62. дои : 10.1007/s00384-023-04354-4 . ISSN   1432-1262 . ПМИД   36882658 .
  131. ^ Каллеварт, Крис; Кнедльседер, Настасья; Кароглан, Анте; Гуэль, Марк; Петцольд, Бернхард (1 января 2021 г.). «Трансплантация и манипуляции с микробиомом кожи: современное состояние» . Журнал вычислительной и структурной биотехнологии . 19 : 624–631. дои : 10.1016/j.csbj.2021.01.001 . ISSN   2001-0370 . ПМК   7806958 . ПМИД   33510866 .
  132. ^ Макдоннелл, Люси; Гилкс, Александр; Эшворт, Марк; Роуленд, Виктория; Харрис, Тимоти Хью; Армстронг, Дэвид; Уайт, Патрик (2021). «Связь между антибиотиками и дисбактериозом кишечного микробиома у детей: систематический обзор и метаанализ» . Кишечные микробы . 13 (1): 1–18. дои : 10.1080/19490976.2020.1870402 . ISSN   1949-0984 . ПМЦ   7928022 . ПМИД   33651651 .
  133. ^ Монда, Винченцо; Виллано, Инес; Мессина, Антониетта; Валенцано, Анна; Эспозито, Тереза; Москателли, Фьоренцо; Виджано, Андреа; Чибелли, Джузеппе; Шеффи, Серджио; Монда, Марчеллино; Мессина, Джованни (5 марта 2017 г.). «Упражнения изменяют микробиоту кишечника с положительным эффектом для здоровья» . Окислительная медицина и клеточное долголетие . 2017 : e3831972. дои : 10.1155/2017/3831972 . ISSN   1942-0900 . ПМЦ   5357536 . ПМИД   28357027 .
  134. ^ Почта, Люси Дж.; Аллен, Джейкоб М.; Буфорд, Томас В.; Филдс, Кристофер Дж.; Вудс, Джеффри А. (апрель 2019 г.). «Упражнения и кишечный микробиом: обзор данных, потенциальных механизмов и последствий для здоровья человека» . Обзоры физических упражнений и спортивных наук . 47 (2): 75–85. doi : 10.1249/JES.0000000000000183 . ISSN   0091-6331 . ПМИД   30883471 . S2CID   83461620 .
  135. ^ Итак, Дэниел; Уилан, Кевин; Росси, Меган; Моррисон, Марк; Хольтманн, Джеральд; Келли, Джеймон Т.; Шанахан, Эрин Р.; Штаудахер, Хайди М.; Кэмпбелл, Катрина Л. (1 июня 2018 г.). «Вмешательство пищевых волокон в состав микробиоты кишечника у здоровых взрослых: систематический обзор и метаанализ» . Американский журнал клинического питания . 107 (6): 965–983. doi : 10.1093/ajcn/nqy041 . hdl : 10536/DRO/DU:30117355 . ISSN   1938-3207 . ПМИД   29757343 .
  136. ^ Хо, Нхан Т.; Ли, Фан; Ли-Сарвар, Кэтлин А.; Тун, Хейн М.; Браун, Брайан П.; Паннарадж, Пиа С.; Бендер, Джеффри М.; Азад, Меган Б.; Томпсон, Аманда Л.; Вайс, Скотт Т.; Аскарат-Перил, М. Андреа; Литонхуа, Аугусто А.; Козырский, Анита Л.; Джаспан, Хизер Б.; Альдрованди, Грейс М. (9 октября 2018 г.). «Метаанализ влияния исключительно грудного вскармливания на микробиоту кишечника младенцев в разных популяциях» . Природные коммуникации . 9 (1): 4169. Бибкод : 2018NatCo...9.4169H . дои : 10.1038/s41467-018-06473-x . ISSN   2041-1723 . ПМК   6177445 . ПМИД   30301893 .
  137. ^ Лозупоне, Кэтрин А.; Стомбо, Джесси; Гонсалес, Антонио; Акерманн, Гейл; Вендел, Дуг; Васкес-Баэса, Йошики; Янссон, Джанет К.; Гордон, Джеффри И.; Найт, Роб (октябрь 2013 г.). «Метаанализ исследований микробиоты человека» . Геномные исследования . 23 (10): 1704–1714. дои : 10.1101/гр.151803.112 . ISSN   1549-5469 . ПМЦ   3787266 . ПМИД   23861384 .
  138. ^ «Комплексное профилирование передачи микробов через рот и кишечник от человека к человеку» . Новости-Medical.net . 20 января 2023 года. Архивировано из оригинала 16 февраля 2023 года . Проверено 16 февраля 2023 г.
  139. ^ Валлес-Коломер, Мирейя; Бланко-Мигес, Айтор; Манги, Паоло; и др. (февраль 2023 г.). «Способ передачи микробиомов кишечника и полости рта от человека к человеку» . Природа . 614 (7946): 125–135. Бибкод : 2023Natur.614..125V . дои : 10.1038/s41586-022-05620-1 . ISSN   1476-4687 . ПМК   9892008 . ПМИД   36653448 .
  140. ^ Перейти обратно: а б Вангай П., Джонсон А.Дж., Уорд Т.Л., Аль-Галит Г.А., Шилдс-Катлер Р.Р., Хиллманн Б.М. и др. (ноябрь 2018 г.). «Иммиграция в США вестернизирует микробиом кишечника человека» . Клетка . 175 (4): 962–972.e10. дои : 10.1016/j.cell.2018.10.029 . ПМК   6498444 . ПМИД   30388453 .
  141. ^ Перейти обратно: а б Каплан Р.К., Ван З., Усик М., Сотрес-Альварес Д., Давиглус М.Л., Шнайдерман Н. и др. (ноябрь 2019 г.). «Состав кишечного микробиома в исследовании здоровья латиноамериканцев / исследовании латиноамериканцев формируется под влиянием географического переселения, факторов окружающей среды и ожирения» . Геномная биология . 20 (1): 219. дои : 10.1186/s13059-019-1831-z . ПМК   6824043 . ПМИД   31672155 .
  142. ^ Мораис, Сара; Винклер, Сара; Зорея, Альва; Левин, Лирон; Нагиес, ​​Фальк С.П.; Капуст, Нильс; Ламед, Ева; Артан-Фурман, Авиталь; Болам, Дэвид Н.; Ядав, Мадхав П.; Байер, Эдвард А.; Мартин, Уильям Ф.; Мизрахи, Ицхак (15 марта 2024 г.). «Загадочное разнообразие кишечных бактерий, разлагающих целлюлозу, у промышленно развитых людей» . Наука . 383 (6688): eadj9223. Бибкод : 2024Sci...383j9223M . дои : 10.1126/science.adj9223 . ISSN   0036-8075 . ПМЦ   7615765 . ПМИД   38484069 .
  143. ^ Стюарт2024-03-14T18:00:00+00:00, Линда. «Кишечные бактерии, разлагающие целлюлозу, обнаружены в кишечнике человека, хотя в промышленно развитых странах их уровень ниже» . Микробиолог . Проверено 24 марта 2024 г. {{cite web}}: CS1 maint: числовые имена: список авторов ( ссылка )
[ редактировать ]
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Human_microbiome&oldid=1238071188"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: b91fc85c08c7451a4dd96059828da57a__1722544860
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/b9/7a/b91fc85c08c7451a4dd96059828da57a.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Human microbiome - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)