✖


Jump to content

Системная биология

(Перенаправлено из Молекулярной физиологии )
Сложные системы
Темы
Самоорганизация
Коллективное поведение
Сети
Эволюция и адаптация
Формирование узора
Теория систем и кибернетика
Нелинейная динамика
Теория игр
Иллюстрация системного подхода к биологии.

Системная биология — это вычислительный и математический анализ и моделирование сложных биологических систем . Это междисциплинарная область исследований, основанная на биологии , которая фокусируется на сложных взаимодействиях внутри биологических систем с использованием целостного подхода ( холизма вместо более традиционного редукционизма ) к биологическим исследованиям. [1]

В частности, начиная с 2000 года, эта концепция широко использовалась в биологии в самых разных контекстах. Проект «Геном человека» является примером прикладного системного мышления в биологии, которое привело к новым совместным способам работы над проблемами в области биологической генетики. [2] Одной из целей системной биологии является моделирование и обнаружение эмерджентных свойств , свойств клеток , тканей и организмов, функционирующих как система , теоретическое описание которых возможно только с использованием методов системной биологии. [1] [3] Обычно они включают метаболические сети или клеток . сигнальные сети [1] [4]

Обзор [ править ]

Системную биологию можно рассматривать с нескольких различных аспектов.

В качестве области исследования, в частности, изучение взаимодействий между компонентами биологических систем и того, как эти взаимодействия приводят к функционированию и поведению этой системы (например, ферменты и метаболиты в метаболическом пути или сердцебиение). ). [5] [6] [7]

Как парадигму системную биологию обычно определяют в противоположность так называемой редукционистской парадигме ( биологической организации ), хотя она согласуется с научным методом . Различие между двумя парадигмами упоминается в этих цитатах: « Редукционистский подход успешно определил большинство компонентов и многие взаимодействия, но, к сожалению, не предлагает убедительных концепций или методов для понимания того, как возникают свойства системы... плюрализм Причины и следствия в биологических сетях лучше решать путем наблюдения с помощью количественных измерений за несколькими компонентами одновременно и путем строгой интеграции данных с математическими моделями». (Зауэр и др. ) [8] «Системная биология... занимается объединением, а не разъединением, интеграцией, а не редукцией. Она требует, чтобы мы разработали способы мышления об интеграции, которые были бы такими же строгими, как наши редукционистские программы, но отличались бы... Это означает изменение нашей философии. в полном смысле этого слова». ( Денис Ноубл ) [7]

В качестве серии операционных протоколов , используемых для проведения исследований, а именно цикла, состоящего из теории, аналитического или компьютерного моделирования для предложения конкретных проверяемых гипотез о биологической системе, экспериментальной проверки, а затем использования вновь полученного количественного описания клеток или клеточных процессов для уточнения. вычислительная модель или теория. [9] Поскольку целью является модель взаимодействий в системе, экспериментальные методы, которые больше всего подходят для системной биологии, являются общесистемными и стараются быть как можно более полными. Поэтому транскриптомика , метаболомика , протеомика и высокопроизводительные методы используются для сбора количественных данных для построения и проверки моделей. [10]

Как приложение теории динамических систем к молекулярной биологии . Действительно, сосредоточенность на динамике изучаемых систем является основным концептуальным отличием системной биологии от биоинформатики . [11]

Как социально-научное явление, определяемое стратегией интеграции сложных данных о взаимодействиях в биологических системах из различных экспериментальных источников с использованием междисциплинарных инструментов и персонала. [12]

История [ править ]

Хотя концепция системного взгляда на клеточные функции была хорошо понята, по крайней мере, с 1930-х годов, [13] технологические ограничения затрудняли проведение общесистемных измерений. Появление технологии микрочипов в 1990-х годах открыло совершенно новые возможности для изучения клеток на системном уровне. В 2000 году в Сиэтле был основан Институт системной биологии с целью привлечь людей «вычислительного» типа, которых, как считалось, не привлекала академическая среда университета. У института не было четкого определения того, чем на самом деле была эта область: примерное объединение людей из разных областей для использования компьютеров для целостного изучения биологии новыми способами. [14] Кафедра системной биологии Гарвардской медицинской школы была открыта в 2003 году. [15] В 2006 году было предсказано, что ажиотаж, вызванный «очень модной» новой концепцией, приведет к тому, что всем крупным университетам понадобятся факультеты системной биологии, таким образом, появится карьера, доступная для выпускников с хоть какими-то способностями в компьютерном программировании и биологии. [14] В 2006 году Национальный научный фонд поставил задачу построить математическую модель всей клетки. [ нужна ссылка ] первая цельноклеточная модель Mycoplasmagentium В 2012 году в лаборатории Карра Медицинской школы Маунт-Синай в Нью-Йорке была создана . Цельноклеточная модель способна предсказать жизнеспособность клеток M. Genitalium в ответ на генетические мутации. [16]

Более ранним предшественником системной биологии, как отдельной дисциплины, возможно, был системный теоретик Михайло Месарович в 1966 году на международном симпозиуме в Технологическом институте Кейса в Кливленде , штат Огайо, под названием «Теория систем и биология» . Месарович предсказал, что, возможно, в будущем появится такая вещь, как «системная биология». [17] [18] Другими ранними предшественниками, которые придерживались мнения, что биологию следует анализировать как систему, а не как простой набор частей, были «Анализ метаболического контроля» , разработанный Хенриком Качером и Джимом Бернсом. [19] позже тщательно переработанный, [20] и Рейнхарт Генрих и Том Рапопорт , [21] и теория биохимических систем, разработанная Майклом Сэвиджо. [22] [23] [24]

По словам Роберта Розена в 1960-х годах, к началу 20-го века целостная биология ушла в прошлое, поскольку стала популярной эмпирическая наука, в которой доминировала молекулярная химия. [18] Вторя ему сорок лет спустя, в 2006 году, Клинг пишет, что успех молекулярной биологии на протяжении 20-го века подавил целостные вычислительные методы. [14] К 2011 году Национальные институты здравоохранения выделили гранты на поддержку более десяти центров системной биологии в Соединенных Штатах. [25] но к 2012 году Хантер пишет, что системной биологии еще предстоит что-то сделать, чтобы полностью раскрыть свой потенциал. Тем не менее, сторонники надеялись, что в будущем это может оказаться более полезным. [26]

Показывает тенденции в исследованиях системной биологии. С 1992 по 2013 год количество статей о разработке баз данных увеличилось. Количество статей об алгоритмах менялось, но оставалось довольно стабильным. Количество статей о сетевых свойствах и статей о разработке программного обеспечения оставалось на низком уровне, но примерно в середине периода 1992–2013 годов наблюдался рост. Количество статей по анализу метаболических потоков уменьшилось с 1992 по 2013 год. В 1992 году наиболее цитировались статьи об алгоритмах, уравнениях, моделировании и симуляции. В 2012 году наиболее цитируемыми были статьи по разработке баз данных.
Показывает тенденции в исследованиях в области системной биологии, представляя количество статей из 30 наиболее цитируемых статей по системной биологии за это время, которые включают конкретную тему. [27]

Важной вехой в развитии системной биологии стал международный проект Physiome . [ нужна ссылка ]

Связанные дисциплины [ править ]

Обзор передачи сигнала путей

Согласно интерпретации системной биологии как использования больших наборов данных с использованием междисциплинарных инструментов, типичным применением является метаболомика , которая представляет собой полный набор всех продуктов метаболизма, метаболитов , в системе на уровне организма, клетки или ткани. [28]

Элементы, которые могут представлять собой компьютерную базу данных, включают: феномику организма , вариации фенотипа по мере его изменения в течение его жизни; геномика , последовательность дезоксирибонуклеиновой кислоты (ДНК) организма, включая внутриклеточные специфичные вариации. (т.е. теломер изменение длины ); эпигеномика / эпигенетика , организменные и соответствующие клеточно-специфичные транскриптомные регулирующие факторы, не закодированные эмпирически в геномной последовательности. (т.е. метилирование ДНК , ацетилирование и деацетилирование гистонов и т.д.); транскриптомика в организмах, тканях или целых клетках экспрессии генов , измерения с помощью микрочипов ДНК или серийный анализ экспрессии генов ; интерферомика , корректирующие факторы транскрипта на организменном, тканевом или клеточном уровне (т.е. РНК-интерференция ), протеомика , измерения белков и пептидов на организменном, тканевом или клеточном уровне с помощью двумерного гель-электрофореза , масс-спектрометрии или методов многомерной идентификации белков. (современные ВЭЖХ системы в сочетании с масс-спектрометрией ). Поддисциплины включают в себя фосфопротеомика , гликопротеомика и другие методы обнаружения химически модифицированных белков; гликомические , организменные, тканевые или клеточные измерения углеводов ; липидомика на организменном, тканевом или клеточном уровне , измерение липидов . [ нужна ссылка ]

Также изучаются молекулярные взаимодействия внутри клетки, это называется интерактомикой . [29] Дисциплиной в этой области исследований являются белок-белковые взаимодействия , хотя интерактомика включает взаимодействия других молекул. [ нужна ссылка ] Нейроэлектродинамика , где вычислительная функция компьютера или мозга как динамической системы изучается наряду с его (био)физическими механизмами; [30] и флюксомика — измерение скорости метаболических реакций в биологической системе (клетке, ткани или организме). [28]

При подходе к проблеме системной биологии существует два основных подхода. Это подходы «сверху вниз» и «снизу вверх». Подход «сверху вниз» учитывает как можно большую часть системы и во многом опирается на экспериментальные результаты. Метод RNA-Seq является примером экспериментального подхода «сверху вниз». И наоборот, подход «снизу вверх» используется для создания подробных моделей с включением экспериментальных данных. Примером подхода «снизу вверх» является использование схемных моделей для описания простой генной сети. [31]

Различные технологии, используемые для отслеживания динамических изменений в мРНК, белках и посттрансляционных модификациях. Механобиология , силы и физические свойства во всех масштабах, их взаимодействие с другими регуляторными механизмами; [32] биосемиотика , анализ системы знаковых отношений организма или других биосистем; Физиомика — систематическое изучение физиомы в биологии.

Системная биология рака является примером подхода системной биологии, который можно отличить по конкретному объекту исследования ( онкогенез и лечение рака ). Он работает с конкретными данными (образцы пациентов, данные высокой пропускной способности с особым вниманием к характеристикам генома рака в образцах опухолей пациентов) и инструментами (иммортализованные линии раковых клеток , мышиные модели онкогенеза, модели ксенотрансплантатов , методы высокопроизводительного секвенирования , миРНК- на основе нокдауна генов высокопроизводительные скрининги , компьютерное моделирование последствий соматических мутаций и нестабильности генома ). [33] Долгосрочной целью системной биологии рака является способность лучше диагностировать рак, классифицировать его и лучше прогнозировать результат предлагаемого лечения, что является основой персонализированной медицины рака и виртуального онкологического пациента в более отдаленной перспективе. Значительные усилия в вычислительной системной биологии рака были предприняты для создания реалистичных многомасштабных in silico моделей различных опухолей. [34]

Подход системной биологии часто предполагает разработку механистических моделей, таких как реконструкция динамических систем на основе количественных свойств их элементарных строительных блоков. [35] [36] [37] [38] Например, сотовую сеть можно смоделировать математически, используя методы химической кинетики. [39] и теория управления . Из-за большого количества параметров, переменных и ограничений в сотовых сетях часто используются численные и вычислительные методы (например, анализ баланса потоков ). [37] [39]

Биоинформатика и анализ данных [ править ]

Другие аспекты информатики, информатики и статистики также используются в системной биологии. К ним относятся новые формы вычислительных моделей, такие как использование исчисления процессов для моделирования биологических процессов (известные подходы включают стохастическое π-исчисление , BioAmbients, Beta Binders, BioPEPA и исчисление Брана) и ограничений моделирование на основе ; интеграция информации из литературы с использованием методов извлечения информации и интеллектуального анализа текста ; [40] разработка онлайн-баз данных и хранилищ для обмена данными и моделями, подходов к интеграции баз данных и совместимости программного обеспечения посредством слабой связи программного обеспечения, веб-сайтов и баз данных или коммерческих костюмов; сетевые подходы для анализа многомерных наборов геномных данных. Например, анализ сети взвешенной корреляции часто используется для идентификации кластеров (называемых модулями), моделирования взаимосвязей между кластерами, расчета нечетких показателей членства в кластере (модуле), идентификации внутримодульных узлов и для изучения сохранения кластеров в других наборах данных; методы анализа омических данных, основанные на путях, например, подходы к идентификации и оценке путей с различной активностью их генов, белков или метаболитов. [41] Большая часть анализа наборов геномных данных также включает выявление корреляций. Кроме того, поскольку большая часть информации поступает из разных областей, необходима разработка синтаксически и семантически обоснованных способов представления биологических моделей. [42]

Создание биологических моделей [ править ]

Простая петля отрицательной обратной связи с тремя белками, смоделированная дифференциальными кинетическими уравнениями действия масс. Каждое взаимодействие белков описывается реакцией Михаэлиса-Ментен. [43]

Исследователи начинают с выбора биологического пути и построения диаграмм всех белковых, генных и/или метаболических путей. После определения всех взаимодействий кинетика действующих масс или законы кинетической скорости ферментов для описания скорости реакций в системе используются . Используя закон сохранения массы, можно построить дифференциальные уравнения биологической системы. Можно провести эксперименты или подобрать параметры, чтобы определить значения параметров, которые будут использоваться в дифференциальных уравнениях . [44] Эти значения параметров будут различными кинетическими константами, необходимыми для полного описания модели. Эта модель определяет поведение видов в биологических системах и дает новое представление о конкретной деятельности системы. Иногда невозможно собрать все скорости реакций системы. Неизвестные скорости реакции определяются путем моделирования модели известных параметров и целевого поведения, которая обеспечивает возможные значения параметров. [45] [43]

Использование методов реконструкции и анализа на основе ограничений (COBRA) стало популярным среди системных биологов для моделирования и прогнозирования метаболических фенотипов с использованием моделей масштаба генома. Одним из методов является подход анализа баланса потоков (FBA), с помощью которого можно изучать биохимические сети и анализировать поток метаболитов через определенную метаболическую сеть путем оптимизации интересующей целевой функции (например, максимизации производства биомассы для прогнозирования роста). . [46]

График зависимости концентрации от времени для простой петли отрицательной обратной связи из трех белков. Все параметры установлены на 0 или 1 для начальных условий. Реакции позволяют протекать до тех пор, пока она не достигнет равновесия. Этот график показывает изменение каждого белка с течением времени.

См. также [ править ]

Ссылки [ править ]

  1. ^ Jump up to: Перейти обратно: а б с Тавассоли, Иман; Гольдфарб, Джозеф; Айенгар, Рави (04 октября 2018 г.). «Букварь по системной биологии: основные методы и подходы». Очерки по биохимии . 62 (4): 487–500. дои : 10.1042/EBC20180003 . ISSN   0071-1365 . ПМИД   30287586 . S2CID   52922135 .
  2. ^ Зеваил, Ахмед (2008). Физическая биология: от атомов к медицине . Издательство Имперского колледжа. п. 339.
  3. ^ Лонго, Джузеппе; Монтевиль, Маэль (2014). Перспективы организмов — Спрингер . Конспект лекций по морфогенезу. дои : 10.1007/978-3-642-35938-5 . ISBN  978-3-642-35937-8 . S2CID   27653540 .
  4. ^ Бу Зи, Callaway DJ (2011). «Белки ДВИГАЮТСЯ! Динамика белков и дальняя аллостерия в передаче сигналов в клетках». Структура белка и болезни . Достижения в области химии белков и структурной биологии. Том. 83. стр. 163–221. дои : 10.1016/B978-0-12-381262-9.00005-7 . ISBN  978-0-123-81262-9 . ПМИД   21570668 .
  5. ^ Снуп, Джеки Л; Вестерхофф, Ганс В. (2005). «От изоляции к интеграции: подход системной биологии к созданию кремниевой ячейки». В Альбергине, Лилия; Вестерхофф, Ганс В. (ред.). Системная биология: определения и перспективы . Темы современной генетики. Том. 13. Берлин: Шпрингер-Верлаг. стр. 13–30. дои : 10.1007/b106456 . ISBN  978-3-540-22968-1 .
  6. ^ «Системная биология: наука XXI века» . Институт системной биологии . Проверено 15 июня 2011 г.
  7. ^ Jump up to: Перейти обратно: а б Благородный, Денис (2006). Музыка жизни: Биология за пределами генома . Оксфорд: Издательство Оксфордского университета. п. 176. ИСБН  978-0-19-929573-9 .
  8. ^ Зауэр, Уве; Хайнеманн, Матиас; Замбони, Никола (27 апреля 2007 г.). «Генетика: приближаясь к полной картине» . Наука . 316 (5824): 550–551. дои : 10.1126/science.1142502 . ПМИД   17463274 . S2CID   42448991 .
  9. ^ Холоденко Борис Н; Сауро, Герберт М (2005). «Механистический и модульный подходы к моделированию и выводу клеточных регуляторных сетей». В Альбергине, Лилия; Вестерхофф, Ганс В. (ред.). Системная биология: определения и перспективы . Темы современной генетики. Том. 13. Берлин: Шпрингер-Верлаг. стр. 357–451. дои : 10.1007/b136809 . ISBN  978-3-540-22968-1 .
  10. ^ Кьяра Ромуальди; Джероламо Ланфранки (2009). «Статистические инструменты для анализа экспрессии генов и системной биологии и соответствующие веб-ресурсы». Стивен Кравец (ред.). Биоинформатика для системной биологии (2-е изд.). Хумана Пресс. стр. 181–205. дои : 10.1007/978-1-59745-440-7_11 . ISBN  978-1-59745-440-7 .
  11. ^ Войт, Эберхард (2012). Первый курс системной биологии . Гирляндная наука. ISBN  9780815344674 .
  12. ^ Байталук, М. (2009). «Системная биология регуляции генов». Биомедицинская информатика . Методы молекулярной биологии. Том. 569. стр. 55–87. дои : 10.1007/978-1-59745-524-4_4 . ISBN  978-1-934115-63-3 . ПМИД   19623486 .
  13. ^ Райт, Сьюэлл (1934). «Физиологические и эволюционные теории доминирования» . Американский натуралист . стр. 24–53.
  14. ^ Jump up to: Перейти обратно: а б с Клинг, Джим (3 марта 2006 г.). «Работа с системами» . Наука . Проверено 15 июня 2011 г.
  15. ^ «HMS открывает новый отдел по изучению системной биологии» . Гарвардская газета. 23 сентября 2003 г.
  16. ^ Карр, Джонатан Р.; Сангви, Джайодита К.; Маклин, Дерек Н.; Гучоу, Мириам В.; Джейкобс, Джаред М.; Боливаль, Бенджамин; Асад-Гарсия, Насира; Гласс, Джон И.; Коверт, Маркус В. (июль 2012 г.). «Целоклеточная вычислительная модель предсказывает фенотип на основе генотипа» . Клетка . 150 (2): 389–401. дои : 10.1016/j.cell.2012.05.044 . ПМЦ   3413483 . ПМИД   22817898 .
  17. ^ Месарович, Михаил Д. (1968). Теория систем и биология . Берлин: Springer-Verlag.
  18. ^ Jump up to: Перейти обратно: а б Розен, Роберт (5 июля 1968 г.). «Средство к новому холизму». Наука . 161 (3836): 34–35. Бибкод : 1968Sci...161...34M . дои : 10.1126/science.161.3836.34 . JSTOR   1724368 .
  19. ^ Качер, Х; Бернс, Дж. А. (1973). «Контроль потока». Симпозиумы Общества экспериментальной биологии . 27 : 65–104. PMID   4148886 .
  20. ^ Качер, Х; Бернс, Дж.А.; Фелл, Д.А. (1995). «Контроль потока». Труды Биохимического общества . 23 (2): 341–366. дои : 10.1042/bst0230341 . ПМИД   7672373 .
  21. ^ Генрих, Р; Рапопорт, Т.А. (1974). «Линейная стационарная теория ферментативных цепей: общие свойства, контроль и эффекторная сила» . Европейский журнал биохимии . 42 (1): 89–95. дои : 10.1111/j.1432-1033.1974.tb03318.x . ПМИД   4830198 .
  22. ^ Саважо, Майкл А. (декабрь 1969 г.). «Журнал теоретической биологии» . 25 (3): 365–369. дои : 10.1016/S0022-5193(69)80026-3 . ПМИД   5387046 . {{cite journal}}: Для цитирования журнала требуется |journal= ( помощь )
  23. ^ Саважо, Майкл А. (декабрь 1969 г.). «Журнал теоретической биологии» . 25 (3): 370–379. дои : 10.1016/S0022-5193(69)80027-5 . ПМИД   5387047 . {{cite journal}}: Для цитирования журнала требуется |journal= ( помощь )
  24. ^ Саважо, Майкл А. (февраль 1970 г.). «Журнал теоретической биологии» . 26 (2): 215–226. дои : 10.1016/S0022-5193(70)80013-3 . ПМИД   5434343 . {{cite journal}}: Для цитирования журнала требуется |journal= ( помощь )
  25. ^ «Системная биология — Национальный институт общих медицинских наук» . Архивировано из оригинала 19 октября 2013 года . Проверено 12 декабря 2012 г.
  26. ^ Хантер, Филип (май 2012 г.). «Возвращение на Землю: даже если системная биология еще не оправдала своих обещаний, она уже созрела и вот-вот принесет свои первые результаты» . Отчеты ЭМБО . 13 (5): 408–411. дои : 10.1038/embor.2012.49 . ПМЦ   3343359 . ПМИД   22491028 .
  27. ^ Цзоу, Явен; Лаубихлер, Манфред Д. (25 июля 2018 г.). «От систем к биологии: вычислительный анализ исследовательских статей по системной биологии с 1992 по 2013 год» . ПЛОС ОДИН . 13 (7): e0200929. Бибкод : 2018PLoSO..1300929Z . дои : 10.1371/journal.pone.0200929 . ISSN   1932-6203 . ПМК   6059489 . ПМИД   30044828 .
  28. ^ Jump up to: Перейти обратно: а б Касканте, Марта; Марин, Сильвия (30 сентября 2008 г.). «Метаболомика и флюксомика подходы». Очерки по биохимии . 45 : 67–82. дои : 10.1042/bse0450067 . ISSN   0071-1365 . ПМИД   18793124 .
  29. ^ Кьюсик, Майкл Э.; Клитгорд, Нильс; Видаль, Марк; Хилл, Дэвид Э. (15 октября 2005 г.). «Интерактом: ворота в системную биологию» . Молекулярная генетика человека . 14 (дополнение_2): Р171–Р181. дои : 10.1093/hmg/ddi335 . ISSN   0964-6906 . ПМИД   16162640 .
  30. ^ Аур, Дориан (2012). «От нейроэлектродинамики к думающим машинам». Когнитивные вычисления . 4 (1): 4–12. дои : 10.1007/s12559-011-9106-3 . ISSN   1866-9956 . S2CID   12355069 .
  31. ^ Лоор, Хурам Шахзад и Хуан Дж. (31 июля 2012 г.). «Применение системных подходов сверху вниз и снизу вверх в физиологии и метаболизме жвачных животных» . Современная геномика . 13 (5): 379–394. дои : 10.2174/138920212801619269 . ПМК   3401895 . ПМИД   23372424 .
  32. ^ Спилл, Фабиан; Бакал, Крис; Мак, Майкл (2018). «Механическая и системная биология рака» . Журнал вычислительной и структурной биотехнологии . 16 : 237–245. arXiv : 1807.08990 . Бибкод : 2018arXiv180708990S . дои : 10.1016/j.csbj.2018.07.002 . ПМК   6077126 . ПМИД   30105089 .
  33. ^ Барийо, Эммануэль; Кальцоне, Лоуренс; Хюп, Филипп; Верт, Жан-Филипп; Зиновьев, Андрей (2012). Вычислительная системная биология рака . Чепмен и Холл / CRCМатематическая и вычислительная биология. п. 461. ИСБН  978-1439831441 .
  34. ^ Бирн, Хелен М. (2010). «Рассечение рака с помощью математики: от клетки к животной модели». Обзоры природы Рак . 10 (3): 221–230. дои : 10.1038/nrc2808 . ПМИД   20179714 . S2CID   24616792 .
  35. ^ Гарднер, Тимоти .С; ди Бернардо, Диего; Лоренц, Дэвид; Коллинз, Джеймс Дж. (4 июля 2003 г.). «Вывод о генетических сетях и идентификация сложного механизма действия посредством профилирования экспрессии». Наука . 301 (5629): 102–105. Бибкод : 2003Sci...301..102G . дои : 10.1126/science.1081900 . ПМИД   12843395 . S2CID   8356492 .
  36. ^ ди Бернардо, Диего; Томпсон, Майкл Дж.; Гарднер, Тимоти С.; Чобот, Сара Э.; Иствуд, Эрин Л.; Войтович, Эндрю П.; Эллиотт, Шон Дж.; Шаус, Скотт Э.; Коллинз, Джеймс Дж. (март 2005 г.). «Хемогеномное профилирование в масштабе всего генома с использованием реконструированных генных сетей». Природная биотехнология . 23 (3): 377–383. дои : 10.1038/nbt1075 . ПМИД   15765094 . S2CID   16270018 .
  37. ^ Jump up to: Перейти обратно: а б Тавассоли, Иман (2015). Динамика решения клеточной судьбы, опосредованная взаимодействием аутофагии и апоптоза в раковых клетках . Спрингеровские тезисы. Международное издательство Спрингер. дои : 10.1007/978-3-319-14962-2 . ISBN  978-3-319-14961-5 . S2CID   89307028 .
  38. ^ Коркут, А; Ван, В; Демир, Э; Аксой, Б.А.; Цзин, X; Молинелли, Э.Дж.; Бабур, О; Бемис, Д.Л.; Онур Шумер, С; Солит, Д.Б.; Пратилас, Калифорния; Сандер, К. (18 августа 2015 г.). «Биология возмущений определяет комбинации лекарств выше и ниже в клетках меланомы, устойчивых к ингибитору RAF» . электронная жизнь . 4 . doi : 10.7554/eLife.04640 . ПМЦ   4539601 . ПМИД   26284497 .
  39. ^ Jump up to: Перейти обратно: а б Гупта, Анкур; Роулингс, Джеймс Б. (апрель 2014 г.). «Сравнение методов оценки параметров в стохастических химико-кинетических моделях: примеры из системной биологии» . Журнал Айше . 60 (4): 1253–1268. дои : 10.1002/aic.14409 . ISSN   0001-1541 . ПМЦ   4946376 . ПМИД   27429455 .
  40. ^ Ананаду, София ; Келл, Дуглас; Цудзи, Дзюнъити (декабрь 2006 г.). «Интеллектуальный анализ текста и его потенциальные применения в системной биологии». Тенденции в биотехнологии . 24 (12): 571–579. дои : 10.1016/j.tibtech.2006.10.002 . ПМИД   17045684 .
  41. ^ Глааб, Энрико; Шнайдер, Рейнхард (2012). «PathVar: анализ вариабельности экспрессии генов и белков в клеточных путях с использованием данных микрочипов» . Биоинформатика . 28 (3): 446–447. doi : 10.1093/биоинформатика/btr656 . ПМЦ   3268235 . ПМИД   22123829 .
  42. ^ Бардини, Р.; Политано, Г.; Бенсо, А.; Ди Карло, С. (01 января 2017 г.). «Многоуровневые и гибридные подходы к моделированию в системной биологии» . Журнал вычислительной и структурной биотехнологии . 15 : 396–402. дои : 10.1016/j.csbj.2017.07.005 . ISSN   2001-0370 . ПМЦ   5565741 . ПМИД   28855977 .
  43. ^ Jump up to: Перейти обратно: а б Транструм, Марк К.; Цю, Пэн (17 мая 2016 г.). «Соединение механистических и феноменологических моделей сложных биологических систем» . PLOS Вычислительная биология . 12 (5): e1004915. arXiv : 1509.06278 . Бибкод : 2016PLSCB..12E4915T . дои : 10.1371/journal.pcbi.1004915 . ISSN   1553-7358 . ПМЦ   4871498 . ПМИД   27187545 .
  44. ^ Челлабойна, В.; Бхат, СП; Хаддад, ВМ; Бернштейн, DS (август 2009 г.). «Моделирование и анализ кинетики действия масс». Журнал IEEE Control Systems . 29 (4): 60–78. дои : 10.1109/MCS.2009.932926 . ISSN   1941-000X . S2CID   12122032 .
  45. ^ Браун, Кевин С.; Сетна, Джеймс П. (12 августа 2003 г.). «Статистически-механические подходы к моделям со многими плохо известными параметрами». Физический обзор E . 68 (2): 021904. Бибкод : 2003PhRvE..68b1904B . дои : 10.1103/physreve.68.021904 . ISSN   1063-651X . ПМИД   14525003 .
  46. ^ Орт, Джеффри Д.; Тиле, Инес; Палссон, Бернхард О (март 2010 г.). «Что такое анализ баланса потоков?» . Природная биотехнология . 28 (3): 245–248. дои : 10.1038/nbt.1614 . ISSN   1087-0156 . ПМК   3108565 . ПМИД   20212490 .

Дальнейшее чтение [ править ]

Внешние ссылки [ править ]

Поищите системную биологию в Викисловаре, бесплатном словаре.
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Systems_biology&oldid=1198061786"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: 792cf8985064b9a03824bb3953d442ba__1705949940
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/79/ba/792cf8985064b9a03824bb3953d442ba.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Systems biology - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)