Посттрансляционная модификация
В молекулярной биологии посттрансляционная модификация ( ПТМ ) — это ковалентный процесс изменения белков после биосинтеза белка . ПТМ могут включать ферменты или возникать спонтанно. Белки создаются рибосомами , которые транслируют мРНК в полипептидные цепи , которые затем могут измениться, образуя зрелый белковый продукт. PTMs являются важными компонентами клеточной сигнализации , например, когда прогормоны превращаются в гормоны .
Посттрансляционные модификации могут происходить на аминокислот боковых цепях концах белка или на С- или N- . [1] Они могут расширить химический набор из 22 аминокислот , изменив существующую функциональную группу или добавив новую, например фосфат. Фосфорилирование очень эффективно контролирует активность фермента и является наиболее частым изменением после трансляции. [2] Многие эукариотические и прокариотические белки также имеют молекулы углеводов, присоединенные к ним в процессе, называемом гликозилированием , который может способствовать сворачиванию белка и улучшению стабильности, а также выполнять регуляторные функции. Присоединение липидных молекул, известное как липидирование , часто нацелено на белок или часть белка, прикрепленного к клеточной мембране .
Другие формы посттрансляционной модификации состоят из расщепления пептидных связей , например, при процессинге пропептида до зрелой формы или удалении остатка инициатора метионина . Образование дисульфидных связей из остатков цистеина также можно назвать посттрансляционной модификацией. [3] Например, пептидный гормон инсулин дважды разрезается после образования дисульфидных связей, а пропептид удаляется из середины цепи; образовавшийся белок состоит из двух полипептидных цепей, соединенных дисульфидными связями.
Некоторые типы посттрансляционных модификаций являются следствием окислительного стресса . Карбонилирование является одним из примеров, которое нацелено на деградацию модифицированного белка и может привести к образованию агрегатов белка. [4] [5] Конкретные модификации аминокислот можно использовать в качестве биомаркеров, указывающих на окислительное повреждение. [6]
Сайты, которые часто подвергаются посттрансляционной модификации, — это те, которые имеют функциональную группу, которая может служить нуклеофилом в реакции: гидроксильные группы серина , треонина и тирозина ; аминные формы лизина , аргинина и гистидина ; тиолат - анион цистеина ; карбоксилаты аспартата и глутамата ; и N- и C-концы. Кроме того, хотя является слабым амид аспарагина нуклеофилом, он может служить местом прикрепления гликанов . Более редкие модификации могут возникать у окисленных метионинов и некоторых метиленовых групп в боковых цепях. [7]
Посттрансляционная модификация белков может быть экспериментально обнаружена с помощью различных методов, включая масс-спектрометрию , истерн-блоттинг и вестерн-блоттинг . Дополнительные методы представлены в разделе #Внешние ссылки .
ПТМ, включающие добавление функциональных групп
[ редактировать ]Добавление фермента in vivo
[ редактировать ]Гидрофобные группы для мембранной локализации
[ редактировать ]- миристоилирование (вид ацилирования ), присоединение миристата C 14 , насыщенной кислоты
- пальмитоилирование (вид ацилирования), присоединение пальмитата C 16 , насыщенной кислоты
- изопренилирование или пренилирование , добавление изопреноидной группы (например, фарнезола и геранилгераниола )
- глипиирование , образование гликозилфосфатидилинозитол (GPI) якоря посредством амидной связи с C-концевым хвостом
Кофакторы для усиления ферментативной активности
[ редактировать ]- липоилирование (вид ацилирования), присоединение функциональной группы липоата (С 8 )
- флавиновый фрагмент ( FMN или FAD ) может быть ковалентно присоединен
- присоединение гема C через тиоэфирные связи с цистеинами
- фосфопантетеинилирование , добавление 4'-фосфопантетеинильного фрагмента коэнзима А , как при биосинтезе жирных кислот, поликетидов, нерибосомальных пептидов и лейцина.
- ретинилиденового основания Шиффа образование
Модификации факторов трансляции
[ редактировать ]- образование дифтамида (на гистидине, обнаруженном в eEF2 )
- Прикрепление этаноламина к фосфоглицерину (на глутамате, обнаруженном в eEF1α ) [8]
- образование гипузина (на консервативном лизине eIF5A (эукариотические) и aIF5A (архейные))
- Добавление бета-лизина к консервативному лизину фактора элонгации P (EFP) у большинства бактерий. [9] EFP является гомологом eIF5A (эукариотический) и aIF5A (архейный) (см. выше).
Меньшие химические группы
[ редактировать ]- ацилирование , например O -ацилирование ( эфиры ), N -ацилирование ( амиды ), S -ацилирование ( тиоэфиры )
- ацетилирование — добавление ацетильной группы либо к N-концу белка, либо к лизина . остаткам [10] Обратный процесс называется деацетилированием .
- формилирование
- алкилирование , добавление алкильной группы, например метила , этила
- метилирование — добавление метильной группы, обычно к лизина или аргинина остаткам . Обратный процесс называется деметилированием .
- амидирование на С-конце. Образуется в результате окислительной диссоциации С-концевого остатка Gly. [11]
- образование амидной связи
- аминокислот добавление
- аргинилирование , присоединение тРНК -опосредованное
- полиглутамилирование , ковалентное связывание остатков глутаминовой кислоты с N-концом тубулина и некоторых других белков. [12] (См. тубулин-полиглутамилаза )
- полиглицилирование , ковалентное связывание от одного до более чем 40 глицина остатков тубулина с С-концевым хвостом
- аминокислот добавление
- бутирилирование
- гамма-карбоксилирование, зависящее от витамина К [13]
- гликозилирование , присоединение гликозильной группы к аргинину , аспарагину , цистеину , гидроксилизину , серину , треонину , тирозину или триптофану , в результате чего образуется гликопротеин . В отличие от гликирования , которое рассматривается как неферментативное присоединение сахаров.
- O -GlcNAc , добавление N -ацетилглюкозамина к остаткам серина или треонина в β-гликозидной связи.
- полисиалирование, добавление полисиаловой кислоты , PSA, к NCAM
- малонилирование
- гидроксилирование : добавление атома кислорода к боковой цепи остатка Pro или Lys.
- йодирование : добавление атома йода к ароматическому кольцу остатка тирозина (например, в тиреоглобулине ).
- добавление нуклеотидов, такое как ADP-рибозилирование
- фосфатного эфира ( O -связанного) или фосфорамидата ( N образование -связанного)
- фосфорилирование , добавление фосфатной группы, обычно к серину , треонину и тирозину ( О -связанная) или гистидину ( N -связанная)
- аденилирование , добавление аденильного фрагмента, обычно к тирозину ( О -связанный) или гистидину и лизину ( N -связанный)
- уридилирование, добавление уридилильной группы (т.е. уридинмонофосфата , UMP), обычно к тирозину
- пропионилирование
- пироглутамата образование
- S -глутатионилирование
- S- нитрозилирование
- S -сульфенилирование ( также известное как S -сульфенилирование), обратимое ковалентное присоединение одного атома кислорода к тиоловой группе цистеина . остатка [14]
- S -сульфинилирование, обычно необратимое ковалентное присоединение двух атомов кислорода к тиоловой группе цистеина . остатка [14]
- S -сульфонилирование, обычно необратимое ковалентное присоединение трех атомов кислорода к тиоловой группе остатка цистеина , приводящее к образованию цистеиновой кислоты. остатка [14]
- сукцинилирование, присоединение сукцинильной группы к лизину
- сульфатирование , присоединение сульфатной группы к тирозину .
Неферментативные модификации in vivo
[ редактировать ]Примерами неферментативных ПТМ являются гликирование, гликооксидирование, нитрозилирование, окисление, сукцинирование и липоксидирование. [15]
- гликирование — присоединение молекулы сахара к белку без контролирующего действия фермента.
- карбамилирование – добавление изоциановой кислоты к N-концу белка или боковой цепи Lys. [16]
- карбонилирование – присоединение окиси углерода к другим органическим/неорганическим соединениям.
- спонтанное образование изопептидных связей , обнаруженное во многих поверхностных белках грамположительных бактерий . [17]
Неферментативные добавки in vitro
[ редактировать ]- биотинилирование : ковалентное присоединение фрагмента биотина с использованием реагента биотинилирования, обычно с целью мечения белка.
- карбамилирование: добавление изоциановой кислоты к N-концу белка или боковой цепи остатков Lys или Cys, обычно происходящее в результате воздействия растворов мочевины. [18]
- окисление: присоединение одного или нескольких атомов кислорода к чувствительной боковой цепи, главным образом к остаткам Met, Trp, His или Cys. Образование дисульфидных связей между остатками Cys.
- пегилирование : ковалентное присоединение полиэтиленгликоля (ПЭГ) с использованием реагента пегилирования, обычно к N-концу или боковым цепям остатков Lys. Пегилирование используется для повышения эффективности белковых фармацевтических препаратов.
Конъюгация с другими белками или пептидами
[ редактировать ]- убиквитинирование , ковалентная связь с белком убиквитином.
- SUMOylation , ковалентная связь с белком SUMO (малый модификатор, связанный с убиквитином) [19]
- неддилирование , ковалентная связь с белком Недда
- ISGylation, ковалентная связь с белком ISG15 (стимулируемый интерфероном ген 15) [20]
- окукливание , ковалентная связь с прокариотическим убиквитиноподобным белком
Химическая модификация аминокислот
[ редактировать ]- цитруллинирование , или деиминирование , превращение аргинина в цитруллин. [21]
- дезамидирование , превращение глютамина в глутаминовую кислоту или аспарагина в аспарагиновую кислоту.
- элиминилирование превращение в алкен путем бета-элиминирования фосфотреонина фосфосерина и . или дегидратации треонина , и серина [22]
Структурные изменения
[ редактировать ]- дисульфидные мостики , ковалентная связь двух цистеина аминокислот
- лизин-цистеиновые мостики , ковалентная связь 1 лизина и 1 или 2 остатков цистина через атом кислорода (мосты NOS и SONOS) [23]
- протеолитическое расщепление , расщепление белка по пептидной связи
- образование изоаспартата путем циклизации аминокислотных остатков аспарагина или аспарагиновой кислоты
- рацемизация
- серина эпимеразы с помощью протеин-сериновой
- аланина дерморфине в лягушки , опиоидном пептиде
- метионина дельторфине в , также опиоидном пептиде лягушки
- сплайсинг белков , самокаталитическое удаление интеинов, аналогично процессингу мРНК
Статистика
[ редактировать ]Распространенные PTM по частоте
[ редактировать ]В 2011 году статистика каждой посттрансляционной модификации, обнаруженной экспериментально и предположительно, была собрана с использованием общепротеомной информации из базы данных Swiss-Prot. [24] В число 10 наиболее распространенных экспериментально обнаруженных модификаций вошли следующие: [25]
Частота | Модификация |
---|---|
58383 | фосфорилирование |
6751 | Ацетилирование |
5526 | N-связанное гликозилирование |
2844 | Амидация |
1619 | Гидроксилирование |
1523 | Метилирование |
1133 | О-связанное гликозилирование |
878 | Убиквитилирование |
826 | Пирролидонкарбоновая кислота |
504 | Сульфатирование |
Распространенные PTM по остатку
[ редактировать ]Некоторые распространенные посттрансляционные модификации конкретных аминокислотных остатков показаны ниже. Модификации происходят в боковой цепи, если не указано иное.
Базы данных и инструменты
[ редактировать ]Белковые последовательности содержат мотивы последовательности, которые распознаются модифицирующими ферментами и которые могут быть задокументированы или предсказаны в базах данных PTM. В связи с большим количеством обнаруженных различных модификаций возникает необходимость документировать такого рода информацию в базах данных. Информацию о PTM можно собирать экспериментальными методами или прогнозировать на основе высококачественных данных, отобранных вручную. Были созданы многочисленные базы данных, часто с акцентом на определенные таксономические группы (например, человеческие белки) или другие особенности.
Список ресурсов
[ редактировать ]- ФосфоСайтПлюс [27] – База данных комплексной информации и инструментов для изучения посттрансляционной модификации белков млекопитающих.
- ПротеомСкаут [28] – База данных белков и посттрансляционных модификаций, экспериментально
- Справочная база данных по белкам человека [28] – База данных для различных модификаций и понимания различных белков, их класса и функций/процессов, связанных с белками, вызывающими заболевания.
- PROSITE [29] – База данных шаблонов консенсуса для многих типов PTM, включая сайты.
- РЕЗИД [30] – База данных, состоящая из набора аннотаций и структур для PTM.
- iPTMnet [31] – База данных, объединяющая информацию PTM из нескольких баз знаний и результаты интеллектуального анализа текста.
- дбПТМ [26] – База данных, в которой показаны различные PTM и информация об их химических компонентах/структурах, а также частота модифицированных аминокислотами сайтов.
- В Uniprot имеется информация PTM, хотя она может быть менее полной, чем в более специализированных базах данных.
- База данных O -GlcNAc [33] [34] - Кураторская база данных по O-GlcNAcylation белка, ссылающаяся на более чем 14 000 записей о белках и 10 000 сайтов O -GlcNAc.
Инструменты
[ редактировать ]Список программного обеспечения для визуализации белков и их ПТМ
- ПиМОЛ [35] – ввести набор общих PTM в белковые модели
- ПОТРЯСАЮЩИЙ [36] – Интерактивный инструмент, позволяющий увидеть роль полиморфизмов отдельных нуклеотидов в PTM.
- Химера [37] – Интерактивная база данных для визуализации молекул
Примеры случаев
[ редактировать ]Этот раздел нуждается в дополнительных цитатах для проверки . ( январь 2016 г. ) |
- Расщепление и образование дисульфидных мостиков при выработке инсулина
- ПТМ гистонов как регуляция транскрипции : контроль РНК-полимеразы структурой хроматина
- ПТМ РНК-полимеразы II как регуляция транскрипции
- Расщепление полипептидных цепей имеет решающее значение для специфичности лектинов [38]
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Пратт, Шарлотта В .; Воэт, Джудит Г .; Воэт, Дональд (2006). Основы биохимии: жизнь на молекулярном уровне (2-е изд.). Хобокен, Нью-Джерси: Уайли. ISBN 9780471214953 . OCLC 1280801548 . Архивировано из оригинала 13 июля 2012 года.
- ^ Хури Г.А., Балибан Р.С., Флудас, Калифорния (сентябрь 2011 г.). «Статистика посттрансляционных модификаций всего протеома: частотный анализ и курирование базы данных Swiss-Prot» . Научные отчеты . 1 : 90. Бибкод : 2011НатСР...1Е..90К . дои : 10.1038/srep00090 . ПМК 3201773 . ПМИД 22034591 .
- ^ Лодиш Х., Берк А., Зипурски С.Л. и др. (2000). «17.6, Посттрансляционные модификации и контроль качества в черновой ER» . Молекулярно-клеточная биология (4-е изд.). Нью-Йорк: WH Freeman. ISBN 978-0-7167-3136-8 .
- ^ Далле-Донн И., Альдини Г., Карини М., Коломбо Р., Росси Р., Милзани А. (2006). «Карбонилирование белков, клеточная дисфункция и прогрессирование заболевания» . Журнал клеточной и молекулярной медицины . 10 (2): 389–406. дои : 10.1111/j.1582-4934.2006.tb00407.x . ПМЦ 3933129 . ПМИД 16796807 .
- ^ Гримсруд П.А., Се Х., Гриффин Т.Дж., Бернлор Д.А. (август 2008 г.). «Окислительный стресс и ковалентная модификация белка биоактивными альдегидами» . Журнал биологической химии . 283 (32): 21837–41. дои : 10.1074/jbc.R700019200 . ПМЦ 2494933 . ПМИД 18445586 .
- ^ Джанацца Э., Кроуфорд Дж., Миллер И. (июль 2007 г.). «Обнаружение окислительных посттрансляционных модификаций в белках». Аминокислоты . 33 (1): 51–6. дои : 10.1007/s00726-006-0410-2 . ПМИД 17021655 . S2CID 23819101 .
- ^ Уолш, Кристофер Т. (2006). Посттрансляционная модификация белков: расширение запасов природы . Энглвуд: Roberts and Co. Publ. ISBN 9780974707730 . : 12–14
- ^ Уайтхарт С.В., Шенбагамурти П., Чен Л., Коттер Р.Дж., Харт Г.В. и др. (август 1989 г.). «Мышиный фактор элонгации 1 альфа (EF-1 альфа) посттрансляционно модифицируется новыми амидно-связанными фрагментами этаноламин-фосфоглицерина. Добавление этаноламин-фосфоглицерина к специфическим остаткам глутаминовой кислоты на EF-1 альфа» . Журнал биологической химии . 264 (24): 14334–41. дои : 10.1016/S0021-9258(18)71682-7 . ПМИД 2569467 .
- ^ Рой Х., Зоу С.Б., Буллвинкль Т.Дж., Вулф Б.С., Гилрит М.С., Форсайт С.Дж., Наварра В.В., Ибба М. (август 2011 г.). «Паралог тРНК-синтетазы PoxA модифицирует фактор элонгации-P с помощью (R)-β-лизина» . Химическая биология природы . 7 (10): 667–9. дои : 10.1038/nchembio.632 . ПМК 3177975 . ПМИД 21841797 .
- ^ Али И., Конрад Р.Дж., Вердин Э., Отт М. (февраль 2018 г.). «Ацетилирование лизина выходит на глобальный уровень: от эпигенетики к метаболизму и терапии» . Хим. преп . 118 (3): 1216–1252. doi : 10.1021/acs.chemrev.7b00181 . ПМК 6609103 . ПМИД 29405707 .
- ^ Брэдбери А.Ф., Смит Д.Г. (март 1991 г.). «Пептидное амидирование». Тенденции биохимических наук . 16 (3): 112–5. дои : 10.1016/0968-0004(91)90044-в . ПМИД 2057999 .
- ^ Эдде Б., Россье Ж., Ле Каер Ж.П., Дебрюйер Э., Грос Ф., Денуле П. (январь 1990 г.). «Посттрансляционное глутамилирование альфа-тубулина». Наука 247 (4938): 83–5. Бибкод : 1990Sci...247... 83E дои : 10.1126/science.1967194 . ПМИД 1967194 .
- ^ Уокер К.С., Шетти Р.П., Кларк К., Казуко С.Г., Летсу А., Оливера Б.М., Бандиопадхьяй П.К. и др. (март 2001 г.). «О потенциальной глобальной роли витамин К-зависимого гамма-карбоксилирования в системах животных. Доказательства существования гамма-глутамилкарбоксилазы у дрозофилы» . Журнал биологической химии . 276 (11): 7769–74. дои : 10.1074/jbc.M009576200 . ПМИД 11110799 .
- ^ Jump up to: а б с Чунг Х.С. и др. (январь 2013 г.). «Окислительные посттрансляционные модификации цистеина: новая регуляция сердечно-сосудистой системы» . Исследование кровообращения . 112 (2): 382–92. дои : 10.1161/CIRCRESAHA.112.268680 . ПМК 4340704 . ПМИД 23329793 .
- ^ «Конечный продукт усовершенствованного липоксидации малоновый диальдегид-лизин в процессе старения и долголетия» PMID 33203089 PMC7696601
- ^ Джейссон С., Пьетреман С., Гиллери П. (ноябрь 2011 г.). «Продукты карбамилирования: биологически активные соединения и потенциальные биомаркеры хронической почечной недостаточности и атеросклероза» . Клиническая химия . 57 (11): 1499–505. дои : 10.1373/clinchem.2011.163188 . ПМИД 21768218 .
- ^ Кан Х.Дж., Бейкер Э.Н. (апрель 2011 г.). «Внутримолекулярные изопептидные связи: белковые сшивки, созданные для стресса?». Тенденции биохимических наук . 36 (4): 229–37. дои : 10.1016/j.tibs.2010.09.007 . ПМИД 21055949 .
- ^ Старк Г.Р., Стейн В.Х., Мур X (1960). «Реакции цианата, присутствующего в водной мочевине, с аминокислотами и белками» . J Биол Хим . 235 (11): 3177–3181. дои : 10.1016/S0021-9258(20)81332-5 .
- ^ Ван Г. Уилсон (ред.) (2004). Сумойлирование: молекулярная биология и биохимия. Архивировано 9 февраля 2005 г. в Wayback Machine . Горизонт Бионауки. ISBN 0-9545232-8-8 .
- ^ Малахова О.А., Ян М., Малахов М.П., Юань Ю, Ричи К.Дж., Ким К.И., Петерсон Л.Ф., Шуай К., Чжан Д.Э. (февраль 2003 г.). «Белок ISGylation модулирует сигнальный путь JAK-STAT» . Гены и развитие . 17 (4): 455–60. дои : 10.1101/gad.1056303 . ЧВК 195994 . ПМИД 12600939 .
- ^ Кларескуг Л., Рённелид Дж., Лундберг К., Падюков Л., Альфредссон Л. (2008). «Иммунитет к цитруллинированным белкам при ревматоидном артрите» . Ежегодный обзор иммунологии . 26 : 651–75. doi : 10.1146/annurev.immunol.26.021607.090244 . ПМИД 18173373 .
- ^ Бреннан Д.Ф., Барфорд Д. (март 2009 г.). «Элиминилирование: посттрансляционная модификация, катализируемая фосфотреонинлиазами». Тенденции биохимических наук . 34 (3): 108–14. дои : 10.1016/j.tibs.2008.11.005 . ПМИД 19233656 .
- ^ Рабе фон Паппенгейм, Фабиан; Венсен, Мари; Да, Джин; Уранга, Джон; Ирисарри, Икер; де Врис, Ян; Функ, Лиза-Мария; Мата, Ричард А.; Титтманн, Кай (апрель 2022 г.). «Широкое распространение ковалентных лизин-цистеиновых окислительно-восстановительных переключателей в белках» . Химическая биология природы . 18 (4): 368–375. дои : 10.1038/ s41589-021-00966-5 ПМЦ 8964421 .
- ^ Хури Г.А., Балибан Р.С., Флудас, Калифорния (сентябрь 2011 г.). «Статистика посттрансляционных модификаций всего протеома: частотный анализ и курирование базы данных Swiss-Prot» . Научные отчеты . 1 (90): 90. Бибкод : 2011НатСР...1Е..90К . дои : 10.1038/srep00090 . ПМК 3201773 . ПМИД 22034591 .
- ^ «Статистика посттрансляционных модификаций всего протеома» . селена.princeton.edu . Архивировано из оригинала 30 августа 2012 г. Проверено 22 июля 2011 г.
- ^ Jump up to: а б Ли Т., Хуан Х.Д., Хунг Дж.Х., Хуан Х.И., Ян Ю.С., Ван Т.Х. (январь 2006 г.). «dbPTM: хранилище информации о посттрансляционной модификации белков» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (Проблема с базой данных): D622-7. дои : 10.1093/nar/gkj083 . ПМЦ 1347446 . ПМИД 16381945 .
- ^ Хорнбек П.В., Чжан Б., Мюррей Б., Корнхаузер Дж.М., Лэтэм В., Скшипек Э. (январь 2015 г.). «ФосфоСайтПлюс, 2014: мутации, ПТМ и рекалибровки» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (Проблема с базой данных): D512-20. дои : 10.1093/nar/gku1267 . ПМЦ 4383998 . ПМИД 25514926 .
- ^ Jump up to: а б Гоэл Р., Харша Х.К., Панди А., Прасад Т.С. (февраль 2012 г.). «Справочная база данных по белкам человека и протеинпедия человека как ресурсы для анализа фосфопротеомов» . Молекулярные биосистемы . 8 (2): 453–63. дои : 10.1039/c1mb05340j . ПМЦ 3804167 . ПМИД 22159132 .
- ^ Сигрист С.Дж., Черутти Л., де Кастро Э., Лангендейк-Женево П.С., Буллиард В., Байрох А., Хуло Н. (январь 2010 г.). «PROSITE, база данных белковых доменов для функциональной характеристики и аннотации» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (Проблема с базой данных): D161-6. дои : 10.1093/nar/gkp885 . ПМК 2808866 . ПМИД 19858104 .
- ^ Гаравелли Дж.С. (январь 2003 г.). «База данных модификаций белков RESID: разработки 2003 г.» . Исследования нуклеиновых кислот . 31 (1): 499–501. дои : 10.1093/нар/gkg038 . ПМК 165485 . ПМИД 12520062 .
- ^ Хуан Х., Ариги К.Н., Росс К.Э., Рен Дж., Ли Дж., Чен С.К., Ван Кью, Коварт Дж., Виджай-Шанкер К., Ву Ч. (январь 2018 г.). «iPTMnet: интегрированный ресурс для обнаружения сетей посттрансляционных модификаций белков» . Исследования нуклеиновых кислот . 46 (1): Д542–Д550. дои : 10.1093/нар/gkx1104 . ПМЦ 5753337 . ПМИД 2914561 .
- ^ Ауданьотто М., Даль Пераро М. (31 марта 2017 г.). «Инструменты прогнозирования in silico и молекулярное моделирование» . Журнал вычислительной и структурной биотехнологии . 15 : 307–319. дои : 10.1016/j.csbj.2017.03.004 . ПМК 5397102 . ПМИД 28458782 .
- ^ Вульф-Фуэнтес Э., Берендт Р.Р., Массман Л., Даннер Л., Малард Ф., Вора Дж., Кахсай Р., Оливье-Ван Стихелен С. (январь 2021 г.). -GlcNAcome человека «База данных O и метаанализ» . Научные данные . 8 (1): 25. Бибкод : 2021NatSD...8... 25W дои : 10.1038/ s41597-021-00810-4 ПМЦ 7820439 . ПМИД 33479245 .
- ^ Малард Ф., Вульф-Фуэнтес Э., Берендт Р.Р., Дидье Дж., Оливье-Ван Стихелен С. (июль 2021 г.). «Автоматизация и самостоятельное обслуживание каталога O-GlcNAcome: умная научная база данных» . База данных (Оксфорд) . 2021 : 1. doi : 10.1093/database/baab039 . ПМЦ 8288053 . ПМИД 34279596 .
- ^ Варнеке А., Сандалова Т., Ачур А., Харрис Р.А. (ноябрь 2014 г.). «PyTMs: полезный плагин PyMOL для моделирования распространенных посттрансляционных модификаций» . БМК Биоинформатика . 15 (1): 370. дои : 10.1186/s12859-014-0370-6 . ПМЦ 4256751 . ПМИД 25431162 .
- ^ Ян Ю, Пэн Х, Инь П, Тянь Дж, Ли Дж, Кэ Дж, Чжу Ю, Гун Ю, Цзоу Д, Ян Н, Ван Х, Мэй С, Чжун Р, Гун Дж, Чанг Дж, Мяо X (январь 2019 г.) ). «УДИВИТЕЛЬНО: база данных SNP, влияющих на посттрансляционные модификации белков» . Исследования нуклеиновых кислот . 47 (Д1): Д874–Д880. дои : 10.1093/nar/gky821 . ПМК 6324025 . ПМИД 30215764 .
- ^ Моррис Дж. Х., Хуанг К.С., Бэббит ПК, Феррин Т.Е. (сентябрь 2007 г.). «structureViz: соединение Cytoscape и UCSF Chimera» . Биоинформатика . 23 (17): 2345–7. doi : 10.1093/биоинформатика/btm329 . ПМИД 17623706 .
- ^ «1тп8 — Протеопедия, жизнь в 3D» . www.proteopedia.org .
Внешние ссылки
[ редактировать ]- Список посттрансляционных модификаций в ExPASy
- Просмотр доменов SCOP по PTM — из dcGO базы данных
- Статистика каждой посттрансляционной модификации из базы данных Swiss-Prot
(копия Wayback Machine)
- AutoMotif Server — вычислительный протокол для идентификации посттрансляционных модификаций белковых последовательностей
- Функциональный анализ сайт-специфического фосфорилирования целевого белка в клетках
- Обнаружение посттрансляционных модификаций после высокоточного MSMS
- Обзор и описание часто используемых методов обнаружения посттрансляционных модификаций