Родопсин-подобные рецепторы
| Родопсин-подобные рецепторы | |||
|---|---|---|---|
 Структура родопсина: рецептор, связанный с белком AG. [1] | |||
| Идентификаторы | |||
| Символ | 7tm_1 | ||
| Пфам | PF00001 | ||
| Пфам Клан | GPCR_A | ||
| ИнтерПро | IPR000276 | ||
| PROSITE | PDOC00211 | ||
| СКОП2 | 1f88 / SCOPe / СУПФАМ | ||
| Суперсемейство OPM | 6 | ||
| белок OPM | 1гзм | ||
| CDD | cd00637 | ||
| |||
Родопсин-подобные рецепторы представляют собой семейство белков , которые составляют самую большую группу рецепторов, связанных с G-белком . [2]
Объем
[ редактировать ]Рецепторы, связанные с G-белком, GPCR, представляют собой обширное семейство белков, которое выполняет широкий спектр функций (включая различные аутокринные, паракринные и эндокринные процессы). Они демонстрируют значительное разнообразие на уровне последовательностей, на основании чего их можно разделить на отдельные группы. GPCR обычно описываются как «суперсемейство», поскольку они охватывают группу семейств , для которых есть признаки эволюционного родства, но между которыми нет статистически значимого сходства в последовательностях. [2] Известные в настоящее время члены суперсемейства включают родопсин-подобные GPCR (это семейство), секретиноподобные GPCR , рецепторы цАМФ , грибковые рецепторы спаривающихся феромонов и семейство метаботропных глутаматных рецепторов . Существует специализированная база данных по GPCR . [3]
Функция
[ редактировать ]Родопсин-подобные GPCR сами по себе представляют собой широко распространенное семейство белков, включающее гормоны, нейропептиды, нейротрансмиттеры и световые рецепторы, все из которых передают внеклеточные сигналы посредством взаимодействия с белками, связывающими гуаниновые нуклеотиды (G). Хотя их активирующие лиганды широко различаются по структуре и характеру, аминокислотные последовательности рецепторов очень схожи и, как полагают, имеют общую структурную структуру, включающую 7 трансмембранных (ТМ) спиралей. [4] [5] [6]
Классы
[ редактировать ]Родопсин-подобные GPCR были разделены на следующие 19 подгрупп (A1-A19) на основе филогенетического анализа. [7]
Подсемейство А1
[ редактировать ]- Хемокиновый рецептор InterPro : IPR000355
- Хемокиновый (CC-мотив) рецептор 1 ( CCR1 , CKR1 )
- Хемокиновый (CC-мотив) рецептор 2 ( CCR2 , CKR2)
- Хемокиновый (CC-мотив) рецептор 3 ( CCR3 , CKR3)
- Хемокиновый (CC-мотив) рецептор 4 ( CCR4 , CKR4)
- Хемокиновый (CC-мотив) рецептор 5 ( CCR5 , CKR5)
- Хемокиновый (CC-мотив) рецептор 8 ( CCR8 , CKR8)
- Хемокиновый (CC-мотив) рецептор-подобный 2 ( CCRL2 , CKRX)
- хемокиновый (мотив C) рецептор 1 ( XCR1 , CXC1) InterPro : IPR005393
- хемокиновый (мотив C-X3-C) рецептор 1 ( CX3CR1 , C3X1) InterPro : IPR005387
- ГПР137Б ( ГПР137Б , ТМ7СФ1)
Подсемейство А2
[ редактировать ]- Хемокиновый рецептор InterPro : IPR000355
- Рецептор-подобный хемокину (CC-мотив) 1 ( CCRL1 CCRL1 , CCR11)
- Хемокиновый (CC-мотив) рецептор 6 ( CCR6 , CKR6)
- Хемокиновый (CC-мотив) рецептор 7 ( CCR7 , CKR7)
- Хемокиновый (CC-мотив) рецептор 9 ( CCR9 , CKR9)
- Хемокиновый (CC-мотив) рецептор 10 ( CCR10 , CKRA)
- Хемокиновые рецепторы CXC InterPro : IPR001053
- Хемокиновый (мотив CXC) рецептор 3 ( CXCR3 )
- Хемокиновый (мотив CXC) рецептор 4 ( CXCR4 , фузин)
- Хемокиновый (мотив CXC) рецептор 5 ( CXCR5 )
- Хемокиновый (мотив CXC) рецептор 6 ( CXCR6 , BONZO)
- Рецептор 7 хемокина (мотив CXC) ( CXCR7 , RDC1) InterPro : IPR001416
- Интерлейкин-8 ИнтерПро : IPR000174 (IL8R)
- Рецептор адреномедуллина ( GPR182 )
- Группа крови Даффи, хемокиновый рецептор ( DARC , DUFF)
- G-белковый рецептор 30 ( GPER , CML2, рецептор эстрогена GPCR)
Подсемейство А3
[ редактировать ]- Рецептор ангиотензина II InterPro : IPR000248
- Рецептор ангиотензина II типа 1 ( AGTR1 , AG2S)
- Рецептор ангиотензина II типа 2 ( AGTR2 , AG22)
- Апелиновый рецептор ( AGTRL1 , APJ) InterPro : IPR003904
- Рецептор брадикинина InterPro : IPR000496
- Брадикининовый рецептор B1 ( BDKRB1 , BRB1)
- Брадикининовый рецептор B2 ( BDKRB2 , BRB2)
- ГПР15 ( ГПР15 , ГПРФ)
- ГПР25 ( ГПР25 )
Subfamily A4
[ редактировать ]- Опиоидный рецептор ИнтерПро : IPR001418
- дельта-опиоидный рецептор ( OPRD1 , OPRD)
- каппа Опиоидный рецептор ( OPRK1 , OPRK)
- мю-опиоидный рецептор ( OPRM1 , OPRM)
- Ноцицептиновый рецептор ( OPRL1 , OPRX)
- Рецептор соматостатина InterPro : IPR000586
- Рецептор 1 соматостатина ( SSTR1 , SSR1)
- Рецептор 2 соматостатина ( SSTR2 , SSR2)
- Рецептор 3 соматостатина ( SSTR3 , SSR3)
- Рецептор 4 соматостатина ( SSTR4 , SSR4)
- Рецептор 5 соматостатина ( SSTR5 , SSR5)
- Нейропептидный рецептор GPCR InterPro : IPR009150
- Нейропептиды B/W рецептора 1 ( NPBWR1 , GPR7)
- Нейропептиды B/W рецептор 2 ( NPBWR2 , GPR8)
- Орфанный рецептор GPR1 ( GPR1 ) InterPro : IPR002275
Подсемейство А5
[ редактировать ]- Рецептор галанина InterPro : IPR000405
- Галаниновый рецептор 1 ( GALR1 , GALR)
- Галаниновый рецептор 2 ( GALR2 , GALS)
- Галаниновый рецептор 3 ( GALR3 , GALT)
- Цистеиниллейкотриеновый рецептор InterPro : IPR004071
- Рецептор лейкотриена B4 InterPro : IPR003981
- Рецептор лейкотриена B4 ( LTB4R , P2Y7)
- Рецептор 2 лейкотриена B4 ( LTB4R2 )
- Рецептор релаксина InterPro : IPR008112
- Рецептор 1 пептида релаксин/инсулиноподобного семейства ( RXFP1 , LGR7)
- Рецептор 2 пептида релаксин/инсулиноподобного семейства ( RXFP2 , GPR106)
- Рецептор 3 пептида семейства релаксина/инсулиноподобного семейства ( RXFP3 , SALPR)
- Рецептор 4 пептида семейства релаксина/инсулиноподобного семейства ( RXFP4 , GPR100/GPR142)
- Пептидный рецептор, производный KiSS1 (GPR54) ( KISS1R ) InterPro : IPR008103
- Рецептор 1 меланин-концентрирующего гормона ( MCHR1 , GPRO) InterPro : IPR008361
- Рецептор уротензина-II ( UTS2R , UR2R) InterPro : IPR000670
Подсемейство А6
[ редактировать ]- Рецептор холецистокинина InterPro : IPR009126
- Рецептор холецистокинина А ( CCKAR , CCKR)
- Рецептор холецистокинина B ( CCKBR , GASR)
- Нейропептидный рецептор FF InterPro : IPR005395
- Нейропептидный рецептор 1 FF ( NPFFR1 , FF1R)
- Нейропептидный рецептор 2 FF ( NPFFR2 , FF2R)
- Рецептор орексина InterPro : IPR000204
- Рецептор 1 гипокретина (орексина) ( HCRTR1 , OX1R)
- Рецептор 2 гипокретина (орексина) ( HCRTR2 , OX2R)
- Рецептор вазопрессина InterPro : IPR001817
- Рецептор аргинин-вазопрессина 1А ( AVPR1A , V1AR)
- Рецептор аргинин-вазопрессина 1B ( AVPR1B , V1BR)
- Рецептор 2 аргинин-вазопрессина ( AVPR2 , V2R)
- Рецептор окситоцина ( OXTR )
- Рецептор гонадотропин-рилизинг-гормона ( GNRHR , GRHR) InterPro : IPR001658
- Рецептор пироглутамилированного RFамидного пептида ( QRFPR , GPR103)
- ГПР22 ( ГПР22 , ГПРМ)
- Георадар176 ( ГПР176 , Георадар)
Subfamily A7
[ редактировать ]- Рецептор бомбезина InterPro : IPR001556
- Рецептор эндотелина InterPro : IPR000499
- Рецептор эндотелина типа А ( EDNRA , ET1R)
- Рецептор эндотелина типа B ( EDNRB , ETBR)
- GPR37 ( GPR37 , ETBR-LP2) ИнтерПро : IPR003909
- Рецептор нейромедина U InterPro : IPR005390
- Рецептор нейротензина InterPro : IPR003984
- Рецептор нейротензина 1 ( NTSR1 , NTR1)
- Рецептор нейротензина 2 ( NTSR2 , NTR2)
- Рецептор тиреотропин-рилизинг-гормона ( TRHR , TRFR) InterPro : IPR009144
- Рецептор, стимулирующий секрецию гормона роста ( GHSR ) InterPro : IPR003905
- ГПР39 ( ГПР39 )
- Рецептор мотилина ( MLNR , GPR38)
Подсемейство А8
[ редактировать ]- Рецепторы анафилатоксина InterPro : IPR002234
- Рецептор C3a ( C3AR1 , C3AR)
- Рецептор C5a ( C5AR1 , C5AR)
- Хемокиноподобный рецептор 1 ( CMKLR1 , CML1) InterPro : IPR002258
- Рецептор формилпептида InterPro : IPR000826
- Рецептор формилпептида 1 ( FPR1 , FMLR)
- Формильный пептидный рецептор-подобный 1 ( FPRL1 , FML2)
- Формилпептидный рецептор-подобный 2 ( FPRL2 , FML1)
- Онкоген MAS1 InterPro : IPR000820
- Георадар1 ( ГПР1 )
- ГПР32 ( ГПР32 , ГПРВ)
- ГПР44 ( ГПР44 )
- ГПР77 ( ГПР77 , C5L2)
Подсемейство А9
[ редактировать ]- Рецептор мелатонина InterPro : IPR000025
- Рецептор мелатонина 1А ( MTNR1A , ML1A)
- Рецептор мелатонина 1B ( MTNR1B , ML1B)
- Нейрокининовый рецептор InterPro : IPR001681
- Тахикининовый рецептор 1 ( TACR1 , NK1R)
- Тахикининовый рецептор 2 ( TACR2 , NK2R)
- Тахикининовый рецептор 3 ( TACR3 , NK3R)
- Нейропептид Y-рецептор InterPro : IPR000611
- Нейропептид Y-рецептор Y1 ( NPY1R , NY1R)
- Нейропептид Y-рецептор Y2 ( NPY2R , NY2R)
- Панкреатический полипептидный рецептор 1 ( PPYR1 , NY4R)
- Нейропептид Y-рецептор Y5 ( NPY5R , NY5R)
- Пептидный рецептор, высвобождающий пролактин ( PRLHR , GPRA) InterPro : IPR001402
- Рецептор 1 прокинетицина ( PROKR1 , GPR73)
- Рецептор 2 прокинетицина ( PROKR2 , PKR2)
- GPR19 ( GPR19 , GPRJ)
- GPR50 ( GPR50 , ML1X)
- ГПР75 ( ГПР75 )
- ГПР83 ( ГПР83 , ГПР72)
Подсемейство А10
[ редактировать ]- Рецептор гликопротеинового гормона InterPro : IPR002131
- Рецептор 4, связанный с G-белком, содержащий богатые лейцином повторы ( LGR4 , GPR48)
- Рецептор 5, связанный с G-белком, содержащий богатые лейцином повторы ( LGR5 , GPR49)
- Рецептор 6, связанный с G-белком, содержащий богатые лейцином повторы ( LGR6 )
Подсемейство А11
[ редактировать ]- , связанный с GPR40 Рецептор InterPro : IPR013312
- Рецептор свободных жирных кислот 1 ( FFAR1 , GPR40)
- Рецептор свободных жирных кислот 2 ( FFAR2 , GPR43)
- Рецептор свободных жирных кислот 3 ( FFAR3 , GPR41)
- ГПР42 ( ГПР42 , ФФАР1Л)
- Пуринорецептор P2 InterPro : IPR002286
- Рецептор 1 гидроксикарбоновой кислоты ( HCAR1 , GPR81)
- Рецептор 2 гидроксикарбоновой кислоты, рецептор ниацина 1 ( HCAR2 , GPR109A)
- Рецептор 3 гидроксикарбоновой кислоты, рецептор ниацина 2 ( HCAR3 , GPR109B, HM74)
- ГПР31 ( ГПР31 , ГПРВ)
- ГПР82 ( ГПР82 )
- Рецептор 1 оксоглутарата (альфа-кетоглутарата) ( OXGR1 , GPR80)
- Сукцинатный рецептор 1 ( SUCNR1 , GPR91)
Подсемейство А12
[ редактировать ]- Пуринорецептор P2 InterPro : IPR002286
- Пуринергический рецептор P2Y12 ( P2RY12 )
- Пуринергический рецептор P2Y 13 ( P2RY13 , GPR86) InterPro : IPR008109
- Пуринергический рецептор P2Y 14 ( P2RY14 , рецептор UDP-глюкозы, KI01) InterPro : IPR005466
- ГПР34 ( ГПР34 )
- ГПР87 ( ГПР87 )
- ГПР171 ( ГПР171 , H963)
- Рецептор фактора активации тромбоцитов ( PTAFR , PAFR) InterPro : IPR002282
Подсемейство А13
[ редактировать ]- Каннабиноидный рецептор InterPro : IPR002230
- Каннабиноидный рецептор 1 (мозг) ( CNR1 , CB1R)
- Каннабиноидный рецептор 2 (макрофаг) ( CNR2 , CB2R)
- Рецептор лизофосфатидной кислоты InterPro : IPR004065
- Сфингозин-1-фосфатный рецептор InterPro : IPR004061
- Рецептор меланокортина/АКТГ InterPro : IPR001671
- Рецептор меланокортина 1 ( MC1R , MSHR)
- Рецептор меланокортина 3 ( MC3R )
- Рецептор меланокортина 4 ( MC4R )
- Рецептор меланокортина 5 ( MC5R )
- Рецептор АКТГ ( MC2R ), ACTR)
- GPR3 ( ГПР3 )
- GPR6 ( ГПР6 )
- ГПР12 ( ГПР12 , ГПРЦ)
Подсемейство А14
[ редактировать ]- Эйкозаноидный рецептор InterPro : IPR008365
- простагландина D 2 Рецептор ( PTGDR , PD2R)
- простагландина E 1 Рецептор ( PTGER1 , PE21)
- простагландина E 2 Рецептор ( PTGER2 , PE22)
- простагландина E 3 Рецептор ( PTGER3 , PE23)
- простагландина E 4 Рецептор ( PTGER4 , PE24)
- Рецептор простагландина F ( PTGFR , PF2R)
- простагландина I 2 Рецептор (простациклина) ( PTGIR , PI2R)
- тромбоксана А 2 Рецептор ( TBXA2R , TA2R)
Подсемейство А15
[ редактировать ]- Рецептор лизофосфатидной кислоты InterPro : IPR004065
- Пуринорецептор P2 InterPro : IPR002286
- Пуринергический рецептор P2Y 10 ( P2RY10 , P2Y10)
- Рецептор, активируемый протеазой InterPro : IPR003912
- Вирус Эпштейна-Барр индуцирует ген 2 (лимфоцитарно-специфичный рецептор, связанный с G-белком) ( GPR183 )
- Протон-чувствительные рецепторы, связанные с G-белком
- ГПР17 ( ГПР17 , ГПРХ)
- ГПР18 ( ГПР18 , ГПРИ)
- ГПР20 ( ГПР20 , ГПРК)
- ГПР35 ( ГПР35 )
- ГПР55 ( ГПР55 )
- Рецептор фактора свертывания крови II ( F2R , THRR)
Подсемейство А16
[ редактировать ]- Опсины ИнтерПро : IPR001760 [8]
- Родопсин ( РО , ОПСД)
- Опсин 1 (пигменты колбочек), чувствительный к коротким волнам (дальтонизм, тритан) ( OPN1SW , OPSB) (синечувствительный опсин)
- Опсин 1 (пигменты колбочек), средневолновой чувствительный (дальтонизм, дейтан) ( OPN1MW , OPSG) (зеленочувствительный опсин)
- Опсин 1 (пигменты колбочек), длинноволновой чувствительный (дальтонизм, протан) ( OPN1LW , OPSR) (чувствительный к красному цвету опсин)
- Опсин 3, Панопсин ( ОПН3 )
- Опсин 4, Меланопсин ( OPN4 )
- Опсин 5 ( ОПН5 , GPR136)
- Рецептор, связанный с G-белком сетчатки ( RGR )
- Гомолог родопсина, полученного из пигментного эпителия сетчатки ( RRH , OPSX) (опсин зрительного пигментоподобного рецептора) InterPro : IPR001793
Подсемейство А17
[ редактировать ]- Рецептор 5-гидрокситриптамина (5-HT) InterPro : IPR002231
- Адренергический рецептор ИнтерПро : IPR002233
- Дофаминовый рецептор InterPro : IPR000929
- Рецептор следовых аминов InterPro : IPR009132
- гистамина H 2 Рецептор ( HRH2 , HH2R) InterPro : IPR000503
Подсемейство А18
[ редактировать ]- гистамина H 1 Рецептор ( HRH1 , HH1R) InterPro : IPR000921
- гистамина H 3 Рецептор ( HRH3 ) InterPro : IPR003980
- гистамина H4 Рецептор ( HRH4 ) InterPro : IPR008102
- Аденозиновый рецептор InterPro : IPR001634
- Мускариновый ацетилхолиновый рецептор InterPro : IPR000995
- ГПР21 ( ГПР21 , ГПРЛ)
- ГПР27 ( ГПР27 )
- ГПР45 ( ГПР45 , ПСП24)
- ГПР52 ( ГПР52 )
- ГПР61 ( ГПР61 )
- ГПР62 ( ГПР62 )
- ГПР63 ( ГПР63 )
- ГПР78 ( ГПР78 )
- ГПР84 ( ГПР84 )
- ГПР85 ( ГПР85 )
- ГПР88 ( ГПР88 )
- ГПР101 ( ГПР101 )
- ГПР161 ( ГПР161 , РЭ2)
- ГПР173 ( ГПР173 , СРЕБ3)
Подсемейство А19
[ редактировать ]Неклассифицированный
[ редактировать ]- Обонятельный рецептор InterPro : IPR000725
- Хеморецептор нематоды [9] (несколько, включая InterPro : IPR000344 InterPro : IPR019424 )
- Вкусовые рецепторы 2-го типа. [9] ИнтерПро : IPR007960
- Вомероназальный рецептор типа 1 InterPro : IPR004072
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Пальчевски К., Кумасака Т., Хори Т. и др. (август 2000 г.). «Кристаллическая структура родопсина: рецептор, связанный с белком AG». Наука . 289 (5480): 739–45. Бибкод : 2000Sci...289..739P . дои : 10.1126/science.289.5480.739 . ПМИД 10926528 .
- ^ Jump up to: а б Эттвуд Т.К., Финдли Дж.Б. (1994). «Отпечатки пальцев, связанные с G-белком рецепторы». Белок англ . 7 (2): 195–203. дои : 10.1093/белок/7.2.195 . ПМИД 8170923 .
- ^ «Информационная система для рецепторов, связанных с G-белком» . ГПКРДБ . www.gpcr.org. Архивировано из оригинала 22 апреля 2009 г. Проверено 5 декабря 2008 г.
- ^ Бирнбаумер Л. (1990). «G-белки в передаче сигнала». Анну. Преподобный Фармакол. Токсикол . 30 : 675–705. дои : 10.1146/annurev.pa.30.040190.003331 . ПМИД 2111655 .
- ^ Гилман А.Г., Кейси П.Дж. (1988). «Участие G-белка в соединении рецептор-эффектор» . Ж. Биол. Хим . 263 (6): 2577–2580. дои : 10.1016/S0021-9258(18)69103-3 . ПМИД 2830256 .
- ^ Эттвуд Т.К., Финдли Дж.Б. (1993). «Разработка распознавающего отпечатка пальца для рецепторов, связанных с G-белком». Белок англ . 6 (2): 167–176. дои : 10.1093/белок/6.2.167 . ПМИД 8386361 .
- ^ Йост П., Метнер А. (2002). «Филогенетический анализ 277 человеческих рецепторов, связанных с G-белком, как инструмент прогнозирования лигандов орфанных рецепторов» . Геном Биол . 3 (11): исследование0063.1–0063.16. doi : 10.1186/gb-2002-3-11-research0063 . ПМЦ 133447 . ПМИД 12429062 .
- ^ Теракита А (2005). «Опсины» . Геном Биол . 6 (3): 213. doi : 10.1186/gb-2005-6-3-213 . ПМЦ 1088937 . ПМИД 15774036 .
- ^ Jump up to: а б Нордстрем К.Дж., Саллман Альмин М., Эдстам М.М., Фредрикссон Р., Шит Х.Б. (сентябрь 2011 г.). «Независимый поиск HH, анализ Нидлмана-Вунша и анализ мотивов выявляют общую иерархию для большинства семейств рецепторов, связанных с G-белком» . Молекулярная биология и эволюция . 28 (9): 2471–80. дои : 10.1093/molbev/msr061 . ПМИД 21402729 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]- Врайенд Дж., Хорн Ф., Оливейра Л., Байуотер Р.П., Коэн Ф.Е. «GPCRDB (база данных рецепторов, связанных с G-белком): данные, полученные из последовательностей» . Архивировано из оригинала 14 ноября 2007 г. Проверено 10 декабря 2007 г.
- Хорн Ф., Беттлер Э., Оливейра Л., Кампань Ф., Коэн Ф.Е., Вриенд Дж. (2003). «Информационная система GPCRDB для рецепторов, связанных с G-белком» . Нуклеиновые кислоты Рез . 31 (1): 294–7. дои : 10.1093/нар/gkg103 . ПМК 165550 . ПМИД 12520006 . Эта база данных включает в себя множественные выравнивания последовательностей всех семейств и подсемейств GPCR.