Линия SARS-CoV-2 B.1.617

Линия B.1.617 — это линия SARS-CoV-2 , вируса, вызывающего COVID-19 . ^{[ 1 ]} Впервые он привлек международное внимание в конце марта 2021 года после того, как недавно созданная компания INSACOG провела секвенирование генома положительных образцов в различных штатах Индии . Анализ образцов из Махараштры показал, что по сравнению с декабрем 2020 года наблюдается увеличение доли образцов с мутациями E484Q и L452R . ^{[ 2 ]} окрестили Lineage B.1.617 двойным мутантом . Позже средства массовой информации ^{[ 3 ]}

Линия B.1.617 имеет три подлинии согласно номенклатуре ПАНГО :

B.1.617.1 (вариант каппа), впервые обнаружен в Индии в декабре 2020 года.
B.1.617.2 (вариант Дельта), впервые обнаружен в Индии в конце 2020 года.
B.1.617.3 , впервые наблюдалось в январе 2021 г. ^{[ 4 ]}

Мутации

Вот некоторые из распространенных мутаций, присутствующих в белке-шипе линии B.1.617. Не все подлинии B.1.617 имеют одни и те же мутации:

Л452Р . Замена в положении 452, замена лейцина на аргинин , придает более сильное сродство белка-шипа к рецептору ACE2 и снижает способность распознавания иммунной системы. ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]} Эти мутации, если рассматривать их по отдельности, не уникальны для данного варианта; скорее, их одновременное возникновение. ^{[ 5 ]}^{[ 7 ]} Эта мутация присутствует во всех трех сублиниях B.1.617.
Т478К. Замена в положении 478, замена треонина на лизин , ^{[ 8 ]} встречается только в линии B.1.617.2. ^{[ 9 ]}
E484Q . Замена в положении 484, замена глутаминовой кислоты на глутамин , придает линии B.1.617 более сильный потенциал связывания с рецептором ACE2 человека , а также лучшую способность уклоняться от иммунной системы хозяина по сравнению с другими вариантами. Эта мутация отсутствует в геноме B.1.617.2. ^{[ 10 ]}
Д614Г . Замена в положении 614, аспарагиновой кислоты на глицин замена , является общей для других линий с высокой трансмиссивностью, таких как B.1.1.7 , B.1.351 и P.1 . ^{[ 11 ]}
P681R . Замена в положении 681, замена пролина на аргинин , которая, по мнению Уильяма А. Хазелтина , может повысить инфекционность варианта на клеточном уровне, «облегчая расщепление белка-предшественника S до активной конфигурации S1/S2». ^{[ 10 ]} Эта мутация присутствует во всех трех сублиниях B.1.617.

История

По данным одного источника, первая последовательность генома B.1.617 была представлена в GISAID осенью 2020 года. ^{[ 12 ]} Команда PANGO, вручную курирующая филогенетическое дерево SARS-CoV-2, отметила, что самая ранняя последовательность датируется 7 декабря 2020 года. Они предложили новое обозначение для варианта, содержащего мутации в белке-шипе, включая G142D, L452R, E484Q, D614G, P681R среди других, и 1 апреля этому варианту была присвоена линия PANGO B.1.617. 2021. ^{[ 13 ]} 21 апреля 2021 года они пересмотрели филогенетическое древо, включив в него три подлинии B.1.617, заметив, что не все последовательности генома, присвоенные инструментом PANGOLIN, содержат один и тот же набор мутаций. ^{[ 14 ]}

Вплоть до середины апреля 2021 года Индия представила наибольшее количество геномов B.1.617, за ней по частоте следовали Великобритания и США. Судя по информации о геноме, линия B.1.617 была впервые обнаружена в Великобритании 22 февраля 2021 года и в США 23 февраля 2021 года. ^{[ 12 ]}

После обнаружения 77 случаев линии B.1.617 в Великобритании в середине апреля 2021 года Служба общественного здравоохранения Англии определила эту линию как вариант, находящийся на стадии расследования. ^{[ 15 ]} Менее чем через два месяца вариант Дельта станет доминирующим вариантом в Великобритании, причем исследователи заявили, что первые данные свидетельствуют о том, что риск госпитализации при Дельте может быть повышен по сравнению с ранее доминирующим вариантом Альфа. ^{[ 16 ]}

Ссылки

^ «Линия Б.1.617» . Родословная ПАНГО . Проверено 12 июня 2021 г.
^ «Секвенирование генома, проведенное INSACOG, показывает вызывающие беспокойство варианты и новый вариант в Индии» . Информационное бюро для прессы правительства Индии . 24 марта 2021 г.
^ «Covid-19: вариант двойной мутации подогревает страхи» . Телеграф онлайн . 17 марта 2021 г.
^ «Происхождение B.1.617.3» . cov-lineages.org . Проверено 10 июля 2021 г.
^ Jump up to: ^а ^б Старр, Тайлер Н.; Грини, Эллисон Дж.; Дингенс, Адам С.; Блум, Джесси Д. (апрель 2021 г.). «Полная карта мутаций RBD SARS-CoV-2, которые ускользают от моноклонального антитела LY-CoV555 и его коктейля с LY-CoV016» . Сотовые отчеты Медицина . 2 (4): 100255. doi : 10.1016/j.xcrm.2021.100255 . ISSN 2666-3791 . ПМК 8020059 . ПМИД 33842902 .
^ Чжан, Вэньцзюань; Дэвис, Брайан Д.; Чен, Стефани С.; Синкуир Мартинес, Хорхе М.; Пламмер, Жасмин Т.; Вейл, Эрик (6 апреля 2021 г.). «Появление нового варианта SARS-CoV-2 в Южной Калифорнии» . ДЖАМА . 325 (13): 1324–1326. дои : 10.1001/jama.2021.1612 . ПМЦ 7879386 . ПМИД 33571356 .
^ Коши, Джейкоб (8 апреля 2021 г.). «Коронавирус | Индийский штамм «двойного мутанта» под названием B.1.617» . Индуист . Проверено 19 апреля 2021 г. Хотя эти мутации по отдельности были обнаружены в нескольких других вариантах коронавируса, наличие обеих этих мутаций вместе было впервые обнаружено в геномах некоторых коронавирусов из Индии.
^ Гринвуд, Майкл (30 марта 2021 г.). «Мутация T478K SARS-CoV-2 распространяется в Мексике с угрожающей скоростью» . Медицинские новости . Проверено 6 сентября 2021 г. Мутация Т478К представляет собой замену незаряженной аминокислоты треонина на положительно заряженный лизин в положении 478...
^ Дельфин Планас (8 июля 2021 г.). «Сниженная чувствительность варианта Дельта SARS-CoV-2 к нейтрализации антителами» . Природа . 596 (7871): 276–280. Бибкод : 2021Natur.596..276P . дои : 10.1038/s41586-021-03777-9 . ПМИД 34237773 . S2CID 235775860 . Мутация T478K в RBD уникальна для варианта Дельта...
^ Jump up to: ^а ^б Хазелтайн, Уильям. «Индийский вариант SARS-CoV-2 приземлился в Калифорнии. Впереди еще большая опасность?» . Форбс . Проверено 20 апреля 2021 г.
^ «Варианты SARS-CoV-2, вызывающие беспокойство по состоянию на 3 июня 2021 г.» . Европейский центр профилактики и контроля заболеваний . Архивировано из оригинала 11 июня 2021 года.
^ Jump up to: ^а ^б «Реакция экспертов на случаи применения варианта B.1.617 («Индийский вариант»), расследуемого в Великобритании» . Научный медиацентр . Проверено 20 апреля 2021 г.
^ «Предлагаемая новая сублиния B.1, циркулирующая в Индии № 38» . Гитхаб . Проверено 2 апреля 2021 г.
^ «Потенциальные последовательности, которые следует включить в B.1.617 #49» . Гитхаб . Проверено 28 февраля 2021 г.
^ «В Великобритании выявлены подтвержденные случаи вариантов COVID-19» . www.gov.uk. 15 апреля 2021 года. Архивировано из оригинала 16 апреля 2021 года. Эта статья включает текст, опубликованный в соответствии с Британской лицензией открытого правительства v3.0:
^ «В Великобритании выявлены подтвержденные случаи вариантов COVID-19» . www.gov.uk. 3 июня 2021 года. Архивировано из оригинала 4 июня 2021 года. Эта статья включает текст, опубликованный в соответствии с Британской лицензией открытого правительства v3.0:

[1] «Линия Б.1.617» . Родословная ПАНГО . Проверено 12 июня 2021 г.

[2] «Секвенирование генома, проведенное INSACOG, показывает вызывающие беспокойство варианты и новый вариант в Индии» . Информационное бюро для прессы правительства Индии . 24 марта 2021 г.

[3] «Covid-19: вариант двойной мутации подогревает страхи» . Телеграф онлайн . 17 марта 2021 г.

[4] «Происхождение B.1.617.3» . cov-lineages.org . Проверено 10 июля 2021 г.

[SGDB-5] Jump up to: ^а ^б Старр, Тайлер Н.; Грини, Эллисон Дж.; Дингенс, Адам С.; Блум, Джесси Д. (апрель 2021 г.). «Полная карта мутаций RBD SARS-CoV-2, которые ускользают от моноклонального антитела LY-CoV555 и его коктейля с LY-CoV016» . Сотовые отчеты Медицина . 2 (4): 100255. doi : 10.1016/j.xcrm.2021.100255 . ISSN 2666-3791 . ПМК 8020059 . ПМИД 33842902 .

[ZDCSPV-6] Чжан, Вэньцзюань; Дэвис, Брайан Д.; Чен, Стефани С.; Синкуир Мартинес, Хорхе М.; Пламмер, Жасмин Т.; Вейл, Эрик (6 апреля 2021 г.). «Появление нового варианта SARS-CoV-2 в Южной Калифорнии» . ДЖАМА . 325 (13): 1324–1326. дои : 10.1001/jama.2021.1612 . ПМЦ 7879386 . ПМИД 33571356 .

[The_Hindu-7] Коши, Джейкоб (8 апреля 2021 г.). «Коронавирус | Индийский штамм «двойного мутанта» под названием B.1.617» . Индуист . Проверено 19 апреля 2021 г. Хотя эти мутации по отдельности были обнаружены в нескольких других вариантах коронавируса, наличие обеих этих мутаций вместе было впервые обнаружено в геномах некоторых коронавирусов из Индии.

[8] Гринвуд, Майкл (30 марта 2021 г.). «Мутация T478K SARS-CoV-2 распространяется в Мексике с угрожающей скоростью» . Медицинские новости . Проверено 6 сентября 2021 г. Мутация Т478К представляет собой замену незаряженной аминокислоты треонина на положительно заряженный лизин в положении 478...

[9] Дельфин Планас (8 июля 2021 г.). «Сниженная чувствительность варианта Дельта SARS-CoV-2 к нейтрализации антителами» . Природа . 596 (7871): 276–280. Бибкод : 2021Natur.596..276P . дои : 10.1038/s41586-021-03777-9 . ПМИД 34237773 . S2CID 235775860 . Мутация T478K в RBD уникальна для варианта Дельта...

[Haseltine-10] Jump up to: ^а ^б Хазелтайн, Уильям. «Индийский вариант SARS-CoV-2 приземлился в Калифорнии. Впереди еще большая опасность?» . Форбс . Проверено 20 апреля 2021 г.

[11] «Варианты SARS-CoV-2, вызывающие беспокойство по состоянию на 3 июня 2021 г.» . Европейский центр профилактики и контроля заболеваний . Архивировано из оригинала 11 июня 2021 года.

[SMC.Apr.19.21-12] Jump up to: ^а ^б «Реакция экспертов на случаи применения варианта B.1.617 («Индийский вариант»), расследуемого в Великобритании» . Научный медиацентр . Проверено 20 апреля 2021 г.

[13] «Предлагаемая новая сублиния B.1, циркулирующая в Индии № 38» . Гитхаб . Проверено 2 апреля 2021 г.

[14] «Потенциальные последовательности, которые следует включить в B.1.617 #49» . Гитхаб . Проверено 28 февраля 2021 г.

[gov.uk.15.Apr.21-15] «В Великобритании выявлены подтвержденные случаи вариантов COVID-19» . www.gov.uk. 15 апреля 2021 года. Архивировано из оригинала 16 апреля 2021 года. Эта статья включает текст, опубликованный в соответствии с Британской лицензией открытого правительства v3.0:

[gov.uk.3.Jun.21-16] «В Великобритании выявлены подтвержденные случаи вариантов COVID-19» . www.gov.uk. 3 июня 2021 года. Архивировано из оригинала 4 июня 2021 года. Эта статья включает текст, опубликованный в соответствии с Британской лицензией открытого правительства v3.0:

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]