Каппа-вариант SARS-CoV-2
| Часть серии о |
| COVID-19 пандемия |
|---|
 |
|
 Портал COVID-19 |
Вариант пальто [1] представляет собой вариант SARS -CoV-2 , вируса , вызывающего COVID-19 . Это одна из трех сублиний линии Панго B.1.617 . Каппа-вариант SARS-CoV-2 также известен как линия B.1.617.1 и впервые был обнаружен в Индии в декабре 2020 года. [2] К концу марта 2021 года на подвариант Каппа приходилось более половины последовательностей, отправленных из Индии. [3] 1 апреля 2021 года Служба общественного здравоохранения Англии отнесла его к варианту, находящемуся на стадии расследования ( VUI-21APR-01 ). [4]
Мутации [ править ]
![Аминокислотные мутации каппа-варианта SARS-CoV-2 нанесены на карту генома SARS-CoV-2 с акцентом на спайк.[5]](//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/5/57/SARS-CoV-2_Kappa_variant.svg/4586px-SARS-CoV-2_Kappa_variant.svg.png)
Аминокислотные мутации каппа-варианта SARS-CoV-2 нанесены на карту генома SARS-CoV-2 с акцентом на спайк. [5]
![Аминокислотные мутации каппа-варианта SARS-CoV-2 нанесены на карту генома SARS-CoV-2 с акцентом на спайк.[5]](http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/5/57/SARS-CoV-2_Kappa_variant.svg/4586px-SARS-CoV-2_Kappa_variant.svg.png)
Вариант Каппа имеет три заметных изменения в аминокислотных последовательностях, все из которых находятся в коде шиповидного белка вируса . [5]
Три заметные замены: L452R, E484Q, P681R. [8]
- Л452Р . Замена в положении 452 — замена лейцина на аргинин. Этот обмен обеспечивает более сильное сродство белка-шипа к рецептору ACE2 наряду со снижением способности распознавания иммунной системы. [9] [10]
- E484Q . Замена в положении 484 представляет собой замену глутаминовой кислоты на глутамин. Это изменение придает варианту более сильный потенциал связывания с ангиотензинпревращающим ферментом 2 , а также лучшую способность уклоняться от иммунной системы хозяина. [11] [12]
- P681R . Замена в положении 681 — замена пролина на аргинин. [13] [11]
Европейский центр профилактики и контроля заболеваний (ECDC) также перечислил четвертую представляющую интерес мутацию: [14]
- Д614Г . Это замена в положении 614, замена аспарагиновой кислоты на глицин. [15] Другие варианты, имеющие мутацию D614G, включают варианты Бета и Дельта , и эта мутация связана с повышенной инфекционностью. [16] [17]
Две другие мутации, которые можно обнаружить ближе к любому концу области шипа, — это T95I и Q1071H. [5]
История [ править ]
обнаружение Международное
Вариант Каппа был впервые идентифицирован в Индии в декабре 2020 года. [2]
К 11 мая 2021 года в Еженедельном эпидемиологическом бюллетене ВОЗ сообщалось о 34 странах с обнаружением подварианта, [18] однако к 25 мая 2021 года количество стран выросло до 41. [19] [20] По состоянию на 19 мая 2021 г. [update]В Великобритании было обнаружено в общей сложности 418 подтвержденных случаев каппа-варианта SARS-CoV-2. [21] 6 июня 2021 года группа из 60 случаев, выявленных в австралийском городе Мельбурн, была связана с вариантом Каппа. [22] По данным GISAID , в июле 2021 года Индия предоставила больше генетических образцов варианта Каппа, чем любая другая страна. [23]
Трансляция сообщества [ править ]
В техническом справочном документе общественного здравоохранения Англии от 22 апреля 2021 года сообщается, что в Англии было выявлено 119 случаев подварианта с концентрацией случаев в районе Лондона и регионах северо-запада и востока Англии. Из 119 случаев 94 имели установленную связь с поездками, 22 случая все еще находились на расследовании, но остальные три случая были идентифицированы как не имеющие какой-либо известной связи с поездками. [6]
2 июня газета Guardian сообщила, что по крайней мере 1 из 10 случаев вспышки в австралийском штате Виктория был вызван контактом с незнакомцами и что передача среди населения была связана с кластерами варианта Каппа. Однако эксперт по инфекционным заболеваниям профессор Грег Дор заявил, что вариант Каппа вел себя «так же, как мы видели раньше» по отношению к другим вариантам в Австралии. [24]
Эффективность вакцины
Вакцины эффективны против варианта Каппа, хотя и в меньшей степени, чем против исходного штамма.
Исследование, проведенное Оксфордским университетом в июне 2021 года, показало, что вакцина Oxford-AstraZeneca и вакцина Pfizer-BioNTech эффективны против вариантов Каппа и Дельта, что позволяет предположить, что существующие вакцины обеспечивают защиту от этих вариантов, хотя и с небольшим снижением нейтрализации. [25]
Также было обнаружено, что Коваксин эффективен против варианта Каппа (B.1.617.1), как и в отношении других вариантов. [26]
Вакцина Moderna COVID-19 также оказалась эффективной против варианта Каппа, хотя и со снижением нейтрализации в 3,3–3,4 раза. [27]
Статистика [ править ]
| Страна | Подтвержденные случаи [заболевания | Дата сбора |
|---|---|---|
 Индия | 9,915 | 26 мая 2021 г. |
 Великобритания | 3,315 | 31 мая 2021 г. |
 Соединенные Штаты | 955 | 24 июня 2021 г. |
 Канада | 520 | 12 мая 2021 г. |
 Ирландия | 206 | 8 июня 2021 г. |
 Австралия | 128 | 15 июня 2021 г. |
 Германия | 102 | 22 июня 2021 г. |
 Сингапур | 95 | 13 мая 2021 г. |
 Дания | 28 | 31 мая 2021 г. |
 Нидерланды | 27 | 12 июня 2021 г. |
 Япония | 27 | 7 мая 2021 г. |
 Ангола | 6 | 20 апреля 2021 г. |
 Франция | 16 | 20 мая 2021 г. |
 Бельгия | 17 | 13 мая 2021 г. |
 Китай | 13 | 18 апреля 2021 г. |
 Катар | 7 | 17 мая 2021 г. |
 Южная Корея | 12 | 27 апреля 2021 г. |
 Швейцария | 10 | 4 мая 2021 г. |
 Португалия | 9 | 4 мая 2021 г. |
 Италия | 19 | 24 мая 2021 г. |
 Бахрейн | 8 | 10 апреля 2021 г. |
 Мексика | 7 | 2 июня 2021 г. |
 ЮАР | 15 | 18 июня 2021 г. |
 Финляндия | 11 | 23 мая 2021 г. |
 Люксембург | 10 | 26 апреля 2021 г. |
 Испания | 5 | 19 мая 2021 г. |
 Швеция | 5 | 17 апреля 2021 г. |
 Гана | 5 | 20 апреля 2021 г. |
 Кения | 7 | 29 апреля 2021 г. |
 Чешская Республика | 4 | 4 мая 2021 г. |
 Иордания | 4 | 25 апреля 2021 г. |
 Мьянма | 4 | 2 июня 2021 г. |
 Новая Зеландия | 4 | 8 апреля 2021 г. |
 Малайзия | 4 | 1 июня 2021 г. |
 Индонезия | 2 | 29 апреля 2021 г. |
| Гваделупа | 2 | 10 марта 2021 г. |
 Непал | 2 | 9 мая 2021 г. |
 Синт-Мартен | 2 | 3 апреля 2021 г. |
 Австрия | 2 | 1 августа 2021 г. |
 Кюрасао | 1 | 23 апреля 2021 г. |
 Греция | 1 | 6 апреля 2021 г. |
 Словакия | 1 | 19 апреля 2021 г. |
 Словения | 2 | 6 апреля 2021 г. |
 Таиланд | 1 | 26 апреля 2021 г. |
 Уганда | 1 | 26 марта 2021 г. |
 Замбия | 1 | 2 мая 2021 г. |
 Румыния | 1 | 5 мая 2021 г. |
 Марокко | 1 | 22 апреля 2021 г. |
 Каймановы острова | 3 | 16 апреля 2021 г. |
 Польша | 1 | 6 мая 2021 г. |
 Турция | 1 | 12 марта 2021 г. |
 Бразилия | 2 | 10 февраля 2021 г. |
 Израиль | 2 | 2 января 2021 г. |
 Саудовская Аравия | 1 | 14 апреля 2021 г. |
 Россия | 1 | 11 апреля 2021 г. |
 Габон | 1 | 14 апреля 2021 г. |
 Мой собственный | 2 | 16 мая 2021 г. |
 Нигерия | 1 | 21 апреля 2021 г. |
 Филиппины | 1 | 8 ноября 2021 г. |
| Мир (58 стран) | Итого: 6476 | Итого по состоянию на 13 сентября 2021 г. |
См. также [ править ]
- Варианты SARS-CoV-2 : Альфа , Бета , Гамма , Дельта , Эпсилон , Зета , Эта , Тета , Йота , Лямбда , Мю , Омикрон.
Ссылки [ править ]
- ^ «Отслеживание вариантов SARS-CoV-2» . www.who.int . 31 мая 2021 г. Проверено 5 июня 2021 г.
- ^ Jump up to: Перейти обратно: а б «Еженедельная эпидемиологическая информация о COVID-19 – 27 апреля 2021 г.» (PDF) . Всемирная организация здравоохранения . 27 апреля 2021 г. Проверено 6 июня 2021 г.
- ^ Ле Пейдж, Майкл (4 июня 2021 г.). «Индийский вариант Covid-19 (B.1.617)» . Новый учёный . Проверено 8 июня 2021 г.
- ↑ В марте 2022 года Всемирная организация здравоохранения считала его ранее распространенным вариантом, представляющим интерес. Варианты SARS-CoV-2, вызывающие обеспокоенность, и варианты, находящиеся на стадии расследования в Англии — Технический брифинг 10 (PDF) (Отчет). Лондон. 7 мая 2021 г. Проверено 5 июня 2021 г.
Вариант, впервые обнаруженный в Индии, 1 апреля 2021 года был обозначен как VUI-21APR-01 (B.1.617.1), находящийся на стадии расследования.
{{cite report}}: Неизвестный параметр|agency=игнорируется ( помогите )
Эта статья включает текст, опубликованный в соответствии с Британской лицензией открытого правительства v3.0: - ^ Jump up to: Перейти обратно: а б с «Варианты с шипами: вариант Каппа, он же B.1.617.1» . covdb.stanford.edu . База данных Стэнфордского университета по противовирусным препаратам и резистентности к коронавирусу. 1 июля 2021 г. Проверено 3 июля 2021 г.
- ^ Jump up to: Перейти обратно: а б с д Варианты SARS-CoV-2, вызывающие обеспокоенность, и варианты, находящиеся на стадии расследования в Англии — Технический брифинг 9 (PDF) (Отчет). Лондон. 22 апреля 2021 г. Проверено 9 июня 2021 г.
{{cite report}}: Неизвестный параметр|agency=игнорируется ( помогите ) Эта статья включает текст, опубликованный в соответствии с Британской лицензией открытого правительства v3.0: - ^ Jump up to: Перейти обратно: а б «Специальная сборка 21A/S:154K Nextstrain» . сайт covariants.org . 8 июня 2021 г. Проверено 11 июня 2021 г.
- ^ Нуки, Пол; Ньюи, Сара (16 апреля 2021 г.). «Прибытие в Индию «двойной мутации» усугубляет различные проблемы, но угроза остается неясной» . Телеграф . ISSN 0307-1235 . Архивировано из оригинала 12 января 2022 года . Проверено 7 июня 2021 г.
- ^ Старр, Тайлер Н.; Грини, Эллисон Дж.; Дингенс, Адам С.; Блум, Джесси Д. (апрель 2021 г.). «Полная карта мутаций RBD SARS-CoV-2, которые ускользают от моноклонального антитела LY-CoV555 и его коктейля с LY-CoV016» . Сотовые отчеты Медицина . 2 (4): 100255. doi : 10.1016/j.xcrm.2021.100255 . ПМК 8020059 . ПМИД 33842902 .
- ^ Чжан, Вэньцзюань; Дэвис, Брайан Д.; Чен, Стефани С.; Синкуир Мартинес, Хорхе М.; Пламмер, Жасмин Т.; Вейл, Эрик (6 апреля 2021 г.). «Появление нового варианта SARS-CoV-2 в Южной Калифорнии» . ДЖАМА . 325 (13): 1324–1326. дои : 10.1001/jama.2021.1612 . ПМЦ 7879386 . ПМИД 33571356 .
- ^ Jump up to: Перейти обратно: а б Хазелтайн, Уильям. «Индийский вариант SARS-CoV-2 приземлился в Калифорнии. Впереди еще большая опасность?» . Форбс . Проверено 7 июня 2021 г.
- ^ Харви, WT; Карабелли, AM; Джексон, Б; Гупта, РК; Томсон, ЕС; Харрисон, EM; и др. (2021). «Варианты SARS-CoV-2, спайковые мутации и ускользание от иммунитета» . Nat Rev Микробиол . 19 (7): 409–424. дои : 10.1038/s41579-021-00573-0 . ПМЦ 8167834 . ПМИД 34075212 .
Например, ожидалось, что недавно обнаруженные вирусы линии B.1.617.1 будут демонстрировать измененную антигенность из-за присутствия замен L452R и E484Q, которые, как было описано, влияют на распознавание антител.
- ^ «Классификации и определения вариантов SARS-CoV-2» . cdc.org . Центры по контролю и профилактике заболеваний . 11 февраля 2020 г. Проверено 7 июня 2021 г.
- ^ «Варианты SARS-CoV-2, вызывающие беспокойство по состоянию на 3 июня 2021 г.» . Европейский центр профилактики и контроля заболеваний . 3 июня 2021 г. Проверено 8 июня 2021 г.
- ^ Доктор Санчари Синха Дутта, доктор философии (15 марта 2021 г.). «Мутация D614G в белке-шипе SARS-CoV-2» . Новости Медицинские . Проверено 8 июня 2021 г.
- ^ Корбер, Бетт; Фишер, Уилл М.; Гнанакаран, Сандрасегарам; Юн, Хеджин; Тайлер, Джеймс; Абфальтерер, Вернер; и др. (20 августа 2020 г.). «Отслеживание изменений в пике SARS-CoV-2: доказательства того, что D614G увеличивает инфекционность вируса COVID-19» . Клетка . 182 (4): 812–827. doi : 10.1016/j.cell.2020.06.043 . ПМЦ 7332439 . ПМИД 32697968 .
- ^ «Классификации и определения вариантов SARS-CoV-2» . cdc.gov . 4 июня 2021 г. Проверено 8 июня 2021 г.
Эти варианты имеют одну специфическую мутацию, называемую D614G... ...Есть свидетельства того, что варианты с этой мутацией распространяются быстрее, чем вирусы без этой мутации.
- ^ «Еженедельная эпидемиологическая информация о COVID-19 – 11 мая 2021 г.» (PDF) . Всемирная организация здравоохранения . 11 мая 2021 г. с. 4 . Проверено 8 июня 2021 г.
- ^ «Еженедельная эпидемиологическая информация о COVID-19 – 25 мая 2021 г.» (PDF) . Всемирная организация здравоохранения . 25 мая 2021 г. с. 10 . Проверено 8 июня 2021 г.
- ^ «Вариант B.1.617 Covid, впервые обнаружен в Индии, теперь в 53 странах: ВОЗ» . Бизнес-стандарт . Индия. 27 мая 2021 г. Проверено 8 июня 2021 г.
По его данным, B.1.617.1 обнаружен в 41 стране...
- ^ «Варианты: распределение данных случаев» . gov.uk. Общественное здравоохранение Англии . 9 февраля 2021 г. Проверено 8 июня 2021 г. Эта статья включает текст, опубликованный в соответствии с Британской лицензией открытого правительства v3.0:
- ^ Тейлор, Джош (6 июня 2021 г.). «Откуда в Австралии произошли первые случаи заболевания вариантом Covid Delta и насколько он заразен?» . Хранитель . Мельбурн . Проверено 8 июня 2021 г.
- ^ Баро, Димпл (11 июля 2021 г.). «Все, что вам нужно знать о варианте Каппы COVID-19» . ВостокМоджо .
- ^ Дэйви, Мелисса (2 июня 2021 г.). «Эксперты оспаривают утверждение Виктории о том, что вариант Каппа более заразен, чем предыдущие вспышки Covid» . Хранитель . Виктория . Проверено 9 июня 2021 г.
- ^ «Коронавирус: вакцины AstraZeneca и Pfizer эффективны против вариантов Delta и Kappa, показывает исследование» . 23 июня 2021 г.
- ^ «Коваксин нейтрализует двойной мутантный штамм SARS-CoV-2: исследование ICMR» . 21 апреля 2021 г.
- ^ «Небольшие исследования показывают, что вакцина Moderna против COVID-19 может быть эффективна против вариантов Дельта, Каппа и Эта» . июль 2021.
- ^ «GISAID – Варианты hCov19» . www.gisaid.org . Проверено 13 сентября 2021 г.
