Вариант Эпсилон SARS-CoV-2
Легенда:
Вариант Эпсилон , также известный как CAL.20C и относящийся к двум линиям PANGO B.1.427 и B.1.429 , является одним из вариантов SARS -CoV-2 , вируса, вызывающего COVID-19 . Впервые он был обнаружен в Калифорнии , США, в июле 2020 года. [1]
По состоянию на март 2022 года Эпсилон рассматривается ВОЗ как ранее циркулировавший вариант, представляющий интерес. Считается, что этот вариант контролируется CDC.
Мутации [ править ]
Вариант имеет пять определяющих мутаций (I4205V и D1183Y в гене ORF1ab и S13I, W152C, L452R в белка-шипа ). S-гене [2] из которых особую озабоченность вызывал L452R (ранее также обнаруженный в других неродственных линиях). [3] B.1.429, возможно, более заразен, чем предыдущие варианты, циркулирующие локально, но для подтверждения этого необходимы дальнейшие исследования. [3] Центры по контролю и профилактике заболеваний (CDC) включили B.1.429 и родственный ему B.1.427 в список « вариантов, вызывающих беспокойство », и цитируют препринт , в котором говорится, что они демонстрируют примерно 20%-ное увеличение заразности вируса, что у них есть «вызывающий беспокойство вариант». Значительное влияние на нейтрализацию некоторых, но не всех» терапевтических средств, которым выдало разрешение на экстренное использование (EUA) Управление по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов (FDA) для лечения или профилактики COVID-19, и что они умеренно снижают нейтрализацию плазмой, собранной люди, которые ранее были инфицированы вирусом или получили вакцину против вируса. [4] [5] В мае 2021 года Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) дала этому варианту название «вариант Эпсилон». [6]
![Аминокислотные мутации варианта SARS-CoV-2 Epsilon нанесены на карту генома SARS-CoV-2 с акцентом на спайк.[7]](//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/2/2a/SARS-CoV-2_Epsilon_variant.svg/4043px-SARS-CoV-2_Epsilon_variant.svg.png)
Аминокислотные мутации варианта SARS-CoV-2 Epsilon нанесены на карту генома SARS-CoV-2 с акцентом на спайк. [7]
![Аминокислотные мутации варианта SARS-CoV-2 Epsilon нанесены на карту генома SARS-CoV-2 с акцентом на спайк.[7]](http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/2/2a/SARS-CoV-2_Epsilon_variant.svg/4043px-SARS-CoV-2_Epsilon_variant.svg.png)
| Часть серии о |
| COVID-19 пандемия |
|---|
 |
|
 Портал COVID-19 |
История [ править ]
Эпсилон (CAL.20C) впервые был обнаружен в июле 2020 года исследователями Медицинского центра Сидарс-Синай , Калифорния , в одном из 1230 образцов вируса, собранных в округе Лос-Анджелес с начала эпидемии COVID-19 . [1] Он не был обнаружен снова до сентября, когда он снова появился в образцах в Калифорнии, но до ноября его численность оставалась очень низкой. [8] [9] В ноябре 2020 года на вариант Эпсилон приходилось 36 процентов образцов, собранных в Медицинском центре Сидарс-Синай, а к январю 2021 года на вариант Эпсилон приходилось 50 процентов образцов. [3] В совместном пресс-релизе , Калифорнийского университета в Сан-Франциско Департамента общественного здравоохранения Калифорнии и Департамента общественного здравоохранения округа Санта-Клара , [10] было объявлено, что этот вариант также был обнаружен во многих округах Северной Калифорнии. С ноября по декабрь 2020 года частота этого варианта в секвенированных случаях из Северной Калифорнии выросла с 3% до 25%. [11] В препринте CAL.20C описывается как принадлежащий к кладе 20C Nextstrain и на долю которого приходится примерно 36% образцов, в то время как на новый вариант клады 20G приходится около 24% образцов в исследовании, сосредоточенном на Южной Калифорнии. Однако по состоянию на январь 2021 года в США в целом по состоянию на январь 2021 года преобладала клада 20G. После увеличения количества эпсилонов в Калифорнии этот вариант обнаруживался с различной частотой в большинстве штатов США. Небольшое количество было обнаружено в других странах Северной Америки, а также в Европе, Азии и Австралии. [8] [9] по состоянию на июль 2021 года вариант Эпсилон был обнаружен в 45 странах . По данным GISAID , [12] После первоначального увеличения его частота с февраля 2021 года быстро снизилась, поскольку его уступил более передающийся вариант Альфа . В апреле Эпсилон оставался относительно частым в некоторых частях северной Калифорнии, но практически исчез с юга штата и так и не смог обосноваться где-либо еще; только 3,2% всех случаев в Соединенных Штатах были Эпсилон, тогда как к тому времени более двух третей были Альфа. [13]
Статистика [ править ]
См. также [ править ]
- Варианты SARS-CoV-2 : Альфа , Бета , Гамма , Дельта , Зета , Эта , Тета , Йота , Каппа , Лямбда , Мю , Омикрон.
Ссылки [ править ]
- ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б «Местный штамм COVID-19 обнаружен более чем у трети пациентов Лос-Анджелеса» . новости мудрые (пресс-релиз). Калифорния: Медицинский центр Сидарс-Синай. 19 января 2021 г. . Проверено 3 марта 2021 г.
- ^ Варианты шипов: Epsilon, также известный как B.1.427/B.1.429, и CAL.20C/S:452R covdb.stanford.edu , по состоянию на 3 июля 2021 г.
- ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б с «Новый калифорнийский вариант может вызвать там всплеск вируса, как предполагает исследование» . Нью-Йорк Таймс . 19 января 2021 г.
- ^ «Классификации и определения вариантов SARS-CoV-2» . CDC.gov . Центры по контролю и профилактике заболеваний. 24 марта 2021 г. Проверено 4 апреля 2021 г.
- ^ Шен X, Тан Х, Паджон Р, Смит Дж, Гленн ГМ, Ши В и др. (апрель 2021 г.). «Нейтрализация SARS-CoV-2 вариантов B.1.429 и B.1.351» . Медицинский журнал Новой Англии . 384 (24): 2352–2354. дои : 10.1056/NEJMc2103740 . ПМЦ 8063884 . ПМИД 33826819 .
- ↑ Хелен Брансвелл. Игра в названия вариантов коронавируса стала немного проще. 31 мая 2021 г. www.statnews.com , по состоянию на 28 июня 2021 г.
- ^ «Варианты с шипами: вариант Эпсилон, он же B.1.427/B.1.429» . covdb.stanford.edu . База данных Стэнфордского университета по противовирусным препаратам и резистентности к коронавирусу. 1 июля 2021 г. . Проверено 5 июля 2021 г.
- ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б «Б.1.429» . Группа Рамбо, Эдинбургский университет . Родословная ПАНГО. 15 февраля 2021 года. Архивировано из оригинала 28 апреля 2021 года . Проверено 16 февраля 2021 г.
- ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б «Отчет о происхождении B.1.429» . Исследование Скриппса . Вспышка.info. 15 февраля 2021 г. . Проверено 16 февраля 2021 г.
- ^ «Вариант COVID-19, впервые обнаруженный в других странах и штатах, теперь чаще встречается в Калифорнии» . Департамент общественного здравоохранения Калифорнии . Проверено 30 января 2021 г.
- ^ Вайзе Э., Вайнтрауб К. «Новые штаммы COVID, быстро распространяющиеся по США, требуют тщательного наблюдения, говорят ученые» . США сегодня . Проверено 30 января 2021 г.
- ^ «Наблюдение за новым вариантом Эпсилон SARS-CoV-2» . Новости закупок в сфере здравоохранения . 12 июля 2021 г. . Проверено 12 сентября 2021 г.
По данным GISAID, 45 стран, от США до Южной Кореи, от Индии до Японии, сообщили о случаях заболевания вариантом Эпсилон.
- ^ Циммер, Карл; Мандавилли, Апурва (14 мая 2021 г.). «Как Соединённые Штаты на данный момент победили варианты» . Нью-Йорк Таймс . Архивировано из оригинала 28 декабря 2021 года . Проверено 17 мая 2021 г.
- ^ «GISAID – Варианты hCov19» . www.gisaid.org . Проверено 2 июля 2021 г.