Jump to content

Варианты SARS-COV-2

Страница полузащита
(Перенаправлено из JN.1 )

Положительные, отрицательные и нейтральные мутации во время эволюции коронавирусов, таких как SARS-COV-2.

Варианты тяжелого острого респираторного синдрома коронавируса 2 ( SARS-COV-2 ) представляют собой вирусы, которые, хотя и сходны с оригиналом, имеют генетические изменения, которые имеют достаточное значение, чтобы привести вирусов, чтобы помешать их отдельно. SARS-COV-2-это вирус, который вызывает болезнь коронавируса 2019 (COVID-19). Некоторые были заявлены, чтобы иметь особое значение из -за их потенциала для повышения передачи, [ 1 ] Повышенная вирулентность или снижение эффективности вакцин против них. [ 2 ] [ 3 ] Эти варианты способствуют продолжению пандемии Covid-19 .

По состоянию на 1 сентября 2024 года , интересные варианты, указанные Всемирной организацией здравоохранения , - BA.2.86 и JN.1, а варианты под мониторингом - JN.1.7, KP.2, KP.3, KP.3.1.1, Jn.1.18, и и и LB.1. [ 4 ]

Обзор

Происхождение SARS-COV-2 не было идентифицировано. [ 5 ] Тем не менее, появление SARS-COV-2 могло быть вызвано событиями рекомбинации между летучими мышами , похожими на коронавируса и коронавирусом панголина посредством перекрестной передачи. [ 6 ] [ 7 ] Самые ранние доступные вирусные геномы SARS-COV-2 были собраны у пациентов в декабре 2019 года, и китайские исследователи сравнивали эти ранние геномы с штаммами коронавируса летучих мышей и панголина для оценки наследственного типа коронавируса человека; Идентифицированный тип родового генома был помечен «S», а его доминирующий производный тип был помечен «L», чтобы отразить мутантные аминокислотные изменения. Независимо от западных исследователей проводили аналогичные анализы, но назвали наследственный тип «A» и полученный тип «B». B-тип мутировал в дальнейшие типы, включая B.1, который является предком основных глобальных вариантов, которые вызывают озабоченность, помеченные в 2021 году, как альфа , бета , гамма , дельта и омикроновые варианты. [ 8 ] [ 9 ] [ 10 ]

В начале пандемии относительно низкое количество инфекций (по сравнению с более поздними стадиями пандемии) приводило к меньшему количеству возможностей для мутации вирусного генома и, следовательно, к меньшему количеству возможностей для возникновения дифференцированных вариантов. [ 11 ] Поскольку возникновение вариантов было более реже, наблюдение за мутациями S-белка в области рецептор-связывающего домена (RBD), взаимодействующих с ACE2, также не было частым. [ 12 ]

Со временем эволюция генома SARS-COV-2 (посредством случайных мутаций) приводила к мутантным образцам вируса (то есть генетических вариантов), которые были более трансмиссируемыми, которые были выбраны естественным путем. Примечательно, что как альфа, так и дельта -варианты были более трансмиссируемыми, чем ранее идентифицированные вирусные штаммы. [ 13 ]

Считается, что некоторые варианты SARS-COV-2 вызывают беспокойство, поскольку они поддерживают (или даже увеличивают) свою пригодность для репликации перед лицом растущего иммунитета населения, [ 14 ] либо путем восстановления инфекции, либо через вакцинацию. Некоторые из вариантов, вызывающих озабоченность, показывают мутации в RBD S-протеина. [ 15 ]

Определения

Термин вариант беспокойства (VOC) для SARS-COV-2 , который вызывает COVID-19 , представляет собой категорию, используемая для вариантов вируса, где мутации в их белка белка домене связывания (RBD) существенно повышают сродство связывания (например, N501Y ) в комплексе RBD-HACE2 (генетические данные), в то же время связанный с быстрым распространением в популяциях человека (эпидемиологические данные). [ 16 ]

Прежде чем быть выделенным по этой категории, появляющийся вариант, возможно, был назван вариантом интереса (VOI), [ 17 ] Или в некоторых странах под следующий вариант (VUI). [ 18 ] Во время или после полной оценки в качестве варианта озабоченности вариант обычно назначается линии в Панго системе номенклатуры [ 19 ] и вмещать в Nextstrain [ 20 ] и gisaid [ 21 ] система

Исторически, ВОЗ регулярно перечислял обновления о вариантах, вызывающих озабоченность (VOC), которые представляют собой варианты с повышенной скоростью передачи, вирулентности или устойчивости к смягчению, такими как вакцины. Представления вариантов от государств -членов затем представлены в GISAID , а затем полевые расследования варианта. [ 22 ] Обновленные определения, опубликованные в 4 октября 2023 года, добавляют варианты интереса (VOI) и варианты под мониторингом (VUM) в рабочие определения Всемирной организации здравоохранения для вариантов SARS-COV-2. [ 23 ] [ 24 ] Другие организации, такие как CDC в Соединенных Штатах, обычно определяют свои разнообразные варианты, немного по -разному; Например, CDC деэскалировал вариант Delta 14 апреля 2022 года, [ 25 ] в то время как кто сделал это 7 июня 2022 года.

Ложно-цветовая электронная микрофотография варианта варианта B.1.1.7. Считается, что повышенная трансмиссия варианта связана с изменениями структуры белков шипа, показанных здесь на зеленом.

По состоянию на 15 марта 2023 г. , [ 26 ] ВОЗ определяет VOI как вариант «с генетическими изменениями, которые, как известно, влияют на характеристики вируса, такие как трансмиссия, вирулентность, уклонение от антител, восприимчивость к терапии и обнаруживаемость», и это циркулирует больше, чем другие варианты из того, кто облада Такой степени, что глобальный риск общественного здравоохранения может быть предложен. [ 27 ] Кроме того, в обновлении указывалось, что «VOI будет упоминаться с использованием установленных научных номенклатурных систем, таких как те, которые используются Nextstrain и Pango». [ 27 ]

Критерии известной

Вирусы обычно приобретают мутации с течением времени, вызывая новые варианты. Когда новый вариант, по -видимому, растет в популяции, его можно пометить как «новый вариант». В случае SARS-COV-2 новые линии часто отличаются друг от друга только несколькими нуклеотидами. [ 14 ]

Некоторые из потенциальных последствий появляющихся вариантов являются следующими: [ 28 ] [ 29 ]

  • Повышенная передача
  • Повышенная заболеваемость
  • Повышенная смертность
  • Способность уклоняться от обнаружения с помощью диагностических тестов
  • Снижение восприимчивости к противовирусным препаратам (если и когда такие препараты доступны)
  • Снижение восприимчивости к нейтрализующим антителам, либо терапевтическим (например, коннуслоцирующей плазме или моноклональным антителам) или в лабораторных экспериментах
  • Способность избежать естественного иммунитета (например, вызывая повреждения)
  • Способность заражать вакцинированных людей
  • Повышенный риск конкретных состояний, таких как мультисистемный воспалительный синдром или длинный ковид .
  • Повышение сродства к конкретным демографическим или клиническим группам, таким как дети или индивидуальные лица.

Варианты, которые, по -видимому, соответствуют одному или нескольким из этих критериев, могут быть помечены как «исследуемые варианты» или «варианты интереса» в ожидании проверки и проверки этих свойств. Основная характеристика интереса варианта заключается в том, что он показывает доказательства, которые демонстрируют, что это является причиной увеличения доли случаев или уникальных кластеров вспышки; Тем не менее, он также должен иметь ограниченную распространенность или расширение на национальных уровнях, или классификация будет повышена до « варианта беспокойства ». [ 30 ] [ 31 ] Если есть четкие доказательства того, что эффективность мер профилактики или вмешательства для конкретного варианта существенно снижена, этот вариант называется «вариантом высокого уровня». [ 25 ]

Номенклатура

SARS-COV-2 Соответствующие номенклатуры [ 32 ]
Панго линии [ 33 ] Примечания на линии Панго [ 34 ] Nextstrain Clades, [ 35 ] 2021 [ 36 ] Гисайд Клады Примечательные варианты
A.1 - A.6 19b С Содержит «эталонную последовательность» WIV04/2019 [ 37 ]
B.3 - B.7 , B.9 , B.10 , B.13 - B.16 19а Л
А [ А ]
Б.2 V
Б.1 B.1.5 - B.1.72 20А Глин Линия B.1 в системе номенклатуры Pango Lineages; Включает в себя Delta/ B.1.617 [ 38 ] [ 39 ]
B.1.9 , B.1.13 , B.1.22 , B.1.26 , B.1.37 GH
B.1.3 - B.1.66 20с Включает Epsilon/ B.1.427/ B.1.429/ Cal.20c и Eta/ B.1.525 [ 25 ] [ 40 ]
20 г Преобладает в нас, как правило, 21 февраля ' [ 40 ]
20 часов Включает бета/ B.1.351 aka 20h/501y.v2 или 501.v2.
B.1.1 20B Гр Включает B.1.1.207 [ Цитация необходима ] и лямбда (линия c.37) [ 41 ]
20д
20J. Включает гамма/ С.1 и дзета/ С.2 [ 42 ] [ 43 ]
20f
20 Включает альфа/ B.1.1.7 AKA VOC-2012/01, VOC-20DEC-01 или 20I/501Y.V1
B.1.177 20SE 20SE (E1) [ 36 ] Учитель [ А ] Получен из 20а [ 36 ]
Схема деревьев линий SARS-COV-2 в соответствии с системой номенклатуры Панго.
Различные варианты SARS-COV-2, о которых официально сообщили CDC, NIH, в мае 2021 года в отношении мутаций L452R и E484K

Варианты SARS-COV-2 сгруппированы в соответствии с их линейными и компонентными мутациями. [ 14 ] Многие организации, в том числе правительства и новостные агентства, упоминали в разговорной речи об вариантах страны, в которой они были впервые идентифицированы. [ 45 ] [ 46 ] [ 47 ] После нескольких месяцев обсуждений Всемирная организация здравоохранения объявила имена греков-букв для важных штаммов 31 мая 2021 года, [ 48 ] Таким образом, их можно легко упомянуть в простом, легко сказать, и не стигматизирующего. [ 49 ] [ 50 ] Это решение могло быть частично принято из -за критики со стороны правительств при использовании имен страны для обозначения вариантов вируса; ВОЗ упомянул потенциал для упоминания имен страны, чтобы вызвать стигму. [ 51 ] После использования всех букв от Альфы в MU (см. Ниже), в ноябре 2021 года ВОЗ пропустил следующие две буквы греческого алфавита, NU и XI, и использовал Omicron, что привело к предположению, что Си был пропущен, чтобы избежать оскорбления китайского лидера Си Цзиньпин Полем [ 52 ] ВОЗ дал как объяснение, что NU слишком легко смущает с «новым», а XI - общая фамилия . [ 52 ] В случае, если ВОЗ использует весь греческий алфавит, агентство рассмотрело именование будущих вариантов после созвездий . [ 53 ]

Линии и клады

В то время как есть много тысяч вариантов SARS-COV-2, [ 54 ] Подтипы вируса могут быть помещены в более крупные группы, такие как линии или клады . [ B ] Три основных, обычно используемые номенклатуры [ 55 ] были предложены:

  • По состоянию на январь 2021 года , Gisaid -refring to sars-cov-2 как HCOV-19 [ 34 ] - Had идентифицировал восемь глобальных клад (S, O, L, V, G, GH, GR и GV). [ 56 ]
  • В 2017 году Hadfield et al. Объявлен Nextstrain , предназначенный «для отслеживания эволюции патогенов в реальном времени». [ 57 ] Nextstrain позже использовался для отслеживания SARS-Cov-2, выявляя 13 основных клад [ C ] (19a - b, 20a - 20j и 21a) по состоянию на июнь 2021 г. . [ 58 ]
  • В 2020 году Rambaut et al. филогенетического назначения названных глобальных линий вспышки (панголин) [ 59 ] Команда программного обеспечения предложена в статье [ 33 ] «Динамическая номенклатура для линий SARS-COV-2, которая фокусируется на активно циркулирующих вирусных линиях и тех, которые распространяются на новые местоположения»; [ 55 ] с августа 2021 года , 1340 линий были назначены. [ 60 ] [ 61 ]

Каждый национальный институт общественного здравоохранения может также создать свою собственную систему номенклатуры для целей отслеживания конкретных вариантов. Например, общественное здравоохранение Англия назначила каждый отслеживаемый вариант по году, месяцу и количеству в формате [yyyy] [мм]/[nn], префиксировал «vui» или «oc» для исследуемого варианта или варианта заботы соответственно. [ 30 ] Эта система теперь была изменена и теперь использует формат [yy] [MMM]-[nn], где месяц записан с использованием трехбуквенного кода. [ 30 ]

Эталонная последовательность

Поскольку в настоящее время неизвестно, когда произошел случай индекса или «нулевой пациент», выбор эталонной последовательности для данного исследования является относительно произвольным, с различными заметными исследованиями, варьируясь следующим образом:

  • Самая ранняя последовательность, Wuhan-1 , была собрана 24 декабря 2019 года. [ 62 ]
  • Одна группа (Судхир Кумар и др.) [ 62 ] Общепризнанно относится к NCBI контрольному геному (GenBankid: NC_045512; GISAID ID: EPI_ISL_402125), [ 63 ] Эта выборка была собрана 26 декабря 2019 года, [ 64 ] Хотя они также использовали ссылочный геном WIV04 GISAID (ID: EPI_ISL_402124), [ 65 ] в их анализе. [ 66 ]
  • Согласно другому источнику (Zhukova et al.), Последовательность WIV04 / 2019 , принадлежащая к кладе Gisaid S / Pango A Lineage / Nextstrain 19B, считается наиболее близко отражает последовательность исходных вирусных людей, известных как », известные как». Последовательность ноль ». [ 37 ] WIV04/2019 был отобран с симптоматического пациента 30 декабря 2019 года и широко используется (особенно теми, кто сотрудничает с gisaid) [ 67 ] в качестве эталонной последовательности . [ 37 ]

Исследователи считают, что вариант сначала отобрана и идентифицированная в Ухане, Китай считается отличным от генома -предшественника по трем мутациям. [ 62 ] [ 68 ] Впоследствии эволюционировали много различных линий SARS-CoV-2. [ 60 ]

Обзор исторических вариантов, вызывающих озабоченность или под мониторингом

В следующей таблице представлена ​​информация и относительный риска уровень [ 69 ] для в настоящее время и ранее циркулирующих вариантов, вызывающих озабоченность (VOC). [ D ] Интервалы предполагают 95% достоверность или уровень доверия , если не указано иное. В настоящее время все оценки являются приблизительными из -за ограниченной доступности данных для исследований. Для альфа, бета, гаммы и дельты нет никаких изменений в точности теста , [ 70 ] [ 75 ] и нейтрализующая активность антител сохраняется некоторыми моноклональными антителами. [ 25 ] [ 76 ] ПЦР -тесты продолжают обнаруживать вариант Omicron. [ 77 ]

Варианты таблицы SARS-COV-2
Идентификация [ 75 ] Появление Изменения относительно ранее циркулирующих вариантов в то время и месте появления Нейтрализующая активность антител (или эффективность, когда она доступна)
ВОЗ
этикетка
Черный
происхождение
Nextstrain
клада
Первый
вспышка
Самый ранний
образец [ 78 ]
Обозначенный ЛОС Текущая циркуляция Примечательные мутации Передаваемость Госпитализация Смертность От естественной инфекции [ А ] От вакцинации
Дельта B.1.617 .2 21а  Индия Октябрь 2020 года 6 мая 2021 года [ 79 ] Нет L452R, T478K, P681R [ 38 ] +97% ( 76 117% ) [ 80 ] +85% ( 39 - 147% ) по сравнению с альфа [ D ] +137% ( 50 230% ) [ B ] Реинфекции произошли, с меньшим уровнем возникновения, чем вакцинированные инфекции [ E ] [ 83 ] Снижение эффективности при неприятной болезни [ 75 ] [ 83 ] [ F ]
Омикрон B.1.1.529 21K  ЮАР 9 ноября 2021 года [ 85 ] 26 ноября 2021 года [ 77 ] Да P681H, N440K, N501Y, S477N, многие другие [ 86 ] Возможно увеличилось [ 87 ] −57% ( 59 - 61% ) по сравнению с дельтой [ 88 ] −63% ( 69 - 74% ) по сравнению с дельтой [ 88 ] Увеличение скорости повреждения [ 87 ] Снижение эффективности в отношении симптоматических заболеваний, неизвестно при тяжелых заболеваниях [ 87 ]
Альфа B.1.1.7 20i (v1)  Великобритания 20 сентября 2020 года [ 89 ] 18 декабря 2020 года [ 90 ] Нет 69–70DEL, N501Y, P681H [ 28 ] [ 91 ] +29% ( 24 33% ) [ 80 ] [ G ] +52% ( 47 57% ) [ H ] [ G ] +59% ( 44 74% ) [ H ] [ G ] Минимальное сокращение [ 25 ] Минимальное сокращение [ 25 ]
Гамма С.1 (B.1.1.28.1) 20J (v3)  Бразилия Ноябрь 2020 года 15 января 2021 года [ 93 ] [ 94 ] Нет K417T, E484K, N501Y [ 28 ] +38% ( 29 48% ) [ 80 ] Возможно увеличилось [ 75 ] +50% (50% CRI , 20 - 90% ) [ Я ] [ J ] Уменьшенный [ 25 ] Сохраняется многими [ K ]
Бета B.1.351 20 ч (v2)  ЮАР Май 2020 года 14 января 2021 года [ 95 ] Нет K417N, E484K, N501Y [ 28 ] +25% ( 20 30% ) [ 80 ] Под следствием [ когда? ] Возможно увеличилось [ 70 ] [ 75 ] Снижение ответа Т -клеток , вызванная вирусом D614G, остается эффективным [ 25 ] [ 75 ] Снижение эффективности против симптоматического заболевания, [ L ] сохраняется против тяжелого заболевания [ 75 ]
  Очень высокий риск   Высокий риск   Средний риск   Низкий риск   Неизвестный риск
  1. ^ Эффективность естественной инфекции в отношении повторной инфекции , когда она доступна.
  2. ^ Jump up to: а беременный 7 февраля - 22 июня 2021 года, Онтарио. CFR 0,04% для <50 возрастных групп невакцинировано, 6,5% для> 50 возрастных групп невакцинированной [ 82 ]
  3. ^ Jump up to: а беременный Различия могут быть связаны с различными политиками и вмешательствами, принятыми в каждой области, изученной в разное время, к способности локальной системы здравоохранения или с различными вариантами, циркулирующими в то время и месте исследования.
  4. ^ 1 апреля - 6 июня 2021 года, Шотландия. [ 81 ] Другое предварительное исследование в Онтарио показало, что госпитализация от Delta увеличилась на 120% по сравнению с без ЛОС . линиями [ B ] [ C ]
  5. ^ Исследование в Израиле отслеживало 46035 невакцинированных восстановленных и 46035 вакцинированных людей того же возраста, чтобы сравнить их возникновение инфекции в период наблюдения. 640 инфекций в вакцинированной группе и 108 инфекций в извлеченной группе были зарегистрированы.
  6. ^ Умеренно уменьшенная нейтрализация с коваксином. [ 84 ]
  7. ^ Jump up to: а беременный в B.1.1.7 с E484K, предполагаемым только отличаться от B.1.1.7 при нейтрализующей активности антител. [ 71 ]
  8. ^ Jump up to: а беременный 23 ноября 2020 года - 31 января 2021 года, Англия. [ 92 ] CFR 0,06% для <50 возрастной группы, 4,8% для> 50 возрастных групп [ 82 ]
  9. ^ Сообщаемый доверие или заслуживающий доверия интервал имеет низкую вероятность, поэтому предполагаемое значение может быть понято только как можно более, а не определенное и не вероятно.
  10. ^ Март 2020 - февраль 2021 года, Манаус. [ C ]
  11. ^ Кроме Pfizer - Biontech. [ 70 ]
  12. ^ Oxford-Astrazeneca, Novavax.

Ранее циркулирующие и ранее контролируемые варианты (Кто)

ВОЗ определяет ранее циркулирующий вариант как вариант, который «продемонстрировал, что больше не представляет значительный дополнительный риск для глобального общественного здравоохранения по сравнению с другими циркулирующими вариантами SARS-COV-2», но все равно должен контролироваться. [ 96 ]

15 марта 2023 года WHO выпустил обновление системы отслеживания VOCS, объявив, что только VOCS будут назначены греческие буквы. [ 26 ]

Ранее циркулирующие варианты, вызывающие озабоченность (VOC)

Варианты, перечисленные ниже, были ранее обозначены как варианты, вызывающие беспокойство, но были вытеснены другими вариантами. С мая 2022 года , ВОЗ перечисляет следующее в разделе «Ранее циркулирующие варианты, вызывающие озабоченность»: [ 96 ]

Альфа (линия B.1.1.7)

Впервые обнаружено в октябре 2020 года во время пандемии Covid-19 в Великобритании из выборки, взятой в предыдущем месяце в Кенте, [ 97 ] происхождение B.1.1.7, [ 98 ] Намеченный альфа -вариант WHO, ранее был известен как первый вариант расследования в декабре 2020 года (VUI - 202012/01) [ 99 ] а позже отмечено как VOC-2012/01. [ 30 ] Он также известен как 20i (v1), [ 78 ] 20i/501y.v1 [ 100 ] (ранее 20b/501y.v1), [ 28 ] [ 101 ] [ 102 ] или 501y.v1. [ 103 ] С октября по декабрь 2020 года его распространенность удвоилась каждые 6,5 дней, предполагаемый интервал поколений. [ 104 ] [ 105 ] Он коррелирует со значительным увеличением скорости инфекции Covid-19 в Соединенном Королевстве , частично связанной с мутацией N501Y . [ 104 ] Были некоторые доказательства того, что этот вариант имел 40–80% повышенную передачу (с большинством оценок, лежащих в среднем и более высоком конце этого диапазона),), [ 106 ] [ 107 ] и ранний анализ предположил увеличение летальности, [ 108 ] [ 109 ] Хотя более поздняя работа не нашла доказательств повышенной вирулентности. [ 110 ] По состоянию на май 2021 года альфа -вариант был обнаружен в примерно 120 странах. [ 111 ]

16 марта 2022 года ВОЗ деэскалировал альфа-вариант и его подварианам «ранее циркулирующие варианты, вызывающие озабоченность». [ 112 ] [ 113 ]

B.1.1.7 с E484K

Вариант беспокойства 21FEB -02 (ранее написанный как VOC -202102/02), описанный общественным здравоохранением Англии (PHE) как «B.1.1.7 с E484K» [ 30 ] имеет ту же линию в номенклатурной системе Панго, но имеет дополнительную мутацию E484K . По состоянию на 17 марта 2021 года в Великобритании было 39 подтвержденных случаев, когда случаев . в Великобритании было 39 [ 30 ] 4 марта 2021 года ученые сообщили о B.1.1.7 с мутациями E484K в штате Орегон . В 13 проанализированных образцах испытаний у одного была такая комбинация, которая, по -видимому, возникла спонтанно и локально, а не импортировалась. [ 114 ] [ 115 ] [ 116 ] Другие имена для этого варианта включают B.1.1.7+E484K [ 117 ] и B.1.1.7 происхождение с S: E484K. [ 118 ]

Бета (линия B.1.351)

18 декабря 2020 года вариант 501.v2 , также известный как 501.v2, 20h (v2), [ 78 ] 20h/501y.v2 [ 100 ] (ранее 20c/501y.v2), 501y.v2, [ 119 ] VOC-20DEC-02 (ранее VOC -202012/02), или линия B.1.351, [ 28 ] был впервые обнаружен в Южной Африке страны и сообщил Департамент здравоохранения . [ 120 ] Это было помечено как бета -вариант, кто. Исследователи и чиновники сообщили, что распространенность варианта была выше среди молодых людей, не имеющих основных состояний здоровья, и по сравнению с другими вариантами в этих случаях чаще приводит к серьезным заболеваниям. [ 121 ] [ 122 ] Департамент здравоохранения Южной Африки также указал, что вариант может стимулировать вторую волну эпидемии COVID-19 в стране из-за распространения варианта более быстрыми темпами, чем другие более ранние варианты вируса. [ 120 ] [ 121 ]

Ученые отметили, что вариант содержит несколько мутаций, которые позволяют ему легче прикрепляться к клеткам человека из-за следующих трех мутаций в рецепторном домене (RBD) в гликопротеине вируса: N501Y , [ 120 ] [ 123 ] K417N и E484K . [ 124 ] [ 125 ] Мутация N501Y также была обнаружена в Соединенном Королевстве. [ 120 ] [ 126 ]

16 марта 2022 года ВОЗ деэскалировал вариант бета-версии и его подварианам с «ранее циркулирующими вариантами, вызывающими беспокойство». [ 112 ] [ 113 ]

Гамма (происхождение с.1)

Гамма-вариант или линия с.1, называемый вариант беспокойства 21 Ян-02 [ 30 ] (ранее VOC-202101/02) от общественного здравоохранения Англия, [ 30 ] 20J (v3) [ 78 ] или 20J/501Y.V3 [ 100 ] Nextstrain , , или только 501y.v3 [ 103 ] был обнаружен в Токио 6 января 2021 года Национальным институтом инфекционных заболеваний (NIID). Он был помечен как гамма -вариант, кто. Новый вариант был впервые идентифицирован у четырех человек, которые прибыли в Токио, отправившись из бразильского штата Амазонас 2 января 2021 года. [ 127 ] 12 января 2021 года Центр CADDE Бразилии-юк подтвердил 13 местных случаев нового гамма-варианта в тропическом лесу Амазонки. [ 128 ] Этот вариант SARS-COV-2 был назван линейной с.1 (хотя он является потомком B.1.1.28, имя B.1.1.28.1 [ 70 ] [ 129 ] не допускается и, следовательно, результирующее имя составляет с.1), и имеет 17 уникальных аминокислотных изменений, 10 из которых в его белке, включая три мутации: N501Y , E484K и K417T. [ 128 ] [ 129 ] [ 130 ] [ 131 ] : Рисунок 5

Мутации N501Y и E484K способствуют формированию стабильного комплекса RBD-HACE2, таким образом, усиливая аффинность связывания RBD с HACE2. Тем не менее, мутация K417T разворачивает образование комплекса между RBD и HACE2, которое было продемонстрировано, что снижает аффинность связывания. [ 1 ]

Новый вариант отсутствовал в образцах, собранных с марта по ноябрь 2020 года в Манаусе , штат Амазонс, но он был обнаружен для того же города в 42% от образцов с 15 по 23 декабря 2020 года, а затем 52,2% в течение 15–31 декабря и 85,4% в течение 1–9 января 2021 года. [ 128 ] Исследование показало, что инфекции гамма могут производить почти в десять раз больше вирусной нагрузки по сравнению с людьми, зараженными одной из других линий, выявленных в Бразилии (B.1.1.28 или B.1.195). Гамма также показала в 2,2 раза выше трансмиссии с одинаковой способностью заражать как взрослых, так и пожилых людей, предполагая, что линии P.1 и P.1 более успешны для заражения молодых людей, независимо от пола. [ 132 ]

Исследование образцов, собранных в Манаусе в период с ноября 2020 года по январь 2021 года, показало, что гамма -вариант в 1,4–2,2 раза более передается и, как было показано, способен уклониться от 25–61% наследственного иммунитета от предыдущих заболеваний коронавируса, что приводит к возможностям. реинфекции после восстановления после более ранней инфекции Covid-19. Что касается коэффициента летальности, было также обнаружено, что инфекции гамма составляют на 10–80% более смертельными. [ 133 ] [ 134 ] [ 135 ]

Исследование показало, что люди, полностью вакцинированные Pfizer или Moderna, имеют значительно снизились эффект нейтрализации против гаммы, хотя фактическое влияние на течение заболевания является неопределенным. Предварительное исследование, проведенное Фондом Освальдо Крус, опубликованное в начале апреля, показало, что в реальном мире показатели людей с начальной дозой вакцины Синовака вакцины Коронавака имели примерно 50% эффективность. Они ожидали, что эффективность будет выше после 2 -й дозы. По состоянию на июль 2021 года исследование продолжается. [ 136 ]

Предварительные данные из двух исследований показывают, что вакцина против Оксфорд -Остразенека эффективна против гамма -варианта, хотя точный уровень эффективности еще не был выпущен. [ 137 ] [ 138 ] Предварительные данные исследования, проведенного Instituto Butantan, свидетельствуют о том, что Coronavac действует и против гамма -варианта, и по состоянию на июль 2021 года еще не расширен для получения окончательных данных. [ 139 ]

16 марта 2022 года ВОЗ деэскалировал гамма-вариант и его подварианам «ранее циркулирующие варианты, вызывающие озабоченность». [ 112 ] [ 113 ]

Дельта (линия B.1.617.2)

Дельта -вариант, также известный как B.1.617.2, g/452r.v3, 21a [ 78 ] или 21a/s: 478k, [ 100 ] был глобально доминирующим вариантом, который распространился как минимум до 185 стран. [ 140 ] Впервые он был обнаружен в Индии . Потомок линии B.1.617, который также включает в себя расследование каппа, он был впервые обнаружен в октябре 2020 года и с тех пор распространился на международном уровне. [ 141 ] [ 142 ] [ 143 ] [ 144 ] [ 145 ] 6 мая 2021 года британские ученые объявили B.1.617.2 (в частности, не хватает мутации в E484Q) как «вариант беспокойства», обозначая его Voc-21APR-02, после того как они отметили доказательства того, что он распространяется быстрее, чем оригинальная версия вируса и может распространяться быстрее или так же быстро, как альфа. [ 146 ] [ 71 ] [ 147 ] [ 148 ] Он несет мутации L452R и P681R в Spike; [ 38 ] В отличие от Каппы, это несет T478K, но не E484Q.

3 июня 2021 года Англия в области здравоохранения сообщила, что двенадцать из 42 смертей от дельта -варианта в Англии были одними из полностью вакцинированных, и что она распространялась почти в два раза быстрее, чем альфа -вариант. [ 149 ] Также 11 июня медицинский центр Foothills в Калгари, Канада, сообщила, что половина из 22 случаев варианта Delta произошла среди полностью вакцинированных. [ 150 ]

В июне 2021 года начались сообщения о варианте Delta с мутацией K417N. [ 151 ] Мутация, также присутствующая в вариантах бета и гамма, вызывает обеспокоенность по поводу возможности снижения эффективности вакцин и обработки антител и повышенный риск реинфекции. [ 152 ] Вариант, называемый «Delta with K417N», Public Health England, включает в себя две клады, соответствующие линиям Pango AY.1 и AY.2. [ 153 ] Это было прозвище "Delta Plus" [ 154 ] от "Delta Plus K417N". [ 155 ] Название мутации, K417N, относится к обмену, посредством которого лизин (k) заменяется аспарагином (N) в позиции 417. [ 156 ] 22 июня Министерство здравоохранения и благосостояния семьи Индии объявило о варианте Covid-19 Covid-19, после того как в Индии было зарегистрировано 22 случая варианта. [ 157 ] После объявления ведущие вирологи заявили, что недостаточно данных для поддержки маркировки варианта в качестве особого варианта, указывая на небольшое количество изученных пациентов. [ 158 ] В Великобритании в июле 2021 года был идентифицирован AY.4.2. Наряду с ранее упомянутыми, он также получил прозвище «Delta Plus», на силе его дополнительных мутаций, Y145H и A222V. Они не уникальны, но отличают его от оригинального варианта Delta. [ 159 ]

7 июня 2022 года ВОЗ деэскалировал вариант Дельта и его подварителей с «ранее циркулирующими вариантами, вызывающими беспокойство». [ 113 ] [ 160 ]

Ранее циркулирующие варианты, представляющие интерес (VOI)

Черная линия ГИСАЙД КЛАД Nextstrain Clade Самые ранние образцы Данные вас Дата обозначения Страна отбора проб Примечания
С.2 GR/484K.V2 20b/s.484k 2020-04 2021-07-06 2021-08-17 Zeta Variant
С.3 GR/1092K.V1 21E 2021-01 2021-07-06 2021-08-17 Тета -вариант
B.1.427
B.1.429
GH/452R.V1 21C 2020-03 2021-07-06 2021-11-09 Эпсилон вариант
B.1.617.1 G/452R.V3 21b 2020-10 2021-09-20 Вариант пальто
B.1.526 GH/253G.V1 21f 2020-11 2021-09-20 Йота вариант
B.1.525 G/484K.V3 21d 2020-12 2021-09-20 Eta variant
C.37 GR/452Q.V1 21 г 2020-12 2021-06-14 2022-03-09 Лямбда вариант
B.1.621 GH 21 ч 2021-01 2021-08-30 2022-03-09 Mu variant

Epsilon (линии B.1.429, B.1.427, Cal.20c)

Вариант Epsilon или происхождение B.1.429, также известная как Cal.20c [ 161 ] или ca   vui1, [ 162 ] 21C [ 78 ] или 20 ° С/с: 452r, [ 100 ] определяется пятью различными мутациями (I4205V и D1183Y в гене ORF1AB , и S13I, W152C, L452R в S-гене белка Spike), из которых L452R (ранее также обнаруженный в других не связанных с ниходах). [ 40 ] [ 163 ] С 17 марта по 29 июня 2021 года в CDC перечислены B.1.429 и связанные с ними B.1.427 как «варианты заботы». [ 38 ] [ 164 ] [ 165 ] [ 166 ] По состоянию на июль 2021 года Эпсилон больше не считается вариантом интереса со стороны ВОЗ, [ 24 ] как это было нагнано Альфа. [ 167 ]

С сентября 2020 года по январь 2021 года он был на 19% до 24% более передаваемым, чем более ранние варианты в Калифорнии. Нейтрализация против этого антителами из природных инфекций и прививок была умеренно снижена, [ 168 ] Но он оставался обнаруживаемым в большинстве диагностических тестов. [ 169 ]

Эпсилон (Cal.20C) был впервые наблюдал в июле 2020 года исследователями в медицинском центре Cedars-Sinai , штат Калифорния , в одном из 1230 образцов вируса, собранных в округе Лос-Анджелес с начала эпидемии Covid-19 . [ 170 ] Он не был обнаружен снова до сентября, когда он появился среди образцов в Калифорнии, но числа оставались очень низкими до ноября. [ 171 ] [ 172 ] В ноябре 2020 года вариант Epsilon составлял 36 процентов образцов, собранных в медицинском центре Cedars-Sinai, и к янвату 2021 года вариант Epsilon составлял 50 процентов образцов. [ 163 ] В совместном пресс -релизе Калифорнийского университета, Сан -Франциско , Калифорнийского департамента общественного здравоохранения и Департамента общественного здравоохранения округа Санта -Клара , [ 173 ] Вариант также был обнаружен в нескольких округах в Северной Калифорнии. С ноября по декабрь 2020 года частота варианта в секвенированных случаях из Северной Калифорнии выросла с 3% до 25%. [ 174 ] В препринте Cal.20C описывается как принадлежащий Clade 20C и содержит приблизительно 36% образцов, в то время как новый вариант от Clade 20G составляет около 24% образцов в исследовании, посвященном Южной Калифорнии. Обратите внимание, однако, что в США в целом преобладает клада 20G, по состоянию на январь 2021 года. [ 40 ] После растущего числа Epsilon в Калифорнии вариант был обнаружен на различных частотах в большинстве штатов США. Небольшое количество было обнаружено в других странах Северной Америки и в Европе, Азии и Австралии. [ 171 ] [ 172 ] После первоначального увеличения его частота быстро упала с февраля 2021 года, поскольку она была заострена более трансмиссивной альфа . В апреле Эпсилон оставался относительно частыми в некоторых частях Северной Калифорнии, но он практически исчез с юга штата и никогда не смог закрепиться в другом месте; Только 3,2% всех случаев в Соединенных Штатах были Эпсилоном, в то время как более двух третей были альфа. [ 167 ]

Зета (линия с.2)

В соответствии с упрощенной схемой именования, предложенной Всемирной организацией здравоохранения , с.2 была помечена «вариант Zeta» и считался вариантом интереса (VOI), но не вариантом беспокойства . [ 175 ] Второй волне предшествовало в ноябре 2020 года увеличение распространенности варианта Zeta среди генетических последовательностей из штата Сан -Паулу, внесенного в базу данных GISAID . [ 176 ] По состоянию на июль 2021 года Зета больше не считается вариантом интереса ВОЗ. [ 177 ]

И (происхождение B.1.525)

Вариант ETA или линия B.1.525, также называемый VUI -21FEB -03 [ 30 ] (Ранее VUI-2011102/03) от общественного здравоохранения Англия (PHE) и ранее известный как UK1188, [ 30 ] 21d [ 78 ] или 20а/с: 484K, [ 100 ] не несет ту же ту же мутацию N501Y, что и в альфа , бета и гамме , но носит ту же эпоху E484K-мутации, что и в гамме, дзета и бета-вариантах, а также несет ту же делецию ΔH69/ΔV70 (делеция аминокислот гистидин и валин в положениях 69 и 70), как обнаружено в варианте Alpha, N439K (B.1.141 и B.1.258) и варианте Y453F ( кластер 5 ). [ 178 ] ETA отличается от всех других вариантов, имея как E484K-мутацию, так и новую мутацию F888L (замена фенилаланина (F) лейцином (L) в домене S2 белка Spike). По состоянию на 5 марта 2021 года он был обнаружен в 23 странах. [ 179 ] [ 180 ] [ 181 ] Об этом также сообщалось в Майотте , зарубежном департаменте/регионе Франции. [ 179 ] Первые случаи были обнаружены в декабре 2020 года в Великобритании и Нигерии, и по состоянию на 15 февраля 2021 года это произошло на самой высокой частоте среди образцов в последней стране. [ 181 ] По состоянию на 24 февраля в Великобритании были найдены. [ 30 ] Дания, которая последовала за всеми своими случаями Covid-19, обнаружила 113 случая этого варианта с 14 января по 21 февраля 2021 года, из которых семь были непосредственно связаны с иностранными путешествиями в Нигерию. [ 180 ]

По состоянию на июль 2021 года британские эксперты изучают его, чтобы выяснить, насколько это может быть риск. В настоящее время он рассматривается как «вариант расследования», но в ожидании дальнейшего изучения он может стать « вариантом беспокойства ». Рави Гупта из Кембриджского университета сказал в интервью BBC , что линия B.1.525, по -видимому, имела «значительные мутации», уже наблюдаемые в некоторых других новых вариантах, что означает, что их вероятный эффект в некоторой степени более предсказуем. [ 182 ]

Тета (линия с.3)

18 февраля 2021 года Департамент здравоохранения Филиппин подтвердил обнаружение двух мутаций COVID-19 в центральных висайях после того, как образцы от пациентов были отправлены для секвенирования генома. Позже мутации были названы как E484K и N501Y, которые были обнаружены в 37 из 50 образцов, причем обе мутации совпадают в 29 из них. [ 183 ]

13 марта Министерство здравоохранения подтвердило, что мутации представляют собой вариант, который был обозначен как линия с.3. [ 184 ] В тот же день он также подтвердил первый случай COVID-19, вызванный гамма-вариантом в стране. У Филиппин было 98 случаев варианта тета 13 марта. [ 185 ] 12 марта было объявлено, что Theta также была обнаружена в Японии. [ 186 ] [ 187 ] 17 марта Великобритания подтвердило свои первые два случая, [ 188 ] где PHE назвал это VUI-21MAR-02. [ 30 ] 30 апреля 2021 года Малайзия обнаружила 8 случаев варианта тета в Сараваке. [ 189 ]

По состоянию на июль 2021 года TheTa больше не считается вариантом интереса ВОЗ. [ 24 ]

Йота (линия b.1.526)

Вариант йоты , [ 190 ] Также известен как линия B.1.526, является одним из вариантов SARS-COV-2 , вируса, который вызывает COVID-19 . Впервые он был обнаружен в Нью -Йорке в ноябре 2020 года. Вариант появился с двумя примечательными мутациями: мутация шипа E484K, которая может помочь вирусу уклоняться от антител, и мутация S477N, которая помогает вирусу более тесно связываться с клетками человека. [ 191 ]

Доля случаев США, представленных вариантом IOTA, к концу июля 2021 года резко снизилась, поскольку вариант дельта стал доминирующим. [ 192 ]

Каппа (линия B.1.617.1)

Вариант пальто [ 193 ] является вариантом SARS-COV-2 , вируса , который вызывает COVID-19 . Это один из трех сублингеров линии Панго B.1.617 . Вариант каппа SARS-COV-2 также известен как линия B.1.617.1 и был впервые обнаружен в Индии в декабре 2020 года. [ 194 ] К концу марта 2021 года на подварительнике Каппа приходилось более половины последовательностей, представленных из Индии. [ 195 ] 1 апреля 2021 года он был обозначен под следствием (VUI-21APR-01) общественным здравоохранением Англии. [ 196 ]

Lambda (линия c.37)

Вариант Lambda , также известный как линия C.37, представляет собой вариант SARS-Cov-2 , вируса , который вызывает Covid-19 . [ 197 ] Впервые он был обнаружен в Перу в августе 2020 года. [ 198 ] 14 июня 2021 года Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) назвала это Lambda Variant [ 197 ] и обозначил его как вариант интереса . [ 199 ] 16 марта 2022 года ВОЗ деэскалировал вариант Lambda на «ранее циркулирующие варианты, вызывающие озабоченность». [ 200 ] [ 201 ]

MU (происхождение B.1.621)

Вариант MU , также известный как линия B.1.621 или Vui-21Jul-1, является одним из вариантов SARS-Cov-2, вируса, который вызывает Covid-19 . Впервые он был обнаружен в Колумбии в январе 2021 года и был назначен ВОЗ в качестве варианта интереса 30 августа 2021 года. [ 202 ] 16 марта 2022 года ВОЗ деэскалировал вариант MU и его подварианам для «ранее циркулирующих вариантов, вызывающих озабоченность». [ 203 ] [ 204 ]

Ранее отслеживаемые варианты (кто)

Варианты, перечисленные ниже, были когда -то перечислены в вариантах под мониторингом, но были реклассифицированы из -за того, что они больше не циркулируют на значительном уровне, что не оказало существенного влияния на ситуацию или научные доказательства того, что вариант не имеет свойств. [ 96 ]

По состоянию на 26 мая 2022 года [ 96 ]
Черная линия ГИСАЙД КЛАД Nextstrain Clade Самые ранние образцы Данные от Дата обозначения Страна отбора проб
Av.1 Гр 2021-03 2021-05-26 2021-07-21  Великобритания
At.1 Гр 2021-01 2021-06-09 2021-07-21  Россия
Р.1 Гр 2021-01 2021-04-07 2021-11-09  Япония
B.1.466.2 GH 2020-11 2021-04-28 2021-11-09  Индонезия
B.1.1.519 Гр 20b/s.732a 2020-11 2021-06-02 2021-11-09 Несколько стран
C.36.3 Гр 2021-01 2021-06-16 2021-11-09 Несколько стран
B.1.214.2 Глин 2020-11 2021-06-30 2021-11-09 Несколько стран
B.1.1.523 Гр 2020-05 2021-07-14 2021-11-09 Несколько стран
B.1.619 Глин 2020-05 2021-07-14 2021-11-09 Несколько стран
B.1.620 Глин 20a/s.126a 2020-11 2021-07-14 2021-11-09  Литва
B.1.1.318

А.5

Гр 2021-01 2021-06-02  Англия
C.1.2 Гр 2021-05 2021-09-01  ЮАР
B.1.630 GH 2021-03 2021-10-12  Доминиканская Республика
B.1.640 GH/490R 2021-09 2021-11-22  Республика Конго
XD 2022-01 2022-03-09  Франция

Омикрон

Линия B.1.1.529

Вариант Omicron, известный как линия B.1.1.529, был объявлен вариантом, вызывающей обеспокоенность Всемирной организацией здравоохранения 26 ноября 2021 года. [ 205 ]

Вариант имеет большое количество мутаций , из которых некоторые связаны. Некоторые данные показывают, что этот вариант имеет повышенный риск повторной инфекции . Ведутся исследования, чтобы оценить точное влияние на передачу, смертность и другие факторы. [ 206 ]

Назвал Омикрон «Кто» [ 205 ] [ 207 ] Он был идентифицирован в ноябре 2021 года в Ботсване и Южной Африке ; [ 208 ] Один случай отправился в Гонконг , [ 209 ] [ 96 ] [ 210 ] Один подтвержденный случай был идентифицирован в Израиле в путешественнике, возвращающемся из Малави , [ 211 ] вместе с двумя, которые вернулись из Южной Африки и один из Мадагаскара. [ 212 ] Бельгия подтвердила первый обнаруженный случай в Европе 26 ноября 2021 года у лица, вернувшегося из Египта 11 ноября. [ 213 ] Индийский консорциум геномики SARS-COV-2 (Insacog) в своем бюллетене в январе 2022 года отметил, что Omicron находится в передаче сообщества в Индии, где новые случаи растут в геометрической прогрессии. [ 214 ]

Бакалавра Способности

Согласно WHO, Ba.1, Ba.1.1 и Ba.2 были наиболее распространенными подсознаниями Omicron во всем мире по состоянию на февраль 2022 года. . [ 215 ] BA.2 содержит 28 уникальных генетических изменений, в том числе четыре в его белках Spike, по сравнению с BA.1, который уже приобрел 60 мутаций с момента штамма Wuhan наследия, в том числе 32 в белке Spike. [ 216 ] Ba.2 более трансмиссив, чем Ba.1. [ 217 ] Это вызвало большинство случаев в Англии к середине марта 2022 года, и к концу марта BA.2 стал доминирующим в США. [ 218 ] [ 216 ] С мая 2022 года , сублингеги BA.1 до BA.5, включая всех их потомков, классифицируются как варианты, вызывающие беспокойство со стороны ВОЗ, [ 96 ] CDC, [ 25 ] и ECDC [ 219 ] (с последним, исключая BA.3).

XBB Sublineges

В течение 2022 года в разных местах появился ряд новых штаммов, включая XBB.1.5, которые развивались из штамма XBB Omicron. Первый случай, связанный с XBB в Англии, был обнаружен из образца образца, взятой 10 сентября 2022 года, и с тех пор были выявлены дополнительные случаи в большинстве английских регионов. К концу года XBB.1.5 составлял 40,5% новых случаев по всей территории США и стал доминирующим напряжением; Вариант беспокойства BQ.1 работал на уровне 18,3%, а BQ.1.1 составлял 26,9% новых случаев, в то время как штамм BA.5 снизился, на 3,7%. На этом этапе это было необычно во многих других странах, например, в Великобритании было представлено около 7% новых случаев, согласно данным секвенирования UKHSA. [ 220 ]

22 декабря 2022 года Европейский центр по контролю за заболеваниями написал в итоге, что штаммы XBB составляли около 6,5% новых случаев в пяти странах ЕС с достаточным объемом секвенирования или генотипированием, чтобы дать оценки. [ 220 ]

Способность к году

2023

В течение 2023 года SARS-COV-2 продолжал циркулировать в глобальном населении и развиваться с рядом новых подварителей. Тестирование, секвенирование и скорости отчетности снижаются. [ 221 ]

Например , подваринец XBB.1.9.2 (по прозвищу "Eris" некоторыми средствами массовой информации [ 222 ] ) появился в феврале 2023 года. [ 223 ] 6   августа 2023 года Агентство по охране здравоохранения Великобритании сообщило, что штамм EG.5 отвечал за один из семи новых случаев в Великобритании в течение третьей недели июля. [ 224 ]

Ba.2.86 был впервые обнаружен в выборке с 24   июля 2023 года и был обозначен как вариант под мониторингом Всемирной организации здравоохранения 17 августа 2023 года. [ 225 ]

JN.1 (иногда называемый «Пирола»), подвариана Ba.2.86, появлялся в августе 2023 года в Люксембурге. К декабрю 2023 года он был обнаружен в 12 странах, в том числе в Великобритании и США. [ 226 ] [ 227 ] 19 декабря JN.1 был объявлен ВОЗ, чтобы быть вариантом интереса независимо от его родительского штамма, но общий риск для общественного здравоохранения был определен как низкий. [ 228 ] С учетом JN.1 приходится около 60% случаев в Сингапуре, в декабре 2023 года, Сингапур и Индонезия рекомендовали носить маски в аэропортах. [ 229 ] CDC подсчитал, что вариант составлял 44% случаев в США 22 декабря 2023 года и 62% случаев 5 января 2024 года. [ 230 ]

По состоянию на 9 февраля 2024 года , JN.1 был оценен ВОЗ, чтобы быть наиболее распространенным вариантом SARS-COV-2 (распространенность 70–90% в четырех из шести глобальных регионов; недостаточные данные в Восточном средиземноморском и африканском регионах). Ожидалось, что общий уровень иммунитета населения и иммунитета от XBB.1.5 Booster Versions вакцины Covid-19 обеспечит некоторую защиту (перекрестную реактивность) для JN.1. [ 231 ]

2024

В конце апреля 2024 года данные CDC показали, что KP.2 является наиболее распространенным вариантом США, с четвертью всех случаев, опередив JN.1. KP1.1 представлял 7 процентов случаев США. [ 232 ] Эти два иногда называют вариантами «флирта», потому что они характеризуются мутацией фенилаланина (F) к лейциновой (L) мутации и мутацией аргинина (R) к треонину (T) в белке вируса. [ 233 ] К июлю 2024 года потомку KP.2 с дополнительным аминокислотным изменением белка Spike, Q493E, получили имена KP.3 и, неофициально, «Fluqe», и стал основным вариантом в Новом Южном Уэльсе во время австралийца зима. Первоначальные исследования показали, что изменение Q493E может помочь KP.3 быть более эффективным в связывании с клетками человека, чем KP.2. [ 234 ]

Ожидается, что по состоянию на сентябрь 2024 года XEC, впервые обнаруженный в Германии, станет следующим основным вариантом. XEC является рекомбинацией двух подварителей: Ks.1.1 и KP.3.3. В Соединенных Штатах было обнаружено лишь несколько случаев, [ 235 ] Но сообщается, что он имеет небольшое преимущество перед другими вариантами с точки зрения передачи. [ 236 ]

Варианты Omicron под мониторингом (WHO, 2022/2023)

25 мая 2022 года Всемирная организация здравоохранения представила новую категорию для потенциально связанных с сублимизами широко распространенных вариантов, которые первоначально называют ЛОС-линии под мониторингом (voc-lums). Это решение было принято, чтобы отразить то, что в феврале 2022 года более 98% всех секвенированных образцов GISAID принадлежали семье Omicron, в рамках которой произошла большая часть эволюции вариантов. [ 237 ] К 9 февраля 2023 года эта категория была переименована в «варианты Omicron под мониторингом». [ 238 ]

По состоянию на 9 февраля 2023 г. [ 238 ]
Черная линия ГИСАЙД КЛАД Nextstrain Clade Отношение к циркулирующим ЛОС Впервые задокументировано Примечательные функции
Bf.7 ИГРА 22B Ba.5 Sublineage 2022-01-24 Ba.5 + S: R346T
BQ.1 ИГРА 22E Ba.5 Sublineage 2022-02-07 BQ.1 и BQ.1.1: BA.5 + S: R346T, S: K444T, S: N460K
№2,75 ИГРА 22d Ba.2 Sublineage 2021-12-31 Ba.2.75: Ba.2 + S: K147E, S: W152R, S: F157L, S: I210V, S: G257S, S: D339H, S: G446S, S: N460K, S: Q493R Reversion
Ch.1.1 ИГРА 22d Ba.2 Sublineage 2022-07-20 Ba.2.75 + S: L452R, S: F486s
XBB ИГРА 22F Рекомбинантный BA.2.10.1 и Ba.2.75 Sublineages, то есть BJ1 и Bm.1.1.1, с точкой перерыва в S1 2022-08-13 Ba.2+ S: V83A, S: Y144-, S: H146Q, S: Q183E, S: V213E, S: G252V, S: G339H, S: R346T, S: L368I, S: V445P, S: G446S, S, S: L368I, S: V445P, S: G446S, S: : N460K, S: F486S, S: F490S
XBB.1.5 ИГРА 23а Рекомбинантный BA.2.10.1 и Ba.2.75 Sublineages, то есть BJ1 и Bm.1.1.1, с точкой перерыва в S1 2022-01-05 XBB + S: F486p
XBF ИГРА Рекомбинантный BA.5.2.3 и CJ.1 (Ba.2.75.3 Sublineage) 2022-07-20 Ba.5 + S: K147E, S: W152R, S: F157L, S: I210V, S: G257S, S: G339H, S: R346T, S: G446S, S: N460K, S: F486P, S: F490S, S: N460K, S: F486P, S: F490S.
Jn.1 ИГРА 24а Ba.2.86 Sublineage; Генетические особенности включают S: L455s 2023-08-25 По состоянию на 28 июня 2024 года , классифицируется как Voi; Категория "Omicron Voc" больше не объявлена [ 239 ]

Другие примечательные варианты

Линия B.1.1.207 была впервые секвенирована в августе 2020 года в Нигерии; [ 240 ] Последствия для передачи и вирулентности неясны, но оно было указано в форме нового варианта в США для контроля заболеваний . [ 28 ] Секстированный африканским центром передового опыта по геномике инфекционных заболеваний в Нигерии, этот вариант имеет мутацию p681H, общую с альфа -вариантом . Он не разделяет других мутаций с альфа -вариантом, и в конце декабря 2020 года этот вариант составляет около 1% вирусных геномов, секвенированных в Нигерии, хотя это может возрасти. [ 240 ] По состоянию на май 2021 года в 10 странах была обнаружена линия B.1.1.207. [ 241 ]

Линия B.1.1.317, хотя и не считается вариантом беспокойства , заслуживает внимания в том, что Квинслендское здравоохранение заставило 2 человека предпринять карантин в Брисбене , Австралия, пройти дополнительный 5 -дневный карантин на вершине обязательного 14 дней после того, как это было подтверждено. Они были заражены этим вариантом. [ 242 ]

Lineage B.1.616, being identified in Brittany, Western France in early January 2021 and designated by WHO as "Variant under investigation" in March 2021, was reported to be difficult to detect from nasopharyngeal swab sampling method of coronavirus detection, and detection of the virus needs to rely on samples from lower respiratory tract.[citation needed]

Lineage B.1.618 was first isolated in October 2020. It has the E484K mutation in common with several other variants, and showed significant spread in April 2021 in West Bengal, India.[243][244] As of 23 April 2021, the PANGOLIN database showed 135 sequences detected in India, with single-figure numbers in each of eight other countries worldwide.[245]

In July 2021, scientists reported in a preprint which was published in a journal in February 2022, the detection of anomalous unnamed unknown-host SARS-CoV-2 lineages via wastewater surveillance in New York City. They hypothesized that "these lineages are derived from unsampled human COVID-19 infections or that they indicate the presence of a non-human animal reservoir".[246][247]

Lineage B.1.640.2 (also known as the IHU variant[248]) was detected in October 2021 by researchers at the Institut Hospitalo-Universitaire (IHU) in Marseille.[249] They found the variant in a traveler who returned to France from Cameroon and reportedly infected 12 people.[250][251] The B.1.640 lineage, which includes B.1.640.2, was designated a variant under monitoring (VUM) by the World Health Organization (WHO) on 22 November 2021.[252] However, the WHO has reported that lineage B.1.640.2 has spread much slower than the Omicron variant, and so is of relatively little concern.[251][253] According to a preprint study, lineage B.1.640.2 has two already known spike protein mutations – E484K and N501Y – among a total of 46 nucleotide substitutions and 37 deletions.[250][254][255]

In March 2022, researchers reported SARS-CoV-2 variant recombinant viruses that contain elements of Delta and Omicron – Deltacron (also called "Deltamicron").[256][257][258][259][260] Recombination occurs when a virus combines parts from a related virus with its genetic sequence as it assembles copies of itself. It is unclear whether Deltacron – which is not to be confused with "Deltacron" reported in January albeit the first detection was also in January[260][261] – will be able to compete with Omicron and whether that would be detrimental to health.[262]

In July 2023, Professor Lawrence Young, a virologist at Warwick University announced a super mutated Delta variant from a swab of an Indonesian case with 113 unique mutations, with 37 affecting the spike protein.[263]

Recombinant variants

In 2022, the British government reported a number of recombinant variants of SARS-CoV-2.[264] These recombinant lineages have been given the Pango lineage identifiers XD, XE, and XF.[265]

XE is a recombinant lineage of Pango lineages BA.1 and BA.2.[266] As of March 2022 XE was believed to have a growth rate 9.8% greater than BA.2.[264]

Incubation theory for multiple mutated variants

Researchers have suggested that multiple mutations can arise in the course of the persistent infection of an immunocompromised patient, particularly when the virus develops escape mutations under the selection pressure of antibody or convalescent plasma treatment,[267][268] with the same deletions in surface antigens repeatedly recurring in different patients.[269]

Notable missense mutations

There have been a number of missense mutations observed of SARS-CoV-2.

del 69-70

The name of the mutation, del 69-70, or 69-70 del, or other similar notations, refers to the deletion of amino acid at position 69 to 70. The mutation is found in the Alpha variant, and could lead to "spike gene target failure" and result in false negative result in PCR virus test.[270]

RSYLTPGD246-253N

Otherwise referred to as del 246-252, or other various similar expression, refer to the deletion of amino acid from the position of 246 to 252, in the N-terminal domain of spike protein, accompanied with a replacement of the aspartic acid (D) at the position 253 for asparagine (N).[271][272]

The 7 amino acid deletion mutation is currently described as unique in the Lambda variant, and have been attributed to as one of the cause of the strain's increased capability to escape from neutralizing antibodies according to preprint paper.[273]

N440K

The name of the mutation, N440K, refers to an exchange whereby the asparagine (N) is replaced by lysine (K) at position 440.[274]

This mutation has been observed in cell cultures to be 10 times more infective compared to the previously widespread A2a strain (A97V substitution in RdRP sequence) and 1000 times more in the lesser widespread A3i strain (D614G substitution in Spike and a and P323L substitution in RdRP).[275] It was involved in rapid surges of COVID-19 cases in India in May 2021.[276] India has the largest proportion of N440K mutated variants followed by the US and Germany.[277]

G446V

The name of the mutation, G446V, refers to an exchange whereby the glycine (G) is replaced by valine (V) at position 446.[274]

The mutation, identified in Japan among inbound travelers starting from May, and among 33 samples from individuals related to 2020 Tokyo Olympic Games and 2020 Tokyo Paralympic Games, are said to be possible to impact affinity of multiple monoclonal antibody, although its clinical impact against the use of antibody medicine is still yet to be known.[278]

L452R

The name of the mutation, L452R, refers to an exchange whereby the leucine (L) is replaced by arginine (R) at position 452.[274]

L452R is found in both the Delta and Kappa variants which first circulated in India, but have since spread around the world. L452R is a relevant mutation in this strain that enhances ACE2 receptor binding ability and can reduce vaccine-stimulated antibodies from attaching to this altered spike protein.

L452R, some studies show, could even make the coronavirus resistant to T cells, that are necessary to target and destroy virus-infected cells. They are different from antibodies that are useful in blocking coronavirus particles and preventing it from proliferating.[142]

Y453F

The name of the mutation, Y453F, refers to an exchange whereby the tyrosine (Y) is replaced by phenylalanine (F) at position 453. The mutation have been found potentially linked to the spread of SARS-CoV-2 among minks in the Netherlands in 2020.[279]

S477G/N

A highly flexible region in the receptor binding domain (RBD) of SARS-CoV-2, starting from residue 475 and continuing up to residue 485, was identified using bioinformatics and statistical methods in several studies. The University of Graz[280] and the Biotech Company Innophore[281] have shown in a recent publication that structurally, the position S477 shows the highest flexibility among them.[282]

At the same time, S477 is hitherto the most frequently exchanged amino acid residue in the RBDs of SARS-CoV-2 mutants. By using molecular dynamics simulations of RBD during the binding process to hACE2, it has been shown that both S477G and S477N strengthen the binding of the SARS-COV-2 spike with the hACE2 receptor. The vaccine developer BioNTech[283] referenced this amino acid exchange as relevant regarding future vaccine design in a preprint published in February 2021.[284]

E484Q

The name of the mutation, E484Q, refers to an exchange whereby the glutamic acid (E) is replaced by glutamine (Q) at position 484.[274]

The Kappa variant circulating in India has E484Q. These variants were initially (but misleadingly) referred to as a "double mutant".[285] E484Q may enhance ACE2 receptor binding ability, and may reduce vaccine-stimulated antibodies' ability to attach to this altered spike protein.[142]

E484K

The name of the mutation, E484K, refers to an exchange whereby the glutamic acid (E) is replaced by lysine (K) at position 484.[274] It is nicknamed "Eeek".[286]

E484K has been reported to be an escape mutation (i.e., a mutation that improves a virus's ability to evade the host's immune system[287][288]) from at least one form of monoclonal antibody against SARS-CoV-2, indicating there may be a "possible change in antigenicity".[289] The Gamma variant (lineage P.1),[128] the Zeta variant (lineage P.2, also known as lineage B.1.1.28.2)[131] and the Beta variant (501.V2) exhibit this mutation.[289] A limited number of lineage B.1.1.7 genomes with E484K mutation have also been detected.[290] Monoclonal and serum-derived antibodies are reported to be from 10 to 60 times less effective in neutralising virus bearing the E484K mutation.[291][292] On 2 February 2021, medical scientists in the United Kingdom reported the detection of E484K in 11 samples (out of 214,000 samples), a mutation that may compromise current vaccine effectiveness.[293][294]

F490S

F490S denotes a change from phenylalanine (F) to serine (S) in amino-acid position 490.[295]

It is one of the mutation found in Lambda, and have been associated with reduced susceptibility to antibody generated by those who were infected with other strains, meaning antibody treatment against people infected with strains carrying such mutation would be less effective.[296]

N501Y

N501Y denotes a change from asparagine (N) to tyrosine (Y) in amino-acid position 501.[297] N501Y has been nicknamed "Nelly".[286]

This change is believed by PHE to increase binding affinity because of its position inside the spike glycoprotein's receptor-binding domain, which binds ACE2 in human cells; data also support the hypothesis of increased binding affinity from this change.[91] Molecular interaction modelling and the free energy of binding calculations has demonstrated that the mutation N501Y has the highest binding affinity in variants of concern RBD to hACE2.[1] Variants with N501Y include Gamma,[289][128] Alpha (VOC 20DEC-01), Beta, and COH.20G/501Y (identified in Columbus, Ohio).[1] This last became the dominant form of the virus in Columbus in late December 2020 and January and appears to have evolved independently of other variants.[298][299]

N501S

N501S denotes a change from asparagine (N) to serine (S) in amino-acid position 501.[300]

As of September 2021, there are 8 cases of patients around the world infected with Delta variant which feature this N501S mutation. As it is considered a mutation similar to N501Y, it is suspected to have similar characteristics as N501Y mutation, which is believed to increase the infectivity of the virus, however the exact effect is unknown yet.[301]

D614G

Prevalence of mutation D614G across all reported GISAID strains during the course of 2020. Convergence with unity closely matches the upper limb of the logistics curve.[302]

D614G is a missense mutation that affects the spike protein of SARS-CoV-2. From early appearances in Eastern China early in 2020, the frequency of this mutation in the global viral population increased early on during the pandemic.[303] G (glycine) quickly replaced D (aspartic acid) at position 614 in Europe, though more slowly in China and the rest of East Asia, supporting the hypothesis that G increased the transmission rate, which is consistent with higher viral titres and infectivity in vitro.[37] Researchers with the PANGOLIN tool nicknamed this mutation "Doug".[286]

In July 2020, it was reported that the more infectious D614G SARS-CoV-2 variant had become the dominant form in the pandemic.[304][305][306][307] PHE confirmed that the D614G mutation had a "moderate effect on transmissibility" and was being tracked internationally.[297][308]

The global prevalence of D614G correlates with the prevalence of loss of smell (anosmia) as a symptom of COVID-19, possibly mediated by higher binding of the RBD to the ACE2 receptor or higher protein stability and hence higher infectivity of the olfactory epithelium.[309]

Variants containing the D614G mutation are found in the G clade by GISAID[37] and the B.1 clade by the PANGOLIN tool.[37]

Q677P/H

The name of the mutation, Q677P/H, refers to an exchange whereby the glutamine (Q) is replaced by proline (P) or histidine (H) at position 677.[274] There are several sub-lineages containing the Q677P mutation; six of these, which also contain various different combinations of other mutations, are referred to by names of birds. One of the earlier ones noticed for example is known as "Pelican," while the most common of these as of early 2021 was provisionally named "Robin 1."[310]

The mutation has been reported in multiple lineages circulating inside the United States as of late 2020 and also some lineages outside the country. 'Pelican' was first detected in Oregon, and as of early 2021 'Robin 1' was found often in the Midwestern United States, while another Q667H sub-lineage, 'Robin 2', was found mostly in the southeastern United States.[310] The frequency of such mutation being recorded has increased from late 2020 to early 2021.[311]

P681H

Logarithmic Prevalence of P681H in 2020 according to sequences in the GISAID database[302]

The name of the mutation, P681H, refers to an exchange whereby the proline (P) is replaced by histidine (H) at position 681.[302]

In January 2021, scientists reported in a preprint that the mutation P681H, a characteristic feature of the Alpha variant and lineage B.1.1.207 (identified in Nigeria), is showing a significant exponential increase in worldwide frequency, thus following a trend to be expected in the lower limb of the logistics curve. This may be compared with the trend of the now globally prevalent D614G.[302][312]

P681R

The name of the mutation, P681R, refers to an exchange whereby the proline (P) is replaced by arginine (R) at position 681.[274]

Indian SARS-CoV-2 Genomics Consortium (INSACOG) found that other than the two mutations E484Q and L452R, there is also a third significant mutation, P681R in lineage B.1.617. All three concerning mutations are on the spike protein, the operative part of the coronavirus that binds to receptor cells of the body.[142]

A701V

According to initial media reports, the Malaysian Ministry of Health announced on 23 December 2020 that it had discovered a mutation in the SARS-CoV-2 genome which they designated as A701B(sic), among 60 samples collected from the Benteng Lahad Datu cluster in Sabah. The mutation was characterised as being similar to the one found recently at that time in South Africa, Australia, and the Netherlands, although it was uncertain if this mutation was more infectious or aggressive[clarification needed] than before.[313] The provincial government of Sulu in neighbouring Philippines temporarily suspended travel to Sabah in response to the discovery of 'A701B' due to uncertainty over the nature of the mutation.[314]

On 25 December 2020, the Malaysian Ministry of Health described a mutation A701V as circulating and present in 85% of cases (D614G was present in 100% of cases) in Malaysia.[315][316] These reports also referred to samples collected from the Benteng Lahad Datu cluster.[315][316] The text of the announcement was mirrored verbatim on the Facebook page of Noor Hisham Abdullah, Malay Director-General of Health, who was quoted in some of the news articles.[316]

The A701V mutation has the amino acid alanine (A) substituted by valine (V) at position 701 in the spike protein. Globally, South Africa, Australia, Netherlands and England also reported A701V at about the same time as Malaysia.[315] In GISAID, the prevalence of this mutation is found to be about 0.18%. of cases.[315]

On 14 April 2021, the Malaysian Ministry of Health reported that the third wave, which had started in Sabah, has involved the introduction of variants with D614G and A701V mutations.[317]

Data and methods

Modern DNA sequencing, where available, may permit rapid detection (sometimes known as 'real-time detection') of genetic variants that appear in pathogens during disease outbreaks.[318] Through use of phylogenetic tree visualisation software, records of genome sequences can be clustered into groups of identical genomes all containing the same set of mutations. Each group represents a 'variant', 'clade', or 'lineage', and comparison of the sequences allows the evolutionary path of a virus to be deduced. For SARS-CoV-2, until March 2021, over 330,000 viral genomic sequences had been generated by molecular epidemiology studies across the world.[319]

New variant detection and assessment

On 26 January 2021, the British government said it would share its genomic sequencing capabilities with other countries in order to increase the genomic sequencing rate and trace new variants, and announced a "New Variant Assessment Platform".[320] As of January 2021, more than half of all genomic sequencing of COVID-19 was carried out in the UK.[321]

Wastewater surveillance was demonstrated to be one technique to detect SARS-CoV-2 variants[247] and to track their rise for studying related ongoing infection dynamics.[322][323][324]

Testing

Whether one or more mutations visible in RT-PCR tests can be used reliably to identify a variant depends on the prevalence of other variants currently circulating in the same population.[325][326]

Mutations used to identify variants of concern in commercial test assays[327]
Mutation Alpha Beta Gamma Delta Omicron
Δ69–70[e] Да Нет Нет Нет Да
ins214EPE[f] Нет Нет Нет Нет Да
S371L/S373P[f] Нет Нет Нет Нет Да
N501Y Да Да Да Нет Да
E484K Нет Да Да Нет Нет
E484A[f] Нет Нет Нет Нет Да
L452R Нет Нет Нет Да Нет
nsp6:Δ106–108 Да Да Да Нет Нет

Cross-species transmission

There is a risk that COVID-19 could transfer from humans to other animal populations and could combine with other animal viruses to create yet more variants that are dangerous to humans.[328] Reverse zoonosis spillovers may cause reservoirs for mutating variants that spill back to humans – another possible source for variants of concern, in addition to immunocompromised people.[329]

Cluster 5

In early November 2020, Cluster 5, also referred to as ΔFVI-spike by the Danish State Serum Institute (SSI),[330] was discovered in Northern Jutland, Denmark. It is believed to have been spread from minks to humans via mink farms. On 4 November 2020, it was announced that the mink population in Denmark would be culled to prevent the possible spread of this mutation and reduce the risk of new mutations happening. A lockdown and travel restrictions were introduced in seven municipalities of Northern Jutland to prevent the mutation from spreading, which could compromise national or international responses to the COVID-19 pandemic. By 5 November 2020, some 214 mink-related human cases had been detected.[331]

The WHO stated that cluster 5 had a "moderately decreased sensitivity to neutralising antibodies".[332] SSI warned that the mutation could reduce the effect of COVID-19 vaccines under development, although it was unlikely to render them useless. Following the lockdown and mass-testing, SSI announced on 19 November 2020 that cluster 5 in all probability had become extinct.[333] As of 1 February 2021, authors to a peer-reviewed paper, all of whom were from the SSI, assessed that cluster 5 was not in circulation in the human population.[334]

Vaccines

During the COVID-19 pandemic, a variety of vaccines was developed. The vaccines were rolled out for administering to a broad range of recipients, typically beginning with the most vulnerable demographic groups.

Differential vaccine effectiveness

The interplay between the SARS-CoV-2 virus and its human hosts was initially natural but then started being altered by the rising availability of vaccines seen in 2021.[335] The potential emergence of a SARS-CoV-2 variant that is moderately or fully resistant to the antibody response elicited by the COVID-19 vaccines may necessitate modification of the vaccines.[336] The emergence of vaccine-resistant variants is more likely in a highly vaccinated population with uncontrolled transmission.[337]

As of February 2021, the US Food and Drug Administration believed that all FDA authorized vaccines remained effective in protecting against circulating strains of SARS-CoV-2.[336]

Immune evasion by variants

In contrast to other investigated prior variants, the SARS-CoV-2 Omicron variant[338][339][340][341][342] and its BA.4/5 subvariants[343] have evaded immunity induced by vaccines, which may lead to breakthrough infections despite recent vaccination. Nevertheless, vaccines are thought to provide protection against severe illness, hospitalizations, and deaths due to Omicron.[344]

Vaccine adjustments

In June 2022, Pfizer and Moderna developed bivalent vaccines to protect against the SARS-CoV-2 wild-type and the Omicron variant. The bivalent vaccines are well-tolerated and offer immunity to Omicron superior to previous mRNA vaccines.[345] In September 2022, the United States Food and Drug Administration (FDA) authorized the bivalent vaccines.[346][347][348]

In June 2023, the FDA advised manufacturers that the 2023–2024 formulation of the COVID‑19 vaccines for use in the US be updated to be a monovalent COVID‑19 vaccine using the XBB.1.5 lineage of the Omicron variant.[349][350] In June 2024, the FDA advised manufacturers that the 2024–2025 formulation of the COVID‑19 vaccines for use in the US be updated to be a monovalent COVID‑19 vaccine using the JN.1 lineage.[351]

See also

Notes

  1. ^ Jump up to: a b In another source, GISAID name a set of 7 clades without the O clade but including a GV clade.[44]
  2. ^ According to the WHO, "Lineages or clades can be defined based on viruses that share a phylogenetically determined common ancestor".[55]
  3. ^ As of January 2021, at least one of the following criteria must be met in order to count as a clade in the Nextstrain system (quote from source):[36]
    1. A clade reaches >20% global frequency for 2 or more months
    2. A clade reaches >30% regional frequency for 2 or more months
    3. A VOC ('variant of concern') is recognized (applies currently [6 January 2021] to 501Y.V1 and 501Y.V2)
  4. ^ Based on various trackers[24][25][30][70][71] and periodic reports.[72][73][74]
  5. ^ Produces S gene target failure (SGTF) in TaqPath.
  6. ^ Jump up to: a b c Detectable by the TIB MolBiol assay using the melting curve method.

References

  1. ^ Jump up to: a b c d Shahhosseini N, Babuadze GG, Wong G, Kobinger GP (April 2021). "Mutation Signatures and In Silico Docking of Novel SARS-CoV-2 Variants of Concern". Microorganisms. 9 (5): 926. doi:10.3390/microorganisms9050926. PMC 8146828. PMID 33925854. S2CID 233460887.
  2. ^ "Coronavirus variants and mutations: The science explained". BBC News. 6 January 2021. Archived from the original on 22 February 2021. Retrieved 2 February 2021.
  3. ^ Kupferschmidt K (15 January 2021). "New coronavirus variants could cause more reinfections, require updated vaccines". Science. doi:10.1126/science.abg6028. S2CID 234141081. Archived from the original on 22 February 2021. Retrieved 2 February 2021.
  4. ^ "WHO Coronavirus Network (CoViNet)". Retrieved 1 September 2024.
  5. ^ "Origins of Coronaviruses". NIH.gov. National Institutes of Health in the United States. 16 March 2022. Archived from the original on 21 January 2023. Retrieved 3 February 2023. To date, the origin of SARS-CoV-2 which caused the COVID-19 pandemic has not been identified.
  6. ^ Shahhosseini N, Wong G, Kobinger GP, Chinikar S (June 2021). "SARS-CoV-2 spillover transmission due to recombination event". Gene Reports. 23: 101045. doi:10.1016/j.genrep.2021.101045. PMC 7884226. PMID 33615041.
  7. ^ "The rise and fall of the lab leak hypothesis for the origin of SARS-CoV-2 | Science-Based Medicine". sciencebasedmedicine.org. 1 August 2022. Retrieved 4 November 2022.
  8. ^ Tang X, Wu C, Li X, Song Y (3 March 2020). "On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2". National Science Review. 7 (6): 1012–1023. doi:10.1093/nsr/nwaa036. PMC 7107875. PMID 34676127. (Erratum: doi:10.1093/nsr/nwaa036,  Retraction Watch. If the erratum has been checked and does not affect the cited material, please replace {{erratum|...}} with {{erratum|...|checked=yes}}.)
  9. ^ Forster P, Forster L, Renfrew C, Forster M (8 April 2020). "Phylogenetic network analysis of SARS-CoV-2 genomes". Proceedings of the National Academy of Sciences. 117 (17): 9241–9243. Bibcode:2020PNAS..117.9241F. doi:10.1073/pnas.2004999117. ISSN 0027-8424. PMC 7196762. PMID 32269081.
  10. ^ Rambaut A, Holmes EC, OToole A, Hill V, McCrone JT, Ruis C, et al. (15 July 2020). "A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology". Nature Microbiology. 5 (11): 1403–1407. doi:10.1038/s41564-020-0770-5. PMC 7610519. PMID 32669681.
  11. ^ Tregoning JS, Flight KE, Higham SL, Wang Z, Pierce BF (9 August 2021). "Progress of the COVID-19 vaccine effort: viruses, vaccines and variants versus efficacy, effectiveness and escape". Nature Reviews Immunology. 21 (10): 626–636. doi:10.1038/s41577-021-00592-1. PMC 8351583. PMID 34373623.
  12. ^ Piplani S, Singh PK, Winkler DA, Petrovsky N (December 2021). "In silico comparison of SARS-CoV-2 spike protein-ACE2 binding affinities across species and implications for virus origin". Scientific Reports. 11 (1): 13063. Bibcode:2021NatSR..1113063P. doi:10.1038/s41598-021-92388-5. PMC 8225877. PMID 34168168.
  13. ^ Gallagher J (12 June 2021). "Covid: Is there a limit to how much worse variants can get?". BBC. Archived from the original on 15 June 2021. Retrieved 12 June 2021.
  14. ^ Jump up to: a b c Tao K, Tzou PL, Nouhin J, Gupta RK, de Oliveira T, Kosakovsky Pond SL, et al. (17 September 2021). "The biological and clinical significance of emerging SARS-CoV-2 variants". Nature Reviews Genetics. 22 (12): 757–773. doi:10.1038/s41576-021-00408-x. PMC 8447121. PMID 34535792.
  15. ^ Hendy M, Kaufman S, Ponga M (December 2021). "Molecular strategies for antibody binding and escape of SARS-CoV-2 and its mutations". Scientific Reports. 11 (1): 21735. Bibcode:2021NatSR..1121735H. doi:10.1038/s41598-021-01081-0. PMC 8571385. PMID 34741079.
  16. ^ Shahhosseini N, Babuadze G(, Wong G, Kobinger GP (May 2021). "Mutation Signatures and In Silico Docking of Novel SARS-CoV-2 Variants of Concern". Microorganisms. 9 (5): 926. doi:10.3390/microorganisms9050926. PMC 8146828. PMID 33925854.
  17. ^ "Tracking SARS-CoV-2 variants". www.who.int. Retrieved 28 November 2021.
  18. ^ "Variants: distribution of cases data". GOV.UK. 28 January 2021. At "Differences between a Variant of Concern and Variant Under Investigation". Retrieved 19 February 2021. SARS-CoV-2 variants, if considered to have concerning epidemiological, immunological, or pathogenic properties, are raised for formal investigation. At this point they are designated Variant Under Investigation (VUI) with a year, month, and number. Following a risk assessment with the relevant expert committee, they may be designated Variant of Concern (VOC)
  19. ^ Rambaut, A., Holmes, E.C., O'Toole, Á., et al. (2020). "A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology". Nature Microbiology. 5 (11): 1403–1407. doi:10.1038/s41564-020-0770-5. PMC 7610519. PMID 32669681. S2CID 220544096.
  20. ^ Bedford T, Hodcroft EB, Neher RA (6 January 2021). "Updated Nextstrain SARS-CoV-2 clade naming strategy". nextstrain.org/blog. Retrieved 19 January 2021.
  21. ^ "clade tree (from 'Clade and lineage nomenclature')". www.gisaid.org. 4 July 2020. Retrieved 7 January 2021.
  22. ^ "Historical working definitions and primary actions for SARS-CoV-2 variants" (PDF). World Health Organization. Retrieved 9 September 2024.
  23. ^ "Updated working definitions and primary actions for SARSCoV2 variants". www.who.int. Retrieved 9 September 2024.
  24. ^ Jump up to: a b c d "Tracking SARS-CoV-2 variants". who.int. World Health Organization. Archived from the original on 18 June 2021. Retrieved 22 June 2021. Updated frequently.
  25. ^ Jump up to: a b c d e f g h i j "SARS-CoV-2 Variant Classifications and Definitions". CDC.gov. Centers for Disease Control and Prevention. 11 February 2020. Archived from the original on 29 June 2021. Retrieved 18 June 2021. Updated frequently.
  26. ^ Jump up to: a b "Statement on the update of WHO's working definitions and tracking system for SARS-CoV-2 variants of concern and variants of interest". www.who.int. Retrieved 29 December 2023.
  27. ^ Jump up to: a b "Updated working definitions and primary actions for SARSCoV2 variants". www.who.int. Retrieved 29 December 2023.
  28. ^ Jump up to: a b c d e f g "Emerging SARS-CoV-2 Variants". CDC.gov (Science brief). Centers for Disease Control and Prevention. 28 January 2021. Archived from the original on 15 May 2021. Retrieved 4 January 2021. Общественный достояние This article incorporates text from this source, which is in the public domain.
  29. ^ IDSA Contributor "COVID "Mega-variant" and eight criteria for a template to assess all variants". Science Speaks: Global ID News. 2 February 2021. Archived from the original on 21 April 2021. Retrieved 20 February 2021.
  30. ^ Jump up to: a b c d e f g h i j k l m "Variants: distribution of cases data". Public Health England. Government Digital Service. Archived from the original on 7 June 2021. Retrieved 16 February 2021. Updated frequently. Data up to 19 May 2021 included in the 2 July 2021 update.
  31. ^ Griffiths E, Tanner J, Knox N, Hsiao W, Van Domselaar G (15 January 2021). CanCOGeN Interim Recommendations for Naming, Identifying, and Reporting SARS-CoV-2 Variants of Concern (PDF). CanCOGeN (nccid.ca) (Report). 1.0. Archived (PDF) from the original on 17 April 2021.
  32. ^ This table is an adaptation and expansion of Alm et al., figure 1.
  33. ^ Jump up to: a b Rambaut A, Holmes EC, O'Toole Á, Hill V, McCrone JT, Ruis C, et al. (November 2020). "A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology". Nature Microbiology. 5 (11): 1403–1407. doi:10.1038/s41564-020-0770-5. PMC 7610519. PMID 32669681. S2CID 220544096. Cited in Alm et al.
  34. ^ Jump up to: a b Alm E, Broberg EK, Connor T, Hodcroft EB, Komissarov AB, Maurer-Stroh S, et al. (The WHO European Region sequencing laboratories and GISAID EpiCoV group) (August 2020). "Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020". Euro Surveillance. 25 (32). doi:10.2807/1560-7917.ES.2020.25.32.2001410. PMC 7427299. PMID 32794443.
  35. ^ "Nextclade" (What are the clades?). nextstrain.org. Archived from the original on 19 January 2021. Retrieved 19 January 2021.
  36. ^ Jump up to: a b c d Bedford T, Hodcroft B, Neher RA (6 January 2021). "Updated Nextstrain SARS-CoV-2 clade naming strategy". nextstrain.org. Archived from the original on 18 January 2021. Retrieved 19 January 2021.
  37. ^ Jump up to: a b c d e f Zhukova A, Blassel L, Lemoine F, Morel M, Voznica J, Gascuel O (November 2020). "Origin, evolution and global spread of SARS-CoV-2". Comptes Rendus Biologies. 344: 57–75. doi:10.5802/crbiol.29. PMID 33274614.
  38. ^ Jump up to: a b c d "SARS-CoV-2 Variant Classifications and Definitions". CDC.gov. Centers for Disease Control and Prevention. 29 June 2021. Archived from the original on 16 June 2021. Retrieved 19 February 2021. Frequently updated.
  39. ^ "Genomic epidemiology of novel coronavirus – Global subsampling (Filtered to B.1.617)". nextstrain.org. Archived from the original on 13 July 2021. Retrieved 5 May 2021.
  40. ^ Jump up to: a b c d Zhang W, Davis B, Chen SS, Martinez JS, Plummer JT, Vail E (2021). "Emergence of a Novel SARS-CoV-2 Variant in Southern California". JAMA. 325 (13): 1324–1326. doi:10.1001/jama.2021.1612. ISSN 0098-7484. PMC 7879386. PMID 33571356. Retrieved 2 October 2021.
  41. ^ "What are the clades?". clades.nextstrain.org. Retrieved 29 November 2021.
  42. ^ "PANGO lineages-Lineage B.1.1.28". cov-lineages.org. Archived from the original on 24 February 2021. Retrieved 4 February 2021.[failed verification]
  43. ^ "Variant: 20J/501Y.V3". covariants.org. 1 April 2021. Archived from the original on 23 March 2021. Retrieved 6 April 2021.
  44. ^ "clade tree (from 'Clade and lineage nomenclature')". GISAID. 4 July 2020. Archived from the original on 9 January 2021. Retrieved 7 January 2021.
  45. ^ "Don't call it the 'British variant.' Use the correct name: B.1.1.7". STAT. 9 February 2021. Archived from the original on 4 June 2021. Retrieved 12 February 2021.
  46. ^ Flanagan R (2 February 2021). "Why the WHO won't call it the 'U.K. variant', and you shouldn't either". CTV News. Archived from the original on 1 May 2021. Retrieved 12 February 2021.
  47. ^ For a list of sources using names referring to the country in which the variants were first identified, see, for example, Talk:South African COVID variant and Talk:U.K. Coronavirus variant.
  48. ^ "Today, @WHO announces new, easy-to-say labels for #SARSCoV2 Variants of Concern (VOCs) & Interest (VOIs)". Archived from the original on 7 July 2021. Retrieved 7 July 2021.
  49. ^ Branswell H (31 May 2021). "The name game for coronavirus variants just got a little easier". Stat News. Archived from the original on 17 June 2021. Retrieved 28 June 2021.
  50. ^ World Health Organization (15 January 2021). "Statement on the sixth meeting of the International Health Regulations (2005) Emergency Committee regarding the coronavirus disease (COVID-19) pandemic". Archived from the original on 7 February 2021. Retrieved 18 January 2021.
  51. ^ "Covid: WHO renames UK and other variants with Greek letters". BBC News. 31 May 2021. Archived from the original on 31 May 2021. Retrieved 7 July 2021.
  52. ^ Jump up to: a b "WHO skipped two Greek alphabet letters in naming coronavirus variant". The Associated Press. 27 November 2021.
  53. ^ "New COVID variants could be named after constellations once Greek alphabet is used up". Sky News. 8 August 2021. Retrieved 30 November 2021.
  54. ^ Koyama T, Platt D, Parida L (July 2020). "Variant analysis of SARS-CoV-2 genomes". Bulletin of the World Health Organization. 98 (7): 495–504. doi:10.2471/BLT.20.253591. PMC 7375210. PMID 32742035. We detected in total 65776 variants with 5775 distinct variants.
  55. ^ Jump up to: a b c WHO Headquarters (8 January 2021). "3.6 Considerations for virus naming and nomenclature". SARS-CoV-2 genomic sequencing for public health goals: Interim guidance, 8 January 2021. World Health Organization. p. 6. Archived from the original on 23 January 2021. Retrieved 2 February 2021.
  56. ^ "Global phylogeny, updated by Nextstrain". GISAID. 18 January 2021. Archived from the original on 20 January 2021. Retrieved 19 January 2021.
  57. ^ Hadfield J, Megill C, Bell SM, Huddleston J, Potter B, Callender C, et al. (December 2018). Kelso J (ed.). "Nextstrain: real-time tracking of pathogen evolution". Bioinformatics. 34 (23): 4121–4123. doi:10.1093/bioinformatics/bty407. PMC 6247931. PMID 29790939.
  58. ^ "Nextstrain COVID-19". Nextstrain. Archived from the original on 21 January 2021. Retrieved 1 June 2021.
  59. ^ "cov-lineages/pangolin: Software package for assigning SARS-CoV-2 genome sequences to global lineages". Github. Archived from the original on 15 February 2021. Retrieved 2 January 2021.
  60. ^ Jump up to: a b "Lineage descriptions". cov-lineages.org. Pango team. Archived from the original on 4 June 2021. Retrieved 24 December 2020.
  61. ^ Rambaut A, Holmes EC, O'Toole Á, Hill V, McCrone JT, Ruis C, et al. (March 2021). "Addendum: A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology". Nature Microbiology. 6 (3): 415. doi:10.1038/s41564-021-00872-5. PMC 7845574. PMID 33514928.
  62. ^ Jump up to: a b c Kumar S, Tao Q, Weaver S, Sanderford M, Caraballo-Ortiz MA, Sharma S, et al. (May 2021). "An evolutionary portrait of the progenitor SARS-CoV-2 and its dominant offshoots in COVID-19 pandemic". Molecular Biology and Evolution. 38 (8): 3046–3059. doi:10.1093/molbev/msab118. PMC 8135569. PMID 33942847.
  63. ^ Wu F, Zhao S, Yu B, Chen YM, Wang W, Song ZG, et al. (March 2020). "A new coronavirus associated with human respiratory disease in China". Nature. 579 (7798): 265–269. Bibcode:2020Natur.579..265W. doi:10.1038/s41586-020-2008-3. PMC 7094943. PMID 32015508.
  64. ^ Chiara M, Horner DS, Gissi C, Pesole G (May 2021). "Comparative Genomics Reveals Early Emergence and Biased Spatiotemporal Distribution of SARS-CoV-2". Molecular Biology and Evolution. 38 (6): 2547–2565. doi:10.1093/molbev/msab049. PMC 7928790. PMID 33605421.
  65. ^ Zhou P, Yang XL, Wang XG, Hu B, Zhang L, Zhang W, et al. (March 2020). "A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin". Nature. 579 (7798): 270–273. Bibcode:2020Natur.579..270Z. doi:10.1038/s41586-020-2012-7. PMC 7095418. PMID 32015507.
  66. ^ Okada P, Buathong R, Phuygun S, Thanadachakul T, Parnmen S, Wongboot W, et al. (February 2020). "Early transmission patterns of coronavirus disease 2019 (COVID-19) in travellers from Wuhan to Thailand, January 2020". Euro Surveillance. 25 (8). doi:10.2807/1560-7917.ES.2020.25.8.2000097. PMC 7055038. PMID 32127124.
  67. ^ "Official hCoV-19 Reference Sequence". www.gisaid.org. Archived from the original on 6 May 2021. Retrieved 14 May 2021.
  68. ^ "The ancestor of SARS-CoV-2's Wuhan strain was circulating in late October 2019". News Medical. Archived from the original on 24 July 2021. Retrieved 10 May 2020. Journal reference: Kumar, S. et al. (2021). An evolutionary portrait...
  69. ^ "SARS-CoV-2 variants: risk assessment framework" (PDF). GOV.UK. Government Digital Service. Public Health England. 22 May 2021. GOV-8426. Archived (PDF) from the original on 27 May 2021. Retrieved 22 June 2021.
  70. ^ Jump up to: a b c d e "Living Evidence – SARS-CoV-2 variants". Agency for Clinical Innovation. nsw.gov.au. Ministry of Health (New South Wales). 23 July 2021. Archived from the original on 16 April 2021. Retrieved 22 March 2021. Updated frequently.
  71. ^ Jump up to: a b c "SARS-CoV-2 variants of concern". ECDC.eu. European Centre for Disease Prevention and Control. 30 April 2021. Archived from the original on 16 June 2021. Retrieved 12 May 2021. Updated frequently.
  72. ^ "Coronavirus Disease (COVID-19) Situation Reports". who.int. World Health Organization. Archived from the original on 26 January 2020. Retrieved 14 June 2021. Updated frequently.
  73. ^ "Investigation of SARS-CoV-2 variants: technical briefings". GOV.UK. Government Digital Service. Public Health England. Retrieved 18 November 2021. Updated frequently.
  74. ^ "Investigation of SARS-CoV-2 variants of concern: variant risk assessments". GOV.UK. Government Digital Service. Public Health England. Archived from the original on 19 June 2021. Retrieved 19 June 2021. Updated frequently.
  75. ^ Jump up to: a b c d e f g Weekly epidemiological update on COVID-19 – 20 July 2021 (Situation report). World Health Organization. 20 July 2021. Archived from the original on 23 July 2021. Retrieved 24 July 2021.
  76. ^ Planas D, Veyer D, Baidaliuk A, Staropoli I, Guivel-Benhassine F, Rajah MM, et al. (27 May 2021). "Reduced sensitivity of infectious SARS-CoV-2 variant B.1.617.2 to monoclonal antibodies and sera from convalescent and vaccinated individuals". bioRxiv 10.1101/2021.05.26.445838.
  77. ^ Jump up to: a b "Classification of Omicron (B.1.1.529): SARS-CoV-2 Variant of Concern". World Health Organization. 26 November 2021. Retrieved 26 November 2021.
  78. ^ Jump up to: a b c d e f g Weekly epidemiological update on COVID-19 – 22 June 2021 (Situation report). World Health Organization. 22 June 2021. Archived from the original on 29 June 2021. Retrieved 26 June 2021.
  79. ^ SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England, technical briefing 10 (PDF) (Briefing). Public Health England. 7 May 2021. GOV-8226. Archived (PDF) from the original on 8 May 2021. Retrieved 6 June 2021.
  80. ^ Jump up to: a b c d Campbell F, Archer B, Laurenson-Schafer H, Jinnai Y, Konings F, Batra N, et al. (June 2021). "Increased transmissibility and global spread of SARS-CoV-2 variants of concern as at June 2021". Euro Surveillance. 26 (24): 2100509. doi:10.2807/1560-7917.ES.2021.26.24.2100509. PMC 8212592. PMID 34142653.
  81. ^ Sheikh A, McMenamin J, Taylor B, Robertson C (June 2021). "SARS-CoV-2 Delta VOC in Scotland: demographics, risk of hospital admission, and vaccine effectiveness". Lancet. 397 (10293): 2461–2462. doi:10.1016/S0140-6736(21)01358-1. PMC 8201647. PMID 34139198.
  82. ^ Jump up to: a b "SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England Technical Briefing 21" (PDF). Public Health England. 20 August 2021. p. 16 and 22. Archived (PDF) from the original on 29 August 2021. Retrieved 29 August 2021.
  83. ^ Jump up to: a b Risk assessment for SARS-CoV-2 variant Delta (PDF) (Assessment). Public Health England. 23 July 2021. Archived (PDF) from the original on 25 July 2021. Retrieved 24 July 2021.
  84. ^ Yadav PD, Sapkal GN, Abraham P, Ella R, Deshpande G, Patil DY, et al. (May 2021). "Neutralization of variant under investigation B.1.617 with sera of BBV152 vaccinees". Clinical Infectious Diseases. 74 (ciab411). Oxford University Press: 366–368. bioRxiv 10.1101/2021.04.23.441101. doi:10.1093/cid/ciab411. PMID 33961693.
  85. ^ Callaway E (25 November 2021). "Heavily mutated coronavirus variant puts scientists on alert". Nature. 600 (7887): 21. Bibcode:2021Natur.600...21C. doi:10.1038/d41586-021-03552-w. PMID 34824381. S2CID 244660616.
  86. ^ SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England, technical briefing 29 (PDF) (Briefing). Public Health England. 26 November 2021. GOV-10481. Archived (PDF) from the original on 27 November 2021. Retrieved 26 November 2021.
  87. ^ Jump up to: a b c Risk assessment for SARS-CoV-2 variant Omicron (PDF) (Assessment). Public Health England. 22 December 2021. GOV-10869. Retrieved 23 December 2021.
  88. ^ Jump up to: a b Nyberg T, Ferguson NM, Nash SG, Webster HH, Flaxman S, Andrews N, et al. (16 March 2022). "Comparative analysis of the risks of hospitalisation and death associated with SARS-CoV-2 omicron (B.1.1.529) and delta (B.1.617.2) variants in England: a cohort study". The Lancet. 399 (10332): 1303–1312. doi:10.1016/S0140-6736(22)00462-7. ISSN 0140-6736. PMC 8926413. PMID 35305296.
  89. ^ Rambaut A, Loman N, Pybus O, Barclay W, Barrett J, Carabelli A, et al. (18 December 2020). "Preliminary genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in the UK defined by a novel set of spike mutations". Virological. Archived from the original on 21 December 2020. Retrieved 14 June 2021.
  90. ^ Investigation of novel SARS-COV-2 variant, technical briefing 1 (PDF) (Briefing). Public Health England. 21 December 2020. Archived (PDF) from the original on 15 June 2021. Retrieved 6 June 2021.
  91. ^ Jump up to: a b Chand et al. (2020), p. 6, Potential impact of spike variant N501Y.
  92. ^ Nyberg T, Twohig KA, Harris RJ, Seaman SR, Flannagan J, Allen H, et al. (June 2021). "Risk of hospital admission for patients with SARS-CoV-2 variant B.1.1.7: cohort analysis". BMJ. 373: n1412. arXiv:2104.05560. doi:10.1136/bmj.n1412. PMC 8204098. PMID 34130987. S2CID 235187479.
  93. ^ "Confirmed cases of COVID-19 variants identified in UK". GOV.UK. Public Health England. 15 January 2021. Archived from the original on 7 May 2021. Retrieved 5 March 2021.
  94. ^ Horby P, Barclay W, Gupta R, Huntley C (27 January 2021). NERVTAG paper: note on variant P.1 (Note). Public Health England. Archived from the original on 6 June 2021. Retrieved 6 June 2021.
  95. ^ Horby P, Barclay W, Huntley C (13 January 2021). NERVTAG paper: brief note on SARS-CoV-2 variants (Note). Public Health England. Archived from the original on 6 June 2021. Retrieved 6 June 2021.
  96. ^ Jump up to: a b c d e f "Tracking SARS-CoV-2 variants". www.who.int. Retrieved 26 May 2022. Updated frequently.
  97. ^ "Covid: Ireland, Italy, Belgium and Netherlands ban flights from UK". BBC News. 20 December 2020. Archived from the original on 21 December 2020. Retrieved 23 December 2020.
  98. ^ Chand M, Hopkins S, Dabrera G, Achison C, Barclay W, Ferguson N, et al. (21 December 2020). Investigation of novel SARS-COV-2 variant: Variant of Concern 202012/01 (PDF) (Report). Public Health England. Archived (PDF) from the original on 22 February 2021. Retrieved 23 December 2020.
  99. ^ "PHE investigating a novel strain of COVID-19". Public Health England (PHE). 14 December 2020.
  100. ^ Jump up to: a b c d e f Weekly epidemiological update on COVID-19 for 8 June 2021 (Situation report). World Health Organization. 8 June 2021. Archived from the original on 15 June 2021. Retrieved 14 June 2021.
  101. ^ Rambaut A, Loman N, Pybus O, Barclay W, Barrett J, Carabelli A, et al. (2020). Предварительная геномная характеристика новой линии SARS-COV-2 в Великобритании, определяемой новым набором мутаций SPIKE (отчет). Написано от имени COVID-19 Genomics Consortium UK. Архивировано из оригинала 22 февраля 2021 года . Получено 20 декабря 2020 года .
  102. ^ Kupferschmidt K (20 декабря 2020 г.). «Мутант -коронавирус в Соединенном Королевстве вызывает тревоги, но его важность остается неясной» . Science Mag . Архивировано из оригинала 21 декабря 2020 года . Получено 21 декабря 2020 года .
  103. ^ Jump up to: а беременный Коллиер Д.А., Де Марко А., Феррейра И.А., Мэн Б., Датир Р.П., Стены А.С. и др. (Май 2021 г.). «Чувствительность SARS-COV-2 B.1.1.7 к антителам, связанным с мРНК против мРНК» . Природа (опубликована). 593 (7857): 136–141. doi : 10.1038/s41586-021-03412-7 . PMC   7899479 . PMID   33706364 . Поэтому мы сгенерировали псевдовирусы, которые несли мутации шипа B.1.1.7 с или без дополнительной замены E484K, и проверили их против сыворотки, полученных после первой и второй дозы вакцины против мРНК BNT162B2, а также против выздоравливающей сыворотки. После второй дозы вакцины мы наблюдали значительную потерю нейтрализующей активности для псевдовируса с мутациями шипа B.1.1.7 и E484K (Fig. 3D, E). Среднее изменение сгиба для варианта SPIKE, содержащего E484K, составило 6,7 по сравнению с 1,9 для варианта B.1.1.7, относительно белка шипа дикого типа (Fig. 3A-C и расширенные данные Рис. 5 ) Аналогичным образом, когда мы проверили панель с сердечной сыворотой с диапазоном титров нейтрализации (Fig. 1F, G и расширенные данные Рис. 5), мы наблюдали дополнительную потерю активности в отношении мутанта B.1.1.7 с помощью E484K, сгиба Изменение 11,4 относительно белка шипа дикого типа (Fig. 3F, G и расширенные данные Рис. 5).
  104. ^ Jump up to: а беременный «Новые данные о VUI-2012/01 и обзор оценки риска здоровья общественного здоровья» . Знание Хаб . 15 декабря 2020 года. Архивировано с оригинала 21 декабря 2020 года . Получено 25 декабря 2020 года .
  105. ^ «Событие Cog-uk Showcase» . 18 декабря 2020 года. Архивировано с оригинала 14 июня 2021 года . Получено 25 декабря 2020 года - через YouTube.
  106. ^ Дэвис Н.Г., Эбботт С., Барнард Р.К., Джарвис С.И., Кучарски А.Дж., Мандей Д.Д. и др. (Апрель 2021 г.). «Расчетная передача и влияние линии SARS-COV-2 B.1.1.7 в Англии» . Наука . 372 (6538): EABG3055. doi : 10.1126/science.abg3055 . PMC   8128288 . PMID   33658326 .
  107. ^ Вольц Е., Мишра С., Чанд М., Барретт Дж.С., Джонсон Р., Гейдельберг Л. и др. (Май 2021 г.). «Оценка передачи линии SARS-COV-2 B.1.1.7 в Англии» . Природа . 593 (7858): 266–269. Bibcode : 2021natur.593..266V . doi : 10.1038/s41586-021-03470-x . HDL : 10044/1/87474 . PMID   33767447 .
  108. ^ Хорби П., Хантли С., Дэвис Н., Эдмундс Дж., Фергюсон Н., Медли Г. и др. (11 февраля 2021 г.). «Neptag Paper о варианте COVID-19, вызывающего беспокойство B.1.1.7: Обновление NENCTAG Примечание о тяжести B.1.1.7 (2021-02-11)» (PDF) . Gov.uk. Архивировано (PDF) из оригинала 13 апреля 2021 года . Получено 26 февраля 2021 года .
  109. ^ Галлахер J (22 января 2021 г.). «Коронавирус: вариант Великобритании» может быть более смертоносным » . BBC News . Архивировано из оригинала 23 мая 2021 года . Получено 22 января 2021 года .
  110. ^ Frampton D, Rampling T, Cross A, Bailey H, Heaney J, Byott M, et al. (Апрель 2021 г.). «Геномные характеристики и клинический эффект возникающей линии SARS-COV-2 B.1.1.7 в Лондоне, Великобритания: секвенирование всего генома и когортное исследование на основе больниц» . Lancet. Заразительные заболевания . 21 (9): 1246–1256. doi : 10.1016/s1473-3099 (21) 00170-5 . PMC   8041359 . PMID   33857406 .
  111. ^ "Панго линии линии B.1.1.7" . cov-lineages.org . 15 мая 2021 года. Архивировано из оригинала 16 июня 2021 года . Получено 15 мая 2021 года .
  112. ^ Jump up to: а беременный в «Отслеживание вариантов SARS-COV-2 (обновлено 2022-03-16)» . www.who.int . 16 марта 2022 года. Архивировано с оригинала 17 марта 2022 года . Получено 17 марта 2022 года .
  113. ^ Jump up to: а беременный в дюймовый «Отслеживание вариантов SARS-COV-2 (обновлено 2022-03-07)» . www.who.int . 7 марта 2022 года. Архивировано с оригинала 15 марта 2022 года . Получено 21 мая 2022 года .
  114. ^ Мандавилли А (5 марта 2021 г.). «В Орегоне ученые находят вариант вируса с тревожной мутацией - в одной выборке генетики обнаружили версию коронавируса, впервые идентифицированную в Великобритании с мутацией, первоначально сообщенной в Южной Африке» . New York Times . Архивировано из оригинала 6 марта 2021 года . Получено 6 марта 2021 года .
  115. ^ Chen Re, Zhang X, Case JB, Winkler ES, Liu Y, Vanblargan LA, et al. (Апрель 2021 г.). «Устойчивость вариантов SARS-COV-2 к нейтрализации с помощью моноклональных и сывороточных поликлональных антител» . Природная медицина . 27 (4): 717–726. doi : 10.1038/s41591-021-01294-w . PMC   8058618 . PMID   33664494 .
  116. ^ «B.1.1.7 Lineage с S: E484K отчет» . Outbreak.info . 5 марта 2021 года. Архивировано с оригинала 7 марта 2021 года . Получено 7 марта 2021 года .
  117. ^ Moustafa AM, Bianco C, Denu L, Ahmed A, Neide B, Everett J, et al. (21 апреля 2021 г.). «Сравнительный анализ появляющихся изолятов B.1.1.7+E484K SARS-COV-2 из Пенсильвании». Biorxiv   10.1101/2021.04.21.440801 .
  118. ^ «B.1.1.7 Lineage с S: E484K отчет» . Outbreak.info . Архивировано из оригинала 3 июля 2021 года . Получено 28 мая 2021 года .
  119. ^ Риск, связанный с распространением новых вариантов SARS-COV-2, вызывающих озабоченность в ЕС/ЕЭЗ-первое обновление (оценка риска). Европейский центр профилактики и контроля заболеваний. 2 февраля 2021 года. Архивировано из оригинала 25 марта 2021 года . Получено 22 марта 2021 года .
  120. ^ Jump up to: а беременный в дюймовый «Южная Африка объявляет новый вариант коронавируса» . New York Times . 18 декабря 2020 года. Архивировано с оригинала 21 декабря 2020 года . Получено 20 декабря 2020 года .
  121. ^ Jump up to: а беременный Roughton L, Bearak M (18 декабря 2020 г.). «Коронавирус Южной Африки: вторая волна, подпитываемая новым напряжением, подростковые фестивали« ярость » . The Washington Post . Архивировано из оригинала 27 декабря 2020 года . Получено 20 декабря 2020 года .
  122. ^ MKHIZE Z (18 декабря 2020 г.). «Обновление на Covid-19 (18 декабря 2020 года)» (пресс-релиз). ЮАР. COVID-19 Южноафриканский онлайн-портал. Архивировано из оригинала 4 мая 2021 года . Получено 23 декабря 2020 года . Наши клиницисты также предупредили нас, что все изменилось и что молодые, ранее здоровые люди теперь становятся очень больными.
  123. ^ Абдул Карим С.С. (19 декабря 2020 г.). «Волна 2-й Covid-19 в Южной Африке: вариант передачи и вариант 501.v2, 11-й слайд» . www.scribd.com. Архивировано из оригинала 6 января 2021 года . Получено 23 декабря 2020 года .
  124. ^ Лоу Д (22 декабря 2020 г.). «Новые мутации» . В разработке . Американская ассоциация по развитию науки . Архивировано из оригинала 29 января 2021 года . Получено 23 декабря 2020 года . Здесь я должен отметить, что в Южной Африке есть еще одна напряжение, которое приводит к аналогичным вопросам. У этого есть восемь мутаций в белке Spike, причем три из них (K417N, E484K и N501Y) могут играть некоторую функциональную роль.
  125. ^ «Заявление рабочей группы ВОЗ о моделях животных COVID-19 (WHO-COM) о новых вариантах SARS-COV-2 в Великобритании и Южной Африке» (PDF) . Всемирная организация здравоохранения. 22 декабря 2020 года. Архивировано (PDF) из оригинала 4 мая 2021 года . Получено 23 декабря 2020 года .
  126. ^ «Новая комбинация мутаций в сайте связывания рецептора Spike» (пресс -релиз). Gisaid . 21 декабря 2020 года. Архивировано с оригинала 22 февраля 2021 года . Получено 23 декабря 2020 года .
  127. ^ «Япония находит новый вариант коронавируса у путешественников из Бразилии» . Япония сегодня . Япония. 11 января 2021 года. Архивировано с оригинала 11 января 2021 года . Получено 14 января 2021 года .
  128. ^ Jump up to: а беременный в дюймовый и Faria NR, Claro IM, Candido D, Moyses Franco La, Andrade PS, Coletti TM, et al. (12 января 2021 г.). «Геномная характеристика новой линии SARS-COV-2 в Манаусе: предварительные результаты» . Геномная сеть Cadde. virological.org . Архивировано из оригинала 20 мая 2021 года . Получено 23 января 2021 года .
  129. ^ Jump up to: а беременный "С.1" . cov-lineages.org . Команда Панго . 1 июля 2021 года. Архивировано с оригинала 9 июня 2021 года . Получено 7 марта 2021 года .
  130. ^ «Cog-uk отчет о мутациях SARS-Cov-2, представляющих интерес в Великобритании» (PDF) . www.cogconsortium.uk . Covid-19 Genomics UK Consortium. 15 января 2021 года. Архивировано (PDF) из оригинала 16 апреля 2021 года . Получено 25 января 2021 года .
  131. ^ Jump up to: а беременный Voloch CM, Ni Silva Francisco R, De Almeida LG, Cardoso CC, Brustolini OJ, Gerer Al, et et. (Март 2021 г.). «Геномная характеристика новой линии SARS-COV-2 из Рио-де-Жанейро, Бразилия » Журнал вирусологии 95 (10). Doi : 10.1128/ jvi.000119-2 PMC   8139668 PMID   33649194 .
  132. ^ Nascimento V, Souza V (25 февраля 2021 г.). «Эпидемия COVID-19 в бразильском штате Амазонас была обусловлена ​​долгосрочной стойкостью эндемичных линий SARS-COV-2 и недавним появлением нового варианта беспокойства p.1» . Исследовательская площадь . doi : 10.21203/rs.3.rs-275494/v1 . Архивировано из оригинала 1 марта 2021 года . Получено 2 марта 2021 года .
  133. ^ Faria NR, Mellan TA, Whittaker C, Claro IM, Candido DD, Mishra S, et al. (Май 2021 г.). «Геномика и эпидемиология линии P.1 SARS-COV-2 в Манаусе, Бразилия» . Наука . 372 (6544): 815–821. Bibcode : 2021sci ... 372..815f . doi : 10.1126/science.abh2644 . ISSN   0036-8075 . PMC   8139423 . PMID   33853970 . В рамках этой правдоподобной области пространства параметров с.1 может быть в 1,7-2,4 раза более трансмиссив (50% BCI, 2,0 медианы, с 99% задней вероятностью быть> 1), чем локальные линии, не являющиеся P1, и может уклониться от 21 до 21 до 46% (50% BCI, 32% медианы, с 95% задним численностью уклонения не менее 10%) защитного иммунитета, вызванной предыдущей инфекцией, не-P.1 линии, соответствующие от 54 до 79% (50 % BCI, 68% среднего) перекрестного иммунитета ... мы оцениваем, что инфекции в 1,2 до 1,9 раза чаще (50% BCI, медиана 1,5, 90% задней вероятности быть> 1) привести к смертности в период после Появление с.1, по сравнению с ранее, хотя задние оценки этого относительного риска также коррелируют с предполагаемым перекрестным иммунитетом. В более широком смысле, недавняя эпидемия в Манаусе напрягала систему здравоохранения города, что привело к неадекватному доступу к медицинскому обслуживанию. Поэтому мы не можем определить, обусловлено ли предполагаемому увеличению риска относительной смертности от инфекции P.1, стресса в системе здравоохранения Manaus или ими. Необходимы подробные клинические исследования инфекций P.1.
  134. ^ Андреони М., Лондоньо Е., Касадо Л (3 марта 2021 г.). «Ковидный кризис Бразилии - это предупреждение для всего мира, говорят ученые - Бразилия видит рекордное количество смертей и распространение более заразительного варианта коронавируса, который может вызвать повторную инфекцию» . New York Times . Архивировано из оригинала 3 марта 2021 года . Получено 3 марта 2021 года .
  135. ^ Циммер С (1 марта 2021 г.). «Вариант вируса в Бразилии заразил многих, кто уже выздоровел от Covid-19-первые подробные исследования так называемого варианта P.1, как он опустошил бразильский город. Теперь ученые хотят знать, что он будет делать в другом месте» . New York Times . Архивировано из оригинала 3 марта 2021 года . Получено 3 марта 2021 года .
  136. ^ София Мутиньо (4 мая 2021 года). «Китайская вакцина COVID-19 поддерживает защиту в бразильской вариантах» . Наука . doi : 10.1126/science.abi9414 . S2CID   234804602 . Архивировано из оригинала 16 июня 2021 года . Получено 4 мая 2021 года .
  137. ^ Gaier R (5 марта 2021 г.). «Эксклюзив: Оксфордское исследование указывает на Astrazeneca, эффективную против варианта Бразилии, говорит источник» . Рейтер . Рио -де -Жанейро. Архивировано из оригинала 9 марта 2021 года . Получено 9 марта 2021 года .
  138. ^ «Эксклюзив: Оксфордское исследование указывает на Astrazeneca, эффективную против варианта Бразилии, говорит источник» . Рейтер . Рио -де -Жанейро. 8 марта 2021 года. Архивировано с оригинала 9 марта 2021 года . Получено 9 марта 2021 года .
  139. ^ Simões E, Gaier R (8 марта 2021 г.). «Coronavac и Oxford эффективны против варианта Manaus, говорят лаборатории» [Coronavac и Oxford эффективны против варианта Manaus, скажем, Laboratories]. UOL News (на португальском языке). Рейтер Бразилия. Архивировано из оригинала 8 марта 2021 года . Получено 9 марта 2021 года .
  140. ^ «Дельта глобально доминирующая на штамм, в настоящее время распространяющийся до 185 стран: кто» . 22 сентября 2021 года.
  141. ^ "Панго линии" . cov-lineages.org . Архивировано из оригинала 3 июня 2021 года . Получено 18 апреля 2021 года .
  142. ^ Jump up to: а беременный в дюймовый Коши Дж (8 апреля 2021 года). «Коронавирус | Индийский двойной мутант» штамм под названием B.1.617 » . Индус . Архивировано из оригинала 26 мая 2021 года . Получено 10 апреля 2021 года .
  143. ^ «Вторая волна, основанная на варианте Индии, совпала с всплеском зараженных рейсов в Канаде» . Торонто Солнце . 10 апреля 2021 года. Архивировано с оригинала 2 июня 2021 года . Получено 10 апреля 2021 года .
  144. ^ «Еженедельное эпидемиологическое обновление на Covid-19» . Всемирная организация здравоохранения . 11 мая 2021 года. Архивировано из оригинала 11 мая 2021 года . Получено 12 мая 2021 года .
  145. ^ «Стиформация Covid впервые обнаружена в Индии, найденном на 53 территориях: кто» . www.aljazeera.com . Архивировано из оригинала 19 июня 2021 года . Получено 27 мая 2021 года .
  146. ^ Мишра С., Миндерманн С., Шарма М., Уиттакер С., Меллан Т.А., Уилтон Т. и др. (1 сентября 2021 г.). «Изменение композиции линий SARS-COV-2 и рост варианта Delta в Англии » EclinicalMedicine 39 : 101064. DOI : 10.1016/ j.eclinm.2021.101064 ISSN   2589-5 PMC   8349999  34401689PMID
  147. ^ «Британские ученые предупреждают о варианте индийского коронавируса» . Рейтер . 7 мая 2021 года. Архивировано из оригинала 22 мая 2021 года . Получено 7 мая 2021 года .
  148. ^ «Экспертная реакция на VUI-21APR-02/B.1.617.2 классифицируется PHE как вариант беспокойства» . Science Media Center . 7 мая 2021 года. Архивировано с оригинала 13 июля 2021 года . Получено 15 мая 2021 года .
  149. ^ SARS-COV-2 Варианты, вызывающие озабоченность и варианты, исследуемые в Англии, технический брифинг 14 (PDF) (брифинг). Общественное здравоохранение Англия. 3 июня 2021 года. Правительство-8530. Архивировано (PDF) из оригинала 4 июля 2021 года . Получено 26 июня 2021 года .
  150. ^ Пирсон Х, Пуллен Л, Дао С (11 июня 2021 года). «AHS разрушает данные вакцинации от вспышки варианта Delta Covid-19 в больнице Калгари» . Глобальные новости . Архивировано из оригинала 12 июня 2021 года . Получено 12 июня 2021 года .
  151. ^ Schraer R (4 июня 2021 г.). « Вариант Непала»: что мутация останавливает зеленый список поездок в Португалию? » Полем BBC News . Архивировано из оригинала 19 июня 2021 года . Получено 18 июня 2021 года .
  152. ^ Ачарья Б., Джамхандикар С. (23 июня 2021 г.). «Объясните: каков вариант дельты коронавируса с мутацией K417N?» Полем Рейтер . Архивировано из оригинала 23 июня 2021 года . Получено 23 июня 2021 года .
  153. ^ Варианты SARS-COV-2, вызывающие озабоченность и варианты, исследуемые в Англии, технический брифинг 17 (PDF) (брифинг). Общественное здравоохранение Англия. 25 июня 2021 года. Правительство-8576. Архивировано (PDF) из оригинала 25 июня 2021 года . Получено 26 июня 2021 года .
  154. ^ Шарма М (14 июня 2021 года). «Новый вариант« Delta Plus »SARS-COV-2 идентифицирован; вот что мы знаем до сих пор» . Индия сегодня . Архивировано из оригинала 17 июня 2021 года . Получено 16 июня 2021 года .
  155. ^ Катлер С. (18 июня 2021 года). « Непал вариант»: то, что мы узнали до сих пор » . Разговор . Архивировано из оригинала 18 июня 2021 года . Получено 18 июня 2021 года .
  156. ^ Tang JW, Oliver T (2021). «Внедрение варианта южноафриканского SARS-COV-2 501Y.V2 в Великобританию» . Журнал инфекции . 82 (4): E8 - E10. doi : 10.1016/j.jinf.2021.01.007 . PMC   7813514 . PMID   33472093 .
  157. ^ «Индия говорит, что новый вариант Covid - это беспокойство» . Рейтер . Бенгалор. 22 июня 2021 года. Архивировано с оригинала 23 июня 2021 года . Получено 23 июня 2021 года .
  158. ^ Бисвас (23 июня 2021 года). «Delta Plus: ученые говорят слишком рано, чтобы сказать риск варианта Covid-19» . BBC News . Архивировано из оригинала 23 июня 2021 года . Получено 23 июня 2021 года .
  159. ^ Робертс М (19 октября 2021 г.). «Covid-19: новая мутация варианта Delta под пристальным наблюдением в Великобритании» . www.bbc.co.uk. ​Получено 19 октября 2021 года .
  160. ^ «Отслеживание вариантов SARS-COV-2» . www.who.int . 7 июня 2022 года. Архивировано с оригинала 22 июня 2022 года . Получено 23 июня 2022 года .
  161. ^ «Штамм в Южной Калифорнии COVID-19 быстро расширяет глобальный охват» . Cedars-Sinai Newsroom . Лос -Анджелес . 11 февраля 2021 года. Архивировано из оригинала 16 апреля 2021 года . Получено 17 марта 2021 года .
  162. ^ Latif AA, Mullen JL, Alkuzweny M, Tsueng G, Cano M, Haag E, et al. (Центр биологии вирусных систем). «B.1.429 Отчет о происхождении» . Outbreak.info . Архивировано из оригинала 3 июля 2021 года . Получено 28 мая 2021 года .
  163. ^ Jump up to: а беременный «Новый калифорнийский вариант может привести к всему всплеску вируса, предлагается исследование» . New York Times . 19 января 2021 года. Архивировано с оригинала 9 июня 2021 года . Получено 20 января 2021 года .
  164. ^ Азад А (17 марта 2021 г.). «Штаммы коронавируса, впервые обнаруженные в Калифорнии, официально являются« разнообразными вариантами », - говорит CDC» . CNN . Архивировано из оригинала 6 июня 2021 года . Получено 6 июня 2021 года .
  165. ^ Shen X, Tang H, Pajon R, Smith G, Glenn GM, Shi W, et al. (Июнь 2021 г.). «Нейтрализация вариантов SARS-COV-2 B.1.429 и B.1.351» . Новая Англия Журнал медицины . 384 (24): 2352–2354. doi : 10.1056/nejmc2103740 . PMC   8063884 . PMID   33826819 .
  166. ^ «Классификации и определения вариантов SARS-COV-2: обновлено 23 июня 2021 года» . CDC.gov . Центры для контроля и профилактики заболеваний. 23 июня 2021 года. Архивировано с оригинала 29 июня 2021 года.
  167. ^ Jump up to: а беременный Zimmer C, Mandavilli A (14 мая 2021 г.). «Как Соединенные Штаты победили варианты, пока» . New York Times . Архивировано из оригинала 16 мая 2021 года . Получено 17 мая 2021 года .
  168. ^ Wadman M (23 февраля 2021 г.). «Калифорнийский нагрузчик коронавируса может быть более заразительным - и смертельным» . Science News . doi : 10.1126/science.abh2101 . Архивировано из оригинала 1 мая 2021 года . Получено 17 марта 2021 года .
  169. ^ Ho C (28 февраля 2021 г.). "Работают ли тесты на коронавируса на вариантах?" Полем Сан -Франциско Хроника . Архивировано из оригинала 24 июня 2021 года . Получено 24 июня 2021 года .
  170. ^ «Местный штамм Covid-19, обнаруженный у более трети пациентов с Лос-Анджелесом» . Новости (пресс -релиз). Калифорния: Cedars Sinai Medical Center. 19 января 2021 года. Архивировано с оригинала 13 июня 2021 года . Получено 3 марта 2021 года .
  171. ^ Jump up to: а беременный "B.1.429" . Рамбаут Группа, Эдинбургский университет . Панго линии. 15 февраля 2021 года. Архивировано из оригинала 28 апреля 2021 года . Получено 16 февраля 2021 года .
  172. ^ Jump up to: а беременный «B.1.429 Отчет о происхождении» . Scripps Research . Outbreak.info. 15 февраля 2021 года. Архивировано с оригинала 9 июня 2021 года . Получено 16 февраля 2021 года .
  173. ^ «Вариант Covid-19 впервые обнаруживается в других странах, а штаты сейчас чаще встречаются в Калифорнии» . Калифорнийский департамент общественного здравоохранения . Архивировано из оригинала 16 июня 2021 года . Получено 30 января 2021 года .
  174. ^ Weise E, Weintraub K. «Новые штаммы Covid, быстро перемещаясь по США, нуждаются в тщательных наблюдениях, говорят ученые» . USA сегодня . Архивировано из оригинала 4 марта 2021 года . Получено 30 января 2021 года .
  175. ^ «Геномная характеристика новой линии SARS-COV-2 в Манаусе: предварительные результаты» . Вирусологический . 12 января 2021 года . Получено 26 июня 2021 года .
  176. ^ Ранзани О (2021). «Эффективность вакцины вакцины коронавака у пожилой популяции во время гамма-варианта, связанной с эпидемией COVID-19 в Бразилии». Medrxiv   10.1101/2021.05.19.21257472V3 .
  177. ^ «Отслеживание вариантов SARS-COV-2» . Кто . Всемирная организация здравоохранения.
  178. ^ «Delta-PCR-testen» [The Delta PCR-тест] (на датском). Statens Serum Institut. 25 февраля 2021 года. Архивировано с оригинала 7 февраля 2021 года . Получено 27 февраля 2021 года .
  179. ^ Jump up to: а беременный «Варианты gisaid hcov19 (см. Параметр меню 'g/484k.v3 (b.1.525)») » . Gisaid . Архивировано из оригинала 23 июня 2021 года . Получено 4 марта 2021 года .
  180. ^ Jump up to: а беременный «Статус для Udvikling AF SARS-COV-2 Варианты, вызывающие озабоченность (VOC) I Danmark» [Статус развития вариантов беспокойства SARS-COV-2 (VOC) в Дании] (на датском языке). Statens Serum Institut. 27 февраля 2021 года. Архивировано с оригинала 27 августа 2021 года . Получено 27 февраля 2021 года .
  181. ^ Jump up to: а беременный «B.1.525 Международный отчет о происхождении» . cov-lineages.org . Команда Панго . 19 мая 2021 года. Архивировано с оригинала 9 июня 2021 года . Получено 16 февраля 2021 года .
  182. ^ Робертс М (16 февраля 2021 г.). «Еще один новый вариант коронавируса, который можно увидеть в Великобритании» . BBC News . Архивировано из оригинала 20 июня 2021 года . Получено 16 февраля 2021 года .
  183. ^ «DOH подтверждает обнаружение 2 мутаций SARS-COV-2 в области 7» . ABS-CBN News . 18 февраля 2021 года. Архивировано из оригинала 3 мая 2021 года . Получено 13 марта 2021 года .
  184. ^ Santos E (13 марта 2021 г.). «Doh сообщает о варианте Covid-19« уникальный »для pH, первый случай бразильского варианта» . CNN Филиппины . Архивировано из оригинала 16 марта 2021 года . Получено 17 марта 2021 года .
  185. ^ «DOH подтверждает новый вариант Covid-19, впервые обнаруженный в pH, первый случай бразильского варианта» . ABS-CBN News . 13 марта 2021 года. Архивировано из оригинала 2 мая 2021 года . Получено 13 марта 2021 года .
  186. ^ «PH обнаружил новый вариант Covid-19 раньше, чем Япония, эксперт разъясняет» . CNN Филиппины . 13 марта 2021 года. Архивировано с оригинала 17 марта 2021 года . Получено 17 марта 2021 года .
  187. ^ «Япония обнаруживает новый вариант коронавируса от путешественника, прибывающего от PH» . CNN Филиппины . 13 марта 2021 года. Архивировано с оригинала 16 марта 2021 года . Получено 21 марта 2021 года .
  188. ^ «Великобритания сообщает 2 случая варианта Covid-19, впервые обнаруженных на Филиппинах» . ABS-CBN . 17 марта 2021 года. Архивировано с оригинала 18 марта 2021 года . Получено 21 марта 2021 года .
  189. ^ «Covid-19: Саравак обнаруживает вариант, о котором сообщается на Филиппинах» . 30 апреля 2021 года. Архивировано из оригинала 1 мая 2021 года . Получено 30 апреля 2021 года .
  190. ^ «Отслеживание вариантов SARS-COV-2» . www.who.int . Получено 1 июня 2021 года .
  191. ^ Бартон М.И., МакГоуэн С.А., Кутузов М.А., Душек О., Бартон Г.Дж., Ван дер Мерве Па (26 августа 2021 г.). Fouchier RA, Van der Meer JW, Fouchier RA (ред.). «Влияние общих мутаций в RBD SARS-COV-2 и его лиганде, рецептор ACE2 человека на аффинность связывания и кинетику» . элиф . 10 : E70658. doi : 10.7554/elife.70658 . ISSN   2050-084X . PMC   8480977 . PMID   34435953 .
  192. ^ SARS-COV-2 последовательностей по варианту, 26 июля 2021 г., США, наш мир в данных
  193. ^ «Отслеживание вариантов SARS-COV-2» . www.who.int . 31 мая 2021 года . Получено 5 июня 2021 года .
  194. ^ «Еженедельное эпидемиологическое обновление на COVID -19 - 27 апреля 2021 года» (PDF) . Всемирная организация здравоохранения . 27 апреля 2021 года . Получено 6 июня 2021 года .
  195. ^ Le Page M (4 июня 2021 года). «Индийский вариант Covid-19 (B.1.617)» . Новый ученый . Получено 8 июня 2021 года .
  196. ^ Это считалось ранее циркулирующим вариантом интереса Всемирной организации здравоохранения в марте 2022 года. Варианты SARS-COV-2, вызывающие озабоченность и варианты, исследуемые в Англии-Технический брифинг 10 (PDF) (отчет). Лондон 7 мая 2021 года . Получено 5 июня 2021 года . Вариант, впервые обнаруженный в Индии, был назначен в рамках расследования 1 апреля 2021 года как VUI-21APR-01 (B.1.617.1). {{cite report}}: Неизвестный параметр |agency= игнорируется ( помощь ) Эта статья содержит лицензированный текст OGL Эта статья включает в себя текст, опубликованный в соответствии с лицензией Британского открытого правительства v3.0:
  197. ^ Jump up to: а беременный «Отслеживание вариантов SARS-COV-2» . Всемирная организация здравоохранения . Получено 17 июня 2021 года .
  198. ^ «Еженедельное эпидемиологическое обновление на COVID -19 - 15 июня 2021 года» (PDF) (44 Ed.). Всемирная организация здравоохранения . 15 июня 2021 года . Получено 16 августа 2021 года . Lambda была связана с существенными показателями передачи сообщества в нескольких странах с ростом распространенности с течением времени, одновременно с увеличением заболеваемости COVID-19. Самые ранние секвенированные образцы были зарегистрированы в Перу в августе 2020 года.
  199. ^ «Отслеживание вариантов SARS-COV-2» . Кто . Всемирная организация здравоохранения. Часто обновляется.
  200. ^ «Отслеживание вариантов SARS-COV-2 (обновлено 2022-03-16)» . www.who.int . 16 марта 2022 года. Архивировано с оригинала 17 марта 2022 года . Получено 17 марта 2022 года .
  201. ^ «Отслеживание вариантов SARS-COV-2 (обновлено 2022-03-07)» . www.who.int . 7 марта 2022 года. Архивировано с оригинала 15 марта 2022 года . Получено 21 мая 2022 года .
  202. ^ «Отслеживание вариантов SARS-COV-2» . Кто . Всемирная организация здравоохранения. Архивировано из оригинала 18 июня 2021 года . Получено 1 сентября 2021 года .
  203. ^ «Отслеживание вариантов SARS-COV-2 (обновлено 2022-03-16)» . www.who.int . 16 марта 2022 года. Архивировано с оригинала 17 марта 2022 года . Получено 17 марта 2022 года .
  204. ^ «Отслеживание вариантов SARS-COV-2 (обновлено 2022-03-07)» . www.who.int . 7 марта 2022 года. Архивировано с оригинала 15 марта 2022 года . Получено 21 мая 2022 года .
  205. ^ Jump up to: а беременный «Классификация Omicron (B.1.1.529): вариант беспокойства SARS-COV-2» . www.who.int . Получено 26 ноября 2021 года .
  206. ^ Callaway E (25 ноября 2021 года). «В значительной степени вариант мутированного коронавируса ставит ученых на предупреждение» . Природа . 600 (7887): 21. Bibcode : 2021natur.600 ... 21c . doi : 10.1038/d41586-021-035552-w . PMID   34824381 . S2CID   244660616 .
  207. ^ Фернандо М.Дж. «Мировые эксперты проводят специальное собрание по поводу беспокойства нового варианта Covid-19 в Южной Африке: последние обновления» . USA сегодня .
  208. ^ "Outbreak.info" . Outbreak.info . Получено 26 ноября 2021 года .
  209. ^ «Covid: Новый сильно мутированный вариант B.1.1.529 в Южной Африке вызывает обеспокоенность» . BBC News . 25 ноября 2021 года . Получено 25 ноября 2021 года .
  210. ^ Whiteside P (30 ноября 2021 года). «Covid-19: как распространение Omicron перешло от пациента Zero до всего мира» . Sky News . Получено 3 января 2022 года .
  211. ^ @Bnodesk (26 ноября 2021 г.). «Заявление из Израильского министерства здравоохранения, сообщающего 1 подтвержденный случай нового варианта коронавируса B.1.1.529» ( твит ) . Получено 26 ноября 2021 года - через Twitter .
  212. ^ премьер -министр проведет пресс -конференцию » «14:30 4 подтверждены новой версией, обнаруженной в стране, 26 November 2021.
  213. ^ «Бельгия обнаруживает первый случай нового варианта Covid-19 в Европе» . Рейтер . 26 ноября 2021 года . Получено 26 ноября 2021 года .
  214. ^ «Еженедельный бюллетень insacog» (PDF) . dbtindia.gov.in . 10 января 2022 года . Получено 24 января 2022 года .
  215. ^ «Заявление о Omicron Sublineage Ba.2» . www.who.int . Получено 4 апреля 2022 года .
  216. ^ Jump up to: а беременный Шмидт С. «Что мы знаем о варианте Omicron BA.2 до сих пор» . Scientific American . Получено 4 апреля 2022 года .
  217. ^ «Ковидные инфекции снова растут по всей Великобритании - ONS» . BBC News . 11 марта 2022 года.
  218. ^ Джессика Рендалл (29 марта 2022 г.). «Ba.2 теперь является доминирующим вариантом Covid в США, показывают данные CDC» .
  219. ^ ECDC (12 мая 2022 г.). «Изменения в списке вариантов озабоченности SARS-COV-2, интересных вариантов и вариантов под мониторингом» (PDF) .
  220. ^ Jump up to: а беременный Питер Рассел (6 января 2023 г.). "Omicron XBB.1.5: Что мы знаем до сих пор?" Полем Получено 8 января 2023 года .
  221. ^ «Распространенность последовательности генома SARS-COV-2 и обновление скорости роста: 8 ноября 2023 года» . Gov.uk. ​6 декабря 2023 года . Получено 21 декабря 2023 года .
  222. ^ Джонсон А. «Что мы знаем о варианте« Эриса », например, доминирующее напряжение, стимулирующее рост в случаях» . Форбс . Получено 11 августа 2023 года .
  223. ^ "cov-lineages.org" . Получено 11 августа 2023 года .
  224. ^ Мундасад S (10 августа 2023 г.). «То, что мы знаем о варианте Covid Eg.5, получили дублирование« Эрис » . BBC News . Би -би -си . Получено 10 августа 2023 года .
  225. ^ «Еженедельное эпидемиологическое обновление Covid-19 (издание 156 опубликовано 17 августа 2023 г.)» (PDF) . Всемирная организация здравоохранения. 17 августа 2023 года . Получено 30 августа 2023 года .
  226. ^ «Covid: все, что мы знаем о новом потомке Omicron, как скачки зимнего гриппа» . Независимый . 8 декабря 2023 года . Получено 16 декабря 2023 года .
  227. ^ Bartel A, Grau JH, Bitzeageio J, Werber D, Linzner N, Schumacher V, et al. (10 января 2024 г.). «Своевременный мониторинг фрагментов РНК SARS-COV-2 в сточных водах показывает появление JN.1 (Ba.2.86.1.1, Clade 23i) в Берлине, Германия» . Вирусы . 16 (1): 102. doi : 10.3390/v16010102 . ISSN   1999-4915 . PMC   10818819 . PMID   38257802 .
  228. ^ «Первоначальная оценка риска JN.1, 19 декабря 2023 года» (PDF) . Всемирная организация здравоохранения. 19 декабря 2023 года . Получено 11 января 2024 года .
  229. ^ «Возвращение маски? Сингапур, Индонезия возвращает пределы, когда прыгают ковиды» . мята ​14 декабря 2023 года . Получено 16 декабря 2023 года .
  230. ^ «Активность COVID-19 увеличивается, так как распространенность варианта JN.1 продолжает расти» . Центры для контроля и профилактики заболеваний. 5 января 2024 года . Получено 11 января 2024 года .
  231. ^ JN.1 09 , Обновленная г. 2023   оценка января риска
  232. ^ Leventis Lourgos A (9 мая 2024 г.). «Новые варианты Flirt 'Flirt» распространяются по всей стране. Чикагские эксперты по здравоохранению настоятельно призывают к акцинации » . Yahoo News . Получено 14 мая 2024 года - через Чикаго Трибьюн .
  233. ^ Ки С (20 мая 2024 г.). «Новые варианты Covid, распространяющиеся в США, называются« флирт ». Но почему?" Полем Сегодня.com . Получено 29 мая 2024 года .
  234. ^ Натан Бартлетт (9 июля 2024 г.). «От флирта до Fluqe: что узнать о последних вариантах Covid на подъеме» . Разговор . Wikidata   Q127329080 . Архивировано из оригинала 10 июля 2024 года.
  235. ^ Лин II RG (30 августа 2024 г.). «Еще более заразительный нагрузчик на велосипеде - это« только начинать »на фоне калифорнийской волны» . Los Angeles Times . Получено 1 сентября 2024 года .
  236. ^ Мишель Робертс (16 сентября 2024 г.). «Новый ковидный вариант XEC начинает распространяться» . www.bbc.com . Получено 16 сентября 2024 года .
  237. ^ Отслеживание вариантов SARS-COV-2 , Всемирная организация здравоохранения , 29 мая 2022 года, Wikidata   Q127329189 , архивировано из оригинала 29 мая 2022 года.
  238. ^ Jump up to: а беременный Отслеживание вариантов SARS-COV-2 , Всемирная организация здравоохранения , 11 февраля 2023 года, Wikidata   Q127329489 , архивировано из оригинала 11 февраля 2023 года.
  239. ^ Отслеживание вариантов SARS-COV-2 , Всемирная организация здравоохранения , 28 июня 2024 года, Wikidata   Q127328784 , архивировано из оригинала 10 июля 2024 года.
  240. ^ Jump up to: а беременный «Обнаружение варианта белка SARS-COV-2 P681H в Нигерии» . Вирусологический . 23 декабря 2020 года. Архивировано с оригинала 13 июня 2021 года . Получено 1 января 2021 года .
  241. ^ "Линия B.1.1.207" . cov-lineages.org . Команда Панго . Архивировано из оригинала 27 января 2021 года . Получено 11 марта 2021 года .
  242. ^ «Путешественники из Квинсленда продлены карантин после того, как российский вариант коронавируса обнаружился» . www.abc.net.au. ​3 марта 2021 года. Архивировано с оригинала 3 марта 2021 года . Получено 3 марта 2021 года .
  243. ^ Коши Дж (21 апреля 2021 года). «Новый вариант коронавируса, найденный в Западной Бенгалии» . www.thehindu.com . Архивировано из оригинала 26 мая 2021 года . Получено 23 апреля 2021 года .
  244. ^ «Что такое новый« тройной вариант мутанта »вируса Covid-19, найденный в Бенгалии? Насколько это плохо?» Полем www.indiatoday.in . 22 апреля 2021 года. Архивировано с оригинала 28 апреля 2021 года . Получено 23 апреля 2021 года .
  245. ^ «Линия Pango Lineage B.1.618» . cov-lineages.org . Архивировано из оригинала 14 мая 2021 года . Получено 23 апреля 2021 года .
  246. ^ «Обнаружение новых вариантов SARS-COV-2 в сточных водах Нью-Йорка» . Университет Миссури . Получено 10 марта 2022 года .
  247. ^ Jump up to: а беременный Смит Д.С., Трухильо М., Грегори Д.А., Чеунг К., Гао А., Грэм М. и др. (3 февраля 2022 г.). «Отслеживание загадочных линий SARS-COV-2, обнаруженных в сточных водах Нью-Йорка» . Природная связь . 13 (1): 635. Bibcode : 2022natco..13..635S . doi : 10.1038/s41467-022-28246-3 . ISSN   2041-1723 . PMC   8813986 . PMID   35115523 .
  248. ^ Браун E (4 января 2022 года). «То, что мы знаем о« Ihu »Covid Variant B.1.640.2 с 46 мутациями» . Newsweek . Архивировано из оригинала 5 января 2022 года . Получено 5 января 2022 года .
  249. ^ Фрейнд А (7 января 2022 года). «Коронавирус: эксперты по здравоохранению не встревожены вариантом, идентифицированным во Франции» . Deutsche Welle . Архивировано из оригинала 7 января 2022 года . Получено 8 января 2022 года .
  250. ^ Jump up to: а беременный Фрейнд А (4 января 2022 года). «Новый вариант коронавируса, идентифицированный во Франции» . Deutsche Welle . Архивировано из оригинала 5 января 2022 года . Получено 5 января 2022 года .
  251. ^ Jump up to: а беременный Бенгальский (5 января 2022 г.). «Вариант, найденный во Франции, не является проблемой, говорит, кто говорит» . New York Times . ISSN   0362-4331 . Архивировано из оригинала 6 января 2022 года . Получено 5 января 2022 года .
  252. ^ «Отслеживание вариантов SARS-COV-2» . Всемирная организация здравоохранения . Архивировано из оригинала 25 ноября 2021 года . Получено 5 января 2022 года .
  253. ^ Коббе Э (6 января 2022 года). Всемирная организация здравоохранения говорит, что « Ihu» вариант коронавируса »на нашем радаре», но не угроза » . CBS News . Архивировано из оригинала 7 января 2022 года . Получено 8 января 2022 года .
  254. ^ Чатурведи А (4 января 2022 года). «Новый вариант Covid-19 'ihu», обнаруженный во Франции, имеет больше мутаций, чем Omicron » . Времена Hindustan . Архивировано из оригинала 5 января 2022 года . Получено 5 января 2022 года .
  255. ^ «Covid-19: новый вариант, B.1.640.2, обнаружено во Франции-исследование» . Иерусалимский пост . Архивировано из оригинала 4 января 2022 года . Получено 4 января 2022 года .
  256. ^ «Каков вариант Deltacron Covid и где он был найден?» Полем Хранитель . 11 марта 2022 года . Получено 18 апреля 2022 года .
  257. ^ Лапид N (9 марта 2022 г.). «Вариант, который сочетает в себе Delta и Omicron, идентифицированные; собаки с высокой точностью нюхают вирус» . Рейтер . Получено 18 апреля 2022 года .
  258. ^ «COVID -19, Украина и другие глобальные транскрипты виртуальной пресс -конференции по чрезвычайным ситуациям в области здравоохранения - 16 марта 2022 года» . www.who.int . Получено 24 апреля 2022 года .
  259. ^ Snider M. «Может быть новый вариант Covid, Deltacron. Вот что мы знаем об этом» . USA сегодня . Получено 24 апреля 2022 года .
  260. ^ Jump up to: а беременный Colson P, Fournier PE, Delerce J, Million M, Bedotto M, Houhamdi L, et al. (16 марта 2022 г.). «Культура и идентификация« дельтамикрона »SARS-COV-2 в кластере из трех случаев на юге Франции». С. 3739–3749. medrxiv   10.1101/2022.03.03.22271812V2 .
  261. ^ «Delta (AY.4) и BA.1 рекомбинантный во Франции/Дании [~ 30 SEQ, изолированные/пассуальные в Vero] · Выпуск № 444 · COV-Leages/Pango-Designation» . GitHub . Получено 24 апреля 2022 года .
  262. ^ О'Нил Л. (21 марта 2022 г.). «Дельтакрон: То, что ученые знают об этом новом гибридном коронавирусе» . Разговор . Получено 18 апреля 2022 года .
  263. ^ Sundaravelu A (28 июля 2023 г.). «Ученые находят« наиболее мутированным »и« самым экстремальным »вариантом проковида, когда -либо у пациента» . Metro News . Получено 28 июля 2023 года .
  264. ^ Jump up to: а беременный «Варианты SARS-COV-2, вызывающие озабоченность и варианты, исследуемые в Англии: технический брифинг 39» (PDF) . gov.uk. ​Великобритания Агентство здравоохранения. 25 марта 2022 года. Архивировано (PDF) от оригинала 4 апреля 2022 года . Получено 6 апреля 2022 года .
  265. ^ «Epidemiological Update Covid-19 еженедельно: издание 84, опубликовано 22 марта 2022 года» (PDF) . Кто . Всемирная организация здравоохранения. 2 марта 2022 года . Получено 6 апреля 2022 года .
  266. ^ "Cov-Leagues" . cov-lineages.org . Получено 6 апреля 2022 года .
  267. ^ Kupferschmidt K (23 декабря 2020 г.). «Вариант Великобритании освещает роль пациентов с ослабленным иммунитетом в пандемии COVID-19» . Наука . doi : 10.1126/science.abg2911 . S2CID   234378594 . Архивировано из оригинала 24 июня 2021 года . Получено 25 февраля 2021 года .
  268. ^ Sutherland S (23 февраля 2021 года). «Ковидные варианты могут возникнуть у людей с скомпрометированной иммунной системой» . Scientific American . Архивировано из оригинала 6 июня 2021 года . Получено 25 февраля 2021 года .
  269. ^ McCarthy KR, Rennick LJ, Nambulli S, Robinson-McCarthy LR, Bain WG, Haidar G, et al. (Март 2021 г.). «Рецидивирующие делеции в SARS-Cov-2-Spike Glycoprotein Drive Escape» . Наука . 371 (6534): 1139–1142. Bibcode : 2021sci ... 371.1139M . doi : 10.1126/science.abf6950 . PMC   7971772 . PMID   33536258 .
  270. ^ « такое коронавируса новый Что ? мутант
  271. ^ «Вариант: 21G (лямбда)» . Коварианты . Архивировано из оригинала 21 июля 2021 года . Получено 3 сентября 2021 года .
  272. ^ Фрэнк Даймонд (7 августа 2021 г.). «Больше данных указывает на потенциальную летальность лямбда» . Инфекционный контроль сегодня . Архивировано из оригинала 3 сентября 2021 года . Получено 3 сентября 2021 года .
  273. ^ Kimura I, Kosugi Y, Wu J, Yamasoba D, Butlertanaka EP, Tanaka YL, et al. (2021). «Вариант Lambda SARS-COV-2 демонстрирует более высокую инфекционность и иммуно устойчивость» . Сотовые отчеты . 38 (2): 110218. Biorxiv   10.1101/2021.07.28.454085 . doi : 10.1016/j.celrep.2021.110218 . HDL : 2433/267436 . PMC   8683271 . PMID   34968415 . S2CID   236520241 . Архивировано из оригинала 16 сентября 2021 года . Получено 3 сентября 2021 года .
  274. ^ Jump up to: а беременный в дюймовый и фон глин Гринвуд М (15 января 2021 года). «Какие мутации SARS-COV-2 вызывают беспокойство?» Полем Новости медицинские жизни . Архивировано из оригинала 16 января 2021 года . Получено 16 января 2021 года .
  275. ^ Tandel D, Gapta D, Sah V, Harhan KH (30 апреля 2021 года). Высший SARS-COV-2 Biorxiv   10.1101/ 2021.04.3
  276. ^ Bhattacharjee S (3 мая 2021 г.). «COVID-19 | AP штамм, по крайней мере, в 15 раз больше вирулентного» . Индус . Архивировано из оригинала 10 мая 2021 года . Получено 4 мая 2021 года .
  277. ^ «Ковидный вариант N440K: мутант N440K в 10 раз больше инфекционного, чем родительский штамм | Hyderabad News» . The Times of India . 2 мая 2021 года. Архивировано из оригинала 30 августа 2021 года . Получено 3 сентября 2021 года .
  278. ^ «Опасение связана с повышенной инфекцией и передачей и изменениями в антигеничности. Что касается новых мутантов нового коронавируса (SARS-COV-2) (отчет 13)» [Новые мутантные штаммы нового коронавируса (SARS-COV-2) Повышенная инфекционность и трансмиссия и изменения в антигенности ( ] ) 13 . отчет
  279. ^ «Мутации в Спайке предположительно связаны с вспышкой на датских норковых фермах» . Gisaid . Архивировано из оригинала 3 сентября 2021 года . Получено 3 сентября 2021 года .
  280. ^ «Университет Граца» . www.uni-graz.at . Архивировано из оригинала 6 мая 2021 года . Получено 22 февраля 2021 года .
  281. ^ «Коронавирус SARS-COV-2 (ранее известный как Wuhan Coronavirus и 2019-NCOV)-то, что мы можем узнать на уровне структурной биоинформатики» . Иннофоре . 23 января 2020 года . Получено 22 февраля 2021 года .
  282. ^ Сингх А., Стейнкеллнер Г., Кёхл К., Грубер К., Грубер С.С. (февраль 2021 г.). «Serine 477 играет решающую роль во взаимодействии белка SARS-Cov-2 с ACE2 рецептора человека» . Научные отчеты . 11 (1): 4320. Bibcode : 2021natsr..11.4320S . doi : 10.1038/s41598-021-83761-5 . PMC   7900180 . PMID   33619331 .
  283. ^ «Biontech: мы стремимся индивидуализировать лекарство от рака» . Biontech . Архивировано из оригинала 18 июня 2021 года . Получено 22 февраля 2021 года .
  284. ^ Schroers B, Gudimella R, Bukur T, Roesler T, Loewer M, Sahin U (4 февраля 2021 г.). «Большой анализ мутантов SARS-COV-2 Спайк-гликопротеина демонстрирует необходимость непрерывного скрининга изолятов вируса». Biorxiv   10.1101/2021.02.04.429765 .
  285. ^ «Люди говорят о варианте« двойного мутанта »в Индии. Что это значит?» Полем ЭНЕРГЕТИЧЕСКИЙ ЯДЕРНЫЙ РЕАКТОР . Архивировано из оригинала 27 апреля 2021 года . Получено 27 апреля 2021 года . ... с научной точки зрения, термин «двойной мутант» не имеет смысла, говорит Андерсен. «SARS-COV-2 все время мутирует. Поэтому повсюду есть много двойных мутантов. Вариант в Индии действительно не следует называть этим».
  286. ^ Jump up to: а беременный в Mandavilli A, Mueller B (2 марта 2021 г.). «Почему варианты вируса имеют такие странные имена» . New York Times . ISSN   0362-4331 . Архивировано из оригинала 20 июня 2021 года . Получено 2 марта 2021 года .
  287. ^ "Escape Mutation" . ВИЧ I-база . 11 октября 2012 года. Архивировано с оригинала 9 мая 2021 года . Получено 19 февраля 2021 года .
  288. ^ Мудрый J (февраль 2021 г.). «Covid-19: мутация E484K и риски, которые он представляет» . BMJ . 372 : N359. doi : 10.1136/bmj.n359 . PMID   33547053 . S2CID   231821685 .
  289. ^ Jump up to: а беременный в «Краткий отчет: новый вариант штамма SARS-COV-2, указанный у путешественников из Бразилии» (PDF) (пресс-релиз). Япония: Ниид (Национальный институт инфекционных заболеваний). 12 января 2021 года. Архивировано (PDF) от оригинала 15 января 2021 года . Получено 14 января 2021 года .
  290. ^ Исследование нового варианта SARS-COV-2 202012/01, Технический брифинг 5 (PDF) (брифинг). Общественное здравоохранение Англия. 2 февраля 2021 года. GW-1905. Архивировано (PDF) из оригинала 29 июня 2021 года . Получено 14 июня 2021 года .
  291. ^ Greaney AJ, Loes AN, Crawford KH, Starr TN, Malone KD, Chu Hy, et al. (Март 2021 г.). «Комплексное картирование мутаций в рецепторном домене SARS-COV-2, которые влияют на распознавание поликлональными человеческими плазменными антителами» . Ячейка и микроб . 29 (3): 463–476.e6. doi : 10.1016/j.chom.2021.02.003 . PMC   7869748 . PMID   33592168 .
  292. ^ Kupferschmidt K (январь 2021 г.). «Новые мутации поднимают призрак« иммунного побега » . Наука . 371 (6527): 329–330. Bibcode : 2021sci ... 371..329K . doi : 10.1126/science.371.6527.329 . PMID   33479129 .
  293. ^ RETTNER R (2 февраля 2021 г.). «Вариант коронавируса в Великобритании разрабатывает мутацию, уравновленную вакциной,-в нескольких случаях вариант коронавируса в Великобритании разработал мутацию под названием E484K, которая может влиять на эффективность вакцины» . Живая наука . Архивировано из оригинала 2 февраля 2021 года . Получено 2 февраля 2021 года .
  294. ^ Achenbach J, Booth W (2 февраля 2021 г.). «Требование мутация коронавируса, наблюдаемая в варианте Великобритании и в некоторых образцах США» . The Washington Post . Архивировано из оригинала 2 февраля 2021 года . Получено 2 февраля 2021 года .
  295. ^ ? приземляется на Олимпиаде в Токио, » пятую «Lambda Strain,« Самая опасная » одну Олимпиаде в Токио на ,
  296. ^ «Вариант Lambda: он более заразителен, и может ли он избежать вакцин? Виролог объясняет» . Разговор . 21 июля 2021 года. Архивировано с оригинала 3 сентября 2021 года . Получено 3 сентября 2021 года .
  297. ^ Jump up to: а беременный Обновление Cog-uk о мутациях SARS-Cov-2, представляющих особый интерес: отчет 1 (PDF) (отчет). COVID-19 Genomics UK Consortium (Cog-UK). 20 декабря 2020 г. с. 7. Архивировано из оригинала (PDF) 25 декабря 2020 года . Получено 31 декабря 2020 года .
  298. ^ «Исследователи обнаруживают новый вариант вируса Covid-19 в Колумбусе, штат Огайо» . Wexnermedical.osu.edu . 13 января 2021 года. Архивировано с оригинала 15 января 2021 года . Получено 16 января 2021 года .
  299. ^ Tu H, Avenarius MR, Kubatko L, Hunt M, Pan X, Ru P, et al. (26 января 2021 г.). «Отличительные закономерности появления вариантов SARS-COV-2, включая N501Y в клинических образцах в Колумбусе, штат Огайо». Biorxiv   10.1101/2021.01.12.426407 .
  300. ^ мутанта» дельта ». Влияние NHK News . » неизвестно «Обнаружение нового инфекцию на .
  301. ^ «Подтверждено случай сообщества инфекции (1 -й случай в Японии) нового дельта -штамма с мутацией N501S (синопсис B.1.617.2)» ~ Медицинский и стоматологический университет Коронавирус Цельный геном Отчет о проекте «Проект 8 ~» [». приобретенной сообществом инфекции (первый случай в Японии) нового дельта-штамма (штамм B.1.617.2 с мутацией N501S »-Медицинский и стоматологический университет Новый Коронавирус Целый Геном Проект 8th Report-] (PDF) . Архивировано (pdf ) из оригинала 30 . августа 2021 года
  302. ^ Jump up to: а беременный в дюймовый Maison DP, Ching LL, Shikuma CM, Nerurkar VR (январь 2021 г.). «Генетические характеристики и филогения гена 969 п.н. S-последовательности SARS-COV-2 с Гавайских островов показывают всемирную новую мутацию p681H». Biorxiv   10.1101/2021.01.06.425497 . Доступно в соответствии с CC на 4.0 Архивировано 16 октября 2017 года на The Wayback Machine .
  303. ^ Corum J, Zimmer C (9 февраля 2021 г.). «Вариант коронавируса» . New York Times . Архивировано из оригинала 30 ноября 2021 года . Получено 1 декабря 2021 года . Постоянно обновляется
  304. ^ Schraer R (18 июля 2020 года). "Коронавирус: Мутации делают его более заразительным?" Полем BBC News . Архивировано из оригинала 30 декабря 2020 года . Получено 3 января 2021 года .
  305. ^ «Новый, более инфекционный штамм COVID-19 в настоящее время доминирует в глобальных случаях вируса: изучение» . Medicalxpress.com . Архивировано с оригинала 17 ноября 2020 года . Получено 16 августа 2020 года .
  306. ^ Корбер Б., Фишер В.М., Гнанакаран С., Юн Х., Тейлер Дж., Абфальтер В. и др. (Август 2020). «Отслеживание изменений в SARS-COV-2 Spike: доказательства того, что D614G повышает инфекционность вируса Covid-19» . Клетка . 182 (4): 812–827.E19. doi : 10.1016/j.cell.2020.06.043 . PMC   7332439 . PMID   32697968 .
  307. ^ Hou YJ, Chiba S, Halfmann P, Ehre C, Kuroda M, Dinnon KH, et al. (Декабрь 2020 г.). «Вариант SARS-COV-2 D614G демонстрирует эффективную репликацию ex vivo и передачу in vivo» . Наука . 370 (6523): 1464–1468. Bibcode : 2020sci ... 370.1464H . doi : 10.1126/science.abe8499 . PMC   7775736 . PMID   33184236 . Эффективная замена ASP614 → Gly (D614G) в гликопротеине Spike из штаммов SARS-COV-2, которая в настоящее время является наиболее распространенной формой во всем мире
  308. ^ Волц Э.М., Хилл В., Маккроне Дж. Т., Прайс А., Джоргенсен Д., О'Тул А. и др. (4 августа 2020 г.). «Оценка влияния мутации SARS-COV-2 Spike D614G на трансмиссивность и патогенность» . Клетка . 184 (1): 64–75.e11. doi : 10.1016/j.cell.2020.11.020 . HDL : 10044/1/84079 . PMC   7674007 . PMID   33275900 .
  309. ^ Бутот Р., Билинска К, фон Бартельд К.С. (октябрь 2020 г.). «Хемосенсорная дисфункция в Covid-19: Интеграция генетических и эпидемиологических данных указывает на вариант Spike Pike D614G в качестве фактора, способствующего» . ACS Химическая нейробиология . 11 (20): 3180–3184. doi : 10.1021/acschemneuro.0c00596 . PMC   7581292 . PMID   32997488 .
  310. ^ Jump up to: а беременный Hodcroft EB, Domman DB, Snyder DJ, Oguntuyo KY, Van Diest M, Densmore KH, et al. (21 февраля 2021 г.). «Появление в конце 2020 года из множества линий вариантов белка SARS-COV-2, влияющих на аминокислотную позицию 677». Medrxiv   10.1101/2021.02.12.21251658 .
  311. ^ «Исследование обнаруживает 7 недавно идентифицированных вариантов Covid-19, циркулирующих в Соединенных Штатах» . ABC11 Raleigh-Durham . 15 февраля 2021 года. Архивировано с оригинала 3 сентября 2021 года . Получено 3 сентября 2021 года .
  312. ^ «Исследование показывает, что мутация p681H становится глобально распространенной среди последовательностей SARS-COV-2» . News-medical.net . 10 января 2021 года. Архивировано из оригинала 14 февраля 2021 года . Получено 11 февраля 2021 года .
  313. ^ «Малайзия идентифицирует новый штамм Covid-19, похожий на тот, который был найден в 3 других странах» . Пролива времена . 23 декабря 2020 года. Архивировано с оригинала 23 декабря 2020 года . Получено 10 января 2021 года . Тан Шри -д -р Нур Хишам Абдулла, сказал, что до сих пор неизвестно, является ли штамм, получивший название мутации «A701B» - более инфекционным, чем обычно
  314. ^ «Дутерте говорит, что Сулу ищет помощь после нового варианта Covid-19, обнаруженного в соседнем Сабахе, Малайзия» . GMA News . 27 декабря 2020 года. Архивировано с оригинала 3 января 2021 года . Получено 10 января 2021 года .
  315. ^ Jump up to: а беременный в дюймовый «Текущая ситуация и информация о мутации белка Spike Covid-19 в Малайзии» . Кентериан Кесихатан Малайзия-Covid-19 Малайзия . 25 декабря 2020 года. Архивировано с оригинала 2 июля 2021 года . Получено 15 января 2021 года .
  316. ^ Jump up to: а беременный в «Мутация Covid-19 A701V распространяется на кластеры третьей волны» . Focusmalaysia.my . 25 декабря 2020 года. Архивировано из оригинала 14 мая 2021 года . Получено 13 мая 2021 года .
  317. ^ «Варианты проблем (VOC), B.1.524, B.1.525, южноафриканский B.1.351, штамм D614G, A701V, B1.1.7» . COVID-19.moh.gov.my . 14 апреля 2021 года. Архивировано с оригинала 2 июля 2021 года . Получено 15 мая 2021 года .
  318. ^ Yurkovetskiy L, Wang X, Pascal KE, Tomkins-Tinch C, Nyalile TP, Wang Y, et al. (Октябрь 2020 г.). «Структурный и функциональный анализ D614G SARS-COV-2-вариант пик-белка» . Клетка . 183 (3): 739–751.e8. doi : 10.1016/j.cell.2020.09.032 . PMC   7492024 . PMID   32991842 .
  319. ^ Thomson EC, Rosen Le, Shepherd JG, Sprefico R, Da Silva Filipe A, Wojcechowskyj JA, et al. (Март 2021 г.). «Циркулирующие варианты SARS-COV-2 SPIKE N439K поддерживают пригодность при уклонке от антител-опосредованных иммунитета» . Клетка . 184 (5): 1171–1187.e20. doi : 10.1016/j.cell.2021.01.037 . PMC   7843029 . PMID   33621484 .
  320. ^ Smout A (26 января 2021 года). «Британия, чтобы помочь другим странам отслеживать варианты коронавируса» . Рейтер . Архивировано из оригинала 26 января 2021 года . Получено 27 января 2021 года .
  321. ^ Доннелли Л (26 января 2021 года). «Великобритания, чтобы помочь последовательному мутациям Covid по всему миру, чтобы найти новые опасные варианты» . Телеграф . Архивировано из оригинала 27 января 2021 года . Получено 28 января 2021 года .
  322. ^ Галани А., Аализаде Р., Костакис М., Маркоу А., Алигизакис Н., Литрас Т. и др. (Январь 2022). «Данные по наблюдению за сточными водами SARS-COV-2 могут предсказать госпитализации и приема в ОРИТ» . Наука общей среды . 804 : 150151. Bibcode : 2022scten.80450151G . doi : 10.1016/j.scitotenv.2021.150151 . PMC   8421077 . PMID   34623953 .
  323. ^ Baaijens JA, Zulli A, Ott IM, Petrone ME, Alpert T, Fauver JR, et al. (2 сентября 2021 г.). «Оценка варианта численности для SARS-COV-2 в сточных водах с использованием количественного определения РНК-seq». Medrxiv   10.1101/2021.08.31.21262938 .
  324. ^ Heijnen L, Elsinga G, Graaf MD, Molenkamp R, Koopmans MP, Medema G (26 марта 2021 г.). «Droplet Digital RT-PCR для обнаружения вариантов SARS-COV-2, вызывающих озабоченность в сточных водах». Medrxiv   10.1101/2021.03.25.21254324V1 .
  325. ^ Методы обнаружения и идентификации вариантов SARS-COV-2 . Европейский центр по профилактике и контролю заболеваний, Всемирная организация здравоохранения (Технический отчет). Стокгольм: Европейский центр профилактики и контроля заболеваний. 3 марта 2021 года. Анализы диагностического скрининга известных ЛОС.
  326. ^ Варианты SARS-COV-2, вызывающие озабоченность и варианты, исследуемые в Англии, технический брифинг 15 (PDF) (брифинг). Общественное здравоохранение Англия. 11 июня 2021 года. Правительство-8576. Архивировано (PDF) из оригинала 4 июля 2021 года . Получено 15 июня 2021 года .
  327. ^ Оценка дальнейшего появления и потенциального воздействия варианта омикрона SARS-COV-2 в контексте постоянной передачи дельты, вызывающего озабоченность в ЕС/ЕЭЗ, 18-е обновление (Технический отчет). Стокгольм: Европейский центр профилактики и контроля заболеваний. 15 декабря 2021 года. Приложения 1 и 2.
  328. ^ Грин -стрит, Клади Л (26 января 2021 года). «Covid-19 и эволюционное давление-можем ли мы предсказать, какие генетические опасности скрываются за горизонтом?» Полем BMJ : N230. Архивировано из оригинала 8 июня 2021 года . Получено 8 июня 2021 года .
  329. ^ Джейкобс А (2 ноября 2021 г.). «Широко распространенная инфекция коронавируса, обнаруженная у оленей Айовы, говорится в новом исследовании» . New York Times . Архивировано из оригинала 28 декабря 2021 года . Получено 12 декабря 2021 года . Исследователи и внешние эксперты охарактеризовали результаты исследования как тревожное развитие в ходе пандемии. Широко распространенная инфекция среди самых вездесущих игровых видов Северной Америки может сделать искоренение патогена еще более трудной, особенно если они стали резервуаром для мутаций, которые в конечном итоге перешли к людям. [...] они предупреждают охотников за оленями и других, которые обращаются с оленями, чтобы принимать меры предосторожности, чтобы избежать передачи. [...] Если бы вирус стал эндемичным у диких животных, таких как олени, он мог бы развиваться со временем, чтобы стать более вирулентным, а затем заразить людей новым штаммом, способным уклоняться от текущей культуры вакцин.
  330. ^ Lassaunière R, Fonager J, Rasmussen M, Frische A, Strandh C, Rasmussen T, et al. (10 ноября 2020 г.). Мутации SARS-COV-2 Spike, возникающие в датских норках, их распространение на людей и данные нейтрализации ( препринт ). Statens Serum Institut . Архивировано с оригинала 10 ноября 2020 года . Получено 11 ноября 2020 года .
  331. ^ «Обнаружение новых вариантов SARS-COV-2, связанных с норками» (PDF) . ECDC.EU. ​Европейский центр профилактики и контроля заболеваний. 12 ноября 2020 года. Архивировано (PDF) из оригинала 8 января 2021 года . Получено 12 ноября 2020 года .
  332. ^ «SARS-COV-2-ассоциированный вариант штамм-Дания» . Кто новости вспышки болезни . 6 ноября 2020 года. Архивировано с оригинала 12 ноября 2020 года . Получено 19 марта 2021 года .
  333. ^ Kevany S, Carstensen T (19 ноября 2020 г.). «Вариант датского ковида« Очень вероятно вымерший », но противоречивый отбор продолжается» . Хранитель . Архивировано из оригинала 24 апреля 2021 года . Получено 19 апреля 2021 года .
  334. ^ Larsen HD, Fonager J, Lomholt FK, Dalby T, Benedetti G, Kristensen B, et al. (Февраль 2021 г.). «Предварительный отчет о вспышке SARS-COV-2 в Mink и Mink Farmers, связанный с распространением сообщества, Дания, с июня по ноябрь 2020 года» . Еврозо . 26 (5). doi : 10.2807/1560-7917.es.2021.26.5.210009 . PMC   7863232 . PMID   33541485 .
  335. ^ Burioni R, Topol EJ (июнь 2021 г.). "Достигнулся ли SARS-COV-2 пиковой физической подготовки?" Полем Природная медицина . 27 (8): 1323–24. doi : 10.1038/s41591-021-01421-7 . PMID   34155413 .
  336. ^ Jump up to: а беременный Управление комиссара (23 февраля 2021 года). «Обновление Coronavirus (COVID-19): FDA выпускает политики, направленные на то, чтобы направить разработчиков медицинских продуктов, обращать внимание на варианты вируса» . США Управление по контролю за продуктами и лекарствами (FDA) . Получено 7 марта 2021 года .
  337. ^ Rella SA, Kulikova YA, Dermitzakis et, Kondrashov FA (30 июля 2021 года). «Стоимость передачи и вакцинации SARS-COV-2 влияет на судьбу устойчивых к вакцинам штаммов» . Научные отчеты . 11 (1): 15729. DOI : 10.1038/S41598-021-95025-3 . ISSN   2045-2322 . PMC   8324827 . PMID   34330988 .
  338. ^ Wang R, Chen J, Wei GW (декабрь 2021 г.). «Механизмы эволюции SARS-COV-2, выявляющие устойчивые к вакцинам мутации в Европе и Америке» (PDF) . Журнал писем физической химии . 12 (49): 11850–11857. doi : 10.1021/acs.jpclett.1c03380 . PMC   8672435 . PMID   34873910 . Архивировано (PDF) из оригинала 18 декабря 2021 года . Получено 27 января 2022 года .
  339. ^ «Результаты исследования показывают, что распространение омикрона может быть приписано иммунной уклонению, а не увеличению передачи» . News-medical.net . 5 января 2022 года. Архивировано с оригинала 21 января 2022 года . Получено 17 января 2022 года .
  340. ^ Cao Y, Wang J, Jian F, Xiao T, Song W, Yisimayi A, et al. (Февраль 2022 г.). «Омикрон ускользает от большинства существующих нейтрализующих антител SARS-COV-2» . Природа . 602 (7898): 657–663. doi : 10.1038/d41586-021-03796-6 . PMC   8866119 . PMID   35016194 . S2CID   245455422 .
  341. ^ Liu L, Iketani S, Guo Y, Chan JF, Wang M, Liu L, et al. (Февраль 2022 г.). «Поразительное уклонение от антител проявляется вариантом Omicron SARS-Cov-2» . Природа . 602 (7898): 676–681. doi : 10.1038/d41586-021-03826-3 . PMID   35016198 . S2CID   245462866 .
  342. ^ Mohsin M, Mahmud S (май 2022). «Omicron SARS-COV-2 вариант беспокойства: обзор его передачи, иммунной уклонения, реинфекции и тяжести» . Лекарство . 101 (19): E29165. doi : 10.1097/md.0000000000029165 . PMC   9276130 . PMID   35583528 . S2CID   248858919 .
  343. ^ "Как скоро после того, как поймал Covid-19, можете ли вы получить его снова?" Полем ABC News . 2 мая 2022 года. Архивировано с оригинала 9 июля 2022 года . Получено 24 июня 2022 года .
  344. ^ «Вариант Omicron: что вам нужно знать» . Центры для контроля и профилактики заболеваний . 20 декабря 2021 года. Архивировано с оригинала 27 января 2022 года . Получено 27 января 2022 года .
  345. ^ Шин Д.Х., Смит Д.М., Чой Дж.Ю. (2022). «SARS-COV-2 Omicron Variant, вызывающий беспокойство: все, что вы хотели знать об Omicron, но боялись спросить» . Йонсеи Медицинский журнал . 63 (11): 977–983. doi : 10.3349/ymj.2022.0383 . PMC   9629902 . PMID   36303305 .
  346. ^ "Covid-19 вакцин-бустеры" . США Управление по контролю за продуктами и лекарствами (FDA). 27 сентября 2022 года. Архивировано с оригинала 8 октября 2022 года . Получено 8 октября 2022 года .
  347. ^ «Модерна вакцины Covid-19» . США Управление по контролю за продуктами и лекарствами (FDA) . 7 октября 2022 года. Архивировано с оригинала 7 октября 2022 года . Получено 8 октября 2022 года .
  348. ^ «Вакцины Pfizer-Biontech Covid-19» . США Управление по контролю за продуктами и лекарствами (FDA) . 3 октября 2022 года. Архивировано с оригинала 8 октября 2022 года . Получено 8 октября 2022 года .
  349. ^ «Обновленные вакцины COVID-19 для использования в Соединенных Штатах, начиная с осени 2023 года» . США Управление по контролю за продуктами и лекарствами (FDA) . 15 июня 2023 года. Архивировано с оригинала 17 июня 2023 года . Получено 16 июня 2023 года . Общественный достояние Эта статья включает текст из этого источника, который находится в общественном доступе .
  350. ^ Рекомендация для формулы вакцин вакцин COVID-19 в США (PDF) ( отчет) (отчет). США Управление по контролю за продуктами и лекарствами (FDA). 16 июня 2023 года. Архивировано с оригинала 16 июня 2023 года . Получено 16 июня 2023 года .
  351. ^ «Обновленные вакцины COVID-19 для использования в Соединенных Штатах, начиная с осени 2024 года» . США Управление по контролю за продуктами и лекарствами (FDA) . 5 июня 2024 года. Архивировано с оригинала 18 июня 2024 года . Получено 19 июня 2024 года . Общественный достояние Эта статья включает текст из этого источника, который находится в общественном доступе .

Дальнейшее чтение

Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: f3a7dd6807af45cd199dafbab12cedcc__1726670100
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/f3/cc/f3a7dd6807af45cd199dafbab12cedcc.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Variants of SARS-CoV-2 - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)